lowQualScore : 1 1 1 22 11 11111111 11 1 222222222 333 11 22 11 11111111 1 22 1 7777 1 1111 222 22222222 1 1111 1 1 1 222 1
lowQualScore : 6 3 6 6 2 44 999999 3 8 44 0 7 33 2 6666 1 33 2 33 55 33 33333333 44 2 4 2 4 000000000 000 33 3 7 22 2 22 88 1 22 666 5555 8 22 2 4444 3 2 77 555555 55 88 1 22222222 6 44 22 44 3 666666 3333 8 2 5 1 7 1 3333 22 666 6 2 33333333 333 33 44 666666 4444 666 44 6 5555 2 33 33 6 444 2 33 2 1 2 55 5 2 33 1 6666 2 33 888 7 3 0 4 6 3 5 1 000 55 4 7 1
lowQualScore : . . . . . .. ...... . . .. . . .. . .... . .. . .. .. .. ........ .. . . . . ......... ... .. . . .. . .. .. . .. ... .... . .. . .... . . .. ...... .. .. . ........ . .. .. .. . ...... .... . . . . . . .... .. ... . . ........ ... .. .. ...... .... ... .. . .... . .. .. . ... . .. . . . .. . . .. . .... . .. ... . . . . . . . . ... .. . . .
lowQualScore : 0 9 0 0 1 66 888888 3 9 22 5 9 99 9 1111 2 11 9 99 99 77 99999999 00 7 8 0 0 555555555 666 88 0 3 22 1 99 44 4 99 666 0000 3 88 0 2222 8 0 44 888888 22 11 8 22222222 8 55 66 88 3 111111 7777 1 1 2 4 3 7 5555 66 222 2 0 11111111 777 11 11 666666 7777 999 33 6 0000 4 22 22 2 111 4 22 4 4 4 66 9 8 22 1 7777 5 44 666 2 5 7 1 7 7 1 8 222 55 0 0 9
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATT--GATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATA--ATTTTGGTACCAAATG--A-A----AGAGTATGAATTT-ATCTTTACGTTCATA-GT-AAAAAA-ATAACTTT--A-TGAT-TAGAAT-TTT-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACCCNTNATAACTTACTTATTATGCAACATA-A--ATT-CATAA--TTTT---GGTACC---AANTG--A-A----AGAGTATGAATTTGTCTTT-ACGTTCATAGT-AAAA------AAATAACT-TTTGTGAT-T-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCGGCCAAAATTCAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTNATAACTTATTTATTATGCNA------TAT---AAAT--T-CAT-----AAT----TTT---GGTAC-CAACTG----A-A--AGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTTCATAGT-AAA--AAAATAACT--TTATGANTAGAATTTTG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCGGCAAAAATTCAATATTAT--AAAA--CCCGGAACCCAC-GGAACCCTT
Reference ( gi|4 ) : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATT--GATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATA--ATTTTGGTACCAACTG--A-A----AGAGTATGAAATT-GTCTTTACGTTCATA-G--AAAAAC-ATAACTTT--A-TGAT-TGGAAA-TTT-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-TGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATA-A--ATG-TACAA--TTTT---GGTACC---AACTG--A-A----AGAGTATGAAGTTGTCTTT-ACGTTCATAGC-AAAA------AAATAACT-TTTATGAT-T-----AGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTA------GGTATACTTTTTTTCTT-TAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTT------TAT---AAAT--T-TAT-----AAT----TTT---GGTAC-CAACTG----A-A--AGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTTCATAGT-AAA--ACAATAATT--TTATGAACACAATTTTG-TT--TTT--GAATTGGTATCAAAGTTAGATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATTAT--TAAA--CCCGGAACCCAC-GGGACCATT
gi|17 : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATT--GATA---A-
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATT--GATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATA--ATTTTGGTACCATCTG--A-A----AGAGTATGAAGTT-GTCTTTAGGTTTATA-GT-AAAAAA-ATAACTTT--A-TGGT-CAGAAT-TTT-GCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATA-A--ATT-TATAA--TTTT---GGTACC---AACTG--A-A----AGAGTATGAAGTTGTCTTC-ACGTTCATAGC-AAAA------AAATGAC--TTTATGAT-C-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTC------GGTATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTATTATCTTATTTATTATGCTT------TAT---AAAT--T-TAT-----AAG----TTT---TGTAT-CAACTG----A-A--AGAGAA--TGAAGTTG---T-C---TT-ACGTTCAAAGT-AAA--AAAATAACT--TTATGATTAAAATTTTA-TT--TTT---AATAAGAATCAAAGTTAGGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAg
gi|2 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATT--GATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATA--ATTTTGGTACTAAATG--A-A----AGAGTATGAATTT-ATCTTTACATTCAT--G--TAAAAT-AT--CTTT--A-GCAA-TAGAAT-TTC-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATA-A--ATT-TACAA--TTTT---GGTACT---TACTG--A-A----AGATTATGAAGTTGTCTTT-ACGTTCATAGTAAAAA------AAATAACT-TTT-TGGA-T-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTA------GATATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATT-AT-AA----AA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAATGAATTATTCTTTATA-TT------CATACCAAAT--T-T-T-----ATT----TTT---ttgattacataaaatataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|10 : aGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATT--GATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATG--ATTTTGGTACCAACTG--A-A----AGAGTATGAAGTT-GTCTATACGTTCATA-GG-AAAAAA-ATAACTTC--A-TGAT-CAGAAT-TTT-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATG-A--ATT-CATAA--TTTT---GGTATC---AACTG--A-A----AGAGTATGAAGTTGTCTTT-ACGTACATAGG-CAAA------AAATAAC--TTTATGAT-T-----AGAATTTTGTT--TTTGAAAATTtcagtaaaagacgacttattcaaattagctttaaatttcgctatactcccattgattttttgcggcaaatatttgataatagaaatacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|3 : GGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATT--TATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACA--ATTTTGGTACTAAATG--A-A----AGAGTATGAATTT-ATCTTTACATTCATA-GT-AAAAAA-AAAATTTTTAG-TAA--TAGAAT-TTT-GTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATA-A--ATT-CACAA--TTTT---GGTACT---AAATG--A-A----AGAGTAGGAATTTATCTTT-ATATTCATAGT--AAA------AAATAAGT-TTAGTAA--T-----AGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TTTTCAT-T-GAATATTTCAGCAAAAATGTAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACtacccaactttgatcctaatttaaaaacaaaattctaatcataa
gi|5 : GGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATT--AATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCAT-AATTATTTATTATGCAATATAAATTCAAA--ATTCTTGTACTTAATG--A-A----AAAG-ATTTAATTCACCTTAACGTCCAGA-GT-AAAAAC--TAACTTT--A-GTAA-TAGAAT-TTT-ACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATTATGTTTCGAGGTTTT---G--------AATAA--A-A----AAAGTATG-AGTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA------TTTTAGTT-TT--TCAG-T-----AAAA----GTTA-TTC--AAA-----ATTAGCTTTAAAAATTGCTATAC----CTCCAT-TAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAAT-AG-AA----AAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATG--TTATCT-TCAT--TTAGA---TAT---ATAT--T---T-----AATTTTCTTT---GGTAC-TGAATA----A-A--AGAATA--TTAA--TA---A-CATTTT-ATGTTCAT-GT-------CA--AATT--TTATccacagattataatattgtatccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|13 : tGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATT--GATA---A-GGAAAACACAGAAC---------CCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATT--ATTTTGGTACTGAAGG--A-A----AGAGTATGAAGTT-GTCTTTACGTTCATA-GT-AAAAAA-ATAACATT--G-TGAA-TAGAAT-TTT-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAtattttagaaaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|11 : tGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATT--GATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATA--ATTTTGGTACCAACTGTTA-GAGTTAGAGTATGAAGTT-GTCTTTACGTTCATA-GT-AAAAAA-ATAACTTT--A-TGAT-TAGAAT-TTT-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-A-TA----A----Att
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATT--GATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--A-A----AGAGTATGAATTT-ATCTTTTCCTTCATATT--ATAAAA-ATAACTTT--A-
gi|8 : CAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATT--GATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATA--ATTTTGGTACTAACTG--A-A----AGAGTATGAATTT-ATCTTTACACTCATG-T--TAAAATAATAACTTT--AGTAAT---AAAATTTT-GTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-A-TA----A----AACCCGGAACCCACAGAAACC-ATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATgtt
gi|12 : gTAATATTATGATA---A-A-----CTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACA--ATTTTGATATAAA--A--ACA----AGTGTAGGAATTT-ATCTTTACGTTCAAA-G--GGAAAA-ATAACTTT--A-GTAA-CAGAGT-TTT-ATTTTTAAATTAGAATTAAAGTttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : ttcatttttgaatttggatcaaagttaaatatattttcatttaaatattgcggcaaaaatgATT--GATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATA--ATTTTGGTACCAACTG--A-A----AGAGTATGAAGTT-GTCTTTATGTTCATA-GT-AAAAAA-ATGACTTT--A-TGAT-TGGAAT-TTC-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATA-A--ATT-TATAC--TTTT---GGTACC---AACTA--A-A----AAAGTATGAAGTTGTCTTT-ACGTTTATAGT-AAAA------AAATAAC--TTTATGAT-T-----AGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTG------GGTATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTATTAA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACA--ATTTTTGTACTAAATG--G-A----AGAATATGAATTT-ATCATTACGTCCACA-GTCAAAAAT--TAGCTTT--AGTAAT-AG--AA-TTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACTAATGGAAACC-GCAATAA----TTTATGATGCTATGTA-A--GT--TATG---TTTT---GGGATTTTGAA-TA--A-A----AAAGTATGAATTAGTCTTT-ACATTCATACC-AAAATTCAGTAAAAGATTATTTAT----T-----AAAAT--TAGT--TTT--AAATT-----------TG------GCTATACTT-----CTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATAT--AG-CA----AA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTATTTTTTCTTTATTATGATA------TAT---AAAT--A-AAT-----TAG----TTT---TGTACTTAATAG----A-A--CTAATAACTGAATATACACT-C--TTT-AAAATGAGAAC-AAATGATAATATTTAGTTATAGA---AATATTA--C--TTA--AAATTCGCATTGAATTTCAATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATaatgatacagatatgtgcgagtgatattacatgatatttttgc
gi|14 : gagcaggtctatacccgcaACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATA--ACTTTGCTACTAAATG--A-A----AGAGTATGAATTT-ATCTATACATTCATG-T--TAAAAA-ATAGCTTT--AGCAAT---AAAA-TTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-ACGGAACCCGTA
gi|7 : ataAAATG--A-A----AAAGTATGAATTT-ATTTTTACATTCATA-G--TAAAA---TAACTTT--AGTAATATAGT---TTT-GTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-A-TA----A----AACCCGGAACCC-GCAGAA---------ACTTATTTATTATGTTATACA-A--AT--TATG---TTTTAAGGGTTTG---AA-TA--A-A----ACAGTATGAATTATTCTTT-ATATTCTTACC-AAA--------------T-TTTATTAT-TTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTT------GCTATACTCC----CAT-TGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAAT-AG-AA----AA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAAT---TTTTTTCTT--GATTGAGACATAT---AAATGAT-TAT-------T----TTT---AATAC-TTAATA----A-A--AGAGTA--CGAA-TTA---CAT--TTT-ACGCTCAT-GT-CAA--A
gi|10 : ataacatttgtattttaatgtatgcttTT--A-TGAT-TAGAAT-TTT-GTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-A-TA----A----Atttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|12 : gggcaggtctattccccggaacccttctaaatattgataaggaaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaacataaattcatgattttggtaccaactgaaagagtatgaagttgtctatacgttcataggaaaaaaataacttcatgatcagaattttgtttttaaattaggatcaaagttgggtaaattttcatcgaaatattgcagccaaaattcaatattataaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaaaatgaattcataattttggtatcaactgaaagagtatgaagttgtctttacgtacataggcaaaaaataac-TTC-ATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-A-TGAT--A----AACTTGGAACCC-CCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATA-A--ATT-TACAA--TTTT---GATATA---AA--A--ACA----AGTGTAGGAATTTATCTTT-ACGTTCAAAG--GGAA------AAATAACT-TTAGTAA--C-----AGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|3 : TTAATATTTA-TA----AGGAAAACCCGGAACCC-ACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATA-A--ATT-CACAA--TTTT---GGTACT---AAATG--A-A----AGAGTATGAATTTATCTTT-ACATTCATAGT-AAAA------AAAAAATT-TTTAGTAA-T-----AGAATTTTGTT--TTT--ACATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TTTCCAT-TGAAATATTGCAG-CAAGATGTAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAA------TAT---AAAT--T-CAC-----AAT----TTT---GGTAC-TAAATG----A-A--AGAGTA--GGAATTTA---T-C--TTT-ATATTCATAGT-AAA--A-AATAAGT--TTAGTAATAGAATTTAG-TT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTAT--AAAA--CCCGGAACCCAC-AG
gi|5 : ggacaggtctattcctcggaacccgtcTTAATATT-AATACGGAA----AACTCGGAACCT-ACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATA-A--ATT-CAAAA--TTCT---TGTACT---TAATG--A-A----AAAGATTTAATTCACCTTA-ACGTCCAGAGT-AAAA------AC-TAACT-TTAGTAAT-------AGAATTTTACT--TTT--TAATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TTATCAT-TGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTAA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTA------TAT---ATAT--TATGTTTCGAGGT----TTT---G------AATAA----A-A--AAAGTA--TG-AGTTA---C-T--TTTAACATTCAT-GC-CAA--ATTTTAGTT--TT-TCAGTAAAA----G-TT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATACCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAG--AAAAACCCCGGAACTCAC-GGCACCCTTattataatattgtatccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|13 : tggtcaggtctgttcctcggaacccttcTTAATATTGA-TA----AGGAAAACACAGAACCC-T------TCGTAA---CTTACTTATTATGCAACATA-A--ATT-CATTA--TTTT---GGTACT---GAAGG--A-A----AGAGTATGAAGTTGTCTTT-ACGTTCATAGT-AAAA------AAATAAC--ATTGTGAA-T-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCAG-CAAAATTtatgttatcttcatttagatatatatttaattttctttggtactgaataaaagaatattaataacattttatgttcatgtcaaattttattattttagaaaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|11 : tgggcaggtctattccccggaacccttcTTAATATTGA-TA----AGGAAAACCCGGAACCC-ACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATA-A--GTT-CATAA--TTTT---GGTACC---AACTGTTA-GAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTT-ACGTTCATAGT-AAAA------AAATAAC--TTTATGAT-T-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTG------GGTAAA----TTTTC----AAAA-A-------CAAAATTCTA-ATC-AT-AA----A
gi|2 : agggcaggtctattccccggaacccttcAATATTGA-TACGGAA----AACCCGGAACCC-ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATA-A--ATT-CATAA--TTTT---GGTACT---AAATG--A-A----AGAGTATGAATTTATCTTT-ACATTCAT-GT-AAAA---------TATCT-TTAGCAAT-------AGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTT------TAT---AAAT--T-TAC-----AAT----TTT---GGTAC-TTACTG----A-A--AGATTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTTCATAGTAAAA--AAAATAACT--TTTTGGATAGAATTTTG-TT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATATTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTAT--AAAA--CCAGGAACCCAC-GGAACC
gi|10 : agggcaggtctattccccggaacccttcctAATATTGA-TA----AGGAAAACCCGGAACCC-ACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATA-A--ATT-CATGA--TTTT---GGTACC---AACTG--A-A----AGAGTATGAAGTTGTCTAT-ACGTTCATAGG-AAAA------AAATAACT-TC-ATGAT-C-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTG------GGTAAA----TTTTCAT-CGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAA------AAT---GAAT--T-CAT-----AAT----TTT---GGTAT-CAACTG----A-A--AGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTACATAGG-CAA--AAAATAACT--TTATGATTAGAATTTTG-TT--TTT--GAAcataatgaattattctttatattcataccaaattttattttttcagtaaaagacgacttattcaaattagctttaaatttcgctatactcccattgattttttgcggcaaatatttgataatagaaatacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|8 : gggcaggtctattccccggaacccttctaAATATTGA-TA----AGGAAAACCCGGAACCC-ACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATT-A--ATT-CATAA--TTTT---GGTACT---AACTG--A-A----AGAGTATGAATTTATCTTT-ACACTCATGTT-AAAA------TAATAACT-TTAGTAA--T-----AAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTA------GGTACA----TTTTCAT-TAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTT------TAT---aatttacccaactttgatcctaatttaaaaacaaaattctaatcataa
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctA----A----AACCCGGAACCA-TCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATA-A--ATT-TATAA--TTTT---GGTACC---AACTG--A-A----AGAGTATGAAGTTGTCTTT-ATGTTCATAGT-AAAA------AAATGACT-TT-ATGAT-T-----GGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTG------GGTATA----TTTTCAT-TGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAA------CAT---AAAT--T-TAT-----ACT----TTT---GGTAC-CAACTA----A-A--AAAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTTTATAGT-AAA--AAAATAACT--TTATGATTAGAATTTCG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTAT--AAAA--CCCGGAACCCAC-GGAACCCTTttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|15 : attgataaggA----A----AACCCGGAACCCACGACAGCCT-TCATAACTTACTGATTATGCAATGTA-A--ATT-CACAT--TTTTTT-GGTACC---AAATA--A-A----AGAGTATGAATTTATCTTT-TCCTTCATATT-ATAA------AAATAACT-TTattaaaatgatacagatatgtgcgagtgatattacatgatatttttgc
gi|14 : ggacaagtctattctccggagcccttcttaatattgatactgacggATAACTTACTTATTATGCAACATA-A--ATT-CATAA--CTTT---GCTACT---AAATG--A-A----AGAGTATGAATTTATCTAT-ACATTCAT-GT-TAAA------AAATAGCT-TTAGCAAT-------AAAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTA------GGTATA----TCTTCAT-TGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-AA----AA--CCCGGAACCCACGGAACCCGTAagtt
gi|7 : ---AAATG--A-A----AAAGTATGAATTTATTTTT-ACATTCATAGT-AAAA---------TAACT-TTAGTAATAT-----AG--TTTTGTC--TTA--AAATTA-GA---ATG--A------G---------TTTTCAT-TGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-AA----AA--CCCGGAAC---------CCGCAGAAACTTATTTATTATGTTA------TAC---AAA---T-TAT------GT----TTTAAGGGTTT-GAA-TA----A-A--ACAGTA--TGAATTAT---T-C--TTT-ATATTCTTACC-AAAT-TTTATTATT--TCAGTAAAAGA----TGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATACTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAG--AAAA--CCTGGAACTCAC-AGAACCCTT
gi|10 : ataacatttgtattttaatgtatgcttTTATGAT-T-----AGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTG------GGTAAA----TTTTC----AAAA-A-------CAAAATTCTA-ATC-AT-AA----Aaatttttttcttgattgagacatataaatgattatttttaatacttaataaaagagtacgaattacattttacgctcatgtcaaatttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|12 : gggcaggtctattccccggaacccttctaaatattgataaggaaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaacataaattcatgattttggtaccaactgaaagagtatgaagttgtctatacgttcataggaaaaaaataacttcatgatcagaattttgtttttaaattaggatcaaagttgggtaaattttcatcgaaatattgcagccaaaattcaatattataaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaaaatgaattcataattttggtatcaactgaaagagtatgaagttgtctttacgtacataggcaaaaaataacTT--TTT--GAATTTGGATCAAAGTTA------AATATA----TTTTCAT-TTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA--AA--CTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAG------TAT---AAAT--T-TAC-----AAT----TTT---GATAT-AAA--A----ACA--AGTGTA--GGAATTTA---T-C--TTT-ACGTTCAAAGG-GAA--A-AATAACT--TTAGTAACAGAGTTTTA-TT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : ttcaTTAATATTGAT-AA-----------GGAAAACACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAA------CAT---AAAT--T-CAT-----TAT----TTT---GGTAC-TGAAGG----A-A--AGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTTCATAGT-AAA--AAAATAACA--TTGTGAATAGAATTTTG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|11 : tgggcaggtctattccccggaacccttcTTAATATTGAT-AAGGAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAA------CAT---AAGT--T-CAT-----AAT----TTT---GGTAC-CAACTGTTAGA-GTTAGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTT-ACGTTCATAGT-AAA--AAAATAACT--TTATGATTAGAATTTTG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCAtt
gi|10 : agggcaggtctattccccggaacccttcAATATTGAT-AAGGAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAA------CAT---AAAT--T-CAT-----GAT----TTT---GGTAC-CAACTG----A-A--AGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TAT-ACGTTCATAGG-AAA--AAAATAACT--TCATGATCAGAATTTTG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTAT--AAAA--CCCGGAACCCAC-GGAACCCTTaaaacaaaattctaatcataaa
gi|8 : gggcaggtctattccccggaacccttctaAATATTGAT-AAGGAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAA------CAT---TAAT--T-CAT-----AAT----TTT---GGTAC-TAACTG----A-A--AGAGTA--TGAATTTA---T-C--TTT-ACACTCATGTT-AAA--ATAATAACT--TTAGTAATAAAATTTTG-TT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGC-CAAAATCAATAATAT--AAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCAcgtaacttacttattatgcaaaatgaattcataattttggtatcaactgaaagagtatgaagttgtctttacgtacataggcaaaaaataactttatgattagaattttgtttttgaaaatttacccaactttgatcctaatttaaaaacaaaattctaatcataa
gi|15 : gcaggtctattccctggaacccttcct-AA----AA--CCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAA------TGT---AAAT--T-CAC-----ATT----TTTTT-GGTAC-CAAATA----A-A--AGAGTA--TGAATTTA---T-C--TTT-TCCTTCATATT-ATA--AAAATAACT--TTAaataacttatttattaggctttatttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|14 : ggacaagtctattctccggagcccttcttaatattgatactgacggATAACTTACTTATTATGCAA------CAT---AAAT--T-CAT-----AAC----TTT---GCTAC-TAAATG----A-A--AGAGTA--TGAATTTA---T-C--TAT-ACATTCATGTT-AAA--A-AATAGCT--TTAGCAATAAAATTTCG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATTAT--AAAA--CCCGGAACCCAC-GGAACCgtt
gi|10 : --TTATGATTAGAATTTTG-TT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCAcgta
gi|12 : gggcaggtctattccccggaacccttctaaatattgataaggaaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaacataaattcatgattttggtaccaactgaaagagtatgaagttgtctatacgttcataggaaaaaaataacttcatgatcagaattttgtttttaaattaggatcaaagttgggtaaattttcatcgaaatattgcagccaaaattcaatattataaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaaaatgaattcataattttggtatcaactgaaagagtatgaagttgtctttacgtacataggcaaaaaataactttatgattagaattttgttttTTCA-TT--TTT--GAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATTATGATAAA--CTTGGAACCCCC-AGAACCCTT
gi|11 : AAA--CCCGGAACCCAC-GGAACCTTTcagaacctatttattatgcagtataaatttacaattttgatataaaaacaagtgtaggaatttatctttacgttcaaagggaaaaataactttagtaacagagttttatttttaaattagaattaaagt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACATTTTGTTTTTTCATTGTTCAAATTCAAAAACACAATCAGTATCAATTATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTATAACAAAGCCACACGGTGTAAATCCACAAATATTT
Alignments
lowQualScore : 111 111 1 111 111 111111 11 111 222222222222222 2222222222222 222222222222 11 11111111111 11 222 111 1 1
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 555 000 3 0 3 44 2 2 3 3 222 3 5 222 55 0 1 4 3 222 0 5 88 888888 55 00 4 0 9999 2 0 2 66 2 1 888 222 5 000000000000000 8888888888888 5 6 9 99 2 666666666666 1 00 7 99 3 33 77777777777 66 11 7 222 7 444 4 9 4 4 0 6 6 5
lowQualScore : ... . .. . .. .... . ... ... . . . .. . . . . ... . . ... .. . . . . ... . . .. ...... .. .. . . .... . . . .. . . ... ... . ............... ............. . . . .. . ............ . .. . .. . .. ........... .. .. . ... . ... . . . . . . . .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 222 333 1 2 1 22 2 3 1 6 222 0 7 555 55 5 0 0 0 000 9 7 11 000000 00 00 4 1 4444 3 1 2 99 8 0 888 666 7 111111111111111 0000000000000 2 7 3 22 5 777777777777 0 77 2 22 5 55 55555555555 88 22 0 000 0 222 0 2 0 0 2 0 0 0
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAACTTTA-TGAN--TAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATT-TATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---GGTA--CCGANT-GAAAGAGTATGAANTTGTCTTTACGTTCATAGC-AAAAAAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAA---TANCTT-ATTT----ATTATGC-TATATAAAT--TTATAAT----TTTNGTAC-CGANTGAAAGAGTA--TGAA-TTA---T-C--TTTACGTTCATAGTAAA--ANAATAACTTTA-TGATTAA-AATTTTATCTTTAAATTNGNATCGAAGTTAGATATATTTCCATTGAAATNTTGCGGCAAANANTCGATA-TATAAAACCCGGAACCCACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAACTTTA-TGAT--TAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCNTNATAACTTACT-TATTATGCAACATAAATTCATAATTTT---GGTA--CCAANT-GAAAGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGT-AAAAAAATAACTTTTGTGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTNA---TAACTT-ATTT----ATTATGC-NATATAAAT--TCATAAT----TTTGGTAC-CAACTGAAAGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTTACGTTCATAGTAAA--AAAATAACTTTA-TGANTAG-AATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCGGCAAAAATTCAATATTATAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAACTTTA-TGGT--CAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTT-CTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---GGTA--CCAACT-GAAAGAGTATGAAGTTGTCTTCACGTTCATAGC-AAAAAAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT----ATTATGC-TTTATAAAT--TTATAAG----TTTTGTAT-CAACTGAAAGAGAA--TGAAGTTG---T-C---TTACGTTCAAAGTAAA--AAAATAACTTTA-TGATTAA-AATTTTATTTTT-AATAAGAATCAAAGTTAGGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGC--CAATTGATTA-CATAAAA
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAACTTCA-TGAT--CAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACT-TATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---GGTA--TCAACT-GAAAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTACATAGG-CAAAAAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATTtataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|10 : TTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAA----TTTTCA--AAAA---------CAAAATTCTA-ATCATAAAtacccaactttgatcctaatttaaaaacaaaattctaatcataa
gi|11 : gggcaggtctattccccggaacccttctaaatattgataaggaaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaacataaattcatgattttggtaccaactgaaagagtatgaagttgtctatacgttcataggaaaaaaataacttcatgatcagaattttgtttttaaattaggatcaaagttgggtaaattttcatcgaaatattgcagccaaaattcaatattataaaacccggaacccacggaacccttcgtaacttacttattatgcaaaatgaattcataattttggtatcaactgaaagagtatgaagttgtctttacgtacataggcaaaaaataacGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAACTTTA-TGAT--TAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATCA-TA--AA
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATTA-TGATAAACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATT-TATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---GATA--TAAAA--ACAAGTGTAGGAATTTATCTTTACGTTCAAAG--GGAAAAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAACATTG-TGAA--TAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAGCTTTA-GCAA--TAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCGTtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAACTTTA-a
gi|17 : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Ggtt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TATCTTTA-GCAA--TAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATT-TATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---GGTA--CTTACT-GAAAGATTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TGAATT-ATTC----TTTAT----------AT--TCA-------------TAC-CAA----------A--T---TTTA---T-T--TT----TTC--AGT-AA--AAGACGACTT-----ATTCA-AA--TTAGCTTTAAATT----TC---GCTA----TACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAA
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTT--TAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATT-TATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---GGTA--CTAAAT-GAAAGAGTAGGAATTTATCTTTATATTCATAGT--AAAAAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA-----TTA---TAA--T-ATT------GTATCCAGATACAAAT--TCtacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAACTTTA-TGAT--TGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATT-TATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---GGTA--CCAACT-GAAAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGC-AAAAAAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT----ATTATGC-TTTATAAAT--TTATAAT----TTTGGTAC-CAACTGAAAGAGTA--TGAAGTTG---T-C--TTTACGTTCATAGTAAA--ACAATAATTTTA-TGAACAC-AATTTTGTTTTTGAATTGGTATCAAAGTTAGATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATTATTAAACCCGGAACCCACGGGACCATTgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAACTTTA-GTAA--TAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTTATTA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATT-CATTATGCTATATATATT-AT-GTTTCGA-GGTT--TTGAATAAAAAAAGTATGAGTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAATTTTAGTTTT--TCAG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT----A-------GATATATAT--T--TAATTTTCTTTGGTAC-TGAATAAAAGAATA--TTAA--TA---A-CATTTTATGTTCAT-GTCAA--A
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAGCTTTA-GTAA--TAGAA-TTTGTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATTA-TA--AAACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATT-TATGATGCTATGTAAGTT-AT-GTTTT---GGGATTTTGAAT-AAAAAAGTATGAATTAGTCTTTACATTCATACC-AAAA-------TTCAGTAA-------AAGATTATTTA--TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT----ATTATGA-TATATAAAT--AAATTAG----TTTTGTACTTAATAGAACTAATAACTGAATATACACT-C--TTTAAAATGAGAACAAATGATAATA--TTTAGTTA-TAGAAATATTA-CTTAAAATTCGCATTGAATTTCAATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATttttattattttagaaaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaAAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAACTTTAGTAATA-TAG--TTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATT-TATTATGTTATACAAATT-AT-GTTTTAAGGGT---TTGAAT-AAAACAGTATGAATTATTCTTTATATTCTTACC-AAA--------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---T---TT-TTTTCTTGATTGAGA-CATATAAATGATTAT--T----TTTAATAC-TTAATAAAAGAGTA--CGAA-TTA---CAT--TTTACGCTCAT-GTCAA--A
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAACTTTA-GTAA--TAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATA-TA--AAACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATT-TATTAGGCtttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|9 : ATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGACTTTA-TGAT--TGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTA-TA--AAACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATT-TATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---GGTA--CCAACT-AAAAAAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTTATAGT-AAAAAAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAAtttatttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ACATTTTGTTTTTTCATTGTTCAAATTCAAAAACACAATCAGTATCAATTATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTATAACAAAGCCACACGGTGTAAATCCACAAATATTT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 111111111 111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 11 11111 1111111 1111 111 111 22222222222222 333333 2
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 77 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 1 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 3 888 1 5 888888 666 333333333 999999999999 5 1 4 1 22222222222222222222222222222222222222222222 5 77 44444 77 8888888 5555 99 11 333 3 000 44444444444444 0 3 4 1 3 1 1 0 6 555555 5555 0
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . ...... ... ......... ............ . . . . ............................................ . .. ..... .. ....... .... .. .. ... . ... .............. . . . . . . . . . ...... .... .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 44 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 0 6 0 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 5 888 0 7 000000 444 111111111 000000000000 7 0 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 7 33 33333 99 8888888 5555 22 88 222 8 888 44444444444444 8 7 0 0 2 0 0 7 7 000000 2222 0
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGAAAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TANCTT-ATTT-ATTATGNTNTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TNGTACCGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--TA---T-C--TTTAC-GTTCANAGT-----AAA--ANAATAACTTTA-T-ATTAAAATTTTATT-TTTAAATTNGNAT---CGA--AGT-TCGATATATTTNCATTGANATTTCGCGGCAAATAATCGA-TA-----TATAAAACCCGGAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGANTAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGANTGAAAGA-GTATGAANTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAA---TANCTT-ATTT-ATTATGCTATA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TNGTACCGANT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--TA---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ANAATAACTTTA-TGATTAAAATTTTATC-TTTAAATTNGNAT---CGA--AGT-TAGATATATTTCCATTGAAATNTTGCGGCAAANANTCGA-TA-----TATAAAACCCGGAACC-CACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGAAAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---AAT--TTA---TAAGTT-TTGTATCAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--TG---T-C---TTAC-GTTCAAAGT-----AAA--AAAATAACTTTA-TGATTAAAATTTTATT-TTT-AATAAGAAT---CAA--AGT-TAGGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGC---CAATTGATTA-----CATAAAA
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGAAAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAAA-ACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTA
gi|16 : TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGA-TAACGGGTATAA----CAAAGCCACACGGgtt
gi|17 : acattttgttttttcattgttcaaattcaaaaacacaatcagtatcaatATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGAAAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TGAATT-ATTC-----------------------T--TTA---TA---T-TCATACCAAAT---------------------T--------T--TA---T-T--TT-----TTCA--GT-----AAA--AG-ACGACTT-----ATTCAAA--TTAGC-TTTAAATT----T---C----------GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGA-TA------ATAGAA
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGAAAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAatacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGAAAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TGGTACCAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--TG---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ACAATAATTTTA-TGAACACAATTTTGTT-TTTGAATTGGTAT---CAA--AGT-TAGATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAA-TAT----TATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTttataatattgtatccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAAAAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTAAT--TT----T--CTT-TGGTACTGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAACA---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CAA--AT------TTTA-TTATT
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAAAAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---AAT--AAA---TTAGTT-TTGTACTTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-TACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AAATGATAATA--TTTAGTTATAGAAATATTA-C-TTAAAATTCGCAT---TGA--ATT-TCAATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAA-Tttagaaaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaAAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAAAACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---AATGATTA---T--TTT-TAATACTTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--TA---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CAA--A
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGAAAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---TATG-TTACCTTAATTTCTTTTGATGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--TA---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAAA--ACAAT---TTT-----TT----TTTCATTGTTCAAATTTAAATACACAAACAGTATCAAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGA-TA-----ttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAAAAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
Alignments
lowQualScore : 111111 11 111111111 111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1111 555555 2222
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 11 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 3 3 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 1 777 1 5 888888 3 3 333333333 999999999999 5 1 4 22222222222222222222222222222222222222222222 5 999 44444 77 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 2222 5 1 1 1 3 0 6 111111 4444 11 7
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . ...... . . ......... ............ . . . ............................................ . ... ..... .. ..................................................................... . .... . . . . . . . ...... .... .. .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 77 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 6 6 6 4 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 0 888 0 0 000000 0 0 111111111 000000000000 7 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 7 444 33333 99 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 1111 0 0 0 7 2 7 7 888888 5555 33 3
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGNTNTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TNGTACCGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--TA---T-C--TTTAC-GTTCANAGT-----AAA--A-----NAAT--AA-TTTA--T-ATTAAAATTTTATT-TTTAAATTCGAA-------T---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGANATTTCGCGGCAAATAATCGA-TAA-GGGTATAAAA--CGAAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TANCTT-ATTT-ATTATGNTNTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TNGTACCGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--TA---T-C--TTTAC-GTTCANAGT-----AAA--A-----NAAT--AACTTTA--T-ATTAAAATTTTATT-TTTAAATTNGNA-------T---CG-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGANATTTCGCGGCAAATAATCGA-TA-----TATAAAACCCGGAGCCACACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---AAT--TTA---TAAGTT-TTGTATCAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--TG---T-C---TTAC-GTTCAAAGT-----AAA--A-----AAAT--AACTTTA--TGATTAAAATTTTATT-TTT-AATAAGAA-------T---CA-A--A--GT-TA----GGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGC---CAATTGATTA-----CATAAAA
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAA--AACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTAG
gi|16 : TTTCATTGTTCAAATTCAAAAACACAAT---C-----A--GTATC----AAT-TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGA-TAACGGGTATAA----CAAAGCCACACGGtt
gi|17 : acattttgtttATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGA-AAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TGAATT-ATTC-----------------------T--TTA---TA---T-TCATACCAAAT---------------------T--------T--TA---T-T--TT-----TTC--AGT-----AAA--A-----G-AC--GACT-----T-ATTCAAA--TTAGC-TTTAAAT--------------------------T-TC----GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGA-TA------ATAGAA
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGA-AAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA--TTATAA---TATTGT-ATatacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TGGTACCAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--TG---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--A-----CAAT--AATTTTA--TGAACACAATTTTGTT-TTTGAATTGGTA-------T---CA-A--A--GT-TA----GATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAA-TAT----TATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAA-AAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTAAT--TT----T--CTT-TGGTACTGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAACA---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CAA--A-----TTTT--A---TTA--T-TTTAGAA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAA-AAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---AAT--AAA---TTAGTT-TTGTACTTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-TACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AAATGA-----TAAT--A--TTTAGTT-ATAGAAATATTA-C-TTAAAATTCGCA-------T---TG-A--A--TT-TC----AATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAA-Taagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaAAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAA-AACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---AATGATTA---T--TTT-TAATACTTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--TA---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CAA--ATTTCCTAATAGAA----A--T-ATTCAAAT-----------AATTCGAA-------T---TACA--ACTGT-TCAATTGATATGTTTGTATTCAACTTTCTCG
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGA-AAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---TATG-TTACCTTAATTTCTTTTGATGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--TA---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAAA--A-----CAAT-----TTT------TT----TTTCATTGTTCAAATTTAAA-------TACACA-AACA--GTATC----AAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGA-TAATGGGTATAA----CAAAGTCACACAGttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAA-AAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAtgtaaatccacagatattt
Alignments
lowQualScore : 111111 11 1111 333333333333333333 44444444444444444444444444444444444444444444 11111 3333333333333333333333333333333333333333 333333333333 1 1111 3333333333 11
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 11 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 3 3 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 1 777 3 5 5 1 1 1 2222 333333333333333333 5 1 4 22222222222222222222222222222222222222222222 5 999 44444 77 9999999999999999999999999999999999999999 66 44 1 222222222222 1 2222 5 1 1 1 3 0 2222222222 33 0 7
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . . . . . .... .................. . . . ............................................ . ... ..... .. ........................................ .. .. . ............ . .... . . . . . . .......... .. . .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 77 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 6 6 6 4 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 0 888 6 0 7 6 0 0 1111 111111111111111111 7 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111 7 444 33333 99 1111111111111111111111111111111111111111 00 77 6 999999999999 4 1111 0 0 0 7 2 7 3333333333 88 7 3
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TNGTACCGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--TA---T-C--TTTAC-GTTCANAGT-----AAA--A-----NAAT--AA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATT-TTTAAATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGANATTTCGCGGCAAATAATCGATAA-GGGTAT-AAA--CGAAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGNTNTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TNGTACCGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--TA---T-C--TTTAC-GTTCANAGT-----AAA--A-----NAAT--AA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATT-TTTAAATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGANATTTCGCGGCAAATAATCGATAA-GGGTATAAAA--CGAAGCCACACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---AAT--TTA---TAAGTT-TTGTATCAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--TG---T-C---TTAC-GTTCAAAGT-----AAA--A-----AAAT--AACTTTA--TGATTAA---AATTTTATT-TTT-AATAAGAAT---CA-A--A--GT-TA----GGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGC---CAATTGATTA----CATAAAA--
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAA--AACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTAG
gi|16 : TTTCATTGTTCAAATTCAAAAACACA-ATCA--GTATC----AAT-TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTAT--AA--CAAAGCCACACGGtt
gi|17 : acattttgtttATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGA-AAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TG-----A----ATTATTCTTTA----TA-------------------T-TCATACCAAAT---------------------T--------T--TA---T-T--TT-----TTC--AGT-----AAA--A-----G-AC--GA-CTTA--T--TCAA---A---TTAGC-TTTAAAT-------------------T-TC----GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGATAA-
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGA-AAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA--TTATAA---TATTGT-ATtagaaatacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---AAT--TTA---TAATTT-TGGTACCAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--TG---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--A-----CAAT--AA-TTT---T-ATGAACACAATTTTGTT-TTTGAATTGGTAT---CA-A--A--GT-TA----GATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATA----TTATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAA-AAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTAAT--TT----T--CTT-TGGTACTGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAACA---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CAA--A-----TTTT--A---TTA--T-TTTAG---AA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAA-AAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---AAT--AAA---TTAGTT-TTGTACTTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-TACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AAATGA-----TAAT---A-TTTAGTT-ATAGA---AATATTA-C-TTAAAATTCGCAT---TG-A--A--TT-TC----AATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaAAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAA-AACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---AATGATTA---T--TTT-TAATACTTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--TA---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CAA--ATTTCCTAATAGAA----A--T-ATTCA---AAT-----------AATTCGAAT---TACA--ACTGT-TCAATTGATATGTTTGTATTCAACTTTCTCG
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGA-AAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---TATG-TTACCTTAATTTCTTTTGATGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--TA---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAAA--A-----CAAT-----TTT------TT-------TTTCATTGTTCAAATTTAAATACACA-AACA--GTATC----AAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAATGGGTAT--AA--CAAAGTCACACAGttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAA-AAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAtgtaaatccacagatattt
Alignments
lowQualScore : 111111 11 1111 3333333333333333333 11111 33333333333333 222222222222222 11111 333333333333333333333333333333 111 444444444444444444444 22222222222222
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 11 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 3 3 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 1 777 3 5 5 1 0 1 0000 0000000000000000000 5 777 33333 00000000000000 5 0 66 888888888888888 5 666 22222 66 999999999999999999999999999999 2 3 222 66 44 0 666666666666666666666 66 1 1 0 0 88888888888888 0 7
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . . . . . .... ................... . ... ..... .............. . . .. ............... . ... ..... .. .............................. . . ... .. .. . ..................... .. . . . . .............. . .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 77 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 6 6 6 4 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 0 888 6 0 7 6 7 0 6666 8888888888888888888 0 999 00000 99999999999999 0 4 99 111111111111111 0 111 55555 99 999999999999999999999999999999 0 4 888 22 99 2 888888888888888888888 66 0 0 8 2 66666666666666 7 3
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--A-----TAAT--AA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATC-TTNAAATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-T-AA--CGAAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCANAGT-----AAA--A-----NAAT--AA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATT-TTTAAATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGANATTTCGCGGCAAATAATCGATAA-GGGTA-TAAA--CGAAGCCACACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAAGTT-TT--GTAT---CAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--T-G---T-C---TTAC-GTTCAAAGT-----AAA--A-----AAAT--AACTTTA--TGATTAA---AATTTTATT-TTT-AATAAGAAT---CA-A--A--GT-TA----GGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAT
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtgattacataaaatataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAA--AACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTAG
gi|16 : TTTCATTGTTCAAATTCAAAAACACA-ATCA--GTATC----AAT-TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTA-T-AA--CAAAGCCACACGGtt
gi|17 : acattttgtttATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGA-AAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TG-----A----ATTATTCTTTA----TA--------------------T-TC--ATAC---CAAAT---------------------T--------T--T-A---T-T--TT-----TTC--AGT-----AAA--A-----G-AC--GA-CTTA--T--TCAA---A---TTAGC-TTTAAAT-------------------T-TC----GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGATAA-
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGA-AAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA--TTATAA---TATTGT-ATtagaaatacaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TG--GTAC---CAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--T-G---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--A-----CAAT--AA-TTT---T-ATGAACACAATTTTGTT-TTTGAATTGGTAT---CA-A--A--GT-TA----GATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATA----TTATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAA-AAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTA-AT--TT----T--CTT-TG--GTAC---TGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAAC-A---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CAA--A-----TTTT--A---TTA--T-TTTAG---AA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAA-AAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---A-AT--AAA---TTAGTT-TT--GTAC---TTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-T-ACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AAATGA-----TAAT---A-TTTAGTT-ATAGA---AATATTA-C-TTAAAATTCGCAT---TG-A--A--TT-TC----AATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaA----TA---ACAT--TTG---TA-TTT-TAATGTATGCTTAAAT-G------------AAA-AAGTA--TGAA-T--TTA---T-T--TTTAC-ATTCATAGT-----AAA--A-----TAAC-----TTTAG-T-AATAT---AGTTTTGTC-TTAAAATTAGAAT---------------------GA---GTTTTCATTGAAATATTGCAGCAAA
gi|7 : AAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAA-AACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---A-ATGATTA---T--TTT-TA--ATAC---TTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--T-A---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CAA--ATTTCCTAATAGAA----A--T-ATTCA---AAT-----------AATTCGAAT---TACA--ACTGT-TCAATTGATATGTTTGTATTCAACTTTCTCGactgtaatattataaaacccggaacccgcagaaacttatttattatgttatacaaattatgttttaagggtttgaataaaacagtatgaattattctttatattcttaccaaattttattatttcagtaaaagatgactaattcaaattagctttaaattttgctatactcccattgaaattttgcggcaaatatttgataatagaaaacctggaactcacagaacccttaatttttttcttgattgagacatataaatgattatttttaatacttaataaaagagtacgaattacattttacgctcatgtcaaatttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGA-AAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---T-ATG-TTACCTTAATTTCTT--TTGA---TGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--T-A---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAAA--A-----CAAT-----TTT------TT-------TTTCATTGTTCAAATTTAAATACACA-AACA--GTATC----AAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAATGGGTA-T-AA--CAAAGTCACACAGttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAA-AAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAtgtaaatccacagatattt
Alignments
lowQualScore : 111111 11 1111 3333333333333333333 11111 33333333333333 222222222222222 11111 33333333333333333333333 111 444444444444444444444 1 222
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 11 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 3 3 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 1 777 3 5 5 1 0 1 0000 0000000000000000000 5 777 33333 00000000000000 5 0 66 888888888888888 5 666 22222 66 22222222222222222222222 222 111 1 888 44 0 666666666666666666666 66 1 0 0 0 777 0 0 333 0 7
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . . . . . .... ................... . ... ..... .............. . . .. ............... . ... ..... .. ....................... ... ... . ... .. . ..................... .. . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 77 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 6 6 6 4 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 0 888 6 0 7 6 7 0 6666 8888888888888888888 0 999 00000 99999999999999 0 4 99 111111111111111 0 999 55555 99 44444444444444444444444 444 222 0 888 99 2 888888888888888888888 66 0 8 8 2 888 2 0 333 7 3
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ATAATAA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATC-TTCA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ATAATAA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATC-TTNA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAAGTT-TT--GTAT---CAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--T-G---T-C---TTAC-GTTCAAAGT-----AAA--AAAATAACTTTA--TGATTAA---AATTTTATT-TTT----AATAAGAAT---CA-A--A--GT-TA----GGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAT
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtgattacataaaatataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAA--AACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTAG
gi|16 : TTTCATTGTTCA---AATTCAAAAACACA-ATCA--GTATC----AAT-TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTA-TAA---CAAAGCCACACGGtt
gi|17 : acattttgtttATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGA-AAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TG-----A----ATTATTCTTTA----TA--------------------T-TC--ATAC---CAAAT---------------------T--------T--T-A---T-T--TT-----TTC--AGT-----AAA--A-GACGA-CTTA--T--TCAA---A---TTAGC-TTTA---AAT-------------------T-TC----GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAA-TA
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGA-AAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA--TTATAA---TATTGT-ATcaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TG--GTAC---CAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--T-G---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ACAATAA-TTT---T-ATGAACACAATTTTGTT-TTTG---AATTGGTAT---CA-A--A--GT-TA----GATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATA----TTATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAA-AAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTA-AT--TT----T--CTT-TG--GTAC---TGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAAC-A---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CAA--ATTTTA---TTA--T-TTTAG---AA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAA-AAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---A-AT--AAA---TTAGTT-TT--GTAC---TTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-T-ACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AAATGATAAT-A-TTTAGTT-ATAGA---AATATTA-C-TTAA---AATTCGCAT---TG-A--A--TT-TC----AATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaA----TA---ACAT--TTG---TA-TTT-TAATGTATGCTTAAAT-G------------AAA-AAGTA--TGAA-T--TTA---T-T--TTTAC-ATTCATAGT-----AAA--ATAAC---TTTAG-T-AATAT---AGTTTTGTC-TTAA---AATTAGAAT---------------------GA---GTTTTCATTGAAATATTGCAGCAAA
gi|7 : AAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAA-AACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---A-ATGATTA---T--TTT-TA--ATAC---TTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--T-A---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CAA--AT------TTCC--T-AATAG---AA----ATA-TTCAAATAATTCGAAT---TACA--ACTGT-TCAATTGATATGTTTGTATTCAACTTTCTCGactgtaatattataaaacccggaacccgcagaaacttatttattatgttatacaaattatgttttaagggtttgaataaaacagtatgaattattctttatattcttaccaaattttattatttcagtaaaagatgactaattcaaattagctttaaattttgctatactcccattgaaattttgcggcaaatatttgataatagaaaacctggaactcacagaacccttaatttttttcttgattgagacatataaatgattatttttaatacttaataaaagagtacgaattacattttacgctcatgtcaaatttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGA-AAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---T-ATG-TTACCTTAATTTCTT--TTGA---TGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--T-A---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAAA--ACAAT---TTT------TT-------TTTCATTGTTCA---AATTTAAATACACA-AACA--GTATC----AAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAATGGGTA-TAA---CAAAGTCACACAGttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAA-AAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAtgtaaatccacagatattt
Alignments
lowQualScore : 111111 11 1111 3333333333333333333 11111 33333333333333 222222222222222 11111 33333333333333333333333 111 11111 444444444444444444444 1 222
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 11 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 3 3 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 1 777 3 5 5 1 0 1 0000 0000000000000000000 5 777 33333 00000000000000 5 0 66 888888888888888 5 666 22222 66 22222222222222222222222 222 111 00000 44 0 666666666666666666666 66 1 0 0 0 777 0 0 333 0 7
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . . . . . .... ................... . ... ..... .............. . . .. ............... . ... ..... .. ....................... ... ... ..... .. . ..................... .. . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 77 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 6 6 6 4 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 0 888 6 0 7 6 7 0 6666 8888888888888888888 0 999 00000 99999999999999 0 4 99 111111111111111 0 999 55555 99 44444444444444444444444 444 222 00000 99 2 888888888888888888888 66 0 8 8 2 888 2 0 333 7 3
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ATAATAA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATC-TTCA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ATAATAA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATC-TTCA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAAGTT-TT--GTAT---CAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--T-G---T-C---TTAC-GTTCAAAGT-----AAA--AAAATAACTTTA--TGATTAA---AATTTTATT-TTT----AATAAGAAT---CA-A--A--GT-TA----GGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAT
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtgattacataaaatataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAA--AACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTAG
gi|16 : TTTCATTGTTCA---AATTCAAAAACACA-ATCA--GTATC----AAT-TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTA-TAA---CAAAGCCACACGGtt
gi|17 : acattttgtttATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGA-AAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TG-----A----ATTATTCTTTA----TA--------------------T-TC--ATAC---CAAAT---------------------T--------T--T-A---T-T--TT-----TTC--AGT-----AAA--A-GACGA-CTTA--T--TCAA---A---TTAGC-TTTA---AAT-------------------T-TC----GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAA-TA
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGA-AAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA--TTATAA---TATTGT-ATcaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TG--GTAC---CAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--T-G---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ACAATAA-TTT---T-ATGAACACAATTTTGTT-TTTG---AATTGGTAT---CA-A--A--GT-TA----GATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATA----TTATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAA-AAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTA-AT--TT----T--CTT-TG--GTAC---TGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAAC-A---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CAA--ATTTTA---TTA--T-TTTAG---AA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAA-AAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---A-AT--AAA---TTAGTT-TT--GTAC---TTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-T-ACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AAATGATAAT-A-TTTAGTT-ATAGA---AATATTA-C-TTAA---AATTCGCAT---TG-A--A--TT-TC----AATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaA----TA---ACAT--TTG---TA-TTT-TAATGTATGCTTAAAT-G------------AAA-AAGTA--TGAA-T--TTA---T-T--TTTAC-ATTCATAGT-----AAA--ATAAC---TTTAG-T-AATAT---AGTTTTGTC-TTAA---AATTAGAAT---------------------GA---GTTTTCATTGAAATATTGCAGCAAA
gi|7 : AAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAA-AACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---A-ATGATTA---T--TTT-TA--ATAC---TTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--T-A---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CAA--AT------TTCC--T-AATAG---AA----ATA-TTCAAATAATTCGAAT---TACA--ACTGT-TCAATTGATATGTTTGTATTCAACTTTCTCGactgtaatattataaaacccggaacccgcagaaacttatttattatgttatacaaattatgttttaagggtttgaataaaacagtatgaattattctttatattcttaccaaattttattatttcagtaaaagatgactaattcaaattagctttaaattttgctatactcccattgaaattttgcggcaaatatttgataatagaaaacctggaactcacagaacccttaatttttttcttgattgagacatataaatgattatttttaatacttaataaaagagtacgaattacattttacgctcatgtcaaatttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGA-AAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---T-ATG-TTACCTTAATTTCTT--TTGA---TGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--T-A---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAAA--ACAAT---TTT------TT-------TTTCATTGTTCA---AATTTAAATACACA-AACA--GTATC----AAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAATGGGTA-TAA---CAAAGTCACACAGttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAA-AAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAtgtaaatccacagatattt
blockSeqs : CTG C TT C TT AGTT G T TG T T C G T AT GGAA AA AA AAG AG TTTTG C C A G A TAA TTC CT TA TTTCAG AA GA T A CTTT T T AC A TGT T C G T T TTTC TATGTTACCTTAAT C AAT GCTTA GTATAACTATCGC T AC TATACACTC A ATA TCTTA TG CAATAATTTTATGAACAC ATT TTG CAAAT TC TACAACTGTTCAATT TA A ATA T ACC A
blockSeqs : . . . C . . G . TG T T A . . . . AG AA . . TCA C . . T . GC A CT AG T . CA A G . A T . A . A . . T T . AATTTATAAT . C CA AG . . TTACACAA . AGA . . TAATATTTAGTTATAGA ATA TTG CA TG ACACAATCAGTATC TA C ATG . . .
blockSeqs : . . . A . . G . TG A C A . . . . TT AA . . TAA A . . G . CA A GT AG A . . A G . A T . G . T . . T A . TTTAATTTTC . G CA G . . GTTGTC . ATA . . TAACTTTAGTAATAT GTT GC TA TC ACACAAACAGTATC TA C . .
blockSeqs : . . . A . . T . GC A T A . . . . AA AA . . CTT C . . T . CC A CT TA T . . A C . A T . T . T . . A A . AATAAATTAG . G TG A . . TAACAT . CAA . . GACGACTTATTCAA TT TT TG TA CAAAGTTA TA T
blockSeqs : . . . A . . T . GC A C A . . . . TT AA . . CTA A . . G . CA A TT TC G . . T C . G A . T . T . . G A . ACATTTGTAT . T TT G . . TTTATT . AT . . TTTTATTATTTTAG A TC AA TC TGAATTTC T T
blockSeqs : . . . A . . T . GT A C A . . . . TA AA . . CCA A . . G . CA A CT TA T . . G C . G A . T . A . . . T . AATGATTATT . A TT A . . TTACAT . AT . . TTTCCTAATAG . TA AA TT TTC T G
blockSeqs : . . . A . . T . TG T T A . . . . TA AC . . TTG A . . T . TA T C AG T . . T G . G A . A . . . . . . T TG . . . TTATT . A . . CAATTTTTT C CA . . . A
blockSeqs : . . . C . . A . GT A T A . . . . TA G . . TTG C . . T . TA T T TA . . . A G . A T . T .
blockSeqs : . . . A . . T . GT A T A . . . . TT G . . CTA C . . T . G A C T . . . G . . A .
blockSeqs : . . . A . . T . GT A T C . . . . AA G . . CCA . . . G . T . . A . . .
blockSeqs : . . . A . . T . GT A T C . . . . AA
blockSeqs : . . . C . . T . TG T C . . . . .
blockSeqs : C . . G . . . . . . .
blockSeqCons : CT TAATTTTATTAATAG******** NA***
originalCons : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ATAATAA-TTTA--T-ATTAA---AATTTTATC-TTCA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
finalCons : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAA--ATAATTTTATTAATAG--------AATTTTATC-TTNA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
Alignments
lowQualScore : 111111 11 1111 3333333333333333333 11111 33333333333333 222222222222222 222222222222222222222 111111 111 444444444444444444444 1 222
lowQualScore : 555 3 44 1 33 6666 1 2 11 1 3 3 0 2 2 33 6666 0 22 11 666 55 55555 3 3 3 1 3 777 555 77 22 888888 55 00 0 0 1 4 8888 0 2 3 66 1 777 3 5 5 1 0 1 0000 0000000000000000000 5 777 33333 00000000000000 5 0 66 888888888888888 5 666 444444444444444444444 0 555555 33 111 1 888 44 0 666666666666666666666 66 1 0 0 0 777 0 0 333 0 7
lowQualScore : ... . .. . .. .... . . .. . . . . . . .. .... . .. .. ... .. ..... . . . . . ... ... .. .. ...... .. .. . . . . .... . . . .. . ... . . . . . . .... ................... . ... ..... .............. . . .. ............... . ... ..................... . ...... .. ... . ... .. . ..................... .. . . . . ... . . ... . .
lowQualScore : 444 1 22 3 99 1111 4 9 77 0 9 1 2 9 9 99 1111 2 88 66 444 00 77777 6 6 6 4 6 555 111 11 00 000000 00 00 5 5 0 1 5555 5 1 7 11 0 888 6 0 7 6 7 0 6666 8888888888888888888 0 999 00000 99999999999999 0 4 99 111111111111111 0 999 888888888888888888888 1 222222 55 222 0 888 99 2 888888888888888888888 66 0 8 8 2 888 2 0 333 7 3
consensus : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AA---A--ATA--AT-TTTATTAATAN-AATTTTATC-TTCA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
Reference ( family-1380 ) : ATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAAATG--AA----AGAGTATGAATTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTAGNAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTATATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCGACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTNGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATTCGATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCNTAA---TATCTT-ATTT-ATTATGCTNTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TN--GTAC---CGAAT-G------------AAA-GAGTA--TGAA-T--T-A---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AA---A--ATA--AT-TTTATTAATAG-AATTTTATC-TTNA---AATTCGAAT---CA-A--A--GT-TC----GATATATTTNCATTGAAATTTCGCGGCAAATAATCGATAACGGGTA-TAA---CGAAGCCACACGGGACCATT
gi|1 : GGGCAGGGCTGTTCCCCGGAACCCTTCGTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCATCTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTAGGTTTATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGGTCAGAATTTTGCTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGTAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACACGTATTAACTTCTAAATTATTCTTTATAAATTTATAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTCA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATGAC-TTTATGAT-----CAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTCGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCATTATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGAACCCGTAT---TATCTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAAGTT-TT--GTAT---CAACT-G------------AAA-GAGAA--TGAAGT--T-G---T-C---TTAC-GTTCAAAGTAAA--AA---A--ATA--AC-TTTATGATTAA-AATTTTATT-TTT----AATAAGAAT---CA-A--A--GT-TA----GGAATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAT
gi|10 : tttgGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTAAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATGATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTATACGTTCATAGGAAAAAAATAA-CTTCATGATCAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCATCGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAAAATGAATTCATAATTTT---G--GTA--TCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTACATAGG-CAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTTGTT--TTTGAAAATT--TACCCAACTTTG----A----TCCTAATTTAAAAA-------CAAAATTCTA-ATCATAAtgattacataaaatataggaattctaaaaaaaatccgggtttacaaaatcacttttttttcttgaatcatgaatagttatttcaaatctctctctataattacgtacaaaatataatatatttaaaaacattaaaatatacacaaaacttacattataataatttatttatttcacaaataaattt
gi|11 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAGTTCATAATTTT--GGTACCAACTGTTAGAGTTAGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CTTTATGATTAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTAAATTTTCA--AAAAC---------AAAATTCTA-ATC-AT-A--A----A
gi|12 : aTTCATTTTTGAATTTGGATCAAAGTTAAATATATTTTCATTTAAATATTGCGGCAAAAATGTAATATT-AT-GATA----AACTTGGAACCCCCAGAACCCTTCAGAACCTATTTATTATGCAGTATAAATTTACAATTTT---G--ATA--TAAA--AACAAGT-GTAGGAATTTATCTTTA-CGTTCAAAG--GGAA--AAATAACTTTAGTAA------CAGAGTTTTATT--TTT--AAATTAGAATTAAAGT
gi|13 : TGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCTTAATATTGATA---A-GGAAAAC---------ACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATTATTTT--GGTACTGAAGG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTACGTTCATAGTAAAAAAATAA-CATTGTGAATAGAATTTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAA
gi|14 : TAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAACTTT--GCTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTATACATTCAT-GTTAAAAAATAG-CTTTAGCAATAAAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATCTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAGTATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAtt
gi|15 : aGGACAAGTCTATTCTCCGGAGCCCTTCTTAATATTGATACTGACGGAAAACCCGGAACCCACGACAGCCTTCATAACTTACTGATTATGCAATGTAAATTCACATTTTTTTGGTACCAAATA--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTTCCTTCATATTATAAAAATAA-CTTTAG
gi|16 : TTTCATTGTTCA---AATTCAAAAACACA-ATCA--GTATC----AAT-TATTTATATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAACGGGTA-TAA---CAAAGCCACACGGtt
gi|17 : acattttgtttATGGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTACCTAATATTGATA---A-Gtgtaaatccacaaatattt
gi|2 : GGGCAGGTCTATTCCCCGGAACCCTTCCTAATATTGATA---C-GGAAAACCCGGAACCCACAGAACCCTTCGTAACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCAT-GTAAAA---TAT-CTTTAGCAATAGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGAAACCCGTAATAACTTATTTATTATGCTTTATAAATTTACAATTTT---G--GTA--CTTACTGA-AAGA-TTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGTAAAAA--AAATAACTTTT-TGGA-----TAGAATTTTGTT--TTT--AAATTAGGACCAAATTTAGATATA----TTTTCATTGAAATATTGCGGCCAAAATGTAAAATTATAAAA--CCAGGAACCCACGGAACCCATAA---TG-----A----ATTATTCTTTA----TA--------------------T-TC--ATAC---CAAAT---------------------T--------T--T-A---T-T--TT-----TTC--AGT-----AA---A--AGACGA--CTTATTCA----AA--TTAGC-TTTA---AAT-------------------T-TC----GCTATACTCCCATTGATTTTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAA-TA
gi|3 : aGGACAGGTCTATTCCTCGGAACCCGTCTTAATATTTATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCCTTCATAACATAGTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--GGTACTAAATG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACATTCATAGTAAAAAAAAAATTTTTAGTAATAGAATTTTGTTTTTACATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTCCATTGAAATATTGCAGC-AAGATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATTACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT---G--GTA--CTAAATGA-AAGA-GTAGGAATTTATCTTTA-TATTCATAGT--AAA--AAATAAGTTTAGTAA------TAGAATTTAGTT--ATT--AAATTAGGATCAAAGTTAGGTATA----TTTTCATTG-AATATTTCAGCAAAAATGTAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACAGA--TTATAA---TATTGT-ATcaattgtacataatgtaatttatttaaatttttatagtttgtaataagtaataagtaattgatttgcggtttgaattattattagtaattcaattatatatgtacatgtattattgtattttatttttacttctttcggtttatacaaagtagttgatttgcggtttaattgattattagggtgtttattatttt
gi|4 : ACGGACAGGTCTATTTCCCGGAATCCTTCCTAATATTGATA---A-AGAAAACACGGAACCCACGGAACCCTTCGTTACTTACTTATTATGCAACATAAATTCATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAATTGTCTTTACGTTCATAG-AAAAACATAA-CTTTATGATTGGAAATTTGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCAAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCTGGGAACCTGTAATGACTTATTTATTATGCTTTATAAATGTACAATTTT---G--GTA--CCAACTGA-AAGA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTCATAGC-AAAA--AAATAACTTTTATGAT-----TAGAATATTGTT--TTT--AAATTGTGATCAACGTTAGGTATACTTTTTTTCTTTAAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACTTCCGGAACCCGTAA---TAACTT-ATTT-ATTATGCTTTA----TA---A-AT--TTA---TAATTT-TG--GTAC---CAACT-G------------AAA-GAGTA--TGAAGT--T-G---T-C--TTTAC-GTTCATAGT-----AAAACA--ATA--AT-TTTATGAACAC-AATTTTGTT-TTTG---AATTGGTAT---CA-A--A--GT-TA----GATATATATCCATTGAAATATTGCAGCAAAAAATCAATA----TTATTAAACCCGGAACC-CACGGGACCATTccagatacaaattcgagtttatatagaaattagtttactgtttacgataagtattcaacctttcagtcacactctaacattgcaataattagccttaaatacaatttagttgatataatttaaaaatattgatttgaccataattgcattcgtacacatgtatgtgttgtttcagactttgttttttgaagctagacaatactttataattccattagtatacacaataatgtttttgatttgcaaaaagttaatttttttgtttgttttgcatgcttgaataccatggtgtttaatattt
gi|5 : TGGTCAGGTCTGTTCCTCGGAACCCTTCTTAATATTAATA---C-GGAAAACTCGGAACCTACGGAACTCTTCATAA-TTATTTATTATGCAATATAAATTCAAAATTCT--TGTACTTAATG--AA----AAAGATTTAATTCACCTTAACGTCCAGAGTAAAAAC-TAA-CTTTAGTAATAGAATTTTACTTTTTAATTAGGATCAAAGTTAGGTATATTATCATTGAAATATTGCGGCAAAAATGTTATGTT-ATTA--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCGTAATAATATATTCATTATGCTATATATATT-ATG-TTTC---GAGGTT--TTGAATAA-AAAAAGTATGA-GTTACTTTTAACATTCAT-GC-CAAA--TTTTAGTTTTTC--AG-----TAAAA----GTT--ATTCAAAATTAGCTTTAAAAATTGCTATA----CCTCCATTAATATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAAACCCCGGAACTCACGGCACCCTTTATGTTATCTTCATTT-A----GATATA----TATTTA-AT--TT----T--CTT-TG--GTAC---TGAAT-A------------AAA-GAATA--TTAA-TAAC-A---T----TTTAT-GTTCAT-GT-----CA--------A--AT-TTTATTA
gi|6 : ATA---C-GGAAAACCCGGAACGCGCGGAACCCTTCATAACTTATTTATTATGCAATATAAATTCACAATTTT--TGTACTAAATG--GA----AGAATATGAATTTATCATTACGTCCACAGTCAAAAATTAG-CTTTAGTAATAGAATTT-GTATATAAA----GAACAATGTTAGGTATATTTTCATTGAAATATTACAGCAAAAATGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACTAATGGAAACCGCAATA----ATTTATGATGCTATGTAAG-TTAT-GTTTT---G--GGATTTTGAATAA-AAAA-GTATGAATTAGTCTTTA-CATTCATACC-AAAATTCAGTAA-----AAGAT-----TA----TTTA----TTA--AAATTAGTTTTAAATTTGGCTATA----CTTCTAATGAAACTTCGTGGCTAATATTTGATA-TAGCAAA--CCCGGAACTCACTGAACCCTTTA---TTTTTT-CTTT-ATTATGATATA----TA---A-AT--AAA---TTAGTT-TT--GTAC---TTAATAG------------AAC-TAATAACTGAA-TA-T-ACACT-C--TTTAA-AATGAGAAC-----AA---ATGATA--ATATTTAGTTATAGAAATATTA-C-TTAA---AATTCGCAT---TG-A--A--TT-TC----AATATATTTTCATTGAAATTTCCTGGCCAATAACCAATttttagaaaagggtaagacatactctttaaagttagaacaaatgacaatatttagttaataaaagtacacaataaaactatcataaaatt
gi|7 : gagcaggtctatacccgcaA----TA---ACAT--TTG---TA-TTT-TAATGTATGCTTAAAT-G------------AAA-AAGTA--TGAA-T--TTA---T-T--TTTAC-ATTCATAGT-----AA---A--ATA--AC-TTTAGTAATAT-AGTTTTGTC-TTAA---AATTAGAAT---------------------GA---GTTTTCATTGAAATATTGCAGCAAA
gi|7 : AAATG--AA----AAAGTATGAATTTATTTTTACATTCATAGTAAAA---TAA-CTTTAGTAATATAGTTTTGTCTTAAAATTAGAAT--GAGTT---------TTCATTGAAATATTGCAGCAAAACTGTAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCGCAGA---------AACTTATTTATTATGTTATACAAA-TTAT-GTTTTAAGG--GT---TTGAATAA-AACA-GTATGAATTATTCTTTA-TATTCTTACC-AAA----------TTTTATTATTTCAGTAAAAGATGACTAATTC--AAATTAGCTTTAAATTTTGCTATA----CTCCCATTGAAATTTTGCGGCAAATATTTGATAATAGAAAA--CCTGGAACTCACAGAACCCTTAA---TTTTTT-TCTTGATTGAGACATA----TA---A-ATGATTA---T--TTT-TA--ATAC---TTAAT-A------------AAA-GAGTA--CGAA-T--T-A---CAT--TTTAC-GCTCAT-GT-----CA---A--A-------TTTCCTAATAG-AA----ATA-TTCAAATAATTCGAAT---TACA--ACTGT-TCAATTGATATGTTTGTATTCAACTTTCTCGactgtaatattataaaacccggaacccgcagaaacttatttattatgttatacaaattatgttttaagggtttgaataaaacagtatgaattattctttatattcttaccaaattttattatttcagtaaaagatgactaattcaaattagctttaaattttgctatactcccattgaaattttgcggcaaatatttgataatagaaaacctggaactcacagaacccttaatttttttcttgattgagacatataaatgattatttttaatacttaataaaagagtacgaattacattttacgctcatgtcaaatttcctaatagaaatattcaaataattcgaattacaactgttcaattgatatgtttgtattcaactttctcgtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : ataacatttgtattttaatgtatgcttGCAGGTCTATTCCCTGGAACCCTTCCTAATATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT--GGTACTAACTG--AA----AGAGTATGAATTTATCTTTACACTCATGTTAAAATAATAA-CTTTAGTAATAAAATTTTGTTTTTGAATTAGGATCAAAGTTAGGTACATTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAAT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACAGAAACCATAATAACTTATTTATTAGGCTTTATtgaattttaaactattaacaagaaaaatgggtcggtattcttcattttgatatg
gi|8 : AATATTGAT-A--AGGAAAACCCGGAACCCACGGAACCTTTCGTAACTTCCTTATTATGCAACATTAATTCATAATTTT---G--GTA--CTAACTGA-AAGA-GTATGAATTTATCTTTA-CACTCATGTT-AAAA--TAATAACTTTAGTAA------TAAAATTTTGTT--TTT--GAATTAGGATCAAAGTTAGGTACA----TTTTCATTAAAACATTGCAGCCAAAA-TCAATAATATAAAA--CCCGGAACCCACAGAAACCATAA---TAACTT-ATTT-ATTAGGCTTTATTTCTG---T-ATG-TTACCTTAATTTCTT--TTGA---TGAAT-GTATAACTATCGCAAATGAG-A--TAAA-T--T-A---CACAACTTGCAGTTCCAAGTTCTTAAA---A--ACA--AT-TTT-TT--------TTTCATTGTTCA---AATTTAAATACACA-AACA--GTATC----AAT-TATTTACATTGATATTTCACGGCAAATAATTGATAATGGGTA-TAA---CAAAGTCACACAGttctgtatgttaccttaatttcttttgatgaatgtataactatcgcaaatgagataaattacacaacttgcagttccaagttcttaaaaacaatttttttttcattgttcaaatttaaatacacaaacagtatcaattatttacattgatatttcacggcaaataattgataatgggtataacaaagtcacacagtgtaaatccacagatattt
gi|9 : gcaggtctattccctggaacccttcctATTGATA---A-GGAAAACCCGGAACCATCGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATAATTTT--GGTACCAACTG--AA----AGAGTATGAAGTTGTCTTTATGTTCATAGTAAAAAAATGA-CTTTATGATTGGAATTTCGTTTTTAAATTAGGATCAAAGTTGGGTATATTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATT-AT-A--A----AACCCGGAACCCACGGAACCCATAATAACTTATTTATTATGCAACATAAATTTATACTTTT---G--GTA--CCAACTAA-AAAA-GTATGAAGTTGTCTTTA-CGTTTATAGT-AAAA--AAATAAC-TTTATGAT-----TAGAATTTCGTT--TTT--AAATTAGGATCAAAGTTGGGTATA----TTTTCATTGAAATATTGCAGCCAAAATTCAATATTATAAAA--CCCGGAACCCACGGAACCCTTAT---TAtgtaaatccacagatattt