lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       
lowQualScore                  :                                                                                1                                                            11                        1                  333    22  2                                       33                    1     1                                                        777       4       44444444            4                222                              4   1                                       1                           1                                                 8888                 1           444444       22            111                                                                                                                         3333                                    222222222222222222         55555                                   22         4444                                               1                       4444                            1                                                                                                                 222          1                                        111    3333333333                     11   11  11111                                                                         222222222222  111                       111    22222222        2222222222        11111          111111       111111   111                  1   11                                    222       111                                                         11      1    11   3333333333333                                                                        2                                                                   111                                                                                  
lowQualScore                  :               6                               6              4    4  3         0  4               2    4    3          3                    88      3  4        4   2 5        4         333    77  0 4     3                  2            44                    5     5                                                        000       0       55555555            0                999                              0   7                                       5                           5                    3                            5555             4   7  2 4   3  333333       77            777                                   6 77                              4               4             6           4         9999         66                  2      555555555555555555         22222                                   77   2     1111   3                            2      3 4     5        4       2  4   2222                            5                                            2            4     4        4                                        333          7                 0 44       55    1  5  444  8 7777777777    1   6            88   44  11111             2                   4      55  2    88   6                  000000000000  111                       111    77777777    3   5555555555   1    44444    99  2 555555    1  111111   777      99999       3   88    999           1     1  1        888       111        0    1   1    5     8       1          6         11      0    11   7777777777777    3  0    0    0 0    1        1            5  22     55           22 0   6        8   22         0        1 55   6              1        444     5   6  0                 0                     1   6        1                
lowQualScore                  :               .                               .              .    .  .         .  .               .    .    .          .                    ..      .  .        .   . .        .         ...    ..  . .     .                  .            ..                    .     .                                                        ...       .       ........            .                ...                              .   .                                       .                           .                    .                            ....             .   .  . .   .  ......       ..            ...                                   . ..                              .               .             .           .         ....         ..                  .      ..................         .....                                   ..   .     ....   .                            .      . .     .        .       .  .   ....                            .                                            .            .     .        .                                        ...          .                 . ..       ..    .  .  ...  . ..........    .   .            ..   ..  .....             .                   .      ..  .    ..   .                  ............  ...                       ...    ........    .   ..........   .    .....    ..  . ......    .  ......   ...      .....       .   ..    ...           .     .  .        ...       ...        .    .   .    .     .       .          .         ..      .    ..   .............    .  .    .    . .    .        .            .  ..     ..           .. .   .        .   ..         .        . ..   .              .        ...     .   .  .                 .                     .   .        .                
lowQualScore                  :               0                               0              0    0  0         5  0               5    0    0          0                    55      0  0        0   5 5        0         555    55  0 0     0                  5            00                    0     0                                                        000       0       00000000            0                000                              0   0                                       0                           0                    0                            0000             0   0  5 0   0  000000       55            000                                   0 00                              0               0             0           0         5555         55                  5      000000000000000000         00000                                   55   5     0000   0                            5      0 0     0        0       5  0   5555                            0                                            5            0     0        0                                        333          3                 8 22       88    0  0  000  0 2222222222    0   7            00   55  88888             5                   0      00  5    88   7                  888888888888  777                       777    33333333    5   8888888888   7    55555    22  5 888888    0  222222   222      33333       3   33    000           4     4  4        000       222        6    4   4    0     0       4          0         00      6    00   0000000000000    8  8    8    8 8    0        4            8  88     88           00 0   0        0   00         6        4 66   0              4        000     0   0  6                 8                     0   6        4                
consensus                     : TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCNTTTGNTTNAAATTACGGCGCNTCTCAACCAACTGTANGAATNATTGCGGGCACACTGNTATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTNCTNGTTTTAAANGTTNTACATAGATANAATAGCTGATTTTATCAAGGCGNTTAATNATGCTTACTCAACAACAGNATTGCACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCGTGNGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCACGCGTTCGNGCGTGGNTNAGTNAAACGGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTANNNGATGTATTTTTATTTGATATGCAATACTATTTTTGTTNNGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCANTCTGTCTAGCAGTAGNTAAATCATAACACTATTTTATAAGTNAACGTGAAAATNNTTCCAATGANNAGTATTATAGGCAAAACTNTTTGTAGTCGATTTGTTT----TTGTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCGGTNTTTTTTCTATCTNACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACANAACCATNCNGTTGTTCGTGGTTGNAATAACANTANACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTNTGTACNCAAAATGTNCCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTCTTTGCCTCTTTT---TTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ACG---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAACGNGAACAGAT-ATTT-CGTTGGTTAAAAGATCAAA-CAACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCAA-------CCTCTGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGG--AA--GGCGAAACCTTT--T--TCAGTGG-AAC--TAGTTCAAACAGCGAAGGAGTCGCTATACTGTTAAAC-ATAAAAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAGGTCGTTTACAAGCACTAGA--TATAGATATAA--ATA------A------AACATGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTACTNAACACATTAGAAAAATATATTGGTGAA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAACGCTATTATAGACGTT---GATATTGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCTATAATCGATACTTTTACTT
Reference ( gi|1 )            : TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGAACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTGTATT--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATTATAGTATTTCACAATTAAATGTAATACAAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTG-G-GGTTTTT-TTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTATATCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTAAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAAAGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATAATATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGTATGTGTGTACGCGTTCGTGCGAGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGT--GTGTGTGATGTAAGCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGCTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACCATTTTATAAGTTAATGTGAAATTTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTTTTTGTTGTTTTTTTTCTTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTC--TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTGTGTGGTTGTAATAACAGTATACA----GATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACATTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCCTCTTTT---TTTACTCAAACTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACGTGAACAGAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAACAACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCAA-------CCTCTGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGG--AA--GGCAAAACCTTT--T--TCAGTGG-AAC--TAGTTCAAATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA---TAAAAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAGGTCGTTTACGAGTACTAGA--TATAGATATAA--ATA------A------AACATGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTACTGAACACATTAGAAAACTATATTGGTGAA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTAATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGTAC
gi|3                          : TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGGGCATCTCAACCAACTGTACGAATTATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAATGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTTTATT--GG-GATTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTGCACTTTATATTAATATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCATGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTAAGTTAA-CG---TGAGTGT--GTGTGTAATGTAAACGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTGAAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAATAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTGTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-----TTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--GGTGTTTTT-C--TCTGACTTTTCTTTAATATATTACAAAATATAAAACCATGCTGTTGTTTGTGGTTATAATAACAGTATACA----GATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTTCCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCTTTCTTTGCCTTTTTTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGTT---AA-ACC---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACGTGAACAGAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAACAACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCAA-------CCTCTGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGG--AA--GGCGAAACCCTT--T--TCAGTGG-AAC--TAGTTCAAATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA---TAAAAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAGGTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGGTATAA--ATA------A------AACATGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACATATTCTTAC---ACATAATAAAAAA-TATATTGGTGAA-AATTAGGATAAAACATTTGTTATTGCTAGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGAC-AAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTCAACTCTATAATTAATAATTTTACTT
gi|13                         :                                                    ATGTTATGCTATTTAATTGAAATTACGGCACTTCTCAACCAACTGTAAGAATAATTGCAGGCACATTGCTATTGATGTAGCTTTGGTTA--ATGTTTGCTAATTTTAAAAGTTTT-CATAGATAAAATAGCTAA---TATCAAGGCGTTTAATCATACTTATTCAACAACAGCATTACACTTTATATTAGTAtgagcgatatttggagaatcaaacatcctttttaaaaaaacaatt
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCGTGCGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCATGCGTTCGAACGTGACTTAGTGAAACAGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTATTGGATGTATTTTTATTTAATATGCAATACTATTTTTGTTATGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCAATCTGTCTAACAGTAAATAAATCATAACACTATTTTATAAGTAAATGTGAAA--AATTCCAATGAGAAGTATTATAGACAAAACTCTTTGTA----------------TTGTTTTTTTT-TTTTTTAGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCAGTTTTTTTTTTATCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCAGTTGTTCATGGTTGAAATAACATTAAACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAATTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCTTACAAGACCTTTTTGTACACAAAATGTACCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTTTTTGCCTCTTTT---TTTACTAAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACTATTTTCCAAGTTTATGGAT---AA-ACATATT----ATATTACT-GCATTACGAATATCAAAT-TA--C--GTTCATTCATTGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACATTAGCAGAT-TTTT-TATTGGTCAAAAGATC-AATCAACG-----CA---ATATGCTAATTGCAAGAAACACA---CACAA-------CCTCTGAT--A-------CAAATCCAATA--TAGA--AACG----A-GAAAAGG--AA--GGCGAAACCTTT--T--TCAGTGG-AAC--TAGTTCAAATAGCAAAGTAGTCGGTATACTGTTAAA---TATAAATCTATCATACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAGGTCGCTTACAAGCACTAGA--TATAGGTATTG--ATG------A------AAAATGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGATTTATCATTACTGAACACATTACAAAAATATATTGGTGAA-AATGAGGATAAAACATTTGTAATTGATGGTGATTTCAACACTATTATAGACGTT---GATATTGACAAGAAAAACGGTAGATGCGATAGAAATAATAATGTAAAACAAAAACTCAACTCTATAATTGATACTTTTAATT
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTTTT---CTCTCCCATA-TGTAGCCTATCCTTTTAAA--ACTCTTCC------TG-AC---AA-A---------------ACT--TAACATGAATAC-AAATATC--T--GCTCCTTTAATGTACGAGGTTTATGCAATAAAGATAAACGAGAAAAAAT-ATTC-TGCTGGCTAAAAGACCAATCTTATT-----CA---ATTTGCCTTTTACAAGAAACACATTTCTCAGTTAATTGCCTC----------------GATCAA-----TGGA--AAAA----C-GATTGGGGTAT--GG----ACGTTT--TCTTAAGTAGTAACAGCAGT---AACAGCGAAGGTGTAGCAATTTTTTTAAACAATAAAAGT---TCATATAACATTGTTAATTATA-CGAATATAGTTGTTTGTCGTCTGCAAGCGTTAGAACTAAAAA-ACAACGATA------AGGAAATAACACGGTTAAC----ATT------TATGGTCCAAACAAAGATGATGTGAAACTATTTAAAACATTGGATCAATAT-TTGATGGACGATACTGACAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAACGCCGTTTTAAATATTTTTGATATTGATTAACGAAACGGTAGATGTGATACAAATAAAAACATGAGGAAAACATTGAAATCCATTATCGATACcgagcgatatttggagaatcaaacatccttttaaaaaacaattttcttgacactctagcaccaaaccaccaatattctgaaggtcagattatttcttaatgtttcaaaacataacaaattgtattaagcattgtgaaataaaacccggttataaatcagaccattcagtagttaatataatttaagactttttaaaacttagtaaaggagcaggtatattataaatgaacaatagtgtactataagaaacagaatgtcaaactaatatcagaaaaagtatcgcagagacagttaacataaataaagattcaaacccaaatacattatagaaacttatcaaaggaactgtaagaaatgaaacaattagatattcatcagccaaaaagtaaagggaaaaggaaaacgaaagccaaattagtatcaaaataaataaattagaaacagaaataggaaaaacaactgatagcataccgattaaaatattaagaacagaattagaaaactgtaaatacgaactgaatgatataattgacaattaaataaatggcattcatgatgtacaaagtagtgtgacaaataattgtcatat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ggttataaccataaatctgcaagttcatttatatacaaatgtattgataaacaaatggacaaagaccattattttttacttataaagaaatgtgccaataatatattatcattgcattgacccgtgttcttcacaccttttttgtgaaagcccttttttgtgcgtgaaagtatttaattaacatgtacccttatccaaaatgtattactaTATGCTCAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACGTGAACAGAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAACAACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCAA-------CCTCTGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGG--AA--GGCAAAACCTTT--T--TCAGTGG-AAC--TAGTTCAAATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA---TAAAAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAGGTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGATATAA--ATA------A------AACATGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTACTGAACACATTAGAAAAATATATTGGTGAA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTTacataatctagttgacatatggcgagtacagcacactgacaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatagaaaacaaataccaagacatttttaaatacactatacaagatactgttaataacaatagtaaagcaaacccaaatactctatgcgaacttatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatacgcaaacgcaataaagaaatctgattcaaaacgagagaatgagctctaccaaaatatagaacaattagaaaataaatttcaaaacccttcaaaccagcatttaacagatgcaattaaaatagaactagaattaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatggcattataactcgttcaaaggtagacaaaatagaatataacgaaaaaaactaaaaatagttcgcatatttagagaagaaaaatgcagaatcaaaaatgatatcgcattttaacatatatggtaggataattgaaactcaacaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgaaaaggaaagcagtcaagatacaaattacattttctttcatgaaaacctaaacaaactaaatgaaacagataaaacaacatgcgagggtattttaacagagtacga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TACTTTTA--TAACTTTAC-AGTCTTTGTATTTTAACATG---TGTCCATATAACCAGTATCATGCAGA--AAAA-TAGAT--GTACATATTACGTAAATGGATTGAACAATAAACATAAACGAAACCAAGT-ATTTACAT-GTTTAAAA---CAA--CAACATTTTTCA---ATATGCTTACTACAAG-AACACA---CTCA-----------CTGGTGAA-------TAAGAAAAATACTTATG--AA-G----ATGAATGGG--GAGTGGC--AGCCTTT--T--TGAGTGG-TAC--TAGTTCTAACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aacattgttccatgacctttctttctctctgttgtaatttcctctcttctgtcattttcttcttctatcagcagctgtgctaactacaccagtccagtgtatttgcttgagattctactttactcaccgttctcatccgatatgcttACT-GAACT-TGAATAC-AAA--TA--TTTGCGCCTGCACTGTACGAGGTGTAGGCAATAAGGATAAACGACAA-AAATCATTC-TGCTGGCTAAAAGACCAAT----CT-----TATTTATATGCCTTTTACAATAAAAACA---TTT---------TTTCAGAT--AATTGCCTCGA-TCAA-----TGGATAAACGGTTTA-GAAT------A--GGCGT--TCTTTATT--CCAGTGGTAACAGTAAT---AACAGCGAAGGTCTAGTAATTCGTTTAAACCATAAACAT---TCATATAACATTATTAATTATACGGATA-TAGTGGTTGGTCGTCTGCAAGCATTAGA--ACTAAA-ATAA--ATGGTAAGGA------AATA-GC---ACTGTTA--AACATTTATGGTCCAAATAAAGATGATGTGATACTTTTTAAAACATTTGATCAATATTTTATAGAC-AATACTGATAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAATGCTGTTTTAAATATT---GATATTGATAAACGAAACGGTAGATGTGAT-TGTATAAAAACAAAAGAAAAATATTGAAATCCATTATCGATAC
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTGTATGTATACATATCTATTTGATTAACATGCATCACTTTACAAACGGTATCTCTCTCTCTCTTCTATTCTATATGTAGTCTATACTTGAAAACGATCCTGAACAACACTTAACATGGATACAAATATTTGCTATTTAAATGTACGAGATCCTGGCAATAAGGATAAACAAGAGAAAATAATGCCTGCTGGTTTAAAAAACAAGCTTATCCAAAAGGCCTTTTACAAGAAACACATTTTCAGTAAATTGCCCCGTTTAATAGAAAATTGATTGGGATATGGACGTTTCCTTCAGTGAACACAGCAGCAACAGTAAAGGAGTAGCAATTCTTTTAAACTACAACAAAGCAAATACCATTATTAAACACACGGGTAAAGTAGTGGGGTCGCCTGTAATCGTTAGAACTAAACATAAATGAGAAGGAAATAACACTATTTTACATTTTTTATCCCAATAAAGATTATATGATACGTGTTGATACATTAGACCAACAGTTGATATATAATGCTGATAAAAACTTTAGGCGTGGATTTAAATGCAGTTTTAAATATTGTTATCGGTAGATGTGGTAAAACCATAAGACGAACATTAAAGTCCATTATCGATATACATAATTTAATTAATACATGGCGAGTACATTACCCTGA
Unaligned ( gi|8 ): TAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGCAGAAACTGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAAGAAATGTAACAATTAAATTCGCAACAGCTAAAAAAAAAAGATAATGAAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACAAATATTTAGAAGAAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAACTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAAAAATCAAGCTGCATTTGAATCAAATTATAATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAAAAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACGAATGTGGCATAGCATTAAA
Unaligned ( gi|9 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAACCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATTAGAAAACTGTAAATATGAAATAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGCTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|10 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAATCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATAAGAAAACTGTAAATATGAACTAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGTTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|11 ): TTAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGTAGAAACCGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAATAAATGTAACAATTAAATTCGCAACATCTAAGAAAAAAAAAGATAATGGAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACATATTTAGAAGACAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAATTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAGAAAAATCAAGTTGCATTTGAATCAAATTATGATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAACAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACTAATGT
Unaligned ( gi|14 ): ATGCAATAAGAAGAATAATAGTGTATGTGATGGAAGAAAAATAAGATGTTGAAATAATTGAAAATAAAATAAATGGAATTTTAATAAGATCAAAAGCAGACAAAGTCGAATTTAACGAAAAGAATTCAAAATATTTTTCAATGCTAGAAAAGAAAAAAGCAGTGTGTAAAATTATATAATATTAT
Unaligned ( gi|15 ): AGTTGTTATTAACATAAGTCTGCAAGTTCATTTATATACAAATGTATTGATAAACAAATGGACAAAGACCATTACTTTTTACTTA
Unaligned ( gi|16 ): TTCTTCCTATATTTCAAAAATATAATCCATAGAAGTACATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          111   333333                                                                                                                            222       1       77777777            2                                                 2                                                                                                                         2222                                333              11                                                                                                                                  111                                             333333333         1                                       333         222                                                                       11111                                                                                                                                       111                                                         111    3333333333                                                                                                               333333333333333                            111    333333333333333           1111111111        11111          111111                      11        1   11                                      22                                                 1111                                      4444444444444444                                              11         11111                                                                                 111                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              1    1  1         77 1               1    1    6         11                    7       1  1        1   1 7        1     0   333   444444 1     1         0        1   0                              2     2                                                        111       5       22222222            0                 4                               0   4                                       2                           2                    1                            8888   0         1      1 1   88 7  777   6          11     333                     0               22                              1               1                         1  0       444         22                  1      6        111111111 7       3                                       111  1      666   1                            1      1 1      0       1       1  1   00000                                                  0                    0             1     1        1           0      0               777                 3                  1        2        2  111  6 3333333333        5            99   88  66 66  0          1     0             1      1   2    5    7777             1 5  000000000000000  888                       555    666666666666666    9999   7777777777        00000    66  2 222222       55   2 33      33        0   88    99999      1       0  2  2  0     77    5    55         1    2        7     5        2222                    77      3    77   6666666666666666    55 11 0           2  1        0           00   1 2   11111         0 33     3      5  5    22       4         1 1            1      2      000       8   5  1                 1                     1   1  0     2                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .    .  .         .. .               .    .    .         ..                    .       .  .        .   . .        .     .   ...   ...... .     .         .        .   .                              .     .                                                        ...       .       ........            .                 .                               .   .                                       .                           .                    .                            ....   .         .      . .   .. .  ...   .          ..     ...                     .               ..                              .               .                         .  .       ...         ..                  .      .        ......... .       .                                       ...  .      ...   .                            .      . .      .       .       .  .   .....                                                  .                    .             .     .        .           .      .               ...                 .                  .        .        .  ...  . ..........        .            ..   ..  .. ..  .          .     .             .      .   .    .    ....             . .  ...............  ...                       ...    ...............    ....   ..........        .....    ..  . ......       ..   . ..      ..        .   ..    .....      .       .  .  .  .     ..    .    ..         .    .        .     .        ....                    ..      .    ..   ................    .. .. .           .  .        .           ..   . .   .....         . ..     .      .  .    ..       .         . .            .      .      ...       .   .  .                 .                     .   .  .     .                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              0    0  0         33 0               0    0    7         77                    3       0  0        0   0 3        0     7   333   777777 0     0         7        0   7                              5     5                                                        000       5       55555555            0                 0                               0   0                                       5                           5                    0                            3333   7         0      0 0   33 3  333   7          00     000                     7               00                              0               0                         0  7       000         00                  0      7        777777777 3       3                                       000  0      333   0                            0      0 0      7       0       0  0   33333                                                  7                    7             0     0        0           7      7               555                 2                  0        5        5  777  7 5555555555        7            00   44  99 99  2          0     8             0      0   5    0    9999             0 0  444444444444444  888                       666    444444444444444    1111   1111111111        22222    99  5 666666       88   5 44      88        0   88    66666      4       7  1  1  7     33    7    99         3    1        9     7        1111                    99      9    99   7777777777777777    99 66 7           7  9        6           66   7 3   00000         7 11     9      7  7    00       3         9 0            4      1      000       3   1  3                 4                     6   0  7     1                
consensus                     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-TATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAAACG---TGAGTGTGTGTGTGTGATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTG--TTT----GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAACGNGAACAGAT-GTTT-C--GTTGGTTAAAAGATC-AAN-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCA-------A-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-ATAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTA----GGTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--ATG------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACG---TTGACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
Reference ( family-1252 )     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCNTTTGNTTNAAATTACGGCGCNTCTCAACCAACTGTANGAATNATTGCGGGCACACTGNTATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTNCTNGTTTTAAANGTTNTACATAGATANAATAGCTGATTTTATCAAGGCGNTTAATNATGCTTACTCAACAACAGNATTGCACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCGTGNGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCACGCGTTCGNGCGTGGNTNAGTNAAACGGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTANNNGATGTATTTTTATTTGATATGCAATACTATTTTTGTTNNGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCANTCTGTCTAGCAGTAGNTAAATCATAACACTATTTTATAAGTNAACGTGAAAATNNTTCCAATGANNAGTATTATAGGCAAAACTNTTTGTAGTCGATTTGTTTTT----GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCGGTNTTTTTTCTATCTNACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACANAACCATNCNGTTGTTCGTGGTTGNAATAACANTANACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTNTGTACNCAAAATGTNCCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ACG---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAACGNGAACAGAT-ATTT-C--GTTGGTTAAAAGATC-AAA-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCA-------A-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AACAGCGAAGGAGTCGCTATACTGTTAAAC-ATAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTA----GGTCGTTTACAAGCACTAGA--TATAGATATAA--ATA------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAACGCTATTATAGACG---TTGATATTGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCTATAATCGATACTTTTACTT
gi|1                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGAACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTGTATT--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATTATAGTATTTCACAATTAAATGTAATACAAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTG-G-GGTTTTT-TTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTATATCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTAAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAAAGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATAATATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGTATGTGTGTACGCGTTCGTGCGAGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAAGCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGCTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACCATTTTATAAGTTAATGTGAAATTTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTTTTTGTTGTTTTTTTTCTTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT--CTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTGTGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATT----ATAAATGATAAACAAAAGTTAACATTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAACTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACGTGAACAGAT-GTTT-C--ATTGGTTAAAAGATC-AAAAC--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCA-------A-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA---TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTA----GGTCGTTTACGAGTACTAGA--TATAGATATAA--ATA------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAACTATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTAATTTCAATACTATTATAGACG---TTGACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TACTTTTA--TAACTTTAC-AGTCTTTGTATTTTAACATG---TGTCCATATAACCAGTATCATGCAGA--AAAA-TAGAT--GTACATATTACGTAAATGGATTGAACAATAAACATAAACGAAACCAAGT-ATTTAC--AT-GTTTAAAA---C-AA--C--A-ACATTTTTCA---ATATGCTTACTACAAGAA-CACA---CTCA------------------C---TGGTGAA-------TAAGAAAAATACTTATG--AA-G----ATGAATGGGG-AGTGGCAGCCTTT--TTGAGTGG-TAC--TAGTTCT--AACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
gi|13                         : aacattgttccatgacctttctttctctctgttgtaatttcctctcttctgtcattttcttcttctatcagcagctgtgctaactacaccagtccagtgtatttgcttgagattctactttactcaccgttctcatccgatatgcttATGTTATGCTATTTAATTGAAATTACGGCACTTCTCAACCAACTGTAAGAATAATTGCAGGCACATTGCTATTGATGTAGCTTTGGTTA--ATGTTTGCTAATTTTAAAAGTTTT-CATAGATAAAATAGCTAA---TATCAAGGCGTTTAATCATACTTATTCAACAACAGCATTACACTTTATATTAGTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGCGTGCGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCATGCGTTCGAACGTGACTTAGTGAAACAGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTATTGGATGTATTTTTATTTAATATGCAATACTATTTTTGTTATGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCAATCTGTCTAACAGTAAATAAATCATAACACTATTTTATAAGTAAATGTGAAAA--ATTCCAATGAGAAGTATTATAGACAAAACTCTTTGTA------------TT----GTTTTTTTT-TTTTTTAGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCAGTTTTTTTTTTATCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCAGTTGTTCATGGTTGAAATAACATTAAACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAATTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCTTACAAGACCTTTTTGTACACAAAATGTACCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTTTTTGCC---TCTTTTTTTACTAAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACTATTTTCCAAGTTTATGGAT---AA-ACATATT----ATATTACT-GCATTACGAATATCAAAT-TA--C--GTTCATTCATTGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACATTAGCAGAT-TTTT-T--ATTGGTCAAAAGATC-AAT-C--A-ACG-----CA---ATATGCTAATTGCAAGAAACACA---CACA-------A-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCCAATA--TAGA--AACG----A-GAAAAGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGTAGTCGGTATACTGTTAAAT-AT---AAATCTATCATACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTA----GGTCGCTTACAAGCACTAGA--TATAGGTATTG--ATG------A---------AAAA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGATTTATCATTAC---TGAACACATTACAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTAATTGATGGTGATTTCAACACTATTATAGACG---TTGATATTGACAAGAAAAACGGTAGATGCGATAGAAATAATAATGTAAAACAAAAACTCAACTCTATAATTGATACTTTTAATT
gi|3                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGGGCATCTCAACCAACTGTACGAATTATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAATGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTTTATT--GG-GATTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTGCACTTTATATTAATATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCATGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTAAGTT-AACG---TGA--GTGTGTGTGTAATGTAAACGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTGAAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAATAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTGTTTGTAGTCGATTTG--TTT----G----TTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--GGTGTTTTTC---TCTGACTTTTCTTTAATATATTACAAAATATAAAACCATGCTGTTGTTTGTGGTTATAATAACAGTATACA----GATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTTCCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCTTTCTTTGCCTTTTTTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGTT---AA-ACC---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACGTGAACAGAT-GTTT-C--ATTGGTTAAAAGATCAAAA-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCA-------A-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCCTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---ATAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTA----GGTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGGTATAA--ATA------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACATATTCTTAC------ACATAATA-AAAAATATATTGGTG-AA-AATTAGGATAAAACATTTGTTATTGCTAGTGATTTCAATACTATTATAGACG---TTGACATGGAC-AAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTCAACTCTATAATTAATAATTTTACTTcgagcgatatttggagaatcaaacatccttttaaaaaacaattttcttgacactctagcaccaaaccaccaatattctgaaggtcagattatttcttaatgtttcaaaacataacaaattgtattaagcattgtgaaataaaacccggttataaatcagaccattcagtagttaatataatttaagactttttaaaacttagtaaaggagcaggtatattataaatgaacaatagtgtactataagaaacagaatgtcaaactaatatcagaaaaagtatcgcagagacagttaacataaataaagattcaaacccaaatacattatagaaacttatcaaaggaactgtaagaaatgaaacaattagatattcatcagccaaaaagtaaagggaaaaggaaaacgaaagccaaattagtatcaaaataaataaattagaaacagaaataggaaaaacaactgatagcataccgattaaaatattaagaacagaattagaaaactgtaaatacgaactgaatgatataattgacaattaaataaatggcattcatgatgtacaaagtagtgtgacaaataattgtcatat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ---TCTTTTCTCTCCCATAT-GTAGCCTATCCTTTTAAA--ACTCTTCC------TG-AC---AA-A---------------ACT--TAACATGAATAC-AAATATC--T--GCTCCTTTAATGTACGAGGTTTATGCAATAAAGATAAACGAGAAAAAAT-ATTC-T--GCTGGCTAAAAGACC-AAT-C--TTATT-----CA---ATTTGCCTTTTACAAGAAACACATTTCTCA-------GTTAATTGCCTC-------------------GATCAA-----TGGA--AAAA----C-GATTGGGGTATG-GACGTTTTC--TTAAGTAGTAACAGCAGT-----AACAGCGAAGGTGTAGCAATTTTTTTAAACAATAA-AAGT---TCATATAACATTGTTAATTATA-CGAATATAGTTGTT----TGTCGTCTGCAAGCGTTAGAACTA-AAAAACAACGATA------AGGAAAT---AACA-CG----------GTTAACATTTATGGTCCAAACAAAGATGATGTGAAACTAT---TTAAAACATTGGATCAATAT-TTGATG-GACGATACTGACAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAACGCCGTTTTAAATATTTTTGATATTGATTAACGAAACGGTAGATGTGATACAAATAAAAACATGAGGAAAACATTGAAATCCATTATCGATACtgagcgatatttggagaatcaaacatcctttttaaaaaaacaatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ggttataaccataaatctgcaagttcatttatatacaaatgtattgataaacaaatggacaaagaccattattttttacttataaagaaatgtgccaataatatattatcattgcattgacccgtgttcttcacaccttttttgtgaaagcccttttttgtgcgtgaaagtatttaattaacatgtacccttatccaaaatgtattactaACT-GAACT-TGAATAC-AAA--TA--TTTGCGCCTGCACTGTACGAGGTGTAGGCAATAAGGATAAACGACAA-AAATCATTC-T--GCTGGCTAAAAGACC-AAT-C------T-----TATTTATATGCCTTTTACAATAAAAACA---TTT----------------TTTC---AGAT--AATTGCCTCGA-TCAA-----TGGATAAACGGTTTA-GAAT-----AGGCGT--TCTTTATTCCAGTGGTAACAGTAAT-----AACAGCGAAGGTCTAGTAATTCGTTTAAACCATAA-ACAT---TCATATAACATTATTAATTATACGGATA-TAGTGGTT----GGTCGTCTGCAAGCATTAGA--ACTAAA-ATAA--ATGGTAAGGA---------AATA--GC---ACTGTTA--AACATTTATGGTCCAAATAAAGATGATGTGATACTTT---TTAAAACATTTGATCAATATTTTATAG-AC-AATACTGATAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAATGCTGTTTTAAATA---TTGATATTGATAAACGAAACGGTAGATGTGAT-TGTATAAAAACAAAAGAAAAATATTGAAATCCATTATCGATACacataatctagttgacatatggcgagtacagcacactgacaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatagaaaacaaataccaagacatttttaaatacactatacaagatactgttaataacaatagtaaagcaaacccaaatactctatgcgaacttatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatacgcaaacgcaataaagaaatctgattcaaaacgagagaatgagctctaccaaaatatagaacaattagaaaataaatttcaaaacccttcaaaccagcatttaacagatgcaattaaaatagaactagaattaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatggcattataactcgttcaaaggtagacaaaatagaatataacgaaaaaaactaaaaatagttcgcatatttagagaagaaaaatgcagaatcaaaaatgatatcgcattttaacatatatggtaggataattgaaactcaacaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgaaaaggaaagcagtcaagatacaaattacattttctttcatgaaaacctaaacaaactaaatgaaacagataaaacaacatgcgagggtattttaacagagtacga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gtggttattatcataattctacaaatttatatacaaatgttttgataaacaaatggaaccagaccattaccttttacttacgaagaaatttgccaatactatattatcattacctttttgtgaaagtcatttttgtacgtgaaagtatttaatcactatgtatcattttccaaaatgtataactatttcttctttcctatatgtagcctatccctataaaactcttcctgacaaaTATGCTCAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAACGTGAACAGAT-GTTT-C--ATTGGTTAAAAGATC-AAAAC--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CTCA-------A-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA---TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTA----GGTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGATATAA--ATA------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTGATTTCAATACTATTATAGACG---TTGACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTTacatagtctagttgacatatggcaagtacagcatcctgacaaaaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatacaaaaaaagataccaagacatcattaaatacactttgcaagaaactgttaacaacaacagtgaagcaaacacaaatactccattggaaattatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatatgctagcgaaaaaaagaaatttgattccaaaggagaaaatgagctctacaacaatataaaacagttagaaactaaatttcaaaatccatcaaaccagcatttaaaatatttaattaaaatagaactagaataaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatgacattttaactcgttcaaaggtagataaaatagaacataatgaaaaaactaaaaatatttcgcttatttagagaaaaaaaatgcagaatcaaaaaaaatatcgcgtttgaatataaatggtaggataattgaaacacaaaaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgatgtcaagatacaaattacaatttctttcatgaaaaccaacttaatgaaactgataaaacaacatgcgagggtattttaacatagtatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TACAAATATTTG-C-TA--T-------TTAAATGTACGAGATCCTGGCAATAAGGATAAACAAGAGAAAAT-AATG-CCTGCTGGTTTAAAAAAC-AAG-CTTA-TC------CA---AAAGGCCTTTTACAAGAAACACATT-TTCAGTAAATTG-------CCCCGTTTAAT--A-------GAAAATTGAT---TGGG--A----------TATGG----------ACGTTTCCTTCAGT-G-AACA-CAG--CAGCAACAGTAAAGGAGTAGCAATTCTTTTAAACTACAACAAAGCAA--ATAC--CATTATTAAACACA-CGGGT-AAA--GTAGTGGGGTCGCCTGTAATCGTTAGA--ACTAAACATAA--ATG------AGAAGGAAATAACACTATTTTACATTTTTTA----------TCCCAATAAAGATTA--TATGA-TACGTGTTGATACATTAGACCAACA-GTTGATATAT-AATGCTGATAAAA-ACT--TTA--GGCGTGGATTTAAATGCAGTTTTAAATA---TTGTTAT------------CGGTAGATGTG------GTAAAACCATAAGACGAACATTAAAGTCCATTATCGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGCAGAAACTGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAAGAAATGTAACAATTAAATTCGCAACAGCTAAAAAAAAAAGATAATGAAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACAAATATTTAGAAGAAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAACTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAAAAATCAAGCTGCATTTGAATCAAATTATAATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAAAAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACGAATGTGGCATAGCATTAAA
Unaligned ( gi|9 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAACCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATTAGAAAACTGTAAATATGAAATAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGCTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|10 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAATCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATAAGAAAACTGTAAATATGAACTAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGTTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|11 ): TTAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGTAGAAACCGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAATAAATGTAACAATTAAATTCGCAACATCTAAGAAAAAAAAAGATAATGGAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACATATTTAGAAGACAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAATTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAGAAAAATCAAGTTGCATTTGAATCAAATTATGATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAACAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACTAATGT
Unaligned ( gi|14 ): ATGCAATAAGAAGAATAATAGTGTATGTGATGGAAGAAAAATAAGATGTTGAAATAATTGAAAATAAAATAAATGGAATTTTAATAAGATCAAAAGCAGACAAAGTCGAATTTAACGAAAAGAATTCAAAATATTTTTCAATGCTAGAAAAGAAAAAAGCAGTGTGTAAAATTATATAATATTAT
Unaligned ( gi|15 ): AGTTGTTATTAACATAAGTCTGCAAGTTCATTTATATACAAATGTATTGATAAACAAATGGACAAAGACCATTACTTTTTACTTA
Unaligned ( gi|16 ): TTCTTCCTATATTTCAAAAATATAATCCATAGAAGTACATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          2222222222  1                                                                                                                            222       1       33333333            1                                                 1                                                                                                                         2222                             333333              33                                                                                                                                                                                     333333         1                                       11         22222                                                                      11111                                                                                                                                       111                                                         111    2222222222                                                                                                             1  222222222222222                                     33333333           1111111111        11111        11111111                      11        1   33                                     22222                                                 1111                                    33333333333333333333    11                                        11         11111                                                                                   111                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                1                                                            7                         7                  5555555555  3                                                             1     1                                                        111       5       55555555            5                 1                               5   1                                       1                           1                                                 8888                             222222              00      1                                                                                                                   0          7                                   6           888888 7       3                                       88         77777                                               0                      00000                                                  0                    0                                                               777                 3                  1        2        2  111  6 6666666666        5            99   88  66 66  0          1     0             1     66 1   2 5   5    77             1 0  222222222222222  888                       888  66  66666666    9999   7777777777        00000    66  33333333       55   2 33      33        0   11    99999              0  1  1  0    33333   5    55         4    1        7     5         2222                   77      7    77  77777777777777777777    00  1 0           2  1        0           00   1 2   11111         0 33     3      5  5    22       4         1 1                   1        000     6   5  1                 1                     1   1  0     1                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                .                                                            .                         .                  ..........  .                                                             .     .                                                        ...       .       ........            .                 .                               .   .                                       .                           .                                                 ....                             ......              ..      .                                                                                                                   .          .                                   .           ...... .       .                                       ..         .....                                               .                      .....                                                  .                    .                                                               ...                 .                  .        .        .  ...  . ..........        .            ..   ..  .. ..  .          .     .             .     .. .   . .   .    ..             . .  ...............  ...                       ...  ..  ........    ....   ..........        .....    ..  ........       ..   . ..      ..        .   ..    .....              .  .  .  .    .....   .    ..         .    .        .     .         ....                   ..      .    ..  ....................    ..  . .           .  .        .           ..   . .   .....         . ..     .      .  .    ..       .         . .                   .        ...     .   .  .                 .                     .   .  .     .                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                0                                                            3                         3                  0000000000  3                                                             0     0                                                        000       5       00000000            5                 0                               5   0                                       0                           0                                                 3333                             333333              33      0                                                                                                                   7          3                                   7           333333 3       3                                       33         77777                                               7                      33333                                                  7                    7                                                               555                 2                  0        5        5  777  7 5555555555        7            00   44  99 99  2          0     8             0     99 0   5 0   0    22             0 0  555555555555555  888                       888  99  44444444    1111   1111111111        22222    99  44444444       88   5 44      88        0   66    66666              7  0  0  7    11111   7    99         9    0        9     7         1111                   99      1    99  11111111111111111111    77  4 7           7  9        6           66   7 3   00000         7 11     9      7  7    00       3         9 0                   0        000     6   1  3                 4                     6   0  7     0                
consensus                     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AAN-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
Reference ( family-1252 )     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAAACG---TGAGTGTGTGTGTGTGATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AAN-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
gi|1                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGAACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTGT-ATT--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATTATAGTATTTCACAATTAAATGTAATACAAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTG-G-GGTTTTT-TTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTATATCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTAAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAAAGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATAATATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGTATGTGTGTACGCGTTCGTGCGAGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAAGCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGCTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACCATTTTATAAGTTAATGTGAAATTTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTTTTTGTTGTTTTTTTTCTTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT--CTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTGTGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATT----ATAAATGATAAACAAAAGTTAACATTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAACTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAA-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACGAGTACTAGA--TATAGATATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAACTATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTAATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TACTTTTA--TAACTTTAC-AGTCTTTGTATTTTAACATG---TGTCCATATAACCAGTATCATGCAGA--AAAA-TAGAT--GTACATATTACGTAAATGGATTGAACAATAAACATAAAC--GAAACCA-AGT-ATTTACAT-GTTTAAAA---C-AA--C--A-ACATTTTTCA---ATATGCTTACTACAAGAA-CACA---CT--CA-----------C---TGGTGAA-------TAAGAAAAATACTTATG--AA-G----ATGAATGGGG-AGTGGCAGCCTTT--TTGAGTGG-TAC--TAGTTCT--AACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
gi|13                         : aacattgttccatgacctttctttctctctgttgtaatttcctctcttctgtcattttcttcttctatcagcagctgtgctaactacaccagtccagtgtatttgcttgagattctactttactcaccgttctcatccgatatgcttATGTTATGCTATTTAATTGAAATTACGGCACTTCTCAACCAACTGTAAGAATAATTGCAGGCACATTGCTATTGATGTAGCTTTGGTTA--ATGTTTGCTAATTTTAAAAGTTTT-CATAGATAAAATAGCTAA---T-ATCAAGGCGTTTAATCATACTTATTCAACAACAGCATTACACTTTATATTAGTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGCGTGCGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCATGCGTTCGAACGTGACTTAGTGAAACAGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTATTGGATGTATTTTTATTTAATATGCAATACTATTTTTGTTATGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCAATCTGTCTAACAGTAAATAAATCATAACACTATTTTATAAGTAAATGTGAAAAATT--CCAATGAGAAGTATTATAGACAAAACTCTTTGTA----------TT------GTTTTTTTT-TTTTTTAGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCAGTTTTTTTTTTATCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCAGTTGTTCATGGTTGAAATAACATTAAACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAATTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCTTACAAGACCTTTTTGTACACAAAATGTACCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTTTTTGCC---TCTTTTTTTACTAAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACTATTTTCCAAGTTTATGGAT---AA-ACATATT----ATATTACT-GCATTACGAATATCAAAT-TA--C--GTTCATTCATTGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--ATTAGCA-GAT-TTTT-TATTGGTCAAAAGATC-AAT-C--A-ACG-----CA---ATATGCTAATTGCAAGAAACACA---CA--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCCAATA--TAGA--AACG----A-GAAAAGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGTAGTCGGTATACTGTTAAAT-A-T---AAATCTATCATACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGCTTACAAGCACTAGA--TATAGGTATTG--AT---G------A---------AAAA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGATTTATCATTAC---TGAACACATTACAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTAATTGATGGTGATTTCAACACTATTATAGACGTT---GATATTGACAAGAAAAACGGTAGATGCGATAGAAATAATAATGTAAAACAAAAACTCAACTCTATAATTGATACTTTTAATT
gi|3                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGGGCATCTCAACCAACTGTACGAATTATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAATGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-TTATT--GG-GATTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTGCACTTTATATTAATATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCATGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTAAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTA--ATGTAAACGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTGAAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAATAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTGTTTGTAGTCGATTTGTTT------G----TTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--GGTGTTTTT--C-TCTGACTTTTCTTTAATATATTACAAAATATAAAACCATGCTGTTGTTTGTGGTTATAATAACAGTATACA----GATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTTCCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCTTTCTTTGCCTTTTTTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGTT---AA-ACC---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAA-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCCTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGGTATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACATATTCTTAC------ACATAATA-AAAAATATATTGGTG-AA-AATTAGGATAAAACATTTGTTATTGCTAGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGAC-AAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTCAACTCTATAATTAATAATTTTACTTcgagcgatatttggagaatcaaacatccttttaaaaaacaattttcttgacactctagcaccaaaccaccaatattctgaaggtcagattatttcttaatgtttcaaaacataacaaattgtattaagcattgtgaaataaaacccggttataaatcagaccattcagtagttaatataatttaagactttttaaaacttagtaaaggagcaggtatattataaatgaacaatagtgtactataagaaacagaatgtcaaactaatatcagaaaaagtatcgcagagacagttaacataaataaagattcaaacccaaatacattatagaaacttatcaaaggaactgtaagaaatgaaacaattagatattcatcagccaaaaagtaaagggaaaaggaaaacgaaagccaaattagtatcaaaataaataaattagaaacagaaataggaaaaacaactgatagcataccgattaaaatattaagaacagaattagaaaactgtaaatacgaactgaatgatataattgacaattaaataaatggcattcatgatgtacaaagtagtgtgacaaataattgtcatat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---TCTTTTCTCTCCCATAT-GTAGCCTATCCTTTTAAA--ACTCTTCC------TG-AC---AA-A---------------ACT--TAACATGAATAC-AAATATC--T--GCTCCTTTAATGTACGAGGTTTATGCAATAAAGATAAAC--GAGAAAA-AAT-ATTC-TGCTGGCTAAAAGACC-AAT-C--TTATT-----CA---ATTTGCCTTTTACAAGAAACACATTTCT--CAGTTAATTGCCTC-------------------GATCAA-----TGGA--AAAA----C-GATTGGGGTATG-GACGTTTTC--TTAAGTAGTAACAGCAGT-----AACAGCGAAGGTGTAGCAATTTTTTTAAAC-AATAA-AAGT---TCATATAACATTGTTAATTATA-CGAATATAGTTGTTT----GTCGTCTGCAAGCGTTAGAACTAAAAA-ACAACGATAAGG------A---------AATA-------ACACG-GTTAACATTTATGGTCCAAACAAAGATGATGTGAAACTAT---TTAAAACATTGGATCAATAT-TTGATG-GACGATACTGACAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAACGCCGTTTTAAATATTTTTGATATTGATTAACGAAACGGTAGATGTGATACAAATAAAAACATGAGGAAAACATTGAAATCCATTATCGATACtgagcgatatttggagaatcaaacatcctttttaaaaaaacaatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggttataaccataaatctgcaagttcatttatatacaaatgtattgataaacaaatggacaaagaccattattttttacttataaagaaatgtgccaataatatattatcattgcattgacccgtgttcttcacaccttttttgtgaaagcccttttttgtgcgtgaaagtatttaattaacatgtacccttatccaaaatgtattactaACT-GAACT-TGAATAC-AAA--TA--TTTGCGCCTGCACTGTACGAGGTGTAGGCAATAAGGATAAAC--GACAA-A-AATCATTC-TGCTGGCTAAAAGACC-AAT-C------T-----TATTTATATGCCTTTTACAATAAAAACA---TT--T---------TTTC---AGAT--AATTGCCTCGA-TCAA-----TGGATAAACGGTTTA-GAAT-----AGGCGT--TCTTTATTCCAGTGGTAACAGTAAT-----AACAGCGAAGGTCTAGTAATTCGTTTAAACCA-TAA-ACAT---TCATATAACATTATTAATTATACGGATA-TAGTGGTTG----GTCGTCTGCAAGCATTAGA--ACTAAA-ATAA--AT---GGTAAGGA---------AATA--GC---ACTGTTA--AACATTTATGGTCCAAATAAAGATGATGTGATACTTT---TTAAAACATTTGATCAATATTTTATAG-AC-AATACTGATAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAATGCTGTTTTAAATATT---GATATTGATAAACGAAACGGTAGATGTGAT-TGTATAAAAACAAAAGAAAAATATTGAAATCCATTATCGATACacataatctagttgacatatggcgagtacagcacactgacaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatagaaaacaaataccaagacatttttaaatacactatacaagatactgttaataacaatagtaaagcaaacccaaatactctatgcgaacttatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatacgcaaacgcaataaagaaatctgattcaaaacgagagaatgagctctaccaaaatatagaacaattagaaaataaatttcaaaacccttcaaaccagcatttaacagatgcaattaaaatagaactagaattaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatggcattataactcgttcaaaggtagacaaaatagaatataacgaaaaaaactaaaaatagttcgcatatttagagaagaaaaatgcagaatcaaaaatgatatcgcattttaacatatatggtaggataattgaaactcaacaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgaaaaggaaagcagtcaagatacaaattacattttctttcatgaaaacctaaacaaactaaatgaaacagataaaacaacatgcgagggtattttaacagagtacga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtggttattatcataattctacaaatttatatacaaatgttttgataaacaaatggaaccagaccattaccttttacttacgaagaaatttgccaatactatattatcattacctttttgtgaaagtcatttttgtacgtgaaagtatttaatcactatgtatcattttccaaaatgtataactatttcttctttcctatatgtagcctatccctataaaactcttcctgacaaaTATGCTCAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATC-AAAAC--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA----TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGATATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTTacatagtctagttgacatatggcaagtacagcatcctgacaaaaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatacaaaaaaagataccaagacatcattaaatacactttgcaagaaactgttaacaacaacagtgaagcaaacacaaatactccattggaaattatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatatgctagcgaaaaaaagaaatttgattccaaaggagaaaatgagctctacaacaatataaaacagttagaaactaaatttcaaaatccatcaaaccagcatttaaaatatttaattaaaatagaactagaataaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatgacattttaactcgttcaaaggtagataaaatagaacataatgaaaaaactaaaaatatttcgcttatttagagaaaaaaaatgcagaatcaaaaaaaatatcgcgtttgaatataaatggtaggataattgaaacacaaaaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgatgtcaagatacaaattacaatttctttcatgaaaaccaacttaatgaaactgataaaacaacatgcgagggtattttaacatagtatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACAAATATTTG-C-TA--T-------TTAAATGTACGAGATCCTGGCAATAAGGATAAACAAGAGAAAATAAT-GCCT--GCTGGTTTAAAAAAC-AAG-CTTA-TC------CA---AAAGGCCTTTTACAAGAAACACA---TTTTCAGTAAATTGCCCCGTTTAAT--A-------GAAAATTGAT---TGGG--AT----------ATGG----------ACGTTTCCTTCAGTG--AACA-CAG--CAGCAACAGTAAAGGAGTAGCAATTCTTTTAAACTA-CAACAAAGCAA--ATACCA--TTATTAAACACA-CGGGT-AAA--GTAGTGGGGTCGCCTGTAATCGTTAGA--ACTAAACATAA--AT---G------AGAAGGAAATAACACTATTTTACATTTTTTA----------TCCCAATAAAGATTA--TATGA-TACGTGTTGATACATTAGACCAACA-GTTGATATAT-AATGCTGATAAAA-ACT--TTA--GGCGTGGATTTAAATGCAGTTTTAAATATT---GTTAT------------CGGTAGATGTG------GTAAAACCATAAGACGAACATTAAAGTCCATTATCGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGCAGAAACTGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAAGAAATGTAACAATTAAATTCGCAACAGCTAAAAAAAAAAGATAATGAAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACAAATATTTAGAAGAAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAACTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAAAAATCAAGCTGCATTTGAATCAAATTATAATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAAAAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACGAATGTGGCATAGCATTAAA
Unaligned ( gi|9 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAACCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATTAGAAAACTGTAAATATGAAATAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGCTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|10 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAATCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATAAGAAAACTGTAAATATGAACTAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGTTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|11 ): TTAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGTAGAAACCGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAATAAATGTAACAATTAAATTCGCAACATCTAAGAAAAAAAAAGATAATGGAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACATATTTAGAAGACAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAATTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAGAAAAATCAAGTTGCATTTGAATCAAATTATGATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAACAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACTAATGT
Unaligned ( gi|14 ): ATGCAATAAGAAGAATAATAGTGTATGTGATGGAAGAAAAATAAGATGTTGAAATAATTGAAAATAAAATAAATGGAATTTTAATAAGATCAAAAGCAGACAAAGTCGAATTTAACGAAAAGAATTCAAAATATTTTTCAATGCTAGAAAAGAAAAAAGCAGTGTGTAAAATTATATAATATTAT
Unaligned ( gi|15 ): AGTTGTTATTAACATAAGTCTGCAAGTTCATTTATATACAAATGTATTGATAAACAAATGGACAAAGACCATTACTTTTTACTTA
Unaligned ( gi|16 ): TTCTTCCTATATTTCAAAAATATAATCCATAGAAGTACATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          2222222222  1                                                                                                                            222       1       33333333            1                                                 1                                                                                                                         2222                             1  222              11                                                                                                                                                                                     333333         1                                       11         22222                                                                      11111                                                                                                                                       111                                                         111    2222222222                                                                                                             1  222222222222222                                     33333333           1111111111        11111        11111111                      11        1   33                                     22222                                                 1111                                    33333333333333333333    11                                        11         11111                                                                                   111                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                1                                                            7                         7                  5555555555  3                                                             1     1                                                        111       5       55555555            5                 1                               5   1                                       1                           1                                                 8888                             3  333              88      1                                                                                                                   0          7                                   6           888888 7       3                                       88         77777                                               0                      00000                                                  0                    0                                                               777                 3                  1        2        2  111  6 6666666666        5            99   88  66 66  0          1     0             1     66 1   2 5   5    77             1 0  222222222222222  888                       888  66  66666666    9999   7777777777        00000    66  33333333       55   2 33      33        0   11    99999              0  1  1  0    33333   5    55         4    1        7     5         2222                   77      7    77  77777777777777777777    00  1 0           2  1        0           00   1 2   11111         0 33     3      5  5    22       4         1 1                   1        000     6   5  1                 1                     1   1  0     1                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                .                                                            .                         .                  ..........  .                                                             .     .                                                        ...       .       ........            .                 .                               .   .                                       .                           .                                                 ....                             .  ...              ..      .                                                                                                                   .          .                                   .           ...... .       .                                       ..         .....                                               .                      .....                                                  .                    .                                                               ...                 .                  .        .        .  ...  . ..........        .            ..   ..  .. ..  .          .     .             .     .. .   . .   .    ..             . .  ...............  ...                       ...  ..  ........    ....   ..........        .....    ..  ........       ..   . ..      ..        .   ..    .....              .  .  .  .    .....   .    ..         .    .        .     .         ....                   ..      .    ..  ....................    ..  . .           .  .        .           ..   . .   .....         . ..     .      .  .    ..       .         . .                   .        ...     .   .  .                 .                     .   .  .     .                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                0                                                            3                         3                  0000000000  3                                                             0     0                                                        000       5       00000000            5                 0                               5   0                                       0                           0                                                 3333                             3  333              33      0                                                                                                                   7          3                                   7           333333 3       3                                       33         77777                                               7                      33333                                                  7                    7                                                               555                 2                  0        5        5  777  7 5555555555        7            00   44  99 99  2          0     8             0     99 0   5 0   0    22             0 0  555555555555555  888                       888  99  44444444    1111   1111111111        22222    99  44444444       88   5 44      88        0   66    66666              7  0  0  7    11111   7    99         9    0        9     7         1111                   99      1    99  11111111111111111111    77  4 7           7  9        6           66   7 3   00000         7 11     9      7  7    00       3         9 0                   0        000     6   1  3                 4                     6   0  7     0                
consensus                     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AAN-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
Reference ( family-1252 )     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AAN-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
gi|1                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGAACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTGT-ATT--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATTATAGTATTTCACAATTAAATGTAATACAAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTG-G-GGTTTTT-TTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTATATCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTAAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAAAGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATAATATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGTATGTGTGTACGCGTTCGTGCGAGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAAGCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGCTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACCATTTTATAAGTTAATGTGAAATTTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTTTTTGTTGTTTTTTTTCTTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT--CTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTGTGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATT----ATAAATGATAAACAAAAGTTAACATTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAACTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAA-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACGAGTACTAGA--TATAGATATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAACTATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTAATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TACTTTTA--TAACTTTAC-AGTCTTTGTATTTTAACATG---TGTCCATATAACCAGTATCATGCAGA--AAAA-TAGAT--GTACATATTACGTAAATGGATTGAACAATAAACATAAAC--GAAACCA-AGT-ATTTACAT-GTTTAAAA---C-AA--C--A-ACATTTTTCA---ATATGCTTACTACAAGAA-CACA---CT--CA-----------C---TGGTGAA-------TAAGAAAAATACTTATG--AA-G----ATGAATGGGG-AGTGGCAGCCTTT--TTGAGTGG-TAC--TAGTTCT--AACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
gi|13                         : aacattgttccatgacctttctttctctctgttgtaatttcctctcttctgtcattttcttcttctatcagcagctgtgctaactacaccagtccagtgtatttgcttgagattctactttactcaccgttctcatccgatatgcttATGTTATGCTATTTAATTGAAATTACGGCACTTCTCAACCAACTGTAAGAATAATTGCAGGCACATTGCTATTGATGTAGCTTTGGTTA--ATGTTTGCTAATTTTAAAAGTTTT-CATAGATAAAATAGCTAA---T-ATCAAGGCGTTTAATCATACTTATTCAACAACAGCATTACACTTTATATTAGTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGCGTGCGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCATGCGTTCGAACGTGACTTAGTGAAACAGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTATTGGATGTATTTTTATTTAATATGCAATACTATTTTTGTTATGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCAATCTGTCTAACAGTAAATAAATCATAACACTATTTTATAAGTAAATGTGAAAAATT--CCAATGAGAAGTATTATAGACAAAACTCTTTGTA----------TT------GTTTTTTTT-TTTTTTAGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCAGTTTTTTTTTTATCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCAGTTGTTCATGGTTGAAATAACATTAAACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAATTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCTTACAAGACCTTTTTGTACACAAAATGTACCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTTTTTGCC---TCTTTTTTTACTAAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACTATTTTCCAAGTTTATGGAT---AA-ACATATT----ATATTACT-GCATTACGAATATCAAAT-TA--C--GTTCATTCATTGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--ATTAGCA-GAT-TTTT-TATTGGTCAAAAGATC-AAT-C--A-ACG-----CA---ATATGCTAATTGCAAGAAACACA---CA--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCCAATA--TAGA--AACG----A-GAAAAGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGTAGTCGGTATACTGTTAAAT-A-T---AAATCTATCATACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGCTTACAAGCACTAGA--TATAGGTATTG--AT---G------A---------AAAA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGATTTATCATTAC---TGAACACATTACAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTAATTGATGGTGATTTCAACACTATTATAGACGTT---GATATTGACAAGAAAAACGGTAGATGCGATAGAAATAATAATGTAAAACAAAAACTCAACTCTATAATTGATACTTTTAATT
gi|3                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGGGCATCTCAACCAACTGTACGAATTATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAATGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-TTATT--GG-GATTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTGCACTTTATATTAATATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCATGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTAAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTA--ATGTAAACGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTGAAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAATAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTGTTTGTAGTCGATTTGTTT------G----TTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--GGTGTTTTT--C-TCTGACTTTTCTTTAATATATTACAAAATATAAAACCATGCTGTTGTTTGTGGTTATAATAACAGTATACA----GATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTTCCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCTTTCTTTGCCTTTTTTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGTT---AA-ACC---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAAA-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCCTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGGTATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACATATTCTTAC------ACATAATA-AAAAATATATTGGTG-AA-AATTAGGATAAAACATTTGTTATTGCTAGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGAC-AAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTCAACTCTATAATTAATAATTTTACTTcgagcgatatttggagaatcaaacatccttttaaaaaacaattttcttgacactctagcaccaaaccaccaatattctgaaggtcagattatttcttaatgtttcaaaacataacaaattgtattaagcattgtgaaataaaacccggttataaatcagaccattcagtagttaatataatttaagactttttaaaacttagtaaaggagcaggtatattataaatgaacaatagtgtactataagaaacagaatgtcaaactaatatcagaaaaagtatcgcagagacagttaacataaataaagattcaaacccaaatacattatagaaacttatcaaaggaactgtaagaaatgaaacaattagatattcatcagccaaaaagtaaagggaaaaggaaaacgaaagccaaattagtatcaaaataaataaattagaaacagaaataggaaaaacaactgatagcataccgattaaaatattaagaacagaattagaaaactgtaaatacgaactgaatgatataattgacaattaaataaatggcattcatgatgtacaaagtagtgtgacaaataattgtcatat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---TCTTTTCTCTCCCATAT-GTAGCCTATCCTTTTAAA--ACTCTTCC------TG-AC---AA-A---------------ACT--TAACATGAATAC-AAATATC--T--GCTCCTTTAATGTACGAGGTTTATGCAATAAAGATAAAC--GAGAAAA-AAT-ATTC-TGCTGGCTAAAAGACC-AAT-C--TTATT-----CA---ATTTGCCTTTTACAAGAAACACATTTCT--CAGTTAATTGCCTC-------------------GATCAA-----TGGA--AAAA----C-GATTGGGGTATG-GACGTTTTC--TTAAGTAGTAACAGCAGT-----AACAGCGAAGGTGTAGCAATTTTTTTAAAC-AATAA-AAGT---TCATATAACATTGTTAATTATA-CGAATATAGTTGTTT----GTCGTCTGCAAGCGTTAGAACTAAAAA-ACAACGATAAGG------A---------AATA-------ACACG-GTTAACATTTATGGTCCAAACAAAGATGATGTGAAACTAT---TTAAAACATTGGATCAATAT-TTGATG-GACGATACTGACAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAACGCCGTTTTAAATATTTTTGATATTGATTAACGAAACGGTAGATGTGATACAAATAAAAACATGAGGAAAACATTGAAATCCATTATCGATACtgagcgatatttggagaatcaaacatcctttttaaaaaaacaatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggttataaccataaatctgcaagttcatttatatacaaatgtattgataaacaaatggacaaagaccattattttttacttataaagaaatgtgccaataatatattatcattgcattgacccgtgttcttcacaccttttttgtgaaagcccttttttgtgcgtgaaagtatttaattaacatgtacccttatccaaaatgtattactaACT-GAACT-TGAATAC-AAA--TA--TTTGCGCCTGCACTGTACGAGGTGTAGGCAATAAGGATAAAC--GACAA-A-AATCATTC-TGCTGGCTAAAAGACC-AAT-C------T-----TATTTATATGCCTTTTACAATAAAAACA---TT--T---------TTTC---AGAT--AATTGCCTCGA-TCAA-----TGGATAAACGGTTTA-GAAT-----AGGCGT--TCTTTATTCCAGTGGTAACAGTAAT-----AACAGCGAAGGTCTAGTAATTCGTTTAAACCA-TAA-ACAT---TCATATAACATTATTAATTATACGGATA-TAGTGGTTG----GTCGTCTGCAAGCATTAGA--ACTAAA-ATAA--AT---GGTAAGGA---------AATA--GC---ACTGTTA--AACATTTATGGTCCAAATAAAGATGATGTGATACTTT---TTAAAACATTTGATCAATATTTTATAG-AC-AATACTGATAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAATGCTGTTTTAAATATT---GATATTGATAAACGAAACGGTAGATGTGAT-TGTATAAAAACAAAAGAAAAATATTGAAATCCATTATCGATACacataatctagttgacatatggcgagtacagcacactgacaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatagaaaacaaataccaagacatttttaaatacactatacaagatactgttaataacaatagtaaagcaaacccaaatactctatgcgaacttatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatacgcaaacgcaataaagaaatctgattcaaaacgagagaatgagctctaccaaaatatagaacaattagaaaataaatttcaaaacccttcaaaccagcatttaacagatgcaattaaaatagaactagaattaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatggcattataactcgttcaaaggtagacaaaatagaatataacgaaaaaaactaaaaatagttcgcatatttagagaagaaaaatgcagaatcaaaaatgatatcgcattttaacatatatggtaggataattgaaactcaacaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgaaaaggaaagcagtcaagatacaaattacattttctttcatgaaaacctaaacaaactaaatgaaacagataaaacaacatgcgagggtattttaacagagtacga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtggttattatcataattctacaaatttatatacaaatgttttgataaacaaatggaaccagaccattaccttttacttacgaagaaatttgccaatactatattatcattacctttttgtgaaagtcatttttgtacgtgaaagtatttaatcactatgtatcattttccaaaatgtataactatttcttctttcctatatgtagcctatccctataaaactcttcctgacaaaTATGCTCAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATC-AAAAC--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA----TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGATATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTTacatagtctagttgacatatggcaagtacagcatcctgacaaaaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatacaaaaaaagataccaagacatcattaaatacactttgcaagaaactgttaacaacaacagtgaagcaaacacaaatactccattggaaattatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatatgctagcgaaaaaaagaaatttgattccaaaggagaaaatgagctctacaacaatataaaacagttagaaactaaatttcaaaatccatcaaaccagcatttaaaatatttaattaaaatagaactagaataaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatgacattttaactcgttcaaaggtagataaaatagaacataatgaaaaaactaaaaatatttcgcttatttagagaaaaaaaatgcagaatcaaaaaaaatatcgcgtttgaatataaatggtaggataattgaaacacaaaaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgatgtcaagatacaaattacaatttctttcatgaaaaccaacttaatgaaactgataaaacaacatgcgagggtattttaacatagtatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACAAATATTTG-C-TA--T-------TTAAATGTACGAGATCCTGGCAATAAGGATAAACAAGAGAAAATAAT-GCCT--GCTGGTTTAAAAAAC-AAG-CTTA-TC------CA---AAAGGCCTTTTACAAGAAACACA---TTTTCAGTAAATTGCCCCGTTTAAT--A-------GAAAATTGAT---TGGG--AT----------ATGG----------ACGTTTCCTTCAGTG--AACA-CAG--CAGCAACAGTAAAGGAGTAGCAATTCTTTTAAACTA-CAACAAAGCAA--ATACCA--TTATTAAACACA-CGGGT-AAA--GTAGTGGGGTCGCCTGTAATCGTTAGA--ACTAAACATAA--AT---G------AGAAGGAAATAACACTATTTTACATTTTTTA----------TCCCAATAAAGATTA--TATGA-TACGTGTTGATACATTAGACCAACA-GTTGATATAT-AATGCTGATAAAA-ACT--TTA--GGCGTGGATTTAAATGCAGTTTTAAATATT---GTTAT------------CGGTAGATGTG------GTAAAACCATAAGACGAACATTAAAGTCCATTATCGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                C                                                            A                         A                  TTTTATT     C                                                             G     C                                                        TGT       A       .                   .                 T                               .   T                                       C                           C                                                 .                                A  GAA              TG      T                                                                                                                              T                                   G           .      T       .                                       TC         TTTAT                                                                      GATTG                                                                                                                                       TTT                 T                  T        A        T  TTT  C TGTGTCC           A            TC   TA  GA TT             A                   A     AA A   C T   C    AC             T A  CAACATTTTT       TTT                       TTT  TT  GTTAATTG    GTTT   AATTGCCT          ATACT    TA  CGGTTTA        GT   G CA      AT        T   AG    CAGC                  T  A       ACAA    C    CT         A    A        G     A         TGGG                   AC      T    CG  GAGAAGGAAAT             CT  T             T  A                    TT   C T   GTGTT           AA     A      T  C    AG       C         T A                   A        TTT     T   A  A                 A                     A   C        A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                G                                                            .                         .                  TATCAA      .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                .  .                .       A                                                                                                                              .                                   .           .      .       .                                       .          CT                                                                         G                                                                                                                                           .                   T                  C        C        G  .    . CATATT            .            TT   A   .  .              C                   T     .  T   C .   .    T              T .  TCTTATT          .                         .    .   GTAAATTG    T      GAA               ATA      .   GAT            G    C AA      CC        T   AG    TCT                   T  A       ACCA    .    CT         A    A        G     .         .                      .       T    .   GGTAAGGA                T   T             T  A                    CA   T T   TG              AA     A      .  .    AG       C         T C                   A        .       G   T  A                 A                     A   C        A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .                   .                  C        C        G  .    . CCT               .            TT   T   .  .              C                   T     .  T   C .   .    C              C .  AACAACG          .                         .    .   A           T      A                 ATA      .   CGA            A    C AA      .         .   A     TCA                   A  T       ACTA    .    CT         C    T        C     .         .                      .       T    .   AAGGA                   T   T             C  T                    TG   A C   TT              TC     T      .  .    CT       A         A G                   T        .       T   A  C                 A                     C   G        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 C        C        G  .    . TAT               .            TT   C   .  .              A                   A     .  A   A .   .    T              C .  GCTTATC          .                         .    .   A           T      A                 ATA      .   CGA            A    C AC      .         .   .     TCA                   A  T       ATA     .    CA         C    T        G     .         .                      .       C    .   GA                      T   T             C  T                    TG   T C   TT              TC     A      .  .    CT       A         A G                   T        .       T   A  C                 A                     T   G        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .        .        .  .    . .                 .            C    C   .  .              A                   A     .  A   C .   .    T              T .  TCAACG           .                         .    .   A           A      A                 AT       .   AAC            A    C AA      .         .   .     TCA                   T  A       A       .    .          A    A        .     .         .                      .       .    .   AA                      .   .             T  A                    CT   C T   TG              AA     G      .  .    AG       C         T C                   A        .       G   .  A                 .                     A   A        A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               .            C    C   .  .              C                   T     .  T   A .   .    C              A .  ACAACG           .                         .    .   .           T      A                 .        .   CGA            .    . T       .         .   .     .                     A  T       A       .    .          .    T        .     .         .                      .       .    .   AA                      .   .             .  .                    .    G .   .               CC     .      .  .    CT       .         . G                   T        .       .   .  .                 .                     C   A        T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .    .   .  .              A                   A     .  A   . .   .    .              . .  TCT              .                         .    .   .           .      .                 .        .   .              .    . .       .         .   .     .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TCAACG*********                                                                                                                                                                          ACA**
originalCons                  :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AAN-C--A-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
finalCons                     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AATCAACG---------CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAACA--TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGCAGAAACTGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAAGAAATGTAACAATTAAATTCGCAACAGCTAAAAAAAAAAGATAATGAAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACAAATATTTAGAAGAAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAACTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAAAAATCAAGCTGCATTTGAATCAAATTATAATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAAAAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACGAATGTGGCATAGCATTAAA
Unaligned ( gi|9 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAACCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATTAGAAAACTGTAAATATGAAATAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGCTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|10 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAATCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATAAGAAAACTGTAAATATGAACTAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGTTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|11 ): TTAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGTAGAAACCGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAATAAATGTAACAATTAAATTCGCAACATCTAAGAAAAAAAAAGATAATGGAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACATATTTAGAAGACAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAATTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAGAAAAATCAAGTTGCATTTGAATCAAATTATGATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAACAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACTAATGT
Unaligned ( gi|14 ): ATGCAATAAGAAGAATAATAGTGTATGTGATGGAAGAAAAATAAGATGTTGAAATAATTGAAAATAAAATAAATGGAATTTTAATAAGATCAAAAGCAGACAAAGTCGAATTTAACGAAAAGAATTCAAAATATTTTTCAATGCTAGAAAAGAAAAAAGCAGTGTGTAAAATTATATAATATTAT
Unaligned ( gi|15 ): AGTTGTTATTAACATAAGTCTGCAAGTTCATTTATATACAAATGTATTGATAAACAAATGGACAAAGACCATTACTTTTTACTTA
Unaligned ( gi|16 ): TTCTTCCTATATTTCAAAAATATAATCCATAGAAGTACATATTT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                          2222222222  1                                                                                                                            222       1       33333333            1                                                 1                                                                                                                         2222                             1  222              11                                                                                                                                                                                     333333         1                                       11         22222                                                                      11111                                                                                                                                       111                                                         111    2222222222                                                                                                             1  222222222222222                                     33333333           1111111111        11111        11111111                      11        1   33                                     22222                                                 1111                                    33333333333333333333    11                                        11         11111                                                                                   111                                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                1                                                            7                         7                  5555555555  3                                                             1     1                                                        111       5       55555555            5                 1                               5   1                                       1                           1                                                 8888                             3  333              88      1                                                                                                                   0          7                                   6           888888 7       3                                       88         77777                                               0                      00000                                                  0                    0                                                               777                 3                  1        2        2  111  6 6666666666        5            99   88  66 66  0          1     0             1     66 1   2 5   5    77             1 0  555555555555555  888                       888  66  66666666    9999   7777777777        00000    66  33333333       55   2 33      33        0   11    99999              0  1  1  0    33333   5    55         4    1        7     5         2222                   77      7    77  77777777777777777777    00  1 0           2  1        0           00   1 2   11111         0 33     3      5  5    22       4         1 1                   1        000     6   5  1                 1                     1   1  0     1                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                .                                                            .                         .                  ..........  .                                                             .     .                                                        ...       .       ........            .                 .                               .   .                                       .                           .                                                 ....                             .  ...              ..      .                                                                                                                   .          .                                   .           ...... .       .                                       ..         .....                                               .                      .....                                                  .                    .                                                               ...                 .                  .        .        .  ...  . ..........        .            ..   ..  .. ..  .          .     .             .     .. .   . .   .    ..             . .  ...............  ...                       ...  ..  ........    ....   ..........        .....    ..  ........       ..   . ..      ..        .   ..    .....              .  .  .  .    .....   .    ..         .    .        .     .         ....                   ..      .    ..  ....................    ..  . .           .  .        .           ..   . .   .....         . ..     .      .  .    ..       .         . .                   .        ...     .   .  .                 .                     .   .  .     .                
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                0                                                            3                         3                  0000000000  3                                                             0     0                                                        000       5       00000000            5                 0                               5   0                                       0                           0                                                 3333                             3  333              33      0                                                                                                                   7          3                                   7           333333 3       3                                       33         77777                                               7                      33333                                                  7                    7                                                               555                 2                  0        5        5  777  7 5555555555        7            00   44  99 99  2          0     8             0     99 0   5 0   0    22             0 0  555555555555555  888                       888  99  44444444    1111   1111111111        22222    99  44444444       88   5 44      88        0   66    66666              7  0  0  7    11111   7    99         9    0        9     7         1111                   99      1    99  11111111111111111111    77  4 7           7  9        6           66   7 3   00000         7 11     9      7  7    00       3         9 0                   0        000     6   1  3                 4                     6   0  7     0                
consensus                     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AA--N-CA-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
Reference ( family-1252 )     :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGNACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-T-ATC--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATATTAGTATTTCACAATTAAATGNAATACNAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTACNCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTNAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAANGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATANTATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAANCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTT------GTTTTTTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT-TCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTTCGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTNCGGGGATTAAGCAATAAAGNTAAAC--GNGAACA-GAT-GTTT-CGTTGGTTAAAAGATC-AA--T-CA-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AACA-TAGTTCA--AACAGCAAAGGAGTCGCNATNCTGTTAAAC-A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTANTAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTCTGCAAGCACTAGA--TATAGATATAA--AT---G------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAACGTATACGGTCCTAATAAAGACGACGTATCATTAC---TNAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGNTGGTGATTTCAATGCTGTTNTAGACGTT---GACATNGACAAAAAAAACGGTAGATGCGATACAAATAAAAACGTAAGACAAAAACTNAACTCCATNATCGATACTTTTACTT
gi|1                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATACACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGCTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGAACATCTCAACCAACTGTACGAATAATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAAAGTTGTACATAGATATAATAGTTGATTGT-ATT--GG-GTTTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTACACTTTATTATAGTATTTCACAATTAAATGTAATACAAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTG-G-GGTTTTT-TTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTTTAAAATTGATGTAATATGGTATATCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTTTAGTAAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAAAGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATAATATTATTTTATTTGTGCGTGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGTATGTGTGTACGCGTTCGTGCGAGGGTTAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTG--ATGTAAGCGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGCTTTGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAGTAGTTAAATCATAACACCATTTTATAAGTTAATGTGAAATTTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTCTTTGTAGTCGATTTGTTTTTTGTTGTTTTTTTTCTTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--AGTGTTTTTTCT--CTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCTGTTGTGTGTGGTTGTAATAACAGTATACAGATT----ATAAATGATAAACAAAAGTTAACATTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTACCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCCTTCTTTGCC---TCTTTTTTTACTCAAACTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAA--A-CA-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACGAGTACTAGA--TATAGATATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAACTATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTAATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TACTTTTA--TAACTTTAC-AGTCTTTGTATTTTAACATG---TGTCCATATAACCAGTATCATGCAGA--AAAA-TAGAT--GTACATATTACGTAAATGGATTGAACAATAAACATAAAC--GAAACCA-AGT-ATTTACAT-GTTTAAAA---C-AA----CA-ACATTTTTCA---ATATGCTTACTACAAGAA-CACA---CT--CA-----------C---TGGTGAA-------TAAGAAAAATACTTATG--AA-G----ATGAATGGGG-AGTGGCAGCCTTT--TTGAGTGG-TAC--TAGTTCT--AACAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
gi|13                         : aacattgttccatgacctttctttctctctgttgtaatttcctctcttctgtcattttcttcttctatcagcagctgtgctaactacaccagtccagtgtatttgcttgagattctactttactcaccgttctcatccgatatgcttATGTTATGCTATTTAATTGAAATTACGGCACTTCTCAACCAACTGTAAGAATAATTGCAGGCACATTGCTATTGATGTAGCTTTGGTTA--ATGTTTGCTAATTTTAAAAGTTTT-CATAGATAAAATAGCTAA---T-ATCAAGGCGTTTAATCATACTTATTCAACAACAGCATTACACTTTATATTAGTA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TGCGTGCGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGCATGCGTTCGAACGTGACTTAGTGAAACAGAATGAGTGTGTGTGTGTGATGTATTGGATGTATTTTTATTTAATATGCAATACTATTTTTGTTATGAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCAATCTGTCTAACAGTAAATAAATCATAACACTATTTTATAAGTAAATGTGAAAAATT--CCAATGAGAAGTATTATAGACAAAACTCTTTGTA----------TT------GTTTTTTTT-TTTTTTAGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCATTCAGTTTTTTTTTTATCTTACTTTTCTTTAATATATTACAAAATACACAACCATTCAGTTGTTCATGGTTGAAATAACATTAAACAGATTGATTATAAATGATAAACAAAAATTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTACGTCAAGTTTAAAGTTTATACCTTACAAGACCTTTTTGTACACAAAATGTACCTAGTGTACTCAGATTTGTCTTCCTTTTTTGCC---TCTTTTTTTACTAAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACTATTTTCCAAGTTTATGGAT---AA-ACATATT----ATATTACT-GCATTACGAATATCAAAT-TA--C--GTTCATTCATTGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--ATTAGCA-GAT-TTTT-TATTGGTCAAAAGATC-AA--T-CA-ACG-----CA---ATATGCTAATTGCAAGAAACACA---CA--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCCAATA--TAGA--AACG----A-GAAAAGGA-AGGCGAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGTAGTCGGTATACTGTTAAAT-A-T---AAATCTATCATACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGCTTACAAGCACTAGA--TATAGGTATTG--AT---G------A---------AAAA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGATTTATCATTAC---TGAACACATTACAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTAATTGATGGTGATTTCAACACTATTATAGACGTT---GATATTGACAAGAAAAACGGTAGATGCGATAGAAATAATAATGTAAAACAAAAACTCAACTCTATAATTGATACTTTTAATT
gi|3                          :                                                                                                 TTTAAGTTTAAATATACCTCAAAAGAGTGTATCAATAGTATAGATGTTCCAATGTTACGCCTTTTGTTTTAAATTACGGGGCATCTCAACCAACTGTACGAATTATTGAGGGCACACTAATATTGATGTAGCTTTGGTTAATATGTTTTCTTGTTTTAAATGTTGTACATAGATATAATAGTTGATT-TTATT--GG-GATTAATAATGCTTACTTAACAACAGGATTGCACTTTATATTAATATTTCACAATTAAATGGAATACCAAACATTAATTCTTATTATGGACACTATTATTGAGTTTGTGTTGGTTTGTTTTGTGTGTGGTTTTTATTTTGTT--------TGTTTTTTTAAA-TTGATGTAATATGGTACTCCATTTTTGTCAAAGTTTTGGTAAATGTTTT-AGTTAGGATATCACAAAGCTTACAAGTCATTATAATGTGAAAACGCATAACAACTGTTATTGTAGTATATACTATTATTTTATTTGTGCATGAGTGAGTTTGTGAGTGCGTGTATGTATGT----GTGTACGCGTTCGTGCGTGGGTAAGTTAA-CG---TGAGTGTGTGTGTA--ATGTAAACGATGTATTTTTATTTGATATGTAATACTATTTTTGTTTGAAAATTTCGCCATAAACAAATTATTTATCATTCTGTCTAGCAATAGTTAAATCATAACACTATTTTATAAGTTAACGTGAAAATTTTTCCAATGACTAGTATTATAGGCAAAACTGTTTGTAGTCGATTTGTTT------G----TTTT-TTTTTTGGTTGTTAAATTTGTTAAGAAAAGGTCAGTCAT--GGTGTTTTT--C-TCTGACTTTTCTTTAATATATTACAAAATATAAAACCATGCTGTTGTTTGTGGTTATAATAACAGTATACA----GATTATAAATGATAAACAAAAGTTAACAGTGTCGATCTGTGAAAATCATTATGTCAAGTTTAAAGTTTATACTGTACAAGACCTTTATGTACTCAAAATGTTCCTAGTGTACTTAGATTTATCTTCTTTCTTTGCCTTTTTTTTTTTTACTCAAATTGTATCGTGTATTTTTAAACAACTTTCCCAGTTTATGGTT---AA-ACC---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATCAAA--A-CA-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCGAAACCCTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAA---A-TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGGTATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACATATTCTTAC------ACATAATA-AAAAATATATTGGTG-AA-AATTAGGATAAAACATTTGTTATTGCTAGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGAC-AAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTCAACTCTATAATTAATAATTTTACTTcgagcgatatttggagaatcaaacatccttttaaaaaacaattttcttgacactctagcaccaaaccaccaatattctgaaggtcagattatttcttaatgtttcaaaacataacaaattgtattaagcattgtgaaataaaacccggttataaatcagaccattcagtagttaatataatttaagactttttaaaacttagtaaaggagcaggtatattataaatgaacaatagtgtactataagaaacagaatgtcaaactaatatcagaaaaagtatcgcagagacagttaacataaataaagattcaaacccaaatacattatagaaacttatcaaaggaactgtaagaaatgaaacaattagatattcatcagccaaaaagtaaagggaaaaggaaaacgaaagccaaattagtatcaaaataaataaattagaaacagaaataggaaaaacaactgatagcataccgattaaaatattaagaacagaattagaaaactgtaaatacgaactgaatgatataattgacaattaaataaatggcattcatgatgtacaaagtagtgtgacaaataattgtcatat
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ---TCTTTTCTCTCCCATAT-GTAGCCTATCCTTTTAAA--ACTCTTCC------TG-AC---AA-A---------------ACT--TAACATGAATAC-AAATATC--T--GCTCCTTTAATGTACGAGGTTTATGCAATAAAGATAAAC--GAGAAAA-AAT-ATTC-TGCTGGCTAAAAGACC-AA--T-CTTATT-----CA---ATTTGCCTTTTACAAGAAACACATTTCT--CAGTTAATTGCCTC-------------------GATCAA-----TGGA--AAAA----C-GATTGGGGTATG-GACGTTTTC--TTAAGTAGTAACAGCAGT-----AACAGCGAAGGTGTAGCAATTTTTTTAAAC-AATAA-AAGT---TCATATAACATTGTTAATTATA-CGAATATAGTTGTTT----GTCGTCTGCAAGCGTTAGAACTAAAAA-ACAACGATAAGG------A---------AATA-------ACACG-GTTAACATTTATGGTCCAAACAAAGATGATGTGAAACTAT---TTAAAACATTGGATCAATAT-TTGATG-GACGATACTGACAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAACGCCGTTTTAAATATTTTTGATATTGATTAACGAAACGGTAGATGTGATACAAATAAAAACATGAGGAAAACATTGAAATCCATTATCGATACtgagcgatatttggagaatcaaacatcctttttaaaaaaacaatt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggttataaccataaatctgcaagttcatttatatacaaatgtattgataaacaaatggacaaagaccattattttttacttataaagaaatgtgccaataatatattatcattgcattgacccgtgttcttcacaccttttttgtgaaagcccttttttgtgcgtgaaagtatttaattaacatgtacccttatccaaaatgtattactaACT-GAACT-TGAATAC-AAA--TA--TTTGCGCCTGCACTGTACGAGGTGTAGGCAATAAGGATAAAC--GACAA-A-AATCATTC-TGCTGGCTAAAAGACC-AA--T-C----T-----TATTTATATGCCTTTTACAATAAAAACA---TT--T---------TTTC---AGAT--AATTGCCTCGA-TCAA-----TGGATAAACGGTTTA-GAAT-----AGGCGT--TCTTTATTCCAGTGGTAACAGTAAT-----AACAGCGAAGGTCTAGTAATTCGTTTAAACCA-TAA-ACAT---TCATATAACATTATTAATTATACGGATA-TAGTGGTTG----GTCGTCTGCAAGCATTAGA--ACTAAA-ATAA--AT---GGTAAGGA---------AATA--GC---ACTGTTA--AACATTTATGGTCCAAATAAAGATGATGTGATACTTT---TTAAAACATTTGATCAATATTTTATAG-AC-AATACTGATAAAAACTTTATTATAGGGGGTGATTTTAATGCTGTTTTAAATATT---GATATTGATAAACGAAACGGTAGATGTGAT-TGTATAAAAACAAAAGAAAAATATTGAAATCCATTATCGATACacataatctagttgacatatggcgagtacagcacactgacaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatagaaaacaaataccaagacatttttaaatacactatacaagatactgttaataacaatagtaaagcaaacccaaatactctatgcgaacttatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatacgcaaacgcaataaagaaatctgattcaaaacgagagaatgagctctaccaaaatatagaacaattagaaaataaatttcaaaacccttcaaaccagcatttaacagatgcaattaaaatagaactagaattaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatggcattataactcgttcaaaggtagacaaaatagaatataacgaaaaaaactaaaaatagttcgcatatttagagaagaaaaatgcagaatcaaaaatgatatcgcattttaacatatatggtaggataattgaaactcaacaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgaaaaggaaagcagtcaagatacaaattacattttctttcatgaaaacctaaacaaactaaatgaaacagataaaacaacatgcgagggtattttaacagagtacga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtggttattatcataattctacaaatttatatacaaatgttttgataaacaaatggaaccagaccattaccttttacttacgaagaaatttgccaatactatattatcattacctttttgtgaaagtcatttttgtacgtgaaagtatttaatcactatgtatcattttccaaaatgtataactatttcttctttcctatatgtagcctatccctataaaactcttcctgacaaaTATGCTCAAACAACTTTCCCAGTTTATGGAT---AA-ATA---T----ATATTACT-GTATTATGAATATTAAAC-TA--T--GTTCATTCAATGTCCGGGGATTAAGTAATAAAGTTAAAC--GTGAACA-GAT-GTTT-CATTGGTTAAAAGATC-AA--AACA-ACG-----CA---ATATGCTTTTTGCAAGAAACACA---CT--CAA-------CCTC---TGAT--A-------CAAATCAAATA--TGGG--AACG----A-GAATGGGA-AGGCAAAACCTTT--TTCAGTGG-AAC--TAGTTCA--AATAGCAAAGGAGTCGCTATACTGTTAAA----TAA-AAATCTATCGTACAAAATTAATAAATACAGCGAGC-TAATTGTAG----GTCGTTTACAAGTACTAGA--TATAGATATAA--AT---A------A---------AACA-TGTTTGACTCTTATTAATGTATACGGTCCTAATAAAGACGACTTATCATTAC---TGAACACATTAGAAAAATATATTGGTG-AA-AATGAGGATAAAACATTTGTTATTGCTGGTGATTTCAATACTATTATAGACGTT---GACATGGACAAAAAAAATGGTAGATGCGATACAAATAAAAATGTAAGACAAAAACTAAACTCTATAATTGATACTTTTACTTacatagtctagttgacatatggcaagtacagcatcctgacaaaaaaaaacagttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttattatacaaaaaaagataccaagacatcattaaatacactttgcaagaaactgttaacaacaacagtgaagcaaacacaaatactccattggaaattatcaaaggcaacataagaaatgaaactattaaatatgctagcgaaaaaaagaaatttgattccaaaggagaaaatgagctctacaacaatataaaacagttagaaactaaatttcaaaatccatcaaaccagcatttaaaatatttaattaaaatagaactagaataaaagaaagttgaattaaatggtataattgaaaacaaaataaatgacattttaactcgttcaaaggtagataaaatagaacataatgaaaaaactaaaaatatttcgcttatttagagaaaaaaaatgcagaatcaaaaaaaatatcgcgtttgaatataaatggtaggataattgaaacacaaaaagaaattttaaatgctcaaaaagaattctataccaaactttacgatgtcaagatacaaattacaatttctttcatgaaaaccaacttaatgaaactgataaaacaacatgcgagggtattttaacatagtatgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TACAAATATTTG-C-TA--T-------TTAAATGTACGAGATCCTGGCAATAAGGATAAACAAGAGAAAATAAT-GCCT--GCTGGTTTAAAAAAC-AAGCT-TA-TC------CA---AAAGGCCTTTTACAAGAAACACA---TTTTCAGTAAATTGCCCCGTTTAAT--A-------GAAAATTGAT---TGGG--AT----------ATGG----------ACGTTTCCTTCAGTG--AACA-CAG--CAGCAACAGTAAAGGAGTAGCAATTCTTTTAAACTA-CAACAAAGCAA--ATACCA--TTATTAAACACA-CGGGT-AAA--GTAGTGGGGTCGCCTGTAATCGTTAGA--ACTAAACATAA--AT---G------AGAAGGAAATAACACTATTTTACATTTTTTA----------TCCCAATAAAGATTA--TATGA-TACGTGTTGATACATTAGACCAACA-GTTGATATAT-AATGCTGATAAAA-ACT--TTA--GGCGTGGATTTAAATGCAGTTTTAAATATT---GTTAT------------CGGTAGATGTG------GTAAAACCATAAGACGAACATTAAAGTCCATTATCGATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgtac
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGCAGAAACTGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAAGAAATGTAACAATTAAATTCGCAACAGCTAAAAAAAAAAGATAATGAAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACAAATATTTAGAAGAAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAACTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAAAAATCAAGCTGCATTTGAATCAAATTATAATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAAAAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACGAATGTGGCATAGCATTAAA
Unaligned ( gi|9 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAACCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATTAGAAAACTGTAAATATGAAATAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGCTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|10 ): TTAGAAAAAGAATATCAAACTAATATCAGAAAAAGTATCGCAGAGACAGTTAACATAAATAAAGATTCAAATCCAAATACATTATGGGAACTTATCAAAGGAACGGTAAGAAATGAAACAATTAAATACTCATCAGCCAAAAAGAAAAGGGAAAAGGAAAAAGAAAGCCAAATTAATATCAAAATAAACAAATTAGAAACAGAAATAGGAAAAACAACTGATAGCATAACGATTGAAATATTAAAAACAGAATAAGAAAACTGTAAATATGAACTAAATGAAATAATTGACAATAAAATAAATGGCATGATCATACGTTCAAAGGCAGACACTGTGGAATATAGTGAACGAAATACAAAGTTTTTTGCAAATCTAGAAAAGAAAAAGTCAGAATCTAAAATTATATCAAGGTTAAAAGTAAAAGATGAGATAACCACAGACCAAAATGAAATTCTTAATGCACAGAAAGAATTTTATGCAAAACTATATAAAAGAAAGGAGTGCACAGAGACAAATTACGATTTTTTTAACCACAGAATTAAAAAGCTTAATGACATTGAAAACCAAATGTGTGAAGGAAAGTTAACAGAATATGAATGTGCAATTGCTC
Unaligned ( gi|11 ): TTAGATAAAGAATATCAAAAATTAATAATAAATAATATAGTAGAAACCGCAGAAATAAATAAAGATGCGAATCCAAATACTCTGTGGGAATTAATCAAAGGTACTATAATAAATGTAACAATTAAATTCGCAACATCTAAGAAAAAAAAAGATAATGGAAAAGAAACTAATTTAAAAAATGAAATAAAAAATATTGAATCTAAACTACATACAATAAAAGACAACAAAGAGATAGAAGATACACACATATTTAGAAGACAAAAAAACAAGCATTGTATGAATTAATAGATAGAAAAATTAATGGAATTATGATAAGAGCAAAAGCTTTACATGTTGAGTACAACGAAAAAAACAGTAAATACTTCTCTAGTTTAGAAAAGAAAAATTCAGAAAGTAAATCAATAACACAATTGAACGTAAAAGGTAAAATTGTAACTAAACAGTCCGATATATTGAAATCAGAAGCAGAATTTTATTCCAATCTATACAAAAAGAAAAATCAAGTTGCATTTGAATCAAATTATGATTTTTTTAATCAAACTATGCCAAAACTTATAGATAATGAAACAATGCAATGCGAAGGTCTTTTAACAGAATACTAATGT
Unaligned ( gi|14 ): ATGCAATAAGAAGAATAATAGTGTATGTGATGGAAGAAAAATAAGATGTTGAAATAATTGAAAATAAAATAAATGGAATTTTAATAAGATCAAAAGCAGACAAAGTCGAATTTAACGAAAAGAATTCAAAATATTTTTCAATGCTAGAAAAGAAAAAAGCAGTGTGTAAAATTATATAATATTAT
Unaligned ( gi|15 ): AGTTGTTATTAACATAAGTCTGCAAGTTCATTTATATACAAATGTATTGATAAACAAATGGACAAAGACCATTACTTTTTACTTA
Unaligned ( gi|16 ): TTCTTCCTATATTTCAAAAATATAATCCATAGAAGTACATATTT