lowQualScore                  :              44444444                                                              333                                      11                11                    3333            999999999999999999999999      1111111            111          1                          11  
lowQualScore                  :              55555555  666   2         1                   2 2      2       2  77  888            2     4       9  1    88  11              5 66                    1111 77         444444444444444444444444      6666666            000   3      7              1        6  22  
lowQualScore                  :              ........  ...   .         .                   . .      .       .  ..  ...            .     .       .  .    ..  ..              . ..                    .... ..         ........................      .......            ...   .      .              .        .  ..  
lowQualScore                  :              99999999  111   2         4                   5 5      4       4  00  444            2     3       8  0    11  00              4 88                    3333 99         333333333333333333333333      6666666            000   0      0              7        7  11  
consensus                     : CAGAGCTCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGA-ATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAGTG--GG--GAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAAC-AT-GTT
Reference ( gi|3 )            : CAGAGCTCCAGAT-----T--TT---TTT-TAAGCTGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-CTC-A-GAGTTTTTCAGA-ATAGTGATGAGTATTGTGCATAATG--ATATACAACCAAACATGAGTTAAGCTGCAGCATACAGTT--TG--GAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATA------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGATTGGCTGTAAATATAAAACTAAC-AT-TTT
gi|16                         : CAGAGTTCCAGAT-----C--AT---TTTATAAGCTGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAAA-ATAGTAATGAGTAATGTGC
gi|24                         : CAAAGCTCCAGAT-----A--GT---TTT-TAATCCCATTGAGTAATTATTCATCA
gi|1                          :  AGAGCTCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCAAT-GAGT-------------AA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGATTTTCAGA-ATAGTAATGAGTAATGCTCAT-ATT--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGTTGCAGCATACAGTG--GG--GATGTACTA-----------TAATGGCCCCTTGGAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAAC-AT-GTT
gi|4                          :  AGAGCTCCAGAT-----A--ATA--TTT-TAAGACGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TATTTT-T-GAGTTTTTCAGA-ATAGTAATGAGTAATGCGTAT-ATG--ATATACAACCAAACCTTTGTTAAGTTGCAGCATACAGTG--GG--GATGTACTATAATGGCCCCTTA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGtggctgcttaacacaagaggctgcgtaacagaggttaattgcaaactcctgttaaattgctacgatattttgtgtttagctgttcaaatggacatccatctttccatt
gi|14                         :  AGAGTTCGAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGACGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGA-ATAGTAATGAGTAATGCACAT
gi|11                         :  AGAGCTCCAGAT-----AA-TG---TTT-TAAGAGGAT-GAGTAATTACTTACCAAAA-T-CAAAGT-AGATGAAATA-CTT-G-G-GTTTTTCAGA-ATAGTAATGAGTAATGCGCATA
gi|20                         :  AGAGCTCCAAAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGA--------------TTTTTCATA-ATAGTAATGAGTAATGCGCATAt
gi|19                         :  AGAGCTCCAAAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCAAT-GAGTAATTACTCTTCAAAA-T-CAGAGT-A---GAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGA-ATATTAATGAGTAATGCGCATt
gi|18                         :  AGAGCTCTAG-T-----TAATT---TTT-TAAGCCAAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-GAGAGT-AAAGTAG-T--CTT-A-AAA-TTTTCGGA-ATAGTAATGAGTAATGCGCAT
gi|2                          :   GAGCCCCATAT-----A--AT---TTT-TAAGACGGT-AAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGA-ATAGTGATGAGTATTGCACAT-ATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTACAGCATACAGTGGATGGAGAGGTACTATAACGGCCCCTTA-----------GAGCATG------GGGTTGTTGACTGCAGCAGACCAAGTTTGGCTGTAAATAAAAAACTAACAAT-TTT
gi|12                         :  gGAGCCCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCTGAC-GAGTAATTAATCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTC-ATGAGTTTTTCAGA-ATAGTGAGGAGTATTGTACATAggct
gi|13                         :   GAGCTCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCAAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGA-ACAGTAATGAGTAATGCGCATAt
gi|10                         :   GAGCTCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCTGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-TAGAGTCAGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGG-ATAGTAATAAGTAATGTGCAT
gi|17                         :   GAGCCCCAGAT-----CA-TT---TTT-TAAACCGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-TAGTTTTTCAGA-ATAGT-ATGAGTAATGCGCATgt
gi|15                         :   GAGCTCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCGAT-GATTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAG-TA-TTCTT-GAGTTTTTCAGA-AGAGTATTGAGTAATGCGCATA
gi|7                          :   GAGCCCCAGATAATTGT--TTAAACTT-TAAGATGAT-GAGTCATTACTCATCAAAACT-CATA---AGATGAG-TA-TTC-ATGATATTTTCTGA-ATAGTAATGAGTATTGTGCATA
gi|21                         :   GAGCCCCAGAT-----AA-TT---TTT-TAAGCCGAT-GAGTAATTACTCATCAAAA-TGTAGAGT-AGATGAG-TA-TT
gi|25                         :   GAGCCCCAGAT-----A--TT---TT---AAGCCGAT-GAGCAATTGCTC
gi|4                          :                                    TGAT-GAGTAATTACTCATC
gi|16                         :           agagctccagataatattttaagacTGAT-GAGTAATTACTCATCAaaatcagagtagatgagtatttttgagtttttcagaatagtaatgagtaatgcgtatatgatatacaaccaaacctttgttaagttgcagcatacagtggggatgtactataatggccccttagagcatgtggttgttg
gi|13                         :           cagagttccagatcattttataagcTGAT-GAGTAATTACTCATaaatcagagtagatgagtattcttgagtttttcaaaatagtaatgagtaatgtgc
gi|10                         :           gagctccagataattttttaagccaTGAT-GAGTAATTACTCATCAaaatcagagtagatgagtattcttgagtttttcagaacagtaatgagtaatgcgcata
gi|17                         :             gagctccagataattttttaagcTGAT-GAGTAATTACTCATCaaattagagtcagatgagtattcttgagtttttcaggatagtaataagtaatgtgcatgt
gi|14                         :            gagccccagatcattttttaaaccTGAT-GAGTAATTACTCATCaaatcagagtagatgagtattctttagtttttcagaatagtatgagtaatgcgcat
gi|20                         :           agagttcgagataattttttaagacTGAT-GAGTAATTACTCATCaaatcagagtagatgagtattcttgagtttttcagaatagtaatgagtaatgcacat
gi|18                         :           agagctccaaataattttttaagccTGAT-GAGTAATTACTCATaaatcagagtagatgatttttcataatagtaatgagtaatgcgcatat
gi|7                          :          agagctctagttaattttttaagccaTGAT-GAGTAATGACTCATCAaaatgagagtaaagtagtcttaaaattttcggaatagtaatgagtaatgcgcat
gi|21                         :      gagccccagataattgtttaaactttaagaTGAT-GAGTAATTACTCATCaaactcataagatgagtattcatgatattttctgaatagtaatgagtattgtgcata
gi|23                         :                                        gagccccagataattttttaagccAGAGT-AGATGAG-TG-TTC-TTGAGTTTTTCATA-ATAGTAATGAGCAATGCACATAaaatgtagagtagatgagtatt
gi|5                          :                                                                                    -A-GAATTTTTCAGA-ATAGTGACGGGTATTGTGCAT-ATGATATATACAACCAAACAT-ATTTAAGCTGCAGCATCGAGAA--GG--GAGGTACTA-----------TT-----------AAGCAAA------TGGTTGTTGAAT---ACA----AAGTTAAGCTGTAAATAT--AACTAAC-AT-GTTt
gi|6                          :                                                                                          TTTTTCAGCTGTTGTGTTG--TATTGTGCATA-TG--ATATACAACTAAATATGTGTTAACCTGCAGCATACATTG--GG--GAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGATT---ACATACCAAGTTTGGCTGTGGATATAAAACTAAC-AT-tggctgc
gi|9                          :                                                                                                                                                  TTTAGCTGCAGTATACAATG--GG--GAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATGACATTGTGGTTGTTGTAT---ACAGACCAAGTTTGACTGTCAATATAAAgcttgga
gi|8                          :                                                                                                                                  tatggtatatattccctTAAGTTGCAGCATACAGTT--GG--GAGGTACTT-----------TAATGGCCACTTCGAGCATG------TGATTGTTGAAT---ACAAACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAAC-AT-GTT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                CATA------TGGTTGTTGAAA---ACAGACCAAGTTTTGCTGTAAATATTAAACTTAC-ATATTTcggc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                             1111             888888888888888888888888       111111                                                      
lowQualScore                  :                                           6666666  2                    2 2      2                                               6   77              0 3 0                  0000             000000000000000000000000       222222            888   1                     0             
lowQualScore                  :                                           .......  .                    . .      .                                               .   ..              . . .                  ....             ........................       ......            ...   .                     .             
lowQualScore                  :                                           8888888  1                    4 4      2                                               1   99              7 0 7                  6666             222222222222222222222222       888888            888   4                     4             
consensus                     :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
Reference ( family-140 )      :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|1                          :                  AGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGT-------------AA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGATTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCTCAT-ATT--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGTTGCAGCATACAG----TGGGGATGTACTA-----------TAATGGCCCCTTGGAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|10                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-TAGAGTCAGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGGATAGTAATAAGTAATGTGCATtggctgcttaacacaagaggctgcgtaacagaggttaattgcaaactcctgttaaattgctacgatattttgtgtttagctgttcaaatggacatccatctttccatt
gi|11                         :                  AGAGCTCCAGATAATGTTTTAAGAG-------GA-TGAGTAATTACTTACCAAAA-T-CAAAGT-AGATGAA-ATACTTGGGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAgt
gi|12                         :                   GAGCCCCAGATAATTTTTTAAGCT-------GA-CGAGTAATTAATCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCATGAGTTTTTCAGAATAGTGAGGAGTATTGTACATAt
gi|13                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAACAGTAATGAGTAATGCGCATAt
gi|14                         :                  AGAGTTCGAGATAATTTTTTAAGAC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCACAT
gi|15                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGATTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAAGAGTATTGAGTAATGCGCATA
gi|16                         :                 CAGAGTTCCAGATCATTTTATAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAAAATAGTAATGAGTAATGTGC
gi|17                         :                   GAGCCCCAGATCATTTTTTAAACC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTTAGTTTTTCAGAATAGT-ATGAGTAATGCGCAT
gi|18                         :                  AGAGCTCTAGTTAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-GAGAGT-A---AAGTAGTCTTAAAATTTTCGGAATAGTAATGAGTAATGCGCAT
gi|19                         :                  AGAGCTCCAAATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCTTCAAAA-T-CAGAGT-A---GAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATATTAATGAGTAATGCGCAT
gi|2                          :                   GAGCCCCATATAATTTTT-AAGAC-------GG-TAAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTGATGAGTATTGCACAT-ATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTACAGCATACAGTGGATGGAGAGGTACTATAACGGCCCCTTA-----------GAGCATG------GGGTTGTTGACTGCAGCAGACCAAGTTTGGCTGTAAATAAAAAACTAACA
gi|20                         :                 gAGAGCTCCAAATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGA-----------TTTTTCATAATAGTAATGAGTAATGCGCATAattttggct
gi|21                         :                   GAGCCCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-TGTAGAGT-AGATGAGTATTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                         CATA------TGGTTGTTGAAA---ACAGACCAAGTTTTGCTGTAAATATTAAACTTACATATT
gi|23                         :                                                                           acAGAGT-AGATGAGTGTTCTTGAGTTTTTCATAATAGTAATGAGCAATGCACATAtggttg
gi|24                         :                 CAAAGCTCCAGATAG-TTTTTAATCC-------CATTGAGTAATTATTCATCAt
gi|25                         :                   GAGCCCCAGATA---TTTTAAGCC-------GA-TGAGCAATTGCTC
gi|3                          :                 CAGAGCTCCAGATT-TTTTTTAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTACTCA-GAGTTTTTCAGAATAGTGATGAGTATTGTGCATAATG--ATATACAACCAAACATGAGTTAAGCTGCAGCATACAG----TTTGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATA------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGATTGGCTGTAAATATAAAACTAACATTTT
gi|4                          :                  AGAGCTCCAGATAATATTTTAAGAC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTTTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGTAT-ATG--ATATACAACCAAACCTTTGTTAAGTTGCAGCATACAG----TGGGGATGTACTATAATGGCCCCTTA-----------GAGCATG------TGGTTGTTG
gi|5                          :                                                                                                 GAATTTTTCAGAATAGTGACGGGTATTGTGCAT-ATGATATATACAACCAAACATAT-TTAAGCTGCAGCATCGAG----AAGGGAGGTACTA-----------TT-----------AAGCAAA------TGGTTGTTGAAT---ACA----AAGTTAAGCTGTAAATAT--AACTAACATGTT
gi|6                          :                                                                                                                      aGTATTGTGCATA-TG--ATATACAACTAAATATGTGTTAACCTGCAGCATACAT----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGATT---ACATACCAAGTTTGGCTGTGGATATAAAACTAACATGCTtggctgc
gi|7                          : tttttcagctgttgtgttGAGCCCCAGATAATTGTTTAAACTTTAAGATGA-TGAGTCATTACTCATCAAAACT-CATA---AGATGAGTATTCATGATATTTTCTGAATAGTAATGAGTATTGTGCATAtgga
gi|8                          :                                                                                                                                                            TAAGTTGCAGCATACAG----TTGGGAGGTACTT-----------TAATGGCCACTTCGAGCATG------TGATTGTTGAAT---ACAAACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|9                          :                                                                                                                                   ATG--GTATATATTC---CCT---TTTAGCTGCAGTATACAA----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATGACATTGTGGTTGTTGTAT---ACAGACCAAGTTTGACTGTCAATATAAAcggc





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                             1111             888888888888888888888888       111111                                                      
lowQualScore                  :                                           6666666  2                    2 2      2                                               6   77              0 3 0                  0000             000000000000000000000000       222222            888   1                     0             
lowQualScore                  :                                           .......  .                    . .      .                                               .   ..              . . .                  ....             ........................       ......            ...   .                     .             
lowQualScore                  :                                           8888888  1                    4 4      2                                               1   99              7 0 7                  6666             222222222222222222222222       888888            888   4                     4             
consensus                     :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
Reference ( family-140 )      :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|1                          :                  AGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGT-------------AA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGATTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCTCAT-ATT--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGTTGCAGCATACAG----TGGGGATGTACTA-----------TAATGGCCCCTTGGAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|10                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-TAGAGTCAGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGGATAGTAATAAGTAATGTGCATtggctgcttaacacaagaggctgcgtaacagaggttaattgcaaactcctgttaaattgctacgatattttgtgtttagctgttcaaatggacatccatctttccatt
gi|11                         :                  AGAGCTCCAGATAATGTTTTAAGAG-------GA-TGAGTAATTACTTACCAAAA-T-CAAAGT-AGATGAA-ATACTTGGGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAgt
gi|12                         :                   GAGCCCCAGATAATTTTTTAAGCT-------GA-CGAGTAATTAATCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCATGAGTTTTTCAGAATAGTGAGGAGTATTGTACATAt
gi|13                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAACAGTAATGAGTAATGCGCATAt
gi|14                         :                  AGAGTTCGAGATAATTTTTTAAGAC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCACAT
gi|15                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGATTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAAGAGTATTGAGTAATGCGCATA
gi|16                         :                 CAGAGTTCCAGATCATTTTATAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAAAATAGTAATGAGTAATGTGC
gi|17                         :                   GAGCCCCAGATCATTTTTTAAACC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTTAGTTTTTCAGAATAGT-ATGAGTAATGCGCAT
gi|18                         :                  AGAGCTCTAGTTAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-GAGAGT-A---AAGTAGTCTTAAAATTTTCGGAATAGTAATGAGTAATGCGCAT
gi|19                         :                  AGAGCTCCAAATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCTTCAAAA-T-CAGAGT-A---GAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATATTAATGAGTAATGCGCAT
gi|2                          :                   GAGCCCCATATAATTTTT-AAGAC-------GG-TAAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTGATGAGTATTGCACAT-ATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTACAGCATACAGTGGATGGAGAGGTACTATAACGGCCCCTTA-----------GAGCATG------GGGTTGTTGACTGCAGCAGACCAAGTTTGGCTGTAAATAAAAAACTAACA
gi|20                         :                 gAGAGCTCCAAATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGA-----------TTTTTCATAATAGTAATGAGTAATGCGCATAattttggct
gi|21                         :                   GAGCCCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-TGTAGAGT-AGATGAGTATTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                         CATA------TGGTTGTTGAAA---ACAGACCAAGTTTTGCTGTAAATATTAAACTTACATATT
gi|23                         :                                                                           acAGAGT-AGATGAGTGTTCTTGAGTTTTTCATAATAGTAATGAGCAATGCACATAtggttg
gi|24                         :                 CAAAGCTCCAGATAG-TTTTTAATCC-------CATTGAGTAATTATTCATCAt
gi|25                         :                   GAGCCCCAGATA---TTTTAAGCC-------GA-TGAGCAATTGCTC
gi|3                          :                 CAGAGCTCCAGATT-TTTTTTAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTACTCA-GAGTTTTTCAGAATAGTGATGAGTATTGTGCATAATG--ATATACAACCAAACATGAGTTAAGCTGCAGCATACAG----TTTGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATA------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGATTGGCTGTAAATATAAAACTAACATTTT
gi|4                          :                  AGAGCTCCAGATAATATTTTAAGAC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTTTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGTAT-ATG--ATATACAACCAAACCTTTGTTAAGTTGCAGCATACAG----TGGGGATGTACTATAATGGCCCCTTA-----------GAGCATG------TGGTTGTTG
gi|5                          :                                                                                                 GAATTTTTCAGAATAGTGACGGGTATTGTGCAT-ATGATATATACAACCAAACATAT-TTAAGCTGCAGCATCGAG----AAGGGAGGTACTA-----------TT-----------AAGCAAA------TGGTTGTTGAAT---ACA----AAGTTAAGCTGTAAATAT--AACTAACATGTT
gi|6                          :                                                                                                                      aGTATTGTGCATA-TG--ATATACAACTAAATATGTGTTAACCTGCAGCATACAT----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGATT---ACATACCAAGTTTGGCTGTGGATATAAAACTAACATGCTtggctgc
gi|7                          : tttttcagctgttgtgttGAGCCCCAGATAATTGTTTAAACTTTAAGATGA-TGAGTCATTACTCATCAAAACT-CATA---AGATGAGTATTCATGATATTTTCTGAATAGTAATGAGTATTGTGCATAtgga
gi|8                          :                                                                                                                                                            TAAGTTGCAGCATACAG----TTGGGAGGTACTT-----------TAATGGCCACTTCGAGCATG------TGATTGTTGAAT---ACAAACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|9                          :                                                                                                                                   ATG--GTATATATTC---CCT---TTTAGCTGCAGTATACAA----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATGACATTGTGGTTGTTGTAT---ACAGACCAAGTTTGACTGTCAATATAAAcggc


blockSeqs                     :                                           TTAAGAT  T                    C G      C                                               A   AT                G                    TGGA             TAACGGCCCCTTA                  ACATTG            GCA   G
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A   .                 G                    .                TAATGGCCCCTTA                  .                 .     G
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A   .                 T                    .                TAATGGCCACTTC                  .                 .     G
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A   .                 A                    .                TA                             .                 .     T
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A   .                 G                    .                TT                             .                 .     A
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A   .                 .                    .                TA                             .                 .     G
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A                                          .                TA                             .                 .     .
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A                                                                                          .                        
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               A                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                               .                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                    . .      .                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                             .                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                           .        .                                                                                                                                                                                                 


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                              TA**********************
originalCons                  :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
finalCons                     :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTATA----------------------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                             1111             888888888888888888888888       111111                                                      
lowQualScore                  :                                           6666666  2                    2 2      2                                               6   77              0 3 0                  0000             000000000000000000000000       222222            888   1                     0             
lowQualScore                  :                                           .......  .                    . .      .                                               .   ..              . . .                  ....             ........................       ......            ...   .                     .             
lowQualScore                  :                                           8888888  1                    4 4      2                                               1   99              7 0 7                  6666             222222222222222222222222       888888            888   4                     4             
consensus                     :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
Reference ( family-140 )      :                 CAGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTGCAGCATACAG----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|1                          :                  AGAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGT-------------AA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGATTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCTCAT-ATT--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGTTGCAGCATACAG----TGGGGATGTACTA-----------TAATGGCCCCTTGGAGCATG------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|10                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-TAGAGTCAGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGGATAGTAATAAGTAATGTGCATtggctgcttaacacaagaggctgcgtaacagaggttaattgcaaactcctgttaaattgctacgatattttgtgtttagctgttcaaatggacatccatctttccatt
gi|11                         :                  AGAGCTCCAGATAATGTTTTAAGAG-------GA-TGAGTAATTACTTACCAAAA-T-CAAAGT-AGATGAA-ATACTTGGGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGCATAgt
gi|12                         :                   GAGCCCCAGATAATTTTTTAAGCT-------GA-CGAGTAATTAATCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCATGAGTTTTTCAGAATAGTGAGGAGTATTGTACATAt
gi|13                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAACAGTAATGAGTAATGCGCATAt
gi|14                         :                  AGAGTTCGAGATAATTTTTTAAGAC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCACAT
gi|15                         :                   GAGCTCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGATTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAAGAGTATTGAGTAATGCGCATA
gi|16                         :                 CAGAGTTCCAGATCATTTTATAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAAAATAGTAATGAGTAATGTGC
gi|17                         :                   GAGCCCCAGATCATTTTTTAAACC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTTAGTTTTTCAGAATAGT-ATGAGTAATGCGCAT
gi|18                         :                  AGAGCTCTAGTTAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-GAGAGT-A---AAGTAGTCTTAAAATTTTCGGAATAGTAATGAGTAATGCGCAT
gi|19                         :                  AGAGCTCCAAATAATTTTTTAAGCC-------AA-TGAGTAATTACTCTTCAAAA-T-CAGAGT-A---GAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATATTAATGAGTAATGCGCAT
gi|2                          :                   GAGCCCCATATAATTTTT-AAGAC-------GG-TAAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTCTTGAGTTTTTCAGAATAGTGATGAGTATTGCACAT-ATG--ATATACAACCAAACCTGTGTTAAGCTACAGCATACAGTGGATGGAGAGGTACTATAACGGCCCCTTA-----------GAGCATG------GGGTTGTTGACTGCAGCAGACCAAGTTTGGCTGTAAATAAAAAACTAACA
gi|20                         :                 gAGAGCTCCAAATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGA-----------TTTTTCATAATAGTAATGAGTAATGCGCATAattttggct
gi|21                         :                   GAGCCCCAGATAATTTTTTAAGCC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-TGTAGAGT-AGATGAGTATTt
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                         CATA------TGGTTGTTGAAA---ACAGACCAAGTTTTGCTGTAAATATTAAACTTACATATT
gi|23                         :                                                                           acAGAGT-AGATGAGTGTTCTTGAGTTTTTCATAATAGTAATGAGCAATGCACATAtggttg
gi|24                         :                 CAAAGCTCCAGATAG-TTTTTAATCC-------CATTGAGTAATTATTCATCAt
gi|25                         :                   GAGCCCCAGATA---TTTTAAGCC-------GA-TGAGCAATTGCTC
gi|3                          :                 CAGAGCTCCAGATT-TTTTTTAAGCT-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTACTCA-GAGTTTTTCAGAATAGTGATGAGTATTGTGCATAATG--ATATACAACCAAACATGAGTTAAGCTGCAGCATACAG----TTTGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATA------TGGTTGTTGAAT---ACAGACCAAGATTGGCTGTAAATATAAAACTAACATTTT
gi|4                          :                  AGAGCTCCAGATAATATTTTAAGAC-------GA-TGAGTAATTACTCATCAAAA-T-CAGAGT-AGATGAGTATTTTTGAGTTTTTCAGAATAGTAATGAGTAATGCGTAT-ATG--ATATACAACCAAACCTTTGTTAAGTTGCAGCATACAG----TGGGGATGTACTATAATGGCCCCTTA-----------GAGCATG------TGGTTGTTG
gi|5                          :                                                                                                 GAATTTTTCAGAATAGTGACGGGTATTGTGCAT-ATGATATATACAACCAAACATAT-TTAAGCTGCAGCATCGAG----AAGGGAGGTACTA-----------TT-----------AAGCAAA------TGGTTGTTGAAT---ACA----AAGTTAAGCTGTAAATAT--AACTAACATGTT
gi|6                          :                                                                                                                      aGTATTGTGCATA-TG--ATATACAACTAAATATGTGTTAACCTGCAGCATACAT----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATG------TGGTTGTTGATT---ACATACCAAGTTTGGCTGTGGATATAAAACTAACATGCTtggctgc
gi|7                          : tttttcagctgttgtgttGAGCCCCAGATAATTGTTTAAACTTTAAGATGA-TGAGTCATTACTCATCAAAACT-CATA---AGATGAGTATTCATGATATTTTCTGAATAGTAATGAGTATTGTGCATAtgga
gi|8                          :                                                                                                                                                            TAAGTTGCAGCATACAG----TTGGGAGGTACTT-----------TAATGGCCACTTCGAGCATG------TGATTGTTGAAT---ACAAACCAAGTTTGGCTGTAAATATAAAACTAACATGTT
gi|9                          :                                                                                                                                   ATG--GTATATATTC---CCT---TTTAGCTGCAGTATACAA----TGGGGAGGTACTA-----------TA-----------GAGCATGACATTGTGGTTGTTGTAT---ACAGACCAAGTTTGACTGTCAATATAAAcggc