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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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blockSeqs : . . TGAA . . . A . C . CTCAAAGGACG . T . . . . . . . . . . . A C . T . . . .
blockSeqs : . . CGTA . . . T . C . CCAAGATGACA . C . . . . . . . . . . . C C . C
blockSeqs : . . CAAA . . . G . A . CCTATAATATT . G . . . . . . . . . . . A C . .
blockSeqs : . . AGCA . . . A . T . CATAGACGTT . C . . . . . . . . . . . T C . .
blockSeqs : . . CGAC . . . A . C . CCAATAAAAG . T . . . . . . . . . . . C .
blockSeqs : . . CAAG . . . G . C . TCTATGAATG . C . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . AAAG . . . A . C . CCCATGATCG . C . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . CGAG . . . A . G . CATATGAATA . C . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . TGAA . . . A . C . CCTATAGACA . C . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : . . ATAT . . . A . C . TCAATAAGCG . C . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . CGAG . . . A . A . CCTAACATTA . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . ATAA . . . T . A . TCTATGAACA . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . CGAA . . . G . C . CATATGAAT . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TGAA . . . A . T . AGTGTGAAC . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TTGA . . . A . T . CTCAGGATA . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . ATA . . . A . A . CTATGAAAG . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TGA . . . A . T . CCTATGATT . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TGA . . . G . C . CTTTGACGT . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TGA . . . A . A . CATACATT . C . . . . . . .
blockSeqs : . . TGA . . . A . A . TAGGAACG . . . . . . . . .
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blockSeqs : . . CGA . . . A . T .
blockSeqs : . . AGA . . . A . A .
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blockSeqs : . . TGA . . . A . G .
blockSeqs : . . AGA . . . A . C .
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blockSeqs : . . TGA . . . A . C .
blockSeqs : . AA . . . A . C .
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blockSeqs : AG . . . A
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blockSeqs : A . . . A
blockSeqs : . . . .
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originalCons : TAAAGGGACAC-ACG-----G-CAATGTT-GAAATC-G--A-AT--T-TTA-CTCG-TGTTCACGC-----ATCAAATCAATNTTT----AC-A-------C-T--A-TGAACG---ATT---TATA-AC--C----A--T-ATGAAA----------ATA-T-TA-AT--CT---C-C---AAGT---ATTACTNTCTGAAACT-TCAT-ATTTAAGAA--A--ATA--AACATTTT--ATCCAACTAG
finalCons : TAAAGGGACAC-ACG-----G-CAATGTT-GAAATC-G--A-AT--T-TTA-CTCG-TGTTCACGC-----ATCAAATCAATNTTT----AC-ACCTATGAACG-------------------TATA-AC--C----A--T-ATGAAA----------ATA-T-TA-AT--CT---C-C---AAGT---ATTACTNTCTGAAACT-TCAT-ATTTAAGAA--A--ATA--AACATTTT--ATCCAACTAG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|51 ): CAATGTCCGGGTCCTCATAGGGAACTACAAAACTGCACATTAATTACT
Unaligned ( gi|56 ): GATATTTTCTGCCATAACGCTACAAACTGATGACG
Unaligned ( gi|58 ): TTGTCGAACTTCAGAAATACAAATGATATTTTT
Alignments
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lowQualScore : . ..... . . ........ .. . . .. ..... . .. ....... ............................. . ...... . . .. . . . . .. ... . ... ... . . . .. . .. .. .. .. .
lowQualScore : 0 77777 9 8 11111111 99 6 6 88 66666 3 33 0000000 22222222222222222222222222222 3 777777 6 3 88 3 4 4 4 44 777 5 777 888 0 5 3 11 1 11 11 22 22 7
consensus : TAAAGGGACAC-ACG-----G-CAATGTT-GAAATC-G--A-AT--T-TTA-CTCG-TGTTCACGC-----ATCAAATCAATNTTTAC--AC------CTATG-------------A---AC------G---T-A------TA-ACC-A--T-ATGAAAATA-T-TA-AT--CT---C-C---AAGT---ATTACTNTCTGAAACT-TCAT-ATTTAAGAA--A--ATA--AACATTTT--ATCCAACTAG
Reference ( family-1058 ) : TAAAGGGACAC-ACG-----G-CAATGTT-GAAATC-G--A-AT--T-TTA-CTCG-TGTTCACGC-----ATCAAATCAATNTTTAC--AC------CTATG-------------A---AC------G---T-A------TA-ACC-A--T-ATGAAAATA-T-TA-AT--CT---C-C---AAGT---ATTACTNTCTGAAACT-TCAT-ATTTAAGAA--A--ATA--AACATTTT--ATCCAACTAG
gi|1 : TAAAGGGACAC-ATG-----G-CAATGTT-GAAATC-G--T-AT--A-TTG-CCCG-TGTTCACGA-----ATCGGAACAATATTTAC--A-------CTATG-------------G---AC------GATTT-A------TCTGCC-A--C-ATGAAAACA-T-TA-TT--CT---C-C---AAGT---ACTGCTGTCTGAAA-----ATAAGTTAACAG--A--ATG--AACATTTT--ATC--ATTAG
gi|10 : AGGGACAT-TTG-----G-CAATGTT-GAAATG-G--A-CT--T-ACA-TTGA-TGTTCATGG-----ATCACATC----TTAAC--AC------CGATG-------------G---AT------G---A-A------T---------T-TTGAAA------TA-ACGACT---CTC---GTGTATAATTACTGTCTGAAcagaacagcagatttgttttcccattttgccagcaaattttcattctgctattctgctagaaaaatgacatttttttattctgctgttttgctaacatcgccaaacctc
gi|11 : gtttgTAAAGGGACAT-ACT-----G-AAGTGTT-GAAAT-----ATAT--T-TTA-ATCG-TGTTCACAC-----TTCAAATCAACATTAAC--AC--------ATA-------------G---AC------G---T-T------TA-ACC-A--T-TCAGAACCA-T-TA-AT--AT---C-C---AAGA---TTTACTAT
gi|12 : CAC-ACA-----G-CAATGTT-GAAATT-G----AT--T-TTA-CTTA-TACTCACGTGA---ACCAAATAAATGTTTAA--AC--------ATA-------------C---AT------T---T-A------TA-ATC-A--C-ATGGGAATA-T-TG-AT--AG---C-C---AAGT---ATTACTTTCTGA
gi|13 : TTAC--AC------CAATA-------------A---AA------G---T-A------TA-ACT-A--T-ATGAAGATA-T-TA-AT--CT---C-C---AAAT---ACTACTTTCTGAAACT-TTAA-ATT-----------ATC--AAT-TTTT--ATCCAACTAGg
gi|14 : aagcaaaattcaaaGGGACAC-ATG-----G-CATTGTT-GAAATT-G----AT--T-TTA-ACCA-TTTTTACGC-----ATCTTACCAATCTACAA--AC------ATATG-------------A---AT----------T-A------TATTCC-AGGT-ATGAttgtgtt
gi|15 : TAAAGGGCCAC-ACG-----A-CAATGTT-GAAACC-T--A-AT--T-TTA-CTCA-TGTTCACGC-----ATCAAACCAATTGTTGC--AT------CTATG-------------A---AT------G---T-G------AC-ATC-A--T-ATAAAACTA-T-AA-GT--CT---T-C---AAGT---Acatttacttctacatgtacttgt
gi|16 : AATCAATCTTTAC--AA------GTGTG-------------A---AC----------------------ACT-G--T-ATGAAAAT------------------------GT---ATTACTATATGAAACT-GC-----TTAAGAA--A--TTA--c
gi|17 : g-----G-CGATGTT-GAAATT-G--A--T--T-CTG-TTCC-TGTTCACGC-----TTCAAATCACTATTTAC--------------------------------------------------------ATC-A--T-ATGGAGATA-T-TA-AT--CT---C-C---AACT---Attaccagtttcaataaaaatagtggcgtcctgctagttt
gi|18 : tgaGGGACAC-ACG-----G-CAATGAT-GAAATC-A--A-GT--T-TTG-CGCA-TGTCCACGC-----ACCAAAATAGTTGTTAT--AC------CCATG-------------A---TC------G---T-A------CA-ACG-C--T-ATAATGGAA-T-TA-AA--CT---C-C---AAGT---Acgaagaaatgtatcttcccaagtac
gi|19 : atGATAC-ATG-----G-CAATTTT-GAAATT-G--A--T--T-TAA-CGCT-TGTTCACAT-----ATCAAATAAATCTTGAC--AC------ATATG-------------A---AT------A---T-G------TA-GCC-A--T-A--AAAACA-T-TA-AC--AT---C-C---TAGT---ATTAC
gi|2 : gcAGGGACAT-ATG-----G-CAATGTT-GAATTT-G--A--T--T-TTA-CTTG-TGTT----------A--AAATAAATCTTTAC--AT------CAATA-------------ATTAAC------T---T-A------TA-ACT-G--T-ATGGAAATA-T-TA-AC--CT---C-C---AAAT---ATTACTCTTTGGAACTGTCAT-ATTTAAGAA--A--ACATTAACAGTTT--
gi|20 : AAAAAGACAA-ACG-----A-TACTATC-AAAATG-G--A-AG--T-TT--CTCA-TATTAACGC-----GTCGAATCAATATTTAC--AC------AGATG-------------A---ACTGTTCAA---T-A------TA-ACC-A--T-ATGCAAATA-T-TC-AT--tggtggaaatagtgctgttgtcctat
gi|21 : AAGTGA-GC-ATG-----G-CAGTGTT-AAAATA-G--A-GT--T-T-A-CTCA-TGTTCACGT-----ACCAAATCAAATTTTAC--AC------CTGTG-------------A---GT------G---T--------TT-ACC-A--C-AAGAAAATA-T-AA-AT--CT---C-C---AAGT---A
gi|22 : -CAATGAT-GAAAT-----A-ACA-T-GTA-CTCG-TGTCCACAC-----ATCAAATCAACCCTTAT--ACAGGTACCTATG-------------A---AC------A---C-G------TA-ATC-A--T-ATTGAGATA-T-TA-AT--CC---C-C---AAAT---TTTA
gi|23 : aAAGGGACATGACG-----G-CTACGT--GAATTT-G--A-AT--T-TGA-CCCA-TGGTCACGC-----ATCGCAGCCATCTTTAC--A--------TAGG-------------A---AC------G---T-A------TA-ATC-A--C-ATG-AAATATT-TG-AT--CC---C-T---At
gi|24 : AAAGGATAA-AAG-----G-CAATGTT-AAAATT------AT--TCTTA-TTCA-TGTTTGTGC-----ATCAAATCAATCTTTAA--AC------CTATA-------------G---AC------A---T-A------TA-ATC-A--T-ATGACGATA-G-TA-AT--Ct
gi|25 : AAGGGACAC-TTG-----C-TTGTGGT-GAAAT-------AT--T-T---CTCA-TGTTCATGC-----ATCAAATCAATGTTTAC--CT------CAAAG-------------G---AC------G---T-A-----------G-A--TGGTGAA---A-T-TA-AT--TT---C-C---AAGT---AT
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gi|29 : ttCAATATCTAC--AT------CAATA-------------A---GC------G---T-A------TA-ACG-A--T-ATGAAACTA-T-TA-TT--CT---C-C---AAGT---ATAATAATCTGGAAAT-TTAT-ATTTActtacatgttcaa
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gi|40 : ---AC------A---T-A------TA-ACT-A--T-ATGAAAATA-T-TA-AA--CT---C-A---AAAT---ATTGCTTTCTGCAACT-TCAT-ATTtaa
gi|41 : taatacT--T-TTA-CTCA-TGTTGATAC-----ATCAAATAAATTGTTAA--AT------CTATG-------------A---AC------A---C-A------TA-AAC-A--T-ATGGAGAa
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gi|44 : -A------CA-ACCTA--T-ATGAAAATA-T-TA-AT--CT---C-C---AAAT---ATTACTCTCTAAAACT-TCAT-ATTtattta
gi|45 : gacGGACAC-CCG-----G-CAAGGGT-GAAATT-G--A--T--T-TTA-CTCA-TGGTCACGC-----ACCAGATTAATATTga
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gi|50 : TAAAGGGACAT-ACG-----G-CAATGCT-GAAATA-G----GT--G-TTA-CTAG-TGTTCACtagtt
gi|52 : ttTAAAGGGATAC-ATG-----A-CAGTGTT-AAAATA-T--A-AT--T-TTA-CTTA-TGTTCACaa
gi|53 : TAAAGGGATAC-ATG-----C-CAATGTT-GAAACA-G--------T-TTA-CTCA-TGTTCA
gi|54 : ttTAAAGGTACAC-ATG-----G-CAATGTT-GAAATT-G----AT--T-TTA-CTCA-T
gi|55 : AAAGGGACAC-ACG-----G-CAATGAT-GAACTC-G--A-AG--T-TTA-CTCG-TGTctca
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gi|6 : AAGGGACAG-ACG-----A-CAATTTT-GAAAT-----A-AC--TGTCA-CCCC-TGTTCCCGC-----ATCAAATCCATCTTTAC--AC------CAACG-------------G---AC------G---T-A-----------C-A--C-ATAGCCATA-T-TG-TC--CA---C-T---AGGT---AATAGTGTCTGAAACT-TCGC-ATTTAA-AA--A--ATA--
gi|7 : AAAGGGACAC-ACG-----A-CAATGTT-GAAAT-----A-GT--C-T---CTCG-TA---A-----------AAATCAATCTTTAC--AC------CTATGATTTGTAATCACAA---AT------A---T-G------TA-ATC-A--T-GAAGAGATA-TATATAT--CT---C-C---AAAT---ACTACAATCTCAAAtt
gi|8 : AAAGGGACAC-AAG-----C-AAATGTT-GAA-TT-G--A-AT--T-ATA-CTTG-TGCTCATGC-----GTCCAGTCACTCTTTTTTTAC------CTTTG-------------A----C------G---TTA------TA-AA--A--T-ATAGAAATA-T-TA-AT--CA---C-C---AAGT-------TTGTTTGAAACa
gi|9 : -----G-TAATGTA-TAAATT-T--G-AT--T-TTA-CCTA-TGTGCACAC-----ATCAAATCAATCATCAC--AC------CTACT-------------A---AT------G---T-ATACCCGTA-GCC-A--C-ATGAAGATA-T-TG-AC--CT---C-C---AAAT---GTTACTATCTCAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|51 ): CAATGTCCGGGTCCTCATAGGGAACTACAAAACTGCACATTAATTACT
Unaligned ( gi|56 ): GATATTTTCTGCCATAACGCTACAAACTGATGACG
Unaligned ( gi|58 ): TTGTCGAACTTCAGAAATACAAATGATATTTTT