lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 1 111 111 11 2222 1 44444444444444444444 22222222 11 22222222 1 111111 22 1111 33333333333333333333333333333333333333 22 111 111 4444444444444 1 2222222222222 555555555555 11 1 1 1 11 22222 1 11
lowQualScore : 1 5 6 7 777 0 6 0 444 55 4 7 2222 8 0 0 6 0 66666666666666666666 99 44444444 8 44 44444444 0 8 444444 77 2 5 0 5555 5 11111111111111111111111111111111111111 44 1 6 5 22 888 666 888 0 8 9 4 3 5 22 6 6 6666666666666 2 0 5555555555555 5 1 4 1 111111111111 11 1 6 3 0 5 6 2 11 1 55 5 6 5 5 7 55 777 5 66 5 5 7 5 77777 9999 7 99
lowQualScore : . . . . ... . . . ... .. . . .... . . . . . .................... .. ........ . .. ........ . . ...... .. . . . .... . ...................................... .. . . . .. ... ... ... . . . . . . .. . . ............. . . ............. . . . . ............ .. . . . . . . . .. . .. . . . . . .. ... . .. . . . . ..... .... . ..
lowQualScore : 0 0 0 0 000 8 0 8 000 66 4 8 0000 0 8 8 6 6 88888888888888888888 22 22222222 3 77 22222222 0 6 444444 99 2 0 1 8888 0 55555555555555555555555555555555555555 99 1 0 7 44 666 111 777 9 1 6 6 7 7 99 0 0 6666666666666 2 8 7777777777777 0 0 3 0 000000000000 00 8 7 2 5 6 6 5 77 9 88 0 6 7 0 9 55 222 0 99 1 0 1 5 99999 4444 0 88
consensus : CACAACTAAATGACAGTAATGATATTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATAATATTAAATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATACACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GT--CTAC--------TATAATTGTCCTG--------TAGTCT-TGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCT-AAAAAATAAC-ACAACTCCTATA---NTGTTAT-TTCTTATATCTCT-C----TTT--TTTTTCT-T-T------T-TTTCATACAGGNTCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGNGTAATCTAATCAACCACATGTAATAAACGCT--TCTTGTAATGA-ACTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCNCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTC--GT-AATTATTAAGGCTTATG------GCTATTATGTATCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTC------A----ATT--TGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGC-TCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTATGAAACNA-TTC-TTTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATA-NACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Reference ( gi|3 ) : CACAATTAAATGCCGGTATTGATGTTAGTTGTA--CCCACTTTGCTTTATAATATTAAATTAATAATATA---AGTAGTGTCCAATTAATCAAT-CTTTTATACACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATATAATATCCGTGTAACA---------------T----GT--CTAC--------TAAAGTTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAGATATGATCA------CATCTTAAAAAATAAC-ACAACTCCTATA---TTGTTAT-TTCTTATATCTCTCCCCTCTTTGCTTTTTCTCTCTC--TCCTCTTTCATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATACTTC-GGGC-TAATCAACTCAACCACATGTAATAAACACT--TCTTGTAATGA-ACTTTTATTTCATCTAATGTGAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACATTGGTGTTATCAGACTGTTTGTCGTC-TATAAATTACTAAGCCTTATG------ACTATCATATATCTGTTATGTAAAATATGCTTACATTC------C----GTT--TGAAACGTTTT-TATGCATTTTGTATATAAAACATTTCACAAGTACTATATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCAG-TCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTATGAAACCA-TTC-TTTATAGTTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TGAAT-ATCAAACAGCATTATATAATA-ATCAGTAT----TGTAACCCAAAACTATGTAATGACTATACACATTATAATA
gi|5 : CACAACTGAATGACAGTAATGATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCATTATAATATTAAATTTATGATATA---AGTAGTGTCCAATTTATGAAT-CTGTTATACACATATTTCGAGTATTGATTATAATGT-AAACATGTCCTGATCCAATATCCGTGTAACA---------------T----GT--CTAC--------TATAATTGTCCTG--------TAG------CGGTATTATGAATATCAACGTTACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCTTAAAAAATAAC-ACAACTCTTTTA---TTGTTAT-TTCTTATATCTCTCCCCTCTTTGCTTTATATCTCTC--CCCTGT---ATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGC-TAATCGACTCAACCACATGTAATAAACACT--TCTTGTAATGA-ACTTTTATTTCATCTAATGTAAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGT
gi|4 : ttaaatctatataattccaaaatgaatgttcattgttatgaaaccaaacttaatactgattgtttctgcatatttttattcactaagaatagttaatacacaaagtttattacaaaatcacagtgacgataatagttctcacttCACAATTAAATGACAGTAATGATGTAAGTTGTATCTCTACCT--CTTCATA
gi|9 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactaCACAACCAATTGACAGTTATGATATTAGTCGTA--TCAATTTTGCTTTCCAAAATAAAATTGATGAGATA---AATTGTGTCCACTTGACTAAGATTTTTACACACCTAATTCGAGTATTGATAACAATGTCAAAC-TGTCCTG-TTTAAGATCCGTTTAACATGAAATGAACATATTT----GT--TTAC--------TATAATTGTCCTGGGTTTTTTTAATCT-----GTATTACAAATATCAACGTCACAATGTACTTGGTATGATTAATGTAAGTAAGCTCACAATGTCATCTT---AGATTAC-ATCACTCTGAAAAAGTTGCTA------TA-ATTTC-----------CTTTCTCTCTTTCGTTTATATATCATATA-------TGTTATATCTATACtatggaggaaataaagattatatatatataatattaaattaatgatatcaatagtgtccacgttattaattttttatgcacatatttcgagtagtgataacaatgtaaacatgtcatgattcaatatccgtgtaacatgtctactataactgtcctgtagtctatgcggtattatgaatatcaacgtcacattgcatttggtataattaatgtaaatatgatcacatcaaaagaaagaaagacaactcctacatggttatttcttatatctctatcctatttcatacagaatcggtattatattaagaccatcatcgaatatgcttcgggctattcgactcaaccacatgtaataaacacttcttgtaattaacttatatgtcatctaatgtgaagaacaaataccgcttcttcgttttttacgtaatgttgatgttatcagactgtttgtcgtctgttaattactaagccttatagctattatatatatgttatgtaaaatgtgctaacattcaatttgtaacgtttt
gi|1 : ttctcacttcacaaccatttgacaccaacgacaacagatctcacttcacaaccaattgacaataacgacaacatttctcacttTAATATTAGTTGTG--TCCACTTTGCTTTATAATATTAAATTACTGAT-TA---AGTAGTGTCCGCGTAATTA-T-TTTTTATACACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTACCA---------------TTACAGTGACTA---------TAAAG--GTCCTG--------TAGTCTTTGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTCCATATGATCA------CGTCT--AAAAATAAC-ACAACTCCTATA---ATAT-ATATTCTTATAT---------CTTTATTATTTCC-----------------TACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGTGTAATCTTATCAACCACATGTAATAAAAG-----CGTGTAATGAGA--TTTGTGTCCTCTTACGTGAAGAACCAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTAACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGT---------------TTATTAAGGCTTATG------GGTATATTGTATCTGTTATGTAAAATGTGCTTATATTC------A----ATT--TGTAACTTTTG-TATACATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATTAAAATCTAGACGTTGTCGCCGC-TCG-TTGATACGCATTTTGTATTAG-TTTACAGTTTAAATTATGAAACAA-TTC-TTTA-------------TGGCATG--TT-T-------TT--TAAAT-----AATAGCATTATATAATA-TACTGTAT----TGTTACCCCAAACTATGTAATGAATATGCACGTTATAATA
gi|2 : agttgcaagtgtatagcttttgtgttctttgttgtgttatttctacaggaaatattgtattcaatgttgttagaactcgtgattatatccaattttataatgttattgtatatattatggtgggttatttgatccctttgaactaataattttgggttgattgttatgataccaaacttaatactgattgtttcttcatatttttattcattaagaatagttaatacacaatacttattacaaaaagacggtaacaaaaacagttctcacttcacaatgATATTATTTTTG--TCCACTTTGCTTCATAATATTAAATTAATGATATATTAAGTAGTGTCCGCGTAATTAGG--TTTTATACACATATTTCGATTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCCGATTTAATATCCGTGTACCA---------------T----GT--CTACAGTGAGTATAAA--TGTCATG--------TAGTCTGTGCGGTATTATGAATATCAACCTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTACATATGATCA------CATCT--AAAAATAAC-ACAACTCCTATA---ATGTTAT-TTCTTATATCT-------------TTATTAT-------------TTCATACAGAATC-GTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGTGTAATCTAATCAACCGCATGTAATAAAAGTG--TCTTGTAATGA-GATTTTGTGTCATTTTAAGTGAAGAACGAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTGTCAGACTGTTTGCTGTCGGAT-TATTATTAAGGCTTATG------GCTATATTGTATCTGTTATGTACAATTTGCCTACATTC------A----ATT--TGTAACGTTTT-t
gi|4 : agttgcaagtgtatagctattgtgttcttcgttgtgttacttctacaggaaatattgtatccaatgttgttagaacttgtgattatatccaatttcacaatgttattgtatatattatggtggattatttgaaccttttgaactaatacttttgggttgactgttatgataccaaacttaatactgatagtttcttcatatttttattcactaagaatagttgatacacaatacttattacaaaatgacagtagcaataacagttctcacttcacaatcgaaaaTATAATATTAAATTAATGATATC---AATAGTGTCCACGTTATTAAT-TTTTTATGCACATATTTCGAGTAGTGATAACAATGT-AAACATGTCATGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GT--CTAC--------TATAACTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACATTGCATTTGGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATCAAAAGAAAGAAAGACAACTCCTACA---TGGTTAT-TTCTTATATC----------------------TCTA--TCCTATTTCATACAGAATCGGTATTATATTAAGACCATCATCGAATATGCTTC-GGGC-TATTCGACTCAACCACATGTAATAAACACT--TCTTGTAATTA-ACTTATATGTCATCTAATGTGAAGAACAAATACCGCTT-CTTCGTTTTTTACGTAATGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTC-TGTTAATTACTAAGCCTTATA------GCTATTATATATATGTTATGTAAAATGTGCTAACATTC------A----ATT--TGTAACGTTTT-ata
gi|14 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactacacaattaaatgacagtaatgatgtaagttgtatctctacctcttcatatatggaggaaataaagattatatataA---------------T----GT--CTAC--------TATAATTGTCCTG--------TGTTCTATGCTGTATTATGAATTTCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCT---ATAAT-AT-ACAACTCCTATA---ATATCAT-TTCCTATATCTCTCC------------TTC-----------------ATACATGTTCGGTATTATTCTTGTACCATCTCCGGATA
gi|7 : CACAATGCATTTTGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATCT---AAAATAAC-ATCACTCC--TA---GTATTAT-TTCTCATCTCTCT------TTTG-------------------------TAAAGGCTCGGTATAAGATTTATGCCATCTCCGAATATGCTTC-GGGG-TAATTTAATCAACCACATGTAAT--ACACTTGTCTTGTAATGA-ACTTTTATGTCATCTTAGGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTGGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTAGCAGACTGTTTGTCGTC-TGTTAATTATTAAGGCTTATGGTTATAACTAGTATGTATCTGTTATGTAAAAAATcg
gi|8 : ATCA------CATCTTAAAA--TGAC-ATCACTCGTATA---ATATTAT-TTCTTATATATTTTCctagactttgtccccactcgactgatacccattttgtattagtttacatcaaaaattatgatcactaattcatatgtctaaaactagtatgattttgataatttaaatattaagcagcattacataatatactgtattgttacccaaaaccatgtaatgaatatatacattataataca
gi|8 : TTTCATACAGGCTTTGTATTATATTTTTACCATCTCCGGATATGCTTCTGGGG-TAATCTAATCAACCAGATGTAA-AAACGCG--TCTTGTTATGA-GCTTTTGTGTCATCTTACATGAAGAACGAATACCACTTACCCCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGCT--TCGT----TAAAT---------TTATA------AC--------ATTT-TTATG-------------CATTT------T----GTTTATAAAACCTTTT-ACTGTA-TCTGAATATAAA-----TAACAA------------AAT--------CAAAA------TCTATACTTTGTCGCCGC-TCGACTGATTTCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTATGAAACGA-TTA-TTTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGACGAAT--AAACT-ATTAAGAAGCATTATATAATA-CACTGTAT----TTTTACCCAAAACTATGGAATGAATATACACATTTTAATAatacaggctttgtattatatttttaccatctccggatatgcttctggggtaatctaatcaaccagatgtaaaaacgcgtcttgttatgagcttttgtgtcatcttacatgaagaacgaataccacttaccccgtttcttacgtaacgttgatgttatcagactgcttcgttaaatttataacatttttatgcattttgtttataaaaccttttactgtatctgaatataaataacaaaatcaaaatctatactttgtcgccgctcgactgatttccattttgtattagtttacattataaattatgaaacgattatttataggtctaaaactagtatgtttttgacgaataaactattaagaagcattatataatacactgtatttttacccaaaactatggaatgaatatacacattttaata
gi|6 : atcacatcttaaaatgacatcactcgtataatattatttcttatatatTTGCATACAGGCTCGGTATT-----TATACCATCTCCGGACATGCTTC-GGGAGTAATCGTATCAAC-ACATGTAATAAACGC------------G----------TTTATCTTACGTGAAGAACGAAAATCGCAT-CTCCGTTTCTTACGTAACGTTGAT-TTGTC-GACTGTTT------------ATTACTAAGGCTGGTG------GCTAGTATGTATATGTTATGTGAGATATGCTTATATTTACATGGCTTAAATT--TGTAACGTTTTGTATGCATTTTGTTTATAAACCATTTCACAAGAACTGTATCTGCATATAAATAACAAAATCATAATCTTTACTTTGTCGCCGC-TCCATTGATACTCATTTTGTATTAG-TTTATATTATCAATTATAAAA
gi|11 : -TATGCTTTTTGTTTATTAAACATTTCACAAGAACTGTTTCTGAATATGAATAACAAAATC-----------------GCCAA-TCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTATGAACCAA-TTC-TTTATAGGTCTAAA-TTTAGTAAT--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGTCTTATATAATA-TACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATAatgaaatgaaaatctaaaaatatacagaaattttactgctttaaatattaatatgaattgcttaagacttactgaattattactttgtgttatataattaactgtagagaacgttacccaaggttatgtaatgaaatacacactataa
gi|10 : TATAAAACATTTCACAAGAGCTATATCTGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTATACTTTGTCGCCAC-TCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTATGAAACTA-TTC-TTTATAGTTCTAAA-ACAAGTATG---T-TTTGATAATT--TTAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATA-AACAGTAT----TGTTACCTAAAACAATGTAATGCATATACACATTATAA
gi|12 : ATATATGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTACGCTTTGTCGCCAC-TCGATTGATACCCATTTTATATCAGGTTTACATTATGAATTATGAAAACAATTC-TTTATAGTTCTAAA-TCTAGTATG--TT-TTTGATAATC--TAAAT-ATTAAGCAACATTATATGATA-AACAGTAT----TATTACCCAAAACAATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|7 : AAAATCTAGACTTTGTCCCCAC-TCGACTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATCAAAAATTATGA--TCA-CTAATTCATATGTCTAAA-ACTAGTATG--AT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATA-TACTGTAT----TGTTACCCAAAACCATGTAATGAATATATACATTATAATA
gi|13 : cacaatgcattttgtataattaatgtaaatatgatcacatctaaaataacatcactcctagtattatttctcatctctcttttgtaaaggctcggtataagatttatgccatctccgaatatgcttcggggtaatttaatcaaccacatgtaatacacttgtcttgtaatgaacttttatgtcatcttaggtgaagaacgaataccgcttcctggtttcttacgtaacgttgatgttagcagactgtttgtcgtctgttaattattaaggcttatggttataactagtatgtatctgttatgtaaAAATCTATACTTTGTCG-CAGCTCGATTGATATCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTATGAAACAA-TTC-TTTATAAGTATATA-ATTAGTATG--TT-TCTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATATT-GTAT----TGTTACCCAAAACTGTGTAATGA--ATATACATTATAAca
gi|6 : -TTTACTGCTTTAAATATTAATATGAATTGCTTAAGACTTACTGAATTATTACTTTGTGTTATATAATT-AACTGTAGAGAACGTTACCCAAGGTTATGTAATGAA-ATACACACTATAAc
gi|16 : ttgcatacaggctcggtatttataccatctccggacatgcttcgggagtaatcgtatcaacacatgtaataaacgcgtttatcttacgtgaagaacgaaaatcgcatctccgtttcttacgtaacgttgatttgtcgactgtttattactaaggctggtggctagtatgtatatgttatgtgagatatgcttatatttacatggcttaaatttgtaacgttttgtatgcattttgtttataaaccatttcacaagaactgtatctgcatataaataacaaaatcataatctttactttgtcgccgctccattgatactcattttgtattagtttatattatcaattataaaaatgaaatgaaaatctaaaaatatacagaaatGTAA----TGTTACCAAAAGTTATGTAATGAAAATACACACT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATAAATGGGTCAACAGTATTGACTCTTTTTACGGTCATATATTTCGTTTAATGATGACATTTTAGCGTGTCTGGTTGTATTTTTGTGGAGCATCTCACAATCACTGTCCCATAATCTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555 11111 111111 111 1111 33333333333333333333 111111 11111111 222 111111 11 222222222222222222222222222222222222222222222 11 55555555555 1111111 2222222222 111111 33333333333333333
lowQualScore : 99 99 1111111111111111111 66666 999999 000 1 3 1 555 2222 5 0 0 0 22222222222222222222 3 444444 1 88888888 3 777 222222 4 66666 22 1 1 1 4 444444444444444444444444444444444444444444444 11 44 3 9 0 2 0 2 5 1 5 00000000000 4 0 7777777 5 1 9999999999 5 0 4 222222 66 4 1 66 11111111111111111 3 4 66 4 66 4 1 8888
lowQualScore : .. .. ................... ..... ...... ... . . . ... .... . . . . .................... . ...... . ........ . ... ...... . ..... .. . . . . ............................................. .. .. . . . . . . . . . ........... . . ....... . . .......... . . . ...... .. . . .. ................. . . .. . .. . . ....
lowQualScore : 22 22 7777777777777777777 77777 222222 000 4 0 0 999 1111 7 1 1 4 99999999999999999999 2 444444 2 11111111 4 111 888888 4 44444 77 0 0 0 4 666666666666666666666666666666666666666666666 55 66 2 1 1 5 8 2 0 0 6 99999999999 4 1 0000000 7 4 2222222222 7 7 4 888888 11 4 0 11 11111111111111111 9 4 11 4 11 4 0 5555
consensus : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTAT-GCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-TATTTCTTATATCTCTC-----TT---T-T-T--TT----TCT-------TTC------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-TA--A--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Reference ( family-1268 ) : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATATTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCT-T-GCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATANTGT-TATTTCTTATATCTCTC-----TTT--TTTTT-CTT----TTT-------TTC------ATACAGGNTCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGNGTAATCTAATCAACCACATGTAATAAACGCTTCTTGTAATGAACTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCNCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTC-G-TA--A--TTATTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CNAT--TCT-----------------TTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|1 : AATGTAATATTAGTTGTG--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTACTGAT-TA---AGTAGTGTCCGCGTAATTA-T-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTACCA---------------TTACAGTG-AC------TATAAAGGTCCTG--------TAGTCT-TTGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTCCATATGATCA------CGTC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATATATATT-CTTATATCT----------------TT-ATT----ATT-------TCC-------TACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTTATCAACCACATGTAATAAAAGCGT---GTAATGAGATTT-GTGTCCTCTTACGTGAAGAACCAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTAACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTT------------------ATTAAGGCTTATGGGTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTATATTCA----------ATTTGTAACTTTTG-TATACATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATTAAAATCTAGACGTTGTCGCCGCTCG-TTGATACGCATTTTGTATTAG-TTTACAGTTTAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTA-------------TGGCATG--TT-T-------TT--TAAAT-AAT----AGCATTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCCAAACTATGTAATGAATATGCACGTTATAATA
gi|10 : agttgcaagtgtatagcttttgtgttctttgttgtgttatttctacaggaaatattgtattcaatgttgttagaactcgtgattatatccaattttataatgttattgtatatattatggtgggttatttgatccctttgaactaataattttgggttgattgttatgataccaaacttaatactgattgtttcttcatatttttattcattaagaatagttaatacacaatacttattacaaaaagacggtaacaaaaacagttctcacttcacTATAAAACATTTCACAAGAGCTATATCTGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTATACTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CTAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACAAGTATG---T-TTTGATAATT--TTAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATAAACAGTAT----TGTTACCTAAAACAATGTAATGCATATACACATTATAAt
gi|11 : -TATGCTTTTTGTTTATTAAACATTTCACAAGAACTGTTTCTGAATATGAATAACAAAATC-----------------GCCAATCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AC-CAAT--TCT-----------------TTATAGGTCTAAA-TTTAGTAAT--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGTCTTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|12 : TATATGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTACGCTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTATATCAGGTTTACATTATGAATTAT------GA--AAACAAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-TCTAGTATG--TT-TTTGATAATC--TAAAT-ATTAAGCAACATTATATGATAAACAGTAT----TATTACCCAAAACAATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|13 : aAAATCTATACTTTGTCGCAGCTCGATTGATATCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATAAGTATATA-ATTAGTATG--TT-TCTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATATTGTAT----TGTTACCCAAAACTGTGTAATGAATAT--ACATTATAA
gi|14 : A---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TGTTCTAT-GCTGTATTATGAATTTCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AT--AATAT---ACAACTCCTATAATAT-CATTTCCTATATCTCTC-------------------------C-------TTC------ATACATGTTCGGTATTATTCTTGTACCATCTCCGGATACGc
gi|15 : ATA---AATGG-GTCAACAGTATTGAC-TCTTTTTACGGTCATATATTTCGTTTAATGATGAC-ATTT-TAGCGTGT-CTGGTTGTATTTTTGTGGAGCA---------------T----CTC-AC------AATCACTGTCCCA--------TAATCT-
gi|16 : TAAA-TGTAA----TGTTACCAAAAGTTATGTAATGAAAATACACACTa
gi|2 : ctttgtgttgtt--ATATTATTTTTG--TCCACTTTGCTTCATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATATTAAGTAGTGTCCGCGTAATTAGG-TTTT-ATAC----ACATATTTCGATTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCCGATTTAATATCCGTGTACCA---------------T----GTCTACAGTGAGTATAAATGTCATG--------TAGTCTGT-GCGGTATTATGAATATCAACCTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTACATATGATCA------CATC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATGT-TATTTCTTATATCTTTA-----TTA--TTT----------------------C------ATACAGAATCG-TATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTAATCAACCGCATGTAATAAAAGTGTCTTGTAATGAGATTTTGTGTCATTTTAAGTGAAGAACGAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTGTCAGACTGTTTGCTGTC-G-GATTA--TTATTAAGGCTTATGGCTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTACAATTTGCCTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|3 : agttgcaagtgtatagctattgtgttcttcgttgtgttacttctacaggaaatattgtatccaatgttgttagaacttgtgattatatccaatttcacaatgttattgtatatattatggtggattatttgaaccttttgaactaatacttttgggttgactgttatgataccaaacttaatactgatagtttcttcatatttttattcactaagaatagttgatacacaatacttattacaaaatgacagtagcaataacagttctcacttcacaatcgaaaaCACAATTAAATGCCGGTATTG--ATGTTAGTTGTA--CCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATAATATA---AGTAGTGTCCAATTAATCAAT-CTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATATAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TAAAGTTGTCCTG--------TAGTCTAT-GCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAGATATGATCA------CATC-TTAA--AAAATAACACAACTCCTATATTGT-TATTTCTTATATCTCTCCCCTCTTTGCTTTTT-CTC----TCTCTCCTCTTTC------ATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATACTTCGGGC-TAATCAACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTGAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACATTGGTGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTA-TA--AA-TTACTAAGCCTTATGACTAT------CATATA-TCTGTTATGTAAAATATGCTTACATTCC----------GTTTGAAACGTTTT-TATGCATTTTGTATATAAAACATTTCACAAGTACTATATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCAGTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CCAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TGAAT-ATCAAACAGCATTATATAATAATCAGTAT----TGTAACCCAAAACTATGTAATGACTATACACATTATAATAata
gi|4 : CACAATTAAATGACAGTAATG--ATGTAAGTTGTATCTCTACCT--CTTCATATATGGAGGAAATAAAGATTATATATATATAATATTAAATTAATGATATC---AATAGTGTCCACGTTATTAAT-TTTTTATGC----ACATATTTCGAGTAGTGATAACAATGT-AAACATGTCATGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAACTGTCCTG--------TAGTCTAT-GCGGTATTATGAATATCAACGTCACATTGCATTTGGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-A-AAAGAAAGAAAGACAACTCCTACATGGT-TATTTCTTATATCTCTA-----T-----------CC----TAT-------TTC------ATACAGAATCGGTATTATATTAAGACCATCATCGAATATGCTTCGGGC-TATTCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATTAACTTATATGTCATCTAATGTGAAGAACAAATACCGCTT-CTTCGTTTTTTACGTAATGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTTA--A--TTACTAAGCCTTATAGCTAT------TATATA-TATGTTATGTAAAATGTGCTAACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|5 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactaCACAACTGAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCATTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTTATGATATA---AGTAGTGTCCAATTTATGAAT-CTGTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATTATAATGT-AAACATGTCCTGATCCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TA-------GCGGTATTATGAATATCAACGTTACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCTT-AA--AAAATAACACAACTCTTTTATTGT-TATTTCTTATATCTCTC-----CCC--TCTTTGCTTTATATCT-------CTCCCCTGTATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGC-TAATCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTAAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGT
gi|6 : ttaaatctatataattccaaaatgaatgttcattgttatgaaaccaaacttaatactgattgtttctgcatatttttattcactaagaatagttaatacacaaagtttattacaaaatcacagtgacgataatagttctcacttT-------TGC------ATACAGGCTCGGTATT-----TATACCATCTCCGGACATGCTTCGGGAGTAATCGTATCAAC-ACATGTAATAAACGC------------------GT-TTATCTTACGTGAAGAACGAAAATCGCAT-CTCCGTTTCTTACGTAACGTTGAT-TTGTC-GACTGTTT-------------A--TTACTAAGGCTGGTGGCTAG------TATGTA-TATGTTATGTGAGATATGCTTATATTTACATGGCTTAAATTTGTAACGTTTTGTATGCATTTTGTTTATAAACCATTTCACAAGAACTGTATCTGCATATAAATAACAAAATCATAATCTTTACTTTGTCGCCGCTCCATTGATACTCATTTTGTATTAG-TTTATATTATCAATTATAAAAATGA--AA-TGAAAATCTAAAAATATACAGAAATTTTACTGCTTTAAATATTAATATGAATTGCTTAAGACTTACTGAATTATTACTTTGTGTTATATAATTAACTGTAGAGAACGTTACCCAAGGTTATGTAATGAA-ATACACACTATAA
gi|7 : CACAATGCATTTTGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AA--TAACATCACTCCTA--GTAT-TATTTCTCAT--CTCTC-----TTT--T-------------------------------GTAAAGGCTCGGTATAAGATTTATGCCATCTCCGAATATGCTTCGGG-GTAATTTAATCAACCACATGTAATACACTTGTCTTGTAATGAACTTTTATGTCATCTTAGGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTGGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTAGCAGACTGTTTGTCGTCTGTTA--A--TTATTAAGGCTTATGGTTATAACTAGTATGTA-TCTGTTATGTAAAA
gi|7 : AAAATCTAGACTTTGTCCCCACTCGACTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATCAAAAATTAT------GATCAC-TAAT--TC--------------------ATATGTCTAAA-ACTAGTATG--AT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACCATGTAATGAATATATACATTATAATAaatctagactttgtccccactcgactgatacccattttgtattagtttacatcaaaaattatgatcactaattcatatgtctaaaactagtatgattttgataatttaaatattaagcagcattacataatatactgtattgttacccaaaaccatgtaatgaatatatacattataataca
gi|8 : cacaatgcattttgtataattaatgtaaatatgatcacatctaaaataacatcactcctagtattatttctcatctctcttttgtaaaggctcggtataagatttatgccatctccgaatatgcttcggggtaatttaatcaaccacatgtaatacacttgtcttgtaatgaacttttatgtcatcttaggtgaagaacgaataccgcttcctggtttcttacgtaacgttgatgttagcagactgtttgtcgtctgttaattattaaggcttatggttataactagtatgtatctgttatgtaaATCA------CATC-T-TA--AAA-TGACATCACTCGTATAATAT-TATTTCTTATATAT----------------------------T-------TTC------ATACAGGCTTTGTATTATATTTTTACCATCTCCGGATATGCTTCTGGGGTAATCTAATCAACCAGATGTAA-AAACGCGTCTTGTTATGAGCTTTTGTGTCATCTTACATGAAGAACGAATACCACTTACCCCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGCT--TCGT----TA--AATTTA-TAACATTT-------T------TATGCATTTTGTT-TATAAAAca
gi|8 : TGCTT-CGTTAA----------ATTTATAACATTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACCTTTTAC------TGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGACTGATTTCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TAT-----------------TTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGACGAAT--AAACT-ATTAAGAAGCATTATATAATACACTGTAT----TTTTACCCAAAACTATGGAATGAATATACACATTTTAATAccttttactgtatctgaatataaataacaaaatcaaaatctatactttgtcgccgctcgactgatttccattttgtattagtttacattataaattatgaaacgattatttataggtctaaaactagtatgtttttgacgaataaactattaagaagcattatataatacactgtatttttacccaaaactatggaatgaatatacacattttaata
gi|9 : atcacatcttaaaatgacatcactcgtataatattatttcttatatattttcatacaggctttgtattatatttttaccatctccggatatgcttctggggtaatctaatcaaccagatgtaaaaacgcgtcttgttatgagcttttgtgtcatcttacatgaagaacgaataccacttaccccgtttcttacgtaacgttgatgttatcagacCACAACCAATTGACAGTTATG--ATATTAGTCGTA--TCAATTTTGCTTTCCA-------------------AAAT-----AAA------ATTGATGAGATA---AATTGTGTCCACTTGACTAAGATTTTTACAC----ACCTAATTCGAGTATTGATAACAATGTCAAAC-TGTCCTG-TTTAAGATCCGTTTAACATGAAATGAACATATTT----GTTTAC------TATAATTGTCCTGGGTTTTTTTAATCT------GTATTACAAATATCAACGTCACAATGTACTTGGTATGATTAATGTAAGTAAGCTCACAATGTCATC-T-----TAGATTACATCACTCTGAAAAAGT-TG----CTATA-ATTTC-----CTT--TCTCT-CTT----TCG-------TTT------ATATATCATATATGTTATATCTATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 5555555555555555555 11111 111111 111 1111 33333333333333333333 111111 11111111 111111 11 111111 11111111111111111111111111111111111111 111111 11 3333333333 1111111 2222222222 111111 33333333333333333
lowQualScore : 99 99 1111111111111111111 66666 999999 000 1 3 1 555 2222 5 0 0 0 22222222222222222222 3 444444 1 88888888 5 222222 4 66666 22 1 1 1 4 222222 1 22222222222222222222222222222222222222 111111 33 55 1 0 1 11 0 2 5 0 1 1 6666666666 5 0 7777777 5 1 9999999999 5 0 4 222222 66 4 4 66 11111111111111111 1 4 66 4 66 4 1 8888
lowQualScore : .. .. ................... ..... ...... ... . . . ... .... . . . . .................... . ...... . ........ . ...... . ..... .. . . . . ...... . ...................................... ...... .. .. . . . .. . . . . . . .......... . . ....... . . .......... . . . ...... .. . . .. ................. . . .. . .. . . ....
lowQualScore : 22 22 7777777777777777777 77777 222222 000 4 0 0 999 1111 7 1 1 4 99999999999999999999 2 444444 2 11111111 2 888888 4 44444 77 0 0 3 4 888888 9 99999999999999999999999999999999999999 555555 77 22 0 1 1 22 8 2 0 8 4 4 6666666666 3 1 0000000 7 4 2222222222 7 7 4 888888 11 4 4 11 11111111111111111 0 4 11 4 11 4 0 5555
consensus : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCTCT----------C-----TT--T--T-T--------TATTTC------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Reference ( family-1268 ) : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCTCT----------CT----TT--T--TTT--------TCTTTC------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|1 : AATGTAATATTAGTTGTG--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTACTGAT-TA---AGTAGTGTCCGCGTAATTA-T-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTACCA---------------TTACAGTG-AC------TATAAAGGTCCTG--------TAGTCTTTGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTCCATATGATCA------CGTC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATATAT------ATT-CTTATATCT----------------------T--TAT--------TATTTC------CTACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTTATCAACCACATGTAATAAAAGCGT---GTAATGAGATTT-GTGTCCTCTTACGTGAAGAACCAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTAACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTAT-----------------TAAGGCTTATGGGTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTATATTCA----------ATTTGTAACTTTTG-TATACATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATTAAAATCTAGACGTTGTCGCCGCTCG-TTGATACGCATTTTGTATTAG-TTTACAGTTTAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATGGC-------------ATG--TT-TTT---------TAAAT-AATA----GCATTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCCAAACTATGTAATGAATATGCACGTTATAATA
gi|10 : agttgcaagtgtatagcttttgtgttctttgttgtgttatttctacaggaaatattgtattcaatgttgttagaactcgtgattatatccaattttataatgttattgtatatattatggtgggttatttgatccctttgaactaataattttgggttgattgttatgataccaaacttaatactgattgtttcttcatatttttattcattaagaatagttaatacacaatacttattacaaaaagacggtaacaaaaacagttctcacttcacTATAAAACATTTCACAAGAGCTATATCTGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTATACTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CTAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACAAGTATG---T-TTTGATAATT--TTAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATAAACAGTAT----TGTTACCTAAAACAATGTAATGCATATACACATTATAAt
gi|11 : -TATGCTTTTTGTTTATTAAACATTTCACAAGAACTGTTTCTGAATATGAATAACAAAATC-----------------GCCAATCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AC-CAAT--TCT-----------------TTATAGGTCTAAA-TTTAGTAAT--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGTCTTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|12 : TATATGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTACGCTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTATATCAGGTTTACATTATGAATTAT------GA--AAACAAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-TCTAGTATG--TT-TTTGATAATC--TAAAT-ATTAAGCAACATTATATGATAAACAGTAT----TATTACCCAAAACAATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|13 : aAAATCTATACTTTGTCGCAGCTCGATTGATATCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATAAGTATATA-ATTAGTATG--TT-TCTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATATTGTAT----TGTTACCCAAAACTGTGTAATGAATAT--ACATTATAA
gi|14 : A---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TGTTCTATGCTGTATTATGAATTTCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AT--AATAT---ACAACTCCTATAATAT-C------ATTTCCTATATCTC-----------------------------------TCCTTC------ATACATGTTCGGTATTATTCTTGTACCATCTCCGGATACGc
gi|15 : ATA---AATGG-GTCAACAGTATTGAC-TCTTTTTACGGTCATATATTTCGTTTAATGATGAC-ATTT-TAGCGTGT-CTGGTTGTATTTTTGTGGAGCA---------------T----CTC-AC------AATCACTGTCCCA--------TAATCTA
gi|16 : TAAA-TGTAA----TGTTACCAAAAGTTATGTAATGAAAATACACACT
gi|2 : ctttgtgttgtt--ATATTATTTTTG--TCCACTTTGCTTCATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATATTAAGTAGTGTCCGCGTAATTAGG-TTTT-ATAC----ACATATTTCGATTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCCGATTTAATATCCGTGTACCA---------------T----GTCTACAGTGAGTATAAATGTCATG--------TAGTCTGTGCGGTATTATGAATATCAACCTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTACATATGATCA------CATC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT----------------------T--TAT--------TATTTC------ATACAGAATCG-TATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTAATCAACCGCATGTAATAAAAGTGTCTTGTAATGAGATTTTGTGTCATTTTAAGTGAAGAACGAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTGTCAGACTGTTTGCTGTCGGAT-TA--TTATTAAGGCTTATGGCTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTACAATTTGCCTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|3 : agttgcaagtgtatagctattgtgttcttcgttgtgttacttctacaggaaatattgtatccaatgttgttagaacttgtgattatatccaatttcacaatgttattgtatatattatggtggattatttgaaccttttgaactaatacttttgggttgactgttatgataccaaacttaatactgatagtttcttcatatttttattcactaagaatagttgatacacaatacttattacaaaatgacagtagcaataacagttctcacttcacaatcgaaaaCACAATTAAATGCCGGTATTG--ATGTTAGTTGTA--CCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATAATATA---AGTAGTGTCCAATTAATCAAT-CTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATATAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TAAAGTTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAGATATGATCA------CATCTT-AA--AAAATAACACAACTCCTATATTGT-T------ATTTCTTATATCTCTCCCCTCTTTGCT----TT--T--TCTCTCTCTCCTCTTTC------ATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATACTTCGGGC-TAATCAACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTGAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACATTGGTGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTA-TAAA--TTACTAAGCCTTATGACTAT------CATATA-TCTGTTATGTAAAATATGCTTACATTCC----------GTTTGAAACGTTTT-TATGCATTTTGTATATAAAACATTTCACAAGTACTATATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCAGTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CCAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TGAAT-ATCAAACAGCATTATATAATAATCAGTAT----TGTAACCCAAAACTATGTAATGACTATACACATTATAATAata
gi|4 : CACAATTAAATGACAGTAATG--ATGTAAGTTGTATCTCTACCT--CTTCATATATGGAGGAAATAAAGATTATATATATATAATATTAAATTAATGATATC---AATAGTGTCCACGTTATTAAT-TTTTTATGC----ACATATTTCGAGTAGTGATAACAATGT-AAACATGTCATGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAACTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACATTGCATTTGGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-A-AAAGAAAGAAAGACAACTCCTACATGGT-T------ATTTCTTATATCTCT----------A------------TCC--------TATTTC------ATACAGAATCGGTATTATATTAAGACCATCATCGAATATGCTTCGGGC-TATTCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATTAACTTATATGTCATCTAATGTGAAGAACAAATACCGCTT-CTTCGTTTTTTACGTAATGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTT-AA--TTACTAAGCCTTATAGCTAT------TATATA-TATGTTATGTAAAATGTGCTAACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|5 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactaCACAACTGAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCATTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTTATGATATA---AGTAGTGTCCAATTTATGAAT-CTGTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATTATAATGT-AAACATGTCCTGATCCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAG------CGGTATTATGAATATCAACGTTACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-TTAA--AAAATAACACAACTCTTTTATTGT-T------ATTTCTTATATCTCT----------CCCCTCTT--TGCTTTATA-----TCTCTCCCCTGTATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGC-TAATCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTAAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGT
gi|6 : ttaaatctatataattccaaaatgaatgttcattgttatgaaaccaaacttaatactgattgtttctgcatatttttattcactaagaatagttaatacacaaagtttattacaaaatcacagtgacgataatagttctcacttTTGC------ATACAGGCTCGGTATT-----TATACCATCTCCGGACATGCTTCGGGAGTAATCGTATCAAC-ACATGTAATAAACGCGTTT-------------------ATCTTACGTGAAGAACGAAAATCGCAT-CTCCGTTTCTTACGTAACGTTGAT-TTGTC-GACTGTTT------------A--TTACTAAGGCTGGTGGCTAG------TATGTA-TATGTTATGTGAGATATGCTTATATTTACATGGCTTAAATTTGTAACGTTTTGTATGCATTTTGTTTATAAACCATTTCACAAGAACTGTATCTGCATATAAATAACAAAATCATAATCTTTACTTTGTCGCCGCTCCATTGATACTCATTTTGTATTAG-TTTATATTATCAATTATAAAAATGA--AA-TGAAAATCTAAAAATATACAGAAATTTTACTGCTTTAAATATTAATATGAATTGCTTAAGACTTACTGAATTATTACTTTGTGTTATATAATTAACTGTAGAGAACGTTACCCAAGGTTATGTAATGAA-ATACACACTATAA
gi|7 : CACAATGCATTTTGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AA--TAACATCACTCCTA--GTAT-T------ATTTCTCAT--CTCT----------CT----TT--T-------------------------GTAAAGGCTCGGTATAAGATTTATGCCATCTCCGAATATGCTTCGGG-GTAATTTAATCAACCACATGTAATACACTTGTCTTGTAATGAACTTTTATGTCATCTTAGGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTGGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTAGCAGACTGTTTGTCGTCTGTT-AA--TTATTAAGGCTTATGGTTATAACTAGTATGTA-TCTGTTATGTAAAA
gi|7 : AAAATCTAGACTTTGTCCCCACTCGACTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATCAAAAATTAT------GATCAC-TAAT--TC--------------------ATATGTCTAAA-ACTAGTATG--AT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACCATGTAATGAATATATACATTATAATAaatctagactttgtccccactcgactgatacccattttgtattagtttacatcaaaaattatgatcactaattcatatgtctaaaactagtatgattttgataatttaaatattaagcagcattacataatatactgtattgttacccaaaaccatgtaatgaatatatacattataataca
gi|8 : cacaatgcattttgtataattaatgtaaatatgatcacatctaaaataacatcactcctagtattatttctcatctctcttttgtaaaggctcggtataagatttatgccatctccgaatatgcttcggggtaatttaatcaaccacatgtaatacacttgtcttgtaatgaacttttatgtcatcttaggtgaagaacgaataccgcttcctggtttcttacgtaacgttgatgttagcagactgtttgtcgtctgttaattattaaggcttatggttataactagtatgtatctgttatgtaaATCA------CATC-T-TA--AAA-TGACATCACTCGTATAATAT-T------ATTTCTTATATAT--------------------------------------TTTC------ATACAGGCTTTGTATTATATTTTTACCATCTCCGGATATGCTTCTGGGGTAATCTAATCAACCAGATGTAA-AAACGCGTCTTGTTATGAGCTTTTGTGTCATCTTACATGAAGAACGAATACCACTTACCCCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGCT--TCGT----T-AAATTTA-TAACATTT-------T------TATGCATTTTGTT-TATAAAAca
gi|8 : TGCTT-CGTTAA----------ATTTATAACATTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACCTTTTAC------TGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGACTGATTTCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TAT-----------------TTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGACGAAT--AAACT-ATTAAGAAGCATTATATAATACACTGTAT----TTTTACCCAAAACTATGGAATGAATATACACATTTTAATAccttttactgtatctgaatataaataacaaaatcaaaatctatactttgtcgccgctcgactgatttccattttgtattagtttacattataaattatgaaacgattatttataggtctaaaactagtatgtttttgacgaataaactattaagaagcattatataatacactgtatttttacccaaaactatggaatgaatatacacattttaata
gi|9 : atcacatcttaaaatgacatcactcgtataatattatttcttatatattttcatacaggctttgtattatatttttaccatctccggatatgcttctggggtaatctaatcaaccagatgtaaaaacgcgtcttgttatgagcttttgtgtcatcttacatgaagaacgaataccacttaccccgtttcttacgtaacgttgatgttatcagacCACAACCAATTGACAGTTATG--ATATTAGTCGTA--TCAATTTTGCTTTCCA-------------------AAAT-----AAA------ATTGATGAGATA---AATTGTGTCCACTTGACTAAGATTTTTACAC----ACCTAATTCGAGTATTGATAACAATGTCAAAC-TGTCCTG-TTTAAGATCCGTTTAACATGAAATGAACATATTT----GTTTAC------TATAATTGTCCTGGGTTTTTTTAATCT-----GTATTACAAATATCAACGTCACAATGTACTTGGTATGATTAATGTAAGTAAGCTCACAATGTCATC-T-----TAGATTACATCACTCTGAAAAAGT-TGCTATAATTTCCT-T-TCTCT----------CT----TTCGT--TTA--------TATATC------ATATA-------TGTTATATCTATAC
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555 11111 111111 111 1111 33333333333333333333 111111 11111111 111111 11 111111 888888888888888888888888888888888888888 1111111111 11 3333333333 1111111 2222222222 111111 33333333333333333
lowQualScore : 99 99 1111111111111111111 66666 999999 000 1 3 1 555 2222 5 0 0 0 22222222222222222222 3 444444 1 88888888 3 5 222222 4 66666 22 1 1 1 4 222222 666666666666666666666666666666666666666 7777777777 33 55 1 0 1 11 0 2 5 0 1 1 6666666666 5 0 7777777 5 1 9999999999 5 0 4 222222 66 4 4 66 11111111111111111 1 4 66 4 66 4 1 8888
lowQualScore : .. .. ................... ..... ...... ... . . . ... .... . . . . .................... . ...... . ........ . . ...... . ..... .. . . . . ...... ....................................... .......... .. .. . . . .. . . . . . . .......... . . ....... . . .......... . . . ...... .. . . .. ................. . . .. . .. . . ....
lowQualScore : 22 22 7777777777777777777 77777 222222 000 4 0 0 999 1111 7 1 1 4 99999999999999999999 2 444444 2 11111111 4 2 888888 4 44444 77 0 0 3 4 888888 888888888888888888888888888888888888888 5555555555 77 22 0 1 1 22 8 2 0 8 4 4 6666666666 3 1 0000000 7 4 2222222222 7 7 4 888888 11 4 4 11 11111111111111111 0 4 11 4 11 4 0 5555
consensus : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------CT--TT--TT----------TATTTC----------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Reference ( family-1268 ) : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------CT--TT--TT----------TATTTC----------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|1 : AATGTAATATTAGTTGTG--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTACTGAT-TA---AGTAGTGTCCGCGTAATTA-T-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTACCA---------------TTACAGTG-AC------TATAAAGGTCCTG--------TAGTCTTTGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTCCATATGATCA------CGTC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATATAT------ATT-CTTATATCT---------------------TT--AT----------TATTTC----------CTACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTTATCAACCACATGTAATAAAAGCGT---GTAATGAGATTT-GTGTCCTCTTACGTGAAGAACCAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTAACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTAT-----------------TAAGGCTTATGGGTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTATATTCA----------ATTTGTAACTTTTG-TATACATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATTAAAATCTAGACGTTGTCGCCGCTCG-TTGATACGCATTTTGTATTAG-TTTACAGTTTAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATGGC-------------ATG--TT-T-------TT--TAAAT-AAT----AGCATTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCCAAACTATGTAATGAATATGCACGTTATAATA
gi|10 : agttgcaagtgtatagcttttgtgttctttgttgtgttatttctacaggaaatattgtattcaatgttgttagaactcgtgattatatccaattttataatgttattgtatatattatggtgggttatttgatccctttgaactaataattttgggttgattgttatgataccaaacttaatactgattgtttcttcatatttttattcattaagaatagttaatacacaatacttattacaaaaagacggtaacaaaaacagttctcacttcacTATAAAACATTTCACAAGAGCTATATCTGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTATACTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CTAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACAAGTATG---T-TTTGATAATT--TTAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATAAACAGTAT----TGTTACCTAAAACAATGTAATGCATATACACATTATAAt
gi|11 : -TATGCTTTTTGTTTATTAAACATTTCACAAGAACTGTTTCTGAATATGAATAACAAAATC-----------------GCCAATCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AC-CAAT--TCT-----------------TTATAGGTCTAAA-TTTAGTAAT--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGTCTTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|12 : TATATGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTACGCTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTATATCAGGTTTACATTATGAATTAT------GA--AAACAAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-TCTAGTATG--TT-TTTGATAATC--TAAAT-ATTAAGCAACATTATATGATAAACAGTAT----TATTACCCAAAACAATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|13 : aAAATCTATACTTTGTCGCAGCTCGATTGATATCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATAAGTATATA-ATTAGTATG--TT-TCTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATATTGTAT----TGTTACCCAAAACTGTGTAATGAATAT--ACATTATAA
gi|14 : A---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TGTTCTATGCTGTATTATGAATTTCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AT--AATAT---ACAACTCCTATAATAT-C------ATTTCCTATATCT-----CT----------C---------------------CTTC----------ATACATGTTCGGTATTATTCTTGTACCATCTCCGGATACGc
gi|15 : ATA---AATGG-GTCAACAGTATTGAC-TCTTTTTACGGTCATATATTTCGTTTAATGATGAC-ATTT-TAGCGTGT-CTGGTTGTATTTTTGTGGAGCA---------------T----CTC-AC------AATCACTGTCCCA--------TAATCTA
gi|16 : TAAA-TGTAA----TGTTACCAAAAGTTATGTAATGAAAATACACACT
gi|2 : ctttgtgttgtt--ATATTATTTTTG--TCCACTTTGCTTCATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATATTAAGTAGTGTCCGCGTAATTAGG-TTTT-ATAC----ACATATTTCGATTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCCGATTTAATATCCGTGTACCA---------------T----GTCTACAGTGAGTATAAATGTCATG--------TAGTCTGTGCGGTATTATGAATATCAACCTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTACATATGATCA------CATC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT---------------------TT--AT----------TATTTC----------ATACAGAATCG-TATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTAATCAACCGCATGTAATAAAAGTGTCTTGTAATGAGATTTTGTGTCATTTTAAGTGAAGAACGAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTGTCAGACTGTTTGCTGTCGGAT-TA--TTATTAAGGCTTATGGCTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTACAATTTGCCTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|3 : agttgcaagtgtatagctattgtgttcttcgttgtgttacttctacaggaaatattgtatccaatgttgttagaacttgtgattatatccaatttcacaatgttattgtatatattatggtggattatttgaaccttttgaactaatacttttgggttgactgttatgataccaaacttaatactgatagtttcttcatatttttattcactaagaatagttgatacacaatacttattacaaaatgacagtagcaataacagttctcacttcacaatcgaaaaCACAATTAAATGCCGGTATTG--ATGTTAGTTGTA--CCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATAATATA---AGTAGTGTCCAATTAATCAAT-CTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATATAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TAAAGTTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAGATATGATCA------CATC-TTAA--AAAATAACACAACTCCTATATTGT-T------ATTTCTTATATCT-----CTCCCCTCTTTGCT--TT--TTCTCTCTCTCCTCTTTC----------ATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATACTTCGGGC-TAATCAACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTGAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACATTGGTGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTA-TAAA--TTACTAAGCCTTATGACTAT------CATATA-TCTGTTATGTAAAATATGCTTACATTCC----------GTTTGAAACGTTTT-TATGCATTTTGTATATAAAACATTTCACAAGTACTATATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCAGTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CCAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TGAAT-ATCAAACAGCATTATATAATAATCAGTAT----TGTAACCCAAAACTATGTAATGACTATACACATTATAATAata
gi|4 : CACAATTAAATGACAGTAATG--ATGTAAGTTGTATCTCTACCT--CTTCATATATGGAGGAAATAAAGATTATATATATATAATATTAAATTAATGATATC---AATAGTGTCCACGTTATTAAT-TTTTTATGC----ACATATTTCGAGTAGTGATAACAATGT-AAACATGTCATGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAACTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACATTGCATTTGGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-A-AAAGAAAGAAAGACAACTCCTACATGGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------A----T--CC----------TATTTC----------ATACAGAATCGGTATTATATTAAGACCATCATCGAATATGCTTCGGGC-TATTCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATTAACTTATATGTCATCTAATGTGAAGAACAAATACCGCTT-CTTCGTTTTTTACGTAATGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTT-AA--TTACTAAGCCTTATAGCTAT------TATATA-TATGTTATGTAAAATGTGCTAACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|5 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactaCACAACTGAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCATTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTTATGATATA---AGTAGTGTCCAATTTATGAAT-CTGTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATTATAATGT-AAACATGTCCTGATCCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TA------GCGGTATTATGAATATCAACGTTACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCTT-AA--AAAATAACACAACTCTTTTATTGT-T------ATTTCTTATATCTCTCCCCT----------CT--TTGCTT----------TATATCTCTCCCCTGTATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGC-TAATCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTAAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGT
gi|6 : ttaaatctatataattccaaaatgaatgttcattgttatgaaaccaaacttaatactgattgtttctgcatatttttattcactaagaatagttaatacacaaagtttattacaaaatcacagtgacgataatagttctcacttTTGC----------ATACAGGCTCGGTATT-----TATACCATCTCCGGACATGCTTCGGGAGTAATCGTATCAAC-ACATGTAATAAACGCGTTT-------------------ATCTTACGTGAAGAACGAAAATCGCAT-CTCCGTTTCTTACGTAACGTTGAT-TTGTC-GACTGTTT------------A--TTACTAAGGCTGGTGGCTAG------TATGTA-TATGTTATGTGAGATATGCTTATATTTACATGGCTTAAATTTGTAACGTTTTGTATGCATTTTGTTTATAAACCATTTCACAAGAACTGTATCTGCATATAAATAACAAAATCATAATCTTTACTTTGTCGCCGCTCCATTGATACTCATTTTGTATTAG-TTTATATTATCAATTATAAAAATGA--AA-TGAAAATCTAAAAATATACAGAAATTTTACTGCTTTAAATATTAATATGAATTGCTTAAGACTTACTGAATTATTACTTTGTGTTATATAATTAACTGTAGAGAACGTTACCCAAGGTTATGTAATGAA-ATACACACTATAA
gi|7 : CACAATGCATTTTGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AA--TAACATCACTCCTA--GTAT-T------ATTTCTCAT--CT-----CT----------CT--TT--T---------------------------GTAAAGGCTCGGTATAAGATTTATGCCATCTCCGAATATGCTTCGGG-GTAATTTAATCAACCACATGTAATACACTTGTCTTGTAATGAACTTTTATGTCATCTTAGGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTGGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTAGCAGACTGTTTGTCGTCTGTT-AA--TTATTAAGGCTTATGGTTATAACTAGTATGTA-TCTGTTATGTAAAA
gi|7 : AAAATCTAGACTTTGTCCCCACTCGACTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATCAAAAATTAT------GATCAC-TAAT--TC--------------------ATATGTCTAAA-ACTAGTATG--AT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACCATGTAATGAATATATACATTATAATAaatctagactttgtccccactcgactgatacccattttgtattagtttacatcaaaaattatgatcactaattcatatgtctaaaactagtatgattttgataatttaaatattaagcagcattacataatatactgtattgttacccaaaaccatgtaatgaatatatacattataataca
gi|8 : cacaatgcattttgtataattaatgtaaatatgatcacatctaaaataacatcactcctagtattatttctcatctctcttttgtaaaggctcggtataagatttatgccatctccgaatatgcttcggggtaatttaatcaaccacatgtaatacacttgtcttgtaatgaacttttatgtcatcttaggtgaagaacgaataccgcttcctggtttcttacgtaacgttgatgttagcagactgtttgtcgtctgttaattattaaggcttatggttataactagtatgtatctgttatgtaaATCA------CATC-T-TA--AAA-TGACATCACTCGTATAATAT-T------ATTTCTTATATAT---------------------------------------TTTC----------ATACAGGCTTTGTATTATATTTTTACCATCTCCGGATATGCTTCTGGGGTAATCTAATCAACCAGATGTAA-AAACGCGTCTTGTTATGAGCTTTTGTGTCATCTTACATGAAGAACGAATACCACTTACCCCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGCT--TCGT----T-AAATTTA-TAACATTT-------T------TATGCATTTTGTT-TATAAAAca
gi|8 : TGCTT-CGTTAA----------ATTTATAACATTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACCTTTTAC------TGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGACTGATTTCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TAT-----------------TTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGACGAAT--AAACT-ATTAAGAAGCATTATATAATACACTGTAT----TTTTACCCAAAACTATGGAATGAATATACACATTTTAATAccttttactgtatctgaatataaataacaaaatcaaaatctatactttgtcgccgctcgactgatttccattttgtattagtttacattataaattatgaaacgattatttataggtctaaaactagtatgtttttgacgaataaactattaagaagcattatataatacactgtatttttacccaaaactatggaatgaatatacacattttaata
gi|9 : atcacatcttaaaatgacatcactcgtataatattatttcttatatattttcatacaggctttgtattatatttttaccatctccggatatgcttctggggtaatctaatcaaccagatgtaaaaacgcgtcttgttatgagcttttgtgtcatcttacatgaagaacgaataccacttaccccgtttcttacgtaacgttgatgttatcagacCACAACCAATTGACAGTTATG--ATATTAGTCGTA--TCAATTTTGCTTTCCA-------------------AAAT-----AAA------ATTGATGAGATA---AATTGTGTCCACTTGACTAAGATTTTTACAC----ACCTAATTCGAGTATTGATAACAATGTCAAAC-TGTCCTG-TTTAAGATCCGTTTAACATGAAATGAACATATTT----GTTTAC------TATAATTGTCCTGGGTTTTTTTAATCT-----GTATTACAAATATCAACGTCACAATGTACTTGGTATGATTAATGTAAGTAAGCTCACAATGTCATC-T-----TAGATTACATCACTCTGAAAAAGT-TGCTATAATTTCCTTTCTCT-----CT----------TTCGTT--TA----------TATATC----------ATATA-------TGTTATATCTATAC
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555 11111 111111 111 1111 33333333333333333333 111111 11111111 111111 11 111111 888888888888888888888888888888888888888 1111111111 11 3333333333 1111111 2222222222 111111 33333333333333333
lowQualScore : 99 99 1111111111111111111 66666 999999 000 1 3 1 555 2222 5 0 0 0 22222222222222222222 3 444444 1 88888888 3 5 222222 4 66666 22 1 1 1 4 222222 666666666666666666666666666666666666666 7777777777 33 55 1 0 1 11 0 2 5 0 1 1 6666666666 5 0 7777777 5 1 9999999999 5 0 4 222222 66 4 4 66 11111111111111111 1 4 66 4 66 4 1 8888
lowQualScore : .. .. ................... ..... ...... ... . . . ... .... . . . . .................... . ...... . ........ . . ...... . ..... .. . . . . ...... ....................................... .......... .. .. . . . .. . . . . . . .......... . . ....... . . .......... . . . ...... .. . . .. ................. . . .. . .. . . ....
lowQualScore : 22 22 7777777777777777777 77777 222222 000 4 0 0 999 1111 7 1 1 4 99999999999999999999 2 444444 2 11111111 4 2 888888 4 44444 77 0 0 3 4 888888 888888888888888888888888888888888888888 5555555555 77 22 0 1 1 22 8 2 0 8 4 4 6666666666 3 1 0000000 7 4 2222222222 7 7 4 888888 11 4 4 11 11111111111111111 0 4 11 4 11 4 0 5555
consensus : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------CT--TT--TT----------TATTTC----------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Reference ( family-1268 ) : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------CT--TT--TT----------TATTTC----------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|1 : AATGTAATATTAGTTGTG--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTACTGAT-TA---AGTAGTGTCCGCGTAATTA-T-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTACCA---------------TTACAGTG-AC------TATAAAGGTCCTG--------TAGTCTTTGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTCCATATGATCA------CGTC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATATAT------ATT-CTTATATCT---------------------TT--AT----------TATTTC----------CTACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTTATCAACCACATGTAATAAAAGCGT---GTAATGAGATTT-GTGTCCTCTTACGTGAAGAACCAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTAACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTAT-----------------TAAGGCTTATGGGTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTATATTCA----------ATTTGTAACTTTTG-TATACATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATTAAAATCTAGACGTTGTCGCCGCTCG-TTGATACGCATTTTGTATTAG-TTTACAGTTTAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATGGC-------------ATG--TT-T-------TT--TAAAT-AAT----AGCATTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCCAAACTATGTAATGAATATGCACGTTATAATA
gi|10 : agttgcaagtgtatagcttttgtgttctttgttgtgttatttctacaggaaatattgtattcaatgttgttagaactcgtgattatatccaattttataatgttattgtatatattatggtgggttatttgatccctttgaactaataattttgggttgattgttatgataccaaacttaatactgattgtttcttcatatttttattcattaagaatagttaatacacaatacttattacaaaaagacggtaacaaaaacagttctcacttcacTATAAAACATTTCACAAGAGCTATATCTGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTATACTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CTAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACAAGTATG---T-TTTGATAATT--TTAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATAAACAGTAT----TGTTACCTAAAACAATGTAATGCATATACACATTATAAt
gi|11 : -TATGCTTTTTGTTTATTAAACATTTCACAAGAACTGTTTCTGAATATGAATAACAAAATC-----------------GCCAATCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AC-CAAT--TCT-----------------TTATAGGTCTAAA-TTTAGTAAT--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGTCTTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|12 : TATATGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTACGCTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTATATCAGGTTTACATTATGAATTAT------GA--AAACAAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-TCTAGTATG--TT-TTTGATAATC--TAAAT-ATTAAGCAACATTATATGATAAACAGTAT----TATTACCCAAAACAATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|13 : aAAATCTATACTTTGTCGCAGCTCGATTGATATCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATAAGTATATA-ATTAGTATG--TT-TCTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATATTGTAT----TGTTACCCAAAACTGTGTAATGAATAT--ACATTATAA
gi|14 : A---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TGTTCTATGCTGTATTATGAATTTCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AT--AATAT---ACAACTCCTATAATAT-C------ATTTCCTATATCT-----CT----------C---------------------CTTC----------ATACATGTTCGGTATTATTCTTGTACCATCTCCGGATACGc
gi|15 : ATA---AATGG-GTCAACAGTATTGAC-TCTTTTTACGGTCATATATTTCGTTTAATGATGAC-ATTT-TAGCGTGT-CTGGTTGTATTTTTGTGGAGCA---------------T----CTC-AC------AATCACTGTCCCA--------TAATCTA
gi|16 : TAAA-TGTAA----TGTTACCAAAAGTTATGTAATGAAAATACACACT
gi|2 : ctttgtgttgtt--ATATTATTTTTG--TCCACTTTGCTTCATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATATTAAGTAGTGTCCGCGTAATTAGG-TTTT-ATAC----ACATATTTCGATTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCCGATTTAATATCCGTGTACCA---------------T----GTCTACAGTGAGTATAAATGTCATG--------TAGTCTGTGCGGTATTATGAATATCAACCTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTACATATGATCA------CATC-T-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT---------------------TT--AT----------TATTTC----------ATACAGAATCG-TATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGTGTAATCTAATCAACCGCATGTAATAAAAGTGTCTTGTAATGAGATTTTGTGTCATTTTAAGTGAAGAACGAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTGTCAGACTGTTTGCTGTCGGAT-TA--TTATTAAGGCTTATGGCTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTACAATTTGCCTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|3 : agttgcaagtgtatagctattgtgttcttcgttgtgttacttctacaggaaatattgtatccaatgttgttagaacttgtgattatatccaatttcacaatgttattgtatatattatggtggattatttgaaccttttgaactaatacttttgggttgactgttatgataccaaacttaatactgatagtttcttcatatttttattcactaagaatagttgatacacaatacttattacaaaatgacagtagcaataacagttctcacttcacaatcgaaaaCACAATTAAATGCCGGTATTG--ATGTTAGTTGTA--CCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATAATATA---AGTAGTGTCCAATTAATCAAT-CTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATATAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TAAAGTTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAGATATGATCA------CATC-TTAA--AAAATAACACAACTCCTATATTGT-T------ATTTCTTATATCT-----CTCCCCTCTTTGCT--TT--TTCTCTCTCTCCTCTTTC----------ATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATACTTCGGGC-TAATCAACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTGAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACATTGGTGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTA-TAAA--TTACTAAGCCTTATGACTAT------CATATA-TCTGTTATGTAAAATATGCTTACATTCC----------GTTTGAAACGTTTT-TATGCATTTTGTATATAAAACATTTCACAAGTACTATATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCAGTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CCAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TGAAT-ATCAAACAGCATTATATAATAATCAGTAT----TGTAACCCAAAACTATGTAATGACTATACACATTATAATAata
gi|4 : CACAATTAAATGACAGTAATG--ATGTAAGTTGTATCTCTACCT--CTTCATATATGGAGGAAATAAAGATTATATATATATAATATTAAATTAATGATATC---AATAGTGTCCACGTTATTAAT-TTTTTATGC----ACATATTTCGAGTAGTGATAACAATGT-AAACATGTCATGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAACTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACATTGCATTTGGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-A-AAAGAAAGAAAGACAACTCCTACATGGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------A----T--CC----------TATTTC----------ATACAGAATCGGTATTATATTAAGACCATCATCGAATATGCTTCGGGC-TATTCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATTAACTTATATGTCATCTAATGTGAAGAACAAATACCGCTT-CTTCGTTTTTTACGTAATGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTT-AA--TTACTAAGCCTTATAGCTAT------TATATA-TATGTTATGTAAAATGTGCTAACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|5 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactaCACAACTGAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCATTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTTATGATATA---AGTAGTGTCCAATTTATGAAT-CTGTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATTATAATGT-AAACATGTCCTGATCCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TA------GCGGTATTATGAATATCAACGTTACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCTT-AA--AAAATAACACAACTCTTTTATTGT-T------ATTTCTTATATCTCTCCCCT----------CT--TTGCTT----------TATATCTCTCCCCTGTATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGC-TAATCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTAAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGT
gi|6 : ttaaatctatataattccaaaatgaatgttcattgttatgaaaccaaacttaatactgattgtttctgcatatttttattcactaagaatagttaatacacaaagtttattacaaaatcacagtgacgataatagttctcacttTTGC----------ATACAGGCTCGGTATT-----TATACCATCTCCGGACATGCTTCGGGAGTAATCGTATCAAC-ACATGTAATAAACGCGTTT-------------------ATCTTACGTGAAGAACGAAAATCGCAT-CTCCGTTTCTTACGTAACGTTGAT-TTGTC-GACTGTTT------------A--TTACTAAGGCTGGTGGCTAG------TATGTA-TATGTTATGTGAGATATGCTTATATTTACATGGCTTAAATTTGTAACGTTTTGTATGCATTTTGTTTATAAACCATTTCACAAGAACTGTATCTGCATATAAATAACAAAATCATAATCTTTACTTTGTCGCCGCTCCATTGATACTCATTTTGTATTAG-TTTATATTATCAATTATAAAAATGA--AA-TGAAAATCTAAAAATATACAGAAATTTTACTGCTTTAAATATTAATATGAATTGCTTAAGACTTACTGAATTATTACTTTGTGTTATATAATTAACTGTAGAGAACGTTACCCAAGGTTATGTAATGAA-ATACACACTATAA
gi|7 : CACAATGCATTTTGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AA--TAACATCACTCCTA--GTAT-T------ATTTCTCAT--CT-----CT----------CT--TT--T---------------------------GTAAAGGCTCGGTATAAGATTTATGCCATCTCCGAATATGCTTCGGG-GTAATTTAATCAACCACATGTAATACACTTGTCTTGTAATGAACTTTTATGTCATCTTAGGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTGGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTAGCAGACTGTTTGTCGTCTGTT-AA--TTATTAAGGCTTATGGTTATAACTAGTATGTA-TCTGTTATGTAAAA
gi|7 : AAAATCTAGACTTTGTCCCCACTCGACTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATCAAAAATTAT------GATCAC-TAAT--TC--------------------ATATGTCTAAA-ACTAGTATG--AT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACCATGTAATGAATATATACATTATAATAaatctagactttgtccccactcgactgatacccattttgtattagtttacatcaaaaattatgatcactaattcatatgtctaaaactagtatgattttgataatttaaatattaagcagcattacataatatactgtattgttacccaaaaccatgtaatgaatatatacattataataca
gi|8 : cacaatgcattttgtataattaatgtaaatatgatcacatctaaaataacatcactcctagtattatttctcatctctcttttgtaaaggctcggtataagatttatgccatctccgaatatgcttcggggtaatttaatcaaccacatgtaatacacttgtcttgtaatgaacttttatgtcatcttaggtgaagaacgaataccgcttcctggtttcttacgtaacgttgatgttagcagactgtttgtcgtctgttaattattaaggcttatggttataactagtatgtatctgttatgtaaATCA------CATC-T-TA--AAA-TGACATCACTCGTATAATAT-T------ATTTCTTATATAT---------------------------------------TTTC----------ATACAGGCTTTGTATTATATTTTTACCATCTCCGGATATGCTTCTGGGGTAATCTAATCAACCAGATGTAA-AAACGCGTCTTGTTATGAGCTTTTGTGTCATCTTACATGAAGAACGAATACCACTTACCCCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGCT--TCGT----T-AAATTTA-TAACATTT-------T------TATGCATTTTGTT-TATAAAAca
gi|8 : TGCTT-CGTTAA----------ATTTATAACATTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACCTTTTAC------TGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGACTGATTTCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TAT-----------------TTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGACGAAT--AAACT-ATTAAGAAGCATTATATAATACACTGTAT----TTTTACCCAAAACTATGGAATGAATATACACATTTTAATAccttttactgtatctgaatataaataacaaaatcaaaatctatactttgtcgccgctcgactgatttccattttgtattagtttacattataaattatgaaacgattatttataggtctaaaactagtatgtttttgacgaataaactattaagaagcattatataatacactgtatttttacccaaaactatggaatgaatatacacattttaata
gi|9 : atcacatcttaaaatgacatcactcgtataatattatttcttatatattttcatacaggctttgtattatatttttaccatctccggatatgcttctggggtaatctaatcaaccagatgtaaaaacgcgtcttgttatgagcttttgtgtcatcttacatgaagaacgaataccacttaccccgtttcttacgtaacgttgatgttatcagacCACAACCAATTGACAGTTATG--ATATTAGTCGTA--TCAATTTTGCTTTCCA-------------------AAAT-----AAA------ATTGATGAGATA---AATTGTGTCCACTTGACTAAGATTTTTACAC----ACCTAATTCGAGTATTGATAACAATGTCAAAC-TGTCCTG-TTTAAGATCCGTTTAACATGAAATGAACATATTT----GTTTAC------TATAATTGTCCTGGGTTTTTTTAATCT-----GTATTACAAATATCAACGTCACAATGTACTTGGTATGATTAATGTAAGTAAGCTCACAATGTCATC-T-----TAGATTACATCACTCTGAAAAAGT-TGCTATAATTTCCTTTCTCT-----CT----------TTCGTT--TA----------TATATC----------ATATA-------TGTTATATCTATAC
blockSeqs : . TC TATGGAGGAAATAAAGATT ATATA TATTAA TTA A A T AGA GGTC C TGAAATGAACATATTT T AGTGAG T GGTTTTTT T A CAATGT T AAAG TA A T A . GCTATA CTCCCCTCTTTGCTTTTTCTCTCTCTCCTC TCTCCCCTGT GT TG T G TG A A G T CGGATTA T AACTAGT T T CATGGCTTAA G G AAAAAT TC A T AA AAAAATATACAGAAATT T T AA G AC T A AGAA
blockSeqs : . . . . . . G G A AC . . T T . C . A A . . TAA AA A T A . . CTCCCCTCTTTGCTTTA . AA AG A A TA T . G C CTATAAA C A . A . . . . . . A . . G . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . A T A GG . . T T . A . G G . . AT AG A T T . . CTTTCGTTTATA . AA GG G A TA T . G C CTGTTAA C C . G . . . . . . A . . T . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . A G T AT . . T T . T . G A . . AA AA A C T . . CTATCCTA . AA C G A TA T . G C CTGTTAA C T . A . . . . . . A . . G . . . . . T .
blockSeqs : . . . . . . A T T AT . . T T . C . G A . . AA GA A T T . . CTCTTTT . AA C G A TA C . G C TAAAT T T . . . . . . . C . . T . . . . . A .
blockSeqs : . A T G AT . . T T . T . A . . . AA A G T G . . TTATTA . GC C T G TG G . . C A . T . . . . . . G . . C . . . . . A .
blockSeqs : T . . T . . . . . TA A T A A . . CTC . GC G T . . C . . . . . . . A . . G . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . GC . . . . G . . G . . . . . T .
blockSeqs : . . C .
blockSeqCons : ** AT* T******************* AA CTCTTTTA******************************* C* TA CTGTTAA***
originalCons : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCT-----CT----------CT--TT--TT----------TATTTC----------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTG-T-AA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
finalCons : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACAT-------------------GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATC-T-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATCTCTCTTTTA-------------------------------TTTC----------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTCGGGC-TAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTATGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTTAA---TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Alignments
lowQualScore : 5555555555555555555 11111 111111 111 1111 33333333333333333333 111111 11111111 111111 11111 11 111111 666666666666666666666666666666666666666666 11111111 11 1111111 2222222222 111111 33333333333333333
lowQualScore : 99 99 1111111111111111111 66666 999999 000 1 3 1 555 2222 5 0 0 0 22222222222222222222 3 444444 1 88888888 5 222222 00000 22 1 1 1 4 222222 1 333333333333333333333333333333333333333333 44444444 11 5 88 1 0 1 0 0 2 5 0 1 0 1 77 5 0 7777777 5 1 9999999999 5 0 4 222222 66 4 4 66 11111111111111111 1 4 66 4 66 4 1 8888
lowQualScore : .. .. ................... ..... ...... ... . . . ... .... . . . . .................... . ...... . ........ . ...... ..... .. . . . . ...... . .......................................... ........ .. . .. . . . . . . . . . . . .. . . ....... . . .......... . . . ...... .. . . .. ................. . . .. . .. . . ....
lowQualScore : 22 22 7777777777777777777 77777 222222 000 4 0 0 999 1111 7 1 1 4 99999999999999999999 2 444444 2 11111111 2 888888 99999 77 0 0 3 4 888888 9 222222222222222222222222222222222222222222 55555555 33 0 44 0 1 1 1 8 2 0 8 4 2 9 99 3 1 0000000 7 4 2222222222 7 7 4 888888 11 4 4 11 11111111111111111 0 4 11 4 11 4 0 5555
consensus : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCT-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATC----------------------TCTC----------TTT-TATTTC--------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGCGTAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTGTGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTTAA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
Reference ( family-1268 ) : CACAACTAAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATA---AGTAGTGTCCGCGTNATTAAT-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCT-AA--AAAATAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATC----------------------TCTC----------TTT-TATTTC--------ATACAGGATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGC-TAATCNAATCAACCACATGTAATAAACGCGTCTTGTAATGAGCTTTTATGTCATCTTACGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTTAA--TTACTAAGGCTTATGGCTAT------TATGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TCT-----------------TTATAGNTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATANACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|1 : AATGTAATATTAGTTGTG--TCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTACTGAT-TA---AGTAGTGTCCGCGTAATTA-T-TTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATTCAATATCCGTGTACCA---------------TTACAGTG-AC------TATAAAGGTCCTG--------TAGTCTTTGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTCCATATGATCA------CGTCT-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATATAT------ATT-CTTATATC----------------------TTTA----------TT---ATTTC--------CTACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGTGTAATCTTATCAACCACATGTAATAAAAGCGT---GTAATGAGATTT-GTGTCCTCTTACGTGAAGAACCAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTAACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTAT----------------TAAGGCTTATGGGTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTAAAATGTGCTTATATTCA----------ATTTGTAACTTTTG-TATACATTTTGTTTATAAAACATTTCACAAGAACTGTATCTGAATATAAATAACAAAATTAAAATCTAGACGTTGTCGCCGCTCG-TTGATACGCATTTTGTATTAG-TTTACAGTTTAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATGGC-------------ATG--TT-T-------TT--TAAAT-AAT----AGCATTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCCAAACTATGTAATGAATATGCACGTTATAATA
gi|10 : agttgcaagtgtatagcttttgtgttctttgttgtgttatttctacaggaaatattgtattcaatgttgttagaactcgtgattatatccaattttataatgttattgtatatattatggtgggttatttgatccctttgaactaataattttgggttgattgttatgataccaaacttaatactgattgtttcttcatatttttattcattaagaatagttaatacacaatacttattacaaaaagacggtaacaaaaacagttctcacttcacTATAAAACATTTCACAAGAGCTATATCTGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTATACTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CTAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACAAGTATG---T-TTTGATAATT--TTAAT-ATTAAGCAGCATTATATAATAAACAGTAT----TGTTACCTAAAACAATGTAATGCATATACACATTATAAt
gi|11 : -TATGCTTTTTGTTTATTAAACATTTCACAAGAACTGTTTCTGAATATGAATAACAAAATC-----------------GCCAATCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AC-CAAT--TCT-----------------TTATAGGTCTAAA-TTTAGTAAT--TT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGTCTTATATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACTATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|12 : TATATGAATATAAATAACAGAATCAAAAGCTACGCTTTGTCGCCACTCGATTGATACCCATTTTATATCAGGTTTACATTATGAATTAT------GA--AAACAAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-TCTAGTATG--TT-TTTGATAATC--TAAAT-ATTAAGCAACATTATATGATAAACAGTAT----TATTACCCAAAACAATGTAATGAATATACACATTATAATA
gi|13 : aAAATCTATACTTTGTCGCAGCTCGATTGATATCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CAAT--TCT-----------------TTATAAGTATATA-ATTAGTATG--TT-TCTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATATTGTAT----TGTTACCCAAAACTGTGTAATGAATAT--ACATTATAA
gi|14 : A---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TGTTCTATGCTGTATTATGAATTTCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCT-AT--AATAT---ACAACTCCTATAATAT-C------ATTTCCTATATC----------------------TCTC----------------CTTC--------ATACATGTTCGGTATTATTCTTGTACCATCTCCGGATACGc
gi|15 : ATA---AATGG-GTCAACAGTATTGAC-TCTTTTTACGGTCATATATTTCGTTTAATGATGAC-ATTT-TAGCGTGT-CTGGTTGTATTTTTGTGGAGCA---------------T----CTC-AC------AATCACTGTCCCA--------TAATCTA
gi|16 : TAAA-TGTAA----TGTTACCAAAAGTTATGTAATGAAAATACACACT
gi|2 : ctttgtgttgtt--ATATTATTTTTG--TCCACTTTGCTTCATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATGATATATTAAGTAGTGTCCGCGTAATTAGG-TTTT-ATAC----ACATATTTCGATTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCCGATTTAATATCCGTGTACCA---------------T----GTCTACAGTGAGTATAAATGTCATG--------TAGTCTGTGCGGTATTATGAATATCAACCTCACAATGCATGTTGTATGATTAATGTACATATGATCA------CATCT-AA--AAA-TAACACAACTCCTATAATGT-T------ATTTCTTATATC----------------------TTTA----------TT---ATTTC--------ATACAGAATCG-TATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGTGTAATCTAATCAACCGCATGTAATAAAAGTGTCTTGTAATGAGATTTTGTGTCATTTTAAGTGAAGAACGAATTCCGCTT-CCGAGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTGTCAGACTGTTTGCTGTCGGATTA--TTATTAAGGCTTATGGCTAT------ATTGTA-TCTGTTATGTACAATTTGCCTACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|3 : agttgcaagtgtatagctattgtgttcttcgttgtgttacttctacaggaaatattgtatccaatgttgttagaacttgtgattatatccaatttcacaatgttattgtatatattatggtggattatttgaaccttttgaactaatacttttgggttgactgttatgataccaaacttaatactgatagtttcttcatatttttattcactaagaatagttgatacacaatacttattacaaaatgacagtagcaataacagttctcacttcacaatcgaaaaCACAATTAAATGCCGGTATTG--ATGTTAGTTGTA--CCCACTTTGCTTTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTAATAATATA---AGTAGTGTCCAATTAATCAAT-CTTTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATAACAATGT-AAACATGTCCTGATATAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TAAAGTTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAGATATGATCA------CATCTTAA--AAAATAACACAACTCCTATATTGT-T------ATTTCTTATATCTCTCCCCTCTTTGCTTTTTCTCTCTC----------TCC-TCTTTC--------ATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATACTTC-GGGC-TAATCAACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTGAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACATTGGTGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTATAAA--TTACTAAGCCTTATGACTAT------CATATA-TCTGTTATGTAAAATATGCTTACATTCC----------GTTTGAAACGTTTT-TATGCATTTTGTATATAAAACATTTCACAAGTACTATATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCAGTCGATTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CCAT--TCT-----------------TTATAGTTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGATAATT--TGAAT-ATCAAACAGCATTATATAATAATCAGTAT----TGTAACCCAAAACTATGTAATGACTATACACATTATAATAata
gi|4 : CACAATTAAATGACAGTAATG--ATGTAAGTTGTATCTCTACCT--CTTCATATATGGAGGAAATAAAGATTATATATATATAATATTAAATTAATGATATC---AATAGTGTCCACGTTATTAAT-TTTTTATGC----ACATATTTCGAGTAGTGATAACAATGT-AAACATGTCATGATTCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAACTGTCCTG--------TAGTCTATGCGGTATTATGAATATCAACGTCACATTGCATTTGGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATCA-AAAGAAAGAAAGACAACTCCTACATGGT-T------ATTTCTTATATC----------------------TCTA----------TCC-TATTTC--------ATACAGAATCGGTATTATATTAAGACCATCATCGAATATGCTTC-GGGC-TATTCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATTAACTTATATGTCATCTAATGTGAAGAACAAATACCGCTT-CTTCGTTTTTTACGTAATGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGTCTGTTAA--TTACTAAGCCTTATAGCTAT------TATATA-TATGTTATGTAAAATGTGCTAACATTCA----------ATTTGTAACGTTTT-
gi|5 : tatcatggttggattatttgatcttttaaaatagaaaatttcgtgttgattgttatgaaactaaacatacatgtaaaactgattgtttcgttattgttttattcactaagaatagttaatacacaatgtttattacaaaataactgtgacgatgatagatctcactaCACAACTGAATGACAGTAATG--ATGTTAGTTGTA--TCCACTTTGCATTATA-------------------ATAT-----TAA------ATTTATGATATA---AGTAGTGTCCAATTTATGAAT-CTGTTATAC----ACATATTTCGAGTATTGATTATAATGT-AAACATGTCCTGATCCAATATCCGTGTAACA---------------T----GTCTAC------TATAATTGTCCTG--------TAG------CGGTATTATGAATATCAACGTTACAATGCATTTTGTATGATTAATGTAAATATGATCA------CATCTTAA--AAAATAACACAACTCTTTTATTGT-T------ATTTCTTATATC----------------------TCTCCCCTCTTTGCTTTATATCTCTCCCCTGTATACAGAATCGGTATTATATTTATACCGTCTCCGAATATGCTTC-GGGC-TAATCGACTCAACCACATGTAATAAACACTTCTTGTAATGAACTTTTATTTCATCTAATGTAAAGGACGAATACCGCTT-CCTCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGTTTGTCGT
gi|6 : ttaaatctatataattccaaaatgaatgttcattgttatgaaaccaaacttaatactgattgtttctgcatatttttattcactaagaatagttaatacacaaagtttattacaaaatcacagtgacgataatagttctcacttTTGC--------ATACAGGCTCGGTATT-----TATACCATCTCCGGACATGCTTC-GGGAGTAATCGTATCAAC-ACATGTAATAAACGCGTTT-------------------ATCTTACGTGAAGAACGAAAATCGCAT-CTCCGTTTCTTACGTAACGTTGAT-------------TTGTCGACTGTTTA--TTACTAAGGCTGGTGGCTAG------TATGTA-TATGTTATGTGAGATATGCTTATATTTACATGGCTTAAATTTGTAACGTTTTGTATGCATTTTGTTTATAAACCATTTCACAAGAACTGTATCTGCATATAAATAACAAAATCATAATCTTTACTTTGTCGCCGCTCCATTGATACTCATTTTGTATTAG-TTTATATTATCAATTATAAAAATGA--AA-TGAAAATCTAAAAATATACAGAAATTTTACTGCTTTAAATATTAATATGAATTGCTTAAGACTTACTGAATTATTACTTTGTGTTATATAATTAACTGTAGAGAACGTTACCCAAGGTTATGTAATGAA-ATACACACTATAA
gi|7 : CACAATGCATTTTGTATAATTAATGTAAATATGATCA------CATCT-AA--AA--TAACATCACTCCTA--GTAT-T------ATTTCTCAT--C----------------------TCTC----------TTT-TGT-------------AAAGGCTCGGTATAAGATTTATGCCATCTCCGAATATGCTTC-GGGG-TAATTTAATCAACCACATGTAATACACTTGTCTTGTAATGAACTTTTATGTCATCTTAGGTGAAGAACGAATACCGCTT-CCTGGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTAGCAGACTGTTTGTCGTCTGTTAA--TTATTAAGGCTTATGGTTATAACTAGTATGTA-TCTGTTATGTAAAA
gi|7 : AAAATCTAGACTTTGTCCCCACTCGACTGATACCCATTTTGTATTAG-TTTACATCAAAAATTAT------GATCAC-TAAT--TC--------------------ATATGTCTAAA-ACTAGTATG--AT-TTTGATAATT--TAAAT-ATTAAGCAGCATTACATAATATACTGTAT----TGTTACCCAAAACCATGTAATGAATATATACATTATAATAaatctagactttgtccccactcgactgatacccattttgtattagtttacatcaaaaattatgatcactaattcatatgtctaaaactagtatgattttgataatttaaatattaagcagcattacataatatactgtattgttacccaaaaccatgtaatgaatatatacattataataca
gi|8 : cacaatgcattttgtataattaatgtaaatatgatcacatctaaaataacatcactcctagtattatttctcatctctcttttgtaaaggctcggtataagatttatgccatctccgaatatgcttcggggtaatttaatcaaccacatgtaatacacttgtcttgtaatgaacttttatgtcatcttaggtgaagaacgaataccgcttcctggtttcttacgtaacgttgatgttagcagactgtttgtcgtctgttaattattaaggcttatggttataactagtatgtatctgttatgtaaATCA------CATCT-TA--AAA-TGACATCACTCGTATAATAT-T------ATTTCTTATATA----------------------T-------------------TTTC--------ATACAGGCTTTGTATTATATTTTTACCATCTCCGGATATGCTTCTGGGG-TAATCTAATCAACCAGATGTAA-AAACGCGTCTTGTTATGAGCTTTTGTGTCATCTTACATGAAGAACGAATACCACTTACCCCGTTTCTTACGTAACGTTGATGTTATCAGACTGCTT------CGTTAAATTTA-TAACATTT-------T------TATGCATTTTGTT-TATAAAAca
gi|8 : TGCTT-CGTTAA----------ATTTATAACATTTT-TATGCATTTTGTTTATAAAACCTTTTAC------TGTATCTGAATATAAATAACAAAATCAAAATCTATACTTTGTCGCCGCTCGACTGATTTCCATTTTGTATTAG-TTTACATTATAAATTAT------GA--AA-CGAT--TAT-----------------TTATAGGTCTAAA-ACTAGTATG--TT-TTTGACGAAT--AAACT-ATTAAGAAGCATTATATAATACACTGTAT----TTTTACCCAAAACTATGGAATGAATATACACATTTTAATAccttttactgtatctgaatataaataacaaaatcaaaatctatactttgtcgccgctcgactgatttccattttgtattagtttacattataaattatgaaacgattatttataggtctaaaactagtatgtttttgacgaataaactattaagaagcattatataatacactgtatttttacccaaaactatggaatgaatatacacattttaata
gi|9 : atcacatcttaaaatgacatcactcgtataatattatttcttatatattttcatacaggctttgtattatatttttaccatctccggatatgcttctggggtaatctaatcaaccagatgtaaaaacgcgtcttgttatgagcttttgtgtcatcttacatgaagaacgaataccacttaccccgtttcttacgtaacgttgatgttatcagacCACAACCAATTGACAGTTATG--ATATTAGTCGTA--TCAATTTTGCTTTCCA-------------------AAAT-----AAA------ATTGATGAGATA---AATTGTGTCCACTTGACTAAGATTTTTACAC----ACCTAATTCGAGTATTGATAACAATGTCAAAC-TGTCCTG-TTTAAGATCCGTTTAACATGAAATGAACATATTT----GTTTAC------TATAATTGTCCTGGGTTTTTTTAATCT-----GTATTACAAATATCAACGTCACAATGTACTTGGTATGATTAATGTAAGTAAGCTCACAATGTCATCT-----TAGATTACATCACTCTGAAAAAGT-TGCTATAATTTCCT-T-TC----------------------TCTC----------TTT-CGTTT---------ATATATCATATATGTTATATCTATAC