lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                               11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                 1111111111111111111111111111111111111111                                                                             111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                     111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      
lowQualScore                  :                                                                                                                                            1   22222       1     111111                   1   44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  111     2     222222222       111             1  11  11                111     5555555555555555555555555555555555555555    1111                                                   11        222     111111111111111111111111111111111111111111111111111    1                       4                                 3333                               11                                                        11                   444444444444                   1                         2222                4444444         1  555555            1  333333333333333333333333333333333       1  55555555555555555555           2     2222     555555         11   333   2            1        33333333333333    2  1            111   2222               11       55555555                          11                                 1    2                          111111      1         33333            444444444444444444444              2   777777777777777777777777777777           777                                                                           5555                          11           2               222222222                 1    333333     1         444444444                             22     1  4444              11   55555               222     1          1    11111     1    1                 44        1              1               1              22   111  1                              44       
lowQualScore                  :                                                                                                                                            5   66666     3 1     999999 6   3             0   99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  777 6   2     666666666       111         5   1  11  44        5       000     4444444444444444444444444444444444444444    5555 5    9         4     6  6 4 6    3         7    9 55  6  6  999     888888888888888888888888888888888888888888888888888    0                 6     0     4                           2222     7                       6 33       1    5         5   2  6  8    3          1 5  6  44   3   6  6  9     333333333333     3 3        0  2                    6    0000    1     2     3333333         3  000000       4 6  7  555555555555555555555555555555555       2  88888888888888888888        1  3     3333     111111         44   666   3  7   7 6   7        66666666666666    3  3       0    555   8888               77 6     11111111  2       2 4     4       55   3         4  2        3 2  3  5    0  6 2          88  2      888888      3         55555  6  7      444444444444444444444      2       3   333333333333333333333333333333           000                                                                           4444           6          3   00   3  2  2 0 2  2      4   444444444 6               5 6  999999     7     6   555555555        3      2     6       88     5  2222         2    88   00000       66      222     5   77     7    88888     7    5                 66        7              5               5  6         6 33   888  5                              66    6  
lowQualScore                  :                                                                                                                                            .   .....     . .     ...... .   .             .   .................................................................  ... .   .     .........       ...         .   .  ..  ..        .       ...     ........................................    .... .    .         .     .  . . .    .         .    . ..  .  .  ...     ...................................................    .                 .     .     .                           ....     .                       . ..       .    .         .   .  .  .    .          . .  .  ..   .   .  .  .     ............     . .        .  .                    .    ....    .     .     .......         .  ......       . .  .  .................................       .  ....................        .  .     ....     ......         ..   ...   .  .   . .   .        ..............    .  .       .    ...   ....               .. .     ........  .       . .     .       ..   .         .  .        . .  .  .    .  . .          ..  .      ......      .         .....  .  .      .....................      .       .   ..............................           ...                                                                           ....           .          .   ..   .  .  . . .  .      .   ......... .               . .  ......     .     .   .........        .      .     .       ..     .  ....         .    ..   .....       ..      ...     .   ..     .    .....     .    .                 ..        .              .               .  .         . ..   ...  .                              ..    .  
lowQualScore                  :                                                                                                                                            0   22222     5 0     222222 7   3             0   00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  555 7   5     777777777       777         2   8  00  66        6       000     6666666666666666666666666666666666666666    6666 0    0         8     7  7 8 7    0         3    3 88  7  7  333     888888888888888888888888888888888888888888888888888    0                 0     0     4                           0000     8                       0 88       4    6         0   2  0  0    5          7 0  7  22   3   0  7  0     000000000000     7 5        3  7                    7    8888    0     5     3333333         3  777777       0 7  3  222222222222222222222222222222222       0  77777777777777777777        0  7     0000     777777         33   000   3  7   7 0   0        33333333333333    7  3       7    000   3333               55 0     55555555  5       5 0     0       55   0         0  5        0 5  0  0    0  0 5          00  5      000000      3         77777  0  0      333333333333333333333      5       0   555555555555555555555555555555           000                                                                           0000           0          0   00   0  5  5 0 5  5      0   555555555 0               0 0  000000     0     0   000000000        0      5     0       55     0  5555         5    00   55555       55      000     0   00     0    00000     0    0                 00        0              0               0  0         0 00   000  0                              00    0  
consensus                     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCAGAGTATAGAATCAATAG--------------------TTATT-----------------------AT----A----------CTA--A-ATCTCCGTA---------ATAATAT---GTATCCGTCNATTAAC--TTNTATTCGCCGTCCGTGCTTANAAAAA--GTTNT--GGT---AATT-T---AAC--AATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTT-ATGCNAATACATAACTATAAG--TT-CT-AAAAACAATA--------------------ANCAAA---------------GG--------CATTCCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGCCCACTGACCTGTCCCGGGTGTAGGTATATCTAT--GTACTATTAGTTTAATCAGCAAAACACCCAAT-ATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGT-TAACCGCTA---A------AGTATTNACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC-T-A--TGTCCAAAA-TA--TG--CATTTGACGCAACAC-TA-TCAA--CA-AGTTT--CAAATGGCNNACNTTAAACACATNT-GA--CAA-CT----NNTGTCAAGTACTT-CAAAACA-CTTTAAA-----CAAATATTT-CAAA-TNATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGGT-GA-TTAATAACGAATNANACT----TCGGAAAACATTTACNAACAATACGCTAATTACGNTTACATANTNTTTCANTTAAATGNNTGGNTATGTTTATNAGNTAAGAGAANTNAGNTTCCTAGATAAANAAGTCAAATGNNGTNTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTGATAGCAT-CC-----AAAATCATTTANGCTATANACGTTTGCATTCNNAATGCTGANTAANGTACTGAATAAAATACTGAATTGAAATGTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTAATGAAT-TGTTGAAGGTTTATAATATTCANTTACNATANTTNCANTTCNCTNCAGCCANCCTACCACNANTTCTAGAATCTGTCGTAGCGGAAGGGACTATAAAACACACGTGTAGTGTAACGACAAAAGGNACTCCGNAGGTTAGCGTCACTNTAAAGGTATGGTCATACCAATNATAAAGTCANNTTTGAGCTTTNNCTGTCANANTCTACGTAANNTATCTAAATATTGTGTACATTAGTGTTGCTTTACTAACAAGGGA-TGTTGTCAAGCCAACTCGTACTACTGTTATTATCTTTCGGACCGATATTTTGTAAATAACGCTTCATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTT-ATCCCAT
Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                 AGATTATGCCACAAT-GTGAAATGAACACTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCACTAG--------------------TTAT------------------------AT----A----------CTT--A-ATCACCGTA---------ATAATAT---GTATCCGTTCATTTAC--TTGCATTTGCCGTCCGTGCTTACAAAAA--GTTAT--GAT---AATTATGGAAAC--AATATCAATAGTGATCCTTTTAACTGACTTATTAAGTGGTG-AA-CCT-ATGCAAATACATAAATATACG--TT-CT-AAGC-CAATA--------------------AGCGAA---------------GA--------CATTGCCGTGACCAAACAAGAGTCAAAT-TATCTACAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCATTCGACTGATCTGTCCCGGGTATAAGTATATCTGT--GTACTATTAGTTTAATCAGCAACACATCCGAT-ATCAATTAATTGGACATTAC-AAGCGTGGCTCTGT-TAGCCGCTA---A------AGTATTGATTTTTAAGATAGAAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACTACGAAAAGTGTTACATTTACTT-AT-TGTCCAAAA-TA--TC--CATTTGATGCAATAC-TATTTAAGCCACAGTTTTGCAGATTGCAAACATTAAACACATTT-GA--CAA-CT----TTTGTCAAGTATTTTCAAAATAACTTTAA------CAAATATTT-TAAAAACATTCAGATCATGTATTAAAACTAAGGAA---TGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATAATACT----TCAGAAAACATTTACTGATAATACTTTAATGACAGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTTTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAGAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCAATATGA----TTGCTTTATAGCATTCC-----AAAATTATTTTTGCTATACACGTTTGTATT----ATAT---ATAA----CTGA-------ATTGAATTGAA---TCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGTGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTATTATATTTCCAGT-CGCTCCAACCAATCTACCACCACGTTTAGAATCTGTCGTAGAGAAAAACAGCATAAATCACACATGTGTTTTAGATACAAAAGGAACTCCAGAAGTTGACGTCACAATAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAA---GAGCTTTTGTTGTTAAAGTTTATGTAAAATATCTTAATAGTATCTACATAAGTGGTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCATGCCAACTCGTACTAGTGTTATTATCTTTCGCACTGATATTTTGCATGTAATATTTAATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCTAT
gi|4                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTTTAGAATCAATAG--------------------TTAA------------------------AT----A----------CTA--A-ATCTCCGTA---------ATGATAT---GTATCCGTTCATTTAC--TTGCAATTGCCATACGTGCTTATAAAAA--GTT--------------ATGG---T--AAT-----TA-TGGT----------AACTTATTAAGTGTTG-GA-CAT-ATGCATAAACATAAATATAAG--TT-CT-AAAA-CAATA--------------------CGCAAA---------------GG--------TAATGCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACATGCAAGTTACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTGTAAGTATATATATATGTACTATTCGTTTAATTAGCAACACATCCAAT-ATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGT-TAACCGCTA-------------ATTGCTTTTTAAGACAGAAGCACTTGCATAATTAGGCT-ATACTTCGAAAAGTGT
gi|3                          :                        tatgtcacactatcactccaaaataaaaaataaaactttacgatttgttcacttttttatcagtagtttcataagttttttcaacttcaatttaaaaacgacttaAGATTGTGCCAACAT-ATACCATGAGCGCTCTC------T-GTCAGAGTATAGGATTAAAAG--------------------TTGTCCTTGCT-----------------AT----AAAAGCCCCAACTA--A-ATC-TCGTA---------ATAATATTATGTAACCGTTTATTAAC--TTTTATTTGCCGGCCGTGCTTACAAAAT--ATTTT--TGT---AATTTT-----C--AATATCTACTTTGATTCCTTCAACTAACCTATTAAATGGTT-AA-CTT-ATGCAACTAGATAATCATAAG--TT-CT-AAACACAATA--------------------ACCAAA---------------GG--------CATTTCCGGGACCAAACAAGAGCCAAATATATCTATACGTTATCTTTTATTCAGTAATATCAGCCCACTGACCTGTCCCTGGTATAGGTATATCTAT--TTACTATTAGTTTAATCAGCAACACACCCAAT-ATTAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGGCTCCGT-TAACCGTT----A------AGTATTGACTTTAAAGATGGTAGCACTTGCTGAATAAGGTT-ACACAACCAAAAAT
gi|2                          : ctcgataatccactagtgtatatgtcaaactatcactttaaattaaaatacaactttacaatttgttcactcttttattaatattgtcataatttatttcttagttagcttaatttaaacacgactaaAGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGATCTTTCCTGTCCT-GTCAGAGTATATACTCAATAG--------------------TTATTCTTGAAAAAAAATCCTAACTTATAT----A----------CTA--A-ATCTCGGTA---------ATAATGT---ATATCTATCAATTAAC--TTCTATTCGCCGTCCGTGCTAAGAATAA--GGTATTTG-T---AATT-T---AA---AATATCTCTGGTGATACTTTTAACTAACTCATTACATGGTG-AA-ACTCATGCCAATACATAACTATACG--TTTCTGAAAA-CAATA--------------------GACGAACTTAATTTCAAGCATGAAACAAAACCATTCCCTTAACCAAAGAAGAGCCAAATATATTTTCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATTTTGTCC-ATTGACCTGCCCTGCGTGTTGGTATATCTAT--GTAGTATTAGTT--ATCAACAAAACATTCAATTACCT-TTAATTAGACATCACTAAA--TGACTCCGTATA-TCATTA---A-------GTATTTACTGTTAAGACAGTAGCACCTGCTTAATTAGGCTGACACAACCCAAAGTGTTAC
gi|12                         :           tgttacactatcgcttttcaaagttgaatgaaaatataataaaataaattttgtttattcttttattagtagtttttctaaattatttataaattaacttcacttttaaaacgactacAAATTATGCCAACAT-ATACAATGAACGTTTTC------T-GTCAGAGTATAGTGTCACTAGTTGTCCTTGCTATAAAAAACTTAT------------------------AT----A----------CTT--A-ATCCCCGTA---------ATAATAT---GTATCCGTTAAT
gi|8                          :                 aatttgtcacactatcgctttgaaatagaattacaactttacaattagttcactcttttattaaatgtggtctaagttacatctaagttaactttaatttaataccgattaaAGATTATGCCAAAATTATTCATTGAGC--TTTC------TTGCCAGAGTGTGAAATCAGCAG--------------------TTTTT-----------------------ATCCCAA----------CTTTTATACTGTCGTATCTCAAGTTATAATAT---GTATCTGTCCATTAACATTTG--TTTACCGTCCGAACT---AGAAA--TATAT--GTTGGCAGTT-----AACCTGATCTC--CTGCGAACC--TCAACTT-CTCATTAGTTGGTGAAA-CTT-ATGCCAATGCATAACTATTTGTATT-CC-AAGgataattta
gi|5                          :                                                     ttaaataaaagtaactttaacttatgtcacagtatcgctaactttcacatttttttttctaagttaaacggcaatctacaatgactaaAAT-ATACAATAAGCACTTTC------T-GTCAGAGTATCGAATCA
gi|5                          :                                                                                                                                                 tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatcaaaTAT------------------------AT----A----------CTA--A-ATC-TCG-----------ATA-TAT---ATATTTATCAATTAAC--TTTTATTCGCCA-CCGTGTTTAGAAAAAAAGTGTT--GGT---AACT-T---AAC--A-TATCTCTGGTGACCTTTTCAACTTACTCATCAGAGGGTG-AAACTT-ATATCAGTACATAACTATAAGG-TT-CT-AAAAACAATAGACCTTAGTTTCAAGCATGTAACAAA---------------GC--------CATTTCCGTGACCAAACAAGAGCCGAATATACCTTCAAGTGACCCTTTATGCAGTAATATCAGTCCACTGACCTGTacccctccccacccccctgctataaaaatccaaaatatatactaaatctcgatatatatatttatcaattaacttttattcgccaccgtgtttagaaaaaaagtgttggtaacttaacatatctctggtgaccttttcaacttactcatcagagggtgaaacttatatcagtacataactataaggttctaaaaacaatagaccttagtttcaagcatgtaacaaagccatttccgtgaccaaacaagagccgaatataccttcaagtgaccctttatgcagtaatatcagtccactgacctgt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                     tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatcaaaaatatacaataagcactttctgtcagagtatcgaatcaacccctccccacccccctgctataaaaatccaaaaTCAACTAACTTATTTAATCG-G-AA-CTT-ATGCAAACACATAAATGTAAG--TT-CT-GAAA-CACTA--------------------ACCAAA---------------GG--------CATTCCCGTAACAAAACAATAACCAAATATACCTACAAATGACCTTTTATTCAGTAATATCG------------GTCTCGGGTATAAGTTTATCTAT--GTACTATAAAGTTAATCAGCAAAACAACCAAT-ATTAATTAATTGGACATCAC-AA-----ACTCCGT-TAACCGCT----G------AGTATTAACTTTTAAGAAAGTAGCACTTGCTTAATTAGGTT-ACACAACCAACACTGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACCATAAGTTGAATCAGCAGAATACCCAAT-ATCATTTAATTGGAC----C-CAACGTGACTCCGT-TAGCCGTTA---ACCGTTAAGTATTTACTATTAAGATAGTAACACTTGCTTAATTTGGCT-ACAC----AAAACTATTA-ATCGA--T-A---ACACAAAAGTA--TG--TATTTGACG-AACAC------AACCCAAAGTGTTAC
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atattaatctatatcatctattattgataacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTCAATTAATTTGACGTTAC-AAACGTGACTCCGT-TAACAGCTATATA------AGTATTAACTTTTAAGATAGTAGCTCTTGCTTGATTAGGCT-AAACAACCAAAAGTGTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TACATTTACTTGAG-TGTCCAAAA-TA--TAGACATGTGATGCAACAC-TA-TCAAG-TAC--TTT--CAAA----AAACCTTAAACA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTTACAT-GTGTGTCCAAAA-TAAAGG--CATTTAAGACAG-ACATATTTTA-----AGTT----AAATGGCCCA-ATTAAACA-ATTAAGA--CAATCT----AATGTCAAGTACTT-CAAAATATTTTTAA------CAGATATTT-CAAAATAATT-AGTTCAAGCAATTAAACTAACATT---TGAAG---TGGT-GACTTAATAATAAATTAGACG----TCAGAAAACAaatatttctaaatattcagatcatgcatttcaacaaagaaaagatttggttgattaataacgaatcatactacggaaaacatttaccaacaatacgttaattacagttatatagtttttcatttaaatgtctggttatgtttattagctaagaaaactgagattcttagtaaagaagttaaatgaaatctgtttgtgtcatgttctcaatatgattgttttatagcataccataatcatttatgctatacacgtttgcattcttaatactgaataaaatattgaactgaattga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TAAACATATCT-AA--GTA-CTCATATCTGTTAATTATAT--AAAACA--TATAAAAAAGACAAATCTTT-CAAATTCATT-AGCTCAGGCATTTAATCTAAGAAAAAGTGGTTAAATGAT-AA-TTAATAATGAATATAACTAACGTCAGTAAACATTTATAAACAATATCC------CGCTTACATATTATTTCAATTAAATGAATGGGTATGTTTATAAGGTAAGAGAAATTAGCTT-CTAGATAAATAAGTCAAATATTGTGTGTTTGTT-TT-ATTTTCTTTGGTATAAGCGTTTGTTTGAAAACA---C-----AAAAT
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       gatataaatacagaACATGT-GATGCAA-CA----CT-ATCAAGTACTTTCAAAA-AACCTTAAA-----CAAATATTTCTAAA--TATTCAGATCATGCATTTCAACAAAGAAA---AGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATCATACT----ACGGAAAACATTTACCAACAATACGTTAATTACAGTTATATAGTTTTTCATTTAAATGTCTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAACTGAGATTCTTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-TGTC-ATGTTC-TCAATATGA----TTGTTTTATAGCATACC-----ATAATCATTTATGCTATACACGTTTGCATTCTTAATACTGAATAAAATATTGA-------ACTGAATTGAa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tacatttacttgagtgtccaaaatatagTGTTTA-T-TTCATGTTC-TCAATATGA-----TGTTTGGTAGTATTTCATAAAAAAAATA----GGCTATAAACGTTTG-ATTTAA-ATGT---TTAATG--CTGAATAAAATATTGAATTGAAATGTCAG
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              GCTAATGAAT-TGTTGAAGGTTTATAATATTCAATTACTATAGTTCCATT-CGCTCCAATCAATCTACCACAAC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCACTTACAATATTTACAGTTCCCTGTAGCTATCCT----CCAATTCTAGAATCTGTCGTAGCGGAAGGGACTATAAAACACACGTGTAGTGTAACGACAAAAGGCACTCCGGAGGTTAGCGTCACTGTAAAGGTATGGTTATATCAATTATAA--TTATGTTTGAACTTTAGCTGTCATATTCTAC-TAAACTATCtccataagttaatgtcactttaaagtacatactaatgataaagtcaatgagcttttcttgttaagtttatgtaatatatctaaatattgtgtacattagtgttgctttactaacaagggatgttgtcaagccaactcgtactactgttattatctttcggaccgatattttgtaaataacgcttcataaaattaaatcaaattaatatttcgagttatcccat
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aattttaaaAACTCCATAAGTTAATGTCACTTTAAAG-TA----CATACTAATGATAAAGTCAAT---GAGCTTTTCTTGTTAA-GTTTATGTAATATATCTAAATATTGTGTACATTAGTGTTGCTTTACTAACAAGGGA-TGTTGTCAAGCCAACTCGTACTACTGTTATTATCTTTCGGACCGATATTTTGTAAATAACGCTTCATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTT-ATCCCATacagaacatttccaatta

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  111111                           222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222     11       111                                                                 222222222                                        1                                     9999999999999999999999999999999999999999999999999                                                                                                11                                                                                     33333333333                                                                   555555555    1     1  222222           1      4444444444    222    11                     11   1             11  222     11        22222          3    11   1                        111     111   111  1                  2222                        1111111                                                                   2                          111  1      1         2222             33333  1                         1   88888888888888888888888888888888         222    6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666          2                                     22                                                                                                                    4444                   3333                1                                                     2                                                                                                    2       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                5           5     666666 5                       0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888     00       000            1  77      1    0    3        99 1  6 6 2  44      1 999999999      555    22 5       3               1  5       1         3     6   6      3333333333333333333333333333333333333333333333333 1     1    3                             1                          2 9                        11                     3         3   2    6                0    5  00                  88888888888      1                                  5    1                3   000000000    0     0  444444       4 2 0   2  3333333333    555    44  22 77       0  1   33   0 555         00  777     44 6   9  55555          0    11   0  1   1                 777     777   111  0            1 1   1111  2            1        8888888  11   0   1 1     1       22   1         1  1     0  1 1  1  6    3    1    0     222 1      111  0      0  2      1111 3    2      33333  0    3     1      1       2   44444444444444444444444444444444         111    4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444       4  0                      1    1   1  1  11  1  1  0   11  7    1 1                  2      2 2      4          2 2   55        1     11 0    0       1     6  4444         1    7    7777        222   0 4 1 0  77   22     4    3   2     4    3              0            4              2               2              4         2                               0       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                .           .     ...... .                       . ...........................................................................     ..       ...            .  ..      .    .    .        .. .  . . .  ..      . .........      ...    .. .       .               .  .       .         .     .   .      ................................................. .     .    .                             .                          . .                        ..                     .         .   .    .                .    .  ..                  ...........      .                                  .    .                .   .........    .     .  ......       . . .   .  ..........    ...    ..  .. ..       .  .   ..   . ...         ..  ...     .. .   .  .....          .    ..   .  .   .                 ...     ...   ...  .            . .   ....  .            .        .......  ..   .   . .     .       ..   .         .  .     .  . .  .  .    .    .    .     ... .      ...  .      .  .      .... .    .      .....  .    .     .      .       .   ................................         ...    ................................................................       .  .                      .    .   .  .  ..  .  .  .   ..  .    . .                  .      . .      .          . .   ..        .     .. .    .       .     .  ....         .    .    ....        ...   . . . .  ..   ..     .    .   .     .    .              .            .              .               .              .         .                               .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                7           3     444444 7                       3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     00       000            0  99      0    7    2        22 0  7 7 2  33      7 777777777      777    88 7       9               4  7       0         0     7   7      5555555555555555555555555555555555555555555555555 0     0    7                             0                          2 0                        00                     2         0   2    7                1    7  99                  66666666666      0                                  7    9                2   555555555    0     0  888888       2 5 0   5  5555555555    777    00  00 77       2  0   88   0 222         22  555     22 5   8  00000          0    00   0  0   0                 555     555   000  0            0 0   2222  0            0        7777777  77   7   0 0     0       00   0         0  0     7  0 0  0  7    7    0    7     777 0      000  0      0  0      2222 2    5      55555  0    7     0      0       0   77777777777777777777777777777777         000    0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000       0  0                      0    0   0  0  33  0  0  7   77  3    0 0                  5      5 5      0          5 5   00        0     77 7    7       0     7  0000         0    3    3333        777   7 0 0 7  33   00     0    0   5     0    0              0            0              5               5              0         5                               0       
consensus                     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCAATAGTTAT-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATAA---TATGTATCCGTCNAT--TAACTTTTATTCGCCGTCCGTGCTT--ANAA-A-ANGTNTTGGTAATT-T---AACAATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTTATGCAAATACATAANTATAA-GTT-CTAAAAAC-------------AAT----------A--------------------ANCAAAGGCATTNCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTATGTACTATTAGTTTAATCAGCAANACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA---A------AGTATTGACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC---T---G-TGTC-CAAAA-TA--TG--CATTTGACGCA-ACACTA-TCNA--NA-AGTTT--CAAAT-GCAAACATTAAACACATNTGA--CAA-CTNNTGTCAAGTA-CTT---CAAAAT-ACTTTAAA-----CAAATATTTCAAAATN-ATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGG-T-GA-TTAATAACGAATNANACT----TCAGAAAACATTTACCGACAATACNTTAAT-ACGGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTNTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTNATAGCA-T-C-CA-AAATNATTTATGCTATACACGTTTGCATT-T-AATATT--ATAA-G-ACTGAAT-----ACTGAATTGAAATGTCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGNGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTACTATATTTCCAGTTCGCTCCAACCAATCTACCACCACTTCTAGAATCTGTCGTAGNGGAAGGNANCATAAANCACACGTGTGNTNTAGNNACAAAAGGNACTCCGGAAGTTAACGTCACTNTAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAG--TGAGCTTTTGTTGTTA-AGTTTACGTAAAATATCTNAATANTGTNTACATNAGTGNTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCANGCCAACTCGTACTANTGTTATTATCTTTCGNACCGATATTTTGCANGTAACGCTTNATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCCAT
Reference ( family-1088 )     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCAGAGTATAGAATCAATAGTTAT-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATAA---TATGTATCCGTCNAT--TAACTTNTATTCGCCGTCCGTGCTT--ANAA-A-AAGTTNTGGTAATT-T---AACAATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTTATGCNAATACATAACTATAA-GTT-CTAAAAAC-------------AAT----------A--------------------ANCAAAGGCATTCCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGCCCACTGACCTGTCCCGGGTGTAGG--TATATCTATGTACTATTAGTTTAATCAGCAAAACACCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA---A------AGTATTNACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC---T---A-TGTC-CAAAA-TA--TG--CATTTGACGCA-ACACTA-TCAA--CA-AGTTT--CAAATGGCNNACNTTAAACACATNTGA--CAA-CTNNTGTCAAGTA-CTT---CAAAAC-ACTTTAAA-----CAAATATTTC-AAATN-ATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGG-T-GA-TTAATAACGAATNANACT----TCGGAAAACATTTACNAACAATACGCTAATTACGNTTACATANTNTTTCANTTAAATGNNTGGNTATGTTTATNAGNTAAGAGAANTNAGNTTCCTAGATAAANAAGTCAAATGNNGTNTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTGATAGCA-T-C-CA-AAATCATTTANGCTATANACGTTTGCATTCNNAATGCTGANTAANGTACTGAATAAAATACTGAATTGAAATGTCAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCTAATGAAT-TGTTGAAGGTTTATAATATTCANTTACNATANTTNCANTTCNCTNCAGCCANCCTACCACNANTTCTAGAATCTGTCGTAGCGGAAGGGACTATAAAACACACGTGTAGTGTAACGACAAAAGGNACTCCGNAGGTTAGCGTCACTNTAAAGGTATGGTCATACCAATNATAAAGTCANNTTTGAGCTTTNNCTGTCANANTCTACGTAANNTATCTAAATATTGTGTACATTAGTGTTGCTTTACTAACAA-GGGATGTTGTCAAGCCAACTCGTACTACTGTTATTATCTTTCGGACCGATATTTTGTAAATAACGCTTCATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTT-ATCCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCACAAT-GTGAAATGAACACTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCACTAGTTAT-------------------------------------------AT----------ACTTA---------------ATCACC-GTAATAA---TATGTATCCGTTCAT--TTACTTGCATTTGCCGTCCGTGCTT--ACAA-A-AAGTTATGATAATTATGGAAACAATATCAATAGTGATCCTTTTAACTGACTTATTAAGTGGTG-AA-CCTATGCAAATACATAAATATAC-GTT-CTAAGC-C-------------AAT----------A--------------------AGCGAAGACATTGCCGTGACCAAACAAGAGTCAAAT-TATCTACAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCATTCGACTGATCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTGTGTACTATTAGTTTAATCAGCAACACATCCGA-TATCAATTAATTGGACATTAC-AAGCGTGGCTCTGTTAGCCGCTA---A------AGTATTGATTTTTAAGATAGAAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACTACGAAAAGTGTTACATTTACT--T---ATTGTC-CAAAA-TA--TC--CATTTGATGCA-ATACTATTTAAGCCACAGTTTTGCAGATTGCAAACATTAAACACATTTGA--CAA-CTTTTGTCAAGTATTTT---CAAAATAACTTT-AA-----CAAATATTTTAAAAAC-ATTCAGATCATGTATTAAAACTAAGGAA---TGATT---TGGTT-GA-TTAATAACGAATAATACT----TCAGAAAACATTTACTGATAATACTTTAATGACAGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTTTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAGAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCAATATGA----TTGCTTTATAGCATT-C-CA-AAATTATTTTTGCTATACACGTTTGTATT----ATAT---ATA----ACTGAAT-------TGAATTGAA---TCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGTGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTATTATATTTCCAG-TCGCTCCAACCAATCTACCACCACGTTTAGAATCTGTCGTAGAGAAAAACAGCATAAATCACACATGTGTTTTAGATACAAAAGGAACTCCAGAAGTTGACGTCACAATAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAA---GAGCTTTTGTTGTTAAAGTTTATGTAAAATATCTTAATAGTATCTACATAAGTGGTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCATGCCAACTCGTACTAGTGTTATTATCTTTCGCACTGATATTTTGCATGTAATATTTAATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAACTAACTTATTTAATCG-G-AA-CTTATGCAAACACATAAATGTAA-GTT-CTGAAA-C-------------ACT----------A--------------------ACCAAAGGCATTCCCGTAACAAAACAATAACCAAATATACCTACAAATGACCTTTTATTCAGTAATATCGG------------TCTCGGGTATAAG--TTTATCTATGTACTATAAAGTTAATCAGCAAAACAACCAA-TATTAATTAATTGGACATCAC-AA-----ACTCCGTTAACCGCT----G------AGTATTAACTTTTAAGAAAGTAGCACTTGCTTAATTAGGTT-ACACAACCAACACTGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACCATAAGTTGAATCAGCAGAATACCCAA-TATCATTTAATTGGAC----C-CAACGTGACTCCGTTAGCCGTTA---ACCGTTAAGTATTTACTATTAAGATAGTAACACTTGCTTAATTTGGCT-ACA----CAAAACTATTA-AT---C---G---A-TAACACAAAAGTA--TG--TATTTGACG-A-ACACAA-CCCA---A-AGT
gi|12                         :                                                           atattaatctatatcatctattattgataacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncAAATTATGCCAACAT-ATACAATGAACGTTTTC------T-GTCAGAGTATAGTGTCACTAGTTGTCCTTGCTATAAAAAACTTAT-----------------------AT----------ACTTA---------------ATCCCC-GTAATAA---TATGTATCCGTTAATGATAATTTgttac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatttgtcacactatcgctttgaaatagaattacaactttacaattagttcactcttttattaaatgtggtctaagttacatctaagttaactttaatttaataccgattaaCACTTACAATATTTACAGTTCCCTGTAGCTATCCT----CCAATTCTAGAATCTGTCGTAGCGGAAGGGACTATAAAACACACGTGTAGTGTAACGACAAAAGGCACTCCGGAGGTTAGCGTCACTGTAAAGGTATGGTTATATCAATTATAA--TTATGTTTGAACTTTAGCTGTCATATTCTAC-TAAACTATCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aattttaaaTTTACATGT---G-TGTC-CAAAA-TAAAGG--CATTTAAGACAGACA-TA-TTT---TA-AGTT----AAATGGCCCA-ATTAAACAATTAAGA--CAATCTAATGTCAAGTA-CTT---CAAAAT-ATTTTTAA-----CAGATATTTCAAAATA-ATT-AGTTCAAGCAATTAAACTAACATT---TGAAG---TGG-T-GACTTAATAATAAATTAGACG----TCAGAAAACAacagaacatttccaatta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TGTTTA-T-TTCATGTTC-TCAATATGA----T-GTTTGGTAGTA-T-TTCATAAAAAAAATAGGCTATAAACGTTTG-ATT-TAAATGTT---TAATG--CTGAATAAAATATTGAATTGAAATGTCAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TCAATTAATTTGACGTTAC-AAACGTGACTCCGTTAACAGCTATATA------AGTATTAACTTTTAAGATAGTAGCTCTTGCTTGATTAGGCT-AAACAACCAAAAGTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGATCTTTCCTGTCCT-GTCAGAGTATATACTCAATAGTTAT-------------------TCTTGAAAAAAAATCCTAACTTATAT----------ACTAA---------------ATCTCG-GTAATAA---TGTATATCTATCAAT--TAACTTCTATTCGCCGTCCGTGCTA--AGAATA-AGGTATTTGTAATT-T---AA-AATATCTCTGGTGATACTTTTAACTAACTCATTACATGGTG-AAACTCATGCCAATACATAACTATAC-GTTTCTGAAAACAATAGACGAACTTAATTTCAAGCATGA--------------------AACAAAACCATTCCCTTAACCAAAGAAGAGCCAAATATATTTTCAAGTGACCTTTTATGCAGTAAT-TTTGTCCATTGACCTGCCCTGCGTGTTGG--TATATCTATGTAGTATTAGTT--ATCAACAAAACATTCAATTACC-TTTAATTAGACATCACTAAA--TGACTCCGTATATCATT----A------AGTATTTACTGTTAAGACAGTAGCACCTGCTTAATTAGGCTGACACAACCCAAAGTGTTAC
gi|3                          :           tgttacactatcgcttttcaaagttgaatgaaaatataataaaataaattttgtttattcttttattagtagtttttctaaattatttataaattaacttcacttttaaaacgactacAGATTGTGCCAACAT-ATACCATGAGCGCTCTC------T-GTCAGAGTATAGGATTAAAAGTTGTCCTTGC-------------T-----------------------ATAAAAGCCCCAACTAA---------------ATCT-C-GTAATAATATTATGTAACCGTTTAT--TAACTTTTATTTGCCGGCCGTGCTT--ACAA-A-ATATTTTTGTAATT-T----TCAATATCTACTTTGATTCCTTCAACTAACCTATTAAATGGTT-AA-CTTATGCAACTAGATAATCATAA-GTT-CTAAACAC-------------AAT----------A--------------------ACCAAAGGCATTTCCGGGACCAAACAAGAGCCAAATATATCTATACGTTATCTTTTATTCAGTAATATCAGCCCACTGACCTGTCCCTGGTATAGG--TATATCTATTTACTATTAGTTTAATCAGCAACACACCCAA-TATTAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGGCTCCGTTAACCGTT----A------AGTATTGACTTTAAAGATGGTAGCACTTGCTGAATAAGGTT-ACACAACCAAAAAT
gi|4                          : ctcgataatccactagtgtatatgtcaaactatcactttaaattaaaatacaactttacaatttgttcactcttttattaatattgtcataatttatttcttagttagcttaatttaaacacgactaaAGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTTTAGAATCAATAGTTAA-------------------------------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATGA---TATGTATCCGTTCAT--TTACTTGCAATTGCCATACGTGCTT--ATAA-A-AAGTTATGGTAATT-----------AT----GGT-------------AACTTATTAAGTGTTG-GA-CATATGCATAAACATAAATATAA-GTT-CTAAAA-C-------------AAT----------A--------------------CGCAAAGGTAATGCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACATGCAAGTTACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTGTAAGTATATATATATGTACTATTCGTTTAATTAGCAACACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA-------------ATTGCTTTTTAAGACAGAAGCACTTGCATAATTAGGCT-ATACTTCGAAAAGTGT
gi|5                          :                                  tatgtcacactatcactccaaaataaaaaataaaactttacgatttgttcacttttttatcagtagtttcataagttttttcaacttcaatttaaaaacgacttaAAAAT-ATACAATAAGCACTTTC------T-GTCAGAGTATCGAATCAA
gi|5                          :                                                                                                                                  tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatca-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTC----GATA----TATATATTTATCAAT--TAACTTTTATTCGCCA-CCGTGTTTAGAAAA-A-AAGTGTTGGTAACT-T---AAC-ATATCTCTGGTGACCTTTTCAACTTACTCATCAGAGGGTGAAA-CTTATATCAGTACATAACTATAAGGTT-CTAAAAAC-------------AAT----------AGACCTTAGTTTCAAGCATGTAACAAAGCCATTTCCGTGACCAAACAAGAGCCGAATATACCTTCAAGTGACCCTTTATGCAGTAATATCAGTCCACTGACCTGTcccctccccacccccctgctataaaaatccaaaatatatactaaatctcgatatatatatttatcaattaacttttattcgccaccgtgtttagaaaaaaagtgttggtaacttaacatatctctggtgaccttttcaacttactcatcagagggtgaaacttatatcagtacataactataaggttctaaaaacaatagaccttagtttcaagcatgtaacaaagccatttccgtgaccaaacaagagccgaatataccttcaagtgaccctttatgcagtaatatcagtccactgacctgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatcaaaaatatacaataagcactttctgtcagagtatcgaatcaacccctccccacccccctgctataaaaatccaaaataGCTAATGAAT-TGTTGAAGGTTTATAATATTCAATTACTATAGTTCCA-TTCGCTCCAATCAATCTACCACAACTCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTCCATAAGTTAATGTCACTTTAAAG-TA----CATACTAATGATAAAGTCAA---TGAGCTTTTCTTGTTA-AGTTTATGTAATATATCTAAATATTGTGTACATTAGTGTTGCTTTACTAACAA-GGGATGTTGTCAAGCCAACTCGTACTACTGTTATTATCTTTCGGACCGATATTTTGTAAATAACGCTTCATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTT-ATCCCATataagttaatgtcactttaaagtacatactaatgataaagtcaatgagcttttcttgttaagtttatgtaatatatctaaatattgtgtacattagtgttgctttactaacaagggatgttgtcaagccaactcgtactactgttattatctttcggaccgatattttgtaaataacgcttcataaaattaaatcaaattaatatttcgagttatcccat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaatgaattgttgaaggtttataatattcaattactatagttccattcgctccaatcaatctaccacaTACATTTAC---TTGAG-TGTC-CAAAA-TA--TAGACATGTGATGCA-ACACTA-TCAA--GT-ACTTT--CAAA----AAACCTTAAACA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACATGTGATGCAA-C-ACTATCAAGTA-CTTT--CAAAAA-ACCTTAAA-----CAAATATTTCTAAATA-TTC-AGATCATGCATTTCAACAAAGAAA---AGATT---TGG-TTGA-TTAATAACGAATCATACT----ACGGAAAACATTTACCAACAATACGTTAATTACAGTTATATAGTTTTTCATTTAAATGTCTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAACTGAGATTCTTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-TGTC-ATGTTC-TCAATATGA----TTGTTTTATAGCA-TAC-CA-TAATCATTTATGCTATACACGTTTGCATTCTTAATACTGAATAAAATATTGA-------ACTGAATTGAaatatttctaaatattcagatcatgcatttcaacaaagaaaagatttggttgattaataacgaatcatactacggaaaacatttaccaacaatacgttaattacagttatatagtttttcatttaaatgtctggttatgtttattagctaagaaaactgagattcttagtaaagaagttaaatgaaatctgtttgtgtcatgttctcaatatgattgttttatagcataccataatcatttatgctatacacgtttgcattcttaatactgaataaaatattgaactgaattga
gi|8                          :                                                                                                     tacatttacttgagtgtccaaaatatagAGATTATGCCAAAATTATTCATTGAGC--TTTC------TTGCCAGAGTGTGAAATCAGCAGTTTT-------------------T-----------------------AT----------CCCAACTTTTATACTGTCGTATCTCAAGTTATAA---TATGTATCTGTCCAT--TAACATTTGTTTACCGTCCGAAC-T--AGAA-ATATATGTTGGCAG-T-T---AACCTGATCTCCTGCGAACC--TCAACT-TCTCATTAGTTGGTGAAA-CTTATGCCAATGCATAACTAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttaaataaaagtaactttaacttatgtcacagtatcgctaactttcacatttttttttctaagttaaacggcaatctacaatgactaaTAAACATATCTAA--GTA-CTCATATCTGTTA-ATTATATAAAAC-A-TATAAAAAAGACAAATCTTTC-AAATTCATT-AGCTCAGGCATTTAATCTAAGAAAAAGTGGTTAAATGA-T-AA-TTAATAATGAATATAACTAACGTCAGTAAACATTTATAAACAATATCC------CGCTTACATATTATTTCAATTAAATGAATGGGTATGTTTATAAGGTAAGAGAAATTAGCTT-CTAGATAAATAAGTCAAATATTGTGTGTTTGTT-TT-ATTTTCTTTGGTATAAGCGTTTGTTTGAAAACA-----CA-AAATttgtattccaag

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                               11111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  111111                           222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222     11       111                                                                 222222222                                        1                                     1     11111111111111111111111                                                                                                11                                                                                     33333333333                                                                   4444444444    1     1  222222           1        4444444444444444444444444444444              11   1                333       11     222222                   1                        111     111    2  1                  2222                          33333                                                                   1                          111  1      1         2222             3333  1                         1  6666666666666666666666666666666666         222                                                                              1                                                                                                                                                           2222                    3333              111                                                         1                                                                                                1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                5           5     666666 5   1                   0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888     00       000            1  77      1    0    3        99 1  6 6 1  1       1 999999999      555    22 5       3               1  5       1         1     6   6      5     55555555555555555555555 1     1    1                             1                          2                          11                     3         1   0    6                0    5  00                  88888888888      1                                  5    1                3   6666666666    0     0  444444       4 2 0   2    1111111111111111111111111111111       0  1   33   0 555         0  777     1 66     888888               1   0  1   1                 777     777    0  0            1 1   1111               44       1 11111  0                         1                                 6    3                          111  0      0  2      1111 3    1      3333  0    1                    2  9999999999999999999999999999999999         111                                                                           1  5                                     6 7               7                         1      1 1      1          1 1   22        1     0               1     6  8888              7     7777              777      77          1    1   1     1    1                  5        1              1               1              1         1                               5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                .           .     ...... .   .                   . ...........................................................................     ..       ...            .  ..      .    .    .        .. .  . . .  .       . .........      ...    .. .       .               .  .       .         .     .   .      .     ....................... .     .    .                             .                          .                          ..                     .         .   .    .                .    .  ..                  ...........      .                                  .    .                .   ..........    .     .  ......       . . .   .    ...............................       .  .   ..   . ...         .  ...     . ..     ......               .   .  .   .                 ...     ...    .  .            . .   ....               ..       . .....  .                         .                                 .    .                          ...  .      .  .      .... .    .      ....  .    .                    .  ..................................         ...                                                                           .  .                                     . .               .                         .      . .      .          . .   ..        .     .               .     .  ....              .     ....              ...      ..          .    .   .     .    .                  .        .              .               .              .         .                               .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                7           3     444444 7   4                   3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     00       000            0  99      5    7    2        22 0  7 7 0  0       7 777777777      777    88 7       9               4  7       3         0     7   7      5     88888888888888888888888 0     0    0                             0                          2                          00                     2         0   3    7                1    7  99                  66666666666      7                                  7    9                2   0000000000    0     0  888888       2 5 0   5    5555555555555555555555555555555       2  0   88   0 222         2  555     2 55     222222               0   0  0   0                 555     555    0  0            0 0   2222               33       0 00000  7                         0                                 7    3                          000  0      0  0      2222 2    0      5555  0    0                    0  7777777777777777777777777777777777         000                                                                           0  5                                     7 3               3                         0      0 0      0          0 0   00        0     7               0     7  3333              3     7777              777      33          0    0   0     0    0                  0        0              0               0              0         0                               5       
consensus                     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCAATAGTTAT-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATAA---TATGTATCCGTCNAT--TAACTTTTATTCGCCGTCCGTGCTT--ANAA-A-ANGTNTTGGTAATT-T---AACAATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTTATGCAAATACATAANTATAA-GTT-CTAAAAACAATA-----------------------ANCAAAGGCATTNCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTATGTACTATTAGTTTAATCAGCAANACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA---A------AGTATTGACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC---T---G--TGTC-CAAAA-TA--TG--CATTTGACGCA-ACACTATCTANA----AGTTT--CAAAT-G---CAAAC-TTAAACACATNTGA--CAA-CTNNTGTCAAGTACTTT--CAAAATA-CTTTAAA-----CAAATATTTCAAAATNATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATNANACT----TCAGAAAACATTTACCGACAATACNTTAAT-ACGGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTNTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTNATAGCAT-C-CA-AAATNATTTATGCTATACACGTTTGCAT--TTAA-TATT--ATAA---GCTGAATA-----CTGAATTGAAATGTCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGNGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTACTATATTTCCAGTTCGCTCCAACCAATCTACCACCACTTCTAGAATCTGTCGTAGNGGAAGGNANCATAAANCACACGTGTGNTNTAGNNACAAAAGGNACTCCGGAAGTTAACGTCACTNTAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAG--TGAGCTTTTGTTGTT-A-AGTTTACGTAAAATATCTNAATANTGTNTACATNAGTGNTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCANGCCAACTCGTACTANTGTTATTATCTTTCGNACCGATATTTTGCANGTAACGCTTNATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCCAT
Reference ( family-1088 )     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCAATAGTTAT-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATAA---TATGTATCCGTCNAT--TAACTTTTATTCGCCGTCCGTGCTT--ANAA-A-ANGTNTTGGTAATT-T---AACAATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTTATGCAAATACATAANTATAA-GTT-CTAAAAACAATA-----------------------ANCAAAGGCATTNCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTATGTACTATTAGTTTAATCAGCAANACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA---A------AGTATTGACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC---T---G--TGTC-CAAAA-TA--TG--CATTTGACGCA-ACACTATCNANA----AGTTT--CAAAT-G---CAAACATTAAACACATNTGA--CAA-CTNNTGTCAAGTACTT---CAAAATA-CTTTAAA-----CAAATATTTCAAAATNATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGGT-GA-TTAATAACGAATNANACT----TCAGAAAACATTTACCGACAATACNTTAAT-ACGGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTNTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTNATAGCAT-C-CA-AAATNATTTATGCTATACACGTTTGCAT--TTAA-TATT--ATAAG--ACTGAATA-----CTGAATTGAAATGTCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGNGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTACTATATTTCCAGTTCGCTCCAACCAATCTACCACCACTTCTAGAATCTGTCGTAGNGGAAGGNANCATAAANCACACGTGTGNTNTAGNNACAAAAGGNACTCCGGAAGTTAACGTCACTNTAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAG--TGAGCTTTTGTTGTT-A-AGTTTACGTAAAATATCTNAATANTGTNTACATNAGTGNTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCANGCCAACTCGTACTANTGTTATTATCTTTCGNACCGATATTTTGCANGTAACGCTTNATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCACAAT-GTGAAATGAACACTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCACTAGTTAT-------------------------------------------AT----------ACTTA---------------ATCACC-GTAATAA---TATGTATCCGTTCAT--TTACTTGCATTTGCCGTCCGTGCTT--ACAA-A-AAGTTATGATAATTATGGAAACAATATCAATAGTGATCCTTTTAACTGACTTATTAAGTGGTG-AA-CCTATGCAAATACATAAATATAC-GTT-CTAAGC-CAATA-----------------------AGCGAAGACATTGCCGTGACCAAACAAGAGTCAAAT-TATCTACAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCATTCGACTGATCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTGTGTACTATTAGTTTAATCAGCAACACATCCGA-TATCAATTAATTGGACATTAC-AAGCGTGGCTCTGTTAGCCGCTA---A------AGTATTGATTTTTAAGATAGAAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACTACGAAAAGTGTTACATTTAC---T---TATTGTC-CAAAA-TA--TC--CATTTGATGCA-ATACTATTTAAGCCACAGTTTTGCAGATTG---CAAACATTAAACACATTTGA--CAA-CTTTTGTCAAGTATTTT--CAAAATAACTTTAA------CAAATATTTTAAAAACATTCAGATCATGTATTAAAACTAAGGAA---TGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATAATACT----TCAGAAAACATTTACTGATAATACTTTAATGACAGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTTTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAGAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCAATATGA----TTGCTTTATAGCATTC-CA-AAATTATTTTTGCTATACACGTTTGTAT--T--A-TAT---ATAA----CTGAAT-------TGAATTGAA---TCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGTGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTATTATATTTCCAGT-CGCTCCAACCAATCTACCACCACGTTTAGAATCTGTCGTAGAGAAAAACAGCATAAATCACACATGTGTTTTAGATACAAAAGGAACTCCAGAAGTTGACGTCACAATAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAA---GAGCTTTTGTTGTTAA-AGTTTATGTAAAATATCTTAATAGTATCTACATAAGTGGTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCATGCCAACTCGTACTAGTGTTATTATCTTTCGCACTGATATTTTGCATGTAATATTTAATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAACTAACTTATTTAATCG-G-AA-CTTATGCAAACACATAAATGTAA-GTT-CTGAAA-CACTA-----------------------ACCAAAGGCATTCCCGTAACAAAACAATAACCAAATATACCTACAAATGACCTTTTATTCAGTAATATCGGTCT------------CGGGTATAAG--TTTATCTATGTACTATAAAGTTAATCAGCAAAACAACCAA-TATTAATTAATTGGACATCAC-AA-----ACTCCGTTAACCGCT----G------AGTATTAACTTTTAAGAAAGTAGCACTTGCTTAATTAGGTT-ACACAACCAACACTGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCATAAGTTGAATCAGCAGAATACCCAA-TATCATTTAATTGGAC----C-CAACGTGACTCCGTTAGCCGTTA---ACCGTTAAGTATTTACTATTAAGATAGTAACACTTGCTTAATTTGGCT-ACA----CAAAACTATTA-AT---C---G---A--TAACACAAAAGTA--TG--TATTTGACG-A-ACACAACCCA-A----AGT
gi|12                         :                                                           atattaatctatatcatctattattgataacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncAAATTATGCCAACAT-ATACAATGAACGTTTTC------T-GTCAGAGTATAGTGTCACTAGTTGTCCTTGCTATAAAAAACTTAT-----------------------AT----------ACTTA---------------ATCCCC-GTAATAA---TATGTATCCGTTAATGATAATTTgttac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aatttgtcacactatcgctttgaaatagaattacaactttacaattagttcactcttttattaaatgtggtctaagttacatctaagttaactttaatttaataccgattaaCACTTACAATATTTACAGTTCCCTGTAGCTATCCT----CCAATTCTAGAATCTGTCGTAGCGGAAGGGACTATAAAACACACGTGTAGTGTAACGACAAAAGGCACTCCGGAGGTTAGCGTCACTGTAAAGGTATGGTTATATCAATTATAA--TTATGTTTGAACTTTAGCTGTC-ATATTCTAC-TAAACTATCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aattttaaaTTTACATGT---G--TGTC-CAAAA-TAAAGG--CATTTAAGACAGACA-TATTT-TA----AGTT----AAAT-GGCCCAA---TTAAACAATTAAGA--CAATCTAATGTCAAGTACTT---CAAAATA-TTTTTAA-----CAGATATTTCAAAATAATT-AGTTCAAGCAATTAAACTAACATT---TGAAG---TGGT-GACTTAATAATAAATTAGACG----TCAGAAAACAacagaacatttccaatta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGTTTA-T-TTCATGTTC-TCAATATGA----T-GTTTGGTAGTAT-TTCATAAAAAAAATAGGCTATAAACGTTTG-AT--TTAAATGTT---TAAT--GCTGAATAAAATATTGAATTGAAATGTCAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCAATTAATTTGACGTTAC-AAACGTGACTCCGTTAACAGCTATATA------AGTATTAACTTTTAAGATAGTAGCTCTTGCTTGATTAGGCT-AAACAACCAAAAGTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGATCTTTCCTGTCCT-GTCAGAGTATATACTCAATAGTTAT-------------------TCTTGAAAAAAAATCCTAACTTATAT----------ACTAA---------------ATCTCG-GTAATAA---TGTATATCTATCAAT--TAACTTCTATTCGCCGTCCGTGCTA--AGAATA-AGGTATTTGTAATT-T---AA-AATATCTCTGGTGATACTTTTAACTAACTCATTACATGGTG-AAACTCATGCCAATACATAACTATAC-GTTTCTGAAAACAATAGACGAACTTAATTTCAAGCATGAAACAAAACCATTCCCTTAACCAAAGAAGAGCCAAATATATTTTCAAGTGACCTTTTATGCAGTAAT-TTTGTCCATTGACCTGCCCTGCGTGTTGG--TATATCTATGTAGTATTAGTT--ATCAACAAAACATTCAATTACC-TTTAATTAGACATCACTAAA--TGACTCCGTATATCATT----A------AGTATTTACTGTTAAGACAGTAGCACCTGCTTAATTAGGCTGACACAACCCAAAGTGTTAC
gi|3                          :           tgttacactatcgcttttcaaagttgaatgaaaatataataaaataaattttgtttattcttttattagtagtttttctaaattatttataaattaacttcacttttaaaacgactacAGATTGTGCCAACAT-ATACCATGAGCGCTCTC------T-GTCAGAGTATAGGATTAAAAGTTGTCCTTGC-------------T-----------------------ATAAAAGCCCCAACTAA---------------ATCT-C-GTAATAATATTATGTAACCGTTTAT--TAACTTTTATTTGCCGGCCGTGCTT--ACAA-A-ATATTTTTGTAATT-T----TCAATATCTACTTTGATTCCTTCAACTAACCTATTAAATGGTT-AA-CTTATGCAACTAGATAATCATAA-GTT-CTAAACACAATA-----------------------ACCAAAGGCATTTCCGGGACCAAACAAGAGCCAAATATATCTATACGTTATCTTTTATTCAGTAATATCAGCCCACTGACCTGTCCCTGGTATAGG--TATATCTATTTACTATTAGTTTAATCAGCAACACACCCAA-TATTAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGGCTCCGTTAACCGTT----A------AGTATTGACTTTAAAGATGGTAGCACTTGCTGAATAAGGTT-ACACAACCAAAAAT
gi|4                          : ctcgataatccactagtgtatatgtcaaactatcactttaaattaaaatacaactttacaatttgttcactcttttattaatattgtcataatttatttcttagttagcttaatttaaacacgactaaAGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTTTAGAATCAATAGTTAA-------------------------------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATGA---TATGTATCCGTTCAT--TTACTTGCAATTGCCATACGTGCTT--ATAA-A-AAGTTATGGTAATT-----------AT----GGT-------------AACTTATTAAGTGTTG-GA-CATATGCATAAACATAAATATAA-GTT-CTAAAA-CAATA-----------------------CGCAAAGGTAATGCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACATGCAAGTTACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTGTAAGTATATATATATGTACTATTCGTTTAATTAGCAACACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA-------------ATTGCTTTTTAAGACAGAAGCACTTGCATAATTAGGCT-ATACTTCGAAAAGTGT
gi|5                          :                                  tatgtcacactatcactccaaaataaaaaataaaactttacgatttgttcacttttttatcagtagtttcataagttttttcaacttcaatttaaaaacgacttaAAAAT-ATACAATAAGCACTTTC------T-GTCAGAGTATCGAATCAA
gi|5                          :                                                                                                                                  tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatca-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTC----GATA----TATATATTTATCAAT--TAACTTTTATTCGCCA-CCGTGTTTAGAAAA-A-AAGTGTTGGTAACT-T---AAC-ATATCTCTGGTGACCTTTTCAACTTACTCATCAGAGGGTGAAA-CTTATATCAGTACATAACTATAAGGTT-CTAAAAACAATAGACCTTAGTTTCAAGCATGT---AACAAAGCCATTTCCGTGACCAAACAAGAGCCGAATATACCTTCAAGTGACCCTTTATGCAGTAATATCAGTCCACTGACCTGTcccctccccacccccctgctataaaaatccaaaatatatactaaatctcgatatatatatttatcaattaacttttattcgccaccgtgtttagaaaaaaagtgttggtaacttaacatatctctggtgaccttttcaacttactcatcagagggtgaaacttatatcagtacataactataaggttctaaaaacaatagaccttagtttcaagcatgtaacaaagccatttccgtgaccaaacaagagccgaatataccttcaagtgaccctttatgcagtaatatcagtccactgacctgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatcaaaaatatacaataagcactttctgtcagagtatcgaatcaacccctccccacccccctgctataaaaatccaaaataGCTAATGAAT-TGTTGAAGGTTTATAATATTCAATTACTATAGTTCCA-TTCGCTCCAATCAATCTACCACAACTCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTCCATAAGTTAATGTCACTTTAAAG-TA----CATACTAATGATAAAGTCAA---TGAGCTTTTCTTGTT-A-AGTTTATGTAATATATCTAAATATTGTGTACATTAGTGTTGCTTTACTAACAAGGGA-TGTTGTCAAGCCAACTCGTACTACTGTTATTATCTTTCGGACCGATATTTTGTAAATAACGCTTCATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTT-ATCCCATataagttaatgtcactttaaagtacatactaatgataaagtcaatgagcttttcttgttaagtttatgtaatatatctaaatattgtgtacattagtgttgctttactaacaagggatgttgtcaagccaactcgtactactgttattatctttcggaccgatattttgtaaataacgcttcataaaattaaatcaaattaatatttcgagttatcccat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaatgaattgttgaaggtttataatattcaattactatagttccattcgctccaatcaatctaccacaTACATTTAC---TTGAG--TGTC-CAAAA-TA--TAGACATGTGATGCA-ACACTATCAAGT----ACTTT--CAAA-------AAACCTTAAACA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ACATGTGATGCAA-C-ACTATCAAGTACTTT--CAAAAAA-CCTTAAA-----CAAATATTTCTAAATATTC-AGATCATGCATTTCAACAAAGAAA---AGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATCATACT----ACGGAAAACATTTACCAACAATACGTTAATTACAGTTATATAGTTTTTCATTTAAATGTCTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAACTGAGATTCTTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-TGTC-ATGTTC-TCAATATGA----TTGTTTTATAGCATAC-CA-TAATCATTTATGCTATACACGTTTGCATTCTTAA-TACTGAATAAAATATTGA--A-----CTGAATTGAaatatttctaaatattcagatcatgcatttcaacaaagaaaagatttggttgattaataacgaatcatactacggaaaacatttaccaacaatacgttaattacagttatatagtttttcatttaaatgtctggttatgtttattagctaagaaaactgagattcttagtaaagaagttaaatgaaatctgtttgtgtcatgttctcaatatgattgttttatagcataccataatcatttatgctatacacgtttgcattcttaatactgaataaaatattgaactgaattga
gi|8                          :                                                                                                     tacatttacttgagtgtccaaaatatagAGATTATGCCAAAATTATTCATTGAGC--TTTC------TTGCCAGAGTGTGAAATCAGCAGTTTT-------------------T-----------------------AT----------CCCAACTTTTATACTGTCGTATCTCAAGTTATAA---TATGTATCTGTCCAT--TAACATTTGTTTACCGTCCGAAC-T--AGAA-ATATATGTTGGCAG-T-T---AACCTGATCTCCTGCGAACC--TCAACT-TCTCATTAGTTGGTGAAA-CTTATGCCAATGCATAACTAT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttaaataaaagtaactttaacttatgtcacagtatcgctaactttcacatttttttttctaagttaaacggcaatctacaatgactaaAAAT-A---CAGA---TAAACATATCTAA--GTA-CTCATATCTGTTAATTATATAAAACA--TATAAAAAAGACAAATCTTTCAAATTCATT-AGCTCAGGCATTTAATCTAAGAAAAAGTGGTTAAATGAT-AA-TTAATAATGAATATAACTAACGTCAGTAAACATTTATAAACAATATCC------CGCTTACATATTATTTCAATTAAATGAATGGGTATGTTTATAAGGTAAGAGAAATTAGCTT-CTAGATAAATAAGTCAAATATTGTGTGTTTGTT-TT-ATTTTCTTTGGTATAAGCGTTTGTTTGAAAACA----CA-AAATttgtattccaag

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                   111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                               11111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                  111111                           222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222     11       111                                                                 222222222                                        1                                     1     11111111111111111111111                                                                                                11                                                                                     33333333333                                                                   4444444444    1     111111111           1        55555555555555555555555555555555              11   1        2222                11     222222                   1                        111     111       1                  2222                          333333                                                                   1                          111  1      1         2222             3333  1                         1  66666666666666666666666666666666         1                                                                                1                                                                                                                                                           2222                    3333              111                                                         1                                                                                                1       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                5           5     666666 5   1                   0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888     00       000            1  77      1    0    3        99 1  6 6 1  1       1 999999999      555    22 5       3               1  5       1         1     6   6      5     55555555555555555555555 1     1    1                             1                          2                          11                     3         1   0    6                0    5  00                  88888888888      1                                  5    1                3   6666666666    0     666666666       4 2 0   2    22222222222222222222222222222222       0  1   33   0 555    1111      9 3     1 66     888888               1   0  1   1                 777     777   66  0            1 1   1111               44       1 111111  0                         1                                 6    3                          111  0      0  2      1111 3    1      3333  0    1                    2  44444444444444444444444444444444         6                                                                             1  5                                     6 7               7                         1      1 1      1          1 1   22        1     0               1     6  8888              7     7777              777      77          1    1   1     1    1                  5        1              1               1              1         1                               5       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                .           .     ...... .   .                   . ...........................................................................     ..       ...            .  ..      .    .    .        .. .  . . .  .       . .........      ...    .. .       .               .  .       .         .     .   .      .     ....................... .     .    .                             .                          .                          ..                     .         .   .    .                .    .  ..                  ...........      .                                  .    .                .   ..........    .     .........       . . .   .    ................................       .  .   ..   . ...    ....      . .     . ..     ......               .   .  .   .                 ...     ...   ..  .            . .   ....               ..       . ......  .                         .                                 .    .                          ...  .      .  .      .... .    .      ....  .    .                    .  ................................         .                                                                             .  .                                     . .               .                         .      . .      .          . .   ..        .     .               .     .  ....              .     ....              ...      ..          .    .   .     .    .                  .        .              .               .              .         .                               .       
lowQualScore                  :                                                                                                                                                7           3     444444 7   4                   3 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333     00       000            0  99      5    7    2        22 0  7 7 0  0       7 777777777      777    88 7       9               4  7       3         0     7   7      5     88888888888888888888888 0     0    0                             0                          2                          00                     2         0   3    7                1    7  99                  66666666666      7                                  7    9                2   0000000000    0     888888888       2 5 0   5    88888888888888888888888888888888       2  0   88   0 222    2222      8 2     2 55     222222               0   0  0   0                 555     555   55  0            0 0   2222               33       0 000000  7                         0                                 7    3                          000  0      0  0      2222 2    0      5555  0    0                    0  00000000000000000000000000000000         0                                                                             0  5                                     7 3               3                         0      0 0      0          0 0   00        0     7               0     7  3333              3     7777              777      33          0    0   0     0    0                  0        0              0               0              0         0                               5       
consensus                     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCAATAGTTAT-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATAA---TATGTATCCGTCNAT--TAACTTTTATTCGCCGTCCGTGCTT--ANAA-A-ANGTNTTGGTAATT-T---AACAATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTTATGCAAATACATAANTATAA-GTT-CTAAAAACAATA-----------------------ANCAAAGGCATTNCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTATGTACTATTAGTTTAATCAGCAANACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA---A------AGTATTGACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC---T---G--TGTC-CAAAA-T--ATG--CATTTGACGCA-ACACTATCTANA----AGTTT--CAAAT-G---CAAA-C-TTAAACACATNTGA--CAA-CTNNTGTC----AAGTACTTTCAAAATA-CTTTAAA-----CAAATATTTCAAAATNATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATNANACT----TCAGAAAACATTTACCGACAATACNTTAA-T-ACGGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTNTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTNATAGCAT-C-CA-AAATNATTTATGCTATACACGTTTGCAT--TTAA-TATT--ATAA--CTGAATA-----TTGAATTGAA-TGTCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGNGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTACTATATTTCCAGTTCGCTCCAACCAATCTACCACCACTTCTAGAATCTGTCGTAGNGGAAGGNANCATAAANCACACGTGTGNTNTAGNNACAAAAGGNACTCCGGAAGTTAACGTCACTNTAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAG--TGAGCTTTTGTTGTT-A-AGTTTACGTAAAATATCTNAATANTGTNTACATNAGTGNTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCANGCCAACTCGTACTANTGTTATTATCTTTCGNACCGATATTTTGCANGTAACGCTTNATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCCAT
Reference ( family-1088 )     :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCAATAGTTAT-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATAA---TATGTATCCGTCNAT--TAACTTTTATTCGCCGTCCGTGCTT--ANAA-A-ANGTNTTGGTAATT-T---AACAATATCTCCGGTGATCCTTTCAACTAACTCATTAAATGGTG-AA-CTTATGCAAATACATAANTATAA-GTT-CTAAAAACAATA-----------------------ANCAAAGGCATTNCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACCTNCAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTATGTACTATTAGTTTAATCAGCAANACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA---A------AGTATTGACTTTTAAGATAGTAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACAACCAAAAGTGTTACATTTAC---T---G--TGTC-CAAAA-T--ATG--CATTTGACGCA-ACACTATCTANA----AGTTT--CAAAT-G---CAAA-C-TTAAACACATNTGA--CAA-CTNNTGTC----AAGTACTTTCAAAATA-CTTTAAA-----CAAATATTTCAAAATNATT-AGNTCANGCATTTAAACTAAGAAA---TGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATNANACT----TCAGAAAACATTTACCGACAATACNTTAA-T-ACGGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTNTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCGATATGA----TTGTTTNATAGCAT-C-CA-AAATNATTTATGCTATACACGTTTGCAT--TTAA-TATT--ATAA-GCTGAATA-----CTGAATTGAAATGTCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGNGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTACTATATTTCCAGTTCGCTCCAACCAATCTACCACCACTTCTAGAATCTGTCGTAGNGGAAGGNANCATAAANCACACGTGTGNTNTAGNNACAAAAGGNACTCCGGAAGTTAACGTCACTNTAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAG--TGAGCTTTTGTTGTT-A-AGTTTACGTAAAATATCTNAATANTGTNTACATNAGTGNTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCANGCCAACTCGTACTANTGTTATTATCTTTCGNACCGATATTTTGCANGTAACGCTTNATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCCAT
gi|1                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCACAAT-GTGAAATGAACACTTTC------T-GTCGGAGTATAGAATCACTAGTTAT-------------------------------------------AT----------ACTTA---------------ATCACC-GTAATAA---TATGTATCCGTTCAT--TTACTTGCATTTGCCGTCCGTGCTT--ACAA-A-AAGTTATGATAATTATGGAAACAATATCAATAGTGATCCTTTTAACTGACTTATTAAGTGGTG-AA-CCTATGCAAATACATAAATATAC-GTT-CTAAGC-CAATA-----------------------AGCGAAGACATTGCCGTGACCAAACAAGAGTCAAAT-TATCTACAAGTGACCTTTTATGCAGTAATATCATTCGACTGATCTGTCCCGGGTATAAG--TATATCTGTGTACTATTAGTTTAATCAGCAACACATCCGA-TATCAATTAATTGGACATTAC-AAGCGTGGCTCTGTTAGCCGCTA---A------AGTATTGATTTTTAAGATAGAAGCACTTGCTTAATTAGGCT-ACACTACGAAAAGTGTTACATTTAC---T---TATTGTC-CAAAA-T--ATC--CATTTGATGCA-ATACTATTTAAGCCACAGTTTTGCAGATTG---CAAA-CATTAAACACATTTGA--CAA-CTTTTGTC----AAGTATTTTCAAAATAACTTTAA------CAAATATTTTAAAAACATTCAGATCATGTATTAAAACTAAGGAA---TGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATAATACT----TCAGAAAACATTTACTGATAATACTTTAA-TGACAGTTATATAGTATTTCATTTAAATGTTTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAAATGAGATTCCTAG-TAGAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-T-TT-ATGTTC-TCAATATGA----TTGCTTTATAGCATTC-CA-AAATTATTTTTGCTATACACGTTTGTAT--T--A-TAT---ATAA--CTGAAT-------TGAATTGAA---TCAGACTCTAGCTTCCCCGTGGCGGTTTTGTTACTGCGAAGCCTTCGTTGCCACTTGCTTATGTTTATGCTAATGTGTATGTTGAAGGTTCATAATATTCAATTATTATATTTCCAGT-CGCTCCAACCAATCTACCACCACGTTTAGAATCTGTCGTAGAGAAAAACAGCATAAATCACACATGTGTTTTAGATACAAAAGGAACTCCAGAAGTTGACGTCACAATAAAGGTA----CATACCAATGATAAAGTCAAA---GAGCTTTTGTTGTTAA-AGTTTATGTAAAATATCTTAATAGTATCTACATAAGTGGTGCTTTACTAACAAGGGGGTGTTGTCATGCCAACTCGTACTAGTGTTATTATCTTTCGCACTGATATTTTGCATGTAATATTTAATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTCAATCCTAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TCAACTAACTTATTTAATCG-G-AA-CTTATGCAAACACATAAATGTAA-GTT-CTGAAA-CACTA-----------------------ACCAAAGGCATTCCCGTAACAAAACAATAACCAAATATACCTACAAATGACCTTTTATTCAGTAATATCGGTCT------------CGGGTATAAG--TTTATCTATGTACTATAAAGTTAATCAGCAAAACAACCAA-TATTAATTAATTGGACATCAC-AA-----ACTCCGTTAACCGCT----G------AGTATTAACTTTTAAGAAAGTAGCACTTGCTTAATTAGGTT-ACACAACCAACACTGTTA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ACCATAAGTTGAATCAGCAGAATACCCAA-TATCATTTAATTGGAC----C-CAACGTGACTCCGTTAGCCGTTA---ACCGTTAAGTATTTACTATTAAGATAGTAACACTTGCTTAATTTGGCT-ACA----CAAAACTATTA-AT---C---G---A--TAACACAAAAGT--ATG--TATTTGACG-A-ACACAACCCA-A----AGT
gi|12                         :                                                           atattaatctatatcatctattattgataacaatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncAAATTATGCCAACAT-ATACAATGAACGTTTTC------T-GTCAGAGTATAGTGTCACTAGTTGTCCTTGCTATAAAAAACTTAT-----------------------AT----------ACTTA---------------ATCCCC-GTAATAA---TATGTATCCGTTAATGATAATTTgttac
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aatttgtcacactatcgctttgaaatagaattacaactttacaattagttcactcttttattaaatgtggtctaagttacatctaagttaactttaatttaataccgattaaCACTTACAATATTTACAGTTCCCTGTAGCTATCCT----CCAATTCTAGAATCTGTCGTAGCGGAAGGGACTATAAAACACACGTGTAGTGTAACGACAAAAGGCACTCCGGAGGTTAGCGTCACTGTAAAGGTATGGTTATATCAATTATAA--TTATGTTTGAACTTTAGCTGTC-ATATTCTAC-TAAACTATCa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aattttaaaTTTACATGT---G--TGTC-CAAAA-TAAAGG--CATTTAAGACAGACA-TATTT-TA----AGTT----AAAT-GGCCCAA----TTAAACAATTAAGA--CAATCTAATGTC----AAGTAC-TTCAAAATA-TTTTTAA-----CAGATATTTCAAAATAATT-AGTTCAAGCAATTAAACTAACATT---TGAAG---TGG-TGACTTAATAATAAATTAGACG----TCAGAAAACAacagaacatttccaatta
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTTTA-T-TTCATGTTC-TCAATATGA----T-GTTTGGTAGTAT-TTCATAAAAAAAATAGGCTATAAACGTTTG-AT--TTAAATGTT---TAATGCTGAATAAAATATTGAATTGAAATGTCAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TCAATTAATTTGACGTTAC-AAACGTGACTCCGTTAACAGCTATATA------AGTATTAACTTTTAAGATAGTAGCTCTTGCTTGATTAGGCT-AAACAACCAAAAGTGTTAC
gi|2                          :                                                                                                                                 AGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGATCTTTCCTGTCCT-GTCAGAGTATATACTCAATAGTTAT-------------------TCTTGAAAAAAAATCCTAACTTATAT----------ACTAA---------------ATCTCG-GTAATAA---TGTATATCTATCAAT--TAACTTCTATTCGCCGTCCGTGCTA--AGAATA-AGGTATTTGTAATT-T---AA-AATATCTCTGGTGATACTTTTAACTAACTCATTACATGGTG-AAACTCATGCCAATACATAACTATAC-GTTTCTGAAAACAATAGACGAACTTAATTTCAAGCATGAAACAAAACCATTCCCTTAACCAAAGAAGAGCCAAATATATTTTCAAGTGACCTTTTATGCAGTAAT-TTTGTCCATTGACCTGCCCTGCGTGTTGG--TATATCTATGTAGTATTAGTT--ATCAACAAAACATTCAATTACC-TTTAATTAGACATCACTAAA--TGACTCCGTATATCATT----A------AGTATTTACTGTTAAGACAGTAGCACCTGCTTAATTAGGCTGACACAACCCAAAGTGTTAC
gi|3                          :           tgttacactatcgcttttcaaagttgaatgaaaatataataaaataaattttgtttattcttttattagtagtttttctaaattatttataaattaacttcacttttaaaacgactacAGATTGTGCCAACAT-ATACCATGAGCGCTCTC------T-GTCAGAGTATAGGATTAAAAGTTGTCCTTGC-------------T-----------------------ATAAAAGCCCCAACTAA---------------ATCT-C-GTAATAATATTATGTAACCGTTTAT--TAACTTTTATTTGCCGGCCGTGCTT--ACAA-A-ATATTTTTGTAATT-T----TCAATATCTACTTTGATTCCTTCAACTAACCTATTAAATGGTT-AA-CTTATGCAACTAGATAATCATAA-GTT-CTAAACACAATA-----------------------ACCAAAGGCATTTCCGGGACCAAACAAGAGCCAAATATATCTATACGTTATCTTTTATTCAGTAATATCAGCCCACTGACCTGTCCCTGGTATAGG--TATATCTATTTACTATTAGTTTAATCAGCAACACACCCAA-TATTAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGGCTCCGTTAACCGTT----A------AGTATTGACTTTAAAGATGGTAGCACTTGCTGAATAAGGTT-ACACAACCAAAAAT
gi|4                          : ctcgataatccactagtgtatatgtcaaactatcactttaaattaaaatacaactttacaatttgttcactcttttattaatattgtcataatttatttcttagttagcttaatttaaacacgactaaAGATTATGCCAAAAT-ATACAATGAGCGCTTTC------T-GTCGGAGTTTAGAATCAATAGTTAA-------------------------------------------AT----------ACTAA---------------ATCTCC-GTAATGA---TATGTATCCGTTCAT--TTACTTGCAATTGCCATACGTGCTT--ATAA-A-AAGTTATGGTAATT-----------AT----GGT-------------AACTTATTAAGTGTTG-GA-CATATGCATAAACATAAATATAA-GTT-CTAAAA-CAATA-----------------------CGCAAAGGTAATGCCGTGACCAAACAAGAGCCAAATATACATGCAAGTTACCTTTTATGCAGTAATATCGGTCCACTGACCTGTCCCGGGTGTAAGTATATATATATGTACTATTCGTTTAATTAGCAACACATCCAA-TATCAATTAATTGGACATCAC-AAACGTGACTCCGTTAACCGCTA-------------ATTGCTTTTTAAGACAGAAGCACTTGCATAATTAGGCT-ATACTTCGAAAAGTGT
gi|5                          :                                  tatgtcacactatcactccaaaataaaaaataaaactttacgatttgttcacttttttatcagtagtttcataagttttttcaacttcaatttaaaaacgacttaAAAAT-ATACAATAAGCACTTTC------T-GTCAGAGTATCGAATCAA
gi|5                          :                                                                                                                                  tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatca-------------------T-----------------------AT----------ACTAA---------------ATCTC----GATA----TATATATTTATCAAT--TAACTTTTATTCGCCA-CCGTGTTTAGAAAA-A-AAGTGTTGGTAACT-T---AAC-ATATCTCTGGTGACCTTTTCAACTTACTCATCAGAGGGTGAAA-CTTATATCAGTACATAACTATAAGGTT-CTAAAAACAATAGACCTTAGTTTCAAGCATGT---AACAAAGCCATTTCCGTGACCAAACAAGAGCCGAATATACCTTCAAGTGACCCTTTATGCAGTAATATCAGTCCACTGACCTGTcccctccccacccccctgctataaaaatccaaaatatatactaaatctcgatatatatatttatcaattaacttttattcgccaccgtgtttagaaaaaaagtgttggtaacttaacatatctctggtgaccttttcaacttactcatcagagggtgaaacttatatcagtacataactataaggttctaaaaacaatagaccttagtttcaagcatgtaacaaagccatttccgtgaccaaacaagagccgaatataccttcaagtgaccctttatgcagtaatatcagtccactgacctgt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tgtgtcacactatcgctccgaataaaaatgcaatacaatgtgtcaactcctttattataatatcaaaaatatacaataagcactttctgtcagagtatcgaatcaacccctccccacccccctgctataaaaatccaaaataGCTAATGAAT-TGTTGAAGGTTTATAATATTCAATTACTATAGTTCCA-TTCGCTCCAATCAATCTACCACAACTCC
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTCCATAAGTTAATGTCACTTTAAAG-TA----CATACTAATGATAAAGTCAA---TGAGCTTTTCTTGTT-A-AGTTTATGTAATATATCTAAATATTGTGTACATTAGTGTTGCTTTACTAACAAGGGA-TGTTGTCAAGCCAACTCGTACTACTGTTATTATCTTTCGGACCGATATTTTGTAAATAACGCTTCATAAAATTAAATCAAATTAATATTTCGAGTT-ATCCCATataagttaatgtcactttaaagtacatactaatgataaagtcaatgagcttttcttgttaagtttatgtaatatatctaaatattgtgtacattagtgttgctttactaacaagggatgttgtcaagccaactcgtactactgttattatctttcggaccgatattttgtaaataacgcttcataaaattaaatcaaattaatatttcgagttatcccat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gaacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngctaatgaattgttgaaggtttataatattcaattactatagttccattcgctccaatcaatctaccacaTACATTTAC---TTGAG--TGTC-CAAAA-T--ATAGACATGTGATGCA-ACACTATCAAGT----ACTTT--CAAA-------AAACC-TTAAACA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ACATGTGATGCAA-C-ACTATC----AAGTACTTTCAAAAAA-CCTTAAA-----CAAATATTTCTAAATATTC-AGATCATGCATTTCAACAAAGAAA---AGATT---TGGTTGA-TTAATAACGAATCATACT----ACGGAAAACATTTACCAACAATACGTTAATT-ACAGTTATATAGTTTTTCATTTAAATGTCTGGTTATGTTTATTAGCTAAGAAAACTGAGATTCTTAG-TAAAGAAGTTAAATGAAATCTGTTTG-TGTC-ATGTTC-TCAATATGA----TTGTTTTATAGCATAC-CA-TAATCATTTATGCTATACACGTTTGCATTCTTAA-TACTGAATAA-----AATA-----TTGAACTGAATTGaatatttctaaatattcagatcatgcatttcaacaaagaaaagatttggttgattaataacgaatcatactacggaaaacatttaccaacaatacgttaattacagttatatagtttttcatttaaatgtctggttatgtttattagctaagaaaactgagattcttagtaaagaagttaaatgaaatctgtttgtgtcatgttctcaatatgattgttttatagcataccataatcatttatgctatacacgtttgcattcttaatactgaataaaatattgaactgaattga
gi|8                          :                                                                                                     tacatttacttgagtgtccaaaatatagAGATTATGCCAAAATTATTCATTGAGC--TTTC------TTGCCAGAGTGTGAAATCAGCAGTTTT-------------------T-----------------------AT----------CCCAACTTTTATACTGTCGTATCTCAAGTTATAA---TATGTATCTGTCCAT--TAACATTTGTTTACCGTCCGAAC-T--AGAA-ATATATGTTGGCAG-T-T---AACCTGATCTCCTGCGAACC--TCAACT-TCTCATTAGTTGGTGAAA-CTTATGCCAATGCATAACTATa
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttaaataaaagtaactttaacttatgtcacagtatcgctaactttcacatttttttttctaagttaaacggcaatctacaatgactaaAAAT-A---CAGA----TAAACATATCTAA--GTA-CTCATATCTGTTAATTATAT--AAAACA--TATAAAAAAGACAAATCTTTCAAATTCATT-AGCTCAGGCATTTAATCTAAGAAAAAGTGGTTAAATGAT-AA-TTAATAATGAATATAACTAACGTCAGTAAACATTTATAAACAATATCC-------CGCTTACATATTATTTCAATTAAATGAATGGGTATGTTTATAAGGTAAGAGAAATTAGCTT-CTAGATAAATAAGTCAAATATTGTGTGTTTGTT-TT-ATTTTCTTTGGTATAAGCGTTTGTTTGAAAACA----CA-AAATttgtattccaag