lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111 1111111111111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 1 11 1 33333333333333333333333333333 1111 2222222 111 11 1 555555555 11 11 11111 1 1 11111 1111 111 1111 4444444 1 11111 111111 555555555555555555555555555 3333333333333 11 555555555555555555 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222222222222222 11 2222 22222 1 1 8888888888888888888888888888888888888888888888 2222 333333 222 66666666666666666 111 22222222 111 66666666666666666666666666666 111111 2222 11111111111 11 4444444 2222 1 11111111 11 33333333333333 444444444444444444444 22222222222222222222222222222222222 333333333 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111111 2222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 33333333333333333333 11111 111 1 111 222222222222222222 1 11 1111111111111111 33333333333333333 4444444444444444444 111 111 11 111111111111 1 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 000000000000000000000000000 3333333333333333 1 1 111 11 1 11 33 3333333333333333 11 1111 44444444444 1 1 11 1 22 33 1 2222222222222222222222 1 2 1 111 6666666 2 2 22 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11
lowQualScore : 4 1 44 6666 2 3 22 3 9 7 55 7 99999999999999999999999999999 0 555 2 0000 2222222 0 222 33 0 9999 3 3 7 33 333333333 00 00 4 11111 0 1 0 6 5 5 1 8 5 66 9 22222 6 0000 777 2 5 888 88 0 0000 9999999 0 6 66 11111 4 222222 66 8 333333333333333333333333333 0 777 4 55 3333333333333 4 3 55 4 4 111111111111111111 6 1 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 1 5 66 1 777777777777777 5 5 33 5 9999 3333 4 6 1 00000 4 5 5 4444444444444444444444444444444444444444444444 5 0000 3 55 6 5 222222 6 5 3 0 000 55555555555555555 4 888 5 66 00000000 5 111 44444444444444444444444444444 444444 1111 5 22222222222 77 3 9999999 3 1 0 8888 777 0 4 2 00000000 22 4 4 66 9 1 99999999999999 4 1 000000000000000000000 7 99999999 88 77777777777777777777777777777777777 2 666 111111111 7 00 666 33 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4444444 2 4444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 11111 1 4 7 4 4 11111111111111111111 3 00000 4 777 2 4 00 666 222 222222222222222222 3 0 999 11 88 0 9999999999999999 0 6 88 88 3 22222222222222222 1 6 7777777777777777777 4 000 777 77777 11 5 888 888888888888 1 3 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 6 1 6 6 88 333333333333333333333333333 99 6666666666666666 2 6 0 111 00 2 88 7 22 6 1111111111111111 6 6 88 6 7777 6 00000000000 5 1 3 88 77 3 00 00 4 0 3 3333333333333333333333 5 4 0 5 4 777 66 8888888 0 2 77 0 77 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 6
lowQualScore : . . .. .... . . .. . . . .. . ............................. . ... . .... ....... . ... .. . .... . . . .. ......... .. .. . ..... . . . . . . . . . .. . ..... . .... ... . . ... .. . .... ....... . . .. ..... . ...... .. . ........................... . ... . .. ............. . . .. . . .................. . . ................................................................................................ . . . .. . ............... . . .. . .... .... . . . ..... . . . .............................................. . .... . .. . . ...... . . . . ... ................. . ... . .. ........ . ... ............................. ...... .... . ........... .. . ....... . . . .... ... . . . ........ .. . . .. . . .............. . . ..................... . ........ .. ................................... . ... ......... . .. ... .. . ....................................................................................................... ....... . .......... ............................................................ . ..... . . . . . .................... . ..... . ... . . .. ... ... .................. . . ... .. .. . ................ . . .. .. . ................. . . ................... . ... ... ..... .. . ... ............ . . ................................................................................................ .. . . . . .. ........................... .. ................ . . . ... .. . .. . .. . ................ . . .. . .... . ........... . . . .. .. . .. .. . . . ...................... . . . . . ... .. ....... . . .. . .. . .................................................................... .. .
lowQualScore : 1 9 22 5555 5 1 66 6 5 2 00 3 99999999999999999999999999999 4 888 6 9999 7777777 6 555 00 3 6666 0 1 0 00 777777777 99 66 4 11111 9 9 1 4 0 0 7 3 0 99 0 55555 4 1111 444 0 0 888 55 1 6666 9999999 4 8 00 11111 4 888888 11 3 888888888888888888888888888 3 000 0 55 8888888888888 0 9 00 4 4 000000000000000000 5 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 0 9 11 1 111111111111111 0 0 22 0 6666 6666 3 0 0 00000 1 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 7 7777 9 44 0 7 777777 0 7 7 4 111 66666666666666666 3 111 0 99 11111111 0 222 11111111111111111111111111111 444444 5555 1 99999999999 99 4 9999999 0 9 9 6666 888 1 4 0 00000000 88 4 4 11 8 1 55555555555555 1 2 222222222222222222222 6 00000000 22 22222222222222222222222222222222222 5 444 777777777 5 99 444 11 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444444 2 8888888888 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 99999 4 0 3 0 0 44444444444444444444 9 00000 4 999 5 4 44 666 111 333333333333333333 7 1 555 99 77 8 0000000000000000 7 3 11 22 4 99999999999999999 9 2 4444444444444444444 4 666 000 88888 22 0 888 777777777777 3 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 22 7 8 7 7 88 777777777777777777777777777 22 5555555555555555 5 7 0 555 99 3 33 3 00 0 0000000000000000 0 7 33 7 0000 6 00000000000 0 0 3 33 77 3 00 55 0 5 0 5555555555555555555555 5 0 0 5 0 000 55 0000000 0 5 00 0 55 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0
consensus : TCCAGTCAATCTACGGTT--AT----TTTAGGT-CAACCCGGACAAAATTGCAACANAATGTT--TCT-AAGC---T---G----TAT-TN------T--NTAT---TNACA---TATA--TTG--CTGCAAAACATATNAAAAGTTTA--CCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTAT--T-TTACTAGTTNAAAC--AC-A-----CCACCTAACTGAAAAA-TGTTTAAGCTTTGAA-A--AGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG--TGTATA-A---ATN-AACT----TTTTA--CCNCTAATAATGTTATTTCCTGT-----GATACAGA-TT------T--ACAACTATAAG---------N---TTTT-T--A--N-CAATAAAA---TAA-CA--TATTTN---------AGGTTAT-TTAGAACCGTAA-TGT-A--TTAAAAATGTGC--TTTGAGCATGTGAAATTACC-CC-ACCCACCTATTTT-T---N---AC--GAGT-------CA--ATCTAT-----T------TTA----GGTT---A--N-A----NC------GG-ACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTA-----A--NTTG---TTCTT-TT-TATNAACAT-ATA---TTGCAG--AAAACATATNAAAAGTTTACC-GCAATCGGACGATAGGAAAGCTTA--TTTTACNAGTTNAAGCACACNACCTAACTG-A--TT--AAAAATG-TTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCACTGAC-ACTA---GTTGTGTAT-AATTCACCTTTTTG-C----A---C-----ATANTG-TTATTTCCTGTGATAC--A-NATGTTATA-AC-NATAA----G----TTTN-TTA----TCA-----TA------AAAT---AAC----ATA----TTTTAGGTTATTTGGAGCCTNN-ATGTATTGAAAATGTGCCGTTT---GAGCAT-GTGAAATTA-CC-C-C-ACCCGCCT-ATTT-T--AACGGGTCAATCTATAA---CT---A--NTTTAGGTCAA--CC--CGG--AC--A--A--TTGCAACANAATGTTT-----C--T-AAG-CTG-T-----TNT-----TTT-T----------ATTAACAT---ATATT-GC-TG---CAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAA-------------------C--------AATT-GAGNGCACAACCTAACTGTTA--AATT--A--AA-------G---T---T--------AAGC--------TT-------TGAAAAGGTCACC------ACTGACACT-----AGTTG-TGTA-NAAT-----TCA--CTG---TTTTACAC--C--TAA-TANTG--TTATTTTCTGTGATGCAGATGTT-ATAACAA-TANG-TT-TC--------TT-A--------TCANAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATT-TGGAACCTTAATG--TATTGAAAATGTGCCGTT-T---GAGCATGTGAAATTA-CCCC--ACCCACCTATTTT-ATC----GAGTACA-TCAATCTATGATTAT-TTTAGGT-TNA-A-NCGG-A-CAN----AATTGCAACATAATGTTTCTACGC-TGATTT---TTTA--TAT-TT--ACAAGTA--T--TTCTGCAA-AAC---ATATNAAAAA--TANAGCAATCGAACAA-AGGGA-AANTT-TTGTTTA---AGTT----CNNACC-----CA-TTACCTATTTGAAAAATATTT--A-CTTTNAGAANAG--GCCATC-----ACTGATACAA--G-TGTACAATNTAT-TATTTT-ACAACTT-T----CG-----------TGTTACCTGAAATAG--TTTAT-GCTTCATATTAA-A-ATTTGTT-TATCAATAAAATAAC-TAATTGANGTTAT-AGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCANTCC----CAATTCT--AACAAGCAGATATAT----GATTC---TATG----TTGTTTTCATT-ACG--TATTTCTTCATAAT-ATATC-AAAACTTACNGCNATTAANCAATAAGAAATATAAGATTTGGTATGAGCTTAATNAATCGTCTANCTGGNTATTNNCTCAATAAGTCATGCANTGATNNTAGTTTGTAAGCATAGTATATAAATTACAGTT-------TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
Reference ( gi|1 ) : TCCAATCAATGTACGATT--AT----TTTAGAT-CAACCAGGAAAAAATTGTAACAGAATGTT--TCT-AAGC---T---A----TAT-TG------T--GTAT---TAACA---TATA--CAG--CTGCAAAACATTTCAAAATTTTA--CTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTAT-ATATTACTAGTTCAAAC--AC-A-----CCACCTAACTGTAAAA-TCTTTAAGCTTTGAA-A--AGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG--CGTGTA-A---ATT-AACT----TTTAA--TCGCTAATAATGTTAATTTGTGT-----GATACAGA-TT------T--ACAACAATAAG---------A---TTTG-T--A--A-CAATAAAA---TAA-CA--TATTTA---------AAATTAT-TTAGAACCGTAA-TGT-A--TCAAAAATGTACCTTTTGAGTATATGAAATTACC-AC-ACTCACCTATTTT-T---C---AC--GAGT-------CA--A-CTAT-----T------TTC----GGTT---A--T-A----GT------AG-ATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTA-----A--TTTA---TTCTT-TT-TATGAACAT-ATA---TTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAAC-GCAATTGAAAAATACGAAAGTCTA-GTTTTATTGGTTCAAACATACCACCAAACTGCAC-TT--GAAAATG-TT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGAC-ACTT---GTTGTGTGT-AGTTCATTGTTTTA-C----A---T-----ATACTA-CTGTTTTCTATGATGC--A-TACGTTGTA-AT-AATAA----G----TTTG-TCG----TC------TA------AAAG---AGC----ACA----TTTTAGAGTATTTGGAGTCTTC-GTGTATTGAAAATGTGACGTTT---GAGCAT-GTGCAATTA-TC-C-C-ACCCATCT-ATTT-T--AACGGGTCAATCTATAA---CA---A--GTTTAAGTCAA--AT--TAG--AT--A--A--TTGCAACAAAATGTTT-----C--T-GAT-CTG-T-----TCT-----TTT-T----------ATTAACAT---ATATT-AC-AG---CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAA-------------------C--------AATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AGTT--A--A--------G---T---T--------AAAT--------TT-------TGAAAAGGTCATC------GTTGACACTTAATGAGTTG-TGTA-GCGT-----TCA--CTG---TTTTATAC--C--TAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTT-GTAACAA-TACG-TT-TC--------TC-A--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATT-TGGAACCTTAATA--TATTGACAATGTGACGTT-T---GAGCATGTGCAATTA-TTCC--ACCCACCTATTTC-ATT----GAGTACA-TCATTCTGTAATTAT-TTTAGGT-TCA-A-GCGG-A-AAC----AATTGCAACATAATGCTTCTATAC-TGAGTT---TTCA--TAT-TC--ACAAGTA--T--TTCTGTAA-AAC---ATATAAAAAA--TAAAGCAATAAAACAA-AGGGT-ACGTT-TTGTTT----AGTT----CCTACC-----CA-TTACCTATTTGAGAAGTGTTT--A-TTTTCAGAATAG--ACCATT-TTGGAATGACACAA--G-TGTACAATTTAT-TATTTT-ACAACTT-TA---CA-----------TATTAGCGGAAATAG--TTTAT-GCTTAATATTAATA-ATTTATT-TATCAATAAAATAAC-TAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCTTC----CAGTTCT--AACAAGCAGATCTAT----GTTTC---TATG----TTCTTTTTATT-ACA--TATTGTTTCATAAT-ATATC-AAAAGTTACTGTGATTAAACAATGAGACAT-----ATTTGGTTCGAACTTAATTA-TTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTAGCA
gi|3 : TCAAGTCAATCTACGATC--AT----TGTAGGT-CAACCCGGACAAAGTTG---CAGAATATTATTCTGAAG-------------TGT-TC------T--TTAT---TTACA---TATA--TTG--TAGCAAAACACATAAAACGTTTA--CCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGAT-TT-TT-CTAGTTAAAAC--AT-A-----CTACCTAACTG--AAA-TGTTTAAGCTTTGAA-A--AGGTCGCTAC-----TGACA---CCAGTTG--GGTATA-A---TTT-ACCT----TTTTACCTCTCTAATAATGTTATTTCCTGT-----GATACAGA-TG------T--ACAATTACAAG---------CTTTTTTT-T--AT-A-TGATAAAA---TAA-CA--TTTTTC---------AGGTTAT-TTAAAACTCCAA-TGT-A--TTAAAAATATA----GTGAATCTAT--AAT---------------TATTTT-------------AGGT-------CA--A-------------------------------A--T-A------------AG-ACAAAATTT---CAGAGTGTT--TCTA-----A--ATTG---TTCTT-TT-TATTAGCCT-ATA---TTGCTA-GAAAACATACCAAAAGTTTACC-ACAATCGAACAATTAGAAAGTTTATTTTTTATAATTTCAAGCA----ATTAAGCT-----TT--G------------------AAAAGGTCACCCCTGAC-ACTA---GATGTGTAT-AATTCACC-TTTT------------------TACTA-TTATTTTCCATGAGGC--A-CATGATGTA-AC-AATAA----G----TTTC-TTA----T-------TA------AAAAAATAAC----ATA----TTTAAGATTATTTGGAACAGTA-ATGTATT-AAAATGC--CGTTT---GAGCAT-GT-TAATT--TC-CAT-ACCC-TCTCGTTTCT--ATCAAGTAAATATGTTA---TT---A---TTTAGGTTAATGCT--GAC--AT--A--A--TTGCAACATATTGTTT-----CGAT-GA---TG-A-----TTT-----TT------------------CAA---GTATT-TC-TG---CAAAACATCT-A---A-----------AATCAAA-------------------C--------AA---GAGGGT--GACTTTGTTTTTA--GTTC--A--AACAC----A---T---T--------AAATA-------TTTACTCTATGAAAAGGCCATC------ACTAACAC--AA------G-TGTA-CAAT-----TTA--TTA---TTTTACAC--
gi|6 : caaatgtaataaatcagTCCAGTCAATCTATGATT--AT----TTT-GAT-CAGCCCGGACACAATTGCAACACCATGTT--TTTTAAAC---T---G----C-T-TT------T--GTAT---AACCA---TGTG--TTG--ACGCAAAGCATTTCAAAAGTTTA--ACACAATCAGACGATAGGAAA---------ATT-CT------AAC--AC-A-----CCACCTAACTTAAAAA-TGTTTACGCTTTGAA-A--AGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG--TGTATA-A---ATG-CACT----TTGTA--CCGCTAATAATGTTATTTTGTGT-----GATGCTGA-TT------T--ACAACTATAAGT--------C---TCTT-T--A--T-CATTAAAA---TAA-CA--TATTTT---------AGGTTAT-TTattcgtgtaacctacaatagtttatgcttcatatatcaattaaatagcttactaagaatattagaagtcagcatattaacaaattgtgtaattgcaacatatgcaattacccttttaacacaatttaacaagcatatatatgatta
gi|14 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagTCCAGTCAATCTATGATT--GT----TTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTT--TAA-AAAT---T---G----TAT-TT------T--TTAT---Tg
gi|16 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTCCTGTCAATCTACGGTT--AT----TTTAGGT-CAACCCGGACAAAATGGCAAtaaat
gi|17 : taaccagTCCAGTTAATCTACTGTT--AT----TTTAGAT-CAACTCGAACAAAA
gi|2 : gtacaatgttagCCAGTCAATCAACGGTT--AT----TT-AGGT-CAACTCAGATATTATTGCAACATAATGTT--TCT-GAGC---T---GTTTTTTT-TGTTTTTTT--GTAT---TTACATTTTATA--TTG--CTGCAAAATA--TCAAAAGTTTA--CCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT-T----TTACCAGTTCAAAT--AC-A-----CTTCCTGACTGAAAAA-TGGTAAAGCTTTGAA-A--ACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA--TGTATG-A---TCA-AACT----TTT--------TTATAATGTTATTTCCTGT-----GATACAGA-TT------G--ACAGCTAT------------A---TTTT-T--T--T-CATAAAAA---TAA-CA--T-T--------------ATCAT-TTAGAACCTTAA-TGT-A--TTGAAACTGTGCATTATGAGTATGTGAAATTACC-CC-ACCCATTTA-TGC-T---A---AT--GAAT-------CA--ATCTAT-------------------GGTT---A--T-ATTAGGTATTATAAG-ATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTA-----C--ATTA---TTCTT-TT-TATTTACAT-ACA----TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATA-GTAATCGAACAATAGGAAAACTTA--TTGTGTAAGTT--------CCACCTAACTG--------AAAAACG-TT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAA-AACA---GTTATGTAT-AGTTCACTGTTTTA-C----ACCTT-----AAACTGTTTTTTTTCTATTAAAC--A-TATATTATA-AC-AATAA----A----TTTC-ATA----TCA-----CA------AATT---ATC----ACA----TTTTAGATTATTT-GAG-CTTT-ATGTCTCGACAATGTGCCGTTA---GAGCAT-GTGAAATTACCC-C-C-ACCCTCCT-ATTT-T--AACGGGTCAATCTATAT---CT---A--GATTTGGTCAA--CT--TAG--AT--A--AATTTGCTACAAAATGTTT-----T--T-AAA-CTG-TAGTAGTTTTAAGCTTT-T----------AGTAATAT---ATATT-GC-CGA--AAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAA-------------------C--------AAT------AGAAAAGCTTATTGTCATTAGTTC-A--AACAAAAATA---T---T--------AAGC--------TT-------TGAAAAGGTAATC------GCTGACACT-----AGTTG-TGTA-CAGT-----TCA--CTG---TTTTACAC--T--TAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTT-GTAACAA-TGTG-CT-TC--------TT-A--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATG-TGAATCTTTAATG--AATTGCAAATATGCCGTT-G---TAACATGTGAAATTA-CCTC--ACCCACCTATGTT-ATT----G
gi|4 : AATC--TGTA--ATT--AA----TTTAGGT-TAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCT--TAT-ACGT---TGATA----TAC-TA------T--TT-T---TATCA------A--TAGTTCTTCAAAACAT--AAAAAT---A--CAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT----TGTT-TTAGTTCCAACC-AC-AGTCAATTACATATTTAAAAAA-TATTTA--TTTTCAT-AGCAATT----AC-----TGATA---CAAGT-----ATACA-ACATATT-A--T----TTT------GC-----ACGTT--CTCGTGTTACCTGAAATAGA-TTATGCTCT--ATGTGAATAA--------------TTTG-TTCA--T-CAATAAAA---TAA-C---TAATTG------------TTGT-TAAGAACC--AA-TAT-AAACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACC-AC-TCCCA---ATTCT-TAAACAAGAA--GAGC-------TATGA-TTAC-----T------TTA----GGTA---AACC-G----G--------G-ACGAAAATGCAAC-ACATGTT--TCTA-----A-----G---TTGTT-TT-CA-AAACATAATG---CTTCAT----AATATATCGAAAACTTACT-GTTATTAACCAATAAGAAAcgatatagtgctt
gi|13 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaAGTCAATCTATTACC--AG----TTTAGGT-TAAATTCGATAAAATTGAAACAGAATGTT--TCT-AAAC---T---G----TTC-TA------T--TTAT---TAACA---TATA--TTG--CAGGAAAACATtataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|7 : aattacccccacccacctattttaacgTCAATCTACGGTT--AT----TTTAGGT-CAACCCGGACAAAATGGCAACAGAATGGT--TGT-AAGT---T---T----TAT-TC------T---TAT---TTACG---TATA--AAC--CTGCAAAACATATGAAAAGTTAA--C-GCAATCGGACAATAGGAAAGTTTAT--TTTAACAAGTTGAAAC--AT-A-----CCGTTTTACTGAAAAA-TGTTTCCGCTTTGAA-A--ACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG--TGTAT--A---ATT-TACT----TTT-------TTGATAATGTTATTTCCTAT-----GATACAGATTT------T--ATAACTATATG---------T---TTTT-T--T--A-TCATAAAA---TAA-CA--TATTTT---------AGGTTATGTT---ACCGAGACTGTGA--TTAAA------------GAGTATGTGACATTACC-CC-A---ACCTACTaaaggaaagcttat
gi|9 : gTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAAT-AATATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCT-AAAC-------A----TGA-TG------C--ATATGTCTAACA----ATA---AG--TTTCTTAATATTTTAc
gi|18 : ttttgatgacaaatttattccatagtatacattagtgttattttcatcagtgtgtaaactatacttattgaaaatatgccgtttgagaatgtgaaattgcctccatccgcctattttaacgcgTCAATATACGGTT--AC----TTCAGGT-CAACTCGGACAAAATTGCAGTAAAAttacaaaaaaagcgtaa
gi|4 : TATGATT--AC----TTTAGGT-AAACCGGGACGAAAATGCAACACA-TGTT--TCT-AAG---------------T-TG------T--TT-T---CAAAA---CATA--ATG--CTTCATAATATATCGAAAACTTA--CTGTTATTAACCAATAAGAAA---TATAAGATT--TAGTATGAACTTATAA-----TCGTCTAACTGT
gi|11 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagcTACGGTT--AT----TTTAGGT-CAATCCGGGCAAAATTGCAACATAATGTC--TCT-AAGCTATT---A----TAT-T-------T--ACAT---TTATA---TATAATGAG--AAACAAAACATTtattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataatccgttaattcAATTGCAACATAATGAT--TCT-ATGC---T---G-----AT-TA------TTCATAT---TCACG---AGTA--TTT--CTCCAAAACATAT-AAAAT---A--CAGCAATTAAACAAAGGGTAAGCTTA-------ATTAATT----------A-----TCATTTGA-------A-TATT----CTTTCAATA--AGT-CATCAC-----TGATA---TTAGTTGTACATGTA-T---ATA-AATTACAGTTTCA--TACCAAACAACCCTATTTTCTAA-----AATATA-A-TT------TTCATAGCAA-AAC---------A---TTTTCT--A--T-CAATAAAA---CCA-CA--TGTTTA---------GGAATAT-C--AAACTGTAA-TGT-A---CAAgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|8 : ttggcacAGT---T---G----TATGTG------T--GTGT---TAANN---NNNN--NNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGCTATT---CGATGAGAAAGCGTAT-AT-TTACTAGTTGAAGT--AC-A-----CAAC-TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAA-A--AGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG--TGTATA-A---ATG-AACT----TTTTG--CCACTAATAGTGTTATTTTGTGT-----GATACAGA-TT------T--ACAACTATACT---------C---TTTT-T--T--ATCATTAAAA---TAA-CA--TATTTT---------AGACTAT-TTGGAACCGTAA-AGT-A--T-------------TTT---CATATGAAATGATC-CC-ACCCACCTATTTTAT---T---GCCGGAGT-------AC--A-TCAT-----T------CT------GTT---A--T-cacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|15 : TGCAAAACATATAAAAAGTTTA--CCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT----TTTTACTGGTTTAAGC--AC-A-----AAACCTAAATGAAAAA-tatt
gi|12 : ccagtgttgcgttttcatatctcttgagCTTTAAA-A--AGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTG---GTGTATA---ATTGAACT----TTTTA--CCTCTAATAGTATTATTTCCTGT-----GATACAGA-TT------T--ACAACTGTAAGCT-------A---TTT--T--A--T-CAGAAAAA---TG---A--TATTTC---------AATTTGT-T
gi|4 : T-----GATGCATA-TG------T--CTAACAATAAGTTTCTTAATA---TTT--T--ATTA-CAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTT---------AGTTTAT-TTGGAGCCTAAA-TGT-A--TTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACC-CC-ACCCACCTATTTTAT--------T--GAGTAAATCTGTA--A-TTAA-----T------TTA----GGTT---A--A-A----GC------GG-ACACAATTGCAACATAATGCT--TATACGTTGA--TATA---CTATT-TT-TATCAATAG-TTC---TT-C----AAAACAT---AAAAAT---ACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTTT-GTTTTA---GTTCCAAC-CACAGTC-AATTACATATTTAAAAAATA-TT-TA-TTTTCATAGCA--ATTACTGAT-AC------AAGTATAC-AACATATTATTTTG-C----A---C-----GTTCTC-GTGTTACCTGAAATAG--ATTATGCTCTATGTGAATAA---------TTTGTTCA----TCAA----TA------AAAT---AAC----TAA----TTGT----TGTTAAGAACCAAT-ATAAACTAAAACTGTGTAATTG---GGGCAT-GTGAAATTA-CC-A-C-TCCCA----ATTC-TTAAACAAGAAGAGCTATGA---TT---A--CTTTAGGTAAA--CC--GGG--ACGAA--A--ATGCAAC-ACATGTTT-----C--T-AA----G-T-----TGT-----TTT-C----------A--AA-AC---ATAAT-GC-TT---CATAATATATCG---AAAACTTACTGTTATTAAC-------------------C--------AATaatgaccc
gi|6 : aaca-T--A--A-TAATAAAA---CAA--A--TATTTATCAGAAAAAAAATAAT-ATAGA--C---A-TGT-A--TCAATA-T-TAC---TCAATTAT-TTAAATTGT------------TATTAG-T---C----C---AGT-------CA--ATCTATGATTAT------TTT----GATC---A--G-C----CC------GG-ACACAATTGCAACACCATGTT--T-----------TTTAAACTGCTT-TTGTATAACCAT-GTG---TTGACG-CAAAGCATTTCAAAAGTTTAAC-ACAATCAGACGATAGGAAAAT---------------TCTAACACACCACCTAACT------T--AAAAATG-TTTACGCTTTGAAAAGGTCACCACTTAC-AATTATAGTTGTGTATAAATGCACT-TTGTA-CCGCTA---------ATAATG-TTATTTTGTGTGATGCTGA-T---TTACA-AC-TATAA----GTCTCTTTA-TCA----T-------TA------AAAT---AAC----ATA----TTTTAGGTTATTTGaagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|9 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaaAACTATAC-T-T-A--TTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTGCCTCC-ATCCGCCTA-TTT-T---A---AC--GCGT-------CA--ATCTATAA---T------TGCATGTAGTTTAAA--TAA----AT------AATATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTA-----A--
gi|13 : ttttgatgacaaatttattccatagtatacattagtgttattttcatcagtgtgtaAATTACC-CCCACCCACCTATTTT-----A---AC--GAGT-------CA--ATCTAT-----TACCAGTTTA----GGTT---A--A-A----TT------CG-ATAAAATTGAAACAGAATGTT--TCTA-----A--ACTG---TTCTA-TT-TATTAACAT-ATA---TTGCAG-GAAAACATAAAGGAAAacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
gi|7 : TAT-----T------TTA----GGTC---A--A-C----CC------GG-ACAAAATGGCAACAGAATGGT--TGTA-----AGTTTTA---TTCTTATT-TACG----T-ATAAACCTGCA----AAACATATGAAAAGTTAA-C-GCAATCGGACAATAGGAAAGTTTA-TTTTAACAAGTTGAAACATACC-----GTTTTAC-TG--AAAAATGTTT-CCGCTTTGAAAACGTCACCACTAGCGA------GTTGTGTAT-AATTTACTTTTTTG----------------ATAATG-TTATTTCCTATGATAC--A-GATTTTATA-AC-TATAT----GT---TTTT-TTA----TCA-----TA------AAAT---AAC----ATA----TTTTAGGTTAT-----GT--------TACCGAGACTGTGA---TTAAAGAGTAT-GTGACATTA-CC-C-C-AACCgcttat
gi|3 : gtcaatctacggtG-ACAAAGTTGCAG---AATATTATTCTG-----A--AGTG---TTCTT-T---ATTTACAT-ATA---TTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACC-GCAGTCGGACGACAGTAAAG-CTG-ATTTTTCTAGTTAAAACATACTACCTAACTG----------AAATG-TTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGAC-ACCA---GTTGGGTAT-AATTTACCTTTTTA-C----C---TCTCTAATAATG-TTATTTCCTGTGATAC--A-GATG-TACA-AT-TACAA----G----CTTT-TTT----TTATATGATA------AAAT---AAC----ATT----TTTCAGGTTATTTAAAA-CTCCAATGTATTAAAAATATAG----T---GA--AT-CTATAAT-----------------T-ATTT-T--A---GGTCAA---ATAA---GA--------------CAA--A--------AT--------TT----CAGAGTGTTT-----C--T-AAA-TTG-T-----TCT-----TTT-T----------ATTAGCCT---ATATT-GCTAG----AAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAA-------------------C--------AATTAGAA-----AGTTTATTTTTTAT-AATTTCA--A--------GCAAT---T--------AAGC--------TT-------TGAAAAGGTCACC------CCTGACACT-----AGATG-TGTA-TAAT-----TCA--CC----TTTT-------------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGAT-GTAACAA-TAAG-TT-TC--------TT-A--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATT-TGGAACAGTAATG--TATTAA-AATGC--CGTT-T---GAGCATGT-TAAT---TTCCATACCCTCTCGTTTCTATC----AAGTAAA-T-A---TGTTATTA--TTTAGGT-TAA-T-GCTG-A-CAT----AATTGCAACATATTGTTTCGATGA-TGATTT---TT-------------CAAGTA--T--TTCTGCAA-AAC---ATCTAA------------AATCAAACAAGAGGGTGACTTT-GTTTTT----AGTT----CAAACA-----CA-TT-----------AAATATTT--A-CTCTATGAAAAG--GCCATC-----ACTAACACAA--G-TGTACAATTTAT-TATTTT-AC-ACAT-T----CG-----------TGTAACCTACAATAG--TTTAT-GCTTCATA---------------TATCAATTAAATAGC-TTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAAGCATATATAT----GATTtactc
gi|15 : caaatgtaataaatcagtcaagtcaatctacgatcattgtaggtcaacccgAAAACATATAAAAAGTTTACC-GCGATCGGACGATTAGAAAGCTT---TTTTACTGGTTTAAGCACAAAACCTAAATGa
gi|8 : ccagtgttgcgttttcatatctcttgagtgcGAAAGCGTA-TATTTACTAGTTGAAGTACACAACTAA-CTGAA-------AAAATG-TTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCACTAAC-ACTA---GTTGTGTAT-AAATGAACTTTTTGCC----A---CTA---ATAGTG-TTATTTTGTGTGATAC--A-GAT-TTACA-AC-TATACTCTTT----TTTA-TCA----T-------TA------AAAT---AAC----ATA----TTTTAGACTATTTGGAA---CC-GT------AAAGTAT----TTT------CAT-ATGAAATGA-TC-C-C-ACCCACCT-ATTT-T--Aaaaaa
gi|4 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattcgatgaATGATGC--A-TATGTC-TA-AC-AATAA----G----TTTC-TTAATATTT------TATTACAAAAAA---AGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAA-ATGTATTGTCAATGTGCTGTTT---GAGCAT-GTAAAATTA-CC-C-C-ACCCACCT-ATTT-T--ATTGAGTAAATCTGTAA---TT---A--ATTTAGGTTAA--AG--CGGACAC--A--A--TTGCAACATAATGCTTATACGT--T-GAT-ATA-C-----TAT-----TTT-T----------ATCAATAG---TTCTT---------CAAAACATA--A---AAA---TACAGCAATCAAA-------------------C--------AAttgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : aacTATTGAAAATATGCCGTTT---GAGAAT-GTGAAATTG-CCTC-C-ATCCGCCT-ATTT-T--AACGCGTCAATCTATAATTGCATGTA--GTTTAAAT-AA--ATAATAT--AA--A--A--TTGCAACAAAATGTTT-----C--T-AAagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|11 : ttttgatgacaaatttattccatagtatacattagtgttattttcatcagtgtgtaaactatactTTGTAATTGTG--GTAT---GAACATTGTGTAGCTA-TA-----ATCCGTTA-ATTC-T--A-CGG------TTAT--------------TTTAGGTCAA--TC--CGGGCAA--A--A--TTGCAACATAATGTCT-----C--T-AAG-CTA-T-----TAT-----ATT-TAC--------ATTTATAT---ATAAT-G--AGAAACAAAACATacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
gi|13 : tgatcgAATTA-CC-C-CCACCCACCT-ATTT-T--AACGAGTCAATCTATTA---CC---A--GTTTAGGTTAA--AT--TCG--AT--A--AAATTGAAACAGAATGTTT-----C--T-AAA-CTG-T-----TCT-----ATT-T----------ATTAACAT---ATATT-GC-AG---GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAtgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|2 : GTCAATC---AA---CG---GTTATTTAGGTCAA--CT--CAG--AT--ATTA--TTGCAACATAATGTTT-----C--T-GAG-CTG-T-----TTT-----TTT-TGTTTTTTTGTATTTACATTTTATATT-GC-TG---CAAA--ATATCA---AAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATTTTTACC--------AGTTCAAATACACTTCCTGACTGAAA--AAT------G--------G---T---A--------AAGC--------TT-------TGAAAACGTCACCACACATGTT-ACGCTT-----GTTA-TGTA--TGA-----TCAAACTT---TTTTATA-----------A-TG--TTATTTCCTGTGATACAGAT-----TGACAGCTATA-TT-TT--------TT----------TCATAAAAA-----TAA-CA------TT--ATCATT-TAGAACCTTAATG--TATTGAAACTGTG-CATTAT---GAGTATGTGAAATTA-CCCC--ACCCATTTATGCT-AAT----GA----A-TCAATCTATGGTTAT-ATTAGGTATTATA---AG-A-TAG----AATTGCAAAAGACTGTTTCTACAT-T-ATTC---TTTT--TAT-TT--ACATACA--T--GTAGAAAA-AAC---ATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAA-AACTTATTGTGTA---AGTT----CC--------------ACCTAACTGAAAAACGTTA--AGCTTT--GAAAAG--GTCATCACTGAAA----ACAGTTA-TGTATAGTTCAC-TGTTTT-ACACCTT----------------------------AAACTG--TTTTT---TTTCTATTAAAC-ATATATTATAACAATAAAt
gi|6 : ccaGTCAATCTATGA---TT---A--TTTTGA-TCAG--CC--CGG--AC--ACAA--TTGCAACACCATGTTT-----T--TTAAA-CTG--------CT-----TTTGT----------ATAACCAT---GTGTTGAC--G---CAAAGCATTTCA---AAAGTTTAACACAATCAGA-------------------CGATAGGAAAATTCTAACACACCACCTAAC--TTA--A-----A--A--------ATGTT---T--------ACGC--------TT-------TGAAAAGGTCACC------ACTTACAATT-AT-AGTTG-TGTATAAAT-----GCA--C------TTTGTACCGC--TAA-TAATG--TTATTTTGTGTGATGCTGAT-TT-ACAACTA-TAAG-TC-TCT-------TT-A--------TCATTAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGGTTATT-TGtttcatatcacaaattatcacattttagattatttgagctttatgtctcgacaatgtgccgttagagcatgtgaaattacccccaccctcctattttaacgggtcaatctatatctagatttggtcaacttagataaatttgctacaaaatgtttttaaactgtagtagttttaagcttttagtaatatatattgccgaaaaaacatattaaaagtttattgcaatcgaacaatagaaaagcttattgtcattagttcaaacaaaaatattaagctttgaaaaggtaatcgctgacactagttgtgtacagttcactgttttacacttaactgttattttattttcttcgatgcatatgttgtaacaatgtgcttcttattacaaaaataacacaatttagattatgtgaatctttaatgaattgcaaatatgccgttgtaacatgtgaaattacctcacccacctatgttattgcgatatagtgctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagtccaGTCAATCTACGG---TT---A--TTTTAGGTCAA--CC--CGG--AC--A--AAATGGCAACAGAATGGTT-----G--T-AAG-TT--T-----TAT-----TCT-T----------ATTTACGT---ATAAA-CC-TG---CAAAACATATGA---AAAGTT-AACGCAATCGGA-------------------C--------AATAGGAAAGTTTATTTTAAC----A--AGTT--G--AAACATACCG---T---TTTACTGAAAAATGTTTCCGCTT-------TGAAAACGTCACC------------ACT-AGCGAGTTG-TGTA-TAAT-----TTA--CT----TTTT---------TGA-TAATG--TTATTTCCTATGATACAGATTTT-ATAACTA-TATG-TT-TT--------TTTA--------TCATAAAA------TAA-CA--TATTTTAGGTTATG-T--------------TACCGAGACTGTGA---T-TAAAGAGTATGTGACATTA-CCCC--A---ACCTACT
gi|5 : --AC--A--A--TTGCAACATAATGATT-----C--T--ATGCTGAT-----TAT-----TCA-T----------ATTCACGA---GTATT-TC-TC---CAAAACATAT-A---AAA---TACAGCAATTAAA-------------------C--------AA----AGGGTA-AGCTTAA---TTA--A-TT--ATCA--------T---T---T--------GAATATTC----TT-------TCAATAAGTCATC------ACTGATATT-----AGTTG-TACATGTATATAAATTA--CAG---TTTCATAC--C--AAA-CAACC--CTATTTTCTAAAATATA-ATTTTCATAGCAA-AACA-TT-TT--------CT-A--------TCAATAAAA-----CCA-CA--TGTTTAGGAATATC---AAACTGTAATG--TAc
gi|15 : ttggcG---CAAAACATATAA---AAAGTTTACCGCGATCGGA-------------------C--------GATTcaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|8 : ccagtgttgcgttttcatatctcttgagt--------AGTTGAAGTACACAAC-TAACTG--A--AA----A--A--------A---TGTTT--------AAGC--------TT-------TGAAAAGGTCACC------ACTAACACT-----AGTTG-TGTA----------TAA--ATGAACTTTT-TGC--CACTAA-TAGTG--TTATTTTGTGTGATACAGAT-TT-ACAACTA-TACTCTT-TT--------TT-A--------TCATTAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGACTATT-TGGAACCGTAAAG--TATT------------TT--------CATATGAAATGA-TCCC--ACCCACCTATTTT-ATTGCCGGAGTACA-TCATTCTGTTATTAT-Tagaaagcttttttactggtttaagcacaaaacctaaatgaaaaa
gi|12 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattcgatgagaaagcgtatatttact--------TT-------TAAAAAGGTCAAT------ATTTACACT-----AGTTGGTGTA-TAAT-----TGAA-CT----TTTTACCT--C--TAA-TAGTA--TTATTTCCTGTGATACAGAT-TT-ACAACTG-TAAG-CTATT--------TT-A--------TCAGAAAAA-----TGA-TA-----TTTCAATT
gi|4 : cTGATGCATATGTC--TAACAA-TAAG-TT-TC--------TT-AATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATT-TGGAGCCTAAATG--TATTGTCAATGTGCTGTT-T---GAGCATGTAAAATTA-CCCC--ACCCACCTATTTT-ATT----GAGTAAA-TC----TGTAATTAA-TTTAGGT-TAA-A-GCGG-A-CAC----AATTGCAACATAATGCTTATACGT-TGATAT---ACTA--TTT-TT--ATCAATA--G--TTCTTCAA-AAC---ATA---AAAA--TACAGCAATCAAACAA-AGGGA-AAACT-TTGTTTT---AGTT----CCAACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAATATTT--A-TTTTCA---TAG---CAATT-----ACTGATACAA--G-TATACAACATAT-TATTTT-GCACGTT-CT---CG-----------TGTTACCTGAAATAG--ATTAT-GCTCTATGTGAATA-ATTTGTT-CATCAATAAAATAAC-TAATTGTTGTTA--AG-AACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACTCC----CAATTCTTAAACAAGAAGAGCTAT----GATTtgttaatgaccc
gi|9 : aacaTGATGCATATGTC--TAACAA-TAAG-TT-TCTTAATATTTT-A--------TTACAAAAA-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|9 : ttttgatgacaaatttattccatagtatacattagtgttattttcatcagtgtgtaaactatacttattgaaaatatgccgtttgagaatgtgaaattgcctccatccgcctattttaacgcgtcaatctataattgcatgtagtttaaataaataatataaaattgcaacaaaatgtttctaaacaATTTTC-ATCAGTGTGTAAACT--ATACTTATTGAAAATATGCCGTT-T---GAGAATGTGAAATTGCCTCC--ATCCGCCTATTTT-AAC----G----CG-TCAATCTATAATTGCATGTA-GT-TTA-A-ATAA-ATAATATAAAATTGCAACAAAATGTTTCTAAACATGA------TGCA--TATGTCTAACAA-TAAGT--TTCT-TAATATT---TTATTACAAA--AAAAGCaagcgtaa
gi|13 : ttttgatgacaaatttattccatagtatacattagtgttAATTA-CCCCC-ACCCACCTATTTT-AAC----GAGT-----CAATCTATTACCAG-TTTAGGT-TAA-A-TTCG-A-TAA----AATTGAAACAGAATGTTTCTAAAC-TG---T---TCTATTTAT-TA--ACATATA--T--TGCAGGAA-AAC---ATAAAGGAAA--gtaa
gi|14 : -ATT----TAATCCAGTCAATCTATGATTGT-TTTAGGT-TCA-T-CCGGAA-AAA----AATTGCAACATAATGTTTAAAAAT-TGTATT---TTT---TAT-TT--Agcttat
gi|7 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcg-TCAATCTACGGTTAT-TTTAGG--TCA-ACCCGG-A-CAA----AATGGCAACAGAATGGTTGTA------AGTTTTATTCT--TAT-TT--AC--GTA--TAAACCTGCAA-AAC---ATATGAAAAGT-TAACGCAATCGGACAA-TAGGA-AAGTT-TATTTTAACAAGTTGAAACATACCG----TT-TTAC-----TGAAAAATGTTTCCG-CTTTGAAAAC-GTCACCACT-AGCGAGTT--------G-TGTATAATTTAC-TTTTTTGATAATGT-TATTTCC-----------TAT-----GATACAGATTTTATAACT--ATAT------GTTTTTT-TATC-ATAAAATAACATATTTTAGGTTATaat
gi|11 : gATTCTACGGTTAT-TTTAGG--TCA-ATCCGG-G-CAA----AATTGCAACATAATGTCTCTA------AGCT---ATTA--TAT-TT--AC----A--T--TTATATAT-AATGAGAAACAAAACA--TTGAACAATAAAACGA-Agttaccgagactgtgattaaagagtatgtgacattaccccaacctactc
gi|5 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataatccgttaAC----AATTGCAACATAATGATTCTATGC-TGATTA---TTCA--TAT-TC--ACGAGTA--T--TTCTCCAA-AAC---ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA-AGGGT-AA------GCTT----AAT-------TA--------A-TTATC-ATTTG---AATATT-----CTTTC--AATAA--GTCATC-----ACTGATATTA--GTTGTAC-ATGTATATAAATT-ACAGTTT-CA---TACCAAACAACCCTATTTTCTAAAATA----TAAT--TTTCATAGCAAAACATTT-TC-TATCAATAAAAaaaaaaaaa
gi|10 : ttggcTGATACAA--G-TGTACAATCTAT-AATCTT-AC-ACTTGTT---TG-----------TGTTACCTGAAATAG--TTTAT-GTTCCATACTAATA-ATTTGTT-CATCAATAAACTAAC-TAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGTCC----CAATTCT--TAAAAGCAGATATATTATCATTTTAGATAT-----TTGTTTTCATT-AAA--TCTCTTGTAATCATGATATC-AAAAccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|4 : acAT----GTTTC---TAAG----TTGTTTTCAAA-ACA--TAATGCTTCATAAT-ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATAAGATTTAGTATGAACTT-ATAA-TCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTA
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacAT----GATTC---TATGCTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC-ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA--AG-------------GGT--AAGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATTACAGTT-------TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222222222 222222 11111 11111 111 111 11111 22222222222 11 5555555555555 44444444444 4444444444444444444 1111 11 1111 11 11 1 2222222 666666 2 5555555555555 11 2222222 1 1 555555555555 11111111 7777777777777777777777777777 11 4444444444444 1 000000000000000000000000000000000000000000 33333 444444444444444 1 1 3333333333333333333 22222 11 1 4444 1 2222222 222 1 2 3333333 11111111111 11 22222 2222222222 33333 222 1 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 11 1 44444444444444 1 1111 55555 2 33 2 6666666 2 77777777 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 3 3 1 1 5 8 6 4 22222222222222 1 4 777 5 999999 3 2 66 0 55 444444 5 5 2 2 888 5 22222 0 1 5 7 0 44444 1 0 000 5 0 000 1 66666 5 1 0 5 5 0 77777777777 5 5 1 4 8888 5 3 66 8 8 11 3 8888888888888 6 1 00000000000 99 6666666666666666666 3 99 1 8888 0 3 11 1 0 0 333 8 0 9999 11 11 11 1 00 2 2 0 3 666 7777777 1 000000 3 11 1 1 77 6 4444444444444 1 4 44 0 1 3 1 33 1 6666666 3 3 9 0 000000000000 66 22 8 3 55 3 33333333 0 66 3 3 5555555555555555555555555555 33 9 1 8 9999999999999 4 6 3 777777777777777777777777777777777777777777 0 9 33333 1 1 666666666666666 3 5 9 1 4444444444444444444 2 1 00000 8 11 1 0 66 3 0 99 0 0 2 4444 6 9 6 1 1 1 1 0 3 0000000 000 8888888 6 3 8 1 4 22 6666666 44444444444 0 1 33 11111 1 1111111111 0 44444 0 22 000 0 33 3 44 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 3 2 1111 22 5 1 11 1 66666666666666 2 0 4444 11 7 1 6 1 222 11111 3 1 22 7 7 00 3 5555555 3 0 22222222 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . . . . .............. . . ... . ...... . . .. . .. ...... . . . . ... . ..... . . . . . ..... . . ... . . ... . ..... . . . . . . ........... . . . . .... . . .. . . .. . ............. . . ........... .. ................... . .. . .... . . .. . . . ... . . .... .. .. .. . .. . . . . ... ....... . ...... . .. . . .. . ............. . . .. . . . . .. . ....... . . . . ............ .. .. . . .. . ........ . .. . . ............................ .. . . . ............. . . . .......................................... . . ..... . . ............... . . . . ................... . . ..... . .. . . .. . . .. . . . .... . . . . . . . . . ....... ... ....... . . . . . .. ....... ........... . . .. ..... . .......... . ..... . .. ... . .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... .. . . .. . .............. . . .... .. . . . . ... ..... . . .. . . .. . ....... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 6 6 0 4 0 9 4 4 33333333333333 0 4 888 6 000000 6 8 66 3 99 111111 0 0 5 8 888 0 55555 2 4 7 2 7 33333 0 7 000 7 1 000 0 66666 0 7 7 7 7 1 77777777777 7 7 0 3 0000 7 8 00 0 0 00 8 4444444444444 7 0 11111111111 22 2222222222222222222 2 22 0 6666 8 2 00 0 8 8 222 0 8 8888 00 88 00 0 55 0 0 2 3 333 3333333 0 333333 7 77 0 0 77 0 3333333333333 0 7 00 7 0 2 2 00 0 8888888 2 5 8 0 555555555555 88 00 8 2 00 5 00000000 2 88 2 2 0000000000000000000000000000 88 8 0 2 7777777777777 7 7 3 000000000000000000000000000000000000000000 7 0 33333 0 0 777777777777777 7 0 6 0 0000000000000000000 8 0 00000 0 00 2 2 55 2 2 55 2 0 0 0000 0 0 0 0 0 0 0 7 7 0000000 000 0000000 0 3 3 0 7 00 7777777 00000000000 7 0 00 99999 0 2222222222 2 00000 2 22 222 0 88 2 00 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 55 0 0 77 0 77777777777777 3 7 7777 33 3 0 7 0 777 33333 3 0 00 3 3 33 7 0000000 0 0 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGG-ACAAAATTGCAACANAATGTTTCT-AAGCTG-TAT-TTTGT----------ATTTA-CAT---ATANTGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATA---T-TT-ACTAGTTNAA---AC-ACA-----CCGCCTAACTGAAAAA-TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACACT---AGTTG-TGTATAA---ATNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGA-TT-TACAACTAT------AAG-CT-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAA-TGT-A--TTAAAACTGTGCA-TT-TGAGTATGTGAAATTACCCC-ACCCACCTATTTT-T-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T-----T------TTAGGT--TAAANC-GGATAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATTAACAT-ATATTGCA-G-AAAA--CATATAA--AAAGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-TTTTNTTAGTT-AAACATACCACCTAACTG-A----AAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTGTTNTTTT-CTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGCCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTACC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAN-TTAGATAA--TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT------TCT----TTTTATTAACATATATTGCNGNAAAA-CATATCAAAAGTTTACCGCAATCGAACAATT-GAA---A-AANCTAATTGTTAT-AGTTC------AA--A-ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA----TACTATTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTA----AATCTGTAATTA-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGATTTTTCAT-TTCACAAGTATTTCTGCAAAACAT-TAAAAAATA-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTTCAGAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTA-GGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAGA-AT---AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAATTACAGTT---CACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGG-ACAAAATTGCAACANAATGTTTCT-AAGCTG-TAT-TNTNT----------ATTNA-CAT---ATATTGC-TG---CAAAACATATNAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTAT----T-TT-ACTAGTTNAA---AC-ACA-----CCACCTAACTGAAAAA-TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACACT---AGTTG-TGTATAA---ATNAACTTTTTAC-CNCTAATAATGTTATTTCCTGTGATACAGA-TT-TACAACTAT------AAG-NT-TTTT-ANCAATAAAATAACATATTTNAGGTTAT-TTAGAACCGTAA-TGT-A--TTAAAAATGTGC--TT-TGAGCATGTGAAATTACCCC-ACCCACCTATTTT-T-NAC-----GAGTCA--ATCTA------T-----T------TTAGGT--TANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAANTTGTTCTTTTTATNAACAT-ATATTGCA-G-AAAA--CATATNA--AAAGTTTACCGCAATCGGACGATAGGAAAGCTTA-TTTTACNAGTTNAAGCACACNACCTAACTG-A-TTAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCACTGACACTAGTTGTGTATAATTCACCTTTTTGCAC------AT---ANTGTTATTTC-CTGTGATACANATGTTATAACNATAAGTTTNT-----TATCATAAAATAACATATTTTAG-GTTATTT----------GGAGCCTNNATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TANTTTAGGTCAAC-CCGGACAA--TTGCAACANAATGTTTCTAAGCTGT------TNT----TTTTATTAACATATATTGCTGCAAAA-CATATCAAAAGTTTACCGCAATCGAACAATT-GAGNGCACAACCTAACTGTTA--AATT-------AA--A-GTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCACTGACACT-----AGTTGTGTANAATTCACTGTTTTACACCTAA----TANTGTTATTTTCTGTGATGCAGATGTTATAACAATANGTTTC--------TTA--------TCANAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTACATCAATCTATGATTATTTTAGGTTNAANCGGACANAATTGCAACATAATGTTTCTACGCTGATTTTTTATATTTACAAGTATTTCTGCAAAACATATNAAAAATANAGCAATCGAACAA-AGGGAAANTTTTGTTTAAGTTCNNACC-C-----ATTACCTATTTGAAAAATATTTACTTTNAGAANAGGCCATC----ACTGATACAAGTGTACAATNTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTTCATATTAA-AATTTGTTTATCAATAAAATAACTAATTGANGTTA-TA-GGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCANT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTTCTTCATAAT----ATATC-AAAACTTACNGCNATTAANCAATAAGAAATATAAGATTTGGTATGAGCTTAATNAATCGTCTANCTGGNTATTNNCTCAATAAGTCATGCANTGATNNTAGTTTGTAAGCATAGTATATAAATTACAGTT-------TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGG-AAAAAATTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA-TAT-TGTGT----------ATTAA-CAT---ATACAGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATA---TATT-ACTAGTTCAA---AC-ACA-----CCACCTAACTGTAAAA-TCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACACT---AGTTG-CGTGTAA---ATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGA-TT-TACAACAAT------AAG-AT-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAA-TGT-A--TCAAAAATGTACCTTT-TGAGTATATGAAATTACCAC-ACTCACCTATTTT-T-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T-----T------TTCGGT--TATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACAT-ATATTGCA-GGAAAA--TATATAA--AAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGTTTTATTGGTTCAAACATACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTACTGTTTT-CTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAA-TTAGATAA--TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT------TCT----TTTTATTAACATATATTACAGCAAAG-CATATCAAAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AGTT-------AA----GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA----TACTATTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATTATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAGTTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATAAAGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTGTTT-AGTTCCTACC-C-----ATTACCTATTTGAGAAGTGTTTATTTTCAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTA-GAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGTGATTAAACAATGAGACAT-----ATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTA-TAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATC-AAAAgca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGG-GCAAAATTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTATTATATTTAC----------ATTTA-TAT---ATAATGA--GAAACAAAACAT-TGAA
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACACT---AGTTGGTGTATAA---TTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGA-TT-TACAACTGT------AAG-CTATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Tcaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTACCCCCACCCACCTATTTT---AAC-----GAGTCA--ATCTA------T-----TACCAGTTTAGGT--TAAATT-CGATAAAATTGAAACAGAATGTT--TCTAAACTGTTCTATTTATTAACAT-ATATTGCAGG-AAAA--CATA-AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG-TAT-TTTTT----------ATTTA-AAT---t
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaG-TGT-TGCGT----------TTTCA-TAT---CTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T----T-TT-ACTGGTTTAA---GC-ACA-----AAACCTAAATGAAAAA-
gi|16 : ccaTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGG-ACAAAATGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGA-ACAAAA
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGG-ACAAAATTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAG-ATATTATTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTG-TTT-TTTTTGTTTTTTTGTATTTA-CATTTTATATTGC-TG---CAAAA--TATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT------T-TT-ACCAGTTCAA---AT-ACA-----CTTCCTGACTGAAAAA-TGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACGCT---TGTTA-TGTATGA---TCAAACTTTTT------TA-TAATGTTATTTCCTGTGATACAGA-TT-GACAGCTAT------A----T-TTTT-TTCATAAAAATAACAT----TA--TCAT-TTAGAACCTTAA-TGT-A--TTGAAACTGTGCA-TTATGAGTATGTGAAATTACCCC-ACCCATTTATGCT---AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATA-----TTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACAT-ACAT-GTA-G-AAAAAACATATCA--AATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-TTGTGTAAGTT--------CCACCTAACTG-A----AAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AGC-TTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACC-CCCACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAAC-TTAGATAAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTAAAAGTTTATTGCAATCGAACAATA-GAA-----AAGCTTATTGTCATTAGTTCAAACAAAA--ATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATT-TTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT-----T------GTAGGT--CAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACAT-ATATTGTA-GCAAAA--CACATAA--AACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-TTTTTCTAGTTAAAACATACTACCTAACTG-A------AATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATGTTATTTC-CTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT---------------TATTTTA---GGTCAA---ATAA---------------GACAA--------AA--TTTC---AGAGTGTTTCTAAATTGT------TCT----TTTTATTAGCCTATATTGCTAGAAAA-CATACCAAAAGTTTACCACAATCGAACAATT--AG---AAAGTTTATTTTTTAT-AATTTC-----AAGCA-ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACCTTTTTAC-------------TATTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTA----AATATGTTATTA-TTTAGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGATTTTT--------CAAGTATTTCTGCAAAACATCTAA----------AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT-----------AAATATTTACTCTATGAAAAGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATA-------------TATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTA-GAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtTGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTA----AATCTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTATCAATAGTTCTTCAAAACAT---AAAAATACAGCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAATATTTATTTTCATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGTTGT---TA-AGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aacaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGG-ACACAATTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGATAT-ACTAT----------TTTTATCA----ATAGTTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTTTG----T-TT---TAGTTCCA---ACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAA-TATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATACA---AGT----ATACAACATATTA---TTTTGCACGTTC-TCGTGTTA---CCTGAAATA--GA-TTATGCT-CTATGTGAATAAT-TT-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AA-TAT-AAACTAAAACTGTGTAATT-GGGGCATGTGAAATTACCAC-TCCCA---ATTCT-TAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C-----T------TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATAATGCTTCA-T---AA--TATATCG--AAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAAactttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg-CTATGATTACTTTAGGTAAACCGGG-ACGAAAATGCAACAC-ATGTTTCT-AAGTTG-T-T-T---------------TCAA-AAC---ATAATGC-TT---CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TATAAGAT-TT-AGTA--TGAACTTAT-A-A-----TCGTCTAACTGtataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagag--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATAAGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA-----------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAATTACAGTT-------TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGG-ACACAATTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG-C-T-TTTGT----------ATAAC-CAT---GTGTTGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA----AT----T-CT-A------------AC-ACA-----CCACCTAACTTAAAAA-TGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAA---ATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGA-TT-TACAACTAT------AAGTCT-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGG-ACAAAATGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT-TAT-TCT-T----------ATTTA-CGT---ATAAACC-TG---CAAAACATATGAAAAG-TTAACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTAT----T-TTAACAAGTTGAA---AC-ATA-----CCGTTTTACTGAAAAA-TGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTAT-A---ATTTACTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATTT-TATAACTAT------ATGTTT-TTTT-ATC-ATAAAATAACATATTTTAGGTTATGTT---ACCGAGACTGTGA--TTAAA-------------GAGTATGTGACATTACCCC-A---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATA---T-TT-ACTAGTTGAA---GT-ACA-----CAAC-TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACACT---AGTTG-TGTATAA---ATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGA-TT-TACAACTAT------ACT-CT-TTTTTATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAA-AGT-A--TT-------------T-T---CATATGAAATGATCCC-ACCCACCTATTTTAT-TGCCG---GAGTAC--ATC-A------T-----T------CT--GT--TAc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA-CAT----TAGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTGCCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAATAAATAATATAAAA--TTGCAACAAAATGTTTCTAAACttatt
gi|9 : TGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 111 11111 333333333333 11 11111 111 3333 1 22222 11 44444444444444 22222222222 11 111 1 333 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 555555555555555 22222222222 1111 22 2222222222222 11 111 11 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 111 666666666666666666 444444444444 1 4444444444444444444444 1 22 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 22 66666666666 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 3 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 0 000 1 44444 3 1 0 5 5 0 222222222222 5 6 3 77 5 3 00 1 77777 666 7777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 11111111111 9999 33 1 3 44 000 0 7 777 3 3 00 0 777 222222 11 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 000000000000000 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 5555 0 1 22 66 6666666666666 1 11 77 777 66 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 777 0 1 111111111111111111 6 444444444444 6 3 1 7 3333333333333333333333 3 3 00 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 2 33 7 44 33333333333 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . ... . ..... . . . . . . ............ . . . .. . . .. . ..... ... .... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . ... . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............... .. . . .. . . .... . . . . ........... . . .... . . .. .. ............. . .. .. ... .. ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... ... . . .................. . ............ . . . . ...................... . . .. .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... . .. . .. ........... . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 1 000 0 66666 6 7 7 7 7 1 111111111111 7 6 9 00 7 8 66 0 22222 888 8888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 888 0 0 000 0 5 55 2 555 222222 88 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 222222222222222 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 6666 6 0 00 00 0000000000000 0 00 22 555 00 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 777 7 0 777777777777777777 7 777777777777 7 3 0 3 3333333333333333333333 3 7 77 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 5 88 3 33 33333333333 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAA---ATNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGA-TT-TACAACTAT------AAG-C-T-TTTTATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCA-TTA-N-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACAT-ATATTGCAGN-AAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAAT--TAGATAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTNGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-C-AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGCGATTAAACAATGAG--AC---AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTCT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTNAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAA---ATNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGA-TT-TACAACTAT------AAG-C-T-TTTTATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCA-TT--T-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTAAANC-GGATAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATTAACAT-ATATTGCAG--AAAACATATAAAAAGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTNTTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGCCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAANT--TAGATAA--TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-NAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTGAAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-TTCACAAGTATTTCTGCAAAACAT-TAAAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CAGAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAA--TTACTGCGATTAAACAATGAG-AAT---AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAA---ATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGA-TT-TACAACAAT------AAG-A-T-TTGTAACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TCAAAAATGTACC-TT--TTGAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACAT-ATATTGCAGG-AAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAAT--TAGATAA--TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATAA-AGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTG-TTTAGTTCCTACC-C-----ATTACC-TATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGTGATTAAACAATGAG--AC---ATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATCAAAA--gca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAA---TTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGA-TT-TACAACTGT------AAG-C-TATTTTATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAAT--TCGATAAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGA---TCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGA-TT-GACAGCTAT------A-----T-TTTTTTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGTA--TTGAAACTGTGCA-TTA-T-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACAT-ACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACT--TAGATAAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAATAG-AA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACAT-ATATTGTAGC-AAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAA---------AA--TTT---CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAA----TATGTTATT-A-TTTAGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTTT--------CAAGTATTTCTGCAAAACAT-C------T-A-A--AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT------------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAA----TCTGTAATTAA-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACAT---AAAAAT-ACAGCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTA-CATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAAGT----ATACAACATATTA---TTTTGCACGTTC-TCGTGTTA---CCTGAAATA--GA-TTATGCT-CTATGTGAATAAT-T-T-GTTCATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATT--G-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATAATGCTTCAT----AATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATAAGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT-AAAA--T-ACAGCAATTAAACAA-----------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAA---ATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGA-TT-TACAACTAT------AAGTC-T-CTTTATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTAT-A---ATTTACTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATTT-TATAACTAT------ATGTT-T-TTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTT---ACCG------------AGACTGTG-A-TTAAA-GAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAA---ATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGA-TT-TACAACTAT------ACT-CTT-TTTTATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGTA--TT------------TT-------CATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA--TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 1111 11111 111111 11111 11 111111 222 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 1 1 444444444444444444 44444444444444 1 444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 11 1 44444444444 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 2222 1 5 44444 7 1 0 555 666666 99999 5 5 6 3 77 5 00 1 333333 88 333 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 1 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 3 3 0 1 555555555555555555 6 33333333333333 3 1 7 333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 22 5 44 77777777777 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . .... . . ..... . . . ... ...... ..... . . . . .. . .. . ...... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... . . . . .................. . .............. . . . ..................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... .. . .. ........... . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 1111 0 0 66666 1 7 7 999 444444 00000 7 7 6 9 00 7 66 0 000000 88 000 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 0 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 3 3 7 0 777777777777777777 7 00000000000000 3 0 3 333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 55 0 33 33333333333 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAA---NTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAGA------AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAA---ATNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTAN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTNGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATC--AAAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGCGATTAAACAATGAGA-----CAGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAA---ATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACA------ATAAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AA--TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATA-AAGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTGTTT-AGTTCCTACC-C-----ATTACCTATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGTGATTAAACAATGAGA-----CATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATC-AAAAgca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAA---TTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------GTAAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGA---TCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCT------ATA-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGT--ATTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAATA----TGTTATT-ATTT-AGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACATC-------TA-A---AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT-----------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAATC----TGTAATTAATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACAT---AAAAATACA-GCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAA---G-TATACAACATATTA---TTTTGCACGTT-CTCGTGTTA---CC--TGAAATAGATTAT-GC-TCTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATAAGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA-----------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAA---ATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACT------ATAAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAA---TTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACT------ATATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAA---ATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGT--ATT-----------TT------CATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 11111 111111 11111 11 111111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 111 444444444444444444 333333333333 1 4444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 22 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 7 1 0 555 666666 99999 5 5 6 3 77 5 00 1 333333 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 777 0 1 555555555555555555 6 555555555555 6 3 1 7 3333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 2 33 7 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... ...... ..... . . . . .. . .. . ...... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... ... . . .................. . ............ . . . . ...................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... . .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 1 7 7 999 444444 00000 7 7 6 9 00 7 66 0 000000 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 777 7 0 777777777777777777 7 333333333333 7 3 0 3 3333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 5 88 3 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAA--TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACA------ATAAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT--AA-TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATAA-AGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTG-TTTAGTTCCTACC-C-----ATTACC-TATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATCAAAA--gca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------GTAAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCT------ATA-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGT--ATTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAA----TATGTTATT-A-TTTAGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CT-A-A--AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT------------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAA----TCTGTAATTAA-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACAT---AAAAAT-ACAGCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTA-CATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAA---G-TATACAACATATTATTTTGCACGTT-CTCGTGTTA---CC--TGAAATAGATTAT-GC-TCTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT-AAAA--T-ACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACT------ATAAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACT------ATATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGT--ATT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 11111 222222222222 11 11111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 1 1 444444444444444444 33333333333333 1 444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 11 1 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 3 1 0 555 0 666666666666 5 5 6 3 77 5 00 1 77777 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 3 3 0 1 555555555555555555 6 33333333333333 3 1 7 333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 22 5 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... . ............ . . . . .. . .. . ..... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... . . . . .................. . .............. . . . ..................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 6 7 7 999 1 444444444444 7 7 6 9 00 7 66 0 22222 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 3 3 7 0 777777777777777777 7 00000000000000 3 0 3 333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 55 0 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACAAT------AAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AA--TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATA-AAGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTGTTT-AGTTCCTACC-C-----ATTACCTATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATC-AAAAgca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTGT------AAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCTAT------A-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGTA--TTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAATA----TGTTATT-ATTT-AGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CTA-A---AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT-----------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAATC----TGTAATTAATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACATA---AAAATACA-GCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAAGT----ATACAACATATTATTTTGCACGTTC-TCGTGTTA---CCTGAAATA--GATTAT-GCT-CTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACTAT------AAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACTAT------ATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------ACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGTA--TT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 11111 111111 11111 11 111111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 111 444444444444444444 333333333333 1 4444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 22 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 7 1 0 555 666666 99999 5 5 6 3 77 5 00 1 333333 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 777 0 1 555555555555555555 6 555555555555 6 3 1 7 3333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 2 33 7 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... ...... ..... . . . . .. . .. . ...... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... ... . . .................. . ............ . . . . ...................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... . .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 1 7 7 999 444444 00000 7 7 6 9 00 7 66 0 000000 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 777 7 0 777777777777777777 7 333333333333 7 3 0 3 3333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 5 88 3 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAA--TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACA------ATAAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT--AA-TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATAA-AGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTG-TTTAGTTCCTACC-C-----ATTACC-TATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATCAAAA--gca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------GTAAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCT------ATA-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGT--ATTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAA----TATGTTATT-A-TTTAGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CT-A-A--AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT------------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAA----TCTGTAATTAA-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACAT---AAAAAT-ACAGCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTA-CATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAA---G-TATACAACATATTATTTTGCACGTT-CTCGTGTTA---CC--TGAAATAGATTAT-GC-TCTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT-AAAA--T-ACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACT------ATAAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACT------ATATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGT--ATT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 11111 222222222222 11 11111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 1 1 444444444444444444 33333333333333 1 444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 11 1 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 3 1 0 555 0 666666666666 5 5 6 3 77 5 00 1 77777 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 3 3 0 1 555555555555555555 6 33333333333333 3 1 7 333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 22 5 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... . ............ . . . . .. . .. . ..... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... . . . . .................. . .............. . . . ..................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 6 7 7 999 1 444444444444 7 7 6 9 00 7 66 0 22222 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 3 3 7 0 777777777777777777 7 00000000000000 3 0 3 333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 55 0 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACAAT------AAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AA--TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATA-AAGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTGTTT-AGTTCCTACC-C-----ATTACCTATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATC-AAAAgca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTGT------AAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCTAT------A-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGTA--TTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAATA----TGTTATT-ATTT-AGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CTA-A---AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT-----------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAATC----TGTAATTAATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACATA---AAAATACA-GCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAAGT----ATACAACATATTATTTTGCACGTTC-TCGTGTTA---CCTGAAATA--GATTAT-GCT-CTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACTAT------AAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACTAT------ATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------ACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGTA--TT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 11111 111111 11111 11 111111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 111 444444444444444444 333333333333 1 4444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 22 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 7 1 0 555 666666 99999 5 5 6 3 77 5 00 1 333333 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 777 0 1 555555555555555555 6 555555555555 6 3 1 7 3333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 2 33 7 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... ...... ..... . . . . .. . .. . ...... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... ... . . .................. . ............ . . . . ...................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... . .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 1 7 7 999 444444 00000 7 7 6 9 00 7 66 0 000000 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 777 7 0 777777777777777777 7 333333333333 7 3 0 3 3333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 5 88 3 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATAAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAA--TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACA------ATAAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT--AA-TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATAA-AGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTG-TTTAGTTCCTACC-C-----ATTACC-TATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATCAAAA--gca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACT------GTAAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCT------ATA-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGT--ATTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAA----TATGTTATT-A-TTTAGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CT-A-A--AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT------------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAA----TCTGTAATTAA-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACAT---AAAAAT-ACAGCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTA-CATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAA---G-TATACAACATATTATTTTGCACGTT-CTCGTGTTA---CC--TGAAATAGATTAT-GC-TCTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT-AAAA--T-ACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACT------ATAAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACT------ATATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACT------ATACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGT--ATT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 222 1111111 11111 1111 11111 222222222222 11 11111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 22222222222 22222 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 1 1 444444444444444444 33333333333333 1 444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 11 1 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 000 5 33 0 3 222 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 3 1 0 555 0 666666666666 5 5 6 3 77 5 00 1 77777 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 88888888888 1 3 222 66666 1 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 3 3 0 1 555555555555555555 6 33333333333333 3 1 7 333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 22 5 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . ... . .. . . ... ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... . ............ . . . . .. . .. . ..... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ........... . . ... ..... . ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... . . . . .................. . .............. . . . ..................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 666 7 11 1 0 999 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 6 7 7 999 1 444444444444 7 7 6 9 00 7 66 0 22222 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 00000000000 0 2 444 22222 0 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 3 3 7 0 777777777777777777 7 00000000000000 3 0 3 333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 55 0 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTACTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTG-TAAAATCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACAAT------AAG-A-T-TTGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AA--TTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATA-AAGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTGTTT-AGTTCCTACC-C-----ATTACCTATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATC-AAAAGTTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATC-AAAAgca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTGT------AAG-C-TATTTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGAT-AAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTACTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATG-AAAAA
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGATT---T-TTACCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTG-AAAAATGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCTAT------A-----T-TTTT-TTCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGTA--TTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGAT-AAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---A---------------TAAGACAAA----AT-----TT----CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAATA----TGTTATT-ATTT-AGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CTA-A---AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT-----------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAATC----TGTAATTAATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACATA---AAAATACA-GCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTACATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTT-TGT-TT--TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTA-AAAAATATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAAGT----ATACAACATATTATTTTGCACGTTC-TCGTGTTA---CCTGAAATA--GATTAT-GCT-CTATGTGAATAAT-T-T-GTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT--AAAA--TACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA------AT-T--CT------AACACACCACC-------TAACTT-AAAAATGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACTAT------AAGTC-T-CTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTATTT-TAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTG-AAAAATGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACTAT------ATG-T-T-TTTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTACTAGTTGAAGTACA-CAAC-------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------ACT-CTT-TTTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGTA--TT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa
blockSeqs : T A T C T TTTTTTTTGT A A A T TTT TCTTGAGTG A G ATT . TA T AAA AATTACA A A ACATG T ATTA G T G A GCACG A T AT GTGAATAATT A T G C AT G TT T AACTA CA AAA T T A AAGAA TG TC TGGTTATA TATTATAA AAAG AT A T TT TTT C T AA C T ACT TAAGA GT G GAACTTATA . A T CTCTCTAAT T T T A A C TTTTATA A T TT T TCATCAGTGTGT C TT C T GC A CCC C A TAATTGCATGT T T TTC AAAA A AGTAGTTTTAAGC A AA TT AGG T . G TT T C ACAAAAAT . C TG ACACTTAAC TT T G T TTAATATTTTA AAGCG A AT T CA A GA C T . A . A ATACTATTTTTAT G AAAAATACAG G C T ACAGTCAATTACATATTTAAA ATGAAA . C ACTTGTT T TGA TA T AG TTAA C TA TT AC T CA TAG T A A ATTCACGAG T C CATG CG C TT TAAGAAATATA A T A A T G CAATAA G T T AG A . . A . . CTAAAATATAATTTTC AA
blockSeqs : . . T A . T A . T . . ATGAGAAA C G ATA . TA C CTT . . C . T C . T A A ACCT C T TT AAGTC . . T T GG . GT T TTG TA AT C C . . . TC CGATCATT TCAACCCG ACA . A T TC TTT T . C A C GCT T TC G AAAACAT . . . ACCTTAA . A T A T T TA A A TC . AA A CA C T GA T CCT . T TTACC A C TTA AAAT T TCT C G CC . . . T T . C GCA . T C . . A G A TTAATATTTTA . . . A AA A AA . C . . . T TTTT . CTAA . A T CATT CATA . T ACGTTCT G TAA . T CT . C . . G T . . . . . AACA G C . C . CA . . . . A . . . . T . . .
blockSeqs : . . A C . A T . G . . TTGCTG C G TG . AA C CAG . . C . G C . C T T ACCG A T T ACTCT . . A T GG . G A TT A TG C T . . T CT TAAACCGG G . G . . AA . . C C A . T AG . . . . T G A T A . . . G . AT . . . A CC . G TATCT T C TAA AAAA A TCT T G . . A . A TTA . . . G TC . T . T . A ACATT . . . . AC . . . . T T . . . . . TAA T . . .
blockSeqs : . . T A . . A . G . . GTTCTT G G T . TA G CCA . . A . T C . A G A GCCA G T G AAGC . . T T GA . . . . . C . . . . . . . . . . . A . A TTA . . . . G C .
blockSeqs : . . T T . . A . A . . TTGACG . . A . T G CCG . . . . A C . T T A . A T T ATGT . . T T G . . . . .
blockSeqs : . . C G . . . . G . . AACCTG . . . . CA . . . A . . A G . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . G . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AT* ANGT******** CC** AAAA*
originalCons : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTATAT-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTAT------AAG-C-T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGAT-AAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
finalCons : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTAT-T-TTACTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTG-AAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTATANGT--------T-TTTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGTA--TTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTACC--CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGATAAAA-TTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAATC----TGTAATT-ATTT-AGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACATA---AAAATA-A-GCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTAC-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATC-AAAA-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Alignments
lowQualScore : 3333333333 111111111111 1111 11 1111111 11111 1111 11111 2222222222 11 111111 111 1 22222 11 44444444444444 11111111111 11 1 11 222222 33333333333 22222 1 5555555555555 1 2222222 1 1 444444444444 1 333333333 2222222222222 11 111 33333 22 1 5555555555 33333 222222222 11 1 3333333333333333333 22222 11 1 2222 111 444444444444444444 333333333333 1 4444444444444444444444 2222222 2222 2222222222 11 2222 11 11 111 1 1 1 333333333 2222 22 555555555555 1 444444 1 11 1 333 2222 1 33333333 3333333333333333 11
lowQualScore : 0 4 4 1 1 5 6666666666 1 5 3 5 888 444444444444 0 2 2 2222 5 00 0 3 55 8888888 5 7 0 44444 1 0000 5 1 1 1 44444 7 1 0 555 6666666666 5 5 5 6 3 77 5 00 1 333333 88 777 3 3 0 3 55555 33 55 99999999999999 88888888888 9999 33 1 3 44 555 7 5 11 1 6 00 0 777 222222 22 2 55555555555 55555 7 0 3 0 4444444444444 3 1 0 3 1 1 1 6666666 3 0 44 0 888888888888 0 22 8 3 55 1 0 9999 8 6 0 0 111111111 1 22 8 0 1 0 66 6666666666666 1 00 77 777 7 33333 1 00 3 6 2222222222 33333 1 77 222222222 88 4 0 1 4444444444444444444 00000 8 11 1 0 22 3 0 99 0 0 2 8888 777 0 1 555555555555555555 6 555555555555 6 3 1 7 3333333333333333333333 2222222 1111 1 1111111111 0 9 0 0 444 33 3 11 1111 2 33 99 11 1 99 777 0 0 0 000000000 1 2 1111 2 33 7 44 999999999999 7 2 7 7 7 6 000000 3 7 7 88 3 555 3333 1 5 55555555 6666666666666666 88
lowQualScore : . . . . . . .......... . . . . ... ............ . . . .... . .. . . .. ....... . . . ..... . .... . . . . ..... . . . ... .......... . . . . . .. . .. . ...... .. ... . . . . ..... .. .. .............. ........... .... .. . . .. ... . . .. . . .. . ... ...... .. . ........... ..... . . . . ............. . . . . . . . ....... . . .. . ............ . .. . . .. . . .... . . . . ......... . .. . . . . .. ............. . .. .. ... . ..... . .. . . .......... ..... . .. ......... .. . . . ................... ..... . .. . . .. . . .. . . . .... ... . . .................. . ............ . . . . ...................... ....... .... . .......... . . . . ... .. . .. .... . .. .. .. . .. ... . . . ......... . . .... . .. . .. ............ . . . . . . ...... . . . .. . ... .... . . ........ ................ ..
lowQualScore : 4 0 0 0 0 7 4444444444 7 7 4 0 888 666666666666 1 5 5 4444 7 77 3 0 77 6666666 7 2 7 33333 0 7777 7 0 0 7 66666 1 7 7 999 3333333333 7 7 7 6 9 00 7 66 0 000000 88 888 2 8 8 3 00000 88 88 55555555555555 55555555555 2222 88 2 2 00 222 0 5 00 0 5 55 2 555 222222 00 5 00000000000 00000 3 7 3 7 3333333333333 3 0 7 2 2 2 0 8888888 2 8 00 0 555555555555 8 55 8 2 00 0 8 2222 0 4 8 8 222222222 0 88 2 6 0 8 00 0000000000000 0 22 22 555 3 33333 0 77 3 7 7777777777 33333 0 33 333333333 33 6 0 0 0000000000000000000 00000 0 00 2 2 00 2 2 55 2 0 0 3333 777 7 0 777777777777777777 7 333333333333 7 3 0 3 3333333333333333333333 0000000 2222 2 2222222222 2 2 2 2 222 88 2 22 2222 5 88 22 88 7 22 555 0 0 0 222222222 0 5 2222 5 88 3 33 000000000000 3 0 3 3 3 7 777777 3 3 3 33 3 000 0000 0 5 55555555 0000000000000000 55
consensus : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTAT-T-TTA-CTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTGAAAAA-TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTATA-NG-----T-T-T-TTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAGGTCAAATTAGATAAAATTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
Reference ( family-1229 ) : TCCAGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TTGCAACANAATGTTTNT-AAGCTG----------TAT-TTTGTATTTA-CA---TATAN--TGC-TG---CAAAACATATCAAAAGTTTACCGCAATCGGACGATGGGAAAGCTTAT-T-TTA-CTAGTTCAAACACACCGCC-------TAACTGAAAAA-TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TNACA---CTAGTTG-TGTATAANTNAACTTTTTAC-CGCTAATAGTGTTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTATA-NG-----T-T-T-TTT-ATCANTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATTAAAACTGTGCATTNN-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTTTT-AAC-----GAGTCA--ATCTA------T--T----TTAGG--TTANANC-GGACAAAATTGCAACAGAATGTT--TCTAAATTGTTCTTTTTATNNACATATATTGCAG-NAAAACATATNAAACGTTTACCGCAATCGAACAATAGGAAAGCTTA-T----TTTATTAGTT-AAA-C--AT-ACCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCGTCACTGACACCAGTTGTGTATAGTTCACCGTTTTACAC------AT---ACTG-TTNTTTTCTATGATACATACGTTATAATAACAAGTTTNT-----TATCATAAAATANCACATTTTAG-GTTATTT----------GNAGNCTTTATGTATTGAAAATGTGCCGTTTGAGCATGTGNAATTA-CC-CC-ACCCGCCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------TAGTTTAAGTCAAATTAGATAAAATTGCAACAAAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTGCNG-GAAAACATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTAGAA-----AANCTAATTGTTA-TAG-TTCAA--A-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCATCGCTGACACT-----AGTTGTGTANAGTTCACCGTTTTACACCTAA-TACTA--TTATTTTCCGTGATGCATATGTCGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--TATTTTAGATTATTTGGAACCTTAATGTATTGNNAATGTGCCGTTTGAGCATGTGAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATCGAGTAAA----TCTGTAATT-A-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTCTACGNTGAT------TTTTCAT-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT---AAAAAT-A-AGCAATCAAACAA-AGGGTAANTTTTGTTTTAGTTCCAACC-C-----ATTA-C-TATTTGAGAAATATTTATTTT-CGNAA-AGGCCATT----ACTGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--T-CGTGTTACCTGAAATAGTTTATGCTCCATATTAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAATTGATGTTATTAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCNCT----CCCAATTCT--AACAA--GCAG-ATATATGAT--TCT---ATG-TTG-TT-TTCAT---TACG--TATTNCTTCATAAT----ATATCAAAA--TTACTGCGATTAAACAATGAG------A-AGATTTGGTACGAACTTAATTAATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAGTTTGTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTTCACCTCATNCCAATACAACATGTACATCCTGTTCTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACGTTTTCTATCA
gi|1 : TCCAATCAAT-GTACGATTATTTTAGATCAACCAGGAAAAAA-TTGTAACAGAATGTTTCT-AAGCTA----------TAT-TGTGTATTAA-CA---TATAC--AGC-TG---CAAAACATTTCAAAATTTTACTGCCATCAGACGATGGGGAAGCTTATATATTA-CTAGTTCAAACACACCACC-------TAACTGTAAAA-TCTTTAAGCTTTGAAAAGTTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-CGTGTAAATTAACTTTTAAT-CGCTAATAATGTTAATTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACAATA-AG-----A-T-T-TGT-AACAATAAAATAACATATTTAAAATTAT-TTAGAACCGTAATGT--ATCAAAAATGTACCTTTT-GAGTATATGAAATTACCACACTCACCTATTTTT-CAC-----GAGTCA--A-CTA------T--T----TTCGG--TTATAGT-AGATAAAATTGCAACAAAATGTT--TCTAATTTATTCTTTTTATGAACATATATTGCAG-GAAAATATATAAAAAATTAAACGCAATTGAAAAATACGAAAGTCTAGT----TTTATTGGTTCAAA-C--AT-ACCACCAAACTGCACTTGAAAATGTT-AAGCTTTGAAAAGATCGTCATTGACACTTGTTGTGTGTAGTTCATTGTTTTACAT------AT---ACTA-CTGTTTTCTATGATGCATACGTTGTAATAATAAGTTTGT-----CGTC-TAAAAGAGCACATTTTAG-AGTATTT----------GGAGTCTTCGTGTATTGAAAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTA-TC-CC-ACCCATCTATTTTAACGGGTCAATCTATAAC------AAGTTTAAGTCAAATTAGAT--AATTGCAACAAAATGTTTCTGATCTGT-----TCT-----TTTTATTAACATATATTACAG-CAAAGCATATCA---AAAGTTTACCGCAATCGAACAATTCAAACATACAACCTAACTGTTA--AG-TT--A--A-------GTTAAATTTTGAAAAGGTCATCGTTGACACTTAATGAGTTGTGTAGCGTTCACTGTTTTATACCTAA-TACTA--TTATTTTCTGTGATGCATATGTTGTAACAATACGTTTC--------TCA--------TCACAAAAA-----TAA-CA--CATTTTCGATTATTTGGAACCTTAATATATTGACAATGTGACGTTTGAGCATGTGCAATTATTCCACCCACCTATTT-CATTGAGTACATCATTCTGTAATT-ATTTTAGGTTCAAGCGGAAACAATTGCAACATAATGCTTCTATACTGAG------TTTTCATATTCACAAGTATTTCTGTAAAACATATAAAAAATAA-AGCAATAAAACAA-AGGGTACGTTTTG-TTTAGTTCCTACC-C-----ATTACC-TATTTGAGAAGTGTTTATTTT-CAGAATAGACCATTTTGGAATGACACAAGTGTACAATTTATTATTTTACA-ACTT--TACATATTAGCGGAAATAGTTTATGCTTAATATTAATAATTTATTTATCAATAAAATAACTAATTGGTGTTATTAGAAACCAATATAT--ACTAAAATTTAGTAATCGGGGCATGTGACACCATCCCT----TCCAGTTCT--AACAA--GCAG-ATCTATGTT--TCT---ATG-TTC-TT-TTTAT---TACA--TATTGTTTCATAAT----ATATCAAAAG-TTACTGTGATTAAACAATGAG------ACATATTTGGTTCGAACTTAATT-ATTATCTAACTGGTTATTCATT-----AGTCAT-CACTGATATTAG-TTGTA--CAT-GTATATAAATNNNNNNNNNNCACCTCATCCCAATACAACATGTACATCCTGTTCT------TAT-------ATAGC--AATGTTTTCTATTA
gi|10 : ----ACTGATACAAGTGTACAATCTATAATCTTACA--CTTGTT-TGTGTTACCTGAAATAGTTTATGTTCCATACTAATAATTTGTTCATCAATAAACTAACTAATTGATGTTATAAGGAACCAATATAT--ACTAAAATTGTGTAATTGGGGCATGTGAAGTTATCAGT----CCCAATTCT--TAAAA--GCAG-ATATATTATCATTTTAGATATTTG-TT-TTCAT---TAA----ATCTCTT-GTAATCATGATATCAAAA--gca
gi|11 : TCC-GTTAATTCTACGGTTATTTTAGGTCAATCCGGGCAAAA-TTGCAACATAATGTCTCT-AAGCTAT---------TATATTTACATTTA-TA---TATAA--TGA--GAAACAAAACAT
gi|12 : tgatcgttgtaattgtggtatgaacattgtgtagctataaCTTTAAAAAGGTCAATAT-----TTACA---CTAGTTGGTGTATAATTGAACTTTTTAC-CTCTAATAGTATTATTTCCTGTGATACAGATT-T-ACAACTGTA-AG-----C-TAT-TTT-ATCAGAAAAATG--ATATTTCAATTTGT-Ttgaacaataaaacgaaaaaaaaaaa
gi|13 : AATTA-CC-CCCACCCACCTATTTTAACGAGTCAATCTATTAC------CAGTTTAGGTTAAATTCGATAAAATTGAAACAGAATGTTTCTAAACTGT-----TCT-----ATTTATTAACATATATTGCAG-GAAAACATA--AAGGAAAGCTTAaatgaccc
gi|14 : TCCAGTCAAT-CTATGATTGTTTTAGGTTCATCCGGAAAAAAATTGCAACATAATGTTTAA-AAATTG----------TAT-TTTTTATTTA-AA---Tt
gi|15 : tgattgtgtgagagtggtcatcaacgtttaactcgatttaaTTGCGTTTT-CA---TATCTCTTGAGTG---CAAAACATATAAAAAGTTTACCGCGATCGGACGATTAGAAAGCTT-T-T-TTA-CTGGTTTAAGCACAAAACC-------TAAATGAAAAA-
gi|16 : ccagtgTCCTGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAA
gi|17 : taaccagTCCAGTTAAT-CTACTGTTATTTTAGATCAACTCGAACAAAA-
gi|18 : gtacaatgttagTCAAT-ATACGGTTACTTCAGGTCAACTCGGACAAAA-TTGCAGTAAAA
gi|2 : CCAGTCAAT-CAACGGTTATTT-AGGTCAACTCAGATATTA-TTGCAACATAATGTTTCT-GAGCTGTTTTTTTTGTTTT-TTTGTATTTA-CATTTTATAT--TGC-TG---CAAA--ATATCAAAAGTTTACCGCAGTCGGAAGATGCAAAAGAT--T-T-TTA-CCAGTTCAAATACACTTCC-------TGACTGAAAAA-TGGTAAAGCTTTGAAAACGTCACCACACATGTTACG---CTTGTTA-TGTATGATCAAACTTTTT------T-ATAATGTTATTTCCTGTGATACAGATT-G-ACAGCTATA--------T-T-T-TTT--TCATAAAAATAACA----TTA--TCAT-TTAGAACCTTAATGT--ATTGAAACTGTGCATTAT-GAGTATGTGAAATTACCCCACCCATTTA-TGCT-AAT-----GAATCA--ATCTA------TGGTTATATTAGGTATTATAA---GATAGAATTGCAAAAGACTGTT--TCTACATTATTCTTTTTATTTACATACA-TGTAGAAAAAACATATCAAATGTTTATAGTAATCGAACAATAGGAAAACTTA-T----TGTGTAAGTT------------CCACCTAACTG-----AAAAACGTT-AAGCTTTGAAAAGGTCATCACTGAAAACAGTTATGTATAGTTCACTGTTTTACAC------CTTAAACTGTTTTTTTTCTATTAAACATATATTATAACAATAAATTTCA-----TATCACAAATTATCACATTTTAG-ATTATTT----------G-AG-CTTTATGTCTCGACAATGTGCCGTTAGAGCATGTGAAATTACCC-CC-ACCCTCCTATTTTAACGGGTCAATCTATATC------TAGATTTGGTCAACTTAGATAAATTTGCTACAAAATGTTTTTAAACTGTAGTAGTTTTAAGCTTTTAGTAATATATATTGCCGAAAAAACATATTA---AAAGTTTATTGCAATCGAACAA-TAGAA-----AAGCTTATTGTCATTAG-TTCAA--ACAAAAATATTAAGCTTTGAAAAGGTAATCGCTGACACT-----AGTTGTGTACAGTTCACTGTTTTACACTTAACTGTTATTTTATTTTCTTCGATGCATATGTTGTAACAATGTGCTTC--------TTA--------TTACAAAAA-----TAA-CA--CAATTTAGATTATGTGAATCTTTAATGAATTGCAAATATGCCGTTGTAACATGTGAAATTACCTCACCCACCTATGT-TATTG
gi|3 : C-----AAGTCA--ATCTACGATCAT--T----GTAGG--TCAACCC-GGACAAAGTTGCA---GAATATTATTCTGAAGTGTTCTTT--ATTTACATATATTGTAG-CAAAACACATAAAACGTTTACCGCAGTCGGACGACAGTAAAGCTGA-T----TTTTCTAGTT-AAAAC--AT-ACTACCTAACTG-----AAA--TGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCGCTACTGACACCAGTTGGGTATAATTTACCTTTTTAC-CTCTCTAAT---AATG-TTATTTCCTGTGATACAGATG-TACAATTACAAGCTTTTTTTTATATGATAAAATAACATTTTTCAG-GTTATTT----------AAAACTCCAATGTATTAAAAATATA--G--TGA--ATCTATAAT----------------TATTTTA---GGTCAA---ATA------------------------AGACAAAATTT---CAGAGTGTTTCTAAATTGT-----TCT-----TTTTATTAGCCTATATTGCTA-GAAAACATACCA---AAAGTTTACCACAATCGAACAATTAGAA-----AGTTTATTTTTTA-TAATTTCAAGCA-------ATTAAGCTTTGAAAAGGTCACCCCTGACACT-----AGATGTGTATAATTCACC-TTTT---------TACTA--TTATTTTCCATGAGGCACATGATGTAACAATAAGTTTC--------TTA--------TTAAAAAAA-----TAA-CA--TATTTAAGATTATTTGGAACAGTAATGTATTAAAA---TGCCGTTTGAGCATGTT-AATTTCCATACCCTCTCGTTTCTATCAAGTAAA----TATGTTATT-A-TTTAGGTTAATGCTGACATAATTGCAACATATTGTTTCGATGATGAT------TTT---T-----CAAGTATTTCTGCAAAACAT-------CT-A-A--AATCAAACAAGAGGGTGACTTTGTTTTTAGTTCAAACA-C-----ATT------------AAATATTTACTCTATGAAA-AGGCCATC----ACTAACACAAGTGTACAATTTATTATTTTAC--ACAT--T-CGTGTAACCTACAATAGTTTATGCTTCATAT-------------ATCAATTAAATAGCTTACTAAGAATATTAGAAGTCAGCATATTAAC--AAATTGTGTAATTGCAACATATGCAATTACCCTTTTAACACAATT-T--AACAA--GCAT-ATATATGAT--Tcgatatagtgctt
gi|4 : caaatgtaataaatcagtCATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTC--------TTAATATTTTATTACAAAAAAAGCGTAAACAATTATTTTAGTTTATTTGGAGCCTAAATGTATTGTCAATGTGCTGTTTGAGCATGTAAAATTACCCCACCCACCTATTT-TATTGAGTAAA----TCTGTAATTAA-TTTAGGTTAAAGCGGACACAATTGCAACATAATGCTTATACGTTGATATACTATTTTTAT-----CAA-TAGTTCTTCAAAACAT---AAAAAT-ACAGCAATCAAACAA-AGGGAAAACTTTGTTTTAGTTCCAACCACAGTCAATTA-CATATTTAAAAAATATTTATTTT-CATA----GCAATT----ACTGATACAAGTATACAACATATTATTTTGCACGTTC--T-CGTGTTACCTGAAATAGATTATGCTCTATGTGAATAATTTGTTCATCAATAAAATAACTAAT---TGTTGTTAAGAACCAATATAA--ACTAAAACTGTGTAATTGGGGCATGTGAAATTACCACT----CCCAATTCTTAAACAA--GAAG-AGCTATGAT--Ta
gi|4 : aaAGTAAAT-CTGTAATTAATTTAGGTTAAAGCGGACACAA-TTGCAACATAATGCTTAT-ACGTTGA---------TAT-ACTATTTTTATCA----ATAG--TTC-TT---CAAAACATA--AAAA---TACAGCAATCAAACAAAGGGAAAACTTTG-T-TT---TAGTTCCAAC-CACAGTCAATTACATATTTAAAAAA-TATTTA--TTTTCATA--GCAATTAC-----TGATA---CAA---G-TATACAACATATTATTTTGCACGTT-CTCGTGTTA---CC--TGAAATAGATTAT-GC-TCTATG-TGAATAAT-T-TGTTC-ATCAATAAAATAAC-TAATT---GTTGT-TAAGAACC--AATATAAACTAAAACTGTGTAATTG-GGGCATGTGAAATTACCACTCCCA---ATTCTTAAACAAGAAGAGCTATGAT-TA------C--T----TTAGG---TAAACCGGGACGAAAATGCAACA-CATGTT--TCTAAGTTG---TTTTCA-AAACATA-A-TGCTT-CATAATATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAA---TA-TAAGATTTAGTA--T-GAA-CTTATAATCGTCTAACTG-----actttaggtaaaccgggacgaaaatgcaacacatgtttctaagttgttttcaaaacataatgcttcataatatatcgaaaacttactgttattaaccaataagaaatataagatttagtatgaacttataatcgtctaactgttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|4 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattg--GCA--ACACATGTT--TCT---AAG-TTG-TT-TTCAA---AACA--TAATGCTTCATAAT----ATATCGAAAACTTACTGTTATTAACCAATAAGAAATATA-AGATTTAGTATGAACTTA--TAATCGTCTAACT-GTTATTGACT-------TCATGCAATGATTGTAGTTTGTAAGCATAGTAttattgacttcatgcaatgattgtagtttgtaagcatagta
gi|5 : aacatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaaacaattattttagtttatttggagcctaaatgtattgtcaatgtgctgtttgagcatgtaaaattaccccacccacctattttattgagtaaatctgtaattaatttaggttaaagcggacacaattgcaacataatgcttatacgttgatatactatttttatcaatagttcttcaaaacataaaaatacagcaatcaaacaaagggaaaactttgttttagttccaaccacagtcaattacatatttaaaaaatatttattttcatagcaattactgatacaagtatacaacatattattttgcacgttctcgtgttacctgaaatagattatgctctatgtgaataatttgttcatcaataaaataactaattgttgttaagaaccaatataaactaaaactgtgtaattggggcatgtgaaattaccactcccaattcttaaacaagaagagctatgattactttaggtaaaccgggacgaaaatACAATTGCAACATA-ATGAT--TCT---ATG-CTGATTATTCATATTCACGAGTATTTCTCCAAAAC----ATAT-AAAA--T-ACAGCAATTAAACAA------------AG----GGTA--AGCTTAATTAATTATC-ATTTGAATATTCTTTCAATAAGTCAT-CACTGATATTAGTT-GTA--CAT-GTATATAAAT---TACAGTT----TCATACCAA-ACAAC--------CCTATTTTCTAAAATATAATTTTCATAGCAAAACATTTTCTATCA
gi|6 : ttggcTCCAGTCAAT-CTATGATTATTTT-GATCAGCCCGGACACAA-TTGCAACACCATGTTTTTTAAACTG----------C-T-TTTGTATAAC-CA---TGTGT--TGA-CG---CAAAGCATTTCAAAAGTTTAACACAATCAGACGATAGGAAA----AT-T-CT----------AACACACCACC-------TAACTTAAAAA-TGTTTACGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TTACAATTATAGTTG-TGTATAAATGCACTTTGTAC-CGCTAATAATGTTATTTTGTGTGATGCTGATT-T-ACAACTATA-AG-----TCT-C-TTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGGTTAT-TTataaaaccacatgtttaggaatatcaaactgtaatgtacaacacacacacacacacgccacacaccccccccccaacttcatacacagacgcacaacacacaccgtgtttttatatagcaatgtcttctattagaatgtctcttgaaatcttgataacaaaactgatccacccaaaagctctccattctagacttccaagcttgtaccattcttatagttcgatataaatgtttcctttcaattctgaacctctaaatatattctttggcgttgtcgctttgctgtaacatattttggtgaaatagtttctgggccgatatactatacacttgaaggaacatctt
gi|7 : taaaagaaatctacggatgttacactgtatataaaagcgttgattactttttatggcaaatttagaccattacttcaatatattaaggagaataataataaaacaaatatttatcagaaaaaaaataatatagacatgtatcaatattactcaattatttaaattgttattagGTCAAT-CTACGGTTATTTTAGGTCAACCCGGACAAAA-TGGCAACAGAATGGTTGT-AAGTTT----------TAT-TCT-TATTTA-CG---TATAA--ACC-TG---CAAAACATATGAAAAGTT-AACGCAATCGGACAATAGGAAAGTTTAT-T-TTAACAAGTTGAAACATACCGTT-------TTACTGAAAAA-TGTTTCCGCTTTGAAAACGTCACCAC-----TAGCG-----AGTTG-TGTATAATTTA-CTTTTT------TGATAATGTTATTTCCTATGATACAGATT-TTATAACTATA-TG-----T-T-T-TTTTATCA-TAAAATAACATATTTTAGGTTATGTTA---CCG------------AGACTGTG-ATTAAAGAGTATGTGACATTACCCCA---ACCTACTg
gi|8 : CGATGAGAAAGCGTATAT-TTA-CTAGTTGAAGTACACAAC--------TAACTGAAAAAATGTTTAAGCTTTGAAAAGGTCACCAC-----TAACA---CTAGTTG-TGTATAAATGAACTTTTTGC-CACTAATAGTGTTATTTTGTGTGATACAGATT-T-ACAACTATACTC-----T-T-T-TTT-ATCATTAAAATAACATATTTTAGACTAT-TTGGAACCGTAAAGT--ATT-----------TTC------ATATGAAATGATCCCACCCACCTATTTTc
gi|9 : agttgtatgtgtgtgttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatttgctattTTTTGATGACAAATTTAT-----T-CCATAGTATA---CATT--AGTGTTATTTTCATCAGTGTGTAAACTATACTTATTGAAAATATGCCGTTTGAGAATGTGAAATTG-CCTCC-ATCCGCCTATTTTAACGCGTCAATCTATAATTGCATGTAGTTTAAAT-AAATAATATAAAATTGCAACAAAATGTTTCTAAACattgccggagtacatcattctgttattatt
gi|9 : CATGATGCATATGTC-TAACAATAAGTTTCTTAATATTTTA--------TTACAAAAA-----AAG-CG--TAatgatgcatatgtctaacaataagtttcttaatattttattacaaaaaaagcgtaa