lowQualScore : 11111111 111111111111111111 11111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111 1111111111111111111111 111111111111111111
lowQualScore : 22222 11 111 11 9999999999999999999999 1 1 1 1 44444444 1 1 1 1 1 22 1 4 2222 1111 2222222 11 1 55555555555555 1 333333 1 1 222222 222222222222222222 11 77777777 4444444444 444444444 666666666666666 555555 66666666666666666 1 1 1 111 1 1 1 1 1 1 1 11111111 1 11 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11 3333333 111 1111 11111 11 22222222 111111 333333 1 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 33333333 88888888888888888888888888888888888888888 11 1 111 1 111111 11 333333 5555555555 333333 111 1111 1111 1 444444444 11 1 44 22222222222222222 1 777 1 1 44 1 444444444444444 1 1 222 1 22 111 44 222 222 6666666666666666666666 222222 22 1 444 222 4 1 1 22 1 444444444444444444
lowQualScore : 6 11 2 0 0 00000 11 777 2 6 2 44 4 6 9999999999999999999999 7 5 7 6 5 66666666 2 0 3 5 5 7 6 5 11 7 0 0 9 0 0000 6 2 0 0000 77 3 1111111 33 4 0 99 3 0 6 88888888888888 3 4 2 3 444444 5 7 6 2 555555 4 6 000000000000000000 3 4 88 3 22222222 1111111111 3 2 66 4 55 777777777 777777777777777 777777 4 3 88888888888888888 5 2 7 2 2 7 444 6 7 5 7 5 7 7 6 5 22222222 6 7 6 6 6 6 4 4 4 6 3 11 0 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 4444444 000 5 5 0000 33 4 5 0 1 0 11111 999 22 22 77777777 333333 222222 1 6 0 6 1 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 777777 888 1 7 6 2 55555555 66666666666666666666666666666666666666666 0 44 6 5 8 777 0 666666 00 4 888888 2222222222 0 3 222222 4 2 6 333 7777 4444 0 3 0 6 6 999999999 6 44 0 66 11111111111111111 6 7 000 7 5 66 6 7 6 444444444444444 6 7 5 333 7 11 6 888 66 333 777 6 6666666666666666666666 777777 33 6 5 6 888 333 0 7 5 6 11 5 444444444444444444 6
lowQualScore : . .. . . . ..... .. ... . . . .. . . ...................... . . . . . ........ . . . . . . . . .. . . . . . .... . . . .... .. . ....... .. . . .. . . . .............. . . . . ...... . . . . ...... . . .................. . . .. . ........ .......... . . .. . .. ......... ............... ...... . . ................. . . . . . . ... . . . . . . . . . ........ . . . . . . . . . . . .. . . .......................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ....... ... . . .... .. . . . . . ..... ... .. .. ........ ...... ...... . . . . . . .................................................................................... . ...... ... . . . . ........ ......................................... . .. . . . ... . ...... .. . ...... .......... . . ...... . . . ... .... .... . . . . . ......... . .. . .. ................. . . ... . . .. . . . ............... . . . ... . .. . ... .. ... ... . ...................... ...... .. . . . ... ... . . . . .. . .................. .
lowQualScore : 0 77 5 8 6 22222 22 555 0 0 5 55 0 0 5555555555555555555555 0 0 0 0 0 00000000 5 5 0 0 0 0 0 0 00 0 0 7 0 8 4444 2 8 8 5555 77 2 7777777 88 5 0 55 2 2 0 88888888888888 2 5 5 2 111111 0 0 0 5 555555 0 0 000000000000000000 0 0 00 0 55555555 5555555555 0 5 55 0 00 555555555 555555555555555 555555 0 0 55555555555555555 5 5 0 5 5 0 555 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 00 8 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 77 7777777 000 7 7 6666 88 0 0 7 1 7 11111 888 22 66 44444444 111111 999999 9 7 5 7 7 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 7 777777 888 4 5 7 5 88888888 77777777777777777777777777777777777777777 7 33 7 0 8 888 0 888888 55 0 555555 7777777777 2 2 444444 8 0 8 555 8888 5555 0 2 2 7 7 000000000 0 00 5 00 00000000000000000 0 0 000 0 0 00 0 0 0 000000000000000 0 0 0 000 0 00 0 000 00 000 000 0 0000000000000000000000 000000 00 0 0 0 000 000 0 0 0 0 00 0 000000000000000000 0
consensus : CAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAAC----GGCCCAACGGAT---TTTTAAAACGTTTACGTAGTAATGATGACCGACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTNTCCCTNNGGTTAAANATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATGTTTATCTTA----TTTTTTTTTAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGATTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTACAATATTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCANATTTGTTCATATTTNGCACAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGGCCAN---TTAAACTGAAACTTCACANGGATGTTTCTATTGCATAGGAGAC--TATACAGAAGATTTTTT-------TTTT--TCCA-TCTGAAATTCAAGATGGCCGCC--------------GTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTT-TC--CTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTNTCCCTNNGGTTAAANATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTTATTTTTTNTTTTCTNAATGGAANTGGTATGTCAGATTTGCCCATANTCGNCACNGAANCATCGCTNNGTGNAGGGNNTTCAGATTTNNGAAGATGACTGGGTTTCACTGGNTTAAGGGGCCAGGATTTATAGGGGCCCCGNAAGGGNACTTAGATATTTAAATTGNGAATTANCAAATTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCANATTTGTTCATATTTNGCACAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGGCCANTTAAACTGAAACTTCACANGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACNATACAGAAGAT--TTTTTTTTTCGATCTGAAATTCAAGATGGCCG------CCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAAATAATATCGTCCGCTA---GTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGACTCTTATTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCAATT---TTAA--ATT---ACTTCACANGGATGNTTCTA-----TAGGNGACCCTNTACC-AAG-------T-TTNTTCAAG--ATTT-CGATTCGTCAAAA---AAGATGGCCGCCAG-G--CGN---TAAA-----ATAA----GTTTA-ATNAGT--AAAAA------CTT---A-AAA-AAT----CTTCTTGTCA-GAAACCACCGGCCCGA-----TTTT-AAAAT--AACTTCAC--A--AATGT----TCCT------TGGGTGACCCTNTACC-AAGT-TTGTTCAA-CCGTTT-TGATCGATC--AAAT--AAACATGGCCGCCA-GGGG-C-G---GGC--------AGTTTACTATA-------TAAGATAAAGTA-AAAACTT---AAAAAATCTTCTTGTCA-GAAACCACTGGCTCG--AT---TTTAAAATAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGG-GATCCTT-----------TA------CCAAGTTTGTTCAAACCGTNTTGATTCGTCAAAAAACATGGCCGCCA-G-NGGTTGGGGTTAGTTNACTA---TATAA----GCT---ATAGTAAAAACTTAAAAAAACNTC-TTGTCAGAAACCACTGGNTCAATTTTAAAAC---AATTTCGCAG-AAATGTTCCTTGGGTGACCCTT----NA--NCAAGTTTGTTCAAACCGTNNTGATTNGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
Reference ( gi|1 ) : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAAC----GGCCCAACAGAT---TTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTT-TTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTA-A------AAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTT-CATCTGTTCTGAAACCACTAGGCCAG---TTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGAC--TATACCGAAGATTTTTT-------TTTT--TTTA-TCTGAAATTCAAGATGGCTGCC--------------GTTACTAAAAACAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCTTCTCATGAACGGCCCAACACATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTTTAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTACATAGGGTTAAAAATGACCCTGCCCTGAGAGTTCAATTAGGGGACACATGTCAATATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-TTTGTTACCAAATCATTGTTAGGTGAAGGAGGTTAGGATTTTTAAAAATGACTGGGTTTCTCTGTATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AA-ATTT------GAAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTACATATTTGATATAAATTATTCCTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTCAAATATAAAGGGGTCCTGTAAGGGGACTTCGAATTTT---CAG--ATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTTTTTTCATTTATTCTAAAACCACTAAGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAAAAGAT--TTATTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGC-----ATAGT--AGAATTTCAAAAAGTGCTATGG-CCACTACAAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGGCCCTCTTGGGCCTCTTGTTCTAACAACTTCTCCTCTGAAACTACTGGGCCAATT---TTGAT-ATT---ACTTCACAGAAATGATCCT------TCGGTGACCCTCTACC-AAG-------T-TTGTTCAAGCCATCT-TGATTCGTCAAAA---AACATGGCTGCCAG-G--TGG---TGAA-----GCAA----GTTTA-ATTAGT--AAAAT------CTT---A-AAA-AAT----CTTCTTGTCA-GAAACTACCGGCTCGA-----TTTT-AAAAT--AATTTCAC--A--AATGT----TCCT------TGGGTGACCCTCTACC-AAGT-TTGTTCAAGCCATCT-TGATTGGTC--AAA---AAA-ATGGCAGCCA-GGGGTTTG---GGT-------TAGTTTACTATA-------TAAGATAAAGTA-AAAACTT---AAAAAATCTTCTTGCCA-GAAACTACTGGCTCG--AG---TTTAAAATAATTTCACAG-----------------TCCTC-----------TA------CCAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTGGTAAAACAACATGGCAGCCA-G-CGGCTGGGGTTAGTTTACTA---TATAA----GCT---ATAGTAAAAACTTAAAAAAATGCT-TTATCAGAAACCACCAGATCAATTTTAAAAC---AATTCTGCAG-AAATGTTCCTTGGGTGACCCGT----AA--CCAAGTTTGTTCAAGCCGTTGTGATTTGTTAAAAAAACATGACTGTCACAGTTA-AGTGCTAGTTTACTATATAGGCAGCTTTAGTAAAAACTTCAAAAG-CCTCTTGTCAGAATCTACTGACCTGATTTCGATGAAATTTCACTGACATTTACCATGGGTGAATCTCTACCAAGTTTGAG-CTGTTCTACCCATCTGTTACATCTTCAAAACAAATAAAAATTCTAACTACTTGCCCATCTTGTTTTTCTGGAATTTTAAATGTACATGTATTCTATAATCTACTTTAGTTGGGTGACTCAAGGTCAGTCAGGTGAGCAATATAGGGCCATCTTAGCCCTCTTGTTTAGCGATGTTGACAGCGGGTTCTGTAGCACCTGATATCTTTT-----TGAAATTTGACTGATTCATTTATTCAAACCAAATTTACATACATACAAATCAGTTTTAGAATAAATA-TAGATTAGAACGGAAGATAAAATGATATAAAGTTCTTCTCCATGA-ATAT-----ATATT---ATTATGTT
gi|3 : CAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTACTCATGAAC----AGCCCAACAGAT---TTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTT-----TTTTTTTTTAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGATTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTACAATATTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTA
gi|2 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagcactttctctgaaaccactaggttaattaaactgaaacttcacattggtgtttctattgcataggagactatacagaattttttttttcgatcgtaaattCAAAATGGCCACTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAAT----GGCCCAACAGAT---TTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATC------ATGTTT-TCTTA
gi|4 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA---TCTTCTCATGAAC----GGCCC-ACAGagaactggtatgtcagatttgttcatatttggcataaattatccctatgtgtaggggtttgattgaagataagaattaaggggctaaaatttataggggccctgtaaggggacttagaattttaaatagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|5 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattATAGTA-AAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAA--------CCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGtgttt
gi|5 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACTACTGGCTC----GTT---TTTTAAAttccttgggtgaccctttaccaagtccaagtttgttcaaaccatcttgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|2 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaTGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCAT---TTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGAC--AATACAGAAGATTTTTT-------TTtaatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaaccactggatcaattttaaaacaatttcgcagaaatgttccttgggtgaccctttaccaagtccaagtttgttcaaaccatcttgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|5 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcaATCTTGTCAGAAACTACT-GGCTCGATTTTAAAAT--AATTTCACAGAAATGATCCT------TGGGTGACCCTGTACC-AAG-TTTGTTCAAGCCATTTTGATTCA-TC-AAAA---AACATGGCCGCCAGGCGGCAGGGCAAGTT--TAATAA--GTA-AAAACTTAAAAAATCTTCTTGTC
gi|4 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaTTTATTCTGAAACCACTAGACCAT---TTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGAC--AATACAGAAGATTTTTT-------TTTagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaaccactggatcaattttaaaacaatttcgcagaaatgttccttgggtgaccctttaccaagtccaagtttgttcaaaccatcttgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|3 : TCTGAAACCACTAGGTTAA---TTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGAC--TATACAGAA---TTTTT-------TTTT--TCGA-TCGTAAATTCAAGATGGCCGCC--------------ATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTACTC-----ATGAACAGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTTTTTTTTTTTAAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-ATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGATTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AATATTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTAatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|2 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagcactttcCTGAAACCACTAGGCCAA---TTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGAC--TATACAGAAGATTGTTT-------TTTT--TTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACT--------------GTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTT-----CTCATGAATGGCCCAACAGATTTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATCA-----------------TGTTTTCTTAA--GAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCA-TAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTT--GA---TTGAAGATAA------------GAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGA-ATTT------TAAA-TAGCAA
gi|4 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaGCATGTGACAC--T-TAGCAGTGACATTTC-------TTGT--TCTA-TTTGAAATTCAAGATGGCCGCC--------------ATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA--------TCTTCTCATGAACGGCCCAtactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|2 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttggggTGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGAT--TT-TTTTTcagtgttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcaCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGA--AT--TTTTTTTTTCGATCGTAAATTCAAGATGGCCG------CCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA
gi|4 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagTTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGAT--TT-TTTTTTtcttctactcatgaacagcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccgactatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctaaggttaaatatgaccctgcctcgagggttcaattaggggacacatgtcataatatttatttttttttttttaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggacgttcagatttgaaaaaatgactgggtttcactggcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaatatttaaattgggaattactaaattcgttttcttaagaacccgtatgttacatttgttcatattttgcacaaatta
gi|2 : CTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATTGTTTTTTTTTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACTGTTACTA-AAA-----ATAGTCCAAAACTTAAAAAAatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|4 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaAT--TT-CTTGTTCTATTTGAAATTCAAGATGGCCG------CCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAAtcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatgttttcttaagaactggtatgtcagatttgttcatatttggcataaattatccctatgtgtaggggtttgattgaagataagaattaaggggctaaaatttataggggccctgtaaggggacttagaattttaaatagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|6 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacTAGT--TAAATTT---AAAATAATATCGTCCGCTA---GTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGATTCTTATTTTAA-AACTTCTCGTCTGAAAACACTGAACC-ATT---TCCATGGTT---ACTT-------ATTACTCTA-----TTG--GA-CCTCTGCC-AAA--------------CAAG--A----TGGTT-GTCAA----------GGCT--CAG-A--CAATTTTTAC-----ATAG----GTTTA-TACAGT--GAAACCAAGGGCTT---ATAAACAATAGAAGTCCTTG-CT-GAAACCACCGACTCAA-----TTTT-AATAA--AACTT----------TGT----ATCC------TGAGTGtcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|2 : CTCTTATTCTTTCCATTTAT--TCTGAAACCACTAGACCA--T---TTAA--ACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCT------gtgcagtttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatgttttcttaagaactggtatgtcagatttgttcatatttggcataaattatccctatgtgtaggggtttgattgaagataagaattaaggggctaaaatttataggggccctgtaaggggacttagaattttaaatagcaatactatgggaaaacagaaaattTAGCAGCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGA--A-----ACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGAC--TATACA-GAA-------T-TTTTTT------TTT-CGAT-CGT--AAATTCAAGATGGCCGCCAT----TAC---TAAA-----------------A-AT-AGTCCAAAA-------CTT---A-AAA-AAT----CTTCTACTCA-TGAACAGCCCAACAGA-----TTTTCAAAAT--attgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|7 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgtAATGACTGCTCATCTGAAATCACTGAACC-ATT---TT--T-ATT---TTTTGAT--AAATTA-CCT------T-AGTAACCCTTTACC--TG-------TGTTGTT----TTATTTCTGAGT-GTCAAAC---AAGATGGCCGCCTGTGCTTGG---CAAATTTATATAATTTTGTTTATATAAGG--AAAAT-------TT---A-AAA-AAA----AATC---TCA-AAATCCATCAACTCAA-----TTC---GAAT--A---------A--AATGTAGTACACT------TAGGT--CCCGTTATC-AGGT-Tgtttatgtagtaatgatgaccgactatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctaaggttaaatatgaccctgcctcgagggttcaattaggggacacatgtcataatatttatttttttttttttaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggacgttcagatttgaaaaaatgactgggtttcactggcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaatatttaaattgggaattactaaattcgttttcttaagaacccgtatgttacatttgttcatattttgcacaaatta
gi|5 : TCTTGTCAGAAACTACTGGCTCGATT---TTAAA-ATA---ATTTCACAGAAATGATCCT------TGGGTGACCCTGTACC-AAG-------T-TTGTTCAAGCCATTT-TGATTCATCAAAA---AACATGGCCGCCAG-G--CGG---CAGG-----GCAA----GTTTA-ATAAGT--AAAAA------CTT---A-AAA-AAT----CTTCTTGTCA-GAAACTACTGGCTCGT-----TTTT-TAAAT--AATTTCACAGA--AATGT----TCCT------TGGAGGATCCTTCAAC-AAGT-TTGTTCAAACCGTAG-TGATTCGTC--AAA---AAACATG---GCCATGGGGATGG---GGT-------TAGTTAACTATA-------TAAGCTATAGTA-AAAACTT---AAAAAATCTTCTTGTCA-GAAACCACTGGATCA--AT---TTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTT-----------TACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTTGATTGGTCAAAAAACATGGGGGCAA-G-GGGTAGGGATTAGTTAACTACCGTATA
gi|4 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaaTCTGAAACCACTAGACCA--T---TTAA--ACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCT------ttcccttataaacacccccaa
gi|2 : tttatCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGA--A-----ACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGAC--TATACAGAAGATTGTTTT-TTTTTCAA----TCT-GAAAT--TCAAAA-------TGGCCAC-------TGT---T--A-----CTAA--------A-AATAGTCCAAAA-------CTT---A-AAA-AAT----CTTCTTCTCATGAA-----TGGCCCAACAGATTTTT-AAAAT--attgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|5 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaTAGT--AAAAA------CTTTAAA-AAA-AAT----CTT---GTCA-GAAACTACTGGCTCGA-----TTTT-AAAAT--AATTTCAC--AGAAATGA----TCCT------TGGGTGACCCTGTACC-AAGT-TTGTTCAAGCCATTT-TGATTCATC--AAA---AAACATGGCCGCCA-GGCGGCAG---GGC-------AAGTTTA----------------ATAA-GTA-AAAACTT---AAAAAATCTTCTTGTCA-GAAACTACTGGCTCG--TT---TTTTAAATAATTTCACAGAAATGTTCCTTGGAGGATCCTT-----------CA------ACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTCAAAAAACATG---GCCATG-GGGATGGGGTTAGTTAACTA---TATAA----GCT---ATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTC-TTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAAC---AATTTCGCAG-AAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTTGATTGGTC-AAAAAACATGgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatgttttcttaagaactggtatgtcagatttgttcatatttggcataaattatccctatgtgtaggggtttgattgaagataagaattaaggggctaaaatttataggggccctgtaaggggacttagaattttaaatagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|19 : gggggaatgggataagctaAGT--AATAA------CTT---A-AAA-AAT----GTTCTTGTCA-GAAACCACggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : ----CTGCTCATCT-GAAATCACTGAACCAT-----TTTT-A---T--TTTTTGAT--A--AAT-T----ACCT------TAG-TAACCCTTTACC-T-GTGTTGTTT----TATTTCTGAGTG-TC--AAAC--AAG-ATGGCCGCCT-GTGCTT-----GGC-------AAATTTA-TATAATTTTGTTTATATAAGG---AAAATTT---AAAAAA
gi|3 : aatgaTTCTCT-GAAACCACTAGGTTAA-----TT---AAACTGAAACTTCAC--ATTGGTGT----TTCTATTGCATAGGAGAC--TATACA-GAAT-TTTTTT------TTT-CGATCG--T--AAATTCAAG-ATGGCCGCCA--------------------------TTACTA----------AAAATA--GTCCAAAACTT---AAAAAATCTTCTaaatctcaaaatccatcaactcaattcgaataaaatgtagtacacttaggtcccgttatcaggtt
gi|2 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagcact-GAAACCACTAGGCCAA-----TT---AAACTGAAACTTCAC--ATGAATGT----TTCTATTGCATAGGAGAC--TATACAGAAGA-TTGTT-------TTT-TTTTCAATCTGAAATTCAAA-ATGGC---CA------CTG-----------------TTACTA----------AAAATA--GTCCAAAACTT---AAAAAATCTTCTTCTCATGAA-----TGGCCCAACAGATTTTTAAAATactcatgaacagcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccgactatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctaaggttaaatatgaccctgcctcgagggttcaattaggggacacatgtcataatatttatttttttttttttaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggacgttcagatttgaaaaaatgactgggtttcactggcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaatatttaaattgggaattactaaattcgttttcttaagaacccgtatgttacatttgttcatattttgcacaaatta
gi|13 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactTC--AAA---TAATATGGCTGTC--GGGGTTTATCCAGTATGTACATAGTCT--TATA-------TAAGGAAAATTA-AAA-------AAAAAGTCTTC----------ATCACTGATTC---AA---TTTAAAgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatgttttcttaagaactggtatgtcagatttgttcatatttggcataaattatccctatgtgtaggggtttgattgaagataagaattaaggggctaaaatttataggggccctgtaaggggacttagaattttaaatagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|5 : tccgagcaA-------TAAGCTATAGTA-AAAACTTTAAAAAAAATCTT---GTCA-GAAACTACTGGCTCG--AT---TTTAAAATAATTTCACAGAAATGA-----------TCCTTGGGTGACCCTGTA------CCAAGTTTGTTCAAGCCATTTTGATTCATCAAAAAACATGGCCGCCA-GGCGGC-AGGGCAAGTTTA-------ATAA----G---------TAAAAACTTAAAAAATCTTC-TTGTCAGAAACTACTGGCTCGTTTTTTAAAT---AATTTCACAG-AAATGTTCCTTGGAGGATCCTT----CA--ACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTtaga
gi|19 : gggggaatgggAGTA-ATAACTT---AAAAAATGTTCTTGTCA-GAAACCACtgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : GTCAAACAAGATGGCCGCCT-G-TGCTTGGCA--AATTTA------TATAATTTTGTTTATATAAGGAAAATTTAAAAAAAAA----TCTCAAAATCCATCAACTCAATTCGAATAA---AA---TGTAGTACA-----CTTAGGT--CCCGT----TA--TCAGGTT
gi|19 : aatgactgctcatctgaaatcactgaaccatttttattttttgataaattaccttagtaaccctttacctgtgttgttttatttctgagtAGTAATAACTT-AAAAAATGTTCTTGTCAGAAACCAC
gi|2 : AACACT-TTAACTGAAACCACTAGGCCAATT---AAACTGAAACTTCACAT-GAATGTTTCT
gi|8 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcAGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATTattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatgttttcttaagaactggtatgtcagatttgttcatatttggcataaattatccctatgtgtaggggtttgattgaagataagaattaaggggctaaaatttataggggccctgtaaggggacttagaattttaaatagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTCACCCTCGACAGCATTGTTAAAAACTTGACATATTCTATTTCATACGGTAAACTATCATGTCTTCTTTTTATGCTCCCCCCCCTCCCCCCAAAAAAATTAAAAAAAATTGGGATGGCATATAGTAATCTCAGCGTCTGTTCGTACGTCT
Unaligned ( gi|10 ): CATATCCCAGTAACTACAAGCCATACATCAATGAAACAGCATAGGTGCCTTCAGTTTAATTAAGGGGACTTTACTGTACAAATGATAACTGTTGTTTTTAATTTAGAAAGCATTATGTCTTCTTTTACGCTTGAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAGCAAGTTCTTTACGTCTGATACTTCGGTAATTACTGGTCATGTGCACCATTGAAACTCCGCACTTATTCTCCACTATTCTGGGCACACTCAAAGGCAAGTGGGATAACTCTATTTTGTGTATAGCCAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAAATCACTGAACCATTTCATTGAGATTTTGTTAAATTGATAGCCTGAATGGTGTACCTCTATTCAGATTGTGTTTTTTTAGGTCCTCTGAGTATAAGACAAGATGGCCAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGTTTTAGAGATACTCATAACTCAGTAGCCACTACCTGTACATCAATGAAACTTTATTTGTGTTTTCACTTCTGTGAAAGGGATCAAAGAGGCCAA
Unaligned ( gi|15 ): ACACATGAATATAGTCACTCAGTATATTATTACATTCAAAGGCCACATTAGAGGCATTTGCCACTTAAAAGTAACATTTCGTGTTTATT
Unaligned ( gi|16 ): CCCTAAAAAAGGCATATAGTAATCGCATCCTCCGTCCGTCTGCCCGCTTGTCCGTCCTTCTGTCTGGTATTTTGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CCAAACAAGATGGCCACAAGGGCTCGAACAATTTTTACATAGATTTATACATTG
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATGCCCTCAGAAAATGTTTTTGGGTGGCTAATAGTAATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 99999999999999999 1 1 1 1 44444444 1 1 1 1 22 1 4 1 1 1 555555 4444444444444 77777777 22 11 1111 555555 5555555 222 11 1 8888888888888888888888888 333 1 333 22 333 11 444444444444444444444444444444 222222 111111 4444444444 2 1 6666666666666666666666666666 1111 3333333 1 1 33333 4444444444444444444 4 55555 1 77777777 333 222 99999999999999999 1 3333333 1 4444444444 11 2 333 1 333 1 1 22222 22 2 1 1 22222 222
lowQualScore : 6 6 6 6 6 6 22 6 1 22 1 22 77777777777777777 7 5 7 6 5 66666666 6 1 1 6 5 5 7 6 5 11 7 0 1 1 1 1 6 0 0 2 444444 3 0 0 1 22 1 0 0 0000000000000 1 0 1 7 1 0 11111111 0 11 0 1 888 1 0 0 22 1 222 99 9999 0 6 7 44 0 888888 11 1 5555555 33 77 4 1 1 0 4 3 4 3 4 4 3 111 88 4 0 1 1 0 1 5 9999999999999999999999999 6 6 3 555 3 5 3 555 77 3 2 555 3 22 0 0 4 444444444444444444444444444444 77 1 888888 111111 1111111111 1 99999 2 6666666666666666666666666666 3333 3 0000000 0 0 00000 3 3 0 6 0 7 3333333333333333333 99 44 0 6 6 6 6 33333 5 77777777 3 4 555 111 6 3 6 00000000000000000 0 44 0 7 3 2222222 1 5 4444444444 3 44 11 7 1 7 3 3 1 1 22 1 0 555 55 5 2 4 555 4 3 5 4 3 555 4 3 2 4 4 2 5 4 3 2 66666 4 4 4 2 77 4 4 4 2 4 0 4 2 5 4 3 3 3 5 66666 111
lowQualScore : . . . . . . .. . . .. . .. ................. . . . . . ........ . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . ...... . . . . .. . . . ............. . . . . . . ........ . .. . . ... . . . .. . ... .. .... . . . .. . ...... .. . ....... .. .. . . . . . . . . . . . ... .. . . . . . . . ......................... . . . ... . . . ... .. . . ... . .. . . . .............................. .. . ...... ...... .......... . ..... . ............................ .... . ....... . . ..... . . . . . . ................... .. .. . . . . . ..... . ........ . . ... ... . . . ................. . .. . . . ....... . . .......... . .. .. . . . . . . . .. . . ... .. . . . ... . . . . . ... . . . . . . . . . . ..... . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..... ...
lowQualScore : 0 0 0 0 0 0 00 0 0 00 0 00 00000000000000000 0 0 0 0 0 00000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0 5 0 0 0 7 0 5 5 888888 2 7 7 0 00 0 7 7 3333333333333 0 7 0 3 0 7 77777777 7 33 7 0 333 0 7 7 00 0 777 00 3333 7 7 7 77 7 777777 77 0 7777777 55 00 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 555 00 0 7 0 0 7 0 0 0000000000000000000000000 0 0 0 000 0 0 0 000 55 0 5 000 0 77 2 2 0 000000000000000000000000000000 55 0 888888 888888 0000000000 2 00000 8 2222222222222222222222222222 7777 2 0000000 0 0 00000 2 2 7 0 7 3 3333333333333333333 77 00 0 0 0 0 0 00000 0 00000000 0 0 000 000 0 0 0 00000000000000000 5 00 7 7 7 3333333 0 0 7777777777 7 77 00 3 0 3 0 0 0 0 00 0 0 000 00 5 5 0 000 0 0 5 0 0 000 0 0 5 0 0 5 5 0 0 5 00000 0 0 0 5 55 0 0 0 5 0 0 0 5 5 0 0 0 0 0 55555 000
consensus : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTA----A---AAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTT-CACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTT-----CTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-GGATTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---GA--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGC-----ATAGT--AGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAA-GTTTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--G---GTA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAA-AAA-ATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCAG--G-CGGGGTTAGTTTA-TATATA---AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
Reference ( family-1306 ) : CAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACGGATTTTTAAAACGTTTACGTAGTAATGATGACCGACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTNTCCCTNNGGTTAAANATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCAT---AATGTTTATCT---TATTTTTTTTTAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGATTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTACAATATTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCANATTTGTTCATATTTNGCACAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGGCCANTTAAACTGAAACTTCACANGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCCATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTT---TCCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTNTCCCTNNGGTTAAANATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTTATTTTTTNTTTTCTNAATGGAANTGGTATGTCAGATTTGCCCATANTCGNCACNGAANCATCGCTNNGTGNAGGGNNTTCAGATTTNNGAAGATGACTGGGTTTCACTGGNTTAAGGGGCCAGGATTTATAGGGGCCCCGNAAGGGNACTTAGATATTTAAATTGNGAATTANCAAATTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCANATTTGTTCATATTTNGCACAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGGCCANTTAAACTGAAACTTCACANGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACNATACAGAAGATTTTTTTTTTCGATCTGAAATTCAAGATGGCCG------CCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAA---AAAATAATATCGTCCGCT---AGTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGACTCTTATTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCAATTTT-A-A-ATTACTTCACANGGATGNTTCTATAGGNGACCCTNTA------CCAA-GTTTNTTCAAG--ATTTC-GATTCGTCAAAAAAGATGGCCGCCAG-GC--G---NTA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTAAAA------ACTTA-AAA-AAT----CTTCTTGTCAGAAACCACCGGCCCGATTTTAAAATAACTTCACAAATGT----TCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAA-CCGTTTTGATCGATCAAATAAACATGGCCGCCAGGGG--CGGG-CAGTTTACTATATAAGATAAAGTAAAAACTT---AAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGCTCGATTTTAAAATAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGG-GATCCTTTACCAAGTTTGTTCAAACCGTNTTGATTCGTCAAAAAACATGGCCGCCAGNGGTTGGGGTTAGTTNACTATATA---AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACNTCTTGTCAGAAACCACTGGNTCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTNANCAAGTTTGTTCAAACCGTNNTGATTNGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
gi|1 : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTA----A---AAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTT-CATCTGTTCTGAAACCACTAGGCCAGTTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACCGAAGATT-TTTTTTTTTTTATCTGAAATTCAAGATGGCTGCCGTTACTAAAAACAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCTTCTCATGAACGGCCCAACACATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTTTAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTACATAGGGTTAAAAATGACCCTGCCCTGAGAGTTCAATTAGGGGACACATGTCAATATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-TTTGTTACCAAATCATTGTTAGGTGAAGGAGGTTAGGATTTTTAAAAATGACTGGGTTTCTCTGTATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC----------AAATTTGAAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTACATATTTGATATAAATTATTCCTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTCAAATATAAAGGGGTCCTGTAAGGGGACTTCGAATTTT---CAG--ATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTTTTTTCATTTATTCTAAAACCACTAAGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAAAAGATTTATTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGC-----ATAGT--AGAATTTCAA---AAAGTGCTAT-GGCCACTACAAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGGCCCTCTTGGGCCTCTTGTTCTAACAACTTCTCCTCTGAAACTACTGGGCCAATTTT-G-ATATTACTTCACAGAAATGATCCT-TCGGTGACCCTCTA------CCAA-GTTTGTTCAAGCCATCTT-GATTCGTCAAAAAACATGGCTGCCAG-GT--G---GTG-AA-----GCAA----GTTTA-ATTAGTAAAA------TCTTA-AAA-AAT----CTTCTTGTCAGAAACTACCGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAAATGT----TCCTTGGGTGACCCTCTACCAAGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAA-AAA-ATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGATAAAGTAAAAACTT---AAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGAGTTTAAAATAATTTCACAG-----------------TCCTCTACCAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTGGTAAAACAACATGGCAGCCAGCGGCTGGGGTTAGTTTACTATATA---AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAATGCTTTATCAGAAACCACCAGATCAATTTTAAAACAATTCTGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCGTAACCAAGTTTGTTCAAGCCGTTGTGATTTGTTAAAAAAACATGACTGTCACAGTTA-AGTGCTAGTTTACTATATAGGCAGCTTTAGTAAAAACTTCAAAAG-CCTCTTGTCAGAATCTACTGACCTGATTTCGATGAAATTTCACTGACATTTACCATGGGTGAATCTCTACCAAGTTTGAG-CTGTTCTACCCATCT
gi|1 : AGCACCTGATATCTTTT-----TGAAATTTGACTGATTCATTTATTCAAACCAAATTTACATACATACAAATCAGTTTTAGAATAAATA-TAGATTAGAACGGAAGATAAAATGATATAAAGTTCTTCTCCATGA-ATAT-----ATATT---ATTATGTTgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtagcacctgatatctttttgaaatttgactgattcatttattcaaaccaaatttacatacatacaaatcagttttagaataaatatagattagaacggaagataaaatgatataaagttcttctccatgaatatatattattatgtt
gi|13 : caaggtggccgctgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaacggcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccagctatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctagggttaaatatgaccccgccctaagggttcaattaggggacacatgtcattataatatttttttatatattttttttaaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggaggttcagatttgtaaaaatgactgggttccactgtcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtaaaaattgggaattactaaatttgttttcttaagaaccggtatgtcaaatttgttcatattttgcataaattatccctatgtgtaggggtttcattgcagataagaatttaggggctaaaatttataggggccttgtaaggggacttagaattttacatagggatactatgggaaaacagaaaattctctttttctttcatctgttctgaaaccactaggccagttaaactgaaacttcacatgggtgtttctattgcataggagactataccgaagatttttttttttttatctgaaattcaagatggctgccgttactaaaaacagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcttctcatgaacggcccaacacattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactttagttttgttagatttgttcaaacggtgtacatagggttaaaaatgaccctgccctgagagttcaattaggggacacatgtcaatataatatttttttttttttttttaatggaaatgattttgcctattttgttaccaaatcattgttaggtgaaggaggttaggatttttaaaaatgactgggtttctctgtattaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaaatttgaaattagtaaaattgttttcttaagaaccggtatgtcagatttgtacatatttgatataaattattcctaagtgtaggggtttgattgcagataagaatttaggggctcaaatataaaggggtcctgtaaggggacttcgaattttcagatactgtgggaaaacagaaaattctcttttttttttcatttattctaaaaccactaagccaattaaactgaaacttcacatggatgtttctattgcataggagactatacaaaagatttattttttctatctgaaattcaagatggccgatgtttctattgcatagtagaatttcaaaaagtgctatggccactacaagtcagtagagcgtcctcaggccctcttgggcctcttgttctaacaacttctcctctgaaactactgggccaattttgatattacttcacagaaatgatccttcggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattcgtcaaaaaacatggctgccaggtggtgaagcaagtttaattagtaaaatcttaaaaaatcttcttgtcagaaactaccggctcgattttaaaataatttcacaaatgttccttgggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattggtcaaaaaaatggcagccaggggtttgggttagtttactatataagataaagtaaaaacttaaaaaatcttcttgccagaaactactggctcgagtttaaaataatttcacagtcctctaccaagtttgttcaaaccgtagtgattggtaaaacaacatggcagccagcggctggggttagtttactatataagctatagtaaaaacttaaaaaaatgctttatcagaaaccaccagatcaattttaaaacaattctgcagaaatgttccttgggtgacccgtaaccaagtttgttcaagccgttgtgatttgttaaaaaaacatgactgtcacagttaagtgctagtttactatataggcagctttagtaaaaacttcaaaagcctcttgtcagaatctactgacctgatttcgatgaaatttcactgacatttaccatgggtgaatctctaccaagtttgagctgttctacccatctgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtCATCAAATAATATGGCTGTC-------GGGGTTTATCCAGTATGTACATAGTCTTATATAAGGAAAATTAAAAAAAAAGTCT--TC----ATCACTGATTCAA-TTTAAA
gi|19 : tccgagAGTAATA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACtaga
gi|2 : CTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATTGTTTTTTTTTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTT-----CTCATGAATGGCCCAACAGATTTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATCA-----------------TGTTTTCTTAA--GAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCA-TAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTT--GATT---GAAGATAA------------GAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAAT
gi|2 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAA---T-TTTTTTTTTCGATCGTAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCT-----ACTCATGAACAGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTTTTTTTTTTTAAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATA-TCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGATTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AATATTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTA
gi|4 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagTTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTT
gi|4 : -TTTCTTGTTCTATTTGAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTT--------CTCATGAACGGCCC-ACAGatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|5 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacaATAAGCTATAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTT---GTCAGAAACTACTGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTGTACCAAGTTTGTTCAAGCCATTTTGATTCATCAAAAAACATGGCCGCCAGGCGGCAGGGCAAGTTTA----ATA---AG----------TAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACTACTGGCTCGTTTTTTAAATAATTTCACAGAAATGTTCCTTGGAGGATCCTTCAACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTtgttt
gi|5 : gggggaatgggCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAA-A-ACAATTTCGCAGAAATGTTCCT-TGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAA-GTTTGTTCAAACCATCTT-GATTGGTCAAAAAACATGGGGGCAAG-G---G---GTAGGG-----ATTA----GTTtgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|6 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatTTAAATTTAAAATAATATCGTCCGCT---AGTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGATTCTTATTTTAA-AACTTCTCGTCTGAAAACACTGAACCATTTCC-ATG-GTTACTT-------ATTACTCTATTGGA---CCTCTG------CCAA-A------CAAG--AT----GGTT-GTCAA-------GGC--TCAG-AC--AATTTTT-AC-----ATAG----GTTTA-TACAGTGAAACCAAGGGCTTATAAACAATAGAAGTCCTTG-CTGAAACCACCGACTCAATTTTAATAAAACTT------TGT----ATCCTGAGTGaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : tagAATGACTGCTCATCTGAAATCACTGAACCATTTTT-A----TTTTTTGATAA--ATTACCTTA---GTAACCCTTTA------CCTGTGTTGTTTTA-----TTTCTGAGT-GTCAAACAAGATGGCCGCCTGTGCTTG---GCA-AATTTATATAATTTTGTTTATATAAG-GAAA------ATTTA-AAA-AAA----AATC---TCAAAATCCATCAACTCAATTC--GAATA-------AAATGTAGTACACTTAGGT--CCCGTTATCAGGTTgtgcagtttt
gi|8 : AGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTCACCCTCGACAGCATTGTTAAAAACTTGACATATTCTATTTCATACGGTAAACTATCATGTCTTCTTTTTATGCTCCCCCCCCTCCCCCCAAAAAAATTAAAAAAAATTGGGATGGCATATAGTAATCTCAGCGTCTGTTCGTACGTCT
Unaligned ( gi|10 ): CATATCCCAGTAACTACAAGCCATACATCAATGAAACAGCATAGGTGCCTTCAGTTTAATTAAGGGGACTTTACTGTACAAATGATAACTGTTGTTTTTAATTTAGAAAGCATTATGTCTTCTTTTACGCTTGAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAGCAAGTTCTTTACGTCTGATACTTCGGTAATTACTGGTCATGTGCACCATTGAAACTCCGCACTTATTCTCCACTATTCTGGGCACACTCAAAGGCAAGTGGGATAACTCTATTTTGTGTATAGCCAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAAATCACTGAACCATTTCATTGAGATTTTGTTAAATTGATAGCCTGAATGGTGTACCTCTATTCAGATTGTGTTTTTTTAGGTCCTCTGAGTATAAGACAAGATGGCCAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGTTTTAGAGATACTCATAACTCAGTAGCCACTACCTGTACATCAATGAAACTTTATTTGTGTTTTCACTTCTGTGAAAGGGATCAAAGAGGCCAA
Unaligned ( gi|15 ): ACACATGAATATAGTCACTCAGTATATTATTACATTCAAAGGCCACATTAGAGGCATTTGCCACTTAAAAGTAACATTTCGTGTTTATT
Unaligned ( gi|16 ): CCCTAAAAAAGGCATATAGTAATCGCATCCTCCGTCCGTCTGCCCGCTTGTCCGTCCTTCTGTCTGGTATTTTGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CCAAACAAGATGGCCACAAGGGCTCGAACAATTTTTACATAGATTTATACATTG
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATGCCCTCAGAAAATGTTTTTGGGTGGCTAATAGTAATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 1 22222 3333333333333 44444444 11 33333333333 2 333333 777777777 222 11 222 1 222 11 222 11 33333 111 222 222222 11 1111 2 1 5555555555555555555555555555 1111 3333333 1 1 22222 4444444444444444444 222 222 66666666666666666 44444444444 33333 22 333333333 11 1 222 1 222 1 1 22222 11 1 1 1 22222 222
lowQualScore : 1 6 0 1 3 55555 3 0 0 1 0 0 8888888888888 7 88888888 44 0 77 0 7 77777777777 6 6 1 888888 0 111111111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 111 88 1 1 111 1 5 1 111 88 1 1 111 1 22 0 0 1 77777 3 555 2 1 555 2 2 888888 3 33 2 777 7777 0 66 2 2 9999999999999999999999999999 3333 3 0000000 0 0 11111 3 3 0 7 0000000000000000000 99 1 1 1 111 111 1 00000000000000000 1 22 0 1 3 77777777777 33333 00 777777777 3 11 7 0 1 777 1 1 1 1 1 5 111 22 5 1 1 000 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 66666 1 1 1 1 88 1 1 1 1 1 5 1 1 5 1 1 1 1 5 66666 111
lowQualScore : . . . . . ..... . . . . . . ............. . ........ .. . .. . . ........... . . . ...... . ......... . . . . . . . . . . ... .. . . ... . . . ... .. . . ... . .. . . . ..... . ... . . ... . . ...... . .. . ... .... . .. . . ............................ .... . ....... . . ..... . . . . ................... .. . . . ... ... . ................. . .. . . . ........... ..... .. ......... . .. . . . ... . . . . . . ... .. . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..... ...
lowQualScore : 0 7 0 0 2 00000 2 7 7 0 7 7 3333333333333 3 33333333 77 7 77 7 3 33333333333 7 7 0 333333 7 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 555 00 0 0 555 0 0 0 000 55 0 0 000 0 77 2 2 0 88888 2 555 5 0 222 5 5 888888 2 22 5 000 8888 0 22 5 8 2222222222222222222222222222 7777 2 0000000 0 0 55555 2 2 7 3 0000000000000000000 77 0 0 0 555 000 0 00000000000000000 0 00 7 0 7 33333333333 33333 77 777777777 7 00 3 7 0 777 0 0 0 0 0 5 000 00 5 0 0 000 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 00000 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 0 0 55555 000
consensus : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-NGA--TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATATAG-CT---ATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
Reference ( family-1306 ) : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-GGA--TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATATAAGCT---ATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
gi|1 : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCATCTGTTCTGAAACCACTAGGCCAGTTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACCGAAGATT-TTTTTTTTTTTATCTGAAATTCAAGATGGCTGCCGTTACTAAAAACAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCTTCTCATGAACGGCCCAACACATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTTTAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTACATAGGGTTAAAAATGACCCTGCCCTGAGAGTTCAATTAGGGGACACATGTCAATATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-TTTGTTACCAAATCATTGTTAGGTGAAGGAGGTTAGGATTTTT--AAAAATGACTGGGTTTCTCTGTATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC------------AAATTTGAAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTACATATTTGATATAAATTATTCCTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTCAAATATAAAGGGGTCCTGTAAGGGGACTTCGAATTTT---CAG--ATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTTTTTTCATTTATTCTAAAACCACTAAGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAAAAGATTTATTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTCAA---AAAGTGCTAT-GGCCACTACAAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGGCCCTCTTGGGCCTCTTGTTCTAACAACTTCTCCTCTGAAACTACTGGGCCAATTTT-G-ATATTACTTCACAGAAATGATCCT-TCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTT-GATTCGTCAAAAAACATGGCTGCCAG-GT--GG---TG-AA-----GCAA----GTTTA-ATTAGTAAAA------TCTTA-AAA-AAT----CTTCTTGTCAGAAACTACCGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAAATGT----TCCTTGGGTGACCCTCTACCAAGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGATAAAGTAAAAACTT---AAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGAGTTTAAAATAATTTCACAG-----------------TCCTCTACCAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTGGTAAAACAACATGGCAGCCAGCGGCTG---GGGTT-----AGTTTACTATATAAGCT---ATAGTAAAAACTTAAAAAAATGCTTTATCAGAAACCACCAGATCAATTTTAAAACAATTCTGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCGTAACCAAGTTTGTTCAAGCCGTTGTGATTTGTTAAAAAAACATGACTGTCACAGTTA-AGTGCTAGTTTACTATATAGGCAGCTTTAGTAAAAACTTCAAAAG-CCTCTTGTCAGAATCTACTGACCTGATTTCGATGAAATTTCACTGACATTTACCATGGGTGAATCTCTACCAAGTTTGAG-CTGTTCTACCCATCT
gi|1 : AGCACCTGATATCTTTT-----TGAAATTTGACTGATTCATTTATTCAAACCAAATTTACATACATACAAATCAGTTTTAGAATAAAT-ATAGATTAGAACGGAAGATAAAATGATATAAAGTTCTTCTCCATGA-ATAT-----ATATT---ATTATGTTgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtagcacctgatatctttttgaaatttgactgattcatttattcaaaccaaatttacatacatacaaatcagttttagaataaatatagattagaacggaagataaaatgatataaagttcttctccatgaatatatattattatgtt
gi|13 : caaggtggccgctgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaacggcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccagctatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctagggttaaatatgaccccgccctaagggttcaattaggggacacatgtcattataatatttttttatatattttttttaaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggaggttcagatttgtaaaaatgactgggttccactgtcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtaaaaattgggaattactaaatttgttttcttaagaaccggtatgtcaaatttgttcatattttgcataaattatccctatgtgtaggggtttcattgcagataagaatttaggggctaaaatttataggggccttgtaaggggacttagaattttacatagggatactatgggaaaacagaaaattctctttttctttcatctgttctgaaaccactaggccagttaaactgaaacttcacatgggtgtttctattgcataggagactataccgaagatttttttttttttatctgaaattcaagatggctgccgttactaaaaacagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcttctcatgaacggcccaacacattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactttagttttgttagatttgttcaaacggtgtacatagggttaaaaatgaccctgccctgagagttcaattaggggacacatgtcaatataatatttttttttttttttttaatggaaatgattttgcctattttgttaccaaatcattgttaggtgaaggaggttaggatttttaaaaatgactgggtttctctgtattaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaaatttgaaattagtaaaattgttttcttaagaaccggtatgtcagatttgtacatatttgatataaattattcctaagtgtaggggtttgattgcagataagaatttaggggctcaaatataaaggggtcctgtaaggggacttcgaattttcagatactgtgggaaaacagaaaattctcttttttttttcatttattctaaaaccactaagccaattaaactgaaacttcacatggatgtttctattgcataggagactatacaaaagatttattttttctatctgaaattcaagatggccgatgtttctattgcatagtagaatttcaaaaagtgctatggccactacaagtcagtagagcgtcctcaggccctcttgggcctcttgttctaacaacttctcctctgaaactactgggccaattttgatattacttcacagaaatgatccttcggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattcgtcaaaaaacatggctgccaggtggtgaagcaagtttaattagtaaaatcttaaaaaatcttcttgtcagaaactaccggctcgattttaaaataatttcacaaatgttccttgggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattggtcaaaaaaatggcagccaggggtttgggttagtttactatataagataaagtaaaaacttaaaaaatcttcttgccagaaactactggctcgagtttaaaataatttcacagtcctctaccaagtttgttcaaaccgtagtgattggtaaaacaacatggcagccagcggctggggttagtttactatataagctatagtaaaaacttaaaaaaatgctttatcagaaaccaccagatcaattttaaaacaattctgcagaaatgttccttgggtgacccgtaaccaagtttgttcaagccgttgtgatttgttaaaaaaacatgactgtcacagttaagtgctagtttactatataggcagctttagtaaaaacttcaaaagcctcttgtcagaatctactgacctgatttcgatgaaatttcactgacatttaccatgggtgaatctctaccaagtttgagctgttctacccatctgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtCATCAAATAATATGGCTGTC-------G---GGGTTTATCCAGTATG-TACATAGTCTTATATAAGGAAAATTAAAAAAAAAGTCT--TC----ATCACTGATTCAA-TTTAAA
gi|19 : tccgagAGTAATA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACtaga
gi|2 : CTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATTGTTTTTTTTTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAATGGCCCAACAGATTTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATCA-----------------TGTTTTCTTAA--GAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCA-TAAATTATCCCTATGTGTAGG-GGTT-TGA---TT--GAAGATAA------------GAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAG--AATTTTAAAT
gi|2 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAA---T-TTTTTTTTTCGATCGTAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTACTCATGAACAGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTTTTTTTTTTTAAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATA-TCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGA--TTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AATA--TTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTA
gi|4 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagTTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTT
gi|4 : -TTTCTTGTTCTATTTGAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA--------TCTTCTCATGAACGGCCC-ACAGatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|5 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacaATAAGCTATAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTT---GTCAGAAACTACTGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTGTACCAAGTTTGTTCAAGCCATTTTGATTCATCAAAAAACATGGCCGCCA--GGC-GGCAGGGCA-----AGTTTA--ATA-----------AGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACTACTGGCTCGTTTTTTAAATAATTTCACAGAAATGTTCCTTGGAGGATCCTTCAACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTtgttt
gi|5 : gggggaatgggCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAA-A-ACAATTTCGCAGAAATGTTCCT-TGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGT-TTGTTCAAACCATCTT-GATTGGTCAAAAAACATGGGGGCAAG-G---GG---TAGGG-----ATTA----GTTtgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|6 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatTTAAATTTAAAATAATATCGTCCGCTA---GTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGATTCTTATTTTAA-AACTTCTCGTCTGAAAACACTGAACCATTTCC-ATG-GTTACTT-------ATTACTCTATTG--GA-CCTCTG------CCAAA-------CAAG--AT----GGTT-GTCAA-------GGC--TCAG-AC--AATTTTT-AC-----ATAG----GTTTA-TACAGTGAAACCAAGGGCTTATAAACAATAGAAGTCCTTG-CTGAAACCACCGACTCAATTTTAATAAAACTT------TGT----ATCCTGAGTGaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : tagAATGACTGCTCATCTGAAATCACTGAACCATTTTT-----ATT-TTTTG-ATAAATTACCTTA---GTAACCCTTTA------CC-TGTGTTGTT----TTATTTCTGAGT-GTCAAACAAGATGGCCGCCTGTGCTTGG---CA-AATTTATATAATTTTGTTTATATAAG-GAAA------ATTTA-AAA-AAA----AATC---TCAAAATCCATCAACTCAATTC--GAATA-------AAATGTAGTACACTTAGGT--CCCGTTATCAGGTTgtgcagtttt
gi|8 : AGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTCACCCTCGACAGCATTGTTAAAAACTTGACATATTCTATTTCATACGGTAAACTATCATGTCTTCTTTTTATGCTCCCCCCCCTCCCCCCAAAAAAATTAAAAAAAATTGGGATGGCATATAGTAATCTCAGCGTCTGTTCGTACGTCT
Unaligned ( gi|10 ): CATATCCCAGTAACTACAAGCCATACATCAATGAAACAGCATAGGTGCCTTCAGTTTAATTAAGGGGACTTTACTGTACAAATGATAACTGTTGTTTTTAATTTAGAAAGCATTATGTCTTCTTTTACGCTTGAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAGCAAGTTCTTTACGTCTGATACTTCGGTAATTACTGGTCATGTGCACCATTGAAACTCCGCACTTATTCTCCACTATTCTGGGCACACTCAAAGGCAAGTGGGATAACTCTATTTTGTGTATAGCCAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAAATCACTGAACCATTTCATTGAGATTTTGTTAAATTGATAGCCTGAATGGTGTACCTCTATTCAGATTGTGTTTTTTTAGGTCCTCTGAGTATAAGACAAGATGGCCAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGTTTTAGAGATACTCATAACTCAGTAGCCACTACCTGTACATCAATGAAACTTTATTTGTGTTTTCACTTCTGTGAAAGGGATCAAAGAGGCCAA
Unaligned ( gi|15 ): ACACATGAATATAGTCACTCAGTATATTATTACATTCAAAGGCCACATTAGAGGCATTTGCCACTTAAAAGTAACATTTCGTGTTTATT
Unaligned ( gi|16 ): CCCTAAAAAAGGCATATAGTAATCGCATCCTCCGTCCGTCTGCCCGCTTGTCCGTCCTTCTGTCTGGTATTTTGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CCAAACAAGATGGCCACAAGGGCTCGAACAATTTTTACATAGATTTATACATTG
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATGCCCTCAGAAAATGTTTTTGGGTGGCTAATAGTAATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 1 22222 3333333333333 44444444 11 333333333333 2 333333 777777777 222 11 222 1 222 11 222 11 33333 111 222 222222 11 1111 2 1 5555555555555555555555555555 1111 3333333 1 1 22222 4444444444444444444 222 222 66666666666666666 55555555555555555555555555555555555555555 11 1 222 1 222 1 1 22222 11 1 1 1 22222 222
lowQualScore : 1 6 0 1 3 55555 3 0 0 1 0 0 8888888888888 7 88888888 44 0 77 0 7 111111111111 6 6 1 888888 0 111111111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 111 88 1 1 111 1 5 1 111 88 1 1 111 1 22 0 0 1 77777 3 555 2 1 555 2 2 888888 3 33 2 777 7777 0 66 2 2 9999999999999999999999999999 3333 3 0000000 0 0 11111 3 3 0 7 0000000000000000000 99 1 1 1 111 111 1 00000000000000000 1 22 0 1 3 33333333333333333333333333333333333333333 3 11 7 0 1 777 1 1 1 1 1 5 111 22 5 1 1 000 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 66666 1 1 1 1 88 1 1 1 1 1 5 1 1 5 1 1 1 1 5 66666 111
lowQualScore : . . . . . ..... . . . . . . ............. . ........ .. . .. . . ............ . . . ...... . ......... . . . . . . . . . . ... .. . . ... . . . ... .. . . ... . .. . . . ..... . ... . . ... . . ...... . .. . ... .... . .. . . ............................ .... . ....... . . ..... . . . . ................... .. . . . ... ... . ................. . .. . . . ......................................... . .. . . . ... . . . . . . ... .. . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..... ...
lowQualScore : 0 7 0 0 2 00000 2 7 7 0 7 7 3333333333333 3 33333333 77 7 77 7 3 333333333333 7 7 0 333333 7 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 555 00 0 0 555 0 0 0 000 55 0 0 000 0 77 2 2 0 88888 2 555 5 0 222 5 5 888888 2 22 5 000 8888 0 22 5 8 2222222222222222222222222222 7777 2 0000000 0 0 55555 2 2 7 3 0000000000000000000 77 0 0 0 555 000 0 00000000000000000 0 00 7 0 7 77777777777777777777777777777777777777777 7 00 3 7 0 777 0 0 0 0 0 5 000 00 5 0 0 000 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 00000 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 0 0 55555 000
consensus : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
Reference ( family-1306 ) : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-NGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
gi|1 : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCATCTGTTCTGAAACCACTAGGCCAGTTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACCGAAGATT-TTTTTTTTTTTATCTGAAATTCAAGATGGCTGCCGTTACTAAAAACAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCTTCTCATGAACGGCCCAACACATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTTTAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTACATAGGGTTAAAAATGACCCTGCCCTGAGAGTTCAATTAGGGGACACATGTCAATATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-TTTGTTACCAAATCATTGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGGATTTTT--AAAAATGACTGGGTTTCTCTGTATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC------------AAATTTGAAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTACATATTTGATATAAATTATTCCTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTCAAATATAAAGGGGTCCTGTAAGGGGACTTCGAATTTT---CAG--ATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTTTTTTCATTTATTCTAAAACCACTAAGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAAAAGATTTATTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTCAA---AAAGTGCTAT-GGCCACTACAAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGGCCCTCTTGGGCCTCTTGTTCTAACAACTTCTCCTCTGAAACTACTGGGCCAATTTT-G-ATATTACTTCACAGAAATGATCCT-TCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTT-GATTCGTCAAAAAACATGGCTGCCAG-GT--GG---TG-AA-----GCAA----GTTTA-ATTAGTAAAA------TCTTA-AAA-AAT----CTTCTTGTCAGAAACTACCGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAAATGT----TCCTTGGGTGACCCTCTACCAAGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGATAAAGTAAAAACTT---AAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGAGTTTAAAATAATTTCACAG-----------------TCCTCTACCAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTGGTAAAACAACATGGCAGCCAGCGGCTG---GGGTT-----AGTTTACTATATAAGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAATGCTTTATCAGAAACCACCAGATCAATTTTAAAACAATTCTGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCGTAACCAAGTTTGTTCAAGCCGTTGTGATTTGTTAAAAAAACATGACTGTCACAGTTA-AGTGCTAGTTTACTATATAGGCAGCTTTAGTAAAAACTTCAAAAG-CCTCTTGTCAGAATCTACTGACCTGATTTCGATGAAATTTCACTGACATTTACCATGGGTGAATCTCTACCAAGTTTGAG-CTGTTCTACCCATCT
gi|1 : AGCACCTGATATCTTTT-----TGAAATTTGACTGATTCATTTATTCAAACCAAATTTACATACATACAAATCAGTTTTAGAATAAAT-ATAGATTAGAACGGAAGATAAAATGATATAAAGTTCTTCTCCATGA-ATAT-----ATATT---ATTATGTTgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtagcacctgatatctttttgaaatttgactgattcatttattcaaaccaaatttacatacatacaaatcagttttagaataaatatagattagaacggaagataaaatgatataaagttcttctccatgaatatatattattatgtt
gi|13 : caaggtggccgctgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaacggcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccagctatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctagggttaaatatgaccccgccctaagggttcaattaggggacacatgtcattataatatttttttatatattttttttaaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggaggttcagatttgtaaaaatgactgggttccactgtcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtaaaaattgggaattactaaatttgttttcttaagaaccggtatgtcaaatttgttcatattttgcataaattatccctatgtgtaggggtttcattgcagataagaatttaggggctaaaatttataggggccttgtaaggggacttagaattttacatagggatactatgggaaaacagaaaattctctttttctttcatctgttctgaaaccactaggccagttaaactgaaacttcacatgggtgtttctattgcataggagactataccgaagatttttttttttttatctgaaattcaagatggctgccgttactaaaaacagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcttctcatgaacggcccaacacattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactttagttttgttagatttgttcaaacggtgtacatagggttaaaaatgaccctgccctgagagttcaattaggggacacatgtcaatataatatttttttttttttttttaatggaaatgattttgcctattttgttaccaaatcattgttaggtgaaggaggttaggatttttaaaaatgactgggtttctctgtattaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaaatttgaaattagtaaaattgttttcttaagaaccggtatgtcagatttgtacatatttgatataaattattcctaagtgtaggggtttgattgcagataagaatttaggggctcaaatataaaggggtcctgtaaggggacttcgaattttcagatactgtgggaaaacagaaaattctcttttttttttcatttattctaaaaccactaagccaattaaactgaaacttcacatggatgtttctattgcataggagactatacaaaagatttattttttctatctgaaattcaagatggccgatgtttctattgcatagtagaatttcaaaaagtgctatggccactacaagtcagtagagcgtcctcaggccctcttgggcctcttgttctaacaacttctcctctgaaactactgggccaattttgatattacttcacagaaatgatccttcggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattcgtcaaaaaacatggctgccaggtggtgaagcaagtttaattagtaaaatcttaaaaaatcttcttgtcagaaactaccggctcgattttaaaataatttcacaaatgttccttgggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattggtcaaaaaaatggcagccaggggtttgggttagtttactatataagataaagtaaaaacttaaaaaatcttcttgccagaaactactggctcgagtttaaaataatttcacagtcctctaccaagtttgttcaaaccgtagtgattggtaaaacaacatggcagccagcggctggggttagtttactatataagctatagtaaaaacttaaaaaaatgctttatcagaaaccaccagatcaattttaaaacaattctgcagaaatgttccttgggtgacccgtaaccaagtttgttcaagccgttgtgatttgttaaaaaaacatgactgtcacagttaagtgctagtttactatataggcagctttagtaaaaacttcaaaagcctcttgtcagaatctactgacctgatttcgatgaaatttcactgacatttaccatgggtgaatctctaccaagtttgagctgttctacccatctgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtCATCAAATAATATGGCTGTC-------G---GGGTTTATCCAGTATG-TACAT-AGTCTTATATAAGGAAAATTAAAAAAAAAGTCT--TC----ATCACTGATTCAA-TTTAAA
gi|19 : tccgagAGTAATA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACtaga
gi|2 : CTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATTGTTTTTTTTTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAATGGCCCAACAGATTTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATCA-----------------TGTTTTCTTAA--GAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCA-TAAATTATCCCTATGTGTAGG-GGTT-TGA----TT--GAAGATAA------------GAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAG--AATTTTAAAT
gi|2 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAA---T-TTTTTTTTTCGATCGTAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTACTCATGAACAGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTTTTTTTTTTTAAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATA-TCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGA---TTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AATA--TTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTA
gi|4 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagTTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTT
gi|4 : -TTTCTTGTTCTATTTGAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA--------TCTTCTCATGAACGGCCC-ACAGatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|5 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacaATAAGCTATAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTT---GTCAGAAACTACTGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTGTACCAAGTTTGTTCAAGCCATTTTGATTCATCAAAAAACATGGCCGCCA--GGC-GGCAGGGCA-----AGTTTA--ATA------------AGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACTACTGGCTCGTTTTTTAAATAATTTCACAGAAATGTTCCTTGGAGGATCCTTCAACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTtgttt
gi|5 : gggggaatgggCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAA-A-ACAATTTCGCAGAAATGTTCCT-TGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGT-TTGTTCAAACCATCTT-GATTGGTCAAAAAACATGGGGGCAAG-G---GG---TAGGG-----ATTA----GTTtgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|6 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatTTAAATTTAAAATAATATCGTCCGCTA---GTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGATTCTTATTTTAA-AACTTCTCGTCTGAAAACACTGAACCATTTCC-ATG-GTTACTT-------ATTACTCTATTG--GA-CCTCTG------CCAAA-------CAAG--AT----GGTT-GTCAA-------GGC--TCAG-AC--AATTTTT-AC-----ATAG----GTTTA-TACAGTGAAACCAAGGGCTTATAAACAATAGAAGTCCTTG-CTGAAACCACCGACTCAATTTTAATAAAACTT------TGT----ATCCTGAGTGaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : tagAATGACTGCTCATCTGAAATCACTGAACCATTTTT-----ATT-TTTTG-ATAAATTACCTTA---GTAACCCTTTA------CC-TGTGTTGTT----TTATTTCTGAGT-GTCAAACAAGATGGCCGCCTGTGCTTGG---CA-AATTTATATAATTTTGTTTATATAAG-GAAA------ATTTA-AAA-AAA----AATC---TCAAAATCCATCAACTCAATTC--GAATA-------AAATGTAGTACACTTAGGT--CCCGTTATCAGGTTgtgcagtttt
gi|8 : AGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTCACCCTCGACAGCATTGTTAAAAACTTGACATATTCTATTTCATACGGTAAACTATCATGTCTTCTTTTTATGCTCCCCCCCCTCCCCCCAAAAAAATTAAAAAAAATTGGGATGGCATATAGTAATCTCAGCGTCTGTTCGTACGTCT
Unaligned ( gi|10 ): CATATCCCAGTAACTACAAGCCATACATCAATGAAACAGCATAGGTGCCTTCAGTTTAATTAAGGGGACTTTACTGTACAAATGATAACTGTTGTTTTTAATTTAGAAAGCATTATGTCTTCTTTTACGCTTGAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAGCAAGTTCTTTACGTCTGATACTTCGGTAATTACTGGTCATGTGCACCATTGAAACTCCGCACTTATTCTCCACTATTCTGGGCACACTCAAAGGCAAGTGGGATAACTCTATTTTGTGTATAGCCAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAAATCACTGAACCATTTCATTGAGATTTTGTTAAATTGATAGCCTGAATGGTGTACCTCTATTCAGATTGTGTTTTTTTAGGTCCTCTGAGTATAAGACAAGATGGCCAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGTTTTAGAGATACTCATAACTCAGTAGCCACTACCTGTACATCAATGAAACTTTATTTGTGTTTTCACTTCTGTGAAAGGGATCAAAGAGGCCAA
Unaligned ( gi|15 ): ACACATGAATATAGTCACTCAGTATATTATTACATTCAAAGGCCACATTAGAGGCATTTGCCACTTAAAAGTAACATTTCGTGTTTATT
Unaligned ( gi|16 ): CCCTAAAAAAGGCATATAGTAATCGCATCCTCCGTCCGTCTGCCCGCTTGTCCGTCCTTCTGTCTGGTATTTTGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CCAAACAAGATGGCCACAAGGGCTCGAACAATTTTTACATAGATTTATACATTG
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATGCCCTCAGAAAATGTTTTTGGGTGGCTAATAGTAATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 1 22222 3333333333333 44444444 11 1 33333333 2 333333 777777777 222 11 222 1 222 11 222 11 33333 111 222 222222 11 1111 2 1 5555555555555555555555555555 1111 3333333 1 1 22222 4444444444444444444 222 222 66666666666666666 333333333333 33333 22 555555555 11 1 222 1 222 1 1 22222 11 1 1 1 22222 222
lowQualScore : 1 6 0 1 3 55555 3 0 0 1 0 0 8888888888888 7 88888888 44 0 77 0 7 3 11111111 6 6 1 888888 0 111111111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 111 88 1 1 111 1 5 1 111 88 1 1 111 1 22 0 0 1 77777 3 555 2 1 555 2 2 888888 3 33 2 777 7777 0 66 2 2 9999999999999999999999999999 3333 3 0000000 0 0 11111 3 3 0 7 0000000000000000000 99 1 1 1 111 111 1 00000000000000000 1 22 0 1 3 777777777777 33333 00 000000000 3 11 7 0 1 777 1 1 1 1 1 5 111 22 5 1 1 000 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 66666 1 1 1 1 88 1 1 1 1 1 5 1 1 5 1 1 1 1 5 66666 111
lowQualScore : . . . . . ..... . . . . . . ............. . ........ .. . .. . . . ........ . . . ...... . ......... . . . . . . . . . . ... .. . . ... . . . ... .. . . ... . .. . . . ..... . ... . . ... . . ...... . .. . ... .... . .. . . ............................ .... . ....... . . ..... . . . . ................... .. . . . ... ... . ................. . .. . . . ............ ..... .. ......... . .. . . . ... . . . . . . ... .. . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..... ...
lowQualScore : 0 7 0 0 2 00000 2 7 7 0 7 7 3333333333333 3 33333333 77 7 77 7 3 3 00000000 7 7 0 333333 7 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 555 00 0 0 555 0 0 0 000 55 0 0 000 0 77 2 2 0 88888 2 555 5 0 222 5 5 888888 2 22 5 000 8888 0 22 5 8 2222222222222222222222222222 7777 2 0000000 0 0 55555 2 2 7 3 0000000000000000000 77 0 0 0 555 000 0 00000000000000000 0 00 7 0 7 333333333333 33333 77 000000000 7 00 3 7 0 777 0 0 0 0 0 5 000 00 5 0 0 000 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 00000 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 0 0 55555 000
consensus : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
Reference ( family-1306 ) : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
gi|1 : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCATCTGTTCTGAAACCACTAGGCCAGTTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACCGAAGATT-TTTTTTTTTTTATCTGAAATTCAAGATGGCTGCCGTTACTAAAAACAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCTTCTCATGAACGGCCCAACACATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTTTAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTACATAGGGTTAAAAATGACCCTGCCCTGAGAGTTCAATTAGGGGACACATGTCAATATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-TTTGTTACCAAATCATTGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGGATTTTT--AAAAATGACTGGGTTTCTCTGTATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC------------AAATTTGAAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTACATATTTGATATAAATTATTCCTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTCAAATATAAAGGGGTCCTGTAAGGGGACTTCGAATTTT---CAG--ATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTTTTTTCATTTATTCTAAAACCACTAAGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAAAAGATTTATTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTCAA---AAAGTGCTAT-GGCCACTACAAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGGCCCTCTTGGGCCTCTTGTTCTAACAACTTCTCCTCTGAAACTACTGGGCCAATTTT-G-ATATTACTTCACAGAAATGATCCT-TCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTT-GATTCGTCAAAAAACATGGCTGCCAG-GT--GG---TG-AA-----GCAA----GTTTA-ATTAGTAAAA------TCTTA-AAA-AAT----CTTCTTGTCAGAAACTACCGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAAATGT----TCCTTGGGTGACCCTCTACCAAGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGATAAAGTAAAAACTT---AAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGAGTTTAAAATAATTTCACAG-----------------TCCTCTACCAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTGGTAAAACAACATGGCAGCCAGCGGCTG---GGGTT-----AGTTTACTATATAAGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAATGCTTTATCAGAAACCACCAGATCAATTTTAAAACAATTCTGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCGTAACCAAGTTTGTTCAAGCCGTTGTGATTTGTTAAAAAAACATGACTGTCACAGTTA-AGTGCTAGTTTACTATATAGGCAGCTTTAGTAAAAACTTCAAAAG-CCTCTTGTCAGAATCTACTGACCTGATTTCGATGAAATTTCACTGACATTTACCATGGGTGAATCTCTACCAAGTTTGAG-CTGTTCTACCCATCT
gi|1 : AGCACCTGATATCTTTT-----TGAAATTTGACTGATTCATTTATTCAAACCAAATTTACATACATACAAATCAGTTTTAGAATAAAT-ATAGATTAGAACGGAAGATAAAATGATATAAAGTTCTTCTCCATGA-ATAT-----ATATT---ATTATGTTgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtagcacctgatatctttttgaaatttgactgattcatttattcaaaccaaatttacatacatacaaatcagttttagaataaatatagattagaacggaagataaaatgatataaagttcttctccatgaatatatattattatgtt
gi|13 : caaggtggccgctgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaacggcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccagctatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctagggttaaatatgaccccgccctaagggttcaattaggggacacatgtcattataatatttttttatatattttttttaaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggaggttcagatttgtaaaaatgactgggttccactgtcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtaaaaattgggaattactaaatttgttttcttaagaaccggtatgtcaaatttgttcatattttgcataaattatccctatgtgtaggggtttcattgcagataagaatttaggggctaaaatttataggggccttgtaaggggacttagaattttacatagggatactatgggaaaacagaaaattctctttttctttcatctgttctgaaaccactaggccagttaaactgaaacttcacatgggtgtttctattgcataggagactataccgaagatttttttttttttatctgaaattcaagatggctgccgttactaaaaacagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcttctcatgaacggcccaacacattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactttagttttgttagatttgttcaaacggtgtacatagggttaaaaatgaccctgccctgagagttcaattaggggacacatgtcaatataatatttttttttttttttttaatggaaatgattttgcctattttgttaccaaatcattgttaggtgaaggaggttaggatttttaaaaatgactgggtttctctgtattaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaaatttgaaattagtaaaattgttttcttaagaaccggtatgtcagatttgtacatatttgatataaattattcctaagtgtaggggtttgattgcagataagaatttaggggctcaaatataaaggggtcctgtaaggggacttcgaattttcagatactgtgggaaaacagaaaattctcttttttttttcatttattctaaaaccactaagccaattaaactgaaacttcacatggatgtttctattgcataggagactatacaaaagatttattttttctatctgaaattcaagatggccgatgtttctattgcatagtagaatttcaaaaagtgctatggccactacaagtcagtagagcgtcctcaggccctcttgggcctcttgttctaacaacttctcctctgaaactactgggccaattttgatattacttcacagaaatgatccttcggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattcgtcaaaaaacatggctgccaggtggtgaagcaagtttaattagtaaaatcttaaaaaatcttcttgtcagaaactaccggctcgattttaaaataatttcacaaatgttccttgggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattggtcaaaaaaatggcagccaggggtttgggttagtttactatataagataaagtaaaaacttaaaaaatcttcttgccagaaactactggctcgagtttaaaataatttcacagtcctctaccaagtttgttcaaaccgtagtgattggtaaaacaacatggcagccagcggctggggttagtttactatataagctatagtaaaaacttaaaaaaatgctttatcagaaaccaccagatcaattttaaaacaattctgcagaaatgttccttgggtgacccgtaaccaagtttgttcaagccgttgtgatttgttaaaaaaacatgactgtcacagttaagtgctagtttactatataggcagctttagtaaaaacttcaaaagcctcttgtcagaatctactgacctgatttcgatgaaatttcactgacatttaccatgggtgaatctctaccaagtttgagctgttctacccatctgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtCATCAAATAATATGGCTGT------C-G---GGGTTTATCCAGTATG-TACAT-AGTCTTATATAAGGAAAATTAAAAAAAAAGTCT--TC----ATCACTGATTCAA-TTTAAA
gi|19 : tccgagAGTAATA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACtaga
gi|2 : CTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATTGTTTTTTTTTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAATGGCCCAACAGATTTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATCA-----------------TGTTTTCTTAA--GAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCA-TAAATTATCCCTATGTGTAGG-GGTT-TGA----TT--GAAGATAA------------GAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAG--AATTTTAAAT
gi|2 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAA---T-TTTTTTTTTCGATCGTAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTACTCATGAACAGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTTTTTTTTTTTAAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATA-TCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGA---TTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AATA--TTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTA
gi|4 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagTTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTT
gi|4 : -TTTCTTGTTCTATTTGAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA--------TCTTCTCATGAACGGCCC-ACAGatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|5 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacaATAAGCTATAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTT---GTCAGAAACTACTGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTGTACCAAGTTTGTTCAAGCCATTTTGATTCATCAAAAAACATGGCCGCCA--GGC-GGCAGGGCA-----AGTTTA--ATA------------AGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACTACTGGCTCGTTTTTTAAATAATTTCACAGAAATGTTCCTTGGAGGATCCTTCAACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTtgttt
gi|5 : gggggaatgggCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAA-A-ACAATTTCGCAGAAATGTTCCT-TGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGT-TTGTTCAAACCATCTT-GATTGGTCAAAAAACATGGGGGCAAG-G---GG---TAGGG-----ATTA----GTTtgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|6 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatTTAAATTTAAAATAATATCGTCCGCTA---GTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGATTCTTATTTTAA-AACTTCTCGTCTGAAAACACTGAACCATTTCC-ATG-GTTACTT-------ATTACTCTATTG--GA-CCTCTG------CCAAA-------CAAG--AT----GGTT-GTCAA-------GGC--TCAG-AC--AATTTTT-AC-----ATAG----GTTTA-TACAGTGAAACCAAGGGCTTATAAACAATAGAAGTCCTTG-CTGAAACCACCGACTCAATTTTAATAAAACTT------TGT----ATCCTGAGTGaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : tagAATGACTGCTCATCTGAAATCACTGAACCATTTTT-----ATT-TTTTG-ATAAATTACCTTA---GTAACCCTTTA------CC-TGTGTTGTT----TTATTTCTGAGT-GTCAAACAAGATGGCCGCCTGTGCTTGG---CA-AATTTATATAATTTTGTTTATATAAG-GAAA------ATTTA-AAA-AAA----AATC---TCAAAATCCATCAACTCAATTC--GAATA-------AAATGTAGTACACTTAGGT--CCCGTTATCAGGTTgtgcagtttt
gi|8 : AGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
blockSeqs : T G G A T . A T ATAATATTTA T ATGTCAGA AT CA A C TTTGA C A A ATTTAT TTAGAAT G C T T A A A T T A AAA CA A A TTT A C T . . T G . A TG A AAA A CGC G G ATT G C CCAAGT A TG C ACC TTCT G AA C G TGCTTGGCAAATTTATATAATTTT TATA T CCAAGGG T C AGAAG T T T AAATGTAGTACA . G C T TAA . T AAATGATCCTTGGGTGA G TT T T CAGGCGGCA TATCC T TAGTCTTA A TG A T GTT G T C A A . . GG T G A . A A T A A A C A A G T T C T A A C GCCTT T A A G . T T T G A . T C A A T T A C GCAAA TAC
blockSeqs : . . G T . A A A . . A T . . TT . . G . AATA A T ATG A TG T T TG G C . A T C TT CTT . AC G C ACAATTTTTACATAG TAC T A . . G T T . ACTTTGTAT A C CG . . . C . . C AA
blockSeqs : . T . . . T . . . . T A . . . . . . G . . . . . GGGTAGGGATTA . A . . A . .
blockSeqCons :
originalCons : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
finalCons : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTCACCCTCGACAGCATTGTTAAAAACTTGACATATTCTATTTCATACGGTAAACTATCATGTCTTCTTTTTATGCTCCCCCCCCTCCCCCCAAAAAAATTAAAAAAAATTGGGATGGCATATAGTAATCTCAGCGTCTGTTCGTACGTCT
Unaligned ( gi|10 ): CATATCCCAGTAACTACAAGCCATACATCAATGAAACAGCATAGGTGCCTTCAGTTTAATTAAGGGGACTTTACTGTACAAATGATAACTGTTGTTTTTAATTTAGAAAGCATTATGTCTTCTTTTACGCTTGAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAGCAAGTTCTTTACGTCTGATACTTCGGTAATTACTGGTCATGTGCACCATTGAAACTCCGCACTTATTCTCCACTATTCTGGGCACACTCAAAGGCAAGTGGGATAACTCTATTTTGTGTATAGCCAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAAATCACTGAACCATTTCATTGAGATTTTGTTAAATTGATAGCCTGAATGGTGTACCTCTATTCAGATTGTGTTTTTTTAGGTCCTCTGAGTATAAGACAAGATGGCCAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGTTTTAGAGATACTCATAACTCAGTAGCCACTACCTGTACATCAATGAAACTTTATTTGTGTTTTCACTTCTGTGAAAGGGATCAAAGAGGCCAA
Unaligned ( gi|15 ): ACACATGAATATAGTCACTCAGTATATTATTACATTCAAAGGCCACATTAGAGGCATTTGCCACTTAAAAGTAACATTTCGTGTTTATT
Unaligned ( gi|16 ): CCCTAAAAAAGGCATATAGTAATCGCATCCTCCGTCCGTCTGCCCGCTTGTCCGTCCTTCTGTCTGGTATTTTGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CCAAACAAGATGGCCACAAGGGCTCGAACAATTTTTACATAGATTTATACATTG
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATGCCCTCAGAAAATGTTTTTGGGTGGCTAATAGTAATCGCAG
Alignments
lowQualScore : 1 22222 3333333333333 44444444 11 1 33333333 2 333333 777777777 222 11 222 1 222 11 222 11 33333 111 222 222222 11 1111 2 1 5555555555555555555555555555 1111 3333333 1 1 22222 4444444444444444444 222 222 66666666666666666 333333333333 33333 22 555555555 11 1 222 1 222 1 1 22222 11 1 1 1 22222 222
lowQualScore : 1 6 0 1 3 55555 3 0 0 1 0 0 8888888888888 7 88888888 44 0 77 0 7 3 11111111 6 6 1 888888 0 111111111 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 111 88 1 1 111 1 5 1 111 88 1 1 111 1 22 0 0 1 77777 3 555 2 1 555 2 2 888888 3 33 2 777 7777 0 66 2 2 9999999999999999999999999999 3333 3 0000000 0 0 11111 3 3 0 7 0000000000000000000 99 1 1 1 111 111 1 00000000000000000 1 22 0 1 3 777777777777 33333 00 000000000 3 11 7 0 1 777 1 1 1 1 1 5 111 22 5 1 1 000 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 66666 1 1 1 1 88 1 1 1 1 1 5 1 1 5 1 1 1 1 5 66666 111
lowQualScore : . . . . . ..... . . . . . . ............. . ........ .. . .. . . . ........ . . . ...... . ......... . . . . . . . . . . ... .. . . ... . . . ... .. . . ... . .. . . . ..... . ... . . ... . . ...... . .. . ... .... . .. . . ............................ .... . ....... . . ..... . . . . ................... .. . . . ... ... . ................. . .. . . . ............ ..... .. ......... . .. . . . ... . . . . . . ... .. . . . ... . . . . . . . . . . . . . . . . . ..... . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . ..... ...
lowQualScore : 0 7 0 0 2 00000 2 7 7 0 7 7 3333333333333 3 33333333 77 7 77 7 3 3 00000000 7 7 0 333333 7 000000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 555 00 0 0 555 0 0 0 000 55 0 0 000 0 77 2 2 0 88888 2 555 5 0 222 5 5 888888 2 22 5 000 8888 0 22 5 8 2222222222222222222222222222 7777 2 0000000 0 0 55555 2 2 7 3 0000000000000000000 77 0 0 0 555 000 0 00000000000000000 0 00 7 0 7 333333333333 33333 77 000000000 7 00 3 7 0 777 0 0 0 0 0 5 000 00 5 0 0 000 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 00000 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 0 0 55555 000
consensus : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
Reference ( family-1306 ) : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCACCTNCTCTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATT-TTTTTTTTTCNATCTGAAATTCAAGATGGCCGCCGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTCCCTANGGTTAAAAATGACCCCGCCCCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCA--ATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATATTCGTCACNAAATCATCGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGA---TTT--AAAAATGACTGGGTTTC-CTGNATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCGAAAGGGTAC---G--A--TTTAAATTNGGAATTANTAAANTCGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTANGTGTAGGGGTTTGATTGNAGATAAGAATTNAGGGGCTNAAATNTANAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTNGAATTTTAAACAGCAATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTNTTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTNAATTTAAAGTGNTATCGNCCGCTACAAGTCAGTAGANCGTCCCCGGGCNCTCTTGGGNCTCTTGTTCTAACGACTTCTCGTCTGAAACCACTGGACCANTTTT-A-A-ATTACTTCGCAGAAATNACCCTATCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTC-GATT-GTCAAAAAACATGGCCGCCAG-GC--GG---TA-AA-----ATAA----GTTTA-ATNAGTGAAA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACCGACTCGATTTTAAAATAACTT---AAATGT----NNCTTGGGTGACCCNCTACCAGGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGNTANAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGANTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTNTACCAAGTTTGTTCAAGCCGTNNTGATTCGTCAAANAACATGGCCGCCA--GGC-G---GGGTT-----AGTTTA-TATAT-AGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAACGTCTTGTCAGAAACCACCGGNTCGATTTTAAAACAATTCCGCAGAAATGTTCCTTGGGNGACCCNTNANCAAGTTTGTTCAAGCCGTNGTGATTCGTCAAAAAAACATGACTGCCACGGNNATGGNGCTAGTTNACTATATAGGCAGCTNTAGTAAAAACTTNAAAAGTCCTCTTGTCAGAANCCACTGGNCCGATTTCGANGNAATTTCGCNGANATNTNCCNTGGGTGANCCTCTACCAAGTCCGAGTCTGTTCNANCCATCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCACCCGNTATCCTTTGCCTTTGNAANTNGANCGATTCATTTATTCAANCCAGNTTTACNCACACANAAATCAGTNTTAGANTNAATAATAGATNAGAACGGAANATAGAATNGTATAAAGTTCTTCTNCATGACATGTGCAAAATATTTACATTATGTT
gi|1 : CAAGGTGGCCGCTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCATGAACGGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAGCTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAGGGTTAAATATGACCCCGCCCTAAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTCATTATAATATTTTTTTATATATTTTTTTTAAAATGGAAATGATTTTGCCTATATCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGAGGTTCAGATTTGTAAAAATGACTGGGTTCCACTGTCTTAAGGGGTCAGGAGGGGCCCCAAAAGGGTAAAAATTGGGAATTACTAAATTTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAAATTTGTTCATATTTTGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTCATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCTTGTAAGGGGACTTAGAATTTTACATAGGGATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTCTTTCATCTGTTCTGAAACCACTAGGCCAGTTAAACTGAAACTTCACATGGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACCGAAGATT-TTTTTTTTTTTATCTGAAATTCAAGATGGCTGCCGTTACTAAAAACAGTCCAAAACTTAAAAAATCTTCTTCTCTTCTCATGAACGGCCCAACACATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTTTAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAACGGTGTACATAGGGTTAAAAATGACCCTGCCCTGAGAGTTCAATTAGGGGACACATGTCAATATAATATTT-TTTTTTTTTTTTTTAATGGAAATGAT--------TTTGCCTAT-TTTGTTACCAAATCATTGTTAGGTGAAGGAGGTT-AGGATTTTT--AAAAATGACTGGGTTTCTCTGTATTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC------------AAATTTGAAATTAGTAAAATTGTTTTCTTAAGAACCGGTATGTCAGATTTGTACATATTTGATATAAATTATTCCTAAGTGTAGGGGTTTGATTGCAGATAAGAATTTAGGGGCTCAAATATAAAGGGGTCCTGTAAGGGGACTTCGAATTTT---CAG--ATACTGTGGGAAAACAGAAAATTCTCTTTTTTTTTTCATTTATTCTAAAACCACTAAGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGGATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAAAAGATTTATTTTTTCTATCTGAAATTCAAGATGGCCGATGTTTCTATTGCATAGTAGAATTTCAA---AAAGTGCTAT-GGCCACTACAAGTCAGTAGAGCGTCCTCAGGCCCTCTTGGGCCTCTTGTTCTAACAACTTCTCCTCTGAAACTACTGGGCCAATTTT-G-ATATTACTTCACAGAAATGATCCT-TCGGTGACCCTCTA------CCAAGT-TTGTTCAAGCCATCTT-GATTCGTCAAAAAACATGGCTGCCAG-GT--GG---TG-AA-----GCAA----GTTTA-ATTAGTAAAA------TCTTA-AAA-AAT----CTTCTTGTCAGAAACTACCGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAAATGT----TCCTTGGGTGACCCTCTACCAAGTTTGTTCAAGCCATCTTGATTGGTCAAAAAAATGGCAGCCAGGGGTTTGGGTTAGTTTACTATATAAGATAAAGTAAAAACTT---AAAAAATCTTCTTGCCAGAAACTACTGGCTCGAGTTTAAAATAATTTCACAG-----------------TCCTCTACCAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTGGTAAAACAACATGGCAGCCAGCGGCTG---GGGTT-----AGTTTACTATATAAGC----TATAGTAAAAACTTAAAAAAATGCTTTATCAGAAACCACCAGATCAATTTTAAAACAATTCTGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCGTAACCAAGTTTGTTCAAGCCGTTGTGATTTGTTAAAAAAACATGACTGTCACAGTTA-AGTGCTAGTTTACTATATAGGCAGCTTTAGTAAAAACTTCAAAAG-CCTCTTGTCAGAATCTACTGACCTGATTTCGATGAAATTTCACTGACATTTACCATGGGTGAATCTCTACCAAGTTTGAG-CTGTTCTACCCATCT
gi|1 : AGCACCTGATATCTTTT-----TGAAATTTGACTGATTCATTTATTCAAACCAAATTTACATACATACAAATCAGTTTTAGAATAAAT-ATAGATTAGAACGGAAGATAAAATGATATAAAGTTCTTCTCCATGA-ATAT-----ATATT---ATTATGTTgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtagcacctgatatctttttgaaatttgactgattcatttattcaaaccaaatttacatacatacaaatcagttttagaataaatatagattagaacggaagataaaatgatataaagttcttctccatgaatatatattattatgtt
gi|13 : caaggtggccgctgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaacggcccaacagattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccagctatagttttgttagatttgttcaaatggtgtccctagggttaaatatgaccccgccctaagggttcaattaggggacacatgtcattataatatttttttatatattttttttaaaatggaaatgattttgcctatatcttcacagaagcattgtttggtgaaggaggttcagatttgtaaaaatgactgggttccactgtcttaaggggtcaggaggggccccaaaagggtaaaaattgggaattactaaatttgttttcttaagaaccggtatgtcaaatttgttcatattttgcataaattatccctatgtgtaggggtttcattgcagataagaatttaggggctaaaatttataggggccttgtaaggggacttagaattttacatagggatactatgggaaaacagaaaattctctttttctttcatctgttctgaaaccactaggccagttaaactgaaacttcacatgggtgtttctattgcataggagactataccgaagatttttttttttttatctgaaattcaagatggctgccgttactaaaaacagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcttctcatgaacggcccaacacattttcaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactttagttttgttagatttgttcaaacggtgtacatagggttaaaaatgaccctgccctgagagttcaattaggggacacatgtcaatataatatttttttttttttttttaatggaaatgattttgcctattttgttaccaaatcattgttaggtgaaggaggttaggatttttaaaaatgactgggtttctctgtattaaggggtcaggaggggccccaaaagggtacaaatttgaaattagtaaaattgttttcttaagaaccggtatgtcagatttgtacatatttgatataaattattcctaagtgtaggggtttgattgcagataagaatttaggggctcaaatataaaggggtcctgtaaggggacttcgaattttcagatactgtgggaaaacagaaaattctcttttttttttcatttattctaaaaccactaagccaattaaactgaaacttcacatggatgtttctattgcataggagactatacaaaagatttattttttctatctgaaattcaagatggccgatgtttctattgcatagtagaatttcaaaaagtgctatggccactacaagtcagtagagcgtcctcaggccctcttgggcctcttgttctaacaacttctcctctgaaactactgggccaattttgatattacttcacagaaatgatccttcggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattcgtcaaaaaacatggctgccaggtggtgaagcaagtttaattagtaaaatcttaaaaaatcttcttgtcagaaactaccggctcgattttaaaataatttcacaaatgttccttgggtgaccctctaccaagtttgttcaagccatcttgattggtcaaaaaaatggcagccaggggtttgggttagtttactatataagataaagtaaaaacttaaaaaatcttcttgccagaaactactggctcgagtttaaaataatttcacagtcctctaccaagtttgttcaaaccgtagtgattggtaaaacaacatggcagccagcggctggggttagtttactatataagctatagtaaaaacttaaaaaaatgctttatcagaaaccaccagatcaattttaaaacaattctgcagaaatgttccttgggtgacccgtaaccaagtttgttcaagccgttgtgatttgttaaaaaaacatgactgtcacagttaagtgctagtttactatataggcagctttagtaaaaacttcaaaagcctcttgtcagaatctactgacctgatttcgatgaaatttcactgacatttaccatgggtgaatctctaccaagtttgagctgttctacccatctgttacatcttcaaaacaaataaaaattctaactacttgcccatcttgtttttctggaattttaaatgtacatgtattctataatctactttagttgggtgactcaaggtcagtcaggtgagcaatatagggccatcttagccctcttgtttagcgatgttgacagcgggttctgtCATCAAATAATATGGCTGT------C-G---GGGTTTATCCAGTATG-TACAT-AGTCTTATATAAGGAAAATTAAAAAAAAAGTCT--TC----ATCACTGATTCAA-TTTAAA
gi|19 : tccgagAGTAATA------ACTTA-AAA-AAT----GTTCTTGTCAGAAACCACtaga
gi|2 : CTGAAACCACTAGGCCAATTAAACTGAAACTTCACATGAATGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAAGATTGTTTTTTTTTCAATCTGAAATTCAAAATGGCCACTGTTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTTCTCATGAATGGCCCAACAGATTTTTAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCAACTACAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTTTCCCTTTGGTTAAAAATGACTCCACCCTGAGGGTTCAATTAGGGGACACATATCA-----------------TGTTTTCTTAA--GAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCA-TAAATTATCCCTATGTGTAGG-GGTT-TGA----TT--GAAGATAA------------GAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAG--AATTTTAAAT
gi|2 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaaGTTTTCTTAAGAACTGGTATGTCAGATTTGTTCATATTTGGCATAAATTATCCCTATGTGTAGGGGTTTGATTGAAGATAAGAATTAAGGGGCTAAAATTTATAGGGGCCCTGTAAGGGGACTTAGAATTTTAAATAGCAATACTATGGGAAAACAGAAAATTCTCTTATTCTTTCCATTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTagcaatactatgggaaaacagaaaattctcttattctttccatttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttt
gi|3 : ttttaaaataaagtgtttttttattttagttctactagccaaaaccagcagggcttatgtcatgttaaattatccgttatccgccatccgaccgttaacctttttttttgtagacgtgatagcaccttcatttttagctctactggccaaaggccagaagtgcttatgcgatggcgcattgtccattgtccatcgtctgttagcaacactttaactgaaaccactaggccaattaaactgaaacttcacatgaatgtttctattgcataggagactatacagaagattgtttttttttcaatctgaaattcaaaatggccactgttactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttcttctcatgaatggcccaacagatttttaaaatgtttatgtagtaatgatgaccaactacagttttgttagatttgttcaaatggtttccctttggttaaaaatgactccaccctgagggttcaattaggggacacatatcatCACTTTCTCTGAAACCACTAGGTTAATTAAACTGAAACTTCACATTGGTGTTTCTATTGCATAGGAGACTATACAGAA---T-TTTTTTTTTCGATCGTAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAATCT-----TCTACTCATGAACAGCCCAACAGATTTTCAAAATGTTTATGTAGTAATGATGACCGACTATAGTTTTGTTAGATTTGTTCAAATGGTGTCCCTAAGGTTAAATATGACCCTGCCTCGAGGGTTCAATTAGGGGACACATGTC---ATAATATTTATTTTTTTTTTTTTAAATGGAAATGAT--------TTTGCCTATA-TCTTCACAGAAGCATTGTTTGGTGAAGGACGTTCAGA---TTTGAAAAAATGACTGGGTTTCACTGGCTTAAGGGGTCAGG------AGGGGCCCCAAAAGGGTAC---AATA--TTTAAATTGGGAATTACTAAATTCGTTTTCTTAAGAACCCGTATGTTACATTTGTTCATATTTTGCACAAATTA
gi|4 : ttttatagcaacttcataatctcagtaggtactagtcatacatcattgaaaattcaccattgtcttcatttccattaaggggataagtggaataactctgttttatgcagaatcattgcccctattatacttgatttttagctctactgtctgttagcagTTTATTCTGAAACCACTAGACCATTTAAACTGAAACTTCACAAGGATGTTTCTATTGCATAGAAGACAATACAGAAGATTTTTTTTT
gi|4 : -TTTCTTGTTCTATTTGAAATTCAAGATGGCCGCCATTACTAAAAATAGTCCAAAACTTAAAAAA--------TCTTCTCATGAACGGCCC-ACAGatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacatttcttgttctatttgaaattcaagatggccgccattactaaaaatagtccaaaacttaaaaaatcttctcatgaacggcccacagtgttt
gi|5 : tttattctgaaaccactagaccatttaaactgaaacttcacaaggatgtttctattgcatagaagacaatacagaagatttttttttatgccccccaaaaatttttttgggtggcatatagtaatcgcagcgtccatccgtccgtccatccttccggtatttcgtttccggcctgtaactttctcatgcatagatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatgacgacgtgtcgcgagtaagacccacacccatacctcaaaggtcaaggtcacaatttgagtttgttcgacaacactttgagtttgtatgagaatgtttccagcctgtaactttgtcatgcattgatggattttgttgatacttgctacaaatgatcaacataacatatcatatatttttattttcacagaccattttgggggcatgtgacacttagcagtgacaATAAGCTATAGTAAAAACTTTAAAAAAAATCTT---GTCAGAAACTACTGGCTCGATTTTAAAATAATTTCACAGAAATGATCCTTGGGTGACCCTGTACCAAGTTTGTTCAAGCCATTTTGATTCATCAAAAAACATGGCCGCCA--GGC-GGCAGGGCA-----AGTTTA--ATA------------AGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACTACTGGCTCGTTTTTTAAATAATTTCACAGAAATGTTCCTTGGAGGATCCTTCAACAAGTTTGTTCAAACCGTAGTGATTCGTC-AAAAAACATG---GCCATGGGGATGGGGTTAGTTAACTATATA---AGCTATAGTAAAAACTTAAAAAATCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAAAACAATTTCGCAGAAATGTTCCTTGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGTTTGTTCAAACCATCTtgttt
gi|5 : gggggaatgggCTTCTTGTCAGAAACCACTGGATCAATTTTAA-A-ACAATTTCGCAGAAATGTTCCT-TGGGTGACCCTTTACCAAGTCCAAGT-TTGTTCAAACCATCTT-GATTGGTCAAAAAACATGGGGGCAAG-G---GG---TAGGG-----ATTA----GTTtgattggtcaaaaaacatgggggcaaggggtagggattagttaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|6 : gggggaatgggataagctatagtaaaaactttaaaaaaaatcttgtcagaaactactggctcgattttaaaataatttcacagaaatgatccttgggtgaccctgtaccaagtttgttcaagccattttgattcatcaaaaaacatggccgccaggcggcagggcaagtttaataagtaaaaacttaaaaaatcttcttgtcagaaactactggctcgttttttaaataatttcacagaaatgttccttggaggatccttcaacaagtttgttcaaaccgtagtgattcgtcaaaaaacatggccatggggatggggttagttaactatataagctatagtaaaaacttaaaaaatTTAAATTTAAAATAATATCGTCCGCTA---GTCAG--AATTGTCCCTGAGCGCTC---AGATTCTTATTTTAA-AACTTCTCGTCTGAAAACACTGAACCATTTCC-ATG-GTTACTT-------ATTACTCTATTG--GA-CCTCTG------CCAAA-------CAAG--AT----GGTT-GTCAA-------GGC--TCAG-AC--AATTTTT-AC-----ATAG----GTTTA-TACAGTGAAACCAAGGGCTTATAAACAATAGAAGTCCTTG-CTGAAACCACCGACTCAATTTTAATAAAACTT------TGT----ATCCTGAGTGaactaccgtatattcccttataaacacccccaa
gi|7 : tagAATGACTGCTCATCTGAAATCACTGAACCATTTTT-----ATT-TTTTG-ATAAATTACCTTA---GTAACCCTTTA------CC-TGTGTTGTT----TTATTTCTGAGT-GTCAAACAAGATGGCCGCCTGTGCTTGG---CA-AATTTATATAATTTTGTTTATATAAG-GAAA------ATTTA-AAA-AAA----AATC---TCAAAATCCATCAACTCAATTC--GAATA-------AAATGTAGTACACTTAGGT--CCCGTTATCAGGTTgtgcagtttt
gi|8 : AGCACCCACTATCCTTTGCCTTTGTAAATAAAGCAAT--ATTTATTCAATTCAGTTTTACTCACACAGAAATCAATAT-AGATTCAATAATAGATAAGAACGGAATATAGAATTGTATAAAGTTCTTCTACATGACATGTGCAAAATATTTACATTATATT
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): ATTCACCCTCGACAGCATTGTTAAAAACTTGACATATTCTATTTCATACGGTAAACTATCATGTCTTCTTTTTATGCTCCCCCCCCTCCCCCCAAAAAAATTAAAAAAAATTGGGATGGCATATAGTAATCTCAGCGTCTGTTCGTACGTCT
Unaligned ( gi|10 ): CATATCCCAGTAACTACAAGCCATACATCAATGAAACAGCATAGGTGCCTTCAGTTTAATTAAGGGGACTTTACTGTACAAATGATAACTGTTGTTTTTAATTTAGAAAGCATTATGTCTTCTTTTACGCTTGAA
Unaligned ( gi|11 ): ATAGCAAGTTCTTTACGTCTGATACTTCGGTAATTACTGGTCATGTGCACCATTGAAACTCCGCACTTATTCTCCACTATTCTGGGCACACTCAAAGGCAAGTGGGATAACTCTATTTTGTGTATAGCCAT
Unaligned ( gi|12 ): TTAAAATCACTGAACCATTTCATTGAGATTTTGTTAAATTGATAGCCTGAATGGTGTACCTCTATTCAGATTGTGTTTTTTTAGGTCCTCTGAGTATAAGACAAGATGGCCAC
Unaligned ( gi|14 ): AAGTTTTAGAGATACTCATAACTCAGTAGCCACTACCTGTACATCAATGAAACTTTATTTGTGTTTTCACTTCTGTGAAAGGGATCAAAGAGGCCAA
Unaligned ( gi|15 ): ACACATGAATATAGTCACTCAGTATATTATTACATTCAAAGGCCACATTAGAGGCATTTGCCACTTAAAAGTAACATTTCGTGTTTATT
Unaligned ( gi|16 ): CCCTAAAAAAGGCATATAGTAATCGCATCCTCCGTCCGTCTGCCCGCTTGTCCGTCCTTCTGTCTGGTATTTTGTTT
Unaligned ( gi|17 ): CCAAACAAGATGGCCACAAGGGCTCGAACAATTTTTACATAGATTTATACATTG
Unaligned ( gi|18 ): TTTTTTATGCCCTCAGAAAATGTTTTTGGGTGGCTAATAGTAATCGCAG