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blockSeqs : . . . T TA . T T . A . . . G . . . . . C . .
blockSeqs : . . . C TG . C C . G . . . T . . . . . C .
blockSeqs : . . A TT . C A . G . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . G CT . C C . A . . . C . . . . .
blockSeqs : A . . G C . A . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : CCAGCGA****
originalCons : AGTGTGTTGTTTTCTA--TTTTG-TG-TT-TCGGTA-CGTTTTGCGTTTC---CG-----T--ATCCTTT----A-ATCAG--ATATTA----TTGACTATCACAACAGCNGTCTTACGT----G----CTGTGTGGCGGCCGTAAAA-AGTCGCCCCGTA---CTTTGA-CTCAG-TGNTGTTA-TT-ATTTCTG--AT-T---C-CTTGGAATCACGGA-----GCTC-ATTCAGTGTTGCTCGAAAGTAGAATATGAAGGGTGTTGCATNTTTCATTAAACGT
finalCons : AGTGTGTTGTTTTCTA--TTTTG-TG-TT-TCGGTA-CGTTTTGCGTTTCCAGCGA----T--ATCCTTT----A-ATCAG--ATATTA----TTGACTATCACAACAGCNGTCTTACGT----G----CTGTGTGGCGGCCGTAAAA-AGTCGCCCCGTA---CTTTGA-CTCAG-TGNTGTTA-TT-ATTTCTG--AT-T---C-CTTGGAATCACGGA-----GCTC-ATTCAGTGTTGCTCGAAAGTAGAATATGAAGGGTGTTGCATNTTTCATTAAACGT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AATGGCACGAACGGTGTTGCATGTTTACGACATGAACAGCTTCAGTAAAACCTGCCTGTGTTTTATTGATTGCCCCCTGTGCTTCAAATAGTTACTTTTATAATATAAATCCATTATGTGATCACGTGAAGGTTAACAT
Unaligned ( gi|27 ): CATAAAATCTTATATTGTTGTTACCTTAAAATTCTACACTTTTATCTT
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Unaligned ( gi|29 ): CGGACGTCCTAGGTGTTTTGTGGTGGCCATA
Alignments
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lowQualScore : .. .. . . . .... . ...... . . .... .. . .... . .. .... ..... . . . ... . . . . . .. . ... .. . ..... . .. .. . . .
lowQualScore : 33 77 0 0 5 6666 7 666666 0 0 5555 77 3 7777 0 99 0000 00000 4 2 4 888 1 1 9 2 2 99 5 777 22 9 77777 3 66 55 5 0 5
consensus : AGTGTGTTGTTTTCTA--TTTTGT-G-TT-TCGGTA-CGTTTTGCGTTTCCA-GN-GATATCCTTTA-A-TCAG--ATATTA----TTGACTATCACAACAGCNGTCTTACGT----G----CTGTGTGGCGGCCGTAAAA-AGTCGCCCCGTA---CTTTGA-CTCAG-TGNTGTTA-TT-ATTTCTG--AT-T---C-CTTGGAATCACGGA-----GCTC-ATTCAGTGTTGCTCGAAAGTAGAATATGAAGGGTGTTGCATNTTTCATTAAACGT
Reference ( family-1358 ) : AGTGTGTTGTTTTCTA--TTTTGT-G-TT-TCGGTA-CGTTTTGCGTTTCCA-GC-GATATCCTTTA-A-TCAG--ATATTA----TTGACTATCACAACAGCNGTCTTACGT----G----CTGTGTGGCGGCCGTAAAA-AGTCGCCCCGTA---CTTTGA-CTCAG-TGNTGTTA-TT-ATTTCTG--AT-T---C-CTTGGAATCACGGA-----GCTC-ATTCAGTGTTGCTCGAAAGTAGAATATGAAGGGTGTTGCATNTTTCATTAAACGT
gi|1 : TGTCTACTA--TGTTAT-GATT-TTGGTAACGTTTTGTGTTTTTG------TATTCTTTA-A-TCAG--ATATTA----CTGATTATCACCACAGCCGTGCTACGT----G----CTGTGTGGTGGTCGTAAAACAGTTATCCCGTA---CTTAGA-CTCAG-TGGTGTTG-TT-ATTTCTT--AA-T---T-CTTGGAGTTATGGA-----GAAC-ATTCAGTGTTGCTTGAAAGTGGAGTATG--GGGTGTTGC-TTTTTTA-TAAACAT
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gi|11 : AG--ATATGA----TTGACTACCATAACAGCAGTC---------------------------CGTATAA-ACTCACACCTCAATTCTTTGA-CTCAG-TGATATGA-TT-ATTTCTG--AT-T---C-TTTTGAGTCATGGA-----ACTC-AGTCA
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gi|14 : agttGTCGCCAAGTA---CTTTGA-CTCAG-TATTGTTA-TT-ATT-CGG--AT-T---C-CTCGGAATCCTGGA-----GTTC-ATTAAATGTTGCTTGAAAGCAGcagatacgtttttat
gi|15 : ctgttatttctATCCTTCA-A-TCAG--ACATGA----TTTACTGTCACAAAAATAGTGTCACGT----G----ATGTGTAAAGGCTGTAAAT-AGTCGTACCGGA---ATTTG
gi|16 : GTTCCGTGTTTCCAAGA-GATATTTGTT----TCAG--ATATAA----TTGACTATTACATCAGTAGTCTTAAGT----G----CTTTGT
gi|17 : tcttctattTGGGCAGTGGCAGTAAAA-AGTTTCCCCGTA---CTTGCA-CTCAG-TGCTGTTT-TC-ATTGCTT--GT-C---C-TTCAGAGTCGCGGcg
gi|18 : aagtctCCGTA---CGTTGA-CTCGG-TGTTG----TT-ATTTCTA--GT-T---CATTTGGAATATTATA-----GCAC-AATCAGTATTACACGAAAGGAGAATAT
gi|19 : G-TGTTGTCA-TA-GTTTCTG--AT-T---T-CTTGAAATCATAGA-----GCTC-ATTTACGGTTGTGCGGGCATAAAATA
gi|2 : taacacatTTGA-A-TCAG--TTACTAACCATTGATTATCACAACTGCCATCTAACGT----G----TTGTGTGGTAACCGTAAAA---TCACCACGTA---CTTTGATCTGAG-TAA---TA-TG-ACTTCTG--ATAT---C---TAAACTCACTGACAAAGACTTGATTCAGCCATGCTT-AAGGT----TTTGAAGGGTGTTGCATATTTCATTAAACGTccgg
gi|20 : aaataaacagaATCCTTTA-A-TCGG--ATGGTC----CTGATTTTCACAATGACGGTCGTATGT----G----TGACATGGTGGCTGTACAA-AGTCACCCtatgactcagcaaaatatcgagt
gi|21 : AG--ATGTTA----TTGATTATCACACCAGCAGTCTAACGT----G----TTTTAAGGTGGCCGTAATA-ACTCACagca
gi|22 : TTGTTTTCTACATTTTG--G-CT-TCAGTG-TGTGCTGC-----CA-GT-GA-ATCCATTT-A-TCAA--ATATTA----TTGACTATCACAACAGCgctcagatggtattg
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gi|24 : GT----G----TTGTGTGATGGCCGTATAG-AATCATCTAGTA---CTTAAA-CTCAG-T
gi|25 : attaacccctcatacgtgcttGA-CTCAA-TGATGTTA-TA-ATTTCTG--AG-T---C-TTTGGCATTATGGA-----GCTC-ATTCAGTGTT
gi|26 : -AGCTACCCCGTA---TTTAGA-CTGAG-TGGTGTCA-TC-AATTCTGC-AT-T---C-
gi|3 : aaagcacAGTGTGTTGTTTTCTA--TTTTGTTG-TTGTTGGTA-----TTGTGTTTCCA-GC--ATATTCTTTA---TCAG--ATAGTA----TTGACTATCACAACAACTGTCGTCCGT----G----TCGTGTGAAGGCTGT-AGA-AGACGCCCTGCA---ATTTTA-CTTAG-TGTTGTTA-TT-ATAGTTGGTAT-T---T-TTT--------GGA-----GCTC-ATTTCGTGT--CT--AAAATAGAATA
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gi|6 : actttttataagatgatatgtacgaatacaacaccagaTTTA-A-CC-------TTA----TTGGATATTACATAAGCAAGTTGACGT----G----CTGTGTGGAAGCCGTGAA---GTCACTTTGTA---CTTTGA-CTTA--TG-TGTTA-TT-AGTTCTG--AG-T---T-CTTAGCACCATAGA-----GCTC-ATTTATTGTTGTTCTGGAGTAGAATA
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): AATGGCACGAACGGTGTTGCATGTTTACGACATGAACAGCTTCAGTAAAACCTGCCTGTGTTTTATTGATTGCCCCCTGTGCTTCAAATAGTTACTTTTATAATATAAATCCATTATGTGATCACGTGAAGGTTAACAT
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