lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 22222 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 111111 1111111 1 22 2 22222222 222222 1 111111 2222222222 1111 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 22 1 44444 222 11 1
lowQualScore : 0 7 5 777777 2 0 00000 3333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 3 44 7777 0 22222222222222 44 5 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 8 11 8 999999 1111111 0 33 1 1 1 44444444 3 1 777777 5 6 999999 1111111111 4444 3 444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 6 6 5 11 6 5 22222 333 6 22 7
lowQualScore : . . . ...... . . ..... ....... ........................................................... .. . . .. .... . .............. .. . . ..................................................... . . .. . ...... ....... . .. . . . ........ . . ...... . . ...... .......... .... . ... ............................................................................. . . . . .. . . ..... ... . .. .
lowQualScore : 9 0 2 999999 2 6 44444 0000000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 3 3 66 1111 4 99999999999999 66 3 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 0 00 0 222222 2222222 6 33 7 8 0 22222222 3 8 666666 0 3 555555 7777777777 2222 0 222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 0 0 0 00 0 0 00000 000 0 00 0
consensus : NCAGAACATGATAATATCACTT---TATTCAATCACGTTCAGAA----TTT-------CA----------------A-----TTT----GAT-----AATTAATTGGTCG-----T---TTGTTAT--GCA-T-A--GAC----GCTTGCCAGAC-TT-A--TTAAACCC--TTCCGTTGATCGTACCTCTCT---CC--------TTA--AT-------TATTT----------------CATCAAATAGT-TCT--TA-TA------TA--TN-TAATTACTTCAAATATGTTAAATGTATTGTA-TTCATCT--------TGATCAATATNTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTTAATT--AACGTTG---TTNGAACTTG----TAGCCCGACC--NTTTTT-AAC-TT----GTAAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGCCTTGTATGTTTAATTGATATTAGCCTTCAATTCTCTGTTATTAAGTTGCTGATT
Reference ( gi|1 ) : GCAGAACACGATAATTTTATTT---TAGTCAATCACATTCAGAA----ATT-------CA----------------A-----TTT----GAT-----AA---------CG-----T---TTGTTAT--GCA-T-A--GAC----ACTTGCCAGACATTAA--TTAAATAC--TTCAGTTGGTCGTACCTTAAC---CC--------TTA--AT-------AAGTT----------------CATCAAATAAT-TCT--TA-CA------TA--TG-TCATTACTTAAAATATGTTAACAGTATTGTACTTCATCT--------TGATCAACATTTGTATACACATAGTTTGTCGGGACGGGCCTCAATT--AATGTTG---GTAGAACTTG----TAGCCTGACC--CTTTTTGAAC-TT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAGAGC--AATACAA-TA-AAT--ACTAA--AG-GTGCCACCAGAAAGTTTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTTCTGT
gi|9 : CAGAACATGATACTATCAGT-----ATTCAATCACGTTCAGAA----CTT-------CA----------------A-----TTT----AAT-----AATTAATTGGTCG-----T---TTGTTAT--GCA-T-A--GAT----ACTTGATAGACATTAA--------ACCATTCCGTTGATAGTACCTCTCT---CC--------TTA--AT-------TATTT----------------CATCATATAAT-TCT--TA-TA------TA--TT-TCAT
gi|17 : CAGAACATGATAATATCACGT---TAGTCAACCACATTCAGAA----TTT-------CA----------------A-----TTT----GATAAATAAA---------TG-----T---TTGTTAT--GCA-T-A--GAC----ACTTGTCAGAC----A--TTAAACCC--TTCCATTGATCc
gi|15 : CAGA-TATGATACTATCACTT---TATTCAGTCGCATTCAGAA----TTT-------CA----------------A-----TTT----GGT-----AATTAATTGGTCG-----T---TTGTTAT--GCA-T-A--GAA----ACTTGCCAGAC----A--TTAAACCC--TTCTGTTGATCGT
gi|16 : aCAGAACATGATAATATCACTT---CATTCAATCACATTCAGGA----TTT-------CA----------------A-----TTT----GAT-----AATTAAATGGTCG-----T---TTGTTGT--GCATT-A--GA-----AATTGCCA-AC----A--TTAAACTC--TTCCGTTGATC
gi|6 : aCAGAACA---TAATACTATCTCTGTATTCCATCATGTTCAGAA----TTT-------CATTAAGGACCCTGAAA-A-----TTT----GATTATC-AATG-------CG-----TAGCTTGTTAT--GCA-T-A--GAC----GCTTTCCAGAC-T-----TTAGATAT--TCTCGTTGATTGTAC
gi|12 : gaatattgtatcatttttctgttgatgcagttttattggttaaagatacgctaaGAAAATGATACTATCACTC---TATTCAATCACTTTCAGAA----TTT-------CA----------------A-----TTT----GAC-----AGTTAGTTGGTCA-----T---TTGTTAT--GTA-TAA--GAC----ACTTGCCAGAC----A--TTAAACCC--TTCCATTGATCATACC---ACTCTCC--------TTA--AT-------TATTT----------------CATCAA
gi|14 : ACATAATAACATCACTT---TATTCAATCATGTTCAGAA----ATT-------CATTTAGGACACCAAACGA-----TTT----GAT-----AATTAATG---CG-----TAGCTTGTTAT--GTA-A-A--GAC----GCTTGCCAGAC-TTAA--
gi|10 : GATAATATGACTT---TATTCCATCATGTTTAAAATTGCATTAAGGACACA----------------AAACGGTTTAATAGAT-----AA---------TGGGAAGT---TTGTTAA--GCA-G-A--TACGTATACTTGCCAGGC--T----TTAAACTC--TTCCGTTGGTCGTACCTCTCT---CC--------TTA--AT-------TATTT----------------CATCAAgactcctccgttgat
gi|2 : ---TATTCAATCACATTCAGAA----TTT-------CA----------------A-----TTT----GAT-----AGTTAACTGGTCG-----T---TTGTTAT--GCA-T-A--GAC----ACATGCCA--CATTAA------ACCC--TACCGTTGATCGTCCCTCTCT---CC--------TTA--AT-------TATTT----------------CATCAAATAGT-TCT--TA-CA------TA--TT-TCATTACTTAAAATATGTTAAAAGTATTGTTATTTATCG--------TTATCAACATTTGTATAC------TTTGTCGGGAAGGGCGTCAATTTCAGCCTTGTATGTTTAA-TTGATATTAGCCT--TCAATTCTCTG----TT----ATTAAGTTGCTGATTATTCATCCATAAAAA--AATTTAA-TA-ACT--A
gi|18 : acta-------CG----------------A-----TTT----GAT-----AATTAAAG---CG-----TAGCTTGTTGT--GCA-T-A--GAC----GCTTGTCAGAC-T-----TTAGACCC--TTCCGTTGATGGTa
gi|4 : caaaG-----T---TTGTTATACGCA-T-ATGGAC----AATTGC------TTAGCTTTGAACCC--TTTCGTCGGTCGTACCCCACT---CCCAAATATTTTATTATTACTCCGACGTTACTTT-----------CATCAAA--AT-TTTGTTA-CAAAGATATA--TT-TAATAACTTCATATATGTTAAATGCATTGTA--TGGTAT--------TGGTCGATATTTGTATATGGATATTTAGTCGGAAATGGTCT-AATTA-AATGTTG---TTCGAACTTG----
gi|23 : aatgcgta-T-A--GAC----GCTTGCCAGA--TT----TTAGACCA--TTCTGTTGGTCGTACCTCTCT---CC--------TTA--AT-------ggtccga
gi|13 : --TTCCGTCAGTCGTAC-TTATCT--CC--------TTG--AT-------A-GTTACTCCATCTTTACTTTCATTAAATAGT-TAT--TA-TA------TG--TG-TATTTACTTCAAATATGTTAAATGTATTGTA--TCAACT--------TGATCAATATCTGTATctcttca
gi|7 : gaagATAGTGTCT--TAATA------TAAATG-T--TTATATTAAACATGTTAAATTTAATGTATTTCATCTTATTTTAATAATCAATATGTGTTTATTAATATTTTATCGAAAAAAGCCTTAAAT--ATTTTTG---TTAGAGCTTA----TAGCCCGACT--ATTTT--AA---------TAA---TG-TG-TTA--CAT--ACAAAGCAAAATTCAATTA-AAT--ATT
gi|5 : A------TA--TGATAATTACTTCAAATATATCAAGAA------AGTTAATCG--------TGATCAATATTCATATACAAATATTTTGTTGGAAAGTGTCTTAATT--AACTTTG---TTAGAGTTTA----TAGACCGGTC--ATTGCT--ACTTT----GTAAA--------------AT--ATA-AGC--AAAACAA-TATGATTAACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGC
gi|8 : actgtcatcatatttTTAAATGTATTGTGATTCATCT--------TGATCAATATAAGTATACAAACAATTTATCCGGAAGGGCCTTAATT--AATGTTG---TTGAAACTTG----CAGCCCGACC--CTTTT---GC-T--------AATTTG-TAATC-----T--ATAAAGC--AATTCAA-TA-
gi|19 : attttattgcgtcaatgatTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--A---TTG---ATG------G----TAGTCCGACT--CTTTTTTAAC-TTGAAAGTGAAGTTG-TTATCA--CAC--Atgtttgaactaattt
gi|2 : GCCTTGTATGTTTAATTGATATTAGCCTTCAATTCTCTGTTATTAAGTTGCTGATT
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTGATACATAAAGGAATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|11 ): GTGTATAACATGTATAAGGTAATTGAATAAATAACAATTTGATAGTTAAGCATAGCTTGTTATGCACACCTCTCTGAAGTAAGACCCTTCCGTCAATCGTACCCCTCTCCTTAATAGTTACTCCATCTTTACTTTCATCAAAT
Unaligned ( gi|20 ): TTATTGTATTTTGTTCAGAATGTCATTGAGGACAATAAGCGATTTGATAATTGACACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|21 ): GCCCTTCCATTGATCGTGTCCCTTCATTAATAGTTACTTTATCGTTTCTTTCATCAAATAG
Unaligned ( gi|22 ): ACGCTTTCCAGACTTTGAACCCTTCTGATGATCTTATCTCTCTCCTTAATATCTTTCATG
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTCATCCTTTTAGCGTAAATGCAGTTTTATAGCTTA
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555 1111 333333 11111111 55555555555555555555555555555555 222222 11111 22222222 11 1111 111 11111 3333333333333 111111111 11 11 11 1 1 22 1 44444 222 11 1
lowQualScore : 1 2 0 777 222222222222222222222222222222 3333 3 44 333 33 5555 333333 33333333 55 99999999999999999999999999999999 0 5 5 222222 11 5 77 2 5 5 77777 00000000 1 22 3 4 77 6666 000 1 55 22222 77 6 1 6 4444444444444 6 222222222 99 0 11 1 8 8 33 88 5 5 11 6 5 22222 333 6 22 7
lowQualScore : . . . ... .............................. .... . .. ... .. .... ...... ........ .. ................................ . . . ...... .. . .. . . . ..... ........ . .. . . .. .... ... . .. ..... .. . . . ............. . ......... .. . .. . . . .. .. . . .. . . ..... ... . .. .
lowQualScore : 7 4 5 000 222222222222222222222222222222 4444 5 22 888 99 7777 666666 22222222 00 99999999999999999999999999999999 2 7 7 111111 44 1 99 1 7 7 33333 77777777 0 00 3 4 99 6666 000 0 33 33333 99 7 0 7 5555555555555 7 777777777 22 8 00 4 0 0 88 00 5 0 00 0 0 00000 000 0 00 0
consensus : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AA-CGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCTTT-TT-AACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
Reference ( family-1263 ) : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTAATTACTTCAAATATGTTAA--ATGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATNTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTTAATT--AA-CGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CNTTT-TT-AACTT----GTAAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGCCTTGTATGTTTAATTGATATTAGCCTTCAATTCTCTGTTATTAAGTTGCTGATT
gi|1 : CAGAACACGATAATTTTATTTTAGTCAATCACATTCAGAAAT---TCA----------------A-------------TTTGATAA----------CGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGCCAGACATTAATTAAATACTTCAGTTGGTCGTACCTTAACCC--------TTA--A---T--------------AA------------GTTCATCAAATAAT-TC-TTA------CATATGTCATTACTTAAAATATGTTAA--CAGTATTG-T-ACTT-CATCTTG--------ATCAACATTTGTATACACATAGTTTGTCGGGACGGGCCTCAATT--AA-TGTTGG---TAGAACTTG----TAGCC--TGAC-CCTTT-TTGAACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAGAGC--AATACAA-TA-AAT--ACTAA--AG-GTGCCACCAGAAAGTTTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|10 : gGATAATATGACTTTATTCCATCATGTTTAAAATTGCATTA----------------AGGACACAAAACGGTTTAATAGATAATGG-GAAGTTTGTTAA--GCA-G-A--TACGTATACTTGCCAGGC-TT---TAAACTCTTCCGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAActgt
gi|11 : CA----------------A-------------TTTGATAGTTAA--GCATAGCTTGTTAT--GCA--------CA----CCTCTCTGAA-GTA---AGACCCTTCCGTCAATCGTACCCCTCTCC--------TTA--ATAGT--------------TA------------CTCCATC
gi|12 : gtgtataacatgtataaggtaattgaataaataaGAAAATGATACTATCACTCTATTCAATCACTTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGACAGTTAGTTG-GTCATTTGTTAT--GTA-TAA--GACA----CTTGCCAGAC---A-TTAAACCCTTCCATTGATCATACCACTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAtttactttcatcaaat
gi|13 : TTCCGTCAGTCGTACTTATCTCC--------TTG--A---TAGTTACTCCATCTTTAC-----------TTTCATTAAATAGT-TA-TTA------TATGTGTATTTACTTCAAATATGTTAA--ATGTATTG-T-A--T-CAACTTG--------ATCAATATCTGTAT
gi|14 : gaagACATAATAACATCACTTTATTCAATCATGTTCAGAAAT---TCATTTAGGACACCAAACGA-------------TTTGATAATTAATGC-GTAGCTTGTTAT--GTA-A-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA---AGACTCCTCCGTTGAT
gi|15 : CAGA-TATGATACTATCACTTTATTCAGTCGCATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGGTAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GAAA----CTTGCCAGAC---A-TTAAACCCTTCTGTTGATCGT
gi|16 : aCAGAACATGATAATATCACTTCATTCAATCACATTCAGGATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAAATG-GTCGTTTGTTGT--GCATT-A--GA-A----ATTGCCA-AC---A-TTAAACTCTTCCGTTGATC
gi|17 : aCAGAACATGATAATATCACGTTAGTCAACCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAAATAAAT-----GTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGTCAGAC---A-TTAAACCCTTCCATTGATC
gi|18 : CG----------------A-------------TTTGATAATTAAAGC-GTAGCTTGTTGT--GCA-T-A--GACG----CTTGTCAGAC-T---TTAGACCCTTCCGTTGATGGT
gi|19 : caaaTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--A-----------TTGA--TGG----TAGTC--CGACTCTTTT-TT-AACTTGAAAGTGAAGTTG-TTATCA--CAC--A
gi|2 : ACTATATTCAATCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAGTTAACTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CATGCCA-----CA-TTAAACCCTACCGTTGATCGTCCCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------CATATTTCATTACTTAAAATATGTTAA--AAGTATTGTT-A-TT-TATCGTT--------ATCAACATTTGTATAC------TTTGTCGGGAAGGGCGTCAATTTCAG-CCTTGTATGTTTAA-TTGATATTAGCCTTCAAT-TCTCTGTT-A--TT-------AAGTTGCTGATTATTCATCCATAAAAA--AATTTAA-TA-ACT--A
gi|21 : CCCTTCCATTGATCGTGTCCCT-TCA--------TTA--ATAGT--------------TACTTTATCGTTTCTTTCATCAAATAGa
gi|22 : gACG----CTTTCCAGAC-TT---TGAACCCTTCTGATGATCTTATCTCTCTCC--------TTA--A---TA-------------TC------------TTTCAT
gi|23 : -T-A--GACG----CTTGCCAGAT-TT---TAGACCATTCTGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------CT------------CTTCAg
gi|4 : -GTAGTTTGTTATACGCA-T-ATGGACA----ATTGCTTAGC-TT---TGAACCCTTTCGTCGGTCGTACCCCACTCCCAAATATTTTATTA---T--------------TACTCCGACGTTACTTTCATCAAA-ATT-TTGTTACAAAGATATATTTAATAACTTCATATATGTTAA--ATGCATTG-T-A-TG--GTATTG--------GTCGATATTTGTATATGGATATTTAGTCGGAAATGGTCT-AATT--AAATGTTGT---TCGAACTTG-----GGTC--CGA
gi|5 : aatgcTCATCATAT-------TTA------TATG-ATAATTACTTCAAATATATCAAGAAAGT-----T-A-----ATCGTG--------ATCAATATTCATATACAAATATTTTGTTGGAAAGTGTCTTAATT--AA-CTTTGT---TAGAGTTTA----TAGAC--CGGT-CATTG-CT-ACTTT----GTAAA--------------AT--AT-AAGC--AAAACAA-TATGATTAACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGC
gi|6 : actgCAGAACATAATACTATCTCTGTATTCCATCATGTTCAGAATT---TCATTAAGGACCCTGAAA-A-------------TTTGATTATCAATGC-GTAGCTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTTCCAGAC-T---TTAGATATTCTCGTTGATTGTAC
gi|7 : gaatattgtatcatttttctgttgatgcagttttattggttaaagatacgctaaATAGTGTC-TTAA-----TATAAATGTTTATATTAAACATGTTAA--ATTTAATG-T-A-TTTCATCTTATTTTAATAATCAATATGTGTTTATTAATATTTTATCGAAAAAAGCCTTAAAT--AT-TTTTGT---TAGAGCTTA----TAGCC--CGAC-TA-TT-TT-AA--------TAA---TG-TG-TTA--CAT--ACAAAGCAAAATTCAATTA-AAT--ATT
gi|8 : ATTTTATTGCGTCAATGAT-TTAA--ATGTATTG-TGA-TT-CATCTTG--------ATCAATATAAGTATACAAACAATTTATCCGGAAGGGCCTTAATT--AA-TGTTGT---TGAAACTTG----CAGCC--CGAC-CCTTT-T---GCT--------AATTTG-TAATC-----T--ATAAAGC--AATTCAA-TA-
gi|9 : CAGAACATGATACTATCAGT--ATTCAATCACGTTCAGAACT---TCA----------------A-------------TTTAATAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GATA----CTTGATAGAC---A-TTAAACCATTCCGTTGATAGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCATATAAT-TC-TTA------TATATTTCATtgtttgaactaattt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTGATACATAAAGGAATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|20 ): TTATTGTATTTTGTTCAGAATGTCATTGAGGACAATAAGCGATTTGATAATTGACACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTCATCCTTTTAGCGTAAATGCAGTTTTATAGCTTA
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555 1111 333333 11111111 55555555555555555555555555555555 222222 11111 22222222 11 111111 111 11111 11 3333333333333 111111111 11 11 11 1
lowQualScore : 1 2 0 777 222222222222222222222222222222 3333 2 44 333 33 5555 333333 33333333 55 99999999999999999999999999999999 0 5 5 222222 11 1 77 1 5 5 77777 00000000 0 22 3 4 555555 000 1 55 22222 77 00 6 6 4444444444444 6 222222222 99 0 11 1 8 8 33 88 5
lowQualScore : . . . ... .............................. .... . .. ... .. .... ...... ........ .. ................................ . . . ...... .. . .. . . . ..... ........ . .. . . ...... ... . .. ..... .. .. . . ............. . ......... .. . .. . . . .. .. .
lowQualScore : 7 4 5 000 222222222222222222222222222222 4444 1 22 888 99 7777 666666 22222222 00 99999999999999999999999999999999 2 7 7 111111 44 0 99 0 7 7 33333 77777777 3 00 3 0 444444 000 0 33 33333 99 33 7 7 2222222222222 7 777777777 22 8 00 4 0 0 88 00 5
consensus : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCT-TT-TT-AACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
Reference ( family-1263 ) : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCT-TT-TT-AACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|1 : CAGAACACGATAATTTTATTTTAGTCAATCACATTCAGAAAT---TCA----------------A-------------TTTGATAA----------CGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGCCAGACATTAATTAAATACTTCAGTTGGTCGTACCTTAACCC--------TTA--A---T--------------AA------------GTTCATCAAATAAT-TC-TTA------CATATGTCATTACTTAAAATATGTTAA--CAGTATTG-T-ACTT-CATCTTG--------ATCAACATTTGTATACACATAGTTTGTCGGGACGGGCCTCAATT--AATGTTGG---TAGAACTTG----TAGCC--TGAC-CCT-TT-TTGAACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAGAGC--AATACAA-TA-AAT--ACTAA--AG-GTGCCACCAGAAAGTTTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|10 : gGATAATATGACTTTATTCCATCATGTTTAAAATTGCATTA----------------AGGACACAAAACGGTTTAATAGATAATGG-GAAGTTTGTTAA--GCA-G-A--TACGTATACTTGCCAGGC-TT---TAAACTCTTCCGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAActgt
gi|11 : CA----------------A-------------TTTGATAGTTAA--GCATAGCTTGTTAT--GCA--------CA----CCTCTCTGAA-GTA---AGACCCTTCCGTCAATCGTACCCCTCTCC--------TTA--ATAGT--------------TA------------CTCCATC
gi|12 : gtgtataacatgtataaggtaattgaataaataaGAAAATGATACTATCACTCTATTCAATCACTTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGACAGTTAGTTG-GTCATTTGTTAT--GTA-TAA--GACA----CTTGCCAGAC---A-TTAAACCCTTCCATTGATCATACCACTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAtttactttcatcaaat
gi|13 : TTCCGTCAGTCGTACTTATCTCC--------TTG--A---TAGTTACTCCATCTTTAC-----------TTTCATTAAATAGT-TA-TTA------TATGTGTATTTACTTCAAATATGTTAA--ATGTATTG-T-A--T-CAACTTG--------ATCAATATCTGTAT
gi|14 : gaagACATAATAACATCACTTTATTCAATCATGTTCAGAAAT---TCATTTAGGACACCAAACGA-------------TTTGATAATTAATGC-GTAGCTTGTTAT--GTA-A-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA---AGACTCCTCCGTTGAT
gi|15 : CAGA-TATGATACTATCACTTTATTCAGTCGCATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGGTAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GAAA----CTTGCCAGAC---A-TTAAACCCTTCTGTTGATCGT
gi|16 : aCAGAACATGATAATATCACTTCATTCAATCACATTCAGGATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAAATG-GTCGTTTGTTGT--GCATT-A--GA-A----ATTGCCA-AC---A-TTAAACTCTTCCGTTGATC
gi|17 : aCAGAACATGATAATATCACGTTAGTCAACCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAAATAAAT-----GTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGTCAGAC---A-TTAAACCCTTCCATTGATC
gi|18 : CG----------------A-------------TTTGATAATTAAAGC-GTAGCTTGTTGT--GCA-T-A--GACG----CTTGTCAGAC-T---TTAGACCCTTCCGTTGATGGT
gi|19 : caaaTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--A----------TTGA--TGG----TAGTC--CGACTCTT-TT-TT-AACTTGAAAGTGAAGTTG-TTATCA--CAC--A
gi|2 : ACTATATTCAATCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAGTTAACTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CATGCCA-----CA-TTAAACCCTACCGTTGATCGTCCCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------CATATTTCATTACTTAAAATATGTTAA--AAGTATTGTT-A-TT-TATCGTT--------ATCAACATTTGTATAC------TTTGTCGGGAAGGGCGTCAATTTCAGCCTTGTATGTTTAA-TTGATATTAGCCTTCAAT-TCT-CTGTT-A--TT-------AAGTTGCTGATTATTCATCCATAAAAA--AATTTAA-TA-ACT--A
gi|21 : CCCTTCCATTGATCGTGTCCCT-TCA--------TTA--ATAGT--------------TACTTTATCGTTTCTTTCATCAAATAGa
gi|22 : gACG----CTTTCCAGAC-TT---TGAACCCTTCTGATGATCTTATCTCTCTCC--------TTA--A---TA-------------TC------------TTTCAT
gi|23 : -T-A--GACG----CTTGCCAGAT-TT---TAGACCATTCTGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------CT------------CTTCAg
gi|4 : -GTAGTTTGTTATACGCA-T-ATGGACA----ATTGCTTAGC-TT---TGAACCCTTTCGTCGGTCGTACCCCACTCCCAAATATTTTATTA---T--------------TACTCCGACGTTACTTTCATCAAA-ATT-TTGTTACAAAGATATATTTAATAACTTCATATATGTTAA--ATGCATTG-T-A-TG--GTATTG--------GTCGATATTTGTATATGGATATTTAGTCGGAAATGGTCT-AATTA-AATGTTGT---TCGAACTTG-----GGTC--CGA
gi|5 : aatgcTCATCATAT-------TTA------TATG-ATAATTACTTCAAATATATCAAGAAAGT-----T-A-----ATCGTG--------ATCAATATTCATATACAAATATTTTGTTGGAAAGTGTCTTAATT--AACTTTGT---TAGAGTTTA----TAGAC--CGGT-CAT-TG-CT-ACTTT----GTAAA--------------AT--AT-AAGC--AAAACAA-TATGATTAACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGC
gi|6 : actgCAGAACATAATACTATCTCTGTATTCCATCATGTTCAGAATT---TCATTAAGGACCCTGAAA-A-------------TTTGATTATCAATGC-GTAGCTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTTCCAGAC-T---TTAGATATTCTCGTTGATTGTAC
gi|7 : gaatattgtatcatttttctgttgatgcagttttattggttaaagatacgctaaATAGTGTC-TTAA-----TATAAATGTTTATATTAAACATGTTAA--ATTTAATG-T-A-TTTCATCTTATTTTAATAATCAATATGTGTTTATTAATATTTTATCGAAAAAAGCCTTAAAT--ATTTTTGT---TAGAGCTTA----TAGCC--CGA---CTATT-TT-AA--------TAA---TG-TG-TTA--CAT--ACAAAGCAAAATTCAATTA-AAT--ATT
gi|8 : ATTTTATTGCGTCAATGAT-TTAA--ATGTATTG-TGA-TT-CATCTTG--------ATCAATATAAGTATACAAACAATTTATCCGGAAGGGCCTTAATT--AATGTTGT---TGAAACTTG----CAGCC--CGAC-CCT-TT-T---GCT--------AATTTG-TAATC-----T--ATAAAGC--AATTCAA-TA-
gi|9 : CAGAACATGATACTATCAGT--ATTCAATCACGTTCAGAACT---TCA----------------A-------------TTTAATAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GATA----CTTGATAGAC---A-TTAAACCATTCCGTTGATAGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCATATAAT-TC-TTA------TATATTTCATtgtttgaactaattt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTGATACATAAAGGAATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|20 ): TTATTGTATTTTGTTCAGAATGTCATTGAGGACAATAAGCGATTTGATAATTGACACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTCATCCTTTTAGCGTAAATGCAGTTTTATAGCTTA
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555 1111 333333 11111111 55555555555555555555555555555555 222222 11111 22222222 11 111111 111 11111 11 3333333333333 111111111 11 11 11 1
lowQualScore : 1 2 0 777 222222222222222222222222222222 3333 2 44 333 33 5555 333333 33333333 55 99999999999999999999999999999999 0 5 5 222222 11 1 77 1 5 5 77777 00000000 0 22 3 4 555555 000 1 55 22222 77 00 6 6 4444444444444 6 222222222 99 0 11 1 8 8 33 88 5
lowQualScore : . . . ... .............................. .... . .. ... .. .... ...... ........ .. ................................ . . . ...... .. . .. . . . ..... ........ . .. . . ...... ... . .. ..... .. .. . . ............. . ......... .. . .. . . . .. .. .
lowQualScore : 7 4 5 000 222222222222222222222222222222 4444 1 22 888 99 7777 666666 22222222 00 99999999999999999999999999999999 2 7 7 111111 44 0 99 0 7 7 33333 77777777 3 00 3 0 444444 000 0 33 33333 99 33 7 7 2222222222222 7 777777777 22 8 00 4 0 0 88 00 5
consensus : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCT-TT-TT-AACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
Reference ( family-1263 ) : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCT-TT-TT-AACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|1 : CAGAACACGATAATTTTATTTTAGTCAATCACATTCAGAAAT---TCA----------------A-------------TTTGATAA----------CGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGCCAGACATTAATTAAATACTTCAGTTGGTCGTACCTTAACCC--------TTA--A---T--------------AA------------GTTCATCAAATAAT-TC-TTA------CATATGTCATTACTTAAAATATGTTAA--CAGTATTG-T-ACTT-CATCTTG--------ATCAACATTTGTATACACATAGTTTGTCGGGACGGGCCTCAATT--AATGTTGG---TAGAACTTG----TAGCC--TGAC-CCT-TT-TTGAACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAGAGC--AATACAA-TA-AAT--ACTAA--AG-GTGCCACCAGAAAGTTTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|10 : gGATAATATGACTTTATTCCATCATGTTTAAAATTGCATTA----------------AGGACACAAAACGGTTTAATAGATAATGG-GAAGTTTGTTAA--GCA-G-A--TACGTATACTTGCCAGGC-TT---TAAACTCTTCCGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAActgt
gi|11 : CA----------------A-------------TTTGATAGTTAA--GCATAGCTTGTTAT--GCA--------CA----CCTCTCTGAA-GTA---AGACCCTTCCGTCAATCGTACCCCTCTCC--------TTA--ATAGT--------------TA------------CTCCATC
gi|12 : gtgtataacatgtataaggtaattgaataaataaGAAAATGATACTATCACTCTATTCAATCACTTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGACAGTTAGTTG-GTCATTTGTTAT--GTA-TAA--GACA----CTTGCCAGAC---A-TTAAACCCTTCCATTGATCATACCACTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAtttactttcatcaaat
gi|13 : TTCCGTCAGTCGTACTTATCTCC--------TTG--A---TAGTTACTCCATCTTTAC-----------TTTCATTAAATAGT-TA-TTA------TATGTGTATTTACTTCAAATATGTTAA--ATGTATTG-T-A--T-CAACTTG--------ATCAATATCTGTAT
gi|14 : gaagACATAATAACATCACTTTATTCAATCATGTTCAGAAAT---TCATTTAGGACACCAAACGA-------------TTTGATAATTAATGC-GTAGCTTGTTAT--GTA-A-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA---AGACTCCTCCGTTGAT
gi|15 : CAGA-TATGATACTATCACTTTATTCAGTCGCATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGGTAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GAAA----CTTGCCAGAC---A-TTAAACCCTTCTGTTGATCGT
gi|16 : aCAGAACATGATAATATCACTTCATTCAATCACATTCAGGATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAAATG-GTCGTTTGTTGT--GCATT-A--GA-A----ATTGCCA-AC---A-TTAAACTCTTCCGTTGATC
gi|17 : aCAGAACATGATAATATCACGTTAGTCAACCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAAATAAAT-----GTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGTCAGAC---A-TTAAACCCTTCCATTGATC
gi|18 : CG----------------A-------------TTTGATAATTAAAGC-GTAGCTTGTTGT--GCA-T-A--GACG----CTTGTCAGAC-T---TTAGACCCTTCCGTTGATGGT
gi|19 : caaaTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--A----------TTGA--TGG----TAGTC--CGACTCTT-TT-TT-AACTTGAAAGTGAAGTTG-TTATCA--CAC--A
gi|2 : ACTATATTCAATCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAGTTAACTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CATGCCA-----CA-TTAAACCCTACCGTTGATCGTCCCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------CATATTTCATTACTTAAAATATGTTAA--AAGTATTGTT-A-TT-TATCGTT--------ATCAACATTTGTATAC------TTTGTCGGGAAGGGCGTCAATTTCAGCCTTGTATGTTTAA-TTGATATTAGCCTTCAAT-TCT-CTGTT-A--TT-------AAGTTGCTGATTATTCATCCATAAAAA--AATTTAA-TA-ACT--A
gi|21 : CCCTTCCATTGATCGTGTCCCT-TCA--------TTA--ATAGT--------------TACTTTATCGTTTCTTTCATCAAATAGa
gi|22 : gACG----CTTTCCAGAC-TT---TGAACCCTTCTGATGATCTTATCTCTCTCC--------TTA--A---TA-------------TC------------TTTCAT
gi|23 : -T-A--GACG----CTTGCCAGAT-TT---TAGACCATTCTGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------CT------------CTTCAg
gi|4 : -GTAGTTTGTTATACGCA-T-ATGGACA----ATTGCTTAGC-TT---TGAACCCTTTCGTCGGTCGTACCCCACTCCCAAATATTTTATTA---T--------------TACTCCGACGTTACTTTCATCAAA-ATT-TTGTTACAAAGATATATTTAATAACTTCATATATGTTAA--ATGCATTG-T-A-TG--GTATTG--------GTCGATATTTGTATATGGATATTTAGTCGGAAATGGTCT-AATTA-AATGTTGT---TCGAACTTG-----GGTC--CGA
gi|5 : aatgcTCATCATAT-------TTA------TATG-ATAATTACTTCAAATATATCAAGAAAGT-----T-A-----ATCGTG--------ATCAATATTCATATACAAATATTTTGTTGGAAAGTGTCTTAATT--AACTTTGT---TAGAGTTTA----TAGAC--CGGT-CAT-TG-CT-ACTTT----GTAAA--------------AT--AT-AAGC--AAAACAA-TATGATTAACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGC
gi|6 : actgCAGAACATAATACTATCTCTGTATTCCATCATGTTCAGAATT---TCATTAAGGACCCTGAAA-A-------------TTTGATTATCAATGC-GTAGCTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTTCCAGAC-T---TTAGATATTCTCGTTGATTGTAC
gi|7 : gaatattgtatcatttttctgttgatgcagttttattggttaaagatacgctaaATAGTGTC-TTAA-----TATAAATGTTTATATTAAACATGTTAA--ATTTAATG-T-A-TTTCATCTTATTTTAATAATCAATATGTGTTTATTAATATTTTATCGAAAAAAGCCTTAAAT--ATTTTTGT---TAGAGCTTA----TAGCC--CGA---CTATT-TT-AA--------TAA---TG-TG-TTA--CAT--ACAAAGCAAAATTCAATTA-AAT--ATT
gi|8 : ATTTTATTGCGTCAATGAT-TTAA--ATGTATTG-TGA-TT-CATCTTG--------ATCAATATAAGTATACAAACAATTTATCCGGAAGGGCCTTAATT--AATGTTGT---TGAAACTTG----CAGCC--CGAC-CCT-TT-T---GCT--------AATTTG-TAATC-----T--ATAAAGC--AATTCAA-TA-
gi|9 : CAGAACATGATACTATCAGT--ATTCAATCACGTTCAGAACT---TCA----------------A-------------TTTAATAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GATA----CTTGATAGAC---A-TTAAACCATTCCGTTGATAGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCATATAAT-TC-TTA------TATATTTCATtgtttgaactaattt
blockSeqs : A T GCA TTTAGGACACCAAACGA TGG A AC TA TG TATA GTA CAAATATT TT TAGTTACTCCATCTTTAC G G CAAAGA TG A GA T T G TTTC TTTTAATA GG T C TCAGCC ATG T AC ATATT TT CT A G AACTTGAAAGTG G CTGATTATT CC AA T T T TA GT A
blockSeqs : C C . TTAAGGACCCTGAAAA TTG A . TT . . TTA . . TAGTTACTTTATCGTTTC . . A TT C . A . . TTT . AA T C AAATG . T GT T . T . . ACTTTGTA G TTATCA . . A . . .
blockSeqs : A T . AGGACACAAAACGG TGC C . G . . CAT . . TTACTCCGACGTTAC . . . TT A . T . . TTC . TA T T AACT . C GC T . T . . AATA T TGTTA . . T . . .
blockSeqs : C T . A TTG A . A . . TT . . TAGTTA . . . AA A . A . . TC . AA A T ATTT . A AC T . C . . ATT . TAATC . . T . .
blockSeqs : A T . A ATG C . T . . AT . . TATC . . . TT G . T . . TG . . . T AATG . A A C . . . . GCT . . .
blockSeqs : A T . A AGC C . T . . AT . . TTA . . . TT T . T . . . . . A . G . . .
blockSeqs : C A . A CTG A . T . . AT . . TTA A C
blockSeqs : C G . A TGC C . T . . AT . . TTA
blockSeqs : . . A TTG A . T . . TT . . TCT
blockSeqs : A GC A . T . . TT . . TTA
blockSeqs : A AT C . T . . TT
blockSeqs : . . T . . TT
blockSeqs : . . . TT
blockSeqs : . AT
blockSeqCons : TTG* NT**** TTC** ANTGTG******* TATTA****
originalCons : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGAC-TTA-TTAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCT-TT-TT-AACTT----GTGAAGTTG-TGATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
finalCons : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGACNT----TAAACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-ATTC--ATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGAC-CCT-TT-TTANTGTG-------AAGTTGTATTA----CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTGATACATAAAGGAATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|20 ): TTATTGTATTTTGTTCAGAATGTCATTGAGGACAATAAGCGATTTGATAATTGACACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTCATCCTTTTAGCGTAAATGCAGTTTTATAGCTTA
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555 1111 11111111 55555555555555555555555555555555 222222 11111 22222222 11 111111 111 11111 5555555555555555555 2222222222 11 11 11 1
lowQualScore : 1 2 0 777 222222222222222222222222222222 3333 2 44 333 33 5555 1 5555 33333333 55 99999999999999999999999999999999 0 5 5 222222 11 1 77 1 5 5 77777 00000000 0 22 3 4 555555 000 1 55 22222 77 3 6 9999999999999999999 6 1111111111 99 0 11 1 8 8 33 88 5
lowQualScore : . . . ... .............................. .... . .. ... .. .... . .... ........ .. ................................ . . . ...... .. . .. . . . ..... ........ . .. . . ...... ... . .. ..... .. . . ................... . .......... .. . .. . . . .. .. .
lowQualScore : 7 4 5 000 222222222222222222222222222222 4444 1 22 888 99 7777 0 7777 22222222 00 99999999999999999999999999999999 2 7 7 111111 44 0 99 0 7 7 33333 77777777 3 00 3 0 444444 000 0 33 33333 99 7 7 8888888888888888888 7 0000000000 22 8 00 4 0 0 88 00 5
consensus : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGACNTTAA----ACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGACCCT-TT-TT--AN---T-----GT-AAGTTG-T--ATCA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
Reference ( family-1263 ) : NCAGAACATGATAATATCACTTTATTCAATCACGTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAATTG-GTNGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTGCCAGACNTTAA----ACCCTTCCGTTGATCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------TATATNTNATTACTTCAAATATGTTAA--ANGTATTG-T-A-TT-CATCTTG--------ATCAATATTTGTATACGAATATTTTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--AACGTTGT---TNGAACTTG----TAGCC--CGACCCT-TT-TT--AN---T-----GTGAAGTTG-T--ATTA--CAT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-AAT--ACTAAGTAGAGTGCCGCCAGAAAGTCTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|1 : CAGAACACGATAATTTTATTTTAGTCAATCACATTCAGAAAT---TCA----------------A-------------TTTGATAA----------CGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGCCAGACATTAATTAAATACTTCAGTTGGTCGTACCTTAACCC--------TTA--A---T--------------AA------------GTTCATCAAATAAT-TC-TTA------CATATGTCATTACTTAAAATATGTTAA--CAGTATTG-T-ACTT-CATCTTG--------ATCAACATTTGTATACACATAGTTTGTCGGGACGGGCCTCAATT--AATGTTGG---TAGAACTTG----TAGCC--TGACCCT-TT-TT--GAACTT-----GTGAAGTTG-TG-ATCA--CAT--ATAGAGC--AATACAA-TA-AAT--ACTAA--AG-GTGCCACCAGAAAGTTTAGCGCCGTGCCTGCTGAATTGATACGATGCTTCTAGTCTCTATTATTAAGTCACTGTTT
gi|10 : gGATAATATGACTTTATTCCATCATGTTTAAAATTGCATTA----------------AGGACACAAAACGGTTTAATAGATAATGG-GAAGTTTGTTAA--GCA-G-A--TACGTATACTTGCCAGGCTTTAA----ACTCTTCCGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAActgt
gi|11 : CA----------------A-------------TTTGATAGTTAA--GCATAGCTTGTTAT--GCA--------CA----CCTCTCTGAAGTAAG----ACCCTTCCGTCAATCGTACCCCTCTCC--------TTA--ATAGT--------------TA------------CTCCATC
gi|12 : gtgtataacatgtataaggtaattgaataaataaGAAAATGATACTATCACTCTATTCAATCACTTTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGACAGTTAGTTG-GTCATTTGTTAT--GTA-TAA--GACA----CTTGCCAGACATTAA----ACCCTTCCATTGATCATACCACTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAtttactttcatcaaat
gi|13 : TTCCGTCAGTCGTACTTATCTCC--------TTG--A---TAGTTACTCCATCTTTAC-----------TTTCATTAAATAGT-TA-TTA------TATGTGTATTTACTTCAAATATGTTAA--ATGTATTG-T-A--T-CAACTTG--------ATCAATATCTGTAT
gi|14 : gaagACATAATAACATCACTTTATTCAATCATGTTCAGAAAT---TCATTTAGGACACCAAACGA-------------TTTGATAATTAATGC-GTAGCTTGTTAT--GTA-A-A--GACG----CTTGCCAGACTTAAG----ACTCCTCCGTTGAT
gi|15 : CAGA-TATGATACTATCACTTTATTCAGTCGCATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGGTAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GAAA----CTTGCCAGACATTAA----ACCCTTCTGTTGATCGT
gi|16 : aCAGAACATGATAATATCACTTCATTCAATCACATTCAGGATT---TCA----------------A-------------TTTGATAATTAAATG-GTCGTTTGTTGT--GCATT-A--GA-A----ATTGCCA-ACATTAA----ACTCTTCCGTTGATC
gi|17 : aCAGAACATGATAATATCACGTTAGTCAACCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAAATAAAT-----GTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CTTGTCAGACATTAA----ACCCTTCCATTGATC
gi|18 : CG----------------A-------------TTTGATAATTAAAGC-GTAGCTTGTTGT--GCA-T-A--GACG----CTTGTCAGACTTTAG----ACCCTTCCGTTGATGGT
gi|19 : caaaTGTCGGGAAGGGCCTCAATT--A----------TTGA--TGG----TAGTC--CGACTCT-TT-TTTAAC---TTGAAAGTGAAGTTGTT--ATCA--CAC--A
gi|2 : ACTATATTCAATCACATTCAGAATT---TCA----------------A-------------TTTGATAGTTAACTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GACA----CATGCCA--CATTAA----ACCCTACCGTTGATCGTCCCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCAAATAGT-TC-TTA------CATATTTCATTACTTAAAATATGTTAA--AAGTATTGTT-A-TT-TATCGTT--------ATCAACATTTGTATAC------TTTGTCGGGAAGGGCGTCAATTTCAGCCTTGTATGTTTAA-TTGATATTAGCCTTCAATTCT-CTGTT--AT---T--------AAGTTG-CTGATTATTCATCCATAAAAA--AATTTAA-TA-ACT--A
gi|21 : CCCTTCCATTGATCGTGTCCCT-TCA--------TTA--ATAGT--------------TACTTTATCGTTTCTTTCATCAAATAGa
gi|22 : gACG----CTTTCCAGACTTTGA----ACCCTTCTGATGATCTTATCTCTCTCC--------TTA--A---TA-------------TC------------TTTCAT
gi|23 : -T-A--GACG----CTTGCCAGATTTTAG----ACCATTCTGTTGGTCGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------CT------------CTTCAg
gi|4 : -GTAGTTTGTTATACGCA-T-ATGGACA----ATTGCTTAGCTTTGA----ACCCTTTCGTCGGTCGTACCCCACTCCCAAATATTTTATTA---T--------------TACTCCGACGTTACTTTCATCAAA-ATT-TTGTTACAAAGATATATTTAATAACTTCATATATGTTAA--ATGCATTG-T-A-TG--GTATTG--------GTCGATATTTGTATATGGATATTTAGTCGGAAATGGTCT-AATTA-AATGTTGT---TCGAACTTG-----GGTC--CGA
gi|5 : aatgcTCATCATAT-------TTA------TATG-ATAATTACTTCAAATATATCAAGAAAGT-----T-A-----ATCGTG--------ATCAATATTCATATACAAATATTTTGTTGGAAAGTGTCTTAATT--AACTTTGT---TAGAGTTTA----TAGAC--CGGTCAT-TG-CT--AC---T-----------TTG-T--A--A--AAT--AT-AAGC--AAAACAA-TATGATTAACTAAGTAGAATATTGTCAGAAAATCTAGTGC
gi|6 : actgCAGAACATAATACTATCTCTGTATTCCATCATGTTCAGAATT---TCATTAAGGACCCTGAAA-A-------------TTTGATTATCAATGC-GTAGCTTGTTAT--GCA-T-A--GACG----CTTTCCAGACTTTAG----ATATTCTCGTTGATTGTAC
gi|7 : gaatattgtatcatttttctgttgatgcagttttattggttaaagatacgctaaATAGTGTC-TTAA-----TATAAATGTTTATATTAAACATGTTAA--ATTTAATG-T-A-TTTCATCTTATTTTAATAATCAATATGTGTTTATTAATATTTTATCGAAAAAAGCCTTAAAT--ATTTTTGT---TAGAGCTTA----TAGCC--CGA--CTATT-TT--AA---T--------AA--TG-T--GTTA--CAT--ACAAAGCAAAATTCAATTA-AAT--ATT
gi|8 : ATTTTATTGCGTCAATGAT-TTAA--ATGTATTG-TGA-TT-CATCTTG--------ATCAATATAAGTATACAAACAATTTATCCGGAAGGGCCTTAATT--AATGTTGT---TGAAACTTG----CAGCC--CGACCCT-TT----------T-----GCTAATTTG-T--A--A--TCT--ATAAAGC--AATTCAA-TA-
gi|9 : CAGAACATGATACTATCAGT--ATTCAATCACGTTCAGAACT---TCA----------------A-------------TTTAATAATTAATTG-GTCGTTTGTTAT--GCA-T-A--GATA----CTTGATAGACATTAA----ACCATTCCGTTGATAGTACCTCTCTCC--------TTA--A---T--------------TA------------TTTCATCATATAAT-TC-TTA------TATATTTCATtgtttgaactaattt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): TAACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTGGTGATACATAAAGGAATACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|20 ): TTATTGTATTTTGTTCAGAATGTCATTGAGGACAATAAGCGATTTGATAATTGACACGTAGTTGT
Unaligned ( gi|24 ): ACATTTCATCCTTTTAGCGTAAATGCAGTTTTATAGCTTA