lowQualScore : 1 11111 2222 1111111111 111111111 1111 1 1
lowQualScore : 2 2 66 6 33333 2 2 2 0 8888 55555 0000000000 2 5555 33 0 000000000 0000 5555 4 55 2 88 9999 6 5 1
lowQualScore : . . .. . ..... . . . . .... ..... .......... . .... .. . ......... .... .... . .. . .. .... . . .
lowQualScore : 9 7 33 7 00000 7 7 7 4 6666 99999 9999999999 5 3333 44 1 000000000 9999 3333 4 99 7 11 3333 0 4 6
consensus : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCTTTCA-ATATGT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGTGATTAA---------TGT---TA----TATGTATTAAAATG-ATGTAC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTTTAAAC
Reference ( gi|8 ) : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATTGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCTTTCA-TAATGT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGTGATTAA---------TGC---TA----TATGTTTTAAAATG-ATGTAC-A-TTTT-T--AATAAAACACTGCTTTAAC
gi|2 : ACAGATTCTA-AAA-AG--GTTATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATTCCTTTCAATATTGTCTTCAATTCT----------TG-T----T--GTTGTGATTAA---------TGT---TA----TATGTATTAAAATG-ATGTAC-A-TTTTCT--AACAAAATACTGTTTAAAC
gi|4 : aACATATTCTA-AAA-AA--GTCAAAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCTTTCA-AGATGT-----ACTCT----------CG-T----T--AATTTGATCAA---------TGT---TACGAGTATGTTTTAAAATG-GTGTAC-A-TTTTGT--AATTAAATACTGTT
gi|10 : gaaACGGATTCTA-AAA-AA--GTTACAGAC-----A-TA-C-TTCTGCATCGATTTCA-ATATGT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGTGATTAA---------TGT---TA----TATGTATTGAAATA--------A-TTTT-A--AATAAAATACTGTTTAAAC
gi|16 : aaACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-AA-C-CTCTGCAT---------------------CTCT----------TG-T----T--ATTGTGATTAA---------TGTTAATA----TATGTATAAAAATG-ATGTAC-G-TTTT-T--
gi|6 : gaACATATTCTA-ACA-AA--TCCATAGAC-----T-AA-GATTTTG-ATCGCTTTCA-TTACAT-----GCTCT----------TG-G----T--AATGTGATTAA---------TGT---TA----TTTGTCTTAAAATT-GTGTATAA-TTTT-G--AAT-AAATACTGGTT
gi|15 : gaaACAGATTCTA-GAA-TT--GTCATAAAT-----T-TAAC-CTTTGCATCCCTTTCA-ATATGT-----ACTTT----------TGAT----T--AATGTGATTAA---------TAT---TG----CATGTAATCAAATG-CTGaga
gi|14 : aaACAGATTCTA-AAA-AA--GTAAA-AATA----T-TA-C-TTATGCATTC-TTTGA-TA----------CTCT----------TG-T----T--AATATAATTAA---------TGT---AG----TATGTATTAAGACT-ATGTAC-A-TTTT-T--
gi|12 : aaACAGATTCTA-CAC-AA--GTCATATAC-----A-AA-C-TTCTGCACCCCTTTCA-ATATGT-----ACTC
gi|1 : aACAGACTTTA-AAA-AAT-GTCATGGAC-----A-AA-C-TTCTGCATCTGTTTCA-GTGTGT-----ACTCTGAGGGCCTCGTG-TAAGATTAACTCTGGCTAATGTCAGAATTGT---TA----TGTGTATTAAAATACATA-AC-A-GTTT-T--AATAAAATACaagtttaggtcatatactgaaaataatgattatgcactaataatcataaacaacatatt
gi|20 : ggaaACAGATTCTA-AAATAA--GTCATATAC-----T-TA-C-TCATGTATCACTTTCA-----AT-----ACTCgtaacatactgttaaaact
gi|5 : aAGATTCTA-AAA-AA--ATCATAGAC-----T-GA-C-GTCTACATCCTTTTCA-GTATGT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTATGATTCG---------TGT---TA----TTTGCGTTAAAATG-CTGTAC-AGCTTT-G--AATGACATACTGTTTGAAC
gi|3 : aaaATTCTA-AAA-AACAGCCGTAGACGTACATGTA-C-TTCTTCATCCCTTCCA-ATGTGT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGTGATCAA---------TGT---TA----TATGTATTAAAATG-ATGTAC-A--TCT-T--AATAAAATATTGTTTAAAC
gi|9 : cctATACTATAAC-AA--ATCATAAAC-----T-TA-C-TTCAGAATCCGCTTCA-ATATGT-----ATTCT----------TA-T----T--AATGTGATTTA---------TGT---CA----TATGTATCAATATA-CTTTAT-A---TT-T--AATAAAATACCATTTAAAC
gi|11 : TCTA-AAT-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-CTCTGTATCCCTTTCA-TTATGT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGTGATTAA---------TGT---TT----TATGTATTAAAATG-ATGTAC-ATTTTT-T--TATAAAATACAGTTTAAACta
gi|13 : AA-AT--GACATTGGCAT---T-TA-C-TGCTGCATCCCTTTCA-ATTTAT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGTGTTTTA---------TGT---TG----TATGTATTAAA------------------T--AATAAAATACTGTTATAA
gi|17 : ttTCCCTTTCA-ATATGT-----ACTCT----------T--T----T---TTGTGATTAA---------TGT---TA----TATATATTAAAATT-ATGTAC-A-TTTT-TG-AATAAAATACTGTTTAAACacta
gi|18 : TTTAA-TA-CAT-----ACTCT----------TG-T----T--ATTGCGTGTA----------TAT---TA----TGTCTGTCAAAGTG-CTGTAC-A-CTCT-A--AACAAGATACTGCTTTAACt
gi|19 : tTCT----------TA-T----T--ATTGTGACTAA---------TGG---TA----TATGTATTAAAATG-ATGTAC-A-TTTT-TTCAATAAAATACTGTTTAAACt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): AACATATTCTATAGAAGTCACTGACTTCCTGTATCCCCGTATTCAATGTGTACGATTGTTTGATACCTTATATTTGATATGTACATATAATGCTGGACACTTTATTAAAATACTGTTTAAA
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 2 55 88888 2 2 2 333 0 2 55555 333 9999999999 333 2 8888 22 0 333 888888888 333 4444444 2 2 33 2 2 66 0000 2
lowQualScore : . . .. ..... . . . ... . . ..... ... .......... ... . .... .. . ... ......... ... ....... . . .. . . .. .... .
lowQualScore : 5 5 99 22222 4 4 4 777 5 2 66666 777 2222222222 777 1 9999 99 7 777 444444444 777 7777777 1 1 66 2 2 77 1111 9
consensus : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
Reference ( family-1290 ) : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
gi|1 : ACAGACTTTA-AAA-AAT-GTCATGGAC-----A-AA-C-TTCTGCATCTGT---TTCAGTGT-GT-----ACTC---TGAGGGCCTCGT---G-TAAGATTAACTCTGGC---TAATGTCAGAATTGT---T--A----TGTGTAT-TAA-AAT-ACATAAC-A-GTTT-T--AATAAAATAC
gi|10 : ggaaACGGATTCTA-AAA-AA--GTTACAGAC-----A-TA-C-TTCTGCATCGAT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TGA-AATA--------A-TTTT-A--AATAAAATACTGTT-TAAACgtaacatactgttaaaact
gi|11 : aaTCTA-AAT-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-CTCTGTATCCCT---TTCATTAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--T----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-ATTTTT-T--TATAAAATACAGTT-TAAAC
gi|12 : ACAGATTCTA-CAC-AA--GTCATATAC-----A-AA-C-TTCTGCACCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTCAAGT----------TTAGG-TCATAT--ACTGAAAA---TAA---------TGA---T-------TATGCAC-TAATAATCATAA-AC-A-
gi|13 : aAT-----T-TA-C-TGCTGCATCCCT---TTCAATTT-AT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGTT---TTA---------TGT---T--G----TATGTAT-TAA-A------------------T--AATAAAATACTGTTATAAACacatatt
gi|14 : ttaaatgacattggcACAGATTCTA-AAA-AA--GTAA-AAATA----T-TA-C-TTATGCATTC-T---TTGA------T-----ACTC---T----------T---G-T----T--AATATAAT---TAA---------TGT---A--G----TATGTAT-TAA-GACTATGT-AC-A-TTTT-T--ta
gi|15 : aaACAGATTCTA-GAA-TT--GTCATAAAT-----T-TAAC-CTTTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTT---T----------T---GAT----T--AATGTGAT---TAA---------TAT---T--G----CATGTAA-TCA-AATGCTG
gi|16 : aaACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-AA-C-CTCTGCAT------------------------CTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGTTAAT--A----TATGTAT-AAA-AATGATGT-AC-G-TTTT-T--
gi|17 : gaTCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T-----T----T---TTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATATAT-TAA-AATTATGT-AC-A-TTTT-TG-AATAAAATACTGTT-TAAAC
gi|18 : T---TTTAATAC-AT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGCG-T---GTA---------TAT---T--A----TGTCTGT-CAA-AGTGCTGT-AC-A-CTCT-A--AACAAGATACTGCT-TTAACt
gi|19 : TC---T----------T---A-T----T--ATTGTGAC---TAA---------TGG---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-TTCAATAAAATACTGTT-TAAACt
gi|2 : ACAGATTCTA-AAA-AG--GTTATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATTCCT---TTCAATATTGTCTTCAATTC---T----------T---G-T----T--GTTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTTCT--AACAAAATACTGTT-TAAACt
gi|20 : aACAGATTCTA-AAATAA--GTCATATAC-----T-TA-C-TCATGTATCACT---TTCAATA
gi|3 : aATTCTA-AAA-AACAGCCGTAGACGTACATGTA-C-TTCTTCATCCCT---TCCAATGT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---CAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A--TCT-T--AATAAAATATTGTT-TAAACctc
gi|4 : cctACATATTCTA-AAA-AA--GTCAAAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAAGAT-GT-----ACTC---T----------C---G-T----T--AATTTGAT---CAA---------TGT---T--ACGAGTATGTTT-TAA-AATGGTGT-AC-A-TTTTGT--AATTAAATACTGTT-
gi|5 : gaaAGATTCTA-AAA-AA--ATCATAGAC-----T-GA-C-GTCTACATCCTT---TTCAGTAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTATGAT---TCG---------TGT---T--A----TTTGCGT-TAA-AATGCTGT-AC-AGCTTT-G--AATGACATACTGTT-TGAAC
gi|6 : aaaACATATTCTA-ACA-AA--TCCATAGAC-----T-AA-GATTTTG-ATCGCT---TTCATTAC-AT-----GCTC---T----------T---G-G----T--AATGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TTTGTCT-TAA-AATTGTGT-ATAA-TTTT-G--AAT-AAATACTGGT-TAGA
gi|7 : gaaACATATTCTA-TAG-AA--GTCACTGAC-----T-T-----CCTGTATCCCCGTATTCAATGT-GT-----ACGA---T----------T---G-T----T------TGATACCTTA---------TAT---TTGA----TATGTACATAT-AATGCTGG-AC-A-CTTT----ATTAAAATACTGTT-TAAA
gi|8 : aACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATTGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCATAAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGC---T--A----TATGTTT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAACACTGCT-TTAAC
gi|9 : ATACTATAAC-AA--ATCATAAAC-----T-TA-C-TTCAGAATCCGC---TTCAATAT-GT-----ATTC---T----------T---A-T----T--AATGTGAT---TTA---------TGT---C--A----TATGTAT-CAA-TATACTTT-AT-A---TT-T--AATAAAATACCATT-TAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 2 55 88888 2 2 2 333 0 2 55555 333 9999999999 333 2 8888 22 0 333 888888888 333 4444444 2 2 33 2 2 66 0000 2
lowQualScore : . . .. ..... . . . ... . . ..... ... .......... ... . .... .. . ... ......... ... ....... . . .. . . .. .... .
lowQualScore : 5 5 99 22222 4 4 4 777 5 2 66666 777 2222222222 777 1 9999 99 7 777 444444444 777 7777777 1 1 66 2 2 77 1111 9
consensus : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
Reference ( family-1290 ) : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
gi|1 : ACAGACTTTA-AAA-AAT-GTCATGGAC-----A-AA-C-TTCTGCATCTGT---TTCAGTGT-GT-----ACTC---TGAGGGCCTCGT---G-TAAGATTAACTCTGGC---TAATGTCAGAATTGT---T--A----TGTGTAT-TAA-AAT-ACATAAC-A-GTTT-T--AATAAAATAC
gi|10 : ggaaACGGATTCTA-AAA-AA--GTTACAGAC-----A-TA-C-TTCTGCATCGAT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TGA-AATA--------A-TTTT-A--AATAAAATACTGTT-TAAACgtaacatactgttaaaact
gi|11 : aaTCTA-AAT-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-CTCTGTATCCCT---TTCATTAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--T----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-ATTTTT-T--TATAAAATACAGTT-TAAAC
gi|12 : ACAGATTCTA-CAC-AA--GTCATATAC-----A-AA-C-TTCTGCACCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTCAAGT----------TTAGG-TCATAT--ACTGAAAA---TAA---------TGA---T-------TATGCAC-TAATAATCATAA-AC-A-
gi|13 : aAT-----T-TA-C-TGCTGCATCCCT---TTCAATTT-AT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGTT---TTA---------TGT---T--G----TATGTAT-TAA-A------------------T--AATAAAATACTGTTATAAACacatatt
gi|14 : ttaaatgacattggcACAGATTCTA-AAA-AA--GTAA-AAATA----T-TA-C-TTATGCATTC-T---TTGA------T-----ACTC---T----------T---G-T----T--AATATAAT---TAA---------TGT---A--G----TATGTAT-TAA-GACTATGT-AC-A-TTTT-T--ta
gi|15 : aaACAGATTCTA-GAA-TT--GTCATAAAT-----T-TAAC-CTTTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTT---T----------T---GAT----T--AATGTGAT---TAA---------TAT---T--G----CATGTAA-TCA-AATGCTG
gi|16 : aaACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-AA-C-CTCTGCAT------------------------CTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGTTAAT--A----TATGTAT-AAA-AATGATGT-AC-G-TTTT-T--
gi|17 : gaTCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T-----T----T---TTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATATAT-TAA-AATTATGT-AC-A-TTTT-TG-AATAAAATACTGTT-TAAAC
gi|18 : T---TTTAATAC-AT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGCG-T---GTA---------TAT---T--A----TGTCTGT-CAA-AGTGCTGT-AC-A-CTCT-A--AACAAGATACTGCT-TTAACt
gi|19 : TC---T----------T---A-T----T--ATTGTGAC---TAA---------TGG---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-TTCAATAAAATACTGTT-TAAACt
gi|2 : ACAGATTCTA-AAA-AG--GTTATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATTCCT---TTCAATATTGTCTTCAATTC---T----------T---G-T----T--GTTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTTCT--AACAAAATACTGTT-TAAACt
gi|20 : aACAGATTCTA-AAATAA--GTCATATAC-----T-TA-C-TCATGTATCACT---TTCAATA
gi|3 : aATTCTA-AAA-AACAGCCGTAGACGTACATGTA-C-TTCTTCATCCCT---TCCAATGT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---CAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A--TCT-T--AATAAAATATTGTT-TAAACctc
gi|4 : cctACATATTCTA-AAA-AA--GTCAAAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAAGAT-GT-----ACTC---T----------C---G-T----T--AATTTGAT---CAA---------TGT---T--ACGAGTATGTTT-TAA-AATGGTGT-AC-A-TTTTGT--AATTAAATACTGTT-
gi|5 : gaaAGATTCTA-AAA-AA--ATCATAGAC-----T-GA-C-GTCTACATCCTT---TTCAGTAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTATGAT---TCG---------TGT---T--A----TTTGCGT-TAA-AATGCTGT-AC-AGCTTT-G--AATGACATACTGTT-TGAAC
gi|6 : aaaACATATTCTA-ACA-AA--TCCATAGAC-----T-AA-GATTTTG-ATCGCT---TTCATTAC-AT-----GCTC---T----------T---G-G----T--AATGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TTTGTCT-TAA-AATTGTGT-ATAA-TTTT-G--AAT-AAATACTGGT-TAGA
gi|7 : gaaACATATTCTA-TAG-AA--GTCACTGAC-----T-T-----CCTGTATCCCCGTATTCAATGT-GT-----ACGA---T----------T---G-T----T------TGATACCTTA---------TAT---TTGA----TATGTACATAT-AATGCTGG-AC-A-CTTT----ATTAAAATACTGTT-TAAA
gi|8 : aACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATTGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCATAAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGC---T--A----TATGTTT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAACACTGCT-TTAAC
gi|9 : ATACTATAAC-AA--ATCATAAAC-----T-TA-C-TTCAGAATCCGC---TTCAATAT-GT-----ATTC---T----------T---A-T----T--AATGTGAT---TTA---------TGT---C--A----TATGTAT-CAA-TATACTTT-AT-A---TT-T--AATAAAATACCATT-TAAAC
blockSeqs : T T CA GTACA G A A GTA T CTTCA AAG . TAG A CATA . ACC . TAA ACGAG A T GA . A TT TTC A
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TGA . . CA . . GC TG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TA . . T CT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . GC . . T GT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . GA . . T A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . TA . . T T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . GC . . C T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GA . . T T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GA . . T T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GA . . T A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GG . . T T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GC . . C G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TG . . T G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GC . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . GA . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . AC . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ********** **** ** ********* GA
originalCons : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
finalCons : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
Alignments
lowQualScore : 1111
lowQualScore : 2 2 55 88888 2 2 2 333 0 2 55555 333 9999999999 333 2 8888 22 0 333 888888888 333 4444444 2 2 33 2 2 66 0000 2
lowQualScore : . . .. ..... . . . ... . . ..... ... .......... ... . .... .. . ... ......... ... ....... . . .. . . .. .... .
lowQualScore : 5 5 99 22222 4 4 4 777 5 2 66666 777 2222222222 777 1 9999 99 7 777 444444444 777 7777777 1 1 66 2 2 77 1111 9
consensus : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
Reference ( family-1290 ) : ACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAATACTGTT-TAAAC
gi|1 : ACAGACTTTA-AAA-AAT-GTCATGGAC-----A-AA-C-TTCTGCATCTGT---TTCAGTGT-GT-----ACTC---TGAGGGCCTCGT---G-TAAGATTAACTCTGGC---TAATGTCAGAATTGT---T--A----TGTGTAT-TAA-AAT-ACATAAC-A-GTTT-T--AATAAAATAC
gi|10 : ggaaACGGATTCTA-AAA-AA--GTTACAGAC-----A-TA-C-TTCTGCATCGAT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TGA-AATA--------A-TTTT-A--AATAAAATACTGTT-TAAACgtaacatactgttaaaact
gi|11 : aaTCTA-AAT-AA--GTCATAGAC-----T-TA-C-CTCTGTATCCCT---TTCATTAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGT---T--T----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-ATTTTT-T--TATAAAATACAGTT-TAAAC
gi|12 : ACAGATTCTA-CAC-AA--GTCATATAC-----A-AA-C-TTCTGCACCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTCAAGT----------TTAGG-TCATAT--ACTGAAAA---TAA---------TGA---T-------TATGCAC-TAATAATCATAA-AC-A-
gi|13 : aAT-----T-TA-C-TGCTGCATCCCT---TTCAATTT-AT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGTT---TTA---------TGT---T--G----TATGTAT-TAA-A------------------T--AATAAAATACTGTTATAAACacatatt
gi|14 : ttaaatgacattggcACAGATTCTA-AAA-AA--GTAA-AAATA----T-TA-C-TTATGCATTC-T---TTGA------T-----ACTC---T----------T---G-T----T--AATATAAT---TAA---------TGT---A--G----TATGTAT-TAA-GACTATGT-AC-A-TTTT-T--ta
gi|15 : aaACAGATTCTA-GAA-TT--GTCATAAAT-----T-TAAC-CTTTGCATCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTT---T----------T---GAT----T--AATGTGAT---TAA---------TAT---T--G----CATGTAA-TCA-AATGCTG
gi|16 : aaACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATAGAC-----T-AA-C-CTCTGCAT------------------------CTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGTTAAT--A----TATGTAT-AAA-AATGATGT-AC-G-TTTT-T--
gi|17 : gaTCCCT---TTCAATAT-GT-----ACTC---T----------T-----T----T---TTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATATAT-TAA-AATTATGT-AC-A-TTTT-TG-AATAAAATACTGTT-TAAAC
gi|18 : T---TTTAATAC-AT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGCG-T---GTA---------TAT---T--A----TGTCTGT-CAA-AGTGCTGT-AC-A-CTCT-A--AACAAGATACTGCT-TTAACt
gi|19 : TC---T----------T---A-T----T--ATTGTGAC---TAA---------TGG---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-TTCAATAAAATACTGTT-TAAACt
gi|2 : ACAGATTCTA-AAA-AG--GTTATAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATTCCT---TTCAATATTGTCTTCAATTC---T----------T---G-T----T--GTTGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTTCT--AACAAAATACTGTT-TAAACt
gi|20 : aACAGATTCTA-AAATAA--GTCATATAC-----T-TA-C-TCATGTATCACT---TTCAATA
gi|3 : aATTCTA-AAA-AACAGCCGTAGACGTACATGTA-C-TTCTTCATCCCT---TCCAATGT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---CAA---------TGT---T--A----TATGTAT-TAA-AATGATGT-AC-A--TCT-T--AATAAAATATTGTT-TAAACctc
gi|4 : cctACATATTCTA-AAA-AA--GTCAAAGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCAAGAT-GT-----ACTC---T----------C---G-T----T--AATTTGAT---CAA---------TGT---T--ACGAGTATGTTT-TAA-AATGGTGT-AC-A-TTTTGT--AATTAAATACTGTT-
gi|5 : gaaAGATTCTA-AAA-AA--ATCATAGAC-----T-GA-C-GTCTACATCCTT---TTCAGTAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTATGAT---TCG---------TGT---T--A----TTTGCGT-TAA-AATGCTGT-AC-AGCTTT-G--AATGACATACTGTT-TGAAC
gi|6 : aaaACATATTCTA-ACA-AA--TCCATAGAC-----T-AA-GATTTTG-ATCGCT---TTCATTAC-AT-----GCTC---T----------T---G-G----T--AATGTGAT---TAA---------TGT---T--A----TTTGTCT-TAA-AATTGTGT-ATAA-TTTT-G--AAT-AAATACTGGT-TAGA
gi|7 : gaaACATATTCTA-TAG-AA--GTCACTGAC-----T-T-----CCTGTATCCCCGTATTCAATGT-GT-----ACGA---T----------T---G-T----T------TGATACCTTA---------TAT---TTGA----TATGTACATAT-AATGCTGG-AC-A-CTTT----ATTAAAATACTGTT-TAAA
gi|8 : aACAGATTCTA-AAA-AA--GTCATTGAC-----T-TA-C-TTCTGCATCCCT---TTCATAAT-GT-----ACTC---T----------T---G-T----T--ATTGTGAT---TAA---------TGC---T--A----TATGTTT-TAA-AATGATGT-AC-A-TTTT-T--AATAAAACACTGCT-TTAAC
gi|9 : ATACTATAAC-AA--ATCATAAAC-----T-TA-C-TTCAGAATCCGC---TTCAATAT-GT-----ATTC---T----------T---A-T----T--AATGTGAT---TTA---------TGT---C--A----TATGTAT-CAA-TATACTTT-AT-A---TT-T--AATAAAATACCATT-TAAAC