lowQualScore : 1111111111111
lowQualScore : 1 1 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333333333 555555 11 111 111 22222222222222222222222222222 1 0000000000000 1111111111111 3333333333333333 22222222 2222 1111 6666666666666666666666666666666666666 111111 1
lowQualScore : 7 0 3 6666 3 33 3 3 6 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 2 1 3 3 3 44 222222222222222222 3 0 5 222222 666 5 55 3 33 777 0 99999 555 555 999 000 22222222222222222222222222222 2 77777 88888 5555555555555 11 7777777777777 5555 777 9999999999999999 55 22222222 2222 2 8 1111 2222222222222222222222222222222222222 555555 0 6
lowQualScore : . . . .... . .. . . . .................................................... . . . . . . .. .................. . . . ...... ... . .. . .. ... . ..... ... ... ... ... ............................. . ..... ..... ............. .. ............. .... ... ................ .. ........ .... . . .... ..................................... ...... . .
lowQualScore : 6 5 3 5555 1 44 2 5 0 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 3 9 9 3 3 3 66 555555555555555555 3 8 4 777777 444 0 00 6 55 444 5 11111 888 888 999 444 55555555555555555555555555555 4 77777 33333 0000000000000 77 8888888888888 9999 000 5555555555555555 00 77777777 4444 9 1 1111 7777777777777777777777777777777777777 000000 5 0
consensus : AACTCTTTCACT-GCCAATG----T-CGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCAATGT-G-CCGAT-CGGCGACA--------TG----GATA-CC-G--G-ATACGTAGC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGTCAAGGTCAT------T---TGTA--CAT-ATGTTGATGAAATGAAG-ACAG-----AAATAAAAAG---TA---CA--ATGT--ATA------T----G----CA----G--T--GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAACAATAT-----TAGCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T------T----TATA--C-----CC-ATTTAAA-C--GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTG----AG---------A-----NA--------TG--------TTTTCT---G-AGAAATTTGGCAGCGAAAGT
Reference ( gi|1 ) : AACTCTCTCACT-GCCAATG----T-CACTGCTTTGCTATCAACCTCCAATTACCCATGT-G-CTGAT-TGGCCACA--------TG----GATA-TC-A--G-ATATGTAAC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGCCAAGGTCAT---ATAT---TATA--CAT-ATGTAAATGAAATGACA-ACAG-----AAATAAAAAG---TA---CA--GTGC--ATG------T----G----CA----G--T--GTGTCGTGAAAG-----TTTCATAACAATAT-----TAGCATTAGTAAATACATGTAGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T------T----TATA--C-----CA-ATTTAAA-A--GATTTTCTTGG-AAATACATTTGGCACTG----AG---------A-----CA--------TG--------TCTTCT---G-GGAAATTTGACAATGAAAGT
gi|2 : AACTCATTCACT-GCCAATG----T-CGCCACTTGGCGTTCAAACACTGACTGCCAATTTTG-ACGAT-CAGTGACC--------TC----GATC-TC-CT-G-ATACTTAGC-A-AT-AA--GA------------------T-TCGAAGTCAAGGTCAT------T---TGTA--CAT-ATGCTGATGAAATGAAG-ACAG-----AAATAAAATG---CA---CA--ATGT--ATA------T----G----CA----G--C--GTTTCCTGAAAG-----TTTTAAAACAATAT-----TACCAT----------A---AGTAGTGA-ATTTA-------GAAGCCCTTAA-GTAT---A----TACAAATTA---TATA--C-----CA-AGTTGAA----TATTTTCTTCA-AAATATATTTTTCACTG----AG---------AAG---GA--------TGT-------TTTTCT---G-AGAAACTTGGCAGTGAAA
gi|6 : ttAATTCTTTCGCT-GCCTATG----T-CACCACCTTGCAATCAACCACCA------------G-CTGA--------CA--------GA----GACG-T--G--G-AAATGTAGC-A-AT-AG--CAAA----------------TATCGAAATTA-GGTCATTTAATGT---CACGGTCAT-TTGTACATGAA--GACAGAAAT-----AAATGAAATG---TA---CA--ATAT--ATA------TATATG----CA----G--T--ATGTCCTGATAT-----TTTCATAACAATAT-----AGGC-TT------------CAGTGATGA-ATT----------------------------A----C------T----TGT---C-----C--ATTTAAA-C--ACTTTTCTAGG-AAATATATTTGGCACTG----AG---------A-----AA--------TACGTTGTTTTTTTTT---T-AGAAATTTTGCAGCGAAAG
gi|16 : AACCCTTTCCCT-GCCAATG----C-CGTTACTTGGCGAACAACCAACAACTGCCAATATCG-CCAATGTAA--ATA--------TGCAGCAATA-GC-A--A-ATAT-CAAA-A-TT-AGGTCA------------------T-TTAAGGTCTAGGTCA
gi|23 : ggtttAACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCCACT-CTTGGTGATCAACCACCAACTGCCAATGT-aaattttatgct
gi|26 : ttaAACTCTTTCACTTGCCAATA----T-TGCCATTTGGCAATGAACCACCAACTGCCAATGT-cattgtattaaatgca
gi|4 : tACACTGTCACT-GCCAATG----T-CACTGTTTGGCGATCAACCACCAA---CTCA--------------GCGACA--------TA----GATA-CCCA--G-ATACATAAC-A-AT-GG--TA------------------T-TCACGGTCAAGGCTAT------T---TGTA--CAT-ATAATAATGAAATAAAT-ACAG-----AAATAAAAAG---TA---CATTGTAC--ATG------T----ATATACA----G--C--CTGCCCTGAAAG-----TTTCATAACAAAAT-----TAGCATTAGTAGAT---TATAGTAAT---------------GAAGCTCT--A-GTAC---ATAATT------C----TATT--C-----CC-ATTTACA-C--GGTTTTCTTGG-AAATATATTTGACATTG----AGAA-------A-----TA--------TG--------TGCTCT---G-AGATAATTGGCAtgtcatttg
gi|7 : ACTCTTTCACT-GCCAATG----T-CACTGCTTGGCCATCAACCATCAACTGCCAATGT-GGCCGAA-CAGCGAGA--------TT----GATA--C-ATGG-TTATGCAGA-A-AT-AG--CAA-----------------T-TTCAA-TTACG---AC---ATCT---GACA--CAT-A---AAGGGAAACTACA-CTAG-----CAAAAGAATGATTTAAACTA--ATGA--AAG------A----A----AA----A-----GTGTCATGAAAGCTGAGTTTCATAACAATGC-----TGGCAT-----AAGAC--------ATGA-ATTTA-------AAAGCTTT--G-GTAC---A----T------A----TACA--C-----CC-ATTTAAA-C--ATTTTTCTTAA-AAATACATCTGGCTCTG----AG---------A-----AA--------Tgcaaag
gi|20 : ACTCGATCTCT-GCCAATG----T-CGCCACTTGGCCATCAACCACCAACTGCCAATGTGG-TTGAT-CGCCAACA--------CG----GATA-CC-tt
gi|3 : CTGTTTCCCT-GCCAATA----T-TACCGCTTGGCGATCCACCACCAAATGCCAATGTTG-CCAGT-CGGCAACA--------TG----ACTACTT-G--G-ATACATAGC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGTCAAGGTCAT------T---TGTG--CAC-ATTTTAATTAAATAAAG-AGAG-----AAATAAAAAG---TA---CA--ATAT--ATA------T----G-------------T--TTGTCCTAAAAA-----TT-CATAACAATAT-----CAACATTAGTAAA---A---AGCAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T------A----TATA--CATGTACGTATTTGAA-T--GATTTTCTTGGAAAACATATTTGGCACTG----AG---------A-----AG--------TG--------TTTTCC---A-ATAAAATTGGCAGCGAAAGcg
gi|5 : CTCTTTCATA-ACCAATGAATGT-CGCTGCTTGGAATTCAACCACTAACTACC-----------AT-CGGCAAAA--------TG----GATA-CC-A--GGATACGTAGCTATAT-AG--CAATTATCAAAATTAGGTTAT-TTAAGGCCAAGGTCAT------T---TATA--CAT-AAGTTGATAAAATGAAG-ACAA-----ATATAAAAA--------------TGT--ATG----------------CA-------T--ATGTCCTGAAAG-----GTTCATAACAATAT-----TAGCATTAG---------------------------------AAGCTCC--A-TTAC---A----TA-----TATA-TATA--C-----CC-ATCTAAA-C--AATTTTCTTGG-AAATATAATTGACATTGAAAAAG---------A------A--------TG--------TTTTCT---G-AGAAGCTTG
gi|10 : gatttatCTCTTTCACT-ACTAATG----C-CGCCGCTTGGCAATCGACCCCCAACAGACAACAT-G-GAGAT-CGGTGATG--------TG----GATA-CC-AA-G-ATACATAAC-A-AT-AC--CA------------------T-TTAAAATCTAGGTCAT------T---TGTA--TAT-GTGTTGATTAAATGAAA-ACAG-----AAATAAAAAG---TA---CA--A-GT--ATA------T----G----TA----G--T--GTATCCGGCAAG-----TTTCATAAAAATA
gi|8 : tacCT-ACCAATG----T-CACCTCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCAATGT-T-GTGA---GACC-----------TA----GAAA-CCCA--A-ATATATAGC-A-ATTAC--TA------------------T-TT---------GT-AC---CTTT---T-TA--AATGATGTTGATGAAATGAAG-AAAG-----AAATAAAAAG---TG---AA--ATGT--ATAATATTAT----G----CG----GACT--GTGTCCTGAAAA-----TTTCTTAACAATAT-----TAGC-TTA-CAAAAA-----AGTTATGA-ATTTA-------GAAGCTCA--A-GTACTTAG----T------T----TATATAC-----CC-ATTTAAA-C--AATTTTCTTGG-AAATAAATTT-GCACTA----AG---------A-----
gi|14 : ttttgAATG----T-CGCCATTTGGCCATCAAC---------------T-G-TTGATGTCACCATAAGGCATTCTG----GATA-CCTG--G-AGACGTTTC-A-AT-AG--CA------------------T-TTGAAGTCAAGGTCAT------T---TGTA--CAC-ATGTTGATGAAATAA-A-ACA------AATTAAAAAG---TA---CA--a
gi|15 : tcttttgACA--------TG----GATA-CCCA--G-ATATGAAGC-A-AT-AT--CA------------------T-TTAAGGTTAAGGTTAT------T---TGTC--CAT-ATATCAATGAAATG------TGTTTTTAAATGAAAAA---TA---CA--ATGTAAATG------C----A----CA----G--C--ATATCCTGAAAG-----TTTCATAACAATAT-----a
gi|11 : ca-ATACATAAC-A-AT-AT--CA------------------T-TTAGAGTCAAGATCAT---CTGTACATGTA--CAT-ATGTTGATTAAATGAAA-ACAA-----AAATAAAAAG---CA---CA--ATGT--ATA------T----G----CA----AC-T--GTATCCAGAAAG-----TTTCATAA
gi|9 : tgaAATTAAAAG---TA---CA--ATGT--TTA------T----G----CACAGCG--TACGTGTCGTGAAAG-----TTTCCTAACAATAT-----TAGCATTAGTAAA---GTATAGCAATG----------------AGCTCT--A-GTAT---A----T------TCTTCTACA--T-----CC-ATTTCCA-C--AAATTTCTTGG-AAAAATATTTGGCATTG----AG---------A-----AA--------TA--------TGTGCTCAAA-AGAAGTTTGTAAGCGAAAGTtcacagaataagcggaaagcacagaatctttacaaattggta
gi|24 : tatcaatggacgcataaccatatacaaatattaatgaaccgtgatattgttagtaactgtgcctatagctatacataaacac------T----G----CA----G--T--GTGTCCAGAAAG-----CTTCAAAACAATAT-----AAGCATTAGTAAA------CAGGAATGA-A-TTA-------AAAGCATT--A-GTAgttaattacaat
gi|12 : ----G----CA----G--T--GTGTCCTGAAAG-----TTT-GTAACTATACGGTACTAGCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTGA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T------A----TATA--C-----CC-ACTTAAA-T--GATTTTTTTGG-AAACAAATTTGCCACTG----AG---------AAG---TA--------TG--------GGTTTT----------TTTG-CAGTGAAAt
gi|13 : CATAACAATA--------GTATT------TACAT-TATTTATGAGATCTACAACATTGAAGGTCA--ATGT-C---A----T------TGG--TATA--T--------ATATAAATATTGATTTTCTTGA-AAATGTATTTGGCACTG----AG---------AAACTGCA--------TGTTTT----TTTTCT---G-AGAAATTCGGCAGTGAAAGaagt
gi|19 : tg----TACA--C-----TC-ATTAACA-T--GGTATTCTTGG-AAA---------CATTG----AG---------AAG---TA--------TG--------TGCTCT---G-GTATATTTGGCAGCGAAAGa
gi|25 : tatatactgacta-ATTTATA-C--GGTTCACTTGG-AAATATATTTGGCATTG----AG---------AAGTT-TA--------TG----------CTCT---G-----ATTTGGCAGTGAGAGTagtt
gi|18 : ccTTAAA-C--AATTTTCTTGG-AAATGAATCTGCCACTGATA-AGT--------A-----TATAATTTTTTA--------TTTTCT---G-AGAAATATCGCAGCAAAAGt
gi|22 : attaccagtgtttattgAA-T--GATTTTCTTGG-AAATAAATTTGGCACTG----AGAACTGAGAAA-----TA--------TG--------TTTTTT---GAGAAAATTTGaa
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACGGCAACATATCGTTTCCGTTATCAATTTAATATTAGATAATAATGATATATATGATTTTAACTGAATTTAAATCTAATTACTTTCATTTAGACGAGTCAA
Unaligned ( gi|21 ): TTTTAACTGTTTCCCTGCCAATATTGCCACTTGGTGATAAACCATCAACTGTTTCCCTGCCAATATTGCCACTTGG
Unaligned ( gi|27 ): ACAACGAGCACGACAACGTGCCTTTTTGTGACCATTTTCATTTTA
Alignments
lowQualScore : 22222 222 222222222222222222 111111 1111111111111 33333333333333 1111111 333333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2 2 5555 1 2 555 0 55555 3 0 333 111 3 3 6 44 77 222222222222222222 3 0 3 555 999999 3 1 1 0 0 44 555 3 888888 555555 3 6666 33 5555555555555 77777 2 77777 555 66666666666666 0 3 0 0 0000000 4444 666 444444444444444 77777 3 444 2 1 1111111111111111111111111111111111111111111 6666 555 3
lowQualScore : . . .... . . ... . ..... . . ... ... . . . .. .. .................. . . . ... ...... . . . . . .. ... . ...... ...... . .... .. ............. ..... . ..... ... .............. . . . . ....... .... ... ............... ..... . ... . . ........................................... .... ... .
lowQualScore : 1 7 3333 1 6 000 1 33333 3 5 222 555 1 1 2 22 33 777777777777777777 1 5 1 444 666666 3 0 8 8 2 22 444 1 888888 444444 3 1111 99 7777777777777 11111 7 11111 444 00000000000000 2 1 3 3 8888888 7777 444 444444444444444 77777 1 777 7 5 7777777777777777777777777777777777777777777 5555 444 1
consensus : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GNCGATC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-AT-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA---AA-GTACA------ATGTA------T-AT----G--CA----G--T-----GTGTCCTGAA-----AGTTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAG---------A---A--A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
Reference ( family-1076 ) : AACTCTTTCACT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GCCGATC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-AT-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA---AA-GTACA------ATGTA------T-AT----G--CA----G--T-----GTGTCCTGAA-----AGTTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAG---------A---N--A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
gi|1 : AACTCTCTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTTGCTATCAACCTCCAATTACCC---ATGT-GCTGATT-GGCCACATGGATA-T-C-A-GATATGTAAC-A-AT-AG--C--A------------------T-TTAAAGCCAAGGT-CATATATTATA------CAT-ATGTAAATGAAATGACAACAGAAATA--AA---AA-GTACA------GTGCA------T-GT----G--CA----G--T-----GTGTCGTGAA-----AGTTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAATACATGTAGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-AATTTAAAA---GATTTTCTTGG-AAATACATTTGGCACTGAG---------A---C--A------------T----G--------TCT----TCT---GGG-AAATTTGACAATGAAAGT
gi|10 : CTCTTTCACT-ACTAATG----CCGCCGCTTGGCAATCGACCCCCAACAGACA---ACAT-GGAGATC-GGTGATGTGGATA-C-C-AAGATACATAAC-A-AT-AC--C--A------------------T-TTAAAATCTAGGT-CAT---TTGTA------TAT-GTGTTGATTAAATGAAAACAGAAATA--AA---AA-GTACA------A-GTA------T-AT----G--TA----G--T-----GTATCCGGCA-----AGTTTCATAA-AAATA
gi|11 : tac-G-AATACATAAC-A-AT-AT--C--A------------------T-TTAGAGTCAAGAT-CAT---CTGTACATGTACAT-ATGTTGATTAAATGAAAACAAAAATA--AA---AA-GCACA------ATGTA------T-AT----G--CA----AC-T-----GTATCCAGAA-----AGTTTCATAATCA---------CA---GAATAAGCGGA---A---AGCACAGA-ATCT
gi|12 : t----G--CA----G--T-----GTGTCCTGAA-----AGTTT-GTAA-CTATACGGTACTA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTGA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATAC-----C-CACTTAAAT---GATTTTTTTGG-AAACAAATTTGCCACTGAG---------A---A--G------------TATGGG--------TTT----T------------TTT-GCAGTGAAAttacaaattggta
gi|13 : CATAA-CAATAG-----TATTTACATTATT------------TA-TGAGATCTACAACATTGAAGGTCA--ATGT-C---A----T-----T----GGTAT-----A-TATATAAATATTGATTTTCTTGA-AAATGTATTTGGCACTGAG---------A---A--AC-----------T----GCATGTTTTTTT----TCT---GAG-AAATTCGGCAGTGAAAGaagt
gi|14 : tgAATG----TCGCCATTTGGC-------CATCAACTGTTG---ATGT-CACCATAAGGCATTCTGGATA-C-CTG-GAGACGTTTC-A-AT-AG--C--A------------------T-TTGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAC-ATGTTGATGAAAT-AAAACA-AATTA--AA---AA-GTACA------Aa
gi|15 : tcttttgCAACATGGATA-C-CCA-GATATGAAGC-A-AT-AT--C--A------------------T-TTAAGGTTAAGGT-TAT---TTGTC------CAT-ATATCAATGAAATGTGTTTTTAAATG--AA---AA-ATACA------ATGTA------A-AT----GCACA----G--C-----ATATCCTGAA-----AGTTTCATAA-CAATAT-----
gi|16 : AACCCTTTCCCT-GCCAATG----CCGTTACTTGGCGAACAACCAACAACTGCCA---AT-------ATC-GCCA--ATG--TA-------AATATGCAGC-A-AT-AG--CAAA------------------TATCAAAATT-AGGT-CAT---TT
gi|18 : ggtttTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATGAATCTGCCACTGAT---------A---A--GTATATAATTTTTT----A--------TTT----TCT---GAG-AAATATCGCAGCAAAAGaaggtctaggtcaaaattttatgct
gi|19 : attaccagtgtttattg----TACAC-----T-CATTAACAT---GGTATTCTTGG-AAA---------CATTGAG---------A---AGTA------------T----G--------TGC----TCT---GGT-ATATTTGGCAGCGAAAGaa
gi|2 : tatatactgactaAACTCATTCACT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCGTTCAAACACTGACTGCCA---ATTTTGACGATC-AGTGACCTCGATCTC-C-T-GATACTTAGC-A-AT-AA--G--A------------------T-TCGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGCTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA---AT-GCACA------ATGTA------T-AT----G--CA----G--C-----GTTTCCTGAA-----AGTTTTAAAA-CAATAT-----TA---CCAT----------A---AGTAGTGA-ATTTA-------GAAGCCCTTAA-GTAT---A----TACAAATTA--TATAC-----C-AAGTTGAAT----ATTTTCTTCA-AAATATATTTTTCACTGAG---------AAG-G--A------------T----GT-------TTT----TCT---GAG-AAACTTGGCAGTGAAAagtt
gi|20 : ttACTCGATCTCT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCCATCAACCACCAACTGCCA---ATGTGGTTGATC-GCCAACACGGATA-C-C-
gi|21 : AACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGTGATAAACCATCAACTGcg
gi|21 : ttttAACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGtttccctgccaatattgccacttgg
gi|22 : ttttaactgtttccctgccaatattgccacttggtgataaaccatcAAT---GATTTTCTTGG-AAATAAATTTGGCACTGAGAACTGAGAAA---T--A------------T----G--------TTT----TTT---GAGAAAATTTG
gi|23 : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCCACTCTTGGTGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-tcttgaaaaa
gi|24 : ttaT----G--CA----G--T-----GTGTCCAGAA-----AGCTTCAAAA-CAATAT-----AA---GCATTAGTAAA---C---AGGAATGA-A-TTA-------AAAGCATT--A-GTAcattgtattaaatgca
gi|25 : -----C-CATTTATAC---GGTTCACTTGG-AAATATATTTGGCATTGAG---------A---A--------------------G--------TTTATGCTCT---G-----ATTTGGCAGTGAGAGTt
gi|26 : AACTCTTTCACTTGCCAATA----TTGCCATTTGGCAATGAACCACCAACTGCCA---ATGT-t
gi|3 : tCTGTTTCCCT-GCCAATA----TTACCGCTTGGCGATCCACCACCAAATGCCA---ATGTTGCCAGTC-GGCAACATGACTA-C-TTG-GATACATAGC-A-AT-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTG------CAC-ATTTTAATTAAATAAAGAGAGAAATA--AA---AA-GTACA------ATATA------T-AT-------------G--T-----TTGTCCTAAA-----AA-TTCATAA-CAATAT-----CA---ACATTAGTAAA---A---AGCAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATACATGTACGTATTTGAAT---GATTTTCTTGGAAAACATATTTGGCACTGAG---------A---A--G------------T----G--------TTT----TCC---AAT-AAAATTGGCAGCGAAAGtgtcatttg
gi|4 : ACACTGTCACT-GCCAATG----TCACTGTTTGGCGATCAACCACCAACT------------------C-AGCGACATAGATA-C-CCA-GATACATAAC-A-AT-GG--T--A------------------T-TCACGGTCAAGGC-TAT---TTGTA------CAT-ATAATAATGAAATAAATACAGAAATA--AA---AA-GTACATTGTACATGTA------T-AT----A--CA----G--C-----CTGCCCTGAA-----AGTTTCATAA-CAAAAT-----TA---GCATTAGTAGATT-AT--AGTAAT---------------GAAGCTCT--A-GTAC---ATAATT-----C----TATTC-----C-CATTTACAC---GGTTTTCTTGG-AAATATATTTGACATTGAGAA-------A---T--A------------T----G--------TGC----TCT---GAG-ATAATTGGCAGCAAA
gi|5 : CTCTTTCATA-ACCAATGAATGTCGCTGCTTGGAATTCAACCACTAACTACCA-------------TC-GGCAAAATGGATA-C-CAG-GATACGTAGCTATAT-AG--C--AATTATCAAAATTAGGTTAT-TTAAGGCCAAGGT-CAT---TTATA------CAT-AAGTTGATAAAATGAAGACAAATATA--AA---AA---------------TG------T-AT----G--CA-------T-----ATGTCCTGAA-----AGGTTCATAA-CAATAT-----TA---GCA--------------------------TTA-------GAAGCTCC--A-TTAC---A----TA----TATA-TATAC-----C-CATCTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATATAATTGACATTGAA---------AAAGA--A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAGCTTGg
gi|6 : gatttatAATTCTTTCGCT-GCCTATG----TCACCACCTTGCAATCAACCACCAGCTGACAGAGACGT-GGAAAT---GTAGCA---ATA-G-C-A-AATA--TCGA-A-ATTAGGTC--A------------------T-TTAATGTCACGGT-CAT---TTGTA------CAT--------------GAAGACAGAAATA--AATGAAATGTACA------ATATA------T-ATATATG--CA----G--T-----ATGTCCTGAT-----ATTTTCATAA-CAATAT-----AG---GCTTC-------------AGTGATGA-ATT----------------------------A----C-----T----TGT-------C-CATTTAAAC---ACTTTTCTAGG-AAATATATTTGGCACTGAG---------A---A--A------------T----ACGTTGTTTTTT----TTT---TAG-AAATTTTGCAGCGAAAG
gi|7 : ACTCTTTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTGGCCATCAACCATCAACTGCCA---ATGTGGCCGAAC-AGCGAGATTGATA-CAT-G-GTTATGCAGA-A-AT-AG--CA-A------------------T-TTCAATT--ACGA-CAT---CTG-A------CAC-AT-------AAAGGGAAACTACACTAGCAA---AA-GAATG------ATTTAAAC---TAAT----G--AA----A--GAAAAAGTGTCATGAAAGCTGAGTTTCATAA-CAATGC-----TG---GCAT----------A---AGACATGA-ATTTA-------AAAGCTTT--G-GTAC---A----T-----A----TACAC-----C-CATTTAAAC---ATTTTTCTTAA-AAATACATCTGGCTCTGAG---------A---A--A------------T----
gi|8 : TTTTGCT-ACCAATG----TCACCTCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-TGTGA------GACCTAGAAA-C-CCA-AATATATAGC-A-ATTAC--T--A------------------T-TT---------GTACCT---TTTTA------AATGATGTTGATGAAATGAAGAAAGAAATA--AA---AA-GTGAA------ATGTATAATATT-AT----G--CG----GACT-----GTGTCCTGAA-----AATTTCTTAA-CAATAT-----TA---GC-TTACAAAA---A---AGTTATGA-ATTTA-------GAAGCTCA--A-GTACTTAG----T-----TTA--TATAC-----C-CATTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATAAATTT-GCACTAAG---------A---tt
gi|9 : AATT--AA---AA-GTACA------ATGTT------T-AT----G--CACAGCG--TAC---GTGTCGTGAA-----AGTTTCCTAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---GTATAGCAATG----------------AGCTCT--A-GTAT---A----T-----TCTTCTACAT-----C-CATTTCCAC---AAATTTCTTGG-AAAAATATTTGGCATTGAG---------A---A--A------------T----A--------TGT----GCTCAAAAG-AAGTTTGTAAGCGAAAGTa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACGGCAACATATCGTTTCCGTTATCAATTTAATATTAGATAATAATGATATATATGATTTTAACTGAATTTAAATCTAATTACTTTCATTTAGACGAGTCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAACGAGCACGACAACGTGCCTTTTTGTGACCATTTTCATTTTA
Alignments
lowQualScore : 222222 222 222222222222222222 111111 111111 1111111111111 33333333333333 1111111 333333333333333 555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 2 5555 1 2 555 0 222222 3 0 333 111 3 3 3 3 44 44 555555555555555555 3 0 3 555 999999 3 1 1 0 0 44 44 44 555555 555555 3 33 5555555555555 77777 2 77777 555 66666666666666 0 3 0 0 0000000 4444 666 444444444444444 77777 3 444 2 1 444 444444444444444444444444444444444444 6666 555 3
lowQualScore : . . .... . . ... . ...... . . ... ... . . . . .. .. .................. . . . ... ...... . . . . . .. .. .. ...... ...... . .. ............. ..... . ..... ... .............. . . . . ....... .... ... ............... ..... . ... . . ... .................................... .... ... .
lowQualScore : 9 4 3333 1 6 000 1 222222 3 5 222 555 1 1 1 1 22 22 888888888888888888 1 5 1 444 666666 3 0 8 8 2 22 22 22 444444 444444 1 99 7777777777777 11111 7 11111 444 00000000000000 2 1 3 3 8888888 7777 444 444444444444444 77777 1 777 7 5 777 777777777777777777777777777777777777 5555 444 1
consensus : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GGC-GATC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
Reference ( family-1076 ) : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GNC-GATC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
gi|1 : AACTCTCTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTTGCTATCAACCTCCAATTACCC---ATGT-GCT-GATT-GGCCACATGGATA-T-C-A-GATATGTAAC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGCCAAGGT-CATATATTATA------CAT-ATGTAAATGAAATGACAACAGAAATA--AA--AA--GTACA------GTGCA------TG-TG--CA----G--T-----GTGTCGTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAATACATGTAGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-AATTTAAAA---GATTTTCTTGG-AAATACATTTGGCACTGAGA---C---------A------------T----G--------TCT----TCT---GGG-AAATTTGACAATGAAAGT
gi|10 : CTCTTTCACT-ACTAATG----CCGCCGCTTGGCAATCGACCCCCAACAGACA---ACAT-GGA-GATC-GGTGATGTGGATA-C-C-AAGATACATAAC-A-A-T-AC--C--A------------------T-TTAAAATCTAGGT-CAT---TTGTA------TAT-GTGTTGATTAAATGAAAACAGAAATA--AA--AA--GTACA------A-GTA------TA-TG--TA----G--T-----GTATCCGGCAAG-----TTTCATAA-AAATA
gi|11 : tac-G-AATACATAAC-A-A-T-AT--C--A------------------T-TTAGAGTCAAGAT-CAT---CTGTACATGTACAT-ATGTTGATTAAATGAAAACAAAAATA--AA--AA--GCACA------ATGTA------TA-TG--CA----AC-T-----GTATCCAGAAAG-----TTTCATAATCA---------CA---GAATAAGCGGA---A---AGCACAGA-ATCT
gi|12 : tG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTT-GTAA-CTATACGGTACTA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTGA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATAC-----C-CACTTAAAT---GATTTTTTTGG-AAACAAATTTGCCACTGAGA---A---------G------------TATGGG--------TTT----T------------TTT-GCAGTGAAAttacaaattggta
gi|13 : CATAA-CAATAG-----TATTTACATTATT------------TA-TGAGATCTACAACATTGAAGGTCA--ATGT-C---A----T-----T----GGTAT-----A-TATATAAATATTGATTTTCTTGA-AAATGTATTTGGCACTGAGA---A---------AC-----------T----GCATGTTTTTTT----TCT---GAG-AAATTCGGCAGTGAAAGaagt
gi|14 : tgTCTTTTG------AATG----TCGCCATTTGGC-------CATCAACTGTTG---ATGT-CAC-CATAAGGCATTCTGGATA-C-CTG-GAGACGTTTC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAC-ATGTTGATGAAAT-AAAACA-AATTA--AA--AA--GTACA------Aa
gi|15 : CAACATGGATA-C-CCA-GATATGAAGC-A-A-T-AT--C--A------------------T-TTAAGGTTAAGGT-TAT---TTGTC------CAT-ATATCAATGAAATGTGTTTTTAAATG--AA--AA--ATACA------ATGTA------AA-TGCACA----G--C-----ATATCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----
gi|16 : AACCCTTTCCCT-GCCAATG----CCGTTACTTGGCGAACAACCAACAACTGCCA---AT--------ATC-GCCA--ATG--TA-------AATATGCAGC-A-A-T-AG--CAAA------------------TATCAAAATT-AGGT-CAT---TT
gi|18 : ggtttTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATGAATCTGCCACTGATA---A---------GTATATAATTTTTT----A--------TTT----TCT---GAG-AAATATCGCAGCAAAAGaaggtctaggtcaaaattttatgct
gi|19 : attaccagtgtttattg----TACAC-----T-CATTAACAT---GGTATTCTTGG-AAA---------CATTGAGA---AGT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GGT-ATATTTGGCAGCGAAAGaa
gi|19 : tatatactgactaAACTCTTTCGCT-GCCAAagtt
gi|2 : tatatactgactatacactcattaacatggtattcttggaaacattgagaagtatgtgctctggtatatAACTCATTCACT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCGTTCAAACACTGACTGCCA---ATTTTGAC-GATC-AGTGACCTCGATCTC-C-T-GATACTTAGC-A-A-T-AA--G--A------------------T-TCGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGCTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AT--GCACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--C-----GTTTCCTGAAAG-----TTTTAAAA-CAATAT-----TA---CCAT----------A---AGTAGTGA-ATTTA-------GAAGCCCTTAA-GTAT---A----TACAAATTA--TATAC-----C-AAGTTGAAT----ATTTTCTTCA-AAATATATTTTTCACTGAGA---AGG-------A------------T----GT-------TTT----TCT---GAG-AAACTTGGCAGTGAAA
gi|20 : ttACTCGATCTCT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCCATCAACCACCAACTGCCA---ATGTGGTT-GATC-GCCAACACGGATA-C-C-
gi|21 : AACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGTGATAAACCATCAACTGcg
gi|21 : ttttAACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGtttccctgccaatattgccacttgg
gi|22 : ttttaactgtttccctgccaatattgccacttggtgataaaccatcAAT---GATTTTCTTGG-AAATAAATTTGGCACTGAGA---ACTGAGAAATA------------T----G--------TTT----TTT---GAGAAAATTTG
gi|23 : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCCACTCTTGGTGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-tcttgaaaaa
gi|24 : tta-TG--CA----G--T-----GTGTCCAGAAAG-----CTTCAAAA-CAATAT-----AA---GCATTAGTAAA---C---AGGAATGA-A-TTA-------AAAGCATT--A-GTAcattgtattaaatgca
gi|25 : -----C-CATTTATAC---GGTTCACTTGG-AAATATATTTGGCATTGAGA---A---------------------------G--------TTTATGCTCT---G-----ATTTGGCAGTGAGAGTt
gi|26 : AACTCTTTCACTTGCCAATA----TTGCCATTTGGCAATGAACCACCAACTGCCA---ATGT-t
gi|3 : tCTGTTTCCCT-GCCAATA----TTACCGCTTGGCGATCCACCACCAAATGCCA---ATGTTGCC-AGTC-GGCAACATGACTA-C-TTG-GATACATAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTG------CAC-ATTTTAATTAAATAAAGAGAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATATA------TA-T---------G--T-----TTGTCCTAAAAA------TTCATAA-CAATAT-----CA---ACATTAGTAAA---A---AGCAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATACATGTACGTATTTGAAT---GATTTTCTTGGAAAACATATTTGGCACTGAGA---A---------G------------T----G--------TTT----TCC---AAT-AAAATTGGCAGCGAAAGtgtcatttg
gi|4 : ACACTGTCACT-GCCAATG----TCACTGTTTGGCGATCAACCACCAACT-------------------C-AGCGACATAGATA-C-CCA-GATACATAAC-A-A-T-GG--T--A------------------T-TCACGGTCAAGGC-TAT---TTGTA------CAT-ATAATAATGAAATAAATACAGAAATA--AA--AA--GTACATTGTACATGTA------TA-TA--CA----G--C-----CTGCCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAAAAT-----TA---GCATTAGTAGATT-AT--AGTAAT---------------GAAGCTCT--A-GTAC---ATAATT-----C----TATTC-----C-CATTTACAC---GGTTTTCTTGG-AAATATATTTGACATTGAGA---AAT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GAG-ATAATTGGCAGCAAA
gi|5 : CTCTTTCATA-ACCAATGAATGTCGCTGCTTGGAATTCAACCACTAACTACCA--------------TC-GGCAAAATGGATA-C-CAG-GATACGTAGCTATA-T-AG--C--AATTATCAAAATTAGGTTAT-TTAAGGCCAAGGT-CAT---TTATA------CAT-AAGTTGATAAAATGAAGACAAATATA--AA--AA----------------TG------TA-TG--CA-------T-----ATGTCCTGAAAG-----GTTCATAA-CAATAT-----TA---GCA--------------------------TTA-------GAAGCTCC--A-TTAC---A----TA----TATA-TATAC-----C-CATCTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATATAATTGACATTGAAAAAGA---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAGCTTGg
gi|6 : gatttatAATTCTTTCGCT-GCCTATG----TCACCACCTTGCAATCAACCACCAGCTGACAGAGACGT-GGA-AAT---GTAGCA---ATA-G-C-A-AATA--TCGA-A-ATT-AGGTC--A------------------T-TTAATGTCACGGT-CAT---TTGTA------C--------------ATGAAGACAGAAATA--AATGAAATGTACAATAT--ATATA------TA-TG--CA----G--T-----ATGTCCTGATAT-----TTTCATAA-CAATAT-----AG---GCTTC-------------AGTGATGA-ATT----------------------------A----C-----T----TGT-------C-CATTTAAAC---ACTTTTCTAGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----ACGTTGTTTTTT----TTT---TAG-AAATTTTGCAGCGAAAG
gi|7 : ACTCTTTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTGGCCATCAACCATCAACTGCCA---ATGT-GGCCGAAC-AGCGAGATTGATA-CAT-G-GTTATGCAGA-A-A-T-AG--C--AA-----------------T-TTCAATT--ACGA-CAT---CTG-A------CAC-AT-------AAAGGGAAACTACACTAGCAA--AA--GAATG------ATTTAAAC---TAATG--AA----A--GAAAAAGTGTCATGAAAGCTGAGTTTCATAA-CAATGC-----TG---GCAT----------A---AGACATGA-ATTTA-------AAAGCTTT--G-GTAC---A----T-----A----TACAC-----C-CATTTAAAC---ATTTTTCTTAA-AAATACATCTGGCTCTGAGA---A---------A------------T----
gi|8 : TTTTGCT-ACCAATG----TCACCTCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-TGT-GA------GACCTAGAAA-C-CCA-AATATATAGC-A-A-TTAC--T--A------------------T-TT---------GTACCT---TTTTA------AATGATGTTGATGAAATGAAGAAAGAAATA--AA--AA--GTGAA------ATGTATAATATTA-TG--CG----GACT-----GTGTCCTGAAAA-----TTTCTTAA-CAATAT-----TA---GC-TTACAAAA---A---AGTTATGA-ATTTA-------GAAGCTCA--A-GTACTTAG----T-----TTA--TATAC-----C-CATTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATAAATTT-GCACTAAGA---A---------tt
gi|9 : AATT--AA--AA--GTACA------ATGTT------TA-TG--CACAGCG--TAC---GTGTCGTGAAAG-----TTTCCTAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---GTATAGCAATG----------------AGCTCT--A-GTAT---A----T-----TCTTCTACAT-----C-CATTTCCAC---AAATTTCTTGG-AAAAATATTTGGCATTGAGA---A---------A------------T----A--------TGT----GCTCAAAAG-AAGTTTGTAAGCGAAAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACGGCAACATATCGTTTCCGTTATCAATTTAATATTAGATAATAATGATATATATGATTTTAACTGAATTTAAATCTAATTACTTTCATTTAGACGAGTCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAACGAGCACGACAACGTGCCTTTTTGTGACCATTTTCATTTTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 222 222222222222222222 111111 111111 1111111111111 33333333333333 1111111 333333333333333 555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 2 5555 1 2 555 0 999999999999 0 333 111 3 3 3 3 44 44 555555555555555555 3 0 3 555 999999 3 1 1 0 0 44 44 44 555555 555555 3 33 5555555555555 77777 2 77777 555 66666666666666 0 3 0 0 0000000 4444 666 444444444444444 77777 3 444 2 1 444 444444444444444444444444444444444444 6666 555 3
lowQualScore : . . .... . . ... . ............ . ... ... . . . . .. .. .................. . . . ... ...... . . . . . .. .. .. ...... ...... . .. ............. ..... . ..... ... .............. . . . . ....... .... ... ............... ..... . ... . . ... .................................... .... ... .
lowQualScore : 9 4 3333 1 6 000 1 888888888888 5 222 555 1 1 1 1 22 22 888888888888888888 1 5 1 444 666666 3 0 8 8 2 22 22 22 444444 444444 1 99 7777777777777 11111 7 11111 444 00000000000000 2 1 3 3 8888888 7777 444 444444444444444 77777 1 777 7 5 777 777777777777777777777777777777777777 5555 444 1
consensus : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GG-C-GA-TC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
Reference ( family-1076 ) : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GG-C-GA-TC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
gi|1 : AACTCTCTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTTGCTATCAACCTCCAATTACCC---ATGT-GC-T-GA-TT-GGCCACATGGATA-T-C-A-GATATGTAAC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGCCAAGGT-CATATATTATA------CAT-ATGTAAATGAAATGACAACAGAAATA--AA--AA--GTACA------GTGCA------TG-TG--CA----G--T-----GTGTCGTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAATACATGTAGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-AATTTAAAA---GATTTTCTTGG-AAATACATTTGGCACTGAGA---C---------A------------T----G--------TCT----TCT---GGG-AAATTTGACAATGAAAGT
gi|10 : CTCTTTCACT-ACTAATG----CCGCCGCTTGGCAATCGACCCCCAACAGACA---ACAT-GG-A-GA-TC-GGTGATGTGGATA-C-C-AAGATACATAAC-A-A-T-AC--C--A------------------T-TTAAAATCTAGGT-CAT---TTGTA------TAT-GTGTTGATTAAATGAAAACAGAAATA--AA--AA--GTACA------A-GTA------TA-TG--TA----G--T-----GTATCCGGCAAG-----TTTCATAA-AAATA
gi|11 : tac-G-AATACATAAC-A-A-T-AT--C--A------------------T-TTAGAGTCAAGAT-CAT---CTGTACATGTACAT-ATGTTGATTAAATGAAAACAAAAATA--AA--AA--GCACA------ATGTA------TA-TG--CA----AC-T-----GTATCCAGAAAG-----TTTCATAATCA---------CA---GAATAAGCGGA---A---AGCACAGA-ATCT
gi|12 : tG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTT-GTAA-CTATACGGTACTA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTGA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATAC-----C-CACTTAAAT---GATTTTTTTGG-AAACAAATTTGCCACTGAGA---A---------G------------TATGGG--------TTT----T------------TTT-GCAGTGAAAttacaaattggta
gi|13 : CATAA-CAATAG-----TATTTACATTATT------------TA-TGAGATCTACAACATTGAAGGTCA--ATGT-C---A----T-----T----GGTAT-----A-TATATAAATATTGATTTTCTTGA-AAATGTATTTGGCACTGAGA---A---------AC-----------T----GCATGTTTTTTT----TCT---GAG-AAATTCGGCAGTGAAAGaagt
gi|14 : tgTCTTTTG------AATG----TCGCCATTTGGC-------CATCAACTGTTG---ATGT-CA-C-CA-TAAGGCATTCTGGATA-C-CTG-GAGACGTTTC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAC-ATGTTGATGAAAT-AAAACA-AATTA--AA--AA--GTACA------Aa
gi|15 : CAACATGGATA-C-CCA-GATATGAAGC-A-A-T-AT--C--A------------------T-TTAAGGTTAAGGT-TAT---TTGTC------CAT-ATATCAATGAAATGTGTTTTTAAATG--AA--AA--ATACA------ATGTA------AA-TGCACA----G--C-----ATATCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----
gi|16 : AACCCTTTCCCT-GCCAATG----CCGTTACTTGGCGAACAACCAACAACTGCCA---AT---------A-TC-GCCA--ATG--TA-------AATATGCAGC-A-A-T-AG--CAAA------------------TATCAAAATT-AGGT-CAT---TT
gi|18 : ggtttTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATGAATCTGCCACTGATA---A---------GTATATAATTTTTT----A--------TTT----TCT---GAG-AAATATCGCAGCAAAAGaaggtctaggtcaaaattttatgct
gi|19 : attaccagtgtttattg----TACAC-----T-CATTAACAT---GGTATTCTTGG-AAA---------CATTGAGA---AGT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GGT-ATATTTGGCAGCGAAAGaa
gi|19 : tatatactgactaAACTCTTTCGCT-GCCAAagtt
gi|2 : tatatactgactatacactcattaacatggtattcttggaaacattgagaagtatgtgctctggtatatAACTCATTCACT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCGTTCAAACACTGACTGCCA---ATTTTGA-C-GA-TC-AGTGACCTCGATCTC-C-T-GATACTTAGC-A-A-T-AA--G--A------------------T-TCGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGCTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AT--GCACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--C-----GTTTCCTGAAAG-----TTTTAAAA-CAATAT-----TA---CCAT----------A---AGTAGTGA-ATTTA-------GAAGCCCTTAA-GTAT---A----TACAAATTA--TATAC-----C-AAGTTGAAT----ATTTTCTTCA-AAATATATTTTTCACTGAGA---AGG-------A------------T----GT-------TTT----TCT---GAG-AAACTTGGCAGTGAAA
gi|20 : ttACTCGATCTCT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCCATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GGTT-GA-TC-GCCAACACGGATA-C-C-
gi|21 : AACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGTGATAAACCATCAACTGcg
gi|21 : ttttAACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGtttccctgccaatattgccacttgg
gi|22 : ttttaactgtttccctgccaatattgccacttggtgataaaccatcAAT---GATTTTCTTGG-AAATAAATTTGGCACTGAGA---ACTGAGAAATA------------T----G--------TTT----TTT---GAGAAAATTTG
gi|23 : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCCACTCTTGGTGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-tcttgaaaaa
gi|24 : tta-TG--CA----G--T-----GTGTCCAGAAAG-----CTTCAAAA-CAATAT-----AA---GCATTAGTAAA---C---AGGAATGA-A-TTA-------AAAGCATT--A-GTAcattgtattaaatgca
gi|25 : -----C-CATTTATAC---GGTTCACTTGG-AAATATATTTGGCATTGAGA---A---------------------------G--------TTTATGCTCT---G-----ATTTGGCAGTGAGAGTt
gi|26 : AACTCTTTCACTTGCCAATA----TTGCCATTTGGCAATGAACCACCAACTGCCA---ATGT-t
gi|3 : tCTGTTTCCCT-GCCAATA----TTACCGCTTGGCGATCCACCACCAAATGCCA---ATGT-TG-C-CAGTC-GGCAACATGACTA-C-TTG-GATACATAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTG------CAC-ATTTTAATTAAATAAAGAGAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATATA------TA-T---------G--T-----TTGTCCTAAAAA------TTCATAA-CAATAT-----CA---ACATTAGTAAA---A---AGCAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATACATGTACGTATTTGAAT---GATTTTCTTGGAAAACATATTTGGCACTGAGA---A---------G------------T----G--------TTT----TCC---AAT-AAAATTGGCAGCGAAAGtgtcatttg
gi|4 : ACACTGTCACT-GCCAATG----TCACTGTTTGGCGATCAACCACCAACT---------------------C-AGCGACATAGATA-C-CCA-GATACATAAC-A-A-T-GG--T--A------------------T-TCACGGTCAAGGC-TAT---TTGTA------CAT-ATAATAATGAAATAAATACAGAAATA--AA--AA--GTACATTGTACATGTA------TA-TA--CA----G--C-----CTGCCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAAAAT-----TA---GCATTAGTAGATT-AT--AGTAAT---------------GAAGCTCT--A-GTAC---ATAATT-----C----TATTC-----C-CATTTACAC---GGTTTTCTTGG-AAATATATTTGACATTGAGA---AAT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GAG-ATAATTGGCAGCAAA
gi|5 : CTCTTTCATA-ACCAATGAATGTCGCTGCTTGGAATTCAACCACTAACTACCA----------------TC-GGCAAAATGGATA-C-CAG-GATACGTAGCTATA-T-AG--C--AATTATCAAAATTAGGTTAT-TTAAGGCCAAGGT-CAT---TTATA------CAT-AAGTTGATAAAATGAAGACAAATATA--AA--AA----------------TG------TA-TG--CA-------T-----ATGTCCTGAAAG-----GTTCATAA-CAATAT-----TA---GCA--------------------------TTA-------GAAGCTCC--A-TTAC---A----TA----TATA-TATAC-----C-CATCTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATATAATTGACATTGAAAAAGA---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAGCTTGg
gi|6 : gatttatAATTCTTTCGCT-GCCTATG----TCACCACCTTGCAATCAACCACCAGCTGACAGAGACGT-GG-A-AA-T---GTAGCA---ATA-G-C-A-AATA--TCGA-A-ATT-AGGTC--A------------------T-TTAATGTCACGGT-CAT---TTGTA------C--------------ATGAAGACAGAAATA--AATGAAATGTACAATAT--ATATA------TA-TG--CA----G--T-----ATGTCCTGATAT-----TTTCATAA-CAATAT-----AG---GCTTC-------------AGTGATGA-ATT----------------------------A----C-----T----TGT-------C-CATTTAAAC---ACTTTTCTAGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----ACGTTGTTTTTT----TTT---TAG-AAATTTTGCAGCGAAAG
gi|7 : ACTCTTTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTGGCCATCAACCATCAACTGCCA---ATGT-GG-CCGA-AC-AGCGAGATTGATA-CAT-G-GTTATGCAGA-A-A-T-AG--C--AA-----------------T-TTCAATT--ACGA-CAT---CTG-A------CAC-AT-------AAAGGGAAACTACACTAGCAA--AA--GAATG------ATTTAAAC---TAATG--AA----A--GAAAAAGTGTCATGAAAGCTGAGTTTCATAA-CAATGC-----TG---GCAT----------A---AGACATGA-ATTTA-------AAAGCTTT--G-GTAC---A----T-----A----TACAC-----C-CATTTAAAC---ATTTTTCTTAA-AAATACATCTGGCTCTGAGA---A---------A------------T----
gi|8 : TTTTGCT-ACCAATG----TCACCTCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-TG-T-GA-------GACCTAGAAA-C-CCA-AATATATAGC-A-A-TTAC--T--A------------------T-TT---------GTACCT---TTTTA------AATGATGTTGATGAAATGAAGAAAGAAATA--AA--AA--GTGAA------ATGTATAATATTA-TG--CG----GACT-----GTGTCCTGAAAA-----TTTCTTAA-CAATAT-----TA---GC-TTACAAAA---A---AGTTATGA-ATTTA-------GAAGCTCA--A-GTACTTAG----T-----TTA--TATAC-----C-CATTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATAAATTT-GCACTAAGA---A---------tt
gi|9 : AATT--AA--AA--GTACA------ATGTT------TA-TG--CACAGCG--TAC---GTGTCGTGAAAG-----TTTCCTAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---GTATAGCAATG----------------AGCTCT--A-GTAT---A----T-----TCTTCTACAT-----C-CATTTCCAC---AAATTTCTTGG-AAAAATATTTGGCATTGAGA---A---------A------------T----A--------TGT----GCTCAAAAG-AAGTTTGTAAGCGAAAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACGGCAACATATCGTTTCCGTTATCAATTTAATATTAGATAATAATGATATATATGATTTTAACTGAATTTAAATCTAATTACTTTCATTTAGACGAGTCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAACGAGCACGACAACGTGCCTTTTTGTGACCATTTTCATTTTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111 222 222222222222222222 111111 111111 1111111111111 33333333333333 1111111 333333333333333 555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 2 5555 1 2 555 0 999999999999 0 333 111 3 3 3 3 44 44 555555555555555555 3 0 3 555 999999 3 1 1 0 0 44 44 44 555555 555555 3 33 5555555555555 77777 2 77777 555 66666666666666 0 3 0 0 0000000 4444 666 444444444444444 77777 3 444 2 1 444 444444444444444444444444444444444444 6666 555 3
lowQualScore : . . .... . . ... . ............ . ... ... . . . . .. .. .................. . . . ... ...... . . . . . .. .. .. ...... ...... . .. ............. ..... . ..... ... .............. . . . . ....... .... ... ............... ..... . ... . . ... .................................... .... ... .
lowQualScore : 9 4 3333 1 6 000 1 888888888888 5 222 555 1 1 1 1 22 22 888888888888888888 1 5 1 444 666666 3 0 8 8 2 22 22 22 444444 444444 1 99 7777777777777 11111 7 11111 444 00000000000000 2 1 3 3 8888888 7777 444 444444444444444 77777 1 777 7 5 777 777777777777777777777777777777777777 5555 444 1
consensus : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GG-C-GA-TC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
Reference ( family-1076 ) : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GG-C-GA-TC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
gi|1 : AACTCTCTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTTGCTATCAACCTCCAATTACCC---ATGT-GC-T-GA-TT-GGCCACATGGATA-T-C-A-GATATGTAAC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGCCAAGGT-CATATATTATA------CAT-ATGTAAATGAAATGACAACAGAAATA--AA--AA--GTACA------GTGCA------TG-TG--CA----G--T-----GTGTCGTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAATACATGTAGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-AATTTAAAA---GATTTTCTTGG-AAATACATTTGGCACTGAGA---C---------A------------T----G--------TCT----TCT---GGG-AAATTTGACAATGAAAGT
gi|10 : CTCTTTCACT-ACTAATG----CCGCCGCTTGGCAATCGACCCCCAACAGACA---ACAT-GG-A-GA-TC-GGTGATGTGGATA-C-C-AAGATACATAAC-A-A-T-AC--C--A------------------T-TTAAAATCTAGGT-CAT---TTGTA------TAT-GTGTTGATTAAATGAAAACAGAAATA--AA--AA--GTACA------A-GTA------TA-TG--TA----G--T-----GTATCCGGCAAG-----TTTCATAA-AAATA
gi|11 : tac-G-AATACATAAC-A-A-T-AT--C--A------------------T-TTAGAGTCAAGAT-CAT---CTGTACATGTACAT-ATGTTGATTAAATGAAAACAAAAATA--AA--AA--GCACA------ATGTA------TA-TG--CA----AC-T-----GTATCCAGAAAG-----TTTCATAATCA---------CA---GAATAAGCGGA---A---AGCACAGA-ATCT
gi|12 : tG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTT-GTAA-CTATACGGTACTA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTGA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATAC-----C-CACTTAAAT---GATTTTTTTGG-AAACAAATTTGCCACTGAGA---A---------G------------TATGGG--------TTT----T------------TTT-GCAGTGAAAttacaaattggta
gi|13 : CATAA-CAATAG-----TATTTACATTATT------------TA-TGAGATCTACAACATTGAAGGTCA--ATGT-C---A----T-----T----GGTAT-----A-TATATAAATATTGATTTTCTTGA-AAATGTATTTGGCACTGAGA---A---------AC-----------T----GCATGTTTTTTT----TCT---GAG-AAATTCGGCAGTGAAAGaagt
gi|14 : tgTCTTTTG------AATG----TCGCCATTTGGC-------CATCAACTGTTG---ATGT-CA-C-CA-TAAGGCATTCTGGATA-C-CTG-GAGACGTTTC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAC-ATGTTGATGAAAT-AAAACA-AATTA--AA--AA--GTACA------Aa
gi|15 : CAACATGGATA-C-CCA-GATATGAAGC-A-A-T-AT--C--A------------------T-TTAAGGTTAAGGT-TAT---TTGTC------CAT-ATATCAATGAAATGTGTTTTTAAATG--AA--AA--ATACA------ATGTA------AA-TGCACA----G--C-----ATATCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----
gi|16 : AACCCTTTCCCT-GCCAATG----CCGTTACTTGGCGAACAACCAACAACTGCCA---AT---------A-TC-GCCA--ATG--TA-------AATATGCAGC-A-A-T-AG--CAAA------------------TATCAAAATT-AGGT-CAT---TT
gi|18 : ggtttTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATGAATCTGCCACTGATA---A---------GTATATAATTTTTT----A--------TTT----TCT---GAG-AAATATCGCAGCAAAAGaaggtctaggtcaaaattttatgct
gi|19 : attaccagtgtttattg----TACAC-----T-CATTAACAT---GGTATTCTTGG-AAA---------CATTGAGA---AGT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GGT-ATATTTGGCAGCGAAAGaa
gi|19 : tatatactgactaAACTCTTTCGCT-GCCAAagtt
gi|2 : tatatactgactatacactcattaacatggtattcttggaaacattgagaagtatgtgctctggtatatAACTCATTCACT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCGTTCAAACACTGACTGCCA---ATTTTGA-C-GA-TC-AGTGACCTCGATCTC-C-T-GATACTTAGC-A-A-T-AA--G--A------------------T-TCGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGCTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AT--GCACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--C-----GTTTCCTGAAAG-----TTTTAAAA-CAATAT-----TA---CCAT----------A---AGTAGTGA-ATTTA-------GAAGCCCTTAA-GTAT---A----TACAAATTA--TATAC-----C-AAGTTGAAT----ATTTTCTTCA-AAATATATTTTTCACTGAGA---AGG-------A------------T----GT-------TTT----TCT---GAG-AAACTTGGCAGTGAAA
gi|20 : ttACTCGATCTCT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCCATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GGTT-GA-TC-GCCAACACGGATA-C-C-
gi|21 : AACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGTGATAAACCATCAACTGcg
gi|21 : ttttAACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGtttccctgccaatattgccacttgg
gi|22 : ttttaactgtttccctgccaatattgccacttggtgataaaccatcAAT---GATTTTCTTGG-AAATAAATTTGGCACTGAGA---ACTGAGAAATA------------T----G--------TTT----TTT---GAGAAAATTTG
gi|23 : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCCACTCTTGGTGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-tcttgaaaaa
gi|24 : tta-TG--CA----G--T-----GTGTCCAGAAAG-----CTTCAAAA-CAATAT-----AA---GCATTAGTAAA---C---AGGAATGA-A-TTA-------AAAGCATT--A-GTAcattgtattaaatgca
gi|25 : -----C-CATTTATAC---GGTTCACTTGG-AAATATATTTGGCATTGAGA---A---------------------------G--------TTTATGCTCT---G-----ATTTGGCAGTGAGAGTt
gi|26 : AACTCTTTCACTTGCCAATA----TTGCCATTTGGCAATGAACCACCAACTGCCA---ATGT-t
gi|3 : tCTGTTTCCCT-GCCAATA----TTACCGCTTGGCGATCCACCACCAAATGCCA---ATGT-TG-C-CAGTC-GGCAACATGACTA-C-TTG-GATACATAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTG------CAC-ATTTTAATTAAATAAAGAGAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATATA------TA-T---------G--T-----TTGTCCTAAAAA------TTCATAA-CAATAT-----CA---ACATTAGTAAA---A---AGCAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATACATGTACGTATTTGAAT---GATTTTCTTGGAAAACATATTTGGCACTGAGA---A---------G------------T----G--------TTT----TCC---AAT-AAAATTGGCAGCGAAAGtgtcatttg
gi|4 : ACACTGTCACT-GCCAATG----TCACTGTTTGGCGATCAACCACCAACT---------------------C-AGCGACATAGATA-C-CCA-GATACATAAC-A-A-T-GG--T--A------------------T-TCACGGTCAAGGC-TAT---TTGTA------CAT-ATAATAATGAAATAAATACAGAAATA--AA--AA--GTACATTGTACATGTA------TA-TA--CA----G--C-----CTGCCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAAAAT-----TA---GCATTAGTAGATT-AT--AGTAAT---------------GAAGCTCT--A-GTAC---ATAATT-----C----TATTC-----C-CATTTACAC---GGTTTTCTTGG-AAATATATTTGACATTGAGA---AAT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GAG-ATAATTGGCAGCAAA
gi|5 : CTCTTTCATA-ACCAATGAATGTCGCTGCTTGGAATTCAACCACTAACTACCA----------------TC-GGCAAAATGGATA-C-CAG-GATACGTAGCTATA-T-AG--C--AATTATCAAAATTAGGTTAT-TTAAGGCCAAGGT-CAT---TTATA------CAT-AAGTTGATAAAATGAAGACAAATATA--AA--AA----------------TG------TA-TG--CA-------T-----ATGTCCTGAAAG-----GTTCATAA-CAATAT-----TA---GCA--------------------------TTA-------GAAGCTCC--A-TTAC---A----TA----TATA-TATAC-----C-CATCTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATATAATTGACATTGAAAAAGA---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAGCTTGg
gi|6 : gatttatAATTCTTTCGCT-GCCTATG----TCACCACCTTGCAATCAACCACCAGCTGACAGAGACGT-GG-A-AA-T---GTAGCA---ATA-G-C-A-AATA--TCGA-A-ATT-AGGTC--A------------------T-TTAATGTCACGGT-CAT---TTGTA------C--------------ATGAAGACAGAAATA--AATGAAATGTACAATAT--ATATA------TA-TG--CA----G--T-----ATGTCCTGATAT-----TTTCATAA-CAATAT-----AG---GCTTC-------------AGTGATGA-ATT----------------------------A----C-----T----TGT-------C-CATTTAAAC---ACTTTTCTAGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----ACGTTGTTTTTT----TTT---TAG-AAATTTTGCAGCGAAAG
gi|7 : ACTCTTTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTGGCCATCAACCATCAACTGCCA---ATGT-GG-CCGA-AC-AGCGAGATTGATA-CAT-G-GTTATGCAGA-A-A-T-AG--C--AA-----------------T-TTCAATT--ACGA-CAT---CTG-A------CAC-AT-------AAAGGGAAACTACACTAGCAA--AA--GAATG------ATTTAAAC---TAATG--AA----A--GAAAAAGTGTCATGAAAGCTGAGTTTCATAA-CAATGC-----TG---GCAT----------A---AGACATGA-ATTTA-------AAAGCTTT--G-GTAC---A----T-----A----TACAC-----C-CATTTAAAC---ATTTTTCTTAA-AAATACATCTGGCTCTGAGA---A---------A------------T----
gi|8 : TTTTGCT-ACCAATG----TCACCTCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-TG-T-GA-------GACCTAGAAA-C-CCA-AATATATAGC-A-A-TTAC--T--A------------------T-TT---------GTACCT---TTTTA------AATGATGTTGATGAAATGAAGAAAGAAATA--AA--AA--GTGAA------ATGTATAATATTA-TG--CG----GACT-----GTGTCCTGAAAA-----TTTCTTAA-CAATAT-----TA---GC-TTACAAAA---A---AGTTATGA-ATTTA-------GAAGCTCA--A-GTACTTAG----T-----TTA--TATAC-----C-CATTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATAAATTT-GCACTAAGA---A---------tt
gi|9 : AATT--AA--AA--GTACA------ATGTT------TA-TG--CACAGCG--TAC---GTGTCGTGAAAG-----TTTCCTAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---GTATAGCAATG----------------AGCTCT--A-GTAT---A----T-----TCTTCTACAT-----C-CATTTCCAC---AAATTTCTTGG-AAAAATATTTGGCATTGAGA---A---------A------------T----A--------TGT----GCTCAAAAG-AAGTTTGTAAGCGAAAGT
blockSeqs : A T AATG G A GAG CACCATAA TC AA T T T T GT AA ATTATCAAAATTAGGTTA A A . CATGTA G G T GC TG AT TTGTAC TAATAT A CA CAGCGTAC CTGAG T GGTAC TTT TAGTAGATTAT G CAACATT TAA TTA TACAAATTA ATGTA G ATT A A AAG GTATATAATTTTTTA ATGC CAA A
blockSeqs : G . . A G . TGACGATC CA TG . . . . . . A . . . . . G T . . . ATAT AAC . . AGAAAAA . . . . TAGTAAAGTAT . . AT . TAATTC . . . . T . ACTGCATGTTTT . . .
blockSeqs : C . . A G . GGTTGATC C CA . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . GACT . . . . AAGCGGAA . . G . TATATA . . . . A . CTGAGAAATATG . . .
blockSeqs : G . . A C . TGCCAGTC C TG . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . . ACT . . . . TAGTAAAA . . A . TTCTTC . . . . T . ATACGTTGTTT . . .
blockSeqs : A . . A G . GGCCGAAC C CA . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . GT . . . . TAGTAAAC . . G . TTTA . . . . A . GTATGGG . . .
blockSeqs : T . . A G . GGAGATC C AG . . . . . . . . . . . . T T . . . . . . . GT . . . . TAGTAAAA . . A . TA . . . . T . GGATGT . . .
blockSeqs : C . . A A . GGAAAT C CA . . . . . . . . . . . . A G . . . . . . . GC . . . . TACAAAAA . . A . TT . . . . T . GTATG . . .
blockSeqs : C . . T G . TGTGA C G . . . . . . . . . . . . G A . . . . . . . GC . . . . TATT . . G . TA . . . . T . ATATG . . .
blockSeqs : G . . A G . ATC C T . . . . . . . . . . . . G G . . . . . . . GT . . . . A . . A . CT . . . . T . GTG . . .
blockSeqs : A . . G A . TC G A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . C . . A . TA . . . . T . ATG . . .
blockSeqs : C . . G A . C C G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GC . . . . A . . . . . . . C . ATA . . .
blockSeqs : A . . G C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . A . G . . .
blockSeqs : A . . A G . . T . . . . . T .
blockSeqs : G . . G . . . . . .
blockSeqs : A . . T
blockSeqs : G .
blockSeqCons : NGCGATC***** CG* *** TAGTAAAA******
originalCons : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGT-GG-C-GA-TC-GGCGACATGGATA-C-C-G-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
finalCons : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAACTGCCA---ATGTNGCGATC-----GGCGACATGGATA-C-CCG-GATACGTAGC-A-A-T-AG--C--A------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA--AA--GTACA------ATGTA------TA-TG--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAAA------AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACGGCAACATATCGTTTCCGTTATCAATTTAATATTAGATAATAATGATATATATGATTTTAACTGAATTTAAATCTAATTACTTTCATTTAGACGAGTCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAACGAGCACGACAACGTGCCTTTTTGTGACCATTTTCATTTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 333333333333333333 111111 1111111111111 33333333333333 1111111 333333333333333 555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3 2 5555 1 2 99999999 444 3 8888888888 1 77 3 3 6 44 000000000000000000 3 3 555 999999 3 1 1 0 0 44 555 3 888888 555555 3 6666 33 5555555555555 77777 2 77777 555 66666666666666 0 3 0 0 0000000 4444 666 444444444444444 77777 3 444 2 1 444 444444444444444444444444444444444444 6666 555 3
lowQualScore : . . .... . . ........ ... . .......... . .. . . . .. .................. . . ... ...... . . . . . .. ... . ...... ...... . .... .. ............. ..... . ..... ... .............. . . . . ....... .... ... ............... ..... . ... . . ... .................................... .... ... .
lowQualScore : 9 4 3333 1 6 77777777 777 0 9999999999 2 66 1 1 2 22 000000000000000000 1 1 444 666666 3 0 8 8 2 22 444 1 888888 444444 1 1111 99 7777777777777 11111 7 11111 444 00000000000000 2 1 3 3 8888888 7777 444 444444444444444 77777 1 777 7 5 777 777777777777777777777777777777777777 5555 444 1
consensus : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAA--------CTGCCA---ATGTNG-C-GA-TC-GGCGACATGGATACCCGGATACGTAGC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA---AA-GTACA------ATGTA------TA-T----G--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
Reference ( family-1076 ) : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCGCCGCTTGGCGATCAACCACCAA--------CTGCCA---ATGTNG-C-GA-TC-GGCGACATGGATACCCGGATACGTAGC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGTTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA---AA-GTACA------ATGTA------TA-T----G--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-CATTTAAAC---GATTTTCTTGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAATTTGGCAGCGAAAGT
gi|1 : AACTCTCTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTTGCTATCAACCTCCAA--------TTACCC---ATGTGC-T-GA-TT-GGCCACATGGATATC-AGATATGTAAC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGCCAAGGT-CATATATTATA------CAT-ATGTAAATGAAATGACAACAGAAATA--AA---AA-GTACA------GTGCA------TG-T----G--CA----G--T-----GTGTCGTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAATACATGTAGTAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--A-GTAC---A----T-----T----TATAC-----C-AATTTAAAA---GATTTTCTTGG-AAATACATTTGGCACTGAGA---C---------A------------T----G--------TCT----TCT---GGG-AAATTTGACAATGAAAGT
gi|10 : CTCTTTCACT-ACTAATG----CCGCCGCTTGGCAATCGACCCCCAA--------CAGACA---ACATGG-A-GA-TC-GGTGATGTGGATACCAAGATACATAAC-A-AT-AC--CA------------------T-TTAAAATCTAGGT-CAT---TTGTA------TAT-GTGTTGATTAAATGAAAACAGAAATA--AA---AA-GTACA------A-GTA------TA-T----G--TA----G--T-----GTATCCGGCAAG-----TTTCATAA-AAATA
gi|11 : tacGAATACATAAC-A-AT-AT--CA------------------T-TTAGAGTCAAGAT-CAT---CTGTACATGTACAT-ATGTTGATTAAATGAAAACAAAAATA--AA---AA-GCACA------ATGTA------TA-T----G--CA----AC-T-----GTATCCAGAAAG-----TTTCATAATCA---------CA---GAATAAGCGGA---A---AGCACAGA-ATCT
gi|12 : t----G--CA----G--T-----GTGTCCTGAAAG-----TTT-GTAA-CTATACGGTACTA---GCATTAGTAAA---A---AGTAATGA-ATTGA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATAC-----C-CACTTAAAT---GATTTTTTTGG-AAACAAATTTGCCACTGAGA---A---------G------------TATGGG--------TTT----T------------TTT-GCAGTGAAAttacaaattggta
gi|13 : CATAA-CAATAG-----TATTTACATTATT------------TA-TGAGATCTACAACATTGAAGGTCA--ATGT-C---A----T-----T----GGTAT-----A-TATATAAATATTGATTTTCTTGA-AAATGTATTTGGCACTGAGA---A---------AC-----------T----GCATGTTTTTTT----TCT---GAG-AAATTCGGCAGTGAAAGaagt
gi|14 : tgTCTTTTG------AATG----TCGCCATTTGGC-------CATCAA--------CTGTTG---ATGTCA-C-CA-TAAGGCATTCTGGATACCTGGAGACGTTTC-A-AT-AG--CA------------------T-TTGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAC-ATGTTGATGAAAT-AAAACA-AATTA--AA---AA-GTACA------Aa
gi|15 : CAACATGGATACCCAGATATGAAGC-A-AT-AT--CA------------------T-TTAAGGTTAAGGT-TAT---TTGTC------CAT-ATATCAATGAAATGTGTTTTTAAATG--AA---AA-ATACA------ATGTA------AA-T----GCACA----G--C-----ATATCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAATAT-----
gi|16 : AACCCTTTCCCT-GCCAATG----CCGTTACTTGGCGAACAACCAACAA--------CTGCCA---ATATCG-C-CA----------ATG--TA----AATATGCAGC-A-AT-AG--CAAA----------------TATCAAAATTA-GGT-CAT---TT
gi|18 : ggtttTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATGAATCTGCCACTGATA---A---------GTATATAATTTTTT----A--------TTT----TCT---GAG-AAATATCGCAGCAAAAGaaggtctaggtcaaaattttatgct
gi|19 : attaccagtgtttattg----TACAC-----T-CATTAACAT---GGTATTCTTGG-AAA---------CATTGAGA---AGT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GGT-ATATTTGGCAGCGAAAGaa
gi|19 : tatatactgactaAACTCTTTCGCT-GCCAAagtt
gi|2 : tatatactgactatacactcattaacatggtattcttggaaacattgagaagtatgtgctctggtatatAACTCATTCACT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCGTTCAAACACTGA--------CTGCCA---ATTTTGAC-GA-TC-AGTGACCTCGATCTCCTGATACTTAGC-A-AT-AA--GA------------------T-TCGAAGTCAAGGT-CAT---TTGTA------CAT-ATGCTGATGAAATGAAGACAGAAATA--AA---AT-GCACA------ATGTA------TA-T----G--CA----G--C-----GTTTCCTGAAAG-----TTTTAAAA-CAATAT-----TA---CCAT----------A---AGTAGTGA-ATTTA-------GAAGCCCTTAA-GTAT---A----TACAAATTA--TATAC-----C-AAGTTGAAT----ATTTTCTTCA-AAATATATTTTTCACTGAGA---AGG-------A------------T----GT-------TTT----TCT---GAG-AAACTTGGCAGTGAAA
gi|20 : ttACTCGATCTCT-GCCAATG----TCGCCACTTGGCCATCAACCACCAA--------CTGCCA---ATGTGGTT-GA-TC-GCCAACACGGATACCCG
gi|21 : AACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGTGATAAACCATCAACTGTTTCCCTGCCA---ATATTG-C-
gi|21 : ttttAACTGTTTCCCT-GCCAATA----TTGCCACTTGGcacttgg
gi|22 : ttttaactgtttccctgccaatattgccacttggtgataaaccatcAAT---GATTTTCTTGG-AAATAAATTTGGCACTGAGA---ACTGAGAAATA------------T----G--------TTT----TTT---GAGAAAATTTG
gi|23 : AACTCTTTCGCT-GCCAATG----TCCACTCTTGGTGATCAACCACCAA--------CTGCCA---ATGTtcttgaaaaa
gi|24 : tta-T----G--CA----G--T-----GTGTCCAGAAAG-----CTTCAAAA-CAATAT-----AA---GCATTAGTAAA---C---AGGAATGA-A-TTA-------AAAGCATT--A-GTAcattgtattaaatgca
gi|25 : -----C-CATTTATAC---GGTTCACTTGG-AAATATATTTGGCATTGAGA---A---------------------------G--------TTTATGCTCT---G-----ATTTGGCAGTGAGAGTt
gi|26 : AACTCTTTCACTTGCCAATA----TTGCCATTTGGCAATGAACCACCAA--------CTGCCA---ATGTTG-t
gi|3 : tCTGTTTCCCT-GCCAATA----TTACCGCTTGGCGATCCACCACCAA--------ATGCCA---ATGTTG-C-CAGTC-GGCAACATGACTACTTGGATACATAGC-A-AT-AG--CA------------------T-TTAAAGTCAAGGT-CAT---TTGTG------CAC-ATTTTAATTAAATAAAGAGAGAAATA--AA---AA-GTACA------ATATA------TA-T-------------G--T-----TTGTCCTAAAAA------TTCATAA-CAATAT-----CA---ACATTAGTAAA---A---AGCAATGA-ATTTA-------GAAGCTCT--G-GTAC---A----T-----A----TATACATGTACGTATTTGAAT---GATTTTCTTGGAAAACATATTTGGCACTGAGA---A---------G------------T----G--------TTT----TCC---AAT-AAAATTGGCAGCGAAAGtcatttg
gi|4 : ACACTGTCACT-GCCAATG----TCACTGTTTGGCGATCAACCACCAA--------CT--------------------C-AGCGACATAGATACCCAGATACATAAC-A-AT-GG--TA------------------T-TCACGGTCAAGGC-TAT---TTGTA------CAT-ATAATAATGAAATAAATACAGAAATA--AA---AA-GTACATTGTACATGTA------TA-T----A--CA----G--C-----CTGCCCTGAAAG-----TTTCATAA-CAAAAT-----TA---GCATTAGTAGATT-AT--AGTAAT---------------GAAGCTCT--A-GTAC---ATAATT-----C----TATTC-----C-CATTTACAC---GGTTTTCTTGG-AAATATATTTGACATTGAGA---AAT-------A------------T----G--------TGC----TCT---GAG-ATAATTGGCAGCAAA
gi|5 : CTCTTTCATA-ACCAATGAATGTCGCTGCTTGGAATTCAACCACTAA--------CTACCA---------------TC-GGCAAAATGGATACCAGGATACGTAGCTATAT-AG--CAATTATCAAAATTAGGTTAT-TTAAGGCCAAGGT-CAT---TTATA------CAT-AAGTTGATAAAATGAAGACAAATATA--AA---AA---------------TG------TA-T----G--CA-------T-----ATGTCCTGAAAG-----GTTCATAA-CAATAT-----TA---GCA--------------------------TTA-------GAAGCTCC--A-TTAC---A----TA----TATA-TATAC-----C-CATCTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATATAATTGACATTGAAAAAGA---------A------------T----G--------TTT----TCT---GAG-AAGCTTGg
gi|6 : gatttatAATTCTTTCGCT-GCCTATG----TCACCACCTTGCAATCAACCACCAG--------CTGACAGAGACGTGG-A-AA-T---GTAGCA---ATAGC-AAATA--TCGA-A-ATTAGGTCA------------------T-TTAATGTCACGGT-CAT---TTGTA------CAT--------------GAAGACAGAAATA--AATGAAATGTACA------ATATA------TA-TATATG--CA----G--T-----ATGTCCTGATAT-----TTTCATAA-CAATAT-----AG---GCTTC-------------AGTGATGA-ATT----------------------------A----C-----T----TGT-------C-CATTTAAAC---ACTTTTCTAGG-AAATATATTTGGCACTGAGA---A---------A------------T----ACGTTGTTTTTT----TTT---TAG-AAATTTTGCAGCGAAAG
gi|7 : ACTCTTTCACT-GCCAATG----TCACTGCTTGGCCATCAACCATCAA--------CTGCCA---ATGTGG-CCGA-AC-AGCGAGATTGATACATGGTTATGCAGA-A-AT-AG--CAA-----------------T-TTCAATT--ACGA-CAT---CTG-A------CAC-AT-------AAAGGGAAACTACACTAGCAA---AA-GAATG------ATTTAAAC---TAAT----G--AA----A--GAAAAAGTGTCATGAAAGCTGAGTTTCATAA-CAATGC-----TG---GCAT----------A---AGACATGA-ATTTA-------AAAGCTTT--G-GTAC---A----T-----A----TACAC-----C-CATTTAAAC---ATTTTTCTTAA-AAATACATCTGGCTCTGAGA---A---------A------------T----
gi|8 : TTTTGCT-ACCAATG----TCACCTCTTGGCGATCAACCACCAA--------CTGCCA---ATGTTG-T-GA-------GACCTAGAAACCCAAATATATAGC-A-ATTAC--TA------------------T-TT---------GTACCT---TTTTA------AATGATGTTGATGAAATGAAGAAAGAAATA--AA---AA-GTGAA------ATGTATAATATTA-T----G--CG----GACT-----GTGTCCTGAAAA-----TTTCTTAA-CAATAT-----TA---GC-TTACAAAA---A---AGTTATGA-ATTTA-------GAAGCTCA--A-GTACTTAG----T-----TTA--TATAC-----C-CATTTAAAC---AATTTTCTTGG-AAATAAATTT-GCACTAAGA---A---------tt
gi|9 : AATT--AA---AA-GTACA------ATGTT------TA-T----G--CACAGCG--TAC---GTGTCGTGAAAG-----TTTCCTAA-CAATAT-----TA---GCATTAGTAAA---GTATAGCAATG----------------AGCTCT--A-GTAT---A----T-----TCTTCTACAT-----C-CATTTCCAC---AAATTTCTTGG-AAAAATATTTGGCATTGAGA---A---------A------------T----A--------TGT----GCTCAAAAG-AAGTTTGTAAGCGAAAGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGCACGGCAACATATCGTTTCCGTTATCAATTTAATATTAGATAATAATGATATATATGATTTTAACTGAATTTAAATCTAATTACTTTCATTTAGACGAGTCAA
Unaligned ( gi|27 ): ACAACGAGCACGACAACGTGCCTTTTTGTGACCATTTTCATTTTA