lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 222 11111 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 111111111111111111 11 222 1 777777777777777777777777777777 1111 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111
lowQualScore : 1 33 77 2 444 0 99999 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 6 33 3333 1 3 1 22 888888888888888888 1 1 6 3 44 5555555 999999 0 111 1 1 1 4 3 888888888888888888888888888888 33 5555 33 2 7 2 77 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9999 66 66 888 6
lowQualScore : . .. .. . ... . ..... ........................................................................................................................................................................................................................................... . . .. .... . . . .. .................. . . . . .. ....... ...... . ... . . . . . .............................. .. .... .. . . . .. ........................................................... .... .. .. ... .
lowQualScore : 0 88 00 5 555 2 88888 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 0 88 4444 6 3 6 33 333333333333333333 7 7 5 6 11 9999999 999999 7 111 8 8 8 0 2 111111111111111111111111111111 11 8888 11 2 6 5 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4444 99 00 000 0
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTGAC---AAAAAACACG------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTTT-TCANAATAG--TGC-TTTATTT--TAAAT----N----ACACT-TT-TTATT-ATTCAT--NC---A--AA--TGTTTTAAAATAA----T-T-T-T-------T---A-C--G--AACTG-AAA----CA----T-G-A--T-T-----A--T-TTATTT-AAA-GTTCAACA-TCAA-CATTCAACCTCAGTG--TTTTTGTAAAGT----GAAA-CCCGC-AAAA--GGAAA--------GTAC------T-CC-GAACTGCCG-TGTTATTT-------GAA-CG-TACAACCCGC-AAT-TTA-TTTGGTAC-CCTGCGCGC-G-N-TGT-TTTT--CTATCA-TCTC--TACATTC--A--ATGT--G-CCNTTTC-ACTCA-AATATTGCA-T-T-----TC-ACA--------------AC----C----------CG-A-A--C----AAAC----A--C-TTAC--NCCCTCGTACC
Reference ( gi|2 ) : AAGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGC---AAATAACACG------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGTTTTTTTTCACAGAAG--TGC-TTTACTT--TAAAC----T----ACAAT-TT-TCATT-ACTCA---GC---A--AACGTGTTTTAAAATCA----T-T-T-T-------T---A-C--G--CGTTG-AA-----CA----T-G-A--T-T-----A--T-CTATAT-AAA-GTTCAGCAATCAA-CATTCAATCTCAGTG--TTTTTGTAAAGT----GAAA-CCGGC-AAAA--GGAAA--------GTAA------T-CC-GAGCTACCG-GGTTATTT-------GAA-TG-TGCAACCCGT-TAT-TTA-TTTGGTAC-CATGCGCGC-G-A-TGTATCTT--CTATC--TCTC--TACATTC--A--GCAT--G-CCATTTC-ACTCT-AATATTGCA-T-T-----TC-ACA--------------AC----C----------CA-A-A--C----AAAC----A--C-TTAC--TCTCTCATATCT
gi|35 : GCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTGTT---AAA-AACACG------------ACATTCGTCACATGG-AGG-TCGCCATTGCTTTTTCT
gi|8 : ctggGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGAC---AAAAAAAACA------------T-------------G-ACGCTCTCCATT-----------TAGGAGATCGCATTTTCTTATCAAAA----T----AGATTGTT-TTGTT-ATTCA---TT---A--CACATGTTTCAAAATAAAT--T-T-TGT-------T---A-C--GAAC-TTA-AA-----TA----T-A-T--T-T-----A--T-TTATTT-CAA-ATATAATTATCAG-CATTCAAGCTCAATA--ATTTTGTAAA-------AAA-CTCCC-AAA
gi|3 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAATTA----G------------G-------------G-AAG-TAGCCATT----TCTAT------AG--TGC-TTTCTTT--TAAATGATTT----ACCCT-TT-TTATC-ATTCA-----------------TTACAAAAT-A----T-T-T-TGT-----C---A-T--A--AATTG-AAA----CAGT--T-A-A--T-TT----A--T-TTATTT-AAA-GTTTA-------A-CATTCAACCACAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAA-CCTGT-AAAA--GGAAA--------ATAC------T-CC-GAACTGCCT-TGCTATTTCCATACAAAA-AG-AAAAACACA---AT-TTA-TTTGGTAC-CTTGCGCACAG-T-TGT---TT--TTAC-----------CATTT--AATGCATAAA-TCATTGC-ATTCT---TATTCCA-ctgtcgtgtttttgaacgtttgtttggtatcctttaccgggttgcttttacattcct
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGAT---AAAATACATGGTGCTTGCCAATA-------------GTAGG-TTACAATTGCTGTT---CAAAATAG--TGG-TTTATTC--TAAA-----T----AAAAT-AT-TTATTTATTCATT-AC---A--AACGT-TTTCAAAAC-----------------------------------TG-AAA----CA------G-A--T-TT----A--T-TCATTT-AA--GTTCAGCA--------TTCAAACTCAGTG--TTTTTGTAAAGT----GAAA-CCCGC-AAAA--GGAAA--------GTAC------T-CC-AAACTTCC------ATTC--------AA-TA-TTTGA-------AT-TTA-TTTGGTAC-CCTGC-------------TCCTGGCTGTT--TTTT--TCCATT-------TAT--GACCCTATC-ACTTA-AATATTGCA---------TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACA--CTATTAAAC----A--A-TTAacgagcctattttgcactaa
gi|15 : taatggttacttaG-TCGCCATTGCTTCT---CACAATAG--TGA-TTTATTT--TGAAT----A----ATGCT-TT-TTATT-ATTCA---TT---A--CACATTTTTTAAAATAG----G-T-T------------------G--C-TT----------A----T-GAA--T-T-----A--T-CTATTT-AAA-GT-------TTAA-CATTTAAGCT-------------------------------GC-AAAA--GGAAA--------GTAC------C-CA-GACCTGTCG-GCATATTT-------GAA-TG-TTAAACCCAC-ACT-TTA-TATGGTAC-CCTGCATGC-G-A-TG---GTT--TTGGCA-TTCC--TGCATTC--A--TTGT--G-C--TTTC-
gi|1 : TTTTCAAAATAG--TGC-TTTATTT--CAAAA----TTATAACACT-TT-AAATT-ATTCA---TC---ACTAA--TATTTTAAAATAA----A-A-A-TAAA----T---A-C--C--AACTA-AAA----CA------G-A--T-T-----A--T-TTATTT-AAA-GTTTA-------A-CATTAGATCTCAGTG--T-----------------AA-CCTGC-AAAA--GGAA----------TAAC-----T-CA-AAACAGCCG-TGTTTTCT-------GAA-AG-TACAACCCAC-ATT-TTA-TTTGGTAC-CCTGCTCACAG-T-TGTTTTTA--CCAT---TCT---TATATTC--A--ATGT--G-CCCTTTT-ACTCA-AATATTGCACC-T-----TA-ACA--------------ACA---T----------TG-A-A--C----AAGC----
gi|7 : cactgcAG--TAC-TTTATTT--TGAAC----A----ACACT-TT-TTATT-AATCA---TT---T--AAAATGTTTTAAAATAA----C-T-T-T-------T---A-CAAG--CG--A-AA-----CAGATTT-G-T--T-T-----G--T-TTATAT------T-------TTGA-TATTCAATCCCAATT--ATTTTGTAAAGT----GAAA-TCCGCAAAAA--GGTAA--------GTAA------T-GC-GAAATATCGTGTTTATTT-------GAG-CA-TATAACCCGC-AAT-TTG-TATGGTAC-CGTGTTTGC---A-T-----TT--CTAT------------ATTC--A--ATAT--G-TCCTGT--AATCTAAATATTGCA-TCT-----TA-ACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-G--C----AGAA----A--C-TTAC--ACCTTCATttagtttataaaaatccaaacttacatcttcattccctgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|6 : tt-TTTATTT--TCAAT----A----ACAAT-TTGTTAAC-ATTCA---TT---T--TACGTGTTATAAATTAAG---T-T-T-TAA-----T---A-A--A--C-TCA-AA-----CA------A-A--TGT-----A--T-TTATAT-AAA-GTTCTACA-TCAATCATTCAGCTTCAGTA--TTTT-GTTCAGT----GAAA-TTTGT-AAAC--GGAAA--------ATAC------T-CC-CAACTGCCG-TTTTATTT-------G-A-CG-TACAAACCGT-AAT-TTA-TCTGCTAC-tccataattgcca
gi|12 : tTT--TAAA----------ACATT-TT-TAATC-ATTCATA-AC---A--AA--TCTTTTAAAA--A----T------AAAAAAAT---A-T--G--CATTTCAA-----CAAAT-T-T-A--T-T-----T--T-TTTT-T-AAA-GT-CAACATTCAG-CACAAAATCTCAGTG--TTGTTGGTAAGT----CAAA-CCCGC-AAAA--AGAAA--------GTAC------T-CT-GAACTGCCA-TGTGATAT-------GAA-TG-CACATCCCAC-AAT-TTA-TCAGGCAC-CCTGTCTGCTG-T-TGT---TT--TTAACATTCCT--TA-ATTCAAA--ATAT--G-CTCTTTC-ATTCA-AACATTGCC-C-T-----TA-ACA--------------AC------------------A-A--T----AAAC----A--atcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|26 : aT--TAAAT----A----ACGCT-TT-TTATT-TATCATT-AC---A--AA--TATTTTACCATTA----T-T-T-T-------TTTTA-C--G--ATCTG-AA-----AC----T-G-A--T-TTAGATACTT-TTATTT-AAA-GTTCAACA--------------CTCAGTG--ATTTTAGAAAGT----AAAA-CATGC-AAAA--GGAAacc
gi|18 : atataAAC---------ACAAT-TT---ATT-A---A---GC---AT-AACAT---------TTG----T-T-T-T-------T-----C--G--AAATG-AAA----CA----T-T-C--T-T-----A--C-TTATTT-AAA-GTTCGGCAG-----CATTCAACCTCACTG--TTTC----AAGT----GAGA-TCAGC-AAAA--TGAAA--------G---------------AACTGTCG-TTTTATTT-------GAA---------CCCGC-GAT-TTA-TTTTGTAC-CCTGCACGT-GAA-TG-A--TT--TTATCA-TATC--TCCGTTT--A--ATGT--G-CC-TTTA-ATTC---ATAT---A-T-T-----TC-
gi|23 : atAAT-AT-TCATT-ACAAA---AT---T--AA--TGTTTTAAA-TAA----GAT-T-T-------G---A-C--A--AACTG-AAA----CA------G-A--T-TT----A--T-TTATTT-AAAAGTTC-----T--A-CATTGTACCTCCATG--TTTTTGTAAAGT----GAAA-CCCAC-AAAT--GGAAACTCTGAATGTAT------T-CT-GAACTGCCA-TGTTATTT-------GAA-
gi|5 : cacttgttT-TT-TTATT-TTCCATT-GT---G--AAAATGTT--AAAATGAGTT-T-T-T-T-------T---A-C--T--AACTG-AAA----CA------G-A--T-TT----A--T-TTATTC-AAA-GGTCAACACACAA-CAT-------CAGTA--TTTTTGTAAAGT----AAAA-CCAGC-AAAA--GGTAA--------CTAC------T-CCTGAA-TGCCA-TGTAATTT-------GTA-CG-TACAGCCTGTACA--TTA-TTTGGTAC-CTTGCGCTA-G-G-TTCATTTT--CCAT---TCTT--T-CATTG--A--ATAT--A-CCGTTTC-A-----AATATTGAA-T-C-----TC-AAC--------------AC----CATTTCGTA--CA-A-ACCC----AAAC----G--C-ATAC--CTTCca
gi|14 : cT-TT-TAATT-ATTTATT-AC---A--AATGT-TTTCATAATTT----T-T-T-T-------T---A-T--G--AACTG-AAACTGATA----T-A-A--T-T-----A--T-TTATA-------------ATTCAA-CATTCAACCTCAATA--TTTTTGTAAAGT----GAAACCCGAC-AAA----GAAA--------GTAC------T-CT-CAACTGCTG-TGTAATTT-------GAA-CA-TACAAACCAA-TAG-TTA-ATTGGATC-CTTGTTCGT-G-A-T-TGT-TT--TTACCA-TTCC--TGCATTC--A--ATGT--G-CCCTTTattcccctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|24 : tagattatttT-TT-TCATT-AC--------------AAT-TGTTTTAAAATAGAT--T-T-T-T-------T---A-C--G--AACTG-AA------A----TCG-A--T-TT----A--T-TTATTT-TAA-ATTTAGTGTTCAA-CATTGAGCTTCGGTG--TTTCTGCAATGC----GAAA-TCCGC-AAAT--GGTAA--------GTAC------T-CC-GAACTACCt
gi|11 : ataacccttttttatc-TT-TTGTT-ATTCA---TTTTTA--AA--TGTTTCAAGAT-A----T-TAT-T-------T---AAC--T--GGCTA-AA-----AC----T-T-A--T-TC----A--T-TTACGT-AAA-G-------ATAAATCATTCA---TTAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG--AGAAA--------CTAC------T-GC-GAACATTCG-AGCTTTTT-------TAA-CA-TACAACCCAC-AAT-TTA-TATGGTAT-TATGCGTGC-----TGAGTTTT--TTAAC--CTTCCATATACTC--A--ATGT--G-CTA--TA-ACTCA-AATATTGCA-T-A-----T---CA--------------AC----A----------CT-A-T--T----AAAC----AATC-GTAT--TTTGTCGTACct
gi|22 : caca-TT-TCACT-ATTCATTTGT---A--AA--TGTTTAAAAATAA----G-T---------------A--------ATTG-AAA----TA----T-A-T--T-T-----A--T-TTATTTTAAA-GTTCA-------A-TGTTCAAACTCAGTG--TTTCGGTAAAGT----GAAA-CTCAC-AAAAATAGAAA--------G--G------T-TC-G---TA------TTAACT-------GAA-CG-CACAACACGC-ATT-TTATTTTGTTAC-T-TGCGCgtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : gT-TTATT-ACTGATT-AC---A--AA--TGTTTTAAAATAAGTTTT-T-T-T-------T---AAC--A--AACTG-AAA----CA----T-A-T--T-T-----A--T-ATACAT-TAA-GTTC-----T--A-TGTTCAACCTCTGTG--TTTTTGTTTGGT----GAAA-CCTGC-AAAA--GGAAA---------------------C--AGCTGTTG-TGTTATG--------GTA-TCCTATAACTGGC-AAT-TTA-TTTGGTAC-CCTGCTTGC---A-TTTGT-TT--TGATCAATC-C--TAAATTC--A--ATAT--G--CACTTCTACTCA-CATATTGCA-C-T--------ATA--------------ACA---C----------CA-ttattgc
gi|9 : AAAAT-A----T-T-T-C-------T---A-C--G--AATTG-AA------A----T-A-AACT-T-----A--T-TTATTT-AAA-CTTTA-------A-CATTGAATATAAGTG--ATTTTATAAAGT----GAAA-CCCAC-AAAA--GGAAG--------TTAC------T-GC-GAACTGTCG-TGTTACTT-------GAA-CG-TACA--CAAT-TA---CA--TCGGTAC-TTTACGCG--G-T-TGT-TTTA--CCAT---TC-C--TACATTC--A--ATGT--G-ACCTCTA-ACTGA-AATATTGCA-T-T-----TTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-T--C----TAAC----A--CATTACA-TCCCTCttaaa
gi|28 : tttattatttaacttataaaaa----T-T-T-T-------T---A-C--G--AACTG-AA-----AG----A-G-A--T-TT----A--G-TTATTT-AAA-GTACAAGATTTAA-CATTCAACTTCGGTGCTTTTTTGTAAAGC----GAAA-CCCAT-AAAA--GGAAA--------G-AA------CACC-GAACTGCTA-TGTTATTcaattgccacatccttcataaaccctga
gi|19 : taaaatatgttTTA-AA-----CAGAT-T-G-A--T-T-----A--TATTATTTGAAA-ATTCAACATTCAG-CCTT-----TC-GTGA-GTTTTGGAAAGT----GAAA-GC-GC-AAAA--GTTTA--------GTAGTACTACT-CC-GAAATGCCA-CGTTGTTT-------TAA-CG-GACACCCCA--CATCCTA-TTTCGTACTCAT
gi|34 : aaaaatcttaaataacaccgaaac-AA-----CAA---T-G-A--T-T-----AA-T-TTATTT-CAA-GT---GCAAT-----GTTCAACTGCAGTG--CTTTTCTAAATT----GAAA-GCTGC-AAAA--GGAAA--------ATAC------T-CT-Gtgctctgttgtttataccattcattgtgtactttcactcaaa
gi|16 : agactgaTCAA-CATTCAACCTCAGTG--TTTGTGAAAAGT----GAAA-CAGGC-AGAA--GGTAA--------AAAC------T-TC-AGTTTATCG-TGTTATTT-------GAA-CG-CACACCCCAC-AAT-TAA-TTTGGAAC-CCTCCA-GC-A-G-TTGATATTA-CCAT---TC-C--TACACTC--A--ATAT--G-CCATTTC-ACCCA-AAAATTGCA-T-CTTTAATC-ACC--------------AT----T----------CA-A-A--G----AA
gi|17 : A-CATT-AATCTTAGTG--TTCTTTTTAAGT----AAAA-CCCAC-AAAA--GAAAA--------TTAC------T-GT-AAACTGCTG-TGTTCTTT-------AAT-TG-TACAATCTGC-AAT-TTA-TTTGGTAC-CCTGTTCAC-A-T-TTTTTTTT--ATACCA-TTTC--AACATTC--A--ATGT--G-CCTTTTC-ACTCA-AATATTGAA---------TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-A--C----AAACCCAAA--C-TTAC--ACCTTCATtttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|10 : TCCAACCACATTG--TTTTTGTAAAGT----GAAA-CCCTC-AACA--GTACC--------GTAC------T-CT-GAACAATCG-TATTATTT-------GAA-CG-TACAGTCCGC-AAT-TCA-TCTGGTAC-GCTTCACGA-G-G-T-TGT-TT--TTATCAATTTC---ACATTC--A--ACGT--G-GTATTTC-ACTCA-AAtccctctaactgcaaactct
gi|21 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaataaaatacttttaaaaatacaaattgatatttcgttgaagttattTCAGTG--TATTTATAAGGT----GTAA-CACGT-ATAA--GGGGA--------GTAC------T-GT-AAAAAGTCG-CGTTATTT-------AAAACG-TACATCCCGC-TTT-TTA-GTTGGTAC-CCTGTGCAC-G-cttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|20 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaaGTTATTT-------GGA-CA-TACAACCTGC-AGT-TTA-TTTGGTAC-CCTGAGCGC-G-GTTGTTTTTA--CCATT--TC--------TTC--A---------------TC-ACTCA-AATATTGTA-T-C-----Ttttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|36 : TATTT-------AAA-TG-T--AAT---T-GAT-TTA-TTTGGTAC-CCTACGCAT-G-ATTGTTTTTA--CCAT---TCTT--T-TATTC--A--ATGT--G-CCttttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|29 : AT-TTA-TTTGGTAT-TTTCCGCTC-G-------TTTT--TT-TT--TCT---TCCATTC--A--ATAT--G-CCAGTTC-ATTCA-AACATTTCA-T-C-----TT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-A--C----AAAC----A--C-CTTCGTTCTCTCc
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGTGATTGTTTTTATCTATGCCCTTTCATTCAAATATTGCATCAATAAACAAGCCTGTTTCATATAAACCTAAATTAACACTTTCATTCATTCCAATTGTCACCTTTTATCAAACCAGCATTTGAACTTGTTTGCTCTGTATACTAGTT
Unaligned ( gi|27 ): TAATAATTAATTAGAAATTGACTGTGAAGTATCACAATCAAGATCATGTGACAAAACATGGCGCATTCCATTAAGAGGCCTCCATTACTTACCAACATAGTGTTTTTTTATACCTTATTCATTATAAATGTTTT
Unaligned ( gi|30 ): ATTCCGAACTTCCGTGTTACTTGAACGTCCAATCCGCGATGTATCTGGTACACTGCATATGATTGTTTTTATCATTCCTTCATTCTTAGTTTAACACCATTAAACAAGCCTATTTGGAA
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|32 ): AAACAGACTTTTCTAGAATTGCACCCGTTGTTGTGTGCTTTCCATTGTCTTTTCACTAATTATTCTTACATTCAATGTGCTTTTCGCTCAGATATTGCATCTGAAC
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC
Alignments
lowQualScore : 11 11 88888888888888888888888888 22222222 3333333333 22222222222222222222222222 2222222222222222222 3333333333333333 111111111 1111111111 333333 1111111 4444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 11 0 11 6 1 3 44444444444444444444444444 8 8 0 4 99999999 4 777777 5555 2 2 2 2 2 4444444444 77777 1 1 22222222222222222222222222 1 6666666666666666666 44 1 666666 1 5555555555555555 22 33 3333 1 1 1 222 3333 33 000000000 1 1 444 1 5555555 0 0 22 1 22 7777777777 1 44 222222 44 3 0 66 22 55 2222222 9999999999999999999999999999999999 4 8888 8888 66 5 77 2 4
lowQualScore : .. . .. . . . .......................... . . . . ........ . ...... .... . . . . . .......... ..... . . .......................... . ................... .. . ...... . ................ .. .. .... . . . ... .... .. ......... . . ... . ....... . . .. . .. .......... . .. ...... .. . . .. .. .. ....... .................................. . .... .... .. . .. . .
lowQualScore : 00 6 44 8 4 2 22222222222222222222222222 0 0 1 9 99999999 0 777777 7777 2 0 0 0 0 6666666666 88888 8 8 22222222222222222222222222 2 8888888888888888888 00 7 555555 7 2222222222222222 11 77 3333 4 5 5 777 3333 77 444444444 5 6 222 6 4444444 5 1 22 6 33 6666666666 7 00 888888 22 6 5 11 55 00 2222222 0000000000000000000000000000000000 0 5555 5555 99 7 77 0 0
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTGGCAAAAAACACG------------A-------------G-A-GGTCGCCATTGCTTTTT--CANA-ATAGTGCTTTATT-TTAAA----TAA----CACT-TT-TT-AT-T-ATTCA---TTAC---AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-C-AT-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTTGAA-CGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TT-GT--TTTT-----TA-CCATTCCTA-CATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCA-T-CTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC----A--C-TTAC-NCCCTCATNCC
Reference ( family-1208 ) : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTGACAAAAAACACG------------A-------------G-A-GGTCGCCATTGCTTTTTT-CANA-ATAGTGCTTTATT-TTAAA----TNA----CACT-TT-TT-AT-T-ATTCA---TN-C---AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-C-AT-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTTGAA-CGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-NT-GT--TTTT---C-TA-TCATCTCTA-CATTC--AATGTGCCNTTTCACTCAAATATTGCA-T-TTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC----A--C-TTAC-NCCCTCGTACC
gi|1 : CACTGCTTTT---CAAA-ATAGTGCTTTATT-TCAAAATTATAA----CACT-TT-AA-AT-T-ATTCA---TCAC---TAA-----TATTTTAA-AA-T-A-A----A-AA--TAAA--T---A-CCAACTAAAACA----G-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-C-AT-T-AG-------ATCT--CAGTG--T-----------------AACCTG-C-AAAA---G----GAAT-A----------ACTCA-AAACAGCCGTG-T---TTTCTGAA-AGTAC-------AACCCACATT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTCA-CA-G-TT-GT--TTT------TA-CCATTCTTA-TATTC--AATGTGCCCTTTTACTCAAATATTGCACC-TTA-ACA--------------ACA---T----------TG-A-AC----AAGC----
gi|10 : TAA-AA-T-A-C----T-TT--TAAAAAT---A-CAAATTGA--------------T-------A--T-TTCGTT------GAA-GTT------AT-T------TCCAACCA--CATTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCT-C-AACA---G----TAC--C--------GTACTCT-GAACAATCGTA-T---TATTTGAA-CGTAC-------AGTCCGCAAT--TCAT-CTGGTACGC--TTCACGAG--G-TT-GT--TTT------TA-TCAATTTCA-CATTC--AACGTGGTATTTCACTCAAAttagtttataaaaatccaaacttacatcttcattccctgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|11 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaa----CACA-TT-TT-GT-T-ATTCA---TT-TTT-AAA-----TGTTTCAA-GA-T-A-T----T-AT--T-----T---AACTGGCTAAAACT---TA-T-T-C-------A--T-TTACGT------AAA-G--------AT-A-AATCATTCA---T--TAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG---A----GAA--A--------CTACTGC-GAACATTCGAG-C---TTTTTTAA-CATAC-------AACCCACAAT--TTAT-ATGGTATTA--TGCGTG-C--T-GA-GT--TTTT---T-AA-CCTTCCATA-TACTC--AATGTGCTA--TAACTCAAATATTGCA-T-AT---CA--------------AC----A----------CT-A-TT----AAAC----AATC-GTAT-TTTGTCGTACCcttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|12 : T-TTAAA------A----CATT-TT-TA-AT-C-ATTCA---TAAC---AAA-----TCTTTTAA-AAAT-A-A------------------------AA---AAATA---TGCA-T-TTCAACAAA--T-TTATTTTTTTTTAAA-GT-CAA-C-ATTC-AG-CACAAAATCT--CAGTG--TTGTTGGTAAGTC----AAACCCG-C-AAAA---A----GAA--A--------GTACTCT-GAACTGCCATG-T---GATATGAA-TGCAC-------ATCCCACAAT--TTAT-CAGGCACCC--TGTCTG-CT-G-TT-GT--TTT------TA-ACATTCCTT-AATTCAAAATATGCTCTTTCATTCAAACATTGCC-C-TTA-ACA--------------AC------------------A-AT----AAAC----A--gtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : aT-TT-AT-T-ACTGA---TTAC---AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-AGTTTT-TT--T-----T---AACAAACTGAAACA---TA-T-T-T-------A--T-ATACAT------TAA-GTTC------T----A-TGTTCAACCT--CTGTG--TTTTTGTTTGGTG----AAACCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------------C--AGCTGTTGTG-T---TATGGTAT-CCTAT-------AACTGGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTTG-C--ATTT-GT--TTT------GA-TCAATCCTA-AATTC--AATATGCACTTCTACTCACATATTGCA-C-T---ATA--------------AC----acc
gi|14 : TAGA----TTA----TTTT-TT-TA-AT-T-ATTTA---TTAC---AAA-----TGTTTTCATAA-T-T-T----T-TT--T-----T---A-TGAACTGAAAC----TG-A-TAT-------A--A-TTATTT------ATA-ATTCAA-----------CATTCAACCT--CAATA--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCGAC-AAA---------GAA--A--------GTACTCT-CAACTGCTGTG-T---AATTTGAA-CATAC-------AAAC--CAATAGTTAA-TTGGATCCT--TGTTCG-T--GATT-GT--TTT------TA-CCATTCCTG-CATTC--AATGTGCCCTTTaccattaaa
gi|15 : GTCGCCATTGCTTCT---CACA-ATAGTGATTTATT-TTGAA----TAA----TGCT-TT-TT-AT-T-ATTCAT--TA-C---ACA-----TTTTTTAA-AA-T-A-G----G-TTGCT-----T---A-TGA---------------A-T-T-------A--T-CTATTT------AAA-GTTTAA-C-AT--------TTAAGC---------------TGCAAAAGG----AA-------------------------A--------GTACCCA-GACCTGTCG-G-CA--TATTTGAA-TGTTA-------AACCCACACT--TTAT-ATGGTACCC--TGCATG-C--G-AT-GG--TTT------TG-GCATTCCTG-CATTC--ATTGTGC--TTTCt
gi|16 : T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTGTGAAAAGTG----AAACAGG-C-AGAA---G----GTA--A--------AAACTTC-AGTTTATCGTG-T---TATTTGAA-CGCAC-------ACCCCACAAT--TAAT-TTGGAACCC--TCCA-G-CA-G-TT-GA--TAT------TA-CCATTCCTA-CACTC--AATATGCCATTTCACCCAAAAATTGCA-T-CT
gi|17 : A-CATT-AATCT--TAGTG--TTCTTTTTAAGTA----AAACCCA-C-AAAA---G----AAA--A--------TTACTGT-AAACTGCTGTG-T---TCTTTAAT-TGTAC-------AATCTGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGTTCA-C--A-TT-TT--TTTT---TATA-CCATTTCAA-CATTC--AATGTGCCTTTTCACTCAAATATTGAA----TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-AC----AAACCCAAA--C-TTAC-ACCTTCATTCCttaatcaccattcaaagaatttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|18 : A----TAA----CACA-AT-TT-AT-T-AAGCA---T-------AA-----CATTT-----------G----T-TT--T-----T-----CGAAATGAAACA---TT-C-T-T-------A--C-TTATTT------AAA-GTTCGG------C-AG-CATTCAACCT--CACTG--TTTC----AAGTG----AGATCAG-C-AAAA---T----GAA--A----------------GAACTGTCGTT-T---TATTTG---------------AACCCGCGAT--TTAT-TTTGTACCC--TGCACG-T--GAAT-GA--TTT------TA-TCATATCTC-CGTTT--AATGTGCC-TTTAATTCATATATTctctaactgcaaactct
gi|19 : AACTTAAACAGATTG-A-T-T-------A--TATTATTT------GAA-----AA-T--T-C-AA-CATTCAGCCTTTC-GTGA-GTTTTGGAAAGTG----AAAGC-G-C-AAAA---GTTTAGTAGTA--------CTACTCC-GAAATGCCACG-T---TGTTTTAA-CGGAC-------ACCCCACATC--CTAT-TTCGTACTC-----------------AT--TGCT---C-TG-TTGTTTATACCATTC--ATTGTGTACTTTCACTCAAAtc
gi|2 : aaaaatcttaaataacaccgaGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGCAAATAACACG------------A-------------G-A-GGTCGCCATTGTTTTTTTTCACA-GAAGTGCTTTACT-TTAAA----CTA----CAAT-TT-TC-AT-T-ACTCA----G-C---AAACG---TGTTTTAA-AA-T-C-A----T-TT--T-----T---A-CGCGTTG-AACA---TG-A-T-T-------A--T-CTATAT------AAA-GTTCAG-CAAT-C-AA-CATTCAATCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCGG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTAATCC-GAGCTACCGGG-T---TATTTGAA-TGTGC-------AACCCGTTAT--TTAT-TTGGTACCA--TGCGCG-C--G-AT-GTA-TCTT---C-TA-TC-TCTCTA-CATTC--AGCATGCCATTTCACTCTAATATTGCA-T-TTC-ACA--------------AC----C----------CA-A-AC----AAAC----A--C-TTAC-TCTCTCATATC
gi|20 : aaG-T---TATTTGGA-CATAC-------AACCTGCAGT--TTAT-TTGGTACCC--TGAGCG-C--G-GTTGT--TTTT------A-CCATTTCT-----TC--A----------TCACTCAAATATTGTA-T-CTt
gi|21 : ACT-TT-TT----T-ATTCC---TTAC---AAA-----TGTTTTGA-AA-T-ACA----T-TT--T-----T---T-CGAACTAAATCAG--TG-----T-------A--T-TTA--T------AAG-GTGTAA-C-Attttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|21 : aT--CAGTG--TATTTATAAGGTG----TAACACG-T-ATAA---G----GGG--A--------GTACTGT-AAAAAGTCGCG-T---TATTTAAAACGTAC-------ATCCCGCTTT--TTAG-TTGGTACCC--TGTGCA-C--G-TT-TT--TATG---G-TA-CCATTCCTG-CATTT--AATGTGCcgtataaggggagtactgtaaaaagtcgcgttatttaaaacgtacatcccgctttttagttggtaccctgtgcacgtttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|22 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaa-TT-TC-AC-T-ATTCA---TT-TGT-AAA-----TGTTTAAA-AA-T-A-A----G-T-----------------AATTGAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTTT-----AAA-GTTCAA-T-GT---------TCAAACT--CAGTG--TTTCGGTAAAGTG----AAACTCA-C-AAAAATAG----AAA--G--------GT------------TCGTA-T---TAACTGAA-CGCAC-------AACACGCATT--TTAT-TTTGTTACT--TGCGC
gi|23 : g----CACT-TG-TT-AA-T-ATTCA---TTAC---AAAATTAATGTTTTAA-A--T-A-A----GATT--T-----G---A-CAAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAAAGTTC------T----A-CATTGTACCT--CCATG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCA-C-AAAT---G----GAA--ACTCTGAATGTATTCT-GAACTGCCATG-T---TATTTGAA-Cttattgc
gi|24 : A----TAA----CCCT-TT-TTTATCT-TTTCA---TTAC---AAT-----TGTTTTAA-AA-T-A-GAT--T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAT----CG-A-T-TT------A--T-TTATTT------TAA-ATTTAG-T-GTTC-AA-CATTGAGCTT--CGGTG--TTTCTGCAATGCG----AAATCCG-C-AAAT---G----GTA--A--------GTACTCC-GAACTACCa
gi|25 : TATGCCCTTTCATTCAAATATTGCA-T-ct
gi|26 : tgtgattgtttttatcTATA-TTAAA----TAA----CGCT-TT-TT-AT-T-TATCA---TTAC---AAA-----TATTTTAC-CA-T-T-A----T-TT--T-----TTTTA-CGATCTGAAAC----TG-A-T-TTAGAT--ACTT-TTATTT------AAA-GTTCAA-C-A---------------CT--CAGTG--ATTTTAGAAAGTA----AAACATG-C-AAAA---G----GAA--caataaacaagcctgtttcatataaacctaaattaacactttcattcattccaattgtcaccttttatcaaaccagcatttgaacttgtttgctctgtatactagtt
gi|28 : aTAA-AA-T-A-TGTT-T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAGA----G-A-T-TT------A--G-TTATTT------AAA-GTACAA-G-AT-TTAA-CATTCAACTT--CGGTGCTTTTTTGTAAAGCG----AAACCCA-T-AAAA---G----GAA--A--------GAACACC-GAACTGCTATG-T---TATT
gi|29 : CACAAT--TTAT-TTGGTATTT--TCCGCT-C--G-TT-TT--TTTT-----------TCT-TC-CATTC--AATATGCCAGTTCATTCAAACATTTCA-T-CTT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-AC----AAAC----A--C-CTTC-GTTCTC
gi|3 : tgtgtagtTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAATTA-G------------G-------------G-A-AGTAGCCATTTCT-----------ATAGTGCTTTCTT-TTAAA----TGATTTACCCT-TT-TT-AT-C-ATTCA---T-----------------TACAA-AA-T-A-T----T-TTG-T-----C---A-TAAATTGAAACAGT-TA-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-C-AT---------TCAACCA--CAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAACCTG-T-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCC-GAACTGCCTTG-C---TATTT--C-CATACAAAAAGAAAAACACAAT--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCA-CA-G-TT-GT--TTT------TA-CCATTTtctaat
gi|30 : ATTCC-GAACTTCCGTG-T---TACTTGAA-CGTCC-------AATCCGCGAT--GTAT-CTGGTACAC--TGCATA-T--GATT-GT--TTT------TA-TCATTCCTT-CATTC--aatgcataaatcattgcattcttattccaacgagcctattttgcactaa
gi|32 : -C--A-TT-GT--CTTTTCAC-TAATTATTCTTA-CATTC--AATGTGC-TTTTCGCTCAGATATTGCA-T-CTttagtttaacaccattaaacaagcctatttggaa
gi|34 : aaacagacttttctagaattgcacccgttgttgtgtgctttcACTGAAACAA--TG-A-T-T-------AA-T-TTATTT------CAA-GTGCAA-T-GT---------TCAACTG--CAGTG--CTTTTCTAAATTG----AAAGCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCT-Ggaac
gi|35 : agGCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTG-TTAAAAACACG------------ACATTCGTCACATGG-A-GGTCGCCATTGCTTTTT
gi|36 : ctgg---TATTTAAA-TGTA---------ATT---GAT--TTAT-TTGGTACCC--TACGCA-T--GATT-GT--TTT------TA-CCATTCTTT-TATTC--AATGTGCCct
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGATAAAATACATGGTGCTTGCCAATA-------------GTA-GGTTACAATTGCTGTT---CAAA-ATAGTGGTTTATT-CTAAA----TAA----AA-T-AT-TT-AT-TTATTCA---TTAC---AAA-----CGTTTTCA-AA-------------------------------ACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TCATTT------AA--GTTCAG-C-AT---------TCAAACT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-AAACTTCCAT--TCAATATTTG----------------------AAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTC--CTGG-CT-GT--TTTT---T-T--CCATTT------------ATG-ACCCTATCACTTAAATATTGCA----TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACACTATTAAAC----A--A-TTAc
gi|5 : taatggttacttaCT-TT-TT-AT-T-TTCCA---TT-GTGAAAA-----TGTT--AA-AA-T-G-AGTT-T-TT--T-----T---A-CTAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTC------AAA-GGTCAA-C-A-------CA--CAACAT--CAGTA--TTTTTGTAAAGTA----AAACCAG-C-AAAA---G----GTA--A--------CTACTCCTGAA-TGCCATG-T---AATTTGTA-CGTAC-------AGCCTGTACA--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCT-A--G-GT--TCATTTT---C-CA-T--TCTTT--CATTG--AATATACCGTT----TCAAATATTGAA-T-CTC-AAC--------------AC----CATTT------CG-T-AC----AAAC----
gi|6 : TTTATT-TTCAA----TAA----CAAT-TTGTT-AA-C-ATTCA---TT-TT--ACG-----TGTTATAA-AT-T-A-A----G-TT--T-----T---AATAAACTCAAACA----A-A-TGT-------A--T-TTATAT------AAA-GTTCTA-C-AT-C-AATCATTCAGCTT--CAGTA--TTTT-GTTCAGTG----AAATTTG-T-AAAC---G----GAA--A--------ATACTCC-CAACTGCCGTT-T---TATTTG-A-CGTAC-------AAACCGTAAT--TTAT-CTGCTACccaaacgcataccttcattcccctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|7 : tTAGTACTTTATT-TTGAA----CAA----CACT-TT-TT-AT-T-AATCA---TT-TA--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----C-TT--T-----T---A-CAAGC-GAAACA----G-ATT-T-------G--T-TTGTTT------ATA--TT-------T-T-GA-TATTCAATCC--CAATT--ATTTTGTAAAGTG----AAATCCG-CAAAAA---G----GTA--A--------GTAATGC-GAAATATCGTGTT---TATTTGAG-CATAT-------AACCCGCAAT--TTGT-ATGGTACC---------------GT-GT--TT----------GCATTTCTA-TATTC--AATATGTCCTGTAATCTAAATATTGCA-TCTTA-ACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-GC----AGAA----A--C-TTAC-ACCTTCATTCCatcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|8 : tGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGACAAAAAAAACA------------T-------------G-ACGCTCTCCA-------TTT-AGGAGATCGCATTTTCTTATCAAA----ATA----GATTGTT-TT-GT-T-ATTCAT--TA-C---ACA-----TGTTTCAA-AA-TAA-A----T-TTTGT-----T---A-CGAACTTAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTT------CAA-ATATAATT-AT-C-AG-CATTCAAGCT--CAATA--ATTTTGTAAA-------AAACTC-----------------------------------CC-AAACTGTCGTG-T---T-TTTGAA-CG-------------------T--TTGT-TTGGTATCCTTTAC-CG-G--G-TT-GC--TTTT---ataattgcca
gi|9 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggT-TT-AT-T-ATTTAACTTA-T---AAA-----AA----AA-AA-T---A----T-TT--C-----T---A-CGAATTGAAATA---AA-C-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-CT--------T-T-AA-CATTGAATAT--AAGTG--ATTTTATAAAGTG----AAACCCA-C-AAAA---G----GAA--G--------TTACTGC-GAACTGTCGTG-T---TACTTGAA-CGTAC-------A-----CAA---TTACATCGGTACTT--TACGCG----G-TT-GT--TT-------TA-CCATTCCTA-CATTC--AATGTGACCTCTAACTGAAATATTGCA-T-TTTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-TC----TAAC----A--CATTACATCCCTCacattcct
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): TAATAATTAATTAGAAATTGACTGTGAAGTATCACAATCAAGATCATGTGACAAAACATGGCGCATTCCATTAAGAGGCCTCCATTACTTACCAACATAGTGTTTTTTTATACCTTATTCATTATAAATGTTTT
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11 000000000000000000000000000 333333 222222222222222222222222 2222222222222222222 333333333 222222222222222222 555555555555555555555555555555555555555 1111
lowQualScore : 11 0 00 2 3 3 3 555555555555555555555555555 6 5 1 222222 3 0 7777 6666 5555 2 1 1 1 1 1 22 1 44 77777 1 1 1 333333333333333333333333 1 6666666666666666666 44 1 666666 1 0 1 1 777777777 22 33 3333 1 1 1 222 3333 33 888888888 1 1 444 1 5555555 1 1 22 1 44 444444444444444444 55555555 1 1 4 22 1 0 0 666666666666666666666666666666666666666 4 8888 7777 5 77 1
lowQualScore : .. . .. . . . . ........................... . . . ...... . . .... .... .... . . . . . . .. . .. ..... . . . ........................ . ................... .. . ...... . . . . ......... .. .. .... . . . ... .... .. ......... . . ... . ....... . . .. . .. .................. ........ . . . .. . . . ....................................... . .... .... . .. .
lowQualScore : 00 6 33 2 5 5 7 333333333333333333333333333 7 7 4 555555 0 9 7777 5555 7777 1 9 9 9 9 9 66 9 55 44444 8 8 8 555555555555555555555555 2 8888888888888888888 00 7 555555 7 9 7 6 222222222 11 77 3333 4 5 5 777 3333 77 444444444 5 6 222 6 4444444 5 1 22 6 66 999999999999999999 88888888 3 7 4 55 7 3 1 222222222222222222222222222222222222222 0 5555 0000 7 77 0
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTTA----AA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC----AC-TTAC-NCCCTCATTCC
Reference ( family-1208 ) : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTGGCAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTTT--CANAATAGTGCTTTATTTTA----AA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC----AC-TTAC-NCCCTCATNCC
gi|1 : CACTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTCA----AAATTATAA----CACT-TT-AA-A-T-T-ATTCA--TC-AC--TAA-----TATTTTAA-AA-T-A-A----A-AA--TAAA--T---A-CCAACTAAAACA----G-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T-T-AG-------ATCT--CAGTG--T-----------------AACCTG-C-AAAA---G----GAAT-A----------ACTCA-AAACAGCCGTG-T---TTTCT-GAAAGTAC-------AACCCACATT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TATATTC--AATGTGCCCTTTTACTCAAATATTGCACCTTAACA--------------ACA---T----------TG-A-AC----AAGC----
gi|10 : TAA-AA-T-A-C----T-TT--TAAAAAT---A-CAAATTGA--------------T-------A--T-TTCGTT------GAA-GTT-----A-T-T------TCCAACCA--CATTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCT-C-AACA---G----TAC--C--------GTACTCT-GAACAATCGTA-T---TATTT-GAACGTAC-------AGTCCGCAAT--TCAT-CTGGTACGC--TTCACGAG--G-TTG---T--TTT--T-----ATCAATTT-CACATTC--AACGTGGTATTTCACTCAAAttagtttataaaaatccaaacttacatcttcattccctgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|11 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaa----CACA-TT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-TTT-AAA-----TGTTTCAA-GA-T-A-T----T-AT--T-----T---AACTGGCTAAAACT---TA-T-T-C-------A--T-TTACGT------AAA-G-------A-T-A-AATCATTCA---T--TAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG---A----GAA--A--------CTACTGC-GAACATTCGAG-C---TTTTT-TAACATAC-------AACCCACAAT--TTAT-ATGGTATTA--TGCGTG-C--T-GAG--TT--TTT--T-----AACCTTCCATATACTC--AATGTG--CTATAACTCAAATATTGCATAT---CA--------------AC----A----------CT-A-TT----AAAC----Acttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|12 : TTTA----AA------A----CATT-TT-TA-A-T-C-ATTCA--TA-AC--AAA-----TCTTTTAA-AAAT-A-A------------------------AA---AAATA---TGCA-T-TTCAACAAA--T-TTATTTTTTTTTAAA-GT-CAA-CA-TTC-AG-CACAAAATCT--CAGTG--TTGTTGGTAAGTC----AAACCCG-C-AAAA---A----GAA--A--------GTACTCT-GAACTGCCATG-T---GATAT-GAATGCAC-------ATCCCACAAT--TTAT-CAGGCACCC--TGTCTG-CT-G-TTG---T--TTT--T-----AACATTCC-TTAATTCAAAATATGCTCTTTCATTCAAACATTGCCCTTA-ACA--------------AC------------------A-AT----AAAC----Aatcgtattttgtcgtaccgtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : aT-TT-A-T-T-ACTGA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-AGTTTT-TT--T-----T---AACAAACTGAAACA---TA-T-T-T-------A--T-ATACAT------TAA-GTTC------T----A-TGTTCAACCT--CTGTG--TTTTTGTTTGGTG----AAACCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------------C--AGCTGTTGTG-T---TATGG-TATCCTAT-------AACTGGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTTG-C--A-TTT--GT--TTT--G-----ATCAATCC-TAAATTC--AATATGCACTTCTACTCACATATTGCAacc
gi|14 : T-TT-TT-AAT-T-ATTTA--TT-AC--AAA-----TGTTTTCATAA-T-T-T----T-TT--T-----T---A-TGAACTGAAAC----TG-A-TAT-------A--A-TTATTT------ATA-ATTCAA-CA-T---------TCAACCT--CAATA--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCGAC-AAA---------GAA--A--------GTACTCT-CAACTGCTGTG-T---AATTT-GAACATAC-------AAACC--AATAGTTAA-TTGGATCCT--TGTTCG-T--GATTG--TT--TTT--------ACCATTCC-TGCATTC--AATGTGCCCTTTctataacaccattaaa
gi|15 : tagattattG-TCGCCATTGCTTCT---CACAATAGTGATTTATTTTG----AA----TAA----TGCT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TTTTTTAA-AA-T-A-G----G-TTGCT-----T---A-TGA---------------A-T-T-------A--T-CTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T--------TTAAGC---------------TGCAAAAGG----AA-------------------------A--------GTACCCA-GACCTGTCG-G-CA--TATTT-GAATGTTA-------AACCCACACT--TTAT-ATGGTACCC--TGCATG-C--G-ATG---G--TTT--T-----GGCATTCC-TGCATTC--ATTGTG--CTTTCt
gi|16 : -T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTGTGAAAAGTG----AAACAGG-C-AGAA---G----GTA--A--------AAACTTC-AGTTTATCGTG-T---TATTT-GAACGCAC-------ACCCCACAAT--TAAT-TTGGAACCC--TCCA-G-CA-G-TTG---A--TAT--T-----ACCATTCC-TACACTC--AATATGCCATTTCACCCAAAAATTGCATCT
gi|17 : A-CATT-AATCT--TAGTG--TTCTTTTTAAGTA----AAACCCA-C-AAAA---G----AAA--A--------TTACTGT-AAACTGCTGTG-T---TCTTT-AATTGTAC-------AATCTGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGTTCA-C--A-TTT--TT--TTTTAT-----ACCATTTC-AACATTC--AATGTGCCTTTTCACTCAAATATTGAA--TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-AC----AAACCCAAAC-TTAC-ACCTTCATTCCttaatcaccattcaaagaatttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|18 : A----TAA----CACA-AT-TT-A-T-T-AAGCA--TA-AC--A----------TTTG--------------T-TT--T-----T-----CGAAATGAAACA---TT-C-T-T-------A--C-TTATTT------AAA-GTTCGG-CA------G-CATTCAACCT--CACTG--TTTC----AAGTG----AGATCAG-C-AAAA---T----GAA--A--------G--------AACTGTCGTT-T---TATTT-GAAC--------------CCGCGAT--TTAT-TTTGTACCC--TGCACG-T--GAATG---A--TTT--T-----ATCATATC-TCCGTTT--AATGTG-CCTTTAATTCATATATTctctaactgcaaactct
gi|19 : AACTTAAACAGATTG-A-T-T-------A--TATTATTT------GAA-----AA-T--T-C-AA-CATTCAGCCTTTC-GTGA-GTTTTGGAAAGTG----AAAGC-G-C-AAAA---GTTTAGTAGTA--------CTACTCC-GAAATGCCACG-T---TGTTT-TAACGGAC-------ACCCCACATC--CTAT-TTCGTACTCATTGCTC--T--G-TTG---T--TTA--T-----ACCATT-----CAT------TGTGTACTTTCACTCAAAtc
gi|2 : aaaaatcttaaataacaccgaGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGCAAATAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGTTTTTTTTCACAGAAGTGCTTTACTTTA----AA----CTA----CAAT-TT-TC-A-T-T-ACTCA-----GC--AAACG---TGTTTTAA-AA-T-C-A----T-TT--T-----T---A-CGCGTTGAA-CA---TG-A-T-T-------A--T-CTATAT------AAA-GTTCAG-CAAT-C-AA-CATTCAATCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCGG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTAATCC-GAGCTACCGGG-T---TATTT-GAATGTGC-------AACCCGTTAT--TTAT-TTGGTACCA--TGCGCG-C--G-ATGTATC--TTC--T-----ATC-TCTC-TACATTC--AGCATGCCATTTCACTCTAATATTGCATTTC-ACA--------------AC----C----------CA-A-AC----AAAC----AC-TTAC-TCTCTCATATC
gi|20 : aaG-T---TATTT-GGACATAC-------AACCTGCAGT--TTAT-TTGGTACCC--TGAGCG-C--GGTTG--TT--TTT--------ACCATTTC-T----TC--A----------TCACTCAAATATTGTATCTt
gi|21 : ACT-TT-TT-----T-ATTCC--TT-AC--AAA-----TGTTTTGA-AA-T-ACA----T-TT--T-----T---T-CGAACTAAATCAG--TG-----T-------A--T-TTA--T------AAG-GTGTAA-CA-ttttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|21 : aT--CAGTG--TATTTATAAGGTG----TAACACG-T-ATAA---G----GGG--A--------GTACTGT-AAAAAGTCGCG-T---TATTTAAAACGTAC-------ATCCCGCTTT--TTAG-TTGGTACCC--TGTGCA-C--G-TT---TT--TATGGT-----ACCATTCC-TGCATTT--AATGTGCcgtataaggggagtactgtaaaaagtcgcgttatttaaaacgtacatcccgctttttagttggtaccctgtgcacgtttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|22 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaa-TT-TC-A-C-T-ATTCA--TTTGT--AAA-----TGTTTAAA-AA-T-A-A----G-T-----------------AATTGAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTTT-----AAA-GTTCAA-TG-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTCGGTAAAGTG----AAACTCA-C-AAAAATAG----AAA--G--------GT------------TCGTA-T---TAACT-GAACGCAC-------AACACGCATT--TTAT-TTTGTTACT--TGCGCT-T--A-TTG--
gi|23 : g----CACT-TG-TT-A-A-T-ATTCA--TT-AC--AAAATTAATGTTTTAA-A--T-A-A----GATT--T-----G---A-CAAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAAAGTTC------T----A-CATTGTACCT--CCATG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCA-C-AAAT---G----GAA--ACTCTGAATGTATTCT-GAACTGCCATG-T---TATTT-GAACc
gi|24 : A----TAA----CCCT-TT-TTTA-TCT-TTTCA--TT-AC--AAT-----TGTTTTAA-AA-T-A-GAT--T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAT----CG-A-T-TT------A--T-TTATTT------TAA-ATTTAG-TG-TTC-AA-CATTGAGCTT--CGGTG--TTTCTGCAATGCG----AAATCCG-C-AAAT---G----GTA--A--------GTACTCC-GAACTACCa
gi|25 : TATGCCCTTTCATTCAAATATTGCATCct
gi|26 : tgtgattgtttttatcTATATTA----AA----TAA----CGCT-TT-TT-A-T-T-TATCA--TT-AC--AAA-----TATTTTAC-CA-T-T-A----T-TT--T-----TTTTA-CGATCTGAAAC----TG-A-T-TTAGAT--ACTT-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA----------------CT--CAGTG--ATTTTAGAAAGTA----AAACATG-C-AAAA---G----GAA--aataaacaagcctgtttcatataaacctaaattaacactttcattcattccaattgtcaccttttatcaaaccagcatttgaacttgtttgctctgtatactagtt
gi|27 : aTCAAGATCATGTGACAAAA--CATGGCGCATTCCATTAA-------------G-AGG-CCTCCATTACTTAC---CAACATAGTGTTTT--TTTA----------TAC----C------------T-T-ATTCA--TT-AT--AAA-----TGTTTT
gi|28 : taataattaattagaaattgactgtgaagtatcacaaTAA-AA-T-A-TGTT-T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAGA----G-A-T-TT------A--G-TTATTT------AAA-GTACAA-GA-T-TTAA-CATTCAACTT--CGGTGCTTTTTTGTAAAGCG----AAACCCA-T-AAAA---G----GAA--A--------GAACACC-GAACTGCTATG-T---TATT
gi|29 : CACAAT--TTAT-TTGGTATTT--TCCGCT-C--G-TT----T--TTT--T---------TTCT-TCCATTC--AATATGCCAGTTCATTCAAACATTTCATCTT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-AC----AAAC----AC-CTTC-GTTCTC
gi|3 : tgtgtagtTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAATTA-G-------------G-------------G-AAG-TAGCCATTTCT----------ATAGTGCTTTCTTTTA----AA----TGATTTACCCT-TT-TT-A-T-C-ATTCA--TT-AC--AAA---------------A-T-A-T----T-TTG-T-----C---A-TAAATTGAAACAGT-TA-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T---------TCAACCA--CAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAACCTG-T-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCC-GAACTGCCTTG-C---TATTT---CCATACAAAAAGAAAAACACAAT--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTtctaat
gi|30 : ATTCC-GAACTTCCGTG-T---TACTT-GAACGTCC-------AATCCGCGAT--GTAT-CTGGTACAC--TGCATA-T--GATTG---T--TTT--T-----ATCATTCC-TTCATTC--taatgcataaatcattgcattcttattccaacgagcctattttgcactaa
gi|32 : -C--A-TTG--TC--TTT--TCACTAATTATTCT-TACATTC--AATGTGCT-TTTCGCTCAGATATTGCATCTttagtttaacaccattaaacaagcctatttggaa
gi|34 : aaacagacttttctagaattgcacccgttgttgtgtgctttcACTGAAACAA--TG-A-T-T-------AA-T-TTATTT------CAA-GTGCAA-TG-T---------TCAACTG--CAGTG--CTTTTCTAAATTG----AAAGCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCT-Ggaac
gi|35 : agGCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTGTT-AAAAACACG-------------ACATTCGTCACATGG-AGG-TCGCCATTGCTTTTT--C
gi|36 : ctgg---TATTT-AAATGTA---------ATT---GAT--TTAT-TTGGTACCC--TACGCA-T--GATTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TTTATTC--AATGTGCCCt
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGATAAAATACATGGTGCTTGCCAAT-A-------------GTAGG-TTACAATTGCTGTT---CAAAATAGTGGTTTATTCTA----AA----TAA----AA-T-AT-TT-A-T-TTATTCA--TT-AC--AAA-----CGTTTTCA-AA-------------------------------ACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TCATTT------AA--GTTCAG-CA-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-AAACTTCCAT--TCAATATTT-G---------------------AAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTC--CTGG-CTG--TT--TTT--T-----TCCATTT------------ATG-ACCCTATCACTTAAATATTGCA--TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACACTATTAAAC----AA-TTA
gi|5 : taatggttacttaCT-TT-TT-A-T-T-TTCCA--TT-GTGAAAA-----TGTT--AA-AA-T-G-AGTT-T-TT--T-----T---A-CTAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTC------AAA-GGTCAA-CA--------CA--CAACAT--CAGTA--TTTTTGTAAAGTA----AAACCAG-C-AAAA---G----GTA--A--------CTACTCCTGAA-TGCCATG-T---AATTT-GTACGTAC-------AGCCTGTACA--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCT-A--G---G--TTCATTT--T------CCATTCT-TTCATTG--AATATACCGTT----TCAAATATTGAATCTC-AAC--------------AC----CATTT------CG-T-AC----AAACCCAAAC-GCAT-ACCTTCATTCC
gi|6 : TTTATTTTC----AA----TAA----CAAT-TTGTT-A-A-C-ATTCA--TT-TT--ACG-----TGTTATAA-AT-T-A-A----G-TT--T-----T---AATAAACTCAAACA----A-A-TGT-------A--T-TTATAT------AAA-GTTCTA-CA-T-C-AATCATTCAGCTT--CAGTA--TTTT-GTTCAGTG----AAATTTG-T-AAAC---G----GAA--A--------ATACTCC-CAACTGCCGTT-T---TATTT-G-ACGTAC-------AAACCGTAAT--TTAT-CTGCTACcctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|7 : tTAGTACTTTATTTTG----AA----CAA----CACT-TT-TT-A-T-T-AATCA--TT-TA--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----C-TT--T-----T---A-CAAGC-GAAACA----G-ATT-T-------G--T-TTGTTT------ATA--TT-------T-T-GA-TATTCAATCC--CAATT--ATTTTGTAAAGTG----AAATCCG-CAAAAA---G----GTA--A--------GTAATGC-GAAATATCGTGTT---TATTT-GAGCATAT-------AACCCGCAAT--TTGT-ATGGTACCG--TGT---------TTG-------------------CATTTC-TATATTC--AATATGTCCTGTAATCTAAATATTGCATCTTAACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-GC----AGAA----AC-TTAC-ACCTTCATTCCatcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|8 : tGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGACAAAAAAAACA-------------T-------------G-ACGCTCTCCATT---------TAGGAGATCGCATTTTCTTATCAAAA----TAG-----ATTGTT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TGTTTCAA-AA-TAA-A----T-TTTGT-----T---A-CGAACTTAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTT------CAA-ATATAATTA-T-C-AG-CATTCAAGCT--CAATA--ATTTTGTAAA-------AAACTC-----------------------------------CC-AAACTGTCGTG-T---T-TTT-GAACG-------------------T--TTGT-TTGGTATCCTTTAC-CG-G--G-TTG---C--TTT--T-----A-CATTCC-Tataattgcca
gi|9 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggT-TT-A-T-T-ATTTAACTT-AT--AAA-----AA----AA-AA-T-A------T-TT--C-----T---A-CGAATTGAAATA---AA-C-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-CTTTAA-CA-T---------TGAATAT--AAGTG--ATTTTATAAAGTG----AAACCCA-C-AAAA---G----GAA--G--------TTACTGC-GAACTGTCGTG-T---TACTT-GAACGTAC-------A-----CAA---TTACATCGGTACTT--TACGCG----G-TTG------TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGACCTCTAACTGAAATATTGCATTTTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-TC----TAAC----ACATTACATCCCTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 000000000000000000000000000 111111 222222222222222222222222 2222222222222222222 333333333 222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 11 0 66 4 3 3 555555555555555555555555555 6 5 1 000000 1 0 0 55 6666 5555 2 1 1 1 1 1 22 1 44 77777 1 1 1 333333333333333333333333 1 6666666666666666666 44 1 666666 1 0 1 1 777777777 22 33 3333 1 1 1 222 3333 33 888888888 1 1 444 1 5555555 1 1 22 1 44 444444444444444444 55555555 1 1 4 22 1 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 66
lowQualScore : .. . .. . . . ........................... . . . ...... . . . .. .... .... . . . . . . .. . .. ..... . . . ........................ . ................... .. . ...... . . . . ......... .. .. .... . . . ... .... .. ......... . . ... . ....... . . .. . .. .................. ........ . . . .. . . . ...................................................................... . ..
lowQualScore : 00 6 77 2 5 7 333333333333333333333333333 7 7 4 111111 3 2 7 00 5555 7777 1 9 9 9 9 9 66 9 55 44444 8 8 8 555555555555555555555555 2 8888888888888888888 00 7 555555 7 9 7 6 222222222 11 77 3333 4 5 5 777 3333 77 444444444 5 6 222 6 4444444 5 1 22 6 66 999999999999999999 88888888 3 7 4 55 7 3 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 77
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTAC-ACCCTCATTCC
Reference ( family-1208 ) : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTAC-NCCCTCATTCC
gi|1 : CACTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTC--AAAATTATAA----CACT-TT-AA-A-T-T-ATTCA--TC-AC--TAA-----TATTTTAA-AA-T-A-A----A-AA--TAAA--T---A-CCAACTAAAACA----G-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T-T-AG-------ATCT--CAGTG--T-----------------AACCTG-C-AAAA---G----GAAT-A----------ACTCA-AAACAGCCGTG-T---TTTCT-GAAAGTAC-------AACCCACATT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TATATTC--AATGTGCCCTTTTACTCAAATATTGCACCTTAACA--------------ACA---T----------TG-A-AC----AAGCTTAGTTTATAAAAATCCAAAC-TTAC-ATCTTCATTCC
gi|10 : TAA-AA-T-A-C----T-TT--TAAAAAT---A-CAAATTGA--------------T-------A--T-TTCGTT------GAA-GTT-----A-T-T------TCCAACCA--CATTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCT-C-AACA---G----TAC--C--------GTACTCT-GAACAATCGTA-T---TATTT-GAACGTAC-------AGTCCGCAAT--TCAT-CTGGTACGC--TTCACGAG--G-TTG---T--TTT--T-----ATCAATTT-CACATTC--AACGTGGTATTTCACTCAAActgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|11 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaa----CACA-TT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-TTT-AAA-----TGTTTCAA-GA-T-A-T----T-AT--T-----T---AACTGGCTAAAACT---TA-T-T-C-------A--T-TTACGT------AAA-G-------A-T-A-AATCATTCA---T--TAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG---A----GAA--A--------CTACTGC-GAACATTCGAG-C---TTTTT-TAACATAC-------AACCCACAAT--TTAT-ATGGTATTA--TGCGTG-C--T-GAG--TT--TTT--T-----AACCTTCCATATACTC--AATGTG--CTATAACTCAAATATTGCATAT---CA--------------AC----A----------CT-A-TT----AAAC-------------------Acttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|12 : TTT--AAA------A----CATT-TT-TA-A-T-C-ATTCA--TA-AC--AAA-----TCTTTTAA-AAAT-A-A------------------------AA---AAATA---TGCA-T-TTCAACAAA--T-TTATTTTTTTTTAAA-GT-CAA-CA-TTC-AG-CACAAAATCT--CAGTG--TTGTTGGTAAGTC----AAACCCG-C-AAAA---A----GAA--A--------GTACTCT-GAACTGCCATG-T---GATAT-GAATGCAC-------ATCCCACAAT--TTAT-CAGGCACCC--TGTCTG-CT-G-TTG---T--TTT--T-----AACATTCC-TTAATTCAAAATATGCTCTTTCATTCAAACATTGCCCTTA-ACA--------------AC------------------A-AT----AAAC-------------------Aatcgtattttgtcgtaccgtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : aT-TT-A-T-T-ACTGA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-AGTTTT-TT--T-----T---AACAAACTGAAACA---TA-T-T-T-------A--T-ATACAT------TAA-GTTC------T----A-TGTTCAACCT--CTGTG--TTTTTGTTTGGTG----AAACCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------------C--AGCTGTTGTG-T---TATGG-TATCCTAT-------AACTGGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTTG-C--A-TTT--GT--TTT--G-----ATCAATCC-TAAATTC--AATATGCACTTCTACTCACATATTGCAacc
gi|14 : T-TT-TT-AAT-T-ATTTA--TT-AC--AAA-----TGTTTTCATAA-T-T-T----T-TT--T-----T---A-TGAACTGAAAC----TG-A-TAT-------A--A-TTATTT------ATA-ATTCAA-CA-T---------TCAACCT--CAATA--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCGAC-AAA---------GAA--A--------GTACTCT-CAACTGCTGTG-T---AATTT-GAACATAC-------AAACC--AATAGTTAA-TTGGATCCT--TGTTCG-T--GATTG--TT--TTT--------ACCATTCC-TGCATTC--AATGTGCCCTTTctataacaccattaaa
gi|15 : tagattattG-TCGCCATTGCTTCT---CACAATAGTGATTTATTTT--GAA----TAA----TGCT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TTTTTTAA-AA-T-A-G----G-TTGCT-----T---A-TGA---------------A-T-T-------A--T-CTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T--------TTAAGC---------------TGCAAAAGG----AA-------------------------A--------GTACCCA-GACCTGTCG-G-CA--TATTT-GAATGTTA-------AACCCACACT--TTAT-ATGGTACCC--TGCATG-C--G-ATG---G--TTT--T-----GGCATTCC-TGCATTC--ATTGTG--CTTTCt
gi|16 : -T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTGTGAAAAGTG----AAACAGG-C-AGAA---G----GTA--A--------AAACTTC-AGTTTATCGTG-T---TATTT-GAACGCAC-------ACCCCACAAT--TAAT-TTGGAACCC--TCCA-G-CA-G-TTG---A--TAT--T-----ACCATTCC-TACACTC--AATATGCCATTTCACCCAAAAATTGCATCT
gi|17 : A-CATT-AATCT--TAGTG--TTCTTTTTAAGTA----AAACCCA-C-AAAA---G----AAA--A--------TTACTGT-AAACTGCTGTG-T---TCTTT-AATTGTAC-------AATCTGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGTTCA-C--A-TTT--TT--TTTTAT-----ACCATTTC-AACATTC--AATGTGCCTTTTCACTCAAATATTGAA--TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-AC----AAACCCAA---------------AC-TTAC-ACCTTCATTCCttaatcaccattcaaagaatttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|18 : A----TAA----CACA-AT-TT-A-T-T-AAGCA--TA-AC--A----------TTTG--------------T-TT--T-----T-----CGAAATGAAACA---TT-C-T-T-------A--C-TTATTT------AAA-GTTCGG-CA------G-CATTCAACCT--CACTG--TTTC----AAGTG----AGATCAG-C-AAAA---T----GAA--A--------G--------AACTGTCGTT-T---TATTT-GAAC--------------CCGCGAT--TTAT-TTTGTACCC--TGCACG-T--GAATG---A--TTT--T-----ATCATATC-TCCGTTT--AATGTG-CCTTTAATTCATATATTctctaactgcaaactct
gi|19 : AACTTAAACAGATTG-A-T-T-------A--TATTATTT------GAA-----AA-T--T-C-AA-CATTCAGCCTTTC-GTGA-GTTTTGGAAAGTG----AAAGC-G-C-AAAA---GTTTAGTAGTA--------CTACTCC-GAAATGCCACG-T---TGTTT-TAACGGAC-------ACCCCACATC--CTAT-TTCGTACTCATTGCTC--T--G-TTG---T--TTA--T-----ACCATT-----CAT------TGTGTACTTTCACTCAAAtc
gi|2 : aaaaatcttaaataacaccgaGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGCAAATAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGTTTTTTTTCACAGAAGTGCTTTACTTT--AAA----CTA----CAAT-TT-TC-A-T-T-ACTCA-----GC--AAACG---TGTTTTAA-AA-T-C-A----T-TT--T-----T---A-CGCGTTGAA-CA---TG-A-T-T-------A--T-CTATAT------AAA-GTTCAG-CAAT-C-AA-CATTCAATCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCGG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTAATCC-GAGCTACCGGG-T---TATTT-GAATGTGC-------AACCCGTTAT--TTAT-TTGGTACCA--TGCGCG-C--G-ATGTATC--TTC--T-----ATC-TCTC-TACATTC--AGCATGCCATTTCACTCTAATATTGCATTTC-ACA--------------AC----C----------CA-A-AC----AAAC-------------------AC-TTAC-TCTCTCAT
gi|20 : aaG-T---TATTT-GGACATAC-------AACCTGCAGT--TTAT-TTGGTACCC--TGAGCG-C--GGTTG--TT--TTT--------ACCATTTC-T----TC--A----------TCACTCAAATATTGTATCTatct
gi|21 : ACT-TT-TT-----T-ATTCC--TT-AC--AAA-----TGTTTTGA-AA-T-ACA----T-TT--T-----T---T-CGAACTAAATCAG--TG-----T-------A--T-TTA--T------AAG-GTGTAA-CA-ttttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|21 : aT--CAGTG--TATTTATAAGGTG----TAACACG-T-ATAA---G----GGG--A--------GTACTGT-AAAAAGTCGCG-T---TATTTAAAACGTAC-------ATCCCGCTTT--TTAG-TTGGTACCC--TGTGCA-C--G-TT---TT--TATGGT-----ACCATTCC-TGCATTT--AATGTGCcgtataaggggagtactgtaaaaagtcgcgttatttaaaacgtacatcccgctttttagttggtaccctgtgcacgtttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|22 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaa-TT-TC-A-C-T-ATTCA--TTTGT--AAA-----TGTTTAAA-AA-T-A-A----G-T-----------------AATTGAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTTT-----AAA-GTTCAA-TG-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTCGGTAAAGTG----AAACTCA-C-AAAAATAG----AAA--G--------GT------------TCGTA-T---TAACT-GAACGCAC-------AACACGCATT--TTAT-TTTGTTACT--TGCGCT-T--A-TTG--
gi|23 : g----CACT-TG-TT-A-A-T-ATTCA--TT-AC--AAAATTAATGTTTTAA-A--T-A-A----GATT--T-----G---A-CAAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAAAGTTC------T----A-CATTGTACCT--CCATG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCA-C-AAAT---G----GAA--ACTCTGAATGTATTCT-GAACTGCCATG-T---TATTT-GAACc
gi|24 : A----TAA----CCCT-TT-TTTA-TCT-TTTCA--TT-AC--AAT-----TGTTTTAA-AA-T-A-GAT--T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAT----CG-A-T-TT------A--T-TTATTT------TAA-ATTTAG-TG-TTC-AA-CATTGAGCTT--CGGTG--TTTCTGCAATGCG----AAATCCG-C-AAAT---G----GTA--A--------GTACTCC-GAACTACCa
gi|25 : TATGCCCTTTCATTCAAATATTGCATCct
gi|26 : tgtgattgtttttatcTATATT--AAA----TAA----CGCT-TT-TT-A-T-T-TATCA--TT-AC--AAA-----TATTTTAC-CA-T-T-A----T-TT--T-----TTTTA-CGATCTGAAAC----TG-A-T-TTAGAT--ACTT-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA----------------CT--CAGTG--ATTTTAGAAAGTA----AAACATG-C-AAAA---G----GAA--aataaacaagcctgtttcatataaacctaaattaacactttcattcattccaattgtcaccttttatcaaaccagcatttgaacttgtttgctctgtatactagtt
gi|27 : aTCAAGATCATGTGACAAAA--CATGGCGCATTCCATTAA-------------G-AGG-CCTCCATTACTTAC---CAACATAGTGTTTT--TTT--A------TAC----C------------T-T-ATTCA--TT-AT--AAA-----TGTTTT
gi|28 : taataattaattagaaattgactgtgaagtatcacaaTAA-AA-T-A-TGTT-T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAGA----G-A-T-TT------A--G-TTATTT------AAA-GTACAA-GA-T-TTAA-CATTCAACTT--CGGTGCTTTTTTGTAAAGCG----AAACCCA-T-AAAA---G----GAA--A--------GAACACC-GAACTGCTATG-T---TATT
gi|29 : CACAAT--TTAT-TTGGTATTT--TCCGCT-C--G-TT----T--TTT--T---------TTCT-TCCATTC--AATATGCCAGTTCATTCAAACATTTCATCTT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-CTTC-GTTCTC
gi|3 : tgtgtagtTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAATTA-G-------------G-------------G-AAG-TAGCCATTTCT----------ATAGTGCTTTCTTTT--AAA----TGATTTACCCT-TT-TT-A-T-C-ATTCA--TT-AC--AAA---------------A-T-A-T----T-TTG-T-----C---A-TAAATTGAAACAGT-TA-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T---------TCAACCA--CAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAACCTG-T-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCC-GAACTGCCTTG-C---TATTT---CCATACAAAAAGAAAAACACAAT--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTtctaat
gi|30 : ATTCC-GAACTTCCGTG-T---TACTT-GAACGTCC-------AATCCGCGAT--GTAT-CTGGTACAC--TGCATA-T--GATTG---T--TTT--T-----ATCATTCC-TTCATTC--taatgcataaatcattgcattcttattccaacgagcctattttgcactaa
gi|32 : -C--A-TTG--TC--TTT--TCACTAATTATTCT-TACATTC--AATGTGCT-TTTCGCTCAGATATTGCATCTttagtttaacaccattaaacaagcctatttggaa
gi|34 : aaacagacttttctagaattgcacccgttgttgtgtgctttcACTGAAACAA--TG-A-T-T-------AA-T-TTATTT------CAA-GTGCAA-TG-T---------TCAACTG--CAGTG--CTTTTCTAAATTG----AAAGCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCT-Ggaac
gi|35 : agGCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTG-TTAAAAACACG-------------ACATTCGTCACATGG-AGG-TCGCCATTGCTTTT---
gi|36 : ctgg---TATTT-AAATGTA---------ATT---GAT--TTAT-TTGGTACCC--TACGCA-T--GATTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TTTATTC--AATGTGCCCtct
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGATAAAATACATGGTGCTTGCCAAT-A-------------GTAGG-TTACAATTGCTGTT---CAAAATAGTGGTTTATTCT--AAA----TAA----AA-T-AT-TT-A-T-TTATTCA--TT-AC--AAA-----CGTTTTCA-AA-------------------------------ACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TCATTT------AA--GTTCAG-CA-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-AAACTTCCAT--TCAATATTT-G---------------------AAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTC--CTGG-CTG--TT--TTT--T-----TCCATTT------------ATG-ACCCTATCACTTAAATATTGCA--TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACACTATTAAAC-------------------AA-TTA
gi|5 : taatggttacttaCT-TT-TT-A-T-T-TTCCA--TT-GTGAAAA-----TGTT--AA-AA-T-G-AGTT-T-TT--T-----T---A-CTAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTC------AAA-GGTCAA-CA--------CA--CAACAT--CAGTA--TTTTTGTAAAGTA----AAACCAG-C-AAAA---G----GTA--A--------CTACTCCTGAA-TGCCATG-T---AATTT-GTACGTAC-------AGCCTGTACA--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCT-A--G---G--TTCATTT--T------CCATTCT-TTCATTG--AATATACCGTT----TCAAATATTGAATCTC-AAC--------------AC----CATTT------CG-T-AC----AAACCCAA---------------AC-GCAT-ACCTTCATTCC
gi|6 : TTTATTTT--CAA----TAA----CAAT-TTGTT-A-A-C-ATTCA--TT-TT--ACG-----TGTTATAA-AT-T-A-A----G-TT--T-----T---AATAAACTCAAACA----A-A-TGT-------A--T-TTATAT------AAA-GTTCTA-CA-T-C-AATCATTCAGCTT--CAGTA--TTTT-GTTCAGTG----AAATTTG-T-AAAC---G----GAA--A--------ATACTCC-CAACTGCCGTT-T---TATTT-G-ACGTAC-------AAACCGTAAT--TTAT-CTGCTACcctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|7 : tTAGTACTTTATTTT--GAA----CAA----CACT-TT-TT-A-T-T-AATCA--TT-TA--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----C-TT--T-----T---A-CAAGC-GAAACA----G-ATT-T-------G--T-TTGTTT------ATA--TT-------T-T-GA-TATTCAATCC--CAATT--ATTTTGTAAAGTG----AAATCCG-CAAAAA---G----GTA--A--------GTAATGC-GAAATATCGTGTT---TATTT-GAGCATAT-------AACCCGCAAT--TTGT-ATGGTACCG--TGT---------TTG-------------------CATTTC-TATATTC--AATATGTCCTGTAATCTAAATATTGCATCTTAACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-GC----AGAA-------------------AC-TTAC-ACCTTCATTCCatcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|8 : tGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGACAAAAAAAACA-------------T-------------G-ACGCTCTCCATT----TA---GGAGATCGCATTTTCTTATCAAAA----TAG-----ATTGTT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TGTTTCAA-AA-TAA-A----T-TTTGT-----T---A-CGAACTTAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTT------CAA-ATATAATTA-T-C-AG-CATTCAAGCT--CAATA--ATTTTGTAAA-------AAACTC-----------------------------------CC-AAACTGTCGTG-T---T-TTT-GAACG-------------------T--TTGT-TTGGTATCCTTTAC-CG-G--G-TTG---C--TTT--T-----A-CATTCC-Tataattgcca
gi|9 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggT-TT-A-T-T-ATTTAACTT-AT--AAA-----AA----AA-AA-T-A------T-TT--C-----T---A-CGAATTGAAATA---AA-C-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-CTTTAA-CA-T---------TGAATAT--AAGTG--ATTTTATAAAGTG----AAACCCA-C-AAAA---G----GAA--G--------TTACTGC-GAACTGTCGTG-T---TACTT-GAACGTAC-------A-----CAA---TTACATCGGTACTT--TACGCG----G-TTG------TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGACCTCTAACTGAAATATTGCATTTTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-TC----TAAC-------------------ACATTACATCCCTC
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 000000000000000000000000000 111111 222222222222222222222222 2222222222222222222 333333333 222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 11 0 66 4 3 3 555555555555555555555555555 6 5 1 000000 1 0 0 55 6666 5555 2 1 1 1 1 1 22 1 44 77777 1 1 1 333333333333333333333333 1 6666666666666666666 44 1 666666 1 0 1 1 777777777 22 33 3333 1 1 1 222 3333 33 888888888 1 1 444 1 5555555 1 1 22 1 44 444444444444444444 55555555 1 1 4 22 2 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5
lowQualScore : .. . .. . . . ........................... . . . ...... . . . .. .... .... . . . . . . .. . .. ..... . . . ........................ . ................... .. . ...... . . . . ......... .. .. .... . . . ... .... .. ......... . . ... . ....... . . .. . .. .................. ........ . . . .. . . . ...................................................................... . .
lowQualScore : 00 6 77 2 5 7 333333333333333333333333333 7 7 4 111111 3 2 7 00 5555 7777 1 9 9 9 9 9 66 9 55 44444 8 8 8 555555555555555555555555 2 8888888888888888888 00 7 555555 7 9 7 6 222222222 11 77 3333 4 5 5 777 3333 77 444444444 5 6 222 6 4444444 5 1 22 6 66 999999999999999999 88888888 3 7 4 55 2 8 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 7
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
Reference ( family-1208 ) : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
gi|1 : CACTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTC--AAAATTATAA----CACT-TT-AA-A-T-T-ATTCA--TC-AC--TAA-----TATTTTAA-AA-T-A-A----A-AA--TAAA--T---A-CCAACTAAAACA----G-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T-T-AG-------ATCT--CAGTG--T-----------------AACCTG-C-AAAA---G----GAAT-A----------ACTCA-AAACAGCCGTG-T---TTTCT-GAAAGTAC-------AACCCACATT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TATATTC--AATGTGCCCTTTTACTCAAATATTGCACCTTAACA--------------ACA---T----------TG-A-AC----AAGCTTAGTTTATAAAAATCCAAAC-TTACA-TCTTCATTCC
gi|10 : TAA-AA-T-A-C----T-TT--TAAAAAT---A-CAAATTGA--------------T-------A--T-TTCGTT------GAA-GTT-----A-T-T------TCCAACCA--CATTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCT-C-AACA---G----TAC--C--------GTACTCT-GAACAATCGTA-T---TATTT-GAACGTAC-------AGTCCGCAAT--TCAT-CTGGTACGC--TTCACGAG--G-TTG---T--TTT--T-----ATCAATTT-CACATTC--AACGTGGTATTTCACTCAAActgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|11 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaa----CACA-TT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-TTT-AAA-----TGTTTCAA-GA-T-A-T----T-AT--T-----T---AACTGGCTAAAACT---TA-T-T-C-------A--T-TTACGT------AAA-G-------A-T-A-AATCATTCA---T--TAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG---A----GAA--A--------CTACTGC-GAACATTCGAG-C---TTTTT-TAACATAC-------AACCCACAAT--TTAT-ATGGTATTA--TGCGTG-C--T-GAG--TT--TTT--T-----AACCTTCCATATACTC--AATGTG--CTATAACTCAAATATTGCATAT---CA--------------AC----A----------CT-A-TT----AAAC-------------------Acttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|12 : TTT--AAA------A----CATT-TT-TA-A-T-C-ATTCA--TA-AC--AAA-----TCTTTTAA-AAAT-A-A------------------------AA---AAATA---TGCA-T-TTCAACAAA--T-TTATTTTTTTTTAAA-GT-CAA-CA-TTC-AG-CACAAAATCT--CAGTG--TTGTTGGTAAGTC----AAACCCG-C-AAAA---A----GAA--A--------GTACTCT-GAACTGCCATG-T---GATAT-GAATGCAC-------ATCCCACAAT--TTAT-CAGGCACCC--TGTCTG-CT-G-TTG---T--TTT--T-----AACATTCC-TTAATTCAAAATATGCTCTTTCATTCAAACATTGCCCTTA-ACA--------------AC------------------A-AT----AAAC-------------------Aatcgtattttgtcgtaccgtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : aT-TT-A-T-T-ACTGA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-AGTTTT-TT--T-----T---AACAAACTGAAACA---TA-T-T-T-------A--T-ATACAT------TAA-GTTC------T----A-TGTTCAACCT--CTGTG--TTTTTGTTTGGTG----AAACCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------------C--AGCTGTTGTG-T---TATGG-TATCCTAT-------AACTGGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTTG-C--A-TTT--GT--TTT--G-----ATCAATCC-TAAATTC--AATATGCACTTCTACTCACATATTGCAacc
gi|14 : T-TT-TT-AAT-T-ATTTA--TT-AC--AAA-----TGTTTTCATAA-T-T-T----T-TT--T-----T---A-TGAACTGAAAC----TG-A-TAT-------A--A-TTATTT------ATA-ATTCAA-CA-T---------TCAACCT--CAATA--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCGAC-AAA---------GAA--A--------GTACTCT-CAACTGCTGTG-T---AATTT-GAACATAC-------AAACC--AATAGTTAA-TTGGATCCT--TGTTCG-T--GATTG--TT--TTT--------ACCATTCC-TGCATTC--AATGTGCCCTTTctataacaccattaaa
gi|15 : tagattattG-TCGCCATTGCTTCT---CACAATAGTGATTTATTTT--GAA----TAA----TGCT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TTTTTTAA-AA-T-A-G----G-TTGCT-----T---A-TGA---------------A-T-T-------A--T-CTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T--------TTAAGC---------------TGCAAAAGG----AA-------------------------A--------GTACCCA-GACCTGTCG-G-CA--TATTT-GAATGTTA-------AACCCACACT--TTAT-ATGGTACCC--TGCATG-C--G-ATG---G--TTT--T-----GGCATTCC-TGCATTC--ATTGTG--CTTTCt
gi|16 : -T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTGTGAAAAGTG----AAACAGG-C-AGAA---G----GTA--A--------AAACTTC-AGTTTATCGTG-T---TATTT-GAACGCAC-------ACCCCACAAT--TAAT-TTGGAACCC--TCCA-G-CA-G-TTG---A--TAT--T-----ACCATTCC-TACACTC--AATATGCCATTTCACCCAAAAATTGCATCT
gi|17 : A-CATT-AATCT--TAGTG--TTCTTTTTAAGTA----AAACCCA-C-AAAA---G----AAA--A--------TTACTGT-AAACTGCTGTG-T---TCTTT-AATTGTAC-------AATCTGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGTTCA-C--A-TTT--TT--TTTTAT-----ACCATTTC-AACATTC--AATGTGCCTTTTCACTCAAATATTGAA--TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-AC----AAACCCAA---------------AC-TTACA-CCTTCATTCCttaatcaccattcaaagaatttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|18 : A----TAA----CACA-AT-TT-A-T-T-AAGCA--TA-AC--A----------TTTG--------------T-TT--T-----T-----CGAAATGAAACA---TT-C-T-T-------A--C-TTATTT------AAA-GTTCGG-CA------G-CATTCAACCT--CACTG--TTTC----AAGTG----AGATCAG-C-AAAA---T----GAA--A--------G--------AACTGTCGTT-T---TATTT-GAAC--------------CCGCGAT--TTAT-TTTGTACCC--TGCACG-T--GAATG---A--TTT--T-----ATCATATC-TCCGTTT--AATGTG-CCTTTAATTCATATATTctctaactgcaaactct
gi|19 : AACTTAAACAGATTG-A-T-T-------A--TATTATTT------GAA-----AA-T--T-C-AA-CATTCAGCCTTTC-GTGA-GTTTTGGAAAGTG----AAAGC-G-C-AAAA---GTTTAGTAGTA--------CTACTCC-GAAATGCCACG-T---TGTTT-TAACGGAC-------ACCCCACATC--CTAT-TTCGTACTCATTGCTC--T--G-TTG---T--TTA--T-----ACCATT-----CAT------TGTGTACTTTCACTCAAAtc
gi|2 : aaaaatcttaaataacaccgaGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGCAAATAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGTTTTTTTTCACAGAAGTGCTTTACTTT--AAA----CTA----CAAT-TT-TC-A-T-T-ACTCA-----GC--AAACG---TGTTTTAA-AA-T-C-A----T-TT--T-----T---A-CGCGTTGAA-CA---TG-A-T-T-------A--T-CTATAT------AAA-GTTCAG-CAAT-C-AA-CATTCAATCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCGG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTAATCC-GAGCTACCGGG-T---TATTT-GAATGTGC-------AACCCGTTAT--TTAT-TTGGTACCA--TGCGCG-C--G-ATGTATC--TTC--T-----ATC-TCTC-TACATTC--AGCATGCCATTTCACTCTAATATTGCATTTC-ACA--------------AC----C----------CA-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACT-CTCTCAT
gi|20 : aaG-T---TATTT-GGACATAC-------AACCTGCAGT--TTAT-TTGGTACCC--TGAGCG-C--GGTTG--TT--TTT--------ACCATTTC-T----TC--A----------TCACTCAAATATTGTATCTatct
gi|21 : ACT-TT-TT-----T-ATTCC--TT-AC--AAA-----TGTTTTGA-AA-T-ACA----T-TT--T-----T---T-CGAACTAAATCAG--TG-----T-------A--T-TTA--T------AAG-GTGTAA-CA-ttttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|21 : aT--CAGTG--TATTTATAAGGTG----TAACACG-T-ATAA---G----GGG--A--------GTACTGT-AAAAAGTCGCG-T---TATTTAAAACGTAC-------ATCCCGCTTT--TTAG-TTGGTACCC--TGTGCA-C--G-TT---TT--TATGGT-----ACCATTCC-TGCATTT--AATGTGCcgtataaggggagtactgtaaaaagtcgcgttatttaaaacgtacatcccgctttttagttggtaccctgtgcacgtttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|22 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaa-TT-TC-A-C-T-ATTCA--TTTGT--AAA-----TGTTTAAA-AA-T-A-A----G-T-----------------AATTGAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTTT-----AAA-GTTCAA-TG-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTCGGTAAAGTG----AAACTCA-C-AAAAATAG----AAA--G--------GT------------TCGTA-T---TAACT-GAACGCAC-------AACACGCATT--TTAT-TTTGTTACT--TGCGCT-T--A-TTG--
gi|23 : g----CACT-TG-TT-A-A-T-ATTCA--TT-AC--AAAATTAATGTTTTAA-A--T-A-A----GATT--T-----G---A-CAAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAAAGTTC------T----A-CATTGTACCT--CCATG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCA-C-AAAT---G----GAA--ACTCTGAATGTATTCT-GAACTGCCATG-T---TATTT-GAACc
gi|24 : A----TAA----CCCT-TT-TTTA-TCT-TTTCA--TT-AC--AAT-----TGTTTTAA-AA-T-A-GAT--T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAT----CG-A-T-TT------A--T-TTATTT------TAA-ATTTAG-TG-TTC-AA-CATTGAGCTT--CGGTG--TTTCTGCAATGCG----AAATCCG-C-AAAT---G----GTA--A--------GTACTCC-GAACTACCa
gi|26 : TATATT--AAA----TAA----CGCT-TT-TT-A-T-T-TATCA--TT-AC--AAA-----TATTTTAC-CA-T-T-A----T-TT--T-----TTTTA-CGATCTGAAAC----TG-A-T-TTAGAT--ACTT-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA----------------CT--CAGTG--ATTTTAGAAAGTA----AAACATG-C-AAAA---G----GAA--ct
gi|27 : aTCAAGATCATGTGACAAAA--CATGGCGCATTCCATTAA-------------G-AGG-CCTCCATTACTTAC---CAACATAGTGTTTT--TTT--A------TAC----C------------T-T-ATTCA--TT-AT--AAA-----TGTTTT
gi|28 : taataattaattagaaattgactgtgaagtatcacaaTAA-AA-T-A-TGTT-T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAGA----G-A-T-TT------A--G-TTATTT------AAA-GTACAA-GA-T-TTAA-CATTCAACTT--CGGTGCTTTTTTGTAAAGCG----AAACCCA-T-AAAA---G----GAA--A--------GAACACC-GAACTGCTATG-T---TATT
gi|29 : CACAAT--TTAT-TTGGTATTT--TCCGCT-C--G-TT----T--TTT--T---------TTCT-TCCATTC--AATATGCCAGTTCATTCAAACATTTCATCTT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-CTTCG-TTCTC
gi|3 : tgtgtagtTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAATTA-G-------------G-------------G-AAG-TAGCCATTTCT----------ATAGTGCTTTCTTTT--AAA----TGATTTACCCT-TT-TT-A-T-C-ATTCA--TT-AC--AAA---------------A-T-A-T----T-TTG-T-----C---A-TAAATTGAAACAGT-TA-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T---------TCAACCA--CAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAACCTG-T-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCC-GAACTGCCTTG-C---TATTT---CCATACAAAAAGAAAAACACAAT--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTtctaat
gi|30 : ATTCC-GAACTTCCGTG-T---TACTT-GAACGTCC-------AATCCGCGAT--GTAT-CTGGTACAC--TGCATA-T--GATTG---T--TTT--T-----ATCATTCC-TTCATTC--taatgcataaatcattgcattcttattccaacgagcctattttgcactaa
gi|32 : -C--A-TTG--TC--TTT--TCACTAATTATTCT-TACATTC--AATGTGCT-TTTCGCTCAGATATTGCATCTttagtttaacaccattaaacaagcctatttggaa
gi|34 : aaacagacttttctagaattgcacccgttgttgtgtgctttcACTGAAACAA--TG-A-T-T-------AA-T-TTATTT------CAA-GTGCAA-TG-T---------TCAACTG--CAGTG--CTTTTCTAAATTG----AAAGCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCT-Ggaac
gi|35 : agGCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTG-TTAAAAACACG-------------ACATTCGTCACATGG-AGG-TCGCCATTGCTTTT---
gi|36 : ctgg---TATTT-AAATGTA---------ATT---GAT--TTAT-TTGGTACCC--TACGCA-T--GATTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TTTATTC--AATGTGCCCtct
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGATAAAATACATGGTGCTTGCCAAT-A-------------GTAGG-TTACAATTGCTGTT---CAAAATAGTGGTTTATTCT--AAA----TAA----AA-T-AT-TT-A-T-TTATTCA--TT-AC--AAA-----CGTTTTCA-AA-------------------------------ACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TCATTT------AA--GTTCAG-CA-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-AAACTTCCAT--TCAATATTT-G---------------------AAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTC--CTGG-CTG--TT--TTT--T-----TCCATTT------------ATG-ACCCTATCACTTAAATATTGCA--TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACACTATTAAAC-------------------AA-TTA
gi|5 : taatggttacttaCT-TT-TT-A-T-T-TTCCA--TT-GTGAAAA-----TGTT--AA-AA-T-G-AGTT-T-TT--T-----T---A-CTAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTC------AAA-GGTCAA-CA--------CA--CAACAT--CAGTA--TTTTTGTAAAGTA----AAACCAG-C-AAAA---G----GTA--A--------CTACTCCTGAA-TGCCATG-T---AATTT-GTACGTAC-------AGCCTGTACA--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCT-A--G---G--TTCATTT--T------CCATTCT-TTCATTG--AATATACCGTT----TCAAATATTGAATCTC-AAC--------------AC----CATTT------CG-T-AC----AAACCCAA---------------AC-GCATA-CCTTCATTCC
gi|6 : TTTATTTT--CAA----TAA----CAAT-TTGTT-A-A-C-ATTCA--TT-TT--ACG-----TGTTATAA-AT-T-A-A----G-TT--T-----T---AATAAACTCAAACA----A-A-TGT-------A--T-TTATAT------AAA-GTTCTA-CA-T-C-AATCATTCAGCTT--CAGTA--TTTT-GTTCAGTG----AAATTTG-T-AAAC---G----GAA--A--------ATACTCC-CAACTGCCGTT-T---TATTT-G-ACGTAC-------AAACCGTAAT--TTAT-CTGCTACcctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|7 : tTAGTACTTTATTTT--GAA----CAA----CACT-TT-TT-A-T-T-AATCA--TT-TA--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----C-TT--T-----T---A-CAAGC-GAAACA----G-ATT-T-------G--T-TTGTTT------ATA--TT-------T-T-GA-TATTCAATCC--CAATT--ATTTTGTAAAGTG----AAATCCG-CAAAAA---G----GTA--A--------GTAATGC-GAAATATCGTGTT---TATTT-GAGCATAT-------AACCCGCAAT--TTGT-ATGGTACCG--TGT---------TTG-------------------CATTTC-TATATTC--AATATGTCCTGTAATCTAAATATTGCATCTTAACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-GC----AGAA-------------------AC-TTACA-CCTTCATTCCatcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|8 : tGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGACAAAAAAAACA-------------T-------------G-ACGCTCTCCATT----TA---GGAGATCGCATTTTCTTATCAAAA----TAG-----ATTGTT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TGTTTCAA-AA-TAA-A----T-TTTGT-----T---A-CGAACTTAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTT------CAA-ATATAATTA-T-C-AG-CATTCAAGCT--CAATA--ATTTTGTAAA-------AAACTC-----------------------------------CC-AAACTGTCGTG-T---T-TTT-GAACG-------------------T--TTGT-TTGGTATCCTTTAC-CG-G--G-TTG---C--TTT--T-----A-CATTCC-Tataattgcca
gi|9 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggT-TT-A-T-T-ATTTAACTT-AT--AAA-----AA----AA-AA-T-A------T-TT--C-----T---A-CGAATTGAAATA---AA-C-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-CTTTAA-CA-T---------TGAATAT--AAGTG--ATTTTATAAAGTG----AAACCCA-C-AAAA---G----GAA--G--------TTACTGC-GAACTGTCGTG-T---TACTT-GAACGTAC-------A-----CAA---TTACATCGGTACTT--TACGCG----G-TTG------TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGACCTCTAACTGAAATATTGCATTTTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-TC----TAAC-------------------ACATTACATCCCTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGTGATTGTTTTTATCTATGCCCTTTCATTCAAATATTGCATCAATAAACAAGCCTGTTTCATATAAACCTAAATTAACACTTTCATTCATTCCAATTGTCACCTTTTATCAAACCAGCATTTGAACTTGTTTGCTCTGTATACTAGTT
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 000000000000000000000000000 111111 222222222222222222222222 2222222222222222222 333333333 222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 11 0 66 4 3 3 555555555555555555555555555 6 5 1 000000 1 0 0 55 6666 5555 2 1 1 1 1 1 22 1 44 77777 1 1 1 333333333333333333333333 1 6666666666666666666 44 1 666666 1 0 1 1 777777777 22 33 3333 1 1 1 222 3333 33 888888888 1 1 444 1 5555555 1 1 22 1 44 444444444444444444 55555555 1 1 4 22 2 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5
lowQualScore : .. . .. . . . ........................... . . . ...... . . . .. .... .... . . . . . . .. . .. ..... . . . ........................ . ................... .. . ...... . . . . ......... .. .. .... . . . ... .... .. ......... . . ... . ....... . . .. . .. .................. ........ . . . .. . . . ...................................................................... . .
lowQualScore : 00 6 77 2 5 7 333333333333333333333333333 7 7 4 111111 3 2 7 00 5555 7777 1 9 9 9 9 9 66 9 55 44444 8 8 8 555555555555555555555555 2 8888888888888888888 00 7 555555 7 9 7 6 222222222 11 77 3333 4 5 5 777 3333 77 444444444 5 6 222 6 4444444 5 1 22 6 66 999999999999999999 88888888 3 7 4 55 2 8 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 7
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
Reference ( family-1208 ) : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
gi|1 : CACTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTC--AAAATTATAA----CACT-TT-AA-A-T-T-ATTCA--TC-AC--TAA-----TATTTTAA-AA-T-A-A----A-AA--TAAA--T---A-CCAACTAAAACA----G-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T-T-AG-------ATCT--CAGTG--T-----------------AACCTG-C-AAAA---G----GAAT-A----------ACTCA-AAACAGCCGTG-T---TTTCT-GAAAGTAC-------AACCCACATT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TATATTC--AATGTGCCCTTTTACTCAAATATTGCACCTTAACA--------------ACA---T----------TG-A-AC----AAGCTTAGTTTATAAAAATCCAAAC-TTACA-TCTTCATTCC
gi|10 : TAA-AA-T-A-C----T-TT--TAAAAAT---A-CAAATTGA--------------T-------A--T-TTCGTT------GAA-GTT-----A-T-T------TCCAACCA--CATTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCT-C-AACA---G----TAC--C--------GTACTCT-GAACAATCGTA-T---TATTT-GAACGTAC-------AGTCCGCAAT--TCAT-CTGGTACGC--TTCACGAG--G-TTG---T--TTT--T-----ATCAATTT-CACATTC--AACGTGGTATTTCACTCAAActgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|11 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaa----CACA-TT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-TTT-AAA-----TGTTTCAA-GA-T-A-T----T-AT--T-----T---AACTGGCTAAAACT---TA-T-T-C-------A--T-TTACGT------AAA-G-------A-T-A-AATCATTCA---T--TAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG---A----GAA--A--------CTACTGC-GAACATTCGAG-C---TTTTT-TAACATAC-------AACCCACAAT--TTAT-ATGGTATTA--TGCGTG-C--T-GAG--TT--TTT--T-----AACCTTCCATATACTC--AATGTG--CTATAACTCAAATATTGCATAT---CA--------------AC----A----------CT-A-TT----AAAC-------------------Acttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|12 : TTT--AAA------A----CATT-TT-TA-A-T-C-ATTCA--TA-AC--AAA-----TCTTTTAA-AAAT-A-A------------------------AA---AAATA---TGCA-T-TTCAACAAA--T-TTATTTTTTTTTAAA-GT-CAA-CA-TTC-AG-CACAAAATCT--CAGTG--TTGTTGGTAAGTC----AAACCCG-C-AAAA---A----GAA--A--------GTACTCT-GAACTGCCATG-T---GATAT-GAATGCAC-------ATCCCACAAT--TTAT-CAGGCACCC--TGTCTG-CT-G-TTG---T--TTT--T-----AACATTCC-TTAATTCAAAATATGCTCTTTCATTCAAACATTGCCCTTA-ACA--------------AC------------------A-AT----AAAC-------------------Aatcgtattttgtcgtaccgtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : aT-TT-A-T-T-ACTGA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-AGTTTT-TT--T-----T---AACAAACTGAAACA---TA-T-T-T-------A--T-ATACAT------TAA-GTTC------T----A-TGTTCAACCT--CTGTG--TTTTTGTTTGGTG----AAACCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------------C--AGCTGTTGTG-T---TATGG-TATCCTAT-------AACTGGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTTG-C--A-TTT--GT--TTT--G-----ATCAATCC-TAAATTC--AATATGCACTTCTACTCACATATTGCAacc
gi|14 : T-TT-TT-AAT-T-ATTTA--TT-AC--AAA-----TGTTTTCATAA-T-T-T----T-TT--T-----T---A-TGAACTGAAAC----TG-A-TAT-------A--A-TTATTT------ATA-ATTCAA-CA-T---------TCAACCT--CAATA--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCGAC-AAA---------GAA--A--------GTACTCT-CAACTGCTGTG-T---AATTT-GAACATAC-------AAACC--AATAGTTAA-TTGGATCCT--TGTTCG-T--GATTG--TT--TTT--------ACCATTCC-TGCATTC--AATGTGCCCTTTctataacaccattaaa
gi|15 : tagattattG-TCGCCATTGCTTCT---CACAATAGTGATTTATTTT--GAA----TAA----TGCT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TTTTTTAA-AA-T-A-G----G-TTGCT-----T---A-TGA---------------A-T-T-------A--T-CTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T--------TTAAGC---------------TGCAAAAGG----AA-------------------------A--------GTACCCA-GACCTGTCG-G-CA--TATTT-GAATGTTA-------AACCCACACT--TTAT-ATGGTACCC--TGCATG-C--G-ATG---G--TTT--T-----GGCATTCC-TGCATTC--ATTGTG--CTTTCt
gi|16 : -T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTGTGAAAAGTG----AAACAGG-C-AGAA---G----GTA--A--------AAACTTC-AGTTTATCGTG-T---TATTT-GAACGCAC-------ACCCCACAAT--TAAT-TTGGAACCC--TCCA-G-CA-G-TTG---A--TAT--T-----ACCATTCC-TACACTC--AATATGCCATTTCACCCAAAAATTGCATCT
gi|17 : A-CATT-AATCT--TAGTG--TTCTTTTTAAGTA----AAACCCA-C-AAAA---G----AAA--A--------TTACTGT-AAACTGCTGTG-T---TCTTT-AATTGTAC-------AATCTGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGTTCA-C--A-TTT--TT--TTTTAT-----ACCATTTC-AACATTC--AATGTGCCTTTTCACTCAAATATTGAA--TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-AC----AAACCCAA---------------AC-TTACA-CCTTCATTCCttaatcaccattcaaagaatttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|18 : A----TAA----CACA-AT-TT-A-T-T-AAGCA--TA-AC--A----------TTTG--------------T-TT--T-----T-----CGAAATGAAACA---TT-C-T-T-------A--C-TTATTT------AAA-GTTCGG-CA------G-CATTCAACCT--CACTG--TTTC----AAGTG----AGATCAG-C-AAAA---T----GAA--A--------G--------AACTGTCGTT-T---TATTT-GAAC--------------CCGCGAT--TTAT-TTTGTACCC--TGCACG-T--GAATG---A--TTT--T-----ATCATATC-TCCGTTT--AATGTG-CCTTTAATTCATATATTctctaactgcaaactct
gi|19 : AACTTAAACAGATTG-A-T-T-------A--TATTATTT------GAA-----AA-T--T-C-AA-CATTCAGCCTTTC-GTGA-GTTTTGGAAAGTG----AAAGC-G-C-AAAA---GTTTAGTAGTA--------CTACTCC-GAAATGCCACG-T---TGTTT-TAACGGAC-------ACCCCACATC--CTAT-TTCGTACTCATTGCTC--T--G-TTG---T--TTA--T-----ACCATT-----CAT------TGTGTACTTTCACTCAAAtc
gi|2 : aaaaatcttaaataacaccgaGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGCAAATAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGTTTTTTTTCACAGAAGTGCTTTACTTT--AAA----CTA----CAAT-TT-TC-A-T-T-ACTCA-----GC--AAACG---TGTTTTAA-AA-T-C-A----T-TT--T-----T---A-CGCGTTGAA-CA---TG-A-T-T-------A--T-CTATAT------AAA-GTTCAG-CAAT-C-AA-CATTCAATCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCGG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTAATCC-GAGCTACCGGG-T---TATTT-GAATGTGC-------AACCCGTTAT--TTAT-TTGGTACCA--TGCGCG-C--G-ATGTATC--TTC--T-----ATC-TCTC-TACATTC--AGCATGCCATTTCACTCTAATATTGCATTTC-ACA--------------AC----C----------CA-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACT-CTCTCAT
gi|20 : aaG-T---TATTT-GGACATAC-------AACCTGCAGT--TTAT-TTGGTACCC--TGAGCG-C--GGTTG--TT--TTT--------ACCATTTC-T----TC--A----------TCACTCAAATATTGTATCTatct
gi|21 : ACT-TT-TT-----T-ATTCC--TT-AC--AAA-----TGTTTTGA-AA-T-ACA----T-TT--T-----T---T-CGAACTAAATCAG--TG-----T-------A--T-TTA--T------AAG-GTGTAA-CA-ttttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|21 : aT--CAGTG--TATTTATAAGGTG----TAACACG-T-ATAA---G----GGG--A--------GTACTGT-AAAAAGTCGCG-T---TATTTAAAACGTAC-------ATCCCGCTTT--TTAG-TTGGTACCC--TGTGCA-C--G-TT---TT--TATGGT-----ACCATTCC-TGCATTT--AATGTGCcgtataaggggagtactgtaaaaagtcgcgttatttaaaacgtacatcccgctttttagttggtaccctgtgcacgtttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|22 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaa-TT-TC-A-C-T-ATTCA--TTTGT--AAA-----TGTTTAAA-AA-T-A-A----G-T-----------------AATTGAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTTT-----AAA-GTTCAA-TG-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTCGGTAAAGTG----AAACTCA-C-AAAAATAG----AAA--G--------GT------------TCGTA-T---TAACT-GAACGCAC-------AACACGCATT--TTAT-TTTGTTACT--TGCGCT-T--A-TTG--
gi|23 : g----CACT-TG-TT-A-A-T-ATTCA--TT-AC--AAAATTAATGTTTTAA-A--T-A-A----GATT--T-----G---A-CAAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAAAGTTC------T----A-CATTGTACCT--CCATG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCA-C-AAAT---G----GAA--ACTCTGAATGTATTCT-GAACTGCCATG-T---TATTT-GAACc
gi|24 : A----TAA----CCCT-TT-TTTA-TCT-TTTCA--TT-AC--AAT-----TGTTTTAA-AA-T-A-GAT--T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAT----CG-A-T-TT------A--T-TTATTT------TAA-ATTTAG-TG-TTC-AA-CATTGAGCTT--CGGTG--TTTCTGCAATGCG----AAATCCG-C-AAAT---G----GTA--A--------GTACTCC-GAACTACCa
gi|26 : TATATT--AAA----TAA----CGCT-TT-TT-A-T-T-TATCA--TT-AC--AAA-----TATTTTAC-CA-T-T-A----T-TT--T-----TTTTA-CGATCTGAAAC----TG-A-T-TTAGAT--ACTT-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA----------------CT--CAGTG--ATTTTAGAAAGTA----AAACATG-C-AAAA---G----GAA--ct
gi|27 : aTCAAGATCATGTGACAAAA--CATGGCGCATTCCATTAA-------------G-AGG-CCTCCATTACTTAC---CAACATAGTGTTTT--TTT--A------TAC----C------------T-T-ATTCA--TT-AT--AAA-----TGTTTT
gi|28 : taataattaattagaaattgactgtgaagtatcacaaTAA-AA-T-A-TGTT-T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAAGA----G-A-T-TT------A--G-TTATTT------AAA-GTACAA-GA-T-TTAA-CATTCAACTT--CGGTGCTTTTTTGTAAAGCG----AAACCCA-T-AAAA---G----GAA--A--------GAACACC-GAACTGCTATG-T---TATT
gi|29 : CACAAT--TTAT-TTGGTATTT--TCCGCT-C--G-TT----T--TTT--T---------TTCT-TCCATTC--AATATGCCAGTTCATTCAAACATTTCATCTT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-CTTCG-TTCTC
gi|3 : tgtgtagtTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAATTA-G-------------G-------------G-AAG-TAGCCATTTCT----------ATAGTGCTTTCTTTT--AAA----TGATTTACCCT-TT-TT-A-T-C-ATTCA--TT-AC--AAA---------------A-T-A-T----T-TTG-T-----C---A-TAAATTGAAACAGT-TA-A-T-TT------A--T-TTATTT------AAA-GTTTAA-CA-T---------TCAACCA--CAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAACCTG-T-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCC-GAACTGCCTTG-C---TATTT---CCATACAAAAAGAAAAACACAAT--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTtctaat
gi|30 : ATTCC-GAACTTCCGTG-T---TACTT-GAACGTCC-------AATCCGCGAT--GTAT-CTGGTACAC--TGCATA-T--GATTG---T--TTT--T-----ATCATTCC-TTCATTC--taatgcataaatcattgcattcttattccaacgagcctattttgcactaa
gi|32 : -C--A-TTG--TC--TTT--TCACTAATTATTCT-TACATTC--AATGTGCT-TTTCGCTCAGATATTGCATCTttagtttaacaccattaaacaagcctatttggaa
gi|34 : aaacagacttttctagaattgcacccgttgttgtgtgctttcACTGAAACAA--TG-A-T-T-------AA-T-TTATTT------CAA-GTGCAA-TG-T---------TCAACTG--CAGTG--CTTTTCTAAATTG----AAAGCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCT-Ggaac
gi|35 : agGCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTG-TTAAAAACACG-------------ACATTCGTCACATGG-AGG-TCGCCATTGCTTTT---
gi|36 : ctgg---TATTT-AAATGTA---------ATT---GAT--TTAT-TTGGTACCC--TACGCA-T--GATTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TTTATTC--AATGTGCCCtct
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGATAAAATACATGGTGCTTGCCAAT-A-------------GTAGG-TTACAATTGCTGTT---CAAAATAGTGGTTTATTCT--AAA----TAA----AA-T-AT-TT-A-T-TTATTCA--TT-AC--AAA-----CGTTTTCA-AA-------------------------------ACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TCATTT------AA--GTTCAG-CA-T---------TCAAACT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-AAACTTCCAT--TCAATATTT-G---------------------AAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTC--CTGG-CTG--TT--TTT--T-----TCCATTT------------ATG-ACCCTATCACTTAAATATTGCA--TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACACTATTAAAC-------------------AA-TTA
gi|5 : taatggttacttaCT-TT-TT-A-T-T-TTCCA--TT-GTGAAAA-----TGTT--AA-AA-T-G-AGTT-T-TT--T-----T---A-CTAACTGAAACA----G-A-T-TT------A--T-TTATTC------AAA-GGTCAA-CA--------CA--CAACAT--CAGTA--TTTTTGTAAAGTA----AAACCAG-C-AAAA---G----GTA--A--------CTACTCCTGAA-TGCCATG-T---AATTT-GTACGTAC-------AGCCTGTACA--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCT-A--G---G--TTCATTT--T------CCATTCT-TTCATTG--AATATACCGTT----TCAAATATTGAATCTC-AAC--------------AC----CATTT------CG-T-AC----AAACCCAA---------------AC-GCATA-CCTTCATTCC
gi|6 : TTTATTTT--CAA----TAA----CAAT-TTGTT-A-A-C-ATTCA--TT-TT--ACG-----TGTTATAA-AT-T-A-A----G-TT--T-----T---AATAAACTCAAACA----A-A-TGT-------A--T-TTATAT------AAA-GTTCTA-CA-T-C-AATCATTCAGCTT--CAGTA--TTTT-GTTCAGTG----AAATTTG-T-AAAC---G----GAA--A--------ATACTCC-CAACTGCCGTT-T---TATTT-G-ACGTAC-------AAACCGTAAT--TTAT-CTGCTACcctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|7 : tTAGTACTTTATTTT--GAA----CAA----CACT-TT-TT-A-T-T-AATCA--TT-TA--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----C-TT--T-----T---A-CAAGC-GAAACA----G-ATT-T-------G--T-TTGTTT------ATA--TT-------T-T-GA-TATTCAATCC--CAATT--ATTTTGTAAAGTG----AAATCCG-CAAAAA---G----GTA--A--------GTAATGC-GAAATATCGTGTT---TATTT-GAGCATAT-------AACCCGCAAT--TTGT-ATGGTACCG--TGT---------TTG-------------------CATTTC-TATATTC--AATATGTCCTGTAATCTAAATATTGCATCTTAACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-GC----AGAA-------------------AC-TTACA-CCTTCATTCCatcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|8 : tGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGACAAAAAAAACA-------------T-------------G-ACGCTCTCCATT----TA---GGAGATCGCATTTTCTTATCAAAA----TAG-----ATTGTT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TGTTTCAA-AA-TAA-A----T-TTTGT-----T---A-CGAACTTAAATA---TA-T-T-T-------A--T-TTATTT------CAA-ATATAATTA-T-C-AG-CATTCAAGCT--CAATA--ATTTTGTAAA-------AAACTC-----------------------------------CC-AAACTGTCGTG-T---T-TTT-GAACG-------------------T--TTGT-TTGGTATCCTTTAC-CG-G--G-TTG---C--TTT--T-----A-CATTCC-Tataattgcca
gi|9 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggT-TT-A-T-T-ATTTAACTT-AT--AAA-----AA----AA-AA-T-A------T-TT--C-----T---A-CGAATTGAAATA---AA-C-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-CTTTAA-CA-T---------TGAATAT--AAGTG--ATTTTATAAAGTG----AAACCCA-C-AAAA---G----GAA--G--------TTACTGC-GAACTGTCGTG-T---TACTT-GAACGTAC-------A-----CAA---TTACATCGGTACTT--TACGCG----G-TTG------TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGACCTCTAACTGAAATATTGCATTTTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-TC----TAAC-------------------ACATTACATCCCTC
blockSeqs : CA AG A A T GCGCATTCCATTAA T C G TTTTTT C CA . TTTA G G T A C T AC T GA ATTAA T A A CTTTTAAAAATA A ATGCATTTCAACAA CT A TTTTTT A T A AAATCAT TT CT CAGG C A A ATA TTTA GT CTCTGAATG T T CAA A AAAAAGA G G AG A AT GCGCGATGTATC TCACTA T A A AA G TAACAGTATTAAACAAGCTACCCAATCTAAC A T
blockSeqs : . CT G A C ACATTCGTCACATG . . G TCT C . . . . . . . . . . . T CG . . . AGTTTTTTTTAA T TGATTTAGAT A . T . . . TCAGCAC . A . C . . . . . G . . A . . A A . . TT TCGTGATTGTT TAT A . A . C TAACAAGCATATTGCATACAAGCAGAA . .
blockSeqs : . CG A T T GTGCTTGCCAATA . . A TAC A . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTTTTTA A AGATTGATT . . . . . . TCAACAT . . . T . . . . . C . . . . . T A . . . GCGCGGTTGTT GGT A . T . C CAACACCATTTCGTACAAACCCAA . .
blockSeqs : . AA A A C G . . T TTT A . . . . . . . . . . . . . . . . TGTTTTTTTA G AGTTAATTT . . . . . . TTAACAT . . . C . . . . . G . . . . . A G . . . TCCTGGCTGTT T T . A . C CATAACACCATAACAAACCCAA . .
blockSeqs : . . . . T . . G GTT A . . . . . . . . . . . . . . . . AGTTTTTTTA G AATGATT . . . . . . CAATCAT . . . G . . . . . G . . . . . A A . . . ACGAGGTTGT T C . G . C CAGAACTTGACACTATTAAAC . .
blockSeqs : . G TA . . . . . . . . . . . . . . . . . GGTTGCTTA G TTATTC . . . . . . CAACAT . . . C . . . . . G . . . . . A A . . . GTGCTGAGTT T G . G . C TATCACTATTTCGAACAAAC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . GATTTTTTA G ATATTT . . . . . . CAACAT . . . A . . . . . A . . . . . C G . . . CTGCTGTTGT G C . A . T CACAACCCAAACAAAC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . ATTTTGTTA G TGATAT . . . . . . CAACAT . . . G . . . . . T . . . . . A G . . . TTGCATTTGT T C . A . C CAACACTATTAAAC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TTATTTAA A ATTCTT . . . . . . TGATAT . . . C . . . . . G . . . . . C A . . . TCACATTTTT T T . C . C AACAACAATAAAC
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . CATTTTTT G ATGATT . . . . . . CAGCAT . . . C . . . . . C . . . . . A G . . . ACGTGAATGA T C . A . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . AGATTTGA G ATATTT . . . . . . ATGT . . . C . . . . . G . . . . . A G . . . GCACAGTTGT T T . G . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . TTTTGTCA G AGATTT . . . . . . GCAT . . . C . . . . . G . . . . . T G . . . ATATGATTGT T C . C . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . AGTTTTAA A CGATTT . . . . . . ACAT . . . T . . . . . G . . . . . A G . . . GCATGATTGT T C . T . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . TTTTTTA T AGATTT . . . . . . TT . . . C . . . . . G . . . . . A A . . . GCTAGGTTCA T C . A . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . ATTTTTA A AGATTT . . . . . . CA . . . T . . . . . G . . . . . A A . . . ATGCGATGG T T . T . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . ACTTTTA A AGATTT . . . . . . T . . . T . . . . . A . . . . . A G . . . AGCAGTTGA T T . T . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TTTCTA G AAATGT . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . G G . . . GCACGTTTT T C . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TTTTT G AGATTT . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . . A G . . . TCTGTTGT T C . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AGT . ATATTT . . . . . . . . . . T . . . . . C . . . . . A G . . . GCTCGTTT T C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . AAACTT . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . . . . . CGGGTTGC T C . . . .
blockSeqs : . . . . . AGTGT . . . . . . . . . . C . . . . . G . . . . . . . . . . GCGGTTG . . . . .
blockSeqs : ATT . . . . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . . TTG . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : GCGCCCCATG***************** **** AGTTTTTTTA************** AGATTT************* CAACAT*** ** G********
originalCons : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACG-------------A-------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-A-A----T-TT--T-----T---A-CGAACTGAAACA---TG-A-T-T-------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-T-C-AA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
finalCons : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAACACGGCGCCCCATG-----------------G-AGG-TCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTT--AAA----TAA----CACT-TT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAA-AA-T-AAGTTTTTTTA--------------CGAACTGAAACAGATTT-------------A--T-TTATTT------AAA-GTTCAA-CA-TCAACAT---TCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--AG--------TACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGTGATTGTTTTTATCTATGCCCTTTCATTCAAATATTGCATCAATAAACAAGCCTGTTTCATATAAACCTAAATTAACACTTTCATTCATTCCAATTGTCACCTTTTATCAAACCAGCATTTGAACTTGTTTGCTCTGTATACTAGTT
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC
Alignments
lowQualScore : 11 777777777777777777777 22222222 3333333333 222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777
lowQualScore : 11 0 66 4 7 99 2 111111111111111111111 6 22 888 1 1 2 6666 5555 0 1 1 1 1 1 22 1 44 77777 1 00000000 55555 0 555555 555 777777 1 1 1 0 1 5555555555 22 33 3333 1 1 1 222 3333 33 888888888 1 1 444 1 5555555 1 1 22 1 44 444444444444444444 55555555 1 1 4 22 2 0 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 5
lowQualScore : .. . .. . . .. . ..................... . .. ... . . . .... .... . . . . . . .. . .. ..... . ........ ..... . ...... ... ...... . . . . . .......... .. .. .... . . . ... .... .. ......... . . ... . ....... . . .. . .. .................. ........ . . . .. . . . ...................................................................... . .
lowQualScore : 00 6 77 2 8 22 2 333333333333333333333 7 55 888 3 4 5 5555 7777 4 9 9 9 9 9 66 9 55 44444 8 99999999 44444 5 888888 222 111111 7 7 7 9 7 8888888888 11 77 3333 4 5 5 777 3333 77 444444444 5 6 222 6 4444444 5 1 22 6 66 999999999999999999 88888888 3 7 4 55 2 8 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 7
consensus : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAA--CACGA----CGC---CC--CAT---GG-AGGTCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTTAAA----TAA----CACTTT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAAAA-TAAG----TTTTTTT--ACGAACTGAAACA--G---ATT---TA------T-TTATTT-AAA-GTTCAA-CA-T-CAA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
Reference ( family-1208 ) : NNGCGCTGCCATA--TTGAAACGTCAAGATCACGTGACAAAAAA--CACGG----CGC---CC--CAT---GG-AGGTCGCCATTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTTAAA----TAA----CACTTT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAAAA-TAAG----TTTTTTT--ACGAACTGAAACA--G---ATT---TA------T-TTATTT-AAA-GTTCAA-CA-T-CAA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-GAACTGCCGTG-T---TATTT-GAACGTAC-------AACCCGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCGCG-C--G-TTG--TT--TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGCCCTTTCACTCAAATATTGCATCTC-ACA--------------AC----C----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACA-CCCTCATTCC
gi|1 : CACTGCTTTT---CAAAATAGTGCTTTATTTCAAAATTATAA----CACTTT-AA-A-T-T-ATTCA--TC-AC--TAA-----TATTTTAAAA-TAAA----AATAAAT--ACCAACTAAAACA--G---ATT----A------T-TTATTT-AAA-GTTTAA-CA-T-TAG-------ATCT--CAGTG--T-----------------AACCTG-C-AAAA---G----GAAT-A----------ACTCA-AAACAGCCGTG-T---TTTCT-GAAAGTAC-------AACCCACATT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TATATTC--AATGTGCCCTTTTACTCAAATATTGCACCTTAACA--------------ACA---T----------TG-A-AC----AAGCTTAGTTTATAAAAATCCAAAC-TTACA-TCTTCATTCC
gi|10 : TAAAA-TA--------CTTTT--AAAAAT----ACA--A---ATTGA-TA------T-TTCGTT-GAA-GTT-----A-T-T-----TCCAACCA--CATTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCT-C-AACA---G----TAC--C--------GTACTCT-GAACAATCGTA-T---TATTT-GAACGTAC-------AGTCCGCAAT--TCAT-CTGGTACGC--TTCACGAG--G-TTG---T--TTT--T-----ATCAATTT-CACATTC--AACGTGGTATTTCACTCAAActgttatagccacttctgttggatgtttcttaaagcatttcaacttgttttctcctcagactggc
gi|11 : tattttataaaactagtgagttgatatttaaaattgtgaa----CACATT-TT-G-T-T-ATTCA--TT-TTT-AAA-----TGTTTCAAGA-TA------TTATTTA--ACTGGCTAAAACT--T---ATT---CA------T-TTACGT-AAA-G-------A-T-AAATCATTCA---T--TAGTG--TTTTTGTAAA-----------------AAAG---A----GAA--A--------CTACTGC-GAACATTCGAG-C---TTTTT-TAACATAC-------AACCCACAAT--TTAT-ATGGTATTA--TGCGTG-C--T-GAG--TT--TTT--T-----AACCTTCCATATACTC--AATGTG--CTATAACTCAAATATTGCATAT---CA--------------AC----A----------CT-A-TT----AAAC-------------------Acttaacccactgagcaagccaatttcgtaaaaactcgaacttacgcctttat
gi|12 : TTTAAA------A----CATTTT-TA-A-T-C-ATTCA--TA-AC--AAA-----TCTTTTAAAAATAAAAAAAT--------ATGCATTTCAACA--A---ATT---TATT----T-TTTTTT-AAA-G-TCAA-CATT-CAG-CACAAAATCT--CAGTG--TTGTTGGTAAGTC----AAACCCG-C-AAAA---A----GAA--A--------GTACTCT-GAACTGCCATG-T---GATAT-GAATGCAC-------ATCCCACAAT--TTAT-CAGGCACCC--TGTCTG-CT-G-TTG---T--TTT--T-----AACATTCC-TTAATTCAAAATATGCTCTTTCATTCAAACATTGCCCTTA-ACA--------------AC------------------A-AT----AAAC-------------------Aatcgtattttgtcgtaccgtgaaccccaactttacactttc
gi|13 : aT-TT-A-T-T-ACTGA--TT-AC--AAA-----TGTTTTAAAA-TAAG----TTTTTTTTAACAAACTGAAACA--T---ATT---TA------T-ATACAT-TAA-GTTC------T---A-TGTTCAACCT--CTGTG--TTTTTGTTTGGTG----AAACCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------------C--AGCTGTTGTG-T---TATGG-TATCCTAT-------AACTGGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTTG-C--A-TTT--GT--TTT--G-----ATCAATCC-TAAATTC--AATATGCACTTCTACTCACATATTGCAacc
gi|14 : TTT-TT-AAT-T-ATTTA--TT-AC--AAA-----TGTTTTCA---TAAT----TTTTTTT--ATGAACTGAAACT--G---ATA---TA------A-TTATTT-ATA-ATTCAA-CA-T--------TCAACCT--CAATA--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCGAC-AAA---------GAA--A--------GTACTCT-CAACTGCTGTG-T---AATTT-GAACATAC-------AAACC--AATAGTTAA-TTGGATCCT--TGTTCG-T--GATTG--TT--TTT--------ACCATTCC-TGCATTC--AATGTGCCCTTTctataacaccattaaa
gi|15 : tagattattGTCGCCATTGCTTCT---CACAATAGTGATTTATTTTGAA----TAA----TGCTTT-TT-A-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TTTTTTAAAA-TAGG-----TTGCTT--ATGAA----------------T---TA------T-CTATTT-AAA-GTTTAA-CA-T-------TTAAGC---------------TGCAAAAGG----AA-------------------------A--------GTACCCA-GACCTGTCG-G-CA--TATTT-GAATGTTA-------AACCCACACT--TTAT-ATGGTACCC--TGCATG-C--G-ATG---G--TTT--T-----GGCATTCC-TGCATTC--ATTGTG--CTTTCt
gi|16 : -T-CAA-CATTCAACCT--CAGTG--TTTGTGAAAAGTG----AAACAGG-C-AGAA---G----GTA--A--------AAACTTC-AGTTTATCGTG-T---TATTT-GAACGCAC-------ACCCCACAAT--TAAT-TTGGAACCC--TCCA-G-CA-G-TTG---A--TAT--T-----ACCATTCC-TACACTC--AATATGCCATTTCACCCAAAAATTGCATCT
gi|17 : A-CATT-AATCT--TAGTG--TTCTTTTTAAGTA----AAACCCA-C-AAAA---G----AAA--A--------TTACTGT-AAACTGCTGTG-T---TCTTT-AATTGTAC-------AATCTGCAAT--TTAT-TTGGTACCC--TGTTCA-C--A-TTT--TT--TTTTAT-----ACCATTTC-AACATTC--AATGTGCCTTTTCACTCAAATATTGAA--TC-ATA--------------ACA---C----------CATA-AC----AAACCCAA---------------AC-TTACA-CCTTCATTCCttaatcaccattcaaagaatttatttcgtacaacctaaattaacaccttcattct
gi|18 : A----TAA----CACAAT-TT-A-T-T-AAGCA--TA-AC--A----------TTT--------G----TTTTT-----CGAAATGAAACA--T---TCT---TA------C-TTATTT-AAA-GTTCGG-CA-----G-CATTCAACCT--CACTG--TTTC----AAGTG----AGATCAG-C-AAAA---T----GAA--A--------G--------AACTGTCGTT-T---TATTT-GAAC--------------CCGCGAT--TTAT-TTTGTACCC--TGCACG-T--GAATG---A--TTT--T-----ATCATATC-TCCGTTT--AATGTG-CCTTTAATTCATATATTctctaactgcaaactct
gi|19 : AACTTAAACA--G---ATTGATTA------TATTATTT-GAA-----AA-T--T-CAA-CATTCAGCCTTTC-GTGA-GTTTTGGAAAGTG----AAAGC-G-C-AAAA---GTTTAGTAGTA--------CTACTCC-GAAATGCCACG-T---TGTTT-TAACGGAC-------ACCCCACATC--CTAT-TTCGTACTCATTGCTC--T--G-TTG---T--TTA--T-----ACCATT-----CAT------TGTGTACTTTCACTCAAAtc
gi|2 : aaaaatcttaaataacaccgaGCGCTGTCATA--TTGACGCGTCAAAGTCACGTGGCAAATAA--CACGA---------------------G-AGGTCGCCATTGTTTTTTTTCACAGAAGTGCTTTACTTTAAA----CTA----CAATTT-TC-A-T-T-ACTCA-----GC--AAACG---TGTTTTAAAA-TCA-------TTTTT--ACGCGTTGAA-CAT-G---ATT----A------T-CTATAT-AAA-GTTCAG-CAAT-CAA-CATTCAATCT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCGG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTAATCC-GAGCTACCGGG-T---TATTT-GAATGTGC-------AACCCGTTAT--TTAT-TTGGTACCA--TGCGCG-C--G-ATGTATC--TTC--T-----ATC-TCTC-TACATTC--AGCATGCCATTTCACTCTAATATTGCATTTC-ACA--------------AC----C----------CA-A-AC----AAAC-------------------AC-TTACT-CTCTCAT
gi|20 : aaG-T---TATTT-GGACATAC-------AACCTGCAGT--TTAT-TTGGTACCC--TGAGCG-C--GGTTG--TT--TTT--------ACCATTTC-T----TC--A----------TCACTCAAATATTGTATCTatct
gi|21 : ACTTT-TT-----T-ATTCC--TT-AC--AAA-----TGTTTTGAAA-TACA----TTTTTT----CGAACTAAATCA--G----TG---TA------T-TTA--T-AAG-GTGTAA-CA-ttttactgttaaaaatgccttttttgtactaaaataaattttcaccatcattccctcaaattgccacctccttgatcagaccttaatattggatgcttttta
gi|21 : aT--CAGTG--TATTTATAAGGTG----TAACACG-T-ATAA---G----GGG--A--------GTACTGT-AAAAAGTCGCG-T---TATTTAAAACGTAC-------ATCCCGCTTT--TTAG-TTGGTACCC--TGTGCA-C--G-TT---TT--TATGGT-----ACCATTCC-TGCATTT--AATGTGCcgtataaggggagtactgtaaaaagtcgcgttatttaaaacgtacatcccgctttttagttggtaccctgtgcacgtttttatggtaccattcctgcatttaatgtgc
gi|22 : aacttttttattccttacaaatgttttgaaatacattttttcgaactaaaTT-TC-A-C-T-ATTCA--TTTGT--AAA-----TGTTTAAAAA-TAAG----T-----------AATTGAAATA--T---ATT---TA------T-TTATTTTAAA-GTTCAA-TG-T--------TCAAACT--CAGTG--TTTCGGTAAAGTG----AAACTCA-C-AAAAATAG----AAA--G--------GT------------TCGTA-T---TAACT-GAACGCAC-------AACACGCATT--TTAT-TTTGTTACT--TGCGCT-T--A-TTG--
gi|23 : g----CACTTG-TT-A-A-T-ATTCA--TT-AC--AAAATTAATGTTTTAAA--TAAG----ATTTG----ACAAACTGAAACA--G---ATT---TA------T-TTATTT-AAAAGTTC------T---A-CATTGTACCT--CCATG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCA-C-AAAT---G----GAA--ACTCTGAATGTATTCT-GAACTGCCATG-T---TATTT-GAACc
gi|24 : A----TAA----CCCTTT-TTTA-TCT-TTTCA--TT-AC--AAT-----TGTTTTAAAA-TA-G----ATTTTTT--ACGAACTGAAATC--G---ATT---TA------T-TTATTT-TAA-ATTTAG-TG-TTCAA-CATTGAGCTT--CGGTG--TTTCTGCAATGCG----AAATCCG-C-AAAT---G----GTA--A--------GTACTCC-GAACTACCa
gi|26 : TATATTAAA----TAA----CGCTTT-TT-A-T-T-TATCA--TT-AC--AAA-----TATTTTACCA-TTAT----TTTTTTT--ACGATCTGAAACT--G---ATT---TAGATACTT-TTATTT-AAA-GTTCAA-CA---------------CT--CAGTG--ATTTTAGAAAGTA----AAACATG-C-AAAA---G----GAA--ct
gi|27 : aTCAAGATCATGTGAC--AAAA--CATGG----CGCAT-TC--CATTA-AG-AGGCCTCCATTACTTAC---CAACATAGTGTTTT-TTT---A----TAC----C-----------T-T-ATTCA--TT-AT--AAA-----TGTTTT
gi|28 : taataattaattagaaattgactgtgaagtatcacaaTAAAA-TATG----TTTTTTT--ACGAACTGAAAGA--G---ATT---TA------G-TTATTT-AAA-GTACAA-GATT-TAA-CATTCAACTT--CGGTGCTTTTTTGTAAAGCG----AAACCCA-T-AAAA---G----GAA--A--------GAACACC-GAACTGCTATG-T---TATT
gi|29 : CACAAT--TTAT-TTGGTATTT--TCCGCT-C--G-TT----T--TTT--T---------TTCT-TCCATTC--AATATGCCAGTTCATTCAAACATTTCATCTT-ATC--------------ACTATTT----------CG-A-AC----AAAC-------------------AC-CTTCG-TTCTC
gi|3 : tgtgtagtTGCCATACATTGAAACGCCACTATCACCTAGCTGTAA-------------------T--TAG---GG-AAGTAGCCATTTCT----------ATAGTGCTTTCTTTTAAA----TGATTTACCCTTT-TT-A-T-C-ATTCA--TT-AC--AAA--------------A-TA------TTTTGTC--ATAAATTGAAACA--GTTAATT---TA------T-TTATTT-AAA-GTTTAA-CA-T--------TCAACCA--CAGTG--TTTTTGTAAAGTGCAGGAAACCTG-T-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCC-GAACTGCCTTG-C---TATTT---CCATACAAAAAGAAAAACACAAT--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCA-CA-G-TTG---T--TTT--T-----ACCATTtctaat
gi|30 : ATTCC-GAACTTCCGTG-T---TACTT-GAACGTCC-------AATCCGCGAT--GTAT-CTGGTACAC--TGCATA-T--GATTG---T--TTT--T-----ATCATTCC-TTCATTC--taatgcataaatcattgcattcttattccaacgagcctattttgcactaa
gi|32 : -C--A-TTG--TC--TTT--TCACTAATTATTCT-TACATTC--AATGTGCT-TTTCGCTCAGATATTGCATCTttagtttaacaccattaaacaagcctatttggaa
gi|34 : aaacagacttttctagaattgcacccgttgttgtgtgctttcACTGAAACAATG---ATT---AA------T-TTATTT-CAA-GTGCAA-TG-T--------TCAACTG--CAGTG--CTTTTCTAAATTG----AAAGCTG-C-AAAA---G----GAA--A--------ATACTCT-Ggaac
gi|35 : agGCGCTGTCATA--TTGAAACGTCACGATCACGTG-TTAAAAA--CACGACATTCGT---CA--CAT---GG-AGGTCGCCATTGCTTTT---
gi|36 : ctgg---TATTT-AAATGTA---------ATT---GAT--TTAT-TTGGTACCC--TACGCA-T--GATTG---T--TTT--T-----ACCATTCT-TTTATTC--AATGTGCCCtct
gi|4 : CAAA--TTGAACCGTCAAAATCATGTGATAAAATA--CATGG----TGCTTGCC--AAT---AGTAGGTTACAATTGCTGTT---CAAAATAGTGGTTTATTCTAAA----TAA----AA-TAT-TT-A-T-TTATTCA--TT-AC--AAA-----CGTTTTCAAA----------------------ACTGAAACA--G---ATT---TA------T-TCATTT-AA--GTTCAG-CA-T--------TCAAACT--CAGTG--TTTTTGTAAAGTG----AAACCCG-C-AAAA---G----GAA--A--------GTACTCC-AAACTTCCAT--TCAATATTT-G---------------------AAT--TTAT-TTGGTACCC--TGCTC--CTGG-CTG--TT--TTT--T-----TCCATTT------------ATG-ACCCTATCACTTAAATATTGCA--TC-AGA--------------AC----T----------TG-ACACTATTAAAC-------------------AA-TTA
gi|5 : taatggttacttaCTTT-TT-A-T-T-TTCCA--TT-GTGAAAA-----TGTT--AAAA-TGAG----TTTTTTT--ACTAACTGAAACA--G---ATT---TA------T-TTATTC-AAA-GGTCAA-CA-------CA--CAACAT--CAGTA--TTTTTGTAAAGTA----AAACCAG-C-AAAA---G----GTA--A--------CTACTCCTGAA-TGCCATG-T---AATTT-GTACGTAC-------AGCCTGTACA--TTAT-TTGGTACCT--TGCGCT-A--G---G--TTCATTT--T------CCATTCT-TTCATTG--AATATACCGTT----TCAAATATTGAATCTC-AAC--------------AC----CATTT------CG-T-AC----AAACCCAA---------------AC-GCATA-CCTTCATTCC
gi|6 : TTTATTTTCAA----TAA----CAATTTGTT-A-A-C-ATTCA--TT-TT--ACG-----TGTTATAAAT-TAAG----TTTTAAT--A--AACTCAAACA--A---ATG---TA------T-TTATAT-AAA-GTTCTA-CA-T-CAATCATTCAGCTT--CAGTA--TTTT-GTTCAGTG----AAATTTG-T-AAAC---G----GAA--A--------ATACTCC-CAACTGCCGTT-T---TATTT-G-ACGTAC-------AAACCGTAAT--TTAT-CTGCTACcctcaaattgccgccttctttataaccattggatgt
gi|7 : tTAGTACTTTATTTTGAA----CAA----CACTTT-TT-A-T-T-AATCA--TT-TA--AAA-----TGTTTTAAAA-TAA-------CTTTT--ACAAGC-GAAACA--G---ATT---TG------T-TTGTTT-ATA--TT-------T-TGA-TATTCAATCC--CAATT--ATTTTGTAAAGTG----AAATCCG-CAAAAA---G----GTA--A--------GTAATGC-GAAATATCGTGTT---TATTT-GAGCATAT-------AACCCGCAAT--TTGT-ATGGTACCG--TGT---------TTG-------------------CATTTC-TATATTC--AATATGTCCTGTAATCTAAATATTGCATCTTAACA--------------AG----CATATTGCATACA-A-GC----AGAA-------------------AC-TTACA-CCTTCATTCCatcccatatgccctgacacaaattgcatactgacaccattaaacaccattagacaagcctgtttcgtacaaactcaaacgttacagcttcatttcctcacatttccactt
gi|8 : tGCTGCCATA--TTGACATGT-----TCACATGACAAAAAAAACATGA----CGC---TCTCCATTTAGG-AGATCGCATTTTCTTAT---CAAAATAG------ATTGT-------------------T-TT-G-T-T-ATTCA--TT-AC--ACA-----TGTTTCAAAA-TAAA----TTTTGTT--ACGAACTTAAATA--T---ATT---TA------T-TTATTT-CAA-ATATAATTA-T-CAG-CATTCAAGCT--CAATA--ATTTTGTAAA-------AAACTC-----------------------------------CC-AAACTGTCGTG-T---T-TTT-GAACG-------------------T--TTGT-TTGGTATCCTTTAC-CG-G--G-TTG---C--TTT--T-----A-CATTCC-Tataattgcca
gi|9 : ttagctcgtcttatgtggttacttaaaacgtgtctgttgggT-TT-A-T-T-ATTTAACTT-AT--AAA-----AA----AAAA-TA--------TTTCT--ACGAATTGAAATA--A---ACT---TA------T-TTATTT-AAA-CTTTAA-CA-T--------TGAATAT--AAGTG--ATTTTATAAAGTG----AAACCCA-C-AAAA---G----GAA--G--------TTACTGC-GAACTGTCGTG-T---TACTT-GAACGTAC-------A-----CAA---TTACATCGGTACTT--TACGCG----G-TTG------TTT--T-----ACCATTCC-TACATTC--AATGTGACCTCTAACTGAAATATTGCATTTTAACAGTATTAAACAAGCTAC----C----------CA-A-TC----TAAC-------------------ACATTACATCCCTC
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TGTGATTGTTTTTATCTATGCCCTTTCATTCAAATATTGCATCAATAAACAAGCCTGTTTCATATAAACCTAAATTAACACTTTCATTCATTCCAATTGTCACCTTTTATCAAACCAGCATTTGAACTTGTTTGCTCTGTATACTAGTT
Unaligned ( gi|31 ): TTACTTTACCCTATGTAATGGTTACTCAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATTT
Unaligned ( gi|33 ): GTGTCCTTTCGCTCAAAATGTATTTTCGACAAGCCTATTTCGTATAAAGCCAAAGTTGCACCTTCATTCAATCTAATTGCCATCTCATTTTTAGACC
Unaligned ( gi|37 ): GTTGTTTTTATCTTTCTTAAATTAAATATGCTGTTTCATTAACCTTTTGCATCTTAACATCAATAAACATG
Unaligned ( gi|38 ): CTGAGTAGAACCAGCGTGTATTTATTACCCTGTGAGC