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Reference ( gi|1 )            :                                                       CTTCTTGAGAGCAGGGGAACTATCAA-GCCTTAATT-GGCTTTGTTATCCCCATTGAAGTC--A-AAG-TTAGCTATACACCGGTCCAGTGGTTAA------TAAATGGATAAAGTGTC-----------CAAT----CTAC-GA-T-G-CACCACA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTGAAAGTGGATTACTGTAT-----------C-------TGCCATAACTATATATTCTGGTAAT-GAATTCGAGTTATTAATAACACAACTGG-TGATGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGTTCTTGGTTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGGGTTGTAGCAAA--AGT--AAAAAGT-TCAGTGTAATCAATATCATCAGTTTTATGTAGTA-TTTTGAAAACTTG-TATTAGATCTACCC--------------A-TTGTCTCCTATATTC--CAG---TG--TTGGCAAGTTCAGTCATTCTTATCTTTGTT--TATAATCTAAACCATGGAACTCTGGTATGATCCAGGTATCTCTACGCTGGACATTTTCAACACTACGTATAG---TTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTTAGTGAGGCTCAACCAGTGCTTTATATAATGTGAGAAGGAGATCCTTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTAGATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAAAGCAGTTTACATTCTGTTCAAAGTTCAATGTGTTAGAGAACAATA
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-118 )      :                                                           CTTCTTGAGTGTAGGGGAACTATTAA-GCCCTAGTT-GGCTTTGTTATCCCCGTCGANGT----CAAAG-TTATCTATACGCCGGTCCGGTGGTTAA------TAAATGGATAAAGTGTCG---------------AATCT---AC-GA-T-G-CGCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTTAAAGTGGATTACTGTNT-----------C-------TGCCATGACTACATGTTCTGGTAAT-GAATTCCAGTTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGGTTTCACCAG-TTTANATGAATGACCTCTAATTTGCTGGGTTGTAGCAANAGT--AAAAAGN-TCAGTATAATCAATATCATCAATTTTATGTAGTA-TTTTGAAAACTTGCATTANATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTATATTCCAG-----AGTGGGCAAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTGGTATGATCCGGGTAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAANACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTACCATAGTCTAAGTNANGCCTAACCAGTNCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGNCCTACANTACTATTTGATTTGTNAACAACACAGTTCACATCCTGTTCAATATTCAATGTGTTA
gi|1                          :                                                           CTTCTTGAGAGCAGGGGAACTATCAA-GCCTTAATT-GGCTTTGTTATCCCCATTGAAGT----CAAAG-TTAGCTATACACCGGTCCAGTGGTTAA------TAAATGGATAAAGTGTCC---------------AATCT---AC-GA-T-G-CACCACA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTGAAAGTGGATTACTGTAT-----------C-------TGCCATAACTATATATTCTGGTAAT-GAATTCGAGTTATTAATAACACAACTGGTGATGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGTTCTTGGTTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGGGTTGTAGCAAAAGT--AAAAAGT-TCAGTGTAATCAATATCATCAGTTTTATGTAGTA-TTTTGAAAACTTGTATTAGATCTACCC--------------ATTGTCTCCTATATTCCAG-----TGTTGGCAAGTTCAGTCATTCTTATCTTTGTT--TATAATCTAAACCATGGAACTCTGGTATGATCCAGGTATCTCTACGCTGGACATTTTCAACACTACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTTAGTGAGGCTCAACCAGTGCTTTATATAATGTGAGAAGGAGATCCTTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTAGATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAAAGCAGTTTACATTCTGTTCAAAGTTCAATGTGTTA
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gi|11                         :                                                           tttCTTGAGTATAGGGGAAATATTCA-GCCCTAAAT-GGCTTTGTTA------TCGAATT----CGATT-TTTTCTTTATGCTGGCACGGTGATCAG------CAAATAGATAAAGCGTCGGTTACGGCTACAGTAAAGTT---AC-GGTT-T-CAACAAA----ATTTATCTAGATATAGTTTTGTTTTAAAGCGGGTTACactctacgttgacgcgagttgtccatccatagtcgtcaattgtgtatttcaattgctggtaatgactctgagtaatgcat
gi|12                         :                                                              CTTGAGTGTAGGGCAACTAGTAA-GC---------ACTTTGTTATCCCTGTTGAAGT----CAAAG-TTAACTATACGCCGGTCCTGTGGTTAATACCGGTAAATGGATAAATTGTTG---------------ACTCC---AC-AA-T-GTCGCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTTAAAGTGAATTACTGTTT-----------C-------TGCAATGAcat
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gi|15                         :                                                                                                                TCAATGT----CCAAC-TTATCTATATGCT-GTCCGGTGGTTTG------TAA----ACAAGGTGTC----------------AATCTTTAGC-GA-----CTCCAGA----TTTTACC------AAGTTCTGTTTCAAATTGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ATCAACTTGATGGCTCTTGGTTTCACCAGATTTAAAAGAATGACTCGCAATTTGCTGGGCTAGAGCAAT---------AGC-TCAGTATAATTAATATCGT
gi|17                         :                                                           CTTCTTGATTATAAGGGAACTATTAA-ACCCTAAAA-GGCAAAGTTAT-CCCATGGAAGT----CCAAT-TTATCTATTCATCGGTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atA-TCTT-AAAACATGCTATACGTCTCCCC--------------GTTGTCTT---TATTCAAC-----AGTGGGCAAGTTCAGT-ATTCCAA
gi|2                          :                                                             TCTTGAGTATAGGAGAACTATTAT-ACCCTAGTT-GGCTTTGTTTTCCC------TGT----CAAAG-TTTTCTGTACGCCAGTCTGGTGGTTAA------TAAATG-ATAACATGTTA---------------AATCT---AT-GA-T-GATGCCATA----ATTGATC------TAGTTT-GTTTTAAAGTGGATAACTGTTT-----------C-------TGATATGACTACATGTTCTAATAAT-GAATTCCAGTTATTAATAACAAGTTGGGTACTGGAATTCTGCCTTATCAAATTGTTGACTCTTGGTTTTGCCAG-TTAAAATGAATGACC-CTAATTTGCTGAGTTGTAACAAGGGT--TAATAGT-TCAGTATAATCAA-ATCATCAATTTAGTATAGTACTTTTGAAAACTTGCATTAAATATCCCC--------------CTTGTCGTCTATATTCCAGGCATGAGTGAGCAAGTTCAATCAGTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGGAATCTGGTGTGATCCGGGTAACTCAATGCTGGACATTTTCAACAATATGCAAGAT-GTCTTCTTCAGTGTTGGATACCAG---------AATGAGATAATGTTACCATAGTTTAAGTGAGGCCTAACCAGTGCTTTATATAATGTGACAACGAGATCAATGTGCATA----GAAGTGAAATTTCTTTAAATAAGTCCACCAATACTATTTGATTTGTAAACAACACAGTTTACATCTTATT
gi|20                         :                                                                  AGTGTAGGGGAA-TATTAA-GCCGTAGTT-GGCTTTGTTATTCCCTTCGA
gi|3                          :                                                           CTTCTTGAGTGTAGGGGGACAATTAA-GTTCTAGTT-GGCTTTGTTATCTCCGTCAATGT----CAAAG-TTAGCTATACGCCGGTCAGGTGGTTA-------------GATAAGGTGCCG---------------AATCG---AC-GA-T-GACGCCAGA----ATTTGTC------TAGTTCCGTTTTGAAGTGGATTACTGTATGTTA-------CATGTATATGCCACGACTATATGTTCTAGTAAT-GCATTCCAGTTATCTATAACACAATGGG-GGAGAAAATTTGTCTTATTAATTTGTTGGCTCTTG-TTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGAGTTGTAGCAATAGT--AAAAAAAATCAGTATAATCAATATCATCAAATTTATGCATGA-TTTTAAAAACTTGCATTACATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTTTATTCCAG-----AGTAGGTTAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTAGTATGACCCGGGAAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAAAACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTAAATCATGCCTAACCAATTCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGATCTACACTACT
gi|4                          :                                                          gtTTCTTGAGTGTAGGGGGACTATTAA-GTTCTAGTT-GGCTTTGTTATCCCCGTCAATGT----CAAAG-TTAGCTATACGCCGGTCAGGTGGTTA-------------GATAAGGTGTCG---------------AATCG---AC-GA-T-GACGCCAGA----ATTTGTC------TAGTTCCGTTTTGAAGTGGATTACTGTATGTTACATGTATC-------TGCCACGACTATATGTTCTAGTAAT-GCATTCCAGTTATCTATAACACAATGGG-GGAGAAAATTTGTCTTATTAATTTGTTGGCTCTTG-TTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGAGTTGTAGCAATAGT--AAAAAAA-TCAGTATAATCAATATCATCAAATTTATGCATGA-TTTTAAAAACTTGCATTACATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTTTATTCCAG-----AGTAGGTTAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTAGTATGACCCGGGAAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAAAACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTAAATCATGCCTAACCAATTCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGATCTACACTAC
gi|5                          :                                                           CTTCTTGAGTGT-------TTACCAA-GACCTAGTA-GGCTTTGTTATCTATGTTGAATT----CAAAG-TTATCTATACACCAGTCTGGTGGTTAA------TAAATGGATAAAGTTTTG---------------AATCT---AC-GA-T-G-------A----ATTTATC------TGGTTCTATTTTAAAGTGGATTACTGTAT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTGGTAATTAAATTCCAGTTTTTAATAGTATGATGGATGAAGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGATTTTACCGG-TTAATATGAATGACCTCTAATTTACTGGGTTGTAGCAACAGT--GAAATGT-TCAGTGTAATCAATATCATCAATTTCAAGTAGTA-TTTTGAAAACTTGTATTAGAACT--CA--------------GTTATCTCCTATATCTCAG-----AGTTGGCAATTTTAGTCGTTCTACTCTTTGTTTATATAATCTAAACCACGGAACTCTGGTATGATTCAAGTAGTCATACGCTGAAGTTTTTCA--------TA---TAGTTTTCTTCAATGTGGGGTACCAG---------A------TAATGTTACCAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gtTAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAAGTATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGGTTTCACAAG-TTTATATGAAGGA----TAATTTGCTGGGTTGTAGCAATAGTTAAAAAAAA-TCAGTGTAATCAATATCATCAGTTTT---TAGTA-TTTTGAAAATTTTTAGTAGATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTGACTCCTATATTCCAC-----AGTGAGCAAGTTCAATTATTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAA-CCATTGAAATCTGGTTTGATCCAGGTAGCTTT-----------CTTCAACGATATGTA---TAATTTTGTTCAGTGTAGGGT-CTAGGGTACATCTA------TAATGTTACCATAGTCTAAGTGAGGCCTAATCAGTAATTTATATAATGTGAGAAAGAGATACTTGTCCATAAATATATGTGAAATTTCTTT-GATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAACACAGTTCACATTCTGTTCAATATTCAATGTGTTA
gi|7                          :                                                                         GGTAACTATTAA-ACCCCAAAA-TGCTTTGTTATCCCTGTTGATGTCTGACAAAT-TTATT----CTCTGGTCCAATGCTTAA------TAAATAAGTGTAGTGTCA---------------AATTT---TA-GG-TGG-TGTCAGATTTTGTTTACCT-----TAATTGTGTCTTAAATTATGTTACCATAT-------------------TA-TATGAC--CATGTTCTGGTAAT-AAATT-TGGTTGTTTATAACACAATGAGTGAAGGAACATTGTCTAATTGATCCGT---CTCTTGGTTTCACCAG-TTTAAGCAAAAGAACCCTAATTAGCTGGGTAGGCACATTGGT--AATAAGC-TCAACATAGTCGAcattaccatat
gi|8                          :     agtgcaccctgggagagatatacagtgtcgtgacattttgacactttttttaatgttgacaagttatttcaattttgagtcttcttcttt-GGATTTATTATCCC-ATTGTTGT----CTGAC-TTGTCTATACTCCAATTTGGTGTGTAG------TAAATAGATA---TTTC------------------TCC---ATTGG-T-GGCGG-AGA----TTTTGTC------TAGTT-----TTAAATTGTGTTACTGTTT-----------T-------TGACATGACTACATGTTTTGCTAAT-AAGTTCCAGTTATTAATAACAC-AT---TAAAGGCATTTTGTC-TATTA--TTATT--------ATTTCATCAA-TT
gi|9                          : ttgatgacctattacatatactgagctgggctcttcattggaggtatgtagcccaaaaCTTCTTGAGTGTAGAGGAACTATTAATGC--TAATTTGGCTTTGTCATCCCCGTCAAAGT----CAAAA-TTAGCTTTAAGCCGGTCCGGTGGTTA---------------T----TGTCG---------------A------------------GCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTGAAAGCGTATTACTGTTT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTAATAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATCAACTTGTTGGTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGAAGGAAAAATCAATTGTTAAACGGTGTGATGCAATAGTACAGTTTGTATAGAAATAGTTACGTCGCCCACTCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACTCCTGTTAATTCTGATTCACGTAGCTGTTTAATTATTTTTTTGTTC
Unaligned ( gi|19 ): ATACACCGGGAGAGGGTAGTGTTATTGTAATACTTTCCATGGAAACATTTCTTCTT
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Reference ( family-118 )      :                                                                            CTTCTTGAGTGTAGGGGAACTATTAA-GCCCTAATT-GGCTTTGTTATCCCCGTCGANGT----C-AAANTTATCTATACGCCGGTCCGGTGGTTAATA------AATGGATAAAGTGTCG---------------AATCT---AC-GA-T-G-CGCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTTAAAGTGGATTACTGTNT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTGGTAAT-GAATTCCAGTTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGGTTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGGGTTGTAGCAATAGT--AAAAAGN-TCAGTATAATCAATATCATCAATTTTATGTAGTA-TTTTGAAAACTTGCATTANATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTATATTCCAG-----AGTGGGCAAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTGGTATGATCCGGGTAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAATACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTACCATAGTCTAAGTGAGGCCTAACCAGTNCTTTATATAATGTGAGAAAGAGATCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTNGATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAACGCAGTTTACATTCTGTTCAANGTTCAATGTGTTA
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gi|8                          : agtgcaccctgggagagatatacagtgtcgtgacattttgacactttttttaatgttgacaagttatttcaattttgagtcttcttctttGGAGGTATGTA-GCCCAAAA--GGATTTATTATCCC-ATTGTTGT----C-TGACTTGTCTATACTCCAATTTGGTGTGTAGTA------AATAGATA---TTTC------------------TCC---ATTGG-T-GGCGG-AGA----TTTTGTC------TAGTT-----TTAAATTGTGTTACTGTTT-----------T-------TGACATGACTACATGTTTTGCTAAT-AAGTTCCAGTTATTAATAACAC-AT---TAAAGGCATTTTGTC-TATTA--TTATT--------ATTTCATCAA-TT
gi|9                          :                                     ttgatgacctattacatatactgagctgggctcttcattCTTCTTGAGTGTAGAGGAACTATTAATGC--TAATTTGGCTTTGTCATCCCCGTCAAAGT----C-AAAATTAGCTTTAAGCCGGTCCGGTGGTTA---------------T----TGTCG---------------A------------------GCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTGAAAGCGTATTACTGTTT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTAATAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATCAACTTGTTGGTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGAAGGAAAAATCAATTGTTAAACGGTGTGATGCAATAGTACAGTTTGTATAGAAATAGTTACGTCGCCCACTCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACTCCTGTTAATTCTGATTCACGTAGCTGTTTAATTATTTTTTTGTTC
Unaligned ( gi|19 ): ATACACCGGGAGAGGGTAGTGTTATTGTAATACTTTCCATGGAAACATTTCTTCTT
Unaligned ( gi|21 ): AAATTTTTGGAGGTGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGACTTGTATA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTTTTAAATAATAACTTCAACATGGGATATTTTT






Alignments
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Reference ( family-118 )      :                                                                            CTTCTTGAGTGTAGGGGAACTATTAA-GCCCTAATT-GGCTTTGTTATCCCCGTCGANGT----C-AAANTTATCTATACGCCGGTCCGGTGGTTAATA------AATGGATAAAGTGTCG---------------AATCT---AC-GA-T-G-CGCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTTAAAGTGGATTACTGTNT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTGGTAAT-GAATTCCAGTTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGGTTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGGGTTGTAGCAATAGT--AAAAAGN-TCAGTATAATCAATATCATCAATTTTATGTAGTA-TTTTGAAAACTTGCATTANATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTATATTCCAG-----AGTGGGCAAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTGGTATGATCCGGGTAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAATACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTACCATAGTCTAAGTGAGGCCTAACCAGTNCTTTATATAATGTGAGAAAGAGATCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTNGATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAACGCAGTTTACATTCTGTTCAANGTTCAATGTGTTA
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gi|3                          :                                                                            CTTCTTGAGTGTAGGGGGACAATTAA-GTTCTAGTT-GGCTTTGTTATCTCCGTCAATGT----C-AAAGTTAGCTATACGCCGGTCAGGTGGTTA-------------GATAAGGTGCCG---------------AATCG---AC-GA-T-GACGCCAGA----ATTTGTC------TAGTTCCGTTTTGAAGTGGATTACTGTATGTTA-------CATGTATATGCCACGACTATATGTTCTAGTAAT-GCATTCCAGTTATCTATAACACAATGGG-GGAGAAAATTTGTCTTATTAATTTGTTGGCTCTTG-TTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGAGTTGTAGCAATAGT--AAAAAAAATCAGTATAATCAATATCATCAAATTTATGCATGA-TTTTAAAAACTTGCATTACATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTTTATTCCAG-----AGTAGGTTAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTAGTATGACCCGGGAAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAAAACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTAAATCATGCCTAACCAATTCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGATCTACACTACT
gi|4                          :                                                                           gtTTCTTGAGTGTAGGGGGACTATTAA-GTTCTAGTT-GGCTTTGTTATCCCCGTCAATGT----C-AAAGTTAGCTATACGCCGGTCAGGTGGTTA-------------GATAAGGTGTCG---------------AATCG---AC-GA-T-GACGCCAGA----ATTTGTC------TAGTTCCGTTTTGAAGTGGATTACTGTATGTTACATGTATC-------TGCCACGACTATATGTTCTAGTAAT-GCATTCCAGTTATCTATAACACAATGGG-GGAGAAAATTTGTCTTATTAATTTGTTGGCTCTTG-TTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGAGTTGTAGCAATAGT--AAAAAAA-TCAGTATAATCAATATCATCAAATTTATGCATGA-TTTTAAAAACTTGCATTACATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTTTATTCCAG-----AGTAGGTTAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTAGTATGACCCGGGAAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAAAACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTAAATCATGCCTAACCAATTCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGATCTACACTAC
gi|5                          :                                                                            CTTCTTGAGTGT-------TTACCAA-GACCTAGTA-GGCTTTGTTATCTATGTTGAATT----C-AAAGTTATCTATACACCAGTCTGGTGGTTAATA------AATGGATAAAGTTTTG---------------AATCT---AC-GA-T-G-------A----ATTTATC------TGGTTCTATTTTAAAGTGGATTACTGTAT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTGGTAATTAAATTCCAGTTTTTAATAGTATGATGGATGAAGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGATTTTACCGG-TTAATATGAATGACCTCTAATTTACTGGGTTGTAGCAACAGT--GAAATGT-TCAGTGTAATCAATATCATCAATTTCAAGTAGTA-TTTTGAAAACTTGTATTAGAACT--CA--------------GTTATCTCCTATATCTCAG-----AGTTGGCAATTTTAGTCGTTCTACTCTTTGTTTATATAATCTAAACCACGGAACTCTGGTATGATTCAAGTAGTCATACGCTGAAGTTTTTCA--------TA---TAGTTTTCTTCAATGTGGGGTACCAG---------A------TAATGTTACCAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 gtTAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAAGTATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGGTTTCACAAG-TTTATATGAAGGA----TAATTTGCTGGGTTGTAGCAATAGTTAAAAAAAA-TCAGTGTAATCAATATCATCAGTTTT---TAGTA-TTTTGAAAATTTTTAGTAGATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTGACTCCTATATTCCAC-----AGTGAGCAAGTTCAATTATTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAA-CCATTGAAATCTGGTTTGATCCAGGTAGCTTT-----------CTTCAACGATATGTA---TAATTTTGTTCAGTGTAGGGT-CTAGGGTACATCTA------TAATGTTACCATAGTCTAAGTGAGGCCTAATCAGTAATTTATATAATGTGAGAAAGAGATACTTGTCCATAAATATATGTGAAATTTCTTT-GATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAACACAGTTCACATTCTGTTCAATATTCAATGTGTTA
gi|7                          :                                                                                          GGTAACTATTAA-ACCCCAAAA-TGCTTTGTTATCCCTGTTGATGTCTGAC-AAATTTATT----CTCTGGTCCAATGCTTAATA------AATAAGTGTAGTGTCA---------------AATTT---TA-GG-TGG-TGTCAGATTTTGTTTACCT-----TAATTGTGTCTTAAATTATGTTACCATAT-------------------TA-TATGAC--CATGTTCTGGTAAT-AAATT-TGGTTGTTTATAACACAATGAGTGAAGGAACATTGTCTAATTGATCCGT---CTCTTGGTTTCACCAG-TTTAAGCAAAAGAACCCTAATTAGCTGGGTAGGCACATTGGT--AATAAGC-TCAACATAGTCGAcattaccatat
gi|8                          : agtgcaccctgggagagatatacagtgtcgtgacattttgacactttttttaatgttgacaagttatttcaattttgagtcttcttctttGGAGGTATGTA-GCCCAAAA--GGATTTATTATCCC-ATTGTTGT----C-TGACTTGTCTATACTCCAATTTGGTGTGTAGTA------AATAGATA---TTTC------------------TCC---ATTGG-T-GGCGG-AGA----TTTTGTC------TAGTT-----TTAAATTGTGTTACTGTTT-----------T-------TGACATGACTACATGTTTTGCTAAT-AAGTTCCAGTTATTAATAACAC-AT---TAAAGGCATTTTGTC-TATTA--TTATT--------ATTTCATCAA-TT
gi|9                          :                                     ttgatgacctattacatatactgagctgggctcttcattCTTCTTGAGTGTAGAGGAACTATTAATGC--TAATTTGGCTTTGTCATCCCCGTCAAAGT----C-AAAATTAGCTTTAAGCCGGTCCGGTGGTTA---------------T----TGTCG---------------A------------------GCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTGAAAGCGTATTACTGTTT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTAATAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATCAACTTGTTGGTT


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blockSeqs                     :                                                                                                      .       AA               T     A  .    .   T                          GTA         G           G                    .    .  TGT         .          T           C                    T GTTACATGTATC         A                      .                      A     T                                   G         .               T                          .       C                           A       .    A             A        .                       T        .       G                            .                                                                A     .                            AATGAGA                                            T                                   .                   T      A                                                  
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gi|15                         :                                                                                                                                 TCAATGT----C-CAACTTATCTATATGCT-GTCCGGTGGTTTGTA------A----ACAAGGTGTC----------------AATCTTT-AGCGACTCCAGA----TTTTACC------AAGTTCTGTTTCAAATTGG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ATCAACTTGATGGCTCTTGGTTTCACCAGATTTAAAAGAATGACTCGCAATTTGCTGGGCTAGAGCAAT---------AGC-TCAGTATAATTAATATCGT
gi|17                         :                                                                            CTTCTTGATTATAAGGGAACTATTAA-ACCCTAAAA-GGCAAAGTTAT-CCCATGGAAGT----C-CAATTTATCTATTCATCGGTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atA-TCTT-AAAACATGCTATACGTCTCCCC--------------GTTGTCTT---TATTCAAC-----AGTGGGCAAGTTCAGT-ATTCCAA
gi|2                          :                                                                              TCTTGAGTATAGGAGAACTATTAT-ACCCTAGTT-GGCTTTGTTTTCCC------TGT----C-AAAGTTTTCTGTACGCCAGTCTGGTGGTTAATA------AATG-ATAACATGTTA---------------AATCTAT-GATGATGCCATA----ATTGATC------TAGTTT-GTTTTAAAGTGGATAACTGTTT-----------C-------TGATATGACTACATGTTCTAATAAT-GAATTCCAGTTATTAATAACAAGTTGGGTACTGGAATTCTGCCTTATCAAATTGTTGACTCTTGGTTTTGCCAG-TTAAAATGAATGACC-CTAATTTGCTGAGTTGTAACAAGGGT--TAATAGT-TCAGTATAATCAA-ATCATCAATTTAGTATAGTACTTTTGAAAACTTGCATTAAATATCCCC--------------CTTGTCGTCTATATTCCAGGCATGAGTGAGCAAGTTCAATCAGTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGGAATCTGGTGTGATCCGGGTAACTCAATGCTGGACATTTTCAACAATATGCAAGAT-GTCTTCTTCAGTGTTGGATACCAG---------AATGAGATAATGTTACCATAGTTTAAGTGAGGCCTAACCAGTGCTTTATATAATGTGACAACGAGATCAATGTGCATA----GAAGTGAAATTTCTTTAAATAAGTCCACCAATACTATTTGATTTGTAAACAACACAGTTTACATCTTATT
gi|20                         :                                                                                   AGTGTAGGGGAA-TATTAA-GCCGTAGTT-GGCTTTGTTATTCCCTTCGA
gi|3                          :                                                                            CTTCTTGAGTGTAGGGGGACAATTAA-GTTCTAGTT-GGCTTTGTTATCTCCGTCAATGT----C-AAAGTTAGCTATACGCCGGTCAGGTGGTTA-------------GATAAGGTGCCG---------------AATCGAC-GATGACGCCAGA----ATTTGTC------TAGTTCCGTTTTGAAGTGGATTACTGTATGTTA-------CATGTATATGCCACGACTATATGTTCTAGTAAT-GCATTCCAGTTATCTATAACACAATGGG-GGAGAAAATTTGTCTTATTAATTTGTTGGCTCTTG-TTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGAGTTGTAGCAATAGT--AAAAAAAATCAGTATAATCAATATCATCAAATTTATGCATGA-TTTTAAAAACTTGCATTACATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTTTATTCCAG-----AGTAGGTTAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTAGTATGACCCGGGAAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAAAACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTAAATCATGCCTAACCAATTCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGATCTACACTACT
gi|4                          :                                                                           gtTTCTTGAGTGTAGGGGGACTATTAA-GTTCTAGTT-GGCTTTGTTATCCCCGTCAATGT----C-AAAGTTAGCTATACGCCGGTCAGGTGGTTA-------------GATAAGGTGTCG---------------AATCGAC-GATGACGCCAGA----ATTTGTC------TAGTTCCGTTTTGAAGTGGATTACTGTATGTTACATGTATC-------TGCCACGACTATATGTTCTAGTAAT-GCATTCCAGTTATCTATAACACAATGGG-GGAGAAAATTTGTCTTATTAATTTGTTGGCTCTTG-TTTCACCAG-TTTATATGAATGACCTCTAATTTGCTGAGTTGTAGCAATAGT--AAAAAAA-TCAGTATAATCAATATCATCAAATTTATGCATGA-TTTTAAAAACTTGCATTACATCTCCCC--------------GTTGTCTCCTTTATTCCAG-----AGTAGGTTAGTTCAGTCGTTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAAACCACGGAACTCTAGTATGACCCGGGAAGCTCTACGCTGGACATTTTCAACAAAACGTA---TAGTTTTCTTCAATGTAGGGTACCAG---------A------TAATGTTATCATAGTCTAAATCATGCCTAACCAATTCTTTATATAATGTGAGAAAGAGACCATTGTCCATA----TAAGTGAAATTTCTTTTGATAAGATCTACACTAC
gi|5                          :                                                                            CTTCTTGAGTGT-------TTACCAA-GACCTAGTA-GGCTTTGTTATCTATGTTGAATT----C-AAAGTTATCTATACACCAGTCTGGTGGTTAATA------AATGGATAAAGTTTTG---------------AATCTAC-GATGA-----------ATTTATC------TGGTTCTATTTTAAAGTGGATTACTGTAT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTGGTAATTAAATTCCAGTTTTTAATAGTATGATGGATGAAGGAATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGATTTTACCGG-TTAATATGAATGACCTCTAATTTACTGGGTTGTAGCAACAGT--GAAATGT-TCAGTGTAATCAATATCATCAATTTCAAGTAGTA-TTTTGAAAACTTGTATTAGAACT--CA--------------GTTATCTCCTATATCTCAG-----AGTTGGCAATTTTAGTCGTTCTACTCTTTGTTTATATAATCTAAACCACGGAACTCTGGTATGATTCAAGTAGTCATACGCTGAAGTTTTTCA--------TA---TAGTTTTCTTCAATGTGGGGTACCAG---------A------TAATGTTACCAT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gtTAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAAGTATTTTGCCTTATTAACTTGTTGGCTCTTGGTTTCACAAG-TTTATATGAAGGA----TAATTTGCTGGGTTGTAGCAATAGTTAAAAAAAA-TCAGTGTAATCAATATCATCAGTTTT---TAGTA-TTTTGAAAATTTTTAGTAGATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTGACTCCTATATTCCAC-----AGTGAGCAAGTTCAATTATTCTAATCTTTGTT--TATAATCTAA-CCATTGAAATCTGGTTTGATCCAGGTAGCTTT-----------CTTCAACGATATGTA---TAATTTTGTTCAGTGTAGGGT-CTAGGGTACATCTA------TAATGTTACCATAGTCTAAGTGAGGCCTAATCAGTAATTTATATAATGTGAGAAAGAGATACTTGTCCATAAATATATGTGAAATTTCTTT-GATAAGTCCTACAATACTATTTGATTTGTTAACAACACAGTTCACATTCTGTTCAATATTCAATGTGTTA
gi|7                          :                                                                                          GGTAACTATTAA-ACCCCAAAA-TGCTTTGTTATCCCTGTTGATGTCTGAC-AAATTTATT----CTCTGGTCCAATGCTTAATA------AATAAGTGTAGTGTCA---------------AATTTTA-GGTGGTGTCAGATTTTGTTTACCT-----TAATTGTGTCTTAAATTATGTTACCATAT-------------------TA-TATGAC--CATGTTCTGGTAAT-AAATT-TGGTTGTTTATAACACAATGAGTGAAGGAACATTGTCTAATTGATCCGT---CTCTTGGTTTCACCAG-TTTAAGCAAAAGAACCCTAATTAGCTGGGTAGGCACATTGGT--AATAAGC-TCAACATAGTCGAcattaccatat
gi|8                          : agtgcaccctgggagagatatacagtgtcgtgacattttgacactttttttaatgttgacaagttatttcaattttgagtcttcttctttGGAGGTATGTA-GCCCAAAA--GGATTTATTATCCC-ATTGTTGT----C-TGACTTGTCTATACTCCAATTTGGTGTGTAGTA------AATAGATA---TTTC------------------TCCATTGGTGGCGG-AGA----TTTTGTC------TAGTT-----TTAAATTGTGTTACTGTTT-----------T-------TGACATGACTACATGTTTTGCTAAT-AAGTTCCAGTTATTAATAACAC-AT---TAAAGGCATTTTGTC-TATTA--TTATT--------ATTTCATCAA-TT
gi|9                          :                                     ttgatgacctattacatatactgagctgggctcttcattCTTCTTGAGTGTAGAGGAACTATTAATGC--TAATTTGGCTTTGTCATCCCCGTCAAAGT----C-AAAATTAGCTTTAAGCCGGTCCGGTGGTTA---------------T----TGTCG---------------A-------------GCCAGA----ATTTATC------TAGTTCCGTTTGAAAGCGTATTACTGTTT-----------C-------TGCCATGACTATATGTTCTAATAAT-GAATTCCAATTATTAATAACACGATGGGTGAAGGAATTTTGCCTTATCAACTTGTTGGTT
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGAAGGAAAAATCAATTGTTAAACGGTGTGATGCAATAGTACAGTTTGTATAGAAATAGTTACGTCGCCCACTCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACTCCTGTTAATTCTGATTCACGTAGCTGTTTAATTATTTTTTTGTTC
Unaligned ( gi|19 ): ATACACCGGGAGAGGGTAGTGTTATTGTAATACTTTCCATGGAAACATTTCTTCTT
Unaligned ( gi|21 ): AAATTTTTGGAGGTGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCGGACTTGTATA
Unaligned ( gi|22 ): TTTTTTTAAATAATAACTTCAACATGGGATATTTTT