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Reference ( gi|2 )            :  GGGTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC----GCAGGG---GGT------------------CCT-GAAATGAGTCTATA-GTAAAACTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATATGTTTT--ATTGAAAATGCTGAT-----TAAGTGCAGATAT--ATA----TGTCTGTG--AGCTAAAATAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTT--TTG-TGTAGTTTTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGT-GGTGGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGCAGTGTAAATATTAACAGTAACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTTATGGTACCACTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAATTGCTCTACAAGGAAACAGGACCAGTATATGGATCAGAAGGTTTGGGAATTGGTCAGAGACAGGACAA-TATTGACAATTTACTAAAAGTTATATTGAGGGATTTTGTACAGTTGTGA
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gi|7                          :    GTGTCACACCACTACGGAATGGCTTCCGGGTC----GTAGGG---GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTCT-GAAATGAGTCCATA-GTAAAATTGAAGTGCAGGTCTCATGGTCATATTTTTTTTATTGAAAATGCTAAT-----TTAGTGCAGATAT--ATA----TGTCTGTG--AGCTAAGATAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTT--CTT-TGTTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGAGATGT-GTTGGTAATGCGGCGGAAATGTCAGACGTGCAGTGTAAATATTGACAGTGACCTCAGTAATTTAAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGGTATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGAC
gi|12                         :    GTGTCCAACCAC-ACGGAAGTGCTTCTGGGTC----GTA--------T------------------CGTAGGGAGGGGCCTA-----AATAC-GATGTGTGAATTTCATTGTCACAT-TTTT--ATTGGAACTGCCGAT-----TAAGTGCAGATAT--
gi|17                         : aaaGTGTCACACTACTACGGTAGTGCTTCCGGCTC----
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Reference ( family-1391 )     :  NGGTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC----GTA--------GGG-------------------GG-CCTGAAATGAGTCCATA-GTAAAATTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATATTTT--TT--ATTGAAAATGCTGAT-----TAAGTGCAGATAT--ATA----TGTCTGTG--AGCTAAAATAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGT-GGTGGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGCAGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGGTATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAATTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCNGGGAATTGGTCAGAGACGGGACAA-TATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTGTACAGGTGTGA
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Reference ( family-1391 )     :  NGGTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC----GTA--------GGG-------------------GG-CCTGAAATGAGTCCATA-GTAAAATTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATATTTT--TT--ATTGAAAATGCTGAT-----TAAGTGCAGATAT--ATA----TGTCTGTG--AGCTAAAATAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTNTGTTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGT-GGTGGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGCAGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGGTATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAATTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCTGGGAATTGGTCAGAGACGGGACAA-TATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTGTACAGGTGTGA
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gi|6                          :    aTGTTACATCACTACTGTTGTACTTCCGGTTCAAAAGGA--------GGGTGG----------------GG-TTTAAAAT-AGTTCATACGTAAT-TTAAAGTGAATGTTTCATGGTCATATTTT--TT--ATTTAAAATGTTGAT-----TAAGTGCCGATGT--TTA----TGTCTTTA--AGCTAAATTAGTGGTATTGTTGATAATTCATAGGTAT---------GT----CAGAACTACATTCCGACAACATGCAGTCAGGGATAT-AG-----GTGCAGCGGAAGTGTCAGTTGTG-------AATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAA-TTTGTGGAAAAGTTAAAATTTGATA-TACCATG--CTGTGGATAATTCTGGCGACTTTTAAGAGCTTCACAAGGAAACATGATCAGAGTATGGATCAGAAGGTCAGGGGATTGGTCAGTGACGGGACAA-TATTAACAATTTACTATAATTTATGTACAGGca
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blockSeqs                     :                                    .      .          GG                           TG        .     A                             .  T                 .                 .    .           .                                          T                                              .                         T    C                                                                                                                                                                     .
blockSeqs                     :                                    .      .          GA                           TG        .     A                             .  T                 .                 .    .           .                                          T                                              .                         A    G                                                                                                                                                                     .
blockSeqs                     :                                    .      .          GG                           T         .     A                             .  T                 .                 .    .           .                                          G                                              .                         T    C                                                                                                                                                                     .
blockSeqs                     :                                    .      .          .                            .         .     .                             .  .                 .                 .    .           .                                          T                                              .                         C    .                                                                                                                                                                     .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AGGAAAAGGGATCGGTATATCTATTGGAATGTCATGAAATAGGACATAGACAGGAAAATATT






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Reference ( family-1391 )     :  NGGTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC----GTA--------GGG-------------------GG-CCTGAAATGAGTCCATA-GTAAAATTGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATATTTT--TT--ATTGAAAATGCTGAT-----TAAGTGCAGATAT--ATA----TGTCTGTG--AGCTAAAATAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTNTGTTGTATTTCAGAACTACTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGGATGT-GGTGGTAATGCGGCGGAAGTGTCAGCTGTGCAGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAACCTTAATGGTATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAATTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCTGGGAATTGGTCAGAGACGGGACAA-TATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTGTACAGGTGTGA
gi|1                          :   GGTGTTACACTACTATGGAAGTGCTTCCGGGCC----GTA--------GGG-------------------GG-CCTGAAATGAGTCCATA-CTAAAATAGAAGTGTAGGTCTCATGGTCATATTTT--TT--ATTGAAAATGCTAAT-----TAAGTGCAGATAT--ATA----TGTCTGTGTGAGCTAAAACAGTTGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTTTGATATAATTCAGAAATATTTTCCGAGAACATGTAGTCAGGGATGT-GGTGGTAATGCGGCGGAAGTGTTAGCTGTGCAGTGTAAATATTGAC--TGACTTGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGGTAAACCTTAATGGTATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATATAATTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATTGGAAGGTCTGGGAATTGGTCAGAGACAGGACAA-TATTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTGTACAGGTGTGA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aCCTAAGATATTCTTAATTTGTGGAAAAGTTAAACTTGAATGGTGCCATTTTTTGTGGATAATTATGGAG---TCCAGTT-------------------CCAGTATATGGATCGGAAGGTCAATGAATTGGTCAGAGACGGGACGA-TATTGACAATTTACTCTAAATTATGTACAGGGATTGTGTACAGGTGTGAc
gi|11                         :                                                                                                  gtTTGAAGTGTAGGTTTCATGGTCATATTTT--T---ATTAAAAATGTTGAT-----TAATTGCAGATGT--ATA----TGTCTATG--AGCTAAAACAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTGTGTTGTATTTCATAACTAATTTCcac
gi|12                         :    GTGTCCAACCAC-ACGGAAGTGCTTCTGGGTC----GTATCGTAGGGAGG-------------------GG-CCTAAA-------------TACGAT----GTGTGAATTTCATTGTCACATTTT--T---ATTGGAACTGCCGAT-----TAAGTGCAGATAT--
gi|13                         :                                                                                                                                                                     aaa--ATA----TGTTTGTA--AGCATAAATATTGGTAGTGTTAATAAATCAGAGGGTTTTCTGTGTTGTATTTCGAAACTACATTCATGGAAAGTGTTGTCAGG
gi|14                         :   GGTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGGTC----GTA--------GGG-------------------GA-CCTGAAAAGAGTCCATA-GTAAAACTGAAGTG
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gi|4                          :  tGGTGTCACACCACTACGGAAGTGCTTCCGGCTC----GTA--------GGG-----------------------C--AAA--AGTCCATA-GTAAAATTGAAGTGTTGGTCTCATGGTCATAGTTT--TC--ATTGAAATTGCTAAT-----TAAGTGCAGATAT--ATAATTATTTCTGTG--AGCTAAAGTAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTTTGTTGTATTTCAGAACTAGTTTCCGAGAACATGCAGTCAGGTATTTTGGTGGTAATGCGGCTGATGTGTCAGCTGTGCAGTGTAAATATTAACAGTGACCTGGGGTATTTCAAAATTGTGGAAAAGATAA-TCTTAAT---ATCATTTTCTATGGATAATTCTGGAGACATATGATTGCTCTCCAAGGAAATGGGACCAGTACATGGATCGGAATGTCTGGGAATTGGTCAGAGACAGGACAA-TATTGACCATTTACTATTAATTATATAGAGGGATTTTGTACAGGTGTGA
gi|5                          :  aGGTGCCACACCACTACGGAAGTGCTTCCG--------------------------------------------TCTGAAATGAGTCCATA-GTAAA-TCGAAGTGTAGGTTTAATTGTCATATTTT--TT--ATTGAAAATGCTGATCAAGTTAAGTGCAGATAA--AAAAA--TGTCTGTT--AGCTAGAATAATGGTGATGTTGATAAATCAG--GTATTTCTGTGTTGTATTTAAGAACT---TTCCGAGAACATGCAGTTAGGGATGT-GGTGGTAATGCGGCGGAAGTG--------------TAAATATTGGTAGTGACATGAGAAATTTCAAATTTGTGGAAAAGTTAAAACTTAAAGGTATTATTTTCTGTTGATAATTCAGGAGACATTTAATTGCTTTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAA------GGAATTGGTCAGAGACGGGACAATTGTTGACAATTTACTATAAGTTATATAGAGGGATTTTGTACAGGTATGAca
gi|6                          :    aTGTTACATCACTACTGTTGTACTTCCGGTTCAAAAGGA--------GGGTGG----------------GG-TTTAAAAT-AGTTCATACGTAAT-TTAAAGTGAATGTTTCATGGTCATATTTT--TT--ATTTAAAATGTTGAT-----TAAGTGCCGATGT--TTA----TGTCTTTA--AGCTAAATTAGTGGTATTGTTGATAATTCATAGGTAT---------GT----CAGAACTACATTCCGACAACATGCAGTCAGGGATAT-AG-----GTGCAGCGGAAGTGTCAGTTGTG-------AATATTGACAGTGACCTCAGAAATTTCAA-TTTGTGGAAAAGTTAAAATTTGATA-TACCATG--CTGTGGATAATTCTGGCGACTTTTAAGAGCTTCACAAGGAAACATGATCAGAGTATGGATCAGAAGGTCAGGGGATTGGTCAGTGACGGGACAA-TATTAACAATTTACTATAATTTATGTACAGGca
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gi|9                          :                                                                                                                                         TGAAAATGCTGAT-----TAAGTGCAGATTT--ATA----TGTCTGTG--AGCTATAAAAGTGGTGTTGTTGATAAATCAGAGGTATTTCTTTGTTGTATTTCAGAACTACTTTCCGATAACATGCAGTCAGGGATGT-GTTGATAATGCGGCGGAAGAGCCATCTGTGCAGTGTAAATATTGACAGTGACCTGAAAACTTTCAAATTTGTGAAAAAATTAAACCTTAATGGTATCATTTTCTGTGGATAATTCTGGAGACATACAATTGCTCTACAAGGAAACGGGACCAGTATATGGATCGGAAGGTCc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AGGAAAAGGGATCGGTATATCTATTGGAATGTCATGAAATAGGACATAGACAGGAAAATATT