lowQualScore : 22 1 66666666666 33333333333 1 111111 33333 222222222222 22222 66666666666666666 11 11 1 1 55555555555 111 11 111 22222 111111 1111 4444444444 111111 11 44444444444 1111 444444444444444 1111 11111111111111111 11111 1111111 11111111 1111111 1
lowQualScore : 11 7 6 00000000000 55555555555 3 6 3 8 4 4 4 1 2 7 444444 3 3 11111 222222222222 1 88888 3 77 7777 3 55 22222222222222222 3 1 55 5 0 55 88 7 5 11111111111 555 66 66 22 777 66 00000 5 66 77 4 2 333333 2222 0000000000 444444 44 777 77 44 55555555555 99 3 3333 777 777777777777777 55 0000 3 3 7777 11111111111111111 22222 555 7 2 44 9999999 6 44444444 4 6666666 77 5
lowQualScore : .. . . ........... ........... . . . . . . . . . . ...... . . ..... ............ . ..... . .. .... . .. ................. . . .. . . .. .. . . ........... ... .. .. .. ... .. ..... . .. .. . . ...... .... .......... ...... .. ... .. .. ........... .. . .... ... ............... .. .... . . .... ................. ..... ... . . .. ....... . ........ . ....... .. .
lowQualScore : 00 0 0 00000000000 00000000000 7 6 3 9 4 7 4 1 5 8 111111 6 6 77777 444444444444 3 55555 3 66 7777 6 00 44444444444444444 6 4 77 7 2 00 77 0 0 77777777777 333 88 66 44 999 99 66666 0 11 88 6 3 111111 6666 2222222222 999999 66 000 44 66 44444444444 88 1 5555 555 000000000000000 00 9999 6 1 7777 33333333333333333 99999 888 7 2 66 6666666 0 55555555 0 7777777 99 0
consensus : NTTTTACCATCATGCATTCGAGATCTAATTTTCT----GA----NCAGGCGAACATACCCAAANATG-T-T-ANA-TTTCATAAAATGATATAT------TA-A-T-NTNTATTACATGTGAAAACA-TATGGG-----GAAATA-NG-NC-T-CAGAA----AATG-GAT--AT---GA--N-----G---TTT-TGCTAT-ATATNTGTATGTTAT--TATA-TGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCAAGATATAGTTTTCTTTTTTC-TTCT--CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAG-ATGTT--TANATTTC-ATA--AAATGATATATAT----TAATATNTA-TTACATG-TGAA-AA-ATATGA---GG--AAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTTGAAATTTTG-CTAT-ATATTT-GTATGTTAT--TATATGTC--NTGCTNT--TC--T--C---AT-TATATA----ACCGCC-----TG-----A----ATTG-----T---TAAGGCGAT--GAACATT---GTATGATGTTTGTGCT--------GAATAA-AA----N--AATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( gi|2 ) : GTTTGGCCATCTTGTAT--GGGATGTA-TTTTCT----AA----ACAGGCGAACATGCCCAAACATG-T-T-ACA-TTTCATAAAATGATGTAT------TA-A-T-TTGTATTACATGTGAAAACA-AACGGG-----GAAATA-CA-AC-T-TAGAA----AATG-GAT--AT---TA--T-----G---TTT-TGCTAA-ATATGTGTATGTTAT--TATT-TGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGCATGAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATG-ATGTT--TGCAGTTC-ATA--AAATTATATATAT----TGATATATA-TTACATG-AGAA-AA-GTATAA---GG--AAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTTAAAAGTTTG-TTAT-ATATTT-ATATGTTAT--TATATGTC--TT--TTT--TT--T--C---GT-TATGTA----ACCGCC-----TA-----A----ATTG-----T---TAAAGTGAT--GAACCGT---ATATGATGTTTGTACT--------GAATAA-AA----T--AATTGAATTG--ACATAGCAGTGTCTAGGTGTTGCTTTATAATTCTGTTTGT
gi|5 : TTTTACCATCATGCATTCGAGATCTAATTTTCTTACAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTT-T-AAA-TGTCATAGATTTAAATAT------TA-A-T-ATTTATTAC-TATGA-----------G-----GAAATA-AG-AC-T-CAGAA----AATT-GAT--AT---GA--TTTGAAA---TTT-TGCAAT-ATATGTGTTTCTTCTGATATA-TGTC
gi|3 : TCT----GA----CCAGGCAGACATACCAAAAGATG-T-TTATA-TTTTATAAAAGTATATAA------TA-A-T-ATTTATTACATGTGAAAACA-TAAGGG-----GAAATA-CG-CC-T-CAAAA----AATG-GATGAAT---GA--CTTAAAA---TTT-TGCTAT-ATATTTGTATGTTAT--TATA-TGTCatgttctcctcattatataaccgcctcttttgttacggcgatgaacattgtatgatgtttgtgctgagtaaaagaattaattgaattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|9 : ttttagtacaggtgaaaacaaaagggggaataggacttaaaaatggaaatgaaattttactgatatgttattaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagttaacattttaccatcatgaatacaaaatataattttcttacaaTCT----GA----ACAAGCGAACATACCCAAAGATGTT-T-AAA-TTTCATCAAATTATGTACATGTTATA-A-T-GTATAATATATGGTAAAACA-TAAAGG-----GAAATA--A-GT-C-TAAAA----AATG-GAT--AT---GACTT-----GAAATTT-TGTTAT-ATATTTAAATGTTAT--TATA-TGTCatgctcttcacattatataaccgcctaaattgttaaggcgatgcatattgtatggtgtttgtgctaaaacaaagaataacaattgaattgaattgaattattagtacaagtattact
gi|11 : caagatatagttttctttcaaTCT----AA----CCAGGCGAATA-ACCGACATATGTT-T-AAA-TCTCATTAAATGATATAA------TG-A-TAATA-ATCATATGTGAGTACA-TATGAA-----GAGATG--A-GCAT-CAAAA----ACTG-GGT--GT---GA--A-----C---TTT-GGCTAT-ATATGTGTTTGTTAT--CATatgctgttctcattatataaaagcc
gi|16 : gtgcgatctataattttcttggCAGACAAACATGCCCAAACATG-T-T-ATA-TTTCA-GCAATGATATAT------TAGA-T-TT-TAGTACATGTGAAAACA-AATGGG-----GAAA-A-GA-AC-T-CAatat
gi|6 : GAACATACTCAAAAATG-TAT-ACA-TAATATCAAATGATAAAT------TA-A-A-ACTTATCAAATTGGAAAACATAATGGA-----GAAATA-AG-CC-T-CCGAA----ATTG-TAT--AT---GA--G-----C---CTT-CGACAT-TTATATATATGGTA---CACTATGTCTt
gi|1 : caacctatccaaagAACATACACAAACATG-TGT-AAA-TATCATAAAACGAT----------TA-A-T-G-GTATTACATGTG-----A-AATGGGCCTCAGAAG-A-C--------AGAAATGTAATGTGAT--ATG--TA--C-----T---TTTATGTTAATATATA-GCATGTTCT--TGTtgctttcctcaatgtatatgtacattaccgcctgcattgacttgctaagacaattaaaattgcattgtgtttgtgctgaataaaataattgaattgaattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|4 : -T-T-ACAATTTGATATA-T-ATATAT------TA-G-T-ATGTGTTACATGTGAAAACATAAT----------AATA-AG-CC-T-CAGAA----AATT-GAT--ATGGCTC--G-----GAA-TTT-TGCTAT-ATATTTGT-TGTTAT--AATA-TGTCcattatataaccgcctgcattgaattgttaaggcgttgtgcattttagaatggttgtgctgaataaataaattgaatttgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|7 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttc-T-T-ACA-TTTCATAAAATGATATAT------TT-A-T-TT-----ACATGTGAAAACA-TATGAA-----GAAAAAATA-TC-T-CAGAA----AATG-GAT--ATG--TA--A-----G----TT-TGCTAT-TTGTGTGTACGTTGT--TATG-TGTCatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|10 : tTAAAATGATATATA-----TA-AATATTG-ATTACATGTGAAAACA-TGTG----------ATA-CAGAC-CATAGAA----ATTG-TAA--AC---GA--A-----G---TTT-TAC--A-ATATTTATATGTTAT--ctgctgttctcattgcataaccgcctgaattgttaaggtgatgtacattttgtggtatttgtgctgagtgaaagaattaaatttaaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|8 : TAT------TA-A-TATTA-ATTACATGTGGAAACA-TATGGG-----GAAATA-GG-CC-T-CTGAA----TACA-GAT--AT---GA--A-----A---ATT-TG-----ACATATGTATGTTAT--TATA-TGaaaaatgtcatgctattctcactacataaccgcctgaattgaattgataaggcaatgaacgtatgatatcatgtctacatagtgctat
gi|17 : aTGTGAATACA-TATGGG-----GAAATA-TG-TC-T-CAGAA----AGTG-GCT--AT---GA--A-----A---TTT-TGCTAT-ATATTAGTATTTTAT--TATacgtgctcgtctcattatgtagtctcctaaattgttaaggcgaagaactgtgtatggtgtttgtgacgaataacaaaattcaattgatttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
gi|9 : CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAG-ATGTT--TAAATTTC-ATC--AAATTATGTACATGTTATAATGTATA-ATATATG-GTAA-AA--CATAAAG-GG--AAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTTGAAATTTTG-TTAT-ATATTT-AAATGTTAT--TATATGTC--ATGCTGT--TC--T--C---AT-TATATA----Aa
gi|4 : TTTCGTTTTATCACCCT--ACATGCGAGA-TA-----TA-ATTTTCTTACAATTTGATA------TATATATAT----TAGTATGTG-TTACATG-TGAA-AA--CATAA---T----AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTCGGAATTTTG-CTAT-ATATTT-GT-TGTTAT--AATATGTC--ATGCTAT--TC--T--C---AT-TATATA----ACCGCC-----AA-----A----ATGC-----C---TAAGATGAT--AAACATT---GTATGATGTTTGTGAT--------GAATGC-AA----T--AATTTAATTG--aagcc
gi|3 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtataTTTCTTACAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAG-ATGTT--TATATTTT-ATA--AAA--GTATATAA----TAATATTTA-TTACATG-TGAA-AA--CATAA---GGGGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTTAAAATTTTG-CTAT-ATATTT-GTATGTTAT--TATATGTC--AT--GCT--CT--TCAC---AT-TATATA----ACCGCC-----TA-----A----ATTG-----T---TAAGGCGAT--GCATATT---GTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAA----TTGAATTGAATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : ttttagtacaggtgaaaacaaaagggggaataggacttaaaaatggaaatgaaattttactgatatgttattaaatctctnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagttaacattttaccatcatgaatacaaaatataatGGACAGGCGAACATACTCAAAG-ATGTT--TAAATGTC-ATA--GATTTA-A-ATAT----TAATATTTA-TTAC-------------TATGA---GG--AAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTTGAAATTTTG-CAAT-ATATGT-GTTTCTTCTGATATATGTC--AT--GTT--CTCCT--C---AT-TATATA----ACCGCC-----TC-----T----TTTG-----T---TACGGCGAT--GAACATT---GTATGATGTTTGTGCT--------GAGTAA-AAGAATT--AATTGAATTG--TTATAattattagtacaagtattact
gi|11 : ttttaccatcatgcattcgagatctaattttcttacaaacaCAGGCGAA--TAACCGACATATGTT--TAAATCTC-ATT--AAATGATATA-AT-----GATA-ATAATCATATG-TGAGTAC-ATATGA---AG--AGATGA-GCATCAAAAACTGGGT--GTGAA-CTT------TGG-CTAT-ATATGT-GTTTGTTAT--CATATATatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|6 : gtgcgatctataattttcttggtctaacGAACATACTCAAAA-ATGTA--TACA--TA-ATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTA-TCAAATT-GGAA-AA--CATAATGGAG--AAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-------ATAT---ATATGGTAC--ACTATGTC--TTGCTTT--CC--T--CAATGTATATGTACATTACCGCC-----TG-----C----ATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGC---AT-TG-TGTTTGTGCT--------GAATAA-AA----T--AATTGAATTG--A
gi|1 : caacctatccaaagAACATACACAAAC-ATGTG--TAAATATC-ATA--AAACGAT---TAA----TGGTAT-----TACATG------------T------G--AAATGG-GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----TAA---TGTG-ATAT-GTACTT-TTATGTTAA--TATATAGCA-TG--TTC--TTG-T--C---AT-TATATA----ACCGCC-----TGCATTGA----ATTG-----T---TAAGGCGTT--GTGCATT---TTAGAATGGTTGTGCT--------GAATAA-AT----A--AATTGAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|7 : TT--TACATTTC-ATA--AAATGATATAT---------T-TAT--TTACATG-TGAA-AACATATGA---AG--AAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----TAA--GTTTG-CTAT-TTGTGT-GTACGTTGT--TATGTGTC--CTGCTGT--TC--T--C---AT-TGCATA----ACCGCC-----TG-----A----ATTG-----T---TAAGGTGAT--GTACATT---TTGTGGTATTTGTGCT--------GAGTGA-AA----G--AATTAAATTtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|10 : TA--AAATGATATATAT----AAATATTGA-TTACATG-TGAA-AACATGT------G--ATACAG-ACCATAGAAATTGTAA--ACG--------AAGTT---TTACAATATTT-ATATGTTATA-AAAATGTC--ATGCTAT--TC--T--C---AC-TACATA----ACCGCC-----TG-----A----ATTGAA---TTGATAAGGCAAT--GAA-CGTATGATATCATGTCTtaaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|8 : ATAT----TAATATTAA-TTACATGTGGAA-AC-ATATGG---GG--AAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTTG---AC-ATAT---GTATGTTAT--TATATGAC--GT--GCTCGTC--T--C---AT-TATGTA----GTCTCC-----TA-----A----ATTG-----T---TAAGGCGAA--GAACTGT---GTATGGTGTTTGTGAC--------GAATAA-CA----A--AATTCAATTG--Aacatagtgctat
gi|17 : TATGG---GG--AAATAT-GTCTCAGAAAGTGGCT--ATGA-------AATTTTG-CTAT-ATATTA-GTATTTTAT--TATAtttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
gi|12 : tgtgaatacaA---GG--AAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT-----TTTGCTTAT-ATCTTTCGTATGTTAT--AATATGTCATTC--TCT--TC--T--C---AT-TATAGA----ACCGCCAGAGTTG-----A----ATTG-----T---TATGGCCAT--AAACATT---GTATGATGTTTGTGCT--------GAATAA-AA----
gi|14 : acacatggAAATTTTG-CTAT-ATGT-----ATGTTAT--TATATGTC--TTGCCCT--TC--T--C---AT-TAAATA----ACCGCC-----TA-----AAAACACTG-----T-------ATGAT--GAAgattta
gi|15 : CC-----TA-----A----ATTG-----T---TAATGCGAT--GAACAGT---GTATGATGTTTGTGCT--------GAATAA-TA----T--AACTGAAATG--Ataaaagaaatgaacaaaattgtg
gi|13 : tacgtcagtatt-----TA-----A----AATA-----T---TAAGGCTTT--GAACATT---ATAACATTCTTGTGAT--------GAATAA-AA----G--AATTGAATTGGAACATATCAatttcaatcatttaatataat
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111
lowQualScore : 1 33 222 666666666 1 111 22222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 22 11111111 11111111 222222222
lowQualScore : 3 6 00 6 555 000000000 0 0 0 3 55 1 0 1 7 999 1 1 3 5 3 5 5 1 1 3 00000 55 6 44 6 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 555555555555 1 1 5 2 8888 4 3 22 4 6666 3 55 77777777 555 555 44 3 1 1 11111111 777777777777 000000000 3 88888 1 0 66 6
lowQualScore : . . .. . ... ......... . . . . .. . . . . ... . . . . . . . . . . ..... .. . .. . . ..................................................................................................................... ............ . . . . .... . . .. . .... . .. ........ ... ... .. . . . ........ ............ ......... . ..... . . .. .
lowQualScore : 0 0 00 7 777 333333333 2 2 2 2 00 0 0 0 0 555 0 0 0 9 9 7 0 0 0 2 00000 66 0 88 0 2 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888888888888 0 9 6 0 5555 9 3 22 0 1111 6 00 22222222 666 555 66 1 0 0 22222222 777777777777 222222222 3 33333 0 5 99 7
consensus : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATNTA--ATTTTCT------AA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTT-ATATTTCATNAAATGATATATTAGTNTTTANTACATGTGAAAACANATGGGGA-AATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGTTAACATTTTACCATCATNANN-CAAGATATAGTTTTCTTN-----------CAATCTGGACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATTTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TGA--GGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATA-TGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TG-----AATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( family-1206 ) : NTTTTACCATCATGCATTCGAGATCTA--ATTTTCT------GANCAGGCGAACATACCCAAANATGTT-ANATTTCATAAAATGATATATTAATNTNTATTACATGTGAAAACATATGGGGA-AATANGNCTCAGAAAATGGATAT-----GANGTTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CAAGATATAGTTTTCTTTTTTCTTCT---CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATTTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAA-ATA-TGA--GGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATA-TGTCNTGCTNTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TG-----AATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
gi|1 : AACATACACAAACATGTGTAAATATCATAAAACGAT----------TAATG-GTATTACATGTGAAA----------------TGG-GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----T-AA---TGTGAT-ATGTACTT-TTATGTTAA--TATA-TAGCATGTTCTTGTCATTATATA--------ACCGCC-----TGCATTGAATTG-----T---TAAGGCGTTGTGCATTTTAGAATGGTTGTGCT-GAATAA-----ATAAATTGAATT
gi|10 : TAAAATGATATATAT----AAATATTGATTACATGTGAAAACATG-TGA--T---ACAG-ACCATAGAAATTG--T--A-AA--C---GAAGTTTTAC--A-ATATTT-ATATGTTAT--AAAAATGTCATGCTATTCTCACTACATA--------ACCGCC-----TG-----AATTGAA---TTGATAAGGCAATGAAC---GTATGATATtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|11 : GATCTATAATTTTCTTGGTCTAACCAGGCGAATA-ACCGACATATGTTTAAATCTCATTAAATGATATAATGATAATAATCATATGTGAGTACATATGAAGA-GATGAGCATCAAAAACTGGGTGT-----GAACTTTGGCTATATATGTGTTTGTTATCATATATcatgtctacatagtgctat
gi|12 : gtgcGA--GGAAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT------TTTGCTTATATCTTTCGTATGTTAT--AATA-TGTCATTCTCTTCTCATTATAGA--------ACCGCCAGAGTTG-----AATTG-----T---TATGGCCATAAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AAGATTT
gi|13 : acacatg-TGTCATGCTTTTCTCAATATATT--------ACAATC-----TG-----TATTAAAATAT---TAAGGCTTTGAACATTATAACATTCTTGTGAT-GAATAA-----AAGAATTGAATTGGAACATATCAa
gi|14 : acgAAATTTTGCT-ATAT-----GTATGTTAT--TATA-TGTCTTGCCCTTCTCATTAAATA--------ACCGCC-----TA-----AA----------------------AACACTGTATGA---------T-GAATAA-----AAGAAATGAAtcatg
gi|15 : CC-----TA-----AATTG-----T---TAATGCGATGAACAGTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----TATAACTGAAATG--A-ATTTCAcaaaattgtg
gi|16 : tacgtcagtattCAGACAAACATGCCCAAACATGTT-ATATTTCA-GCAATGATATATTAGATTTTAGTACATGTGAAAACAAATGGGGA-AA-AGAACTCAatcatttaatataat
gi|17 : TGTGAATACATATGGGGA-AATATGTCTCAGAAAGTGGCTAT-----GAAATTTTGCTATATATTAGTATTTTATTATAt
gi|2 : TTTGGCCATCTTGTAT--GGGATGTA---TTTTCT------AAACAGGCGAACATGCCCAAACATGTT-ACATTTCATAAAATGATGTATTAATTTGTATTACATGTGAAAACAAACGGGGA-AATACAACTTAGAAAATGGATAT-----TATGTTTTGCTAAATATGTGTATGTTATTATTTGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATG-CATGAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATGATGTTTGCAGTTCATAAAATTATATATAT----TGATATATATTACATGAGAAAA-GTA-TAA--GGAAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTT-AAAAGTTTGTT-ATATATTT-ATATGTTAT--TATA-TGTCTT--TTTTTTCGTTATGTA--------ACCGCC-----TA-----AATTG-----T---TAAAGTGATGAACCGTATATGATGTTTGTACT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--ACATAGCA
gi|3 : gTTTAGTACAGGTGAAAACAAAAGGGGG-AATAGGACTTA-AAAATGGAAAT-----GAAATTTTACTG-------ATATGTTATTAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGTTAACATTTTACCATCATGAATACAAAATATAATTTTCTTA-----------CAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAGATGTTTATATTTTATAAAA--GTATATAA----TAATATTTATTACATGTGAAAACATA-AGG--GGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTT-AAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATA-TGTCATGCTCTTCACATTATATA--------ACCGCC-----TA-----AATTG-----T---TAAGGCGATGCATATTGTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAATTGAATTG--Agtgtctaggtgttgctttataattctgtttgt
gi|4 : tTTTAGTACATGTGAAAACAAATGGGGA-AA-AGAACTCAattgaattattagtacaagtattact
gi|4 : TTTTATCACCCTACATGCGAGATATA--ATTTTCT-------------------TAC---AATTTGAT-ATAT-----------ATATATTAGTATGTGTTACATGTGAAAACATA-----ATAATAAGCCTCAGAAAATTGATATGGCTCGGAATTTTGCTATATATTTGT-TGTTATAATATGTCtagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatatatatatattagtatgtgttacatgtgaaaacataataataagcctcagaaaattgatatggctcggaattttgctatatatttgttgttataatatgtcatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|4 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgATATATAT----TAGTATGTGTTACATGTGAAAA--CA-TAA--T--AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTC-GGAATTTTGCT-ATATATTT-GT-TGTTAT--AATA-TGTCATGCTATTCTCATTATATA--------ACCGCC-----AA-----AATGC-----C---TAAGATGATAAACATTGTATGATGTTTGTGAT-GAATGC-----AATAATTTAATTG--atgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatat-CGAGATCTAATTTTCTTA-----------CAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTTTAAATGTCATAGATT--TAAATAT----TAATATTTATTAC-----------TA-TGA--GGAAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTT-GAAATTTTGCA-ATATATGT-GTTTCTTCTGATATA-TGTCATGTTCTCCTCATTATATA--------ACCGCC-----TC-----TTTTG-----T---TACGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAGTAA-----AAGAATT-AATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|6 : ttttaccatcatgcattGAACATACTCAAAAATGTATACATAATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTATCAAATTGGAAAACATAATGG--AGAAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-----ATATAT-----ATGGTAC--ACTA-TGTCTTGCTTTCCTCAATGTATATGTACATTACCGCC-----TG-----CATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGCATTGTGTTTGTGCT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--Aattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|7 : caacctatccaaagTTTACATTTCATAAAATGATATAT------T--TAT---TTACATGTGAAAACATA-TGA--AGAAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----T---AAGTTTGCT-ATTTGTGT-GTACGTTGT--TATG-TGTCCTGCTGTTCTCATTGCATA--------ACCGCC-----TG-----AATTG-----T---TAAGGTGATGTACATTTTGTGGTATTTGTGCT-GAGTGA-----AAGAATTAAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|8 : ATAT----TAATATTAATTACATGTGGAAACATA-TGG--GGAAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTT-G---ACATAT---GTATGTTAT--TATA-TGACGTGCTCGTCTCATTATGTA--------GTCTCC-----TA-----AATTG-----T---TAAGGCGAAGAACTGTGTATGGTGTTTGTGAC-GAATAA-----CAAAATTCAATTG--Ataaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|9 : -CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAGATGTTTAAATTTCATCAAATTATGTACATGTTATAATGTATAATATATG-GTAAA-ACA-TAAAGGGAAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGTT-ATATATTT-AAATGTTAT--TATA-TGTCATGCTGTTCTCATTATATA--------Atttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1 1 1111 222222222 1 22222 1111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 222222 333333333333 1111 11111111 11111111 11111 222222222
lowQualScore : 1 77 1 5 4 3 2222 999999999 1 0 1 1 6 6 7 1 0 0 00000 1 3333333 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 33 222222 0 222222222222 0 1 2 3 0 3 2222 77 6 333 3 44 77777777 0 333 5 3 777 1 11111111 55555 000000000 3 88888 1 0 66 6
lowQualScore : . .. . . . . .... ......... . . . . . . . . . . ..... . ....... . ........................................................................................... . .. ...... . ............ . . . . . . .... .. . ... . .. ........ . ... . . ... . ........ ..... ......... . ..... . . .. .
lowQualScore : 0 55 0 5 0 3 3333 777777777 0 6 0 0 0 7 3 0 0 8 00000 0 2222222 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 00 000000 7 777777777777 6 0 4 9 9 5 7777 11 7 666 3 66 99999999 4 777 9 1 555 4 22222222 44444 222222222 3 33333 0 5 99 7
consensus : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA--AA-TGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACAAATGGGGA-AATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATN-CGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( family-1206 ) : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATNTAATTTTCTAA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCATNAAATGATATATTAGTNTTTANTACATGTGAAAACANATGGGGA-AATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTAGTTAACATTTTACCATCATN-ANN-CAAGATATAGTTTTCTTN-----------CAATCTGGACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATTTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
gi|1 : AACATACACAAACATGTGTAAATATCATAAAACGAT----------TAATG-GTATTACATGTGAAA---------------TGG-GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----T-AA---TGTGAT-ATGTACTT-TTATGTTAA--TATATAGCATGTTCTTGTCATTATATA--------ACCGCCTGCATTGAATTG-----T---TAAGGCGTTGTGCATTTTAGAATGGTTGTGCT-GAATAA-----ATAAATTGAATT
gi|10 : TAAAATGATATATAT----AAATATTGATTACATGTGAAAACATG-TG-AT---ACAG-ACCATAGAAATTG--T--A-AA--C---GAAGTTTTAC--A-ATATTT-ATATGTTATA-AAAATGTCATGCTATTCTCACTACATA--------ACCGCC-----TGAATTGAA---TTGATAAGGCAATGAAC---GTATGATATtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|11 : TATAATTTTCTTG-------------GTCTAACCAGGCGAATA-ACCGACATATGTTTAAATCTCATTAAATGATATA-ATGA--TAATA---ATCATATGTGAGTACATA-TG-AAGAGATGA-GCATCAAAAACTGGGT--G-------T-GAACTTTGGCT-ATATATGT-GTTTGTTAT--CATATATcatgtctacatagtgctat
gi|12 : gtgcgatcACACA-TGGAGGAAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT------TTTGCTTATATCTTTCGTATGTTAT--AATATGTCATTCTCTTCTCATTATAGA--------ACCGCCAGAGTTGAATTG-----T---TATGGCCATAAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AAGATTT
gi|13 : TGTCATGCTTTTCTCAATATATT--------ACAATC-----TGTATTAAAATAT---TAAGGCTTTGAACATTATAACATTCTTGTGAT-GAATAA-----AAGAATTGAATTGGAACATATCAa
gi|14 : acgAAATTTTGCT-ATAT-----GTATGTTAT--TATATGTCTTGCCCTTCTCATTAAATA--------ACCGCC-----TAAA----------------------AACACTGTATGA---------T-GAATAA-----AAGAAATGAAtcatg
gi|15 : CC-----TAAATTG-----T---TAATGCGATGAACAGTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----TATAACTGAAATG--A-ATTTCAcaaaattgtg
gi|16 : tacgtcagtatt-CAGACAAACATGCCCAAACATGTTATATTTCAGCAA-TGATATATTAGATTTTAGTACATGTGAAAACAAATGGGGA-AA-AGAACTCAatcatttaatataat
gi|17 : TGTGAATACATATGGGGA-AATATGTCTCAGAAAGTGGCTAT-----GAAATTTTGCTATATATTAGTATTTTATTATAt
gi|2 : TTTGGCCATCTTGTATG--GGATGTA-TTTTCTAAACAGGCGAACATGCCCAAACATGTTACATTTCATAAAATGATGTATTAATTTGTATTACATGTGAAAACAAACGGGGA-AATACAACTTAGAAAATGGATAT-----TATGTTTTGCTAAATATGTGTATGTTATTATTTGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNC-ATG-CATGAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATGATGTTTGCAGTTCATAAAATTATATATAT----TGATATATATTACATGAGAAAA-GTA-TA-AGGAAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTT-AAAAGTTTGTT-ATATATTT-ATATGTTAT--TATATGTCTT--TTTTTTCGTTATGTA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAAGTGATGAACCGTATATGATGTTTGTACT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--ACATAGCA
gi|3 : gTTTAGTACAGGTGAAAACAAAAGGGGG-AATAGGACTTA-AAAATGGAAAT-----GAAATTTTACTG-------ATATGTTATTAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTAGTTAACATTTTACCATCATG-AATACAAAATATAATTTTCTTA-----------CAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAGATGTTTATATTTTATAAAA--GTATATAA----TAATATTTATTACATGTGAAAACATA-AG-GGGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTT-AAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCACATTATATA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGATGCATATTGTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAATTGAATTG--Agtgtctaggtgttgctttataattctgtttgt
gi|4 : tTTTAGTACATGTGAAAACAAATGGGGA-AA-AGAACTCA-----TAGAT-----------------------TGTGCATGGTATCATATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGTATATTT--CGTTTTATCACCCTACATG-CGAGATATAATTTTCTTA-----------CAATTTGattgaattattagtacaagtattact
gi|4 : TTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-CA---------------ATTTGATATAT-----------ATATATTAGTATGTGTTACATGTGAAAACATA-----ATAATAAGCCTCAGAAAATTGATATGGCTCGGAATTTTGCTATATATTTGT-TGTTATAATATGTCatatatatatattagtatgtgttacatgtgaaaacataataataagcctcagaaaattgatatggctcggaattttgctatatatttgttgttataatatgtcatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|4 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgATATATAT----TAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT------AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTC-GGAATTTTGCT-ATATATTT-GT-TGTTAT--AATATGTCATGCTATTCTCATTATATA--------ACCGCC-----AAAATGC-----C---TAAGATGATAAACATTGTATGATGTTTGTGAT-GAATGC-----AATAATTTAATTG--atgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatatTTTTACCATCATGCATT-CGAGATCTAATTTTCTTA-----------CAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTTTAAATGTCATAGATT--TAAATAT----TAATATTTATTAC-----------TA-TG-AGGAAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTT-GAAATTTTGCA-ATATATGT-GTTTCTTCTGATATATGTCATGTTCTCCTCATTATATA--------ACCGCC-----TCTTTTG-----T---TACGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAGTAA-----AAGAATT-AATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|6 : GAACATACTCAAAAATGTATACATAATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTATCAAATTGGAAAACATAATG-GAGAAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-----ATATAT-----ATGGTAC--ACTATGTCTTGCTTTCCTCAATGTATATGTACATTACCGCC-----TGCATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGCATTGTGTTTGTGCT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--Aattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|7 : caacctatccaaagTTTACATTTCATAAAATGATATAT------T--TAT---TTACATGTGAAAACATA-TG-AAGAAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----T---AAGTTTGCT-ATTTGTGT-GTACGTTGT--TATGTGTCCTGCTGTTCTCATTGCATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGTGATGTACATTTTGTGGTATTTGTGCT-GAGTGA-----AAGAATTAAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|8 : ATAT----TAATATTAATTACATGTGGAAACATA-TG-GGGAAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTT-G---ACATAT---GTATGTTAT--TATATGACGTGCTCGTCTCATTATGTA--------GTCTCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGAAGAACTGTGTATGGTGTTTGTGAC-GAATAA-----CAAAATTCAATTG--Ataaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|9 : -CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAGATGTTTAAATTTCATCAAATTATGTACATGTTATAATGTATAATATATGGTAAAACATA-AA-GGGAAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGTT-ATATATTT-AAATGTTAT--TATATGTCATGCTGTTCTCATTATATA--------Atttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1111 4444444 1 22222 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 111 333333333333 1111 11111111 11111111 11111 222222222
lowQualScore : 1 77 5 1 3 2222 5555555 0 6 7 1 0 0 00000 1 3333333 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33 777 8 222222222222 0 1 1 3 0 3 2222 77 6 333 3 44 77777777 0 333 5 3 777 1 11111111 55555 000000000 3 88888 1 0 66 6
lowQualScore : . .. . . . .... ....... . . . . . . ..... . ....... . ........................................................................................... . .. ... . ............ . . . . . . .... .. . ... . .. ........ . ... . . ... . ........ ..... ......... . ..... . . .. .
lowQualScore : 0 55 5 0 3 3333 3333333 6 7 3 0 0 8 00000 0 2222222 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 555 8 777777777777 6 0 0 9 9 5 7777 11 7 666 3 66 99999999 4 777 9 1 555 4 22222222 44444 222222222 3 33333 0 5 99 7
consensus : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCAT---CATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( family-1206 ) : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCAT---CATGCATNCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
gi|1 : AACATACACAAACATGTGTAAATATCATAAAACGAT----------TAATG-GTATTACATGTGAAA---------------TGG-GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----T-AA---TGTGAT-ATGTACTT-TTATGTTAA--TATATAGCATGTTCTTGTCATTATATA--------ACCGCCTGCATTGAATTG-----T---TAAGGCGTTGTGCATTTTAGAATGGTTGTGCT-GAATAA-----ATAAATTGAATT
gi|10 : TAAAATGATATATAT----AAATATTGATTACATGTGAAAACATG-TG-AT---ACAG-ACCATAGAAATTG--T--A-AA--C---GAAGTTTTAC--A-ATATTT-ATATGTTATA-AAAATGTCATGCTATTCTCACTACATA--------ACCGCC-----TGAATTGAA---TTGATAAGGCAATGAAC---GTATGATATtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|11 : TGCGATCTATAATTTTCTTG-------------GTCTAACCAGGCGAATA-ACCGACATATGTTTAAATCTCATTAAATGATATA-ATGA--TAATA---ATCATATGTGAGTACATA-TG-AAGAGATGA-GCATCAAAAACTGGGT--G-------T-GAACTTTGGCT-ATATATGT-GTTTGTTAT--CATATATcatgtctacatagtgctat
gi|12 : gACACA-TGGAGGAAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT------TTTGCTTATATCTTTCGTATGTTAT--AATATGTCATTCTCTTCTCATTATAGA--------ACCGCCAGAGTTGAATTG-----T---TATGGCCATAAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AAGATTT
gi|13 : TGTCATGCTTTTCTCAATATATT--------ACAATC-----TGTATTAAAATAT---TAAGGCTTTGAACATTATAACATTCTTGTGAT-GAATAA-----AAGAATTGAATTGGAACATATCAa
gi|14 : acgAAATTTTGCT-ATAT-----GTATGTTAT--TATATGTCTTGCCCTTCTCATTAAATA--------ACCGCC-----TAAA----------------------AACACTGTATGA---------T-GAATAA-----AAGAAATGAAtcatg
gi|15 : CC-----TAAATTG-----T---TAATGCGATGAACAGTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----TATAACTGAAATG--A-ATTTCAcaaaattgtg
gi|16 : tacgtcagtatt-CAGACAAACATGCCCAAACATGTTATATTTCAGC-AATGATATATTAGATTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCAatcatttaatataat
gi|17 : TGTGAATACA-TATGGGGAAATATGTCTCAGAAAGTGGCTAT-----GAAATTTTGCTATATATTAGTATTTTATTATAt
gi|2 : TTTGGCCATCTTGTATG--GGATGTA-TTTTCTAAACAGGCGAACATGCCCAAACATGTTACATTTCATAAAATGATGTATTAATTTGTATTACATGTGAAAACA-AACGGGGAAATACAACTTAGAAAATGGATAT-----TATGTTTTGCTAAATATGTGTATGTTATTATTTGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATGCAT--GAGATA--GTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATGATGTTTGCAGTTCATAAAATTATATATAT----TGATATATATTACATGAGAAAA-GTA-TA-AGGAAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTT-AAAAGTTTGTT-ATATATTT-ATATGTTAT--TATATGTCTT--TTTTTTCGTTATGTA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAAGTGATGAACCGTATATGATGTTTGTACT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--ACATAGCA
gi|3 : gTTTTAGTACAGGTGAAAACA-AAAGGGGGAATAGGACTTA-AAAATGGAAAT-----GAAATTTTACTG-------ATATGTTATTAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTAGTTAACATTTTACCAT---CATGAATACAAAATATAATTTTCTTA-----------CAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAGATGTTTATATTTTATAAAA--GTATATAA----TAATATTTATTACATGTGAAAACATA-AG-GGGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTT-AAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCACATTATATA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGATGCATATTGTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAATTGAATTG--Agtgtctaggtgttgctttataattctgtttgt
gi|4 : TTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCA-----TAGAT-----------------------TGTGCATGGTATCATATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGTATATTT--CGTTTTATCAC---CCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-----------CAATTTGAattgaattattagtacaagtattact
gi|4 : TTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-CA---------------ATTTGATATAT-----------ATATATTAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT-----AATAAGCCTCAGAAAATTGATATGGCTCGGAATTTTGCTATATATTTGT-TGTTATAATATGTCtatatatatattagtatgtgttacatgtgaaaacataataataagcctcagaaaattgatatggctcggaattttgctatatatttgttgttataatatgtcatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|4 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgATATATAT----TAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT------AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTC-GGAATTTTGCT-ATATATTT-GT-TGTTAT--AATATGTCATGCTATTCTCATTATATA--------ACCGCC-----AAAATGC-----C---TAAGATGATAAACATTGTATGATGTTTGTGAT-GAATGC-----AATAATTTAATTG--atgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatatTTTTACCAT---CATGCATTCGAGATCTAATTTTCTTA-----------CAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTTTAAATGTCATAGATT--TAAATAT----TAATATTTATTAC-----------TA-TG-AGGAAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTT-GAAATTTTGCA-ATATATGT-GTTTCTTCTGATATATGTCATGTTCTCCTCATTATATA--------ACCGCC-----TCTTTTG-----T---TACGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAGTAA-----AAGAATT-AATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|6 : GAACATACTCAAAAATGTATACATAATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTATCAAATTGGAAAACATAATG-GAGAAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-----ATATAT-----ATGGTAC--ACTATGTCTTGCTTTCCTCAATGTATATGTACATTACCGCC-----TGCATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGCATTGTGTTTGTGCT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--Aattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|7 : caacctatccaaagTTTACATTTCATAAAATGATATAT------T--TAT---TTACATGTGAAAACATA-TG-AAGAAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----T---AAGTTTGCT-ATTTGTGT-GTACGTTGT--TATGTGTCCTGCTGTTCTCATTGCATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGTGATGTACATTTTGTGGTATTTGTGCT-GAGTGA-----AAGAATTAAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|8 : ATAT----TAATATTAATTACATGTGGAAACATA-TG-GGGAAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTT-G---ACATAT---GTATGTTAT--TATATGACGTGCTCGTCTCATTATGTA--------GTCTCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGAAGAACTGTGTATGGTGTTTGTGAC-GAATAA-----CAAAATTCAATTG--Ataaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|9 : CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAGATGTTTAAATTTCATCAAATTATGTACATGTTATAATGTATAATATATGGTAAAACATA-AA-GGGAAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGTT-ATATATTT-AAATGTTAT--TATATGTCATGCTGTTCTCATTATATA--------Atttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1111 4444444 1 22222 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 333333333333 1111 11111111 11111111 11111 222222222
lowQualScore : 1 77 5 1 3 2222 5555555 0 6 7 1 0 0 00000 1 3333333 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33 6 222222222222 0 1 1 3 0 3 2222 77 6 333 3 44 77777777 0 333 5 3 777 1 11111111 55555 000000000 3 88888 1 0 66 6
lowQualScore : . .. . . . .... ....... . . . . . . ..... . ....... . ........................................................................................... . .. . ............ . . . . . . .... .. . ... . .. ........ . ... . . ... . ........ ..... ......... . ..... . . .. .
lowQualScore : 0 55 5 0 3 3333 3333333 6 7 3 0 0 8 00000 0 2222222 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 5 777777777777 6 0 0 9 9 5 7777 11 7 666 3 66 99999999 4 777 9 1 555 4 22222222 44444 222222222 3 33333 0 5 99 7
consensus : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( family-1206 ) : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
gi|1 : AACATACACAAACATGTGTAAATATCATAAAACGAT----------TAATG-GTATTACATGTGAAA---------------TGG-GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----T-AA---TGTGAT-ATGTACTT-TTATGTTAA--TATATAGCATGTTCTTGTCATTATATA--------ACCGCCTGCATTGAATTG-----T---TAAGGCGTTGTGCATTTTAGAATGGTTGTGCT-GAATAA-----ATAAATTGAATT
gi|10 : TAAAATGATATATAT----AAATATTGATTACATGTGAAAACATG-TG-AT---ACAG-ACCATAGAAATTG--T--A-AA--C---GAAGTTTTAC--A-ATATTT-ATATGTTATA-AAAATGTCATGCTATTCTCACTACATA--------ACCGCC-----TGAATTGAA---TTGATAAGGCAATGAAC---GTATGATATtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|11 : TGCGATCTATAATTTTCTTG-------------GTCTAACCAGGCGAATA-ACCGACATATGTTTAAATCTCATTAAATGATATA-ATGA--TAATA---ATCATATGTGAGTACATA-TG-AAGAGATGA-GCATCAAAAACTGGGT--G-------T-GAACTTTGGCT-ATATATGT-GTTTGTTAT--CATATATcatgtctacatagtgctat
gi|12 : gACACA-TGGAGGAAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT------TTTGCTTATATCTTTCGTATGTTAT--AATATGTCATTCTCTTCTCATTATAGA--------ACCGCCAGAGTTGAATTG-----T---TATGGCCATAAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AAGATTT
gi|13 : TGTCATGCTTTTCTCAATATATT--------ACAATC-----TGTATTAAAATAT---TAAGGCTTTGAACATTATAACATTCTTGTGAT-GAATAA-----AAGAATTGAATTGGAACATATCAa
gi|14 : acgAAATTTTGCT-ATAT-----GTATGTTAT--TATATGTCTTGCCCTTCTCATTAAATA--------ACCGCC-----TAAA----------------------AACACTGTATGA---------T-GAATAA-----AAGAAATGAAtcatg
gi|15 : CC-----TAAATTG-----T---TAATGCGATGAACAGTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----TATAACTGAAATG--A-ATTTCAcaaaattgtg
gi|16 : tacgtcagtatt-CAGACAAACATGCCCAAACATGTTATATTTCAGC-AATGATATATTAGATTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCAatcatttaatataat
gi|17 : TGTGAATACA-TATGGGGAAATATGTCTCAGAAAGTGGCTAT-----GAAATTTTGCTATATATTAGTATTTTATTATAt
gi|2 : TTTGGCCATCTTGTATG--GGATGTA-TTTTCTAAACAGGCGAACATGCCCAAACATGTTACATTTCATAAAATGATGTATTAATTTGTATTACATGTGAAAACA-AACGGGGAAATACAACTTAGAAAATGGATAT-----TATGTTTTGCTAAATATGTGTATGTTATTATTTGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATGCATGAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATGATGTTTGCAGTTCATAAAATTATATATAT----TGATATATATTACATGAGAAAA-GTA-TA-AGGAAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTT-AAAAGTTTGTT-ATATATTT-ATATGTTAT--TATATGTCTT--TTTTTTCGTTATGTA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAAGTGATGAACCGTATATGATGTTTGTACT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--ACATAGCA
gi|3 : gTTTTAGTACAGGTGAAAACA-AAAGGGGGAATAGGACTTA-AAAATGGAAAT-----GAAATTTTACTG-------ATATGTTATTAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTAGTTAACATTTTACCATCATGAATACAAAATATAATTTTCTTA-----------CAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAGATGTTTATATTTTATAAAA--GTATATAA----TAATATTTATTACATGTGAAAACATA-AG-GGGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTT-AAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCACATTATATA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGATGCATATTGTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAATTGAATTG--Agtgtctaggtgttgctttataattctgtttgt
gi|4 : TTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCA-----TAGAT-----------------------TGTGCATGGTATCATATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGTATATTT--CGTTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-----------CAATTTGAattgaattattagtacaagtattact
gi|4 : TTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-CA---------------ATTTGATATAT-----------ATATATTAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT-----AATAAGCCTCAGAAAATTGATATGGCTCGGAATTTTGCTATATATTTGT-TGTTATAATATGTCtatatatatattagtatgtgttacatgtgaaaacataataataagcctcagaaaattgatatggctcggaattttgctatatatttgttgttataatatgtcatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|4 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgATATATAT----TAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT------AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTC-GGAATTTTGCT-ATATATTT-GT-TGTTAT--AATATGTCATGCTATTCTCATTATATA--------ACCGCC-----AAAATGC-----C---TAAGATGATAAACATTGTATGATGTTTGTGAT-GAATGC-----AATAATTTAATTG--atgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatatTTTTACCATCATGCATTCGAGATCTAATTTTCTTA-----------CAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTTTAAATGTCATAGATT--TAAATAT----TAATATTTATTAC-----------TA-TG-AGGAAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTT-GAAATTTTGCA-ATATATGT-GTTTCTTCTGATATATGTCATGTTCTCCTCATTATATA--------ACCGCC-----TCTTTTG-----T---TACGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAGTAA-----AAGAATT-AATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|6 : GAACATACTCAAAAATGTATACATAATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTATCAAATTGGAAAACATAATG-GAGAAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-----ATATAT-----ATGGTAC--ACTATGTCTTGCTTTCCTCAATGTATATGTACATTACCGCC-----TGCATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGCATTGTGTTTGTGCT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--Aattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|7 : caacctatccaaagTTTACATTTCATAAAATGATATAT------T--TAT---TTACATGTGAAAACATA-TG-AAGAAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----T---AAGTTTGCT-ATTTGTGT-GTACGTTGT--TATGTGTCCTGCTGTTCTCATTGCATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGTGATGTACATTTTGTGGTATTTGTGCT-GAGTGA-----AAGAATTAAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|8 : ATAT----TAATATTAATTACATGTGGAAACATA-TG-GGGAAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTT-G---ACATAT---GTATGTTAT--TATATGACGTGCTCGTCTCATTATGTA--------GTCTCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGAAGAACTGTGTATGGTGTTTGTGAC-GAATAA-----CAAAATTCAATTG--Ataaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|9 : CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAGATGTTTAAATTTCATCAAATTATGTACATGTTATAATGTATAATATATGGTAAAACATA-AA-GGGAAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGTT-ATATATTT-AAATGTTAT--TATATGTCATGCTGTTCTCATTATATA--------Atttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1111 4444444 1 22222 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 333333333333 1111 11111111 11111111 11111 222222222
lowQualScore : 1 77 5 1 3 2222 5555555 0 6 7 1 0 0 00000 1 3333333 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33 6 222222222222 0 1 1 3 0 3 2222 77 6 333 3 44 77777777 0 333 5 3 777 1 11111111 55555 000000000 3 88888 1 0 66 6
lowQualScore : . .. . . . .... ....... . . . . . . ..... . ....... . ........................................................................................... . .. . ............ . . . . . . .... .. . ... . .. ........ . ... . . ... . ........ ..... ......... . ..... . . .. .
lowQualScore : 0 55 5 0 3 3333 3333333 6 7 3 0 0 8 00000 0 2222222 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 5 777777777777 6 0 0 9 9 5 7777 11 7 666 3 66 99999999 4 777 9 1 555 4 22222222 44444 222222222 3 33333 0 5 99 7
consensus : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( family-1206 ) : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
gi|1 : AACATACACAAACATGTGTAAATATCATAAAACGAT----------TAATG-GTATTACATGTGAAA---------------TGG-GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----T-AA---TGTGAT-ATGTACTT-TTATGTTAA--TATATAGCATGTTCTTGTCATTATATA--------ACCGCCTGCATTGAATTG-----T---TAAGGCGTTGTGCATTTTAGAATGGTTGTGCT-GAATAA-----ATAAATTGAATT
gi|10 : TAAAATGATATATAT----AAATATTGATTACATGTGAAAACATG-TG-AT---ACAG-ACCATAGAAATTG--T--A-AA--C---GAAGTTTTAC--A-ATATTT-ATATGTTATA-AAAATGTCATGCTATTCTCACTACATA--------ACCGCC-----TGAATTGAA---TTGATAAGGCAATGAAC---GTATGATATtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|11 : TGCGATCTATAATTTTCTTG-------------GTCTAACCAGGCGAATA-ACCGACATATGTTTAAATCTCATTAAATGATATA-ATGA--TAATA---ATCATATGTGAGTACATA-TG-AAGAGATGA-GCATCAAAAACTGGGT--G-------T-GAACTTTGGCT-ATATATGT-GTTTGTTAT--CATATATcatgtctacatagtgctat
gi|12 : gACACA-TGGAGGAAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT------TTTGCTTATATCTTTCGTATGTTAT--AATATGTCATTCTCTTCTCATTATAGA--------ACCGCCAGAGTTGAATTG-----T---TATGGCCATAAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AAGATTT
gi|13 : TGTCATGCTTTTCTCAATATATT--------ACAATC-----TGTATTAAAATAT---TAAGGCTTTGAACATTATAACATTCTTGTGAT-GAATAA-----AAGAATTGAATTGGAACATATCAa
gi|14 : acgAAATTTTGCT-ATAT-----GTATGTTAT--TATATGTCTTGCCCTTCTCATTAAATA--------ACCGCC-----TAAA----------------------AACACTGTATGA---------T-GAATAA-----AAGAAATGAAtcatg
gi|15 : CC-----TAAATTG-----T---TAATGCGATGAACAGTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----TATAACTGAAATG--A-ATTTCAcaaaattgtg
gi|16 : tacgtcagtatt-CAGACAAACATGCCCAAACATGTTATATTTCAGC-AATGATATATTAGATTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCAatcatttaatataat
gi|17 : TGTGAATACA-TATGGGGAAATATGTCTCAGAAAGTGGCTAT-----GAAATTTTGCTATATATTAGTATTTTATTATAt
gi|2 : TTTGGCCATCTTGTATG--GGATGTA-TTTTCTAAACAGGCGAACATGCCCAAACATGTTACATTTCATAAAATGATGTATTAATTTGTATTACATGTGAAAACA-AACGGGGAAATACAACTTAGAAAATGGATAT-----TATGTTTTGCTAAATATGTGTATGTTATTATTTGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATGCATGAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATGATGTTTGCAGTTCATAAAATTATATATAT----TGATATATATTACATGAGAAAA-GTA-TA-AGGAAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTT-AAAAGTTTGTT-ATATATTT-ATATGTTAT--TATATGTCTT--TTTTTTCGTTATGTA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAAGTGATGAACCGTATATGATGTTTGTACT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--ACATAGCA
gi|3 : gTTTTAGTACAGGTGAAAACA-AAAGGGGGAATAGGACTTA-AAAATGGAAAT-----GAAATTTTACTG-------ATATGTTATTAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTAGTTAACATTTTACCATCATGAATACAAAATATAATTTTCTTA-----------CAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAGATGTTTATATTTTATAAAA--GTATATAA----TAATATTTATTACATGTGAAAACATA-AG-GGGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTT-AAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCACATTATATA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGATGCATATTGTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAATTGAATTG--Agtgtctaggtgttgctttataattctgtttgt
gi|4 : TTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCA-----TAGAT-----------------------TGTGCATGGTATCATATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGTATATTT--CGTTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-----------CAATTTGAattgaattattagtacaagtattact
gi|4 : TTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-CA---------------ATTTGATATAT-----------ATATATTAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT-----AATAAGCCTCAGAAAATTGATATGGCTCGGAATTTTGCTATATATTTGT-TGTTATAATATGTCtatatatatattagtatgtgttacatgtgaaaacataataataagcctcagaaaattgatatggctcggaattttgctatatatttgttgttataatatgtcatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|4 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgATATATAT----TAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT------AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTC-GGAATTTTGCT-ATATATTT-GT-TGTTAT--AATATGTCATGCTATTCTCATTATATA--------ACCGCC-----AAAATGC-----C---TAAGATGATAAACATTGTATGATGTTTGTGAT-GAATGC-----AATAATTTAATTG--atgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatatTTTTACCATCATGCATTCGAGATCTAATTTTCTTA-----------CAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTTTAAATGTCATAGATT--TAAATAT----TAATATTTATTAC-----------TA-TG-AGGAAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTT-GAAATTTTGCA-ATATATGT-GTTTCTTCTGATATATGTCATGTTCTCCTCATTATATA--------ACCGCC-----TCTTTTG-----T---TACGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAGTAA-----AAGAATT-AATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|6 : GAACATACTCAAAAATGTATACATAATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTATCAAATTGGAAAACATAATG-GAGAAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-----ATATAT-----ATGGTAC--ACTATGTCTTGCTTTCCTCAATGTATATGTACATTACCGCC-----TGCATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGCATTGTGTTTGTGCT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--Aattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|7 : caacctatccaaagTTTACATTTCATAAAATGATATAT------T--TAT---TTACATGTGAAAACATA-TG-AAGAAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----T---AAGTTTGCT-ATTTGTGT-GTACGTTGT--TATGTGTCCTGCTGTTCTCATTGCATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGTGATGTACATTTTGTGGTATTTGTGCT-GAGTGA-----AAGAATTAAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|8 : ATAT----TAATATTAATTACATGTGGAAACATA-TG-GGGAAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTT-G---ACATAT---GTATGTTAT--TATATGACGTGCTCGTCTCATTATGTA--------GTCTCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGAAGAACTGTGTATGGTGTTTGTGAC-GAATAA-----CAAAATTCAATTG--Ataaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|9 : CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAGATGTTTAAATTTCATCAAATTATGTACATGTTATAATGTATAATATATGGTAAAACATA-AA-GGGAAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGTT-ATATATTT-AAATGTTAT--TATATGTCATGCTGTTCTCATTATATA--------Atttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
blockSeqs : T CG A T A GGCG TTCATAA T T T G GGCTC T AATATGT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGT G AA G TTTTCTTTTTTC A C G T GTTA TT A GAG T GA AGCCTTCG CTT T C GAT A TGTACATT AGAGT AATTGA A AGAAT G . C
blockSeqs : . . . . T C G . A TATATTT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . A A C T G T GA TA A AT . . ACTTA CT G . AA C . . AAATAT . . G . .
blockSeqs : . T G . . A TGT G A T T T T . TT . AA . . ACTTA CT T . C T . . ACTTGC . . G .
blockSeqs : . T G . . . . A A G G T . TG . AG . . GCTCG TT T . A C . . T . . T .
blockSeqs : . . A T C A G T . TT . GG . . ATTTG CT T . T T . . T . . T .
blockSeqs : C T T T . CT . AG . . ACTTG CT T . T C . . T . . C .
blockSeqs : A T . T . TT . GA . . AATT CA G . T A . . T . . T .
blockSeqs : . C . TA . AA . . ACG CT G . A C . . C . . G
blockSeqs : . . T . GG . . TG TT T . A T . . T . . T
blockSeqs : . . . . GG . . T C . . T G . . T . . G
blockSeqs : . . . . A . . . T C . . T . . A
blockSeqs : . . . T G . . .
blockSeqCons : TT GG* ACTTG*** ***** **
originalCons : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATNTATTACATGTGAAAACATA-TG-AGGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
finalCons : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATTTATTACATGTGAAAACATA-TGGG-GAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGACTTG---AAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 1111 4444444 1 22222 1111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11 333333333333 1111 11111111 11111111 11111 222222222
lowQualScore : 1 77 5 1 3 2222 5555555 0 6 7 1 0 0 00000 1 3333333 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 33 6 222222222222 0 1 1 3 0 3 2222 55 3 888888 3 44 77777777 0 333 5 3 777 1 11111111 55555 000000000 3 88888 1 0 66 6
lowQualScore : . .. . . . .... ....... . . . . . . ..... . ....... . ........................................................................................... . .. . ............ . . . . . . .... .. . ...... . .. ........ . ... . . ... . ........ ..... ......... . ..... . . .. .
lowQualScore : 0 55 5 0 3 3333 3333333 6 7 3 0 0 8 00000 0 2222222 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 00 5 777777777777 6 0 0 9 9 5 7777 77 6 222222 3 66 99999999 4 777 9 1 555 4 22222222 44444 222222222 3 33333 0 5 99 7
consensus : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATTTATT-ACATGTGAAAACATA-TGG-GGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
Reference ( family-1206 ) : NTTTNGCCACCCTGCATGCGGGATGTAATTTTCTNA-CAGGCGAACATGCCCAAACATGTTATATTTCA---AATGATATATTAGTTTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAATAGGACTCAGAAAATGGATAT-----GAAATTTTGCTATATATNTGTATGTTATTATATGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAG-GTANTTAACGTTTTACCATCATGCATGCGAGATATAATTTTCTTN-----------CAATCTGAACAGGCGAACATACCCAAAGATGTTTANATNTCATAAAATGATATATAT----TAATATTTATT-ACATGTGAAAACATA-TGG-GGAAATAA-GCCTCAGAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCTCATTATATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AANAATTGAATTG--ACATATCA
gi|1 : AACATACACAAACATGTGTAAATATCATAAAACG------AT----TAATG-GTATT-ACATGTGAA-----A-TGG----------GCCTCAGAAGACAGAA--ATG-----T-AA---TGTGAT-ATGTACTT-TTATGTTAA--TATATAGCATGTTCTTGTCATTATATA--------ACCGCCTGCATTGAATTG-----T---TAAGGCGTTGTGCATTTTAGAATGGTTGTGCT-GAATAA-----ATAAATTGAATT
gi|10 : TAAAATGATATATAT----AAATATTGATT-ACATGTGAAAACATG-T----GATACAG-ACCATAGAAATTG--T--A-AA--C---GAAGTTTTAC--A-ATATTT-ATATGTTATA-AAAATGTCATGCTATTCTCACTACATA--------ACCGCC-----TGAATTGAA---TTGATAAGGCAATGAAC---GTATGATATtgatagaatatccattataaatacatccaaattcaataaatagtattaacagtttatatgtttggaaatgttttataactgaaatatatgtcaccttcttcgtacaaataatacgataaatatgagctatcggtctgattatatgacattaaaacggcgacaccaatgatatgatcattgtgttttgcgtgcgtgtacatgtatgggcgtgtgtatgtgcgcgcgcgcgcgcgtgtgtgtgtatgtattagcgcgcatgtgcgccttttttgtttttatataatcattgcaccatatgtaagttaaattgaaacatggtgcatcctcacaggtcgtgtggcctataggaatttcttaataaacggtatagcatacatgttaatttataaaagagtgaaatgttttttttaaata
gi|11 : TGCGATCTATAATTTTCTTG-------------GTCTAACCAGGCGAATA-ACCGACATATGTTTAAATCTCATTAAATGATATA-ATGA--TAATA---ATC-ATATGTGAGTACATA-TGA-AGAGATGA-GCATCAAAAACTGGGT--G-------T-GAACTTTGGCT-ATATATGT-GTTTGTTAT--CATATATcatgtctacatagtgctat
gi|12 : gACACA-TGGAGGAAATAG-GTCTCAGAAATTGTAA--ATGA--ATT------TTTGCTTATATCTTTCGTATGTTAT--AATATGTCATTCTCTTCTCATTATAGA--------ACCGCCAGAGTTGAATTG-----T---TATGGCCATAAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----AAGATTT
gi|13 : TGTCATGCTTTTCTCAATATATT--------ACAATC-----TGTATTAAAATAT---TAAGGCTTTGAACATTATAACATTCTTGTGAT-GAATAA-----AAGAATTGAATTGGAACATATCAa
gi|14 : acgAAATTTTGCT-ATAT-----GTATGTTAT--TATATGTCTTGCCCTTCTCATTAAATA--------ACCGCC-----TAAA----------------------AACACTGTATGA---------T-GAATAA-----AAGAAATGAAtcatg
gi|15 : CC-----TAAATTG-----T---TAATGCGATGAACAGTGTATGATGTTTGTGCT-GAATAA-----TATAACTGAAATG--A-ATTTCAcaaaattgtg
gi|16 : tacgtcagtatt-CAGACAAACATGCCCAAACATGTTATATTTCAGC-AATGATATATTAGATTTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCAatcatttaatataat
gi|17 : TGTGAATACA-TATGGGGAAATATGTCTCAGAAAGTGGCTAT-----GAAATTTTGCTATATATTAGTATTTTATTATAt
gi|2 : TTTGGCCATCTTGTATG--GGATGTA-TTTTCTAAACAGGCGAACATGCCCAAACATGTTACATTTCATAAAATGATGTATTAATTTGTATTACATGTGAAAACA-AACGGGGAAATACAACTTAGAAAATGGATAT-----TATGTTTTGCTAAATATGTGTATGTTATTATTTGTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-CATGCATGAGATAGTTTTCTTTTTTCTTTTTTCCATTTTGGACAGGCGAAAATACCCAATGATGTTTGCAGTTCATAAAATTATATATAT----TGATATATATT-ACATGAGAAAA-GTA-TAA-GGAAATAA-ACCTCAGAAAAAGGAT--ATGA--CTT-AAAAGTTTGTT-ATATATTT-ATATGTTAT--TATATGTCTT--TTTTTTCGTTATGTA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAAGTGATGAACCGTATATGATGTTTGTACT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--ACATAGCA
gi|3 : gTTTTAGTACAGGTGAAAACA-AAAGGGGGAATAGGACTTA-AAAATGGAAAT-----GAAATTTTACTG-------ATATGTTATTAAATCTCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-GTAGTTAACATTTTACCATCATGAATACAAAATATAATTTTCTTA-----------CAATCTGACCAGGCAGACATACCAAAAGATGTTTATATTTTATAAAA--GTATATAA----TAATATTTATT-ACATGTGAAAACATA-AGG-GGAAATAC-GCCTCAAAAAATGGATGAATGA--CTT-AAAATTTTGCT-ATATATTT-GTATGTTAT--TATATGTCATGCTCTTCACATTATATA--------ACCGCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGATGCATATTGTATGGTGTTTGTGCTAAAACAAAGAATAACAATTGAATTG--Agtgtctaggtgttgctttataattctgtttgt
gi|4 : TTTAGTACATGTGAAAACA-AATGGGGAAA-AGAACTCA-----TAGAT-----------------------TGTGCATGGTATCATATGTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCAGTATATTT--CGTTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-----------CAATTTGAattgaattattagtacaagtattact
gi|4 : TTTTATCACCCTACATGCGAGATATAATTTTCTTA-CA---------------ATTTGATATAT-----------ATATATTAGTATGTGTTACATGTGAAAACATAAT-----AATAAGCCTCAGAAAATTGATATGGCTCGGAATTTTGCTATATATTTGT-TGTTATAATATGTCtatatatatattagtatgtgttacatgtgaaaacataataataagcctcagaaaattgatatggctcggaattttgctatatatttgttgttataatatgtcatgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|4 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgATATATAT----TAGTATGTGTT-ACATGTGAAAACATAAT------AATAA-GCCTCAGAAAATTGAT--ATGG--CTC-GGAATTTTGCT-ATATATTT-GT-TGTTAT--AATATGTCATGCTATTCTCATTATATA--------ACCGCC-----AAAATGC-----C---TAAGATGATAAACATTGTATGATGTTTGTGAT-GAATGC-----AATAATTTAATTG--atgctattctcattatataaccgccaaaatgcctaagatgataaacattgtatgatgtttgtgatgaatgcaataatttaattgttgttttgtttttataaacataattat
gi|5 : tttagtacatgtgaaaacaaatggggaaaagaactcatagattgtgcatggtatcatatgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccagtatatttcgttttatcaccctacatgcgagatataattttcttacaatttgatatTTTTACCATCATGCATTCGAGATCTAATTTTCTTA-----------CAAACAGGACAGGCGAACATACTCAAAGATGTTTAAATGTCATAGATT--TAAATAT----TAATATTTATT-AC-----------TA-TGA-GGAAATAA-GACTCAGAAAATTGAT--ATGA--TTT-GAAATTTTGCA-ATATATGT-GTTTCTTCTGATATATGTCATGTTCTCCTCATTATATA--------ACCGCC-----TCTTTTG-----T---TACGGCGATGAACATTGTATGATGTTTGTGCT-GAGTAA-----AAGAATT-AATTG--Attgttttgtttttataaacataattat
gi|6 : GAACATACTCAAAAATGTATACATAATATCAAATGATA-A-AT----TAAAACTTATC-AAATTGGAAAACATAATGG-AGAAATAA-GCCTCCGAAATTGTAT--ATGAGCCTTCGACATTT-----ATATAT-----ATGGTAC--ACTATGTCTTGCTTTCCTCAATGTATATGTACATTACCGCC-----TGCATTGACTTGC---TAAGACAATTAAAATTGCATTGTGTTTGTGCT-GAATAA-----AATAATTGAATTG--Aattgttataatgataaaacaaattaatcgaatatttgttgatttaagttt
gi|7 : caacctatccaaagTTTACATTTCATAAAATGATATAT------------TTATTTACATGTGAAAACATA-TGA-AGAAAAAATATCTCAGAAAATGGAT--ATG-----T---AAGTTTGCT-ATTTGTGT-GTACGTTGT--TATGTGTCCTGCTGTTCTCATTGCATA--------ACCGCC-----TGAATTG-----T---TAAGGTGATGTACATTTTGTGGTATTTGTGCT-GAGTGA-----AAGAATTAAATTattgctccaattgtgcagataacgtgt
gi|8 : ATAT----TAATATTAATT-ACATGTGGAAACATA-TGG-GGAAATAG-GCCTCTGAATACAGAT--ATGA-------AAATTT-G---ACATAT---GTATGTTAT--TATATGACGTGCTCGTCTCATTATGTA--------GTCTCC-----TAAATTG-----T---TAAGGCGAAGAACTGTGTATGGTGTTTGTGAC-GAATAA-----CAAAATTCAATTG--Ataaatcctattaatgcacatgtataacgtt
gi|9 : CAAGATATAGTTTTCTTT-----------CAATCTGAACAAGCGAACATACCCAAAGATGTTTAAATTTCATCAAATTATGTACATGTTATAATGTATAAT-ATATGGTAAAACATA-AAG-GGAAATAA-GTCT-AAAAAATGGAT--ATGA--CTT-GAAATTTTGTT-ATATATTT-AAATGTTAT--TATATGTCATGCTGTTCTCATTATATA--------Atttgatttgaatatatagtagtcatattatgtgc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): ATTTACATTGATTTGTTCATTGGAAGACATACTACAGTCACCTGTATTGTCCC