lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 33333333 1 4444444444444444 11111 2222222 111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 222222 55555 11111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 11
lowQualScore : 66666666 5 8888888888888888 55555 6 4444444 6 111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 2 2222 333333 77777 33333 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 77 88
lowQualScore : ........ . ................ ..... . ....... . ... ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . . .... ...... ..... ..... . .......................................................................... . .. ..
lowQualScore : 00000000 0 3333333333333333 22222 0 8888888 8 777 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 1 1111 777777 99999 88888 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 55 00
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCACCTCTGGTTTTC-ATC-T-----TA-----ANCAAA-CGTTATCAGAATGTTTAC-GT-CCATAA---AA-----------GCTCGG---ATGA--NNTNCTG----AA-------NC-AG-AAT-------------GG------AC-AGAGTTATGGC---CCT---TG-N----T---TG--------G----AAA----C-TG---A---T---T--T---T-GCCTC----GTNAACA---CT-----G-TA--TCACCTTTAGTT-TCA-TNNGATC-TTGACCN-GA-CTC--GGGTC---AGAATGTTATT-GACAATGAAAG-T--T---CGN-ACG--NG----TTTTTNAAC-CGGCCGTATCAGA-CC-AGAATGGACAGA-GT--T--A-TGG-N--CC-TTGATT-GAT-TGAAAAATGC-C-GA-T-TTTT-----GC---NT----TGT--N-AA--CA-CTGT-----G-------T-A---------G---------TT---TT-----CA--TCGGAT-CGT--G---ACCAAA-CT-T-GGTCAGAATG-TTATTGNCNAT-A-AAAGC---TCGGACGAGTTC---TTG---N-ACCAGCC---ATATCG----G-------AC-CAG----AATGGACAGA-GTT--A--TGGC--C-CTTGATT-ATT---TN--AAAATGTT--A-AA------T-TTTGC----CTTGT-AA------ACACTGTAG--CAC---CTT----TAATTTT--CAT-CGGATCGT-GAC-CAAACTT-G-----------GTCAGAAT-GT-TAT-T-GACAGT----GAA----AG--C-TCGGACGAG---TTNTTGA-AANCGG-CTATATCGGAC--------CAGAA-GGACAGA--T---------AT------TGN---TTG-------AAAT-G-AAAAA--TG-CAAA-----N------GTCTTGTNAAC----ACTGTGNCACCTTTA-TATGTTTTCATCGGATC---GTGGCCA-----AACT--A-----ATG---TT--ATTGNCNATG--A----AC-TCTTAGATGAACTTTCCGTNCTGGNCCACNATCGGGNCAGAGT
Reference ( gi|1 ) : ATTTCAATTATAGAGTTAAATGTAAAACTGTGTTATTGAGAAGCTTTGTTACATCGTTCATTGTTTTGTTTTAGCTCTACTTGTTAAAGGCCAGAAAGGCCTGTGTCTGTCGTCTGTCCTTTCGTCCTTGCAATCGGTCGTCGTTCGTACCTTCATTTCCTTTTAACACCGTAGCAAATTCAAATCTA--TTTCGATC-T-----TA-----ATCAAA-CATTATCAGGATGTTCAC-AT-CTATAA---AA-----------TCTCGG---GTGA--AGTCCTG----AA-------GC-AG-AAT-------------GG------AC-AGAGTTATAAT---CCT---TG-T----T---TG--------G----AAA----C-TG---A---T---T--T---T-GCCTC----GTAAATA---CT-----G-TA--TCACCTTTAGTTAGGA-TGAAATC-TTAATCC-GA-CTC--GGGTG---AGAATGTTATT-GACGATGGAAA-T--T---CGT-ATA--CA----TTTTTTAAT-CAGCTGTATCTGA-TT-AAAATGGACAGA-GT--T--A-TGG-A--CC-TTTATT-GAT-TGAAACATGC-C-AG-T-TTTT-----GT---AT----TCT--T-AA--CA-CGGT-----G-------T-A---------G---------TT---TT-----CA--TTGGAT-TAT--C---ATCAAA-CC-T-GGTCAAAATG-TTATTGACGAT-A-AAAGA---TTAGACGAGTCC---TTG---T-ATCAGGT---ATTTTG----G-------AT-TAA----AATGAGCAGA-GTT--T--TGGC--C-CTTGGTT-ATTC--TC--AGAATGTT--A-AA------T-TTTGC----CTTGT-AA------ACATTCTAA--CAT---CTT----TAATTTT--CAT-TAGATTGC-GAC-CAAACCT-G-----------GTCGGAAT-GT-TAT-T-AACAGT----AAA----AG--C-TGGAACGAA---CTGTTGA-AAACGG-CTGTATCAGAC--------AAGAA-GGACAGA--T---------AT------TGG---TTGC-----GGAAT-G-AGAAA--TG-CAAAAGGC-G------GTCTTGTAAAC----ACTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGATT---GTGATCA-----AACT--------ATG---TT--ATTGTCTATG--A----AC-TCTTAGATGAACTTTCTA-ACTGAA--ACAATCGGGAGAGAATAAACATATTTATAACACTGGATAAACTGAAAAATGTTGA
gi|4 : AATTCACCTTTAGTTTTC-ACC-T-----TATCTAGACCAAAGCA--GCCAAAATGTT----AT-TGACAATGCAA-----------ACTCAG---ATGA--GTTATTG----GA-------CT-AG---T-------------GGTATCAAAC-AGAGTTGCA-T---CCT---TG-A----T---TGATT-----G----AAAAATAT-TC---A---T---T--T---TTGCCTC----ATGAGCT---CT-----GGTA--TTACCTGTAGTTCTAA-TTAGATC-ATGAACA-AAGCTC--G--TC---AAAGTGTTGCT-GACCGTAAAAG-C--T----GTGATG--AG----TTCATGAAC-CAGCTATATCAAA-CG-AAAA-GAACAGA-GT--C--G-TGG-C--CC-TTTATT-GAT-T
gi|7 : gtaaataattctttTCTG--TTTTTATC-TGACTGTG-----AATAAA-CATGGGCTGAATGTTTAT-GT-CCATGA---AA-----------GTTTGG---AC-A--AGCACTA----AA-------ACCAGCAATATCCAACTAAAAAGG------AC-AGAGTTATGGC---CCT---TG-A----TGGATGTAAAAAAAG----AAG----C-TA---A---T---A--T---T-A---------TAAGCG---CT-----A-TG--TCACATTTAATTTTCA-TCTGATC-TTGACCT-TA-TTT--GGTT----AGAATGTTACT-GATAATAAAAGCT--T---CA--GTG--AG----TTTTAGAAA-CAGCGTTATCAAC-CC-AAAGTGGAcaccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|3 : attgatctacatggaaaaatctttttttttgtctcaaaactgtctagcatgtGATCGT-----TA-----A-CACA-CTCTATCAGAATATT-AC-TTGCAATAA---AAGCTTTGTCGATTTTCAA---ATGGCTAGATCTG----AC--------C-AG-AAT-------------GG------TT-AGAGTTATGAA---CTT---TC-A----T---T---------------AA----C-TG---A---TAAAT---------CCT--------AATA---TT-----T-CG--TCATCATTACTT-TCA-TGAAATC-GTGACCA-AA-CTT--AGGTT----GCATGTTAAT-GTCACTGAAG----------GC-ACA--GAGGAGTTCTTTAAC-CGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TAAA--------A-CGA-A--CC-TTTTCT-GCT-TGCAAAATTC-CAAA-A-TTGT-----GC---CT----TGT--A-AA--TA-TTGTA----G-------T-A---------G---------GT---TT------A--T---AT-T-C--C---ATCAGA-TCGT-GGCCA
gi|2 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagctcttaaacacttatcacctttagctttcatca-----TA-----GTTAAA-TGTTATCAGA---TTTACTAA-CTATAA---AA-----------GTTTGGACCGTAA--TATC--A----AA-------TC-AG-AGT-------------GG------CA-AGGGTTATAAC---AGT---TG-A----C---TGAAA-----G----AAA----TGTGG--A---T---TGCT---C-GCCTTCAGTGTACCTA---CT-----T-AA--ACATATTTCAT----------ATT-GTAAACA-GA-GTT--GA-TC---AGAATGATATT-AACAATGAATT-T--T---CAG-ACA--GA----TTT---GAC-CGGCTGTAT-TGA-GT-AA--T--ACATA-TT--G--A-TTG-G--TC-ATCATT-GTT-TGAAAAATGC-T-GA-T-TTTTCCCTTGT---AT----AC------A--CA-CTGT-----G-------T-C---------A---------CA---TTAAACACA--TTGGGT-CAG--G---ATTTAA-CT-T-A-TCAG--T--TTATTGACAATAA-AAAGC---TTCGACTACTTT---TTGAACTGATC---T---AGTTTG----G-------AC---------ATG-------TTT--T--TTAC--T-ATTGA-C-AT----TT--AAACCGAT--G-CA------T-TTTGC----ATTAT-AT------ACACTCTAG--CAC---CTT----TGACTTTGACAT-CGAATCGC-GGC-ACAACTT-G-----------GTCAAAAG-GTGTATAT-AAggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|5 : ATCAGAATATCCAA-GT-CCACAA---AA-----------GCTTGA---AAGA--GTTCCTGTGCCAATTATATTGCCAG-AAT-------------GA------AC-AGAGTTATGGC---CCT---TG-A----T---TGAT------G----AAA-------A---A---T---G--TCAAT-GTTTT----GTTAACA---CT-----G-----TCATCTTTAGTTTTCATTGGA-----TAAT------------GGCC---AGCATGTTATT-GTCAATGA-----------CGC-A-----------TCTTGAAC-CCACCATATTAAA-CC-ACAATGGACAGA-GT--T--A-TGA-C--CC-ATTATT-GGT-GAAAAAATAC-T-AA-T-Taacagc
gi|8 : aaagttgtggcccttgattgatggaataatgctaaattttgtcttgtaaacaatgtagaacccctgatctatcttgATGTTTAT-GT-CCATGT---AA-----------GCTTGA---ATGA--TTTTTTT----AACGG----GC-TG-TATC------------AG------ACCAGAGTTATAGT---CCT---TG-C----T---TG--------ATAAAAAA----A-TGC--AGTTT---T--T---T-GTCTC----ATTAACT---CT-----A-TG--TCACCTTT-----------ACAT--TTCATCA-GA-TCT--TGGTC---AGAATG--------------AAA-TAAT---C---ATC--CA----GTCTTT-------TTG-----GA-CC-AGAATGGACATG-TT--T--A-TGGCA--C------TT-GAT-TG--------------T-TTTT-----GC---CT----TAT--A-AA--CA-TTGTA----G-------T-A---------GCATTAC---TT---TT-----CA--TTGGAT-TGT--G---GCCCTA-CT-T-GATCAGAAT
gi|6 : TG----AA--------C-AG-AAA-------------TG------AC-AGGGTTAGATG---CCTCAATT-T----T---TAT-------G----AAA----C-TGGTGA---T---TG-T---T-GGCTT----GGTAACA---CT-----G-TA--GCACATTGAGTTAAGT-TTGAATT-GTGACCA-AA-CTT--GATTG---A-AATGTTATTGGAC-ATAGAGC-T--CTGGCGA-GTG---------TTTGTGGT--GGCCATATCTGA-CC-AGAATGG-CAAATAC--T--A-TGG-G--CA-TTGATT-GTT-TAAAAacattggaatttcattttctat
gi|10 : tggaC-AG-AAT-------------GG------AC-AGAGTTACGGC---CTT---TA-TTCCAT---TG--------A----AAAATG-T-TG---AT--T---T--T---T-GCCTT----GTGAATA--------------------TTTTAGTT-GAC-TAAAA---TTAA-----A-CT-----GT----------TTATT-GGC-ATGAAAG-C--T---CAG-ATG---G----GTTGTTAATATAGCTTGACCAGA-CT-AGAATCGACAGT-GT--T--aaatcagaaaattgcaaggtatataaataagaaccttcattttgatatattttccggactcaaatagtcaaaatagttttaaatactaaagctcagctgaactt
gi|14 : gtcattgaattttacaacctgccagatcaatc-AAT-------------GG------AC-ATAATACTAATAGATCT---TGAT----TAA-TA--------G----AAAAAA-C-TG---A---TC--T--T---T-GCCTT----GTTAATAGG-CTACATCG-TA--ACACTATCAGTTGTTA-TTGGATC-TTGACAT-AA-CTT--GG-TG---AGAATGTTATT-AATTATGGgcttcccttggatg
gi|11 : ----AAG----C-TG---A---T---G--TG--T-GTCTT----GTTGACA---TT-----G-TA--GTACCTTTA------A-TGTGATC-TTGATC---A-ATCATGGGCG----GAACATTA-T-GAT-ATGAA----------CGA-GGA--C--------TTCAAC-CGGCCAATTCAAA-CC-AGACCGTACAGG-CT--T--C-CGG-C--CC-TTAAAT-GAT-TGAAAACTGT-T-GA-T-ATTT-----GC---AT----TGT--A-AA--CA-cagt
gi|3 : tgtttaatgaaaCTC----TTAAACA---CT-------TA--TCACCTTTAGCTTTCA-TCAGATCGTTAACAC--A-CTC--TA-TC---AGAATATTACT-TGCAATAAAAGCT--T---TGT------CG----ATTTTCAAA-TGGCTAGATCTGA-CC-AGAATGGTTAGA-GT--T--A-TGA-A--CT-TTCATT-AAC-TGATAAATCC-T-AA-TATTTC-----GTC--AT----CAT--T-A---------------------------------------------CT---TT-----CA--TGAAAT-CGT--G---ACCAAA-CT-TAGGTT-GCATG-TTAATGTCACT-G-AAGGC---ACAGAGGAGTTC---TTT---A-ACCGGCT---ATATCG----GACTTACTAT-TAA----AACGAAC----CTT--T--T--C--TGCTTG-----------C--AAAAT-TCCAA-AA------T-TGTGC----CTTGT-AA------ATATTGTAG--TAG---GTT----TATATTC--CAT-CAGATCGT-GGC-CAGGCTT-GTTAAATTGTTTATCGGCAT-GT-TAT-T-Attc
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcag----GTAAATAATTCT-----T-TAATTCACCTTTAGTT-----TTCA-CC-TTA-TCTAGA-CCA--AAGCAGCCAAAATGTTATT-GACAATGCAAA-C--T---CAG-ATG--AG----TTATTGGAC-TAGTGGTATC---------AA---ACAGA-GT--TGCA-T------CC-TTGATT-GAT-TGAAAAATAT-T-CA-T-TTTT-----GCCTCATGAGCTCTGGT-AT--TA-CC-T-----G-------T-A---------G---------TT---CT-----AA--TTAGAT-CAT--G---AACAAA-GC-T-CGTCAAAGTG-TTGCTGACCGT-A-AAAGC---TGTGATGAGTTC---ATG---A-ACCAGCT---ATATCA----A-------AC-GAA----AA-GAACAGA-GTC--G--TGGC--C-CTTTATTGATTC--
gi|7 : GAATGTTTAT-GTCCATGAAAG-T--T---TGG-ACAAGCA----CTAA--AAC-CAGCAATATCCAA-CT-AAAAAGGACAGA-GT--T--A-TGG-C--CC-TTGATG-GATGTAAAAAAAG--A-AG----CTA-----AT---AT----TAT--A-AG--CG-CTAT-----GTCACATTT-A---------A---------TT---TT-----CA--TCTGAT-CTT--G---ACCTTA-TT-T-GGTTAGAATG-TTACTGATAAT-A-AAAGC---TTCAGTGAGTaccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|8 : attgatctacatggaaaaatctttttttttgtctcaaaactgtctagcatgttctgtttttatctgactgtgaataaacatgggctATGTTTAT-GTCCATGTAAG-C--T---TGA-ATG--AT----TTTTTTAAC-GGGCTGTATCAGA-C----------CAGA-GT--T--A-TAG-T--CC-TTGCTT-GAT-AAAAAAATG--C-AGTT-TTTT-----GT---CT----CAT--T-AA--CT-CTAT-----G-------TCA---------C---------CT---TTA----CA--TT-------T--C---ATCAGATCT-T-GGTCAGAATG-------------A-AATAA---TCAT-CCAGTCT----------------------TTTTG----G-------AC-CAG----AATGGACAT--GTT--TA-TGGC--A-CTTGATT-GT----------------------------T-TTTGC----CTTAT-AA------ACATTGTAG--TAG---CAT----TACTTTT--CAT-TGGATTGT-GGC-CCTACTT-G-----------ATCAGAAT-tttagaaacagcgttatcaacccaaagtgga
gi|10 : A----TTTTACAAC-CTGCCAGATC-AA-TCCAGAATGGACAGA-GT--T--A-CGG----CC-TTTATTCCAT-TGAAAAATGT-T-GA-T-TTTT-----GC---CT----TGT--G-AA--TA-T--T-----T-------T-A---------G---------TT-----------------GAC-TA----------AAA--------TTAAACTGTTTATTGGC-AT-G-AAAGC---TCAGATGGG------TTG---T--TAATAT---AGCTTGACCAG-------AC-TAG----AATCGACAGT-GTTGCT--T--C--C-CTTGGacattggaatttcattttctat
gi|6 : gtcattgaAAATG-ACAGG-GT--T--A---G-ATGCC-TCAATT-TTTATGAAAC-TGG-T-GA-T-TGTT-----GG---CT----TGG--T-AA--CA-C--T-----G-------T-A---------GCACA-----TTGAGTT-----AAGTTTGAAT-TGT--G---ACCAAA-CT-T-GATTGAAATG-TTATTG--GAC-ATAGAGC---TCTGGCGAGTGT---TTG---T-GGTGGCC---ATATCT----G-------AC-CAG----AATG-GCAAATACT--A--TGGG--C-ATTGATT-GTT---TA--AAAAAATC--AGAA------A-ATTGCAAGGTATAT-AA------A-----TAA--GAA---CCT----TCATTTT--GATATATTTTCCGGACTCAAA--T-A-----------GTCAAAATAGT-TTT-A-AATACT----AAAGCTCAG--C-TGAAatg
gi|14 : tggatgaacagAATGGACATA-ATACT--AATAG-A--TC-TTGATT-AAT-AGAAAAA-AC-T-GA-T-CTTT-----GC---CT----TGT--T-AA--TA-GGCTACATCG-------T-AACACTATCAG---------TT---GT-----TA--TTGGAT-CTTGAC---AT--AA-CT-T-GGTGAGAATG-TTATTAActt
gi|20 : TGGACAAA-GT--T--A-GGG-C--CC-TTGATT-GAT-TGAACAATGC-ttatggcagt
gi|5 : AAA-GT--T--G-TGG-C--CC-TTGATT-GAT-GGAATAATGC-T-AA-A-TTTT-----GT---CT----TGT--A-AA--CA---AT-----G-------T-A---------G---------AA---CC-----CC--T--GATCTAT--C-----------T-T-GATCAGAATA-TCCAAGTCCAC-A-AAAGC---TTGAAAGAGTTC---CTG---T-GCCAATT---ATATTG-------------C-CAG----AATGAACAGA-GTT--A--TGGC--C-CTTGATTGAT----GA--AAAATGTC--A-A-----------TGT----TTTGT-TA------ACACTGT----CAT---CTT----TAGTTTT--CAT-TGGAT---------AA---T-G-----------GCCAGCAT-GT-TAT-T-----GT----CAA----------TG--ACGCA----TCTTG--AACCCA-CCATATTAAAC--------CACAATGGACAGA--agaatttggcatttgta
gi|15 : -GT--T--A-TAG-C--CC-GTAATT-TAT-TGAAACATGCAC-A--T-TTTT-----AC---A-------------A--CA-C---------------------------------------C---TT-----CA-----GAT-T------------------T-GGTCACAATG-TTACTGGCAAT-G-AAATC---TCAAACCAG-CCAGATTG---T-ACCAGgttatgacccattattggtgaaaaaatactaatt
gi|9 : --A-TGG-A--CCATTGATT-GAC-TGAAA-ATGCAC-A--T-GTTT-----GT---CT----TGT----AA--CAACTGC-----ACT-----T-A---------AAT-------TT---TT-----CA--TCAGAG-TAT--G---AACAA--TT-T-GGACAGAATG-TTATTGGCAAT-G-CAAAC---TTGGACG-GTCaattgacatgttttatgtgggacacttgat
gi|3 : aatttgaatcagaattttaaagacaaaacttttgacaagttcttcaaccatacacattgaatccaaG-A--CC-ATGATT-GAT-AGAAAAAGGC---AG-C-TCTT-----AA---AC----ACT--T-AT--CA-CCTT-------------T-A---------G---------CT---TT-----CA--TCAGAT-CGT--T---AACACA-CT-C-TATCAGAATA-TTACTTGCAAT-A-AAAGC---TTTGTCGA-TTT---TCA---A-AT--GGCTAGATCT------G-------AC-CAG----AATGGTTAGA-GTT--A--TGAA--C-TTTCATT-A-----------ACTGAT--A-AA------T-----C----CT-----A------ATATTTCGT--CAT---CAT----T-ACTTT--CAT-GAAATCGT-GAC-CAAACTTAG-----------GTT-GCAT-GT-TAA-T-GTCACT----GAA----GG--CACAGAG-GAG---TTCTTT--AACCGG-CTATATCGGACTTACTATTAAAAC-GAACCTT--T---------TC------TGC---TTGC-----AAAAT----------TC-CAAAATTG-T------GCCTTGTAAAT----ATTGTAGTAGGTTTA-TA---TTCCATCAGATC---GTGGCCA-----GGCT---------TG---TTAAATTGTTTATaataaagggctgta
gi|7 : ttggaaaaat-T-TTTT-----GT----------CT--C-AA--AA-CTGT-----C-------T-A---------GCATGTTCTGTT---TT-----TA--TCTGAC-TGT--G---AATAAA-CA-T-GGGCTGAATG-TTTATGTCCAT-G-AAAGT---TTGGACAAGCAC---TAA---A-ACCAGCA---ATATCC----A-------AC-TAA----AAAGGACAGA-GTT--A--TGGC--C-CTTGAT-------------GGATGTA--A-AAAAAGAAG-CTAAT----ATTAT-AA------GCGCTATGT--CAC---ATT----TAATTTT--CAT-CTGATCTT-GAC-CTTATTT-G-----------GTTAGAAT-GT-TAC-T-GATAAT----AAA----AG--C-TTCAGTGAG---TT-TTAG-AAACAG-CGTTATCAcggcatgttatta
gi|4 : attgatctacatggaaaaatctttt---AT----TCT--TTAATTCA-CCTT-------------T-A---------G---------TT---TT-----CA--CC---T-TAT--CTAGACCAAA-GC---AGCCAAAATG-TTATTGACAAT-G-CAAAC---TCAGATGAGTTA---TTG---G-ACTAG---------TG----GT------AT-CAA----A-----CAGA-GTT-------GCATC-CTTGATT-GATT--GA--AAAATATT--C-AT------T-TTTGC----CTCAT-GA------GC--TCTGG--TATTACCTG----TAGTTCT--AAT-TAGATCAT-GAA-CAAAGCT-C-----------GTCAAAGT-GT-TGC-T-GACCGT----AAA----AG--C-TGTGATGAG---TTCATG--AACCAG-CTATATCAAAC--------GAAAA-GAACAGA--acccaaagtgga
gi|17 : gtaaata-------T-A---------A---------TT---TT-----CA--TTGGAA-CAT--G---ACTAAA-TT-G-GGTCCGAATA-TTATTTACgtcgtggccctttattgattcaccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|16 : ttaatacgtcttgtaaacaccgatgcaccat---------G---------TT---TT-----CA--TTAAAT-CAT--G---ATCAAA-TT-T-TATCAAAGTG-TTATAGTCTGT-A-A---C---TCAGATGAGTCtgtgcaagctcgaaaga
gi|19 : gtattggctttc-----CA--TTGGAT-TGT--G---ATCAAA-CT-T-GATCACAATT-TTATTGACCATGA-AAAGACTCTT-GATGAGTTC---TTG---aggaaccaactatacttagccaaa
gi|18 : C-T-TGTCAGGATG-TTTATATCCAT-G-GAACA---T-ATATGAGTTC---TTG---A-ATCAATC---ATATTG----C-------ACCTAA----AACAA-CAGA-GCT--A--TGGC--C-CTT
gi|9 : ctgtccctTCAGAATT-TTA---AAGAC-A-AAACT---TTTGACAAGTTC---TTC---A-ACCATAC---ACATTG----A-------AT-CCA----AATG----------------GAC--C-ATTGATTGA--C--TG--AAAATGC---A-CA------TGTTTGT----CTTGT-AA------CAACT---G--CA----CTT----AAATTTTT-CAT-CAGAGTAT-GAA-CAA-TTT-G-----------GACAGAAT-GT-TAT-T-GGCAAT----GCA----AA--C-TTGGACG-------GTCAATAAAGGG-CTGTA
gi|6 : aatttgaaTG----G-------AT-GAACAGAAATGA-CAGG-GTT--AGATG----C-CTCAATT-TTTA--TG--AAACTGGT--G-AT------T-GTTGG----CTTGG-TA------ACACTGTAG--CAC---ATTGAGTTAAGTTT--GA-----ATTGT-GAC-CAAACTT-G-----------ATTGAAAT-GT-TAT-TGGACA-T-----AG----AGCTC-TGG--CGAG----TGTTTG-TGGTGG-CCATATCTGAC--------CAGAA-TGGCAAA--TACTATGGGCAT------TGA---TTGTTTAAAAAAAT-C-AGAAAATTG-CAA------G------GTA-TATAAATAAGAACCTT--CATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCA-----AAAT--------A-G---TT---TTAAATACT--A----AA-GCTCAGCTGAACTT
gi|10 : AG----AATGGACAGA-GTT--A--CGGC--C-TTT-----ATTCCATTGAAAAATGTT--G-AT------T-TTTGC----CTTGT-GA------ATAT--------------TT----TAGTT----------GACTAA-AAT-TAAACT--------------GT--------T-TAT-T-GGCA-T----GAA----AG--C-TCAGATGGG---TTGTT-A-ATATAG-CTTGACCAGAC--------TAGAATCGACAG---T---------GT------TGC---TT
gi|5 : gtcattgaattttacaacctgccagatcaatccAAA-GTT--G--TGGC--C-CTTGATT-GATG--GA--ATAATGCT--A-AA------T-TTTGT----CTTGT-AA------ACAATGTAG--AAC---CCC----TGATCT----------AT------------CTT-G-----------ATCAGAAT-----AT-C-CA-AGTCCACAAA----AG--C-TTGAAAGAGTTCCTGT-GC-CAAT----TATATTG--C--------CAGAATGAACAGAGTT---------ATGGCCCTTGA---TTG---------AT-G-AAAAA--TGTCAA------T------GTTTTGTTAAC----ACTGT--CATCTTTAGT----TTTCATTGGATA---ATGGCCA-----G--C--------ATG---TT--ATTGTCAATG--AC---GCATCT----TGAACCCACCATATTAAACCACAAT--GGACAGAGTcccttggatg
gi|12 : --AAAATAT-----AA------T-GTTGC----CTTGT-GA------ACCTTC-A----------TT----CAGTTTT--AAT-AAAATCAT-GAT-AACACTT-G-----------GCCAGAAT-Gtatgacccattattggtgaaaaaatactaatt
gi|7 : tgtttatgcccatgaaatgttaagcatgttctttaaatggctagatcaggtcagaatttacagacttaggacttttgcttgataaa------T-TTTGT----CTCA--AA------ACTGTCTAG--CAT---GTT----CTGTTTT--TAT-CTGACTGT-GAA-TAAACAT-G-----------GGCTGAAT-GT-TTA-T-GTCCAT----GAA----AG--T-TTGGACAAG---C-ACTAA-AACCAG-CAATATCCAACT-------AAAAA-GGACAGAGTT---------A-------TGGCCCTTGA-----TGGAT-GTAAAAA------AAGAAGCTA------ATATTATAAGC----GCTATGTCACATTTA----ATTTTCATCTGATC---TTGACC
gi|14 : attgatctacatggaaaaatcttttt-TTTGC----CTTGTTAATAGGCTACATCGTAA--CAC---TAT----CAGTTGT--TAT-TGGATCTT-GAC-ATAACTT-G-----------GTGAGAAT-GT-TAT-T-AAttatttggttagaatgttactgataataaaagcttcagtgagttttagaaacagcgttatcaacccaaagtgga
gi|13 : aatggacataatactaatagatcttgattaatagaaaaaactgatc-TTTGT----TTTGT-TA------GCACCGTGA--CAC---CTT----TAATGTT--CAT-CGGATTCT-GGC-CAAATTT-A-----------ACCATATT-CT-TAT-T-GGCCAT----CAA----AG--C-TTGGACCAAT--TTTTTG----TCGG-CATTATCGGGC--------CAGAA-ttatggcagt
gi|11 : taccttaattatgcattctgatgTGT----CTTGT-TG------ACATTGTAG--TAC---CTT----TAATGT---------GATCTT-GAT-CAATCAT-G-----------GGCGGAAC-AT-TAT-ttgcc
gi|17 : tgtttaatgaaaaagctgatgtgGT----CTTGT-AA------ACA--CCGATGCAC---CAT----TAATTTT--CAT-TGGAACAT-GAC-TAAATTG-G-----------GTCCGAAT-AT-TAT-T-TACTGT----GCA----AG--C-TCGAAAGAgatatgaacgaggacttcaaccggccaattcaaaccagaccgtacaggcttccggcccttaaatgattgaaaactgttgatatttgcattgtaaacattc
gi|16 : ttaatac---CTT----TCGTTTT--CAT-TAAATCAT-GAT-CAAATTT-T-----------ATCAAAGT-GT-TAT-
gi|2 : gtattggTTT--CAT----ATTGT-AAA-CAGAGTT-G-----------ATCAGAAT-GA-TAT-T-AACAAT----GAA----TT--T-TCAGACAGA---T--TTG---ACCGG-CTGTATT--------------GAG-TAATACA--T---------AT------TGA---TTGagtctgtaactcagatgagtcaggaaccaactatacttagccaaa
gi|8 : tagttaaatgttatcagatttactaactataaaagtttggaccgtaatatcaaatcagagtggcaagggttataacagttgactgaaagaaatgtggattgctcgccttcagtgtacctacttaaacataA----AG--C-TTGAATGAT---TTTTTTA-A--CGGGCTGTATCAGAC--------CAGAG-TTATAGT--C---------CT------TGC---TTG---------ATAA-AAAAA--TG-CA-------GTTTTTTGTCTCATTAAC----TCTATGTCACCTTTA-CA---TTTCATCAGATC---TTGGTCA-----GAgtcatcattgtttgaaaaatgctgatttttcccttgtatacacactgtgtcacattaaacacattgggtcaggatttaacttatcagtttattgacaataaaaagcttcgactactttttgaactgatctagtttggacatgttttttactattgacatttaaaccgatgcattttgcattatatacactctagcacctttgactttgacatcgaatcgcggcacaacttggtcaaaaggtgtatataaaacagc
gi|9 : atgtttatgtccatgt---------AT------TGA---TTG--------ACT-G-A-AAA--TG-CACATGTT-T------GTCTTGTAACA----ACTGC-AC----TTAA-AT-TTTTCATCAGAGT---ATGAACA-----ATTTGGACAGA-ATG---TT--ATTGGCAATGCAA----AC-Tatgaaataatcatccagtctttttggaccagaatggacatgtttatggcacttgattgtttttgccttataaacattgtagtagcattacttttcattggattgtggccctacttgatcagaatacattggaatttcattttctat
gi|13 : aatttgaatcagaattttaaagacaaaacttttgacaagttcttcaaccatacacattgaatccaaatggacc------GTTTTGTTAGC----ACCGTGACACCTTTA--ATGTT--CATCGGATT---CTGGCCAAATTTAACC--------ATATTCTT--ATTGGCCATC--A----AA-GCTTGGACCAATTTTTTG-TC-GGC--ATTATCGGGCCAGAATtggacggtcaataaagggctgta
gi|16 : taccttaattatgcattctgatgtttGTTTTCATTAAATC---ATGATCA-----AATTTTATCAAAGTG---TT--ATAGTCTGT---A----AC-TC--AGATGAtgcc
gi|19 : gtattggctttcCATTGGATT---GTGATCA-----AACTTGATCACAATT---TT--ATTGACCATG--AAAAGAC-TCTT-GATGAG--TTCTgtcaggaaccaactatacttagccaaa
Alignments
lowQualScore : 6666666666666 222 4444 2 11111 333 1 1 2222 1111 22222222222222222222 22222222 2222222222 11 1111 555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1111111 4444444444444444444444444444 2222 1 99999999999999999999999999999999 4444444444444444444444444444444 22 1 11 111 55555555 2222 1 4444 88888888888 11
lowQualScore : 6666666666666 1 111 1111 6 2 0 666 1 1 55 55555 1 555 3 3 2222 1111 0 2 99999999999999999999 0 1 6 22 33333333 0 0 0 0000000000 66 2 444 2 1 4 1 55 44 3 1 0 0 11 4 0000 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999 77777 99 0 66 4444 5 6 1 6 5 7777777 3 33 222 1 4 555 222 4444 7777777 2 4 5555555555555555555555555555 3 44 1 7777 55 55 77 1 4 4 5 6 5 0 0 0 88 22 1 8888 99 4 0 00000000000000000000000000000000 9999999999999999999999999999999 11 00 7 3 88 333 00000000 3 3333 1 2 2222 3 66666666666 1 66 6
lowQualScore : ............. . ... .... . . . ... . . .. ..... . ... . . .... .... . . .................... . . . .. ........ . . . .......... .. . ... . . . . .. .. . . . . .. . .... . ................................................... ..... .. . .. .... . . . . . ....... . .. ... . . ... ... .... ....... . . ............................ . .. . .... .. .. .. . . . . . . . . . .. .. . .... .. . . ................................ ............................... .. .. . . .. ... ........ . .... . . .... . ........... . .. .
lowQualScore : 0000000000000 0 000 5555 0 5 0 000 0 0 55 00000 0 000 3 3 7777 0000 2 5 00000000000000000000 6 4 4 44 88888888 6 3 3 3333333333 44 8 444 2 4 4 8 00 66 3 0 2 7 55 0 1111 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 88 0 99 1111 0 5 9 2 3 4444444 8 66 777 0 4 444 777 5555 2222222 3 0 7777777777777777777777777777 9 66 4 7777 00 00 55 3 0 0 0 3 3 1 4 4 77 44 0 8888 00 6 0 00000000000000000000000000000000 0000000000000000000000000000000 33 77 3 3 33 333 77777777 7 7777 0 0 5555 0 00000000000 0 00 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTA--TTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-TG-ATT--T-CGCCTCGTAAACACTGTATCACCTT-----TAG-TT-T-CATNNGATCTTGANCAGA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGACAATGAAA-G-TTCGNACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCAGACCAG-AATGGACAGAGT--TA-CGGCCCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-N--A-A---------------CACTG--------TGT-------AG---------TTTT-----CATCGGATCGTGATCAAACTT-GG-TCAGAATG-TTATTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGTTA--T----GGCCCTTGAT-TGTT-T-NAA--A----ATGCT--AAAT-TTTGCCTTGTAAACACTGTAGCACCT----TTAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATT-GGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTGAAA-CGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATACTATGGGCATTGATT--G-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAACA-----CT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTACT--CAATGAACTAAAGCTCAGNTGAACTTTCTA-ACTGAA--ACAATCGGGAGAGAAT
Reference ( family-1244 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCACCTCTGGTTTTC-ATCTTAANCAAACGTTATCAGAATGTTTACGT--CCATAAAAGCTCGGAT-GANNTNCTGAANCAGAATGGACAGAGTTATGGCCCTTGNTTG---GAAAC-TG-ATT--T-TGCCTCGTNAACACTGTATCACCTT-----TAG-TT-T-CATNNGATCTTGACCNGA-CTCGGGTCAGAATGTTATTGACAATGAAA-G-TTCGNACGNGTTTTTNAACCGGCCGTATCAGACCAG-AATGGACAGAGT--TA-TGGNCCTTGATTGATTGAAAAATGCCGATTTTTGCNTTGT-N--A-A---------------CACTG--------TGT-------AG---------TTTT-----CATCGGATCGTGACCAAACTT-GG-TCAGAATG-TTATTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGNACCAGCCATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGTTA--T----GGCCCTTGAT-TATT-T-NAA--A----ATGTT--AAAT-TTTGCCTTGTAAACACTGTAGCACCT----TTAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATT-GACAGTGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTGAAANCGGCTATATCGGACCAGAA-GGACAGAT---------ATTGNTT--G-------AAAT--GAAAAATGCAAA----NGTCTTGTNAACA-----CTGTGNCACCTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTGGCCAAACT-------AATGTTATTGNCNATGAACT----CTTAGATGAACTTTCCGTNCTGGNCCACNATCGGGNCAGAGT
gi|1 : AATTCAAATCTA--TTTCGATCTTAATCAAACATTATCAGGATGTTCACAT--CTATAAAATCTCGGGT-GAAGTCCTGAAGCAGAATGGACAGAGTTATAATCCTTGTTTG---GAAAC-TG-ATT--T-TGCCTCGTAAATACTGTATCACCTT-----TAG-TTAG-GATGAAATCTTAATCCGA-CTCGGGTGAGAATGTTATTGACGATGGAA-A-TTCGTATACATTTTTTAATCAGCTGTATCTGATTAA-AATGGACAGAGT--TA-TGGACCTTTATTGATTGAAACATGCCAGTTTTTGTATTCT-T--A-A---------------CACGG--------TGT-------AG---------TTTT-----CATTGGATTATCATCAAACCT-GG-TCAAAATG-TTATTGACGAT-AAAAG-ATT-AGACGAGTCCTTGTATCAGGTATTTTGGAT-T-AAAATGAGCA-GAGTTT--T----GGCCCTTGGT-TATTCT-CAG--A----ATGTT--AAAT-TTTGCCTTGTAAACATTCTAACATCT----TTAA--TTTT--CATTAGATTGCGACCAAACCTGGTCGGAATG-T-TATT-AACAGTAAAAGCTGGAA-CGAACTGTTGAAAACGGCTGTATCAGACAAGAA-GGACAGAT---------ATTGGTTGCG-------GAAT--GAGAAATGCAAAAGGCGGTCTTGTAAACA-----CTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGA-TT--GTGATCAAACT--------ATGTTATTGTCTATGAACT----CTTAGATGAACTTTCTA-ACTGAA--ACAATCGGGAGAGAA
gi|10 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaGAATTTTACAACCTGCCAGATCAATCCAG-AATGGACAGAGT--TA-CGGCCTTTATTCCATTGAAAAATGTTGATTTTTGCCTTGT-G--A-A---------------TATT---------T-T-------AG---------T------------------TGACTAAAATT------AAACTGTTTATTGGC-AT-GAAAG-CTC-AGATGGGTTGTTAATATAGCTTGACCAGAC-T-AGAATCGACA-GTGTTG--C----TTCCCTTGaaacatatttataacactggataaactgaaaaatgttga
gi|11 : gtcattAAGC-TG-ATG--TGTGTCTTGTTGACATTGTAGTACCTT-----TA--------ATGTGATCTTGATCAAT-CATGGG-CGGAACATTAT-GATA-TGAA----------CGAGGACTTCAACCGGCCAATTCAAACCAG-ACCGTACAGGCT--TC-CGGCCCTTAAATGATTGAAAACTGTTGATATTTGCATTGT-A--A-A---------------CATTgatg
gi|12 : tgtttaatgaaaTGTTTATGCCCATGAAATG-TT-AAGCATGTTCTTTAAATGGCTAGATCAGGTCAG-AATTTACAGACT--TA-GGACTTTTGCTTGATAAAAAAATAT--AATGTTGCCTTGT-G--A-A---------------C-CTT--------CATTC-----AG---------TTTT-----AATAAAATCATGATAACACTT-GG-CCAGAATG-c
gi|13 : -TTTGTTTTGTTAGCACCGTGACACCT----TTAA--TGTT--CATCGGATTCTGGCCAAATTTAACCATATTC-T-TATT-GGCCATCAAAGCTTGGACCAATTTTTTG---TCGGCATTATCGGGCCAGAA-
gi|14 : taccttaattatgcattctgatg-AATGGACATAATACTAATAGATCTTGATTAATAGAAAAA-ACTGATCTTTGCCTTGT-T--A-ATAGGCTACATCGTAACACTA--------T-C-------AG---------TTGT-----TATTGGATCTTGACATAACTT-GG-TGAGAATG-TTATTAATTAT-ttgcc
gi|15 : GT--TA-TAGCCCGTAATTTATTGAAACATGCACATTTTTAC---------A-A---------------CACC--------------------------------TT-----CA---GAT-----------TT-GG-TCACAATG-TTACTGGCAAT-GAAA--------------TCTCAAACCAGCCAGATTGTAC-C-AGAATTGACATGTTTTA--TGTGGGACACTTGAT-ggcagt
gi|16 : G---------TTTT-----CATTAAATCATGATCAAATTT-TA-TCAAAGTG-TTATAGTCTGT-AA----CTC-AGATGAG-TCAGGAACCAACTATA
gi|17 : gtattggctttcGTCTTGTAAACACCGATGCACCA----TTAA--TTTT--CATTGGAACATGACTAAATTGGGTCCGAATA-T-TATT-TACTGTGCAAGCTCGAA-AGActtagccaaa
gi|18 : ttaatacCTT-G--TCAGGATG-TTTATATCCAT-GGAA--CAT-ATATGAGTTCTTGAATCAATCATATTGCAC-CTAAAACA-ACA-GAGCTA--T----GGCCCTT
gi|19 : ctgtccct-----CATTGGATTGTGATCAAACTT-GA-TCACAATT-TTATTGACCATGAAAAGACTCTTGATGAGTTCTTG
gi|2 : TAGTTAAATGTTATCAGA---TTTAC-TAACTATAAAAGTTTGGACCGTAATATCAAATCAGAGTGGCAAGGGTTATAACAGTTGACTGAAAGAAATGTGGATTGCT-CGCCTT-----CAGTGTACCTACTTAAACATA--TT-T-CAT---ATTGTAAACAGA-GTTGA-TCAGAATGATATTAACAATGAAT-T-TTCAGACAGATTT---GACCGGCTGTATTG----AGTAAT--ACATATT--GA-TTGGTCATCATTGTTTGAAAAATGCTGATTTTTCCCTTGTAT--ACA---------------CACTG--------TGT-------CA---------CATTAAACACATTGGGTCAGGATTTAACTT--A-TCAG--T--TTATTGACAATAAAAAG-CTT-CGACTACTTTTTGAACTG---AT------C-T-AGTTTGGACA-TGTTTT--T----TACTATTGA--CATT-T-AAACCG----ATGC-----AT-TTTGCATTATATACACTCTAGCACCT----TTGA--CTTTGACATCGAATCGCGGCACAACTTGGTCAAAAGG-TGTAT
gi|20 : TGGACAAAGT--TA-GGGCCCTTGATTGATTGAACAATGCAGAATTTGGCATTataaaacagc
gi|3 : TGATT--G-------ATA---GAAAAAGGCAG--------CTCTTAAACA-----CT-TATCACCTTTA----GCTTTCATCAGA-TC--GTTAACACACTCTATCAGAATATTACTTGCAATAAAtgta
gi|3 : ttggaaaaatgaccaCTCTTAAACACT-TATCACCTT-----TAGCTT-T-CATCAGATCGTTAACACA-CTCTA-TCAGAATATTACTTGCAATAAAA-GCTTTGT-CGA--TTTTCAAATGGCTAGATCTGACCAG-AATGGTTAGAGT--TA-TGAACTTTCATTAACTGATAAATCCTAATATTT-CGTCAT-C--A-T---------------TACT--------------------------------TT-----CATGAAATCGTGACCAAACTTAGG-TT-GCATG-TTAATGTCACT-GAAGG-CAC-AGAGGAGTTCTTTAACCGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TA-AA---A--C----GAACCTTTTC-TGCT-TGCAA--A----AT-TCCAAAAT-TGTGCCTTGTAAATATTGTAGTAGGT----TTAT--ATTC--CATCAGATCGTGGCCAGGCTT-GTTAAATTGTT-TATC-GGCAagctttgtcgattttcaaatggctagatctgaccagaatggttagagttatgaactttcattaactgataaatcctaatatttcgtcatcattactttcatgaaatcgtgaccaaacttaggttgcatgttaatgtcactgaaggcacagaggagttctttaaccggctatatcggacttactattaaaacgaaccttttctgcttgcaaaattccaaaattgtgccttgtaaatattgtagtaggtttatattccatcagatcgtggccaggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagTCACCTT-----TAG-TT-TTCACCTTATCTAGACCAAAGC---AGCCAAAATGTTATTGACAATGCAA-A-CTCAGATGAGTTATTGGACTAGTGGTATCAAAC-----------AGAGT--TG-CA-TCCTTGATTGATTGAAAAATATTCATTTTTGCCTCAT-G--A-G---------------CTCTGGTATTACCTGT-------AG---------TTCT-----AATTAGATCATGAACAAAGCT-CG-TCAAAGTG-TTGCTGACCGT-AAAAG-CTG-TGATGAGTTCATGAACCAGCTATATCAAAC-G-AAAA-GAACA-GAGTCG--T----GGCCCTTTAT-TGAT-T-C---------ACCTT--CAAT-TTTtgttatta
gi|4 : gtaaataattctttaatCACCT----TCAA--TTTT--CATCAGATT-TTATTAAATTTGGTGAAACTG-T-Tcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|4 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgatt-------AA---------TTTT-----CATCAGATT-TTATTAAATTT-GG-TGAAACTGTTTATAGGC-AT-AAAtataggcataaa
gi|5 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgattcaccttcAAAGT--TG-TGGCCCTTGATTGATGGAATAATGCTAAATTTTGTCTTGT-A--A-A---------------CA--A--------TGT-------AG------------------AACC----CCTGATCTATCTT-GA-TCAGAATA-TCCAAGTCCAC-AAAAG-CTT-GAAAGAGTTCCTGTGCCAATTATATTG--C-C-AGAATGAACA-GAGTTA--T----GGCCCTTGAT-TGAT-G-AAA--A----ATGTC--AA-----TGTTTTGTTAACACTGT--CATCT----TTAG--TTTT--CATTGGAT-------AA---TGGCCAGCATG-T-TATT-GTCAATGA-----CGCA------TCTTG-AACCCACCATATTAAACCACAATGGACAGA
gi|6 : GAA-C-AGAAATGACA-GGGTTAGAT----G--CCTCAAT-TTTTAT-GAA--A----CTGGT--GATT-GTTGGCTTGGTAACACTGTAGCACATTGAGTTAA--GTTT------GAATTGTGACCAAACTTGATTGAAATG-T-TATTGGACA-T-AGAGCTCTGG-CGAGTGTTTG-TGGTGGCCATATCTGACCAGAA-TGGCAAATACTATGGGCATTGATT--GTTTAAAAAAATCAGAAAATTGC-AA----GGTA-TATAAATAAGAACCT---TCATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCAAAAT-------AGTTTTA-----AAT--ACTAAAGCTCAGCTGAACTTgttatgacccattattggtgaaaaaatactaatt
gi|7 : tggatATGGAAAAAT-----CTTTTTTTTTGT-CTCA-A---------------AACTG--------TCT-------AGCATGTTCTGTTTT-----TATCTGACTGTGAATAAACAT-GG-GCTGAATG-TTTATGTCCAT-GAAAG-TTT-GGACAAGCACTAAAACCAGCAATATCCAAC-T-AAAAAGGACA-GAGTTA--T----GGCCCTTGATGGATG-T-AAA--AAAAGAAGCT--AA-----TA--TTATAAGCGCTATGTCACAT----TTAA--TTTT--CATCTGATCTTGACCTTATTTGGTTAGAATG-T-TACT-GATAATAAAAGCTTCAG-TGAGTTTTAGAAA-CAGCGTTATCAACCCAAA
gi|8 : attgatctacATGTTTATGTCCATGTAA-G-CTTGAATGATTTTTTTAACGGGCTGTATCAGACCAG-A---------GT--TA-TAGTCCTTGCTTGATAAAAAAATGCAGTTTTTTGTCTCAT-T--A-A---------------CTCTA--------TGTCACCTTTAC---------ATTT-----CATCAGATC----------TT-GG-TCAGAATG---A-----AAT-AA----------------TCAT---CCAGTCTTTTTGGAC-C-AGAATGGACA-TGTTTA--T----GGCACTTGAT-TGT------------------------T-TTTGCCTTATAAACATTGTAGTAGCA----TTAC--TTTT--CATTGGATTGTGGCCCTACTTGATCAGAATgtgga
gi|9 : AATTT-GAATCAGAATT-TTA---AAGAC-AAAAC-TTT-TGACAAGTTCTTCAACCATACACATTGAAT-C-CAAATGGAC------------------CATTGAT-TGAC-T-GAA--A----ATGC---ACATGTTTGTCTTGTAACAACTG---CAC------TTAAATTTTT--CATCAGAGTATGAACAA-TTTGGACAGAATG-T-TATT-GGCAATGCAAACTTGGA-CG-GTCAATAAAG--GGCTGTAacattggaatttcattttctat
Alignments
lowQualScore : 222 2222 1 1111 111 22222 111 111 11111 333333333333 111 33333333 2222222222 5555555555555555555555555555555555555555 1111111 333333333333333333333333333 111111 11 1 1111 22 5555555555555 444444444444 2222 111 22 1 11 777777777777777777777777777777
lowQualScore : 111 5555 1 5 1 1 1 22 22 1 2222 777 33333 2 111 2 111 66666 222222222222 111 3 1 2 11111111 2 2 1111111111 5 2 555 11 2 4 1 88 66 2 0 1 33 77 3 0 4444444444444444444444444444444444444444 6 0 2 3333 0 8 2 4 6 5555555 3 000 1 4 555 3 9999999999999999 1 444444444444444444444444444 2 3 000000 33 1 7777 44 44 77 0 6 3 5 0 0 0 88 22 1 00 1 77 0 1111 55 999 4444444444444 000000000000 1 8888 666 00 7 3 88 1 000000000000000000000000000000 0 1 7 4
lowQualScore : ... .... . . . . . .. .. . .... ... ..... . ... . ... ..... ............ ... . . . ........ . . .......... . . ... .. . . . .. .. . . . .. .. . . ........................................ . . . .... . . . . . ....... . ... . . ... . ................ . ........................... . . ...... .. . .... .. .. .. . . . . . . . .. .. . .. . .. . .... .. ... ............. ............ . .... ... .. . . .. . .............................. . . . .
lowQualScore : 000 0000 0 0 0 0 0 00 00 0 0000 777 33333 5 777 5 000 77777 333333333333 888 0 0 2 22222222 4 1 6666666666 4 7 333 00 9 4 8 22 88 3 7 4 00 22 6 2 9999999999999999999999999999999999999999 3 2 9 9999 1 8 1 0 2 5555555 8 777 0 4 444 5 2222222222222222 4 777777777777777777777777777 6 6 555555 99 8 1111 66 66 33 4 7 3 3 1 4 4 77 44 0 22 8 33 0 3333 00 000 8888888888888 333333333333 0 3333 333 77 3 3 33 0 333333333333333333333333333333 7 0 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTA--NCACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAA-G-CTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGCCCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCGTGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTG-NT-T-NAA--A----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
Reference ( family-1244 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTA--TCACCTT-----TAG-T-----T-T-CATNNGATCTTGANCAGA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGACAATGAAA-G-TTCGNACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCAGACCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGCCCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATCGGATCGTGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTATTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTG-TT-T-NAA--A----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AAACGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATACTATGG-GCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATGAACTAAAGCTCAGNTGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : AATTCAAATCTATTTCGATCTTAATCAAACATTATCAGGATGTTCACAT--CTATAAAATCTCGGGT-GAAGTCCTGAAGCAGAATGGACAGAGTTATAATCCTTGTTTG---GAAAC-T-GATT--T-TGCCTCGTAAATA---CTGTA--TCACCTT-----TAG-T-----TAG-GATGAAATCTTAATCCGA-CTCGGGTGAGAATGTTATTGACGATGGAA-A-TTCGTATACATTTTTTAATCAGCTGTATCTGATTAA-AATGGACAGAGTTA-TGGACCTTTATTGATTGAAACATGCCAGTTTTTGTATTCT-TA-ACACGG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATTATCATCAAA-CCT-GG-TCAAAATGTTATTGACGAT-AAAAG-ATT-AGACGAGTCCTTGTATCAGGTATTTTGGAT-T-AAAATGAGCA-GAGT--TT--T----GGCCCTTGGTTA-TTCT-CAG--A----ATGTT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACATTCTAACATCTT----TAA--TTTT--CATTAGATTGCGACCAAACCTGGTCGGAATG-T-TATTAACAGTAAAAGCTGGAA-CGAACTGTTGAAAACGGCTGTATCAGACAAGAA-GGACAGATAT--TGG----TTG--CG-------GAAT--GAGAAATGCAAAAGGCGGTCTTGTAAAC----ACTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGA-TT--GTGATCAAACT--------ATGTTATTGT--CTATGAACT----CTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaGTCTTGTAAACA---CTGTG--ACATTTT-----TAG-TATGTTT-T-CATCGGATTGTGATCAAA-CT---------ATGTTATTGTCTATGAAC-T-CTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAG-AATAAACATATTTA-TAACACTGGATAAACTGAAAAATGTTGAaaacatatttataacactggataaactgaaaaatgttga
gi|10 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaaattcaaatctatttcgatcttaatcaaacattatcaggatgttcacatctataaaatctcgggtgaagtcctgaagcagaatggacagagttataatccttgtttggaaactgattttgcctcgtaaatactgtatcacctttagttaggatgaaatcttaatccgactcgggtgagaatgttattgacgatggaaattcgtatacattttttaatcagctgtatctgattaaaatggacagagttatggacctttattgattgaaacatgccagtttttgtattcttaacacggtgtagttttcattggattatcatcaaacctggtcaaaatgttattgacgataaaagattagacgagtccttgtatcaggtattttggattaaaatgagcagagttttggcccttggttattctcagaatgttaaattttgccttgtaaacattctaacatctttaattttcattagattgcgaccaaacctggtcggaatgttattaacagtaaaagctggaacgaactgttgaaaacggctgtatcagacaagaaggacagatattggttgcggaatgagaaatgcaaaaggcgGAATTTTACAACCTGCCAGATCAATCCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGCCTTTATTCCATTGAAAAATGTTGATTTTTGCCTTGT-GA-ATATT---------T-T--AG---------TT------------GACTAAAATTAAA-CT---G-T-------TTATTGGC-AT-GAAAG-CTC-AGATGGGTTGTTAATATAGCTTGACCAGAC-T-AGAATCGACA-GTGT--TG--C----TTCCCTTG
gi|11 : gtcattTGAAA-AAGC-T-GATG--TGTGTCTTGTTGACA---TTGTA--GTACCTT-----TA-------------ATGTGATCTTGATCAAT-CATGGG-CGGAACATTAT-GATA-TGAA----------CGAGGACTTCAACCGGCCAATTCAAACCAG-ACCGTACAGGCTTC-CGGCCCTTAAATGATTGAAAACTGTTGATATTTGCATTGT-AA-ACATTgatg
gi|12 : tgtttaaTGTTTATGCCCATGAAATG-TT-AAGCATGTTCTTTAAATGGCTAGATCAGGTCAG-AATTTACAGACTTA-GGACTTTTGCTTGATAAAAAAATA-TAATGTT-GCCTTGT-GA-AC-CTT--------CATTCAG---------TTTT-----AATAAAATCATGATAACA-CTT-GG-CCAGAATGc
gi|13 : -TTTGTTTTGT-TA------GCACCGTGACACCTT----TAA--TGTT--CATCGGATTCTGGCCAAATTTAACCATATTC-T-TATTGGCCATCAAAGCTTGGACCAATTTTTTG---TCGGCATTATCGGGCCAGAA-
gi|14 : taccttaattatgcattctgatgAATGGACA-TAATACTAA-T----AGATCTTGATTA-AT-A-GAA--A----AAACT-GATC-TTTGCCTTGTTAATAGGCTACATCGTAACACTAT----CAG--TTGT--TATTGGATCTTGACATAACTTGGTGAGAATG-T-TATTttgcc
gi|15 : GTTA-TAGCCCGTAATTTATTGAAACATGCACATTTTTAC-------A-ACACC---------------------------TT-----CA---------GAT------TT-GG-TCACAATGTTACTGGCAAT-GAAA--------------TCTCAAACCAGCCAGATTGTAC-C-AGAATTGACATGTTT--TA--TGTGGGACACTTGATaattatggcagt
gi|16 : G---------TTTT-----CATTAAATCATGATCAAA-TTT-TA-TCAAAGTGTTATAGTCTGT-AA----CTC-AGATGAG-TCAGGAACCAACTATA
gi|17 : gtattggctttcGTCTTGT-AA------ACACCGATGCACCAT----TAA--TTTT--CATTGGAACATGACTAAATTGGGTCCGAATA-T-TATTTACTGTGCAAGCTCGAA-AGActtagccaaa
gi|18 : ttaatac-CTT-G--TCAGGATGTTTATATCCAT-GGAA--CAT-ATATGAGTTCTTGAATCAATCATATTGCAC-CTAAAAC-AACA-GAGC--TA--T----GGCCCTT
gi|19 : ctgtccct-----CATTGGATTGTGATCAAA-CTT-GA-TCACAATTTTATTGACCATGAAAAGACTCTTGATGAGTTCTTG
gi|2 : TAGTTAAATGTTATCAGA---TTTAC-TAACTATAAAAGTTTGGACCGTAATATCAAATCAGAGTGGCAAGGGTTATAACAGTTGACTGAAAGAAATGTGGATTGCT-CGCCTT-----CA---GTGTA--CCTACTTAAACATA--T-----T-T-CAT---ATTGTAAACAGA-GTTGA-TCAGAATGATATTAACAATGAAT-T-TTCAGACAGATTT---GACCGGCTGTATTG----AGTAAT--ACATATTGATTGGTCATC-ATTGTTTGAAAAATGCTGATTTTTCCCTTGTATACACACTG--------TGT--CA---------CATTAAACACATTGGGTCAGGATTTAA-CTT--A-TCAG--T-TTATTGACAATAAAAAG-CTT-CGACTACTTTTTGAACTG---AT------C-T-AGTTTGGACA-TGTT--TT--T----TACTATTGA-CA-TT-T-AAACCG----ATGC----AT-TTTGCATTAT-AT------ACACTCTAGCACCTT----TGA--CTTTGACATCGAATCGCGGCACAACTTGGTCAAAAGG-TGTAT
gi|20 : TGGACAAAGTTA-GGGCCCTTGATTGATTGAACAATGCAGAATTTGGCataaaacagc
gi|3 : ATGA-CCAT-GATTG-------ATA---GAAAAAGGCAG--------CTCTTAAAC----ACT-TATCACCTTTA----GCTTTCATCAGA-TC--GTTAACACACTCTATCAGAATATTAC--TTGCAATA----AAAGCTTTGTCG-ATTTTCAAAatttgta
gi|3 : ttggaaaaCTCTTAAACA---CT-TA--TCACCTT-----TAGCT-----T-T-CATCAGATCGTTAACACA-CTCTA-TCAGAATATTACTTGCAATAAAA-GCTTTGT-CGA--TTTTCAAATGGCTAGATCTGACCAG-AATGGTTAGAGTTA-TGAACTTTCATTAACTGATAAATCCTAATATTT----CGT-CA-TCATTA--------C----------------TTT-----CATGAAATCGTGACCAAA-CTTAGG-TT-GCATGTTAATGTCACT-GAAGG-CAC-AGAGGAGTTCTTTAACCGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TA-AA-----A--C----GAACCTTTTCTG-CT-TGCAA--A----ATTCCAAAAT-TGTGCCTTGT-AA------ATATTGTAGTAGGTT----TAT--ATTC--CATCAGATCGTGGCCAGGCTT-GTTAAATTGTT-TATCGGCAtggctagatctgaccagaatggttagagttatgaactttcattaactgataaatcctaatatttcgtcatcattactttcatgaaatcgtgaccaaacttaggttgcatgttaatgtcactgaaggcacagaggagttctttaaccggctatatcggacttactattaaaacgaaccttttctgcttgcaaaattccaaaattgtgccttgtaaatattgtagtaggtttatattccatcagatcgtggccaggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagGTAAATAATTCTTTAATTCACCTT-----TAG-T-----T-TTCACCTTATCTAGACCAAAGC---AGCCAAAATGTTATTGACAATGCAA-A-CTCAGATGAGTTATTGGACTAGTGGTATCAAAC-----------AGAGTTG-CA-TCCTTGATTGATTGAAAAATATTCATTTTTGCCTCAT-GA-GCTCTGGTATTACCTGT--AG---------TTCT-----AATTAGATCATGAACAAA-GCT-CG-TCAAAGTGTTGCTGACCGT-AAAAG-CTG-TGATGAGTTCATGAACCAGCTATATCAAAC-G-AAAA-GAACA-GAGT--CG--T----GGCCCTTTATTG-AT-T-CAtgttatta
gi|4 : CACCTT----CAA--TTTT--CATCAGATT-TTATTAAATTTGGTGAAACTGTT-TATAGGCAccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|5 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgattAAAGTTG-TGGCCCTTGATTGATGGAATAATGCTAAATTTTGTCTTGT-AA-ACA--A--------TGT--AG------------------AACC----CCTGATCTAT-CTT-GA-TCAGAATATCCAAGTCCAC-AAAAG-CTT-GAAAGAGTTCCTGTGCCAATTATATTG--C-C-AGAATGAACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTG-AT-G-AAA--A----ATGTC-AA-----TGTTTTGT-TA------ACACTGT--CATCTT----TAG--TTTT--CATTGGAT-------AA---TGGCCAGCATG-T-TATTGTCAATGA-----CGCA------TCTTG-AACCCACCATATTAAACCACAATGGACAGA-GTTATGACCCATT-ATTG---------GT--GAAAAAtaaa
gi|6 : GAA-C-AGAAATGACA-GGGT--TAGAT----G--CCTCAATTT-TTAT-GAA--A----CTGGT-GATT-GTTGGCTTGG-TA------ACACTGTAGCACATTGAGTTAA--GTTT------GAATTGTGACCAAACTTGATTGAAATG-T-TATTGGACAT-AGAGCTCTGG-CGAGTGTTTG-TGGTGGCCATATCTGACCAGAA-TGGCAAATACTATGG-GCATTGATTGTTTAAAAAAATCAGAAAATTGC-AA----GGTA-TATAAATAAGAACC-T-TCATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCAAAAT-------AGTTTTA-------AAT--ACTAAAGCTCAGCTGAACTTatactaatt
gi|7 : tggatATGGAAAAATCTTTTTTTTTGTCTC----A-AAACTG--------TCT--AGCATGTTCTGTTTT-----TATCTGACTGTGAATAAA-CAT-GG-GCTGAATGTTTATGTCCAT-GAAAG-TTT-GGACAAGCACTAAAACCAGCAATATCCAAC-T-AAAAAGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATGGATG-T-AAA--AAAAGAAGCT-AA-----TA--TTAT-AA------GCGCTATGTCACATT----TAA--TTTT--CATCTGATCTTGACCTTATTTGGTTAGAATG-T-TACTGATAATAAAAGCTTCAG-TGAGTTTTAG-AAACAGCGTTATCAACCCAAA
gi|8 : attgatctacATGTTTATGTCCATGTAA-G-CTTGAATGATTTTTTTAACGGGCTGTATCAGACCAG-A---------GTTA-TAGTCCTTGCTTGATAAAAAAATGCAGTTTTTTGTCTCAT-TA-ACTCTA--------TGTC-AC---------CTTTA----CATT---TC---ATCAGATCTT-GG-TCAGAATG--A-----AAT-AA-----TC--------------ATCCAGTCTTTTTGGAC-C-AGAATGGACA-TGTT--TA--T----GGCACTTGATTG-T-----------------------T-TTTGCCTTAT-AA------ACATTGTAGTAGCAT----TAC--TTTT--CATTGGATTGTGGCCCTACTTGATCAGAATA---CATTGG-AATgtgga
gi|9 : AA-TTT-GAATCAGAATTTTA---AAGAC-AAAAC-TTT-TGACAAGTTCTTCAACCATACACATTGAAT-C-CAAATGGAC--------------------CATTGATTG-AC-T-GAA--A----ATGC--ACATGTTTGTCTTGT-AA------CAACTG---CAC--T----TAAATTTTT--CATCAGAGTATGAACAA-TTTGGACAGAATG-T-TATTGGCAATGCAAACTTGGA-CG-GTCAAT--AAAGGGCTGTAttcattttctat
Alignments
lowQualScore : 222 2222 1 1111 111 22222 111 111 11111 333333333333 111 33333333 111 11111 555555555555555555555555555555555555555 1111111 1111 333333333333333 111111 11 1 11 5555555555555 444444444444 2222 111 22 1 11 777777777777777777777777777777
lowQualScore : 111 5555 1 5 1 1 1 22 22 1 2222 777 33333 2 111 2 000 66666 222222222222 111 2 1 11111111 1 1 000 555 5 2 555 44444 4 88 66 2 0 1 33 77 3 0 111111111111111111111111111111111111111 99 0 2 3333 0 4 2 7 6 5555555 3 000 1 4 555 3 9999999999999999 1 1 6666 222222222222222 2 3 000000 33 1 7777 44 44 77 1 0 6 3 5 0 0 0 88 22 1 00 22 77 0 7 7 88 999 4444444444444 000000000000 1 8888 666 00 7 3 88 1 666666666666666666666666666666 11 7 1
lowQualScore : ... .... . . . . . .. .. . .... ... ..... . ... . ... ..... ............ ... . . ........ . . ... ... . . ... ..... . .. .. . . . .. .. . . ....................................... .. . . .... . . . . . ....... . ... . . ... . ................ . . .... ............... . . ...... .. . .... .. .. .. . . . . . . . . .. .. . .. .. .. . . . .. ... ............. ............ . .... ... .. . . .. . .............................. .. . .
lowQualScore : 000 0000 0 0 0 0 0 00 00 0 0000 777 33333 5 777 5 222 77777 333333333333 000 5 0 22222222 0 0 111 666 4 7 333 77777 4 22 88 3 7 4 00 22 6 2 444444444444444444444444444444444444444 77 2 9 9999 1 0 1 0 2 5555555 8 777 0 4 444 5 2222222222222222 4 0 8888 888888888888888 6 6 555555 99 8 1111 66 66 33 3 8 7 3 3 1 4 4 77 44 0 22 00 33 0 3 3 88 000 8888888888888 333333333333 0 3333 333 77 3 3 33 0 777777777777777777777777777777 77 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGCCCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT-T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
Reference ( family-1244 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAAGCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGCCCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGNT-T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : AATTCAAATCTATTTCGATCTTAATCAAACATTATCAGGATGTTCACAT--CTATAAAATCTCGGGT-GAAGTCCTGAAGCAGAATGGACAGAGTTATAATCCTTGTTTG---GAAAC-T-GATT--T-TGCCTCGTAAATA---CTGTAT--CACCTT-----TAG-T-----TAG-GATGAAATCTTAATCCGA-CTCGGGTGAGAATGTTATTGACGATGGAAATTCGTATACATTTTTTAATCAGCTGTATCTGATTAA-AATGGACAGAGTTA-TGGACCTTTATTGATTGAAACATGCCAGTTTTTGTATTCT-TA-ACACGG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATTA-TCATCAAA-CCT-GG-TCAAAATGTTATTGACGAT-AAAAG-ATT-AGACGAGTCCTTGTATCAGGTATTTTGGAT-T-AAAATGAGCA-GAGT--TT--T----GGCCCTTGGTTATTCT-CAGA----ATGTT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACATTCTAACATCTT----TAA--TTTT--CATTAGATTGCGACCAAACCTGGTCGGAATG-T-TATTAACAGTAAAAGCTGGAA-CGAACTGTTGAAAACGGCTGTATCAGACAAGAA-GGACAGATAT--TGG----TTG--CG-------GAAT--GAGAAATGCAAAAGGCGGTCTTGTAAAC----ACTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGA-TT--GTGATCAAACT--------ATGTTATTGT--CTATGAACT----CTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaGTCTTGTAAACA---CTGTGA--CATTTT-----TAG-TATGTTT-T-CATCGGATTGTGATCAAA-CT---------ATGTTATTGTCTATGAACTCTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAG-AATAAACATATTTA-TAACACTGGATAAACTGAAAAATGTTGAaaacatatttataacactggataaactgaaaaatgttga
gi|10 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaaattcaaatctatttcgatcttaatcaaacattatcaggatgttcacatctataaaatctcgggtgaagtcctgaagcagaatggacagagttataatccttgtttggaaactgattttgcctcgtaaatactgtatcacctttagttaggatgaaatcttaatccgactcgggtgagaatgttattgacgatggaaattcgtatacattttttaatcagctgtatctgattaaaatggacagagttatggacctttattgattgaaacatgccagtttttgtattcttaacacggtgtagttttcattggattatcatcaaacctggtcaaaatgttattgacgataaaagattagacgagtccttgtatcaggtattttggattaaaatgagcagagttttggcccttggttattctcagaatgttaaattttgccttgtaaacattctaacatctttaattttcattagattgcgaccaaacctggtcggaatgttattaacagtaaaagctggaacgaactgttgaaaacggctgtatcagacaagaaggacagatattggttgcggaatgagaaatgcaaaaggcgGAATTTTACAACCTGCCAGATCAATCCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGCCTTTATTCCATTGAAAAATGTTGATTTTTGCCTTGT-GA-ATATT---------T-T--AG---------TT------------GACTA-AAATTAAA-CT---G-T-------TTATTGGC-AT-GAAAG-CTC-AGATGGGTTGTTAATATAGCTTGACCAGAC-T-AGAATCGACA-GTGT--TG--C----TTCCCTTG
gi|11 : gtcattTGAAA-AAGC-T-GATG--TGTGTCTTGTTGACA---TTGTAG--TACCTT-----TA-------------ATGTGATCTTGATCAAT-CATGGG-CGGAACATTAT-GA-TATGAA--------CGAGGACTTCAACCGGCCAATTCAAACCAG-ACCGTACAGGCTTC-CGGCCCTTAAATGATTGAAAACTGTTGATATTTGCATTGT-AA-ACATTgatg
gi|12 : tgtttaaTGTTTATGCCCATGAAATGTTAAGCATGTTCTTTAAATGGCTAGATCAGGTCAG-AATTTACAGACTTA-GGACTTTTGCTTGATAAAAAAATA-TAATGTT-GCCTTGT-GA-AC-CTT--------CATTCAG---------TTTT-----AATAAAATCA-TGATAACA-CTT-GG-CCAGAATGc
gi|13 : -TTTGTTTTGT-TA------GCACCGTGACACCTT----TAA--TGTT--CATCGGATTCTGGCCAAATTTAACCATATTC-T-TATTGGCCATCAAAGCTTGGACCAATTTTTTG---TCGGCATTATCGGGCCAGAA-
gi|14 : taccttaattatgcattctgatgAATGGACA-TAATACTAA-T----AGATCTTGATTAAT-A-GAAA----AAACT-GATC-TTTGCCTTGTTAATAGGCTACATCGTAACACTAT----CAG--TTGT--TATTGGATCTTGACATAACTTGGTGAGAATG-T-TATTttgcc
gi|15 : GTTA-TAGCCCGTAATTTATTGAAACATGCACATTTTTAC-------A-ACACC---------------------------TT-----CA----------GAT------TT-GG-TCACAATGTTACTGGCAAT-GAAA--------------TCTCAAACCAGCCAGATTGTAC-C-AGAATTGACATGTTT--TA--TGTGGGACACTTGATaattatggcagt
gi|16 : G---------TTTT-----CATTAAATCA-TGATCAAA-TTT-TA-TCAAAGTGTTATAGTCTGT-AA----CTC-AGATGAG-TCAGGAACCAACTATA
gi|17 : gtattggctttcGTCTTGT-AA------ACACCGATGCACCAT----TAA--TTTT--CATTGGAACATGACTAAATTGGGTCCGAATA-T-TATTTACTGTGCAAGCTCGAA-AGActtagccaaa
gi|18 : ttaatac-CTT-G--TCAGGATGTTTATATCCAT-GGAA--CAT-ATATGAGTTCTTGAATCAATCATATTGCAC-CTAAAAC-AACA-GAGC--TA--T----GGCCCTT
gi|19 : ctgtccct-----CATTGGATTG-TGATCAAA-CTT-GA-TCACAATTTTATTGACCATGAAAAGACTCTTGATGAGTTCTTG
gi|2 : TAGTTAAATGTTATCAGA---TTTAC-TAACTATAAAAGTTTGGACCGTAATATCAAATCAGAGTGGCAAGGGTTATAACAGTTGACTGAAAGAAATGTGGATTGCT-CGCCTT-----CA---GTGTAC--CTACTTAAACATA--T-----T-T-CAT---ATTGTAAACAGA-GTTGA-TCAGAATGATATTAACAATGAATTTTCAGACAGATTT---GACCGGCTGTATTG----AGTAAT--ACATATTGATTGGTCATC-ATTGTTTGAAAAATGCTGATTTTTCCCTTGTATACACACTG--------TGT--CA---------CATTAAACACATTGGGTCA-GGATTTAA-CTT--A-TCAG--T-TTATTGACAATAAAAAG-CTT-CGACTACTTTTTGAACTG---AT------C-T-AGTTTGGACA-TGTT--TT--T----TACTATTGAC--AT-T-TAAACCG-ATGC----AT-TTTGCATTAT-AT------ACACTCTAGCACCTT----TGA--CTTTGACATCGAATCGCGGCACAACTTGGTCAAAAGG-TGTAT
gi|20 : TGGACAAAGTTA-GGGCCCTTGATTGATTGAACAATGCAGAATTTGGCataaaacagc
gi|3 : ATGA-CCAT-GATTG-------ATA---GAAAAAGGCAG--------CTCTTAAAC----ACT-TATCACCTTTA----GCTTTCATCAGA-TC--GTTAACACACTCTATCAGAATATTAC--TTGCAATA----AAAGCTTTGTCG-ATTTTCAAAatttgta
gi|3 : ttggaaaaCTCTTAAACA---CT-TAT--CACCTT-----TAGCT-----T-T-CATCAGATCGTTAACACA-CTCTA-TCAGAATATTACTTGCAATAAAAGCTTTGTCGA--TTTTCAAATGGCTAGATCTGACCAG-AATGGTTAGAGTTA-TGAACTTTCATTAACTGATAAATCCTAATATTT----CGT-CA-TCATTA--------C----------------TTT-----CATGAAATCG-TGACCAAA-CTTAGG-TT-GCATGTTAATGTCACT-GAAGG-CAC-AGAGGAGTTCTTTAACCGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TA-AA-----A--C----GAACCTTTTCTGCT-TGCAAA----ATTCCAAAAT-TGTGCCTTGT-AA------ATATTGTAGTAGGTT----TAT--ATTC--CATCAGATCGTGGCCAGGCTT-GTTAAATTGTT-TATCGGCAtggctagatctgaccagaatggttagagttatgaactttcattaactgataaatcctaatatttcgtcatcattactttcatgaaatcgtgaccaaacttaggttgcatgttaatgtcactgaaggcacagaggagttctttaaccggctatatcggacttactattaaaacgaaccttttctgcttgcaaaattccaaaattgtgccttgtaaatattgtagtaggtttatattccatcagatcgtggccaggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagGTAAATAATTCTTTAATTCACCTT-----TAG-T-----T-TTCACCTTATCTAGACCAAAGC---AGCCAAAATGTTATTGACAATGCAAACTCAGATGAGTTATTGGACTAGTGGTATC--------AA---ACAGAGTTG-C-ATCCTTGATTGATTGAAAAATATTCATTTTTGCCTCAT-GA-GCTCTGGTATTACCTGT--AG---------TTCT-----AATTAGATCA-TGAACAAA-GCT-CG-TCAAAGTGTTGCTGACCGT-AAAAG-CTG-TGATGAGTTCATGAACCAGCTATATCAAAC-G-AAAA-GAACA-GAGT--CG--T----GGCCCTTTATTGAT-T-CAtgttatta
gi|4 : CACCTT----CAA--TTTT--CATCAGATT-TTATTAAATTTGGTGAAACTGTT-TATAGGCAccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|5 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgattAAAGTTG-TGGCCCTTGATTGATGGAATAATGCTAAATTTTGTCTTGT-AA-ACA--A--------TGT--AG-----------------------AACCCCTGATCTAT-CTT-GA-TCAGAATATCCAAGTCCAC-AAAAG-CTT-GAAAGAGTTCCTGTGCCAATTATATTG--C-C-AGAATGAACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT-G-AAAA----ATGTC-AA-----TGTTTTGT-TA------ACACTGT--CATCTT----TAG--TTTT--CATTGGAT--------AA--TGGCCAGCATG-T-TATTGTCAATGA-----CGCA------TCTTG-AACCCACCATATTAAACCACAATGGACAGA-GTTATGACCCATT-ATTG---------GT--GAAAAAtaaa
gi|6 : GAA-C-AGAAATGACA-GGGT--TAGAT----G--CCTCAATTTTTAT-GAAA----CTGGT-GATT-GTTGGCTTGG-TA------ACACTGTAGCACATTGAGTTAA--GTTT------GAATTGTGACCAAACTTGATTGAAATG-T-TATTGGACAT-AGAGCTCTGG-CGAGTGTTTG-TGGTGGCCATATCTGACCAGAA-TGGCAAATACTATGG-GCATTGATTGTTTAAAAAAATCAGAAAATTGC-AA----GGTA-TATAAATAAGAACC-T-TCATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCAAAAT-------AGTTTTA-------AAT--ACTAAAGCTCAGCTGAACTTatactaatt
gi|7 : tggatATGGAAAAATCTTTTTTTTTGTCTC----A-AAACTG--------TCT--AGCATGTTCTGTTTT-----TATCTGACTG-TGAATAAA-CAT-GG-GCTGAATGTTTATGTCCAT-GAAAG-TTT-GGACAAGCACTAAAACCAGCAATATCCAAC-T-AAAAAGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATGGATGT-AAAAAAAGAAGCT-AA-----TA--TTAT-AA------GCGCTATGTCACATT----TAA--TTTT--CATCTGATCTTGACCTTATTTGGTTAGAATG-T-TACTGATAATAAAAGCTTCAG-TGAGTTTTAG-AAACAGCGTTATCAACCCAAA
gi|8 : attgatctacATGTTTATGTCCATGTAAGCTTGAATGATTTTTTTAACGGGCTGTATCAGACCAG-A---------GTTA-TAGTCCTTGCTTGATAAAAAAATGCAGTTTTTTGTCTCAT-TA-ACTCTA--------TGTC-AC---------CTTTA----CATT---TC----ATCAGATCTT-GG-TCAGAATG--A-----AAT-AA-----TC--------------ATCCAGTCTTTTTGGAC-C-AGAATGGACA-TGTT--TA--T----GGCACTTGATTGT---------------------T-TTTGCCTTAT-AA------ACATTGTAGTAGCAT----TAC--TTTT--CATTGGATTGTGGCCCTACTTGATCAGAATA---CATTGG-AATgtgga
gi|9 : AA-TTT-GAATCAGAATTTTAAAGAC----AAAAC-TTT-TGACAAGTTCTTCAACCATACACATTGAAT-C-CAAATGGAC--------------------CATTGATTGAC-T-GAAA----ATGC--ACATGTTTGTCTTGT-AA------CAACTG---CAC--T----TAAATTTTT--CATCAGAGTATGAACAA-TTTGGACAGAATG-T-TATTGGCAATGCAAACTTGGA-CG-GTCAATA-AAG-GGCTGTAttcattttctat
Alignments
lowQualScore : 222 2222 1 1111 111 22222 111 111 11111 333333333333 111 33333333 11111 555555555555555555555555555555555555555 1111111 33333333333333333333333 111111 11 1 11 5555555555555 444444444444 2222 111 22 1 11 777777777777777777777777777777
lowQualScore : 111 5555 1 5 1 1 1 22 22 1 2222 777 33333 2 111 2 000 66666 222222222222 111 2 1 11111111 1 1 666 555 5 2 555 44444 4 88 3 44 2 0 1 33 77 3 0 111111111111111111111111111111111111111 99 0 2 3333 0 4 2 7 6 5555555 3 000 1 4 555 3 9999999999999999 1 22 66666666666666666666666 2 3 000000 33 1 7777 44 44 77 1 0 6 3 5 0 0 0 88 22 1 00 22 77 0 7 7 88 999 4444444444444 000000000000 1 8888 666 00 7 3 88 1 666666666666666666666666666666 11 7 1
lowQualScore : ... .... . . . . . .. .. . .... ... ..... . ... . ... ..... ............ ... . . ........ . . ... ... . . ... ..... . .. . .. . . . .. .. . . ....................................... .. . . .... . . . . . ....... . ... . . ... . ................ . .. ....................... . . ...... .. . .... .. .. .. . . . . . . . . .. .. . .. .. .. . . . .. ... ............. ............ . .... ... .. . . .. . .............................. .. . .
lowQualScore : 000 0000 0 0 0 0 0 00 00 0 0000 777 33333 5 777 5 222 77777 333333333333 000 5 0 22222222 0 0 444 666 4 7 333 77777 4 22 3 66 3 7 4 00 22 6 2 444444444444444444444444444444444444444 77 2 9 9999 1 0 1 0 2 5555555 8 777 0 4 444 5 2222222222222222 4 55 00000000000000000000000 6 6 555555 99 8 1111 66 66 33 3 8 7 3 3 1 4 4 77 44 0 22 00 33 0 3 3 88 000 8888888888888 333333333333 0 3333 333 77 3 3 33 0 777777777777777777777777777777 77 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
Reference ( family-1244 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : AATTCAAATCTATTTCGATCTTAATCAAACATTATCAGGATGTTCACAT--CTATAAAATCTCGGGT-GAAGTCCTGAAGCAGAATGGACAGAGTTATAATCCTTGTTTG---GAAAC-T-GATT--T-TGCCTCGTAAATA---CTGTAT--CACCTT-----TAG-T-----TAG-GATGAAATCTTAATCCGA-CTCGGGTGAGAATGTTATTGACGATGGAAATTCGTATACATTTTTTAATCAGCTGTATCTGATTAA-AATGGACAGAGTTA-TGGA--CCTTTATTGATTGAAACATGCCAGTTTTTGTATTCT-TA-ACACGG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATTA-TCATCAAA-CCT-GG-TCAAAATGTTATTGACGAT-AAAAG-ATT-AGACGAGTCCTTGTATCAGGTATTTTGGAT-T-AAAATGAGCA-GAGT--TT--T----GGCCCTTGGTT-ATTCT-CAGA----ATGTT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACATTCTAACATCTT----TAA--TTTT--CATTAGATTGCGACCAAACCTGGTCGGAATG-T-TATTAACAGTAAAAGCTGGAA-CGAACTGTTGAAAACGGCTGTATCAGACAAGAA-GGACAGATAT--TGG----TTG--CG-------GAAT--GAGAAATGCAAAAGGCGGTCTTGTAAAC----ACTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGA-TT--GTGATCAAACT--------ATGTTATTGT--CTATGAACT----CTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaGTCTTGTAAACA---CTGTGA--CATTTT-----TAG-TATGTTT-T-CATCGGATTGTGATCAAA-CT---------ATGTTATTGTCTATGAACTCTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAG-AATAAACATATTTA-TAAC--ACTGGATAAACTGAAAAATGTTGAaaacatatttataacactggataaactgaaaaatgttga
gi|10 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaaattcaaatctatttcgatcttaatcaaacattatcaggatgttcacatctataaaatctcgggtgaagtcctgaagcagaatggacagagttataatccttgtttggaaactgattttgcctcgtaaatactgtatcacctttagttaggatgaaatcttaatccgactcgggtgagaatgttattgacgatggaaattcgtatacattttttaatcagctgtatctgattaaaatggacagagttatggacctttattgattgaaacatgccagtttttgtattcttaacacggtgtagttttcattggattatcatcaaacctggtcaaaatgttattgacgataaaagattagacgagtccttgtatcaggtattttggattaaaatgagcagagttttggcccttggttattctcagaatgttaaattttgccttgtaaacattctaacatctttaattttcattagattgcgaccaaacctggtcggaatgttattaacagtaaaagctggaacgaactgttgaaaacggctgtatcagacaagaaggacagatattggttgcggaatgagaaatgcaaaaggcgGAATTTTACAACCTGCCAGATCAATCCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGC--CTTTATTCCATTGAAAAATGTTGATTTTTGCCTTGT-GA-ATATT---------T-T--AG---------TT------------GACTA-AAATTAAA-CT---G-T-------TTATTGGC-AT-GAAAG-CTC-AGATGGGTTGTTAATATAGCTTGACCAGAC-T-AGAATCGACA-GTGT--TG--C----TTCCCTTG
gi|11 : gtcattTGAAA-AAGC-T-GATG--TGTGTCTTGTTGACA---TTGTAG--TACCTT-----TA-------------ATGTGATCTTGATCAAT-CATGGG-CGGAACATTAT-GA-TATGAA--------CGAGGACTTCAACCGGCCAATTCAAACCAG-ACCGTACAGGCTTC-CGGC--CCTTAAATGATTGAAAACTGTTGATATTTGCATTGT-AA-ACATTgatg
gi|12 : tgtttaaTGTTTATGCCCATGAAATGTTAAGCATGTTCTTTAAATGGCTAGATCAGGTCAG-AATTTACAGACTTA-GGAC--TTTTGCTTGATAAAAAAATA-TAATGTT-GCCTTGT-GA-AC-CTT--------CATTCAG---------TTTT-----AATAAAATCA-TGATAACA-CTT-GG-CCAGAATGc
gi|13 : -TTTGTTTTGT-TA------GCACCGTGACACCTT----TAA--TGTT--CATCGGATTCTGGCCAAATTTAACCATATTC-T-TATTGGCCATCAAAGCTTGGACCAATTTTTTG---TCGGCATTATCGGGCCAGAA-
gi|14 : taccttaattatgcattctgatgAATGGACA-TAATACTAA-T----AGATCTTGATTAAT--A-GAAA----AAACT-GATC-TTTGCCTTGTTAATAGGCTACATCGTAACACTAT----CAG--TTGT--TATTGGATCTTGACATAACTTGGTGAGAATG-T-TATTttgcc
gi|15 : GTTA-TAGC--CCGTAATTTATTGAAACATGCACATTTTTAC-------A-ACACC---------------------------TT-----CA----------GAT------TT-GG-TCACAATGTTACTGGCAAT-GAAA--------------TCTCAAACCAGCCAGATTGTAC-C-AGAATTGACATGTTT--TA--TGTGGGACACTTGATaattatggcagt
gi|16 : G---------TTTT-----CATTAAATCA-TGATCAAA-TTT-TA-TCAAAGTGTTATAGTCTGT-AA----CTC-AGATGAG-TCAGGAACCAACTATA
gi|17 : gtattggctttcGTCTTGT-AA------ACACCGATGCACCAT----TAA--TTTT--CATTGGAACATGACTAAATTGGGTCCGAATA-T-TATTTACTGTGCAAGCTCGAA-AGActtagccaaa
gi|18 : ttaatac-CTT-G--TCAGGATGTTTATATCCAT-GGAA--CAT-ATATGAGTTCTTGAATCAATCATATTGCAC-CTAAAAC-AACA-GAGC--TA--T----GGCCCTT
gi|19 : ctgtccct-----CATTGGATTG-TGATCAAA-CTT-GA-TCACAATTTTATTGACCATGAAAAGACTCTTGATGAGTTCTTG
gi|2 : TAGTTAAATGTTATCAGA---TTTAC-TAACTATAAAAGTTTGGACCGTAATATCAAATCAGAGTGGCAAGGGTTATAACAGTTGACTGAAAGAAATGTGGATTGCT-CGCCTT-----CA---GTGTAC--CTACTTAAACATA--T-----T-T-CAT---ATTGTAAACAGA-GTTGA-TCAGAATGATATTAACAATGAATTTTCAGACAGATTT---GACCGGCTGTATTG----AGTAAT--ACATATTGATTGGT--CATC-ATTGTTTGAAAAATGCTGATTTTTCCCTTGTATACACACTG--------TGT--CA---------CATTAAACACATTGGGTCA-GGATTTAA-CTT--A-TCAG--T-TTATTGACAATAAAAAG-CTT-CGACTACTTTTTGAACTG---AT------C-T-AGTTTGGACA-TGTT--TT--T----TACTATTGAC--AT--T-TAAACCG-ATGC----AT-TTTGCATTAT-AT------ACACTCTAGCACCTT----TGA--CTTTGACATCGAATCGCGGCACAACTTGGTCAAAAGG-TGTAT
gi|20 : TGGACAAAGTTA-GGGC--CCTTGATTGATTGAACAATGCAGAATTTGGCataaaacagc
gi|3 : ATGA-CCAT-GATTG-------ATA---GAAAAAGGCAG--------CTCTTAAAC----ACT-TATCACCTTTA----GCTTTCATCAGA-TC--GTTAACACACTCTATCAGAATATTAC--TTGCAATA----AAAGCTTTGTCG-ATTTTCAAAatttgta
gi|3 : ttggaaaaCTCTTAAACA---CT-TAT--CACCTT-----TAGCT-----T-T-CATCAGATCGTTAACACA-CTCTA-TCAGAATATTACTTGCAATAAAAGCTTTGTCGA--TTTTCAAATGGCTAGATCTGACCAG-AATGGTTAGAGTTA-TGAA--CTTTCATTAACTGATAAATCCTAATATTT----CGT-CA-TCATTA--------C----------------TTT-----CATGAAATCG-TGACCAAA-CTTAGG-TT-GCATGTTAATGTCACT-GAAGG-CAC-AGAGGAGTTCTTTAACCGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TA-AA-----A--C----GAACCTTTTCTGCT--TGCAAA----ATTCCAAAAT-TGTGCCTTGT-AA------ATATTGTAGTAGGTT----TAT--ATTC--CATCAGATCGTGGCCAGGCTT-GTTAAATTGTT-TATCGGCAtggctagatctgaccagaatggttagagttatgaactttcattaactgataaatcctaatatttcgtcatcattactttcatgaaatcgtgaccaaacttaggttgcatgttaatgtcactgaaggcacagaggagttctttaaccggctatatcggacttactattaaaacgaaccttttctgcttgcaaaattccaaaattgtgccttgtaaatattgtagtaggtttatattccatcagatcgtggccaggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagGTAAATAATTCTTTAATTCACCTT-----TAG-T-----T-TTCACCTTATCTAGACCAAAGC---AGCCAAAATGTTATTGACAATGCAAACTCAGATGAGTTATTGGACTAGTGGTATC--------AA---ACAGAGTT----GCATCCTTGATTGATTGAAAAATATTCATTTTTGCCTCAT-GA-GCTCTGGTATTACCTGT--AG---------TTCT-----AATTAGATCA-TGAACAAA-GCT-CG-TCAAAGTGTTGCTGACCGT-AAAAG-CTG-TGATGAGTTCATGAACCAGCTATATCAAAC-G-AAAA-GAACA-GAGT--CG--T----GGCCCTTTATTGAT--T-CAtgttatta
gi|4 : CACCTT----CAA--TTTT--CATCAGATT-TTATTAAATTTGGTGAAACTGTT-TATAGGCAccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|5 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgattAAAGTTG-TGGC--CCTTGATTGATGGAATAATGCTAAATTTTGTCTTGT-AA-ACA--A--------TGT--AG-----------------------AACCCCTGATCTAT-CTT-GA-TCAGAATATCCAAGTCCAC-AAAAG-CTT-GAAAGAGTTCCTGTGCCAATTATATTG--C-C-AGAATGAACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--G-AAAA----ATGTC-AA-----TGTTTTGT-TA------ACACTGT--CATCTT----TAG--TTTT--CATTGGAT--------AA--TGGCCAGCATG-T-TATTGTCAATGA-----CGCA------TCTTG-AACCCACCATATTAAACCACAATGGACAGA-GTTATGACCCATT-ATTG---------GT--GAAAAAtaaa
gi|6 : GAA-C-AGAAATGACA-GGGT--TAGAT----G--CCTCAATTTTTA-T-GAAA----CTGGT-GATT-GTTGGCTTGG-TA------ACACTGTAGCACATTGAGTTAA--GTTT------GAATTGTGACCAAACTTGATTGAAATG-T-TATTGGACAT-AGAGCTCTGG-CGAGTGTTTG-TGGTGGCCATATCTGACCAGAA-TGGCAAATACTATGG-GCATTGATTGTTTAAAAAAATCAGAAAATTGC-AA----GGTA-TATAAATAAGAACC-T-TCATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCAAAAT-------AGTTTTA-------AAT--ACTAAAGCTCAGCTGAACTTatactaatt
gi|7 : tggatATGGAAAAATCTTTTTTTTTGTCTC----A-AAACTG--------TCT--AGCATGTTCTGTTTT-----TATCTGACTG-TGAATAAA-CAT-GG-GCTGAATGTTTATGTCCAT-GAAAG-TTT-GGACAAGCACTAAAACCAGCAATATCCAAC-T-AAAAAGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATGGATG-T-AAAAAAAGAAGCT-AA-----TA--TTAT-AA------GCGCTATGTCACATT----TAA--TTTT--CATCTGATCTTGACCTTATTTGGTTAGAATG-T-TACTGATAATAAAAGCTTCAG-TGAGTTTTAG-AAACAGCGTTATCAACCCAAA
gi|8 : attgatctacATGTTTATGTCCATGTAAGCTTGAATGATTTTTTTAACGGGCTGTATCAGACCAG-A---------GTTA-TAGT--CCTTGCTTGATAAAAAAATGCAGTTTTTTGTCTCAT-TA-ACTCTA--------TGTC-AC---------CTTTA----CATT---TC----ATCAGATCTT-GG-TCAGAATG--A-----AAT-AA-----TC--------------ATCCAGTCTTTTTGGAC-C-AGAATGGACA-TGTT--TA--T----GGCACTTGATTG-T---------------------T-TTTGCCTTAT-AA------ACATTGTAGTAGCAT----TAC--TTTT--CATTGGATTGTGGCCCTACTTGATCAGAATA---CATTGG-AATgtgga
gi|9 : AA-TTT-GAATCAGAATTTTAAAGAC----AAAAC-TTT-TGACAAGTTCTTCAACCATACACATTGAAT-C-CAAATGGAC--------------------CATTGATTGAC--T-GAAA----ATGC--ACATGTTTGTCTTGT-AA------CAACTG---CAC--T----TAAATTTTT--CATCAGAGTATGAACAA-TTTGGACAGAATG-T-TATTGGCAATGCAAACTTGGA-CG-GTCAATA-AAG-GGCTGTAttcattttctat
Alignments
lowQualScore : 222 2222 1 1111 111 22222 111 111 11111 333333333333 111 33333333 11111 555555555555555555555555555555555555555 1111111 33333333333333333333333 111111 11 1 11 5555555555555 444444444444 2222 111 22 1 11 777777777777777777777777777777
lowQualScore : 111 5555 1 5 1 1 1 22 22 1 2222 777 33333 2 111 2 000 66666 222222222222 111 2 1 11111111 1 1 666 555 5 2 555 44444 4 88 3 44 2 0 1 33 77 3 0 111111111111111111111111111111111111111 99 0 2 3333 0 4 2 7 6 5555555 3 000 1 4 555 3 9999999999999999 1 22 66666666666666666666666 2 3 000000 33 1 7777 44 44 77 1 0 6 3 5 0 0 0 88 22 1 00 22 77 0 7 7 88 999 4444444444444 000000000000 1 8888 666 00 7 3 88 1 666666666666666666666666666666 11 7 1
lowQualScore : ... .... . . . . . .. .. . .... ... ..... . ... . ... ..... ............ ... . . ........ . . ... ... . . ... ..... . .. . .. . . . .. .. . . ....................................... .. . . .... . . . . . ....... . ... . . ... . ................ . .. ....................... . . ...... .. . .... .. .. .. . . . . . . . . .. .. . .. .. .. . . . .. ... ............. ............ . .... ... .. . . .. . .............................. .. . .
lowQualScore : 000 0000 0 0 0 0 0 00 00 0 0000 777 33333 5 777 5 222 77777 333333333333 000 5 0 22222222 0 0 444 666 4 7 333 77777 4 22 3 66 3 7 4 00 22 6 2 444444444444444444444444444444444444444 77 2 9 9999 1 0 1 0 2 5555555 8 777 0 4 444 5 2222222222222222 4 55 00000000000000000000000 6 6 555555 99 8 1111 66 66 33 3 8 7 3 3 1 4 4 77 44 0 22 00 33 0 3 3 88 000 8888888888888 333333333333 0 3333 333 77 3 3 33 0 777777777777777777777777777777 77 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
Reference ( family-1244 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : AATTCAAATCTATTTCGATCTTAATCAAACATTATCAGGATGTTCACAT--CTATAAAATCTCGGGT-GAAGTCCTGAAGCAGAATGGACAGAGTTATAATCCTTGTTTG---GAAAC-T-GATT--T-TGCCTCGTAAATA---CTGTAT--CACCTT-----TAG-T-----TAG-GATGAAATCTTAATCCGA-CTCGGGTGAGAATGTTATTGACGATGGAAATTCGTATACATTTTTTAATCAGCTGTATCTGATTAA-AATGGACAGAGTTA-TGGA--CCTTTATTGATTGAAACATGCCAGTTTTTGTATTCT-TA-ACACGG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATTA-TCATCAAA-CCT-GG-TCAAAATGTTATTGACGAT-AAAAG-ATT-AGACGAGTCCTTGTATCAGGTATTTTGGAT-T-AAAATGAGCA-GAGT--TT--T----GGCCCTTGGTT-ATTCT-CAGA----ATGTT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACATTCTAACATCTT----TAA--TTTT--CATTAGATTGCGACCAAACCTGGTCGGAATG-T-TATTAACAGTAAAAGCTGGAA-CGAACTGTTGAAAACGGCTGTATCAGACAAGAA-GGACAGATAT--TGG----TTG--CG-------GAAT--GAGAAATGCAAAAGGCGGTCTTGTAAAC----ACTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGA-TT--GTGATCAAACT--------ATGTTATTGT--CTATGAACT----CTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaGTCTTGTAAACA---CTGTGA--CATTTT-----TAG-TATGTTT-T-CATCGGATTGTGATCAAA-CT---------ATGTTATTGTCTATGAACTCTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAG-AATAAACATATTTA-TAAC--ACTGGATAAACTGAAAAATGTTGAaaacatatttataacactggataaactgaaaaatgttga
gi|10 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaaattcaaatctatttcgatcttaatcaaacattatcaggatgttcacatctataaaatctcgggtgaagtcctgaagcagaatggacagagttataatccttgtttggaaactgattttgcctcgtaaatactgtatcacctttagttaggatgaaatcttaatccgactcgggtgagaatgttattgacgatggaaattcgtatacattttttaatcagctgtatctgattaaaatggacagagttatggacctttattgattgaaacatgccagtttttgtattcttaacacggtgtagttttcattggattatcatcaaacctggtcaaaatgttattgacgataaaagattagacgagtccttgtatcaggtattttggattaaaatgagcagagttttggcccttggttattctcagaatgttaaattttgccttgtaaacattctaacatctttaattttcattagattgcgaccaaacctggtcggaatgttattaacagtaaaagctggaacgaactgttgaaaacggctgtatcagacaagaaggacagatattggttgcggaatgagaaatgcaaaaggcgGAATTTTACAACCTGCCAGATCAATCCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGC--CTTTATTCCATTGAAAAATGTTGATTTTTGCCTTGT-GA-ATATT---------T-T--AG---------TT------------GACTA-AAATTAAA-CT---G-T-------TTATTGGC-AT-GAAAG-CTC-AGATGGGTTGTTAATATAGCTTGACCAGAC-T-AGAATCGACA-GTGT--TG--C----TTCCCTTG
gi|11 : gtcattTGAAA-AAGC-T-GATG--TGTGTCTTGTTGACA---TTGTAG--TACCTT-----TA-------------ATGTGATCTTGATCAAT-CATGGG-CGGAACATTAT-GA-TATGAA--------CGAGGACTTCAACCGGCCAATTCAAACCAG-ACCGTACAGGCTTC-CGGC--CCTTAAATGATTGAAAACTGTTGATATTTGCATTGT-AA-ACATTgatg
gi|12 : tgtttaaTGTTTATGCCCATGAAATGTTAAGCATGTTCTTTAAATGGCTAGATCAGGTCAG-AATTTACAGACTTA-GGAC--TTTTGCTTGATAAAAAAATA-TAATGTT-GCCTTGT-GA-AC-CTT--------CATTCAG---------TTTT-----AATAAAATCA-TGATAACA-CTT-GG-CCAGAATGc
gi|13 : -TTTGTTTTGT-TA------GCACCGTGACACCTT----TAA--TGTT--CATCGGATTCTGGCCAAATTTAACCATATTC-T-TATTGGCCATCAAAGCTTGGACCAATTTTTTG---TCGGCATTATCGGGCCAGAA-
gi|14 : taccttaattatgcattctgatgAATGGACA-TAATACTAA-T----AGATCTTGATTAAT--A-GAAA----AAACT-GATC-TTTGCCTTGTTAATAGGCTACATCGTAACACTAT----CAG--TTGT--TATTGGATCTTGACATAACTTGGTGAGAATG-T-TATTttgcc
gi|15 : GTTA-TAGC--CCGTAATTTATTGAAACATGCACATTTTTAC-------A-ACACC---------------------------TT-----CA----------GAT------TT-GG-TCACAATGTTACTGGCAAT-GAAA--------------TCTCAAACCAGCCAGATTGTAC-C-AGAATTGACATGTTT--TA--TGTGGGACACTTGATaattatggcagt
gi|16 : G---------TTTT-----CATTAAATCA-TGATCAAA-TTT-TA-TCAAAGTGTTATAGTCTGT-AA----CTC-AGATGAG-TCAGGAACCAACTATA
gi|17 : gtattggctttcGTCTTGT-AA------ACACCGATGCACCAT----TAA--TTTT--CATTGGAACATGACTAAATTGGGTCCGAATA-T-TATTTACTGTGCAAGCTCGAA-AGActtagccaaa
gi|18 : ttaatac-CTT-G--TCAGGATGTTTATATCCAT-GGAA--CAT-ATATGAGTTCTTGAATCAATCATATTGCAC-CTAAAAC-AACA-GAGC--TA--T----GGCCCTT
gi|19 : ctgtccct-----CATTGGATTG-TGATCAAA-CTT-GA-TCACAATTTTATTGACCATGAAAAGACTCTTGATGAGTTCTTG
gi|2 : TAGTTAAATGTTATCAGA---TTTAC-TAACTATAAAAGTTTGGACCGTAATATCAAATCAGAGTGGCAAGGGTTATAACAGTTGACTGAAAGAAATGTGGATTGCT-CGCCTT-----CA---GTGTAC--CTACTTAAACATA--T-----T-T-CAT---ATTGTAAACAGA-GTTGA-TCAGAATGATATTAACAATGAATTTTCAGACAGATTT---GACCGGCTGTATTG----AGTAAT--ACATATTGATTGGT--CATC-ATTGTTTGAAAAATGCTGATTTTTCCCTTGTATACACACTG--------TGT--CA---------CATTAAACACATTGGGTCA-GGATTTAA-CTT--A-TCAG--T-TTATTGACAATAAAAAG-CTT-CGACTACTTTTTGAACTG---AT------C-T-AGTTTGGACA-TGTT--TT--T----TACTATTGAC--AT--T-TAAACCG-ATGC----AT-TTTGCATTAT-AT------ACACTCTAGCACCTT----TGA--CTTTGACATCGAATCGCGGCACAACTTGGTCAAAAGG-TGTAT
gi|20 : TGGACAAAGTTA-GGGC--CCTTGATTGATTGAACAATGCAGAATTTGGCataaaacagc
gi|3 : ATGA-CCAT-GATTG-------ATA---GAAAAAGGCAG--------CTCTTAAAC----ACT-TATCACCTTTA----GCTTTCATCAGA-TC--GTTAACACACTCTATCAGAATATTAC--TTGCAATA----AAAGCTTTGTCG-ATTTTCAAAatttgta
gi|3 : ttggaaaaCTCTTAAACA---CT-TAT--CACCTT-----TAGCT-----T-T-CATCAGATCGTTAACACA-CTCTA-TCAGAATATTACTTGCAATAAAAGCTTTGTCGA--TTTTCAAATGGCTAGATCTGACCAG-AATGGTTAGAGTTA-TGAA--CTTTCATTAACTGATAAATCCTAATATTT----CGT-CA-TCATTA--------C----------------TTT-----CATGAAATCG-TGACCAAA-CTTAGG-TT-GCATGTTAATGTCACT-GAAGG-CAC-AGAGGAGTTCTTTAACCGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TA-AA-----A--C----GAACCTTTTCTGCT--TGCAAA----ATTCCAAAAT-TGTGCCTTGT-AA------ATATTGTAGTAGGTT----TAT--ATTC--CATCAGATCGTGGCCAGGCTT-GTTAAATTGTT-TATCGGCAtggctagatctgaccagaatggttagagttatgaactttcattaactgataaatcctaatatttcgtcatcattactttcatgaaatcgtgaccaaacttaggttgcatgttaatgtcactgaaggcacagaggagttctttaaccggctatatcggacttactattaaaacgaaccttttctgcttgcaaaattccaaaattgtgccttgtaaatattgtagtaggtttatattccatcagatcgtggccaggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagGTAAATAATTCTTTAATTCACCTT-----TAG-T-----T-TTCACCTTATCTAGACCAAAGC---AGCCAAAATGTTATTGACAATGCAAACTCAGATGAGTTATTGGACTAGTGGTATC--------AA---ACAGAGTT----GCATCCTTGATTGATTGAAAAATATTCATTTTTGCCTCAT-GA-GCTCTGGTATTACCTGT--AG---------TTCT-----AATTAGATCA-TGAACAAA-GCT-CG-TCAAAGTGTTGCTGACCGT-AAAAG-CTG-TGATGAGTTCATGAACCAGCTATATCAAAC-G-AAAA-GAACA-GAGT--CG--T----GGCCCTTTATTGAT--T-CAtgttatta
gi|4 : CACCTT----CAA--TTTT--CATCAGATT-TTATTAAATTTGGTGAAACTGTT-TATAGGCAccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|5 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgattAAAGTTG-TGGC--CCTTGATTGATGGAATAATGCTAAATTTTGTCTTGT-AA-ACA--A--------TGT--AG-----------------------AACCCCTGATCTAT-CTT-GA-TCAGAATATCCAAGTCCAC-AAAAG-CTT-GAAAGAGTTCCTGTGCCAATTATATTG--C-C-AGAATGAACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--G-AAAA----ATGTC-AA-----TGTTTTGT-TA------ACACTGT--CATCTT----TAG--TTTT--CATTGGAT--------AA--TGGCCAGCATG-T-TATTGTCAATGA-----CGCA------TCTTG-AACCCACCATATTAAACCACAATGGACAGA-GTTATGACCCATT-ATTG---------GT--GAAAAAtaaa
gi|6 : GAA-C-AGAAATGACA-GGGT--TAGAT----G--CCTCAATTTTTA-T-GAAA----CTGGT-GATT-GTTGGCTTGG-TA------ACACTGTAGCACATTGAGTTAA--GTTT------GAATTGTGACCAAACTTGATTGAAATG-T-TATTGGACAT-AGAGCTCTGG-CGAGTGTTTG-TGGTGGCCATATCTGACCAGAA-TGGCAAATACTATGG-GCATTGATTGTTTAAAAAAATCAGAAAATTGC-AA----GGTA-TATAAATAAGAACC-T-TCATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCAAAAT-------AGTTTTA-------AAT--ACTAAAGCTCAGCTGAACTTatactaatt
gi|7 : tggatATGGAAAAATCTTTTTTTTTGTCTC----A-AAACTG--------TCT--AGCATGTTCTGTTTT-----TATCTGACTG-TGAATAAA-CAT-GG-GCTGAATGTTTATGTCCAT-GAAAG-TTT-GGACAAGCACTAAAACCAGCAATATCCAAC-T-AAAAAGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATGGATG-T-AAAAAAAGAAGCT-AA-----TA--TTAT-AA------GCGCTATGTCACATT----TAA--TTTT--CATCTGATCTTGACCTTATTTGGTTAGAATG-T-TACTGATAATAAAAGCTTCAG-TGAGTTTTAG-AAACAGCGTTATCAACCCAAA
gi|8 : attgatctacATGTTTATGTCCATGTAAGCTTGAATGATTTTTTTAACGGGCTGTATCAGACCAG-A---------GTTA-TAGT--CCTTGCTTGATAAAAAAATGCAGTTTTTTGTCTCAT-TA-ACTCTA--------TGTC-AC---------CTTTA----CATT---TC----ATCAGATCTT-GG-TCAGAATG--A-----AAT-AA-----TC--------------ATCCAGTCTTTTTGGAC-C-AGAATGGACA-TGTT--TA--T----GGCACTTGATTG-T---------------------T-TTTGCCTTAT-AA------ACATTGTAGTAGCAT----TAC--TTTT--CATTGGATTGTGGCCCTACTTGATCAGAATA---CATTGG-AATgtgga
gi|9 : AA-TTT-GAATCAGAATTTTAAAGAC----AAAAC-TTT-TGACAAGTTCTTCAACCATACACATTGAAT-C-CAAATGGAC--------------------CATTGATTGAC--T-GAAA----ATGC--ACATGTTTGTCTTGT-AA------CAACTG---CAC--T----TAAATTTTT--CATCAGAGTATGAACAA-TTTGGACAGAATG-T-TATTGGCAATGCAAACTTGGA-CG-GTCAATA-AAG-GGCTGTAttcattttctat
blockSeqs : . TAA G C T A T CA AG A AAAG GTG GCTC G ATT G ATT AAACA GTATGTTTT CGG G T CATGGG T T CTC TAG A T ACA GGGAG T AA T AT G C TG AT C GTCTAGCATGTTCTGTTTTTATCT CC T AGG T G A G GACTCTT T C G CT C TGTTTTATGTGG T AA GTAAAAAAAGAAGCTAA T T TAGGCT GA C GAGT AT GA TC A T G C CC AT T A TC AT T T T CC TGA TTTAAAAAAATCA AAGGTA T AAGA TA T A C AA T CTATCAGAATATTACTTGCAATAA TC A A
blockSeqs : AAA T TGT G . G A . GCTTT GTG T T GTTGAT A T ATG TAA A C CAG AATCC . GG . . A A TG G . GGTATTACCTGTAGTTCTAATTA A . GAA C G T A GCTCA T T T TT G TAATACTAAT G GC TGCAAAATTCCAAAAT C . . AA T . . . CT T T . G A AG C T CC CA . . T C GA ATA AGCT A . T . . . . A AGTTTTAAATACTA CT .
blockSeqs : T . G G . GTTTT CAG G A CTCTAT C C TTT CAG G C CAA AAACC . GT . . A C TG A . GTGTCACATTAAACACATTG A . GG T T C . GCTTC T T C T T GGGTTAGAT A GA ATGAAACTGGTGATT T . . TG C . . . CA A . . G C AG T A GT CA . G TA GT
blockSeqs : G . T C . TTT CTT G A GCAGC A A AGC TTG G T TAG AGGTC . TT . . G C TG G . TCATTCAGTTTTAATAA A . GG A T C . GCACA T C G C G GTGTTGC G GA AGAAAAAACTGATC C . . AG C . . . CG C . . A T G T A AC GT
blockSeqs : . . . T . . . T C CT G A AAC CAG A C TGT TGACC . GG . . A C CG C . ATGTCACCTTTACATT G . TA T A A . GCTGT C C A T G GAGCTAT A TT TTAAACCGATGCAT C . . AG G . . . CG A . . G C . A . G TG
blockSeqs : A A AGC TGA G G TAG AGACC . GG . . G C CA G . ACTTTCATGA A . GA T A A . GCTTG G T G G G TGTTTTT A GA TGAAAATGCACATG T . . AG C . . . TG A . . . .
blockSeqs : T C . . T T GGT G . . . . C C TG A . TTAGTT G . CG A T C . GTTTG T C A C T GAGTCGT G GA GAAAAATGTCAA G . . GT C . . . CT A . .
blockSeqs : . . TGT . . . . . G C CA T . ATGTAG A . GA C A C . CTTTT A T G C G GAGTTAT G A T C . . AG A . . . TG T . .
blockSeqs : . . . G . C . . TTCA G . GG A T C . CTCA C T A T G GAGTTAT G G T . . . A . . . TA C . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG A T A . CATA C . . C G TGTTTAT G . . . . C . . . T A . .
blockSeqs : . . . . . G A A . . TC . . C . AAAC . . . . . . . . .
blockSeqs : . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . A
blockSeqCons : CTCGAT** ATGTCGTTTACATT************************* GA GNAAAATGCCAA*********** A*
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAA-CTCGAGTCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTG--------TGT--AG---------TTTT-----CATTGGATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGAT--T-NAAA----ATGCT-AAAT-TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-T-CATCNGATCGTGANCAAACTCGAT--CAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-ACACTATGTCGTTTACATT-------------------------GATCG-TGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTGATGNAAAATGCCAA-----------TTTGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTGA-ANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
Alignments
lowQualScore : 222 2222 1 1111 111 22222 111 111 11111 3333333333 111 1111111 11111 888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 4444444444444444444444444444444 11 1 11 5555555555555 444444444444 2222 111 22 1 11 777777777777777777777777777777
lowQualScore : 111 5555 1 5 1 1 1 22 22 1 2222 777 33333 2 111 2 000 66666 3333333333 111 2 1 7777777 1 1 0 88 44 7 2 444 66666 5 6666 0 3 55 3 0 2 33 77 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 3 5555 0 3 2 6 5 6666666 2 0 0 3 444 4 4444 33 9999999 1 777 3 3333333333333333333333333333333 3 999999 66 22 6666 44 44 66 0 6 3 5 0 0 0 88 22 1 00 22 77 0 7 7 88 999 4444444444444 000000000000 1 8888 666 00 7 3 88 1 666666666666666666666666666666 11 7 1
lowQualScore : ... .... . . . . . .. .. . .... ... ..... . ... . ... ..... .......... ... . . ....... . . . .. .. . . ... ..... . .... . . .. . . . .. .. . ................................................... . . .... . . . . . ....... . . . . ... . .... .. ....... . ... . ............................... . ...... .. .. .... .. .. .. . . . . . . . .. .. . .. .. .. . . . .. ... ............. ............ . .... ... .. . . .. . .............................. .. . .
lowQualScore : 000 0000 0 0 0 0 0 00 00 0 0000 777 33333 5 777 5 222 77777 3333333333 000 5 0 2222222 0 0 3 11 44 4 2 444 88888 0 7777 7 6 00 5 2 5 77 88 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 1 8888 1 8 0 6 7 8888888 9 6 1 3 222 3 4444 99 4444444 7 000 1 8888888888888888888888888888888 3 666666 11 99 5555 22 22 55 2 2 3 3 1 4 4 77 44 0 22 00 33 0 3 3 88 000 8888888888888 333333333333 0 3333 333 77 3 3 33 0 777777777777777777777777777777 77 3 0
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-TCATCNGATCGTGANCAAACTCGG-TCAGAATGTTATTGACNATGAAANCTCGGACGAATTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-AC------ACT-------A--TGT--C--G--TT---TACAT-T-G-A--TCGTGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCCAT-GAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTG--A-T--GNAAA-----ATGC-C--G-A--T--T--TGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
Reference ( family-1244 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAATTCAAATCTATTTCGATCTTAGTCAAACGTTATCAGGATGTTCACATAACTATAAAANCTCGGGCCGNAGTNCCGAANCAGAGTGGNNAGGGTTATAACNNTTGNCTGAAAGAAAC-T-GATT--T-CGCCTCGTAAACA---CTGTAN--CACCTT-----TAG-T-----T-TCATCNGATCGTGANCAAACTCGA-TCAGAATGTTATTGNCNATGAAANCTCGGACGAGTTTTTCAACCGGCCGNATCGGACCAG-AATGGACAGAGTTA-TGGC--CCTTGATTGATTGAAAAATGCTGATTTTTGCCTCGT-NA-AC------ACT-------A--TGT--C--G--TT---TACAT-T-G-A--TCGTGATCAAA-CTT-GG-TCAGAATGTTANTGNCNAT-AAAAG-CTC-GGACGAGTTCTTGAACCAGCTATATCGGAC-C-AGAATGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTG--A-T--GNAAA-----ATGC-C--A-A--T--T--TGCCTTGT-AA------ACACTGTAGCACCTT----TAA--TTTT--CATCGGATCGTGACCAAACTTGGTCAGAATG-T-TATTGGCAATGAAAGCTCGGA-CGAGTTNTTG-AANCGGCCGTATCAGACCAGAA-GGACAGATATTATGG-CCATTGATTG-------AAAT--GAAAAATGCAAA----GGTCTTNTAAAC----ACT-TGTCATTTTTA-TATGTTTTCATCGGA-TC--GTNATCAAACT-------AATNTTAC--T--CAATG-ACTAAAGCTTAGNCGAACTTTCNAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : AATTCAAATCTATTTCGATCTTAATCAAACATTATCAGGATGTTCACAT--CTATAAAATCTCGGGT-GAAGTCCTGAAGCAGAATGGACAGAGTTATAATCCTTGTTTG---GAAAC-T-GATT--T-TGCCTCGTAAATA---CTGTAT--CACCTT-----TAG-T-----TAGGATGAAATCTTAATCCGACTCGGGTGAGAATGTTATTGACGATGGAAATTCGTATACATTTTTTAATCAGCTGTATCTGATTAA-AATGGACAGAGTTA-TGGA--CCTTTATTGATTGAAACATGCCAGTTTTTGTATTCT-TA-AC------ACG-------G--TGT--A--G--TT---TTCAT-TGG-A--TTATCATCAAA-CCT-GG-TCAAAATGTTATTGACGAT-AAAAG-ATT-AGACGAGTCCTTGTATCAGGTATTTTGGAT-T-AAAATGAGCA-GAGT--TT--T----GGCCCTTGGTT---A-TTCTCAGA-----ATGT-T--A-AATT--T--TGCCTTGT-AA------ACATTCTAACATCTT----TAA--TTTT--CATTAGATTGCGACCAAACCTGGTCGGAATG-T-TATTAACAGTAAAAGCTGGAA-CGAACTGTTGAAAACGGCTGTATCAGACAAGAA-GGACAGATAT--TGG----TTG--CG-------GAAT--GAGAAATGCAAAAGGCGGTCTTGTAAAC----ACTGTGACATTTTTAGTATGTTTTCATCGGA-TT--GTGATCAAACT--------ATGTTATTGT--CTATGAACT----CTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAGAAT
gi|1 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaGTCTTGTAAACA---CTGTGA--CATTTT-----TAG-TATGTTT-TCATCGGATTGTGATCAAACT---------ATGTTATTGTCTATGAACTCTTAGATGAACTTTCTAACTGAAACAATCGGGAGAG-AATAAACATATTTA-TAAC--ACTGGATAAACTGAAAAATGTTGAaaacatatttataacactggataaactgaaaaatgttga
gi|10 : atttcaattatagagttaaatgtaaaactgtgttattgagaagctttgttacatcgttcattgttttgttttagctctacttgttaaaggccagaaaggcctgtgtctgtcgtctgtcctttcgtccttgcaatcggtcgtcgttcgtaccttcatttccttttaacaccgtagcaaattcaaatctatttcgatcttaatcaaacattatcaggatgttcacatctataaaatctcgggtgaagtcctgaagcagaatggacagagttataatccttgtttggaaactgattttgcctcgtaaatactgtatcacctttagttaggatgaaatcttaatccgactcgggtgagaatgttattgacgatggaaattcgtatacattttttaatcagctgtatctgattaaaatggacagagttatggacctttattgattgaaacatgccagtttttgtattcttaacacggtgtagttttcattggattatcatcaaacctggtcaaaatgttattgacgataaaagattagacgagtccttgtatcaggtattttggattaaaatgagcagagttttggcccttggttattctcagaatgttaaattttgccttgtaaacattctaacatctttaattttcattagattgcgaccaaacctggtcggaatgttattaacagtaaaagctggaacgaactgttgaaaacggctgtatcagacaagaaggacagatattggttgcggaatgagaaatgcaaaaggcgGAATTTTACAACCTGCCAGATCAATCCAG-AATGGACAGAGTTA-CGGC--CTTTATTCCATTGAAAAATGTTGATTTTTGCCTTGT-GA-A---------T-------A--T----------TT---TA-GT-T-G-A--CTAAAATTAAA-CT---G-T-------TTATTGGC-AT-GAAAG-CTC-AGATGGGTTGTTAATATAGCTTGACCAGAC-T-AGAATCGACA-GTGT--TG--C----TTCCCTTG---G--A-T--G
gi|11 : gtcattTGAAA-AAGC-T-GATG--TGTGTCTTGTTGACA---TTGTAG--TACCTT-----TA------------ATGTGATCTTGATCAATCATGG-GCGGAACATTAT-GA-TATGAA--------CGAGGACTTCAACCGGCCAATTCAAACCAG-ACCGTACAGGCTTC-CGGC--CCTTAAATGATTGAAAACTGTTGATATTTGCATTGT-AA-AC------ATT-------
gi|12 : tgtttaaTGTTTATGCCCAT-GAAAT-GTT-AAGCATGTTCTTTAAATGGCTAGATCAGGT-C-AGAATTTACA-GACT--TA--G----GACTTTTGCTTG--A-T--AAAAA-----AATA-T--A-A--TG-T--TGCCTTGT-GA------ACCTT----CA--TT----CAG--TTTT--AATAAAATCATGATAACACTTGGCCAGAATG-c
gi|13 : CCTTAATT---A-T--GCA--------TTC-T--G-A--TGTT--TGTTTTGT-TA------GCACCGTGACACCTT----TAA--TGTT--CATCGGATTCTGGCCAAATTTAACCATATTC-T-TATTGGCCATCAAAGCTTGGACCAATTTTTTG---TCGGCATTATCGGGCCAGAA-
gi|14 : taAATGGACA-TAATACTAA-T----AGATCTTGATTA--A-T--AGAAA-----AAAC-T--G-A--TCTT--TGCCTTGTTAATAGGCTACATCGTAACACTAT----CAG--TTGT--TATTGGATCTTGACATAACTTGGTGAGAATG-T-TATTttgcc
gi|15 : GTTA-TAGC--CCGTAATTTATTGAAACATGCACATTTTTAC-------A-AC------ACC------------------------------------------T--TCAGA-TTT-GG-TCACAATGTTACTGGCAAT-GAAA--------------TCTCAAACCAGCCAGATTGTAC-C-AGAATTGACATGTTT--TA--TGTGGGACACTTGATaattatggcagt
gi|16 : T--C--G--TT---TTCAT-T-A-AA-TCATGATCAAA-TTT-TA-TCAAAGTGTTATAGTCTGT-AA----CTC-AGATGAG-TCAGGAACCAACTATA
gi|17 : gtattggctt--A-A--T--A--CGTCTTGT-AA------ACACCGATGCACCAT----TAA--TTTT--CATTGGAACATGACTAAATTGGGTCCGAATA-T-TATTTACTGTGCAAGCTCGAA-AGActtagccaaa
gi|18 : tt-CTT-G--TCAGGATGTTTATATCCAT-GGAA--CAT-ATATGAGTTCTTGAATCAATCATATTGCAC-CTAAAAC-AACA-GAGC--TA--T----GGCCCTT
gi|19 : ctgtccctCAT-T-GGA--TTGTGATCAAA-CTT-GA-TCACAATTTTATTGACCATGAAAAGACTCTTGATGAGTTCTTG
gi|2 : TAGTTAAATGTTATCAGA---TTTAC-TAACTATAAAAGTTTGGACCGTAATATCAAATCAGAGTGGCAAGGGTTATAACAGTTGACTGAAAGAAATGTGGATTGCT-CGCCTT-----CA---GTGTAC--CTACTTAAACATA--T-----T-TCAT---ATTGTAAACAGAGTTGA-TCAGAATGATATTAACAATGAATTTTCAGACAGATTT---GACCGGCTGTATTG----AGTAAT--ACATATTGATTGGT--CATC-ATTGTTTGAAAAATGCTGATTTTTCCCTTGTATACAC------ACT-------G--TGTCAC--A--TTAAACACAT-TGG-G--TCAGGATTTAA-CTT--A-TCAG--T-TTATTGACAATAAAAAG-CTT-CGACTACTTTTTGAACTG---AT------C-T-AGTTTGGACA-TGTT--TT--T----TACTATTGAC----A-T--TTAAACCG--ATG--C--A-T--T--T--TGCATTAT-AT------ACACTCTAGCACCTT----TGA--CTTTGACATCGAATCGCGGCACAACTTGGTCAAAAGG-TGTAT
gi|20 : TGGACAAAGTTA-GGGC--CCTTGATTGATTGAACAATGCAGAATTTGGCataaaacagc
gi|3 : ATGA-CCAT-GATTG-------ATA---GAAAAAGGCAG--------CTCTTAAAC----ACT-TATCACCTTTA----GCTTTCATCAGA-TC--GTTAACACACTCTATCAGAATATTAC--TTGCAATA----AAAGCTTTGTCG-ATTTTCAAAatttgta
gi|3 : ttggaaaaCTCTTAAACA---CT-TAT--CACCTT-----TAGCT-----T-TCATCAGATCGTTAACACACTCTA-TCAGAATATTACTTGCAATAAAAGCTTTGTCGA--TTTTCAAATGGCTAGATCTGACCAG-AATGGTTAGAGTTA-TGAA--CTTTCATTAACTGATAAATCCTAATATTT----CGT-CA-TC------ATT-------A--C----------TT---T-CAT---G-AAATCGTGACCAAA-CTTAGG-TT-GCATGTTAATGTCACT-GAAGG-CAC-AGAGGAGTTCTTTAACCGGCTATATCGGACTT-ACTAT---TA-AA-----A--C----GAACCTTTTCTG--CTT--GCAAA-----ATTC-CAAA-A--T--TG-TGCCTTGT-AA------ATATTGTAGTAGGTT----TAT--ATTC--CATCAGATCGTGGCCAGGCTT-GTTAAATTGTT-TATCGGCAtggctagatctgaccagaatggttagagttatgaactttcattaactgataaatcctaatatttcgtcatcattactttcatgaaatcgtgaccaaacttaggttgcatgttaatgtcactgaaggcacagaggagttctttaaccggctatatcggacttactattaaaacgaaccttttctgcttgcaaaattccaaaattgtgccttgtaaatattgtagtaggtttatattccatcagatcgtggccaggcttgttaaattgtttatcggcatgttatta
gi|4 : ttggaaaaatgaccatgattgatagaaaaaggcagGTAAATAATTCTTTAATTCACCTT-----TAGTT-----T-TCACCTTATCTAGACCAAA-GCAG-CCAAAATGTTATTGACAATGCAAACTCAGATGAGTTATTGGACTAGTGGTATC--------AA---ACAGAGTT----GCATCCTTGATTGATTGAAAAATATTCATTTTTGCCTCAT-GA-GCTCTGGTATT-------ACCTGT--A--G--TTC--TA-AT-TAG-A--TCATGAACAAA-GCT-CG-TCAAAGTGTTGCTGACCGT-AAAAG-CTG-TGATGAGTTCATGAACCAGCTATATCAAAC-G-AAAA-GAACA-GAGT--CG--T----GGCCCTTTATTG--A-T--tgttatta
gi|4 : CACCTT----CAA--TTTT--CATCAGATT-TTATTAAATTTGGTGAAACTGTT-TATAGGCAtcaccttcaattttcatcagattttattaaatttggtgaaactgtttataggcataaa
gi|5 : gtaaataattctttaattcacctttagttttcaccttatctagaccaaagcagccaaaatgttattgacaatgcaaactcagatgagttattggactagtggtatcaaacagagttgcatccttgattgattgaaaaatattcatttttgcctcatgagctctggtattacctgtagttctaattagatcatgaacaaagctcgtcaaagtgttgctgaccgtaaaagctgtgatgagttcatgaaccagctatatcaaacgaaaagaacagagtcgtggccctttattgattAAAGTTG-TGGC--CCTTGATTGATGGAATAATGCTAAATTTTGTCTTGT-AA-AC------A---------A--TGT--A--G--A-----AC----------CCCTGATCTAT-CTT-GA-TCAGAATATCCAAGTCCAC-AAAAG-CTT-GAAAGAGTTCCTGTGCCAATTATATTG--C-C-AGAATGAACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATTG--A-T--GAAAA-----ATGT-C--A-A--------TGTTTTGT-TA------ACACTGT--CATCTT----TAG--TTTT--CATTGGAT-------AA---TGGCCAGCATG-T-TATTGTCAATGA-----CGCA------TCTTG-AACCCACCATATTAAACCACAATGGACAGA-GTTATGACCCATT-ATTG---------GT--GAAAAAtaaa
gi|6 : GAA-C-AGAAATGACA-GGGT--TAGAT----G--CCTCAATTTTTA-T--G-AAA-----CTGG-T--G-A--T--TGTTGGCTTGG-TA------ACACTGTAGCACATTGAGTTAA--GTTT------GAATTGTGACCAAACTTGATTGAAATG-T-TATTGGACAT-AGAGCTCTGG-CGAGTGTTTG-TGGTGGCCATATCTGACCAGAA-TGGCAAATACTATGG-GCATTGATTGTTTAAAAAAATCAGAAAATTGC-AA----GGTA-TATAAATAAGAACC-T-TCATTTTGA-TATATTTTC--CGGACTCAAATAGTCAAAAT-------AGTTTTA-------AAT--ACTAAAGCTCAGCTGAACTTatactaatt
gi|7 : tggatATGGAAAAATCTTTTTTTTTGTCTC----A-AA------ACTGTCTAGCA--TGT--TCTG--TT---TTTATCT-G-A--CTGTGAATAAA-CAT-GG-GCTGAATGTTTATGTCCAT-GAAAG-TTT-GGACAAGCACTAAAACCAGCAATATCCAAC-T-AAAAAGGACA-GAGT--TA--T----GGCCCTTGATGG--A-T--GTAAAAAAAGAAGC-T--A-A--T--------ATTAT-AA------GCGCTATGTCACATT----TAA--TTTT--CATCTGATCTTGACCTTATTTGGTTAGAATG-T-TACTGATAATAAAAGCTTCAG-TGAGTTTTAG-AAACAGCGTTATCAACCCAAA
gi|8 : attgatctacATGTTTATGTCCATGTAAGCTTGAATGATTTTTTTAACGGGCTGTATCAGACCAG-A---------GTTA-TAGT--CCTTGCTTGATAAAAAAATGCAGTTTTTTGTCTCAT-TA-AC------TCT-------A--TGT--C--ACCTT---TACAT-T------TC---ATCAGATCTT-GG-TCAGAATG--A-----AAT-AA-----TC--------------ATCCAGTCTTTTTGGAC-C-AGAATGGACA-TGTT--TA--T----GGCACTTGATTG--T-T-------------------------T--T--TGCCTTAT-AA------ACATTGTAGTAGCAT----TAC--TTTT--CATTGGATTGTGGCCCTACTTGATCAGAATA---CATTGG-AATgtgga
gi|9 : AA-TTT-GAATCAGAATTTTAAAGAC----AAAAC-TTT-TGACAAGTTCTTCAACCATACACATTGAAT-C-CAAATGGAC--------------------CATTGATTG--A-C--TGAAA-----ATGCAC--ATG--T--T--TGTCTTGT-AA------CAACTG---CAC--T----TAAATTTTT--CATCAGAGTATGAACAA-TTTGGACAGAATG-T-TATTGGCAATGCAAACTTGGA-CG-GTCAATA-AAG-GGCTGTAttcattttctat