lowQualScore                  :                                                                        11                                      1        111111111              1111111111              2222222222222    1         666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666                                                                                    1  11111111  1111                        4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                  111111111111111111      222222222   1        1111   111111111111        11                                                  33333333333                   111111    222222222       1111111                                                                                 1                                                11111          
lowQualScore                  :                                                       7777   88888  3  11  3   3        2                      2        333333333 3  1         4444444444 88888  44    5555555555555    6   44    333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3  3 0 6666    888888   77               1  2           7      0  6666        44   2  11111111  4444 55 3  66          1    9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999         33   1  3   0   1  555 3 777777777777777777   3  777777777   0  555   4444   777777777777 3  3   66  44  999999       4 99999999           1         99999999999                   333333    999999999    22 0000000   4         3      0 2  4            1  3                         3  99         5  55                   7777               555   00000  1       
lowQualScore                  :                                                       ....   .....  .  ..  .   .        .                      .        ......... .  .         .......... .....  ..    .............    .   ..    .................................................................. .  . . ....    ......   ..               .  .           .      .  ....        ..   .  ........  .... .. .  ..          .    ........................................................................................         ..   .  .   .   .  ... . ..................   .  .........   .  ...   ....   ............ .  .   ..  ..  ......       . ........           .         ...........                   ......    .........    .. .......   .         .      . .  .            .  .                         .  ..         .  ..                   ....               ...   .....  .       
lowQualScore                  :                                                       1111   33333  3  99  1   1        8                      2        333333333 3  7         6666666666 33333  66    8888888888888    7   66    444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1  1 2 1111    222222   99               5  6           9      4  5555        22   6  22222222  2222 22 3  88          4    7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777         44   8  3   4   8  888 3 222222222222222222   2  555555555   0  000   2222   333333333333 1  1   99  22  000000       4 44444444           7         66666666666                   555555    444444444    22 3333333   6         1      8 8  9            0  6                         6  22         2  00                   7777               555   00000  2       
consensus                     :                                 TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTC-----AT-CAA-TG-TAT-CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTATACATTCT----------G-----GT--TATA------------ATAAT-TCG--CATA-----------G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------A-TT-GCA----TATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAGTAAG--TGAAAA--------AT----CNAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A--TT-TTTTT------TT------TG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGNC---C----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTG-----AATAN--------TATTGTCA------TTTATAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTGTTT-CATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGCTATTTCTC--GTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
Reference ( gi|5 )            :                                 TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTC-----AT-CAT-TG-TAT-CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTATACATTCT----------G-----GT--TATA------------CTAAT-TTG--CATA-----------G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------A-TT-GCA----TATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAGTAAG--TGATAA--------AT----CTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A--TT-TTTTT------TT------TG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGTC---C----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTT-----AATAT--------TATTGTCA------TTTATAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTGCTT-CATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGCTATTTATC--GTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|6                          :                                 TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTC-----AT--------TAT-CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTATACATTCT----------G-----GT--TATA------------CTAAT-TCG--CATA-----------G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------A-TT-GCA----TATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAGTAAG--TGAAAA--------AT----CTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAATCTGACAC-AT--A------------------GGAAGGTG-TTT-AAAA---AAAAAA-----AAAACAAAAAAA---CAAAAGAAAAGAAAAGGAAGAT-TTTGATGTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGTC---C----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTT-----AATAT--------TATTGTCA------TTTATAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTGCTT-CATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGCTATTTCTC--GTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATT
gi|9                          :                                 TTTTTTGTTATTTAACTTTTAT----TTC-----AT-CAA-TG-TAT-CAATAGTA---CATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T--TTATACATTCT----------G-----GT--TATA------------ATAAT-TCA--CAAA-----------G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------T------A-TT-GCA----TATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATTTTGATGCCTTTG----CCAGTAAG--TGAAAA--------AT----CGAC-TTA-AAATGATAATATGAT--GAA---AATA----------T-TGTTT------TT------TG-TTG-AAAT---AAAAA----------------------AGAAGAAAAGAAA-AGAAGAT-TTTGATTTAT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA--------------AG-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGTC---C----ATTTAAATATCGTTAACAATG-CA--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTG-----AATAT--------TATTTTCA------TTTATAATATTTT-CACGGAGAAAAAGTCTCCATTTTGTTT-CATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--AAGCT-TTTTTCTAGTTCTTTCTCGATTCTTCT----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AAATGTATTT
gi|16                         :                                 TTTTTTGTGATTAAACTTTTAT----TTC-----AT-TAA-TG-TAT-GTATATTATTAGATAAATATTACAAAACTTGTTAATGTTT---------T-TC-AT-CAATCT----------G-----GT--AATA------------ATAATGTTG--TATACA---------A-------------TT--CA-----CATCTTTACTTGAT---------A------A-TT-GCA----AATA------TAT--CAACACAGTCTTGATAACAAATAACATCCCAATGTTTTTG----TCAATACG--TAAAAA--------AT----CGCC-TTA-AAATGATAATATGAT----A---AACA--G---A--TT-TATTTGAAATGTT------TGATTG-AA
gi|18                         :                                 TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTC-----AC-CAA-TA-TAT-CAAAAAGGTTACCTAAACGATACAAATCATGTGAACG-TT---------T-TCCATACATTCT----------G-----GT--TATA------------ATAATGTTG--AATAT----------A-------------TT--CA-----tgattaataaaa
gi|20                         :                                  TTTTTTTATTTCAACTTTTAT----TTC-----AT-CAA-TG-TAT-CAATATTATTACATAAACGATACAAAcataaatcaattttttttgcctcgaccatgtaaatatcgttaacaattcataaca
gi|11                         :                                   TTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTC-----AT-CAT-TG-TAT-CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------TTTTTATACATTCT----------G-----GT--TATA------------CTAAT-TCG--CATA-----------G-------------TT--CG-----G---TTT------T---------A------A-TT-GCA----TATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAGTAAG--TGAAAA--------AT----CTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A--TT-TTTTT------TT------TG-TTG-AAAA---AAAAATC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-GAAA-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGTC---C----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTT-----AATAT--------TATTGTCA------TTTATAATATTTT-AACGGAGATAAgtgaaatctaacttgctctttgtaaac
gi|3                          :                                   TTTTGTAACTCAACTTTCAT----TTC-----AC-CAA-TG-TAT-CAATTTTATTACATAAACGATACAAAACATG----TTTTT---------T-TTCATACATTTTCATACATAATA-----GT--TATA------------ATAATGTTG--CATATAATTCATATAG-------------TT--CA-----G---TTT------G---------A------T-TT-GCA----TATA------TATATCAACACAGACTCAATAACAAACATCATCTCGATGATTTTG----CCAGTTAG--TGAAAA--------AT----CGAC-TTA-TAACGATAATATGATGAAAA---AATA--AT--GCGTT-TTATT------TT------TG-TTG-AAAA---AAGA---------------------------GAAAAGAAA-AGAAGAA-TTTGATTTTT---C-A--T--TTAC----TATTATATAGTAAGT-----GAATAAT--AAT----GGA-AA--A--A-GTG-AA-AAA--CA--AT-A--ATTGTGTCGAC---G----ATGTAAATGTCGTTAACAATT-TG--------TAGCAGCTTTCCCAATTTTG-----AATAC--------TTTTTTCA------TTTATACTATTTTTAACGGAGAAAATATCTCCATTTTGTTT-CATGAGTTTCTAGTTTGTTATGTTT-GA--GAACTATTTCTC--GTATTATCTCCATTCTTCT----TTCCGTATACTTTTT--GAAC-----AATTGTA
gi|10                         :                                    TTGGTAATTCAACTTTAAT----TCCCCAATATATATATA-TATATAATATAATTACACAAACGATACAAA-CATGCTGGTGTTT---------T-CC-ATACATTCT----------G-----GT--TATA------------ACAAT-GTA--TATA-----------A-------------TTTACA-----A---TCT------T---------ACCTGATA-TTTACA----TACA------CAT--CAACACAGTCTCCATAACTTACAACATTTCGATGTTTATG----CCAATGAG--TAAAAA--------AT----CATC-TT--ATATGATAATATGAT--GAA---AAAAGTGT--A--TTATTTTT------TA------TG-CTG-AAAA---AGGAA---------------------------AAAAGGAA-AGATTAT-TTTTATTATT---T-AT-T--A-AC----TATTATACAGTTACC-----GAATAAT--AAT----GGA-AA--T--T-G-G-GA-AAACCAATGAA-GTAATTGCCTCG-C---C----ATTTAAATATCGTTAATAATT-AA--------TAACAGCTTTCCCAG---TG-----AATGA--------TATTTTTA------T---TAATAGTTT-AACGGAGAAAAAGTCTTCATTTTGTTT-CAAGAATTTCTATTTTGTCATGTTT-AA--G
gi|7                          :                                    TTTGTC-TTTAGCTTATAT----TTC-----TT-TAA-TG-TAT-TAATATTTATACATAAATGATACAAAACATATCAATTTTT---------T-TTTATATAT-CT----------G-----GT--TATAATGATGTTGTATCTAAT-TT----ATA-----------GATACTGATATATTTT--CA-----T---TTT------TTACTTGAT-A------A-TT-GCACATATATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAATATCATCTCGATGTTTTAG----CCAATAAG--TAAACA--------AT----TCACATTA-TGATGATAAC----T--AGA---A------------------TT------TT------T-------AAA---AAAAAACTCAAAAAAAAAAAAA----AAAAAAAAGAGAAG-AGAATAT-TTTGATTATTATAT-AG-T--A-ACCAAAT----TATCAT---------GGA-ACG--TGT----GAA------------G-AA-AAA--AT--AATA--ATTGCCTTGCC---C----ATGTAAAAATTGGCAAAAATT-TA--------TAACGGCTTTCCCAGTTTTG-----AATAA--------TATT-TC--------TTATAACAGTTT-GACGGAG
gi|4                          : tatatcaaggacagtaacatgaaacaaaacacttgaggtaAATTCAACTTTTAT----TTC-----AT-CAT-TG-TAT-CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTATACATTCT----------G-----GT--TATA------------CTAAT-TCG--CATA-----------G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------A-TT-GCA----TATA------TAT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAGTAAG--TGAAAA--------AT----CTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--T--TT-TTTTT------TT------TT-TTTTAAAA---AAAAAAC---AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGTC---C----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTT-----AATAT--------TATTGTCA------TTTATAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTGCTT-CATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGCTATTTCTC--GTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTggatgcgtttaacaatttagaatttccagtatgtgaaatgaa
gi|2                          :                                                  TTTATGTAATTC-----AA-CAA-TG-TAT-CGATATTAATCTATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------A-TTTACATAATAT----------G-----GT--TACA------------ATAGTATCGTATATA-----------A-------------CT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------A-TT-GTA----TATA------TAT--CAACACAGTTTCAATAAC--AC--CATCTCGATGTTTTAG----CGAG--AGTTTGATGAACATTTGTAT----TTTT-TTACAAAGAATAA--------AAA---AAGA--AT--A--TT-TTTATCA----TT------TA-TTttga
gi|1                          :                                                    TAA----TTC-----AA-CAA-TG-TAT-CAATATTAATATATAAACGATACAAAAAATGTTAATGTTT---------A-TTTGCATAATAT----------G-----GT--TACA------------ATAGTATCG--TATATA---------A-------------TT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------A-TT-GTA----TATA------TATATCAACACAGTTTCAATAACGA------------TGTGTGTG----TCAATAAG--TAA--A--------ATGTCGCCAT-TTT-AG-TAAGAGTTTGAT--GAA----------C--A--TT-TGTAT------TT------T--TT-----------------------ACAAAGAA----TAAA--AAAA-------AATAT-TTTTATCATT---T-A--T----------T----TGC--T---------TAA-CAT--AGTTACCGAA-CA--ACCACA-G-AA-ATATTGA--AA-C--A--GTTTCACC---G----ATGTAAATATCGTAAACATTTATCATATATAATAACAGCTTTCCAAGTTTTG-----AACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTTTAATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTCGTTT-CATACATTTCTAATTTGTCATGTGT-AATAAAGCTATTTCTT--GTTTTATCTCGATTATTCT----TTCCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTTtgcctaaaatagttgccgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaacgatgtaaatatcgaaaacatttatcatatataataacagctttccaagttttgaacaaaaaagaaacacagcttttttgatattctaatggaataatgtctccattttgtttcatacatttctaatttgtcatgtttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttcttttcatatatttgttaacaaatatattttagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|17                         :                                                                    atgAT-TGGTAT-CAATATTAAAATATAAACGGTACAAAACATGTTTATGCTTACATAATTAT-TTTATTGATAAT----------GTAAATGTAGTATA-------------TAAT-TCA--CTTA-----------A-------------TT---------A---TTTAGA---T---------A------ATTT-GCA----GATATCCTAGTAT--CAAGAAAGTCCCAGT----AACAACATATCGATGTTTGTGTCATCTAATAAG--TAATAA--------tagaactccttttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttcttaatttaagtaattatactagaattgatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                              ------T---------A------A-TT-A-A----TGTA------TAT--CAACACAGTTTCAAT----AACAACATCTCGATGTTTGTG----CCAATAAG--TA--AA--------ATGTCGCTTT-TT---AGTGAGAGTTTGAT--G--------A--AC--A--TT-TGTAT------TT------TT-TT-----------------------ACAAAGAA----TA-------AAAAA-ATAATAT-TTTTATCATT---T-ATTT--G--C----T----TAACAT--------------AGTTACT----GAACAACCA--C-A-G-AA-AGATTGA--AA-C--A--GTTTCACC---G----ATGTAAATATCGTAAACATTTATCATATATAGTAACAGCTTTCCAAGTTTTG-----AAtccgccttt
gi|21                         :                                                                                                                                                       tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatg------T---------A------A-TT-A-A----TGTA------TAT--CAACACAGTTTCAAT----AACAACATCTCGATGTTTccaaaaagaaacacagcttttttttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttctttccatatatttgttaactcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                               tatcgtatttaatg----TGTA------TAT--CAATACAGTCTCAATAACA----ACATCTCCACGTTTGTG----CCAATATG--TACTAA--------TT----CGCC-TTT-AAATGATTGCAT-------------TA--ATTGA--TT-GTTTT------TT---------TTA-AAAACAGAAGAGAC---AAAAATGAGAAg
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               acat-AAAA---AAAAAAA---AAAAAAAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGTCTCGTC---C----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTT-----AATAT--------TATTGTCA------TTTATAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTGCTT-CATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGCTATTTCTC--GTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTtatgtttttatcattaattactagtaact
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aA----CAAAGAATAAAAAA-AGAATAT-TTTTATCATT---T-A--TTTG-CC----T--------------------AA-AAT--AGTTGCCGAA-CA--ACCACA-G-AA-AGATTGA--AA-C--A--GTTTCAAC---G----ATGTAAATATCGAAAACATTTATCATATATAATAACAGCTTTCCAAGTTTTG-----AACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTTTGATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTTGTTT-CATACATTTCTAATTTGTCATGTTT-AATAGAGCTATTTCTT--GTTTTATCTCGATTCTTCT----TTTCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTTttga
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tttatgtaattcaacaatgtatcgatattaatctataaacgatacaaaacatgttaatgtttatttacataatatggttacaatagtatcgtatataactcacagatatttttacttaagcaattgtatatatatcaacacagtttcaataacaccatctcgatgttttagcgagagtttgatgaacatttgtatttttttA-GAAAAATGTTTCATTTTT---TTA--T--A-AA----C----TATTATATAGCTACCGAATAAT--AAT----GGA-AA--T--A-A-T-AG-AAA--AA----------TGTTTCCTCGGAC----TTGTCAATATCGTTAATAATT-CA--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTG-----AATAA--------TA--GT--------TTT----TATTT---------ATAA---------------T-CATGAATCTCTAGTTTGTAATGTTT-AC--GGGCTATTTCCC--GTTCTATCTCGATTCTTTC----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AGTTGTATTTtagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AA-GA--A--A-A-G-AGTGAA--AA--AA-G----TGACTCACC---TTTGAATGTATATATCGTAAAAACGT-AC--------TA-CAGCTTCCCTA--TTTTGAAAAAAAAA--------CAACACCAAAAAACTTTTTAACATTAT-AATGGAGACATATTCTCT-TTTTACTTTCATGAATTTCTAGTGTGTCATGTTTAAA--AAGCTATT------------TCTCGATTCTTCTTTAATTGCACATA-TTTTT--GAACGAATAAATTGTtttgaacccttttcgtgatatgcttacaaataaaacatatttacacatatttgaatatttgtttttaattatttttaccaggattgtttgttagaat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                acagtaaacgaacaaccTTGCCTCGAC---C----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CA--------TAACAtggtactctattttgtgattagaaaatttagaatacattgcacttataagata
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttttttgtaattcaacttttatttcaccaatatatcaaaaaggttacctaaacgatacaaatcatgtgaacgttttccatacattctggttataataatgttgaatatattcacataaatcaatttttt------TTTTTAACAATAT-AATGGAAA-AATGTCTCCATTTTGTTT-CGTACATTTCTTATTTGCCATGTTT-AA--GAGTTATTTCTT--GTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTGTTAGGAAT-----A--TATATT
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tgaatatgtcgataacgaccaacgttttaaacaaaaagaaacacagctA--GAGCTATTTCTT--GTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATATTTGTT--AAagaactaatgttttttatttgctcacaaaatttaaatattttgtacatttacgaatacagttttataaatttaagtaattatgctagaatttatttgttataattcgaaagggatttctgtcttt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111                                        111111111                1111111111             33333333333333333333333333333333333333         2222222222222222      222222222   33333333333333333333333                                                                                                                            22222222222222222222        111111                    222222222222222222222222222                                  11            1111      222222222            1111      1111111          11                                                  33333333333                        222222222    1111111111                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 6666             111111111        1                      0        222222222 3  4  44       3333333333       6666  00000000000000000000000000000000000000   44    2222222222222222  44  000000000   88888888888888888888888   5   5555     777777  77                  2                     6666    6666     0    77777   33 5  33          0    555  77777777777777777777  3 2   333333   77  99    555    000000000000000000000000000     1   3    0  3       1  555 3 00 6666  6666 3333   2  555555555   9   44   3333   55 3333333 2 2  2   55  33  666666   444    3  5555                     55555555555                        999999999    0000000000   44         2      0 1  3            3                            3  88    3                           7777               44    99999  0       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ....             .........        .                      .        ......... .  .  ..       ..........       ....  ......................................   ..    ................  ..  .........   .......................   .   ....     ......  ..                  .                     ....    ....     .    .....   .. .  ..          .    ...  ....................  . .   ......   ..  ..    ...    ...........................     .   .    .  .       .  ... . .. ....  .... ....   .  .........   .   ..   ....   .. ....... . .  .   ..  ..  ......   ...    .  ....                     ...........                        .........    ..........   ..         .      . .  .            .                            .  ..    .                           ....               ..    .....  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 5555             444444444        9                      2        333333333 1  6  22       5555555555       5555  77777777777777777777777777777777777777   22    8888888888888888  22  888888888   11111111111111111111111   3   7777     777777  33                  5                     1111    1111     4    11111   66 7  88          6    555  33333333333333333333  1 2   111111   88  00    888    888888888888888888888888888     0   1    8  1       0  444 1 44 8888  5555 1111   3  444444444   2   22   1111   44 6666666 9 9  9   77  99  444444   777    6  7777                     77777777777                        888888888    8888888888   88         9      1 9  8            3                            3  55    3                           1111               66    11111  3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAN--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
Reference ( family-119 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAN--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAA----TTCAACAATGTAT---------CAATATTAATATATAAACGATACAAAAAATGTTAATGTTT---------A-TTTGC--ATAATAT----------GGTTACA----AT------------A-----------GTA-----------TCG--TATATAA-------------TT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------ATT-GTA----TATAT------ATATCAACACAGTTTCAATAAC------------GATGTGTGTG----TCAA----TAAGTAAAAT-----GTCGCCATTT-TAGTAAGAGTTTGAT--GAA----------C--A------TT-TGTAT------TTT--TT-----------------------ACAAAGAA----TAAA--AAAA-------AATAT-TTTTATCATT---T-A--T----------T----TGC--T---------TAA-CAT--AGTTACCGAA-CA--ACCACA-G-AA-ATATTGA--AA-C--A--GT---TTCACCG----ATGTAAATATCGTAAACATTTATCATATATAATAACAGCTTTCCAAGTTTTGAACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTT-TAATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTCG-TTTCATACATTTCTAATTTGTCATGTGT-AATAAAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTATTCT----TTCCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atgTTGGTAATTCAACTTTAAT----TCC-CCAATATATATATATATATAATATAATTACACAAACGATACAAA-CATGCTGGTGTTT---------T-CC-AT--ACATTCT----------GGTTATA----AC------------A-----------AT------------GTA--TATA--A-------------TTTACA-----A---TCT------T---------ACCTGATATTTACA----TACAC------AT--CAACACAGTCTCCATAACTTACAACATTTCGATGTTTATG----CCAA----TGAGTAAAAA-----ATCATC-TT--ATATGATAATATGAT--GAA---AAAAGTGT--A------TTATTTTT------TATG-CTG-AAAA---AGGAA---------------------------AAAAGGAA-AGATTAT-TTTTATTATT---T-AT-T--A-AC----TATTATACAGTTACC-----GAATAAT--AAT----GGA-AA--T--T-G-G-GA-AAACCAATGAA-GTAATTGC---CTCG-CC----ATTTAAATATCGTTAATAATT-AA--------TAACAGCTTTCCCAG---TGAATGA--------TATT----------TTTATTAATAGTTT-AACGGAGAAAAAGTCTTCATTTTG-TTTCAAGAATTTCTATTTTGTCATGTTT-AA--Gtagaactccttttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttcttaatttaagtaattatactagaattgatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------TTTTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CG-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAATC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-GAAA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-GAAAAATGTTTCATTTTT---TTA--T--A-AA----C----TATTATATAGCTACCGAATAAT--AAT----GGA-AA--T--A-A-T-AG-AAA--AA----------TGTTTCCTCGGAC----TTGTCAATATCGTTAATAATT-CA--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAA--------TA--GT--------TTT-----TATTT---------ATAA----------------TCATGAATCTCTAGTTTGTAATGTTT-AC--GGGC-TATTTCCCGTTCTATCTCGATTCTTTC----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AGTTGTATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ------TTTT-TAACAATAT-AATGGAAA-AATGTCTCCATTTTG-TTTCGTACATTTCTTATTTGCCATGTTT-AA--GAGT-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTGTTAGGAAT-----A--TATATTtttgaacccttttcgtgatatgcttacaaataaaacatatttacacatatttgaatatttgtttttaattatttttaccaggattgtttgttagaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgaatatgtcgataacgaccaacgttttaaacaaaaagaaacacagct-AAAA---AAAAAAA---AAAAAAAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTagaactaatgttttttatttgctcacaaaatttaaatattttgtacatttacgaatacagttttataaatttaagtaattatgctagaatttatttgttataattcgaaagggatttctgtcttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aAA-GA--A--A-A-G-AGTGAA--AA--AA-G----TGA---CTCACCTTTGAATGTATATATCGTAAAAACGT-AC--------TA-CAGCTTCCCTA-TTTTGAAAAAAAAA----CAACACCAAAAAACTTTT-TAACATTAT-AATGGAGACATATTCTCT-TTTTACTTTCATGAATTTCTAGTGTGTCATGTTTAAA--AAGC-TATT----------TCTCGATTCTTCTTTAATTGCACATA-TTTTT--GAACGAATAAATTGTttga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acagtaaacgaacaaccTTTTTTGTGATTAAACTTTTAT----TTCATTAATGTAT---------GTATATTATTAGATAAATATTACAAAACTTGTTAATGTTT---------T-TC-AT---CAATCT----------GGTAATA----AT------------A-----------ATG-----------TTG--TATACAA-------------TT--CA-----CATCTTTACTTGAT---------A------ATT-GCA----AATAT------AT--CAACACAGTCTTGATAACAAATAACATCCCAATGTTTTTG----TCAA----TACGTAAAAA-----ATCGCC-TTA-AAATGATAATATGAT----A---AACA--G---A------TT-TATTTGAAATGTTTGATTG-AAtggtactctattttgtgattagaaaatttagaatacattgcacttataagata
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTAT---------CAATATTAAAATATAAACGGTACAAAACATGTTTATGCTTACATAATTAT-TTTATTGATAATGT----------AAATGTAGTATAT------------A-----------AT------------TCA--CTTA--A-------------TT---------A---TTTAGA---T---------A------ATTTGCA----GATATCCTAGTAT--CAAGAAAGTCCCAGTAACAA----CATATCGATGTTTGTGTCATCTAA----TAAGT-AATA-----ATCCGC-CTtgattaataaaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       attgTTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCACCAATATAT---------CAAAAAGGTTACCTAAACGATACAAATCATGTGAACG-TT---------T-TCCAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------AATGTTGAATATAT------------TCA--CATA--A-------------AT--CA-----A---TTT------T---------T------TTT-GCtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGC---CTCGACC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CA--------TAACActcgaccatgtaaatatcgttaacaattcataaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttttttgtaattcaacttttatttcaccaatatatcaaaaaggttacctaaacgatacaaatcatgtgaacgttttccatacattctggttataataatgttgaatatattcacataaatcaatttttt----TGTAT------AT--CAATACAGTCTCAAT----AACAACATCTCCACGTTTGTG----CCAA----TATGTACTAA-----TTCGCC-TTT-AAATGATTGCAT-------------TA--ATTGA------TT-GTTTT------TT---TTA-AAAACAGAAGAGAC---AAAAATGAGAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatTTTATGTAATTCAACAATGTAT---------CGATATTAATCTATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------A-TTTAC--ATAATAT----------GGTTACA----AT------------A-----------GTA-----------TCGTATATA--A-------------CT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------ATT-GTA----TATAT------AT--CAACACAGTTTCAATAAC--AC--CATCTCGATGTTTTAG----CGAGAGTTTGA-TGAACATTTGTATTTTT-TTACAAAGAATAA--------AAA---AAGA--AT--A------TT-TTTATCA----TTTA-TTtatgtttttatcattaattactagtaact
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A----CAAAGAATAAAAAA-AGAATAT-TTTTATCATT---T-A--TTTG-CC----T--------------------AA-AAT--AGTTGCCGAA-CA--ACCACA-G-AA-AGATTGA--AA-C--A--GT---TTCAACG----ATGTAAATATCGAAAACATTTATCATATATAATAACAGCTTTCCAAGTTTTGAACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTT-TGATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTTG-TTTCATACATTTCTAATTTGTCATGTTT-AATAGAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTTCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTTtgcctaaaatagttgccgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaacgatgtaaatatcgaaaacatttatcatatataataacagctttccaagttttgaacaaaaaagaaacacagcttttttgatattctaatggaataatgtctccattttgtttcatacatttctaatttgtcatgtttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttcttttcatatatttgttaacaaatatattttagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|20                         :                                                                                                                                                                   tttatgtaattcaacaatgtatcgatattaatctataaacgatacaaaacatgttaatgtttatttacataatatggttacaatagtatcgtatataactcacagatatttttacttaagcaattgtatatatatcaacacagtttcaataacaccatctcgatgttttagcgagagtttgatgaacatttgtatttttttTTTTTTTATTTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAtagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ------T---------A------ATT-A-A----TGTAT------AT--CAACACAGTTTCAAT----AACAACATCTCGATGTTTgtgaaatctaacttgctctttgtaaac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatcgtatttaatgTTTTGTAACTCAACTTTCAT----TTCACCAATGTAT---------CAATTTTATTACATAAACGATACAAAACATGTT----TTT---------T-TTCAT--ACATTTTCATACATAATAGTTATA----AT------------A-----------ATGTTGCATATAATTCA--TATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------G---------A------TTT-GCA----TATAT------ATATCAACACAGACTCAATAACAAACATCATCTCGATGATTTTG----CCAG----TTAGTGAAAA-----ATCGAC-TTA-TAACGATAATATGATGAAAA---AATA--AT--GCG----TT-TTATT------TTTG-TTG-AAAA---AAGA---------------------------GAAAAGAAA-AGAAGAA-TTTGATTTTT---C-A--T--TTAC----TATTATATAGTAAGT-----GAATAAT--AAT----GGA-AA--A--A-GTG-AA-AAA--CA--AT-A--ATTGT---GTCGACG----ATGTAAATGTCGTTAACAATT-TG--------TAGCAGCTTTCCCAATTTTGAATAC--------TTTTTTCA------TTTA-TACTATTTTTAACGGAGAAAATATCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAGTTTGTTATGTTT-GA--GAAC-TATTTCTCGTATTATCTCCATTCTTCT----TTCCGTATACTTTTT--GAAC-----AATTGTAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--T------TT-TTTTT------TTTT-TTTTAAAA---AAAAAAC---AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TTG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGATAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTATCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTttga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCAT-----TAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAATCTGACAC-AT--AGGAAGGT----------------G-TTT-AAAA---AAAAAA-----AAAACAAAAAAA---CAAAAGAAAAGAAAAGGAAGAT-TTTGATGTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTGTC-TTTAGCTTATAT----TTCTTTAATGTAT---------TAATATTTATACATAAATGATACAAAACATATCAATTTTT---------T-TTTAT--ATAT-CT----------GGTTATA----ATGATGTTGTATCTA-----------AT------------TT----ATA--GATACTGATATATTTT--CA-----T---TTT------TTACTTGAT-A------ATT-GCACATATATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAATATCATCTCGATGTTTTAG----CCAA----TAAGTAAACA-----ATTCACATTA-TGATGATAAC----T--AGA---A----------------------TT------TTT-------AAA---AAAAAACTCAAAAAAAAAAAAA----AAAAAAAAGAGAAG-AGAATAT-TTTGATTATTATAT-AG-T--A-ACCAAAT----TATCAT---------GGA-ACG--TGT----GAA------------G-AA-AAA--AT--AATA--ATTGC---CTTGCCC----ATGTAAAAATTGGCAAAAATT-TA--------TAACGGCTTTCCCAGTTTTGAATAA--------TATT-TC--------TTA-TAACAGTTT-GACGGAG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatatcaaggacagtaacatgaaacaaaacacttgaggta------T---------A------ATT-A-A----TGTAT------AT--CAACACAGTTTCAATAACA----ACATCTCGATGTTTGTG----CCAA----TAAGTAAAAT-----GTCGCT-TTT-TAGTGAGAGTTTGAT--G--------A--AC--A------TT-TGTAT------TTTT-TT-----------------------ACAAAGAA----T-------AAAAAA-ATAATAT-TTTTATCATT---T-ATTT--G--C----T----TAACAT--------------AGTTACT----GAACAACCA--C-A-G-AA-AGATTGA--AA-C--A--GT---TTCACCG----ATGTAAATATCGTAAACATTTATCATATATAGTAACAGCTTTCCAAGTTTTGAAggatgcgtttaacaatttagaatttccagtatgtgaaatgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatgA--GAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATATTTGTT--AAccaaaaagaaacacagcttttttttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttctttccatatatttgttaactcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt
gi|9                          : tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatgtaattaatgtatatcaacacagtttcaataacaacatctcgatgtttgtgccaataagtaaaatgtcgctttttagtgagagtttgatgaacatttgtatttttttacaaagaataaaaaaataatatttttatcatttatttgcttaacatagttactgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaccgatgtaaatatcgtaaacatttatcatatatagtaacagctttccaagttttgaaccaaaaagaaacacagcttttttttaatTTTTTTGTTATTTAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATAGTA---CATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TT-AT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCA--CAAA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------T------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATTTTGATGCCTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCGAC-TTA-AAATGATAATATGAT--GAA---AATA--------------T-TGTTT------TTTG-TTG-AAAT---AAAAAAG---AAGAA--------------AAGAAAA------GAAGAT-TTTGATTTAT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA--------------AG-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATTTAAATATCGTTAACAATG-CA--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAT--------TATTTTCA------TTTA-TAATATTTT-CACGGAGAAAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--AAGCTTTTTTCTAGTTCTTTCTCGATTCTTCT----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AAATGTATTTctcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111                                        111111111                1111111111             33333333333333333333333333333333333333         2222222222222222      222222222   33333333333333333333333                                                                                                                            22222222222222222222        111111                    222222222222222222222222222                                  11            1111      222222222            1111      1111111          11                                                  33333333333                        222222222    1111111111                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 6666             111111111        1                      0        222222222 3  4  44       3333333333       6666  00000000000000000000000000000000000000   44    2222222222222222  44  000000000   88888888888888888888888   5   5555     777777  77                  2                     6666    6666     0    77777   22 5  33          0    555  77777777777777777777  3 2   333333   77  99    555    000000000000000000000000000     1   3    0  3       1  555 3 00 6666  6666 3333   2  555555555   9   44   3333   55 3333333 2 2  2   55  33  666666   444    3  5555                     55555555555                        999999999    0000000000   44         2      0 1  3            3                            3  88    3                           7777               44    99999  0       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ....             .........        .                      .        ......... .  .  ..       ..........       ....  ......................................   ..    ................  ..  .........   .......................   .   ....     ......  ..                  .                     ....    ....     .    .....   .. .  ..          .    ...  ....................  . .   ......   ..  ..    ...    ...........................     .   .    .  .       .  ... . .. ....  .... ....   .  .........   .   ..   ....   .. ....... . .  .   ..  ..  ......   ...    .  ....                     ...........                        .........    ..........   ..         .      . .  .            .                            .  ..    .                           ....               ..    .....  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 5555             444444444        9                      2        333333333 1  6  22       5555555555       5555  77777777777777777777777777777777777777   22    8888888888888888  22  888888888   11111111111111111111111   3   7777     777777  33                  5                     1111    1111     4    11111   00 7  88          6    555  33333333333333333333  1 2   111111   88  00    888    888888888888888888888888888     0   1    8  1       0  444 1 44 8888  5555 1111   3  444444444   2   22   1111   44 6666666 9 9  9   77  99  444444   777    6  7777                     77777777777                        888888888    8888888888   88         9      1 9  8            3                            3  55    3                           1111               66    11111  3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAN--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
Reference ( family-119 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAN--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAA----TTCAACAATGTAT---------CAATATTAATATATAAACGATACAAAAAATGTTAATGTTT---------A-TTTGC--ATAATAT----------GGTTACA----AT------------A-----------GTA-----------TCG--TATATAA-------------TT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------ATT-GTA----TATAT------ATATCAACACAGTTTCAATAAC------------GATGTGTGTG----TCAA----TAAGTAAAAT-----GTCGCCATTT-TAGTAAGAGTTTGAT--GAA----------C--A------TT-TGTAT------TTT--TT-----------------------ACAAAGAA----TAAA--AAAA-------AATAT-TTTTATCATT---T-A--T----------T----TGC--T---------TAA-CAT--AGTTACCGAA-CA--ACCACA-G-AA-ATATTGA--AA-C--A--GT---TTCACCG----ATGTAAATATCGTAAACATTTATCATATATAATAACAGCTTTCCAAGTTTTGAACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTT-TAATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTCG-TTTCATACATTTCTAATTTGTCATGTGT-AATAAAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTATTCT----TTCCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atgTTGGTAATTCAACTTTAAT----TCC-CCAATATATATATATATATAATATAATTACACAAACGATACAAA-CATGCTGGTGTTT---------T-CC-AT--ACATTCT----------GGTTATA----AC------------A-----------AT------------GTA--TATA--A-------------TTTACA-----A---TCT------T---------ACCTGATATTTACA----TACAC------AT--CAACACAGTCTCCATAACTTACAACATTTCGATGTTTATG----CCAA----TGAGTAAAAA-----ATCATC-TT--ATATGATAATATGAT--GAA---AAAAGTGT--A------TTATTTTT------TATG-CTG-AAAA---AGGAA---------------------------AAAAGGAA-AGATTAT-TTTTATTATT---T-AT-T--A-AC----TATTATACAGTTACC-----GAATAAT--AAT----GGA-AA--T--T-G-G-GA-AAACCAATGAA-GTAATTGC---CTCG-CC----ATTTAAATATCGTTAATAATT-AA--------TAACAGCTTTCCCAG---TGAATGA--------TATT----------TTTATTAATAGTTT-AACGGAGAAAAAGTCTTCATTTTG-TTTCAAGAATTTCTATTTTGTCATGTTT-AA--Gtagaactccttttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttcttaatttaagtaattatactagaattgatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------TTTTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CG-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAATC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-GAAA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                A-GAAAAATGTTTCATTTTT---TTA--T--A-AA----C----TATTATATAGCTACCGAATAAT--AAT----GGA-AA--T--A-A-T-AG-AAA--AA----------TGTTTCCTCGGAC----TTGTCAATATCGTTAATAATT-CA--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAA--------TA--GT--------TTT-----TATTT---------ATAA----------------TCATGAATCTCTAGTTTGTAATGTTT-AC--GGGC-TATTTCCCGTTCTATCTCGATTCTTTC----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AGTTGTATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ------TTTT-TAACAATAT-AATGGAAA-AATGTCTCCATTTTG-TTTCGTACATTTCTTATTTGCCATGTTT-AA--GAGT-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTGTTAGGAAT-----A--TATATTtttgaacccttttcgtgatatgcttacaaataaaacatatttacacatatttgaatatttgtttttaattatttttaccaggattgtttgttagaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgaatatgtcgataacgaccaacgttttaaacaaaaagaaacacagct-AAAA---AAAAAAA---AAAAAAAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTagaactaatgttttttatttgctcacaaaatttaaatattttgtacatttacgaatacagttttataaatttaagtaattatgctagaatttatttgttataattcgaaagggatttctgtcttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aAA-GA--A--A-A-G-AGTGAA--AA--AA-G----TGA---CTCACCTTTGAATGTATATATCGTAAAAACGT-AC--------TA-CAGCTTCCCTA-TTTTGAAAAAAAAA----CAACACCAAAAAACTTTT-TAACATTAT-AATGGAGACATATTCTCT-TTTTACTTTCATGAATTTCTAGTGTGTCATGTTTAAA--AAGC-TATT----------TCTCGATTCTTCTTTAATTGCACATA-TTTTT--GAACGAATAAATTGTttga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acagtaaacgaacaaccTTTTTTGTGATTAAACTTTTAT----TTCATTAATGTAT---------GTATATTATTAGATAAATATTACAAAACTTGTTAATGTTT---------T-TC-AT---CAATCT----------GGTAATA----AT------------A-----------ATG-----------TTG--TATACAA-------------TT--CA-----CATCTTTACTTGAT---------A------ATT-GCA----AATAT------AT--CAACACAGTCTTGATAACAAATAACATCCCAATGTTTTTG----TCAA----TACGTAAAAA-----ATCGCC-TTA-AAATGATAATATGAT----A---AACA--G---A------TT-TATTTGAAATGTTTGATTG-AAtggtactctattttgtgattagaaaatttagaatacattgcacttataagata
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTAT---------CAATATTAAAATATAAACGGTACAAAACATGTTTATGCTTACATAATTAT-TTTATTGATAATGT----------AAATGTAGTATAT------------A-----------AT------------TCA--CTTA--A-------------TT---------A---TTTAGA---T---------A------ATTTGCA----GATATCCTAGTAT--CAAGAAAGTCCCAGTAACAA----CATATCGATGTTTGTGTCATCTAA----TAAGT-AATA-----ATCCGC-CTtgattaataaaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       attgTTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCACCAATATAT---------CAAAAAGGTTACCTAAACGATACAAATCATGTGAACG-TT---------T-TCCAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------AATGTTGAATATAT------------TCA--CATA--A-------------AT--CA-----A---TTT------T---------T------TTT-GCtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTGC---CTCGACC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CA--------TAACActcgaccatgtaaatatcgttaacaattcataaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttttttgtaattcaacttttatttcaccaatatatcaaaaaggttacctaaacgatacaaatcatgtgaacgttttccatacattctggttataataatgttgaatatattcacataaatcaatttttt----TGTAT------AT--CAATACAGTCTCAAT----AACAACATCTCCACGTTTGTG----CCAA----TATGTACTAA-----TTCGCC-TTT-AAATGATTGCAT-------------TA--ATTGA------TT-GTTTT------TT---TTA-AAAACAGAAGAGAC---AAAAATGAGAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatTTTATGTAATTCAACAATGTAT---------CGATATTAATCTATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------A-TTTAC--ATAATAT----------GGTTACA----AT------------A-----------GTA-----------TCGTATATA--A-------------CT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------ATT-GTA----TATAT------AT--CAACACAGTTTCAATAAC--AC--CATCTCGATGTTTTAG----CGAGAGTTTGA-TGAACATTTGTATTTTT-TTACAAAGAATAA--------AAA---AAGA--AT--A------TT-TTTATCA----TTTA-TTtatgtttttatcattaattactagtaact
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A----CAAAGAATAAAAAA-AGAATAT-TTTTATCATT---T-A--TTTG-CC----T--------------------AA-AAT--AGTTGCCGAA-CA--ACCACA-G-AA-AGATTGA--AA-C--A--GT---TTCAACG----ATGTAAATATCGAAAACATTTATCATATATAATAACAGCTTTCCAAGTTTTGAACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTT-TGATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTTG-TTTCATACATTTCTAATTTGTCATGTTT-AATAGAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTTCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTTtgcctaaaatagttgccgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaacgatgtaaatatcgaaaacatttatcatatataataacagctttccaagttttgaacaaaaaagaaacacagcttttttgatattctaatggaataatgtctccattttgtttcatacatttctaatttgtcatgtttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttcttttcatatatttgttaacaaatatattttagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|20                         :                                                                                                                                                                   tttatgtaattcaacaatgtatcgatattaatctataaacgatacaaaacatgttaatgtttatttacataatatggttacaatagtatcgtatataactcacagatatttttacttaagcaattgtatatatatcaacacagtttcaataacaccatctcgatgttttagcgagagtttgatgaacatttgtatttttttTTTTTTTATTTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAtagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ------T---------A------ATT-A-A----TGTAT------AT--CAACACAGTTTCAAT----AACAACATCTCGATGTTTgtgaaatctaacttgctctttgtaaac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatcgtatttaatgTTTTGTAACTCAACTTTCAT----TTCACCAATGTAT---------CAATTTTATTACATAAACGATACAAAACATGTT----TTT---------T-TTCAT--ACATTTTCATACATAATAGTTATA----AT------------A-----------ATGTTGCATATAATTCA--TATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------G---------A------TTT-GCA----TATAT------ATATCAACACAGACTCAATAACAAACATCATCTCGATGATTTTG----CCAG----TTAGTGAAAA-----ATCGAC-TTA-TAACGATAATATGATGAAAA---AATA--AT--GCG----TT-TTATT------TTTG-TTG-AAAA---AAGA---------------------------GAAAAGAAA-AGAAGAA-TTTGATTTTT---C-A--T--TTAC----TATTATATAGTAAGT-----GAATAAT--AAT----GGA-AA--A--A-GTG-AA-AAA--CA--AT-A--ATTGT---GTCGACG----ATGTAAATGTCGTTAACAATT-TG--------TAGCAGCTTTCCCAATTTTGAATAC--------TTTTTTCA------TTTA-TACTATTTTTAACGGAGAAAATATCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAGTTTGTTATGTTT-GA--GAAC-TATTTCTCGTATTATCTCCATTCTTCT----TTCCGTATACTTTTT--GAAC-----AATTGTAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--T------TT-TTTTT------TTTT-TTTTAAAA---AAAAAAC---AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TTG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGATAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTATCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTttga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCAT-----TAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAATCTGACAC-AT--AGGAAGGT----------------G-TTT-AAAA---AAAAAA-----AAAACAAAAAAA---CAAAAGAAAAGAAAAGGAAGAT-TTTGATGTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCATTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTGTC-TTTAGCTTATAT----TTCTTTAATGTAT---------TAATATTTATACATAAATGATACAAAACATATCAATTTTT---------T-TTTAT--ATAT-CT----------GGTTATA----ATGATGTTGTATCTA-----------AT------------TT----ATA--GATACTGATATATTTT--CA-----T---TTT------TTACTTGAT-A------ATT-GCACATATATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAATATCATCTCGATGTTTTAG----CCAA----TAAGTAAACA-----ATTCACATTA-TGATGATAAC----T--AGA---A----------------------TT------TTT-------AAA---AAAAAACTCAAAAAAAAAAAAA----AAAAAAAAGAGAAG-AGAATAT-TTTGATTATTATAT-AG-T--A-ACCAAAT----TATCAT---------GGA-ACG--TGT----GAA------------G-AA-AAA--AT--AATA--ATTGC---CTTGCCC----ATGTAAAAATTGGCAAAAATT-TA--------TAACGGCTTTCCCAGTTTTGAATAA--------TATT-TC--------TTA-TAACAGTTT-GACGGAG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatatcaaggacagtaacatgaaacaaaacacttgaggta------T---------A------ATT-A-A----TGTAT------AT--CAACACAGTTTCAATAACA----ACATCTCGATGTTTGTG----CCAA----TAAGTAAAAT-----GTCGCT-TTT-TAGTGAGAGTTTGAT--G--------A--AC--A------TT-TGTAT------TTTT-TT-----------------------ACAAAGAA----T-------AAAAAA-ATAATAT-TTTTATCATT---T-ATTT--G--C----T----TAACAT--------------AGTTACT----GAACAACCA--C-A-G-AA-AGATTGA--AA-C--A--GT---TTCACCG----ATGTAAATATCGTAAACATTTATCATATATAGTAACAGCTTTCCAAGTTTTGAAggatgcgtttaacaatttagaatttccagtatgtgaaatgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatgA--GAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATATTTGTT--AAccaaaaagaaacacagcttttttttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttctttccatatatttgttaactcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt
gi|9                          : tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatgtaattaatgtatatcaacacagtttcaataacaacatctcgatgtttgtgccaataagtaaaatgtcgctttttagtgagagtttgatgaacatttgtatttttttacaaagaataaaaaaataatatttttatcatttatttgcttaacatagttactgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaccgatgtaaatatcgtaaacatttatcatatatagtaacagctttccaagttttgaaccaaaaagaaacacagcttttttttaatTTTTTTGTTATTTAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATAGTA---CATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TT-AT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCA--CAAA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------T------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATTTTGATGCCTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCGAC-TTA-AAATGATAATATGAT--GAA---AATA--------------T-TGTTT------TTTG-TTG-AAAT---AAAAAAG---AAGAA--------------AAGAAAA------GAAGAT-TTTGATTTAT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA--------------AG-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGTCC----ATTTAAATATCGTTAACAATG-CA--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAT--------TATTTTCA------TTTA-TAATATTTT-CACGGAGAAAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--AAGCTTTTTTCTAGTTCTTTCTCGATTCTTCT----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AAATGTATTTctcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GTAA             ATATATATA        T                               ACATAATTA T  T  TG       CATACATAAT       GTAT  AATGTTGCATATAAT                          TA    GATACTGATATATT    TA  CAGATA      TTACTTAAGCA               T   CATA     CCTAGT  AT                  T                     TCAT    AGTT          TTTGT   AT A  AC               GAA  TCTGACACATAGGAAGG     A T   GAAATG   GA  TT    CAG    AACAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG        G   A       G       A  ATA T TT TTG   CAAA ATTA   A  ATAGCTACC   T   TT   TGCC   CA ACCAC   T A  T   CC  TG  GTAAT    TTC    T  TTGA                     ATCATATATAA                        AAAAAGAAA    ACCAAAAAAC   AT         T        A  A            C                            A  TA    T                           TTAA               AG    GAATA
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  T  .        .                .     GATGTTGTATCTAAT                          .     CAA               .   CATC        TTACTTGATA                T   .        .       .                   A                     .       .             .       TA .  A                G    AAAAGTGTA             . T   CA       G   G     .      AACTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA         G   .       .       T  .   . T  TT    .    ATTA   A  TACC        T   .    .      A  CCAC    . .  .   TT  .   TAAT     .      G  .                        ATCATATATAG                        AAAAA        GTCA         A          .        T  T            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  C  .        .                .     AATGTTGAATATAT                           .     A                 .   A           TACCTGAT                  .   .        .       .                   A                     .       .             .       GC .  A                A    AATAATGCG             . A   .        G   G     .      ATCAAAAACAAAAAACAGAG            G   .       .       T  .   . G  A     .    .      T  AAGT        T   .    .      A  TT      . .  .   TT  .   GAT      .      T  .                        AA                                 A            GTCA         T          .        T  A            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                A                               .         .  T  .        .                .     AATG                                     .     G                 .   G           ACTTGATA                  .   .        .       .                   A                     .       .             .       CG .  T                A    AACAATA               . T   .        A   G     .      AAAAAAAAAAAAAAACAGAG            A   .       .       T  .   . .  G     .    .      A  .           .   .    .      A  AA      . .  .   .   .   GAT      .      C  .                        CC                                 T            TTCA         A          .        T  A            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  C  .        .                .     AGTA                                     .     A                 .   A           AGATA                     .   .        .       .                   A                     .       .             .       GC .  A                A    TAATTGA               . T   .        G   A     .      AACAAAAACAAAAAACAGAG            G   .       .       A  .   . .  A     .    .      A  .           .   .    .      A  TA      . .  .   .   .   AAT      .      A  .                        CA                                 A            GTCA         T          .        C  T            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                A                               .         .  T  .        .                .     AAT                                      .     A                 .   A           TA                        .   .        .       .                   A                     .       .             .       TT .  A                A    AAGAATA               . T   .        T   G     .      AAAAAACAAAAAAACAAAA             G   .       .       T  .   . .  G     .    .      A  .           .   .    .      G  AA      . .  .   .   .   GAT      .      A  .                        CC                                 T            GTCA         T          .        T  T            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  T  .        .                .     AAT                                      .     A                 .   G           TT                        .   .        .       .                   A                     .       .             .       GA .  A                A    AACAATT               . T   .        G   G     .      AAGAAGAAAA                      G   .       .       T  .   . .  G     .    .      A  .           .   .    .      C  AA      . .  .   .   .   GAT      .      A  .                        AC                                 C            GTCA         A          .        A  A            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  T  .        .                .     AAT                                      .     G                 .   G           TA                        .   .        .       .                   A                     .       .             .       TA .  A                A    AACAATA               . T   .        G   T     .      ACAAAGAAT                       G   .       .       T  .   . .  G     .    .      A  .           .   .    .      A  AA      . .  .   .   .   GAT      .      T  .                        CA                                 T            TTCA         A          .        T  A            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  T  .        .                .     AAT                                      .     G                 .   G           GA                        .   .        .       .                   A                     .       .             .       TA .  A                G    AACAGA                . G   .        T   G     .      A                               G   .       .       T  .   . .  G     .    .      C  .           .   .    .      A  AA      . .  .   .   .   GAT      .      T  .                        TG                                 T            GCT          A          .        T  A            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  .  .        .                .     AAT                                      .     G                 .   G           TA                        .   .        .       .                   A                     .       .             .       TA .  T                G    AACA                  . G   .        G   .     .      .                               A   .       .       A  .   . .  A     .    .      C  .           .   .    .      A  AA      . .  .   .   .   CA       .      T  .                        CC                                 T            GT           A          .        T  A            .                            .  .     .                           .                  .     .    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                T                               .         .  .  .        .                .     AAT                                      .     G                 .   T           TA                        .   .        .       .                   A                     .       .             .       CA .  A                .    AATA                  . .   .        .   .     .                                      .   .       .       A  .   . .  G     .    .      A  .           .   .    .      A  AA      . .  .   .   .   CA       .      C  .                        CC                                 A            TC           A          .        A  .            .                            .  .     .                           .                  .          
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .                .                A                               .         .  .  .        .                .     AAT                                      .     G                 .   G           TA                        .   .        .       .                   .                     .       .             .       GC .  .                .    A                     . .   .        .                                                    .       .       T  .   . .  G     .    .      .  .           .   .    .      .  .       . .  .   .   .   G        .      C  .                        CC                                 T            .            A          .        .                                               .                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .                .                                                                                                                                                                TA                        .   .        .       .                   .                     .       .             .       GA .                                                                                                                                                                                               .  .       . .  .   .   .   .        .      T  .                        TA                                                           .          .                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT                        .   .        .       .                   .                                                                                                                                                                                                                                                                                           .      .  .                        CA                                                                                                                                                                                               


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AAT***********************************         G***************      G********   TA*********************                        **                                                                                                  AACAATA*************                 G*  G*           AAAAAAAAAAAAAAACAGAG*******                                     G***                                      ****      AA*****          **      GAT***                                      CN*********                        T********    GTCA******                                                                       **
originalCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAC---AAAAACAAAAAA----CAGAGGAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AA--A--A-A-G-AA-AAA--AA--AA-G--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCGTTAACAATT-CC--------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAN--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
finalCons                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----ATAAT-----------------------------------TCG--CATAG---------------TT--CAG--------TTTTA---------------------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAAAACAATA-------------TT-TTTTT------TTTG-TTG-AAAA---AAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG-------GAAAAGAAA-GGAAGAT-TTTGATTTTT---T-A--TG---AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-AAAA-----A-G-AA-AAA--AA--AAGAT---TGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCGTTAACAATTCN---------TAACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  111111111                                        111111111                1111111111             33333333333333333333333333333333333333         2222222222222222      222222222   33333333333333333333333                                                                                                                            33333333333333333333        111111       11111       1111                111                                      111111111111111      222222222            1111      1111          11                                                      11111111  111111                             333333333    1111111111                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 6666             111111111        1                      0        222222222 3  4  44       3333333333       6666  00000000000000000000000000000000000000   44    2222222222222222  44  000000000   88888888888888888888888   5   5555     777777  77                  2    0                6666    6666     0    77777   22 5  33          0    555  22222222222222222222  3 2   333333   55  11111    1  0000      0         000 1     999999   0  3       3    3 888 555555555555555   2  555555555   9   44   3333   2  4444 2 2  2   55 2 33   4444   444    3  5555            8888888      77777777  333333  1  33                      333333333    0000000000   44         2      0 1  3            3                            3  88    3                           7777               44    99999  0       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ....             .........        .                      .        ......... .  .  ..       ..........       ....  ......................................   ..    ................  ..  .........   .......................   .   ....     ......  ..                  .    .                ....    ....     .    .....   .. .  ..          .    ...  ....................  . .   ......   ..  .....    .  ....      .         ... .     ......   .  .       .    . ... ...............   .  .........   .   ..   ....   .  .... . .  .   .. . ..   ....   ...    .  ....            .......      ........  ......  .  ..                      .........    ..........   ..         .      . .  .            .                            .  ..    .                           ....               ..    .....  .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 5555             444444444        9                      2        333333333 1  6  22       5555555555       5555  77777777777777777777777777777777777777   22    8888888888888888  22  888888888   11111111111111111111111   3   7777     777777  33                  5    9                1111    1111     4    11111   00 7  88          6    555  99999999999999999999  1 2   111111   22  00000    1  4444      4         777 0     555555   8  1       1    1 555 111111111111111   3  444444444   2   22   1111   4  9999 9 9  9   77 9 99   1111   777    6  7777            7777777      00000000  000000  0  77                      000000000    8888888888   88         9      1 9  8            3                            3  55    3                           1111               66    11111  3       
consensus                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TT----GAAAAAAA----AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAG-AAAGGAAGAT-TTTGATT-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-G-AA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCG-------TTAACA--------AT------TCGTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAN--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
Reference ( family-119 )      :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCGATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCNNC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TT----GAAAAAAA----AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAG-AAAGGAAGAT-TTTGATT-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-G-AA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGNCC----ATGTAAATATCG-------TTAACA--------AT------TCNTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TAA----TTCAACAATGTAT---------CAATATTAATATATAAACGATACAAAAAATGTTAATGTTT---------A-TTTGC--ATAATAT----------GGTTACA----AT------------A-----------GTA-----------TCG--TATATAA-------------TT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------ATT-GTA----TATAT------ATATCAACACAGTTTCAATAAC------------GATGTGTGTG----TCAA----TAAGTAAAAT-----GTCGCCATTT-TAGTAAGAGTTTGAT--GAA----------C--A------TT-TGTAT------TTT--TT----------AC----AAAGAATAAAAAAAAAT-------------------AT-TTTTATC-ATTT-A---T----------T----TGC--T---------TAA-CAT--AGTTACCGAACAACCACA-G-AA-ATATTG-A--AAC--A--GT---TTCACCG----ATGTAAATATCG-------TAAACATTTATCATATA-----TAATA--ACAGCTTTCCAAGTTTTGAACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTT-TAATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTCG-TTTCATACATTTCTAATTTGTCATGTGT-AATAAAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTATTCT----TTCCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           atgTTGGTAATTCAACTTTAAT----TCC-CCAATATATATATATATATAATATAATTACACAAACGATACAAA-CATGCTGGTGTTT---------T-CC-AT--ACATTCT----------GGTTATA----AC------------A-----------AT------------GTA--TATA--A-------------TTTACA-----A---TCT------T---------ACCTGATATTTACA----TACAC------AT--CAACACAGTCTCCATAACTTACAACATTTCGATGTTTATG----CCAA----TGAGTAAAAA-----ATCATC-TT--ATATGATAATATGAT--GAA---AAAAGTGT--A------TTATTTTT------TATG-CT----GAAAAAGG----AAAAA--------------AGGAAA-------GATTAT-TTTTATT-ATTT-AT--T--A-AC----TATTATACAGTTACC-----GAATAAT--AAT----GGAAAT--T-G-G-GA-AAACCA-ATGAAGTAATTGC---CTCG-CC----ATTTAAATATCG-------TTAATA--------AT------TAATA--ACAGCTTTCCCAG---TGAATGA--------TATT----------TTTATTAATAGTTT-AACGGAGAAAAAGTCTTCATTTTG-TTTCAAGAATTTCTATTTTGTCATGTTT-AA--Gtagaactccttttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttcttaatttaagtaattatactagaattgatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------TTTTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CG-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TT----GAAAAAAA----AATCAAAAACAAAAAACAGAGGAAAAG-AAAGGAAGAT-TTTGATT-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-GAAA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCA-------TTAACA--------AT------TCCTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAA
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AGAAAAATGTTTCATT-TTTTTA---T--A-AA----C----TATTATATAGCTACCGAATAAT--AAT----GGAAAT--A-A-T-AG-AAA--A-A---------TGTTTCCTCGGAC----TTGTCAATATCG-------TTAATA--------AT------TCATA--ACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAA--------TA--GT--------TTT-----TATTT---------ATAA----------------TCATGAATCTCTAGTTTGTAATGTTT-AC--GGGC-TATTTCCCGTTCTATCTCGATTCTTTC----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AGTTGTATTT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ------TTTT-TAACAATAT-AATGGAAA-AATGTCTCCATTTTG-TTTCGTACATTTCTTATTTGCCATGTTT-AA--GAGT-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTGTTAGGAAT-----A--TATATTtttgaacccttttcgtgatatgcttacaaataaaacatatttacacatatttgaatatttgtttttaattatttttaccaggattgtttgttagaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgaatatgtcgataacgaccaacgttttaaacaaaaagaaacacagctAAAAAAA----AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAG-AAAGGAAGAT-TTTGATT-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-G-AA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCA-------TTAACA--------AT------TCCTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTagaactaatgttttttatttgctcacaaaatttaaatattttgtacatttacgaatacagttttataaatttaagtaattatgctagaatttatttgttataattcgaaagggatttctgtcttt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aAAGAA--A-A-G-AGTGAA--A-A--AAG----TGA---CTCACCTTTGAATGTATATATCG-------T-AAAA--------A--------CGTACTACAGCTTCCCTA-TTTTGAAAAAAAAA----CAACACCAAAAAACTTTT-TAACATTAT-AATGGAGACATATTCTCT-TTTTACTTTCATGAATTTCTAGTGTGTCATGTTTAAA--AAGC-TATT----------TCTCGATTCTTCTTTAATTGCACATA-TTTTT--GAACGAATAAATTGTttga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acagtaaacgaacaaccTTTTTTGTGATTAAACTTTTAT----TTCATTAATGTAT---------GTATATTATTAGATAAATATTACAAAACTTGTTAATGTTT---------T-TC-AT---CAATCT----------GGTAATA----AT------------A-----------ATG-----------TTG--TATACAA-------------TT--CA-----CATCTTTACTTGAT---------A------ATT-GCA----AATAT------AT--CAACACAGTCTTGATAACAAATAACATCCCAATGTTTTTG----TCAA----TACGTAAAAA-----ATCGCC-TTA-AAATGATAATATGAT----A---AACA--G---A------TT-TATTTGAAATGTTTGATT----GAAtggtactctattttgtgattagaaaatttagaatacattgcacttataagata
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GTAT---------CAATATTAAAATATAAACGGTACAAAACATGTTTATGCTTACATAATTAT-TTTATTGATAATGT----------AAATGTAGTATAT------------A-----------AT------------TCA--CTTA--A-------------TT---------A---TTTAGA---T---------A------ATTTGCA----GATATCCTAGTAT--CAAGAAAGTCCCAGTAACAA----CATATCGATGTTTGTGTCATCTAA----TAAGT-AATA-----ATCCGC-CTtgattaataaaa
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       attgTTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCACCAATATAT---------CAAAAAGGTTACCTAAACGATACAAATCATGTGAACG-TT---------T-TCCAT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------AATGTTGAATATAT------------TCA--CATA--A-------------AT--CA-----A---TTT------T---------T------TTT-GCtt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTGC---CTCGACC----ATGTAAATATCG-------TTAACA--------AT------TCATA--ACActcgaccatgtaaatatcgttaacaattcataaca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttttttgtaattcaacttttatttcaccaatatatcaaaaaggttacctaaacgatacaaatcatgtgaacgttttccatacattctggttataataatgttgaatatattcacataaatcaatttttt----TGTAT------AT--CAATACAGTCTCAAT----AACAACATCTCCACGTTTGTG----CCAA----TATGTACTAA-----TTCGCC-TTT-AAATGATTGCAT-------------TA--ATTGA------TT-GTTTT------TT---TT----AAAAACAG----AAGAGACAAAAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        acatTTTATGTAATTCAACAATGTAT---------CGATATTAATCTATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------A-TTTAC--ATAATAT----------GGTTACA----AT------------A-----------GTA-----------TCGTATATA--A-------------CT--CACAGATA---TTT------TTACTTAAGCA------ATT-GTA----TATAT------AT--CAACACAGTTTCAATAAC--AC--CATCTCGATGTTTTAG----CGAGAGTTTGA-TGAACATTTGTATTTTT-TTACAAAGAATAA--------AAA---AAGA--AT--A------TT-TTTATCA----TTTA-TT----tgagaatatgtttttatcattaattactagtaact
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACAAAGAATAAA-AAAAGAATAT-TTTTATC-ATTT-A---TTTG-CC----T--------------------AA-AAT--AGTTGCCGAACAACCACA-G-AA-AGATTG-A--AAC--A--GT---TTCAACG----ATGTAAATATCGAAAACATTTATCAT-------ATA-----TAATA--ACAGCTTTCCAAGTTTTGAACAAAAAAGAAACACAG-CT------TTTT-TGATATTCT-AATGGA-ATAATGTCTCCATTTTG-TTTCATACATTTCTAATTTGTCATGTTT-AATAGAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTTCATATATTTGTT---AAC-----AAATATATTTtgcctaaaatagttgccgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaacgatgtaaatatcgaaaacatttatcatatataataacagctttccaagttttgaacaaaaaagaaacacagcttttttgatattctaatggaataatgtctccattttgtttcatacatttctaatttgtcatgtttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttcttttcatatatttgttaacaaatatattttagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|20                         :                                                                                                                                                                   tttatgtaattcaacaatgtatcgatattaatctataaacgatacaaaacatgttaatgtttatttacataatatggttacaatagtatcgtatataactcacagatatttttacttaagcaattgtatatatatcaacacagtttcaataacaccatctcgatgttttagcgagagtttgatgaacatttgtatttttttTTTTTTTATTTCAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAtagaactcatttttttatttgcttgtacatttaagaataaagttttataaatttaagttattatactagaatttatttgttataattccaaagggaattctgtcttt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ------T---------A------ATT-A-A----TGTAT------AT--CAACACAGTTTCAAT----AACAACATCTCGATGTTTgtgaaatctaacttgctctttgtaaac
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tatcgtatttaatgTTTTGTAACTCAACTTTCAT----TTCACCAATGTAT---------CAATTTTATTACATAAACGATACAAAACATGTT----TTT---------T-TTCAT--ACATTTTCATACATAATAGTTATA----AT------------A-----------ATGTTGCATATAATTCA--TATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------G---------A------TTT-GCA----TATAT------ATATCAACACAGACTCAATAACAAACATCATCTCGATGATTTTG----CCAG----TTAGTGAAAA-----ATCGAC-TTA-TAACGATAATATGATGAAAA---AATA--AT--GCG----TT-TTATT------TTTG-TT----GAAAAAAG----A--------------------GAAAAG-AAAAGAAGAA-TTTGATT-TTTC-A---T--TTAC----TATTATATAGTAAGT-----GAATAAT--AAT----GGAAAA--A-GTG-AA-AAA--C-A--ATA--ATTGT---GTCGACG----ATGTAAATGTCG-------TTAACA--------AT------TTGTA--GCAGCTTTCCCAATTTTGAATAC--------TTTTTTCA------TTTA-TACTATTTTTAACGGAGAAAATATCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAGTTTGTTATGTTT-GA--GAAC-TATTTCTCGTATTATCTCCATTCTTCT----TTCCGTATACTTTTT--GAAC-----AATTGTAg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--T------TT-TTTTT------TTTT-TTTTAAAAAAAAAAC---AAAAAAAAAAAAAAAACAGAGGAAAAG-AAAGGAAGAT-TTTGATT-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-G-AA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCA-------TTAACA--------AT------TCCTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCATCATTGTAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TTG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGATAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAA---AACA--AT--A------TT-TTTTT------TTTG-TT----GAAAAAAA----AAACAAAAACAAAAAACAGAGGAAAAG-AAAGGAAGAT-TTTGATT-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-G-AA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCA-------TTAACA--------AT------TCCTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTATCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATTTttga
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTTTTGTAATTCAACTTTTAT----TTCAT-----TAT---------CAATATTATTACATAAACGATACAAAACATGATAATGTTT---------T-TTTAT--ACATTCT----------GGTTATA----CT------------A-----------AT------------TCG--CATA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------A------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATCTCCATGTTTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCTAC-TTA-AAATGATAATATGAT--AAATCTGACAC-AT--AGGAAGGT----------------G-TT----TAAAA-AA----AAAAAAAACAAAAAAACAAAAGAAAAGAAAAGGAAGAT-TTTGATG-TTTT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAAAAA--A-A-G-AA-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGTCC----ATGTAAATATCA-------TTAACA--------AT------TCCTA--ACAGCTTTCCCAGTTTTTAATAT--------TATTGTCA------TTTA-TAATATTTT-AACGGAGATAAAGTCTCCATTTTG-CTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--GAGC-TATTTCTCGTTCTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATACTTTTT--GAAC-----AATTGTATT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTTGTC-TTTAGCTTATAT----TTCTTTAATGTAT---------TAATATTTATACATAAATGATACAAAACATATCAATTTTT---------T-TTTAT--ATAT-CT----------GGTTATA----ATGATGTTGTATCTA-----------AT------------TT----ATA--GATACTGATATATTTT--CA-----T---TTT------TTACTTGAT-A------ATT-GCACATATATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAATATCATCTCGATGTTTTAG----CCAA----TAAGTAAACA-----ATTCACATTA-TGATGATAAC----T--AGA---A----------------------TT------TTTA-------AAAAAAAACTCAAAAAAAAAAAAAAAAA-AAAAGAGAAG-A---GAATAT-TTTGATTATTAT-ATAGT--A-ACCAAAT----TATCAT---------GGA-ACG--TGT----G-------A-A-G-AA-AAA--ATA--ATA--ATTGC---CTTGCCC----ATGTAAAAATTG-------GCAAAA--------AT------TTATA--ACGGCTTTCCCAGTTTTGAATAA--------TATT-TC--------TTA-TAACAGTTT-GACGGAG
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tatatcaaggacagtaacatgaaacaaaacacttgaggta------T---------A------ATT-A-A----TGTAT------AT--CAACACAGTTTCAATAACAA----CATCTCGATGTTTGTG----CCAA----TAAGTAAAAT-----GTCGCT-TTT-TAGTGAGAGTTTGAT--GAA----------C--A------TT-TGTAT------TTTT-TT----------------ACAAAGAATAAAAAAATA----------------ATAT-TTTTATC-ATTT-A---TTTG--C----T----TAACAT--------------AGTTACT----GAACAACCACA-G-AA-AGATTG-A--AAC--A--GT---TTCACCG----ATGTAAATATCG-------TAAACATTT-----ATCATATATAGTA--ACAGCTTTCCAAGTTTTGAAggatgcgtttaacaatttagaatttccagtatgtgaaatgaa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatgA--GAGC-TATTTCTTGTTTTATCTCGATTCTTCT----TTCCATATATTTGTT--AAccaaaaagaaacacagcttttttttaatagagctatttcttgttttatctcgattcttctttccatatatttgttaactcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt
gi|9                          : tacaatgcatgttaaagattattgatatcgtagaccattatgaatattaaataaaatatatattcaacatatatatcgtatttaatgtaattaatgtatatcaacacagtttcaataacaacatctcgatgtttgtgccaataagtaaaatgtcgctttttagtgagagtttgatgaacatttgtatttttttacaaagaataaaaaaataatatttttatcatttatttgcttaacatagttactgaacaaccacagaaagattgaaacagtttcaccgatgtaaatatcgtaaacatttatcatatatagtaacagctttccaagttttgaaccaaaaagaaacacagcttttttttaatTTTTTTGTTATTTAACTTTTAT----TTCATCAATGTAT---------CAATAGTA---CATAAACGATACAAAACATGTTAATGTTT---------T-TT-AT--ACATTCT----------GGTTATA----AT------------A-----------AT------------TCA--CAAA--G-------------TT--CA-----G---TTT------T---------T------ATT-GCA----TATAT------AT--CAACACAGTCTCAATAACAAACAACATTTTGATGCCTTTG----CCAG----TAAGTGAAAA-----ATCGAC-TTA-AAATGATAATATGAT--GAA---AATA--------------T-TGTTT------TTTG-TT----GAAATAAA----AAAGAAGAAAA----------GAAAA------GAAGAT-TTTGATT-TATT-A---T--G-AC----T----TATAAT---------GAA-AAG--AGT----GAA-----------AG-AAA--A-A--AAG--ATTGT---CTCGTCC----ATTTAAATATCG-------TTAACA--------AT------GCATA--ACAGCTTTCCCAGTTTTGAATAT--------TATTTTCA------TTTA-TAATATTTT-CACGGAGAAAAAGTCTCCATTTTG-TTTCATGAGTTTCTAATTTGTCATGTTT-GA--AAGCTTTTTTCTAGTTCTTTCTCGATTCTTCT----TTTCATATACTTTTT--GAAC-----AAATGTATTTctcatttttttatttgcttgtacatttaaaaatgaagttttataaatttaagtaattataccagaatttatttgttataattccaaagggaattctatttt