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3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|13 : gagTCAAGT--TTCACCAGTATTGGCATTT----AAAT-CTGTT--G--A----T----AT-------ATA----A--A---AT---G--TT--ACAT-GTT------TTG---A--T-GCT--CA----TATTT---G--CATTT--AAGC--C-----TGT--TTTACA-----AA-A----AATCTG---T-AT-AC------ATGTGTAATTATAT-C-T-TC--ATGTTTT----A-----AG--TTT--T---AAA--GTA-T-T-gctggcgaaa
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Alignments
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Reference ( family-1266 ) : TCGAGT--TTCACCAACATT--TACTT----AACT-AAGTA--G--A----T----AC-------TTA----A--A---AA---C--TT--AAA--GTG------TTA---A--T-GTT--TA----TGTAG---G--CATTT--AAGT--T-----TGT--TTTAC------TT-A----AATCAG---T-AT-AC------AT-T---------T-C-T-GC--ATGTTTT----A-----AGT-TTT--T---TAA--GTA-T-T-A---CTT-------GC-T----A-A-----GTTAA-TG-TT-G-TGAAAC-TCGACC
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gi|7 : ctgggtGAGTGGCTCACCAACATT--TACAC----AATT-AATTA--G--A----T----AT-------GTA----A--A---AC---C-----------GTG------TTA---A--T-GTT--TA----TATAG---G--CATTT--AAGT--C-----AGT--TTTAC------TT-A----AATCAC---TAAT-A-------AG-T---------T-T-T-GC--ATGCTTT----T-----GGA-TTT--T---GAA--GTA-T-T-A---TTA-------GC-T----T-A-----ATTAA-TG-CT-GATCAAAC-
gi|8 : actagtGT--TTCACACACATT--TACAT----AAAT-AAATT--A--G----T----AT-------TTT----A--A---TG---C--TT-------GTG------TTA---A--T-GCT--CA----TATTG---G--AATTT--AAGT--T-----TAT--TTTAC------TT-A----AATCAG---T--T-AC------AA-T---------T-C-T-TC--ATGTTTT----A-----AA--TTT--T---AAA--GTA-T-T-A---TTTACTTGAAGC-T----A-A-----CTGAA-TG-TTGG-TGAGAt
gi|9 : catTCACAAACCCT--TACTT----ACAT-AAGTA--A--A----T----GC-------TTA----A--A---CA---T--TT--AAA--CGG------TTA---A--TTATC--T-----TGTAG---G--CATTT--AAA---------TGT--TTAAC------CT-A----AATCAG---T-AA-AC------AT-G---------T-C-T-GT--ATGCTAT----T-----AG--TTT--T---TAA--GTATT-T-A---CTT-------A-------A-A-----G-TAT-TG--T-G-TGAAGT-TCa
blockSeqs : GG GG CGTT T CG AC GTAA TATA GTGTATT CTAA CA AGCTTCAAGTAGATCTA AGG GT G TC GGCC ACT AA AA TG AGATA TA A A TAAG AAA A A TAATAT G GTAATTATA AC A AT T TAAA TTCAG TG AA ACA AG T A C . ACTTGAA G GTCA T TTTAT G . GA G
blockSeqs : . . . . . . . . . C . AAAATGTCAAATGG T A T . CT . . . . . . . . . T . . . . . TG . . T . . A . AC . T . . . TATA . . . . . . CG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTAAAAAGTA . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . C . . T . . T . . . T . . . A . . . . . . GC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AATGTAAACCGTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . T . . . T . . . G . . . . . . GT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CACCTTTAAAGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G . . T . . . T . . . A . . . . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AAACTGAAAGAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . T . . . T . . . G . . . . . . GG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ATGTTACATGTT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . A . . . T . . . G . . . . . . GG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTTTAATGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . T . . . . . . . A . . . . . . AA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TTCTTAAACGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . G . . T . . . . . . . A . . . . . . GA .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TAACTTAAAGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . T . . . . . . . . . . . . . . GG .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACTTCAATGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTACAGTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . A . . . . . . . . . . . . . . G .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACATAAAGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTAAAGTC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTAATGCT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TACGTAAAATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CATTTAAACGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . G . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CACATGAAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTCAATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AACTTCAATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . C . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . ACTTAAAATG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AATAAAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . TGCTTGTG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . CATTTG . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . ACCGTG . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . AACTT . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . AATAA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : AACTTAAAGTG****************** ****** ** *** A****** GG*
originalCons : TCGAGT--TTCACCAACATT--TACTT----AACT-AAGTA--G--A----T----AC-------TTA----A--A---AA---C--TT--AAA--GTG------TTA---A--T-GTT--TA----TGTAG---G--CATTT--AAGT--T-----TGT--TTTAC------TT-A----AATCAG---T-AT-AC------AT-T---------T-C-T-GC--ATGTTTT----A-----AGT-TTT--T---TAA--GTA-T-T-A---CTT-------GC-T----A-A-----GTTAA-TG-TT-G-TGAAAC-TCGACC
finalCons : TCGAGT--TTCACCAACATT--TACTT----AACT-AAGTA--G--A----T----AC-------TTA----A--AAACTTAAAGTG------------------TTA---A--T-GTT--TA----TGTAG---G--CATTT--AAGT--T-----TGT--TTTAC------TT-A----AATCAG---T-AT-AC------AT-T---------T-C-T-GC--ATGTTTT----A-----AG--TTT--T---TAA--GTA-T-T-A---CTTA------GC-T----A-A-----GTTAA-TG-TTGG-TGAAAC-TCGACC
Alignments
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lowQualScore : .. .. .... . .. .. .... .... ....... .... .. ............................. ... .. . .. .... ... .. .. .. ..... .. ...... .... . ... . . ...... ......... . ... . .. . .... ..... . . ... .. .... . ... . . . .. ... ...... . . ... .
lowQualScore : 33 00 1111 5 00 00 0000 0000 6666666 3333 99 22222222222222222222222222222 888 33 7 77 4444 222 77 88 99 44444 00 111111 1111 1 888 5 5 666666 777777777 7 000 7 44 7 7777 33333 7 5 555 44 7777 7 222 7 8 6 11 111 888888 2 4 555 9
consensus : TCGAGT--TTCACCAACATT--TACTT----AACT-AAGTA--G--A----T----AC-------TTA----A--A---AA---C--TT--AAA--GTG------TTA---A--T-GTT--TA----TGTAG---G--CATTT--AAGT--T-----TGT--TTTAC------TTA----AA-TCAG---T-AT-AC------AT---------T-T-C-T-GC--ATG-TTTT----A-----A-G-T---TT--T--T-A-A---GTA-T-T-A--CT---T------AGCTA-AGTTAA---TGTTGGTGAAAC-TCGACC
Reference ( family-1266 ) : TCGAGT--TTCACCAACATT--TACTT----AACT-AAGTA--G--A----T----AC-------TTA----A--A---AA---C--TT--AAA--GTG------TTA---A--T-GTT--TA----TGTAG---G--CATTT--AAGT--T-----TGT--TTTAC------TTA----AA-TCAG---T-AT-AC------AT---------T-T-C-T-GC--ATG-TTTT----A-----A-G-T---TT--T--T-A-A---GTA-T-T-A--CT---T------AGCTA-AGTTAA---TGTTGGTGAAAC-TCGACC
gi|1 : TCGAAT--TTCAGCATCGCT--TACTT----AACT-AAGTA--G--A----T----GC-------TTA----A--GCGTGA-------T--AAA--GTA------CTA---C--T-GTG--TA----AATAG---G--TATTT--AAGA--T-----TGT--TTTACATGTATCTA----AA-TCAG---T-AT-TT------AT---------T-T-C-T-GC--TGG-TATT----A-----A-A-T---TT--T--T-A-A---GCA-T-T-AACCC---T------AGCTA-AGTTAC---TACTTGTGAAAC-TCAA
gi|10 : gggTTGGGT--TTCACCAACATT--AACTT----AGCT-TAGTA--G--A----T----A---------TA----A--A---AAAATG--TC--AAA--TGG------TTT---A--T-ATT--TA----TGTAG---A--CAATT--TTGT--T-----TGTTATTTA--------TA----AA-TCAG---C-GTAAC------G----------------T-GT--ACT-TATT----A-----A-G-T---TT--T--T-A-------A-T-T-A--CT---T------A--TA-A--TAATACTGTTGATAGAAC-
gi|11 : ctggtCAAGATT--T-TTT----GACT-AAGTG--G--A----T----AT-------TTA----A--A---CA---C--AT--GAA--G-A------TTA---AA-T-GTT--TG----TGTAG---G--TCTTT--AATT--T-----TGT--TTTAC------TTT----AT-TCAG---T-TT-AC------AG---------T-TAC-T-AT--GTA-TTTC----G-----ATA-T---TTAAT--T-A-A---ATATT-T-G--CT---T------AGCTA-AGTAAA---TATTGATGACAC-CCGACC
gi|12 : TCGACT--TTCGCCAACATT--TACTT----GACT-AGGTA--A--A----T----AT-------TTA----A--A---AAA--C--TG--AAA--GAG-------TA---A--TGGTT--TA----TAAAA---A--TAGTT--AAGT--T-----AGT--TTTAT------TTA----AA-CCAA---T-AT-CC------AT---------T-T-C-G-GC--ACT-TTTC----A-----A-T-T---TT--T--T-----------T-T-A--AT---C------A--T----TTAC---TGCTGGCGAAAc
gi|13 : gagTCAAGT--TTCACCAGTATTGGCATTT----AAAT-CTGTT--G--A----T----AT-------ATA----A--A---AT---G--TT--ACAT-GTT------TTG---A--T-GCT--CA----TATTT---G--CATTT--AAGC--C-----TGT--TTTAC------AAA----AAATCTG---T-AT-AC------ATGTGTAATTATAT-C-T-TC--ATG-TTTT----A-----A-G-T---TT--T--A-A-A---GTA-T-T-
gi|14 : gGT--CTCACAAACATT--TAGTT----AACT-AAGTA--C--T----G----AC-------TTG----A--A---CA---T--T---------TG------TTAAGGA--T-ATTTCTA----TGTAG---G--CAATT--AAGT--T-----GAT--TTTAT------TTT----AA-TCAG---G-AA-AC------AC---------T-T-C-T-GC--GTG-GTCC----ATTCAGA-G-TG--TT--TACT-A-A---TTA-T-T-A--t
gi|15 : caggtttgtGT--TTCACAAACATT--TACTG----TACT-AAGTA--G--A----T----AC-------TTA----A--A---AC---T--TC--AAT--GTG------TTA---AGTT-TTT--TACT--TATAG---A--CATGT--AAGT--A-----TGT--TATAC------TCA----AA-TTAG---A-AT-AT------AT---------T-T-C-T-GC--ATG-TTTT----A-----A-G-T---TT--T--T-A-A---GTA-T-T-t
gi|16 : TCAAGT--TTCACCAACATT--T-CTT----AACT-AAGTA--A--A----T----GC-------CTA----A--A---AA---C--TT--CAA---TG------GTA---G--T-GTT--TG----TGTCG---G--CATTT--AAGA--T-----TAG--TTTAC------TTA----TA-TCAG---T-AT-AC------GC---------A-T-A-T-GT--ATG-CGCC----G-----A-G-TG--TT--T--T-A-tatatagcatgca
gi|17 : gggGT--TTCACCTACATC--TACAC----AACT-TAATG--G--A----T----AC-------ATA----A--A---AA---C--TT--CAA---TG------TTT---A--C-CGT--CA----TGTAG---A--Ccataagtttta
gi|18 : tagccatacactgatgccagagatcaaacagatatcctcaaaattccattttcctgtttagtcctgggttgtTCGAAT--TTCACCACCA-----ACTT----TTCT-AAATT--G--A----T----AC-------TTA----ACAA---AA---C--TT--ACA--GTA------TTA---A--T-GTT---A----TATAG---G--CATTT--AAGT--T-----TAT--TTTAT------TTA----AA-TCGA---T-AT-AT------AA---------T-T-C-T-ACATATG-TTTT----A-----A-G-T---TT--T--TAA-A---ATA-T-T-
gi|19 : ggTTGAGC--TTTGCATACATT--TATTT----CACT-TAGTA--A--A----T----ACGTGTATTTTA----A--A---AA-------T--AAA--GT-------------------TT--TA----TGAAG---G--CATTT--AAAT--T-----TGG--TTCGC------TCA----AA-TCAG---T-AT-AC------AT---------T-T-C-T-TC--AAG-GTTT----A-----A-G-T---TT--T--T-A-A---ATA-T-T-
gi|2 : gTCGACT--CTCATCAACATT--TACTT----AACT-AGGTA--G--A----T----AC-------TTAC---A--A---AA---C--TTAAAAA--GTA------TGT---G--T-GTA--TAGGCCTATAG---G--CATTT--ACAC--G-----TGT--TCAAT------ATA----AA-TTTA---T-AT-CC------AT---------T-G-A-T-GC--ATT-ATTT----A-----A-G-T---TT--T--TCA-A---GTA-T-TCA--CT---T------GGCCA-AGGTAG---TGTTGG-AAAACGTCGAt
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gi|23 : tcttgggtgTCCAGT--TTTATCAACATT--TATTT----AATC-AAG----A--A----T----AC----------------------A---C--TT--AAA--ATG------CTA---A--T-GTT--T-----TATAG---G--CATTTAAAAATTGT-----TGT--TTT-T------TTATAAGAA-TCTGT--T-AT-AC------
gi|24 : attctagt-GTT--AA----TGTAT---G--CATTT--AAGA--T-----TAC--TTTAC------TTA----AAATCAA---T-AT-AT------AT---------T-T-C-T-AC--ATA-CTTT----A-----A-A-T---AT--T----A-A---GTA-TAT-A--CT---T------GGCTATGGTTA----TGCTGTTGAAAC-TCAACC
gi|25 : T--TA----TGCAG---C--CATTT--AAGT--T-----C------TAC------ATA----AA-TTAG---G-AT-GT------AT---------T-T-C-A-GC--ATG-TTTT----A-----A-G-T---TT--T--T-A-AAAGATATT-T-A--CTTTAT------AGCTA-AGTTAA---TGTTGATGAATC-TCAACC
gi|26 : TCGAGT--TTCACCAACACC--GACTTCGTTAATT-AAAGA--G--A----T----AC-------CGA----C--A---------------------TG------TAA---A--T-CTT--CA----TGTAG---G--TATTT--ACGC--T-----TAT--TTTAT------TTA----AG-TCTG---T-GT-AA------AT---------T-T-
gi|27 : tttggg--TA----TGCGG---A--AATTT--AGGT--T-----TGT--TTTAA------TTT----CC-TCAGAAAT-GT-AT------GT---------T-T-G-T-GT--GTG-TTT-----------A-G-C---CT-------A-A---GTA-T-TTA--CT---T------AGCTA-GGTTAA----GTTGGTGAAAC-TCt
gi|28 : GT--TTCATCAACATT--TACTT----ATCTTAAGTA--G--A----T----AA-------TGA----A--A---AG---C--TT--CAA--GTAGATCTATTT---A--T-GTT--CA----TGCAG---G--CATTT--AAGT--T-----TGT--TATAT------Tcct
gi|29 : aggatcct--TTCTCCAACATT--TA--------ACT-TAGTA--G--A----A----AC-------TTA----A--A---AA-------T--AA-------------TA---A--T-GTT--TA----TATGG---G--CATTC--AAAT--T-----TGT--TTTAT------TTA----
gi|3 : GT--TTCGCCCAGATG--CACTC----AGAT-AAGTA--A--AGTAAT----AC-------TTA----A--A---CA---CCTTT--AAA--GTG------TTA---A--T-GTT--TG----TATGG---G--TATTT--GAGT--A-----TGT--TTT-C------TTA----AA-GCAG---T-AT-ACTAATATAT---------T-T-A-T-GC--ATT-TTTTTAAAA-----A-GTT---TT--T--T-A-A---GTATT-T-A--CT---A------ATTTA-TGTTAA---TGTTGGTcctgcaagttttcatg
gi|30 : gtttgtTCGAGT--TTAAGCATCA-----ACTG----CACC-AACTA--A--A----T----AC-------TTA----C--A---TT---C--TT--AAAC-GTG------TCA---A--T-GTT---A----TATAG---G--CATTT--AAGT--T-----
gi|31 : ttgagAGT--TTTATCAACATG--TACGT----AACT-AAGAA--G--A----A----AC-------TCA----A--A---AA---C--AT--AAA--GTG------TAA---A--T-GTT--TA----TTTA----T--CATTT--AA
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gi|8 : actagtGT--TTCACACACATT--TACAT----AAAT-AAATT--A--G----T----AT-------TTT----A--A---TG---C--TT-------GTG------TTA---A--T-GCT--CA----TATTG---G--AATTT--AAGT--T-----TAT--TTTAC------TTA----AA-TCAG---T--T-AC------AA---------T-T-C-T-TC--ATG-TTTT----A-----A-A-T---TT--T--A-A-A---GTA-T-T-A--TT---TACTTGAAGCTA-ACTGAA---TGTTGGTGAGAt
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