lowQualScore : 1111 1111111 1 1
lowQualScore : 2 2222 3 6 3 6666666 4 5 3 555555 333 1 5 44 3333
lowQualScore : . .... . . . ....... . . . ...... ... . . .. ....
lowQualScore : 5 2222 6 2 7 0000000 8 8 9 555555 222 8 0 33 9999
consensus : GANCCCTTGT-GG-GGTA-GGGGG-------TAAACTATAAACATTGTAACACCT------GTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
Reference ( gi|10 ) : GACCCCTTGT-GG-GGTA-GAGGG-------TAAACTATAAGCATTGGAATACCT------GTTGTATG---AA-ACTAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|8 : GACCTCTAGT-GG-GGTATGGGGG-------TAAATTATACATATTGAAACACCT------GGTGTATG---GA-ACTAA-------AGCCTCTTCAAACCAAGAGACA
gi|6 : taatagGACCCCT-AT-GG-T-TA-TAGGG-------TAAACTATAAACATTTTAACTTCT------GTTGTATA---GA-AATAG--T----AGCCACATGAAACTATGAGAGAG
gi|9 : aaagatttGAACCCTTAA-GGCAGTA-TGGTG-------TAAACTATAAACATTGCAACACCT--------TGTATG---AA-AATAG--T----AACTTCTTGAAACCATGAG
gi|18 : aataacatcGAACCCTTA--GG-GATA-GAGAGAAG----TAAAATATAAACATTGTAACAGCT------GTTGTATG---AA-AATAG--T----
gi|7 : ataaaaatcCCATTATAGG-GGTA-GGGGGG------TAAACTATAAAGGTTGGAACTCCT------GTTGTGTG---AA-AATAG--T----AACCATTTGTTGCCATGAGAC
gi|1 : aaatcggaTTGG-GT-GATATGGGGG-------TAAATTATAAACATTCTAACACCT------GAT-TATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|2 : aatagaaatcggacagctagtgtgtgtatgtgtggagtgggggtgggGT-GG-GG-G-GGGGA-------TAAACTATCACCA--------CGT------GTTGTACG---AA-TATAG--T----AGCAACTTGAAACAATGAGACAG
gi|4 : ataaaaccgaaccattagtaggttaagtggttgatattgggg-GG-GGAG-GGGGG-------TAAACTATAAACATTGCAATACCT------GTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCA
gi|5 : aataaaaatcgaagccttagggtttaagggggggggggggggggggg-GG-GATA-GGTGG-------TAGACTCTATACATTGTAACACCTAGCGCTGTCATATG---AA-AGTAG--TTCTGAGCCGCTTGAAACCACGAGA
gi|3 : caataaaaactgagcctctaaG-GGTA-GGGGGGGAATGGTAAACTATAAACATTGTAACAGCT------GTTGTACG---AA-AATAG--T----AGCCAGTTAAAACCATGTAACA
gi|15 : taaaatcggaccctctatgggtaggggtG-GGTA-GGGGA-------TATACTATAAAGATTG---------------TTGTATG---AA-AGCAG--T----AGCCATTTGAAACCATGAGACA
gi|20 : atattggaccactaagtGTA-GGGGG-------TATACTATAAACATTTTAATACTT------GTTGTATG---AT-AAAAG--T----AGTCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|17 : A-GGGGA-------TAAAATAAAAACATTGTAGCGTAT------GATGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|19 : accctaG-------TTAACTATAAGCATTGTAACAGCT------GTTGCATG---AC-AATAA--T----AGCAACTTGAAACCATCAGACAGa
gi|13 : gtgttgt-------TAAACCATAAACATTGTAACATAT------GTTGTATG---AA-AGTAG--T----AGCCAAATGAAACCATGAGACA
gi|12 : caataaaatcgacccctaAAACTATAAACACTGTAACACCT------GCTGTATG---AA-AATAGA-T----A-CCACTTGAAATTATGAGACAGa
gi|16 : taaaaatcagaccccaaaaACTGTAAACATTGTAACACCT------GGTGTGTGTGTAATAATAG--T----ACCCACTTGAAACCATGAGACAGa
gi|21 : aaaatcggacccttACTGTAAG---TG--ATAT-T------GTTGTATG---AA-AAAAAAAT----AGCCACTTGAAACCATGAGACAa
gi|14 : tcgAAACATTGTAACATTT------ACTGTATA---AA-A-TAT--T----AGCCATGTGAAACCATGAGAAAG
gi|11 : ttggacccttaatgatatagaagcTACCT------GGTGTGTG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAGaa
gi|22 : aattagaaaattagacccctacacaacattgttacacgACCT------GTTGTATA---AA-GATAG--T----AGCCACTTGAAACAACGAGACAGa
gi|23 : TGTATG---AA-AATAG--A----TGCCACTTGAAACCATGGGACAa
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 1 88 3 5 2 2222222 2 999999 0 333 1 44 3333
lowQualScore : . .. . . . ....... . ...... . ... . .. ....
lowQualScore : 0 99 3 7 7 5555555 0 555555 2 000 7 11 7777
consensus : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
Reference ( family-1411 ) : GANCCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|1 : TTGG-GT-GATATGGGG-G-------TAAATTATA-AACATTCTAACAC------CTGAT-TATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|10 : aatagaaatcggacagctagtgtgtgtatgtgtggagtgggggtgggGACCCCTTGT-GG-GGTA-GAGG-G-------TAAACTATA-AGCATTGGAATAC------CTGTTGTATG---AA-ACTAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|11 : CTACACAACATTGTTACACGTAC--CTGGTGTGTG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|12 : aattagaaaattagacccAAACTATA-AACACTGTAACAC------CTGCTGTATG---AA-AATAGA-T----A-CCACTTGAAATTATGAGACAGa
gi|13 : taaaaatcagaccccaaaa-------TAAACCATA-AACATTGTAACAT------ATGTTGTATG---AA-AGTAG--T----AGCCAAATGAAACCATGAGACAa
gi|14 : caataaaatcgacccctaA-AACATTGTAACAT------TTACTGTAT----AA-AATAT--T----AGCCATGTGAAACCATGAGAAAGa
gi|15 : ttggacccttaatgatatagaagcG-GGTA-GGGG-A-------TATACTATA-AAGATTGT---------------TGTATG---AA-AGCAG--T----AGCCATTTGAAACCATGAGACAaa
gi|16 : atattggaccactaagtACTGTA-AACATTGTAACAC------CTGGTGTGTGTGTAATAATAG--T----ACCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|17 : aaaatcggacccttA-GGGG-A-------TAAAATAAA-AACATTGTAGCGT------ATGATGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAGa
gi|18 : accctaGAACCCTTA--GG-GATA-GAGA-GAAG----TAAAATATA-AACATTGTAACAG------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----a
gi|19 : ataaaaatc-G-------TTAACTATA-AGCATTGTAACAG------CTGTTGCATG---AC-AATAA--T----AGCAACTTGAAACCATCAGACAG
gi|2 : gtgttgtGT-GG-GG-G-GGGG-A-------TAAACTAT----CAC-----CAC------GTGTTGTACG---AA-TATAG--T----AGCAACTTGAAACAATGAGACAG
gi|20 : ataaaaccgaaccattagtaggttaagtggttgatattggggGTA-GGGG-G-------TATACTATA-AACATTTTAATAC------TTGTTGTATG---AT-AAAAG--T----AGTCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|21 : TGTTGTATG---AA-AAAAAAAT----AGCCACTTGAAACCATGAGACA
gi|22 : tcgactgtaagtgatatAC------CTGTTGTATA---AA-GATAG--T----AGCCACTTGAAACAACGAGACAG
gi|23 : TGTATG---AA-AATAG--A----TGCCACTTGAAACCATGGGACAa
gi|3 : G-GGTA-GGGG-GGGAATGGTAAACTATA-AACATTGTAACAG------CTGTTGTACG---AA-AATAG--T----AGCCAGTTAAAACCATGTAACAaa
gi|4 : taaaatcggaccctctatgggtaggggt-GG-GGAG-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGCAATAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCA
gi|5 : aataaaaatcgaagccttagggtttaaggggggggggggggggggggGAGCCTCTAA-GG-GATA-GGTG-G-------TAGACTCTA-TACATTGTAACACCTAGCGCTGTCATATG---AA-AGTAG--TTCTGAGCCGCTTGAAACCACGAGA
gi|6 : caataaaaactCCCCTAT-GG-T-TA-TAGG-G-------TAAACTATA-AACATTTTAACTT------CTGTTGTATA---GA-AATAG--T----AGCCACATGAAACTATGAGAGAG
gi|7 : aaagatttgaGGACCATTATAGG-GGTA-GGGGGG-------TAAACTATA-AAGGTTGGAACTC------CTGTTGTGTG---AA-AATAG--T----AACCATTTGTTGCCATGAGAC
gi|8 : aaatcGACCTCTAGT-GG-GGTATGGGG-G-------TAAATTATA-CATATTGAAACAC------CTGGTGTATG---GA-ACTAA-------AGCCTCTTCAAACCAAGAGACA
gi|9 : taatagGAACCCTTAA-GGCAGTA-TGGT-G-------TAAACTATA-AACATTGCAACAC------CT--TGTATG---AA-AATAG--T----AACTTCTTGAAACCATGAG
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 88 3 5 2 2222222 2 999999 0 333 1 44 3333
lowQualScore : .. . . . ....... . ...... . ... . .. ....
lowQualScore : 99 3 7 7 5555555 0 555555 2 000 7 11 7777
consensus : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
Reference ( family-1411 ) : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|1 : TTGG-GT-GATATGGGG-G-------TAAATTATA-AACATTCTAACAC------CTGAT-TATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|10 : aatagaaatcggacagctagtgtgtgtatgtgtggagtgggggtgggGACCCCTTGT-GG-GGTA-GAGG-G-------TAAACTATA-AGCATTGGAATAC------CTGTTGTATG---AA-ACTAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|11 : CTACACAACATTGTTACACGTAC--CTGGTGTGTG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|12 : aattagaaaattagacccAAACTATA-AACACTGTAACAC------CTGCTGTATG---AA-AATAGA-T----A-CCACTTGAAATTATGAGACAGa
gi|13 : taaaaatcagaccccaaaa-------TAAACCATA-AACATTGTAACAT------ATGTTGTATG---AA-AGTAG--T----AGCCAAATGAAACCATGAGACAa
gi|14 : caataaaatcgacccctaA-AACATTGTAACAT------TTACTGTAT----AA-AATAT--T----AGCCATGTGAAACCATGAGAAAGa
gi|15 : ttggacccttaatgatatagaagcG-GGTA-GGGG-A-------TATACTATA-AAGATTGT---------------TGTATG---AA-AGCAG--T----AGCCATTTGAAACCATGAGACAaa
gi|16 : atattggaccactaagtACTGTA-AACATTGTAACAC------CTGGTGTGTGTGTAATAATAG--T----ACCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|17 : aaaatcggacccttA-GGGG-A-------TAAAATAAA-AACATTGTAGCGT------ATGATGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAGa
gi|18 : accctaGAACCCTTA--GG-GATA-GAGA-GAAG----TAAAATATA-AACATTGTAACAG------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----a
gi|19 : ataaaaatc-G-------TTAACTATA-AGCATTGTAACAG------CTGTTGCATG---AC-AATAA--T----AGCAACTTGAAACCATCAGACAG
gi|2 : gtgttgtGT-GG-GG-G-GGGG-A-------TAAACTAT----CAC-----CAC------GTGTTGTACG---AA-TATAG--T----AGCAACTTGAAACAATGAGACAG
gi|20 : ataaaaccgaaccattagtaggttaagtggttgatattggggGTA-GGGG-G-------TATACTATA-AACATTTTAATAC------TTGTTGTATG---AT-AAAAG--T----AGTCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|21 : TGTTGTATG---AA-AAAAAAAT----AGCCACTTGAAACCATGAGACA
gi|22 : tcgactgtaagtgatatAC------CTGTTGTATA---AA-GATAG--T----AGCCACTTGAAACAACGAGACAG
gi|23 : TGTATG---AA-AATAG--A----TGCCACTTGAAACCATGGGACAa
gi|3 : G-GGTA-GGGG-GGGAATGGTAAACTATA-AACATTGTAACAG------CTGTTGTACG---AA-AATAG--T----AGCCAGTTAAAACCATGTAACAaa
gi|4 : taaaatcggaccctctatgggtaggggt-GG-GGAG-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGCAATAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCA
gi|5 : aataaaaatcgaagccttagggtttaaggggggggggggggggggggGAGCCTCTAA-GG-GATA-GGTG-G-------TAGACTCTA-TACATTGTAACACCTAGCGCTGTCATATG---AA-AGTAG--TTCTGAGCCGCTTGAAACCACGAGA
gi|6 : caataaaaactACCCCTAT-GG-T-TA-TAGG-G-------TAAACTATA-AACATTTTAACTT------CTGTTGTATA---GA-AATAG--T----AGCCACATGAAACTATGAGAGAG
gi|7 : aaagatttgGGACCATTATAGG-GGTA-GGGGGG-------TAAACTATA-AAGGTTGGAACTC------CTGTTGTGTG---AA-AATAG--T----AACCATTTGTTGCCATGAGAC
gi|8 : aaatcGACCTCTAGT-GG-GGTATGGGG-G-------TAAATTATA-CATATTGAAACAC------CTGGTGTATG---GA-ACTAA-------AGCCTCTTCAAACCAAGAGACA
gi|9 : taatagGAACCCTTAA-GGCAGTA-TGGT-G-------TAAACTATA-AACATTGCAACAC------CT--TGTATG---AA-AATAG--T----AACTTCTTGAAACCATGAG
blockSeqs : TA C T G GGAATGG C CTAGCG TGT T AA TCTG
blockSeqs : T . . . AAG . GTAC . . A .
blockSeqs : T . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons :
originalCons : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
finalCons : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 88 3 5 2 2222222 2 999999 0 333 1 44 3333
lowQualScore : .. . . . ....... . ...... . ... . .. ....
lowQualScore : 99 3 7 7 5555555 0 555555 2 000 7 11 7777
consensus : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
Reference ( family-1411 ) : GAACCCTTGT-GG-GGTA-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGTAACAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|1 : TTGG-GT-GATATGGGG-G-------TAAATTATA-AACATTCTAACAC------CTGAT-TATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|10 : aatagaaatcggacagctagtgtgtgtatgtgtggagtgggggtgggGACCCCTTGT-GG-GGTA-GAGG-G-------TAAACTATA-AGCATTGGAATAC------CTGTTGTATG---AA-ACTAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|11 : CTACACAACATTGTTACACGTAC--CTGGTGTGTG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|12 : aattagaaaattagacccAAACTATA-AACACTGTAACAC------CTGCTGTATG---AA-AATAGA-T----A-CCACTTGAAATTATGAGACAGa
gi|13 : taaaaatcagaccccaaaa-------TAAACCATA-AACATTGTAACAT------ATGTTGTATG---AA-AGTAG--T----AGCCAAATGAAACCATGAGACAa
gi|14 : caataaaatcgacccctaA-AACATTGTAACAT------TTACTGTAT----AA-AATAT--T----AGCCATGTGAAACCATGAGAAAGa
gi|15 : ttggacccttaatgatatagaagcG-GGTA-GGGG-A-------TATACTATA-AAGATTGT---------------TGTATG---AA-AGCAG--T----AGCCATTTGAAACCATGAGACAaa
gi|16 : atattggaccactaagtACTGTA-AACATTGTAACAC------CTGGTGTGTGTGTAATAATAG--T----ACCCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|17 : aaaatcggacccttA-GGGG-A-------TAAAATAAA-AACATTGTAGCGT------ATGATGTATG---AA-AATAG--T----AGCCACTTGAAACCATGAGACAGa
gi|18 : accctaGAACCCTTA--GG-GATA-GAGA-GAAG----TAAAATATA-AACATTGTAACAG------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----a
gi|19 : ataaaaatc-G-------TTAACTATA-AGCATTGTAACAG------CTGTTGCATG---AC-AATAA--T----AGCAACTTGAAACCATCAGACAG
gi|2 : gtgttgtGT-GG-GG-G-GGGG-A-------TAAACTAT----CAC-----CAC------GTGTTGTACG---AA-TATAG--T----AGCAACTTGAAACAATGAGACAG
gi|20 : ataaaaccgaaccattagtaggttaagtggttgatattggggGTA-GGGG-G-------TATACTATA-AACATTTTAATAC------TTGTTGTATG---AT-AAAAG--T----AGTCACTTGAAACCATGAGACAG
gi|21 : TGTTGTATG---AA-AAAAAAAT----AGCCACTTGAAACCATGAGACA
gi|22 : tcgactgtaagtgatatAC------CTGTTGTATA---AA-GATAG--T----AGCCACTTGAAACAACGAGACAG
gi|23 : TGTATG---AA-AATAG--A----TGCCACTTGAAACCATGGGACAa
gi|3 : G-GGTA-GGGG-GGGAATGGTAAACTATA-AACATTGTAACAG------CTGTTGTACG---AA-AATAG--T----AGCCAGTTAAAACCATGTAACAaa
gi|4 : taaaatcggaccctctatgggtaggggt-GG-GGAG-GGGG-G-------TAAACTATA-AACATTGCAATAC------CTGTTGTATG---AA-AATAG--T----AGCCA
gi|5 : aataaaaatcgaagccttagggtttaaggggggggggggggggggggGAGCCTCTAA-GG-GATA-GGTG-G-------TAGACTCTA-TACATTGTAACACCTAGCGCTGTCATATG---AA-AGTAG--TTCTGAGCCGCTTGAAACCACGAGA
gi|6 : caataaaaactACCCCTAT-GG-T-TA-TAGG-G-------TAAACTATA-AACATTTTAACTT------CTGTTGTATA---GA-AATAG--T----AGCCACATGAAACTATGAGAGAG
gi|7 : aaagatttgGGACCATTATAGG-GGTA-GGGGGG-------TAAACTATA-AAGGTTGGAACTC------CTGTTGTGTG---AA-AATAG--T----AACCATTTGTTGCCATGAGAC
gi|8 : aaatcGACCTCTAGT-GG-GGTATGGGG-G-------TAAATTATA-CATATTGAAACAC------CTGGTGTATG---GA-ACTAA-------AGCCTCTTCAAACCAAGAGACA
gi|9 : taatagGAACCCTTAA-GGCAGTA-TGGT-G-------TAAACTATA-AACATTGCAACAC------CT--TGTATG---AA-AATAG--T----AACTTCTTGAAACCATGAG