lowQualScore : 111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 2222222 3333333333 33333 111111111111111111111111111 1 1 1111 22222222222222 888888888888888888888888888888888888 11 111111 1 1111 11 22222222 111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 777777777777777777777777777777777777777 11111111 1111 333333333 11111 555555555555555555555 22222222 1
lowQualScore : 3333333 7777777777 3 1 66666 666666666666666666666666666 1 1 2 2222 99999999999999 1 777 4 0 8 5 3 33 7 222222222222222222222222222222222222 777 4 3 6 3 3 66 000000 5 3 3 1 4 4 3 99999 888888 1111 44 0 77 66 4 0 5 2 1 88888888 3 2 222222222 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 4 6 3 8 1 5 0 55 99999999 3 5 3 7777 0 3 1 3 0 222222222 0 33 22222 2 222222222222222222222 5 8 1 66666666 0
lowQualScore : ....... .......... . . ..... ........................... . . . .... .............. . ... . . . . . .. . .................................... ... . . . . . .. ...... . . . . . . . ..... ...... .... .. . .. .. . . . . . ........ . . ......... . ...................................................................................................................................................................................... ....................................... . . . . . . . .. ........ . . . .... . . . . . ......... . .. ..... . ..................... . . . ........ .
lowQualScore : 0000000 7777777777 7 0 00000 222222222222222222222222222 7 4 1 2222 11111111111111 2 000 4 1 9 0 6 44 9 222222222222222222222222222222222222 000 5 2 2 3 3 55 111111 6 8 2 8 4 0 4 33333 888888 3333 22 4 33 44 6 9 2 1 4 22222222 1 5 333333333 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 777777777777777777777777777777777777777 5 3 6 8 6 5 5 00 66666666 6 9 3 6666 3 3 2 5 9 888888888 2 22 11111 0 888888888888888888888 0 0 0 22222222 5
consensus : TAACACA-TNTAG-TAT---GTA-GTATACTNAAACGAA-NT-GAAACGCTTATGNAGT--GNANTTTTGT-G--GCAATATTTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTT----C--G------TCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GC--T---------AT----A----CNN------TA---CCACGTTAAGTACG-A-AAACAA-GATTC-----CCTTGTGCACAGTCACCCACGTGACA----TTTTACAC------AAT---GGTTCACA--TTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTACACAT---A-G--G-ACCATTTTG---------AATACA--N-N-----GAAA----TG------A-A-----------A------T------AC------GA-----CG-----GC----------AA--------TG------A-AC-GC-----------------GAA----------C----------------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTG-AATGCCAACCATTCCACAA--TAAGTC-GACTTTG-GCNAA-GACT-ACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCACGCGTACACGCGTAACGNCGCCCAGGCAAGAC---------CGTA--------C-TAGT-TAAT-CT---ACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( gi|7 ) : TAACACA-TCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT-GAAACGCTTATAAAGTAAGGACTTTTATAGG-GAAATATTTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTT----C--A------TCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTA--GC--T---------GT----A----CTT------TA---CCATGTTAAGTATG-A-AAACAT-GATTC-----CTTTGTGCACATTCATCTACGTGATA----TTTTACAC------AAT---TGTTCACA--TTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTATACAT---A-A--G-ACCACTTTG---------AATACA--G-A-----GAAA----TG------A-A-----------A------T------AC------GA-----CA-----AC----------AA--------TG------A-AC-GC-----------------GAA----------C----------------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTG-AATGCTAACCACTCCACAA--TAAGTT-GTTCTTG-GCCAA-GACT-TCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCTCAGGCAGGAC---------AGTG--------C-TAGT-TAAT-CT---GAGGAATCGGTTCCTAACG
gi|6 : TAACACA-TTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAA-CTT-GAAACGCTTATAAAGTAGGAAGTTTT-TAAGTGAAATTTTTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTA----C--A------TCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTA--GC--G---------CT----A----TTA------TA---CCACGTTGAGTATG-A-AAACAA-GATTC-----CCTTGTGCACATTCATCTACGTGATA----TTTTACAC------AGT---TATTTACA--TTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTATACAT---C-A--G-ACCACTATG---------AATACCTTA-A-----GACA----TG------A-A-----------A------T------AC------AA-----CA-----GC----------AA--------TG------A-AC-GC-----------------GAA----------C----------------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTG-AATGCCAACCACTCCACAA--TAAATC-GTTCTTG-GCCAA-GACT-ACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCTCAGGCAGGAC---------AGTG--------C-TAGT-TAAT-TT---GAGGAATCGGTTCCTAGC
gi|4 : tttgacagcgactattagcacaacAACACA-TATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG-GAAACAC----ACAG---GTATTTTTGT----GCAATGTTTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACAA----AACTTCTATTT----T--G------CCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTA--CCAAT---------AT----AGAAACAA------TA---TCACACTAAGCAGG-A-AAACAA-GATTT-----CCTCATGTATAGTTACCCA-ATGACA----ATTTACAC------AAT---GGTTCACA--TTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTACATAT---ACA--G-ACCATTTTG---------AATATA--T---------------TT------A-A-----------A------T------GT------GA-----CA-----AA----------AA--------C-------A-AT-GC-----------------CA-----------T----------------G----------T----------CCATGC--CAAA--ATG-----------AA-------C---A------------------TAAAAGTGCCATAATGTTA-CTGCTTCA--A--GGAATG-GTGCAAGTGC--A-GATTGTTAAAATA-----GCTACTGCTGAATAGATCATGTAGAGG--------ACTTCCACGCATAATGACACCTAGACAAGACCATACCATAAGT---------C-TAGT-TCAC-CA---ACGAAATTGGTTCCAAAC
gi|18 : catagAACACAATC--G-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAA-GTAGAAACGC--ATG------GGAATTTTTT-GT-TCAGTATTTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATAACT--AATTGATATGT----T--G------TCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|11 : tttaacagtta-GAAACGCTT-TGGTGT------TTTTGT----GCAATAT--GTTAATGAGTTGCATCAAACAAATAT-T--TATTTT-ATTT----T--G------TCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTA--GCACT---------ATTAAAA----CAA------TA---CCACGTTAAGTACG-A-AAACAA-GATTT-----CCTTGTGCATAGTCATCCACGTGATA----TTTTACA-------------TG----------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTAC---------G--G-ACTATGCAG---------AATATACTA-A-----AACA----TGGA----A-A-----------A------A------AC------AA-----CA-----AC----------GG--------TG------AGACGGCTGTTCCAAATAAAAAAGGAA----------C----------------A----------TGCCGTTACATTACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTG-TATGACAACAATTTCACAG--TAAGTC-GAGTTTG-GCAAA-GACT-ACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGG
gi|1 : aaaaAATATACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATAA-T--AATTTTCATTTTTATC--AATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTA--GCGTT---------ATTGAAA----CAA------TA---CCACGTCACGTATG-AGAAAAAT-AATCC-----CTT-GTGCAC------CTACGTGACA----TTTTACAC------AATAGTTGTCTA-A--TATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAACATAT---T-ACGG-ACCATTTTG---------GATACATTG-ATACGTGAAAAGAGTG------A-A-----------AATTGG-T------AC------CA-----CG-----GC----------AA------------------AT-GT-----------------TA-----------C----------------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTA-AATGCCAACCACTCCACGA--TAAATGAGCTCT---GTCAATGATT-ACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGTC--------CACGCATAACGAAGCCCAGGTAAGAC---------CGTA--------C-catttgattgcgcaagcgcct
gi|20 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaatacgtataaaaagaagtatatacattatgtgtttttgtgcAATATTTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATAA-TTCAAGTCTTGCT-----------------TATA---GAGTGTTTaatgtgtctttttacctccggaatcgggccaagctgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|19 : taagtaagtcacttgtatactgaaatgcacaggtattgttgtgcATGTTT-TTAAAGGGTTGCATCACACAAACAA-A--AGTTTTTATTT----T--G------TCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|22 : aaaaagaaatctgcaggtattttttgtgcagtTACATCAAACTG-TAT-T--AAATTCTATTT----T--A------CCTATT---GAGTGTT-GACAAACAATATAAAGTA-CAATAGa
gi|9 : tttttatcgggTATTT----CTTA------TCTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTA--TC--G---------TT----A----TTTAATCAATG---ACACGTTTAGAAAT-A-AAACAA-AATGT-----CATTGTACACAGTCACTCATGTGACA----TTTTACAC------AAT---GGTTCACA--TTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTACACAT---A-C--GAACCAATTTG---------GATACA--G-T-----GAAA----CGTGTA--A-A-----------A------TGATGTAAC------GG-----CT-----ACATCAA-----AA--------TG------A-AC-GT-----------------GAA----------C----------------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTG-AATGCCAACCATTTAACAA--TAAGTC-GACTCTG-GCCAA-TGTA-ACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAG---ATGTTGTGGGTGTCCATGCGTA-ACG----ACGCCACAC---CAAGAC---------CGTA--------C-T
gi|3 : ataatgaaacgacaagaaacggatgggtgttgtctctgaaatattttaataca------TTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG--AATGACA--TGCGTT--AT--T---------GA----AT---CAA------TA---CCACGTAAAGTACG-T-AAACAA-GATTT-----CGTTGTACACAGTCATCCACCTGACA----TTTGATAC------TGT---TGTTTGCA--TTT-AAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTATACATTTGC-G--G-GCTGTTTTG---------AATACA--T-T-----AAAACG--TG------A-AC----------A------T------AC------AA-----CGTT---GCGGCTATGCCAAA--------TG------G-AC-GT-----------------GAA----------C----------------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------G-AAT-------ATTTCACAA--TAAGTT-GATTTTG-AAAAA-GACT-AAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAACTCGTAgta
gi|8 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataatatactaaaaaaaaaaaagaaacacataaacctgtgtgtgtttttgctataccgttattaagttgcatttaaaattgAGCA-CATTAGTAACGGTTCACTATCGT--TTTAGAAACAAT----A----CTT------GG---C-ACGTTAAAAACG-A-AAATAA-GAATA-----CCTAGGACATAGTCACCC---TGATGAACTTTTTACGT------AAT---GGTTCACA--TTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGCACAT---ACG--G-AGCATTTTG---------AATACA--TTA-----AAAC----TG------A-A-----------AAAACAAT------GC------AA-----CACCTACACCA--------AA--------TG------A-AC-AT-----------------GAA----------CATGAACGTGTCGTTTCG----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------G--------C---GCAAGCACGG-----GTCGCAAGACTGCTG-AACGCCAA-----------------------------CCAA----T-TCACA---TTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGTTCATACG--------TGACGTCGACCAGGTAGGAC---------CGTA--------C-CAatgacgccccgacaacaccataccatacgcctagattccctactggatctgtgccaaactgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|2 : c--T---------GA----A----CTT------TATATCTACATTGAA-ATG-A-AAANNN-NNNNNNNTATCCTTGTGCACAGTCATCCAGGTGAAA----TCT-ATTC------AAT---GATTCACA--TCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTACAAGT---ACG--G-ATAACTTTG---------AATATA--T-T-----GAAA----CGTAT---A-G-----------A------C------CC------GATGTTACA-----GCTATGCCA---AA--------TG------A-GC-GT-----------------AAAAGTGTCTTTAC----------------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTG-AATGTCAAACATTCCACAA--TAAGTC-GACTTAG-GACAA-GACT-GTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGTCCAtacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|15 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaa----A----CAT------TA---CCACATTAAGTAGGCA-ACACAG-GTTTG-----CACTATGCATAATCACCCAAGTGACG-----TTTATAC------AA----TGTCCACA--TGGTTAAA--CATACCT-GAACATGCGT-------------------ACCACATTA---------AATGTA--T-T-----GAAATG--TG------A-AACAAGG-----A------T------ACCATGGTGA-----CG-----GCA---------AA--------TGGACATTA-AC-GC-----------------GCCGTTT------C----------------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctgacgacacttatgcgaaaccttaccgtacgtgaagtttacacacagaatcggtcccaaactgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|16 : ctaacgctattgaaA---CCATGCTAAGCA-------------ATCC-------TCATGCACAGTTACCAACGTGACA----ATTTATAT------AAT---GGTTCACA--TTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCTACAT---ATG--G-ACTACTTTG---------AATGTAT-T-A-----GAAA----TGGT----A-A-----------A------A------AC------GATG---CC-----AC----------AG--------CG--------AC-GC-----------------
gi|5 : TATGTACG-A-AAACAA-GATTT-----CTTTGTGAAAAGTCACTCATGTGACG----TTTTATACTGTAACAAT---GGTTCACA--TTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTC--TTTGTACA----A-A----------TTGCGGATATATAATATA--A-T-----GAAA----TGTGTAAAACA-----------A------T------GC------CA-----CA-----GCTACGCCA---AA--------TG------A-AC-GT-----------------GAA----------CATGTCGTTAT------G----------T----------TACTGCTTCGAAAAATG-----------GAACAAGCGC---A--------T-----GTCGCAACACTGACA-AATGC-AATCATTTCACAAAAGAAGTT-GACTTTG-GCAAA-GACT-AAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTACAGGCAAGAC---------CGTACCATAAATC-TAGT-TTAT-CT---ACGGTATTGGTTCCAAACttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|10 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattattattgaaacaatatctcataAAGCATT-A-AAAGAAAGGTTC-----CTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGACA----ATTTACGT------AAT---GGTTCTTA--TTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTCATGT---G-G--G-ACTATTTTG---------AATGTATTG-A-----AATA----TG------A-AGAAAAAAAAGGA------T------GC------TA-----CA-----GC----------AATGCCAGATTG------A-AT-GT-----------------ACA----------C----------------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTG-CATGCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|21 : ttaacgagcactactgaaacaataccaccaaCATGACA----ATTTACAT------AAA---AGGTCACACATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTACAAAT---ACA--G-ACTATTTTG---------AATAGA--T-T-----GAAA----TG------acaatactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|13 : -----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TG-AATACCAACCA-TCCACAG--TTAGTC-GACTCTG-GCAAA-GACT-ACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGTC--------CATGCGTAACGACACCAAGGCAAAAC---------CGTGCCCTTCGTC-TTGT-TAAC-GT---ACGGGATCGGTTCCAAACG
gi|12 : cACAA--CAAGTT-GAGTTTG-GTAAA-TACT-ATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|14 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattattta-GACT-ATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCACGCGTA-----ATGACGTC---TGGGCAAACC---------TGTA--------CCTAGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222222 22222 88888888888888888888888888888 3333333333 1111 22222222222 555555555555555555 111111 33333 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 55555555555555555555555555555
lowQualScore : 44 0 0000000 1 99999 00000000000000000000000000000 333 1111111111 99 0 2222 44444444444 666 1 4 2 888 333333333333333333 22 7777 3 1 2 3 000000 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 3 555 3 33333 1 88888 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888 666666666666666666666666666666666666666 3 0 3 55 1 3 1 0 555555555555 1 22222222222222222222222222222 4 99999999 777
lowQualScore : .. . ....... . ..... ............................. ... .......... .. . .... ........... ... . . . ... .................. .. .... . . . . ...... . . . ...... .. . .. .. . . ... . ..... . ..... ..................................................................................................................................................................................... ..... ....................................... . . . .. . . . . ............ . ............................. . ........ ...
lowQualScore : 22 0 0000000 0 44444 33333333333333333333333333333 333 7777777777 55 7 9999 22222222222 444 0 4 2 888 999999999999999999 00 1111 3 9 9 3 888888 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 0 555 5 11111 1 88888 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 33333 999999999999999999999999999999999999999 7 5 6 55 0 1 9 5 222222222222 0 66666666666666666666666666666 0 88888888 000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAAACGC-TA----T-----GNAGT-----------GTATTTTT---GT--G--CAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACG---GTTGACTA--GC--TAT--A-A----CAATAC----CACGT-TAAGTACGAAA-ACAAGATTT-----CCTCGTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTACAC------AAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTACACAT---ACGGACCATTTTGAATACA-TT--GA-----------A--A--TG------A------A-----------A-----T-AC------G--ACG----------GC-A--------AA--------TG------A-AC------G-------CG----AA----------------C----------G----------T----------T-----ACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCACAA--TAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCACGCGTACACGCGTAACGACGCCCAGGCAAGACCGTAC-------CT--------A---G------T-TN-A-C---CT---ACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTA-GTATACTNAAACGAAN-T--GAAACGCTTA----T-----GNAGT-----------GNANTTTT---GT--GG-CAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACG---GTTGACTA--GC--TAT----A----CNNTAC----CACGT-TAAGTACGAAA-ACAAGATTC-----CCTTGTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTACAC------AAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTACACAT---A-GGACCATTTTGAATACA-NN--GA-----------A--A--TG------A------A-----------A-----T-AC------G--ACG----------GC----------AA--------TG------A-AC------G-------CG----AA----------------C----------G----------T----------T-----ACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCACAA--TAAGTCGACTTTGGCNAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCACGCGTACACGCGTAACGNCGCCCAGGCAAGACCGTA--------CT--------A---G------T-TA-A-T---CT---ACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TATGTTGAAACGAAA----AAAATACGTA----TAAAAAGAAGTATATACATTATGTGTTTTT---GT--G--CAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATAA-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACT---GTTGGGTA--GCGTTATTGAAA----CAATAC----CACGT-CACGTATGAGA-AAAATAATC-----CCTTGTGCAC------CTACGTGA-CATTTTACAC------AAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAACATATT--ACGGACCATTTTGGATACA-TT--GATACGTGAAAAGA--G--TG------A------A-----------AATTGGT-AC------C--ACG----------GC----------AA------------------AT------G-------TT----A-----------------C----------G----------T----------T-----ACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCACGA--TAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGTC--------CACGCATAACGAAGCCCAGGTAAGACCGTA--------CA--------AT--GTGTCTTT-TT-A-C---CT---CCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatga----A----CAATAC----CACCA-AAAGCATTAAA-AGAAAGGTT-----CCTCGTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTACGT------AAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTCATGT---G-GGACTATTTTGAATGTA-TT--GA-----------AATA--TG------A------AGAAAAAAAAGGA-----T-GC------T--ACA----------GC----------AATGCCAGATTG------A-AT------G-------TA----CA----------------C----------GTTCATTGTCTT----------T-----ACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : ttaacgagcactactgaa--GAAACGCTT-----T-----G--GT-----------GT--TTTT---GT--G--CAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATAT-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACG---GTTGACTA--GCACTATTAAAA----CAATAC----CACGT-TAAGTACGAAA-ACAAGATTT-----CCTTGTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTAC---------GGACTATGCAGAATATA-CT--AA-----------AACA--TGGA----A------A-----------A-----A-AC------A--ACA----------AC----------GG--------TG------AGAC------GGCTGTTCCA----AATAAAAAAGGAACATGCC----------G----------T----------TACATTACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCACAG--TAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAACAA--CAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattT--------A---A------T-TT-A-C---CT---ACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCACAG--TTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGTC--------CATGCGTAACGACACCAAGGCAAAACCGTGCCCTTCGTCT--------T---G------T-TA-A-C---GT---ACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCACGCG--------TAATGACGTCTGGGCAAACCTGTAC-------CT--------A---G------TCTA-GTT---CTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : --GC--TATTGAAA----CATTAC----CACAT-TAAGTAGGCAACACAGGTTTG-----CACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTATAC------AAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CATACCT-GAACATGCGT----------------ACCACATTAAATGTA-TT--GA-----------A--ATGTG------A------AACAAGG-----A-----T-ACCATGGTG--ACG----------GCA---------AA--------TGGACATTA-AC------G-------CG----CCGTTT------------C----------G----------T----------T-----ACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : ctaac-----CCTCATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTATAT------AAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-TATCGAC--TTCTACATAT-----GGACTACTTTGAATGTATTA--GA-----------A--A--TGGT----A------A-----------A-----A-AC------G--ATG----------CC----------A
gi|18 : accatgctaagcaatAACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAAACGC--A----T-----G---------------GGAATTTT---TT--GTTCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATAACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagtta----T-----GCAG------------GTATTTTTT--GT--G--CAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACAA-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcC----TACAT-TGAA-ATGAAA-ANNNNNNNNNNTATCCTTGTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-ATTC------AAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTACAAGT---ACGGATAACTTTGAATATA-TT--GA-----------A--A--CGTAT---A------G-----------A-----C-CC------G--ATGTTACAGCTATGCCA--------AA--------TG------A-GC------G-------TA----AAAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------T-----ACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCACAA--TAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGTCCATGC---C-----TGACGACACTTATGCGAAACCTTA--------CCGTACGTGAA---G------T-TT-A-C---AC---ACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttatatAC-T--GAAATGC-------------ACAG------------GTATTGTT---GT--G--CAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATAA-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTACAT------AAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTACAAAT---ACAGACTATTTTGAATAGA-TT--GA-----------A--A--TG------
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TAT-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTGTT-GACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : AT---ATA-ATATACTAAAAAAAAA-AAAGAAACACATAAACCT-----GT-GT-----------GTGTTTTT---G------CTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TAA----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG--AATGACATGCGTT-ATTG--A----AT---------CAATAC----CACGT-AAAGTACGTAA-ACAAGATTT-----CGTTGTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGATAC------TGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTATACATTTGC-GGGCTGTTTTGAATACA-TT--AA-----------A--ACGTG------A------AC----------A-----T-AC------A--ACGTT--------GCGGCTATGCCAAA--------TG------G-AC------G-------TG----AA----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------T-----ACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCACAA--TAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGT-CA-------ACTCGTAATGACGCCCCGACAACACCATA--------CC--------ATACGC-----C-TAGA-TTCCCT---ACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAAACAC-------------ACAG------------GTATTTTT---GT--G--CAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACAA----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACG---ACTGACTA--CCAATATAGAAA----CAATAT----CACAC-TAAGCAGGAAA-ACAAGATTT-----CCTCATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTACAC------AAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTACATAT---ACAGACCATTTTGAATATA-TT--TA-----------A--A--TGTGAC--A------A-----------A-----A-AC------A--ATGCCATGTCCATGCCAA-------AA--------TG------A-ACATAAAAG-------TGCCATAA----------------T----------G----------T----------T-----ACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCACGCATA--------ATGACACCTAGACAAGACCATACCATAAGTCT--------A---G------T-TC-A-C---CA---ACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagct----A----CAATAT----CTCATATATGTACGAAA-ACAAGATTT-----CTTTGTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTACAAATTG-C-GGAT-ATAT--AATATA-AT--GA-----------A--A--TGTGTAAAAC-----A-----------A-----T-GC------C--ACA----------GCTACGCCA---AA--------TG------A-AC------G-------TG----AA----------------CATGTCGTTATG----------T----------T-----ACTGCTTCGAAAAATG-----------GAACAAGCGC---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATGC--AATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTACAGGCAAGACCGTACCATAAATCT--------A---G------T-TT-A-T---CT---ACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattattattgaaTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAAACGCTTA----T-----AAAGTAG---------GAAGTTTTTAAGT--GA--AATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACA---GTTGCCTA--GC--GCT----A----TTATAC----CACGT-TGAGTATGAAA-ACAAGATTC-----CCTTGTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTACAC------AGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTATACAT---C-AGACCACTATGAATACC-TTAAGA-----------C--A--TG------A------A-----------A-----T-AC------A--ACA----------GC----------AA--------TG------A-AC------G-------CG----AA----------------C----------G----------T----------T-----CCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCACAA--TAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCTCAGGCAGGACAGTG--------CT--------A---G------T-TA-A-T---TT---GAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAAACGCTTA----T-----AAAGTAA---------GGACTTTT---ATAGGG-AAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATAA-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACG---GTTGCCTA--GC--TGT----A----CTTTAC----CATGT-TAAGTATGAAA-ACATGATTC-----CTTTGTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTACAC------AAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTATACAT---A-AGACCACTTTGAATACA-GA--GA-----------A--A--TG------A------A-----------A-----T-AC------G--ACA----------AC----------AA--------TG------A-AC------G-------CG----AA----------------C----------G----------T----------T-----ACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCACAA--TAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCTCAGGCAGGACAGTG--------CT--------A---G------T-TA-A-T---CT---GAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACG---GTTCACTATCGT--TTT----AGAAACAATACTTGGCACGT-TAAAAACGAAA-ATAAGAATA-----CCTAGGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTACGT------AAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGCACAT---ACGGAGCATTTTGAATACA-TT--AA-----------A--AC-TG------AAAAAACA-----------A-----T-GC------A--ACA----------CCTACACCA---AA--------TG------A-AC------A-------TG----AACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------T-----AAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCACA
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGTTCA----TA----CGTGACGTCGACCAGGTAGGACCGTA--------CC--------A---tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcTATTTCTT--------ATCTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACA---TTTGACTATCGT--TATTTA-AT---CAATGA----CACGT-TTAGAAATAAA-ACAAAATGT-----CATTGTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTACAC------AAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTACACAT---ACGAACCAATTTGGATACA-GT--GA-----------A--A--CGTGTA--A------A-----------A-----TGAT------GTAACG----------GCTACATCAA--AA--------TG------A-AC------G-------TG----AA----------------C----------A----------TGCCGGTACGGT-----ACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAACAA--TAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGTCCATGCGTA-ACG----ACGCCACAC---CAAGACCGTA--------CT--------tacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 66666666666666666666 1111 2222222222222 444444444444444444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666666666666666666666666666666666666666 6666666666666 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 22222 4 11111111111111111111 99 777 88 1 2 3 0000 0 3333333333333 666 1 4 2 1 3 444444444444444444 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 1111111111111 1 3 888888888888888 3 111111 1 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . ..... . .................... .. ... .. . . . .... . ............. ... . . . . . .................. .... . . . . . ..... .. . . . ...... .. . .. .. . . . . .. . .. . .. ....................................................................................................................................................................................................... ....................................... . . .. .. . . . ............. . . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 11111 4 22222222222222222222 55 000 66 4 0 6 9999 4 4444444444444 444 0 4 2 4 4 444444444444444444 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 0000000000000 2 6 222222222222222 6 555555 0 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GC--TATT--A---A-CAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G------AAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GC--TAT---A---A-CAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G------AAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCACGCGTACACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTNA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T--ATATACATT-ATG-----------TG--TTTTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTA--GCGTTATTGAA---A-CAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG----AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G-----------------T----T----A----------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGTC--------CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaACTA---C--TGA---A---A-CAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG----AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------G------AAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : ttaacgagc--GAA-ACGCT-TTG----------GTG--TTTTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTA--GCACTATTAAA---A-CAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A--------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGG------AAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGTC--------CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCACGCG--------TAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : --GC--TATTGAA---A-CATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTAT------ACAAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CA-TACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--ATGTG----AAACAAGG-----A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGACATTAAC------GCG----C----CGTTT------------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : ctaacAC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT--AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAA-ACGC--ATGGGA---AT-------TTTTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagttaTGC-A---G---GTA--TTTTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT-AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------G------AGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGTCCATGC---C-----TGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAA-ATGC----AC-A---G---GTA--TTGTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG----
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTG-TTGACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAA-ACAC--ATAA-ACCTGT--GTG--TGTTT--TT---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG--AATGACA--TG-C----GT--TATTG-A---ATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG----AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------G------GAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGT-CA-------ACTCGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAA-ACAC----AC-A---G---GTA--TTTTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTA--CCAATAT---AGAAA-CAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGACAA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------G------AACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCACGCATA--------ATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagct---A---A-CAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTAAA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------G------AAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattattattgaTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAA-ACGCTTATAA-A---GTA-GGAAGTTTTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTA--GCGCTAT---T---A----TAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C-------AA--------T-------G------AAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAA-ACGCTTATAA-A---GTAAGGA--CTTTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTA--GC--TGT---A-----CTTTAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------G------AAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTATCGT--TTT---AGAAA-CAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG----AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------G------AAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGTTCA----TA----CGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAA-ACGG--ATGG-----GT--GT---TGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATCGT--TATTT-A---ATCAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTAAA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------G------AAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGTC--------CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 66666666666666666666 1111 2222222222222 4444444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 22222 4 11111111111111111111 99 777 88 1 2 3 0000 0 3333333333333 666 1 4 1 1 2 55 3333333333333333 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 666666666666 3 888888888888888 3 111111 0 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . ..... . .................... .. ... .. . . . .... . ............. ... . . . . . .. ................ .... . . . . . ..... .. . . . ...... .. . .. .. . . . . .. . .. . .. ................................................................................................................................................................................................. ....................................... . . .. .. . . . ............ . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 11111 4 22222222222222222222 55 000 66 4 0 6 9999 4 4444444444444 444 0 0 1 9 2 00 2222222222222222 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 000000000000 6 222222222222222 6 555555 3 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GC--TAT-TG-A---A--CAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GC--TAT-T--A---A--CAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T--ATATACATT-ATG-----------TG--TTTTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTA--GCGTTAT-TGAA---A--CAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG----AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G----------TT----A---------------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGT-----C---CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaTTAACGA--GCACTAC-TGAA---A--CAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG----AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------GAAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : --GAA-ACGCT-TTG----------GTG--TTTTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTA--GCACTAT-T--A---AAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A--------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGGAAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGT-----C---CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCAC--------GCGTAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : --GC--TAT-TGAA---A--CATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTAT------ACAAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CA-TACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--ATGTG----AAACAAGG-----A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGAC------ATT----A----ACGCGCCGTTT------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : ctaacAC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT--AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAA-ACGC--ATGGGA---AT-------TTTTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagttaTGC-A---G---GTA--TTTTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT-AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------GAGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGT-----C---CATGCCTGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAA-ATGC----AC-A---G---GTA--TTGTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG----
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTG-TTGACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAA-ACAC--ATAA-ACCTGT--GTG--TGTTT--TT---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG--AATGACA--TG-C----GT--TAT-T--G---AATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG----AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------GGAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAAC-T-------CGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAA-ACAC----AC-A---G---GTA--TTTTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTA--CC--AATAT--AGAAA--CAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGACAA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------GAACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCAC--------GCATAATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagctTG-CATTAA-AACAAT--ATTA---T--TAT-TGAA---A--CAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTAAA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggtTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAA-ACGCTTATAA-A---GTA-GGAAGTTTTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTA--GCGCTAT-T--A---------TAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAA-ACGCTTATAA-A---GTAAGGA--CTTTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTA--GC--TGT--------A--CTTTAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTA--TCG-TTT-T--AGAAA--CAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG----AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGT-----T---CATACGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAA-ACGG--ATGG-----GT--GT---TGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATCGT--TAT-TT-A---AT-CAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTAAA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGT-----C---CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 66666666666666666666 1111 2222222222222 222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 22222 4 11111111111111111111 99 777 88 1 2 3 0000 0 3333333333333 666 1 4 1 1 2 55 999999999999 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 666666666666 3 888888888888888 3 111111 0 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . ..... . .................... .. ... .. . . . .... . ............. ... . . . . . .. ............ .... . . . . . ..... .. . . . ...... .. . .. .. . . . . .. . .. . .. ................................................................................................................................................................................................. ....................................... . . .. .. . . . ............ . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 11111 4 22222222222222222222 55 000 66 4 0 6 9999 4 4444444444444 444 0 0 1 9 2 00 222222222222 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 000000000000 6 222222222222222 6 555555 3 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GCG-TATTG--AAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTA--GC--TATTG--AA-CAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T--ATATACATT-ATG-----------TG--TTTTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTA--GCGTTATTG--AAACAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG----AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G----------TT----A---------------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGT-----C---CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaTTAACGA--GCACTACTG--AAACAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG----AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------GAAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : --GAA-ACGCT-TTG----------GTG--TTTTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTA--GCACTATTA--AAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A--------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGGAAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGT-----C---CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCAC--------GCGTAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : --GC--TATTG--AAACATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTAT------ACAAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CA-TACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--ATGTG----AAACAAGG-----A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGAC------ATT----A----ACGCGCCGTTT------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : ctaacAC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT--AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAA-ACGC--ATGGGA---AT-------TTTTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagttaTGC-A---G---GTA--TTTTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT-AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------GAGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGT-----C---CATGCCTGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAA-ATGC----AC-A---G---GTA--TTGTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG----
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTGTT-GACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAA-ACAC--ATAA-ACCTGT--GTG--TGTTT--TT---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG--AATGACA--TG-C----GT--TATTG--AATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG----AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------GGAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAAC-T-------CGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAA-ACAC----AC-A---G---GTA--TTTTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTA--CCAATATAG--AAACAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGACAA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------GAACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCAC--------GCATAATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagctTG-CATTAA-AACAAT--ATTA---T--TATTG--AAACAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTAAA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggtTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAA-ACGCTTATAA-A---GTA-GGAAGTTTTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTA--GCGCTATT--------ATAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAA-ACGCTTATAA-A---GTAAGGA--CTTTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTA--GC--TGT-----A-CTTTAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTA--TCG-TTTTAGAAA-CAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG----AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGT-----T---CATACGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAA-ACGG--ATGG-----GT--GT---TGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATCGT--TATTT--AATCAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTAAA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGT-----C---CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 666666666666666666666 1111 2222222222222 222 11111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 22222 4 111111111111111111111 99 777 88 1 2 3 0000 0 3333333333333 666 1 4 2 0 4 000 44 0 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 888888 2 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 33333333333 33 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 666666666666 3 888888888888888 3 111111 0 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . ..... . ..................... .. ... .. . . . .... . ............. ... . . . . . ... .. . .... . . . . . ..... .. . . ...... . . .. .. . . . . .. . .. . .. ........... .. .. ................................................................................................................................................................................ ....................................... . . .. .. . . . ............ . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 11111 4 222222222222222222222 55 000 66 4 0 6 9999 4 4444444444444 444 0 4 2 2 0 111 22 1 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 222222 9 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 66666666666 99 88 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 000000000000 6 222222222222222 6 555555 3 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGC-T-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGC-GCT-ATT-GAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG------AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGC-T-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGC-G-T-ATT-GAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG------AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T--ATATACAT-T-ATG-----------TG--TTTTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTAGC-G-TTATT-GAAACAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG------AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G----------TT----A---------------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGT-----C---CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaTTAACGAGC-ACT-ACT-GAAACAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG------AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------GAAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : --GAA-ACGC-T-TTG----------GTG--TTTTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTAGC-ACT-ATT-AAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A----------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGGAAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGT-----C---CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCAC--------GCGTAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : CTAAC-GCT-ATT-GAAACATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CGTTT-AT------ACAAT-G-TC-CAC--ATGGTTAAA--CAT-ACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--A--TGTGAAACAAGG---------A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGAC------ATT----A----ACGCGCCGTTT------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : AC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT----AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAA-ACGC---ATGGGA---AT-------TTTTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagttaTGC-A---G---GTA--TTTTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT---AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------GAGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGT-----C---CATGCCTGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAA-ATGC-----AC-A---G---GTA--TTGTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG------
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTG-TTGACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAA-ACAC---ATAA-ACCTGT--GTG--TGTTT--TT---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG-----AA----TGACATGC-G-TTATT-GAATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG------AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------GGAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAAC-T-------CGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAA-ACAC-----AC-A---G---GTA--TTTTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTACC-AAT-ATA-GAAACAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGAC--AA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------GAACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCAC--------GCATAATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagct-T-ATT-GAAACAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTA--AA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattatTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAA-ACGCTT-ATAA-A---GTA-GGAAGTTTTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTAGC-GCT-ATT-------ATAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG------AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C--------A----A---T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAA-ACGC-TTATAA-A---GTAAGGA--CTTTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTAGCTG-T-ACT-T------TAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG------AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTATC-G-T-TTTAGAAACAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG------AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGT-----T---CATACGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAA-ACGG---ATGG-----GT--GT---TGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATC-G-TTATT-TAATCAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTA--AA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGT-----C---CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 66666666666666666666 1111 2222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 22222 4 11111111111111111111 99 777 88 1 2 3 0000 0 3333333333333 666 1 4 2 0 1 00 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 666666666666 3 888888888888888 3 111111 0 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . ..... . .................... .. ... .. . . . .... . ............. ... . . . . . .. .... . . . . . ..... .. . . . ...... .. . .. .. . . . . .. . .. . .. ................................................................................................................................................................................................. ....................................... . . .. .. . . . ............ . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 11111 4 22222222222222222222 55 000 66 4 0 6 9999 4 4444444444444 444 0 4 2 2 4 77 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 000000000000 6 222222222222222 6 555555 3 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T--ATATACATT-ATG-----------TG--TTTTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTAGCGTTATTGAAACAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG----AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G----------TT----A---------------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGT-----C---CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaTTAACGAGCACTACTGAAACAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG----AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------GAAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : --GAA-ACGCT-TTG----------GTG--TTTTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTAGCACTATTAAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A--------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGGAAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGT-----C---CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCAC--------GCGTAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : CTAACGCTATTGAAACATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTAT------ACAAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CA-TACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--ATGTG----AAACAAGG-----A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGAC------ATT----A----ACGCGCCGTTT------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : AC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT--AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAA-ACGC--ATGGGA---AT-------TTTTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagttaTGC-A---G---GTA--TTTTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT-AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------GAGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGT-----C---CATGCCTGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAA-ATGC----AC-A---G---GTA--TTGTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG----
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTG-TTGACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAA-ACAC--ATAA-ACCTGT--GTG--TGTTT--TT---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG-----AA----TGACATGCGTTATTGAATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG----AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------GGAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAAC-T-------CGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAA-ACAC----AC-A---G---GTA--TTTTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTACCAATATAGAAACAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGACAA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------GAACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCAC--------GCATAATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagctTATTGAAACAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTAAA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattatTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAA-ACGCTTATAA-A---GTA-GGAAGTTTTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTAGCGCTATT------ATAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAA-ACGCTTATAA-A---GTAAGGA--CTTTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTAGC--TGT----ACTTTAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTATCGTTTTAGAAACAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG----AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGT-----T---CATACGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAA-ACGG--ATGG-----GT--GT---TGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATCGTTATTTAATCAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTAAA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGT-----C---CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 66666666666666666666 1111 2222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 22222 4 11111111111111111111 99 777 88 1 2 3 0000 0 3333333333333 666 1 4 2 0 1 00 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 666666666666 3 888888888888888 3 111111 0 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . ..... . .................... .. ... .. . . . .... . ............. ... . . . . . .. .... . . . . . ..... .. . . . ...... .. . .. .. . . . . .. . .. . .. ................................................................................................................................................................................................. ....................................... . . .. .. . . . ............ . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 11111 4 22222222222222222222 55 000 66 4 0 6 9999 4 4444444444444 444 0 4 2 2 4 77 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 000000000000 6 222222222222222 6 555555 3 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T--ATATACATT-ATG-----------TG--TTTTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTAGCGTTATTGAAACAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG----AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G----------TT----A---------------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGT-----C---CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaTTAACGAGCACTACTGAAACAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG----AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------GAAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : --GAA-ACGCT-TTG----------GTG--TTTTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTAGCACTATTAAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A--------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGGAAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaaATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGT-----C---CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCAC--------GCGTAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : CTAACGCTATTGAAACATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTAT------ACAAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CA-TACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--ATGTG----AAACAAGG-----A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGAC------ATT----A----ACGCGCCGTTT------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : AC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT--AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAA-ACGC--ATGGGA---AT-------TTTTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagttaTGC-A---G---GTA--TTTTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT-AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------GAGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGT-----C---CATGCCTGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAA-ATGC----AC-A---G---GTA--TTGTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAAGTCTT---------------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG----
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTG-TTGACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAA-ACAC--ATAA-ACCTGT--GTG--TGTTT--TT---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AATT------------------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG-----AA----TGACATGCGTTATTGAATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG----AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------GGAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAAC-T-------CGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAA-ACAC----AC-A---G---GTA--TTTTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTACCAATATAGAAACAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGACAA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------GAACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCAC--------GCATAATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagctTATTGAAACAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTAAA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattatTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAA-ACGCTTATAA-A---GTA-GGAAGTTTTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTAGCGCTATT------ATAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAA-ACGCTTATAA-A---GTAAGGA--CTTTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTAGC--TGT----ACTTTAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTATCGTTTTAGAAACAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG----AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGT-----T---CATACGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAA-ACGG--ATGG-----GT--GT---TGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATCGTTATTTAATCAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTAAA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGT-----C---CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
blockSeqs : TA A CAA AC T AAAA . TTATAAAGTAGGAAG AA AGG CG T A C TTC TTT ACT C A T C TTGG T A C T C NNNTA CT A A A ACTGTA AG A . GC T T C GG T TT . AA AATATGAAGAAAAAAAAGGATGCTACAGCAATGCCAGATTGAATGTACACGTTCATTGTCTT GAAAAAAAAACGCAG T CA AA T C CCACACGTACAC A CCCTTCGT G ACGTGA GTTCT
blockSeqs : TT . . AC A GTA . TTATAAAGTAAGGA T . G T A . CT GTT . A . A C . . . T C . . C C . T . G . . . . A G . . T . A AACTGAAAAAACAATGCAACACCTACACCAAATGAACATGAACATGAACGTGTCGTTTCGT GTAACAGCATTG T A . . C CCACACGTACAC . CCATACGC . . .
blockSeqs : TC . . A A AAG . ATAAACCTGTGTG . . . A G . T TTT . C . A C . . . T T . . T A . A . G . . . . A G . . . . . AATGTGACAAAAACAATGCCATGTCCATGCCAAAATGAACATAAAAGTGCCATAATGT GATCATGCGCAG A C . . C CAACT . CCATAAGT . . .
blockSeqs : . G CAT . ATGGGAAT . . . T G . A TTT . A . T T . . . T C . . C C . T . G . . . . T G . . . . . AAAAACAACAACGGTGAGACGGCTGTTCCAAATAAAAAAGGAACATGCCGTTACAT GAACAAGCGCAT C T . . T CCAT . CCATAAAT . . .
blockSeqs : G CT . ATGGGTGT . . . C G . T TTT . G . T A . . . C G . . T G . A . G . . . . T A . . . . . AATGTGAAACAAGGATACCATGGTGACGGCAAATGGACATTAACGCGCCGTTTCGT GCGCAAGCACGG C C . . T CCAC . C . . .
blockSeqs : G TT . TTTGGTG . . . T G . T TAC . G . T C . . . T C . . T C . T . T . . . . T A . . . . . AACGTATAGACCCGATGTTACAGCTATGCCAAATGAGCGTAAAAGTGTCTTTACAT GTGCAT T C . . T CCAT . C . . .
blockSeqs : AA . ACAGGTA . . . T T . T TTC . T . T T . . . T T . . C C . A . G . . . . A T . . . . . AACGTGAACATACAACGTTGCGGCTATGCCAAATGGACGTGAACGTGCCGTTTCTT GTGCAA T C . . C CCAC . C . . .
blockSeqs : . ACAGGTA . . . T T . T . . . . T . . . T T . . T T . T . G . . . . A G . . . . . AACGTGTAAAATGATGTAACGGCTACATCAAAATGAACGTGAACATGCCGGTACGG GCAG C C . . T CAAT . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A C . . T C . T . T . . . . A G . . . . . AATGTGTAAAACAATGCCACAGCTACGCCAAATGAACGTGAACATGTCGTTATGT GCAG C . . . T TCAT . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A A . . T C . T . T . . . . A T . . . . . CATGAAATACAACAGCAATGAACGCGAACGT GCAG . . . . C CCAT . . .
blockSeqs : . . . . . . . A G . T . G . . . . . . . . . . . AATGAAATACGACAACAATGAACGCGAACGT . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T T . T . G . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ATAGGTG************* TTT********** ** **
originalCons : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCT-ATGN-A---GT--GTA--TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
finalCons : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAA-ACGCATAGGTG-------------TTTTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTT----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 111 22222 11111111111111111111 1111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 666666666666666666666666666666666666666 555555555555 555555555555555 111111 11111
lowQualScore : 44 0 777 55 0 1 0 55555 99999999999999999999 44 88888 3 77 555 77 00 0 1 1 3 9999 2 0 0 0 5555555555 666 1 4 2 0 1 00 6666 3 3 4 5 3 77777 44 3 2 1 888888 22 2 33 66 2 5 0 4 33 2 66 2 66 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 666666666666666666666666666666666666666 3 0 44 55 0 3 1 666666666666 3 888888888888888 3 111111 0 00000
lowQualScore : .. . ... .. . . . ..... .................... .. ..... . .. ... .. .. . . . . .... . . . . .......... ... . . . . . .. .... . . . . . ..... .. . . . ...... .. . .. .. . . . . .. . .. . .. ................................................................................................................................................................................................. ....................................... . . .. .. . . . ............ . ............... . ...... . .....
lowQualScore : 22 0 555 88 7 7 2 00000 11111111111111111111 66 33333 3 99 888 33 88 5 0 1 3 2222 6 4 3 3 9999999999 444 0 4 2 2 4 77 5555 1 1 8 8 1 77777 88 0 9 9 222222 99 9 99 88 9 4 2 1 99 9 88 9 88 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999999999999999999999999999999999999 7 5 22 00 6 1 9 000000000000 6 222222222222222 6 555555 3 00000
consensus : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAAACGC-------AT-AG--------G--T-----GTT-TTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTT----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
Reference ( family-1087 ) : TAACACATNTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACGAAN-T--GAAACGC-------AT-AG--------G--T-----GTT-TTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTT----------GTCTATT---GAGTGTTTGACCGACAATATANAGTA-CATTAGTAACGGTTGACTAGCGCTATTGAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTC-GTGCACAGTCACCCACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TAACAATCGTTTTAC--AC-A--T-ACGGACCATTTTGAATACATT--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAATGC-CAACCATTCCAC--AATAAGTCGACTTTGGCAAAGACTACGTAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCACGTAGTGGGCGTCCAC-C---CACGCGTAACGACGCC-CAGGCAAGACCGTA-------C-------C-T------AGTTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACG
gi|1 : TACGTATA---AAAAGAAG-T---ATATAC-------ATTAT--------G--T-----GTT-TTT--GT---GCAATAT--ACTTTAATGGGTTACATGGAACAAATA-A-T--AATTTTCATTTTTATCAATTTTGTCTATT---GAGTGTATGACTTATAATATGCAGTA-CATTGGTAACTGTTGGGTAGCGTTATTGAAACAATAC----C-ACGT-CACGTATGAGAAAA-ATAAT-----CCCTT-GTGCAC------CTACGTGA-CATTTTAC------ACAAT-AGTT-GTCTAATATTAAAAA-CGT-------ACAATCATTGAAC--AT-A--TTACGGACCATTTTGGATACATT--GATACGTGAAAAGA--G--TG----AA-----------AATTGGT-A------------C------C--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------G----------TT----A---------------------C----------G----------T----------TACTACATGAAAGAATT-----------G--------CGCAA--------GCACATGTCGCAAGACTGCTAAATGC-CAACCACTCCAC--GATAAATGAGCTCTGTCAATGATTACGTATTTCTTGCACGACCGC-GGATAGAT------GTGGGCGT-----C---CACGCATAACGAAGCC-CAGGTAAGACCGTA-------CAATGTGTC-T-------TTTTA-----CCTCCGGAATCGG-GCCAAGC
gi|10 : atgtaacaacgcaatcagaaattactgaaactcgtgtgaagcaacatgctgtaaagagtaagaatttaaaccaatgacaataaatgatatgttgaaacgaaaaaaaTTAACGAGCACTACTGAAACAATAC----C-ACCA-AAAGCATTAAAAGA-AAGGT-----TCCTC-GTTCACCGTTACCCAAGTGA-CAATTTAC------GTAAT-GGTT-CTT--ATTTTAAAA--CTTTCCC-TAACTACCCCCTTTC--AT-G--T-G-GGACTATTTTGAATGTATT--GA-----------AATA--TG----AAGAAAAAAAAGGA-----T-G------------C------T--ACA----------G--------------C-------AATGCCAGATT-------GAAT------GTA----C----A----------------C----------GTTCATTGTCTT----------TACTGCTTCATAGAATGGT---------G--------C---A--------T-----GTTGCAAGACTGCTGCATGCACAAtgccgttgaaacggttctaaacacacaacaacagaatactgtagaaccgattgcgcgagagcccatataccacacgctaaaacaccataaacaccatgtagaggcaatgggtagtcatgagcgatactgacttgactgtatattttagtgatagggttgttacctcgacggtcatgtacatgtaacacgttgaggtctttaatgaaattctgagataatatt
gi|11 : --GAAACGC-------TT-TG--------G--T-----GTT-TTT--GT---GCAATAT--GTT--AATGAGTTGCATCAAACAAATA-T-T--TATTTT-ATTTT----------GTCTATTACTGAGTGTTTGACGAACAATATACATTAACATTTGTAACGGTTGACTAGCACTATTAAAACAATAC----C-ACGT-TAAGTACGAAAACA-AGATT-----TCCTT-GTGCATAGTCATCCACGTGA-TATTTTAC---------AT-G------------TTAAGA--TATTCTC-TAACAATCGTTTTACGGACTA--T-GCAGAATATACTAAA-ACATG--GA-----------A--A--------AA-----------A-----CAA------------C------A--ACG----------GTGAGACGGCTGTTCC-------AA----A---TAAAAAAGGAAC------ATG----CCGTTA----------------C----------A----------T----------TACTGCTTTAAAGAATA-----------G--------T---AACAGCATTG-----GTTGCAAGGCTGCTGTATGA-CAACAATTTCAC--AGTAAGTCGAGTTTGGCAAAGACTACGTAAAACGTGCACGACTGC-GGTAAGATCACGTAATGGGCATtactgacttgactgtggattttagcaatagtgttgctttttttgacagccctgtggtggtaatgcgtttcaattttttaaatgaaattacgttatattctccagtaattatattatgaactggaaagttgcttttgatttgaaatccatgtaagtaaaaaataataatattgataatatgctaatagtaactcaaacttctact
gi|12 : aaaa--GAAATGC-------AT-GG--------G--T-----GTT-TTT--AG---GAAACAT--TATTTAAttgattgcgcaagcgcct
gi|12 : aATTTAAC--AACAAGTTGAGTTTGGTAAATACTATGTAATACTTTCACG---------TAGATCACGCAATGcaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|12 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacatt-T------AATTTA-----CCTACGGAATCGGTTCCAAACtttaattttacgtttaatttacctacggaatcggttccaaactgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|13 : agaaatgcatgggtgtttttaggaaacattatttaacaacaagttgagtttggtaaatactatgtaatactttcacgtagatcacgcaatgtttaattttacgtt-----------G--------C---A--------G-----GTAGTAAGACT--TGAATAC-CAACCAT-CCAC--AGTTAGTCGACTCTGGCAAAGACTACGTAATACATGCAATACCAC-GGATAGATCGCGTAGCGGGCGT-----C---CATGCGTAACGACACC-AAGGCAAAACCGTG-------CCCTTCGTC-T------TGTTAA-----CGTACGGGATCGGTTCCAAACGtgccgttggaactgctctaaaacacctggtacacgcaactacagaatactatgaacgcctaaggaccagactttgaaacaccattaacaccatgtggaaagcaatttggggtactgtggaagtaacgcgttggaattttaaaatgcaattttgaccttacattaccatataattatactatgaaatggaaagtcattgttttcaaatacatttaagtaagactgtcatataaacatagatatacgtta
gi|14 : cGACTATGTAATACTGGCACTACCGC----------------TAGGCGTCCAC--------GCGTAATGACGTC-TGGGCAAACCTGTA-------C-------C-T------AGTCTAGTTCTCCAGCGGAATCGGTCCGAAACtccactgagtataaacacgccgacacacgcaacaacagaatattgtgagaaaccgattgcgcgaggaggttggcattagagttcgtagaacatgcgttggaacaccattaagaatatgtagaagatgggaagtcattcgcgactctgactggactgtggatttgagcgataatgttgttgcttaaattcaacggtcatgtagc
gi|15 : CTAACGCTATTGAAACATTAC----C-ACAT-TAAGTA-GGCAACACAGGTT-----TGCACTATGCATAATCACCCAAGTGA-CG-TTTAT------ACAAT--GTC-CAC--ATGGTTAAA--CA-TACC-TGA--------------AC-A--T-GCGTACCACATTAAATGTATT--GA-----------A--ATGTG----AAACAAGG-----A-----T-A------------CCATGGTG--ACG----------G--------------C-------AA----A---T-------GGAC------ATT----A----ACGCGCCGTTT------C----------G----------T----------TACTGTTTCAAtgcctttgagactgctctaaacacgccttgcacacacatgtaaaatgcaagggattgtcatacgtgatactgacccgactttgaattttagtgataatgcttctgcttcgacggccctgtagcggtaacgctttgggatttctaatgaaattctgggattgtattatccattaattatacgaaattaacagggcattgtattgttttcaatttgaaatttatgttagcaaataccgtaaaaacatagttgtacttttctttttttgtttcag
gi|16 : AC----C-ATGC-TAAG--------CA-A---------TCCTC-ATGCACAGTTACCAACGTGA-CAATTTAT------ATAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--AATTCCC-T----ATCGACTTCT--AC-A--T-ATGGACTACTTTGAATGTATTA-GA-----------A--A--TGGT--AA-----------A-----A-A------------C------G--ATG----------C--------------C-------A
gi|18 : AACACA-ATCG-TAT---TTA-ATGTACTTAATCGAAG-TA-GAAACGC-------AT-GG--------GAAT------TT-TTT--GT---TCAGTAT--TTTTGAATTAGTTGCATCAAATAAATA-ACT--AATTGATATGTT----------GTCTGTT---GAATGTTCGAGCGACAAcagcgacgcttaaattaaatgtaatggctgcaatagtggttatgtgctggtttgtaatgga
gi|19 : tttaacagtta-AG--------G--T-----ATT-TTTT-GT---GCAGTATG-TTTTTAAAGGGTTGCATCACACAAACA-A-A--AGTTTTTATTTT----------GTCTACT---GGGTATTTGACCAACAATATA
gi|2 : aaaaagaaatctgcATAT----CTACAT-TGAA-ATGAAAANN-NNNNNNNNTATCCTT-GTGCACAGTCATCCAGGTGA-AATCT-AT------TCAAT-GATT-CAC--ATCT-AAAA--CATTTCC-TAACAAACGTTTTAC--AA-G--T-ACGGATAACTTTGAATATATT--GA-----------A--A--CGTAT-AG-----------A-----C-C------------C------G--ATGTTACAGCTATG--------------CC------AA----A---T-------GAGC------GTA----A----AAGTGTCTTTA------C----------A----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------GATCATGCGC---A--------G-----ATCGCTAGAATGCTGAATGT-CAAACATTCCAC--AATAAGTCGACTTAGGACAAGACTGTGTAATAATTGCACGACCGG-AGATAGATCATGTATTTGGTGT-----C---CATGCCTGACGACACT-TATGCGAAACCTTA-------C-------CGTACGTGAAGTTTA-----CACACAGAATCGGTCCCAAACa
gi|20 : aatgaaatatacaaaacgtatagtctgttgaaaaggaaagtatatgtttatatattgttagtatcactaacactgtatatgatactgaaattgaaccaatgaactttAC-T--GAAATGC-------AC-AG--------G--T-----ATT-GTT--GT---GCAATAT--TTTTTAATGGGTTGCA-CAAACAAATA-A-TTCAA-----GTCTT----------GCTTATA---GAGTGTTTtgccgttgagatggctcttaacacgcctggtacacatacaaataaaatactgcgaaaaccgattgcacaagagcccatagaccatttatttaagacaccatgaacacaatgtagaaggcagtgttttgttatacgcgatatagtgacaatattgttacttcggtggtcctggagtggtaacgcgttgaatttttcttaatgaaattctgagaattgaccaattattatactacgaaatgaacatttgattgattttgattggaaactagttaagtaaaaaacatttaaacatagaaatgcgtttatctttc
gi|21 : taagtaagtcacttgtatCATGA-CAATTTAC------ATAAAAGGTCACAC--ATTTTAAAA--CATTCCCTTAAT-ACCACTTTAC--AA-A--T-ACAGACTATTTTGAATAGATT--GA-----------A--A--TG----
gi|22 : --TTTTTATCGGGT-ACATCAAACTG-TA-T-T--AAATTCTATTTT----------ACCTATT---GAGTG-TTGACAAACAATATAAAGTA-CAATAG
gi|3 : TATACTAAAAAAAAA-AAAGAAACAC-------AT-AAACCTGTGTG--T-----GTT-TT----T---GCTATACCGTTATTAA---GTTGCATT-------TA-A----AA--------TT----------GTTTATT---GACTGTTTGGCCGACAATTTACAGTA-CG-----AA----TGACATGCGTTATTGAATCAATAC----C-ACGT-AAAGTACGTAAACA-AGATT-----TCGTT-GTACACAGTCATCCACCTGA-CATTTGAT------ACTGT-TGTT-TGC--A-TTTAAAAGCCATTCCC-TAATTAT--TTTTAT--AC-ATTT-GCGGGCTGTTTTGAATACATT--AA-----------A--ACGTG----AAC----------A-----T-A------------C------A--ACGTT--------GCGGCTATGC-----C-------AA----A---T-------GGAC------GTG----A----A----------------C----------GTGCCGTTTCTT----------TACCGCTTCAAAGAATG-----------------------------------------------------GAAT--------ATTTCAC--AATAAGTTGATTTTGAAAAAGACTAAGTAATGCTTGAACGCCCGC-AGATATATCATGTTGTTGTTGTCAAC-T-------CGTAATGACGCC-CCGACAACACCATACCATACGC-------C-T------AGATTC-----CCTACTGGATCTGTGCCAAAC
gi|4 : tatgtttaataaagcaattaggtaatgtctaaacactattatgtttgaattggaatattagctgtaacattcgattgaaatataaAACACATATAAATATCAAGT--GTATACTAAAATGAAAAG--GAAACAC-------AC-AG--------G--T-----ATT-TTT--GT---GCAATGT--TTTTTAATGGATTGCTTTAAACATACA-A----AACTTCTATTTT----------GCCTATT---GAGCGTTTGACAGACAATATAAAGTA-CTATAGCAACGACTGACTACCAATATAGAAACAATAT----C-ACAC-TAAGCAGGAAAACA-AGATT-----TCCTC-ATGTATAGTTACCCA-ATGA-CAATTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCC-TATTTGTTACTTTAC--AT-A--T-ACAGACCATTTTGAATATATT--TA-----------A--A--TGTGACAA-----------A-----A-A------------C------A--ATGCCATGTCCATG--------------CCA-----AA----A---T-------GAACATAAAAGTGCCATA----A----------------T----------G----------T----------TACTGCTTCAAGGAATGGT---------G--------C---A--------A-----GT-GC-AGATTGTTAAAtgtcgttgaaatgctataaacaggtctcgtaactattacgagtccgattgtgcg
gi|4 : catagACTGCTGAATAGATCATGTAGAGGACTTCCAC--------GCATAATGACACC-TAGACAAGACCATA-------CCATAAGTC-T------AGTTCA-----CCAACGAAATTGGTTCCAAACatagctactgctgaatagatcatgtagaggacttccacgcataatgacacctagacaagaccataccataagtctagttcaccaacgaaattggttccaaactgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : catagaacacatataaatatcaagtgtatactaaaatgaaaaggaaacacacaggtatttttgtgcaatgttttttaatggattgctttaaacatacaaaacttctattttgcctattgagcgtttgacagacaatataaagtactatagcaacgactgactaccaatatagaaacaatatcacactaagcaggaaaacaagatttcctcatgtatagttacccaatgacaatttacacaatggttcacattttaaaacattccctatttgttactttacatatacagaccattttgaatatatttaaatgtgacaaaaacaatgccatgtccatgccaaaatgaacataaaagtgccataatgttactgcttcaaggaatggtgcaagtgcagattgttaaaatagctAAATGAA------AAACAT-------AT-AT--------A--T-----GTT-TCA--GT---GTAATAT--CTGA-AATGGGTTGCATTA---AAACA-A-T---ATTATTATTtgccatcaagatggctctaaacatgcctggtatacacagcaacagaataaattcaaatatatcggtcagaaactgattgcgtga
gi|5 : aaaagtatagttattaaTATTGAAACAATAT----C-TCATATATGTACGAAAACA-AGATT-----TCTTT-GTGAAAAGTCACTCATGTGA-CGTTTTATACTGTAACAAT-GGTT-CAC--ATTTTACGA--CACTCCC-TAACTGTCTTTGTAC--AA-AT-T-GCGGA-TATAT--AATATAAT--GA-----------A--A--TGTGTAAA-----------A-----C-AATGCCACAG---C------T--ACG----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------CATGTCGTTATG----------T----------TACTGCTTCGAAAAATGGAACAAGC---G--------C---A--------T-----GTCGCAACACTGACAAATG--CAATCATTTCACAAAAGAAGTTGACTTTGGCAAAGACTAAGTTATACTTGCACGCCCAC-GAATAGATCACGTAGTGGGCGT-CA-------ATGCGTAACGACTTA-CAGGCAAGACCGTA-------CCATAAATC-T------AGTTTA-----TCTACGGTATTGGTTCCAAACgaaacaatatctcatatatgtacgaaaacaagatttctttgtgaaaagtcactcatgtgacgttttatactgtaacaatggttcacattttacgacactccctaactgtctttgtacaaattgcggatatataatataatgaaatgtgtaaaacaatgccacagctacgccaaatgaacgtgaacatgtcgttatgttactgcttcgaaaaatggaacaagcgcatgtcgcaacactgacaaatgcaatcatttcacaaaagaagttgactttggcaaagactaagttatacttgcacgcccacgaatagatcacgtagtgggcgtcaatgcgtaacgacttacaggcaagaccgtaccataaatctagtttatctacggtattggttccaaactgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|6 : aaaagtatagttattaaaaatgaaaaacatatatatgtttcagtgtaatatctgaaatgggttgcattaaaacaatattatTAACACATTTAG-TAT---GTACGTATACTGAAACAACT-T--GAAACGCTT-----AT-AAA-------G--TAGGAAGTT-TTTAAGT---GAAATTT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTAC----------ATCTGTT---GAGTGTTT-ACCGACAATATGGAGTA-CATTAGTAACAGTTGCCTAGCGCTATT------ATAC----C-ACGT-TGAGTATGAAAACA-AGATT-----CCCTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAGT-TATT-TAC--ATTTGAAAA--CATTCCA-TATCAATCGTTTTAT--AC-A--T--CAGACCACTATGAATACCTTAAGA-----------C--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------A--ACA----------G--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TCCTTCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCGAGACTGCTGAATGC-CAACCACTCCAC--AATAAATCGTTCTTGGCCAAGACTACATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TTTGAGGAATCGGTTCCtgctgtttaaaccgctctaaacatacctggtacacacaacaacatacactgtgtcagagacaatagatcatgtgttgaaacacctttaacaccatgttgaaggca
gi|7 : tttgacagcgactattagcacaacTAACACATCTAG-TAT---GTACGTTTACTGAAACAAACAT--GAAACGCTTATAAAGT-AA--------G--G-----ACT-TTT--ATAGGGAAATAT--TTGTTAATGTGTTGCATCAAACAAATA-A-T--AATTTTTATTTC----------ATCTGTT---GAGCGTTTGACCGACAATATAGAGTA-CATTAGTAACGGTTGCCTAGC--TGT----ACTTTAC----C-ATGT-TAAGTATGAAAACA-TGATT-----CCTTT-GTGCACATTCATCTACGTGA-TATTTTAC------ACAAT-TGTT-CAC--ATTTTAAAA--CATTCCA-TAACAATCGTTTTAT--AC-A--T-A-AGACCACTTTGAATACAGA--GA-----------A--A--TG----AA-----------A-----T-A------------C------G--ACA----------A--------------C-------AA--------T-------GAAC------GCG----A----A----------------C----------G----------T----------TACTGCTTCAAAGAATG-----------G--------C---A--------G-----GTTGCAAAACTGCTGAATGC-TAACCACTCCAC--AATAAGTTGTTCTTGGCCAAGACTTCATAATACTTGCACGACCGC-GGATAGATCATGCAGTGGGTGTCCACACGTACACGCATAACGGCGCT-CAGGCAGGACAGTG---------------C-T------AGTTAA-----TCTGAGGAATCGGTTCCTAACGtagc
gi|8 : AGCA-CATTAGTAACGGTTCACTATCGTTTTAGAAACAATACTTGGC-ACGT-TAAAAACGAAAATA-AGAAT-----ACCTA-GGACATAGTCACCCTGATGAACTTTTTAC------GTAAT-GGTT-CAC--ATTATTAAA--CATTCCC-TTACAGTCTTTTTGC--AC-A--T-ACGGAGCATTTTGAATACATT--AA-----------A--AC-TG----AA-----------A-----A-AACAATGCAACACC------T--ACA----------C--------------C-------AA----A---T-------GAAC------ATG----A----ACATGAACGTGTCGTTTC----------G----------T----------TAAGGCCTCAGTGAATA-----------GCGCAAGCAC---G--------G-----GTCGCAAGACTGCTGAACGC-CAACCAATTCAC--A
gi|8 : cACATTTGCACGGCCGG-GGATACATCACGCAGTGGACGT-----T---CATACGTGACGTCGAC-CAGGTAGGACCGTA-------C-------C-tttgcacggccggggatacatcacgcagtggacgttcatacgtgacgtcgaccaggtaggaccgtaccatacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
gi|9 : cagcacattagtaacggttcactatcgttttagaaacaatacttggcacgttaaaaacgaaaataagaatacctaggacatagtcaccctgatgaactttttacgtaatggttcacattattaaacattcccttacagtctttttgcacatacggagcattttgaatacattaaaactgaaaaaacaatgcaacacctacaccaaatgaacatgaacatgaacgtgtcgtttcgttaaggcctcagtgaatagcgcaagcacgggtcgcaagactgctgaacgccaaccaattcATAATGAAACGACA-A--GAAACGG-------AT-GG--------G--T-----GTTGTCT--CT---GAAATAT--TTT--------------------AATACA-T--ATTTCTTAT---------------CTGTT----AGTTCTTAACCGACACTATATATAA-CATTAGTAACATTTGACTATCGTTATTTAATCAATGA----C-ACGT-TTAGAAATAAAACA-AAATG-----TCATT-GTACACAGTCACTCATGTGA-CATTTTAC------ACAAT-GGTT-CAC--ATTTTAAAA--CTTTCAC-TAACAA---TTTTAC--AC-A--T-ACGAACCAATTTGGATACAGT--GA-----------A--A--CGTGTAAA-----------A-----TGA------------T------GTAACG----------G--------------CTACATCAAA----A---T-------GAAC------GTG----A----A----------------C----------A----------TGCCGGTACGGTACTGTTACAAAGAATAGAAAAAAAAACG--------C---A--------G-----GCCGTAAGACTTCTGAATGC-CAACCATTTAAC--AATAAGTCGACTCTGGCCAATGTAACGTAATATTTTCACGACCAC-GGATAGAT---GTTGTGGGTGT-----C---CATGCGTAACGACGCCACA-CCAAGACCGTA-------C-------atacgtgaagtttgtatagtacattatcggctacatattgcagttgaaacagttctatgcacgcatggcacacaccgtgacaacaacagaatactgtgaggggtggctgtagagtataaataccaca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATTTTAATGATAGTGTTGTTACTTCGGCGGTCCTATAGCGGTAACGCGTTGGAATTCTTTAATGATATTTTTTTTCAACAACAATTATACATTAAAATGGAAATTTGAGTGTTTGCGTTTTGAAATTCATTCAAGTAATAGTCGCATATATATAGATGTGCGTTTCTTTTATATTTCAGA