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lowQualScore                  :                             88888888   33  4 6 4 4 8 1              2    111111   1      666666666666666666666666  888            5  
lowQualScore                  :                             ........   ..  . . . . . .              .    ......   .      ........................  ...            .  
lowQualScore                  :                             11111111   00  0 0 0 0 0 9              0    666666   7      222222222222222222222222  888            0  
consensus                     :               ATTCCCCCGCCGAA--------GGC-GAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTCCGT-C-------CG----T--C-----TG---TCTGTAACACTTTTG
Reference ( gi|2 )            :               ATTCCCCCGCCAAA--------GGC-AAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTTCATTTGTCTGTCCGT-C-------TG----T--T-----TG---TCTGTAACACTTGTG
gi|7                          :               ATCCCCACGCTGAA--------GGC-AAA-GTA-G-G-G-TATGGTAATGGTGT-CTGTCCGTTCTTCCAACCAT-C-------TG----T--C-----TG---
gi|23                         :               ATCCCTCTGCCGAA--------GGC-GAA-G-GTG-G-A-TATGGTAATGG
gi|10                         :            cattTTCCCCCGCTAAA--------GGTGAAA-G-G-G-G-A-AATGGTACTGGTCT-CCCTCCATCCGTCAGTCC
gi|4                          :                tTCCCCTGCCACA--------GAT-GAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGG-------------TGTCTGTGCG--C-------CG----T--TCCAAGTGCGATCTGTAACACTT
gi|9                          :               taTCCCCCGCCGAACTTCGGAAGGC-AAA-G-G-GTG-A-TATGGTAACGGTCT-tt
gi|6                          : tgtagagtttttgttaTCACCCGCCGAA--------GGT---------G-G-A-TCCGGTAATGGTCA-CCGTGC--------GTGCAT-G-------CA----T--G-----TG---TCTGTTACACTTTTGtggt
gi|22                         :                ttaCCCCGACGAA--------GGC-GAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGACT-C
gi|1                          :              ccccctCCCTCCAAA--------GGT-GAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-TCATGCATCCATCAGTGCGTGCATGCATGCG----T--C-----CA---TCTGTAAGACTT
gi|19                         :                  caCCCGCCAAA--------GGC-AAA-GTG-G-G-A-TATGGTAATTGTCTACCGTtt
gi|17                         :             ttatgttCCCGCCGAT--------GGC-GAA-G-GAG-G-A-TATGGCAATGGTGT-CCG----TCTGTCTGT
gi|15                         :                   aaCCGCCGAA--------GGC-AAA-G-T-G-G-A-TAAGATAATGGTTT-TCGTCC----GTCCGTCCGT-C-------TG----T--gaa
gi|16                         :                        CCGAA--------GGT-AAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-CCG----TCTGTCTATCCGT-C-------TG----
gi|8                          :                       aCCAAA--------GGC-ATA-G-G-GTG-A-TACGGTTATGGTCT-CTGTCCGTCCGTCGGTCTGT-G-------TG----T--G-----TG---TCc
gi|12                         :                   cagttaCAAA--------GGC-GAA-G-G-G-GGA-TAAGGCAATGGTCT-CCATCCTTCTGT
gi|13                         :                         tAAA--------GGT-GAACG-G-A-G-A-TATGGTAATGCTCT-CTGTCC----GTCTGTCCAT-gcgtgcatgcatcc
gi|11                         :                   ccactgatAA--------GGC-GGA-GAG-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATGCATCTGTCTGT-C-------gaat
gi|5                          :                    ctcccatgA--------GGC-GAT-G-G-G-G-AATATGGTAATAGTCT-CCGTCCGTCAGTGTGTTTAT-G-------TG----CGGC-----TG---TCTGTAAGACTT
gi|3                          :                            A--------GGC-GAATG-G-G-G-A-TATTGTAATGGTTT-CCGTTCGTGCGTGAGTCCG-----------G----T---------------TATAACACTTTTGt
gi|18                         :                      ttattatcgcaacgacgt-AAG-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTAT-CCATCCGTCCATATGTCCGT-c
gi|21                         :                                  gaggtg-AAG-G-G-G-G-A-TACAGTAATGATCT-CTGTCCGTCTGTCTGT
gi|14                         :                                                    tg-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATCCATCCGTCCAT-A-------TGTCAAT--C-----TG---TCTGTAACACTaaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TTCCATGTGTTCGTGCATGCATCCGACTGTCTGTAACACTTTTG
Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACACT






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lowQualScore                  :                         77777777      7 5 3 3 7 1              1            33   33 777777777777777   5                 
lowQualScore                  :                         ........      . . . . . .              .            ..   .. ...............   .                 
lowQualScore                  :                         22222222      6 7 8 8 6 8              8            44   44 999999999999999   1                 
consensus                     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
Reference ( family-1294 )     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
gi|1                          :                CCCTCCAAA--------GGTGAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-TCATGCATCCATCAGTG--C----GTGCATGCATGCGTCCATCTGTAAGACTTTT
gi|10                         :          caTTCCCCCGCTAAA--------GGTGAAAG-G-G-G-A-AATGGTACTGGTCT-CCCTCCATCCGTCAGTC--C----
gi|11                         :                     tGAA--------GGCGGA-GAG-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATGCATCTGTC--T----GT-C-------
gi|12                         :              ctcccatCAAA--------GGCGAA-G-G-G-GGA-TAAGGCAATGGTCT-CCATCCTTCTGTGCGTG--C----AT-G-------CATC
gi|13                         :                      tAA--------GGTGAACG-G-A-G-A-TATGGTAATGCTCT-CTGTCCGTCTGTCCATc
gi|14                         :                                        ccactgata-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATCCATCCGTC--CATATGT-C-------AATCTGTCTGTAACACTgaat
gi|15                         :                 CCGCCGAA--------GGCAAA-G-T-G-G-A-TAAGATAATGGTTT-TCGTCCGTCCGTCCGTC--T----GT-
gi|16                         :                    CCGAA--------GGTAAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-CCGTCTGTCTATCCGTC--T----G
gi|17                         :               aCCCGCCGAT--------GGCGAA-G-GAG-G-A-TATGGCAATGGTGT-CCGTCTGTCTGTc
gi|18                         :                      aaA--------GGTGAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTAT-CCATCCGTCCATATGTC--C----GT-gaa
gi|19                         :               gCCCGCCAAA--------GGCAAA-GTG-G-G-A-TATGGTAATTGTCTACCGT
gi|2                          :    ttatgttATTCCCCCGCCAAA--------GGCAAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTTCATTTGTCTGTC--C----GT-C-------TGTTTGTCTGTAACACTTGTG
gi|20                         :                                                               T-CCATGTGTTCGTGCATG--C----AT-C-------CGACTGTCTGTAACACTTTTG
gi|21                         :                                    tAG-G-G-G-G-A-TACAGTAATGATCT-CTGTCCGTCTGTCTGT
gi|22                         :            tgaCCCCGACGAA--------GGCGAAGG-G-G-G-A-TATGGTAATGGACT-Caaca
gi|23                         :     ccccctATCCCTCTGCCGAA--------GGCGAA-G-GTG-G-A-TATGGTAATGG
gi|3                          :              cattCGACGTA--------GGCGAATG-G-G-G-A-TATTGTAATGGTTT-CCGTTCGTGCGTGAGTC--C----G-----------GT-----TATAACACTTTTG
gi|4                          : ttattatcgcaaTCCCCTGCCACA--------GATGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTGT-CTGTGCG-CCGT---TC--CAA--GT-G-------CG---ATCTGTAACACTTTTc
gi|5                          :                      taA--------GGCGAT-G-G-G-G-AATATGGTAATAGTCT-CCGTCCGTCAGTGTGTTTAT----GT-G-------CGGCTGTCTGTAAGACTTT
gi|6                          :             TCACCCGCCGAA--------GGTG---------G-A-TCCGGTAATGGTCA-CCGTGCGTGCATGCAT--------------------GT--GTCTGTTACACTTTTG
gi|7                          :        ttaATCCCCACGCTGAA--------GGCAAA-GTA-G-G-G-TATGGTAATGGT-----GTCTGTCCGTTCTTC--C----AA-C-------CATCTGTCTG
gi|8                          :                    CCAAA--------GGCATA-G-G-GTG-A-TACGGTTATGGTCT-CTGTCCGTCCGTCGGTC--T----GT-G-------TGTGTGTC
gi|9                          :       cagttaTCCCCCGCCGAACTTCGGAAGGCAAA-G-G-GTG-A-TATGGTAACGGTCT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACACT






Alignments
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lowQualScore                  :                         77777777      7 5 3 3 7 1              1            33   33 777777777777777   5                 
lowQualScore                  :                         ........      . . . . . .              .            ..   .. ...............   .                 
lowQualScore                  :                         22222222      6 7 8 8 6 8              8            44   44 999999999999999   1                 
consensus                     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
Reference ( family-1294 )     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
gi|1                          :                CCCTCCAAA--------GGTGAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-TCATGCATCCATCAGTG--C----GTGCATGCATGCGTCCATCTGTAAGACTTTT
gi|10                         :          caTTCCCCCGCTAAA--------GGTGAAAG-G-G-G-A-AATGGTACTGGTCT-CCCTCCATCCGTCAGTC--C----
gi|11                         :                     tGAA--------GGCGGA-GAG-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATGCATCTGTC--T----GT-C-------
gi|12                         :              ctcccatCAAA--------GGCGAA-G-G-G-GGA-TAAGGCAATGGTCT-CCATCCTTCTGTGCGTG--C----AT-G-------CATC
gi|13                         :                      tAA--------GGTGAACG-G-A-G-A-TATGGTAATGCTCT-CTGTCCGTCTGTCCATc
gi|14                         :                                        ccactgata-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATCCATCCGTC--CATATGT-C-------AATCTGTCTGTAACACTgaat
gi|15                         :                 CCGCCGAA--------GGCAAA-G-T-G-G-A-TAAGATAATGGTTT-TCGTCCGTCCGTCCGTC--T----GT-
gi|16                         :                    CCGAA--------GGTAAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-CCGTCTGTCTATCCGTC--T----G
gi|17                         :               aCCCGCCGAT--------GGCGAA-G-GAG-G-A-TATGGCAATGGTGT-CCGTCTGTCTGTc
gi|18                         :                      aaA--------GGTGAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTAT-CCATCCGTCCATATGTC--C----GT-gaa
gi|19                         :               gCCCGCCAAA--------GGCAAA-GTG-G-G-A-TATGGTAATTGTCTACCGT
gi|2                          :    ttatgttATTCCCCCGCCAAA--------GGCAAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTTCATTTGTCTGTC--C----GT-C-------TGTTTGTCTGTAACACTTGTG
gi|20                         :                                                               T-CCATGTGTTCGTGCATG--C----AT-C-------CGACTGTCTGTAACACTTTTG
gi|21                         :                                    tAG-G-G-G-G-A-TACAGTAATGATCT-CTGTCCGTCTGTCTGT
gi|22                         :            tgaCCCCGACGAA--------GGCGAAGG-G-G-G-A-TATGGTAATGGACT-Caaca
gi|23                         :     ccccctATCCCTCTGCCGAA--------GGCGAA-G-GTG-G-A-TATGGTAATGG
gi|3                          :              cattCGACGTA--------GGCGAATG-G-G-G-A-TATTGTAATGGTTT-CCGTTCGTGCGTGAGTC--C----G-----------GT-----TATAACACTTTTG
gi|4                          : ttattatcgcaaTCCCCTGCCACA--------GATGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTGT-CTGTGCG-CCGT---TC--CAA--GT-G-------CG---ATCTGTAACACTTTTc
gi|5                          :                      taA--------GGCGAT-G-G-G-G-AATATGGTAATAGTCT-CCGTCCGTCAGTGTGTTTAT----GT-G-------CGGCTGTCTGTAAGACTTT
gi|6                          :             TCACCCGCCGAA--------GGTG---------G-A-TCCGGTAATGGTCA-CCGTGCGTGCATGCAT--------------------GT--GTCTGTTACACTTTTG
gi|7                          :        ttaATCCCCACGCTGAA--------GGCAAA-GTA-G-G-G-TATGGTAATGGT-----GTCTGTCCGTTCTTC--C----AA-C-------CATCTGTCTG
gi|8                          :                    CCAAA--------GGCATA-G-G-GTG-A-TACGGTTATGGTCT-CTGTCCGTCCGTCGGTC--T----GT-G-------TGTGTGTC
gi|9                          :       cagttaTCCCCCGCCGAACTTCGGAAGGCAAA-G-G-GTG-A-TATGGTAACGGTCT-


blockSeqs                     :                         CTTCGGAA      A A A T G A              A            CA   TA ATATGTC           C
blockSeqs                     :                         .             C T T T G .              .            CT   .  AAGTG             C
blockSeqs                     :                         .             G T . . G .              .            GC   .  GTC               T
blockSeqs                     :                         .             T . . . . .              .            CC   .  ATG               C
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            CC   .  GTC               C
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            CC   .  ATC               C
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            CC   .  GTG               G
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            AT   .  AAC               .
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            CT   .  GTG               .
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            GC   .  G                 .
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            CT   .  .                  
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            GA   .                     
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            GT   .                     
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            GC   .                     
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            TC   .                     
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            CG                         
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .            .                          
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .                                       
blockSeqs                     :                         .             . . . . . .              .                                       
blockSeqs                     :                                       . . . . . .              .                                       
blockSeqs                     :                                                 .              .                                       


blockSeqCons                  :                                                                                     GTC************
originalCons                  :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
finalCons                     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--CGTC------------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACACT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                     111111111111111                     
lowQualScore                  :                         77777777      7 5 3 3 7 1              1            33   33 777777777777777   5                 
lowQualScore                  :                         ........      . . . . . .              .            ..   .. ...............   .                 
lowQualScore                  :                         22222222      6 7 8 8 6 8              8            44   44 999999999999999   1                 
consensus                     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
Reference ( family-1294 )     :           ATTCCCCCGCCGAA--------GGCGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTCCGTCCGTCCGTC--C----GT-C-------CGTCTGTCTGTAACACTTTTG
gi|1                          :                CCCTCCAAA--------GGTGAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-TCATGCATCCATCAGTG--C----GTGCATGCATGCGTCCATCTGTAAGACTTTT
gi|10                         :          caTTCCCCCGCTAAA--------GGTGAAAG-G-G-G-A-AATGGTACTGGTCT-CCCTCCATCCGTCAGTC--C----
gi|11                         :                     tGAA--------GGCGGA-GAG-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATGCATCTGTC--T----GT-C-------
gi|12                         :              ctcccatCAAA--------GGCGAA-G-G-G-GGA-TAAGGCAATGGTCT-CCATCCTTCTGTGCGTG--C----AT-G-------CATC
gi|13                         :                      tAA--------GGTGAACG-G-A-G-A-TATGGTAATGCTCT-CTGTCCGTCTGTCCATc
gi|14                         :                                        ccactgata-TATGGTAATGGTCT-CCATCCATCCATCCGTC--CATATGT-C-------AATCTGTCTGTAACACTgaat
gi|15                         :                 CCGCCGAA--------GGCAAA-G-T-G-G-A-TAAGATAATGGTTT-TCGTCCGTCCGTCCGTC--T----GT-
gi|16                         :                    CCGAA--------GGTAAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTCT-CCGTCTGTCTATCCGTC--T----G
gi|17                         :               aCCCGCCGAT--------GGCGAA-G-GAG-G-A-TATGGCAATGGTGT-CCGTCTGTCTGTc
gi|18                         :                      aaA--------GGTGAA-G-G-G-GGA-TATGGTAATGGTAT-CCATCCGTCCATATGTC--C----GT-gaa
gi|19                         :               gCCCGCCAAA--------GGCAAA-GTG-G-G-A-TATGGTAATTGTCTACCGT
gi|2                          :    ttatgttATTCCCCCGCCAAA--------GGCAAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTCT-CCGTTCATTTGTCTGTC--C----GT-C-------TGTTTGTCTGTAACACTTGTG
gi|20                         :                                                               T-CCATGTGTTCGTGCATG--C----AT-C-------CGACTGTCTGTAACACTTTTG
gi|21                         :                                    tAG-G-G-G-G-A-TACAGTAATGATCT-CTGTCCGTCTGTCTGT
gi|22                         :            tgaCCCCGACGAA--------GGCGAAGG-G-G-G-A-TATGGTAATGGACT-Caaca
gi|23                         :     ccccctATCCCTCTGCCGAA--------GGCGAA-G-GTG-G-A-TATGGTAATGG
gi|3                          :              cattCGACGTA--------GGCGAATG-G-G-G-A-TATTGTAATGGTTT-CCGTTCGTGCGTGAGTC--C----G-----------GT-----TATAACACTTTTG
gi|4                          : ttattatcgcaaTCCCCTGCCACA--------GATGAA-G-G-G-G-A-TATGGTAATGGTGT-CTGTGCG-CCGT---TC--CAA--GT-G-------CG---ATCTGTAACACTTTTc
gi|5                          :                      taA--------GGCGAT-G-G-G-G-AATATGGTAATAGTCT-CCGTCCGTCAGTGTGTTTAT----GT-G-------CGGCTGTCTGTAAGACTTT
gi|6                          :             TCACCCGCCGAA--------GGTG---------G-A-TCCGGTAATGGTCA-CCGTGCGTGCATGCAT--------------------GT--GTCTGTTACACTTTTG
gi|7                          :        ttaATCCCCACGCTGAA--------GGCAAA-GTA-G-G-G-TATGGTAATGGT-----GTCTGTCCGTTCTTC--C----AA-C-------CATCTGTCTG
gi|8                          :                    CCAAA--------GGCATA-G-G-GTG-A-TACGGTTATGGTCT-CTGTCCGTCCGTCGGTC--T----GT-G-------TGTGTGTC
gi|9                          :       cagttaTCCCCCGCCGAACTTCGGAAGGCAAA-G-G-GTG-A-TATGGTAACGGTCT-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACACT