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lowQualScore : 11111 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111 11111111 111111111111111 1111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3333333333333333333333333333333 22222 2222222222 11111
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lowQualScore : . . ..... .. . . . ... ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. ....... . .. ........ ..... .. . ............... ....... .... . .................................................................................................. .. ........ . .. ... ... .. ............................... ... .. . . ... .. . .. .. ..... . .......... .....
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consensus : ACCAAATC-A-----TTT--CCNATAGGCCGCTGTACAAA--AGTAACAG--NCCCTAAAAA-A---AT--AAAT-TCTA-----GACATA-G-----AC-TTG---------CCA--------AT-ATTC--C---A-TT---G-TG---TATC---C-A--A-A--NACAATCAAATC---T---TATC--------AT--TT-A-AAACACA--CA--AAA-------A----AGT---G--A---------AGC---ATN-------CCTG--N-----N-----G---GA--A-----------AT------------T--------------------T----ACA----AA--CA---T--GCC-------CA-T-TT---AGA--TT-------CG-CA----------------GTG--AAAAATGG-CC--GAAAT-C--T-NATTTG-G---GTT-AAA-TCATGCAA------A--------ATT------AGAAATA----AAA-A---A-----G----T--TTT-------GTAT---AAAACT-A-T--GT-T----A-TCTCTAATAA---A-TTAAATCGTC-TNA--TN-----T---AACCTCA-A--------ACTTT--AT---T---A--AAAA--T--TCA--A---T----AGG------CACAA---TTTTCCT--GCCATTCT---G--T-G--A--TTTTCC-TGAC-C-------T-TTCA----CTTCTACATGCAGG
Reference ( gi|5 ) : ACTAAATC-A-----TTT--CCAATAGGCTGCTGTATAAA--AGTAACGG--GCCTTAAAAA-A---AT--AAAT-TCTT-----GACACA-G-----AC-TTG---------CCA--------AT-TTTC--C---A-TT---G-TG---TATC---C-A--A-A--TGCAATCAAATC---T---TATC--------AT--TT-ATAAACACA--CA--AAA-------A----AGT---A--A---------AAC---ATT-------CCTG--A-----A-----G---GA--A-----------AT------------T--------------------T----ACA----AA--CA---T--GCT-T-----CA-T-TT---ATA--TT-------TG-CA----------------GTG--AAAAATGA-TT--AAAAT-C--T-GACTTG-G---GCT-AAA-TCATGCAA------A--------ATT------GGAAATA----AAA-A---A-----G----T--TTT-------GTAT---CAAGTT-A-T--GT-T----A-TCTCTGATAA---A-TTAAATCATC-TAG--TA-----T---AACCTCA-A--------ACTTT--AT---T---A--AACT--T--TCA--A---T----AGA------CACAA---TTTTCCT--GCTATCCT---G--T-G--A--TTGTCA-TGAC-C-------T-GTCA----TTTCTACATGCAGG
gi|2 : ACCAATTT-A-----TTT--CCCATAGTCCACTGTGCAAC--GGTAAGAGT-GCCTACAAAA-A---AT--A-------------GACATA-A-----A----------------A--------A-------------------A-TG---TTTT---C-A--A-A--TG--------TT---T---TGTC--------AT--TT-A--AACATG--GA--AAA-------A----AAT---ATTG---------AGC---AT--------ACTG--C-----T-----G---GA--A-----------TT------------T--------------------T----T-------A--TC---T--GTT-TATA--CA-T-TTGCTAGA--AC-------TA-CA----------------GTG--AAAAATGA-CT--GAAAT-C--T-CATTCA-A---GTT-CAA-TCATGTCA------GTTTTTTTTATT------AAAAATA----AAA-A---A-------------------------AT---CAAG-----------------------AATAA---A-TTAGATTGTCTTAG--TA---------AACCTCT-A--------CCTTT--GT---T---AACAACT--C--T----G---C----AGA------CGCAG---TTTCCCT--ACAAATCT---G--T-G--A--TTTTGT-TAAC-C-------T-TTCA----GTTCT--ATGCA
gi|30 : tcaaggttgctgttcAAATC-AGACACTTT--CCTATAGAGAGCTGTATAAA--ATTAAC-A--TCCTCTACAG-A---AT--A-----TTT-----GAGACATGTACGTAT-TTG---------CCA--------AT-ATTC--CGCAA-T------TG---TATC---C-A--AGA--AGCAATTAAATT---G---TAGC--------AT--CT-A-AAGCACA--TA--AAC-------A----A-T---A--A---------Acaagtcacttctggaaatgggcgagacttgttttatctctgattagcaatctgcacactggatcatttactcataaactgatccgtgttt
gi|39 : acAAATCCA-----TTTTCCCAA--GGCCGCTGTACAAA--TGTAACAG--CCCCTAGAAA-A---AT----AT-TCTA-----GACATA-A-----A
gi|35 : cggttctcTT-A-----TTT--CTCATAGGCCGTTTTACAAA--AGTAACAG--ACCCTAAAAC-A---A--------TCTA-----GACACA-G-----A----------------A--------AT-ATTC--C---T-CT---GTTA---CATC---C-A--AGA--AACAATCAAATC---C---TAGT--------AT--T
gi|1 : acggatC-A-----TTT--CTAATAGGATGCTGTA-------------------------A-A---A---AAAT-TCTA-----GACATG-G-----AT-TTA---------T-A--------AC-ATTC--C---A-TT---T-TT---TATC---C-G--AGA--AACAATAAAATC---TGCATATC--------AA--TT-A--AA---A--CA--AAG-------ATTGGGGT---A--T-----------C---ATA-------CTTG--G-----ATGTCTG---G-----------------------------C--------------------T----ATA----AG--C-----------T-----CA-T-TA---GT---TTGCAAAAATG-CA----------------ATT--AAAAATGG-CTGCAAAGT-CATT-GAGTT--------T-AAA-TCATGCAAC-----A--------AAT------AGAAATA----AAA-A---AAAAAGG----T--TTT-------GCAT---AAAACTGA-T--GT---------CTCTAATAA---A-TTAAATCATT-T-G--TC-----T---TACTTCATT--------TTTTT--AT---A---A--AAGG--A--TCA--G---T----AGT------CACAA---TCTTTCT--GCCATTCT---G--T-C--A--TTaaa
gi|4 : agatcctggttcatgactcC-A-----TTT--CTAGCAGACCGCTGTGCAAA--ATTAACAG--CCTCTACAAATATCTAT--AAAA-TCCA-----GATAAA-G-----AC-TTGAAAATCTTGCTA--------AC-ATTC--C---A-CT---G--GAATTATC---CTA--A-A--AACAATCAAATC---T---TGTT--------AT--TT-A-AAACGC-------AAA-------T----AGT---A--A---------GGC---A-T-------CCTG-----------------------------------T------------T--------------------T----TGA----AT--TGT--T--GCTGT-----CAGT-TC---ATATTTT-------TG-CATGTATGCCAGAACCATGTT--AAAAAT-A-CA--GAAAT-C--T-TATTAG-G---GCT-----T----------------------ATT------GG--ATA----AAG-A---A-----G----T--TTT-------GAATA--GAATTT-A-C--GT-C----A--CT----------------ATCATC-------------T---GACCTCA-A--------GTTTT--AT---T---A--AAAT--C--TGA--A---T----ATA------TACAG---TTTTCCT--ACAA----------T-G--AT-TTGAC--TGAC-C-------T--TTA----ATTCTAttgttgcccctttgcttctctacacagctcattcctgtgaaatgagcatgacttgtgtcatctataattagataacaacctttataagattttaatttagaaactacgtgtat
gi|3 : c-----TTT--CT--TAGACTGTTGTATAAA--AGTTACAG--CCCC--AACA-A---AC--AA-T-TCTA-----GACATA-G-----AC-TTG---------CCA--------ATATTTCATC---A-TTAAAA-TA---TATC---C-A--AGA--AACTATCAAATT---A---TATC--------AT--TT-A-AATCACA--CG--AAA-------A----aggtcactcctggaaatgaaggtgac
gi|6 : cacttatctt-----TTT--CCCACAGGCTGCCGCATCAACTAATAAC-----CCCCAAAAA------T--CG-T-TCTT-----TACATT-A-----AC-TTA---------CCA--------AT-------A---A-TA---G-------ACC---C-ATGA-A---ACAA-CAAA----------ACC--------AA--TT-A-AAACACA--CA--CAA-------A-----GT---G--A---------AGT---A---------CCAGCCA-----A-----T---GA---------------T------------T--------------------T----TCA----AA--CA---T--ACT-----------------AGA--TC-------TG-CA----------------GTG--AAAAAT----T--AGAAT------GA-----G---GTT-AAG-ATATGTAT------A--------ATT------AAAAGCA----A----------------------TT-------GTAT---AAAAC--A----GA-C----G-TCTCTGATAC---A-TAAAATCGTC-T----TACT---T---AACCTCA-A--------GCTTT--AT---T---ATTAA----T--TCA--G---T----AGG------TACAgtggggtatccaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttgtgtataaaactaatgtctctgataataaatgaaatcatgtaatttaatatcaagcttaattaaaaaaaatcaattgggcacacttttcctggcattctgtgactttgctgacccttcagaggacactccaggaaatgggcatgacttgtgcgccttttacaattagtggtctgcagc
gi|13 : ctgcagttcaccagtactATAGGCTGCAGTATATA---GTAACTG--TCTCTACAAA-A----C--AAAA-GCTT-----GATATA---------------------------------AT-ATTT--A---A-T-------G---TATA---A-A--G-A--AACAATTAAATC-------------------AT--TT-A--AACAAA--CA--CAA-------GC---GGT---A--GCCCCGCTTGGAT---GTT-------TCAG--C-----A-----GACAGACCA-----------GTCGG---------T--------------------A----ACA----AA--CA---T--G--------------TT---AGG--TT-------CG-CA----------------GT---AAAAATCAGCC--GAAAT-T--G-GATTTG-G---GAT-AAAATCATGCAA------A---------TT------AGGGATA----AAA-T---A-----A----A--TTT-------GTAT---AAAAGG-A-T--GT-T---------CT-ATAA---AATTAAATATTT-TTA--TT-----T---AACCTGA-A--------ACTAA--AC---T---A--AAAA--G--TTA--A---T----AGA------CACGA---TTTTtgtccacgacattttgtgcatttttttttacgttaacagtttacataaatgtcactccgggaaatgagcgtgacgt
gi|10 : TAAAT-AGTAACATCCGCCTTGAAAG-A----------T-TCTA-----GACAAA-G-----ACATTG---------ACATAGTCGATAT-ATTC--C---A-TT---G-T-----------T-A--A-A--TCCAAG-AAACC---T---TATCCTACGTGCATCATT-GTAAACACA--CA--GAA-------A----AGT---G--A---------AGA---ATA-------CCTG--C-----T-----C---GA--T-----------AT------------T--------------------T------------------------TT-T-----CA-T-GT----CA--GT-------C--CA-----------------TGCCAAAAATGG-CT--GAAGT-C--C-TA-TTGCG---GTT-AAC-ACAAGTAA------A--------ATT------AGATATA----AAC-A---T-----G----T--TA----------ATAAACAGGTTGA-T--AT-CGGGGA-TTCCTTATTAT--A-TCGAATCCTC---G--TA-----TCT-AATCTCA-A--------GCCCT--ATA--T---A--A--------TCG--A---T----AGG------CAAAA---CTTTTCT--GTCATTCT---G--T-G--A--TTTTCC-TGAA-C-------T-TTTA-----GTCTACATGCAGtgccgccggtctgt
gi|21 : gtCTTAAAAA-A---A---AAATCTCTTTTCAAGACATA-G-----AT-TTA---------CCA--------AT-ATTC--C---ACTT---T-TA---CATC---C-A--A-AACT-CAATACAATC---C---TATC--------GT--TT-A-AAATTCA--CT--AAA-------C-----TT---G--G---------AGC---ATC-------CCTG--A-----T-----G---GA--A-----------AT------------T--------------------T----GCC----TA--CC---A--GCC-------CA-T-TT---GT----T-------TA-CC----------------ATA--AAAAA--A-CT--GAAAC-C--T-GCTTTC-G---ATT-AAA-TCATGCAA------A--------ATT------AGAAttcattc
gi|11 : tatctgtgttgccattctctaattcatttAA-A---ATTGACAA-TCTA-----GACATG-G-----AC-TTG---------CTA--------CT-TT----C---A-TT---G-------------C-A--G-A--AATAATCAAATC---T---TATC--------AT--TT-A-AAATGCA--TG--AAAGCTGGGGA----ACT---C--A---------AGCTGCATT-------TCTG--------------G---CT--ACCTGCTCATCTGT------------T--------------------T----ACA----AA--CA---T--GCC-----------------AGA--AT-------TG-CA----------------GTG--AAAAATGG-CC--AAAAT-C--T-CATTCC-G---GTT-TAT-TCTTGCAA------A--------GTT------GGAAACA----TAA-A---AT----G----T--TTT-------GAAT---AGAACT-G-TAGGTGT----A-TCTACAATAA---A-TT----CTTT-TG--------------AAACTTA-A--------ACTTT--AT---T---G--AAAA--T--TTA--ATCTT----AAG------CACAA---TTGTCAT--GCTGTTCT---G--
gi|16 : tttT-TCTA-----GACATA-G-----AC-ATG---------TCA--------GT-ATAC--C---A-TT---GGCA---TATCGGCT-A--A-A--T--AGTCAAATTAGTTA--TATC--------AT--TA-AGAAGAAC---CG------------------GT---G--------------C---ATC-------GCTA--A-----T-----G---AA--A-----------AT------------T--------------------T----GCCT---AG--CAGATT--GCA-A-----TA-TACT---AGA--TC-------CG-TT----------------GTT--AAAAATGG-CC--GAAAT-C--G-TA-TTG-G---GCTTAAA-TCATGCAA------A--------A-T------AGAAATA----AA------------------------------GTAT---AAA----A-T--G---------CCTCTAAT---------------TC-CGG--TA-----T-------TC-----------ACCTT--AT---T---T--AACC--T--C----A---T----AAA------CACAA---TATTCTT--GTTATTTT---G----A--A--CATTCC-TGAC-A-------T-TTCA----TTTCCATAacctttactatcattattgaacccagaagtgagtgtggcacgtacaatct
gi|24 : acat-TA---TATC---C-A--AGA--TACAATAGAATC---A---AATC--------A------ATAAATATA--CACCAAA-------A----AAT---G--G---------GGT---ATC-------TATG--A-----T-----G---GG--A-----------AT------------TCTCCTATCCATTCATTGGTTT----ACA----AA--CA---T--GCC-----------------AGG--TT-------CA-CA----------------GTG--AAAAATGG-CC--AAAAT-C--T-GATTgagaccat
gi|23 : taaaagtgaatctcgt-A--A-A--T--AATCAAATC---C---TATC--------AT--TT-A--ATCACATTCA--AAATG-----G----GGT---A--TCCGT-----ATC---GTT-------TCTG--GCTATTA-----G---GC--G-----------AT------------T--------------------TGTTAACA----AA--TA---T--G--------------TT---A-G--CT-------CGTCA----------------GTA--AAAAATGA-CC--AACAT-C--T-GATTAA-G---GTT-GAA-TTATACAG------A--------ATT------AAAAATA----AAACAAACA-----G----T--TAT-------GTATA--CAAacaaaattagtaatg
gi|25 : ---T---TATC--------CT--TTTATAAATGTA--TA--AAA-------A----AGTGGGA--A---------AAGTGGATG-------TC-G--A-----C-----A---GA--G-----------ATCAGCTCATCTGTT--------------------T----ACA----AA--CA---T--GCC-----------------AGA--TC-------TG-CA----------------GTG--AGAAACTG-CC--AAATT-C--T-CATTAG-G---ATT-AAA-TCGCGCAA------A--------ATT------AGAAATG----AAA-A---A-----A----TGATTT-------GTAT---AAAct
gi|7 : ---TATC--------AT--TT-A-AAACAAA--CA--AAA-------ACTG-AGG---A--A---------GACCTCATTGGATGTCCCCG--T-----A-----C---CA--GCTGGTCT----GT------------T--------------------T----GCA----AA--CT---T--GCC-----------------AGA--TT-------CA-CA----------------GTG--AAAAATGA-CC--GATATAT--T-G--TTGCA---GTT-AAA-TCAGGCAACATCTGA--------ATTTGAGAAAGAAATA----AAA-A---------G----T--TTT-------GTAT---AAAA---ACT--GC-C----A-TTTCTATTAA---A-TCAA-TTATC-T----TA---------AGCCTCA-A--------ATTTT--AT---T---A--ATAA--T--TCA--G---TTATAAGG------CACAA---TTTTCCT--GCCATTCT---G--T-G--A--TTTTCT-TGAC-CACATTCTC-TTCA----CTTCTATATACAGGac
gi|14 : tatccattatgaggaacaatatagttg---TAGC--------AT--TT-AAAGACACA-------AA-------A----ACC---G--A---------TGC---ATC-------CCTG--G-----T-----G---GA--A-----------AC------------T--------------------T----GCATTCCAGTTCA---TTTGCT-TACAAGCA-TGCT---AGA--TT-------CG-CA----------------GTG--GAAAATGG-AG--GGAAT-C--T-CACTAG-G---GTT-AAA-TGATACAA------G--------AGT------AGAAATAAAG-AAA-A---A-----G----G--TTT-------G---------GT-----------------------ATAA---A-TTAAACGACC-TTG--T------T---GACCTCT-A--------ACTTA--AT---T---A--AAACAGC--TCA--A---C----AG----------------TTTCCT--GCCATTCT---GCAT-A--G--TTTTCA--AAC-C-------A-TTCA----CTTCTGCATACAGtaattttcggcagagggcgtggcttgtgcaatctataaatagc
gi|18 : a------------T--------------------T----ACA----AA--CA---T--ACT-----------------AGA--TC-------CA-CA----------------GGG--AAAAATGG-AC--GGAAC-C--TCAAC--G-G---ACT-TAA-TCATTCAC------A--------ATA------AGAAATAAAATAAA-A---A-----C----T--TTTCTTTTTCATAT---CAAGCTGG-T--G-----------TCTGA-AG---A-CCGTGTTA-C-TA----A-----T---GA-----------------TTT--ATGAAT---A--A-----T--TAA--A---A----AAG------CACAG---TTTTCAT--GCCGTTCT---G--TAA--A--TTTTC--TGAC-C-------C-TTCA----CTGCTCCAatcactatatgagaaaaatacgtggttcgtgtaatctaaagtaagtggtcggcaaccta
gi|9 : caaatcctagtcgttaaacacgcacaacgtggggggtacccaaactttatttcagattacagtctatattgg------------T--------------------T----ACA----AA--CA---T--CCC-A-----CA-A-TT---A----------------CA----------------GTG--AAAA-TTA-TC--AAAAT-C--T-CAGTGG-GAACGTT-AAA-TCATGCAA--------------------------AAATA----AGC-A---------------------------GTA-----AA--C-A-T--TT-T----A-TC-------A---A-TTAAAACTTC-TTA--TT-----T---AACCACA-AGTTTGTTTGTTTT--TT---T---A--AAAA--T--TCG--A----------A------CAC-----TTTTCCT--G
gi|26 : tttaagatgcggttcgctaatccaattcccatagaccgcagttcaaattctttctagacatagacttgtcagcatttgatactaatatcacataaaacagtggcgaacaccgttcattttttttaA----------------GTG--AGAAATGA-AC--AAAAT-C--T-TACTTA-G---CTT-CTA-TCATGCAA------A--------ATT------GAGA--A----AAA-A---A-----G----A--TT-------------------------------------TCCTTAATAA---A-TCAATTCGTC-TTA--TC-----T---AACCTCA-A--------GCTTT--AC---T---A--A----------A--A---T-------------CCCAC---TTTTTCT--ACCATTCTTCCG--T-GACA--CTGC---TGACAC-------T-TTCA----CTTCggaatctttttttaccggctgtttacttccgtgcacaggtcacttctggaaatactcgtttcatctataattagctgtaca
gi|22 : --AAACATG--CC--AAAAT-C--T-CA-TTG-GT--ATT-CAG-TTGTACAA------T--------ATA------AGAAATA----AAA-C---A-----A----TGATTT-------GTAT---AAAACT-G-T--AT-A----AATCTCCAATAA---A-TTGAATAATC-TCATTTA-----T---AATCTCA-A--------A-TTT--AT---
gi|12 : gatctacccatttatTG-G---GTT-AAA-TCATGCAA------A--------ATT------AGAAATA----AAG-A---A-----A----CG-TTC-------GAAT---AAAATTGA-T--GT-A----A-T---TGACAA---A-TTAAATCATCATAT--T------T---GAATTCG-A--------A-TTTAAAT---T---A--AAAA--T--GAAATA---T----AGG------TTCAA---TTTCCCT--GCCATTTT---G--T-G--A--TT-TCATTGAC-C-------T-TTCATATTTTTTTTCATGctgtgatttttatgacctttcacctttacttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
gi|37 : aaaatctaggtatggacttgttcatggttcaattagttataaagaaataatcaaatattttttatttaaaacaataaaaaatggtatgtctctgatagatgtcttaaaaacatgtcgcgggtctgtg---GTT-AAACTCACGCAA------A--------ATA------AGAAACA----GAA-A---AC----G----T--TTT-------GTAT---CAAA-C-A----GG-T----G-TCTCTATTAC---A-TTTAATCATC-CGA--T------T---AATCGC--A--------ATTTT--AT---A---A--AAtcaacaccggtaatcgacatgacttctgaaatatatgcttagcgatctgcaatc
gi|17 : -TCATGCAA------A--------ATT------TAAAATA----GAA-G---A-----AATTTT--TTT-------TTAT---TAAACTGA-C--GT-T--------CCTTATAG---A-TTAAATCATCTTAA--TAATAGTT---AATCTCA-A--------GTTTT--AT---G---A--AGAA--T--TCA--A---T------G------CACAA---TTTTCA---GCAATTCT---G--C-A--AATTTACC--TTAC-C-------T-TTCA----CTTTTACATACAAG
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12 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|13 : ATAGGCTGCAGTA-TATA--GTAACTGT-C-TCTA-CAAA-A----C--AAAA-GCT-----TGATATA-------------------------------ATA-TTTA---A-T-----------G---TA--TA-A-A-G-A-A-A-CAAT--TAA-AT-C---------------ATTT--A-AACAAACA--CAA------------G-------C---------G--GT---A---------G----C------C---C---------------CGCTT-----G----G---A---------T---------G--T------------T--------------------TCAGCAGACAGACCAGTCGGTAA----CA-AAC--A---TGT-------T-----A---GGTT-------CG-CA-GTAAAAATCAGCCGAAAT--TGGATTTGG---GATAAAATCA--TGCAA------A---------TT------A-GGGATA----AAA-T---A-----A----A--TTT-------GTATAAAA-GG-A-T--GT-T-----C------TA--T---AA---------AATTAAATA----TTTTTA----T--T--TAACCTGAA--------ACTAAA--C-TAAA--AAG--TTAA---T----A------GACA---CGATTTTTGC-C--GCCGGTCT---G--T-tattttttttcatgtcaacaccggtaatcgacatgacttctgaaatatatgcttagcgatctgcaatc
gi|14 : ----TA------GCATTT--A-AA-G-ACA--CAAAAA-----------------C---------C--G----AT--------G----C----ATC---C---------------CTGGT-----G----G---A---------A---------A--C------------T--------------------TGCATTCCAGTTCATTTGCTT-A----CA-AGC--A---TGC-------T-----A---GATT-------CG-CA-GTGGAAAATGGAGGGAAT--CTCACTAGG---GTTAAA-TGA--TACAA------G--------AGT------A-GAAATAAAG-AAA-A---A-----G----G--TTT-------G----------------GT-----------------------AT----A---AATTAAACG----ACCTTG-------T--TGACCTCTA--------ACTTAA--T-TAAAACAGC--TCAA---C----A------G----------TTTC-C-T--GCCATTCT---GCAT-A-GTTTTCA-AAC-C-------ATTCAC-TTCTGCATACAG
gi|15 : aGCTACG-CAAA-AGTATTAGCAT-CCTA-GAAA-A----C--AGCT-T--------GACATATA---------A----CTG-C--------------TTTT---A-TC------A-T-GA--TG--CC-C-A-A-A-AGA-CAAT--AAA-AT-CC----TG------TCATTTTGA-AA-ACAGAA-CAAAGA-------G-G-------TTCACTTTTTG--G----A---------C----T----ATC--------------------TATC-----A----GT--A---------C---------A--T------------T--------------------T---------------------ATTAACA-AAA--A---AAA------AT-----A---GATT-------CG-CA-TAGAAAAATAGCCAAACT--GTTAATGGT---ACTAAA-TCA--TGCAG------A--------ATT------------------AAA-C---C-----G----T--TTT-------GTATACAA-CT-A----AT-T----TG------TC--T---AGT----AAATAATTAAATC----CT-TTA----T--T--Tatcactatatgagaaaaatacgtggttcgtgtaatctaaagtaagtggtcggcaaccta
gi|16 : aggtcacggttcataattccgtttctaT-TCT-----AGACATAGA---------C----ATG-TCA--------GTA-TACC---A-TT------GGC-A---TA--TC-G-G-CTA-A-A-TAGT--CAA-AT-TAGTTATA------TCATT------A-A-------GAAGA-------A-C-------C---------G--G----T---------G----C----ATC---G---------------CTAAT-----G----A---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------G----CCTAGC--AGATTGCAATATACT-----A---GATC-------CG-TT-GTTAAAAATGGCCGAAAT--CGTATTGGG---CTTAAA-TCA--TGCAA------A--------A-T------A-GAAATA----AA------------------------------GTATAAAA------------T---GCC------TC--T---AATTCCGG---TAT----TC----ACCTTA----T--T--TAACCTCA-------------------TAAA----------------------------CA---CAATATTC-T-T--GTTATTTT---G----A-ACATTCCTGAC-A-------TTTCAT-TTCCATAtaattt
gi|17 : acat-TCA--TGCAA------A--------ATT------T-AAAATA----GAA-G---A-----AATTTT--TTT-------TTATTAAA-CTGA-C--GT-T------------CC--T---TAT----A---GATTAAATC----ATCTTAATAATAGT--TAATCTCAA--------GTTTTA--T-GAAG--AAT--TCAA---T------------GCA---CAATTTTC-A----GCAATTCT---G--CAA-ATTTACCTTAC-C-------TTTCAC-TTTTACATACAAGgagaccat
gi|18 : gtgtgg------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---TAC-------T-----A---GATC-------CA-CA-GGGAAAAATGGACGGAAC--CTCAACGGA---CTT-AA-TCA--TTCAC------A--------ATA------A-GAAATAAAATAAA-A---A-----C----T--TTTCTTTTTCATATCAAG-CTGG-T--G---------------TC--T---GA-------------AGACC----GTGTTA-------C--TAA--TGA-----------TTTA--T-GAAT--AAT--TAAA---A----A------AGCA---CAGTTTTC-A-T--GCCGTTCT---G--T-A-AATTTTCTGAC-C-------CTTCAC-TGCTCCAttactctcggaattggcgtggcttttgaagtctttagttagtgttgggcaacctatataaatgtttaatgtgttgcaaatgtcatcaaaacaagaatatgaaaacaaaaacacca
gi|19 : caaatcctagtcgttaaacacgcacaacgtggggggtacccaaactttatttcagattacagtctatattgg----T--TTT-------GTATAAAG-CTGA-T--GT-T------------CC--A---AAT----C---AATTAAGTC----GTATTA----T--T--TAACTTCAA--------ACCTTA--T-TATA--AAT--TCAA---C----T------GGCAATTC--TTTTT-C-T--GCCATCAT---G--T-G-AATTTACTGAC-C-------TTTGAC-TTCTATA
gi|2 : ACCAATTT-A-----TTT-CCCATAGTCCACTGTG-CAAC-GGTAAGAGT-G-CCTACAAAA-A---AT--A-------------GACATAAA---------A----------A--------ATG-TT---------------------------TT-C-A-A-A--------T------GT-TT----TG------TCATTT--A-AA--CATG--GAAAAA-------A-A-------T---------ATTG----A---------G----C----ATA---C----------------TGCT-----G----G---A---------ATTTTTATCTG--T------------T--------------------T---------------------A----TA-CAT--T---TGC-------T-----A---GAAC-------TA-CA-GTGAAAAATGACTGAAAT--CTCATTCAA---GTTCAA-TCA--TGTCA------GTTTTTTTTATT------A-AAAATA----AAA-A---A-------------------------ATCAAG---------------------------------AAT----A---AATTAGATT----GTCTTA----G--T--AAACCTCTA--------CCTTTG--T-TAAC--AAC--TCTG---C----A------GACG---CAGTTTCC-C-T--ACAAATCT---G--T-G-ATTTTGTTAAC-C-------TTTCAG-TTCT--ATGCAcactccaggaatgtgcttggcctgacactaactttgccatctgggatataaatcagtattgtagtattaatcaaagtttaataataatgaattgtcatgacaacaatgtgactaaaaacatc
gi|20 : tcaaggttgctgttcAAT-TC------AGACATAGA---------C----ATAACCA--------ATA-CTCC---G-CC------AAC-A---TA--TT-C-A-A-G-A-A-CCAC--TGACAT-TC----TG------TCATTT--G-AA-ATACA--CAAACACT-----G-G-------T---------A--A----AC--------C----C----AAC---C---------------TGGTT-----G----T---ATC-------T---------G--T------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--G---TG-------CT-----A---GG----------G-AA-ATGATTA--GGC--AAATAACTCATTTTG---GTTATA-AAA--TGCAA------A--------ATC------T-GAATTA----AAA-G---A-----A-----------------GTGTAAAA-CTGA-A--GT-C---GT-----------T---GAT----A---AATCGAATC----ATAATA----T--TC-T--TTTTAA--------ACTTT---T-TAcaagtcacttctggaaatgggcgagacttgttttatctctgattagcaatctgcacactggatcatttactcataaactgatccgtgttt
gi|21 : c-CTTA-AAAA-A---A---AAATCTCTTTTCAAGACATAGA---------T----TTA-CCA--------ATA-TTCC---ACTT------T-T-A---CA--TC-C-A-A-A-A-CTCAAT--ACA-AT-CC----TA------TCGTTT--A-AA-ATTCA--C-TAAA-------C-T-------T---------G--G----A---------G----C----ATC---C---------------CTGAT-----G----G---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------G----CC-TAC--C---AGC------CC-----ATTTG-TT-------TA-CC-ATAAAAAA--ACTGAAAC--CTGCTTTCG---ATTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------A-GAAttg
gi|22 : tatctgtgttgccattctctaattcatttAAACATG-CCAAAAT--CTCATTGGT---ATTCAG-TTG--TACAA------T--------ATA------A-GAAATA----AAA-C---A-----A----TGATTT-------GTATAAAA-CT-G-T--ATAA---ATC------TC--C---AAT----A---AATTGAATA----ATCTCA----T--TTATAATCTCAA--------A-TTTA--T-
gi|22 : gatctacccatttatTCT---G--T-G-ATTTTTATGAC-C-------TTTCAC-CTTTACctgtgatttttatgacctttcacctttacttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
gi|23 : gatctacccatttataaacatgccaaaatctcattggtattcagttgtacaatataagaaataaaacaatgatttgtataaaactgtataaatctccaataaattgaataatctcatttataatctcaaattta-A-A-A-TAAT--CAA-AT-CC----TA------TCATTT--A-AT--CACATTCAAAA------------------T---------G--G----G---------G----T----ATC---CGTATCGTTT------CTGGCTATTAG----G---C---------G---------A--T------------T--------------------TGTTA-----------------A----CA-AAT--A---TGT-------T-----A---G-CT-------CGTCA-GTAAAAAATGACCAACAT--CTGATTAAG---GTTGAA-TTA--TACAG------A--------ATT------A-AAAATA----AAACAAACA-----G----T--TAT-------GTATACAA-CT-ttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
gi|24 : -T-A---TA--TC-C-A-A-G-ATA-CAAT--AGA-AT-CA----AA------TCAATA--A-AT-ATACA--CCAAAA-------A-A-------T---------G--G----G---------G----T----ATC---T---------------ATGAT-----G----G---G---------A---------A--T------------TCTCCTATCCATTCATTGGTTT---------------------A----CA-AAC--A---TGC------C------A---GGTT-------CA-CA-GTGAAAAATGGCCAAAAT--CTGATTA-------------------CAA------A--------ATT------A-GTAAT
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gi|27 : ----A---AATAAAACC----GCCTTA----T--T--TAGCATAAG--------ATGTTA--T-TGAG--AAT--TAAA---G----A------GACA---CACTATTC-C-T--GTCATTCT---T--T-G-ATTTTCCCGAT-C-------CTTCAT-TTCTACACGGAGG
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gi|3 : ataatattgtatccaATC-T-----TTT-TCT-TAGACTGTTGTA-TAAA-AGTTACAGC-C-CC---AACA-A---AC--AA-T-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-CCA--------ATA-TTTC---A-TCATTAAAA-T-A---TA--TC-C-A-AGA-A-A-CTAT--CAA-AT-TA----TA------TCATTT--A-AA-TCACA--C-GAAA-------A-G-------T---------G--G----G---------G----T----ATC---C---------------caatagttactaccggaaatgtgcatggcttgtgcaattaaaaacatattagcgg
gi|3 : cactt-A---A-----G----T--TGT-------GTATAAAA-CT-AAT--GT-------C------TC--TGATAAT----A---AATGAAATC----ATGTAA----T--T--TAATATCAA--------GCTTAA--T-TAAA--AAAAATCAA---TT---G------GGCA---CACTTTTC-C-T--GGCATTCT---G--T-G-ACTTTGCTGAC-C-------CTTCAaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttgtgtataaaactaatgtctctgataataaatgaaatcatgtaatttaatatcaagcttaattaaaaaaaatcaattgggcacacttttcctggcattctgtgactttgctgacccttcagaggacactccaggaaatgggcatgacttgtgcgccttttacaattagtggtctgcagc
gi|30 : cacttatctttttcttagactgttgtataaaagttacagccccaacaaacaattctagacatagacttgccaatatttcatcattaaaatatatccaagaaactatcaaattatatcatttaaatcacacgaaaagtggggtatccaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAATC-AGACACTTT-CCTATAGAGAGCTGTA-TAAA-ATTAACATC-C-TCTA-CAGA-A----T--A--T-TTG-----AGACATGTA---------CGTATTTG-CCA--------ATA-TTCCGCAA-T---------T-G---TA--TC-C-A-AGA-A-G-CAAT--TAA-AT-TG----TA------GCATCT--A-AA-GCACA--TAAACA-------A-gaggacactccaggaaatgggcatgacttgtgcgccttttacaattagtggtctgcagc
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gi|37 : gtt---GTTAAACTCA--CGCAA------A--------ATA------A-GAAACA----GAA-A---AC----G----T--TTT-------GTATCAAA-C--A----GG-T---GTC------TC--T---ATT----A---CATTTAATC----ATCCGA-------T--TAATCGC-A--------ATTTTA----TAAA--A
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1140 ) : ACCAAATC-A-----TTT-CCCATAGGCCGCTGTA-CAAA-AGTAACAGC-C-CCTA-AAAA-A---AT--AAAT-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-CCA--------ATA-TTCC---A-TT------G-T-G---TA--TC-C-A-A-A-A-A-CAAT--CAA-AT-CC----TA------TCATTT--A-AA-ACACA--CAAAAA-------A-G-------T---------G--G----A---------G----C----ATC---C---------------CTGNC-----G----G---A---------N---------A--T------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---TGC------CT-----A---GATT-------CG-CA-GTGAAAAATGGCCGAAAT--CTCATT-G-GG---GTTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------A-GAAATA----AAA-A---A-----G----T--TTT-------GTATAAAA-CT-A-T--GT-T---ATC------TC--T---AAT----A---AATTAAATC----GTCTTA----T--T--TAACCTCAA--------ACTTTA--T-TAAA--AAT--TCAA---T----A------GGCA---CAATTTTC-C-T--GCCATTCT---G--T-G-ATTTTCCTGAC-C-------TTTCAC-TTCTACATGCAGG
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gi|13 : ATAGGCTGCAGTA-TATA--GTAACTGT-C-TCTA-CAAA-A----C--AAAA-GCT-----TGATATA-------------------------------ATA-TTTA---A-T-----------G---TA--TA-A-A-G-A-A-A-CAAT--TAA-AT-C---------------ATTT--A-AACAAACA--CAA------------G-------C---------G--GT---A---------G----C------C---C---------------CGCTT-----G----G---A---------T---------G--T------------T--------------------TCAGCAGACAGACCAGTCGGTAA----CA-AAC--A---TGT-------T-----A---GGTT-------CG-CA-GTAAAAATCAGCCGAAAT--TGGATTTG-GG---ATAAAA-TCA--TGCAA------A---------TT------A-GGGATA----AAA-T---A-----A----A--TTT-------GTATAAAA-GG-A-T--GT-T-----C------TA--T---AA---------AATTAAATA----TTTTTA----T--T--TAACCTGAA--------ACTAAA--C-TAAA--AAG--TTAA---T----A------GACA---CGATTTTTGC-C--GCCGGTCT---G--T-tattttttttcatgtcaacaccggtaatcgacatgacttctgaaatatatgcttagcgatctgcaatc
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gi|16 : aggtcacggttcataattccgtttctaT-TCT-----AGACATAGA---------C----ATG-TCA--------GTA-TACC---A-TT------GGC-A---TA--TC-G-G-CTA-A-A-TAGT--CAA-AT-TAGTTATA------TCATT------A-A-------GAAGA-------A-C-------C---------G--G----T---------G----C----ATC---G---------------CTAAT-----G----A---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------G----CCTAGC--AGATTGCAATATACT-----A---GATC-------CG-TT-GTTAAAAATGGCCGAAAT--CGTATT-G-GG---CTTAAA-TCA--TGCAA------A--------A-T------A-GAAATA----AA------------------------------GTATAAAA------------T---GCC------TC--T---AATTCCGG---TAT----TC----ACCTTA----T--T--TAACCTCA-------------------TAAA----------------------------CA---CAATATTC-T-T--GTTATTTT---G----A-ACATTCCTGAC-A-------TTTCAT-TTCCATAtaattt
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gi|19 : caaatcctagtcgttaaacacgcacaacgtggggggtacccaaactttatttcagattacagtctatattgg----T--TTT-------GTATAAAG-CTGA-T--GT-T------------CC--A---AAT----C---AATTAAGTC----GTATTA----T--T--TAACTTCAA--------ACCTTA--T-TATA--AAT--TCAA---C----T------GGCAATTC--TTTTT-C-T--GCCATCAT---G--T-G-AATTTACTGAC-C-------TTTGAC-TTCTATA
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gi|21 : c-CTTA-AAAA-A---A---AAATCTCTTTTCAAGACATAGA---------T----TTA-CCA--------ATA-TTCC---ACTT------T-T-A---CA--TC-C-A-A-A-A-CTCAAT--ACA-AT-CC----TA------TCGTTT--A-AA-ATTCA--C-TAAA-------C-T-------T---------G--G----A---------G----C----ATC---C---------------CTGAT-----G----G---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------G----CC-TAC--C---AGC------CC-----ATTTG-TT-------TA-CC-ATAAAAAA--ACTGAAAC--CTGCTT-T-CG---ATTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------A-GAAttg
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gi|22 : gatctacccatttatTCT---G--T-G-ATTTTTATGAC-C-------TTTCAC-CTTTACctgtgatttttatgacctttcacctttacttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
gi|23 : gatctacccatttataaacatgccaaaatctcattggtattcagttgtacaatataagaaataaaacaatgatttgtataaaactgtataaatctccaataaattgaataatctcatttataatctcaaattta-A-A-A-TAAT--CAA-AT-CC----TA------TCATTT--A-AT--CACATTCAAAA------------------T---------G--G----G---------G----T----ATC---CGTATCGTTT------CTGGCTATTAG----G---C---------G---------A--T------------T--------------------TGTTA-----------------A----CA-AAT--A---TGT-------T-----A---G-CT-------CGTCA-GTAAAAAATGACCAACAT--CTGATT-A-AG---GTTGAA-TTA--TACAG------A--------ATT------A-AAAATA----AAACAAACA-----G----T--TAT-------GTATACAA-CT-ttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
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gi|28 : AACATTAA--------ACTTTG--T-TCAC--AAT--TCAA---T----ACATGTAGTCA---CAATTTCC-G-TAAGC---TCT---G--T-G-ATTTTCCAGAA-C-------TTTTAC-TCCTACAtcacttccggaagcggatatggcttgtgcaatctataataagcggtccgcaa
gi|3 : ataatattgtatccaATC-T-----TTT-TCT-TAGACTGTTGTA-TAAA-AGTTACAGC-C-CC---AACA-A---AC--AA-T-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-CCA--------ATA-TTTC---A-TCATTAAAA-T-A---TA--TC-C-A-AGA-A-A-CTAT--CAA-AT-TA----TA------TCATTT--A-AA-TCACA--C-GAAA-------A-G-------T---------G--G----G---------G----T----ATC---C---------------caatagttactaccggaaatgtgcatggcttgtgcaattaaaaacatattagcgg
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gi|31 : a---TA--TC-A-A-A-ACA-G-CGAT--CAA-AT-CA----TA------TAAATT--A-AA-ACACT--CAAAAA-----------------T---------G--G----ATAAATTCACG----CTTTGATT---T---------------TCAGT-----G----G---ACAGTCCATTC---------A--T------------T--------------------TGTTT-----------------A----CA-AAG--A---TA-------CT-----G---GAAA-------CG-CA-GTGAAAAG-GGCAAAAGT--CTCATT-G-Gtaaa
gi|32 : tacctTCTTA----T--T--TAACCTCAA--------ACTTCA--T-TAAA--CAT--CCAA---A----A------GTCA---CGAATTGC-A-A--ACCATTCT---G--T-G-ATTTACCTAA--------------ACGTTTTACATACAGG
gi|33 : aaaactgatgtctactgacc----A------GACA---TAAATTCC-C-T--GTCAT-CT---G--T-G-ATTTTCCTGAC-C-------TTTACC-TTCTACATAAAGGtcacttccggcaaatgacatgacta
gi|35 : atcTT-A-----TTT-CTCATAGGCCGTTTTA-CAAA-AGTAACAGA-C-CCTA-AAAC-A---A--------TCT-----AGACACAGA--------------------A--------ATA-TTCC---T-CT------GTT-A---CA--TC-C-A-AGA-A-A-CAAT--CAA-AT-CC----TA------GTA-TT--A-AA-tcactcacggaaaggggcgtgacctgtacactggttcgccgcactttatttttataaatgttccaagtt
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7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|19 : caaatcctagtcgttaaacacgcacaacgtggggggtacccaaactttatttcagattacagtctatattgg----T--TTT-------GTATAAAG-CTGA-T--GT-T------------CC--A---AAT----C---AATTAAGTC----GTATTA----T--T--TAACTTCAA--------ACCTTA--T-TATA--AAT--TCAA---C----T------GGCAATTC--TTTTT-C-T--GCCATCAT---G--T-G-AATTTACTGAC-C-------TTTGAC-TTCTATA
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gi|20 : tcaaggttgctgttcAAT-TC------AGACATAGA---------C----ATAACCA--------ATA-CTCC---G-CC------AAC-A---TA--TT-C-A-A-G-A-A-CCAC--TGACAT-TC----TG------TCATTT--G-AA-ATACA--CAAACACT-----G-G-------T---------A--A----AC--------C----C----AAC---C---------------TGGTT-----G----T---ATC-------T---------G--T------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--G---TG-------CT-----A---GG----------G-AA-ATGATTA--GGC--AAATAACTCATT-T-TG---GTTATA-AAA--TGCAA------A--------ATC------T-GAATTA----AAA-G---A-----A-----------------GTGTAAAA-CTGA-A--GT-C---GT-----------T---GAT----A---AATCGAATC----ATAATA----T--TC-T--TTTTAA--------ACTTT---T-TAcaagtcacttctggaaatgggcgagacttgttttatctctgattagcaatctgcacactggatcatttactcataaactgatccgtgttt
gi|21 : c-CTTA-AAAA-A---A---AAATCTCTTTTCAAGACATAGA---------T----TTA-CCA--------ATA-TTCC---ACTT------T-T-A---CA--TC-C-A-A-A-A-CTCAAT--ACA-AT-CC----TA------TCGTTT--A-AA-ATTCA--C-TAAA-------C-T-------T---------G--G----A---------G----C----ATC---C---------------CTGAT-----G----G---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------G----CC-TAC--C---AGC------CC-----ATTTG-TT-------TA-CC-ATAAAAAA--ACTGAAAC--CTGCTT-T-CG---ATTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------A-GAAttg
gi|22 : tatctgtgttgccattctctaattcatttAAACATG-CCAAAAT--CTCATT-G-GT---ATTCAG-TTG--TACAA------T--------ATA------A-GAAATA----AAA-C---A-----A----TGATTT-------GTATAAAA-CT-G-T--ATAA---ATC------TC--C---AAT----A---AATTGAATA----ATCTCA----T--TTATAATCTCAA--------A-TTTA--T-
gi|22 : gatctacccatttatTCT---G--T-G-ATTTTTATGAC-C-------TTTCAC-CTTTACctgtgatttttatgacctttcacctttacttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
gi|23 : gatctacccatttataaacatgccaaaatctcattggtattcagttgtacaatataagaaataaaacaatgatttgtataaaactgtataaatctccaataaattgaataatctcatttataatctcaaattta-A-A-A-TAAT--CAA-AT-CC----TA------TCATTT--A-AT--CACATTCAAAA------------------T---------G--G----G---------G----T----ATC---CGTATCGTTT------CTGGCTATTAG----G---C---------G---------A--T------------T--------------------TGTTA-----------------A----CA-AAT--A---TGT-------T-----A---G-CT-------CGTCA-GTAAAAAATGACCAACAT--CTGATT-A-AG---GTTGAA-TTA--TACAG------A--------ATT------A-AAAATA----AAACAAACA-----G----T--TAT-------GTATACAA-CT-ttctgttcactcacaaaaaagggcgtggcatgtacagtc
gi|24 : -T-A---TA--TC-C-A-A-G-ATA-CAAT--AGA-AT-CA----AA------TCAATA--A-AT-ATACA--CCAAAA-------A-A-------T---------G--G----G---------G----T----ATC---T---------------ATGAT-----G----G---G---------A---------A--T------------TCTCCTATCCATTCATTGGTTT---------------------A----CA-AAC--A---TGC------C------A---GGTT-------CA-CA-GTGAAAAATGGCCAAAAT--CT--------G---ATTA----------CAA------A--------ATT------A-GTAAT
gi|25 : taaaagtgaatctcgt-AT-CC----T----------TTT--ATAA-ATGTA--TAAAAA-------A-G-------T---------G--GGAAAA---------G----TGG--ATG---T---------------C-GAC-----A----G---A---------G---------A--TCAGCTCATCTGTT--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---TGC------C------A---GATC-------TG-CA-GTGAGAAACTGCCAAATT--CTCATT-A-GG---ATTAAA-TCG--CGCAA------A--------ATT------A-GAAATG----AAA-A---A-----A----TGATTT-------GTATAAAA-Cg
gi|26 : ttA-GTGAGAAATGAACAAAAT--CTTACT-T-AG---CTTCTA-TCA--TGCAA------A--------ATT--------GAGA-A----AAA-A---A-----G----A--TTT---------------------------------C------CT--T---AAT----A---AATCAATTC----GTCTTA----T--C--TAACCTCAA--------GCTTTA--C-T-AA--AAT--CC-------------------CA---C--TTTTT-C-T--ACCATTCTTCCG--T-G-ACACTGCTGACAC-------TTTCAC-TTC
gi|27 : ----A---AATAAAACC----GCCTTA----T--T--TAGCATAAG--------ATGTTA--T-TGAG--AAT--TAAA---G----A------GACA---CACTATTC-C-T--GTCATTCT---T--T-G-ATTTTCCCGAT-C-------CTTCAT-TTCTACACGGAGG
gi|28 : AACATTAA--------ACTTTG--T-TCAC--AAT--TCAA---T----ACATGTAGTCA---CAATTTCC-G-TAAGC---TCT---G--T-G-ATTTTCCAGAA-C-------TTTTAC-TCCTACAtcacttccggaagcggatatggcttgtgcaatctataataagcggtccgcaa
gi|3 : ataatattgtatccaATC-T-----TTT-TCT-TAGACTGTTGTA-TAAA-AGTTACAGC-C-CC---AACA-A---AC--AA-T-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-CCA--------ATA-TTTC---A-TCATTAAAA-T-A---TA--TC-C-A-AGA-A-A-CTAT--CAA-AT-TA----TA------TCATTT--A-AA-TCACA--C-GAAA-------A-G-------T---------G--G----G---------G----T----ATC---C---------------caatagttactaccggaaatgtgcatggcttgtgcaattaaaaacatattagcgg
gi|3 : cactt-A---A-----G----T--TGT-------GTATAAAA-CT-AAT--GT-------C------TC--TGATAAT----A---AATGAAATC----ATGTAA----T--T--TAATATCAA--------GCTTAA--T-TAAA--AAAAATCAA---TT---G------GGCA---CACTTTTC-C-T--GGCATTCT---G--T-G-ACTTTGCTGAC-C-------CTTCAaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaagttgtgtataaaactaatgtctctgataataaatgaaatcatgtaatttaatatcaagcttaattaaaaaaaatcaattgggcacacttttcctggcattctgtgactttgctgacccttcagaggacactccaggaaatgggcatgacttgtgcgccttttacaattagtggtctgcagc
gi|30 : cacttatctttttcttagactgttgtataaaagttacagccccaacaaacaattctagacatagacttgccaatatttcatcattaaaatatatccaagaaactatcaaattatatcatttaaatcacacgaaaagtggggtatccaattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAAATC-AGACACTTT-CCTATAGAGAGCTGTA-TAAA-ATTAACATC-C-TCTA-CAGA-A----T--A--T-TTG-----AGACATGTA---------CGTATTTG-CCA--------ATA-TTCCGCAA-T---------T-G---TA--TC-C-A-AGA-A-G-CAAT--TAA-AT-TG----TA------GCATCT--A-AA-GCACA--TAAACA-------A-gaggacactccaggaaatgggcatgacttgtgcgccttttacaattagtggtctgcagc
gi|31 : a---TA--TC-A-A-A-ACA-G-CGAT--CAA-AT-CA----TA------TAAATT--A-AA-ACACT--CAAAAA-----------------T---------G--G----ATAAATTCACG----CTTTGATT---T---------------TCAGT-----G----G---ACAGTCCATTC---------A--T------------T--------------------TGTTT-----------------A----CA-AAG--A---TA-------CT-----G---GAAA-------CG-CA-GTGAAAAG-GGCAAAAGT--CTCATT-G-Gtaaa
gi|32 : tacctTCTTA----T--T--TAACCTCAA--------ACTTCA--T-TAAA--CAT--CCAA---A----A------GTCA---CGAATTGC-A-A--ACCATTCT---G--T-G-ATTTACCTAA--------------ACGTTTTACATACAGG
gi|33 : aaaactgatgtctactgacc----A------GACA---TAAATTCC-C-T--GTCAT-CT---G--T-G-ATTTTCCTGAC-C-------TTTACC-TTCTACATAAAGGtcacttccggcaaatgacatgacta
gi|35 : atcTT-A-----TTT-CTCATAGGCCGTTTTA-CAAA-AGTAACAGA-C-CCTA-AAAC-A---A--------TCT-----AGACACAGA--------------------A--------ATA-TTCC---T-CT------GTT-A---CA--TC-C-A-AGA-A-A-CAAT--CAA-AT-CC----TA------GTA-TT--A-AA-tcactcacggaaaggggcgtgacctgtacactggttcgccgcactttatttttataaatgttccaagtt
gi|36 : acggat--T------------T--------------------T---------------------AA---CA-AAC--G---CGT-------T-----A---GAAC-------CG-CA-GTGAAAA-TGTTTGAAAT--CTCATT-G-AT---ATTAAA-TCT--TGCAA------G--------AAT------ATGAA--A----AAT-A---C-----A----T--TTT-------GAATAAAA-
gi|37 : gtt---GTTAAACTCA--CGCAA------A--------ATA------A-GAAACA----GAA-A---AC----G----T--TTT-------GTATCAAA-C--A----GG-T---GTC------TC--T---ATT----A---CATTTAATC----ATCCGA-------T--TAATCGC-A--------ATTTTA----TAAA--A
gi|39 : CAAATCCA-----TTTTCCCA-AGGCCGCTGTA-CAAA-TGTAACAGC-C-CCTA-GAAA-A---AT----AT-TCT-----AGACATAAA---------
gi|4 : cggttctC-A-----TTT-CTAGCAGACCGCTGTG-CAAA-ATTAACAGC-C-TCTA-CAAATATCTAT--AAAA-TCC-----AGATAAAGACTTGAAAATC----TTG-CTA--------ACA-TTCC---A-CT------G---GAATTA--TC-CTA-A-A-A-A-CAAT--CAA-AT-CT----TG------TTATTT--A-AA-ACGC-----AAAT-------A-G-------T---------A--A----G---------G----C----ATC---CTGTTTTGAATTGTTGCTGTC-----A----GTTCA---------T---------ATTT------------T--------------------T---------------------G----CA-TGT--A---TGC------C------A---GAAC-------CA-T--GTTAAAAAT-ACAGAAAT--CTTATT-A-GG---GCT----T------------------------ATT------G-G--ATA----AAG-A---A-----G----T--TTT-------GAATAGAATTT-A-C--GT-C---A---------C--T---A--------------------------TCA----T--C--TGACCTCAA--------GTTTTA--T-TAAA--ATC--TGAA---T----A------TATA---CAGTTTTC-C-T--ACAA----------T-G-ATTTGACTGAC-C-------TTT-AA-TTCTA
gi|41 : c-T--GT-T---GTC------T-------AAT----A---AATTA---T----GTC--A----T--T----------A--------ACTTCA--T-TAAA--ATT--TCAA---A----A------GACA---CAATTTTG-C-T--GCTGTTCT---G--T-aggtcactcctggaaatgaaggtgac
gi|5 : ACTAAATC-A-----TTT-CCAATAGGCTGCTGTA-TAAA-AGTAACGGG-C-CTTA-AAAA-A---AT--AAAT-TCT-----TGACACAGA---------C----TTG-CCA--------ATT-TTCC---A-TT------G-T-G---TA--TC-C-A-A-A-T-G-CAAT--CAA-AT-CT----TA------TCATTT--ATAA-ACACA--CAAAAA-------A-G-------T---------A--A----A---------A----C----ATT---C---------------CTGAA-----G----G---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---TGC------TTCATTTA---TATT-------TG-CA-GTGAAAAATGATTAAAAT--CTGACT-T-GG---GCTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------G-GAAATA----AAA-A---A-----G----T--TTT-------GTATCAAG-TT-A-T--GT-T---ATC------TC--T---GAT----A---AATTAAATC----ATCTAG----T--A--TAACCTCAA--------ACTTTA--T-TAAA--CTT--TCAA---T----A------GACA---CAATTTTC-C-T--GCTATCCT---G--T-G-ATTGTCATGAC-C-------TGTCAT-TTCTACATGCAGG
gi|6 : -----TTT-CCCACAGGCTGCCGCATCAAC---TAATAAC-C-CCCA-AAAA------T--CG-T-TCT-----TTACATTAA---------C----TTA-CCA--------ATA--------A-TA------G--------A--CC-C-ATG-A-A-A-CAA---CAA-A---------A------CCAATT--A-AA-ACACA--CACAAA---------G-------T---------G--A----A---------G----T----A-----C---------------CAGCC-----A----A---T---------G---------A--T------------T--------------------T---------------------T----CA-AAC--A---TAC-------T-----A---GATC-------TG-CA-GTGAAAAATTA--GAA---------T-G-AG---GTTAAG-ATA--TGTAT------A--------ATT------A-AAAGCA----A----------------------TT-------GTATAAAA-C--A----GA-C---GTC------TC--T---GAT----A---CATAAAATC----GTCTTA----C--T--TAACCTCAA--------GCTTTA--T-TATT--AAT--TCAG---T----A------GGTA---CA--TGTC-CAC--GACATTTT---G--T-GCATTTT
gi|7 : ctgcagttcaccagtactTCC---A-TT------A-T-G------------A-G-G-A-A-CAAT--ATA-GT-TG----TA------TCATTT--A-AA-ACAAA--CAAAAACTGAGGAA-GACCTCATT---------G--G----AT--------GTCCCC----GTA---C---------------CAGCT-----G----GT--C---------T---------G--T------------T--------------------T---------------------G----CA-AAC--T---TGC------C------A---GATT-------CA-CA-GTGAAAAATGACCGATAT--ATTGTT-G-CA---GTTAAA-TCA--GGCAACATCTGA--------ATTTGAGAAA-GAAATA----AAA-A---------G----T--TTT-------GTATAAAAACT------GC-C---ATT------TC--T---ATT----A---AATCAA-TT----ATCTTA-----------AGCCTCAA--------ATTTTA--T-TAAT--AAT--TCAG---TTATAA------GGCA---CAATTTTC-C-T--GCCATTCT---G--T-G-ATTTTCTTGAC-CACATTCTCTTCAC-TTCTATATACAGGtttttacgttaacagtttacataaatgtcactccgggaaatgagcgtgacgt
gi|8 : taCT-----AGCAATAGA---------C----TTG-CCA--------AAA-CTCT---A-TT------A-TTA---CA--TC-C-A-A-G-A-A-AAAC--TAA-CTTCC----TA------TTATTT--A-A-----TA--CAAAAA-------A------------------------------------------C----ATC---C---------------CTAAT-----GTTTTG---C---------C---------G--C------------C--------------------T---------------------A----CA-AAC--ACA-TGT------CTC----A---AATT-------C--CA-AT-----ATG-CCAGGTT--CGCTTT-G---------AAA-ACAAGTTCAA------A--------ATT------------TA----AAA-A---A----------------------------AAA-TC-C-T--AT-T---ATC-------------------------AGTTAAATC----TCTTTA----T--T--TAACCTAAT--------ACTTTA--T-TAAA--TAT--TCAA---T----T------GGAA---CACTTTTC-C-T--GAC-TTC-------T-A-AT-------AC-T-------TTTCAC-taattttcggcagagggcgtggcttgtgcaatctataaatagc
gi|9 : gttgcggtgcgcaaatgcatgtccaataagccccagactcttaaacacttaAATCCA-----ATT-CCCATAGACCGCAGTT-CAAA-----------T-TCT------------------T-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-TCA--------GCA-TTTG---A-TA------C-TAA---TA--TCAC-ATA-A-A-A-CAGTGGCGA-ACACC----GT------TCATTT--agtagcttacggaaatgggcgtggtctgttcaaactgtgcattagcgatcagcaa
gi|9 : tttaagatgcggttcgct------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---T-C------CC-----A---CAAT-------TA-CA-GTGAAAA-TTATCAAAAT--CTCAGT-G-GGAACGTTAAA-TCA--TGCAA------A--------A-------------ATA----AGC-A---------------------------GTA---AA-C--A-T--TT-T---ATC-------------------------AATTAAAAC----TTCTTA----T--T--TAACCACAAGTTTGTTTGTTTTT--T-TAAA--AAT--TCGA------------------A---CACTTTTC-C-T--GGGAATCT---T--T----TTTTACCGGC-T-------GTTTAC-TTC--CGTGCAtttttattacaaacatcccacaattacagtgaaaattatcaaaatctcagtgggaacgttaaatcatgcaaaaataagcagtaaacattttatcaattaaaacttcttatttaaccacaagtttgtttgtttttttaaaaattcgaacacttttcctgggaatctttttttaccggctgtttacttccgtgcacaggtcacttctggaaatactcgtttcatctataattagctgtaca
blockSeqs : AGACAC T T A A . CA T TCTATAAAA TTTCA CTTGAAAATCT ACC TAGTCGAT G GCA C CATTAAAATA AA A T T T C G T GGC C TAGTTA CGTGCA TG T C TT TGGATAAATTCACGCTTTGATTTTCAGTGGACAGTCCATTCATTTGTTTA T . GAT CAATATACT TTT AAT T T G AA T GTG AAC C AG GTTTTTTTT TGAGAAA AAAT C AAATTTT CTTTTTC A CAGGTTGATATCGGGGATTCCTT TCCGG C C ATAATAG TA GTTTGTTT AA A AC AA TACATGTA G ATT A G A AA TCC CA A C C A ACATTCT G
blockSeqs : CA . . G . . C . ATTGACAA . CGTATT AC . . . . TGGAAT . . . T G . T . C . ATT . . T . A AATGGGGTATCTATGATGGGAATTCTCCTATCCATTCATTGGTTTA . . CA CTTCATTT . GTT . . G . C TGG . . . CATCTGA AT AAG . AACAGT . A CTGTAGGTGTATCTAC AAAT T A T C . . . . . TTATAA G . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : CA . . A . . G . AAAATC . CAT CT . . . . CATGA . . . . G . . . C . TCC . . . . . AGTAAGGCATCCTGTTTTGAATTGTTGCTGTCAGTTCATATTTTTG . . . TCTC . ATT . . T . G GC . . . A A T . AATGA . T CTGTATAAATCTCC A T T T . . . . . . TCTTA G . A . . . . . . . C . . .
blockSeqs : T . . A . . A . ATAAAT . CT TT . . . . TGGCA . . . . G . . . C . ACC . . . . . CTGAGGAAGACCTCATTGGATGTCCCCGTACCAGCTGGTCTGTTTG . . . AAT . ATT . . G . C CC . . . A G . . AATGA . T CTAATGTCTCTGAT A T A T . . . . . . TATA A . A . . . . . . . C . . .
blockSeqs : A . . A . . A . CAAAA . CT TC . . . . CAACA . . . . . . . . T . CC . . . . . CTGGGGAACTCAAGCTGCATTTCTGGCTACCTGCTCATCTGTTTA . . . CCC . ATC . . G . T AG . . . A A . . AACG . T TTATGTTATCTCT A T C T . . . . . . TTG G . A . . . . . . . C . . .
blockSeqs : A . . T . . C . CAGCT . AC CC . . . . TGTTA . . . . . . . . A . CT . . . . . GCGGTAGCCCCGCTTGGATGTTTCAGCAGACAGACCAGTCGGTAA . . . CCC . ATC . . G . T GG . . . A A . . ACGT . T ACTGCCATTTCT A T A T . . . . . . TA G . A . . . . . . . T . . .
blockSeqs : A . . A . . A . ACAAT . CA CC . . . . TATTA . . . . . . . . C . CC . . . . . CCGATGCATCCCTGGTGGAAACTTGCATTCCAGTTCATTTGCTTA . . . TC . AAC . . G . C GG . . . G A . . TGT . T TTGATGTAATT A T A T . . . . . . TA G . G . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . A . . G . ATAT . CA CC . . . . ACTAA . . . . . . . . T . TT . . . . . AGTGGGAAAAGTGGATGTCGACAGAGATCAGCTCATCTGTTTA . . . CC . GTT . . G . C GG . . . A A . . TGT . T GGATGTTCTAT C T G T . . . . . . CA A . G . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . C . TCGT . TT CT . . . . TAGT . . . . . . . . A . TC . . . . . TGGGGTATCCGTATCGTTTCTGGCTATTAGGCGATTTGTTAA . . . TT . ATC . . A . C CA . . . A T . . AAA . T CTAATTTGTCT A C G G . . . . . . AA A . C . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . A . ATA . CT CC . . . . TTTA . . . . . . . . C . CC . . . . . GGTTCACTTTTTGGACTATCTATCAGTACATTTATTAA . . . CT . AAA . . G . G TT . . . A A . . AGG . T CTGACGTTCCT A T G T . . . . . . CT T . A . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . A . TAT . CT CC . . . . TGTG . . . . . . . . A . CC . . . . . AATATTGAGCATACTGCTGGAATTTTTATCTGTTTA . . . CT . AAC . . A . C TC . . . A A . . CGT . T CTGATGTTCCA A C A T . . . . . . CA G . C . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . AT . CT CC . . . . TATG . . . . . . . . C . CA . . . . . CTGGTAAACCCAACCTGGTTGTATCTGTTTA . . . CT . AAC . . A . G GG . . . A T . . ACT . T CTGAAGTCGTT A A A T . . . . . . GA T . A . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . A . CT TC . . . . TGT . . . . . . . . T . CC . . . . . AGTGAAGAATACCTGCTCGATATTTT . . . CT . ATT . . G . C AA . . . A A . . AGA . T CAGGTGTCTCT A G G T . . . . . . AA A . A . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . T . CT C . . . . TG . . . . . . . . C . TA . . . . . ATGGTATGTCTCTGATAGATGTCTTA . . . TT . ATC . . G . T AG . . . T A . . AGT . A TTTACGTCACT A T G T . . . . . . TA A . G . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . A . . . . . TG . . . . . . . . C . TG . . . . . ACCGGTGCATCGCTAATGAAAATTTG . . . CC . ATT . . A . C TA . . . A A . . CAT . T CAGACGTCTCT A T A T . . . . . . AA A . A . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . AG . . . . . . . . C . CA . . . . . CTTGGAGCATCCCTGATGGAAATTTG . . . CC . ATT . . G . C GG . . . A A . . AGT . A TCCTATTATC A T A T . . . . . . TA A . A . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . C . CC . . . . . AGTAAAACATTCCTGAAGGAAATTTA . . . CT . AAT . . T . T GA . . . A A . . AGT . T CTGGTGTCT A A G T . . . . . . TA G . A . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . C . CT . . . . . ACATCCCTAATGTTTTGCCGCCTA . . . TT . TT . . A . G AG . . . A A . . AA . T CATTTTATC A C A T . . . . . . TT G . C . . . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . CT . . . . . GTGAAGTACCAGCCAATGATTTT . . . CC . CT . . A . T TG . . . G G . . GT . T TGCCTCT A T G C . . . . . . T G . C . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . TG . . . . . . . . CT . T . . A . C GA . . . A G . . A . T CCTT . T A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . . . CC . T . . A . C GC . . . A A . . A . . GT . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . G . . A . . GG . . . A . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : A* CC* TATG*********** CC***** ** CT************ ATC******* A************** AGT************** G****
originalCons : ACCAAATC-A-----TTT-CCCATAGGCCGCTGTA-CAAA-AGTAACAGC-C-CCTA-AAAA-A---AT--AAAT-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-CCA--------ATA-TTCC---A-TT------G-T-G---TA--TC-C-A-A-A-A-A-CAAT--CAA-AT-CC----TA------TCATTT--A-AA-ACACA--CAAAAA-------A-G-------T---------G--G----A---------G----C----ATC---C---------------CTGNC-----G----G---A---------N---------A--T------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---TGC------CT-----A---GATT-------CG-CA-GTGAAAAATGGCCGAAAT--CTCATT-G-GG---GTTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------A-GAAATA----AAA-A---A-----G----T--TTT-------GTATAAAA-CT-A-T--GT-T---ATC------TC--T---AAT----A---AATTAAATC----GTCTTA----T--T--TAACCTCAA--------ACTTTA--T-TAAA--AAT--TCAA---T----A------GGCA---CAATTTTC-C-T--GCCATTCT---G--T-G-ATTTTCCTGAC-C-------TTTCAC-TTCTACATGCAGG
finalCons : ACCAAATC-A-----TTT-CCCATAGGCCGCTGTA-CAAAA-GTAACAGC-C-CCTA-AAAA-A---AT--AAAT-TCT-----AGACATAGA---------C----TTGCC-A--------ATA-TTCC---A-TTATG-----------TA--TC-C-A-A-A-A-A-CAAT--CAA-ATCC-----TA------TCATTT--A-AA-ACACA--CAAAAA-------A-G-------T---------G--G----A---------G----C----ATC---C---------------CTGNC-----G----G---A---------N---------A--T------------T--------------------T---------------------A----CA-AAC--A---TGCT------------A---GATC-------CG-CA-GTGAAAAATGGCCGAAAT--CTCATT-G-GG---GTTAAA-TCA--TGCAAA--------------ATT------A-GAAATA----AAA-AAGT--------------TTT-------GTATAAAA-CT-A-T--GT-T---ATC------TC--T---AAT----A---AATTAAATCG----TCTTA----T--T--TAACCTCAA--------ACTTTA--T-TAAA--AAT--TCAA---T----A------GGCA---CAATTTTC-C-T--GCCATTCT---G--T-G-ATTTTCCTGAC-C-------TTTCAC-TTCTACATGCAGG
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|41 : c-T--GT---TGTC------T-------AAT----A---AATTA---T----GTC--A----T--T----------A--------ACTTCA--T-TAAA--ATT--TCAA---A----A------GACA---CAATTTTG-C-T--GCTGTTCT---G--T-aggtcactcctggaaatgaaggtgac
gi|5 : ACTAAATC-A-----TTT-CCAATAGGCTGCTGTA-TAAA-AGTAACGGG-C-CTTA-AAAA-A---AT--AAAT-TCT-----TGACACAGA---------C----TTG-CCA--------ATT-TTCCA-T--T------G-T-G-T---A--TC-C-A-A-A-T-G-CAAT--CAA-AT-CT----TA------TCATTT--ATAA-ACACA--CAAAAA-------A-G-------T---------A--A----A---------A----C----ATT---C---------------CTGAA-----G----G---A---------A---------A--T------------T--------------------T---------------------A-C-------A----AACA--TG-CTTCATTTAT---ATT-------TG----CAGTGAAAAATGATTAAAAT--CTGACT-T-GG---GCTAAA-TCA--TGCAA------A--------ATT------G-GAAATA----AAA-A---A-----G----T--TTT-------GTAT-CAAG-TT-A-T--GT---TATC------TC--T---GAT----A---AATTAAATC----ATCTAG----T--A--TAACCTCAA--------ACTTTA--T-TAAA--CTT--TCAA---T----A------GACA---CAATTTTC-C-T--GCTATCCT---G--T-G-ATTGTCATGAC-C-------TGTCAT-TTCTACATGCAGG
gi|6 : -----TTT-CCCACAGGCTGCCGCATCAAC---TAATAAC-C-CCCA-AAAA------T--CG-T-TCT-----TTACATTAA---------C----TTA-CCA--------ATA-----------------A-T-A-G---A--CC-C-ATG-A-A-A-CAA---CAA-A---------A------CCAATT--A-AA-ACACA--CACAAA---------G-------T---------G--A----A---------G----T----A-----C---------------CAGCC-----A----A---T---------G---------A--T------------T--------------------T---------------------T-C-------A----AACA--TA-CT------AG---ATC-------TG----CAGTGAAAAATTA--GAA---------T-G-AG---GTTAAG-ATA--TGTAT------A--------ATT------A-AAAGCA----A----------------------TT-------GTAT-AAAA-C--A----GA---CGTC------TC--T---GAT----A---CATAAAATC----GTCTTA----C--T--TAACCTCAA--------GCTTTA--T-TATT--AAT--TCAG---T----A------GGTA---CA--TGTC-CAC--GACATTTT---G--T-GCATTTT
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gi|8 : taCT-----AGCAATAGA---------C----TTG-CCA--------AAA-CTCTA-T--T------A-TTA-C---A--TC-C-A-A-G-A-A-AAAC--TAA-CTTCC----TA------TTATTT--A-A-----TA--CAAAAA-------A------------------------------------------C----ATC---C---------------CTAAT-----GTTTTG---C---------C---------G--C------------C--------------------T---------------------A-C-------A----AACACATGTCTC-----AA---ATT-------C-----CAAT-----ATG-CCAGGTT--CGCTTT-G---------AAA-ACAAGTTCAA------A--------ATT------------TA----AAA-A---A-----------------------------AAA-TC-C-T--AT---TATC-------------------------AGTTAAATC----TCTTTA----T--T--TAACCTAAT--------ACTTTA--T-TAAA--TAT--TCAA---T----T------GGAA---CACTTTTC-C-T--GAC-TTC-------T-A-AT-------AC-T-------TTTCAC-taattttcggcagagggcgtggcttgtgcaatctataaatagc
gi|9 : gttgcggtgcgcaaatgcatgtccaataagccccagactcttaaacacttaAATCCA-----ATT-CCCATAGACCGCAGTT-CAAA-----------T-TCT------------------T-TCT-----AGACATAGA---------C----TTG-TCA--------GCA-TTTGA-TACT------A---A-T---A--TCAC-ATA-A-A-A-CAGTGGCGA-ACACC----GT------TCATTT--agtagcttacggaaatgggcgtggtctgttcaaactgtgcattagcgatcagcaa
gi|9 : tttaagatgcggttcgct------------T--------------------T---------------------A-C-------A----AACA--TC-CC------AC---AAT-------TA----CAGTGAAAA-TTATCAAAAT--CTCAGT-G-GGAACGTTAAA-TCA--TGCAA------A--------A-------------ATA----AGC-A---------------------------GTA----AA-C--A-T--TT---TATC-------------------------AATTAAAAC----TTCTTA----T--T--TAACCACAAGTTTGTTTGTTTTT--T-TAAA--AAT--TCGA------------------A---CACTTTTC-C-T--GGGAATCT---T--T----TTTTACCGGC-T-------GTTTAC-TTC--CGTGCAtttttattacaaacatcccacaattacagtgaaaattatcaaaatctcagtgggaacgttaaatcatgcaaaaataagcagtaaacattttatcaattaaaacttcttatttaaccacaagtttgtttgtttttttaaaaattcgaacacttttcctgggaatctttttttaccggctgtttacttccgtgcacaggtcacttctggaaatactcgtttcatctataattagctgtaca
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|34 ): CCTTGAGCTCTGTCAAAAACTTGAAACGCACGTGTCCTACAATTCTGCTAGTTTACCGGCCATTCTATGGAGAAGTCGCTCCACGAAATGGGCTTTGCTTGTTATAACTATGTTTAG
Unaligned ( gi|38 ): CCATTTTTCAGGAGTGACTTATACACATGGTTCACTCCTGGAAACGGGTGTGACTTTTGTCATCTATAATTAGTGGTCTGCAGCCT
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Unaligned ( gi|42 ): TTTATGGAAAGGTCACTCCTAGAAATTGGTGCGGCTTGTTTTATCTCTATGTTGGAAATCCGCA
Unaligned ( gi|43 ): TCTTCATGTCAATACACATGTCATTCTCAGAAATGGGCGTGGCTTGTGACATCTATAATGGGT
Unaligned ( gi|44 ): ACAAGTTACTCCCGCAATCGTGCGTTGCTTGTGAAATCTATAATTAGTAATTCGCAAC