lowQualScore                  :                                                                                              111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                              444444444444444   1     44     22222222222                                           22                  999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    3333333                          888888888888888888888888888888888888888888888888888   111111             333333333        11             111                 11            1                    1                          222222222               444                 1111                         2                   11         1                  222                                     666666666         1                              1                  55555555555            1                                22    2222                                                                   111  2  1                                                                               222       1    1                                                                                                  33333333                                               33                                                 1                   11       11                  1      1   1111                              55555555555555555                 1                                                      111   3333333         22        2222       11    11               11       11                                                       1    3     4444444444                             1            1                22   1                               2222222      333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333         1                         1111              11            1                                 111        1           1     111    111                                   333333333333333333333333                 4        
lowQualScore                  :                                                                                              777777777777777   5     66     55555555555               3           9               66    4 5           111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    2222222 22             3         999999999999999999999999999999999999999999999999999   333333       8   8 555555555 8      33  0  4       444        3   1    44  3         5                    3           6           6  444444444       4       111                 2222      9          6       3           1       44         5                  333   4            0         3       7  222222222         7   4                          7                  88888888888   6        5          8888         6        00    2222                                      7      6 4         1 6       444  6  3           8                6  55               6                 4            222       5    7                        2                                        6                       2        11111111      3       6                                22            4                      0          8  3     7        0    44       77                  5      5   9999       7     7        7       00000000000000000      7       6  3        9       1        0                            444   6666666         88   8    6666       99 6  11  3  55        22       33        2                                            2 0 2  0     3333333333            4          3 0   0    444444  5           3    33   0     7                         1111111      777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777  8  8   0           0 9  8    6   9999     1        11            5    3 1      6 0  11    1    1   111 3    0 3           3     222    888                    0         444  222222222222222222222222  77777          0        
lowQualScore                  :                                                                                              ...............   .     ..     ...........               .           .               ..    . .           ................................................................................................    ....... ..             .         ...................................................   ......       .   . ......... .      ..  .  .       ...        .   .    ..  .         .                    .           .           .  .........       .       ...                 ....      .          .       .           .       ..         .                  ...   .            .         .       .  .........         .   .                          .                  ...........   .        .          ....         .        ..    ....                                      .      . .         . .       ...  .  .           .                .  ..               .                 .            ...       .    .                        .                                        .                       .        ........      .       .                                ..            .                      .          .  .     .        .    ..       ..                  .      .   ....       .     .        .       .................      .       .  .        .       .        .                            ...   .......         ..   .    ....       .. .  ..  .  ..        ..       ..        .                                            . . .  .     ..........            .          . .   .    ......  .           .    ..   .     .                         .......      ........................................................................  .  .   .           . .  .    .   ....     .        ..            .    . .      . .  ..    .    .   ... .    . .           .     ...    ...                    .         ...  ........................  .....          .        
lowQualScore                  :                                                                                              000000000000000   0     00     22222222222               7           1               22    0 0           999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    5555555 88             2         000000000000000000000000000000000000000000000000000   000000       0   0 000000000 0      22  8  6       222        0   2    33  7         0                    3           0           0  777777777       0       000                 3333      0          7       7           0       00         0                  333   7            7         7       3  000000000         0   0                          0                  77777777777   7        0          7777         0        33    7777                                      7      7 0         0 0       777  7  3           3                0  00               0                 0            000       0    0                        5                                        0                       5        22222222      2       0                                00            0                      7          3  3     0        7    77       77                  0      0   3333       3     0        3       00000000000000000      3       7  3        0       4        8                            000   6666666         22   0    0000       66 4  00  2  22        55       88        5                                            2 5 5  0     8888888888            5          2 2   0    888888  0           2    66   8     5                         7777777      222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  0  0   0           8 6  0    0   4444     4        00            0    0 4      0 8  22    4    0   000 3    3 3           3     000    333                    1         444  888888888888888888888888  11111          0        
consensus                     :                                                                                       ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGTA--G--------CAAAATGGCCAAGGGTCGACAACTCACTAGGGTAGAATACAATATATACNC-AAAATAAAATTT----N---CA----ATTTTAC--TTTTACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATAC-AATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAACT--GTT-TNTAAAATTGCACTA-------------GATACTTC-C--CGCGTCC-GGA-TATC-GT---A-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTT-GCGGCGATGGCTATATACACTNGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAGT-ATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGAC-ATC---GACCGTANTCCGACG-CCAGGAACGTCAAGTCGTCCAT-TGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCT-ACGACTGTACTGCCACCAGATGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGNAGCGGACACATTTCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCNGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTACT-A-CAC-AT-CTATCAATTTCATGGTATTTTTATCAACATATGATAACAGTGCATT-CATTT-T--AACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACATTNCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTT-CATGGCAGTTTTAACAACATCTCATATACGANNCTCCGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTNCATAACTTCTCGTTTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATNGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTNACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGTGTATTAAA-TTACAGACATTACCGTCGGNCTGGATATAAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATCTATCAGACATTTAAAT------ACAA-------CATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCA---CGACNACNC-CCAAAGATGNTTTT-GCTAGA--CTGGACAGCGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACANTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATCATGAAACAACAAACTTTNAATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATGTAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTT-------AATGGA----A--------------TT---------------TCATG-----------AAA-TAA-------------TT-AT-TCTTTAATCAAAAAATGAAA-ATGTAAAAA-ATATCTTAAAAACGTT--ACTCCTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGATCTAAATATA-GCCTATATCAC-TACAATGGACAC---GTACTAGCTGACACTACTAAATTAGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----TA-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( gi|1 )            :                                                                                       ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTA--G--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGAATACAAT-CATACAC-AAAATAAAATTT----T---CA----ATTTTAC--TTTTACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATAC-AATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTTGAATG-TAAAACT--GTT-TTTAAAATTGCACTA-------------GAAACTAC-C--CGCGTCC-GGA-T--T-AT---A-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGT-GCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAGT-ATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTATC---GACCGTATTCCGACG-T-AGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAGTATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTACT-ATTAT-AT-TTATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATT-AATTT-T--AACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAG-TT-CATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTGTATTTAA-TTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAAT------ACAA-------CATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCA---CAATTACAC-CCAAAGATGAATCT-GCTA-A--CTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCAA-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATGTAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTT-------AATGGA----A--------------CT---------------TCA-------------AAA-TAA-------------TT-AT-TCTGTAATCAAAGAATGGAA-ATGTAAAAA-ATATCTTAAAAACGTT--GCTCCTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGACCTAAATATA-GCCTATATCAC-TACAATGGACAC---GTACTAGCTGACACTACTAAATTAGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----TA-----TTTTGTTACATGTCATCAATCTTATTCTCAACAACCTGTCAAA
gi|3                          :                                                                                       ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCA--GAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGAATACAAT-CGTTTAT-AAGGTAAAATTT----A---CA----ATTTTAA--TAATAAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATAC-AA-------------------------GTA-----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTATCATTC-------AAAA----GTT-TATAAAAT-GCACTA-------------TATACTTT-C--TGCATCC-GGA-TATC-AT---A-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTT-GCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAGT-ATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG-----C---GATCGTAGTCCGACG-TCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTT-CTGTCCT-ATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATTTACCAT-AT---ACCAATTTCATGGTATTTTTAT----ATATGATAACAGTGCATT-CATTTCT--AAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTT-CATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|5                          :                                                                                tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATGTA--G--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGAATACAAG-TATACTC-AAAATAAAATTTACAATTTACA----ATTTTAT--TTTTACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATAC-AATTA---T-ACAATAT---ATAacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|11                         :                                             attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctATGTATGA--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGAATAAAAA-CATACTC-CAAATTAAATTT---------A--------TAC------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAG-AATTcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|10                         :                                                        tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaTGTG--G--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGATTACAATGTTTATTC-AAAATAAAATTG----C---GA----A--ATAC--GTTTATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAAAACA---A-ACAA-AA---ATA--AC-TAATTGCTACA-------CC-TTATATTGACTGC--ATTTCGCTTG--TA-TAAAATTTGATTATTT--ATTTATACT-------------------TCCTC--CGAGTCC-AGATT--T-GT---A-GATATA-AATTCAATCGTCCCTT-ATGGCAATAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|23                         :                                                                                             ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTA--G--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGtat
gi|22                         :                                                                                                                          GTG--A--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATCATACAATATATACTC-AAAAcaaaagttatactatactcaa
gi|15                         :                                                                                                                                --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGAATACAGTATATACATAAAAATACAATTT----A---CATTTGTTTTTACGTTTTTA-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATAT-ATTTA---T-ACAATAT---ACA
gi|14                         :                                                                                                                                                       gtGACAACTCACTAGAGTAGAATACAATATATACAC-AAAATAAAATAT----A---CA----A--------TTTTACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TAC-ATTTA---T-ACAATGT---GTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|5                          :                                                                                                                                                                            ATACAAT--ATATAC-AAATTAAAGCT---------------ATTG-AC--T----CATCA-ACAAA---A--------AA--ATAC-AACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAAAT---TACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACATCATAAGAATAATATAACT--GTT-ATTAAAAT-ACACTAATATTGTATTTAGGATACTAC-CACCGCGTCC-GGA-T--T-GTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCC-GTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACG-CCAGGATCGTCAAGTCGTC-----AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTTATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|2                          : attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattTTT----T---CA----GTTT-A------TATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC----TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA--CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATATCATTCGAATG-T----------T-TATAAAAATGCACTA-------------GATACTTC-C--CGCGTCC-GGA-TATC-GT---A-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTA-GCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAGT-ATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTACAATC---GACCGTATTCCGACGAC-AGGAACGTCAAGTCGTCCATTTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCT-ACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCTAAAA-CG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTACT---TACCAT-CTATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATT-CATTT-TCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAG-TTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCATT-ATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTCAAA-ACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAGTATTAAA-TTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAAT------ATAA-------CATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCA---CAACTAAAC-CCAAAGATGATTCT-GCTA-A--CTGGACATCGATTTACC-TA-CACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGAATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTAT-AAGCC-AATGTACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTTTGACTTCGATGAACTAAA--------------CT---------------TCT-------------GAA-TGA-------------TT-TTCTCTTTAATCAAAGAATGAAA-ATGTAAAA--ATATCTTAAAAACGTT--GCTCCTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGACCTAAATATA-GCCTATATCCC-TACAATGGCCAC---GTACTAGCTGACACTACTTAATTAGGCCAC---AA-----C-----AA-----CTTAATTA-----TTTTGTTAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -C--CGTGTCCCAGA-T--TCGT---AAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTT-TTGGCGATGGCTGTA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttagctaaacagatgataactgattataactaattgcgacattttatatttaatgtatttgacttcttttaattaagcttattactttatatacttgttATATATGATAACAGTGCATTCATTTCT-AA-AC-ATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTT-T--TACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTT-CATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGgccacatgactttacttccttt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTCAAAG-TATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCA---CGACAACTC-CAAAAGATGTTTCT-GCTAGA--CTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCAGTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG-----------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTT-------AATGGA----A--------------TTTGATGAAAAAAACTGTCA-------------AAG-TGAT------------TT-AT-TTTGAAATCAAAAGATGAAT-ATGT-AAAA-ATATTTTTAAAACATT--GCTCCTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTTCTTAATATA-GCCTATATCAT-TCCAATAGACAC---GTACAAGCTGACACTACTAAATTATGCCAC---AACAGCCC-----AA-----C-----TA-----TTTTGTTACA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTT-GAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTGTATTAAA-TTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------AT------ACAA-------CATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-----CCAAAGATG-TTTT-GCTATA--CTGGACA--GTTT--CCgcatc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCA---CGC---CACGCCAAAGATGATTTT-GCTA-ATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCAA-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATATAAACCTAAATTAGTTTTATGACAA-TAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGT-------TATGGA----ATTTGATGAAATAAACT---------------TCA-------------AAAATAA-------------TTTAT-TCTTTAATCAAAGCATGAAA-ATGTAAAAG-G-ATCCTAAAAACGTT--ACTCCTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTTCTCAATAAA-GCCTATATCAC-TACAATGAACAC---ATATTAGCTGACAGTACTAAATTAGGGCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----TA-----TTTTGTTACccatactaaagtttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCA---CAACGATTC-CGAAAGATGTTTTTTGCTAGA--CTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAACAACTT-TAAATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATGTAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCT-------AATGGA----T--------------TT---------------TCATGAAAAAACCGTCAAA-TAAT------------TT-AT-TCTTTAATCAAAAAA--GAATATGTTAAAA-G-ATCTTAAAAACGTT--ACTCCTATCGAGCTATCGATACTTTTTA-----------------------AATATA-GCCTATATCAT-TCCAAGAGACAC---GTACTAGCTGACACTACTAAATTAGGCCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----TA-----TTTTGTTAC
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tcATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTC-------ATCGGA----T--------------TT---------------TTATA-----------AAA-TAAACGTCAACGTGACTT-AT-TCTTTAACCTTAAAATG--A-ATTTATAAATATATATGTACAATGTTTTATCCCTATCTATCTAGCGAAAAGGTA-AACAAGCCTGTGCTACCTGATTTATATACATGTCTATACAACGTACAA-----ACTTTGTACCAGCTGACA-TGCTAATTCAGGCCAC---AT-----A-----AA-----T-----TA-----GTTTATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                atatacgaaataaccacataaatacaggtatatctaaaaaaaaaaccatggaataaacctgtcacgcgatgccgtacgattcaaactgtacaaaaaagtttactggtaaaatatgTAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTT-------AATGGA----A--------------TT---------------TGATG-----------AAA-TAA-------------ttgt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacCTAGCTGAC-TAGATACATGGCTACACAACGTACA-T--ACATT--GTACTAGCTGACACTGAGAATTCAGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTAGCTTA-----TTTTGTTACacttcagaatgatttattctttgc
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgtaACTCGCTGACACTGAGAATTCAGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTGGCTTA-----CTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTGACACTGAGAATTCAGGCCACATAAA-----C-----AAAC---T-----TA-----TTTTGTTACA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACTACTTAATTAGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----CAAACATTTTTGTTACAa
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACACTACTAGTTTAGGCCGC---AA-----CCT---AA-----C-----TA-----TTTTGTTAC
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GACATTACTAAAATAGGGCAC---AA-----CAAATTAA-----C-----TA-----TTTTG
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACTACTAAGTTAGGCCAC---AA-----C-----AA-----C------------CTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACTTCTAAATAAGGCCAA---AA-----C-----AA-----CCTTAATA-----TTTTGTTACA
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACACTACTAAATTAGGTCAC---AA-----C-----AA-----C-----
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACTACTTAACTAGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----cttacaactttgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAAATTAGGCCAC---AA-----C-----AGCCTATC-----TA-----TTTTGTTTCActaactacattttaca
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TGAAATTCTTACTACTTAACCGATATCTTATGAAATAAGCATCATTTATACAAACAATGAATATAGTAAAACAAATAAAACGCTGTCAGTAAAACTACCTAGCGATACGGGTAGCCCATCAAACAACCTGATTTCTTTACAATTGTCAATAACCTTTGACTTGATGACACTGATAACTTAGGCCACATAAACTATATATTTTGTTA
Unaligned ( gi|16 ): GCGAAAAGTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACATGCCTGTACAATGTTATTAACTTTGCACTAACAGACCCTTATATTTCAGGCCGCAGAAACTAGCGATTTTGTTA
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|24 ): CTTTGCACTGGCCAACCTTTATAATTCAGACCACATAAACTAGCTATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|36 ): TGAAATGCAGGCCACATAAACTAGCTGTTTTGTTAC
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                         22     11  2222                 11111111                                             111               1111111     22222222222222222222             2222222       111        11111     11111      1   22222    2222222                          222222222222222           11     33333333333333      11111               22                                                                                1                             44444                                       222                       111                                                 111                                           11                                                          1  22222     1                                              1   1111                                                                   1                                                                                                                                                                                                        22                                                                                                 1                                                                                                   1   555555555555                   1                                                                        11        22                                        11                                                           111111     2222222222                                                            11                                   1111111    1111           22222222222      99999999999999                                                          1111111                                                                              1111  111                                        222222222222222222222222                              
lowQualScore                  :                         77     88  3333   3     6    0  88888888                           2        777      000     999       6666666     22222222222222222222  3    4     1111111 4 0   000     6  33333     44444   1  0   33333    6666666                0         555555555555555    1      11     99999999999999      33333 99       6    44     6      6      0                          55  1                             0                           3 44444         1       66                 2  777     1          2      111 2                 66         0                  777   1                      0       3  2     88              1                                           0  66666   0 0  2                   2  4                    0   4444                                      1      3 1                   0      3           4                   22                      0          1           88 7                                      0                                                               1        11  0         0                                                      1                             0            2             33                                      5555   3         2        3      0   111111111111        3       2  0                                                        3 1  1  6       44        00        55 1  99               8        11        1                                         3      1 555555     9999999999                      3      6    6    1   1           1    66   7                               6666666    0000  5    3   33333333333      11111111111111    5            0      5  5  8  5 0 8  3 33      77      8888888     0  0          5  00    888888    0   999         8    4       8      7   3333  222  777                     22       333  888888888888888888888888 5555 55555          5 7      
lowQualScore                  :                         ..     ..  ....   .     .    .  ........                           .        ...      ...     ...       .......     ....................  .    .     ....... . .   ...     .  .....     .....   .  .   .....    .......                .         ...............    .      ..     ..............      ..... ..       .    ..     .      .      .                          ..  .                             .                           . .....         .       ..                 .  ...     .          .      ... .                 ..         .                  ...   .                      .       .  .     ..              .                                           .  .....   . .  .                   .  .                    .   ....                                      .      . .                   .      .           .                   ..                      .          .           .. .                                      .                                                               .        ..  .         .                                                      .                             .            .             ..                                      ....   .         .        .      .   ............        .       .  .                                                        . .  .  .       ..        ..        .. .  ..               .        ..        .                                         .      . ......     ..........                      .      .    .    .   .           .    ..   .                               .......    ....  .    .   ...........      ..............    .            .      .  .  .  . . .  . ..      ..      .......     .  .          .  ..    ......    .   ...         .    .       .      .   ....  ...  ...                     ..       ...  ........................ .... .....          . .      
lowQualScore                  :                         55     00  5555   0     7    1  11111111                           3        000      000     444       2222222     66666666666666666666  7    4     8888888 4 1   777     2  99999     44444   4  0   00000    0000000                8         888888888888888    0      00     22222222222222      77777 22       7    77     7      7      3                          88  0                             0                           2 55555         0       88                 5  000     2          5      000 0                 22         8                  555   0                      2       2  5     33              0                                           0  88888   2 0  5                   5  2                    0   8888                                      0      0 0                   0      2           0                   00                      7          0           00 3                                      7                                                               0        44  8         8                                                      0                             0            5             55                                      2222   2         5        2      0   222222222222        2       5  0                                                        2 0  0  7       22        22        88 0  22               0        00        0                                         2      0 000000     2222222222                      5      7    7    0   5           0    99   9                               2222222    6666  0    4   88888888888      22222222222222    7            9      9  7  7  7 3 7  0 00      99      6666666     7  7          0  66    111111    1   222         9    4       9      4   9999  222  000                     99       777  777777777777777777777777 0000 99999          7 3      
consensus                     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATACTC-AAAATAA-------AATTTACA----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATAT-GACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-T-ATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-AC-ACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCA-TTT-T--AACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCGTTTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATG-ATTCTGCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTT-------AATG----GA-ATTTNATG-----------AAATAA-C----A-------TTAT-TCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( family-1404 )     :                  ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGTAG--------CAAAATGGCCAAGGGTCGACAACTCACTAGGGTAGA---ATACAAT-ATATACNC-AAAATAA-------AATTTNCA----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTNTAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGATGGCTATATACACTNGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGAC-A---TCGACCGTANTCCGACGCCAGGAACGTCAAGTCGTCCAT-T-GACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-T-ACGACTGTACTGCCACCAGATGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGNAGCGGACACATTTCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCNGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-AC-ACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAACATATGATAACAGTGCATTCA-TTT-T--AACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACATTNCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTAACAACATCTCATATACGANNCTCCGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTNCATAACTTCTCGTTTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATNGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTNACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGTG-TATTAAATTACAGACATTACCGTCGGNCTGGATATAAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATCTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATG-NTTTTGCTAG-ACTGGACAGCGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACANTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATCATGAAACAACAAACTTTNA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTT-------AATG----GA-ATTTCATG-----------AAATAA--------------TTAT-TCTTTAATCAAAAAATGAAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|1                          :                  ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAAT--CATACAC-AAAATAA-------AATTTTCA----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTTGAATG-TAAAA-CTGTTTTTAAAATTGCACTA-------------GAAACTA--C--C--CGCGTCC-GGAT---TATA-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGTGCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGT-AGGAACGTCAAGTCGTCCATAT-GACGAGTATGTGGGTTGCTGTCC-TTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTA-CT-ATTATATTT-ATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATTAA-TTT-T--AACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAGTT-CATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTTAATTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACAATTACACCCAAAGATG-AATCTGCTA--ACTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCA----A-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTT-------AATG----GA-ACTTCA-------------AAATAA--------------TTAT-TCTGTAATCAAAGAATGGAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACATGTCATCAA
gi|10                         :                                                    TGTGG--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGA---TTACAAT-GTTTATTC-AAAATAA-------AATTGCGA----A--ATAC--GTT-TATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAA--A-----ACAAACA---AAAATAACTAATTGCTACA-------CC-TTATATTGACTGC--ATTTCGCTTG--TA-TAAAATTTGATTATTTATTT--------------------ATACTT--CCTC--CGAGTCC-AGAT--TTGTA-GATATA-AATTCAATCGTCCCTTATGGCAATtcttattctcaacaacctgtcaaa
gi|11                         :                    ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTATG--A--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGA---ATAAAA--ACATACTC-CAAATTA-------AATTTA----------TAC-------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAGAATTatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaaTTCTTACTACTT-------AACC----GATATCTTATG-----------AAATAA--------------GCAT-CATTTATACAAACAATGAATATAGTAAA-ACAAAT----AAAACG--CTG-TCAGTAAAACTACCTAG----CGATACG---------------GGTAGCCCAT-C-AA--ACA-ACCTGATTTCTT-TACAATTGTCAATAAC---CTTTGACTTGATGACACTGATAACTT--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTATA-T----A-----TTTTGTTAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgaaaATTACTTTA-------------TATACTTGTT--C--CGTGTCCCAGAT--TCGTAAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTTTTGGCGATGGCTGTA
gi|14                         : tttagctaaacagatgataactgattataactaattgcgacattttatatttaatgtatttgacttcttttaattaagcttGACAACTCACTAGAGTAGA---ATACAAT-ATATACAC-AAAATAA-------AATATACA----A--------TTT-TACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TACATTTA---T-ACAATGT---GTAgccacatgactttacttccttt
gi|15                         :                                                         --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGA---ATACAGT-ATATACATAAAAATAC-------AATTTACATTTGTTTTTACGTTTT-TA-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATATATTTA---T-ACAATAT---ACAccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACAT--GCCT-GTA-CAA-TGTTATTAACT---TT---GC---ACTAACAGACCCT--TATATTTCAGGCCGC---AG-----A-----AA-----C-----TAGCGA-----TTTTGTTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gcgaaaagCTAGCTGA--CTAGATACATGGCT-ACACAACGTACA-T--AC----ATT--GT---ACTAGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTAGCTT----A-----TTTTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                tgtaTTTCAG--TTTATATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC---TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA--CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATATCATTCGAAT----------GTTTATAAAAATGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTAGCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAG-TATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTAC-AA--TCGACCGTATTCCGACGACAGGAACGTCAAGTCGTCCAT-TTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-T-ACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCTAAAA-CG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTA-CTTAC--CATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATTCA-TTT-TCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCATT-ATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTCAAA-ACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAG-TATTAAATTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAT------------AACATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCACAACTAAACCCAAAGATG-ATTCTGCTA--ACTGGACATCGATTTACC-T-ACACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGA----ATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTA-TAAGCC-AATG-TACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTTTGACTTCGATGAACTAA-ACTTC-TG------------AATGA--------------TTTTCTCTTTAATCAAAGAATGAAAAT-GT-AA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCCC-TACAATGGCC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----CTTAATT----A-----TTTTGTTAC
gi|22                         :                                                    tGTGA--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATC---ATACAAT-ATATACTC-AAAA
gi|23                         :                                                    TGTAG--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGCAAAAGTTATAC-----TATACTC-AA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ---ACTCGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTGGCTT----A-----CTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GCTGACACTGAGAATTC--AGGCCACATAAA-----C-----AAAC---T-----T----A-----TTTTGTTACA-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACACTACTAAGTT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C----------------CTTTGTTACA-GTCATCAAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----C----AAACATTTTTGTTACA-
gi|3                          :                  ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCAGAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAATCGTTTAT---AAGGTAA-------AATTTACA----ATTTTAA--TAA-TAAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATACAA-------------------------GTA-----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTATCATTC-------AAAA---GTTTATAAAAT-GCACTA-------------TATACTT--T--C--TGCATCC-GGAT-ATCATA-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTTGCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG--------CGATCGTAGTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATAT-GACGAATATGTGGGTT-CTGTCC-T-ATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATTT-AC--CATAT-ACCAATTTCATGGTATTTTTAT----ATATGATAACAGTGCATTCA-TTTCT--AAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CT-AA-ACATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTT-T--TACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttACACTTCTAAATA--AGGCCAA---AA-----C-----AA-----CCTTAAT----A-----TTTTGTTACA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GACACTACTAGTTT--AGGCCGC---AA-----CCT---AA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACTACTTAACT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACACTACTAAATT--AGGTCAC---AA-----C-----AA-----C-----ctaactacattttaca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GACATTACTAAAAT--AGGGCAC---AA-----CAAATTAA-----C-----T----A-----TTTTGcttacaactttgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AGCCTATC-----T----A-----TTTTGTTTCA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTC-AAAGTATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCACGACAACTCCAAAAGATG-TTTCTGCTAG-ACTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCA----GTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG------------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTT-------AATG----GA-ATTTGATG-----------AAAAAAACTGTCAAAGTGATTTAT-TTTGAAATCAAAAGATGAATAT-GT-AA-AAATATTTTTAAAACA--TTGCTC-------CTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTT-CTTAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAATAGAC----AC---GT---ACAAGCTGACACTACTAAATT--ATGCCAC---AACAGCCC-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-G-CATC
gi|5                          :                                                aaTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGA---ATACAA--GTATACTC-AAAATAAAATTTACAATTTACA----ATTTTAT--TTT-TACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATA
gi|5                          :                           attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttc---ATACAAT-ATATAC----AAATTA-------AAGCTA--------TTGAC--T-----CATCA-ACAAA---A--------AA--ATACAACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAAAT---TACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACATCATAAGAATAATATAA-CTGTTATTAAAAT-ACACTAATATTGTATTTAGGATACTA--C--CACCGCGTCC-GGATTGTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCCGTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACGCCAGGATCGTCAAGTCGTC------AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTT-ATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattCATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCACG-CCACGCC-AAAGATG-ATTTTGCTAATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----A-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATA-TAAACCTAAATTAGTTTTATGACAA-TAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGT-------TATG----GA-ATTTGATG-----------AAATAAACTTCAAAAATAATTTAT-TCTTTAATCAAAGCATGAAAAT-GTAAA-AGG-ATCCTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTT-CTCAATAAA-GCCT-ATATCAC-TACAATGAAC----AC---AT---ATTAGCTGACAGTACTAAATT--AGGGCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCTGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCACAACGATTCCGAAAGATGTTTTTTGCTAG-ACTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAAC-AACTTTAA----ATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATG-TAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCT-------AATG----GA-TTTTCATGAAAAAACCGTCAAATAAT-------------TTAT-TCTTTAATCAAAAAA-GAATAT-GTTAA-AAG-ATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATAC-TTTT-----------------------TAAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAAGAGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTT-GAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTG-TATTAAATTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------A-TAC------------AACATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-CCAAAGATG--TTTTGCTAT-ACTGGACAGTTTCC--CCATACTAAAGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTT-------AATG----GA-ATTTGATG-----------AAATAA--------------ttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacAAACCATGGAATAA--ACCTGTCACGCGATGC--C----------GTACGATTCAAACTGTACAAAAA-AGTTT-ACTGGTAAAATATGATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTC-------ATCG----GA-TTTTTATA-----------AAATAAACGTCAACGTGAC-TTAT-TCTTTAACCTTAAAATGAATTT-ATAAATATATATGT--ACAATGTTTTATCC-------CTATCTATCTAGCGAAAAG-GTAAACAAGCCTGTGCTACCTGAT-TTATATACATGTCT-ATACAACGTACAA---------ACTTTGT---ACCAGCTGACA-TGCTAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----T-----T----A-----GTTTATTacttcagaatgatttattctttgc
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|24 ): CTTTGCACTGGCCAACCTTTATAATTCAGACCACATAAACTAGCTATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|36 ): TGAAATGCAGGCCACATAAACTAGCTGTTTTGTTAC
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                         
lowQualScore                  :                         11     11  2222                 11111111                                             111     11        1111111      222222222222222222222             2222222       111        11111     11111      1   22222    2222222                          222222222222222           11     33333333333333      11111               22                                                                                1                             11111                                                                111                                                 111                                           11                                                          111  222     1                                              1   22                                                                    1                                                                                     22                                                                                                                 22                                                                                                 1                                                                                                   1   555555555555                   1                                                                                  22                                        11                                                           111111     2222222222                                                            11                                                         333333333333333333333    1111                                                     1111111                                                                              1111  111                                        222222222222222222222222                              
lowQualScore                  :                         88     88  3333   1     6    0  88888888                           1        777      000     00        6666666  0   555555555555555555555  3    4     1111111 4 0   000     6  33333     44444   1  0   33333    6666666                0         555555555555555    1      11     99999999999999      33333 99       6    44     6      6      0                          44  0                             0                           3 88888         0       33                 2  3      1          2      111                   44         0                  777   1                      0   9      2     88                                                          444  555   0 0  2                 3                         0   33                                       1      1 0                   0      3           1                                                                  44                                        0                                                                        11  0         0                                                      1                             0            1             22                                      5555   3         1        3      0   111111111111        3       2  0                                                        3 1  1  6       7    6    00        1  1  99               8        11                                                    3      555555     9999999999                      3      6    6    1   1           1    66   7                               0     55   1       5  999999999999999999999    0000   0        0      1  5  8  5 0 8  3 33      77      8888888     0  0          5  00    888888    0   999         8    4       8      7   3333  222  777                     22       333  888888888888888888888888 5555 55555          5 7      
lowQualScore                  :                         ..     ..  ....   .     .    .  ........                           .        ...      ...     ..        .......  .   .....................  .    .     ....... . .   ...     .  .....     .....   .  .   .....    .......                .         ...............    .      ..     ..............      ..... ..       .    ..     .      .      .                          ..  .                             .                           . .....         .       ..                 .  .      .          .      ...                   ..         .                  ...   .                      .   .      .     ..                                                          ...  ...   . .  .                 .                         .   ..                                       .      . .                   .      .           .                                                                  ..                                        .                                                                        ..  .         .                                                      .                             .            .             ..                                      ....   .         .        .      .   ............        .       .  .                                                        . .  .  .       .    .    ..        .  .  ..               .        ..                                                    .      ......     ..........                      .      .    .    .   .           .    ..   .                               .     ..   .       .  .....................    ....   .        .      .  .  .  . . .  . ..      ..      .......     .  .          .  ..    ......    .   ...         .    .       .      .   ....  ...  ...                     ..       ...  ........................ .... .....          . .      
lowQualScore                  :                         00     00  5555   0     7    1  11111111                           0        000      000     00        2222222  1   111111111111111111111  7    4     8888888 4 1   777     2  99999     44444   4  0   00000    0000000                8         888888888888888    4      00     22222222222222      77777 22       7    77     7      7      3                          22  2                             0                           2 00000         8       88                 5  5      2          5      000                   22         8                  555   2                      2   8      5     33                                                          000  888   2 0  5                 2                         0   88                                       0      0 8                   0      2           0                                                                  33                                        7                                                                        44  8         8                                                      4                             0            0             00                                      2222   2         0        2      0   222222222222        2       5  0                                                        2 0  0  7       8    7    22        0  0  22               0        00                                                    2      000000     2222222222                      5      7    7    0   5           0    99   9                               4     55   0       0  888888888888888888888    6666   2        4      0  7  7  7 3 7  0 00      99      6666666     7  7          0  66    111111    1   222         9    4       9      4   9999  222  000                     99       777  777777777777777777777777 0000 99999          7 3      
consensus                     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-T-ATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-C-TAC-ACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCA-TTTC-TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAAT-AAACTT-C------AAAG-GA--TTAT----TCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( family-1404 )     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-T-ATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-C-TAC-ACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCA-TTT--TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCGTTTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAAT-AA-----C------A--------TTAT----TCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|1                          :                  ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAAT--CATAC-ACAAAATAA-------AATTTTC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTTGAATG-TAAAA-CTGTTTTTAAAATTGCACTA-------------GAAACTA--C--C--CGCGTCC-GGAT---TATA-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGTGCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGT-AGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAGTATGTGGGTTGCTGTCC-TTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTA-C-TATTATATTT-ATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATTAA-TTT--TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAGTT-CATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTTAATTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACAATTACACCCAAAGATGAATCT-GCTA--ACTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCA----A-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ACTTCA--AAAT-A-------------A--------TTAT----TCTGTAATCAAAGAATGGAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACATGTCATCAA
gi|10                         :                                                    TGTGG--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGA---TTACAAT-GTTTAT-TCAAAATAA-------AA-TTGCGAA----A---TAC--GTT-TATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAA--A-----ACAAACA---AAAATAACTAATTGCTACA-------CC-TTATATTGACTGC--ATTTCGCTTG--TA-TAAAATTTGATTATTTATTT--------------------ATACTT--CCTC--CGAGTCC-AGAT--TTGTA-GATATA-AATTCAATCGTCCCTTATGGCtcttattctcaacaacctgtcaaa
gi|11                         :                    ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTATG--A--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGA---ATAAAA--ACATAC-TCCAAATTA-------AATTTA------------TAC-------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAGAATTaatatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaaTTCTTACTACTTAACCGATATCTTATGAAAT-AAG----C------A--------TCAT----T-TATA--CAAACAATGAATATAGTAAA-ACAAAT----AAAACG--CTG-TCAGTAAAACTACCTAG----CGATACG---------------GGTAGCCCAT-C-AA--ACA-ACCTGATTTCTT-TACAATTGTCAATAAC---CTTTGACTTGATGACACTGATAACTT--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTATA-T----A-----TTTTGTTAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaaaATTACTTTA-------------TATACTTGTT--C--CGTGTCCCAGAT--TCGTAAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTTTTGGCGATGGCTGTA
gi|14                         : tttagctaaacagatgataactgattataactaattgcgacattttatatttaatgtatttgacttcttttaattaagcttGACAACTCACTAGAGTAGA---ATACAAT-ATATAC-ACAAAATAA-------AATATAC--A----A--------TTT-TACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TACATTTA---T-ACAATGT---GTAgccacatgactttacttccttt
gi|15                         :                                                         --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGA---ATACAGT-ATATACATAAAAATAC-------AATTTAC--ATTTGTTTTTACGTTTT-TA-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATATATTTA---T-ACAATAT---ACAccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACAT--GCCT-GTA-CAA-TGTTATTAACT---TT---GC---ACTAACAGACCCT--TATATTTCAGGCCGC---AG-----A-----AA-----C-----TAGCGA-----TTTTGTTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gcgaaaagCTAGCTGA--CTAGATACATGGCT-ACACAACGTACA-T--AC----ATT--GT---ACTAGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTAGCTT----A-----TTTTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                  tgtaTTTCAG--TTTATATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC---TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA--CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATATCATTCGAAT----------GTTTATAAAAATGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTAGCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAG-TATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTACAA---TCGACCGTATTCCGACGACAGGAACGTCAAGTCGTCCATTTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-T-ACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCT-AAAACG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTA-CTTAC--CATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATTCA-TTTTCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCA-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTCAAA-ACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAG-TATTAAATTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAT------------AACATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCACAACTAAACCCAAAGATGATTCT-GCTA--ACTGGACATCGATTTACC-T-ACACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGA----ATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTA-TAAGCC-AATG-TACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTT--T-GA-CTTCGATGAACTAAA-----CTTCTGAA--------TGATTTTCTCTTTAATCAAAGAATGAAAAT-GT-AA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCCC-TACAATGGCC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----CTTAATT----A-----TTTTGTTAC
gi|22                         :                                                    tGTGA--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATC---ATACAAT-ATATAC-TCAAAA
gi|23                         :                                                    TGTAG--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGCAAAAGTTATAC-----TATAC-TCAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ---ACTCGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTGGCTT----A-----CTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GCTGACACTGAGAATTC--AGGCCACATAAA-----C-----AAAC---T-----T----A-----TTTTGTTACA-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACACTACTAAGTT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C----------------CTTTGTTACA-GTCATCAAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----C----AAACATTTTTGTTACA-
gi|3                          :                  ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCAGAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAATCGTTTAT---AAGGTAA-------AATTTAC--A----ATTTTAA--TAA-TAAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATACAA-------------------------GTA-----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTATCATTC-------AAAA---GTTTATAAAAT-GCACTA-------------TATACTT--T--C--TGCATCC-GGAT-ATCATA-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTTGCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG--------CGATCGTAGTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTT-CTGTCC-T-ATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATT-TAC--CATAT-ACCAATTTCATGGTATTTTT----ATATATGATAACAGTGCATTCA-TTTC-TAAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATATATGATAACAGTGCATTCATTT-C-TAA-ACATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTT--TTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttACACTTCTAAATA--AGGCCAA---AA-----C-----AA-----CCTTAAT----A-----TTTTGTTACA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACACTACTAGTTT--AGGCCGC---AA-----CCT---AA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACTACTTAACT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACACTACTAAATT--AGGTCAC---AA-----C-----AA-----C-----ctaactacattttaca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  GACATTACTAAAAT--AGGGCAC---AA-----CAAATTAA-----C-----T----A-----TTTTGcttacaactttgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AGCCTATC-----T----A-----TTTTGTTTCA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTC-AAAGTATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCACGACAACTCCAAAAGATGTTTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCA----GTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG------------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTTAATGGA-ATTTGATGAAAA-AAACTGTC------AAAGTGAT-TTAT----TTTGAAATCAAAAGATGAATAT-GT-AA-AAATATTTTTAAAACA--TTGCTC-------CTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTT-CTTAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAATAGAC----AC---GT---ACAAGCTGACACTACTAAATT--ATGCCAC---AACAGCCC-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-G-CATC
gi|5                          :                                                aaTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGA---ATACAA--GTATAC-TCAAAATAAAATTTACAATTTAC--A----ATTTTAT--TTT-TACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATA
gi|5                          :                           attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttc---ATACAAT-ATATAC----AAATTA-------AAGCTA----------TTGAC--T-----CATCA-ACAAA---A--------AA--ATACAACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAAAT---TACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACATCATAAGAATAATATAA-CTGTTATTAAAAT-ACACTAATATTGTATTTAGGATACTA--C--CACCGCGTCC-GGATTGTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCCGTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACGCCAGGATCGTCAAGTCGTC-----AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTT-ATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattCATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCACG-CCACGCC-AAAGATGATTTT-GCTAATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----A-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATA-TAAACCTAAATTAGTTTTATGACAA-TAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGTTATGGA-ATTTGATGAAAT-AAACTT-C------AAAAATAATTTAT----TCTTTAATCAAAGCATGAAAAT-GTAAA-AGG-ATCCTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTT-CTCAATAAA-GCCT-ATATCAC-TACAATGAAC----AC---AT---ATTAGCTGACAGTACTAAATT--AGGGCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TCTGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCACAACGATTCCGAAAGATGTTTTTTGCTAG-ACTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAACAA-CTTTAA----ATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATG-TAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCTAATGGA-TTTTCATGAAAA-AACCGT-C------AAATAAT--TTAT----TCTTTAATCAAAAAA-GAATAT-GTTAA-AAG-ATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATAC-TTTT-----------------------TAAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAAGAGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTT-GAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTG-TATTAAATTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------A-TAC------------AACATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-CCAAAGATG-TTTT-GCTAT-ACTGGACAGTTTCC--CCATACTAAAGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTTAATGGA-ATTTGATGAAAT-AAACTT-C------AGAATGAT-TTAT----TCTTTttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacAAACCATGGAATAA--ACCTGTCACGCGATGC--C----------GTACGATTCAAACTGTACAAAAA-AGTTT-ACTGGTAAAATATGATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTCATCGGA-TTTTTATAAAAT-AAACGT-C------AACGTGAC-TTAT----TCTTTAACCTTAAAATGAATTT-ATAAATATATATGT--ACAATGTTTTATCC-------CTATCTATCTAGCGAAAAG-GTAAACAAGCCTGTGCTACCTGAT-TTATATACATGTCT-ATACAACGTACAA---------ACTTTGT---ACCAGCTGACA-TGCTAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----T-----T----A-----GTTTATTgc
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|24 ): CTTTGCACTGGCCAACCTTTATAATTCAGACCACATAAACTAGCTATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|36 ): TGAAATGCAGGCCACATAAACTAGCTGTTTTGTTAC
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                         11     11  2222                 11111111                                             111     11        1111111      222222222222222222222             2222222       111        11111     11111      1   22222    2222222                          222222222222222           11     33333333333333      11111               11                                                                                1                             11111                                                                2                                                  111                                           11                                                          111  222     1                                              1                                                                        1                                                                                     11                                                                                                                 22                                                                                                 1                                                                                                   1   555555555555                   1                                                                                  22                                        11                                                           111111     2222222222                                                                                                                            444444444444                                                          1111111                                                                              1111  111                                        222222222222222222222222                              
lowQualScore                  :                         88     88  3333   1     6    0  88888888                           1        777      000     00        6666666  0   555555555555555555555  3    4     1111111 4 0   000     6  33333     44444   1  0   33333    6666666                0         555555555555555    1      11     99999999999999      33333 99       6    66     6      6      0                          44  0                             0                           3 88888         0       33                 2  3      1          2      0                    44         0                  777   1                      0   9      2     88                                                          444  555   0 0  2                 3                         0   6                                       1      1 0                   0    3             1                                                                  44                                        0                                                                        11  0         0                                                      1                             0            1             22                                      5555   3         1        3      0   111111111111        3       2  0                                                        3 1  1  6       7    6    00        1  1  99               8        11                                                    3      555555     9999999999                      3      6    6    1   1           1    88   7                               0     55   1           88  999999999999    5            0      1  5  8  5 0 8  3 33      77      8888888     0  0          5  00    888888    0   999         8    4       8      7   3333  222  777                     22       333  888888888888888888888888 5555 55555          5 7      
lowQualScore                  :                         ..     ..  ....   .     .    .  ........                           .        ...      ...     ..        .......  .   .....................  .    .     ....... . .   ...     .  .....     .....   .  .   .....    .......                .         ...............    .      ..     ..............      ..... ..       .    ..     .      .      .                          ..  .                             .                           . .....         .       ..                 .  .      .          .      .                    ..         .                  ...   .                      .   .      .     ..                                                          ...  ...   . .  .                 .                         .   .                                       .      . .                   .    .             .                                                                  ..                                        .                                                                        ..  .         .                                                      .                             .            .             ..                                      ....   .         .        .      .   ............        .       .  .                                                        . .  .  .       .    .    ..        .  .  ..               .        ..                                                    .      ......     ..........                      .      .    .    .   .           .    ..   .                               .     ..   .           ..  ............    .            .      .  .  .  . . .  . ..      ..      .......     .  .          .  ..    ......    .   ...         .    .       .      .   ....  ...  ...                     ..       ...  ........................ .... .....          . .      
lowQualScore                  :                         00     00  5555   0     7    1  11111111                           0        000      000     00        2222222  1   111111111111111111111  7    4     8888888 4 1   777     2  99999     44444   4  0   00000    0000000                8         888888888888888    4      00     22222222222222      77777 22       7    55     7      7      3                          22  2                             0                           2 00000         8       88                 5  5      2          5      0                    22         8                  555   2                      2   8      5     33                                                          000  888   2 0  5                 2                         0   5                                       0      0 8                   0    2             0                                                                  00                                        7                                                                        44  8         8                                                      4                             0            0             00                                      2222   2         0        2      0   222222222222        2       5  0                                                        2 0  0  7       8    7    22        0  0  22               0        00                                                    2      000000     2222222222                      5      7    7    0   5           0    88   9                               4     55   0           22  888888888888    0            4      0  7  7  7 3 7  0 00      99      6666666     7  7          0  66    111111    1   222         9    4       9      4   9999  222  000                     99       777  777777777777777777777777 0000 99999          7 3      
consensus                     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-C-TA-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCA-TTTCTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC-A-AAN-G-AT-TTAT-TCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( family-1404 )     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-TATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-C-TA-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCA-TTTCTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC-A-AAG-G-A--TTAT-TCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|1                          :                  ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAAT--CATAC-ACAAAATAA-------AATTTTC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTTGAATG-TAAAA-CTGTTTTTAAAATTGCACTA-------------GAAACTA--C--C--CGCGTCC-GG---ATTATA-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGTGCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGT-AGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAGTATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTA-C-TATTATATTT-ATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATTAA-TTT-TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAG-TTCATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTTAATTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACAATTACACCCAAAGATGAATCT-GCTA--ACTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCA----A-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ACTTCA--AAATA----------------A--TTAT-TCTGTAATCAAAGAATGGAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACATGTCATCAA
gi|10                         :                                                    TGTGG--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGA---TTACAAT-GTTTAT-TCAAAATAA-------AA-TTGCGAA----A---TAC--GTT-TATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAA--A-----ACAAACA---AAAATAACTAATTGCTACA-------CC-TTATATTGACTGC--ATTTCGCTTG--TA-TAAAATTTGATTATTTATTT--------------------ATACTT--CCTC--CGAGTCC-AGAT--TTGTA-GATATA-AATTCAATCGTCCCTTATGGCtcttattctcaacaacctgtcaaa
gi|11                         :                    ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTATG--A--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGA---ATAAAA--ACATAC-TCCAAATTA-------AATTTA------------TAC-------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAGAATTaatatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaaTTCTTACTACTTAACCGATATCTTATGAAATAAGCA-TC-A-----------------TTTATACAAACAATGAATATAGTAAA-ACAAAT----AAAACG--CTG-TCAGTAAAACTACCTAG----CGATACG---------------GGTAGCCCAT-C-AA--ACA-ACCTGATTTCTT-TACAATTGTCAATAAC---CTTTGACTTGATGACACTGATAACTT--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTATA-T----A-----TTTTGTTAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaaaATTACTTTA-------------TATACTTGTT--C--CGTGTCCCAGAT--TCGTAAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTTTTGGCGATGGCTGTA
gi|14                         : tttagctaaacagatgataactgattataactaattgcgacattttatatttaatgtatttgacttcttttaattaagcttGACAACTCACTAGAGTAGA---ATACAAT-ATATAC-ACAAAATAA-------AATATAC--A----A--------TTT-TACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TACATTTA---T-ACAATGT---GTAgccacatgactttacttccttt
gi|15                         :                                                         --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGA---ATACAGT-ATATACATAAAAATAC-------AATTTAC--ATTTGTTTTTACGTTTT-TA-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATATATTTA---T-ACAATAT---ACAccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gtTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACAT--GCCT-GTA-CAA-TGTTATTAACT---TT---GC---ACTAACAGACCCT--TATATTTCAGGCCGC---AG-----A-----AA-----C-----TAGCGA-----TTTTGTTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gcgaaaagCTAGCTGA--CTAGATACATGGCT-ACACAACGTACA-T--AC----ATT--GT---ACTAGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTAGCTT----A-----TTTTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                  tgtaTTTCAG--TTTATATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC---TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA--CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATATCATTCGAAT----------GTTTATAAAAATGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTAGCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAG-TATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTACAA---TCGACCGTATTCCGACGACAGGAACGTCAAGTCGTCCATTTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCC-TACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCT-AAAACG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTA-CTTA-C-CATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATTCATTTTCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCA-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTCAAA-ACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAG-TATTAAATTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAT------------AACATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCACAACTAAACCCAAAGATGATTCT-GCTA--ACTGGACATCGATTTACC-T-ACACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGA----ATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTA-TAAGCC-AATG-TACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTT--T-GA-CTTCGATGAACTAAACT-TCTG-AAT-G-A--TTTTCTCTTTAATCAAAGAATGAAAAT-GT-AA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCCC-TACAATGGCC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----CTTAATT----A-----TTTTGTTAC
gi|22                         :                                                    tGTGA--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATC---ATACAAT-ATATAC-TCAAAA
gi|23                         :                                                    TGTAG--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGCAAAAGTTATAC-----TATAC-TCAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ---ACTCGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTGGCTT----A-----CTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GCTGACACTGAGAATTC--AGGCCACATAAA-----C-----AAAC---T-----T----A-----TTTTGTTACA-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACACTACTAAGTT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C----------------CTTTGTTACA-GTCATCAAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----C----AAACATTTTTGTTACA-
gi|3                          :                  ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCAGAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAATCGTTTAT---AAGGTAA-------AATTTAC--A----ATTTTAA--TAA-TAAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATACAA-------------------------GTA-----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTATCATTC-------AAAA---GTTTATAAAAT-GCACTA-------------TATACTT--T--C--TGCATCC-GGAT-ATCATA-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTTGCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG--------CGATCGTAGTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTT-CTGTCC-TATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATT-TA-C-CATAT-ACCAATTTCATGGTATTTTT----ATATATGATAACAGTGCATTCA-TTTCTAAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATATATGATAACAGTGCATTCATTT-C-TA-AACATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCA-ATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttACACTTCTAAATA--AGGCCAA---AA-----C-----AA-----CCTTAAT----A-----TTTTGTTACA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACACTACTAGTTT--AGGCCGC---AA-----CCT---AA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ACTACTTAACT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACACTACTAAATT--AGGTCAC---AA-----C-----AA-----C-----ctaactacattttaca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         GACATTACTAAAAT--AGGGCAC---AA-----CAAATTAA-----C-----T----A-----TTTTGcttacaactttgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AGCCTATC-----T----A-----TTTTGTTTCA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTC-AAAGTATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCACGACAACTCCAAAAGATGTTTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCA----GTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG------------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTTAATGGA-ATTTGATGAAAAAAACTGTC-A-AAGTG-AT-TTAT-TTTGAAATCAAAAGATGAATAT-GT-AA-AAATATTTTTAAAACA--TTGCTC-------CTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTT-CTTAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAATAGAC----AC---GT---ACAAGCTGACACTACTAAATT--ATGCCAC---AACAGCCC-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-G-CATC
gi|5                          :                                                aaTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGA---ATACAA--GTATAC-TCAAAATAAAATTTACAATTTAC--A----ATTTTAT--TTT-TACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATA
gi|5                          :                           attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttc---ATACAAT-ATATAC----AAATTA-------AAGCTA----------TTGAC--T-----CATCA-ACAAA---A--------AA--ATACAACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAAAT---TACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACATCATAAGAATAATATAA-CTGTTATTAAAAT-ACACTAATATTGTATTTAGGATACTA--C--CACCGCGTCC-GGATTGTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCCGTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACGCCAGGATCGTCAAGTCGTC-----AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTTATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattCATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCACG-CCACGCC-AAAGATGATTTT-GCTAATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----A-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATA-TAAACCTAAATTAGTTTTATGAC-AATAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGTTATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TC-A-AAA-ATAATTTAT-TCTTTAATCAAAGCATGAAAAT-GTAAA-AGG-ATCCTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTT-CTCAATAAA-GCCT-ATATCAC-TACAATGAAC----AC---AT---ATTAGCTGACAGTACTAAATT--AGGGCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCACAACGATTCCGAAAGATGTTTTTTGCTAG-ACTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAACAA-CTTTAA----ATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATG-TAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCTAATGGA-TTTTCATGAAAAAACCG-TC-A-AAT-A-AT-TTAT-TCTTTAATCAAAAAA-GAATAT-GTTAA-AAG-ATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATAC-TTTT-----------------------TAAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAAGAGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTT-GAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTG-TATTAAATTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------A-TAC------------AACATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-CCAAAGATG-TTTT-GCTAT-ACTGGACAGTTTCC--CCATACTAAAGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTTAATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TC-AGAAT-G-AT-TTAT-TCTTTttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacAAACCATGGAATAA--ACCTGTCACGCGATGC--C----------GTACGATTCAAACTGTACAAAAA-AGTTT-ACTGGTAAAATATGATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTCATCGGA-TTTTTATAAAATAAACG-TC-A-ACGTG-AC-TTAT-TCTTTAACCTTAAAATGAATTT-ATAAATATATATGT--ACAATGTTTTATCC-------CTATCTATCTAGCGAAAAG-GTAAACAAGCCTGTGCTACCTGAT-TTATATACATGTCT-ATACAACGTACAA---------ACTTTGT---ACCAGCTGACA-TGCTAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----T-----T----A-----GTTTATTgc
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|24 ): CTTTGCACTGGCCAACCTTTATAATTCAGACCACATAAACTAGCTATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|36 ): TGAAATGCAGGCCACATAAACTAGCTGTTTTGTTAC
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                         11     11  2222                 11111111                                             111     11        1111111      222222222222222222222             2222222       111        11111     11111      1   22222    2222222                          222222222222222           11     33333333333333      11111               22                                                                                1                             11111                                                                 1                                                 111                                           11                                                          1  22222     1                                                 11                                                                    1                                                                                     11                                                                                                                 22                                                                                                 1                                                                                                   1   555555555555                   1                                                                                  22                                        11                                                           111111     2222222222                                                                                                                            2222222222                                                           1111111                                                                              1111  111                                        222222222222222222222222                              
lowQualScore                  :                         88     88  3333   1     6    0  88888888                           1        777      000     00        6666666  0   555555555555555555555  3    4     1111111 4 0   000     6  33333     44444   1  0   33333    6666666                0         555555555555555    1      11     99999999999999      33333 99       6    44     6      6      0                          44  0                             0                           3 88888         0       33                 2  3      1          2       5                   44         0                  777   1                      0       3  2     88                                                          0  66666   0 0  2                 3                            66                                       1      1 0                   0    3             1                                                                  44                                        0                                                                        11  0         0                                                      1                             0            1             22                                      5555   3         1        3      0   111111111111        3       2  0                                                        3 1  1  6       7    6    00        1  1  99               8        11                                                    3      555555     9999999999                      3      6    6    1   1           1    88   7                               0     55   1         2 88  9999999999                  0      1  5  8  5 0 8  3 33      77      8888888     0  0          5  00    888888    0   999         8    4       8      7   3333  222  777                     22       333  888888888888888888888888 5555 55555          5 7      
lowQualScore                  :                         ..     ..  ....   .     .    .  ........                           .        ...      ...     ..        .......  .   .....................  .    .     ....... . .   ...     .  .....     .....   .  .   .....    .......                .         ...............    .      ..     ..............      ..... ..       .    ..     .      .      .                          ..  .                             .                           . .....         .       ..                 .  .      .          .       .                   ..         .                  ...   .                      .       .  .     ..                                                          .  .....   . .  .                 .                            ..                                       .      . .                   .    .             .                                                                  ..                                        .                                                                        ..  .         .                                                      .                             .            .             ..                                      ....   .         .        .      .   ............        .       .  .                                                        . .  .  .       .    .    ..        .  .  ..               .        ..                                                    .      ......     ..........                      .      .    .    .   .           .    ..   .                               .     ..   .         . ..  ..........                  .      .  .  .  . . .  . ..      ..      .......     .  .          .  ..    ......    .   ...         .    .       .      .   ....  ...  ...                     ..       ...  ........................ .... .....          . .      
lowQualScore                  :                         00     00  5555   0     7    1  11111111                           0        000      000     00        2222222  1   111111111111111111111  7    4     8888888 4 1   777     2  99999     44444   4  0   00000    0000000                8         888888888888888    4      00     22222222222222      77777 22       7    77     7      7      3                          22  2                             0                           2 00000         8       88                 5  5      2          5       5                   22         8                  555   2                      2       2  5     33                                                          0  88888   2 0  5                 2                            55                                       0      0 8                   0    2             0                                                                  00                                        7                                                                        44  8         8                                                      4                             0            0             00                                      2222   2         0        2      0   222222222222        2       5  0                                                        2 0  0  7       8    7    22        0  0  22               0        00                                                    2      000000     2222222222                      5      7    7    0   5           0    88   9                               4     55   0         0 22  5555555555                  4      0  7  7  7 3 7  0 00      99      6666666     7  7          0  66    111111    1   222         9    4       9      4   9999  222  000                     99       777  777777777777777777777777 0000 99999          7 3      
consensus                     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-A-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC--A-A-A-TGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( family-1404 )     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-A-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC--A-A-A-NGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|1                          :                  ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAAT--CATAC-ACAAAATAA-------AATTTTC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTTGAATG-TAAAA-CTGTTTTTAAAATTGCACTA-------------GAAACTA--C--C--CGCGTCC-GGAT---TATA-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGTGCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGT-AGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAGTATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTA-CT-ATTATATTT-ATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATTAATTT--TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAG-TTCATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTTAATTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACAATTACACCCAAAGATGAATCT-GCTA--ACTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCA----A-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ACTTCA--AAATAA------------------TTATTCTGTAATCAAAGAATGGAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACATGTCATCAA
gi|10                         :                                                    TGTGG--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGA---TTACAAT-GTTTAT-TCAAAATAA-------AA-TTGCGAA----A---TAC--GTT-TATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAA--A-----ACAAACA---AAAATAACTAATTGCTACA-------CC-TTATATTGACTGC--ATTTCGCTTG--TA-TAAAATTTGATTATTTATTT--------------------ATACTT--CCTC--CGAGTCC-AGAT--TTGTA-GATATA-AATTCAATCGTCCCTTATGGCtcttattctcaacaacctgtcaaa
gi|11                         :                    ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTATG--A--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGA---ATAAAA--ACATAC-TCCAAATTA-------AATTTA------------TAC-------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAGAATTaatatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaaTTCTTACTACTTAACCGATATCTTATGAAATAAGCA-TC----------ATTTA-----TA--CAAACAATGAATATAGTAAA-ACAAAT----AAAACG--CTG-TCAGTAAAACTACCTAG----CGATACG---------------GGTAGCCCAT-C-AA--ACA-ACCTGATTTCTT-TACAATTGTCAATAAC---CTTTGACTTGATGACACTGATAACTT--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTATA-T----A-----TTTTGTTAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaaaATTACTTTA-------------TATACTTGTT--C--CGTGTCCCAGAT--TCGTAAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTTTTGGCGATGGCTGTA
gi|14                         : tttagctaaacagatgataactgattataactaattgcgacattttatatttaatgtatttgacttcttttaattaagcttGACAACTCACTAGAGTAGA---ATACAAT-ATATAC-ACAAAATAA-------AATATAC--A----A--------TTT-TACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TACATTTA---T-ACAATGT---GTAgccacatgactttacttccttt
gi|15                         :                                                         --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGA---ATACAGT-ATATACATAAAAATAC-------AATTTAC--ATTTGTTTTTACGTTTT-TA-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATATATTTA---T-ACAATAT---ACAccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACAT--GCCT-GTA-CAA-TGTTATTAACT---TT---GC---ACTAACAGACCCT--TATATTTCAGGCCGC---AG-----A-----AA-----C-----TAGCGA-----TTTTGTTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gcgaaaagCTAGCTGA--CTAGATACATGGCT-ACACAACGTACA-T--AC----ATT--GT---ACTAGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTAGCTT----A-----TTTTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                  tgtaTTTCAG--TTTATATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC---TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA--CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATATCATTCGAAT----------GTTTATAAAAATGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTAGCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAG-TATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTACAA---TCGACCGTATTCCGACGACAGGAACGTCAAGTCGTCCATTTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCT-ACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCTAAAA-CG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTA-CTTA-C-CATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATTCATTTTCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCA-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTCAAA-ACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAG-TATTAAATTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAT------------AACATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCACAACTAAACCCAAAGATGATTCT-GCTA--ACTGGACATCGATTTACC-T-ACACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGA----ATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTA-TAAGCC-AATG-TACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTT--T-GA-CTTCGATGAACTAAACT-TCT-G-A-A-TGATTTTCTCTTTAATCAAAGAATGAAAAT-GT-AA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCCC-TACAATGGCC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----CTTAATT----A-----TTTTGTTAC
gi|22                         :                                                    tGTGA--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATC---ATACAAT-ATATAC-TCAAAA
gi|23                         :                                                    TGTAG--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGCAAAAGTTATAC-----TATAC-TCAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---ACTCGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTGGCTT----A-----CTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTGACACTGAGAATTC--AGGCCACATAAA-----C-----AAAC---T-----T----A-----TTTTGTTACA-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACACTACTAAGTT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C----------------CTTTGTTACA-GTCATCAAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----C----AAACATTTTTGTTACA-
gi|3                          :                  ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCAGAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAATCGTTTAT---AAGGTAA-------AATTTAC--A----ATTTTAA--TAA-TAAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATACAA-------------------------GTA-----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTATCATTC-------AAAA---GTTTATAAAAT-GCACTA-------------TATACTT--T--C--TGCATCC-GGAT-ATCATA-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTTGCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG--------CGATCGTAGTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTT-CTGTCCT-ATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATTT-A-C-CATAT-ACCAATTTCATGGTATTTTT----ATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CT-A-AACATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATT-TTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttACACTTCTAAATA--AGGCCAA---AA-----C-----AA-----CCTTAAT----A-----TTTTGTTACA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACACTACTAGTTT--AGGCCGC---AA-----CCT---AA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTACTTAACT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACACTACTAAATT--AGGTCAC---AA-----C-----AA-----C-----ctaactacattttaca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACATTACTAAAAT--AGGGCAC---AA-----CAAATTAA-----C-----T----A-----TTTTGcttacaactttgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AGCCTATC-----T----A-----TTTTGTTTCA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTC-AAAGTATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCACGACAACTCCAAAAGATGTTTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCA----GTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG------------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTTAATGGA-ATTTGATGAAAAAAACTGTC--A-A-AGTGATTTATTTTGAAATCAAAAGATGAATAT-GT-AA-AAATATTTTTAAAACA--TTGCTC-------CTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTT-CTTAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAATAGAC----AC---GT---ACAAGCTGACACTACTAAATT--ATGCCAC---AACAGCCC-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-G-CATC
gi|5                          :                                                aaTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGA---ATACAA--GTATAC-TCAAAATAAAATTTACAATTTAC--A----ATTTTAT--TTT-TACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATA
gi|5                          :                           attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttc---ATACAAT-ATATAC----AAATTA-------AAGCTA----------TTGAC--T-----CATCA-ACAAA---A--------AA--ATACAACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAAAT---TACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACATCATAAGAATAATATAA-CTGTTATTAAAAT-ACACTAATATTGTATTTAGGATACTA--C--CACCGCGTCC-GGATTGTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCCGTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACGCCAGGATCGTCAAGTCGTC-----AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTTATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattCATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCACG-CCACGCC-AAAGATGATTTT-GCTAATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----A-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATA-TAAACCTAAATTAGTTTTATGAC-AATAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGTTATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TCAAA-A-A-TAATTTATTCTTTAATCAAAGCATGAAAAT-GTAAA-AGG-ATCCTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTT-CTCAATAAA-GCCT-ATATCAC-TACAATGAAC----AC---AT---ATTAGCTGACAGTACTAAATT--AGGGCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCACAACGATTCCGAAAGATGTTTTTTGCTAG-ACTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAACAA-CTTTAA----ATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATG-TAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCTAATGGA-TTTTCATGAAAAAACCG-TC--A-A-A-TAATTTATTCTTTAATCAAAAAA-GAATAT-GTTAA-AAG-ATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATAC-TTTT-----------------------TAAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAAGAGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTT-GAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTG-TATTAAATTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------A-TAC------------AACATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-CCAAAGATG-TTTT-GCTAT-ACTGGACAGTTTCC--CCATACTAAAGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTTAATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TC--AGA-A-TGATTTATTCTTTttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacAAACCATGGAATAA--ACCTGTCACGCGATGC--C----------GTACGATTCAAACTGTACAAAAA-AGTTT-ACTGGTAAAATATGATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTCATCGGA-TTTTTATAAAATAAACG-TC--A-ACG-TGACTTATTCTTTAACCTTAAAATGAATTT-ATAAATATATATGT--ACAATGTTTTATCC-------CTATCTATCTAGCGAAAAG-GTAAACAAGCCTGTGCTACCTGAT-TTATATACATGTCT-ATACAACGTACAA---------ACTTTGT---ACCAGCTGACA-TGCTAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----T-----T----A-----GTTTATTgc
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|24 ): CTTTGCACTGGCCAACCTTTATAATTCAGACCACATAAACTAGCTATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|36 ): TGAAATGCAGGCCACATAAACTAGCTGTTTTGTTAC
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :                         11     11  2222                 11111111                                             111     11        1111111      222222222222222222222             2222222       111        11111     11111      1   22222    2222222                          222222222222222           11     33333333333333      11111               22                                                                                1                             11111                                                                 1                                                 111                                           11                                                          1  22222     1                                                 11                                                                    1                                                                                     11                                                                                                                 22                                                                                                 1                                                                                                   1   555555555555                   1                                                                                  22                                        11                                                           111111     2222222222                                                                                                                        222222222222                                                             1111111                                                                              1111  111                                        222222222222222222222222                              
lowQualScore                  :                         88     88  3333   1     6    0  88888888                           1        777      000     00        6666666  0   555555555555555555555  3    4     1111111 4 0   000     6  33333     44444   1  0   33333    6666666                0         555555555555555    1      11     99999999999999      33333 99       6    44     6      6      0                          44  0                             0                           3 88888         0       33                 2  3      1          2       5                   44         0                  777   1                      0       3  2     88                                                          0  66666   0 0  2                 3                            66                                       1      1 0                   0    3             1                                                                  44                                        0                                                                        11  0         0                                                      1                             0            1             22                                      5555   3         1        3      0   111111111111        3       2  0                                                        3 1  1  6       7    6    00        1  1  99               8        11                                                    3      555555     9999999999                      3      6    6    1   1           1    88   7                               0     55   1         2 333333333333 0                  0      1  5  8  5 0 8  3 33      77      8888888     0  0          5  00    888888    0   999         8    4       8      7   3333  222  777                     22       333  888888888888888888888888 5555 55555          5 7      
lowQualScore                  :                         ..     ..  ....   .     .    .  ........                           .        ...      ...     ..        .......  .   .....................  .    .     ....... . .   ...     .  .....     .....   .  .   .....    .......                .         ...............    .      ..     ..............      ..... ..       .    ..     .      .      .                          ..  .                             .                           . .....         .       ..                 .  .      .          .       .                   ..         .                  ...   .                      .       .  .     ..                                                          .  .....   . .  .                 .                            ..                                       .      . .                   .    .             .                                                                  ..                                        .                                                                        ..  .         .                                                      .                             .            .             ..                                      ....   .         .        .      .   ............        .       .  .                                                        . .  .  .       .    .    ..        .  .  ..               .        ..                                                    .      ......     ..........                      .      .    .    .   .           .    ..   .                               .     ..   .         . ............ .                  .      .  .  .  . . .  . ..      ..      .......     .  .          .  ..    ......    .   ...         .    .       .      .   ....  ...  ...                     ..       ...  ........................ .... .....          . .      
lowQualScore                  :                         00     00  5555   0     7    1  11111111                           0        000      000     00        2222222  1   111111111111111111111  7    4     8888888 4 1   777     2  99999     44444   4  0   00000    0000000                8         888888888888888    4      00     22222222222222      77777 22       7    77     7      7      3                          22  2                             0                           2 00000         8       88                 5  5      2          5       5                   22         8                  555   2                      2       2  5     33                                                          0  88888   2 0  5                 2                            55                                       0      0 8                   0    2             0                                                                  00                                        7                                                                        44  8         8                                                      4                             0            0             00                                      2222   2         0        2      0   222222222222        2       5  0                                                        2 0  0  7       8    7    22        0  0  22               0        00                                                    2      000000     2222222222                      5      7    7    0   5           0    88   9                               4     55   0         0 000000000000 2                  4      0  7  7  7 3 7  0 00      99      6666666     7  7          0  66    111111    1   222         9    4       9      4   9999  222  000                     99       777  777777777777777777777777 0000 99999          7 3      
consensus                     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-A-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC--A-A-A-TGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( family-1404 )     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-A-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC--A-A-A-TGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|1                          :                  ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAAT--CATAC-ACAAAATAA-------AATTTTC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTTGAATG-TAAAA-CTGTTTTTAAAATTGCACTA-------------GAAACTA--C--C--CGCGTCC-GGAT---TATA-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGTGCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGT-AGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAGTATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTA-CT-ATTATATTT-ATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATTAATTT--TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAG-TTCATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTTAATTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACAATTACACCCAAAGATGAATCT-GCTA--ACTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCA----A-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ACTTCA--AAATAA------------------TTATTCTGTAATCAAAGAATGGAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACATGTCATCAA
gi|10                         :                                                    TGTGG--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGA---TTACAAT-GTTTAT-TCAAAATAA-------AA-TTGCGAA----A---TAC--GTT-TATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAA--A-----ACAAACA---AAAATAACTAATTGCTACA-------CC-TTATATTGACTGC--ATTTCGCTTG--TA-TAAAATTTGATTATTTATTT--------------------ATACTT--CCTC--CGAGTCC-AGAT--TTGTA-GATATA-AATTCAATCGTCCCTTATGGCtcttattctcaacaacctgtcaaa
gi|11                         :                    ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTATG--A--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGA---ATAAAA--ACATAC-TCCAAATTA-------AATTTA------------TAC-------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAGAATTaatatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaaTTCTTACTACTTAACCGATATCTTATGAAATAAGC----------A-TCATTTA-----TA--CAAACAATGAATATAGTAAA-ACAAAT----AAAACG--CTG-TCAGTAAAACTACCTAG----CGATACG---------------GGTAGCCCAT-C-AA--ACA-ACCTGATTTCTT-TACAATTGTCAATAAC---CTTTGACTTGATGACACTGATAACTT--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTATA-T----A-----TTTTGTTAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tgaaaATTACTTTA-------------TATACTTGTT--C--CGTGTCCCAGAT--TCGTAAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTTTTGGCGATGGCTGTA
gi|14                         : tttagctaaacagatgataactgattataactaattgcgacattttatatttaatgtatttgacttcttttaattaagcttGACAACTCACTAGAGTAGA---ATACAAT-ATATAC-ACAAAATAA-------AATATAC--A----A--------TTT-TACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TACATTTA---T-ACAATGT---GTAgccacatgactttacttccttt
gi|15                         :                                                         --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGA---ATACAGT-ATATACATAAAAATAC-------AATTTAC--ATTTGTTTTTACGTTTT-TA-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATATATTTA---T-ACAATAT---ACAccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACAT--GCCT-GTA-CAA-TGTTATTAACT---TT---GC---ACTAACAGACCCT--TATATTTCAGGCCGC---AG-----A-----AA-----C-----TAGCGA-----TTTTGTTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gcgaaaagCTAGCTGA--CTAGATACATGGCT-ACACAACGTACA-T--AC----ATT--GT---ACTAGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTAGCTT----A-----TTTTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                                  tgtaTTTCAG--TTTATATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC---TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA--CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATATCATTCGAAT----------GTTTATAAAAATGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTAGCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAG-TATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTACAA---TCGACCGTATTCCGACGACAGGAACGTCAAGTCGTCCATTTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCT-ACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCTAAAA-CG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTA-CTTA-C-CATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATTCATTTTCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCA-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTCAAA-ACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAG-TATTAAATTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAT------------AACATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCACAACTAAACCCAAAGATGATTCT-GCTA--ACTGGACATCGATTTACC-T-ACACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGA----ATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTA-TAAGCC-AATG-TACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTT--T-GA-CTTCGATGAACTAAACT-TCT-G-A-A-TGATTTTCTCTTTAATCAAAGAATGAAAAT-GT-AA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCCC-TACAATGGCC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----CTTAATT----A-----TTTTGTTAC
gi|22                         :                                                    tGTGA--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATC---ATACAAT-ATATAC-TCAAAA
gi|23                         :                                                    TGTAG--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGCAAAAGTTATAC-----TATAC-TCAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ---ACTCGCTGACACTGAGAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----CTGGCTT----A-----CTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTGACACTGAGAATTC--AGGCCACATAAA-----C-----AAAC---T-----T----A-----TTTTGTTACA-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACACTACTAAGTT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C----------------CTTTGTTACA-GTCATCAAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACACTACTTAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----C----AAACATTTTTGTTACA-
gi|3                          :                  ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCAGAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAATCGTTTAT---AAGGTAA-------AATTTAC--A----ATTTTAA--TAA-TAAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATACAA-------------------------GTA-----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTATCATTC-------AAAA---GTTTATAAAAT-GCACTA-------------TATACTT--T--C--TGCATCC-GGAT-ATCATA-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTTGCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG--------CGATCGTAGTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTT-CTGTCCT-ATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATTT-A-C-CATAT-ACCAATTTCATGGTATTTTT----ATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CT-A-AACATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATT-TTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttACACTTCTAAATA--AGGCCAA---AA-----C-----AA-----CCTTAAT----A-----TTTTGTTACA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACACTACTAGTTT--AGGCCGC---AA-----CCT---AA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTACTTAACT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACACTACTAAATT--AGGTCAC---AA-----C-----AA-----C-----ctaactacattttaca
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACATTACTAAAAT--AGGGCAC---AA-----CAAATTAA-----C-----T----A-----TTTTGcttacaactttgt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AGCCTATC-----T----A-----TTTTGTTTCA-
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTC-AAAGTATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCACGACAACTCCAAAAGATGTTTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCA----GTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG------------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTTAATGGA-ATTTGATGAAAAAAACTGTC--A-A-AGTGATTTATTTTGAAATCAAAAGATGAATAT-GT-AA-AAATATTTTTAAAACA--TTGCTC-------CTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTT-CTTAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAATAGAC----AC---GT---ACAAGCTGACACTACTAAATT--ATGCCAC---AACAGCCC-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-G-CATC
gi|5                          :                                                aaTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGA---ATACAA--GTATAC-TCAAAATAAAATTTACAATTTAC--A----ATTTTAT--TTT-TACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATA
gi|5                          :                           attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttc---ATACAAT-ATATAC----AAATTA-------AAGCTA----------TTGAC--T-----CATCA-ACAAA---A--------AA--ATACAACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAAAT---TACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACATCATAAGAATAATATAA-CTGTTATTAAAAT-ACACTAATATTGTATTTAGGATACTA--C--CACCGCGTCC-GGATTGTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCCGTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACGCCAGGATCGTCAAGTCGTC-----AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTTATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattCATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCACG-CCACGCC-AAAGATGATTTT-GCTAATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----A-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATA-TAAACCTAAATTAGTTTTATGAC-AATAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGTTATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TCAAA-A-A-TAATTTATTCTTTAATCAAAGCATGAAAAT-GTAAA-AGG-ATCCTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTT-CTCAATAAA-GCCT-ATATCAC-TACAATGAAC----AC---AT---ATTAGCTGACAGTACTAAATT--AGGGCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TCTGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCACAACGATTCCGAAAGATGTTTTTTGCTAG-ACTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAACAA-CTTTAA----ATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATG-TAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCTAATGGA-TTTTCATGAAAAAACCG-TC--A-A-A-TAATTTATTCTTTAATCAAAAAA-GAATAT-GTTAA-AAG-ATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATAC-TTTT-----------------------TAAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAAGAGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----CAACCTAA-----C-----T----A-----TTTTGTTAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTT-GAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTG-TATTAAATTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------A-TAC------------AACATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-CCAAAGATG-TTTT-GCTAT-ACTGGACAGTTTCC--CCATACTAAAGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTTAATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TC--AGA-A-TGATTTATTCTTTttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacAAACCATGGAATAA--ACCTGTCACGCGATGC--C----------GTACGATTCAAACTGTACAAAAA-AGTTT-ACTGGTAAAATATGATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTCATCGGA-TTTTTATAAAATAAACG-TC--A-ACG-TGACTTATTCTTTAACCTTAAAATGAATTT-ATAAATATATATGT--ACAATGTTTTATCC-------CTATCTATCTAGCGAAAAG-GTAAACAAGCCTGTGCTACCTGAT-TTATATACATGTCT-ATACAACGTACAA---------ACTTTGT---ACCAGCTGACA-TGCTAATTC--AGGCCAC---AT-----A-----AA-----T-----T----A-----GTTTATTgc


blockSeqs                     :                         .      AC  AAGG   A     G       AGTTGAGG                           T        GTT      TCG     AT        AATTTAC      CATTTGTTTTTACGTTTT     T    T     CGAATT  A     CTT     T  GTTT      GTCCT   A  A   ATTGC    CTTTTTA                          AGAATAATATAACT     A      TA     ATATTGTATTTAGG      CCT   AC       C    TG     A      T                                 AA                                T                           A TATCT                 AC                 C  T      A          G       T                   AT                            TTG   C                              A  G     .                                                           T  TAC       T  C                 A                            TC                                       A      T                     A    T             A                                                                  A                                                                                                                  CA                                                                   A                             A            T             TC                                      TTAC   A         A        A      T   TCAACAATATAG        A       C  T                                                        A T  A  C       A    T    AT        T  A  TA               A        TT                                                    A      CGCGAT     GTATGATATG                      T      A    G    C   A           G    AT   C                                     TA   T         G TGTCAAAG                               T  A  A  T   A  C TA      TT      AGTAAAA                   T        GACTGT        TTG         T    G       G      T   AATA  TTT  TTG                     TC       ATA  AAACTAGCT                AGCG AACAT          . T
blockSeqs                     :                                                 G       .                                  T        .        TG      T         .            CAATTTTAATAA           T    .     CGCAT   .     TA      T  TG        CA      G  C   TAC      .                                TGTATAAAATTT       A      TG     T                   GTT   .        .    A      .      .                                 CA                                .                           A AA                    TC                 C  A      A          G       .                   CT                            .     A                              A  G     .                                                           .  AAA       .  C                 A                            C                                        T      G                     .    T             T                                                                  G                                                                                                                  C                                                                    T                             .            G             AA                                      TTAT   A         C        A      .   .                   A       C  .                                                        A A  T  A       T    .    G         G  A  .                .        .                                                     A      AT         .                               T      .    .    C   A           G    AT   C                                     C    G         A TTCAAAAA                               A  .  A  .   T  T TT      .       .                         T        TTCCAT        AT          T    .       G      T   T     T    .                       .        .    CAACTTAAT                .    .              . .
blockSeqs                     :                                                         .                                  T        .        TA      T         .            CAATTTTATTTT           C    .     AA      .     CG      T  T         GT      A  .   AT       .                                CGAAT              A      T      G                   C     .        .    A      .      .                                 C                                 .                           . .                     CC                 .  .      T          .       .                   A                             .     T                              .  .                                                                 .  AC        .  .                 .                            T                                        G      T                     .    T             T                                                                                                                                                                                     G                                                                    T                             .            G             CC                                      .      .         C        .      .   .                   .       .  .                                                        A C  G  G       A    .    G         G  C  .                .        .                                                     A      GT         .                               T      .    .    T   A           G    A    C                                     A    G         A TTCTGAA                                T  .  T  .   T  C TA      .       .                         T        TTCCAC        AC          .    .       .      G   .     .    .                       .        .    AAACTGGCT                .    .              .  
blockSeqs                     :                                                         .                                  T        .        TA      A         .            CGAAATACGTT            T    .     AT      .     TA      T  T         AT      .  .   .        .                                CAAAA              T      G      T                   T     .        .    .      .      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                                                                    A                                                                                                                                                                                                                             C G  T  C       T    .    T         A  T  .                .        .                                                     C      AT         .                               A      .    .    A   G           A    T    .                                     A    G         A TTCAGAA                                A  .  A  .   T  C TA      .       .                         T        TTCCAC        TT          .    .       .      A   .     .    .                       .        .    CAACCTTAA                .    .              .  
blockSeqs                     :                                                         .                                  A        .        TA      T         .            CAATTT                 A    .     GC      .     TA      C  T         AT                                                                                 A      .                   C     .        .    .      .      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    . A  T  .       .    .    .         G  T  .                                                                               .      A          .                               .      .    .    .   .           .    .    .                                     T    C         C GTCAACG                                T  .  .  .   .  G .       .       .                         .        GCCTGT        TT          .    .       .      G   .     .    .                       .        .    CAAATTAAC                .    .              .  
blockSeqs                     :                                                         .                                  T        .        TA      T         .            TTGACT                 C    .     AT      .     C       .  .         G                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           .                                     A    G         A GTCAAA                                 T  .  .  .   .  . .       .       .                         .        .             AT          .    .       .      A   .     .    .                       .        .    CAGCCTATC                .    .              .  
blockSeqs                     :                                                         .                                  A        .        A       T         .            TAC                    C    .     A       .     A       .  .         .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 T    T         A A                                                                                                           .             A           .    .       .      .   .     .    .                       .        .    CAGCCCAAC                .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                            G        .        G       .                                             .    .     .       .     A       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .           .    .       .      .   .     .    .                       .        .    CAACCTAAC                .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                     .        .       .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .                       .        .    CAACCTAAC                .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    AAACTATA                 .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    CAAACT                   .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    CCTAAC                   .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    AAAC                     .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    CAAC                     .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    CAAC                     .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    CAAC                     .    .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    CAAC                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .        .    AAAT                                            


blockSeqCons                  :                                                                                                              TA*                            CAATTTACT************                                                               AC***                                     CGAATT*********           N*                                             G*                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              **                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           G*                                                                                                     AT****                                                                                                                                       TTCAAAA*****                                                                                                                                                                                                   CAACCTAAC***************
originalCons                  :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAA-------AATTTAC--A----ATTTTAC--TTT-TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAT--CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATA-TAAAA-CTGTTTATAAAATTGCACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-A-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCGAATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC--A-A-A-TGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AA-----C-----AA-----C-----T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
finalCons                     :                  ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAATA-TATAC-TCAAAATAA-------AATTTACAATTTACT------------TACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTAAC---TACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATATCATTCGAATT---------GTTTATAAAATN-CACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGATG-TCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-A-CACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCG-TTATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCT--AATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCAAT----ACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACTTCAAAA-----TGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAATT--AGGCCAC---AACAACCTAAC---------------T----A-----TTTTGTTACA-GTCATCAA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|24 ): CTTTGCACTGGCCAACCTTTATAATTCAGACCACATAAACTAGCTATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|36 ): TGAAATGCAGGCCACATAAACTAGCTGTTTTGTTAC
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA






Alignments
lowQualScore                  :        11     11  2222                 11111111                                             111     11                5555555555555555555555555555            2222222       111        11111    2222222222222   111     2222222                      3333333333333        66666666666666666666666666666666666666666666666666      11111               22                                                                                1                             11111                                                                 1                                                 111                                           11                                                          1  22222     1                                                 11                                                                    1                                                                                        1                                                                                                               33                                                                                                 1                                                                                                   1   555555555555                   1                                                                                  22                                        11                                                           111111     2222222222                                                            11                                                                                                                                1111111                                                                              1111  111                                                                         
lowQualScore                  :        88     88  3333   1     6    0  88888888                           1        777      000     00             1  0000000000000000000000000000 3    4     1111111 4 0   000     6  33333    1111111111111   222   6 1111111 2           66       1111111111111   2    33333333333333333333333333333333333333333333333333      33333 99       6    77     6      6      0                          44  0                             0                           3 88888         0       33                 2  3      1          2       5                   44         0                  777   1                      0       3  2     88                                                          0  66666   0 0  2                 3                            66                                       1      1 0                   0      3           1                                                                  0  3                                      0                                                                        55            0                                                      1                             0            1             22                                      5555   3         1        3      0   111111111111        3       2  0                                                        3 1  1  6       7    6    00        1  1  99               8        11                                                    3      555555     9999999999                      3      6    6    1   1           1    66   7                               0     55   2      0    88  88                       0      1  5  8  5 0 8  3 33      77      8888888     0  0          5  00    888888    0   999         8    4       8      7   3333  111  666             0    0 1 22       3333    3   22 3            5 7      
lowQualScore                  :        ..     ..  ....   .     .    .  ........                           .        ...      ...     ..             .  ............................ .    .     ....... . .   ...     .  .....    .............   ...   . ....... .           ..       .............   .    ..................................................      ..... ..       .    ..     .      .      .                          ..  .                             .                           . .....         .       ..                 .  .      .          .       .                   ..         .                  ...   .                      .       .  .     ..                                                          .  .....   . .  .                 .                            ..                                       .      . .                   .      .           .                                                                  .  .                                      .                                                                        ..            .                                                      .                             .            .             ..                                      ....   .         .        .      .   ............        .       .  .                                                        . .  .  .       .    .    ..        .  .  ..               .        ..                                                    .      ......     ..........                      .      .    .    .   .           .    ..   .                               .     ..   .      .    ..  ..                       .      .  .  .  . . .  . ..      ..      .......     .  .          .  ..    ......    .   ...         .    .       .      .   ....  ...  ...             .    . . ..       ....    .   .. .            . .      
lowQualScore                  :        00     00  5555   0     7    1  11111111                           0        000      000     00             1  7777777777777777777777777777 7    4     8888888 4 1   777     2  99999    4444444444444   555   7 7777777 2           00       0000000000000   2    77777777777777777777777777777777777777777777777777      77777 22       7    00     7      7      3                          22  2                             0                           2 00000         8       88                 5  5      2          5       5                   22         8                  555   2                      2       2  5     33                                                          0  88888   2 0  5                 2                            55                                       0      0 8                   0      2           0                                                                  7  3                                      7                                                                        00            8                                                      4                             0            0             00                                      2222   2         0        2      0   222222222222        2       5  0                                                        2 0  0  7       8    7    22        0  0  22               0        00                                                    2      000000     2222222222                      5      7    7    0   5           0    99   9                               4     55   8      5    11  44                       4      0  7  7  7 3 7  0 00      99      6666666     7  7          0  66    111111    1   222         9    4       9      4   9999  000  444             3    3 9 66       7777    1   00 8            0 3      
consensus                     : ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAAAATTTACA-----ATTT-AC----------T--T--ACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTA-A-CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATAT------C------ATTCGAAT--------TGTTTATAA--AA------TN-C-ACTA-------------NATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-AC-ACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCGTT-ATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTC-AATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TC-AAAATGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAAT-T--AGGCCACA---ACAACCTAA-C-TATTTTGTTACA-GTCATCAA
Reference ( family-1404 )     : ACAAATGGTTAGAAACTTAAGGGAANATTGTGTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACNAGGGTAGA---ATACAAT-ATATAC-TCAAAATAAAATTTACA-----ATTT-AC----------T--T--ACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATGT---ATAGTACGTA-A-CTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATAT------C------ATTCGAAT--------TGTTTATAA--AA------TN-C-ACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-GTCGTA-GATTTA-GCATCATTCGTCCCTTGCGGCGGTGGCTATATANACTGGGTTATCTCCCCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTACGTCGCCTCGTACCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTGCCACCAGNTGACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAATGACATGGCGTCTATTA-CT-AC-ACATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATNATAACANTTCATTCAATTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTTTNAACAACATCTCATATACGACCCTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCGTT-ATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCT--AATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTAAATTACANACATTACCGTCGGNNTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGATTACGTCAAAAATATATNTATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACGACNACNCCCAAAGATGATTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGNTT--CCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----ATACATC----------GTACGATGCGGACTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACTTAAATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-ATTTNATGAAATAAACT-TC-AAAATGATTTATTCTTTAATCAAAGAATGAANAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCGATACGTTTTAACAATTCCGCGCTACCTGAT-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAAT-T--AGGCCACA---ACAACCTAA-C-TATTTTGTTACA-GTCATCAA
gi|1                          : ACAAATGGTTAAAA--TT----GAACATTGT-CATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAAT--CATAC-ACAAAATAAAATTTTCA-----ATTTTAC----------T--TTTACATGA-ATAAA---A--TT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATAGTACGTA-ATCTACA-------TCGCGATCCAAACTGCTTATAT------C------ATTTGAATGTAAAAC-TGTTTTTAA--AA------TTGC-ACTA-------------GAAACTA--C--C--CGCGTCC-GGAT---TATA-GATTTA-ACATCACTCGTCCCGTGCGGCGGTAGCTATATAAACTGGGTTATCTCACCTAGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTTATGTCGCCTCGTATCGACTA---TCGACCGTATTCCGACGT-AGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAGTATGTGGGTTGCTGTCCTTATGACTGTACTACCACCAGCTGACTTCCTGGCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGACACATTCCTCGCTTACGTCTAAAAACGGCTACAATTTATATATAATCTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATAAAGACATGGCGTCTATTA-CT-ATTATATTT-ATCAATTTCATTGTATTTTTATCAATATATGATAATAGTGCATTAATTT--TAACCATCTAATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTTCATTCAATTTTCACTATCT-GTAGTT-CATGGCAGTTTAAACAACATCTCATATATGACCCTCCGTCAATCTCAATATAGCAATTATATCTCTACATAACTTCTCATTTATAATATGAACATTTACAGACCAATTCTGTATCTATTCACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTGCACATATCAATCAATTCTAACATGGTGAATCTCAAATATGTCATCGTAAACACAGTATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTCCAAGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTGGATGTG-TATTTAATTACATACATTACCGTCGGAATGGATATGTACAATTTATACAACTTTAGTTAGATATGATCATGTCAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAC------------AACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATATGCCGTTATGTACTGGAACAGTAACATGCTCAATCTTTCTCGTCACAATTACACCCAAAGATGAATCT-GCTA--ACTGGACATTGCTT--CCATAACACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATTATGAAACAACAAATTCTCA----A-ACATC----------GTACGATGCGGATTTTACGCTATTAGGCC-AATG-TAAACCTACATTAGTTTTATGACAAATAAACCCGTTCAATTATTCTAACTTTCTTAATACTTAATGGA-A--------------CT-TC-AAAATAATT-ATTCTGTAATCAAAGAATGGAAAT-GTAAA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGGTATCAATACGTTTTAACAATTCCACGCTACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCAC-TACAATGGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAAT-T--AGGCCACA---AC-----AA-C-TATTTTGTTACATGTCATCAA
gi|10                         :                                   TGTGG--------CAAAATGAAAAATGGTCTACAACCCATTAGGATAGA---TTACAAT-GTTTAT-TCAAAATAAAA-TTGCG-----AAAT-ACGT--------T--T--ATACAATATAAACGCA--TTAAAGAACTTTACAA--A-----ACAA------ACAA-AAATA-A-CTA-A-------TTG----CTACAC--CTTATATTGACTGC------ATTTCGCT--------TG--TATAA--AA------TT-TGATTATTTATT-------TATACTT--CCTC--CGAGTCC-AGAT--TTGTA-GATATA-AATTCAATCGTCCCTTATGGCtcttattctcaacaacctgtcaaa
gi|11                         :   ccatttctttcctttcaatgttaaccttTGTATG--A--------CAAATTGGCTAAGGGTCAACAACTCAGTAGGGTAGA---ATAAAA--ACATAC-TCCAAATTAAATTTA----------T-AC----------------ATATGT-ATATA-------T-AC-AA-TATAGAATTaatatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattaaaaagtatctgctcttaaaatttacatttatgtgttatataaagaagcaactatatttcaaTTCTTACTACTTAACCGATATCTTATGAAATAAGC--------ATCATTTA-----TA--CAAACAATGAATATAGTAAA-ACAAAT----AAAACG--CTG-TCAGTAAAACTACCTAG----CGATACG---------------GGTAGCCCAT-C-AA--ACA-ACCTGATTTCTT-TACAATTGTCAATAAC---CTTTGACTTGATGACACTGATAACT-T--AGGCCAC----ATAAACTAT-A-TATTTTGTTAtcactcctcaacaaaacaaataccggtttaagaatgtcctatcatctaatagctacactgtata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                          tgaaaTA-A-CTA-A-------TTGCGAC----ATT--TTATAT------TTAATGTATTTGACT--------TCTTT-TAATTAAGCTTATTA-C-TTTA-------------TATACTTGTT--C--CGTGTCCCAGAT--TCGTAAGATTTATGCA-CATTCGTCCCTTTTGGCGATGGCTGTA
gi|14                         :                                      tttagctaaacagatgataactgattaGACAACTCACTAGAGTAGA---ATACAAT-ATATAC-ACAAAATAAAATATACA-----ATT--------------T--T--ACATAA-AGACA---A--AT-ACGAA-C-TACATTTA---T-ACAATGT---GTAgccacatgactttacttccttt
gi|15                         :                                        --------CAAAATGGCCAAAG-TTGACAACTCTCTAGTGTGGA---ATACAGT-ATATACATAAAAATACAATTTACATTTGTTTTT-ACGTTT------T--T--A-ATGT-AAAAT---A--TT-ATGAA--ATATATTTA---T-ACAATAT---ACAccaattaaaaaaaaattctgaatacaaaaagaaatacagtttactaatggtcttgatttaaacatattttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gtTTTAACAAGACTGTACTACCTGTTGCTGTACAT--GCCT-GTA-CAA-TGTTATTAACT---TT---GC---ACTAACAGACCCT--TATAT-TTCAGGCCGCA---G-AAACTAG-C-GATTTTGTTAtatatacagattaataaaaaattttactcaacaaacacaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gcgaaaagCTAGCTGA--CTAGATACATGGCT-ACACAACGTACA-T--AC----ATT--GT---ACTAGCTGACACTGAGAATT-C--AGGCCAC----ATAAACTAG-CTTATTTTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                             tgtaTTTTCA-----GTTT-A--------------T--ATATAA-ATAAA---G--CT---GAA-CGGGC---TA---TGACCATG----ATGGTACGTATA-CTACA-------TTGCGTTCCAAACAGCTTATAT------C------ATTCGAAT---------GTTTATAA--AAA-----TG-C-ACTA-------------GATACTT--C--C--CGCGTCC-GGAT-ATCGTA-GATTTA-TCATCATTCGTTCCTAGCGGCTGTGGCTTTATAAACTAGGTTATCTCCCCTAGAATTCTATACTGAG-TATATGACTTTACGCCGCCTCGTACCTACAA---TCGACCGTATTCCGACGACAGGAACGTCAAGTCGTCCATTTGACGAATATGTGGGTTGCTGTCCT-ACGACTGTACTGCCATCAGATGACTTCGTGTCACGTTTATACGTCGTTA---ACGCAGCGGACACATTCCTCGCTTACTTCTAAAA-CG---------TATATATAAACTCTGATTTACTAGTTACTCAAATATGTAATGTCATGGCGTCTATTA-CTTAC--CATCT-ATCAATTTCATGGTATTTTTATCAATATATGATAACAGTACATTCATTTTCTAACCATCTAATACTTTCATGGTATATTTATCAACATATAATAACATTCCATTCAACTCTTACTATCT-GCAGTTTCATGGCAGTCTAAACAACAGCTCATATACGAAACTCCGTCAATCTCAACATAGCAATTATATCTCTTCATAACTTCTCATT-ATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTAACTTTGTGAATATCAGAAAAAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTGACATGGTGAATCTC-AAAACTTCATCGTAAACACAATATCAACAGCTTAAAATACGTTCTCAGATTCCTCGGTCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCGTAGATGAG-TATTAAATTACATACATTACCGTCAGTCTGGATATGAACAATTTATACAACTTTACTTAGATCTGA------CAAAAATATATATATCAGACATTTAAA-TAT------------AACATAATATAAAATT-ACTATACCCATATGCTCTTATGTACTGGAACAGTAACATGTTCAATCTTTCTCGTCACAACTAAACCCAAAGATGATTCT-GCTA--ACTGGACATCGATTTACC-T-ACACAATCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACCCTGA----ATACATC----------GTACGATGGAGACTTTACGCTA-TAAGCC-AATG-TACACTTAAATTCGTTTAATGACAAATAAACCCGTTTAATTATTCTTACTTTCTTAATACTT--T-GA-CTTCGATGAACTAAACT-TC-TGAATGATTTTCTCTTTAATCAAAGAATGAAAAT-GT-AA-AAATATCTTAAAAACG--TTGCTC-------CTATCGAGCTATCAATACGTTTAAACAATTCCATGATACCTGAC-CTAAATATA-GCCT-ATATCCC-TACAATGGCC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTTAAT-T--AGGCCACA---ACAACTTAA-T-TATTTTGTTAC
gi|22                         :                                    GTGA--------CAAAATGACCAAGGGTTGAGAACTTGCAAGGGAATC---ATACAAT-ATATAC-TCAAAA
gi|23                         :                                   TGTAG--------CAAAATGACCAACGGTCGACTACTCACTAGGCAAAAGTTATAC-----TATAC-TCAA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---GC---ACTGGCCAACCTTTATAATT-C--AGACCACA----TAAACTAG-C-TATTTTGTTAC
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttt---ACTCGCTGACACTGAGAATT-C--AGGCCAC----ATAAACTGG-CTTACTTTGTTA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTGACACTGAGAATT-C--AGGCCACATAAACAAACT-----TATTTTGTTACA-
gi|27                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACACTACTAAGT-T--AGGCCACA---ACAACC---------TTTGTTACA-GTCATCAAa
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACACTACTTAAT-T--AGGCCACA---ACAACCAAA-C-ATTTTTGTTACA-
gi|3                          : ACAAATG--TAGAAACTTAAGGGAAAATTGTGTATGCAGAGTTGAGGCAAAATGGCTAAGGGCCGACAACTCACAAGGGTAGA---ATACAATCGTTTAT---AAGGTAAAATTTACA-----ATTTTAA----------TAAT--AAATGA-ATAAG---A--TT-ACGAA-TATACAA-------------------------GTA----TACA-------TCGCGATCCAAACTGTTTTTAT------C------ATTCAAAA---------GTTTATAA--AA------TG-C-ACTA-------------TATACTT--T--C--TGCATCC-GGAT-ATCATA-AATTTA-GCATAACTCGTCCCTTGCGGCGGTGACTATATAC-CTGGGTTGTCTCCCCTTGAACTCTATACTGAG-TATATGGCTTAACGTCGCCCTGAACCG--------CGATCGTAGTCCGACGTCAGGAACGTCAAGTCGTCCATATGACGAATATGTGGGTT-CTGTCCT-ATGATTGTACTGCCACCAACTGACTTCCTGCCACGTCTATACGCCGTTATTGACGAAGCAGACACATTTTTCGCTTACGTCTTAAAACGGCTACA--TTATATATAAACTCAGATTTACTAGTTACTCAAATATATATTGACATGGCGTCTATTATTT-AC--CATAT-ACCAATTTCATGGTATTTTT----ATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CTAAACATCTTATAGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATTTTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacATATATGATAACAGTGCATTCATTT-CT-AA-ACATCTTAT-AGTTTCATGGTAGATTTATCAACATATTATAACAGTGCATTCAATT-TTTACCATCTAACAGTTTCATGGTAGATTTATCAATATATGATAACATTTCACTCAATACTTACTATTT-GCAGTTTCATGGCAGTTTTTACAGCATCTCCTATACGACCCTCTGTCAATCTCAACATAGCAGTTATATCTCTACATAACTTTTCGTT-ATAATATTAACAATTACAGACCAATTCTGTATCTATTCGCTTTGTGAATATCAGAATAAGTATCAACATAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATCTC-CATACTTCACCG-AAACACAATATCAACAGCTCAAAATACGTTCTCAGATTTCTCGGCCTATATTCTTACAAAACGacatttcactcaatacttactatttgcagtttcatggcagtttttacagcatctcctatacgaccctctgtcaatctcaacatagcagttatatctctacataacttttcgttataatattaacaattacagaccaattctgtatctattcgctttgtgaatatcagaataagtatcaacataatttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatctccatacttcaccgaaacacaatatcaacagctcaaaatacgttctcagatttctcggcctatattcttacaaaacg
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tccaaactcgcattatttagaaactaaaactgggagaaacacaaatgtagaaacttaagggaaaattgtgtatgcagagttgaggcaaaatggctaagggccgacaactcacaagggtagaatacaatcgtttataaggtaaaatttacaattttaataataaatgaataagattacgaatatacaagtatacatcgcgatccaaactgtttttatcattcaaaagtttataaaatgcactatatactttctgcatccggatatcataaatttagcataactcgtcccttgcggcggtgactatatacctgggttgtctccccttgaactctatactgagtatatggcttaacgtcgccctgaaccgcgatcgtagtccgacgtcaggaacgtcaagtcgtccatatgacgaatatgtgggttctgtcctatgattgtactgccaccaactgacttcctgccacgtctatacgccgttattgacgaagcagacacatttttcgcttacgtcttaaaacggctacattatatataaactcagatttactagttactcaaatatatattgacatggcgtctattatttaccatataccaatttcatggtatttttACACTTCTAAAT-A--AGGCCAAA---ACAACCTTA-A-TATTTTGTTACA-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACACTACTAGTT-T--AGGCCGCA---AC---CTAA-C-TATTTTGTTAC
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACTACTTAAC-T--AGGCCACA---ACAACCTAA-C-TACATT-TTACA-
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ACACTACTAAAT-T--AGGTCACA---ACAACCTTA-C-AACTTTGT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GACATTACTAAAA-T--AGGGCACA---ACAAATTAA-C-TATTTTG
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAAAT-T--AGGCCACA---ACAGCCTAT-C-TATTTTGTTTCA-
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tAAATGC--AGGCCACA----TAAACTAG-C-TGTTTTGTTAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tgCAGAAACAGCATCAACAAAATTTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATGATGAATTT--AATACTTGATCGTAAACACGATATCAACGGCTCAAAATACGTTCTCATATTCCTCGGTCTGTATTCTTACAAAACAACTCTCAATATCGCGGATGTGAAATTAAATTACAGACATTCTCATCGGAATGGAAATAAACAATTTATACAACTATACTTAGATCTGATTACGTC-AAAGTATATCTATCAGACATTTAAATTACTCAACAATATAGAACATAATATAAAATTCAC-ATACCCATCTGCCGCTTTGTATTGGAACAGTAACATTCTCAATCTTTCTCGTCACGACAACTCCAAAAGATGTTTCT-GCTAG-ACTGGACAGTGATT--CCATAATACAATCAGACATATACA--GCAAAACACTCCACATACCTTAGTGAATTTCGTGCAAATTATGAAACAACAAACTTTCA----GTATATCGTATGATATGGTACGATGCGGAGTTTACGCTCTTAGGTCAAATG------------TAGTTTTATGACAAA-AAA-CCGTAAAATTATTCAAATTTTTTTAAAACTTAATGGA-ATTTGATGAAAAAAACTGTC-AAAGTGATTTATTTTGAAATCAAAAGATGAATAT-GT-AA-AAATATTTTTAAAACA--TTGCTC-------CTATCTAGCTATCGAAACGTTTTAACACTTCCACGCTATATGTT-CTTAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAATAGAC----AC---GT---ACAAGCTGACACTACTAAAT-T--ATGCCACA---ACAGCCCAA-C-TATTTTGTTACA-G-CATC
gi|5                          :                               aaTATGTAG--------CAAAATGACCAAGGGTCGACAACTCACGAGGGTAGA---ATACAA--GTATAC-TCAAAATAAAATTTACA-----ATTT-ACAATTTTATTTT--T--ACATGA-ATAAACG-AATTT-ACGAA-TATACAATTA---T-ACAATAT---ATA
gi|5                          :          attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttc---ATACAAT-ATATAC---AAATTAAAGCT---------ATTG-AC----------T------CATCA-ACAAA---A--------AA--ATACAACTGGTTT-AAAATGTCCTATGATG-GAA-A-TTACACTTTTTATAGCGATCCAAACTGCTTACAT------C------ATAAGAATAATATAACTGTTATTAA--AA------TA-C-ACTAATATTGTATTTAGGATACTA--C--CACCGCGTCC-GGATTGTCGTA-GATTTA-GCGTCATTCGTCCGTCGTGGCGATGGCTATATACACATGGTTATCTTCCCTAGAACTCTATACTGAGTTATCTGGCTTTACGTCGCCTCGTACTGACTATCTTCGACTGTACTCCGACGCCAGGATCGTCAAGTCGTC-----AACGATTATGTGAGTTGCTGTCCTTATGACGGTACTACCACCAGA-GACTTCCTGTCACGTCTATACGTCGTTA---ACGTAGCGGATACATGTCTCGCGTCAATCTAAAAACGGCcaaattaaagctattgactcatcaacaaaaaaatacaactggtttaaaatgtcctatgatggaaattacactttttatagcgatccaaactgcttacatcataagaataatataactgttattaaaatacactaatattgtatttaggatactaccaccgcgtccggattgtcgtagatttagcgtcattcgtccgtcgtggcgatggctatatacacatggttatcttccctagaactctatactgagttatctggctttacgtcgcctcgtactgactatcttcgactgtactccgacgccaggatcgtcaagtcgtcaacgattatgtgagttgctgtccttatgacggtactaccaccagagacttcctgtcacgtctatacgtcgttaacgtagcggatacatgtctcgcgtcaatctaaaaacggc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   attaaaatatcctgatctgataatattcaaaatgggtttatgtaatgcaatttcgttattttacaggtgttttctatgtagcaaaatgaccaagggtcgacaactcacgagggtagaatacaagtatactcaaaataaaatttacaatttacaattttatttttacatgaataaacgaatttacgaatatacaattCATCTGCCGTTATGCACTGCAATAGTACCCTGCTCAATCTTTCTCGTCACG-CCACGCC-AAAGATGATTTT-GCTAATACTGGACAGTGCTT--TCATAATACAGTCAG-CATATATA--GCAAAACAGTCCACATACCTAAGTTAATTTCGTGTAAATCATGAAACAACAAACTTTCA----A-ACATC----------GTACGAGGCAGACTTTACGCTATTAGGCC-AATA-TAAACCTAAATTAGTTTTATGACAA-TAAACCCGTTTAATTATTCTATCTTTCTTAATACGTTATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TCAAAAATAATTTATTCTTTAATCAAAGCATGAAAAT-GTAAA-AGG-ATCCTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGGTACGTTTTAATAATTCCACGCTACCTGTT-CTCAATAAA-GCCT-ATATCAC-TACAATGAAC----AC---AT---ATTAGCTGACAGTACTAAAT-T--AGGGCACA---ACAACCTAA-C-TATTTTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTGCCGTTTTGTAATGGAACAGTTACATGTTGAATCCTACTCGTCACAACGATTCCGAAAGATGTTTTTTGCTAG-ACTAAACGAAGTTT--CCATAATACAGTCAG--ATATATATTGTAAAACGCTCCACATATCTTTGTGAATTTCGTGCAAATTATGAATCAACAA-CTTTAA----ATATATC----------GTAACATGCGAATTTTACGCTATTATGCT-CATG-TAAATTTAAATAAGTTTTAT--CAA----------TTAATTGTTCTAACTTTCTGAATACCTAATGGA-TTTTCATGAAAAAACCG-TC--AAATAATTTATTCTTTAATCAAAAAA-GAATAT-GTTAA-AAG-ATCTTAAAAACG--TTACTC-------CTATCGAGCTATCGATAC-TTTT-----------------------TAAATATA-GCCT-ATATCAT-TCCAAGAGAC----AC---GT---ACTAGCTGACACTACTAAAT-T--AGGCCACA---ACAACCTAA-C-TATTTTGTTAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTAATTACACATATCAATCAATTCTAACATTGTGAATTTG-AATACTTCATCGTAAACACGATATCAACAGCTCAAAATATGTTCTCAGATTCCTCGGCCTATATTCTAACAAAACGCTTCTCAATACCATAGATGTG-TATTAAATTACAGACAGTACCATCGGCCTGGATATAAACAATTTATGCAACTTTACATAAATCTGATTATGTCAAAAATATATCTATCAGAC------A-TAC------------AACATAAC-TAAAATTCAC-ATACCCATCTGCTGTTACGTACTGG------AACATGCTCAATCCTTCTCGTCACGCCAACT-CCAAAGATG-TTTT-GCTAT-ACTGGACAGTTTCC--CCATACTAAAGT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAAA---GTTTAATTATTTTAACTTTCGTAATACTTAATGGA-ATTTGATGAAATAAACT-TC-AGAATGATTTATTCTTTttaattattttaactttcgtaatacttaatggaatttgatgaaataaacttcagaatgatttattctttgc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ttaattacacatatcaatcaattctaacattgtgaatttgaatacttcatcgtaaacacgatatcaacagctcaaaatatgttctcagattcctcggcctatattctaacaaaacgcttctcaataccatagatgtgtattaaattacagacagtaccatcggcctggatataaacaatttatgcaactttacataaatctgattatgtcaaaaatatatctatcagacatacaacataactaaaattcacatacccatctgctgttacgtactggaacatgctcaatccttctcgtcacgccaactccaaagatgttttgctatactggacagtttccccatacAAACCATGGAATAA--ACCTGTCACGCGATGC--C----------GTACGATTCAAACTGTACAAAAA-AGTTT-ACTGGTAAAATATGATTAGTTTTACAATAA-TAAACCCCTTTACTTTTTTTAAAATGCTCATCACTCATCGGA-TTTTTATAAAATAAACG-TC-AACGTGACTTATTCTTTAACCTTAAAATGAATTT-ATAAATATATATGT--ACAATGTTTTATCC-------CTATCTATCTAGCGAAAAG-GTAAACAAGCCTGTGCTACCTGAT-TTATATACATGTCT-ATACAACGTACAA---------ACTTTGT---ACCAGCTGACA-TGCTAATT-C--AGGCCAC----ATAAATTAGTT-TATTTTGTgc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGTACTACGTAACTCTTTACATTTCTATGAAATGAATATACTTTGTACTATCTGACATTATAATTCAGGTCACATAAACTACTTATGGTATTTGT
Unaligned ( gi|19 ): TTATACAAGTTATATAAGTCACCTTATGACTCGACGACACGCTACTTAATGCCACATAAACTATGCATTGTGTTACA
Unaligned ( gi|20 ): CTTCTTTGCCTTTATAATAGCCTTGGACTAGGTGAAACTCTACTTAAGGCCATATAAAGTATATATTTTGTTAC
Unaligned ( gi|21 ): TCAAAATGTACAAAAAGGCTACTGGTAAAATATGATTAGTTTGACGATAATAAACCCCTTTCTTAATTT
Unaligned ( gi|29 ): ACACTGAAAATTCAGGCAACATAAATTAGCTTTTTTTTGTTACA
Unaligned ( gi|37 ): ACTGCAACATACAACATATTCTAATTACCTTGAAA