lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 4444444444444444 22222222 2222222 4444444444444 11 1 22222222222222222222222222222222 11111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 333333 11 1 22 1 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1
lowQualScore : 6 6666 1 8888 2222222222222222 77 3 33333333 444 5555 9 33 5555555 666 55555 2 0 3 3333333333333 22 33 3 2 33333333333333333333333333333333 77777 777 0 44 44444444444 7 7777 666 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 2 2 333333 2 2 0 2 2 8888 0 00 2 2 88888 2 33 2 77 1 22 333 22 0 5 0000 7 2 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7
lowQualScore : . .... . .... ................ .. . ........ ... .... . .. ....... ... ..... . . . ............. .. .. . . ................................ ..... ... . .. ........... . .... ... . ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . . ...... . . . . . .... . .. . . ..... . .. . .. . .. ... .. . . .... . . ......................................................................................................................................................................................................... .
lowQualScore : 7 4444 9 5555 4444444444444444 99 3 77777777 777 7777 5 77 3333333 222 99999 7 6 7 1111111111111 55 77 3 7 88888888888888888888888888888888 99999 999 2 22 99999999999 3 7777 444 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 7 7 444444 7 5 2 5 5 3333 2 88 5 5 00000 2 11 2 44 6 22 555 66 5 8 0000 5 2 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCT-A--TGATAAATCTATA----TA-C---TT----NGA--TAT--GCC-ATATTTTACAATA-AC-CGAAAA---TTA----TACC--ATGATA-G---ACCATGGT-ATAAT-----TTTCAT-GATCAGGTGATG--N-----NN---TTTCCGCCAAT--C-A-AA-TG---ATTGCTC---------T---TTTT--AA--A--AAAN--GTTGGG--AGAATA-----T-----GTTA----CAT---GCT---ATA---C--ATGT-----------A-T---CG-A---TT-GGA-GAA-TATGGATTC----AAGA----AAAA----N-G-T-GANA-ACA-A--G--NGTA---AAACA--C--------ACAAN-------A---AAACGAA-CG-----A--A-----TTT-------TTT---AT--ACA--------AAAGTGTA-ATAG--GT----TAAAGCACA---------GAT---A-----------------------T-----------------A---------------------TGTG-T-------A-AGCGTAAATTATACCAT-GGT-TTGGTG-ACA-TTCC-TCTT-T-GC-T--AACCC-C-A-CT----CGACTGC-GTC-TCGTGCAGTT-AG---G--CAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTATAATTT-ACGCT-------C--------A-C--------------AC------AT--------CAAT---AATAT--A--C-G-TAT-AA---C--------G---TA--TAT-AT-T--C----T-TA----TT--CAC--ATTAC-----ATTGT--TA-TATATNTA-TTGNTAATTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACATGTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( gi|2 ) : ATTTAACC-TATGACTGCT-T--TGATAAATCTATA----TA-T---TT----AGA--TAT--GCC-ATATTTTACAATA-TC-CGATAA---TTA----TGCC--ATGACA-C---ACCATGAT-ATAAT-----TTTCAT-GATCAGGCGATG--A-----TG---TTTCAGCCAAT--C-A-AA-TG---GTTGCTC---------T---TTTC--AA--A--AAAG--GTTGGG--AGAATA-----T-----GGTA----CAT---GCT---ATA---C--ATGT-----------A-T---CA-A---TT-GGG-GGA-TAAGGATCC----AAGA----TAAA----G-G-T-AATA-ACA-A--G--TGTA---ACACA--C--------ACAAG-------A---AAATGAA-TG-----A--A-----TTT-------TTT---AT--ACA--------AAAGTGTA-ATTG--AT----TAAAGCACA---------GAT---A-----------------------T-----------------A---------------------TGTG-T-------ACAGCACAGATTATCCCAT-GGT-TCGG-A-ACA-TTCC-TCTT-T-GC-T--AACCA-C-A-CT----TGATTGC-GTC-TCGTGCAGTA-AG---G--CAAAGAGGCATGTCACCAAAC--CGTGGTATAGTTT-ACGCT------TC--------A-C--------------AC------AT--------CAAT---AATAT--A--C-G-TAT-AA---C--------A---TA--TAT-AT-T--C----T-TA----TT--CAC--ATTGT-----ATTGT--TA-TATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA-GTTTTGTC-ATATTTGTAATT
gi|6 : ACTTAACT-GATGACTGCT-A--TGATAAATCCA---------------------G--TAC--GAT-ATAATTTATAATA-AT-TGAAAA---GGA----T----------------ACCATGGTCATCAT-----TTTTAT-GATC---CGGTG--A-----TGCACTTTCTGTCATT--C-A-AA--------------------------------AT--A--AAAG--GTCAAG--AGAATA-----T-----AG
gi|4 : aacatTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTATT----TA-C---TT----TGAAGTAT--GCC-ATATTTTACAATA-AT-CGAAAA---TTA----TACA--GTTATA-A---ACC----------T-----TCTCAT-GTTCAGGTGATGC-A-----CT---TTTCA-CCAAT--TAA-AA-TG---ATTGCTG---------T---TTTG--AA--C--AAAA--GTT--A--AGAATA-----T-----GTTA----CAT---GCT---TTA------ATG---------------------A---CT-GGGAGAA-TACAGATTC----ACGA-----AAA----G-G-T-GA-----A-A--G--C------ACACA-----------ACAAC-------A---AAGTAAC-TG--------A-----TTT-------ATT---AT--AAA--------TAAGTGTA-AAAG--GT----TAAA--ATA---------GAT---A-----------------------T-----------------AGCATTGATACATTCATGTTTTTATG-T-------GAATCGTTAATTATACGAG-AGT-TTGGTA-GCA-TTCC-TGT-----C-T--AACCC-C-T-CT----TGTCTAC-ATC-TCAGGCATT--AG---G--CTAAAAGGAATGTCATCAAAC--CAGCGTTTAATCT-ACGCT------attcaagaaaaattgaatacacaatcatgtaaaacatacaattttttatacatgtatgctacaacgtaattgattaaaacagatatagcattgatagtctagtgtttttatgtatagtgtaaattgtaccacagttttgtgacattcctctttgctaatcccacttgactgtgtctcatgcagttaagcagaaagaaacgtcgccaattaacactacacataaaaaacacaacaatatcaatgacatacattata
gi|8 : atgtTTTAAACACATGACTGCT-A--GGATAAATCTATG----TA-C---TTTC--AAG--TAT--GCC-GTATTGTATAATA-AA-CGAAAA---TTA----TACC--ATGATA-G---ACCATGGC-ATAGT-----GTTTAT-GATCAAGTGATG--------TAC--TTTCCACCAAT--CAA-AA-TGAGTGTT-CTT---------T---TTTT--AC--A--AAAC--GTAGGAGTAGAATA-----T-----GTTA----CAT---GCT---ATA---T---TG------------A-T---TACA---T------GAA-TATGAA-------AGGT----TAAA----C-T-T-GAAA-ACACA--G---ATA---AAACA--C--------ACAA--------A---AAAC-AA-GG-----A--ACT---TTT-------TTT---AT--ACA--------AAAGTGCA-ATAG--GT----TAAA--ACA---------GATTAAA-----------------------T-----------------A---------------------T-TGCT-------ATTCTAATGATTGT---AT-TAT-TATA-T-ACA-ATGG-TTTTGT-GA-C--AACTA-C-A-CT----CGTCTGC-GTC-TCGTGCATTC-AG---G--CAAAGAagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|1 : tacTTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTATA----TG-C---TT----TGAAGTAT--GCC-ACATTTTTCAAGA-AAACAAAAAACATTA----TAAC--ATGGTA-G---ATAATGGT-ACAAG-----TTCCAT-GATCAATTGATT--C-----CC---TTTCCGACAAT--C-AGAA-TG---GGTAATC---------T---TT----AA--A--GCAG--AA-GAG--AGAATA-----TTTTGCAGTATTTTCAC---GTTTTTATAATCC--ATATTCTCCCAACTTA-TAAACA-A---TT-GGG-AGAATATGGATTCTA--AAAACGTGTAAA----T-ACT-AATA-A---A--A--TATACGAACACG--T---------CAAG-------T---AACTGA------------------TTT-------GTT---AT--ACA--------ATAGTGTA-GTAG--GT----TAATGTAAA---------GAT---A-----------------------TCATCCAGTTTGATATTCG---------------------TGTG-TTTTATGAGCAGCGTAAATTTTACCAT-GGT-TTTGTG-ACA-TTCC-TCTT-T-GC-T--AACTC-T-A-CT----CGATGGC-GTC-TCGTGCAATT-AG---G--CAGACAGA-ATATCTCCAAAC--CATGGTAAAATTT-ACGAT------TCGCATAAAAA-C--------------ACAAGGATAT--------CAAT---GATAA--A--T-C-TAT-AG---C--------A---TA--
gi|13 : gTTAACC-TATGACTGCT-A--TGATAAATCTATA----TAGT---TC----AAAG-TAT--GCA-ATATCTAACAATA-AC-TGAAAA---TTA----TACC--ATGATA-G---ACCATGGT-ATAAT-----TTTCAT-GGTTATACCATT--AATGGTTG---TTT-----AATGGC-A-AA-TG---GTAATTC---------TGTATTTC--Aacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|5 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaTAACC-TATCACTGCC-A--TGATAA--CTATA----TA-C---TT----TG---TAT--GCC-ATATTTTACAATA-AC-CAAAAG---TGA----TACCATATGATA-G---GCCAAGGT-TCAGT-----TGTAGT-GGTCAGGTGATG--C-----AA---TTTCCTCTAAT--CAA-AA-TG---ATTGTTC---------T---TTCC--A
gi|3 : gATAACT--T-T--TGGTCA---TATAATGGTA-T---TTCCATGGA--TACC-GCCTGTCTTTCA-AACA-TG-CCAGAA---TTA----T------TGAC--------CAGGGA-ATAAT-----TTTCAT-GATCAGGTG-TG--C-----AC---TTTCAGCCAAT--TAA-AA-TG---ATT--TC---------T---ATTT--AAACA--AAAA--GTTccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|12 : cAATTTATA----TA-CAA-CT----ATG--TTT--GCC-ATATATTACAATA-AC-TGGAAA---TAA----TACC--CCGATA-G---ACCATGAT-GCAAT-----TTCCAC-GATCAAGTGGTG--C-----AC---TTTCAGCCAAC--C-A-AAATA---ATTGCTC---------T---CT-C--AA--T--AAAG--GTTGGG--AAAACATTATCT-----GGAA----AATATGGCT----T----C--ATG------------A-T---AG-A---TT-GGA-AAA-CAG----TT----AAAACT--TAAA----A-----AAAA-ACA-A--G--GGTT---ATACA--CATATCTATATAAGTCTTTGCA---AAA--AA-TGTTTTTA--T-----TTT-------TTT---ACAAACA--------AAAATGTT-ATAG--GA----TAAAACAttattgatagagaaaaatatggattcaagaaaaattgtgaaaacgcgggtaaaacacaaaaaaacatgaaggaacaggctttactaatatatatactaaagtgtaataggttaaaacagaaatttaattgatattctcatatttttatatgtagcataaattttaccatgattcagtgacattcctggttgctagccccattctactgcatttcattcagccagatagataggaaaatctccaaatttaatataatttatactactcataaaaacatgagaaaatcaattatttatct
gi|25 : ATCTACA----TA-TACGTT-----GA--TGTTTGCC-ATATTTTACAATA-AC-TGAAAA---TTA----TACC--ATGATAGCTAGACCATGGG-ATAAT-----
gi|9 : TA----TA-T---AT----AAA--TAA--ATT-ATACTTTATAATA-AC-AGAAAA---TGA----TATC--ATTATA-G---ACCATAGT-ATAACAATAGTTTCATTAATCACATGGTGCAA-----TA---TCT--GCCAAT--C-A-AAATG---ATTGCTCGTTATTTTCT---TTTT--AA--A--AA----GTTGGG--AGAATA-----T-----GTTA----CAT---TCT---TTA---TTGATTT-----------A-A---TA-AAAGTT-GGG-AGA-atatagatatc
gi|19 : tt-T---TT----GGAG-TAT--GGT-ATAATTTACAATA-AC-CTAAAA---TTGAACGTACC--ATGAAA-G---ACAATGGT-GTTGT-----TTTCGT-GATCACGTGATGC-A-----T----TTTCCGCCAAT--C-A-AA-AAC--ATT--TC---------T---TTTT---A--T--AAAT--GTTTGA--AGAATA-----C-----GGatatggtagaattcattatttatttggagaatattgatttattaaagaaaacacgggtaaacatacgggtatactacacaacaaaaacaaatgatcattcagtttattccattcatgtgcaccaggtctttatcaaacaagaatatcggtgatgt
gi|15 : ac--GCT-GTAATTTACAATA-AC-AGAAAA---GTA----TACC--ATGAAT-C---ACCA-GATCATACT-----TTTCAT-GATCTGGTGATG--C-----AC---TTTCCGCAAAT--C-A-AA-------TTG------------------------------AAT--GTTGAC--AAAATA-----C-----GTTA----CCT---GCT---------------T-----------A-T---TA-G---CT-AAT-CGA-TAGGGAATCAG--AAAA----TAAT----C-A-T-GAAA-ATA-C--G--GGTA---A---A--C--------ACAAT-------A---AAaattaataaaaatcgaaaacagaagtaaaacacgaacaaa
gi|7 : TTTATTATAACC-CGA-AA---GTA----TACC--ATGATA-G---ACCATAGT-ATATT-----TTTCAT-AATCAGGTGATG--C-----AC---TTTCCACCAAT--C-A-AAATG---ATTGCTC---------T---TTTT--AA--A--AGAA--GTTGTG--AGAATA-----T-----GTTA----CAT---ATT---TTA---T--G-GT----------------------------GA-GAA-TATGGTT------AA-------AAA----G-G-T-GAAA-ACA-C--GGATATA---AAACG--C------------G-------A---AAAATAA-C------A--A-----TCG-------CT----------A--------AAAGTGTA-ATAA--TT----TAAA--ACA---------GAT---ATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTTT-----------------A---------------------TGTG-T---------AGCATAAATTACTCCAA-GGT-TTGGTG-ACC-TTCC-TCTC-T-GT-T--AACCC-T-A-TT----CGACTGC-GTC-----------------A--CAAA---------------AT--CGTGGTATTATTT-AAGCT------TC--------A-C--------------AT------A----------AAC---CACAT-------G-GAT-AA---CCTTGTTTTA---TC--TAT-AA-C--C----T-------TT--CAC--ATAAC-----ACTGG--TA-Tccgcgagactgatgtaccatatatataccgaagcgtaata
gi|13 : GAAAA---TTA----TACC--ATGGTC-T---ATCATGGT-ATAAT-----TTTCA
gi|8 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattattaacctatgactgctatgataaatctatatagttcaaagtatgcaatatctaacaataacA---CTA----TGCC--ATGGTC-T---ATCATGGT-ATAAT-----TTTCGT-atggttataccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|16 : tactttaaacacatgactgctaggataaatctatgtactttcaagtatgccgtattgtataataaT-ATAAT-----ATTCAT-GATTAGGTGAC---A-----C----TTTCCGCCAAT--C-------------TGCTC---------T---TTAA--AA--A--AAAAAAGTTCGG--AGAAGA-----A-----GTTA----CAT---GCT---A-A---------------------A-T---TG-A---CT-GGGAGAA-TATGGATTC----AACA----AAAA----T-G-T-GACA-ACACA--G--T--------ACA--C--------ACAAT-------A---AAAC-AA-CA-----A--A-----CTT-------TTTTTAAT--ACA--------AAGGTGTA-ATgtttatgatcaagtgatgtactttccaccaatcaaaatgagtgttctttttttacaaaacgtaggagtagaatatgttacatgctatattgattacatgaatatgaaaggttaaacttgaaaacacagataaaacacacaaaaaacaaggaactttttttatacaaaagtgcaataggttaaaacagattaaatattgctattctaatgattgtattattatatacaatggttttgtgacaactacactcgtctgcgtctcgtgcattcaggcaaaga
gi|18 : aattaaattgaggtatTAAG-----CTTCTT-GGTCAGATAAGG--C-----TA---TTTCCGCCAAT--CAA-AA-TG---ATTGTTC---------T---TTATAAAA--A--AAAA--GTAAGG--AGAATATC---T-----GTTA----CAT---G-T---GT----------T-----------A-T---CG-A---TTAAGA-GAA-CATGGATTC----AAGA----AAAA----C-G-T-TAAA-ACG-C--G--GATA---AAACATGC--------ACAAA-------A---GAAGGAA-CT-----A--T-----TTTTG-----TTT---AT--ACA------------TGTATAT----AT----TAAAGacatgtaggttaaaaatgagagaaatgtt
gi|5 : --A-----CG---TTTC-TTCAAT--C-A-AAATG---ATAACTC---------T---TTTC--AA--AGAAAAG--TTTGGG--AGAACT-----T-----G-------CAT---GTT---AAA---TG-ATTC-----------A-T---CG-A---TT-GGA-AGAATATGGAATC----AAGA----AAAA----A-G-T-G-TA-A---A--G--GGTA---AAACA--C--------AAAAA-------A---AAA--AC-TGT----C--G-----TTT-------TTT----T--ACA--------AATGTGTA-TTAG--GT----TAAAACA-----------------------------------------------------------------------------------TA-T-------ACAGCGTTGAT------AT-G-T-TTG-----TA-TTTTATGTG-TAGC-G--AACGA-T-GGCTGGCGTGAC-GC-GTC-TCGTGCAGTT-AG---G--CAGAAAtttaatatgttgaaataga
gi|9 : gtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaattgcTTT--AA--T--AAAA--GTTGGG--AGAATA-----T-----GGTA----GA----------ATT---C--AT-T-----------ATT---TA-T---TT-GGA-GAA-TATTGATTTATTAAAGA-----AAACACGG-G-TAAACATACG-G--G--TATACT-ACACA-----------ACA---------A---AAACAAA-TG-----ATCA-----TTCAG-----TTT---AT--
gi|6 : tttatatataaataaattatactttataataacagaaaatgatatcattatagaccatagtataacaatagtttcattaatcacatggtgcaatatctgccaatcaaaatgattgctcgttattttctttttaaaaagttgggagaatatgttacattctttattga-T---CA-A-------GA-GAA-TATAGATTC----AAGA----AAAA----T-T-G-AATACACA-ATCA--TGTA---AAACA--T--------ACAA------------------------------------TTT-------TTT---AT--ACATGTATGCTACAACGTA-ATTG--AT----TAAA--ACA---------GAT---A-----------------------T-----------------AGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTATG-T-------ATAGTGTAAATTGTACCAC-AGT-TTTGTG-ACA-TTCC-TCTT-T-GC-T--AATCC-C-A-CT----TGACTGT-GTC-TCATGCAGTT-AA---G--CAGAAAGAAACGTCGCCAA--------------TTA-ACACT----------------A-C--------------AC------ATAAAAAACACAAC---AATAT-----C-A--AT-GA---C--------A---TA--CAT-tccattcatgtgcaccaggtctttatcaaacaagaatatcggtgatgt
gi|11 : aacatacttaactgatgactgctatgataaatccagtacgatataatttataataattgaaaaggataccatggtcatcatttttatgatccggtgatgcactttctgtcattcaaaataaaagg-GGA-GAA-TATGGATTC----AAGA----AAAA----T-G-T-A-TA-AAA-A--A-----------ACA--C--------ACAAA-------AAAGAAAGGAACTG-----A--G-----TTT-------TTT---tata
gi|3 : gA-TATGGATTC----AAGA----AAAA----TTG-T-GAAA-ACG-C--G--GGTA---AAACA--C--------AAAAA-------A---ACATGAA-GG-----A--ACAGGCTTTACTAATATAT---AT--ACT--------AAAGTGTA-ATAG--GT----TAAAACAGAAATTTAATTGAT---A-----------------------TTCTCATATTTTT-----A---------------------TATG-T-------A--GCATAAATTTTACCAT-GAT-TCAGTG-ACA-TTCC-TGGT-T-GC-T--AGCCC-C-A-TT----CTACTGC-ATT-TCATTCAGCC-AG---A--TAGATAGGAAAATCTCCAAAT--T-TAATATAATTT-ATACT----------------A-C--------------TC------AT--------AAA----AACAT--taatttctttaacctaacgtgtaacagccaggtaaaaaaagatattttattgattgatatttactgtttttatgtgtagcataaattatacaattatcgaaaatgtttctctttgcttaccccataccactatgtcttatgcatttaggcagagaggaatagtataatttacacaacacataaaaacatgaggatatcagtgatatatctataacttata
gi|21 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaattattgaccagggaataattttcatgatcaggtgtgcactttcagccaattaaaatgatttctatttaaacaaaaagttttattgatagagaaaaTT---AA--ACA--------GATATATA-ATTG--AT------ATTCTCGT--------GTT---G-----------------------T-----------------A---------------------TGTG-T-------A--GCGTAAAT-ATGCCAT-GGTCTTGT-G-ACA-TGTG-TCTT-T-GC-T--AA-CA-CTA-CT----CAACAGC-CTC-TCgagaaaatcaattatttatct
gi|17 : acaggggtatataggTGTA-ATTATTATGCTATAAAG-ACA---------GAT---A-----------------------TTCTTGTGGTTTTG----A---------------------TCTG-T-------ACCGT-CA-ATTATACCAT-GGT-TTGGTG-ATA-TTCC-TCTT-T-GC-CTAAACTG-C-A-GG----AGA-TGCAGTC-AAGTGGGGT--AG---A--CAAAAATGAAGGGTTGCAAGT--TATAGTATAATTT-ACTCT----------------A-C--------------AA------AT--------AAAct
gi|17 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgat-----------------------T-----------------A---------------------TTTG-T-------AGAGTA--AATTATACTAT-AAC-TTGC-A-ACCCTTCA-TTTT-T-GT-C--TACCC-C-A-CT----TGACTGC-ATC-TCCTGCAGTTTAG---G--CAAAGAGGAATATCACCAAAC--CATGGTATAATTG-ACGGT----------------A-C--------------AG------AT--------CAAa
gi|10 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggtt-----------------------T-----------------A---------------------TGTG-T-------A--GCATAAATTACACCAT-GGT-TTGGTG-ACA-TTCC-TTTT-T-GC----AATCGCC-A-CT----CGAGTGC-GTC-TC--------------------AGAAGAATGTTACCAA------TGGTATAATTA-ACGCT----------------A-C--------------AC------AT--------AAA----AA-AC--A--C-GATAG-AAT--C--------AAATTA--TAT-AT-aaa
gi|10 : tacagattccacaaaaattgaaaacacatgtgaaactaaaaaaacaacaaaacaagtaactatataaaaacagataggctaaaacagatacatcattgatatttttgtgttt-----------------------T-----------------A---------------------TGTG-T-------A--GCGTTAATTATACCATTGGT------A-ACA-TTCT-TC---T-G-----AGACG-C-A-CT----CGAGTG----------GCGAT---T---G--CAAAAAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTGTAATTT-ATGCT----------------A-C--------------AC------ATAAAACA--CAAA---AATAT-----C-A--AT-GA---T--------G---TA--TCT-GT-T-------T-TA----GC--C-T--ATC-T-----GTTTT--TA-TATAGTTACTTGTT--TTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACATGTGTTTTCAATTTTTGTctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|11 : tacagattcc-----------------------T-----------------A---------------------TGTG-T-------A--GCATAAATTATACAAT-TAT-CGAA-A-ATG-TTTC-TCTT-T-GC-T--TACCC-C-A-TA----CCACTAT-GTC-TTATGCATTT-AG---G--CAGAGAGG---------AA------TAGTATAATTT-ACACA------AC--------A-CATAAAAACATGAGGAT------AT--------CAGT---GATAT--A--T-C-TAT-AA---C--------T---TA--TAaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|4 : gggagaatatggattcaagaaaaatgtataaaaaaacacacaaaaaagaaaggaactgagtttttttaatttctttaacctaacgtgtaacagccaggtaaaaaaagatattttattgattgatatttactgttttAGCGTAGATTAAACGCT-GGT-TTGATG-ACA-TTCC-TTTT-A-GCCT--AAT-----G-CC----TGA--G--ATG-TAG-ACAAGA-GG---GGTTAGACAGGAATGCTACCAAAC--TCTCGTATAATTA-ACGAT------TC--------A-C--------------AT------A----------AA----AACATGAA--T-G-TATCAATGCT--------A---TA--TCT-AT-T-------T-TAACCTTT--TAC--ACT-T-----AT--T--TA-TA
gi|1 : atgttttaacctaagacggctataatgataaatctatttactttgaagtatgccatattttacaataatcgaaaattatacagttataaaccttctcatgttcaggtgatgcacttttcaccaattaaaatgattgctgttttgaacaaaagttaagaatatgttacatgctttaatgactgggagaatacagattcacgaaaaggtgaaagcacacaacaacaaagtaactgatttatAAATTTTACCAT-GGT-TTGG-AGATA-TTC--TGTC-T-GCCT--AATTG-C-A-CG----AGA---C-GCCATCG---AGTAGAGTTAG--CAAAGAGGAATGTCACAAAAC--CATGGTAAAATTT-ACGCTGC----TCATAAA---A-C--------------AC------AC--------GAAT---ATCAA--A--CTG-GAT-GA---T--------A---TCTTTAC-AT-TAAC----C-TA----CTA-CACT-ATTGT-----ATagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|22 : gtttaacatatttctgctgataaatctatatgctttgaagtatgccacatttttcaagaaaacaaaaaacattataacatggtagataatggtacaagttccatgatcaattgattccctttccgacaatcagaatgggtaatctttaaagcagaagagagaatattttgcagtattttcacgtttttataatccatattctcccaacttataaacaattgggagaatatggattctaaaaacgtgtaaatactaataaaatatacgaacacgtcaagtaactgatttgttC-TCTT-T-TC-T--AAACC-C-A-CT----CGACTG--GTT-TTCTGCATTT-AG---A--CAGAGAGGAATATCACCAAAT--AATGGTAacgattcgcataaaaacacaaggatatcaatgataaatctatagcataacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|23 : ACTGC-GTC-TCTTGCAGTT-AG---G--TAGAGATGTATGTCACCAAAgccctataaacacaggggaatatcaaggctatatctataacgtaac
gi|24 : attccttggtcatagatatatcatgcattaatactttcgtgcTC-TCATGTAGTT-AG---G--CAGAGAGAAAATTCAATAAACTACATGGTATAATTTAACAATGAAGTATG--------AGA--------------AT------AT--------CAAT---GATAT--A--T-C-TAT-AA---C--------G---TA--aacattgtatacaaacaagcggggt
gi|6 : ---G--CAAAGAGGAATGTCACAAAAC--TGTGGTACAATTT-ACACT------AT--------A-C--------------AT------AA--------AAAC---ACTAG--A--C---TATCAA---T--------GC--TA--TAT-CTGT--T----T-TA----AT--CA---ATTAC-----GTTGTAGCA-TACATGTA-T
gi|3 : aacatacttaactgatgactgctatgataaatccagtacgatataatttataataattgaaaaggataccatggtcatcatttttatgatccggtgatgcactttctgtcattcaaaataaaaggtcaagagaatatagattcaagaaaaattgaatacacaatcatgtaaaacatacaatttttt---G--CAACCAGGAATGTCACTGAAT--CATGGTAAAATTT-ATGCT----------------A-C--------------AT------AT--------AAA----AATAT--G--A-G-AAT-AT---C--------AAT-TA--AAT--T-T--C----TGTT----TT--AACCTATTAC-----ACT-T--TAGTATATATA-TTAGTAAtaatcccacttgactgtgtctcatgcagttaagcagaaagaaacgtcgccaattaacactacacataaaaaacacaacaatatcaatgacatacattata
gi|21 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaattattgaccagggaataattttcatgatcaggtgtgcactttcagccaattaaaatgatttctatttaaacaaaaagttttattgatagagaaaaatatggattcaagaaaaattgtgaaaacgcgggtaaaacacaaaaaaacatgaaggaacaggct---G--CAAAGACACATGTCACAAGAC--CATGGCATA-TTT-ACGCT------AC--------A-CATACAACACGAGA-AT------AT--------CAAT---TATAT--ATCT-G-TTT-AA---C--------C---TA--TAT-AC-C--C----C-TG----Ttagccccattctactgcatttcattcagccagatagataggaaaatctccaaatttaatataatttatactactcataaaaacatgagaaaatcaattatttatct
gi|7 : --CAGAGAGGAAGGTCACCAAAC--CTTGGAGTAATTT-ATGCT----------------A-C--------------AC------ATAAAA----CACTGGAAAT-T--T--C-A--AT-GA---C--------A---TA--TCT-GT-T--TTAAAT-TA----TT---AC--ACTTTTAGCGATTGT--TA-Ttaacactactcaacagcctctcct
gi|20 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaaaaaggtgaaaacacggatataaaacgcgaaaaAGAGAAATGTTACCAAAG--CATGGTATAGTTT-ACGCT------AC--------A-CATGAAAATATGAG-AT------AT--------CAAT---GATAT--A--T-C-TAT-AA---C--------T---TA--TGTAAT-A--C----C-TA----CTGCCAC---TTGG-----ATTGT--TA-TAttaaccctattcgactgcgtcacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGACTGCTATGGTAAATCTATACACTTTGGTGCCGACAACTATATGACGGTATGACCATGGTTGATATATATATAAGGATCATGACCATGGTGACGCACTTTCCACCAATCTAGAGCATTGGGAGAATATGAAATCAAGAAAAATTGAAAGCACAGATAAAAAACAAAAAAGTCAACAAGACACTGATTTATTTTATACTGAATTACGATAGGATAAAACAGATACATCATTGATTGCCCCGTGTTTGT
Unaligned ( gi|26 ): TAAGCACTACGTTATAGATATATCATTGACTTTCTCGGTGTTTCATGTGCTGGTAGCGTGAACTAT
Unaligned ( gi|27 ): AAACTTTGGCGTATGGTATAATTTACAGTAACCGAAAAATTAACCATGGATGACCATAGGGT
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8888888888888888888888888888888888888888888 111111 222222222 4444444444444444 1 222 222 222
lowQualScore : 5 0 888 55 44 2 44 1 33 1 2 2 444 5555 55 5555 22 666666666666666666666666 33 2 55555 8888888 2 2 2 2 2 333 11111111111111111111111111111111111111111 6666 55 777 33 33 444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 5555 5555 444 2 2 2222 44 2 6666666 1 33 2 444 88 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 777777 555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 44 0 1 0 0 2 0 444 77777 0 4 0 2 44 555 9999 3 3 1111111111111111111111111111111111111111111 444444 7 333333333 55 4 1 6 6666666666666666 0 1 3 888 333 3 555 7
lowQualScore : . . ... .. .. . .. . .. . . . ... .... .. .... .. ........................ .. . ..... ....... . . . . . ... ......................................... .... .. ... .. .. ... .............................................................. . . .... .... ... . . .... .. . ....... . .. . ... .. ........................................................................................ ...... ... ................................................................................................................................. . .. . . . . . . ... ..... . . . . .. ... .... . . ........................................... ...... . ......... .. . . . ................ . . . ... ... . ... .
lowQualScore : 7 4 888 00 22 1 22 7 99 2 7 7 777 7777 99 3333 99 111111111111111111111111 22 4 99999 1111111 5 5 5 7 7 000 99999999999999999999999999999999999999999 7777 99 888 99 44 000 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0 0000 0000 444 5 5 8888 44 5 1111111 7 44 5 444 44 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777777 000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 22 8 4 8 6 9 1 999 11111 5 6 5 7 22 444 6666 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 111111 3 888888888 33 4 5 7 5555555555555555 2 0 3 333 333 7 777 3
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAC--TTTGA-GTAT--GCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACCAT--GA----TA-GACCA--------------TGGT------AT--A-AT-----TT-------TC-A-TGATCA-GG-TGAT-GCACTTTCCGCCAATC-----------------A-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAA--GTT-GGG--AGAATA--TGTTA---------CATG----CT---ATA----C--AT-T-----------AT---C-GA---TT-GG-A-GAATATGG----ATTC----AAG---AAA-A-A-C-GTGAA-A-ACA-A--GGGTAAAACA--C-ACA---A-NAAA---A-------CG------A-AC-GA--A-----T-T--T-------T-TT---A-------T----------A--CA----------AAAGTGTAA------TAG---GTTAA---------AACA--------CA---------GAT---A--------------------------T-----------------A---------------------TGTG---------T------A--AGCGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCTAAC-----CCCACTCGACTGCGTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATG---GTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C-------------AC------AT------CAATGATATA--CGT----ATAAC-GT-ATAT-ATTCCTATT--CACATTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( family-1388 ) : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAC--TTNGA--TAT--GCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACCAT--GA----TA-GACCA--------------TGGT------AT--A-AT-----TT-------TC-A-TGATCA-GG-TGAT-GNNNTTTCCGCCAATC-----------------A-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAN--GTT-GGG--AGAATA--TGTTA---------CATG----CT---ATA----C--ATGT-----------AT---C-GA---TT-GG-A-GAATATGG----ATTC----AAG---AAA-A-A-N-GTGAN-A-ACA-A--GNGTAAAACA--C-ACA---A-NAAA---A-------CG------A-AC-GA--A-----T-T--T-------T-TT---A-------T----------A--CA----------AAAGTGTAA------TAG---GTTAA---------AGCA--------CA---------GAT---A--------------------------T-----------------A---------------------TGTG---------T------A--AGCGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCTAAC-----CCCACTCGACTGCGTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATG---GTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C-------------AC------AT------CAATAATATA--CGT----ATAAC-GT-ATAT-ATTCTTATT--CACATTACATTGTTATATATNTA-TTGNTAATTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
gi|1 : TTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTA--TATGC--TTTGAAGTAT--GCCACATTTTTCAAGAAAACA-AAAAACATTA----TAACAT--GG----TA-GATAA--------------TGGT------AC--A-AG-----TT-------CC-A-TGATCA-AT-TGAT-TCCCTTTCCGACAATC-----------------AGAA-TG-GGTA--A---------TCTTT-----AA--AGCA--GAA-GAG--AGAATA--TTTTGCAGTATTTTCACG----TTTTTATAATC-C--ATATTCTCCCAACTTATAAAC-AA---TT-GGGA-GAATATGG----ATTC------T---AAA-A-A-C-GTGTA-A-ATA-C--TAATAAAATA--T-AC------GAAC---A-------CGTCAAGTA-AC-TG--A-----T-T--T-------G-TT---A-------T----------A--CA----------ATAGTGTAG------TAG---GTTAA---------TGTA--------AA---------GAT---A--------------------------TCATCCAGTTTGATATTCG---------------------TGTG---------TTTTATGAGCAGCGTA-AAT--TTTACCATGGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCTAAC-----TCTACTCGATGGCGTCTCGTGCAATT-AGGCAGACA-GAATATCTCCAAAC--CATG---GTA----AAATTT-ACGAT-T-CGCATAAAAA--------C-------------ACAAGGATAT------CAATGATAAA--TCT----ATAGC-AT-A
gi|10 : g--------------------------T-----------------A---------------------TGTG---------T------A---GCGTT-AAT--TATACCAT----TGGTAACATTCT-TCT---G--AGA-----CGCACTCGAGTG--------GCGATT---GCAAAAAGGAATGTCACCAAAC--CATG---GTG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C-------------AC------ATAAAACACAAAAATAT---CA-----ATGAT-GT-ATCT-GTT-TTAGC--C-TATC-TGTTTTTATATAGTTACTTGTT--TTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGTacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|11 : tacagattcc-GG-A-GAATATGG----ATTC----AAG---AAA-A-A-T-GT------ATA-A--A---AAAACA--C-ACA---A-AAAAGAAA-------GG------A-ACTGA--G-----T-T--T-------TTTT---AATTTCTTT----------AACCT----------AACGTGTAA------CAGCCAGGTAA---------AAAA---------A---------GAT---ATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTT-----------------A---------------------TGTG---------T------A---GCATA-AAT--TATACAATTATC-GAAAATGTTTC-TCTTT-GCTTAC-----CCCATACCACTATGTCTTATGCATTT-AGGCAGAGAGGA---------------ATA---GTA----TAATTT-ACA-C---A--------A--------C-------------AC------AT------AAA-AACATG--AGG----ATATCAGTGATAT-ATaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|12 : gAATTTA--TATACAACTATG--TTT--GCCATATATTACAATAAC-TG-GAAA---TAA----TACCCC--GA----TA-GACCA--------------TGAT------GC--A-AT-----TT-------CC-A-CGATCA-AG-TGGT-GCACTTTCAGCCAACC-----------------A-AAATA-ATTG--C---------TC-TCTC--AAT--AAAG--GTT-GGG--AAAACA----TTA---------TCTGGAAAAT---ATGGCTTC--ATG------------AT---A-GA---TT-GG-A-AAACA-------GTTA----AAACTTAAA-A-A------AA-A-ACA-A--GGGTTATACA--C-ATATCTA-TATA---AGTCTTTGCA------A-A--AA--A-----TGT--T-------T-TT---A-------TTTTTTTACAAA--CA----------AAAATGTTA------TAG---GATAA---------AACA--------ctataacttata
gi|13 : TTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAG--TTCAAAGTAT--GCAATATCTAACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACCAT--GA----TA-GACCA--------------TGGT------AT--A-AT-----TT-------TC-A-TGGTTA-
gi|14 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaATGACTGCTAT---GGTAAATCTA--TACAC--TTTGG--T--------------------GC-CG-ACAA---CTA----TATGAC--GG----TATGACCA--------------TGGTTG----AT--ATAT-----ATATAAGGATC-A-TGACCATGG-TGAC-GCACTTTCCACCAATC-----------------------------------------------T--AGA--GCA----TT-GGG--AGAATA--TG--A---------AAT-----CA---AGA----A--A---------------------AA---TT--G-A-AAGCACAG----AT------------AAA-A-A------AC-A-A-A-A--AAGT-----------CA---A-CAAG---A-------C---------AC-TG--A-----T-TTAT-------T-TT---A-------T----------A--CT----------GAATTACGA------TAG---GATAA---------A--A--------CA---------GAT---A--------------------------C-----------------A---------------------Ttaccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|15 : --GCTGTAATTTACAATAAC-AG-AAAA---GTA----TACCAT--GA----AT-CACCA---------------GATC-----AT--A-CT-----TT-------TC-A-TGATCT-GG-TGAT-GCACTTTCCGCAAATC-----------------A-A-----ATTG---------------------------AAT--GTT-GAC--AAAATA--CGTTA---------CCTG----CT----TA----T-----T-----------AG---CTAA---TC-G------ATAGGG----AATC----AGA---AAATA-ATC-ATGAA-A-ATA-C--GGGTAA---A--C-ACA---A-TAAACC-G-------CG------AGAC-TG--A-----T-G--TACCATA-T-AT---A-------T----------A--CC----------GAAGCGTAA------TAcattgattgccccgtgtttgt
gi|16 : T------AT--A-AT-----AT-------TC-A-TGATTA-GG-TGA---CACTTTCCGCCAATC---------------------------TG--C---------TCTTTAA--AAA--AAAAAAGTT-CGG--AGAAGA--AGTTA---------CATG----CT---A---------A--------------AT---T-GA---CT-GGGA-GAATATGG----ATTC----AAC---AAA-A-A-T-GTGAC-A-ACACA--GT-----ACA--C-ACA---A-TAAA---A-------C-------A-AC-AA--A-----C-T--T-------T-TTTTAA-------T----------A--CA----------AAGGTGTAATACATGTAG---GTTAA---------A
gi|17 : aattaaattgaggtat--------------------------T-----------------A---------------------TTTG---------T------A---GAGTA-AAT--TATACTATAACTTGCAACCCTTCA-TTTTT-GTCTAC-----CCCACTTGACTGCATCTCCTGCAGTTTAGGCAAAGAGGAATATCACCAAAC--CATG---GTA----TAATTG-ACG-G-T----------A--------C-------------AG------AT------CAAaatgagagaaatgtt
gi|18 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggttT--A-AG-----CT-------TC-T-TGGTCA-GA-TAAG-GCTATTTCCGCCAATCA----------------A-AA-TG-ATTG--T---------TCTTTATAAAAA--AAAA--GTA-AGG--AGAATATCTGTTA---------CATG-----T---GT-----------T-----------AT---C-GA---TTAAG-A-GAACATGG----ATTC----AAG---AAA-A-A-C-GTTAA-A-ACG-C--GGATAAAACATGC-ACA---A-AAGA---A-------GG------A-AC-TA--T-----T-T--TTG-----T-TT---A-------T----------A--CATGTATATATTAAAGTTTAA------TAT---GTTGA---------A--A--------TA---------GAaaa
gi|19 : --TTGGAG-TAT--GGTATAATTTACAATAAC-CT-AAAA---TTGAACGTACCAT--GA----AA-GACAA--------------TGGT------GT--T-GT-----TT-------TC-G-TGATCA-CG-TGAT-GCATTTTCCGCCAATC-----------------A-AA-AACATT-------------TCTTTTT---AT--AAAT--GTT-TGA--AGAATA--CG
gi|19 : actGG----AATT----AAT---AAA-A-A-T--CGAA-A-ACA-G--AAGTAAAACA--C-G-A---A-CAAA---gaattaataaaaatcgaaaacagaagtaaaacacgaacaaa
gi|2 : actttggagtatggtataatttacaataacctaaaattgaacgtaccatgaaagacaatggtgttgttttcgtgatcacgtgatgcattttccgccaatcaaaaacatttctttttataaatgtttgaagaatacATTTAACC-TATGACTGCTTT---GATAAATCTA--TATAT--TTAGA--TAT--GCCATATTTTACAATATC-CG-ATAA---TTA----TGCCAT--GA----CA-CACCA--------------TGAT------AT--A-AT-----TT-------TC-A-TGATCA-GG-CGAT-GATGTTTCAGCCAATC-----------------A-AA-TG-GTTG--C---------TCTTTTC--AAA--AAAG--GTT-GGG--AGAATA--TGGTA---------CATG----CT---ATA----C--ATGT-----------AT---C-AA---TT-GG-G-GGATAAGG----ATCC----AAG---ATA-A-A-G-GTAAT-A-ACA-A--GTGTAACACA--C-ACA---A-GAAA---A-------TG------A-AT-GA--A-----T-T--T-------T-TT---A-------T----------A--CA----------AAAGTGTAA------TTG---ATTAA---------AGCA--------CA---------GAT---A--------------------------T-----------------A---------------------TGTG---------T------AC-AGCACA-GAT--TATCCCATGGTTCGG-AACATTCC-TCTTT-GCTAAC-----CACACTTGATTGCGTCTCGTGCAGTA-AGGCAAAGAGGCATGTCACCAAAC--CGTG---GTA----TAGTTT-ACG-CTT-C--------A--------C-------------AC------AT------CAATAATATA--CGT----ATAAC-AT-ATAT-ATTCTTATT--CACATTGTATTGTTATATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA---GTTTTGTC-ATATTTGT
gi|20 : GAGAGAAATGTTACCAAAG--CATG---GTA----TAGTTT-ACG-C-TAC--------A--------CATGAAAATATGAGAT------AT------CAATGATATA--TCT----ATAAC-TT-ATGTAATACCTACTGCCAC-TTGGATTGTTATAaatt
gi|21 : ttGTT-AG-CAAAGACACATGTCACAAGAC--CATG---GCA----T-ATTT-ACG-C-TAC--------A--------CATACAACACGAGAAT------AT------CAATTATATATCTGT----TTAAC-CT-ATAT-ACCCCTGTatttttaaccta
gi|21 : T---G--------------------------T-----------------A---------------------TGTG---------T------A---GCGTA-AAT---ATGCCATGGTCTTGTGACATGTG-TCTTT-GCTAAC-----ACTACTCAACAGCCTCTCactactcaacagcctctcct
gi|22 : acaggggtatataggttaaacagatatataattgatattctcgtgtC-TCTTT-TCTAAA-----CCCACTCGACTG-GTTTTCTGCATTT-AGACAGAGAGGAATATCACCAAAT--AATG---GTAGCCCTA---T-AAA-C-A-C--------AGGGG----A-------------AT------AT------CAAGGCTATA--TCT----ATAAC-GT-Act
gi|23 : ACTGCGTCTCTTGCAGTT-AGGTAGAGATGTATGTCACCAAAG--CACGAAAGTAT---TAATac
gi|24 : attccttggtcatagatatatcatgcTCTCATGTAGTT-AGGCAGAGAGAAAATTCAATAAACTACATG---GTA----TAATTTAACA-A-T-G--------AAGTATGAGA-------------AT------AT------CAATGATATA--TCT----ATAAC-GT-Aaacattgtatacaaacaagcggggt
gi|25 : ATCTACATATAC--GTTGA--TGTTTGCCATATTTTACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACCAT--GATAGCTA-GACCA--------------TGGG------AT--A-AT-----
gi|27 : AC--TTTGGCGTAT--GGTATAATTTACAGTAAC-CGAAAAA---TTA-----ACCATG-GA----T--GACCA--------------TAGatatagatatc
gi|3 : aaAT--TA----TT-GACCA--------------GGGA------AT--A-AT-----TT-------TC-A-TGATCA-GG-TG-T-GCACTTTCAGCCAATT-----------------A-AAATG-ATT-------------TCTATTT--AAACAAAAA--GTT----------------TTA---------T-TG---------ATA-----------------------------GA------GA-A-AAATATGG----ATTC----AAG---AAA-A-A-TTGTGAA-A-ACG-C--GGGTAAAACA--C-AAA---A-AAAC---A-------TG------A-AG-GA--ACAGGCT-T--TACTAATAT-AT---A-------T----------A--CT----------AAAGTGTAA------TAG---GTTAA---------AACA--------GAAATTTAATTGAT---A--------------------------TTCTCATATTTTT-----A---------------------TATG---------T------A---GCATA-AAT--TTTACCATGATTCAGTGACATTCC-TGGTT-GCTAGC-----CCCATTCTACTGCATTTCATTCAGCC-AGATAGATAGGAAAATCTCCAAAT--T-TA---ATA----TAATTT-ATA-C-T----------A--------C-------------TC------AT------AAA-AACATggt
gi|4 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTA--TTTAC--TTTGAAGTAT--GCCATATTTTACAATAAT-CG-AAAA---TTA----TACAGT--TA----TA-AACC--------------------------------T-----TC-------TC-A-TGTTCA-GG-TGAT-GCACTTTTCACCAATTA----------------A-AA-TG-ATTG--C---------TGTTTTG--AAC--AAAA--GTT---A--AGAATA--TGTTA---------CATG----CT---TTA-------ATG------------AC---T-G-------GG-A-GAATACAG----ATTC----ACG----AA-A-A-G-GTGAA-A-GC------------ACA--CAACA---A-CAAA---G-------T-------A-AC-TG--A-----T-T--T-------A-TT---A-------T----------A--AA----------TAAGTGTAA------AAG---GTTAAAATAGATATAGCA--------TT---------GAT---ACATTCATGTTTT--------------T-----------------A---------------------TGTG----------------A--ATCGTT-AAT--TATACGAGAGTTTGGTAGCATTCC-TGT----CTAAC-----CCCTCTTGTCTACATCTCAGGCA-TT-AGGCTAAAAGGAATGTCATCAAAC--CAGC---GTT----TAATCT-ACG-C-T-gagaaaatcaattatttatct
gi|5 : atgtTAACC-TATCACTGCCAT---GATAA--CTA--TATAC--TTTG---TAT--GCCATATTTTACAATAAC-CA-AAAG---TGA----TACCATATGA----TA-GGCCAAGGTTCAGTTGTAGTGGTCAGGTGATGCA-AT-----TT-------CCTC-TAATCA-AAATGATTGTTCTTTCCACCAATTGCACGTTTCTTCAATCAA-AA-TG-ATAA--C---------TCTTTTC--AAAG-AAAA--GTTTGGG--AGAAC-----TTG---------CATG----TT---AAA----TG-ATTC-----------AT---C-GA---TT-GG-AAGAATATGG----AATC----AAG---AAA-A-A-A-GTG-T-A-A---A--GGGTAAAACA--C-AAA---A-AAAA---AA------CT------G-TC-G---------T-T--T-------T-TT-----------T----------A--CA----------AATGTGTAT------TAG---GTTAA---------AACA---------------------T---A--------------------------T-----------------A---------------------C----------------------AGCGT----T--GATAT----GTTTG----TATTTTATGTGTAGCGAACGATGGCTGGCGTGAC-GCGTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAAAagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|6 : gACTTAACT-GATGACTGCTAT---GATAAATCCA---GTAC-----GA--T-------ATAATTTATAATAAT-TG-AAAA---GGA----TACCAT--GG----T------------------------C------AT--C-AT-----TT-------TT-A-TGATCC-GG-TGAT-GCACTTTCTGTCATTC-----------------A-AA----AT-------------------------A--AAAG--GTC-AAG--AGAATA--T
gi|6 : aacatG-A-GAATATAG----ATTC----AAG---AAA-A-A-T--TGAATACACA-ATCATGTAAAACA--T-ACA---A---------------------------------------T-T--T-------T-TT---A-------T----------A--CATGTATGCT--ACAACGTAA------TTG---ATTAA---------A--A--------CA---------GAT---A--------------------------T-----------------AGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTATG---------T------AT-AGTGTA-AAT--TGTACCACAGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCTAAT-----CCCACTTGACTGTGTCTCATGCAGTT-AAGCAGAAAGAAACGTCGCCAAagattcaagaaaaattgaatacacaatcatgtaaaacatacaattttttatacatgtatgctacaacgtaattgattaaaacagatatagcattgatagtctagtgtttttatgtatagtgtaaattgtaccacagttttgtgacattcctctttgctaatcccacttgactgtgtctcatgcagttaagcagaaagaaacgtcgccaattaacactacacataaaaaacacaacaatatcaatgacatacattata
gi|7 : aacatacttaactgatgactgctatgataaatccagtacgatataatttataataattgaaaaggataccatggtcatcatttttatgatccggtgatgcactttctgtcattcaaaataaaaggtcaaTTTATTATAAC-CC-GAAA---GTA----TACCAT--GA----TA-GACCA--------------TAGT------AT--A-TT-----TT-------TC-A-TAATCA-GG-TGAT-GCACTTTCCACCAATCA----------------A-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AGAA--GTT-GTG--AGAATA--TGTTA---------CA-------T---AT---------TTT-----------AT-----GG---T---G-A-GAATATGG-----TT-----------AAA-A-A-G-GTGAA-A-ACA-C--GGATATAAAA--C-GCG---A-AAAA------------T------A-AC--A--A-----T-C--G-------C-T---------------------------A----------AAAGTGTAA------TAA---TTTAA---------A--A--------CA---------GAT---ATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTT---T-----------------A---------------------TGTG---------T---------AGCATA-AAT--TACTCCAAGGTTTGGTGACCTTCC-TCTCT-GTTAAC-----CCTATTCGACTGCGTCttaacactacacataaaaaacacaacaatatcaatgacatacattata
gi|7 : -TT---A-------T----------G--TG----------AAAG-GTTA------TAG---AT-AA---------AACAAGGTTATCCATGT------GGT---T--------------------------T-----------------A---------------------TGTG----------------A--AGCTTA-AAT--AATACCACGATTTTGTGA------------------------CGCAGTCGAATAGG---------GTT-AA-CAGAGAGGAAGGTCACCAAAC--CTTG---GAG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C-------------AC------ATA-----AAACACTGGA--AATTTCAATGAC-AT-ATCT-GTT------------TTAAATTATTACACTTTTA-GCG---ATTGTTATTTTT---CGCGTTTTATATCCGTGTTTTCACCTTTTacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
gi|8 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaTTTAAACACATGACTGCTAG---GATAAATCTA--TGTAC--TTTCAAGTAT--GCCGTATTGTATAATAAA-CG-AAAA---TTA----TACCAT--GA----TA-GACCA--------------TGGC------AT--A-GT-----GT-------TT-A-TGATCA-AG-TGAT-GTACTTTCCACCAATCA----------------A-AA-TG-AGTGTTC---------TTTTTTT--ACA--AAAC--GTA-GGAGTAGAATA--TGTTA---------CATG----CT---A------------T-----------AT---T-GA---TT-AC-ATGAATATGA----A-------AGG---TTA-A-A-C-TTGAA-A-ACA-C--AGATAAAACA--C-ACA---A--AAA---A-------C-------A-AG-GA--ACT---T-T--T-------T-TT---A-------T----------A--CA----------AAAGTGCAA------TAG---GTTAA---------A--A--------CA---------GATTAAA--------------------------T-----------------A---------------------T-TGCTATTCTAAT------G--ATTGTATTATTATATACAATGGTTTTGTGACA-----------ACTA---------CACTCGTCTGCGTCTCGTGCATTC-AGGCAAAGAcactggtat
gi|9 : tacTTTA--TATA----TAAA--TAA--ATTATACTTTATAATAAC-AG-AAAA---TGA----TATCAT--TA----TA-GACCA--------------TAGT------AT--A-ACAATAGTT-------TC-ATTAATCA-CA-TGGT-GCAATATCTGCCAATCA----------------A-AA-TG-ATTG--CTCGTTATTTTCTTTTT--AAA--AA----GTT-GGG--AGAATA--TGTTA---------CATT----CT---TTA----TTGATTT-----------AA---T-AAAAGTTGGG-A-GAATATGGTAGAATTC----A
gi|9 : TTT--AAT--AAAA--GTT-GGG--AGAATA--TGGTA---------GA-----------ATT----C--AT-T-----------AT---T-TA---TTTGG-A-GAATATTG----ATTTATTAAAG---AAA-ACA-C-GGGTA-A-ACATAC-GGGTATACTA--C-ACA---ACAAAA---A-------CA------A-AT-GATCA-----T-T--CAG-----T-TT---A-------T----------ttatttatttggagaatattgatttattaaagaaaacacgggtaaacatacgggtatactacacaacaaaaacaaatgatcattcagtttattccattcatgtgcaccaggtctttatcaaacaagaatatcggtgatgt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAAGCACTACGTTATAGATATATCATTGACTTTCTCGGTGTTTCATGTGCTGGTAGCGTGAACTAT
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222 1111111 111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111111111111111111 1111 111111 111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888 111111 222222 22222 444444 1 3333333 222 222
lowQualScore : 5 0 888 55 3 3 8888 1 2 2 444 5555 33 2 5555 22 0 7777 2 55555 66666 2 2 1111111111111111111111111 2222222 999 44 33 33 222222222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 5 5 5555 8888888888888888888888888888888 2 7777 2 2 777777 4444 000000000 33 2 444 88 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 2 33 666666 5555 444 444 55 5555 66666 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33 2 33 0 0 0 2 333 33 66666 2 3 2 0 66666 33 444 8888 2 9999999999999999999999999999999999999999999999 444444 3 000000 1 8 66666 999999 0 0 7777777 0 333 1 555 7
lowQualScore : . . ... .. . . .... . . . ... .... .. . .... .. . .... . ..... ..... . . ......................... ....... ... .. .. .. ......... ......................................................... . . . .... ............................... . .... . . ...... .... ......... .. . ... .. .................................................................................... ... . .. ...... .... ... ... .. .... ..... ........................................................................................ .. . .. . . . . ... .. ..... . . . . ..... .. ... .... . .............................................. ...... . ...... . . ..... ...... . . ....... . ... . ... .
lowQualScore : 7 4 888 00 1 1 4444 2 7 7 777 7777 44 5 3333 99 2 8888 4 99999 22222 5 5 9999999999999999999999999 7777777 777 88 77 77 333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 3 3 7777 5555555555555555555555555555555 7 3333 7 7 555555 7777 000000000 44 5 444 44 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 4 22 888888 0000 444 444 99 3333 22222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 99 9 99 1 6 1 7 444 77 77777 5 7 5 3 77777 77 777 3333 7 8888888888888888888888888888888888888888888888 333333 6 666666 9 0 00000 555555 8 2 0000000 7 333 0 777 3
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATC-A-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTTAAA--AAAA--GTT-GGG--AGAATAT--GTTA---------CATG----------C----TA----------A--T-T-AT---C-GATT------------G-G-A-GAATATGG----ATTCA------------AG---AA------------A-AA-C-GTGAA-A-ACAC--GGGTAAA---AC---------A--C-ACA---A-NAAA---A-------CG------A-AC-GA--A-----T-T--T-------TTT---A-----T----------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------ATG----TGT------A--A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAA-----AC--CATG---GTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GATATA--TC-TATAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( family-1388 ) : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATC-A-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTTAAA--AAAA--GTT-GGG--AGAATAT--GTTA---------CATG----------C----TATA------C-A--T-T-AT---C-GATT------------G-G-A-GAATATGG----ATTCA------------AG---AA------------A-AA-C-GTGAA-A-ACAA--GGGTAAA---AC---------A--C-ACA---A-NAAA---A-------CG------A-AC-GA--A-----T-T--T-------TTT---A-----T----------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------ATG----TGT------A--A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAA-----AC--CATG---GTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GATATA--CG-TATAACGTATAT-ATT----CCTATT--CACATTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
gi|1 : TTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTA--TATGCT-TT-G-AAGTATGCCACATTTTTCAAGAAAACA-AAAAACATTA----TAAC--AT-GG----TA-GATAATGGT----ACA-AG-----TT-----CCA-TGATCA-ATTGATTCCCTTTCCGACAATC-AGAA-TG-GGTA--A---------TCTTT---AA--AGCA--GAA-GAG--AGAATAT--TTTGCAGTATTTTCACGTTTTTATAATC----CATATTCTCCC-AACT-T-ATAAAC-AATT------------G-GGA-GAATATGG----ATTC--------------T---AA------------A-AA-C-GTGTA-A-ATAC--TAATAAA---AT---------A--T-AC------GAAC---A-------CGTCAAGTA-AC-TG--A-----T-T--T-------GTT---A-----T----------AC-A----------A---TA-G--TGTAG------T----AG---G---TTA--ATGTAAAGATATCATC------CA---------GTTTGATA--------------------------TTC-----------GTG----TGTTTTATGAGCA-G--CGTA-AAT--TTTACCATGGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----TCTACTCGATGGC-GTCTCGTGCAATT-AGGCAGACA-GAATATCTCCAA-----AC--CATG---GTA----AAATTT-ACGAT-T-CGCATAAAAA--------C--------------ACAAGGATAT------CAAT-GATAAA--TC-TATAGCATA
gi|10 : g--------------------------T-------------ATG----TGT------A----G--CGTT-AAT--TATACCAT----TGGTAACATTCT-TCT---G----AGA-----CGCACTCGAGTG---------GCGATT---GCAAAAAGGAATGTCACCAA-----AC--CATG---GTG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAACACAAA-AATAT---CA--ATGATGTATCT-GTTTTAGCCTATC-------TG--TTTTTATATAGTTACTTG-T-TTTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGTacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|11 : tacagattcc------------G-G-A-GAATATGG----ATTCA------------AG---AA------------A-AA-T-GTATA-A-A---------AAA---AC---------A--C-ACA---A-AAAAGAAA-------GG------A-ACTGA--G-----T-T--T-------TTTTA-A-----TTTCTTTA---AC-CT---------A---AC-G--TGTAA------C----AGCCAG---GTA--A----AA-----AA---------A---------G----ATATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTT-------------ATG----TGT------A----G--CATA-AAT--TATACAATTATC-GAAAATGTTTC-TCTTT-GCT--TAC-----CCCATACCACTAT-GTCTTATGCATTT-AGGCAGAGAGGA--------------------ATA---GTA----TAATTT-ACA-CAA-C--------A--------CATAAAAACATGAGGAT------AT------CAGT-GATATA--TC-TATAACTTATAaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|12 : gAATTTA--TATACAACT-A-T-GTTTGCCATATATTACAATAAC-TG-GAAA---TAA----TACC--CC-GA----TA-GACCATGAT----GCA-AT-----TT-----CCA-CGATCA-AGTGGTGCACTTTCAGCCAACC-A-AAATA-ATTG--C---------TCTCTC-AAT--AAAG--GTT-GGG--AAAACAT----TA---------TCTG----------GAAAATATGGCTT--C-A--T-G-AT---A-GATT------------G-G-A-AAACA-------GTTAA------------AACTTAA------------A-AA------AA-A-ACAA--GGGTTAT---AC---------A--C-ATATCTA-TATA---AGTCTTTGCA------A-A--AA--A-----TGT--T-------TTT---A-----TTTTTTTACAAAC-A----------A---AA-A--TGTTA------T----AG---G---ATA--A----AA-----CA--------
gi|13 : TTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAGT-TC-A-AAGTATGCAATATCTAACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGGTTA-
gi|14 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaATGACTGCTAT---GGTAAATCTA--TACACT-TT-G-G----TGCC-----------------G-ACAA---CTA----TATG--AC-GG----TATGACCATGGTTGATATATAT-----ATAAGGATCA-TGACCATGGTGACGCACTTTCCACCAATC-------------------------------TAGA--GCA----TT-GGG--AGAATAT--G--A----------A------------------------------------AT---C-AA--------------G-A-A-AAAT-TGA----AAGCAC-----------AG---AT------------A-A-------AA-A-ACAA--A---AAA---GT---------------CA---A-CAAG---A-------C---------AC-TG--A-----T-TTAT-------TTT---A-----T----------AC-T----------G---AA-T--TACGA------T----AG---G---ATA--A----A-------A--------CA---------G----ATA--------------------------C-------------ATtaccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|15 : GCTGTAATTTACAATAAC-AG-AAAA---GTA----TACC--AT-GA----AT-CACCA-GATC---ATA-CT-----TT-----TCA-TGATCT-GGTGATGCACTTTCCGCAAATC-A-A-----ATTG-------------------------AAT--GTT-GAC--AAAATAC--GTTA---------CCTG----------C----T---------T-A--T-T-AG---CTAATC------------G-------ATAGGG----AATCA------------GA---AA------------ATAATC-ATGAA-A-ATAC--GGGTAA---------------A--C-ACA---A-TAAACC-G-------CG------AGAC-TG--A-----T-G--TACCATA-TAT---A-----T----------AC-C----------G---AA-G--CGTAA------T----Acattgattgccccgtgtttgt
gi|16 : T----ATA-AT-----AT-----TCA-TGATTA-GGTGA--CACTTTCCGCCAATC-----------TG--C---------TCTTTAAAAA--AAAAAAGTT-CGG--AGAAGAA--GTTA---------CATG----------C----TA----------A------AT---T-GACT------------G-GGA-GAATATGG----ATTCA------------AC---AA------------A-AA-T-GTGAC-A-ACA------CAGT---AC---------A--C-ACA---A-TAAA---A-------C-------A-AC-AA--A-----C-T--T-------TTTTTAA-----T----------AC-A----------A---AG-G--TGTAATACATGT----AG---G---TTA--A----AA-----
gi|17 : aattaaattgaggtatTAAA---AC---------A------------TAAA------------G------A-AC--A--G-----T-A--C-------TTT---AAAAATT----------ACTA----------A---AATGATTGTAA------TTATTAT---G---CTAT-A----AA-----GA--------CA---------G----ATA--------------------------TTCTTGTGGTTTTGATC----TGT------A--C----CGTC-AAT--TATACCATGGTTTGGTGATATTCC-TCTTT-GCCTAAAC-----TGCAGGAGA-TGCAGTCAAGTG-GGGT-AGACAAAAATGAAGGGTTGCAA-----GT--TATA---GTA----TAATTT-ACT-C-T----------A--------C--------------AA------AT------AAAatgagagaaatgtt
gi|17 : t--------------------------T-------------ATT----TGT------A----G--AGTA-AAT--TATACTATAACTTGCAACCCTTCA-TTTTT-GTC--TAC-----CCCACTTGACTGC-ATCTCCTGCAGTTTAGGCAAAGAGGAATATCACCAA-----AC--CATG---GTA----TAATTG-ACG-G-T----------A--------C--------------AG------AT------CAAa
gi|18 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggttTA-AG-----CT-----TCT-TGGTCA-GATAAGGCTATTTCCGCCAATC-A-AAATG-ATTG--T---------TCTTTATAAA--AAAAAAGTA-AGG--AGAATATCTGTTA---------CATG----------T----------------G--T-T-AT---C-GATT------------AAG-A-GAACATGG----ATTCA------------AG---AA------------A-AA-C-GTTAA-A-ACGC--GGATAAA---AC---------ATGC-ACA---A-AAGA---A-------GG------A-AC-TA--T-----T-T--TTG-----TTT---A-----T----------AC-ATGTATATATTA---AA-G--TTTAA------T----AT---G---TTG--A----AA-----TA--------aaa
gi|19 : ACT-TT-GGA-GTATGGTATAATTTACAATAAC-CT-AAAA---TTGAACGTACC--AT-GA----AA-GACAATGGT----GTT-GT-----TT-----TCG-TGATCA-CGTGATGCATTTTCCGCCAATC-A-AA-AACATT-------------TCTTTTT-AT--AAAT--GTT-TGA--AGAATAC--Gga
gi|2 : ATTTAACC-TATGACTGCTTT---GATAAATCTA--TATATT-TA-G-A--TATGCCATATTTTACAATATC-CG-ATAA---TTA----TGCC--AT-GA----CA-CACCATGAT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGCGATGATGTTTCAGCCAATC-A-AA-TG-GTTG--C---------TCTTTTCAAA--AAAG--GTT-GGG--AGAATAT--GGTA---------CATG----------C----TATA------C-A--TGT-AT---C-AATT------------G-G-G-GGATAAGG----ATCCA------------AG---AT------------A-AA-G-GTAAT-A-ACAA--GTGTAAC---AC---------A--C-ACA---A-GAAA---A-------TG------A-AT-GA--A-----T-T--T-------TTT---A-----T----------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----TG---A---TTA--A----AG-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------ATG----TGT------AC-A-G--CACA-GAT--TATCCCATGGTTCGG-AACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CACACTTGATTGC-GTCTCGTGCAGTA-AGGCAAAGAGGCATGTCACCAA-----AC--CGTG---GTA----TAGTTT-ACG-CTT-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-AATATA--CG-TATAACATATAT-ATT----CTTATT--CACATTGTATTGTTATATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA---GTTTTGTC-ATATTTGTgaattaataaaaatcgaaaacagaagtaaaacacgaacaaa
gi|20 : GAGAGAAATGTTACCAA-----AG--CATG---GTA----TAGTTT-ACG-C-TAC--------A--------CATGAAAATATGAG-AT------AT------CAAT-GATATA--TC-TATAACTTATGTAATA----CCTACTGCCAC-TTGGATTGTTATAaatt
gi|21 : ttGTT-AG-CAAAGACACATGTCACAAG-----AC--CATG---GCA----T-ATTT-ACG-C-TAC--------A--------CATACAACACGAGA-AT------AT------CAAT-TATATATCTG-TTTAACCTATAT-ACC----CCTGTatttttaaccta
gi|21 : TG--------------------------T-------------ATG----TGT------A----G--CGTA-AAT---ATGCCATGGTCTTGTGACATGTG-TCTTT-GCT--AAC-----ACTACTCAACAGC-CTCTCactactcaacagcctctcct
gi|22 : acaggggtatataggttaaacagatatataattgatattctcgtgtC-TCTTT-TCT--AAA-----CCCACTCGACTG--GTTTTCTGCATTT-AGACAGAGAGGAATATCACCAA-----AT--AATG---GTAGCCCTA---T-AAA-C-A-C--------AGGGG----A--------------AT------AT------CAAG-GCTATA--TC-TATAACGTAct
gi|23 : ACTGC-GTCTCTTGCAGTT-AGGTAGAGATGTATGTCACCAA-----AG--CACGAAAGTAT---TAATGC-ATG--------------A--------T--------------AT------AT------CTAT-GAac
gi|24 : attccttggTCTCATGTAGTT-AGGCAGAGAGAAAATTCAATAA-----ACTACATG---GTA----TAATTTAACA-A-T-G--------AAGTATGAGA--------------AT------AT------CAAT-GATATA--TC-TATAACGTAaacattgtatacaaacaagcggggt
gi|25 : ATCTACATATACG-TT-G-ATGTTTGCCATATTTTACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GATAGCTA-GACCATGGG----ATA-AT-----
gi|27 : ACT-TT-G-GCGTATGGTATAATTTACAGTAAC-CGAAAAA---TTA-----ACC--ATGGA----T--GACCATAGatatagatatc
gi|3 : aa--AT-TA----TT-GACCAGGGA----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTG-TGCACTTTCAGCCAATT-A-AAATG-ATT-------------TCTATTTAAACAAAAA--GTT----------------TTA---------T-TG----------------ATA----------------------GA--------------G-A-A-AAATATGG----ATTCA------------AG---AA------------A-AA-TTGTGAA-A-ACGC--GGGTAAA---AC---------A--C-AAA---A-AAAC---A-------TG------A-AG-GA--ACAGGCT-T--TACTAATATAT---A-----T----------AC-T----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------GAAATTTAATTG----ATA--------------------------TTCTCATATTTTT-ATA----TGT------A----G--CATA-AAT--TTTACCATGATTCAGTGACATTCC-TGGTT-GCT--AGC-----CCCATTCTACTGC-ATTTCATTCAGCC-AGATAGATAGGAAAATCTCCAA-----AT--T-TA---ATA----TAATTT-ATA-C-T----------A--------C--------------TC------AT------AAAggt
gi|4 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTA--TTTACT-TT-G-AAGTATGCCATATTTTACAATAAT-CG-AAAA---TTA----TACA--GT-TA----TA-AACC--------------T-----TC-----TCA-TGTTCA-GGTGATGCACTTTTCACCAATTAA-AA-TG-ATTG--C---------TGTTTTGAAC--AAAA--GTT---A--AGAATAT--GTTA---------CATG----------C----T--------------T-T-AA---T-GACTG-----------G-G-A-GAATACAG----ATTCA------------CG---AA------------A-AG---GTGAA-A-GC--------------AC---------A--CAACA---A-CAAA---G-------T-------A-AC-TG--A-----T-T--T-------ATT---A-----T----------AA-A----------T---AA-G--TGTAA------A----AG---G---TTA--A----AA-----TAGATATAG-CATT-------G----ATACATTCATGTTTT--------------T-------------ATG----TG-------A--A-T--CGTT-AAT--TATACGAGAGTTTGGTAGCATTCC-TGT----CT--AAC-----CCCTCTTGTCTAC-ATCTCAGGCA-TT-AGGCTAAAAGGAATGTCATCAA-----AC--CAGC---GTT----TAATCT-ACG-C-T-aacatgagaaaatcaattatttatct
gi|5 : atgtTAACC-TATCACTGCCAT---GATAA--CTA--TATACT-TT-G----TATGCCATATTTTACAATAAC-CA-AAAG---TGA----TACCATAT-GA----TA-GGCCAAGGT----TCA-GT-----TG-----TAG-TGGTCA-GGTGATGCAATTTCCTCTAATCAA-AA-TG-ATTG--T---------TCTTTagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|5 : gTGCACGTTTCTTCAATC-A-AAATG-ATAA--C---------TCTTTTCAAAG-AAAA--GTTTGGG--AGAAC-----TTG---------CATG----------T----TAAA------TGA--T-TCAT---C-GATT------------G-G-AAGAATATGG----AATCA------------AG---AA------------A-AA-A-GTGTA-A-A-----GGGTAAA---AC---------A--C-AAA---A-AAAA---AA------CT------G-TC-G---------T-T--T-------TTT---------T----------AC-A----------A---AT-G--TGTAT------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA-------------------------TA--------------------------T-------------AC-----------------A-G--CGT----T--GATAT----GTTTG----TATTTTATGTGTAGCG--AACGATGGCTGGCGTGAC-GC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAAAccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|6 : gtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaatACTTAACT-GATGACTGCTAT---GATAAATCC---------------A-GTACGATATAATTTATAATAAT-TG-AAAA---GGA----TACC--AT-GG----T----------C----ATC-AT-----TT-----TTA-TGATCC-GGTGATGCACTTTCTGTCATTC-A-AA----AT-----------------------A--AAAG--GTC-AAG--AGAATAT--
gi|6 : aacat-G-A-GAATATAG----ATTCA------------AG---AA------------A-AA-T--TGAATACACAATCATGTAAA---AC---------A--T-ACA---A---------------------------------------T-T--T-------TTT---A-----T----------AC-ATGTATGCT--A---CA-A--CGTAA------T----TG---A---TTA--A----AA-----CAGATATAG-CATT-------G----ATAGTCTAGTGTTTT--------------T-------------ATG----TAT------A----G--TGTA-AAT--TGTACCACAGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAT-----CCCACTTGACTGT-GTCTCATGCAGTT-AAGCAGAAAGAAACGTCGCCAATTAACAC--TAC----ACA----TAAAAA-ACA-C---A--------A--------CA-------------AT------AT------CAAT-GACATA--CATTATAagattcaagaaaaattgaatacacaatcatgtaaaacatacaattttttatacatgtatgctacaacgtaattgattaaaacagatatagcattgatagtctagtgtttttatgtatagtgtaaattgtaccacagttttgtgacattcctctttgctaatcccacttgactgtgtctcatgcagttaagcagaaagaaacgtcgccaattaacactacacataaaaaacacaacaatatcaatgacatacattata
gi|7 : aacatacttaactgatgactgctatgataaatccagtacgatataatttataataattgaaaaggataccatggtcatcatttttatgatccggtgatgcactttctgtcattcaaaataaaaggtcaaTTTATTATAAC-CC-GAAA---GTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATAGT----ATA-TT-----TT-----TCA-TAATCA-GGTGATGCACTTTCCACCAATC-A-AAATG-ATTG--C---------TCTTTTTAAA--AGAA--GTT-GTG--AGAATAT--GTTA---------CATA----------T----T--------------T-T-AT-----GGT---------------G-A-GAATATGG-----TT-------------------AA------------A-AA-G-GTGAA-A-ACAC--GGATATA---AA---------A--C-GCG---A-AAAA------------T------A-AC--A--A-----T-C--G-------CT------------------------A----------A---AA-G--TGTAA------T----AA---T---TTA--A----A-------A--------CA---------G----ATATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTT---T-------------ATG----TGT---------A-G--CATA-AAT--TACTCCAAGGTTTGGTGACCTTCC-TCTCT-GTT--AAC-----CCTATTCGACTGC-GTC
gi|7 : TT---A-----T----------GT-G----------A---AA-G---GTTA------T----AG---A---T-A--A----AA-----CAAGGTTATCCATGT------G----GTT--------------------------T-------------ATG----TG-------A--A-G--CTTA-AAT--AATACCACGATTTTGTGA--------------------------CGCAGTCGAATAG-G---------GTT-AA-CAGAGAGGAAGGTCACCAA-----AC--CTTG---GAG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAA--CACTGGAAAT------TTCAATG-ACAT-AT------CTGTT------TTAAATTATTACACTTTTA-GCG---ATTGTTATTTTT---CGCGTTTTATATCCGTGTTTTCACCTTTTacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
gi|8 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaTTTAAACACATGACTGCTAG---GATAAATCTA--TGTACT-TTCA-A-GTATGCCGTATTGTATAATAAA-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGC----ATA-GT-----GT-----TTA-TGATCA-AGTGATGTACTTTCCACCAATCAA-AA-TG-AGTGTTC---------TTTTTTTACA--AAAC--GTA-GGAGTAGAATAT--GTTA---------CATG----------C----TA---------------T-AT---T-GATT------------A-C-ATGAATATGA----A---A------------GG---TT------------A-AA-C-TTGAA-A-ACAC--AGATAAA---AC---------A--C-ACA---A--AAA---A-------C-------A-AG-GA--ACT---T-T--T-------TTT---A-----T----------AC-A----------A---AA-G--TGCAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CAGAT-----TA---------A----ATA--------------------------T--------------TGCTATTCT------A--ATGATTGTATTATTATATACAATGGTTTTGTGACA-----------ACT--A---------CACTCGTCTGC-GTCTCGTGCATTC-AGGCAAAGAcactggtat
gi|9 : tacTTTA--TATA----T-A-A-ATAAATTATACTTTATAATAAC-AG-AAAA---TGA----TATC--AT-TA----TA-GACCATAGT----ATA-ACAATAGTT-----TCATTAATCA-CATGGTGCAATATCTGCCAATCAA-AA-TG-ATTG--CTCGTTATTTTCTTTTT--A--AAAA--GTT-GGG--AGAATAT--GTTA---------CATT----------C----T--------------T-T-AT---T-GATTTAATAAAAGTTGG-G-A-GAATATGGTAGAATTCATTATTTATTTGGAG---AATATTGATTTATTA-AA-----GAA-A-ACAC--GGGTAAACATACGGGTATACTA--C-ACA---ACAAAA---A-------CA------A-AT-GATCA-----T-T--CAG-----TTT---A-----T----------TC-C----------ATTCAT-G--TGCAC------C----AG---GTCTTTATCA----AA-----CA---------A---------G----A-A--------------------------T-------------AT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|26 ): TAAGCACTACGTTATAGATATATCATTGACTTTCTCGGTGTTTCATGTGCTGGTAGCGTGAACTAT
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222 111111111 11111111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222 1111 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999999999999999999999999999999999999999999 111111 22222222 444444 1 3333333 222 222
lowQualScore : 5 0 888 55 3 3 8888 1 2 2 444 5555 33 2 5555 22 0 7777 2 55555 66666 2 2 1111111111111111111111111 333333333 00000000000 66 33 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 444 5555 4444444444444444444444444444 2 5555 9999999 444 000000000 33 8888888 66 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 2 33 777777 5555 444 444 66 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 2 33 0 0 0 2 333 33 66666 2 3 2 0 33 5555 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000 333333 3 999999 44 2 3 55555555 444444 0 0 7777777 0 333 1 555 7
lowQualScore : . . ... .. . . .... . . . ... .... .. . .... .. . .... . ..... ..... . . ......................... ......... ........... .. .. ................................................................... . ... .... ............................ . .... ....... ... ......... .. ....... .. .......................................................................... ... . .. ...... .... ... ... .. .... ..................................................................................................................... .. . .. . . . . ... .. ..... . . . . .. .... . . ............................................ ...... . ...... .. . . ........ ...... . . ....... . ... . ... .
lowQualScore : 7 4 888 00 1 1 4444 2 7 7 777 7777 44 5 3333 99 2 8888 4 99999 22222 5 5 9999999999999999999999999 555555555 00000000000 55 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 777 7777 8888888888888888888888888888 7 1111 1111111 444 000000000 44 1111111 88 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 5 44 222222 3333 777 777 33 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 99 1 6 1 7 444 77 77777 5 7 5 3 77 7777 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333 333333 3 666666 66 6 6 33333333 222222 8 2 0000000 7 333 0 777 3
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAA-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTTAAA----AAAA--G-------TT-GGG--AGAAT----AT--GTT----------ACATGCT-------A-T-TAT---C-GATT------------G-G-A-GAA---TATGG----ATTCA------------AGAA------------A-AA-C-GTGAAAACACGG----GTAAA---AC---------A--CA-------CAA-NAAA---A-CG------A-AC-GA--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A--A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( family-1388 ) : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATC-A-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTTAAA----AAAA--G-------TT-GGG--AGAAT----AT--GTT----------ACATGCT---A---A-T-TAT---C-GATT------------G-G-A-GAA---TATGG----ATTCA------------AGAA------------A-AA-C-GTGAAAACACGG----GTAAA---AC---------A--CA-------CAA-NAAA---A-CG------A-AC-GA--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A--A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
gi|1 : TTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTA--TATGCT-TT-G-AAGTATGCCACATTTTTCAAGAAAACA-AAAAACATTA----TAAC--AT-GG----TA-GATAATGGT----ACA-AG-----TT-----CCA-TGATCA-ATTGATTCCCTTTCCGACAATC-AGAA-TG-GGTA--A---------TCTTT--AAAGCAGAAGA--GAGAATATTT-TGC--AGTATTTTCAC--GTTTTTATAATCCATATTCTCCCA---ACT-TATAAAC-AATT------------G-GGA-GAA---TATGG----ATTC--------------TAA------------A-AA-C-GTGTAAATACTA----ATAAA---AT---------A--TA-------C---GAAC---A-CGTCAAGTA-AC-TG--A-----TT--T-------GTT---A-----T-------AC-A----------A---TA-G--TGTAG------T----AG---G---TTA--ATGTAAAGATATCATC------CA---------GTTTGATA--------------------------TTC-----------G---------------------TG----TGTTTTATGAGCA-G--CGTA-AAT--TTTACCATGGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----TCTACTCGATGGC-GTCTCGTGCAATT-AGGCAGACA-GAATATCTCCAAAC--CATGGTA----AAATTT-ACGAT-T-CGCATAAAAA--------C--------------ACAAGGATAT------CAAT-GAT------AAATCTA--TAGCATA
gi|10 : g--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A----G--CGTT-AAT--TATACCAT----TGGTAACATTCT-TCT---G----AGA-----CGCACTCGAGTG---------GCGATT---GCAAAAAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAACACAA---AA------ATATCAA--TGATGTATCT-GTTTTAGCCTATC-------TG--TTTTTATATAGTTACTTG-T-TTTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGTacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|11 : tacagattcc------------G-G-A-GAA---TATGG----ATTCA------------AGAA------------A-AA-T-GTATAAA-----------AAA---AC---------A--CA-------CAA-AAAAGAAA-GG------A-ACTGA--G-----TT--T-------TTTTA-A-----TTTCTTTAAC-CT---------A---AC-G--TGTAA------C----AGCCAG---GTA--A----AA-----AA---------A---------G----ATATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTT-------------A---------------------TG----TGT------A----G--CATA-AAT--TATACAATTATC-GAAAATGTTTC-TCTTT-GCT--TAC-----CCCATACCACTAT-GTCTTATGCATTT-AGGCAGAGAGGA---------------ATAGTA----TAATTT-ACA-CAA-C--------A--------CATAAAAACATGAGGAT------AT------CAGT-GAT------ATATCTA--TAACTTATAaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|12 : gAATTTA--TATACAACT-A-T-GTTTGCCATATATTACAATAAC-TG-GAAA---TAA----TACC--CC-GA----TA-GACCATGAT----GCA-AT-----TT-----CCA-CGATCA-AGTGGTGCACTTTCAGCCAACCAA-AA-TA-ATTG--C---------TC-TCTCAAT----AAAG--G-------TT-GGG--AAAAC-----------------------------------A-T-TAT---C----T------------G-G-A-AAA---TATGG----CTTCA------------TGAT------------A-GA-T-TGGAAAACA--G----TTAAA---AC---------T--TA-------AAA-AAAA---A-CA------A-GG-G----------------------TT---A-----T-------AC-A----------
gi|13 : TTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAGT-TC-A-AAGTATGCAATATCTAACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGGTTA-catatctatataagtctttgcaaaaaatgtttttatttttttacaaacaaaaatgttataggataaaaca
gi|14 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaATGACTGCTAT---GGTAAATCTA--TACACT-TT-G-G----TGCC-----------------G-ACAA---CTA----TATG--AC-GG----TATGACCATGGTTGATATATAT-----ATAAGGATCA-TGACCATGGTGACGCACTTTCCACCAATC-------------------------------TAGA----GCA-----------TT-GGG--AGAAT----AT--G----------------------A---A----AT---C-AA----------------G-A-AAA------------ATT---------------------------------------GAAAGCACAG----ATAAA---AA---------A--CAAAAAAGTCAA-CAAG---A-C---------AC-TG--A-----TTTAT-------TTT---A-----T-------AC-T----------G---AA-T--TACGA------T----AG---G---ATA--A----A-------A--------CA---------G----ATA--------------------------C-------------A---------------------Ttaccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|15 : GCTGTAATTTACAATAAC-AG-AAAA---GTA----TACC--AT-GA----AT-CACCA-GATC---ATA-CT-----TT-----TCA-TGATCT-GGTGATGCACTTTCCGCAAATC-A-A-----ATTG---------------------------AAT--G-------TT-GAC--AAAAT----AC--GTT----------ACCTGCT---T---A-T-TAG---CTAATC------------G-------A---TAGGG----AATCA------------GAAA------------ATAATC-ATGAAAATACGG----GTAA---------------A--CA-------CAA-TAAACC-G-CG------AGAC-TG--A-----TG--TACCATA-TAT---A-----T-------AC-C----------G---AA-G--CGTAA------T----Acattgattgccccgtgtttgt
gi|16 : T----ATA-AT-----AT-----TCA-TGATTA-GGTGA--CACTTTCCGCCAATC-----------TG--C---------TCTTTAAAAA----AAAAAAG-------TT-CGG--AGAAG----AA--GTT----------ACATGCT---A---A----AT---T-GACT------------G-GGA-GAA---TATGG----ATTCA------------ACAA------------A-AA-T-GTGACAACAC-A----GT------AC---------A--CA-------CAA-TAAA---A-C-------A-AC-AA--A-----CT--T-------TTTTTAA-----T-------AC-A----------A---AG-G--TGTAATACATGT----AG---G---TTA--A----AA-----
gi|17 : aattaaattgaggtatTAAA---AC---------A---------------TAAA------G------A-AC--A--G-----TA--C-------TTT---AAAAATT-------ACTA----------A---AATGATTGTAA------TTATTAT---G---CTAT-A----AA-----GA--------CA---------G----ATA--------------------------TTCTTGTGGTTTTGA---------------------TC----TGT------A--C----CGTC-AAT--TATACCATGGTTTGGTGATATTCC-TCTTT-GCCTAAAC-----TGCAGGAGA-TGCAGTCAAGTG-GGGT-AGACAAAAATGAAGGGTTGCAAGT--TATAGTA----TAATTT-ACT-C-T----------A--------C--------------AA------AT------AAAatgagagaaatgtt
gi|17 : t--------------------------T-------------A---------------------TT----TGT------A----G--AGTA-AAT--TATACTATAACTTGCAACCCTTCA-TTTTT-GTC--TAC-----CCCACTTGACTGC-ATCTCCTGCAGTTTAGGCAAAGAGGAATATCACCAAAC--CATGGTA----TAATTG-ACG-G-T----------A--------C--------------AG------AT------CAAa
gi|18 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggttTA-AG-----CT-----TCT-TGGTCA-GATAAGGCTATTTCCGCCAATC-A-AAATG-ATTG--T---------TCTTTATAAA----AAAAAAG-------TA-AGG--AGAAT----ATCTGTT----------ACATGT--------G-T-TAT---C-GATT------------AAG-A-GAA---CATGG----ATTCA------------AGAA------------A-AA-C-GTTAAAACGCGG----ATAAA---AC---------ATGCA-------CAA-AAGA---A-GG------A-AC-TA--T-----TT--TTG-----TTT---A-----T-------AC-ATGTATATATTA---AA-G--TTTAA------T----AT---G---TTG--A----AA-----TA--------aaa
gi|19 : ACT-TT-GGA-GTATGGTATAATTTACAATAAC-CT-AAAA---TTGAACGTACC--AT-GA----AA-GACAATGGT----GTT-GT-----TT-----TCG-TGATCA-CGTGATGCATTTTCCGCCAATC-A-AA-AACATT-------------TCTTTTT-AT----AAAT--G-------TT-TGA--AGAAT----AC--Gga
gi|2 : ATTTAACC-TATGACTGCTTT---GATAAATCTA--TATATT-TA-G-A--TATGCCATATTTTACAATATC-CG-ATAA---TTA----TGCC--AT-GA----CA-CACCATGAT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGCGATGATGTTTCAGCCAATC-A-AA-TG-GTTG--C---------TCTTTTCAAA----AAAG--G-------TT-GGG--AGAAT----AT--GGT----------ACATGCT---ATACA-TGTAT---C-AATT------------G-G-G-GGA---TAAGG----ATCCA------------AGAT------------A-AA-G-GTAATAACAAGT----GTAAC---AC---------A--CA-------CAA-GAAA---A-TG------A-AT-GA--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----TG---A---TTA--A----AG-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------AC-A-G--CACA-GAT--TATCCCATGGTTCGG-AACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CACACTTGATTGC-GTCTCGTGCAGTA-AGGCAAAGAGGCATGTCACCAAAC--CGTGGTA----TAGTTT-ACG-CTT-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-AAT------ATACGTA--TAACATATAT-ATT----CTTATT--CACATTGTATTGTTATATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA---GTTTTGTC-ATATTTGTgaattaataaaaatcgaaaacagaagtaaaacacgaacaaa
gi|20 : GAGAGAAATGTTACCAAAG--CATGGTA----TAGTTT-ACG-C-TAC--------A--------CATGAAAATATGAG-AT------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACTTATGTAATA----CCTACTGCCAC-TTGGATTGTTATAaatt
gi|21 : ttGTT-AG-CAAAGACACATGTCACAAGAC--CATGGCA----T-ATTT-ACG-C-TAC--------A--------CATACAACACGAGA-AT------AT------CAAT-TAT------ATATCTGTTTAACCTATAT-ACC----CCTGTatttttaaccta
gi|21 : TG--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A----G--CGTA-AAT---ATGCCATGGTCTTGTGACATGTG-TCTTT-GCT--AAC-----ACTACTCAACAGC-CTCTCactactcaacagcctctcct
gi|22 : acaggggtatataggttaaacagatatataattgatattctcgtgtC-TCTTT-TCT--AAA-----CCCACTCGACTG--GTTTTCTGCATTT-AGACAGAGAGGAATATCACCAAAT--AATGGTAGCCCTA---T-AAA-C-A-C--------AGGGG----A--------------AT------AT------CAAG-GCT------ATATCTA--TAACGTAct
gi|23 : ACTGC-GTCTCTTGCAGTT-AGGTAGAGATGTATGTCACCAAAG--CACGAAA----GTATTA-ATG-C------------------------------------------------------AT-GAT------ATATCTA--TGACac
gi|24 : attccttgTCTCATGTAGTT-AGGCAGAGAGAAAATTCAATAAACTACATGGTA----TAATTTAACA-A-T-G--------AAGTATGAGA--------------AT------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAaacattgtatacaaacaagcggggt
gi|25 : ATCTACATATACG-TT-G-ATGTTTGCCATATTTTACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GATAGCTA-GACCATGGG----ATA-AT-----
gi|26 : T------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAatatagatatc
gi|27 : taagcacACT-TT-G-GCGTATGGTATAATTTACAGTAAC-CGAAAAA---TTA-----ACC--ATGGA----T--GACCATAGctttctcggtgtttcatgtgctggtagcgtgaactat
gi|3 : aa--AT-TA----TT-GACCAGGGA----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTG-TGCACTTTCAGCCAATT-A-AAATG-ATT-------------TCTATTTAAACA--AAAA--G-------TT------------------------------------------------T-TAT---T-GAT-------------A-G-A-GAAAAATATGG----ATTCA------------AGAA------------A-AA-TTGTGAAAACGCGG----GTAAA---AC---------A--CA-------AAA-AAAC---A-TG------A-AG-GA--ACAGGCTT--TACTAATATAT---A-----T-------AC-T----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------GAAATTTAATTG----ATA--------------------------TTCTCATATTTTT-A---------------------TA----TGT------A----G--CATA-AAT--TTTACCATGATTCAGTGACATTCC-TGGTT-GCT--AGC-----CCCATTCTACTGC-ATTTCATTCAGCC-AGATAGATAGGAAAATCTCCAAAT--T-TAATA----TAATTT-ATA-C-T----------A--------C--------------TC------AT------AAAggt
gi|4 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTA--TTTACT-TT-G-AAGTATGCCATATTTTACAATAAT-CG-AAAA---TTA----TACA--GT-TA----TA-AACC--------------T-----TC-----TCA-TGTTCA-GGTGATGCACTTTTCACCAATTAA-AA-TG-ATTG--C---------TGTTTTGAAC----AAAA--G-------TT---A--AGAAT----AT--GTT----------ACATGCT---------T-TAA---T-GACTG-----------G-G-A-GAA---TACAG----ATTCA------------CGAA------------A-AG---GTGAAAGCAC--------------AC---------A---A-------CAA-CAAA---G-T-------A-AC-TG--A-----TT--T-------ATT---A-----T-------AA-A----------T---AA-G--TGTAA------A----AG---G---TTA--A----AA-----TAGATATAG-CATT-------G----ATACATTCATGTTTT--------------T-------------A---------------------TG----TG-------A--A-T--CGTT-AAT--TATACGAGAGTTTGGTAGCATTCC-TGT----CT--AAC-----CCCTCTTGTCTAC-ATCTCAGGCA-TT-AGGCTAAAAGGAATGTCATCAAAC--CAGCGTT----TAATCT-ACG-C-T-aacatgagaaaatcaattatttatct
gi|5 : atgtTAACC-TATCACTGCCAT---GATAA--CTA--TATACT-TT-G----TATGCCATATTTTACAATAAC-CA-AAAG---TGA----TACCATAT-GA----TA-GGCCAAGGT----TCA-GT-----TG-----TAG-TGGTCA-GGTGATGCAATTTCCTCTAATCAA-AA-TG-ATTG--T---------TCTTTagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|5 : gTGCACGTTTCTTCAATC-A-AAATG-ATAA--C---------TCTTTTCAAAG---AAAA--G-------TTTGGG--AGAACTTGCAT--GTT----------AAATGAT---------T-CAT---C-GATT------------G-G-AAGAA---TATGG----AATCA------------AGAA------------A-AA-A-GTGTAAA---GG----GTAAA---AC---------A--CA-------AAA-AAAA---AACT------G-TC-G---------TT--T-------TTT---------T-------AC-A----------A---AT-G--TGTAT------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA-------------------------TA--------------------------T-------------A---------------------C-----------------A-G--CGT----T--GATAT----GTTTG----TATTTTATGTGTAGCG--AACGATGGCTGGCGTGAC-GC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAAAccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|6 : gtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaatACTTAACT-GATGACTGCTAT---GATAAATCC---------------A-GTACGATATAATTTATAATAAT-TG-AAAA---GGA----TACC--AT-GG----T----------C----ATC-AT-----TT-----TTA-TGATCC-GGTGATGCACTTTCTGTCATTC-A-AA----AT-----------------------A----AAAG--G-------TC-AAG--AGAAT----AT--A--------------------------------------GATT------------C-A-A-GAA---------------------------------------------A-AA-T--TGAATACACAATCATGTAAA---AC---------A--TA-------C--------------------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-ATGTATGCT--A---CA-A--CGTAA------T----TG---A---TTA--A----A-------A--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------AGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTA----TGT------AT-A-G--TGTA-AAT--TGTACCACAGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAT-----CCCACTTGACTGT-GTCTCATGCAGTT-AAGCAGAAAGAAACGTCGCC------------------AATTA-ACA-C-T----------A--------C--------------AC------AT------AAAA-AACACAACAATATCAA--TGACATACAT-
gi|7 : aacatTTTATTATAAC-CC-GAAA---GTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATAGT----ATA-TT-----TT-----TCA-TAATCA-GGTGATGCACTTTCCACCAATCAA-AA-TG-ATTG--C---------TCTTTTTAAA----AGAA--G-------TT-GTG--AGAAT----AT--GTT----------ACATATT---------T-TAT-----GGT---------------G-A-GAA---TATGG-----TT----------------AA------------A-AA-G-GTGAAAACACGG----ATATA---AA---------A--CG-------CGA-AAAA------T------A-AC--A--A-----TC--G-------CT---------------------A----------A---AA-G--TGTAA------T----AA---T---TTA--A----A-------A--------CA---------G----ATATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTT---T-------------A---------------------TG----TGT---------A-G--CATA-AAT--TACTCCAAGGTTTGGTGACCTTCC-TCTCT-GTT--AAC-----CCTATTCGACTGC-GTCtata
gi|7 : TT---A-----T-------GT-G----------A---AA-G---GTTA------T----AG---A---T-A--A----AA-----CAAGGTTATCCATGT------G----GTT--------------------------T-------------A---------------------TG----TG-------A--A-G--CTTA-AAT--AATACCACGATTTTGTGA--------------------------CGCAGTCGAATAG-G---------GTT-AA-CAGAGAGGAAGGTCACCAAAC--CTTGGAG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAA--CACTGGAA------ATTTCAA--TGACATAT-----------CTGTT------TTAAATTATTACACTTTTA-GCG---ATTGTTATTTTT---CGCGTTTTATATCCGTGTTTTCACCTTTTacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
gi|8 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaTTTAAACACATGACTGCTAG---GATAAATCTA--TGTACT-TTCA-A-GTATGCCGTATTGTATAATAAA-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGC----ATA-GT-----GT-----TTA-TGATCA-AGTGATGTACTTTCCACCAATCAA-AA-TG-AGTGTTC---------TTTTTTTACA----AAAC--G-------TA-GGAGTAGAAT----AT--GTT----------ACATGCT---A-------TAT---T-GATT------------A-C-ATGAA---TATGA----A---A------------GGTT------------A-AA-C-TTGAAAACACAG----ATAAA---AC---------A--CA-------CAA--AAA---A-C-------A-AG-GA--ACT---TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGCAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CAGAT-----TA---------A----ATA--------------------------T-----------------------------------TGCTATTCT------A--ATGATTGTATTATTATATACAATGGTTTTGTGACA-----------ACT--A---------CACTCGTCTGC-GTCTCGTGCATTC-AGGCAAAGAcactggtat
gi|9 : tacTTTA--TATA----T-A-A-ATAAATTATACTTTATAATAAC-AG-AAAA---TGA----TATC--AT-TA----TA-GACCATAGT----ATA-ACAATAGTT-----TCATTAATCA-CATGGTGCAATATCTGCCAATCAA-AA-TG-ATTG--CTCGTTATTTTCTTTTT--A----AAAA--G-------TT-GGG--AGAAT----AT--GTT----------ACATTCT---------T-TAT---T-GATTTAATAAAAGTTGG-G-A-GAA---TATGGTAGAATTCATTATTTATTTGGAGAATATTGATTTATTA-AA-----GAAAACACGG----GTAAACATACGGGTATACTA--CA-------CAACAAAA---A-CA------A-AT-GATCA-----TT--CAG-----TTT---A-----T-------TC-C----------ATTCAT-G--TGCAC------C----AG---GTCTTTATCA----AA-----CA---------A---------G----A-A--------------------------T-------------A---------------------T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222222 1111111111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999999999999999999999999999999999999999999 111111 22222222 444444 1 3333333 222 222
lowQualScore : 5 0 888 55 3 3 8888 1 2 2 444 5555 33 2 5555 22 0 7777 2 55555 66666 2 2 0 99999999999999999999999999 444 44 33 5555 33 3 0 77777777777777777777777777777777777 2 5 444 66666666666 66666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 444 777777777 444 2 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 2 33 777777 5555 444 444 66 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 33 0 0 0 2 333 33 66666 2 3 2 0 33 5555 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000 333333 3 999999 44 2 3 55555555 444444 0 0 7777777 0 333 1 555 7
lowQualScore : . . ... .. . . .... . . . ... .... .. . .... .. . .... . ..... ..... . . . .......................... ... .. .. .... .. . . ................................... . . ... ........... ......................................... ............. ... ......... ... . .. ................................................................................. ... . .. ...... .... ... ... .. ... .................................................................................................................. .. . .. . . . . ... .. ..... . . . . .. .... . . ............................................ ...... . ...... .. . . ........ ...... . . ....... . ... . ... .
lowQualScore : 7 4 888 00 1 1 4444 2 7 7 777 7777 44 5 3333 99 2 8888 4 99999 22222 5 5 4 77777777777777777777777777 333 88 77 7777 77 1 7 11111111111111111111111111111111111 7 3 777 77777777777 66666666666666666666666666666666666666666 7777777777777 444 222222222 222 5 88 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 5 44 222222 3333 777 777 33 777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 99 1 6 1 7 444 77 77777 5 7 5 3 77 7777 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333 333333 3 666666 66 6 6 33333333 222222 8 2 0000000 7 333 0 777 3
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATGC-TAT-----TAT--C-GATT------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTGAAAACACGG----GT----AAA---AC---------A--CAC-AA-NAAA----A-CGA-AC-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-----A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( family-1388 ) : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATGC-TAT-----TAT--C-GATT------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTGAAAACACGG----GT----AAA---AC---------A--CAC-AA-NAAA----A-CGA-AC-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-----A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
gi|1 : TTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTA--TATGCT-TT-G-AAGTATGCCACATTTTTCAAGAAAACA-AAAAACATTA----TAAC--AT-GG----TA-GATAATGGT----ACA-AG-----TT-----CCA-TGATCA-ATTGATTCCCTTTCCGACAATCAGAATGGGTA--A---------TCTTT-----AA--AGCA--GAA-GAG--AGAAT----A--TTTTGCA-G--TAT-----TTTCAC-GTTT------------TT-A-TAA---TCCAT----ATTCTCCCA------------ACTTAT------------A-AA-CAATTGGGAGAATATGG----ATTCTAAAA---ACGTGTAA---A--TACTAA-TAAAATATA-CGA-AC-ACGTCAAGTAACTG--A-----TT--T-------GTT---A-----T-------AC-A----------A---TA-G--TGTAG------T----AG---G---TTA--ATGTAAAGATATCATC------CAGTTT-----GATA--------------------------TTC-----------G---------------------TG----TGTTTTATGAGCA-G--CGTA-AAT--TTTACCATGGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----TCTACTCGATGGC-GTCTCGTGCAATT-AGGCAGACA-GAATATCTCCAAAC--CATGGTA----AAATTT-ACGAT-T-CGCATAAAAA--------C--------------ACAAGGATAT------CAAT-GAT------AAATCTA--TAGCATA
gi|10 : g--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-------G--CGTT-AAT--TATACCAT----TGGTAACATTCT-TCT---G----AGA-----CGCACTCGAGTG---------GCGATT---GCAAAAAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAACACAA---AA------ATATCAA--TGATGTATCT-GTTTTAGCCTATC-------TG--TTTTTATATAGTTACTTG-T-TTTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGTacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|11 : tacagattcc------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-T----GTATAAA---------------AAA---AC---------A--CAC-AA-AAAAGAA-A-GGA-ACTG------------A--G-----TT--T-------TTTTA-A-----TTTCTTTAAC-CT---------A---AC-G--TGTAA------C----AGCCAG---GTA--A---AA------AA---------A---------GATATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTT-------------A---------------------TG----TG---TA-------G--CATA-AAT--TATACAATTATC-GAAAATGTTTC-TCTTT-GCT--TAC-----CCCATACCACTAT-GTCTTATGCATTT-AGGCAGAGAGGA---------------ATAGTA----TAATTT-ACA-CAA-C--------A--------CATAAAAACATGAGGAT------AT------CAGT-GAT------ATATCTA--TAACTTATAaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|12 : gAATTTA--TATACAACT-A-T-GTTTGCCATATATTACAATAAC-TG-GAAA---TAA----TACC--CC-GA----TA-GACCATGAT----GCA-AT-----TT-----CCA-CGATCA-AGTGGTGCACTTTCAGCCAACCAAAATAATTG--C---------TC-TCTC--AAT--AAAG--GTT-GGG--AAAA-------------------CAT-----TAT--C----T------------GG-A-AAA---TATGG----CTT----CA------------T--GAT------------A-GA-T----TGGAAAACA--G----TT----AAA---AC---------T--TAA-AA-AAAA----A-CAA-GG-G----------------------------------TT---A-----T-------AC-A----------
gi|13 : TTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAGT-TC-A-AAGTATGCAATATCTAACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGGTTA-catatctatataagtctttgcaaaaaatgtttttatttttttacaaacaaaaatgttataggataaaaca
gi|14 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaATGACTGCTAT---GGTAAATCTA--TACACT-TT-G-G----TGCC-----------------G-ACAA---CTA----TATG--AC-GG----TATGACCATGGTTGATATATAT-----ATAAGGATCA-TGACCATGGTGACGCACTTTCCACCAATCTAGA-----G--C-----------------------------ATT-GGG--AGAAT----A--TG--A-A-------------AT--C-AA--------------GA-A-AAA---T-TGA----AAG----CAC-----------A--GAT------------A-A----------AAAACA-------------AAA---A----------A--GTC-AA-CAAG----A-C---AC-T------------G--A-----TTTAT-------TTT---A-----T-------AC-T----------G---AA-T--TACGA------T----AG---G---ATA--A---A--------A--------CA---------GATA--------------------------C-------------A---------------------Ttaccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|15 : GCTGTAATTTACAATAAC-AG-AAAA---GTA----TACC--AT-GA----AT-CACCA-GATC---ATA-CT-----TT-----TCA-TGATCT-GGTGATGCACTTTCCGCAAATCAA----ATTG---------------------------AAT--GTT-GAC--AAAAT----A--CGTTACCTGCTTAT-----TAG--CTAATC------------G------A---TAGGG----AAT----CA------------G--AAA------------ATAATC----ATGAAAATACGG----GT----AA---------------A--CAC-AA-TAAACC--G-CGAGAC-T------------G--A-----TG--TACCATA-TAT---A-----T-------AC-C----------G---AA-G--CGTAA------T----Acattgattgccccgtgtttgt
gi|16 : T----ATA-AT-----AT-----TCA-TGATTA-GGTGA--CACTTTCCGCCAATC--------TG--C---------TCTTTAA--AAA--AAAAAAGTT-CGG--AGAAG----A--AGTTACATGC-TAA------AT--T-GACT------------GGGA-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--CAA------------A-AA-T----GTGACAACAC-A----GT----------AC---------A--CAC-AA-TAAA----A-C-A-AC-A------------A--A-----CT--T-------TTTTTAA-----T-------AC-A----------A---AG-G--TGTAATACATGT----AG---G---TTA--A---AA------
gi|17 : aattaaattgaggtatT----AAA---AC---------A---------TAAA-------GA-AC--------------A--G-----TA--C-------TTT---AAAAATT-------ACTA----------A---AATGATTGTAA------TTATTAT---G---CTAT-A---AA------GA--------CA---------GATA--------------------------TTCTTGTGGTTTTGA---------------------TC----TG---TA-----C----CGTC-AAT--TATACCATGGTTTGGTGATATTCC-TCTTT-GCCTAAAC-----TGCAGGAGA-TGCAGTCAAGTG-GGGT-AGACAAAAATGAAGGGTTGCAAGT--TATAGTA----TAATTT-ACT-C-T----------A--------C--------------AA------AT------AAAatgagagaaatgtt
gi|17 : t--------------------------T-------------A---------------------TT----TG---TA-------G--AGTA-AAT--TATACTATAACTTGCAACCCTTCA-TTTTT-GTC--TAC-----CCCACTTGACTGC-ATCTCCTGCAGTTTAGGCAAAGAGGAATATCACCAAAC--CATGGTA----TAATTG-ACG-G-T----------A--------C--------------AG------AT------CAAa
gi|18 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggttTA-AG-----CT-----TCT-TGGTCA-GATAAGGCTATTTCCGCCAATCAAAATGATTG--T---------TCTTTATAAAAA--AAAA--GTA-AGG--AGAAT----ATCTGTTACATG--TGT-----TAT--C-GATTA-----------AG-A-GAA---CATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTTAAAACGCGG----AT----AAA---AC---------ATGCAC-AA-AAGA----A-GGA-AC-T------------A--T-----TT--TTG-----TTT---A-----T-------AC-ATGTATATATTA---AA-G--TTTAA------T----AT---G---TTG--A---AA------TA--------aaa
gi|19 : ACT-TT-GGA-GTATGGTATAATTTACAATAAC-CT-AAAA---TTGAACGTACC--AT-GA----AA-GACAATGGT----GTT-GT-----TT-----TCG-TGATCA-CGTGATGCATTTTCCGCCAATCAAAAACATT-------------TCTTTTT---AT--AAAT--GTT-TGA--AGAAT----A--CGga
gi|2 : ATTTAACC-TATGACTGCTTT---GATAAATCTA--TATATT-TA-G-A--TATGCCATATTTTACAATATC-CG-ATAA---TTA----TGCC--AT-GA----CA-CACCATGAT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGCGATGATGTTTCAGCCAATCAAA-TGGTTG--C---------TCTTTTC--AAA--AAAG--GTT-GGG--AGAAT----A--TGGTACATGC-TATACATGTAT--C-AATT------------GG-G-GGA---TAAGG----ATC----CA------------A--GAT------------A-AA-G----GTAATAACAAGT----GT----AAC---AC---------A--CAC-AA-GAAA----A-TGA-AT-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----TG---A---TTA--A---AG------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TAC----A-G--CACA-GAT--TATCCCATGGTTCGG-AACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CACACTTGATTGC-GTCTCGTGCAGTA-AGGCAAAGAGGCATGTCACCAAAC--CGTGGTA----TAGTTT-ACG-CTT-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-AAT------ATACGTA--TAACATATAT-ATT----CTTATT--CACATTGTATTGTTATATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA---GTTTTGTC-ATATTTGTgaattaataaaaatcgaaaacagaagtaaaacacgaacaaa
gi|20 : GAGAGAAATGTTACCAAAG--CATGGTA----TAGTTT-ACG-C-TAC--------A--------CATGAAAATATGAG-AT------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACTTATGTAATA----CCTACTGCCAC-TTGGATTGTTATAaatt
gi|21 : ttGTT-AG-CAAAGACACATGTCACAAGAC--CATGGCA----T-ATTT-ACG-C-TAC--------A--------CATACAACACGAGA-AT------AT------CAAT-TAT------ATATCTGTTTAACCTATAT-ACC----CCTGTatttttaaccta
gi|21 : TG--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-------G--CGTA-AAT---ATGCCATGGTCTTGTGACATGTG-TCTTT-GCT--AAC-----ACTACTCAACAGC-CTCTCactactcaacagcctctcct
gi|22 : acaggggtatataggttaaacagatatataattgatattctcgtgtC-TCTTT-TCT--AAA-----CCCACTCGACTG--GTTTTCTGCATTT-AGACAGAGAGGAATATCACCAAAT--AATGGTAGCCCTA---T-AAA-C-A-C--------AGGGG----A--------------AT------AT------CAAG-GCT------ATATCTA--TAACGTAct
gi|23 : ACTGC-GTCTCTTGCAGTT-AGGTAGAGATGTATGTCACCAAAG--CACGAAA----GTATTA-ATG-C------------------------------------------------------AT-GAT------ATATCTA--TGACac
gi|24 : attccttgTCTCATGTAGTT-AGGCAGAGAGAAAATTCAATAAACTACATGGTA----TAATTTAACA-A-T-G--------AAGTATGAGA--------------AT------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAaacattgtatacaaacaagcggggt
gi|25 : ATCTACATATACG-TT-G-ATGTTTGCCATATTTTACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GATAGCTA-GACCATGGG----ATA-AT-----
gi|26 : T------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAatatagatatc
gi|27 : taagcacACT-TT-G-GCGTATGGTATAATTTACAGTAAC-CGAAAAA---TTA-----ACC--ATGGA----T--GACCATAGctttctcggtgtttcatgtgctggtagcgtgaactat
gi|3 : aa--AT-TA----TT-GACCAGGGA----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTG-TGCACTTTCAGCCAATTAAAATGATT-------------TCTATTT--AAACAAAAA--GTT-------------------------------T-----TAT--T-GAT-------------AG-A-GAAAAATATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-TT---GTGAAAACGCGG----GT----AAA---AC---------A--CAA-AA-AAAC----A-TGA-AG-G------------A--ACAGGCTT--TACTAATATAT---A-----T-------AC-T----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------GAAATTTAATTGATA--------------------------TTCTCATATTTTT-A---------------------TA----TG---TA-------G--CATA-AAT--TTTACCATGATTCAGTGACATTCC-TGGTT-GCT--AGC-----CCCATTCTACTGC-ATTTCATTCAGCC-AGATAGATAGGAAAATCTCCAAAT--T-TAATA----TAATTT-ATA-C-T----------A--------C--------------TC------AT------AAAggt
gi|4 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTA--TTTACT-TT-G-AAGTATGCCATATTTTACAATAAT-CG-AAAA---TTA----TACA--GT-TA----TA-AACC--------------T-----TC-----TCA-TGTTCA-GGTGATGCACTTTTCACCAATTAAAATGATTG--C---------TGTTTTG--AAC--AAAA--GTT---A--AGAAT----A--TGTTACATGC-T-T-----TAA--T-GACTG-----------GG-A-GAA---TACAG----ATT----CA------------C--GAA------------A-AG------GTGAAAGCAC------------------AC---------A---AC-AA-CAAA----G-T-A-AC-T------------G--A-----TT--T-------ATT---A-----T-------AA-A----------T---AA-G--TGTAA------A----AG---G---TTA--A---AA------TAGATATAG-CATT-------GATACATTCATGTTTT--------------T-------------A---------------------TG----TG----A-----A-T--CGTT-AAT--TATACGAGAGTTTGGTAGCATTCC-TGT----CT--AAC-----CCCTCTTGTCTAC-ATCTCAGGCA-TT-AGGCTAAAAGGAATGTCATCAAAC--CAGCGTT----TAATCT-ACG-C-T-aacatgagaaaatcaattatttatct
gi|5 : atgtTAACC-TATCACTGCCAT---GATAA--CTA--TATACT-TT-G----TATGCCATATTTTACAATAAC-CA-AAAG---TGA----TACCATAT-GA----TA-GGCCAAGGT----TCA-GT-----TG-----TAG-TGGTCA-GGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATGATTG--T---------TCTTTagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|5 : gTGCACGTTTCTTCAATCAAAATGATAA--C---------TCTTTTC--AAAG-AAAA--GTTTGGG--AGAACTTGCA--TGTTAAATGA-T-T-----CAT--C-GATT------------GG-AAGAA---TATGG----AAT----CA------------A--GAA------------A-AA-A----GTGTAAA---GG----GT----AAA---AC---------A--CAA-AA-AAAA----AACTG-TC-G---------------------TT--T-------TTT---------T-------AC-A----------A---AT-G--TGTAT------T----AG---G---TTA--A---AA------CA---------------------TA--------------------------T-------------A---------------------C-----------------A-G--CGT----T--GATAT----GTTTG----TATTTTATGTGTAGCG--AACGATGGCTGGCGTGAC-GC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAAAccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|6 : gtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaatACTTAACT-GATGACTGCTAT---GATAAATCC---------------A-GTACGATATAATTTATAATAAT-TG-AAAA---GGA----TACC--AT-GG----T----------C----ATC-AT-----TT-----TTA-TGATCC-GGTGATGCACTTTCTGTCATTCAAAAT----------------------------A--AAAG--GTC-AAG--AGAAT----A--TA------------------------GATT------------CA-A-GA---------------------------------------A------------A-AA-T-----TGAATACACAATCATGT----AAA---AC---------A--TAC----------------------------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-ATGTATGCT--A---CA-A--CGTAA------T----TG---A---TTA--A---A--------A--------CA---------GATA--------------------------T-------------AGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTA----TG---TAT----A-G--TGTA-AAT--TGTACCACAGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAT-----CCCACTTGACTGT-GTCTCATGCAGTT-AAGCAGAAAGAAACGTCGCC------------------AATTA-ACA-C-T----------A--------C--------------AC------AT------AAAA-AACACAACAATATCAA--TGACATACAT-
gi|7 : aacatTTTATTATAAC-CC-GAAA---GTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATAGT----ATA-TT-----TT-----TCA-TAATCA-GGTGATGCACTTTCCACCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AGAA--GTT-GTG--AGAAT----A--TGTTACATAT-T-T-----TAT----GGT--------------G-A-GAA---TATGG-----TT----------------------AA------------A-AA-G----GTGAAAACACGG----AT----ATA---AA---------A--CGC-GA-AAAA-------TA-AC--------------A--A-----TC--G-------CT---------------------A----------A---AA-G--TGTAA------T----AA---T---TTA--A---A--------A--------CA---------GATATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTT---T-------------A---------------------TG----TG---T------A-G--CATA-AAT--TACTCCAAGGTTTGGTGACCTTCC-TCTCT-GTT--AAC-----CCTATTCGACTGC-GTCtata
gi|7 : TT---A-----T-------GT-G----------A---AA-G---GTTA------T----AG---A---T-A--A---AA------CAAGGTTATCCATGT------GGTT--------------------------T-------------A---------------------TG----TG----A-----A-G--CTTA-AAT--AATACCACGATTTTGTGA--------------------------CGCAGTCGAATAG-G---------GTT-AA-CAGAGAGGAAGGTCACCAAAC--CTTGGAG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAA--CACTGGAA------ATTTCAA--TGACATAT-----------CTGTT------TTAAATTATTACACTTTTA-GCG---ATTGTTATTTTT---CGCGTTTTATATCCGTGTTTTCACCTTTTacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
gi|8 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaTTTAAACACATGACTGCTAG---GATAAATCTA--TGTACT-TTCA-A-GTATGCCGTATTGTATAATAAA-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGC----ATA-GT-----GT-----TTA-TGATCA-AGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATGAGTGTTC---------TTTTTTT--ACA--AAAC--GTA-GGAGTAGAAT----A--TGTTACATGC-TA------TAT--T-GATT------------AC-ATGAA---TATGA----A-------A------------G--GTT------------A-AA-C----TTGAAAACACAG----AT----AAA---AC---------A--CAC-AA--AAA----A-C-A-AG-G------------A--ACT---TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGCAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CAGAT-----TA---------AATA--------------------------T-----------------------------------TGCTATTC---TA-----ATGATTGTATTATTATATACAATGGTTTTGTGACA-----------ACT--A---------CACTCGTCTGC-GTCTCGTGCATTC-AGGCAAAGAcactggtat
gi|9 : tacTTTA--TATA----T-A-A-ATAAATTATACTTTATAATAAC-AG-AAAA---TGA----TATC--AT-TA----TA-GACCATAGT----ATA-ACAATAGTT-----TCATTAATCA-CATGGTGCAATATCTGCCAATCAAAATGATTG--CTCGTTATTTTCTTTTT----A--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATTC-T-T-----TAT--T-GATTTAATAAAAGTTGGG-A-GAA---TATGGTAGAATT----CATTATTTATTTGGA--GAATATTGATTTATTA-AA--------GAAAACACGG----GT----AAACATACGGGTATACTA--CAC-AACAAAA----A-CAA-AT-G------------ATCA-----TT--CAG-----TTT---A-----T-------TC-C----------ATTCAT-G--TGCAC------C----AG---GTCTTTATCA---AA------CA---------A---------GA-A--------------------------T-------------A---------------------T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333 22222222222222222222222222222222222222222 1111111111111 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 99999999999999999999999999999999999999999999 111111 22222222 444444 1 3333333 222 222
lowQualScore : 5 0 888 55 3 3 8888 1 2 2 444 5555 33 2 5555 22 0 7777 2 55555 66666 2 2 0 99999999999999999999999999 444 44 33 5555 33 3 0 77777777777777777777777777777777777 2 5 444 66666666666 66666666666666666666666666666666666666666 2222222222222 444 777777777 444 2 66 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 2 33 777777 5555 444 444 66 444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 2 33 0 0 0 2 333 33 66666 2 3 2 0 33 5555 2 2 00000000000000000000000000000000000000000000 333333 3 999999 44 2 3 55555555 444444 0 0 7777777 0 333 1 555 7
lowQualScore : . . ... .. . . .... . . . ... .... .. . .... .. . .... . ..... ..... . . . .......................... ... .. .. .... .. . . ................................... . . ... ........... ......................................... ............. ... ......... ... . .. ................................................................................. ... . .. ...... .... ... ... .. ... .................................................................................................................. .. . .. . . . . ... .. ..... . . . . .. .... . . ............................................ ...... . ...... .. . . ........ ...... . . ....... . ... . ... .
lowQualScore : 7 4 888 00 1 1 4444 2 7 7 777 7777 44 5 3333 99 2 8888 4 99999 22222 5 5 4 77777777777777777777777777 333 88 77 7777 77 1 7 11111111111111111111111111111111111 7 3 777 77777777777 66666666666666666666666666666666666666666 7777777777777 444 222222222 222 5 88 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 5 44 222222 3333 777 777 33 777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 99 1 6 1 7 444 77 77777 5 7 5 3 77 7777 7 7 33333333333333333333333333333333333333333333 333333 3 666666 66 6 6 33333333 222222 8 2 0000000 7 333 0 777 3
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATGC-TAT-----TAT--C-GATT------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTGAAAACACGG----GT----AAA---AC---------A--CAC-AA-NAAA----A-CGA-AC-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-----A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( family-1388 ) : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATGC-TAT-----TAT--C-GATT------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTGAAAACACGG----GT----AAA---AC---------A--CAC-AA-NAAA----A-CGA-AC-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-----A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
gi|1 : TTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTA--TATGCT-TT-G-AAGTATGCCACATTTTTCAAGAAAACA-AAAAACATTA----TAAC--AT-GG----TA-GATAATGGT----ACA-AG-----TT-----CCA-TGATCA-ATTGATTCCCTTTCCGACAATCAGAATGGGTA--A---------TCTTT-----AA--AGCA--GAA-GAG--AGAAT----A--TTTTGCA-G--TAT-----TTTCAC-GTTT------------TT-A-TAA---TCCAT----ATTCTCCCA------------ACTTAT------------A-AA-CAATTGGGAGAATATGG----ATTCTAAAA---ACGTGTAA---A--TACTAA-TAAAATATA-CGA-AC-ACGTCAAGTAACTG--A-----TT--T-------GTT---A-----T-------AC-A----------A---TA-G--TGTAG------T----AG---G---TTA--ATGTAAAGATATCATC------CAGTTT-----GATA--------------------------TTC-----------G---------------------TG----TGTTTTATGAGCA-G--CGTA-AAT--TTTACCATGGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----TCTACTCGATGGC-GTCTCGTGCAATT-AGGCAGACA-GAATATCTCCAAAC--CATGGTA----AAATTT-ACGAT-T-CGCATAAAAA--------C--------------ACAAGGATAT------CAAT-GAT------AAATCTA--TAGCATA
gi|10 : g--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-------G--CGTT-AAT--TATACCAT----TGGTAACATTCT-TCT---G----AGA-----CGCACTCGAGTG---------GCGATT---GCAAAAAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAACACAA---AA------ATATCAA--TGATGTATCT-GTTTTAGCCTATC-------TG--TTTTTATATAGTTACTTG-T-TTTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGTacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|11 : tacagattcc------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-T----GTATAAA---------------AAA---AC---------A--CAC-AA-AAAAGAA-A-GGA-ACTG------------A--G-----TT--T-------TTTTA-A-----TTTCTTTAAC-CT---------A---AC-G--TGTAA------C----AGCCAG---GTA--A---AA------AA---------A---------GATATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTT-------------A---------------------TG----TG---TA-------G--CATA-AAT--TATACAATTATC-GAAAATGTTTC-TCTTT-GCT--TAC-----CCCATACCACTAT-GTCTTATGCATTT-AGGCAGAGAGGA---------------ATAGTA----TAATTT-ACA-CAA-C--------A--------CATAAAAACATGAGGAT------AT------CAGT-GAT------ATATCTA--TAACTTATAaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|12 : gAATTTA--TATACAACT-A-T-GTTTGCCATATATTACAATAAC-TG-GAAA---TAA----TACC--CC-GA----TA-GACCATGAT----GCA-AT-----TT-----CCA-CGATCA-AGTGGTGCACTTTCAGCCAACCAAAATAATTG--C---------TC-TCTC--AAT--AAAG--GTT-GGG--AAAA-------------------CAT-----TAT--C----T------------GG-A-AAA---TATGG----CTT----CA------------T--GAT------------A-GA-T----TGGAAAACA--G----TT----AAA---AC---------T--TAA-AA-AAAA----A-CAA-GG-G----------------------------------TT---A-----T-------AC-A----------
gi|13 : TTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAGT-TC-A-AAGTATGCAATATCTAACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGGTTA-catatctatataagtctttgcaaaaaatgtttttatttttttacaaacaaaaatgttataggataaaaca
gi|14 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaATGACTGCTAT---GGTAAATCTA--TACACT-TT-G-G----TGCC-----------------G-ACAA---CTA----TATG--AC-GG----TATGACCATGGTTGATATATAT-----ATAAGGATCA-TGACCATGGTGACGCACTTTCCACCAATCTAGA-----G--C-----------------------------ATT-GGG--AGAAT----A--TG--A-A-------------AT--C-AA--------------GA-A-AAA---T-TGA----AAG----CAC-----------A--GAT------------A-A----------AAAACA-------------AAA---A----------A--GTC-AA-CAAG----A-C---AC-T------------G--A-----TTTAT-------TTT---A-----T-------AC-T----------G---AA-T--TACGA------T----AG---G---ATA--A---A--------A--------CA---------GATA--------------------------C-------------A---------------------Ttaccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|15 : GCTGTAATTTACAATAAC-AG-AAAA---GTA----TACC--AT-GA----AT-CACCA-GATC---ATA-CT-----TT-----TCA-TGATCT-GGTGATGCACTTTCCGCAAATCAA----ATTG---------------------------AAT--GTT-GAC--AAAAT----A--CGTTACCTGCTTAT-----TAG--CTAATC------------G------A---TAGGG----AAT----CA------------G--AAA------------ATAATC----ATGAAAATACGG----GT----AA---------------A--CAC-AA-TAAACC--G-CGAGAC-T------------G--A-----TG--TACCATA-TAT---A-----T-------AC-C----------G---AA-G--CGTAA------T----Acattgattgccccgtgtttgt
gi|16 : T----ATA-AT-----AT-----TCA-TGATTA-GGTGA--CACTTTCCGCCAATC--------TG--C---------TCTTTAA--AAA--AAAAAAGTT-CGG--AGAAG----A--AGTTACATGC-TAA------AT--T-GACT------------GGGA-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--CAA------------A-AA-T----GTGACAACAC-A----GT----------AC---------A--CAC-AA-TAAA----A-C-A-AC-A------------A--A-----CT--T-------TTTTTAA-----T-------AC-A----------A---AG-G--TGTAATACATGT----AG---G---TTA--A---AA------
gi|17 : aattaaattgaggtatT----AAA---AC---------A---------TAAA-------GA-AC--------------A--G-----TA--C-------TTT---AAAAATT-------ACTA----------A---AATGATTGTAA------TTATTAT---G---CTAT-A---AA------GA--------CA---------GATA--------------------------TTCTTGTGGTTTTGA---------------------TC----TG---TA-----C----CGTC-AAT--TATACCATGGTTTGGTGATATTCC-TCTTT-GCCTAAAC-----TGCAGGAGA-TGCAGTCAAGTG-GGGT-AGACAAAAATGAAGGGTTGCAAGT--TATAGTA----TAATTT-ACT-C-T----------A--------C--------------AA------AT------AAAatgagagaaatgtt
gi|17 : t--------------------------T-------------A---------------------TT----TG---TA-------G--AGTA-AAT--TATACTATAACTTGCAACCCTTCA-TTTTT-GTC--TAC-----CCCACTTGACTGC-ATCTCCTGCAGTTTAGGCAAAGAGGAATATCACCAAAC--CATGGTA----TAATTG-ACG-G-T----------A--------C--------------AG------AT------CAAa
gi|18 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggttTA-AG-----CT-----TCT-TGGTCA-GATAAGGCTATTTCCGCCAATCAAAATGATTG--T---------TCTTTATAAAAA--AAAA--GTA-AGG--AGAAT----ATCTGTTACATG--TGT-----TAT--C-GATTA-----------AG-A-GAA---CATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTTAAAACGCGG----AT----AAA---AC---------ATGCAC-AA-AAGA----A-GGA-AC-T------------A--T-----TT--TTG-----TTT---A-----T-------AC-ATGTATATATTA---AA-G--TTTAA------T----AT---G---TTG--A---AA------TA--------aaa
gi|19 : ACT-TT-GGA-GTATGGTATAATTTACAATAAC-CT-AAAA---TTGAACGTACC--AT-GA----AA-GACAATGGT----GTT-GT-----TT-----TCG-TGATCA-CGTGATGCATTTTCCGCCAATCAAAAACATT-------------TCTTTTT---AT--AAAT--GTT-TGA--AGAAT----A--CGga
gi|2 : ATTTAACC-TATGACTGCTTT---GATAAATCTA--TATATT-TA-G-A--TATGCCATATTTTACAATATC-CG-ATAA---TTA----TGCC--AT-GA----CA-CACCATGAT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGCGATGATGTTTCAGCCAATCAAA-TGGTTG--C---------TCTTTTC--AAA--AAAG--GTT-GGG--AGAAT----A--TGGTACATGC-TATACATGTAT--C-AATT------------GG-G-GGA---TAAGG----ATC----CA------------A--GAT------------A-AA-G----GTAATAACAAGT----GT----AAC---AC---------A--CAC-AA-GAAA----A-TGA-AT-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----TG---A---TTA--A---AG------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TAC----A-G--CACA-GAT--TATCCCATGGTTCGG-AACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CACACTTGATTGC-GTCTCGTGCAGTA-AGGCAAAGAGGCATGTCACCAAAC--CGTGGTA----TAGTTT-ACG-CTT-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-AAT------ATACGTA--TAACATATAT-ATT----CTTATT--CACATTGTATTGTTATATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA---GTTTTGTC-ATATTTGTgaattaataaaaatcgaaaacagaagtaaaacacgaacaaa
gi|20 : GAGAGAAATGTTACCAAAG--CATGGTA----TAGTTT-ACG-C-TAC--------A--------CATGAAAATATGAG-AT------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACTTATGTAATA----CCTACTGCCAC-TTGGATTGTTATAaatt
gi|21 : ttGTT-AG-CAAAGACACATGTCACAAGAC--CATGGCA----T-ATTT-ACG-C-TAC--------A--------CATACAACACGAGA-AT------AT------CAAT-TAT------ATATCTGTTTAACCTATAT-ACC----CCTGTatttttaaccta
gi|21 : TG--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-------G--CGTA-AAT---ATGCCATGGTCTTGTGACATGTG-TCTTT-GCT--AAC-----ACTACTCAACAGC-CTCTCactactcaacagcctctcct
gi|22 : acaggggtatataggttaaacagatatataattgatattctcgtgtC-TCTTT-TCT--AAA-----CCCACTCGACTG--GTTTTCTGCATTT-AGACAGAGAGGAATATCACCAAAT--AATGGTAGCCCTA---T-AAA-C-A-C--------AGGGG----A--------------AT------AT------CAAG-GCT------ATATCTA--TAACGTAct
gi|23 : ACTGC-GTCTCTTGCAGTT-AGGTAGAGATGTATGTCACCAAAG--CACGAAA----GTATTA-ATG-C------------------------------------------------------AT-GAT------ATATCTA--TGACac
gi|24 : attccttgTCTCATGTAGTT-AGGCAGAGAGAAAATTCAATAAACTACATGGTA----TAATTTAACA-A-T-G--------AAGTATGAGA--------------AT------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAaacattgtatacaaacaagcggggt
gi|25 : ATCTACATATACG-TT-G-ATGTTTGCCATATTTTACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GATAGCTA-GACCATGGG----ATA-AT-----
gi|26 : T------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAatatagatatc
gi|27 : taagcacACT-TT-G-GCGTATGGTATAATTTACAGTAAC-CGAAAAA---TTA-----ACC--ATGGA----T--GACCATAGctttctcggtgtttcatgtgctggtagcgtgaactat
gi|3 : aa--AT-TA----TT-GACCAGGGA----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTG-TGCACTTTCAGCCAATTAAAATGATT-------------TCTATTT--AAACAAAAA--GTT-------------------------------T-----TAT--T-GAT-------------AG-A-GAAAAATATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-TT---GTGAAAACGCGG----GT----AAA---AC---------A--CAA-AA-AAAC----A-TGA-AG-G------------A--ACAGGCTT--TACTAATATAT---A-----T-------AC-T----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------GAAATTTAATTGATA--------------------------TTCTCATATTTTT-A---------------------TA----TG---TA-------G--CATA-AAT--TTTACCATGATTCAGTGACATTCC-TGGTT-GCT--AGC-----CCCATTCTACTGC-ATTTCATTCAGCC-AGATAGATAGGAAAATCTCCAAAT--T-TAATA----TAATTT-ATA-C-T----------A--------C--------------TC------AT------AAAggt
gi|4 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTA--TTTACT-TT-G-AAGTATGCCATATTTTACAATAAT-CG-AAAA---TTA----TACA--GT-TA----TA-AACC--------------T-----TC-----TCA-TGTTCA-GGTGATGCACTTTTCACCAATTAAAATGATTG--C---------TGTTTTG--AAC--AAAA--GTT---A--AGAAT----A--TGTTACATGC-T-T-----TAA--T-GACTG-----------GG-A-GAA---TACAG----ATT----CA------------C--GAA------------A-AG------GTGAAAGCAC------------------AC---------A---AC-AA-CAAA----G-T-A-AC-T------------G--A-----TT--T-------ATT---A-----T-------AA-A----------T---AA-G--TGTAA------A----AG---G---TTA--A---AA------TAGATATAG-CATT-------GATACATTCATGTTTT--------------T-------------A---------------------TG----TG----A-----A-T--CGTT-AAT--TATACGAGAGTTTGGTAGCATTCC-TGT----CT--AAC-----CCCTCTTGTCTAC-ATCTCAGGCA-TT-AGGCTAAAAGGAATGTCATCAAAC--CAGCGTT----TAATCT-ACG-C-T-aacatgagaaaatcaattatttatct
gi|5 : atgtTAACC-TATCACTGCCAT---GATAA--CTA--TATACT-TT-G----TATGCCATATTTTACAATAAC-CA-AAAG---TGA----TACCATAT-GA----TA-GGCCAAGGT----TCA-GT-----TG-----TAG-TGGTCA-GGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATGATTG--T---------TCTTTagtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|5 : gTGCACGTTTCTTCAATCAAAATGATAA--C---------TCTTTTC--AAAG-AAAA--GTTTGGG--AGAACTTGCA--TGTTAAATGA-T-T-----CAT--C-GATT------------GG-AAGAA---TATGG----AAT----CA------------A--GAA------------A-AA-A----GTGTAAA---GG----GT----AAA---AC---------A--CAA-AA-AAAA----AACTG-TC-G---------------------TT--T-------TTT---------T-------AC-A----------A---AT-G--TGTAT------T----AG---G---TTA--A---AA------CA---------------------TA--------------------------T-------------A---------------------C-----------------A-G--CGT----T--GATAT----GTTTG----TATTTTATGTGTAGCG--AACGATGGCTGGCGTGAC-GC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAAAccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|6 : gtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaatACTTAACT-GATGACTGCTAT---GATAAATCC---------------A-GTACGATATAATTTATAATAAT-TG-AAAA---GGA----TACC--AT-GG----T----------C----ATC-AT-----TT-----TTA-TGATCC-GGTGATGCACTTTCTGTCATTCAAAAT----------------------------A--AAAG--GTC-AAG--AGAAT----A--TA------------------------GATT------------CA-A-GA---------------------------------------A------------A-AA-T-----TGAATACACAATCATGT----AAA---AC---------A--TAC----------------------------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-ATGTATGCT--A---CA-A--CGTAA------T----TG---A---TTA--A---A--------A--------CA---------GATA--------------------------T-------------AGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTA----TG---TAT----A-G--TGTA-AAT--TGTACCACAGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAT-----CCCACTTGACTGT-GTCTCATGCAGTT-AAGCAGAAAGAAACGTCGCC------------------AATTA-ACA-C-T----------A--------C--------------AC------AT------AAAA-AACACAACAATATCAA--TGACATACAT-
gi|7 : aacatTTTATTATAAC-CC-GAAA---GTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATAGT----ATA-TT-----TT-----TCA-TAATCA-GGTGATGCACTTTCCACCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AGAA--GTT-GTG--AGAAT----A--TGTTACATAT-T-T-----TAT----GGT--------------G-A-GAA---TATGG-----TT----------------------AA------------A-AA-G----GTGAAAACACGG----AT----ATA---AA---------A--CGC-GA-AAAA-------TA-AC--------------A--A-----TC--G-------CT---------------------A----------A---AA-G--TGTAA------T----AA---T---TTA--A---A--------A--------CA---------GATATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTT---T-------------A---------------------TG----TG---T------A-G--CATA-AAT--TACTCCAAGGTTTGGTGACCTTCC-TCTCT-GTT--AAC-----CCTATTCGACTGC-GTCtata
gi|7 : TT---A-----T-------GT-G----------A---AA-G---GTTA------T----AG---A---T-A--A---AA------CAAGGTTATCCATGT------GGTT--------------------------T-------------A---------------------TG----TG----A-----A-G--CTTA-AAT--AATACCACGATTTTGTGA--------------------------CGCAGTCGAATAG-G---------GTT-AA-CAGAGAGGAAGGTCACCAAAC--CTTGGAG----TAATTT-ATG-C-T----------A--------C--------------AC------ATAAAA--CACTGGAA------ATTTCAA--TGACATAT-----------CTGTT------TTAAATTATTACACTTTTA-GCG---ATTGTTATTTTT---CGCGTTTTATATCCGTGTTTTCACCTTTTacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
gi|8 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaTTTAAACACATGACTGCTAG---GATAAATCTA--TGTACT-TTCA-A-GTATGCCGTATTGTATAATAAA-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGC----ATA-GT-----GT-----TTA-TGATCA-AGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATGAGTGTTC---------TTTTTTT--ACA--AAAC--GTA-GGAGTAGAAT----A--TGTTACATGC-TA------TAT--T-GATT------------AC-ATGAA---TATGA----A-------A------------G--GTT------------A-AA-C----TTGAAAACACAG----AT----AAA---AC---------A--CAC-AA--AAA----A-C-A-AG-G------------A--ACT---TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGCAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CAGAT-----TA---------AATA--------------------------T-----------------------------------TGCTATTC---TA-----ATGATTGTATTATTATATACAATGGTTTTGTGACA-----------ACT--A---------CACTCGTCTGC-GTCTCGTGCATTC-AGGCAAAGAcactggtat
gi|9 : tacTTTA--TATA----T-A-A-ATAAATTATACTTTATAATAAC-AG-AAAA---TGA----TATC--AT-TA----TA-GACCATAGT----ATA-ACAATAGTT-----TCATTAATCA-CATGGTGCAATATCTGCCAATCAAAATGATTG--CTCGTTATTTTCTTTTT----A--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATTC-T-T-----TAT--T-GATTTAATAAAAGTTGGG-A-GAA---TATGGTAGAATT----CATTATTTATTTGGA--GAATATTGATTTATTA-AA--------GAAAACACGG----GT----AAACATACGGGTATACTA--CAC-AACAAAA----A-CAA-AT-G------------ATCA-----TT--CAG-----TTT---A-----T-------TC-C----------ATTCAT-G--TGCAC------C----AG---GTCTTTATCA---AA------CA---------A---------GA-A--------------------------T-------------A---------------------T
blockSeqs : A AAT CA A C AAG T . A . AACG AT G TAGC AT TGAT T AATAG AAGGA T T CTCGTTATTTTCTTTTTA AAA TG GT TTGC TC T TTCTTTATTGATTTAATAAAAGTTG G A AAA TAGAATT TTATTTATTTGGAGAATATTGATTTATTAAA CAATCATGT CAT GGGTATACT TGC . CA GAAAGGAACTGAGTTTTTTTAATTTCTTTAACCT TTC T AT TACATG TATT CCA TCT TC . AAAAGATATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTTATGTGTA AT T TA A GTA TA GATGG A A T TA GCCC A . AACACATAAAAACATGAGGAT AAAACA G ACAACA TT G A AATA GCCAC T TTGATA AAC A TCC A
blockSeqs : . . . . . GAG T . . . . . . . A C . . . . . TTCTTTATAAAAA G G . . . T TGCTATACATGTATCAATT . T . ATT GAAAATAATCA CGGGT . . C . A AGGAACTATTTTTGTTTATACATGTATATATT . . . . . . . T . ACAGAAATTTAATTGATATTCTCATATTTTTATATGTA . . . . TT . . . G . . . . . TACACATGAAAATATGAGAT AAAA . . . T A ATT CACA G GCG . T . .
blockSeqs : . . . . . ATG A . . . . . . . A . . . . . . TTCTTTTTTTACA T G . . . T TGCTTATTAGCTAATC . . . CTT AGAAAAATTG CGGAT . . T . A ATGAAGGAACAGGCTTTACTAATATATATACT . . . . . . . . . ATAGATATAGCATTGATACATTCATGTTTTTATGTGAA . . . . TT . . . C . . . . . TACACATACAACACGAGAAT . . . . A G ACC . A
blockSeqs : . . . . . GCG A . . . . . . . T . . . . . . TCTATTTAAACA A G . . . G TGTGTTATCGATTA . . . AAG AGAAAAATG AGTGT . . G . C CCGCGAGACTGATGTACCATATATATACC . . . . . . . . . ACAGATATAGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTATGTATA . . . . TT . . . G . . . . . TGAAGTATGAGAAT . . . . T A .
blockSeqs : . . . . . AAG T . . . . . . . A . . . . . . CTCTTTTCAAAG T C . . . T TGCTTTAATGACTG . . . AAT TGATAGATT CGGGT . . C . T ACAAATGATCATTCAGTTTATTCC . . . . . . . . . ACAGATATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTTTATGTGTA . . . . TT . . . C . . . . . ACAGGGGAAT . . . . C A
blockSeqs : . . . . . TG T . . . . . . . A . . . . . . CTCTTTAAAAA G A . . . T TGCTAAATTGACT . . . ATT ACAAAAATG CGGAT . . C . T GAACAGTACTTTAAAAATTACTA . . . . . . . . . AGACAGATATTCTTGTGGTTTTGATCTGTAC . . . . TT . . . T . . . . . TTCACAC . . . . G .
blockSeqs : . . . . AG A . . . . . . . A . . . . . . CTCTTTTCAAA A T . . . T TGATTCATCGATT . . . ATT AGAAAAACG CAGAT . . C . T ACAACAAACTTTTTTTAATACA . . . . . . . . . ACAAGGTTATCCATGTGGTTTATGTGAA . . . . TT . . . A . . . . . TACAC . . . . G
blockSeqs : . . . AG T . . . . . . . T . . . . . . CTGTTTTGAAC A G . . . T TGCTATATTGATT . . . ATC AGATAAAGG CGGGT . . C . A AATTTTTTATACATGTATGCT . . . . . . . . . ACAGATTAAATATTGCTATTCTAAT . . . . TT . . . A . . . . . TACAA . . . . G
blockSeqs : . . . AA T . . . . . . . A . . . . . . CTCTTTTTAAA A A . . . T TATTTTATGGT . . . ATT AGAAAAAAG CAGT . . C . G ACAAGGAACTTTTTTTATACA . . . . . . . . . GCACAGATATATGTGTACA . . . . TT . . . A . . . . . TACAG . . . . A
blockSeqs : . . . G A . . . . . . . A . . . . . . CTCTCTCAAT G G . . . . CATTATCT . . . ATT GGTTAAACT GGGT . . T . A ACACTGATTTATTTTATACT . . . . . . . . . ACATATACA . . . . CT . . . G . . . . . TACTC . . . . A
blockSeqs : . . A T . . . . . . . A . . . . . . TCTTTTTAT A G . . . . TTATTGAT . . . AAT CGAAAAGG GTT . . C . C ATGAATGAATTTTTTATACA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . TACAC . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . . A . . . . . . C C G . . . . ATCAA . . . TT CAGATAA C . . C . A GTAACTGATTTATTATAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . TACAC .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . A A . . . . . GATT . . . A AAAAAGG . . . C . A AACTGTCGTTTTTTTACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAAT . . . . . . ACAAGGGTTATACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TAACAATCGCTA . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : *** CTCTTTTTAAA*************** TGCTTTATCGATT********************** ATT******** AGAAAAATG******************************** CGGGT******** ********* *** TACAC*************************************** AC******
originalCons : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--C---------TCTTTTT--AAA--AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATGC-TAT-----TAT--C-GATT------------GG-A-GAA---TATGG----ATT----CA------------A--GAA------------A-AA-C----GTGAAAACACGG----GT----AAA---AC---------A--CAC-AA-NAAA----A-CGA-AC-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-----A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-C-T-C--------A--------C--------------AC------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATAT-ATT----CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
finalCons : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCA-TGATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTGCTCTTTTTAAA---------------AAAA--GTT-GGG--AGAAT----A--TGTTACATGCTTTATCGATT----------------------GG-A-GAA---TATGGATT--------CAAGAAAAATG--------------------------------TGAAAACACGGGT--------AAA---AC---------A--CAC-AA-NAAA----A-CGA-AC-G------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A---AA------CA--------CA---------GATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TG---TA-----A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGGTA----TAATTT-ACG-CTACAC---------------------------------------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATATAC------CCTATT--CAC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 11111111111111111111111 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 1111111111111111 11111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 77777777777777777777777777777777777777777777 111111 3333333333333333 1 3333333 222 222
lowQualScore : 5 0 888 55 3 3 8888 1 2 2 444 5555 33 2 5555 22 0 7777 2 55555 66666 2 2 0 444 66666666666666666666666 0 444 8888888 777777 1111 33 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 5555 2 3333333333 2 8888888888888888 33333333 444 999999999 333 66 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 2 33 777777 5555 444 444 66 5555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 2 33 0 0 0 2 333 33 66666 2 3 2 0 33 777777 66666666666666666666666666666666666666666666 333333 3 999999 44 2 3 4444444444444444 0 0 7777777 0 333 1 555 7
lowQualScore : . . ... .. . . .... . . . ... .... .. . .... .. . .... . ..... ..... . . . ... ....................... . ... ....... ...... .... .. . .................................................... . .... . .......... . ................ ........ ... ......... ... .. .......................................................................... ... . .. ...... .... ... ... .. .... ..................................................................................................................... .. . .. . . . . ... .. ..... . . . . .. ...... ............................................ ...... . ...... .. . . ................ . . ....... . ... . ... .
lowQualScore : 7 4 888 00 1 1 4444 2 7 7 777 7777 44 5 3333 99 2 8888 4 99999 22222 5 5 4 888 33333333333333333333333 1 222 7777777 777777 3333 77 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3333 1 1111111111 5 7777777777777777 88888888 111 444444444 444 55 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 5 44 222222 3333 777 777 33 7777 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 9 99 1 6 1 7 444 77 77777 5 7 5 3 77 777777 55555555555555555555555555555555555555555555 333333 3 666666 66 6 6 8888888888888888 8 2 0000000 7 333 0 777 3
consensus : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCAT-GATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--CTC---------TTTTT--AAA----AAAA--G-------TT-GGG--AGAAT----A--TGTT----------ACATGCT------T-TAT---C-GATT------------GG-A-GAATATGG----ATTCA--A-------GAAA-AAT-GT------------GAAAACACGG----GTAAA---AC---------A--CACAA-NAAA---A-CG------A-AC-GA--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A--A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGG------TATAATTTACGC-------T----------AC------AC----------------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATATA--TCCTATT--C-AC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
Reference ( family-1388 ) : ATTTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATACT-TT-G-A-GTATGCCATATTTTACAATAAC-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCAT-GATCA-GGTGATGCACTTTCCGCCAATCAAAATGATTG--CTC---------TTTTT--AAA----AAAA--G-------TT-GGG--AGAAT----A--TGTT----------ACATGCT------T-TAT---C-GATT------------GG-A-GAATATGG----ATTCA--A-------GAAA-AAT-GT------------GAAAACACGG----GTAAA---AC---------A--CACAA-NAAA---A-CG------A-AC-GA--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A--A-G--CGTA-AAT--TATACCATGGTTTGGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CCCACTCGACTGC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAGAGGAATGTCACCAAAC--CATGG------TATAATTTACGC-------T----------AC------AC----------------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTATATA--CCCTATT--C-AC-TTGNATTGTTATATATTTA-TCG-T-ATCGTTGTTTTT---TTAGTTTCANAT--GTGTTTTCAATTTTTGT
gi|1 : TTTAACA-TATTTCTGCT-----GATAAATCTA--TATGCT-TT-G-AAGTATGCCACATTTTTCAAGAAAACA-AAAAACATTA----TAAC--AT-GG----TA-GATAATGGT----ACA-AG-----TT-----CCAT-GATCA-ATTGATTCCCTTTCCGACAATCAGAATGGGTA--ATC---------TT--T--AAAGCAGAAGA--GAGAATATTT-TGC--AGTATTTTCA--CGTTTTTATAATCCATATTCTCCCAACT-TATAAAC-AATT------------GGGA-GAATATGG----ATTC-----------TAAA-AAC-GT------------GTAAATACTA----ATAAA---AT---------A--TAC---GAAC---A-CGTCAAGTA-AC-TG--A-----TT--T-------GTT---A-----T-------AC-A----------A---TA-G--TGTAG------T----AG---G---TTA--ATGTAAAGATATCATC------CA---------GTTTGATA--------------------------TTC-----------G---------------------TG----TGTTTTATGAGCA-G--CGTA-AAT--TTTACCATGGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----TCTACTCGATGGC-GTCTCGTGCAATT-AGGCAGACA-GAATATCTCCAAAC--CATGG------TAAAATTTACGA-------TTCGCATAAAAAC------ACAAGGAT----------AT------CAAT-GAT------AAATCTA--TAGCATA
gi|10 : g--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A----G--CGTT-AAT--TATACCAT----TGGTAACATTCT-TCT---G----AGA-----CGCACTCGAGTG---------GCGATT---GCAAAAAGGAATGTCACCAAAC--CATGG------TGTAATTTATGC-------T----------AC------AC----------------ATAAAACACAA---AA------ATATCAA--TGATGTATCTG--TTTTAGC--CTAT-CTG--TTTTTATATAGTTACTTG-T-TTTGTTGTTTTT---TTAGTTTCACAT--GTGTTTTCAATTTTTGTacgtttcattgaaaagtcattaaaaatgat
gi|11 : tacagattcc------------GG-A-GAATATGG----ATTCA--A-------GAAA-AAT-GT------------ATAAA-----------AAA---AC---------A--CACAA-AAAAGAAA-GG------A-ACTGA--G-----TT--T-------TTTTA-A-----TTTCTTTAAC-CT---------A---AC-G--TGTAA------C----AGCCAG---GTA--A----AA-----AA---------A---------G----ATATTTTATTGATTGATATTTACTGTTTTT-------------A---------------------TG----TGT------A----G--CATA-AAT--TATACAATTATC-GAAAATGTTTC-TCTTT-GCT--TAC-----CCCATACCACTAT-GTCTTATGCATTT-AGGCAGAGAGGA---------------ATAG------TATAATTTACAC-------A----------AC------ACATAAAAACATGAGGATAT------CAGT-GAT------ATATCTA--TAACTTATAaaaaacacgatagaatcaaattatatatctataacataaacaaaaatcataaattattttcatttttacacactataaaa
gi|12 : gAATTTA--TATACAACT-A-T-GTTTGCCATATATTACAATAAC-TG-GAAA---TAA----TACC--CC-GA----TA-GACCATGAT----GCA-AT-----TT-----CCAC-GATCA-AGTGGTGCACTTTCAGCCAACCAAAATAATTG--CTC----------TCTC--AAT----AAAG--G-------TT-GGG--AAAAC----A-----------------------------T-TAT---C----T------------GG-A-AAATATGG----CTTCA--T-------GATA-GAT-TG------------GAAAACA--G----TTAAA---AC---------T--TAAAA-AAAA---A-CA------A-GG-G----------------------TT---A-----T-------AC-A----------
gi|13 : TTAACC-TATGACTGCTAT---GATAAATCTA--TATAGT-TC-A-AAGTATGCAATATCTAACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGT----ATA-AT-----TT-----TCAT-GGTTA-catatctatataagtctttgcaaaaaatgtttttatttttttacaaacaaaaatgttataggataaaaca
gi|14 : actgacaatattatcactgttgtttgcagtttgattatttagataaaattatttggttgattgttataaaacgcattaaagtggtgtctaatattgttttcatcattaATGACTGCTAT---GGTAAATCTA--TACACT-TT-G-G----TGCC-----------------G-ACAA---CTA----TATG--AC-GG----TATGACCATGGTTGATATATAT-----ATAAGGATCAT-GACCATGGTGACGCACTTTCCACCAATCTAGA-----G--C-------------------------------A-------TT-GGG--AGAAT----A--TG------------A-A-------------AT---C-AA--------------GA-A-AAAT-TGA----AAGCAC-A-------GATA-A------------------AAAACA---------AAA---A----------A--GTCAA-CAAG---A-C---------AC-TG--A-----TTTAT-------TTT---A-----T-------AC-T----------G---AA-T--TACGA------T----AG---G---ATA--A----A-------A--------CA---------G----ATA--------------------------C-------------A---------------------Ttaccattaatggttgtttaatggcaaatggtaattctgtatttca
gi|15 : GCTGTAATTTACAATAAC-AG-AAAA---GTA----TACC--AT-GA----AT-CACCA-GATC---ATA-CT-----TT-----TCAT-GATCT-GGTGATGCACTTTCCGCAAATCAA----ATTG-----------------------------AAT--G-------TT-GAC--AAAAT----A--CGTT----------ACCTGCTTA----T-TAG---CTAATC------------G------ATAGGG----AATCA--G-------AAAATAATCAT------------GAAAATACGG----GTAA---------------A--CACAA-TAAACC-G-CG------AGAC-TG--A-----TG--TACCATA-TAT---A-----T-------AC-C----------G---AA-G--CGTAA------T----Acattgattgccccgtgtttgt
gi|16 : T----ATA-AT-----AT-----TCAT-GATTA-GGTGA--CACTTTCCGCCAATC--------TG--CTC---------TTTAA--AAA----AAAAAAG-------TT-CGG--AGAAG----A--AGTT----------ACATGCT------A-AAT---T-GACT------------GGGA-GAATATGG----ATTCA--A-------CAAA-AAT-GT------------GACAACAC-A----GT------AC---------A--CACAA-TAAA---A-C-------A-AC-AA--A-----CT--T-------TTTTTAA-----T-------AC-A----------A---AG-G--TGTAATACATGT----AG---G---TTA--A----AA-----
gi|17 : aattaaattgaggtatTAAA---AC---------A--------TAAA------G------A-AC--A--G-----TA--C-------TTT---AAAAATT-------ACTA----------A---AATGATTGTAA------TTATTAT---G---CTAT-A----AA-----GA--------CA---------G----ATA--------------------------TTCTTGTGGTTTTGA---------------------TC----TGT------A--C----CGTC-AAT--TATACCATGGTTTGGTGATATTCC-TCTTT-GCCTAAAC-----TGCAGGAGA-TGCAGTCAAGTG-GGGT-AGACAAAAATGAAGGGTTGCAAGT--TATAG------TATAATTTACTC-------T----------AC------AA----------------AT------AAAatgagagaaatgtt
gi|17 : t--------------------------T-------------A---------------------TT----TGT------A----G--AGTA-AAT--TATACTATAACTTGCAACCCTTCA-TTTTT-GTC--TAC-----CCCACTTGACTGC-ATCTCCTGCAGTTTAGGCAAAGAGGAATATCACCAAAC--CATGG------TATAATTGACGG-------T----------AC------AG----------------AT------CAAa
gi|18 : ttaaaacataaagaacagtactttaaaaattactaaaatgattgtaattattatgctataaagacagatattcttgtggttTA-AG-----CT-----TCTT-GGTCA-GATAAGGCTATTTCCGCCAATCAAAATGATTG--TTC---------TTTATAAAAA----AAAA--G-------TA-AGG--AGAAT----ATCTGTT----------ACATGTG------T-TAT---C-GATTA-----------AG-A-GAACATGG----ATTCA--A-------GAAA-AAC-GT------------TAAAACGCGG----ATAAA---AC---------ATGCACAA-AAGA---A-GG------A-AC-TA--T-----TT--TTG-----TTT---A-----T-------AC-ATGTATATATTA---AA-G--TTTAA------T----AT---G---TTG--A----AA-----TA--------aaa
gi|19 : ACT-TT-GGA-GTATGGTATAATTTACAATAAC-CT-AAAA---TTGAACGTACC--AT-GA----AA-GACAATGGT----GTT-GT-----TT-----TCGT-GATCA-CGTGATGCATTTTCCGCCAATCAAAAACATT----TC---------TTTTT--ATA----A------------------------------A--TGTT------------------------------------T------------GA-A-GAATACGG----AATTA--A-------TAAA-AAT--C------------GAAAACAGAA----GTAAA---AC---------A--CG-AA-CAAA---ga
gi|2 : ATTTAACC-TATGACTGCTTT---GATAAATCTA--TATATT-TA-G-A--TATGCCATATTTTACAATATC-CG-ATAA---TTA----TGCC--AT-GA----CA-CACCATGAT----ATA-AT-----TT-----TCAT-GATCA-GGCGATGATGTTTCAGCCAATCAAA-TGGTTG--CTC---------TTTTC--AAA----AAAG--G-------TT-GGG--AGAAT----A--TGGT----------ACATGCTATACA-TGTAT---C-AATT------------GG-G-GGATAAGG----ATCCA--A-------GATA-AAG-GT------------AATAACAAGT----GTAAC---AC---------A--CACAA-GAAA---A-TG------A-AT-GA--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGTAA------T----TG---A---TTA--A----AG-----CA--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------AC-A-G--CACA-GAT--TATCCCATGGTTCGG-AACATTCC-TCTTT-GCT--AAC-----CACACTTGATTGC-GTCTCGTGCAGTA-AGGCAAAGAGGCATGTCACCAAAC--CGTGG------TATAGTTTACGC-------TTC--------AC------AC----------------AT------CAAT-AAT------ATACGTA--TAACATATATAT-TCTTATT--C-ACATTGTATTGTTATATATCTA-TTGATAATCACTGATTTTAACTTACTTTCAAA---GTTTTGTC-ATATTTGT
gi|20 : GAGAGAAATGTTACCAAAG--CATGG------TATAGTTTACGC-------T----------AC------ACATGAAAATATGAGAT-AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACTTATGTAATACCTACTGCC-AC-TTGGATTGTTATAaatt
gi|21 : ttGTT-AG-CAAAGACACATGTCACAAGAC--CATGG------CAT-ATTTACGC-------T----------AC------ACATACAACACGAGAAT-AT------CAAT-TAT------ATATCTGTTTAACCTATATA--CCCatttttaaccta
gi|21 : acagTG--------------------------T-------------A---------------------TG----TGT------A----G--CGTA-AAT---ATGCCATGGTCTTGTGACATGTG-TCTTT-GCT--AAC-----ACTACTCAACAGC-CTCTCactactcaacagcctctcct
gi|22 : acaggggtatataggttaaacagatatataattgatattctcgtgtC-TCTTT-TCT--AAA-----CCCACTCGACTG--GTTTTCTGCATTT-AGACAGAGAGGAATATCACCAAAT--AATGGTAGCCCTATAA---AC--------------------ACAGGGGAAT----------------AT------CAAG-GCT------ATATCTA--TAACGTAct
gi|23 : ACTGC-GTCTCTTGCAGTT-AGGTAGAGATGTATGTCACCAAAG--CACGA------AAGTATTAATGC------------------------------------------------------AT-GAT------ATATCTA--TGACac
gi|24 : attccttgTCTCATGTAGTT-AGGCAGAGAGAAAATTCAATAAACTACATGG------TATAATTTA-ACAATGAAGT----------ATGAGA--AT----------------AT------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAaacattgtatacaaacaagcggggt
gi|25 : ATCTACATATACG-TT-G-ATGTTTGCCATATTTTACAATAAC-TG-AAAA---TTA----TACC--AT-GATAGCTA-GACCATGGG----ATA-AT-----
gi|26 : T------CAAT-GAT------ATATCTA--TAACGTAatatagatatc
gi|27 : taagcacACT-TT-G-GCGTATGGTATAATTTACAGTAAC-CGAAAAA---TTA-----ACC--ATGGA----T--GACCATAGctttctcggtgtttcatgtgctggtagcgtgaactat
gi|3 : aa--AT-TA----TT-GACCAGGGA----ATA-AT-----TT-----TCAT-GATCA-GGTG-TGCACTTTCAGCCAATTAAAATGATT----TC---------TATTT--AAACA--AAAA--G-------TT--------------------TT----------A-----T------T-GAT---A-GA--------------GA-A-AAATATGG----ATTCA--A-------GAAA-AATTGT------------GAAAACGCGG----GTAAA---AC---------A--CAAAA-AAAC---A-TG------A-AG-GA--ACAGGCTT--TACTAATATAT---A-----T-------AC-T----------A---AA-G--TGTAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA--------GAAATTTAATTG----ATATTCTCATATTTT--------------T-------------A---------------------TA----TGT---------A-G--CATA-AAT--TTTACCATGATTCAGTGACATTCC-TGGTT-GCT--AGC-----CCCATTCTACTGC-ATTTCATTCAGCC-AGATAGATAGGAAAATCTCCAAAT--T-TAA------TATAATTTATAC-------T----------AC------TC----------------AT------AAAggt
gi|4 : cataacttttggtcatataatggtatttccatggataccgcctgtctttcaaacatgccagaTTTAACC-TAAGACGGCTATAATGATAAATCTA--TTTACT-TT-G-AAGTATGCCATATTTTACAATAAT-CG-AAAA---TTA----TACA--GT-TA----TA-AACC--------------T-----TC-----TCAT-GTTCA-GGTGATGCACTTTTCACCAATTAAAATGATTG--CTG---------TTTTG--AAC----AAAA--G-------TT---A--AGAAT----A--TGTT----------ACATGCT------T-TAA---T-GACTG-----------GG-A-GAATACAG----ATTCA--C-------GAAA-AG--GT------------GAAAGCAC--------------AC---------A---ACAA-CAAA---G-T-------A-AC-TG--A-----TT--T-------ATT---A-----T-------AA-A----------T---AA-G--TGTAA------A----AG---G---TTA--A----AA-----TAGATATAG-CATT-------G----ATACATTCATGTTTT--------------T-------------A---------------------TG----TG-------A--A-T--CGTT-AAT--TATACGAGAGTTTGGTAGCATTCC-TGT----CT--AAC-----CCCTCTTGTCTAC-ATCTCAGGCA-TT-AGGCTAAAAGGAATGTCATCAAAC--CAGCG------TTTAATCTACGC-------T----------Aaacatgagaaaatcaattatttatct
gi|5 : atgtTAACC-TATCACTGCCAT---GATAA--CTA--TATACT-TT-G----TATGCCATATTTTACAATAAC-CA-AAAG---TGA----TACCATAT-GA----TA-GGCCAAGGT----TCA-GT-----TG-----TAGT-GGTCA-GGTGATGCAATTTCCTCTAATCAAAATGATTG--TTC---------TTTgtttctataacaaaaaggaattaatga
gi|5 : gTGCACGTTTCTTCAATCAAAATGATAA--CTC---------TTTTC--AAAG---AAAA--G-------TTTGGG--AGAACTTGCA--TGTT----------AAATGAT------T-CAT---C-GATT------------GG-AAGAATATGG----AATCA--A-------GAAA-AAA-GT------------GTAAA---GG----GTAAA---AC---------A--CAAAA-AAAA---AACT------G-TC-G---------TT--T-------TTT---------T-------AC-A----------A---AT-G--TGTAT------T----AG---G---TTA--A----AA-----CA-------------------------TA--------------------------T-------------A---------------------C-----------------A-G--CGT----T--GATAT----GTTTG----TATTTTATGTGTAGCG--AACGATGGCTGGCGTGAC-GC-GTCTCGTGCAGTT-AGGCAGAAAccaccaattgcacgtttcttcaatcaaaatgataactcttttcaaagaaaagtttgggagaacttgcatgttaaatgattcatcgattggaagaatatggaatcaagaaaaaagtgtaaagggtaaaacacaaaaaaaaaactgtcgtttttttacaaatgtgtattaggttaaaacatatacagcgttgatatgtttgtattttatgtgtagcgaacgatggctggcgtgacgcgtctcgtgcagttaggcagaaa
gi|6 : gtaacctatcactgccatgataactatatactttgtatgccatattttacaataaccaaaagtgataccatatgataggccaaggttcagttgtagtggtcaggtgatgcaatttcctctaatcaaaatgattgttctttccaccaatACTTAACT-GATGACTGCTAT---GATAAATCC---------------A-GTACGATATAATTTATAATAAT-TG-AAAA---GGA----TACC--AT-GG----T----------C----ATC-AT-----TT-----TTAT-GATCC-GGTGATGCACTTTCTGTCATTCAAAAT----------------------------A----AAAG--G-------TC-AAG--AGAAT----A--TA-----------------------------------GATT--------------------------------CA--A-------GAAA-AAT--T------------GAATACACAATCATGTAAA---AC---------A--TAC--------------------------A--A-----TT--T-------TTT---A-----T-------AC-ATGTATGCT--A---CA-A--CGTAA------T----TG---A---TTA--A----A-------A--------CA---------G----ATA--------------------------T-------------AGCATTGATAGTCTAGTGTTTTTA----TGT------AT-A-G--TGTA-AAT--TGTACCACAGTTTTGTGACATTCC-TCTTT-GCT--AAT-----CCCACTTGACTGT-GTCTCATGCAGTT-AAGCAGAAAGAAACGTCGCC--------------------AATTAACAC-------T----------AC------AC----------------AT------AAAA-AACACAACAATATCAA--TGACATACAT
gi|7 : aacatTTTATTATAAC-CC-GAAA---GTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATAGT----ATA-TT-----TT-----TCAT-AATCA-GGTGATGCACTTTCCACCAATCAAAATGATTG--CTC---------TTTTT--AAA----AGAA--G-------TT-GTG--AGAAT----A--TGTT----------ACATATT------T-TAT-----GGT--------------G-A-GAATATGG-----TT-------------AAA-AAG-GT------------GAAAACACGG----ATATA---AA---------A--CGCGA-AAAA------T------A-AC--A--A-----TC--G-------CT---------------------A----------A---AA-G--TGTAA------T----AA---T---TTA--A----A-------A--------CA---------G----ATATGTCATTGAAATTTCCAGTGTTT---T-------------A---------------------TG----TGT---------A-G--CATA-AAT--TACTCCAAGGTTTGGTGACCTTCC-TCTCT-GTT--AAC-----CCTATTCGACTGC-GTCtata
gi|7 : TT---A-----T-------GT-G----------A---AA-G---GTTA------T----AG---A---T-A--A----AA-----CAAGGTTATCCATGT------G----GTT--------------------------T-------------A---------------------TG----TG-------A--A-G--CTTA-AAT--AATACCACGATTTTGTGA--------------------------CGCAGTCGAATAG-G---------GTT-AA-CAGAGAGGAAGGTCACCAAAC--CTTGG------AGTAATTTATGC-------T----------AC------AC----------------ATAAAA--CACTGGAA------ATTTCAA--TGACATAT-------CTGTT-------TTAAATTATTACACTTTTA-GCG---ATTGTTATTTTT---CGCGTTTTATATCCGTGTTTTCACCTTTTacaaaatcgtggtattatttaagcttcacataaaccacatggataaccttgttttatctataacctttcacataacactggtat
gi|8 : tttattataacccgaaagtataccatgatagaccatagtatatttttcataatcaggtgatgcactttccaccaatcaaaatgattgctctttttaaaagaagttgtgagaatatgttacatattttatggtgagaatatggttaTTTAAACACATGACTGCTAG---GATAAATCTA--TGTACT-TTCA-A-GTATGCCGTATTGTATAATAAA-CG-AAAA---TTA----TACC--AT-GA----TA-GACCATGGC----ATA-GT-----GT-----TTAT-GATCA-AGTGATGTACTTTCCACCAATCAAAATGAGTGTTCTT---------TTTTT--ACA----AAAC--G-------TA-GGAGTAGAAT----A--TGTT----------ACATGCT------A-TAT---T-GATT------------AC-ATGAATATGA----A---A--G-------GTTA-AAC-TT------------GAAAACACAG----ATAAA---AC---------A--CACAA--AAA---A-C-------A-AG-GA--ACT---TT--T-------TTT---A-----T-------AC-A----------A---AA-G--TGCAA------T----AG---G---TTA--A----AA-----CAGAT-----TA---------A----ATA--------------------------T-----------------------------------TGCTATTCT------A--ATGATTGTATTATTATATACAATGGTTTTGTGACA-----------ACT--A---------CACTCGTCTGC-GTCTCGTGCATTC-AGGCAAAGAcactggtat
gi|9 : tacTTTA--TATA----T-A-A-ATAAATTATACTTTATAATAAC-AG-AAAA---TGA----TATC--AT-TA----TA-GACCATAGT----ATA-ACAATAGTT-----TCATTAATCA-CATGGTGCAATATCTGCCAATCAAAATGATTG--CTCGTTATTTTCTTTTT--AAA----A--A--G-------TT-GGG--AGAAT----A--TGTT----------ACATTCT------T-TAT---T-GATTTAATAAAAGTTGGG-A-GAATATGGTAGAATTCATTATTTATTTGGAG-AAT-ATTGATTTATTAAAGAAAACACGG----GTAAACATACGGGTATACTA--CACAACAAAA---A-CA------A-AT-GATCA-----TT--CAG-----TTT---A-----T-------TC-C----------ATTCAT-G--TGCAC------C----AG---GTCTTTATCA----AA-----CA---------A---------G----A-A--------------------------T-------------A---------------------T
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATAAGTTATAGACATGTCATTGATATTCTTATGTTTTTGTGTGTACCTTAAAATATA
Unaligned ( gi|29 ): GTTGTTATGTATATAATTGCCACAATGAATCATA