lowQualScore : 1111111111111111111111111111 111111 3333333333333 11111111111111111111 1111 3333333333333 111
lowQualScore : 5 111 11 1 111 1111111111111111111111111111 111 22 7 0 1 999999 6666666666666 1 22222222222222222222 22 2222 444444 0 9999 444444444 1 1 1 4444444444444 999 888888
lowQualScore : . ... .. . ... ............................ ... .. . . . ...... ............. . .................... .. .... ...... . .... ......... . . . ............. ... ......
lowQualScore : 6 888 44 1 888 4444444444444444444444444444 888 55 4 9 1 666666 2222222222222 1 00000000000000000000 77 4444 666666 3 3333 777777777 2 2 2 4444444444444 555 888888
consensus : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----TAATAAAGT-----AT---AC-A-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----TTTTTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTTT-TTTA-A---AAAATTA
Reference ( gi|19 ) : GAAAAGGTTTGCTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----GAATAAAGT-----AT---GT-A-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----TTTTTTTA--A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------G----TTTT-ATTG-A---AAAATTA
gi|17 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T------AATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATTTTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAA
gi|15 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T------AATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATATTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAAaataaaa
gi|13 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T------AATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATATTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAAaataaaaa
gi|11 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T------AATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATATTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAAaataaaaa
gi|8 : ttGAAAAGCTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T------AATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATTTTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------ATT--TTTT-TTTA-A---AAAAaaataaaaa
gi|14 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T------AATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATATTTT---A---------AAT-TAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAAaaaaaga
gi|16 : ttGAAAAGATTTGTTATAAGAAATGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------T-T---ATATA--AAG-ATTAA-A-----TAATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATATTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAAaataaaaa
gi|12 : ttGAAAAGGTTTGTTATCAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GGG---------G----------------T-T---ATATA--AAGAATAAA-T-----G-ATAAAGT-----A----GCAA-ATAAAA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATATTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTT---TTA-A---AAAAaataaaa
gi|23 : ttGAAAAGATTAGTTGTAAAAAATGGA---TAAA--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---AAATA--AAG-ATGCA-T-----TTATAAAGT-----AT---AA-A-ATAAAA-AA-A---ATA---------TAC--A----T-----TTTTTTTA--A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTAACTATA--------T----TTTT-TTTA-A---AAAATaaataaaaa
gi|6 : ctGAAACGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATATA--AAG-ATGAA-T-----TAATAAAGT-----AA---AA-A-ATAAAA-AAGA---ACATAAAAAAATTAT--A----T-----TCTTTTT---A---------AAT-CAGTTT-TTTGTATTTGGTTACTA
gi|20 : ttGAAAAGGTTT-TTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------A----------------T-T---ATATA--AAG-AT----T-----AAATA---------AT---AA-A-GTAACA-AAGA---AGA---------TAT--A----T-----ATTTT---------------AAT-CAGTGA-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTTT-TTCA-A---AAAATTAaaaaacaaaattaaaaa
gi|3 : gttGAAAATGATTGTTTTAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------G-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----TAATAAAAT-----TT---AA-A-ATAAAA-AAAAAAGAGA---------TA---A----T-----TTTATTAA--A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTGACTAAG--------T----CTTTGATAT-A---AAAATaattaaaaa
gi|21 : cGAAAACGTGTGTTATAAGAAGTGGA---AAAG--AAAC-A---ATG---------G----------------A-T---ATGTA--GAG-ATACA-T-----TAATAAAGT-----AT---AA-A-ATAAAA-AAGG---AAA---------T---------T-----TTTTTT----A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTTTA--------T----TTTA-AAAG-T---AAAATTAagaattaga
gi|30 : tGAAGAGGTGTGTTTTAATAAGTGGA---TAAA--AAGA-G---GTG---------G----------------G-T---ATATA--AAT-ATGCA-T-----CAATAAAGC-----ATCAAAT-A-ATAATA-ATAA---AGA---------TAT--A----T-----ATTTCTTA--A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTgaaa
gi|33 : ttGAAAAGGTTTGTTGTAAGAAGTGGA---TAGA--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATAAA--GAG-ATGCA-T-----TCATAAAGT-----TT---TA-A-ATAAAA----------A---------TAT--ACCTTT-----TTTTTTTT--A---------AAT-CATTGT-TTT-
gi|4 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGG---TAAG--AAAA-G---GTG---------G----------------A-T---ATTTA--AAG-ATGAA-TTTTAATAATAAAGT-----TT---AC-A-TTAAAC-A--------A---------TATC-A----T-----TTTTTT--------------AAT-CAGTG--TTT-TAATTGATAACCATG--------
gi|9 : gttGAAAACATTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAAA-G---GCG---------G----------------A-T---ATACA--AAG-ATGCA-T-----TAATAATGT-----TT---AT-A-TTAAA-----------A---------TAT--C----TA----TTTGTTTA--A---------AAT-CAGT-T-TTA-TAATTGACAACT-TG--------GTCATTTTT-TTTA-AAATAAAATTAtcaaatattttttttaataaaataagaa
gi|34 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAATGGA---TAAG--AAGA-G---GTT---------G----------------A-T---ATATA--AAC-GTGCA-T-----TTATAAAGT-----aaaa
gi|28 : GAAAATGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAA--TAGA-A---GTG---------G----------------A-T---GTATA--AAG-ATG---------------ACT-----AT---CT-------------------------------T--A----T-----T---TTAA--A---------AAC-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATGATATAAATG----TTTT-A----A---AAAAttacttttaacaaacgtatcacaaccggtgtgtt
gi|10 : gttGAAAAGTTTTGTTATAAGAAGCAGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------A-TATAATATA--AAG-ATGCA-T-----TAATGCAGT-----TT---AC-A-TTAAAA----A---TGT---------TAT--A----T-----T------------------------AGTG--TTT-AAATTGGTTACTATG--------T----CATT-ATTaataatagaaaaa
gi|2 : gttGAAAACGCTTGTTATAAGATTTGGA---TAAGCTAAGA-ATATGTG---------G----------------A-T---ATATA--AAG-GTGGA-G-----TAATAAAGT-----TC---AC-A-TTAAAA----------A---------TAT--A----T-----TTTTTTCA--ATTATTTTTCAAT-CAGT-T-TTT-TAATTTGTTACTATG--------------TTT-ATtatattttaatgaaaattggaaaa
gi|5 : gttGAAAAGGTTTGTTAAAAGAAAAGGA---TAAC--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATATAT-ATT-ATGAATT-----TAATAAAGTTTAAAAT---GC-A-AAAAAAGAAAA---AAA---------GAA--A----T-----TT--------A---------AAT-TGGTG--TTT-TAATTGGTTACTATGTC------A----TTTT-TTTGTAAATAAAATTAagcttttttaaaagaaataaatc
gi|1 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAC--AATC-G---GTGT--------GTATACATGT-------A-T---ATAAA--AAG-ATGCA-T-----TGATAAAGT-----TT---AC-C-ATGAGT-GA-A---ATT---------TCT--A----T-----TGTTTTT---A---------AAT-CAGTGT-TTT-TATTTGTTT
gi|22 : ttGAAAAGGTTTGTTATA------------T--G--AAGA-G---GTG---------G----------------C-T---ATATA--AAG-CTGCA-T-----GAATAAAGT-----TT---AA-A-ATTAAA-AAAA---AAA---------AAC--A----T-----TTGTTT---------------AT-TTTTTTGTTT-TAATTGGTTACTATGCCATT---C----TTTT-TTTA-A---AAAATtgaatcatatctatgtcattttttaaagcataaaattagaa
gi|32 : tGGAAAGGTTTGTTATAAGAAGTTTA---TTAA--AAGT-G---GTT---------G----------------A-T---ATATA--AAG-ATACA-T-----TTATAAAGT-----TT---AA-A-AT-AAA-ACTA---ATA---------CAT--A----A-----TTTTT-----A---------GAT-CAGTGT-TTT-AATaaaattaga
gi|26 : tGAAAGTATTT--TATAAGAAGTGGA---TAG----AGATG---GTG---------G----------------A-T---TTATA--AAG-ACACA-T-----TAATAAAGT-----TT---AT-A-TTAAAA----C---ACA---------TTT--T----TGCTCCTTTTTTT--------------AT-CAGTGT-TTT-AATTggt
gi|7 : gttGAAAATGTTAATTATAAGACATGGA---TAAG--AGCA-A---GTG---------G----------------A-T---ATATAATAAA-GTGGA-A-----TAATAAACT------T---AC-A-TTAAAA-AAAT---GTT---------TCT--A----T-----TTTTTTTCTTC---------AAT-CAG-----TT-TA-ATGGTTACTATG--------actttgtgaaacatctaaaaaaata
gi|31 : agttAAAAGGTGTGCTATAAGAAGTGGATATTAAG--AAAA-T---GTG---------G----------------A-T---ATATG--AAG-ATCCA-T-----TAAT-AAGT------T---TT-ACATAAAA-AAAT---CAA---------TGTCAA----T-----TTTTTTTA--A---------GAT-tcaaacattgttgttttaataa
gi|37 : aAAAAGGTTTTATATAAAAAGTGCA---TAAG--AAGA-G---GTG---------T----------------A-T---ATAAA--AAG-ATGTA-T-----TAAT-AAGT----------------TTAAA-AAG----------------CAT--A----T-----TTTTTaaaattagaaaa
gi|24 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----TAATGAAGT-----AT---AC-A-ATAA------------------------C--A----C-----TTTTTTTA--A---------AATTCAGTGT-TAT-TATTTGATTACTATG--------------TTT-GTTT-T---AAAATatcaa
gi|18 : tAAAGGTTTGTTATAAAAAGTGGA---TTAG--AAGA-G---GTG---------G----------------A-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----TAACAAAGT-----AT---AC-A-ATAAAA-A--A---AGA---------TAT--A----T-----ACATTTTT--A---------AGT-CAGTTT-TGT-TATTTGGTTACTTTG--------ataaaattagaa
gi|27 : ttAAAAGTTTGCTATGAGAAGTGGA---TACG--AAGA-C---GTA---------G----------------A-T---ATACA--AAG-ATGCA-T-----AAATAAAGT-----AC---AA-A-ATAAAA-CAAA---AAA---------TA---A----A-----TTTCTTTA--A---------AAA-CA-TGC-TTA-TATacataaataaaataagaaaa
gi|29 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---CACG--AAGA-G---ATG---------G----------------G-T---ATATA--AAG-ATACA-T-----TGATAAAGT------T---AT--------A-AAG----------------TAT--A-----------------A--A---------AA--CA-TTT-TTT-TA-TTGGTTAATATGTCA-----T----TTTT-TTTA-A---AAAATgatatattttttaaagaataaaataag
gi|36 : tcAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGA---TAAG--AAGA-A---ATG---------A----------------A-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----TATTGAAGC------T----T-A-ATATAA-AA-A---TGG---------TCT--A----T-----ATTT------A---------AAT-CAgaaataaga
gi|40 : AAAAGTTTGTTAAAGGAAGTGAA---TAAG--AAGA-G---GTG---------A----------------A-T---ATAAA--AAG-ATGCA-T-----TAACAAA
gi|38 : gAAAGGTTTGTTATAAGCAGTGGA---TAAG--AAGA-G---ATGACTATATATG----------------ACT---ATATA--AGG-CTGCA-T-----TTACAAAGT-----a
gi|35 : GGTCTGTTAATAGGAGTGGA---TAAG--ATAA-G---GTG---------GATATATATATATATATA-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----TAATAAAGTTAAC-AT---TT-A-A-AAAA-AAttacat
gi|25 : GGA---TAAA--AAGA-G---GTGCCGTT----A----------------A-T---ATATA--AAG-ATGCA-T-----AAATACAGT-----AT---AA-A-GTAAAA-AAAA---AAG---------AAT--A----------TTTTGTTA--A---------TAT-CAGTGT-TTT-TATTTGGTTACTATG--------ATAT-TTTT-TTTT-A---AAAATtctctat
gi|39 : gaAAA---AGA---------TAT--G----T-----TTTATT-A--A---------AAT-CAGTGG-TTT-TATTTGGTTACTATG--------A----TTTT-TTTA-A---AAaaaattagaaaa
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 33333333333333333 1111
lowQualScore : 111 11 1 111 777777777 444444444 1 8888888888888888 22 0 1 55555 1 2222222 333 11 88888888888888888888 22 22222 33 22222 1 111 22 5555555555 44 1 1 11 4444444 22222222222222222 222 22 22 5555
lowQualScore : ... .. . ... ......... ......... . ................ .. . . ..... . ....... ... .. .................... .. ..... .. ..... . ... .. .......... .. . . .. ....... ................. ... .. .. ....
lowQualScore : 888 44 0 888 777777777 111111111 0 6666666666666666 44 8 0 11111 1 4444444 111 55 77777777777777777777 66 88888 33 88888 1 999 77 0000000000 44 2 2 99 5555555 55555555555555555 777 11 11 0000
consensus : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAG-TNT---ANAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-TT-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
Reference ( family-1409 ) : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAG-TAT---ACAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-TT-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
gi|1 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AC--AATC-G---GTGT--------GTATACATGTA-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TGATAAAG-TTT---ACCAT---GAGT--GA------AATT---------TCT--A-----T-TG-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGTTTTGAATCATATCTATGTC---A-----T-----TT---T--TT--AAAGCATAAAATTA
gi|10 : ttGAAAAGTTTTGTTATAAGAAGCAGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-TATA-------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGCAG-TTT---ACATT---AAAA--A------------------------------------------TG---TT--A----------TA--TTAGTG--TTT-AAATTGGTT--A-------CTATGTCATTA-----T-----TTATAT--TT--TAATG--AAAATTgaa
gi|11 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----A-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAggaaaa
gi|12 : ttGAAAAGGTTTGTTATCAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GGG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TGATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----A-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAaaataaaaa
gi|13 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----A-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaataaaaa
gi|14 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----A-TT---TT--A----------AA--TTAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|15 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----A-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|16 : ttGAAAAGATTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGATTAA-A-----TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----A-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|17 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaa
gi|18 : ttAAAGGTTTGTTATAAAAAGTGGATT---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAACAAAG-TAT---ACAAT---AAAA--A-------AAGA---------TAT--A-----TACA-----T-TT---TT--A----------AG--TCAGTTT-TGT-TATTTGGTT--A-------CTTTG-----A-----aaaa
gi|19 : ttGAAAAGGTTTGCTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----GAATAAAG-TAT---GTAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-TT-----T-TT---TTA-A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----G-----T-----TT---T--AT--TGA----AAAATTAcataaataaaataagaaaa
gi|2 : GAAAACGCTTGTTATAAGATTTGGATA---AGCTAAGA-ATATGTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGGTGGA-G-----TAATAAAG-TTC---ACATT---AAAA-------------A---------TAT--A-----T-TT-----T-TT---TC--AATTATTTTTCAA--TCAGT-T-TTT-TAATTTGTT--A-------CTATGTTT--A-----TAGC--TT---T--TT--TAA----AAGA
gi|20 : gttGAAAAGGTTT-TTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------T-T----------------ATATA--AAGATTAA-A-----TAATAAAG-TA----AC---------A--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----T-TT------------------AA--TCAGTGA-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--CAA----AAAATTAaataaatc
gi|21 : gttGAAAACGTGTGTTATAAGAAGTGGAAA---AG--AAAC-A---ATG---------G---------A-T----------------ATGTA--GAGATACA-T-----TAATAAAG-TAT---AAAAT---AAAA--AAG-----GAA---------------A-----T-TT-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CT--------------T-----TA---T--TT--TAAAAGTAAAATTAaattaaaaa
gi|22 : tGAAAAGGTTTGTTATA---------T-----G--AAGA-G---GTG---------G---------C-T----------------ATATA--AAGCTGCA-T-----GAATAAAG-TTT---AAAAT---TAAA--AAA-----AAAA---------AAC--A-----T-TT-----G-TT---T---------------A--TTTTTTTGTTT-TAATTGGTT--A-------CTATGCC---ATTC--T-----TT---T--TT--TAA----AAAATgaaa
gi|23 : tGAAAAGATTAGTTGTAAAAAATGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------AAATA--AAGATGCA-T-----TTATAAAG-TAT---AAAAT---AAAA--AA------AATA---------TAC--A-----T-TT-----T-TT---TT--A----------AAA-TCAGTGT-TTT-TATTTGGTA--A-------CTATA-----T-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATaaaattaga
gi|24 : ctAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGAAG-TAT---ACAAT---AA---------------------------C--A-----C-TT-----T-TT---TT--A----------AAATTCAGTGT-TAT-TATTTGATT--A-------CTATG-----T-----T-----TG---T--TT--TAA----AATAT
gi|25 : tGGATA---AA--AAGA-G---GTGCCGTT----A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----AAATACAG-TAT---AAAGT---AAAA--AAA-----AAAG---------AAT--A-----T-TT-----T-GT---TA--A----------TA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATATT-T-----TT---T--TT--TAA----AAAaaaattagaa
gi|26 : gaAAAGTATTTTATAAGAAGTGGATA---G----AGATG---GTG---------G---------A-T----------------TTATA--AAGACACA-T-----TAATAAAG-TTT---ATATT---AA------------AACA---------CAT--T-----T-TTGCTCCT-TT---TT--T----------TA--TCAGTGT-TTT-AATTtaaaattagaaaa
gi|27 : gttgAAAAGTTTGCTATGAGAAGTGGATA---CG--AAGA-C---GTA---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----AAATAAAG-TAC---AAAAT---AAAA--CAA-----AAAA---------TAA--A-----T-TT-----C-TT---TA--A----------AA--ACA-------------TGCTT--A--------TATG-----A-----TATA--TT---T--TT--TAA----AGAATactttgtgaaacatctaaaaaaata
gi|28 : GAAAATGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AA--TAGA-A---GTG---------G---------A-T---------------------------------------------G-TAT---A-------------AAG-----ATGA---------C-T--A-----T-CT-----TATT---TT--A----------AAAACCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----TATAAATG---T--TT--TAA----AAAAaaaataag
gi|29 : gttAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGACA---CG--AAGA-G---ATG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TGATAAAGTTAT---AAAGT---ATAA--AA---------A---------CA-----------TT-----T-TT---TT--A-----------------------------TTGGTT--A-------ATATGTC---AT----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATaataatagaaaaa
gi|3 : tcGAAAATGATTGTTTTAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAA-TTT---AAAATA--AAAA--AAA-----AAGA---------GAT--A-----A-TT-----T-TA---TTAAA----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTG--A-------CTAAG-----T-----C-----TT---TGATA--TAA----AAAgaaataaga
gi|30 : cGAAGAGGTGTGTTTTAATAAGTGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AATATGCA-T-----CAATAAAG-CATCAAATAAT---AATA--ATA-----AAGA---------TAT--A-----TATT-----T-CT---TA--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTtagaattaga
gi|31 : ttAAAAGGTGTGCTATAAGAAGTGGATATTAAG--AAAA-T---GTG---------G---------A-T----------------ATATG--AAGATCCA-T-----TAATAAGT-TTT---AC-AT---AAAA--AAA-----TCAA---------TGTCAA-----T-TT-----T-TT---TT--A----------A
gi|32 : aGGAAAGGTTTGTTATAAGAAGTTTATT---AA--AAGT-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TTATAAAG-TTT---AAAAT---AAAACTA----------A---------TAC--A-----T-AA-----T-TT---TT--A----------GA--TCAGTGT-TTT-AATgataaaattagaaaa
gi|33 : tGAAAAGGTTTGTTGTAAGAAGTGGATA---GA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATAAA--GAGATGCA-T-----TCATAAAG-TTT---TAAAT---AAAA-------------A---------TAT--ACCTTTT-TT-----T-TT---TT--A----------AA--TCATTGT-TTT-ggt
gi|34 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AACGTGCA-T-----TTATAAAG-TTT---AC
gi|35 : GGTCTGTTAATAGGAGTGGATA---AG--ATAA-G---GTG---------G---------A-TATATATATATATATATATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAG-TTA---ACATT---TAAA--AAA-----AAttttaacaaacgtatcacaaccggtgtgtt
gi|36 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-A---ATG---------A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TATTGAAG-CTT-----AAT---ATAA--AA------ATGG---------TCT--A--------------T-AT---TT--A----------AA--TCAtctctat
gi|37 : AAAAGGTTTTATATAAAAAGTGCATA---AG--AAGA-G---GTG---------T---------A-T----------------ATAAA--AAGATGTA-T-----TAAT-AAG-T---------T---TAAA--AAG------------------CAT--A-----T-TT-----T-TT---
gi|38 : AAAGGTTTGTTATAAGCAGTGGATA---AG--AAGA-G---ATGACTATATATG---------ACT----------------ATATA--AGGCTGCA-T-----TTACAAAG-TTT---ACAatcaa
gi|39 : AA-----AAGA---------TAT--G-----T-TT-----T-AT---TA--A----------AA--TCAGTGG-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAt
gi|4 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGGTA---AG--AAAA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATTTA--AAGATGAA-TTTTAATAATAAAG-TTT---ACATT---AAAC--A----------A---------TATC-A-----T-TT-----T-TT---T--------------AA--TCAGTG--TTT-TAATTGATA--A-------CCATGTC---AAATATT-----TT---T--TT--TAAT---AAAATtacaaaataagaa
gi|40 : gttAAAAGTTTGTTAAAGGAAGTGAATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------A-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TAACAAAaagaa
gi|5 : gGAAAAGGTTTGTTAAAAGAAAAGGATA---AC--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATAT-ATTATGAATT-----TAATAAAG-TTT---AAAATGCAAAAA--AAGAAAAAAAGA---------AA---------------------T---TT--A----------AA--TTGGTG--TTT-TAATTGGTT--A-------CTATGTC---A-----T-----TT---T--TTTGTAAAT--AAAATTAa
gi|6 : gttGAAACGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGAA-T-----TAATAAAG-TAA---AAAAT---AAAA--AAG-----AACATAAAAAAATTAT--A-----T-TC-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTTT-TTTGTATTTGGTT--A-------CTA
gi|7 : ttGAAAATGTTAATTATAAGACATGGATA---AG--AGCA-A---GTG---------G---------A-T----------------ATATAATAAAGTGGA-A-----TAATAAAC-T-T---ACATT---AAAA--AAA-----TGTT---------TCT--A-----T-TT-----T-TTTTCTT--C----------AA--TCAG-----TT-TA-ATGGTT--A-------CTATG-----aaaaacaaaattaaaaa
gi|8 : agttGAAAAGCTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAG-TAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAGA---------TAT--A-----T-AT-----T-TT---TT--A----------AA--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATT---T-----TT---T--TT--TAA----AAAAtcaaacattgttgttttaataa
gi|9 : tGAAAACATTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAAA-G---GCG---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----TAATAATG-TTT---ATATT---AA------------AATA---------TCT--A-----T-TT-----G-TT---TA--A----------AA--TCAGT-T-TTA-TAATTGACA--A-------CT-TG-----GTCAT-T-----TT---T--TT--TAAAAT-AAAATTAaaaaaga
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111111111111111111 33333333333333333 1111
lowQualScore : 111 11 1 111 777777777 444444444 1 8888888888888888 22 0 0 1 55555 5555555 333 444444444444444444444444 22 22222 33 333333 111 22 5555555555 11 22 1 1 11 4444444 11111111111111111 222 33 22 5555
lowQualScore : ... .. . ... ......... ......... . ................ .. . . . ..... ....... ... ........................ .. ..... .. ...... ... .. .......... .. .. . . .. ....... ................. ... .. .. ....
lowQualScore : 888 44 0 888 777777777 111111111 0 6666666666666666 44 2 7 0 11111 6666666 111 999999999999999999999999 66 88888 55 999999 999 77 0000000000 66 88 2 2 99 5555555 00000000000000000 777 77 11 0000
consensus : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTNT---AAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
Reference ( family-1409 ) : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTNT---ANAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
gi|1 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AC--AATC-G---GTGT--------GTATACATGTA-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TGATAAAGTTT---ACCAT---GAGT--GA------AAT-T---------TCT--A-----T-TG-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGTTTTGAATCATATCTATGTC---A-----T-----TT---T--TT--AAAGCATAAAATTA
gi|10 : ttGAAAAGTTTTGTTATAAGAAGCAGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-TATA-------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGCAGTTT---ACATT---AAAA--A------------------------------------------TG---TT--A----------T--A--TTAGTG--TTT-AAATTGGTT--A-------CTATGTCATTA-----T-----TTATAT--TT--TAATG--AAAATTgaa
gi|11 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAggaaaa
gi|12 : ttGAAAAGGTTTGTTATCAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GGG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TGATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAaaataaaaa
gi|13 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaataaaaa
gi|14 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TTAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|15 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|16 : ttGAAAAGATTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGATTAA-A-----TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|17 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaa
gi|18 : ttAAAGGTTTGTTATAAAAAGTGGATT---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAACAAAGTAT---ACAAT---AAAA--A-------AAG-A---------TAT--A-----TACA-----TTT---TT--A----------A--G--TCAGTTT-TGT-TATTTGGTT--A-------CTTTG-----A-----aaaa
gi|19 : ttGAAAAGGTTTGCTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----GAATAAAGTAT---GTAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TTA-A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----G-----T-----TT---T--AT--TGA----AAAATTAcataaataaaataagaaaa
gi|2 : GAAAACGCTTGTTATAAGATTTGGATA---AGCTAAGA-ATATGTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGGTGGA-G-----TAATAAAGTTC---ACATT---AAAA--------------A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TC--AATTATTTTTCA--A--TCAGT-T-TTT-TAATTTGTT--A-------CTATGTTT--A-----TAGC--TT---T--TT--TAA----AAGA
gi|20 : gttGAAAAGGTTT-TTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------T-T----------------ATATA--AAGAT----T-----AAATAA----T---AAAGT---AACA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT------------------A--A--TCAGTGA-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--CAA----AAAATTAaataaatc
gi|21 : gttGAAAACGTGTGTTATAAGAAGTGGAAA---AG--AAAC-A---ATG---------G---------A-T----------------ATGTA--GAGATACA-T-----TAATAAAGTAT---AAAAT---AAAA--AAG-----GAA----------------A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CT--------------T-----TA---T--TT--TAAAAGTAAAATTAaattaaaaa
gi|22 : tGAAAAGGTTTGTTATA---------T-----G--AAGA-G---GTG---------G---------C-T----------------ATATA--AAGCTGCA-T-----GAATAAAGTTT---AAAAT---TAAA--AAA-----AAA-A---------AAC--A-----T-TT-----GTT---T-----------------A--TTTTTTTGTTT-TAATTGGTT--A-------CTATGCC---ATTC--T-----TT---T--TT--TAA----AAAATgaaa
gi|23 : tGAAAAGATTAGTTGTAAAAAATGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------AAATA--AAGATGCA-T-----TTATAAAGTAT---AAAAT---AAAA--AA------AAT-A---------TAC--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--AA-TCAGTGT-TTT-TATTTGGTA--A-------CTATA-----T-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATaaaattaga
gi|24 : ctAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGAAGTAT---ACAAT---AA----------------------------C--A-----C-TT-----TTT---TT--A----------A--AATTCAGTGT-TAT-TATTTGATT--A-------CTATG-----T-----T-----TG---T--TT--TAA----AATAT
gi|25 : tGGATA---AA--AAGA-G---GTGCCGTT----A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----AAATACAGTAT---AAAGT---AAAA--AAA-----AAA-G---------AAT--A-----T-TT-----TGT---TA--A----------T--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATATT-T-----TT---T--TT--TAA----AAAaaaattagaa
gi|26 : gaAAAGTATTTTATAAGAAGTGGATA---G----AGATG---GTG---------G---------A-T----------------TTATA--AAGACACA-T-----TAATAAAGTTT---ATATT---AA------------AAC-A---------CAT--T-----T-TTGCTCCTTT---TT--T----------T--A--TCAGTGT-TTT-AATTtaaaattagaaaa
gi|27 : gttgAAAAGTTTGCTATGAGAAGTGGATA---CG--AAGA-C---GTA---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----AAATAAAGTAC---AAAAT---AAAA--CAA-----AAA-A---------TAA--A-----T-TT-----CTT---TA--A----------A--A--ACA-------------TGCTT--A--------TATG-----A-----TATA--TT---T--TT--TAA----AGAATactttgtgaaacatctaaaaaaata
gi|28 : GAAAATGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AA--TAGA-A---GTG---------G---------A-T----------------GTATA--AAGATG-A-C-----TA------TCT-----------------------------------------T--A-----T-TT------------T--A----------AAAA--CCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----TATAAATG---T--TT--TAA----AAAAaaaataag
gi|29 : gttAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGACA---CG--AAGA-G---ATG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TGATAAAGTT-------AT---AAAG------------------------TAT--A------------------------A----------A--A--ACATT-T-TTT-TATT-GGTT--A-------ATATGTC---A-----T-----TT---TT-TT--TAA----AAAATaataatagaaaaa
gi|3 : tcGAAAATGATTGTTTTAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAATTT---AAAATA--AAAA--AAA-----AAG-A---------GAT--A-----A-TT-----TTA---TTAAA----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTG--A-------CTAAG-----T-----C-----TT---TGATA--TAA----AAAgaaataaga
gi|30 : cGAAGAGGTGTGTTTTAATAAGTGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AATATGCA-T-----CAATAAAGCATCAAATAAT---AATA--ATA-----AAG-A---------TAT--A-----TATT-----TCT---TA--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTtagaattaga
gi|31 : ttAAAAGGTGTGCTATAAGAAGTGGATATTAAG--AAAA-T---GTG---------G---------A-T----------------ATATG--AAGATCCA-T-----TAATAAGTTTT---AC-AT---AAAA--AAA-----TCA-A---------TGTCAA-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--
gi|32 : aGGAAAGGTTTGTTATAAGAAGTTTATT---AA--AAGT-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TTATAAAGTTT---AAAAT---AAAACTA-----------A---------TAC--A-----T-AA-----TTT---TT--A----------G--A--TCAGTGT-TTT-AATgataaaattagaaaa
gi|33 : tGAAAAGGTTTGTTGTAAGAAGTGGATA---GA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATAAA--GAGATGCA-T-----TCATAAAGTTT---TAAAT---AAAA--------------A---------TAT--ACCTTTT-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCATTGT-TTT-ggt
gi|34 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AACGTGCA-T-----TTATAAAGTTT---A
gi|35 : GGTCTGTTAATAGGAGTGGATA---AG--ATAA-G---GTG---------G---------A-TATATATATATATATATATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTTA---ACATT---TAAA--AAA-----AActtttaacaaacgtatcacaaccggtgtgtt
gi|36 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-A---ATG---------A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TATTGAAGCTT---AATAT---AAAA--ATG-------GTC---------TAT--A----------------T---TT--A----------A--A--TCAtctctat
gi|37 : AAAAGGTTTTATATAAAAAGTGCATA---AG--AAGA-G---GTG---------T---------A-T----------------ATAAA--AAGATGTA-T-----TAATAA-GTTT---A---------AA--AAG-------------------CAT--A-----T-TT-----TTT---
gi|38 : AAAGGTTTGTTATAAGCAGTGGATA---AG--AAGA-G---ATGACTATATATG---------ACT----------------ATATA--AGGCTGCA-T-----TTACAAAGTTT---ACAatcaa
gi|39 : AA-----AAG-A---------TAT--G-----T-TT-----TAT---TA--A----------A--A--TCAGTGG-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAt
gi|4 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGGTA---AG--AAAA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATTTA--AAGATGAA-TTTTAATAATAAAGTTT---ACATT---AAAC--A-----------A---------TATC-A-----T-TT-----TTT---T--------------A--A--TCAGTG--TTT-TAATTGATA--A-------CCATGTC---AAATATT-----TT---T--TT--TAAT---AAAATtacaaaataagaa
gi|40 : gttAAAAGTTTGTTAAAGGAAGTGAATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------A-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TAACAAAaagaa
gi|5 : gGAAAAGGTTTGTTAAAAGAAAAGGATA---AC--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATAT-ATTATGAATT-----TAATAAAGTTT---AAAATGCAAAAA--AAGAAAAAAAG-A---------AA--------------------T---TT--A----------A--A--TTGGTG--TTT-TAATTGGTT--A-------CTATGTC---A-----T-----TT---T--TTTGTAAAT--AAAATTAa
gi|6 : gttGAAACGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGAA-T-----TAATAAAGTAA---AAAAT---AAAA--AAG-----AAC-ATAAAAAAATTAT--A-----T-TC-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTTT-TTTGTATTTGGTT--A-------CTA
gi|7 : ttGAAAATGTTAATTATAAGACATGGATA---AG--AGCA-A---GTG---------G---------A-T----------------ATATAATAAAGTGGA-A-----TAATAAACT-T---ACATT---AAAA--AAA-----TGT-T---------TCT--A-----T-TT-----TTTTTCTT--C----------A--A--TCAG-----TT-TA-ATGGTT--A-------CTATG-----aaaaacaaaattaaaaa
gi|8 : agttGAAAAGCTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTAG---CAAAT---AAAA--AAG-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATT---T-----TT---T--TT--TAA----AAAAtcaaacattgttgttttaataa
gi|9 : tGAAAACATTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAAA-G---GCG---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----TAATAATGTTT---ATATT---AA------------AAT-A---------TCT--A-----T-TT-----GTT---TA--A----------A--A--TCAGT-T-TTA-TAATTGACA--A-------CT-TG-----GTCAT-T-----TT---T--TT--TAAAAT-AAAATTAaaaaaga
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111111111 33333333333333333 1111
lowQualScore : 111 11 1 111 777777777 444444444 1 8888888888888888 22 0 0 1 55555 44 11 333 1 6666666666666666666666666 22 22222 22 333333 111 222 5555555555 11 22 1 1 11 4444444 11111111111111111 222 33 22 5555
lowQualScore : ... .. . ... ......... ......... . ................ .. . . . ..... .. .. ... . ......................... .. ..... .. ...... ... ... .......... .. .. . . .. ....... ................. ... .. .. ....
lowQualScore : 888 44 0 888 777777777 111111111 0 6666666666666666 44 2 7 0 11111 55 55 111 1 0000000000000000000000000 66 88888 99 222222 999 777 0000000000 66 88 2 2 99 5555555 00000000000000000 777 77 11 0000
consensus : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
Reference ( family-1409 ) : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
gi|1 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AC--AATC-G---GTGT--------GTATACATGTA-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TGATAAAGTT-TACCA--T---GA-GT--GA-------AAT-T---------TCT--A-----T-TG-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGTTTTGAATCATATCTATGTC---A-----T-----TT---T--TT--AAAGCATAAAATTA
gi|10 : ttGAAAAGTTTTGTTATAAGAAGCAGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-TATA-------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGCAGTT-TACAT--T---AA-AA--A-------------------------------------------TG---TT--A----------T--A--TTAGTG--TTT-AAATTGGTT--A-------CTATGTCATTA-----T-----TTATAT--TT--TAATG--AAAATTgaa
gi|11 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAggaaaa
gi|12 : ttGAAAAGGTTTGTTATCAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GGG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TGATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAaaataaaaa
gi|13 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaataaaaa
gi|14 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TTAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|15 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|16 : ttGAAAAGATTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGATTAA-A-----TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|17 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaa
gi|18 : ttAAAGGTTTGTTATAAAAAGTGGATT---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAACAAAGTA-TACAA--T---AA-AA--A--------AAG-A---------TAT--A-----TACA-----TTT---TT--A----------A--G--TCAGTTT-TGT-TATTTGGTT--A-------CTTTG-----A-----aaaa
gi|19 : ttGAAAAGGTTTGCTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----GAATAAAGTA-TGTAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TTA-A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----G-----T-----TT---T--AT--TGA----AAAATTAcataaataaaataagaaaa
gi|2 : GAAAACGCTTGTTATAAGATTTGGATA---AGCTAAGA-ATATGTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGGTGGA-G-----TAATAAAGTT-CACAT--T---AA-AA---------------A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TC--AATTATTTTTCA--A--TCAGT-T-TTT-TAATTTGTT--A-------CTATGTTT--A-----TAGC--TT---T--TT--TAA----AAGA
gi|20 : gttGAAAAGGTTT-TTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------T-T----------------ATATA--AAGAT----T-----AAATAA-----TAAAG--T---AA-CA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT------------------A--A--TCAGTGA-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--CAA----AAAATTAaataaatc
gi|21 : gttGAAAACGTGTGTTATAAGAAGTGGAAA---AG--AAAC-A---ATG---------G---------A-T----------------ATGTA--GAGATACA-T-----TAATAAAGTA-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----GAA----------------A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CT--------------T-----TA---T--TT--TAAAAGTAAAATTAaattaaaaa
gi|22 : tGAAAAGGTTTGTTATA---------T-----G--AAGA-G---GTG---------G---------C-T----------------ATATA--AAGCTGCA-T-----GAATAAAGTT-TAAAA--T---TA-AA--AA-A-----AAA-A---------AAC--A-----T-TT-----GTT---T-----------------A--TTTTTTTGTTT-TAATTGGTT--A-------CTATGCC---ATTC--T-----TT---T--TT--TAA----AAAATgaaa
gi|23 : tGAAAAGATTAGTTGTAAAAAATGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------AAATA--AAGATGCA-T-----TTATAAAGTA-TAAAA--T---AA-AA--AA-------AAT-A---------TAC--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--AA-TCAGTGT-TTT-TATTTGGTA--A-------CTATA-----T-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATaaaattaga
gi|24 : ctAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGAAGTA-TACAA--T---AA------------------------------C--A-----C-TT-----TTT---TT--A----------A--AATTCAGTGT-TAT-TATTTGATT--A-------CTATG-----T-----T-----TG---T--TT--TAA----AATAT
gi|25 : tGGATA---AA--AAGA-G---GTGCCGTT----A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----AAATACAGTA-TAAAG--T---AA-AA--AA-A-----AAA-G---------AAT--A-----T-TT-----TGT---TA--A----------T--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATATT-T-----TT---T--TT--TAA----AAAaaaattagaa
gi|26 : gaAAAGTATTTTATAAGAAGTGGATA---G----AGATG---GTG---------G---------A-T----------------TTATA--AAGACACA-T-----TAATAAAGTT-TATAT--T---AA--------------AAC-A---------CAT--T-----T-TTGCTCCTTT---TT--T----------T--A--TCAGTGT-TTT-AATTtaaaattagaaaa
gi|27 : gttgAAAAGTTTGCTATGAGAAGTGGATA---CG--AAGA-C---GTA---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----AAATAAAGTA-CAAAA--T---AA-AA--CA-A-----AAA-A---------TAA--A-----T-TT-----CTT---TA--A----------A--A--ACA-------------TGCTT--A--------TATG-----A-----TATA--TT---T--TT--TAA----AGAATactttgtgaaacatctaaaaaaata
gi|28 : GAAAATGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AA--TAGA-A---GTG---------G---------A-T----------------GTATA--AAGATG-A-C-----TA------TC-T------------------------------------------T--A-----T-TT------------T--A----------AAAA--CCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----TATAAATG---T--TT--TAA----AAAAaaaataag
gi|29 : gttAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGACA---CG--AAGA-G---ATG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TGATAAAGTTATAAAG--T---AT-AA--AA----------------------AC--A-----T-TT-----TTT---T---------------------------------ATT-GGTT--A-------ATATGTC---A-----T-----TT---TT-TT--TAA----AAAATaataatagaaaaa
gi|3 : tcGAAAATGATTGTTTTAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAATT-TAAAA--TA--AA-AA--AA-A-----AAG-A---------GAT--A-----A-TT-----TTA---TTAAA----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTG--A-------CTAAG-----T-----C-----TT---TGATA--TAA----AAAgaaataaga
gi|30 : cGAAGAGGTGTGTTTTAATAAGTGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AATATGCA-T-----CAATAAAGCA-TCAAA--T---AATAAT-AATA-----AAG-A---------TAT--A-----TATT-----TCT---TA--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTtagaattaga
gi|31 : ttAAAAGGTGTGCTATAAGAAGTGGATATTAAG--AAAA-T---GTG---------G---------A-T----------------ATATG--AAGATCCA-T-----TAAT-AAGTT-TTACA--T---AA-AA--AA-A-----TCA-A---------TGTCAA-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--
gi|32 : aGGAAAGGTTTGTTATAAGAAGTTTATT---AA--AAGT-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TTATAAAGTT-TAAAA--T---AA-AACTA------------A---------TAC--A-----T-AA-----TTT---TT--A----------G--A--TCAGTGT-TTT-AATgataaaattagaaaa
gi|33 : tGAAAAGGTTTGTTGTAAGAAGTGGATA---GA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATAAA--GAGATGCA-T-----TCATAAAGTT-TTAAA--T---AA-AA---------------A---------TAT--ACCTTTT-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCATTGT-TTT-ggt
gi|34 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AACGTGCA-T-----TTATAAAGTT-TA
gi|35 : GGTCTGTTAATAGGAGTGGATA---AG--ATAA-G---GTG---------G---------A-TATATATATATATATATATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGT--TAACATTT---AA-AA--AA-A-----Acttttaacaaacgtatcacaaccggtgtgtt
gi|36 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-A---ATG---------A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TATTGAAGCT-TAATA--T---AA-AA--AT-G-------GTC---------TAT--A----------------T---TT--A----------A--A--TCAtctctat
gi|37 : AAAAGGTTTTATATAAAAAGTGCATA---AG--AAGA-G---GTG---------T---------A-T----------------ATAAA--AAGATGTA-T-----TAATAA-GTT-TAAAA-----------------------AG-----------CAT--A-----T-TT-----TTT---
gi|38 : AAAGGTTTGTTATAAGCAGTGGATA---AG--AAGA-G---ATGACTATATATG---------ACT----------------ATATA--AGGCTGCA-T-----TTACAAAGTT-TAatcaa
gi|39 : A-A-----AAG-A---------TAT--G-----T-TT-----TAT---TA--A----------A--A--TCAGTGG-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAcat
gi|4 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGGTA---AG--AAAA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATTTA--AAGATGAA-TTTTAATAATAAAGTT-TACAT--T---AA-AC--A------------A---------TATC-A-----T-TT-----TTT---T--------------A--A--TCAGTG--TTT-TAATTGATA--A-------CCATGTC---AAATATT-----TT---T--TT--TAAT---AAAATtacaaaataagaa
gi|40 : gttAAAAGTTTGTTAAAGGAAGTGAATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------A-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TAACAAAaagaa
gi|5 : gGAAAAGGTTTGTTAAAAGAAAAGGATA---AC--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATAT-ATTATGAATT-----TAATAAAGTT-TAAAA--TGCAAA-AA--AA-GAAAAAAAG-A---------AA--------------------T---TT--A----------A--A--TTGGTG--TTT-TAATTGGTT--A-------CTATGTC---A-----T-----TT---T--TTTGTAAAT--AAAATTAa
gi|6 : gttGAAACGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGAA-T-----TAATAAAGTA-AAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAC-ATAAAAAAATTAT--A-----T-TC-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTTT-TTTGTATTTGGTT--A-------CTA
gi|7 : ttGAAAATGTTAATTATAAGACATGGATA---AG--AGCA-A---GTG---------G---------A-T----------------ATATAATAAAGTGGA-A-----TAATAAACT--TACAT--T---AA-AA--AA-A-----TGT-T---------TCT--A-----T-TT-----TTTTTCTT--C----------A--A--TCAG-----TT-TA-ATGGTT--A-------CTATG-----aaaaacaaaattaaaaa
gi|8 : agttGAAAAGCTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATT---T-----TT---T--TT--TAA----AAAAtcaaacattgttgttttaataa
gi|9 : tGAAAACATTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAAA-G---GCG---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----TAATAATGTT-TATAT--T---AA--------------AAT-A---------TCT--A-----T-TT-----GTT---TA--A----------A--A--TCAGT-T-TTA-TAATTGACA--A-------CT-TG-----GTCAT-T-----TT---T--TT--TAAAAT-AAAATTAaaaaaga
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111111111 33333333333333333 1111
lowQualScore : 111 11 1 111 777777777 444444444 1 8888888888888888 22 0 0 1 55555 44 11 333 1 6666666666666666666666666 22 22222 22 333333 111 222 5555555555 11 22 1 1 11 4444444 11111111111111111 222 33 22 5555
lowQualScore : ... .. . ... ......... ......... . ................ .. . . . ..... .. .. ... . ......................... .. ..... .. ...... ... ... .......... .. .. . . .. ....... ................. ... .. .. ....
lowQualScore : 888 44 0 888 777777777 111111111 0 6666666666666666 44 2 7 0 11111 55 55 111 1 0000000000000000000000000 66 88888 99 222222 999 777 0000000000 66 88 2 2 99 5555555 00000000000000000 777 77 11 0000
consensus : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
Reference ( family-1409 ) : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
gi|1 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AC--AATC-G---GTGT--------GTATACATGTA-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TGATAAAGTT-TACCA--T---GA-GT--GA-------AAT-T---------TCT--A-----T-TG-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGTTTTGAATCATATCTATGTC---A-----T-----TT---T--TT--AAAGCATAAAATTA
gi|10 : ttGAAAAGTTTTGTTATAAGAAGCAGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-TATA-------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGCAGTT-TACAT--T---AA-AA--A-------------------------------------------TG---TT--A----------T--A--TTAGTG--TTT-AAATTGGTT--A-------CTATGTCATTA-----T-----TTATAT--TT--TAATG--AAAATTgaa
gi|11 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAggaaaa
gi|12 : ttGAAAAGGTTTGTTATCAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GGG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TGATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAaaataaaaa
gi|13 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaataaaaa
gi|14 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TTAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|15 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|16 : ttGAAAAGATTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGATTAA-A-----TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|17 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaa
gi|18 : ttAAAGGTTTGTTATAAAAAGTGGATT---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAACAAAGTA-TACAA--T---AA-AA--A--------AAG-A---------TAT--A-----TACA-----TTT---TT--A----------A--G--TCAGTTT-TGT-TATTTGGTT--A-------CTTTG-----A-----aaaa
gi|19 : ttGAAAAGGTTTGCTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----GAATAAAGTA-TGTAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TTA-A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----G-----T-----TT---T--AT--TGA----AAAATTAcataaataaaataagaaaa
gi|2 : GAAAACGCTTGTTATAAGATTTGGATA---AGCTAAGA-ATATGTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGGTGGA-G-----TAATAAAGTT-CACAT--T---AA-AA---------------A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TC--AATTATTTTTCA--A--TCAGT-T-TTT-TAATTTGTT--A-------CTATGTTT--A-----TAGC--TT---T--TT--TAA----AAGA
gi|20 : gttGAAAAGGTTT-TTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------T-T----------------ATATA--AAGAT----T-----AAATAA-----TAAAG--T---AA-CA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT------------------A--A--TCAGTGA-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--CAA----AAAATTAaataaatc
gi|21 : gttGAAAACGTGTGTTATAAGAAGTGGAAA---AG--AAAC-A---ATG---------G---------A-T----------------ATGTA--GAGATACA-T-----TAATAAAGTA-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----GAA----------------A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CT--------------T-----TA---T--TT--TAAAAGTAAAATTAaattaaaaa
gi|22 : tGAAAAGGTTTGTTATA---------T-----G--AAGA-G---GTG---------G---------C-T----------------ATATA--AAGCTGCA-T-----GAATAAAGTT-TAAAA--T---TA-AA--AA-A-----AAA-A---------AAC--A-----T-TT-----GTT---T-----------------A--TTTTTTTGTTT-TAATTGGTT--A-------CTATGCC---ATTC--T-----TT---T--TT--TAA----AAAATgaaa
gi|23 : tGAAAAGATTAGTTGTAAAAAATGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------AAATA--AAGATGCA-T-----TTATAAAGTA-TAAAA--T---AA-AA--AA-------AAT-A---------TAC--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--AA-TCAGTGT-TTT-TATTTGGTA--A-------CTATA-----T-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATaaaattaga
gi|24 : ctAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGAAGTA-TACAA--T---AA------------------------------C--A-----C-TT-----TTT---TT--A----------A--AATTCAGTGT-TAT-TATTTGATT--A-------CTATG-----T-----T-----TG---T--TT--TAA----AATAT
gi|25 : tGGATA---AA--AAGA-G---GTGCCGTT----A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----AAATACAGTA-TAAAG--T---AA-AA--AA-A-----AAA-G---------AAT--A-----T-TT-----TGT---TA--A----------T--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATATT-T-----TT---T--TT--TAA----AAAaaaattagaa
gi|26 : gaAAAGTATTTTATAAGAAGTGGATA---G----AGATG---GTG---------G---------A-T----------------TTATA--AAGACACA-T-----TAATAAAGTT-TATAT--T---AA--------------AAC-A---------CAT--T-----T-TTGCTCCTTT---TT--T----------T--A--TCAGTGT-TTT-AATTtaaaattagaaaa
gi|27 : gttgAAAAGTTTGCTATGAGAAGTGGATA---CG--AAGA-C---GTA---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----AAATAAAGTA-CAAAA--T---AA-AA--CA-A-----AAA-A---------TAA--A-----T-TT-----CTT---TA--A----------A--A--ACA-------------TGCTT--A--------TATG-----A-----TATA--TT---T--TT--TAA----AGAATactttgtgaaacatctaaaaaaata
gi|28 : GAAAATGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AA--TAGA-A---GTG---------G---------A-T----------------GTATA--AAGATG-A-C-----TA------TC-T------------------------------------------T--A-----T-TT------------T--A----------AAAA--CCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----TATAAATG---T--TT--TAA----AAAAaaaataag
gi|29 : gttAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGACA---CG--AAGA-G---ATG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TGATAAAGTTATAAAG--T---AT-AA--AA----------------------AC--A-----T-TT-----TTT---T---------------------------------ATT-GGTT--A-------ATATGTC---A-----T-----TT---TT-TT--TAA----AAAATaataatagaaaaa
gi|3 : tcGAAAATGATTGTTTTAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAATT-TAAAA--TA--AA-AA--AA-A-----AAG-A---------GAT--A-----A-TT-----TTA---TTAAA----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTG--A-------CTAAG-----T-----C-----TT---TGATA--TAA----AAAgaaataaga
gi|30 : cGAAGAGGTGTGTTTTAATAAGTGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AATATGCA-T-----CAATAAAGCA-TCAAA--T---AATAAT-AATA-----AAG-A---------TAT--A-----TATT-----TCT---TA--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTtagaattaga
gi|31 : ttAAAAGGTGTGCTATAAGAAGTGGATATTAAG--AAAA-T---GTG---------G---------A-T----------------ATATG--AAGATCCA-T-----TAAT-AAGTT-TTACA--T---AA-AA--AA-A-----TCA-A---------TGTCAA-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--
gi|32 : aGGAAAGGTTTGTTATAAGAAGTTTATT---AA--AAGT-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TTATAAAGTT-TAAAA--T---AA-AACTA------------A---------TAC--A-----T-AA-----TTT---TT--A----------G--A--TCAGTGT-TTT-AATgataaaattagaaaa
gi|33 : tGAAAAGGTTTGTTGTAAGAAGTGGATA---GA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATAAA--GAGATGCA-T-----TCATAAAGTT-TTAAA--T---AA-AA---------------A---------TAT--ACCTTTT-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCATTGT-TTT-ggt
gi|34 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AACGTGCA-T-----TTATAAAGTT-TA
gi|35 : GGTCTGTTAATAGGAGTGGATA---AG--ATAA-G---GTG---------G---------A-TATATATATATATATATATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGT--TAACATTT---AA-AA--AA-A-----Acttttaacaaacgtatcacaaccggtgtgtt
gi|36 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-A---ATG---------A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TATTGAAGCT-TAATA--T---AA-AA--AT-G-------GTC---------TAT--A----------------T---TT--A----------A--A--TCAtctctat
gi|37 : AAAAGGTTTTATATAAAAAGTGCATA---AG--AAGA-G---GTG---------T---------A-T----------------ATAAA--AAGATGTA-T-----TAATAA-GTT-TAAAA-----------------------AG-----------CAT--A-----T-TT-----TTT---
gi|38 : AAAGGTTTGTTATAAGCAGTGGATA---AG--AAGA-G---ATGACTATATATG---------ACT----------------ATATA--AGGCTGCA-T-----TTACAAAGTT-TAatcaa
gi|39 : A-A-----AAG-A---------TAT--G-----T-TT-----TAT---TA--A----------A--A--TCAGTGG-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAcat
gi|4 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGGTA---AG--AAAA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATTTA--AAGATGAA-TTTTAATAATAAAGTT-TACAT--T---AA-AC--A------------A---------TATC-A-----T-TT-----TTT---T--------------A--A--TCAGTG--TTT-TAATTGATA--A-------CCATGTC---AAATATT-----TT---T--TT--TAAT---AAAATtacaaaataagaa
gi|40 : gttAAAAGTTTGTTAAAGGAAGTGAATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------A-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TAACAAAaagaa
gi|5 : gGAAAAGGTTTGTTAAAAGAAAAGGATA---AC--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATAT-ATTATGAATT-----TAATAAAGTT-TAAAA--TGCAAA-AA--AA-GAAAAAAAG-A---------AA--------------------T---TT--A----------A--A--TTGGTG--TTT-TAATTGGTT--A-------CTATGTC---A-----T-----TT---T--TTTGTAAAT--AAAATTAa
gi|6 : gttGAAACGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGAA-T-----TAATAAAGTA-AAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAC-ATAAAAAAATTAT--A-----T-TC-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTTT-TTTGTATTTGGTT--A-------CTA
gi|7 : ttGAAAATGTTAATTATAAGACATGGATA---AG--AGCA-A---GTG---------G---------A-T----------------ATATAATAAAGTGGA-A-----TAATAAACT--TACAT--T---AA-AA--AA-A-----TGT-T---------TCT--A-----T-TT-----TTTTTCTT--C----------A--A--TCAG-----TT-TA-ATGGTT--A-------CTATG-----aaaaacaaaattaaaaa
gi|8 : agttGAAAAGCTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATT---T-----TT---T--TT--TAA----AAAAtcaaacattgttgttttaataa
gi|9 : tGAAAACATTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAAA-G---GCG---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----TAATAATGTT-TATAT--T---AA--------------AAT-A---------TCT--A-----T-TT-----GTT---TA--A----------A--A--TCAGT-T-TTA-TAATTGACA--A-------CT-TG-----GTCAT-T-----TT---T--TT--TAAAAT-AAAATTAaaaaaga
blockSeqs : TTA CT T TAT ACTATATAT . C ATATATATATATATAT AT T TTTAA TA TT GCA T AAGAACATAAAAAAAT CA CCTTT AC GCTCCT TTC TAA ATTATTTTTC AA AT G G . . TCAAATATT ATA GA TG AAGT
blockSeqs : . . . . CCGTT . . ATA T . AAA T . A . AAGAAAAAAAGA C . AT A . TA . . A . . . . TTTATAGC . T . AAT
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA A . . . TAATAAAGA . . A A . T . . . . . . . TCATTAT . . . TG
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA A . . . AAGAAGA . . A A . T . . . . . . . CCATTCT . . . AT
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA A . . . AAGAAGA . . A A . T . . . . . . . ATATAAA . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA A . . . AAGAAGA . . A A . T . . . . . . . ATATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA A . . . AAGAAGA . . A A . T . . . . . . . GTCATT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AAA A . . . AAGAAGA . . A T . T . . . . . . . ATATA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAGAAGA . . A T . T . . . . . . . TCAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAGAAGA . . T T . T . . . . . . . TCAT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAGAAGA . . T T . T . . . . . . . ATTT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AAGAAGA . . A T . C . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAAAAAA . . T T . T . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AAAAAAG . . T G . T . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . CAAAAAA . . T T . T . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAAAAGA . . T T . A . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAATCAA . . T T . T . . . . . . . GT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AAATGTT . . T C . A . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . AAGAAGA . . T T . T . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . AAGGAA . . T T . A . . . . . . . TT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AAAATA . . T T . T . . . . . . . TC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . ATGGTC . . T T . T . . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AAAGA . . T T . T . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AACA . . A T . T . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . CTAA . . T T . A . . . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AATA . . T T . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AA . . T T . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AG . . T T . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . AA . . T T . T . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . A . . T T . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . A . . A G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . A . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ********* ********* AAGAAGA****************** ** ******* AT*************** ****
originalCons : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
finalCons : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AAAAGAAGA------------------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATGAT---------------TT---T--TT--TAA----AAAATTA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111111111111111111111 33333333333333333 1111
lowQualScore : 111 11 1 111 777777777 444444444 1 8888888888888888 22 0 0 1 55555 44 11 333 1 6666666666666666666666666 22 22222 22 333333 111 222 5555555555 11 22 1 1 11 4444444 11111111111111111 222 33 22 5555
lowQualScore : ... .. . ... ......... ......... . ................ .. . . . ..... .. .. ... . ......................... .. ..... .. ...... ... ... .......... .. .. . . .. ....... ................. ... .. .. ....
lowQualScore : 888 44 0 888 777777777 111111111 0 6666666666666666 44 2 7 0 11111 55 55 111 1 0000000000000000000000000 66 88888 99 222222 999 777 0000000000 66 88 2 2 99 5555555 00000000000000000 777 77 11 0000
consensus : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
Reference ( family-1409 ) : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGTN-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATTA
gi|1 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AC--AATC-G---GTGT--------GTATACATGTA-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TGATAAAGTT-TACCA--T---GA-GT--GA-------AAT-T---------TCT--A-----T-TG-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGTTTTGAATCATATCTATGTC---A-----T-----TT---T--TT--AAAGCATAAAATTA
gi|10 : ttGAAAAGTTTTGTTATAAGAAGCAGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-TATA-------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGCAGTT-TACAT--T---AA-AA--A-------------------------------------------TG---TT--A----------T--A--TTAGTG--TTT-AAATTGGTT--A-------CTATGTCATTA-----T-----TTATAT--TT--TAATG--AAAATTgaa
gi|11 : gttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAggaaaa
gi|12 : ttGAAAAGGTTTGTTATCAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GGG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TGATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A------------T---T--TT--TAA----AAAAaaataaaaa
gi|13 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaataaaaa
gi|14 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TTAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|15 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|16 : ttGAAAAGATTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGATTAA-A-----TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----ATT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaaa
gi|17 : ttGAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TA--AAA----AAAATaaaa
gi|18 : ttAAAGGTTTGTTATAAAAAGTGGATT---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAACAAAGTA-TACAA--T---AA-AA--A--------AAG-A---------TAT--A-----TACA-----TTT---TT--A----------A--G--TCAGTTT-TGT-TATTTGGTT--A-------CTTTG-----A-----aaaa
gi|19 : ttGAAAAGGTTTGCTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----GAATAAAGTA-TGTAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TTA-A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----G-----T-----TT---T--AT--TGA----AAAATTAcataaataaaataagaaaa
gi|2 : GAAAACGCTTGTTATAAGATTTGGATA---AGCTAAGA-ATATGTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGGTGGA-G-----TAATAAAGTT-CACAT--T---AA-AA---------------A---------TAT--A-----T-TT-----TTT---TC--AATTATTTTTCA--A--TCAGT-T-TTT-TAATTTGTT--A-------CTATGTTT--A-----TAGC--TT---T--TT--TAA----AAGA
gi|20 : gttGAAAAGGTTT-TTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------T-T----------------ATATA--AAGAT----T-----AAATAA-----TAAAG--T---AA-CA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT------------------A--A--TCAGTGA-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--CAA----AAAATTAaataaatc
gi|21 : gttGAAAACGTGTGTTATAAGAAGTGGAAA---AG--AAAC-A---ATG---------G---------A-T----------------ATGTA--GAGATACA-T-----TAATAAAGTA-TAAAA--T---AA-AA--AA-G-----GAA----------------A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CT--------------T-----TA---T--TT--TAAAAGTAAAATTAaattaaaaa
gi|22 : tGAAAAGGTTTGTTATA---------T-----G--AAGA-G---GTG---------G---------C-T----------------ATATA--AAGCTGCA-T-----GAATAAAGTT-TAAAA--T---TA-AA--AA-A-----AAA-A---------AAC--A-----T-TT-----GTT---T-----------------A--TTTTTTTGTTT-TAATTGGTT--A-------CTATGCC---ATTC--T-----TT---T--TT--TAA----AAAATgaaa
gi|23 : tGAAAAGATTAGTTGTAAAAAATGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------AAATA--AAGATGCA-T-----TTATAAAGTA-TAAAA--T---AA-AA--AA-------AAT-A---------TAC--A-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--AA-TCAGTGT-TTT-TATTTGGTA--A-------CTATA-----T-----T-----TT---T--TT--TAA----AAAATaaaattaga
gi|24 : ctAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATGAAGTA-TACAA--T---AA------------------------------C--A-----C-TT-----TTT---TT--A----------A--AATTCAGTGT-TAT-TATTTGATT--A-------CTATG-----T-----T-----TG---T--TT--TAA----AATAT
gi|25 : tGGATA---AA--AAGA-G---GTGCCGTT----A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----AAATACAGTA-TAAAG--T---AA-AA--AA-A-----AAA-G---------AAT--A-----T-TT-----TGT---TA--A----------T--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATATT-T-----TT---T--TT--TAA----AAAaaaattagaa
gi|26 : gaAAAGTATTTTATAAGAAGTGGATA---G----AGATG---GTG---------G---------A-T----------------TTATA--AAGACACA-T-----TAATAAAGTT-TATAT--T---AA--------------AAC-A---------CAT--T-----T-TTGCTCCTTT---TT--T----------T--A--TCAGTGT-TTT-AATTtaaaattagaaaa
gi|27 : gttgAAAAGTTTGCTATGAGAAGTGGATA---CG--AAGA-C---GTA---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----AAATAAAGTA-CAAAA--T---AA-AA--CA-A-----AAA-A---------TAA--A-----T-TT-----CTT---TA--A----------A--A--ACA-------------TGCTT--A--------TATG-----A-----TATA--TT---T--TT--TAA----AGAATactttgtgaaacatctaaaaaaata
gi|28 : GAAAATGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AA--TAGA-A---GTG---------G---------A-T----------------GTATA--AAGATG-A-C-----TA------TC-T------------------------------------------T--A-----T-TT------------T--A----------AAAA--CCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----TATAAATG---T--TT--TAA----AAAAaaaataag
gi|29 : gttAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGACA---CG--AAGA-G---ATG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TGATAAAGTTATAAAG--T---AT-AA--AA----------------------AC--A-----T-TT-----TTT---T---------------------------------ATT-GGTT--A-------ATATGTC---A-----T-----TT---TT-TT--TAA----AAAATaataatagaaaaa
gi|3 : tcGAAAATGATTGTTTTAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAATT-TAAAA--TA--AA-AA--AA-A-----AAG-A---------GAT--A-----A-TT-----TTA---TTAAA----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTG--A-------CTAAG-----T-----C-----TT---TGATA--TAA----AAAgaaataaga
gi|30 : cGAAGAGGTGTGTTTTAATAAGTGGATA---AA--AAGA-G---GTG---------G---------G-T----------------ATATA--AATATGCA-T-----CAATAAAGCA-TCAAA--T---AATAAT-AATA-----AAG-A---------TAT--A-----TATT-----TCT---TA--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTtagaattaga
gi|31 : ttAAAAGGTGTGCTATAAGAAGTGGATATTAAG--AAAA-T---GTG---------G---------A-T----------------ATATG--AAGATCCA-T-----TAAT-AAGTT-TTACA--T---AA-AA--AA-A-----TCA-A---------TGTCAA-----T-TT-----TTT---TT--A----------A--
gi|32 : aGGAAAGGTTTGTTATAAGAAGTTTATT---AA--AAGT-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATACA-T-----TTATAAAGTT-TAAAA--T---AA-AACTA------------A---------TAC--A-----T-AA-----TTT---TT--A----------G--A--TCAGTGT-TTT-AATgataaaattagaaaa
gi|33 : tGAAAAGGTTTGTTGTAAGAAGTGGATA---GA--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATAAA--GAGATGCA-T-----TCATAAAGTT-TTAAA--T---AA-AA---------------A---------TAT--ACCTTTT-TT-----TTT---TT--A----------A--A--TCATTGT-TTT-ggt
gi|34 : tGAAAAGGTTTGTTATAAGAAATGGATA---AG--AAGA-G---GTT---------G---------A-T----------------ATATA--AACGTGCA-T-----TTATAAAGTT-TA
gi|35 : GGTCTGTTAATAGGAGTGGATA---AG--ATAA-G---GTG---------G---------A-TATATATATATATATATATATA--AAGATGCA-T-----TAATAAAGT--TAACATTT---AA-AA--AA-A-----Acttttaacaaacgtatcacaaccggtgtgtt
gi|36 : AAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-A---ATG---------A---------A-T----------------ATATA--AAGATGCA-T-----TATTGAAGCT-TAATA--T---AA-AA--AT-G-------GTC---------TAT--A----------------T---TT--A----------A--A--TCAtctctat
gi|37 : AAAAGGTTTTATATAAAAAGTGCATA---AG--AAGA-G---GTG---------T---------A-T----------------ATAAA--AAGATGTA-T-----TAATAA-GTT-TAAAA-----------------------AG-----------CAT--A-----T-TT-----TTT---
gi|38 : AAAGGTTTGTTATAAGCAGTGGATA---AG--AAGA-G---ATGACTATATATG---------ACT----------------ATATA--AGGCTGCA-T-----TTACAAAGTT-TAatcaa
gi|39 : A-A-----AAG-A---------TAT--G-----T-TT-----TAT---TA--A----------A--A--TCAGTGG-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----A-----T-----TT---T--TT--TAA----AAcat
gi|4 : GAAAAGGTTTGTTATAAGAAGTGGGTA---AG--AAAA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATTTA--AAGATGAA-TTTTAATAATAAAGTT-TACAT--T---AA-AC--A------------A---------TATC-A-----T-TT-----TTT---T--------------A--A--TCAGTG--TTT-TAATTGATA--A-------CCATGTC---AAATATT-----TT---T--TT--TAAT---AAAATtacaaaataagaa
gi|40 : gttAAAAGTTTGTTAAAGGAAGTGAATA---AG--AAGA-G---GTG---------A---------A-T----------------ATAAA--AAGATGCA-T-----TAACAAAaagaa
gi|5 : gGAAAAGGTTTGTTAAAAGAAAAGGATA---AC--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATAT-ATTATGAATT-----TAATAAAGTT-TAAAA--TGCAAA-AA--AA-GAAAAAAAG-A---------AA--------------------T---TT--A----------A--A--TTGGTG--TTT-TAATTGGTT--A-------CTATGTC---A-----T-----TT---T--TTTGTAAAT--AAAATTAa
gi|6 : gttGAAACGGTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------A-T----------------ATATA--AAGATGAA-T-----TAATAAAGTA-AAAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAC-ATAAAAAAATTAT--A-----T-TC-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTTT-TTTGTATTTGGTT--A-------CTA
gi|7 : ttGAAAATGTTAATTATAAGACATGGATA---AG--AGCA-A---GTG---------G---------A-T----------------ATATAATAAAGTGGA-A-----TAATAAACT--TACAT--T---AA-AA--AA-A-----TGT-T---------TCT--A-----T-TT-----TTTTTCTT--C----------A--A--TCAG-----TT-TA-ATGGTT--A-------CTATG-----aaaaacaaaattaaaaa
gi|8 : agttGAAAAGCTTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAGA-G---GTG---------G---------T-T----------------ATATA--AAGA---A-TAAA--TAATAAAGTA-GCAAA--T---AA-AA--AA-G-----AAG-A---------TAT--A-----T-AT-----TTT---TT--A----------A--A--TCAGTGT-TTT-TATTTGGTT--A-------CTATG-----ATT---T-----TT---T--TT--TAA----AAAAtcaaacattgttgttttaataa
gi|9 : tGAAAACATTTGTTATAAGAAGTGGATA---AG--AAAA-G---GCG---------G---------A-T----------------ATACA--AAGATGCA-T-----TAATAATGTT-TATAT--T---AA--------------AAT-A---------TCT--A-----T-TT-----GTT---TA--A----------A--A--TCAGT-T-TTA-TAATTGACA--A-------CT-TG-----GTCAT-T-----TT---T--TT--TAAAAT-AAAATTAaaaaaga