lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333 11 333 3333 1 222 777777777777777777 3333333333333333 1 222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222 3333333333333 11111 1 22 11 22 1111
lowQualScore : 6 6 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 000 666 4 44 6 3 111 9999 4 5 999 4 777777777777777777 6666666666666666 6 3 444 7 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 0 0000 4 2222222222222 22222 5 22 3 22 88 66 4 00 777777 2222 66 5 0
lowQualScore : . . ............................................................................ ... ... . .. . . ... .... . . ... . .................. ................ . . ... . ........................................................................................................................................................................................................................ .. . .... . ............. ..... . .. . .. .. .. . .. ...... .... .. . .
lowQualScore : 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555 555 0 00 0 0 000 5555 0 0 000 0 000000000000000000 0000000000000000 0 3 000 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 4 5555 4 8888888888888 55555 0 88 9 33 33 33 0 44 111111 9999 99 0 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATCTGCGCNTTTGGATTTCCTTTGATTGNGCATCCTTTTGNAATCGNCATNTCNNTTAATTANATAATTGATTTGCAATGNTCGTCACTGTAAATGTTTGNATAATTA----A-TTNNAT------TGTCTCAGATT-TT-ATNAATGAGATTTTTACA-GAAG-GTTTATTTCACAGT-GNCAG----AT--AGCTATTTGGGAA-TT-AC-GAAAAAC-GAACGAAAAC-AAGCAA-TATNAAATCAACAATAC--A---C-TGAATTAAAAT---GATTGA---AATATTT-AATACANTT-GGTTTG-CA--AG-AGA----AAACATT-TAAAAAACAACGGCAG---CGA-------TTCA-AAN--AATN-ATA--AT---A-AACAAGGTAATTTTCCCG-AAAAT-T---G-T---AN--TTTT-C---GTGCAATAATTTGAAAACATCNNAGACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA-TTTTTGATGGTCCGA--G-TCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
Reference ( gi|1 ) : TATAAAACAATCTACAATACATACTAGCACACCTAGTATATTCAAGAAATCTGTGTGGTCTTGAACAATTCTGTTCACATTTCATATATGCTTTACAGGTATTTAGATGTTTTGAGCATCAGAAACTCAAAAACTCAAGGTATCATGATGACAGTCCCTATTTTTCATATAAAAAATAAAAATTGTTGGACTCGAGGACATACATTTACGTGATGGAAGTGTTATTTTACCTAGTTTGTTTGTGTGTCACACTTCTGTTTTAACTTTGATTG-GAAACTATTAAACTTTTA-ATGCTGGCAATTTAATTTGAGCA---GGATTT-----GAT--AACACTCTTTTGT--TTGGTATATCCTTTAACTAAA-A-TTAATTTACAATGATCCTCATTGTAAATGTTCGTATAATTA---CAATTAAAA------TGTCTCAGATT-TTGATCAACGAGACATTTATA-GAAATGTTTATTTCACAGT-GCCAGATCTAT--AGTTATTTGACAA-TT-ACCAAGAAAC-GAATGAAAAC-AGGCAA-TATAAAATCAATAATAT--A---C-TGAATTAAAAT---GATTGCTTTAATATTT-AATACAGTT-GATTTAATAGAAA-AAA----AAACATT-TAAGAAACAACTGCAG---CAA-------TTCA-AAG--AATG-ATA--AT---A-ATTATGGTAATTTTCCCA-AAAAT-T---G-T---AA--TTTT-T---GTGGAATAATTTGAAAACATCCTAGACTCGAAACATTATGAAACTC-TAGCA-TTTTAAATGGTTTGA--G-CTAACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|2 : ACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATTTGCACA---AGATTTCCTTTGAT--TGCATCTTTTTATAATCAGTATATCACTTAATTACATA-TTGATTTG--ATGTTTGTTATTGTAAATG---GTAAAATTA------TTAAAACTGTATTGTCTCAGATT-AT-ATT-ATG---TACTTACATGA------TAT---ACAGTAGACAG--TTATCGAG-TAATTAAGAA-AT-GCCGTAAAAT-GGATGAAAACAAAGCAATTGTCAAATAAACAATACAAA---CATGAATT
gi|6 : tctgcatgtagcatTAATCTGAGCCTTTG--TTT-----GATTGAAC-TTCTTTTGG--TCGTCATTTCCATTAATTAAA-AATTAATT-GCAATGATCATCACTATAAATATTTGAATAACTA---AAATTTCAT------TGAATCAGATTGTGGATCAATGAAATTTTTACA-AAAGAGTTTAATTCACAGT--TCAAA---AT--AGCAATTTGGTAACTT-AC--AAAAAC-AAAC-ATAAC-AA--AA-TATcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaaataaaagcagcaatgctataaacaagataattttcctgcagaattgtatttttcatgcagttatttaaaaatctggaactcgagcatttttcttggtccgagtcgactgagtaatcacagtttcactgt
gi|3 : TAATTATTTCATTTGTAT------TGTCCCAGATA-TTTACAAGTGAGACTTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-AC-----------AGTTGTTGGGGAA-TTTACAAAGG-------------C-AG-CAA-AA-GAAAT---TAATAT--T---T-TGTTTTAAAAA---AAATGA---AATACAA-AA-ATATTT-GATT-AGTAAAAATAAATAGTAAACAAT---AAAAATAACAGTA----CGA---------CATAAG--CATA-A-A--GTTGCA-AACAAGGTAATTT--CCT-GAAATAG---G-T---AT--TTTT-T---GTGCAATAATTTGAAAACATTTAAGACTCGAAACATCTTAAAACTT-CAATG-TTTTTGATAGTGGGT--G-TTGAACTCGGAACTGTATCGCAATT
gi|4 : tcAACTGAATAAAAAC-GTACCA-CAT----TCC-TAATA---A---A-TGAAATAAAATACAGATTAAA--AATATTTTAAT-CAGTTTGGTCTGCCA-------------AACATT-TAA-AAGCAATGATAGAGGTGA-------TTTA-ATC--AATTTATG--AT---ACAGCAAAGTAATTTTTTTT-TAAAT-TTATA-TTTAAA--TTTT-TCATATGCAATAATTTGAAAACATTGGAAACTGGAAACTTTGTGAAACTG-GAGCATTTTTTGATGGTTTGA--G-TCGACATCG--TGT-TTTCAAGGTTtgcattttcttataacaaacgtatttgatgcagtatgt
gi|7 : ATAAAAGCAACAAAAC--AAACC-TGAATGAAAAT---GGTTGC-------TTT-AATACAATT-GGTTT------AG-AGA----ACTCATTATA--AAGCAACTGCGA---CGAGGTATTTTTCA-CAG--AATT--TT--AT---A-AGCAAGTTG--TTTCT-------T-C---G------A--TTTTAT---GTGCAACCATTTAAATACACCCTAGACTCGAAACATtc
gi|2 : caatatttaAAAAAATAAAAGCAG---CAA-------TGC-------------TA---T---A-AACAAGATAATTTTCCTGCAGAAT-T---G-T---AT--TTTT-C---ATGCAGTTATTTAAAA--ATC-----------------TGGAACTC-GAGCA-TTTTTCTTGGTCCGA--G-TCGAC--TG--AGT-AATCACAGTTcgcaatacacgaacaactttttttatc
gi|5 : tctgcatgtagcatacacctctgtcttaatactattgtgatgctattggagctctatatctgtaatttgcacaagatttcctttgattgcatctttttataatcagtatatcacttaattacatattgatttgatgtttgttattgtaaatggtaaaattattaaaactgtattgtctcagattatattatgtacttacatgatatacagtagacagttatcgagtaattaagaaatgccgtaaaatggatgaaaacaaagcaattgtcaaataaacaatacaaacatgaattcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacAACAACAGCAG---TG--------TTTA-AATCCAATA-ATGCCAT---A-AACGAGGCAATATTCTTG-GAAAT-TT--A-T---AT--TTTT-C---ATGTAATAATTTGAAAACAGCTAAAACCC-AGGCATCATCAAACTCAGAGCA-TTTC---TG--TTCATCG-TCAGCCTCG--AGT-CATCACAGtcactgt
gi|11 : accat-ATA--A----A-ATTATA--AATATTCCTG-AAAAT-TA--G-T---AT--TTTT-C---GTGCAATAATTTAAAAACATCTGAGAGTTGAAACATTGTGAAAGTC-AAGCA-TATTAGATGGTCTAA--G-agacatattaaaagaacctgtaaatccattctgtcaacatttataattatctgtgaatcaagctggaaac
gi|9 : GGAAATTTACTGA-CAATT-T---G-T---AC--TTTT-C---TTGTAATAATTTGAA----------------AACATTATGAAGCTC-AAACA-TTTTTGATGA-TCGA--T-TTGATCTTG--GCT-TAACGCAGTagtgaccaga
gi|12 : attaacaaTTTCCCA-AAATT-TT--A-T---AAATTTTT-C---GTGCAATAATCTGAAAACATTGAAAACTTGTAACATGATGAAACTC-AGGTA-TTTTTAAT-GTTCCA--GACCGATCTCA--AGT-TTTCgacactataagtaaacaatgatgccgtatg
gi|8 : -AAAAT-T---GGT---AC--TTTT-C---TTACAAAAAATTGAAAACGTCTCATACTCAATACAT-ATGAAACTT-GAGTA-TTTCTGTTGGTCCAT--G-TCAACCTCG--AGT-TA
gi|15 : aaaaaatattaaaaagcaacagctgcagTT-C---GTGCAATAATTTGAAAATATTACAAACTCGAAGCATCGGGAGATTC-GGGCA-TTTCAcaacattttctctgt
gi|16 : taACTC-TAGTA-TTTTTGATGGTCCTA--G-TCGACCTTG--AGT-TGTCACATTT
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): CAATTACAGACAACGGCATATGTTTTTTATTCCAACAATGCTAGAAACAAAGTTATGTTCGTGGAAATGTGTATTTGCCAAAAACATCGTGAAACTCGAGATATCGTGAAATTCGA
Unaligned ( gi|13 ): AAATGATGCAAAATGCATGAAAACAAAGCCATATTTCACATAAATGATTCACAATACAAAACATAAATGAATACTTCAGGTAAAAACAAACATCTTAAAAA
Unaligned ( gi|14 ): ACTGTAAACAGGACAATTTATCATGAAAATTTGTAGCTTTCATGAAACATTTCCAAAACATTTGAAACTCAAGCACTGTTTG
Unaligned ( gi|17 ): AGTAATCTGTTCTATTAAAACAATCTTCTGTTAAACCAAAGGAATC
Alignments
lowQualScore : 2 1 1 2 333333 555555555555 2222 333 33 44444 1 22 1 333 44444444444 1 1 444444444444 11111111111 1 2222 3333333333333333 55555555555555 11111 555555555555555555555555555555 11111111 2222222222222222 111
lowQualScore : 4 0 5 4 2 5 0 888888 0 6 888888888888 8888 7 0 111 11 1 22 1 99 0 999 1 3 0 4 1 66666 22 0 3 33 44 33 4 0 333 3 66666666666 2 3 8 0 0 999999999999 88888888888 2 0 11 0 44 7777 3333 5555555555555555 88 11 1 8 22222222222222 6 66666 4 666666666666666666666666666666 999 99999999 4 77 333 3 0000000000000000 0 44 222 3 2 55 3 77 8888 0 66 4
lowQualScore : . . . . . . . ...... . . ............ .... . . ... .. . .. . .. . ... . . . . . ..... .. . . .. .. .. . . ... . ........... . . . . . ............ ........... . . .. . .. .... .... ................ .. .. . . .............. . ..... . .............................. ... ........ . .. ... . ................ . .. ... . . .. . .. .... . .. .
lowQualScore : 0 0 5 0 5 5 0 333333 7 7 333333333333 7777 3 7 777 77 0 00 0 00 7 333 0 7 7 7 0 00000 00 0 5 88 22 55 0 0 555 2 00000000000 0 0 8 0 0 555555555555 00000000000 5 0 88 2 00 2222 6666 4444444444444444 88 66 0 0 22222222222222 0 77777 0 777777777777777777777777777777 555 77777777 0 88 777 3 5555555555555555 7 22 222 2 8 22 1 99 5555 1 11 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCA---GGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA--ATTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATAATTAAA--ATTGTATTGTCTCAGAT-TNTG-ATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-C-AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-AC-A--------A-AAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTTT----G-AAAAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATN-NTA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
Reference ( family-1051 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATCTGCGCNTTTGGATTTCCTTTGATTGNGCATCCTTTTGNAATCGNCATNTCNNTTAATTANATAATTGATTTGCAATGNTCGTCACTGTAAATGTTTGNATAATT--A--ATTNNATTGTCTCAGAT-TTT--ATNAATGAGATTTTTACA-GAAG-GTTTATTTCACAGTGNCAGAT----AGCTATTTGGGAA-TT-ACGA--------A-AAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATNAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGA---AA-TATTT-AATACANTT-GGTTT----GCAAGAGAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATN-ATA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AN----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AGACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|1 : ACACTTCTGTTTTAACTTTGATTG-GAAACTATTAAACTTTTA-ATGCTGGCAATTTAATTTGAGCA---GGATTT-----GAT--AACACTCTTTTGT--TTGGTATATCCTTTAACTAAA--ATTAATTTACAATGATCCTCATTGTAAATGTTCGTATAATT--ACAATTAAAATGTCTCAGAT-TTTG-ATCAACGAGACATTTATA-GAAATGTTTATTTCACAGTGCCAGATCTATAGTTATTTGACAA-TT-ACCA--------AGAAACGAATGAAAAC-AGGCAA-TATAAAATCAATAATATA---CTGAATTAAAAT---GATTGCTTTAA-TATTT-AATACAGTT-GATTTAATAG-AAAAAAAAACATTTAA-----GAAACAACTGCA-G---CA------A-------TTCAAAG--AATG-ATA--A-----TA-ATTATGGTAATTT-TCCCA-AAAAT-T---G-T----AA----TTTTTGT--GGAATAATTTGAAAACATCCT-AGACTCGAAACATTATGAAACTC-TAGCA--TTTTAAATGGTTT--GAGCTAACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|10 : tataaaacaatctacaatacatactagcacacctagtatattcaagaaatctgtgtggtcttgaacaattctgttcacatttcatatatgctttacaggtatttagatgttttgagcatcagaaactcaaaaactcaaggtatcatgatgacagtccctatttttcatataaaaaataaaaattgttggactcgaggacatacatttacgtgatggaagtgttattttacctagtttgtttgtgtgtcAGACAACGGCATA---TGTTTTTTA-------TTCCAAC--AATG-CTA--G------A-AACAAAGTTATGT-TCGTG-GAAATGT---G-T----AT----TT-------GCCA-------AAAACATCGTGAAACTCGAGATATCGTGAAATTC-GA
gi|11 : caattacAATAT-TCCTG-AAAAT-TA--G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTAAAAACATCTG-AGAGTTGAAACATTGTGAAAGTC-AAGCA--TATTAGATGGTCTAAGAGT-GACC
gi|12 : ataaaattataTT-TCCC--AAAAT-T---T-T----ATAAATTTTTCGT--GCAATAATCTGAAAACATTGA-AAACTTGTAACATGATGAAACTC-AGGTA--TTTTTAATGTTCC--AGACCGATCTCA--AGT-TTTCaga
gi|14 : -----TA-AACAGGACAATTTATCATG-AAAAT-TT--G-T----AG----CTTTCAT--GAAACATTTCCAAAACATTTG-AAACTC-AAGCACTGT
gi|15 : actgTTCGT--GCAATAATTTGAAAATATTAC-AAACTCGAAGCATCGGGAGATTC-GGGCA--TTTttg
gi|16 : taACTC-TAGTA--TTTTTGATGGTCC--TAGTCGACCTTG--AGT-TGTCACATTTca
gi|2 : ACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATTTGCACA---AGATTTCCTTTGATT--GCATCTTTTTATAATCAGTATATCACTTAATTACAT-ATTGATTTG--ATGTTTGTTATTGTAAATGGTAAAATTATTAAA--ACTGTATTGTCTCAGAT-TAT--ATT-ATG---TACTTACATGA------TAT---ACAGT---AGAC----AGTTATCGAGTAA-TT-AAGAAATGCCGTA-AAATGGATGAAAACAAAGCAATTGTCAAATAAACAATACA----------AACAT---GA-----------ATTC--ATACTTTT-GGT----------AAAAAGATATTTTA-----AAAAAAAtcactgtac
gi|2 : tctgcatgtagcatAA-----AAAATAAAAGCA-G---C------------------------AATG-CTA--------TA-AACAAGATAATTT-TCCTGCAGAAT-T---G-T----AT----TTTTCAT--GCAGTTATTTAAAA--ATC------------------TGGAACTC-GAGCA--TTTTTCTTGGTCC--GAGTCGAC--TG--AGT-AATCACAGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaaataaaagcagcaatgctataaacaagataattttcctgcagaattgtatttttcatgcagttatttaaaaatctggaactcgagcatttttcttggtccgagtcgactgagtaatcacagtttcactgt
gi|3 : tctgcatgtagcatacacctctgtcttaatactattgtgatgctattggagctctatatctgtaatttgcacaagatttcctttgattgcatctttttataatcagtatatcacttaattacatattgatttgatgtttgttattgtaaatggtaaaattattaaaactgtattgtctcagattatattatgtacttacatgatatacagtagacagttatcgagtaattaagaaatgccgtaaaatggatgaaaacaaagcaattgtcaaataaacaatacaaacatgaattcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacTTGTATTGTCCCAGATATTT--ACAAGTGAGACTTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-----AC----AGTTGTTGGGGAA-TTTAC-A--------A-AGGC------------AGCAA-AA-GAAATTAATATT------TTGTTTTAAAAA---AAATGA---AA-TACAA-AA-ATATTT-GATTA----GTAAAAATAAATAGTAAACAATAAAAATAACAGTA-----CG------A-------C----AT--AAGC-ATA--AAGTTGCA-AACAAGGTAATTT--CCTG-AAATA-G---G-T----AT----TTTTTGT--GCAATAATTTGAAAACATTTA-AGACTCGAAACATCTTAAAACTT-CAATG--TTTTTGATAGTGG--GTGTTGAACTCGGAACTGTATCGCAATTtcactgt
gi|4 : tctaattatttcatAATAAA----TGAAATAAAATACAGATTAA---AAATATTTTAAT-CAGTTTGGTCT----GCCA-----AACATTTAA-----AAG-CAATGATA-GAGGTG------A-------TTTAATC--AATTTATG--A-----TACAGCAAAGTAATTT-TTTTT-TAAAT-TTATA-TTTAAAT----TTTTCATATGCAATAATTTGAAAACATTGG-AAACTGGAAACTTTGTGAAACTG-GAGCAT-TTTTTGATGGTTT--GAGTCGACATCG--TGT-TTTCAAGGTTtgcattttcttataacaaacgtatttgatgcagtatgt
gi|5 : aactgaataaaaacgtaccacattcctAACAACAGCA-G---TG--------------TTTAAATCCAATA-ATGCCA-----TA-AACGAGGCAATAT-TCTTG-GAAAT-TT--A-T----AT----TTTTCAT--GTAATAATTTGAAAACAGCTA-AAACCC-AGGCATCATCAAACTCAGAGCA--TTTCTGTTCATC-----GTCAGCCTCG--AGT-CATCACAGtc
gi|6 : accat------TAATCTGAGCCTTTG-------TTTGATTGAAC-TTCTTTTGG--TCGTCATTTCCATTAATTAAA-AATTAATT-GCAATGATCATCACTATAAATATTTGAATAACTAAA--ATTTCATTGAATCAGAT-TGTGGATCAATGAAATTTTTACA-AAAGAGTTTAATTCACAGTTCAAAAT----AGCAATTTGGTAACTT-AC-A--------A-AAACAAAC-ATAAC-AA--AA-TATagacatattaaaagaacctgtaaatccattctgtcaacatttataattatctgtgaatcaagctggaaac
gi|7 : ATAAAAGCAACAAAACAAACCTGAATGAAAAT---GGTTGC--------TTT-AATACAATT-GGTTT-------AGAGAACTCATT-AT-----AAAGCAACTGCG-A---CG------AGGTATTTTTCACAG--AATT-TTA--------TA-AGCAAGTTG-TTT-CTTCG-A-----------------T----TTTATGT--GCAACCATTTAAATACACCCT-AGACTCGAAACATCGCAATACAC-GAACAACTTTTT
gi|8 : caatatttaAAAA--AATA-TTA--A-----AA-AGCAA--CAGCTG---CAG-AAAAT-T---GGT----AC----TTTTCTT--ACAAAAAATTGAAAACGTCTC-ATACTCAATACAT-ATGAAACTT-GAGTA--TTTCTGTTGGTCC--ATGTCAACCTCG--AGT-TAttatc
gi|9 : --A-----TT-AACAAGGAAATTT--ACTG-ACAAT-TT--G-T----AC----TTTTCTT--GTAATAATTTGAAAACATTA-----------------TGAAGCTC-AAACA--TTTTTGATGAT-C--GATTTGATCTTG--GCT-TAACGCAGTcaacattttctctgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATGATGCAAAATGCATGAAAACAAAGCCATATTTCACATAAATGATTCACAATACAAAACATAAATGAATACTTCAGGTAAAAACAAACATCTTAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAATCTGTTCTATTAAAACAATCTTCTGTTAAACCAAAGGAATC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 333333 1 333 2222 11 111 11 1 5555555555555 1 444444444444444 11111111111 1 2222 3333333333333333 444444444444444444444444 1 555555555555555555555555555555 11111111 1111111111 111
lowQualScore : 1 5 5 1 1 5 5 888888 2 999 4444 7 88 1 777 999 3 00 4 3 11 1 88 33 33 1 0 777 3 4444444444444 1 0 0 555555555555555 88888888888 2 0 8 0 1 7777 3333 3333333333333333 88 11 1 8 777777777777777777777777 0 4 666666666666666666666666666666 777 99999999 4 77 333 3 9999999999 7777 0 44 222 1 2 55 3 77 8888 0 66 4
lowQualScore : . . . . . . . ...... . ... .... . .. . ... ... . .. . . .. . .. .. .. . . ... . ............. . . . ............... ........... . . . . . .... .... ................ .. .. . . ........................ . . .............................. ... ........ . .. ... . .......... .... . .. ... . . .. . .. .... . .. .
lowQualScore : 0 0 5 0 0 5 0 333333 0 000 0000 3 33 0 777 333 7 55 0 0 55 0 88 55 55 0 0 000 2 0000000000000 0 8 0 888888888888888 00000000000 5 0 8 2 4 2222 6666 8888888888888888 88 66 0 0 222222222222222222222222 6 0 777777777777777777777777777777 000 77777777 0 88 777 3 4444444444 1111 7 22 222 3 8 22 1 99 5555 1 11 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTTT----G-AAAAA--------AAACATTTAAAAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
Reference ( family-1051 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATAATTAAAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTTT----GAAAAAA--------AAACATTTAAAAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|1 : ACACTTCTGTTTTAACTTTGATTG-GAAACTATTAAACTTTTA-ATGCTGGCAATTTAATTTGAGCAGGATTT-----GAT--AACACTCTTTTGT--TTGGTATATCCTTTAACTAAA-A-TTAATTTACAATGATCCTCATTGTAAATGTTCGTATAATTACAATTAAAATGTCTCAGATTTT-GATCAACGAGACATTTATA-GAAATGTTTATTTCACAGTGCC--AGATCTATAGTTATTTGACAA-TT-A--------CCAA-GAAACGAATGAAAAC-AGGCAA-TATAAAATCAATAATATA---CTGAATTAAAAT---GATTGCTTTAA-TATTT-AATACAGTT-GATTTAATAGAAAAAA--------AAACATTTAAGAAACAACTGCA-G---CA------A-------TTCAAAG--AATGA-TA--A-----TA-ATTATGGTAATTT-TCCCA-AAAAT-T---G-T----AA----TTTTTGT--GGAATAATTTGAAAACATCCT-AGACTCGAAACATTATGAAACTC-TAGCA--TTTTAAATGGTTT--GAGCTAACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|10 : tataaaacaatctacaatacatactagcacacctagtatattcaagaaatctgtgtggtcttgaacaattctgttcacatttcatatatgctttacaggtatttagatgttttgagcatcagaaactcaaaaactcaaggtatcatgatgacagtccctatttttcatataaaaaataaaaattgttggactcgaggacatacatttacgtgatggaagtgttattttacctagtttgtttgtgtgtcAGACAACGGCATA---TGTTTTTTA-------TTCCAAC--AATGC-TA--G------A-AACAAAGTTATGT-TCGTG-GAAATGT---G-T----AT----TT-------GCCA-------AAAACATCGTGAAACTCGAGATATCGTGAAATTC-GA
gi|11 : caattacAATAT-TCCTG-AAAAT-TA--G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTAAAAACATCTG-AGAGTTGAAACATTGTGAAAGTC-AAGCA--TATTAGATGGTCTAAGAGT-GACC
gi|12 : ataaaattataTT-TCCC--AAAAT-T---T-T----ATAAATTTTTCGT--GCAATAATCTGAAAACATTGA-AAACTTGTAACATGATGAAACTC-AGGTA--TTTTTAATGTTCC--AGACCGATCTCA--AGT-TTTCaga
gi|14 : -----TA-AACAGGACAATTTATCATG-AAAAT-TT--G-T----AG----CTTTCAT--GAAACATTTCCAAAACATTTG-AAACTC-AAGCACTGT
gi|15 : actgTTCGT--GCAATAATTTGAAAATATTAC-AAACTCGAAGCATCGGGAGATTC-GGGCA--TTTttg
gi|16 : taACTC-TAGTA--TTTTTGATGGTCC--TAGTCGACCTTG--AGT-TGTCACATTTca
gi|2 : ACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATTTGCACAAGATTTCCTTTGATT-G-CATCTTTTTATAATCAGTATATCACTTAATTACATA-TTGATTTG--ATGTTTGTTATTGTAAATGGTAAAATTATTAAAACTGTATTGTCTCAGATTAT--ATT-ATG---TACTTACATGA------TAT---ACAGT-----AGAC----AGTTATCGAGTAA-TT-AAGAAATGCC--GTAAAATGGATGAAAACAAAGCAATTGTCAAATAAACAATACA----------AACAT---GA-----------ATTC--ATACTTTT-GGT---------AAAA--------AGATATTTTAAAAAAAAtcactgtac
gi|2 : tctgcatgtagcatAAAAAATAAAAGCA-G---C------------------------AATGC-TA--------TA-AACAAGATAATTT-TCCTGCAGAAT-T---G-T----AT----TTTTCAT--GCAGTTATTTAAAA--ATC------------------TGGAACTC-GAGCA--TTTTTCTTGGTCC--GAGTCGAC--TG--AGT-AATCACAGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaaataaaagcagcaatgctataaacaagataattttcctgcagaattgtatttttcatgcagttatttaaaaatctggaactcgagcatttttcttggtccgagtcgactgagtaatcacagtttcactgt
gi|3 : tctgcatgtagcatacacctctgtcttaatactattgtgatgctattggagctctatatctgtaatttgcacaagatttcctttgattgcatctttttataatcagtatatcacttaattacatattgatttgatgtttgttattgtaaatggtaaaattattaaaactgtattgtctcagattatattatgtacttacatgatatacagtagacagttatcgagtaattaagaaatgccgtaaaatggatgaaaacaaagcaattgtcaaataaacaatacaaacatgaattcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacTCTAATTATTTCATTTGTATTGTCCCAGATATT-TACAAGTGAGACTTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-------AC----AGTTGTTGGGGAA-TTTA--------C--A-AAGGC------------AGCAA-AAGAAATT----AATATT---TTGTTTTAAAAA---AAATGA---AA-TACAA-AA-ATATTT-GATTA----GTAAAAATAAATAGTAAACAAT--AAAAATAACAGTA-----CG------A-------C----AT--AAGCA-TA--AAGTTGCA-AACAAGGTAATTT--CCTG-AAATA-G---G-T----AT----TTTTTGT--GCAATAATTTGAAAACATTTA-AGACTCGAAACATCTTAAAACTT-CAATG--TTTTTGATAGTGG--GTGTTGAACTCGGAACTGTATCGCAATTtcactgt
gi|4 : AATAAA----TGAAATAAAATACAGATTAA---AAATATTTTAAT-CAGTTTGGTCT----GCCAAA------------CATTTAAAAG-CAATGATA-GAGGTG------A-------TTTAATC--AATTTATG--A-----TACAGCAAAGTAATTT-TTTTT-TAAAT-TTATA-TTTAAAT----TTTTCATATGCAATAATTTGAAAACATTGG-AAACTGGAAACTTTGTGAAACTG-GAGCAT-TTTTTGATGGTTT--GAGTCGACATCG--TGT-TTTCAAGGTTtgcattttcttataacaaacgtatttgatgcagtatgt
gi|5 : aactgaataaaaacgtaccacattcctAACAACAGCA-G---TG--------------TTTAAATCCAATAA-TGCCA-----TA-AACGAGGCAATAT-TCTTG-GAAAT-TT--A-T----AT----TTTTCAT--GTAATAATTTGAAAACAGCTA-AAACCC-AGGCATCATCAAACTCAGAGCA--TTTCTGTTCATC-----GTCAGCCTCG--AGT-CATCACAGtc
gi|6 : accat------TAATCTGAGCC---TTTG-TTTGATTGAAC-TTCTTTTGG--TCGTCATTTCCATTAATTAAA-AATTAATT-GCAATGATCATCACTATAAATATTTGAATAACTAAAATTTCATTGAATCAGATTGTGGATCAATGAAATTTTTACA-AAAGAGTTTAATTCACAGT--TCAAAAT----AGCAATTTGGTAACTT-A--------C--A-AAAACAAAC-ATAAC-AA--AA-TATagacatattaaaagaacctgtaaatccattctgtcaacatttataattatctgtgaatcaagctggaaac
gi|7 : ATAAAAGCAACAAAACAAACCTGAATGAAAAT---GGTTGC--------TTT-AATACAATT-GGTTT------AGAGA--------ACTCATT-ATAAAGCAACTGCG-A---CG------AGGTATTTTTCACAG--AATTT-TA--------TA-AGCAAGTTG-TTT-CTTCG-A-----------------T----TTTATGT--GCAACCATTTAAATACACCCT-AGACTCGAAACATCGCAATACAC-GAACAACTTTTT
gi|8 : caatatttaAAAA--AATAT-TA--A-----AA-AGCAA--CAGCTG---CAG-AAAAT-T---GGT----AC----TTTTCTT--ACAAAAAATTGAAAACGTCTC-ATACTCAATACAT-ATGAAACTT-GAGTA--TTTCTGTTGGTCC--ATGTCAACCTCG--AGT-TAttatc
gi|9 : --A-----TT-AACAAGGAAATTT--ACTG-ACAAT-TT--G-T----AC----TTTTCTT--GTAATAATTTGAAAACATTA-----------------TGAAGCTC-AAACA--TTTTTGATGAT-C--GATTTGATCTTG--GCT-TAACGCAGTcaacattttctctgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATGATGCAAAATGCATGAAAACAAAGCCATATTTCACATAAATGATTCACAATACAAAACATAAATGAATACTTCAGGTAAAAACAAACATCTTAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAATCTGTTCTATTAAAACAATCTTCTGTTAAACCAAAGGAATC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 333333 1 333 2222 11 111 11 1 5555555555555 1 444444444444444 11111111111 1 2222 3333333333333333 44444444444 11111 555555555555555555555555555555 11111111 1111111111 111
lowQualScore : 1 5 5 1 1 5 5 888888 2 999 4444 7 88 1 777 999 3 00 1 1 11 1 88 33 33 1 0 777 3 4444444444444 1 0 0 555555555555555 88888888888 2 0 8 0 1 7777 3333 3333333333333333 88 11 1 8 22222222222 555 6 66666 4 666666666666666666666666666666 777 99999999 4 77 333 3 9999999999 7777 0 44 222 1 2 55 3 77 8888 0 66 4
lowQualScore : . . . . . . . ...... . ... .... . .. . ... ... . .. . . .. . .. .. .. . . ... . ............. . . . ............... ........... . . . . . .... .... ................ .. .. . . ........... ... . ..... . .............................. ... ........ . .. ... . .......... .... . .. ... . . .. . .. .... . .. .
lowQualScore : 0 0 5 0 0 5 0 333333 0 000 0000 3 33 0 777 333 7 55 0 0 55 0 88 55 55 0 0 000 2 0000000000000 0 8 0 888888888888888 00000000000 5 0 8 2 4 2222 6666 8888888888888888 88 66 0 0 66666666666 444 0 77777 0 777777777777777777777777777777 000 77777777 0 88 777 3 4444444444 1111 7 22 222 3 8 22 1 99 5555 1 11 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTT--TAA-----AAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
Reference ( family-1051 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTT--TGA-----AAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|1 : ACACTTCTGTTTTAACTTTGATTG-GAAACTATTAAACTTTTA-ATGCTGGCAATTTAATTTGAGCAGGATTT-----GAT--AACACTCTTTTGT--TTGGTATATCCTTTAACTAAA-A-TTAATTTACAATGATCCTCATTGTAAATGTTCGTATAATTACAATTAAAATGTCTCAGATTTT-GATCAACGAGACATTTATA-GAAATGTTTATTTCACAGTGCC--AGATCTATAGTTATTTGACAA-TT-A--------CCAA-GAAACGAATGAAAAC-AGGCAA-TATAAAATCAATAATATA---CTGAATTAAAAT---GATTGCTTTAA-TATTT-AATACAGTT-GATT--TAATAGAAAAAAAAACATTTAA-----GAAACAACTGCA-G---CA------A-------TTCAAAG--AATGA-TA--A-----TA-ATTATGGTAATTT-TCCCA-AAAAT-T---G-T----AA----TTTTTGT--GGAATAATTTGAAAACATCCT-AGACTCGAAACATTATGAAACTC-TAGCA--TTTTAAATGGTTT--GAGCTAACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|10 : tataaaacaatctacaatacatactagcacacctagtatattcaagaaatctgtgtggtcttgaacaattctgttcacatttcatatatgctttacaggtatttagatgttttgagcatcagaaactcaaaaactcaaggtatcatgatgacagtccctatttttcatataaaaaataaaaattgttggactcgaggacatacatttacgtgatggaagtgttattttacctagtttgtttgtgtgtcAGACAACGGCATA---TGTTTTTTA-------TTCCAAC--AATGC-TA--G------A-AACAAAGTTATGT-TCGTG-GAAATGT---G-T----AT----TT-------GCCA-------AAAACATCGTGAAACTCGAGATATCGTGAAATTC-GA
gi|11 : caattacAATAT-TCCTG-AAAAT-TA--G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTAAAAACATCTG-AGAGTTGAAACATTGTGAAAGTC-AAGCA--TATTAGATGGTCTAAGAGT-GACC
gi|12 : ataaaattataTT-TCCC--AAAAT-T---T-T----ATAAATTTTTCGT--GCAATAATCTGAAAACATTGA-AAACTTGTAACATGATGAAACTC-AGGTA--TTTTTAATGTTCC--AGACCGATCTCA--AGT-TTTCaga
gi|14 : -----TA-AACAGGACAATTTATCATG-AAAAT-TT--G-T----AG----CTTTCAT--GAAACATTTCCAAAACATTTG-AAACTC-AAGCACTGT
gi|15 : actgTTCGT--GCAATAATTTGAAAATATTAC-AAACTCGAAGCATCGGGAGATTC-GGGCA--TTTttg
gi|16 : taACTC-TAGTA--TTTTTGATGGTCC--TAGTCGACCTTG--AGT-TGTCACATTTca
gi|2 : ACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATTTGCACAAGATTTCCTTTGATT-G-CATCTTTTTATAATCAGTATATCACTTAATTACATA-TTGATTTG--ATGTTTGTTATTGTAAATGGTAAAATTATTAAAACTGTATTGTCTCAGATTAT--ATT-ATG---TACTTACATGA------TAT---ACAGT-----AGAC----AGTTATCGAGTAA-TT-AAGAAATGCC--GTAAAATGGATGAAAACAAAGCAATTGTCAAATAAACAATACA----------AACAT---GA-----------ATTC--ATACTTTT-GGT-----------AAAAAGATATTTTA-----AAAAAAAtcactgtac
gi|2 : tctgcatgtagcatAA-----AAAATAAAAGCA-G---C------------------------AATGC-TA--------TA-AACAAGATAATTT-TCCTGCAGAAT-T---G-T----AT----TTTTCAT--GCAGTTATTTAAAA--ATC------------------TGGAACTC-GAGCA--TTTTTCTTGGTCC--GAGTCGAC--TG--AGT-AATCACAGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaaataaaagcagcaatgctataaacaagataattttcctgcagaattgtatttttcatgcagttatttaaaaatctggaactcgagcatttttcttggtccgagtcgactgagtaatcacagtttcactgt
gi|3 : tctgcatgtagcatacacctctgtcttaatactattgtgatgctattggagctctatatctgtaatttgcacaagatttcctttgattgcatctttttataatcagtatatcacttaattacatattgatttgatgtttgttattgtaaatggtaaaattattaaaactgtattgtctcagattatattatgtacttacatgatatacagtagacagttatcgagtaattaagaaatgccgtaaaatggatgaaaacaaagcaattgtcaaataaacaatacaaacatgaattcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacTCTAATTATTTCATTTGTATTGTCCCAGATATT-TACAAGTGAGACTTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-------AC----AGTTGTTGGGGAA-TTTA--------C--A-AAGGC------------AGCAA-AAGAAATT----AATATT---TTGTTTTAAAAA---AAATGA---AA-TACAA-AA-ATATTT-GATTAGTAA-----AAATAAATAGTAAACAATAAAAATAACAGTA-----CG------A-------C----AT--AAGCA-TA--AAGTTGCA-AACAAGGTAATTT--CCTG-AAATA-G---G-T----AT----TTTTTGT--GCAATAATTTGAAAACATTTA-AGACTCGAAACATCTTAAAACTT-CAATG--TTTTTGATAGTGG--GTGTTGAACTCGGAACTGTATCGCAATTtcactgt
gi|4 : AATAAA----TGAAATAAAATACAGATTAA---AAATATTTTAAT-CAGTTTGGTC--TGC-----CAAA---CATTTAA-----AAG-CAATGATA-GAGGTG------A-------TTTAATC--AATTTATG--A-----TACAGCAAAGTAATTT-TTTTT-TAAAT-TTATA-TTTAAAT----TTTTCATATGCAATAATTTGAAAACATTGG-AAACTGGAAACTTTGTGAAACTG-GAGCAT-TTTTTGATGGTTT--GAGTCGACATCG--TGT-TTTCAAGGTTtgcattttcttataacaaacgtatttgatgcagtatgt
gi|5 : aactgaataaaaacgtaccacattcctAACAACAGCA-G---TG--------------TTTAAATCCAATAA-TGCCA-----TA-AACGAGGCAATAT-TCTTG-GAAAT-TT--A-T----AT----TTTTCAT--GTAATAATTTGAAAACAGCTA-AAACCC-AGGCATCATCAAACTCAGAGCA--TTTCTGTTCATC-----GTCAGCCTCG--AGT-CATCACAGtc
gi|6 : accat------TAATCTGAGCC---TTTG-TTTGATTGAAC-TTCTTTTGG--TCGTCATTTCCATTAATTAAA-AATTAATT-GCAATGATCATCACTATAAATATTTGAATAACTAAAATTTCATTGAATCAGATTGTGGATCAATGAAATTTTTACA-AAAGAGTTTAATTCACAGT--TCAAAAT----AGCAATTTGGTAACTT-A--------C--A-AAAACAAAC-ATAAC-AA--AA-TATagacatattaaaagaacctgtaaatccattctgtcaacatttataattatctgtgaatcaagctggaaac
gi|7 : ATAAAAGCAACAAAACAAACCTGAATGAAAAT---GGTTGC--------TTT-AATACAATT-GGTT--T-A-----GAGAACTCATT-AT-----AAAGCAACTGCG-A---CG------AGGTATTTTTCACAG--AATTT-TA--------TA-AGCAAGTTG-TTT-CTTCG-A-----------------T----TTTATGT--GCAACCATTTAAATACACCCT-AGACTCGAAACATCGCAATACAC-GAACAACTTTTT
gi|8 : caatatttaAAAA--AATAT-TA--A-----AA-AGCAA--CAGCTG---CAG-AAAAT-T---GGT----AC----TTTTCTT--ACAAAAAATTGAAAACGTCTC-ATACTCAATACAT-ATGAAACTT-GAGTA--TTTCTGTTGGTCC--ATGTCAACCTCG--AGT-TAttatc
gi|9 : --A-----TT-AACAAGGAAATTT--ACTG-ACAAT-TT--G-T----AC----TTTTCTT--GTAATAATTTGAAAACATTA-----------------TGAAGCTC-AAACA--TTTTTGATGAT-C--GATTTGATCTTG--GCT-TAACGCAGTcaacattttctctgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATGATGCAAAATGCATGAAAACAAAGCCATATTTCACATAAATGATTCACAATACAAAACATAAATGAATACTTCAGGTAAAAACAAACATCTTAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAATCTGTTCTATTAAAACAATCTTCTGTTAAACCAAAGGAATC
Alignments
lowQualScore : 1 1 1 1 333333 1 333 2222 11 111 11 1 5555555555555 1 444444444444444 11111111111 1 2222 3333333333333333 33333333333 111 11111 555555555555555555555555555555 11111111 1111111111 111
lowQualScore : 1 5 5 1 1 5 5 888888 2 999 4444 7 88 1 777 999 3 00 1 1 11 1 88 33 33 1 0 777 3 4444444444444 1 0 0 555555555555555 88888888888 2 0 8 0 1 7777 3333 3333333333333333 88 11 1 8 33333333333 555 6 66666 4 666666666666666666666666666666 777 99999999 4 77 333 3 9999999999 7777 0 44 222 1 2 55 3 77 8888 0 66 4
lowQualScore : . . . . . . . ...... . ... .... . .. . ... ... . .. . . .. . .. .. .. . . ... . ............. . . . ............... ........... . . . . . .... .... ................ .. .. . . ........... ... . ..... . .............................. ... ........ . .. ... . .......... .... . .. ... . . .. . .. .... . .. .
lowQualScore : 0 0 5 0 0 5 0 333333 0 000 0000 3 33 0 777 333 7 55 0 0 55 0 88 55 55 0 0 000 2 0000000000000 0 8 0 888888888888888 00000000000 5 0 8 2 4 2222 6666 8888888888888888 88 66 0 0 00000000000 222 0 77777 0 777777777777777777777777777777 000 77777777 0 88 777 3 4444444444 1111 7 22 222 3 8 22 1 99 5555 1 11 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTT--TAA-----AAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
Reference ( family-1051 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTT--TAA-----AAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|1 : ACACTTCTGTTTTAACTTTGATTG-GAAACTATTAAACTTTTA-ATGCTGGCAATTTAATTTGAGCAGGATTT-----GAT--AACACTCTTTTGT--TTGGTATATCCTTTAACTAAA-A-TTAATTTACAATGATCCTCATTGTAAATGTTCGTATAATTACAATTAAAATGTCTCAGATTTT-GATCAACGAGACATTTATA-GAAATGTTTATTTCACAGTGCC--AGATCTATAGTTATTTGACAA-TT-A--------CCAA-GAAACGAATGAAAAC-AGGCAA-TATAAAATCAATAATATA---CTGAATTAAAAT---GATTGCTTTAA-TATTT-AATACAGTT-GATT--TAATAGAAAAAAAAACATTTAA-----GAAACAACTGCA-G---CA------A-------TTCAAAG--AATGA-TA--A-----TA-ATTATGGTAATTT-TCCCA-AAAAT-T---G-T----AA----TTTTTGT--GGAATAATTTGAAAACATCCT-AGACTCGAAACATTATGAAACTC-TAGCA--TTTTAAATGGTTT--GAGCTAACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|10 : tataaaacaatctacaatacatactagcacacctagtatattcaagaaatctgtgtggtcttgaacaattctgttcacatttcatatatgctttacaggtatttagatgttttgagcatcagaaactcaaaaactcaaggtatcatgatgacagtccctatttttcatataaaaaataaaaattgttggactcgaggacatacatttacgtgatggaagtgttattttacctagtttgtttgtgtgtcAGACAACGGCATA---TGTTTTTTA-------TTCCAAC--AATGC-TA--G------A-AACAAAGTTATGT-TCGTG-GAAATGT---G-T----AT----TT-------GCCA-------AAAACATCGTGAAACTCGAGATATCGTGAAATTC-GA
gi|11 : caattacAATAT-TCCTG-AAAAT-TA--G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTAAAAACATCTG-AGAGTTGAAACATTGTGAAAGTC-AAGCA--TATTAGATGGTCTAAGAGT-GACC
gi|12 : ataaaattataTT-TCCC--AAAAT-T---T-T----ATAAATTTTTCGT--GCAATAATCTGAAAACATTGA-AAACTTGTAACATGATGAAACTC-AGGTA--TTTTTAATGTTCC--AGACCGATCTCA--AGT-TTTCaga
gi|14 : -----TA-AACAGGACAATTTATCATG-AAAAT-TT--G-T----AG----CTTTCAT--GAAACATTTCCAAAACATTTG-AAACTC-AAGCACTGT
gi|15 : actgTTCGT--GCAATAATTTGAAAATATTAC-AAACTCGAAGCATCGGGAGATTC-GGGCA--TTTttg
gi|16 : taACTC-TAGTA--TTTTTGATGGTCC--TAGTCGACCTTG--AGT-TGTCACATTTca
gi|2 : ACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATTTGCACAAGATTTCCTTTGATT-G-CATCTTTTTATAATCAGTATATCACTTAATTACATA-TTGATTTG--ATGTTTGTTATTGTAAATGGTAAAATTATTAAAACTGTATTGTCTCAGATTAT--ATT-ATG---TACTTACATGA------TAT---ACAGT-----AGAC----AGTTATCGAGTAA-TT-AAGAAATGCC--GTAAAATGGATGAAAACAAAGCAATTGTCAAATAAACAATACA----------AACAT---GA-----------ATTC--ATACTTTT-GGT-----------AAAAAGATATTTTA-----AAAAAAAtcactgtac
gi|2 : tctgcatgtagcatAA-----AAAATAAAAGCA-G---C------------------------AATGC-TA--------TA-AACAAGATAATTT-TCCTGCAGAAT-T---G-T----AT----TTTTCAT--GCAGTTATTTAAAA--ATC------------------TGGAACTC-GAGCA--TTTTTCTTGGTCC--GAGTCGAC--TG--AGT-AATCACAGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaaataaaagcagcaatgctataaacaagataattttcctgcagaattgtatttttcatgcagttatttaaaaatctggaactcgagcatttttcttggtccgagtcgactgagtaatcacagtttcactgt
gi|3 : tctgcatgtagcatacacctctgtcttaatactattgtgatgctattggagctctatatctgtaatttgcacaagatttcctttgattgcatctttttataatcagtatatcacttaattacatattgatttgatgtttgttattgtaaatggtaaaattattaaaactgtattgtctcagattatattatgtacttacatgatatacagtagacagttatcgagtaattaagaaatgccgtaaaatggatgaaaacaaagcaattgtcaaataaacaatacaaacatgaattcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacTCTAATTATTTCATTTGTATTGTCCCAGATATT-TACAAGTGAGACTTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-------AC----AGTTGTTGGGGAA-TTTA--------C--A-AAGGC------------AGCAA-AAGAAATT----AATATT---TTGTTTTAAAAA---AAATGA---AA-TACAA-AA-ATATTT-GATTAGTAA-----AAATAAATAGTAAACAATAAAAATAACAGTA-----CG------A-------C----AT--AAGCA-TA--AAGTTGCA-AACAAGGTAATTT--CCTG-AAATA-G---G-T----AT----TTTTTGT--GCAATAATTTGAAAACATTTA-AGACTCGAAACATCTTAAAACTT-CAATG--TTTTTGATAGTGG--GTGTTGAACTCGGAACTGTATCGCAATTtcactgt
gi|4 : AATAAA----TGAAATAAAATACAGATTAA---AAATATTTTAAT-CAGTTTGGTC--TGC-----CAAA---CATTTAA-----AAG-CAATGATA-GAGGTG------A-------TTTAATC--AATTTATG--A-----TACAGCAAAGTAATTT-TTTTT-TAAAT-TTATA-TTTAAAT----TTTTCATATGCAATAATTTGAAAACATTGG-AAACTGGAAACTTTGTGAAACTG-GAGCAT-TTTTTGATGGTTT--GAGTCGACATCG--TGT-TTTCAAGGTTtgcattttcttataacaaacgtatttgatgcagtatgt
gi|5 : aactgaataaaaacgtaccacattcctAACAACAGCA-G---TG--------------TTTAAATCCAATAA-TGCCA-----TA-AACGAGGCAATAT-TCTTG-GAAAT-TT--A-T----AT----TTTTCAT--GTAATAATTTGAAAACAGCTA-AAACCC-AGGCATCATCAAACTCAGAGCA--TTTCTGTTCATC-----GTCAGCCTCG--AGT-CATCACAGtc
gi|6 : accat------TAATCTGAGCC---TTTG-TTTGATTGAAC-TTCTTTTGG--TCGTCATTTCCATTAATTAAA-AATTAATT-GCAATGATCATCACTATAAATATTTGAATAACTAAAATTTCATTGAATCAGATTGTGGATCAATGAAATTTTTACA-AAAGAGTTTAATTCACAGT--TCAAAAT----AGCAATTTGGTAACTT-A--------C--A-AAAACAAAC-ATAAC-AA--AA-TATagacatattaaaagaacctgtaaatccattctgtcaacatttataattatctgtgaatcaagctggaaac
gi|7 : ATAAAAGCAACAAAACAAACCTGAATGAAAAT---GGTTGC--------TTT-AATACAATT-GGTT--TAG-----AGAACT-CATT-AT-----AAAGCAACTGCG-A---CG------AGGTATTTTTCACAG--AATTT-TA--------TA-AGCAAGTTG-TTT-CTTCG-A-----------------T----TTTATGT--GCAACCATTTAAATACACCCT-AGACTCGAAACATCGCAATACAC-GAACAACTTTTT
gi|8 : caatatttaAAAA--AATAT-TA--A-----AA-AGCAA--CAGCTG---CAG-AAAAT-T---GGT----AC----TTTTCTT--ACAAAAAATTGAAAACGTCTC-ATACTCAATACAT-ATGAAACTT-GAGTA--TTTCTGTTGGTCC--ATGTCAACCTCG--AGT-TAttatc
gi|9 : --A-----TT-AACAAGGAAATTT--ACTG-ACAAT-TT--G-T----AC----TTTTCTT--GTAATAATTTGAAAACATTA-----------------TGAAGCTC-AAACA--TTTTTGATGAT-C--GATTTGATCTTG--GCT-TAACGCAGTcaacattttctctgt
blockSeqs : A . T T G T . . A CCT TGAA A AA C TA TG G T A GT A GG AA AG A T AGT T TCAAAAT G C AAGAAATGCCGT GGATGAAAACA G T A C AACC TTTT ACAGATTAAAAAT TA TA T T TAGTAA AGA T CAATA G TATGTTTTTTATTCCAAC TTA AAGTTG C AT TGC G TATATTTAA AAAT AT GTG A G CG A AC CTAA GA G
blockSeqs : . . GT TG . . A AA GC A T C GT T T CA AA T . AGA T AGAC G . TACA AAACATAAC G . C T T AAAT AAATGAAAT A TA T . CTGC AAA A . A ACGAGGTATTTTTCACAG GC CCA . T TG . AGT . . TG G G TG . T CC . .
blockSeqs : A A TC G . T . T . . . AC T . ACA . . . . A . AATG GGTTGC A A G . TTAG CT T . A GAGGTGATTTAATC GC G . T TG . TGT . . GA A G GA . . CC . .
blockSeqs : C . . GA . T A . . . . . G GTGTTTAAATCC CA A . T TG . TAT . . TG A G TG . . CC . .
blockSeqs : . A CGACAT AA A . T TG . GGT . . AC A G CG . . GG . .
blockSeqs : T GC TT A . T TT . TGT . . TA G G CT . . TT . .
blockSeqs : AT . . T TG . GT . . GG A G TG . . CC . .
blockSeqs : . . C CG . TT . . TA A A CA . . C . .
blockSeqs : . . AG . GT . . CT G . CG . . C
blockSeqs : . TG . GT . . TC T . A . .
blockSeqs : . C . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : **** GGTGC*********** CTG******** GAGTGTTTTAATCC**************** TGT*******
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA---CTGAATTAAAAT---GATTGN---AA-TATTT-AATACANTT-GGTT--TAA-----AAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCA-G---CG------A-------TTCAAAN--AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-T---G-T----AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AGAC----AGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TATAAAATCAACAATACA----TGAATTAAAATGGTGC-----------ATTT-AATACANTT-GGTCTG--------AAAAAAACATTTAA-----AAAACAACGGCAGAGTGTTTTAATCC----------------AATNN-TA--A-----TA-AACAAGGTAATTT-TCCCG-AAAAT-TTGT-------AT----TTTTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATGATGCAAAATGCATGAAAACAAAGCCATATTTCACATAAATGATTCACAATACAAAACATAAATGAATACTTCAGGTAAAAACAAACATCTTAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAATCTGTTCTATTAAAACAATCTTCTGTTAAACCAAAGGAATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 1 333333 1 333 2222 11 111 11 1 66666666666 1 444444444444444 1 1 333333333333 1 1 00000000000000000000000000000 1 555555555555555555555555 1 6666666666666666666666 1111111 111
lowQualScore : 1 5 5 1 1 5 5 888888 2 999 4444 7 88 1 777 999 3 00 1 1 11 1 88 33 33 1 0 777 3 55555555555 1 0 0 555555555555555 6 6 0 99 0 444444444444 0 3 22222222222222222222222222222 0 44 8 333333333333333333333333 8 0 66 5555555555555555555555 77 22 6666666 3 55 44 888888 0 44 222 1 2 55 3 77 8888 0 66 4
lowQualScore : . . . . . . . ...... . ... .... . .. . ... ... . .. . . .. . .. .. .. . . ... . ........... . . . ............... . . . .. . ............ . . ............................. . .. . ........................ . . .. ...................... .. .. ....... . .. .. ...... . .. ... . . .. . .. .... . .. .
lowQualScore : 0 0 5 0 0 5 0 333333 0 000 0000 3 33 0 777 333 7 55 0 0 55 0 88 55 55 0 0 000 2 00000000000 0 8 0 888888888888888 5 5 0 00 0 222222222222 0 2 22222222222222222222222222222 6 88 0 888888888888888888888888 0 0 99 7777777777777777777777 99 00 7777777 6 99 66 888888 7 22 222 3 8 22 1 99 5555 1 11 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AG----ACAGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TAT------------AAAATNAACAATACA----TGAATTAAAATGA-T-GC------ATTTAATACAGTT-GGTTT------AAAAA--------AAACATT-TAAAA-AACA--ACGGCA-GA-G-TGTTTTAATC-C----A--ATNATG--ATA--AACAAGGTAATTT-TCCTGAAAATTTGTA--TTT------TTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
Reference ( family-1051 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACCTCTGTCTTAACNCTGATTGTGANGCTATTGGANCTCTATATGCTG------TAATTTGAGCAGGATTT--TTTGATT-AACATTCTTTTGT--TCGGTATATCCNTTAATTAAA-A-TTAATTTGCAATGATCGTCATTGTAAATGTTCGAATNATTANAATTGTATTGTCTCAGATTNT-GATCAATGAGACNTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT--C--AG----ACAGTTATTNGGTAA-TT-A--------C--A-AAAACGAACGAAAAC-AAGCAA-TAT------------AAAATCAACAATACA----TGAATTAAAATGG-T-GC------ATTTAATACANTT-GGTCT------GAAAA--------AAACATT-TAAAA-AACA--ACGGCA-GA-G-TGTTTTAATC-C----A--ATNNTA--ATA--AACAAGGTAATTT-TCCCGAAAATTTGTA--TTT------TTCGT--GCAATAATTTGAAAACATCNN-AAACTCGAAACATCGTGAAACTC-GAGCA--TTTTTGATGGTCC--GAGTCGACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|1 : ACACTTCTGTTTTAACTTTGATTG-GAAACTATTAAACTTTTA-ATGCTGGCAATTTAATTTGAGCAGGATTT-----GAT--AACACTCTTTTGT--TTGGTATATCCTTTAACTAAA-A-TTAATTTACAATGATCCTCATTGTAAATGTTCGTATAATTACAATTAAAATGTCTCAGATTTT-GATCAACGAGACATTTATA-GAAATGTTTATTTCACAGTGCC--AGATCTATAGTTATTTGACAA-TT-A--------CCAA-GAAACGAATGAAAAC-AGGCAA-TAT------------AAAATCAATAATATAC---TGAATTAAAATGATT-GCTTTAATATTTAATACAGTT-GATTTAATAGAAAAAA--------AAACATT-TAAGA-AACA--ACTGCA-G---------CAATT-CAAAGA--ATGATA--ATA--ATTATGGTAATTT-TCCCAAAAA-TTGTA--ATT------TTTGT--GGAATAATTTGAAAACATCCT-AGACTCGAAACATTATGAAACTC-TAGCA--TTTTAAATGGTTT--GAGCTAACCTCG--AGT-TATCGCAGTT
gi|10 : tataaaacaatctacaatacatactagcacacctagtatattcaagaaatctgtgtggtcttgaacaattctgttcacatttcatatatgctttacaggtatttagatgttttgagcatcagaaactcaaaaactcaaggtatcatgatgacagtccctatttttcatataaaaaataaaaattgttggactcgaggacatacatttacgtgatggaagtgttattttacctagtttgtttgtgtgtcA-GACA--ACGGCA-TATG-TTTTTTATTC-C----A--ACAATG--CTAGAAACAAAGTTATGT-TCGTGGAAATGTGTA--TTT-------------GCCA-------AAAACATCGTGAAACTCGAGATATCGTGAAATTC-GA
gi|11 : caattacAATAT-TCCTGAAAATTAGTA--TTT------TTCGT--GCAATAATTTAAAAACATCTG-AGAGTTGAAACATTGTGAAAGTC-AAGCA--TATTAGATGGTCTAAGAGT-GACC
gi|12 : ataaaattataTT-TCCCAAAATTTTATAAATTT------TTCGT--GCAATAATCTGAAAACATTGA-AAACTTGTAACATGATGAAACTC-AGGTA--TTTTTAATGTTCC--AGACCGATCTCA--AGT-TTTCaga
gi|14 : TA--AACAGGACAATTTATCATGAAAATTTGTA--GCT------TTCAT--GAAACATTTCCAAAACATTTG-AAACTC-AAGCACTGT
gi|15 : actg------TTCGT--GCAATAATTTGAAAATATTAC-AAACTCGAAGCATCGGGAGATTC-GGGCA--TTTttg
gi|16 : taACTC-TAGTA--TTTTTGATGGTCC--TAGTCGACCTTG--AGT-TGTCACATTTca
gi|2 : ACACCTCTGTCTTAATACT-ATTGTGATGCTATTGGAGCTCTATAT-CTG------TAATTTGCACAAGATTTCCTTTGATT-G-CATCTTTTTATAATCAGTATATCACTTAATTACATA-TTGATTTG--ATGTTTGTTATTGTAAATGGTAAAATTATTAAAACTGTATTGTCTCAGATTAT--ATT-ATG---TACTTACATGA------TAT---ACAGT-----AG----ACAGTTATCGAGTAA-TT-AAGAAATGCC--GTAAAATGGATGAAAACAAAGCAATTGT------------CAAATAAACAATACA----------AACATG------------AATTCATACTTTT-GGT---------AAAA--------AGATATT-TTAAA-AAAA--Atcactgtac
gi|2 : tctgcatgtagcatAAAA-AATA--AAAGCA-G---------------C----A--ATGCTA---TA--AACAAGATAATTT-TCCTGCAGAATTGTA--TTT------TTCAT--GCAGTTATTTAAAA--ATC------------------TGGAACTC-GAGCA--TTTTTCTTGGTCC--GAGTCGAC--TG--AGT-AATCACAGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacaaaaaataaaagcagcaatgctataaacaagataattttcctgcagaattgtatttttcatgcagttatttaaaaatctggaactcgagcatttttcttggtccgagtcgactgagtaatcacagtttcactgt
gi|3 : tctgcatgtagcatacacctctgtcttaatactattgtgatgctattggagctctatatctgtaatttgcacaagatttcctttgattgcatctttttataatcagtatatcacttaattacatattgatttgatgtttgttattgtaaatggtaaaattattaaaactgtattgtctcagattatattatgtacttacatgatatacagtagacagttatcgagtaattaagaaatgccgtaaaatggatgaaaacaaagcaattgtcaaataaacaatacaaacatgaattcatacttttggtaaaaagatattttaaaaaaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacTCTAATTATTTCATTTGTATTGTCCCAGATATT-TACAAGTGAGACTTTTACA-GAAGTGTTTATTTCACAGT-----------ACAGTTGTTGGGGAA-TTTA--------C--A-AAGGC-AGCAAAAGA-AATTAA-TATTTTGTTTTAAAAAAAATGAA--ATACA----------AAAAT-------------ATTTGAT-----T-AGT--------AAAAATAAATAGTAAACAAT-AAAAATAACAGTACGACATAA-G-CAT---AA--------A--GTTGCA--A-----ACAAGGTAATTT--CCTGAAA-TAGGTA--TTT------TTTGT--GCAATAATTTGAAAACATTTA-AGACTCGAAACATCTTAAAACTT-CAATG--TTTTTGATAGTGG--GTGTTGAACTCGGAACTGTATCGCAATTtcactgt
gi|4 : AT------------GAAAT-AA-AATACA------GATTAAAAATA-T----------TTTAAT-CAGTTTGGTCT------GCCAA--------A--CATT-TAAAA-G-CA--ATGATA-GA-GGTGATTTAATC-A----A--TTTATG--ATAC-AGCAAAGTAATTT-TTTTTTAAATTTATA--TTTAAATTTTTCATATGCAATAATTTGAAAACATTGG-AAACTGGAAACTTTGTGAAACTG-GAGCAT-TTTTTGATGGTTT--GAGTCGACATCG--TGT-TTTCAAGGTTtgcattttcttataacaaacgtatttgatgcagtatgt
gi|5 : aactgaataaaaacgtaccacattcctaataa-AACA--ACAGCA-G----TGTTTAAATC-C----A--ATAATGCCATA--AACGAGGCAATAT-TCTTGGAAATTTATA--TTT------TTCAT--GTAATAATTTGAAAACAGCTA-AAACCC-AGGCATCATCAAACTCAGAGCA--TTTCTGTTCATC-----GTCAGCCTCG--AGT-CATCACAGtc
gi|6 : accat------TAATCTGAGCC---TTTG-TTTGATTGAAC-TTCTTTTGG--TCGTCATTTCCATTAATTAAA-AATTAATT-GCAATGATCATCACTATAAATATTTGAATAACTAAAATTTCATTGAATCAGATTGTGGATCAATGAAATTTTTACA-AAAGAGTTTAATTCACAGT--TCAAA----ATAGCAATTTGGTAACTT-A--------C--A-AAAACAAAC-ATAAC-AA--AA-TAT------------agacatattaaaagaacctgtaaatccattctgtcaacatttataattatctgtgaatcaagctggaaac
gi|7 : AT------------AAAAGCAACAAAACAAACCTGAATGAAAATGG-TTGC-------TTTAATACAATT-GGTTT------AGAGA--------ACTCATTATAAAGCAACT--GCGACG-AG-G-TATTTT--TCAC----AGAATTTTA---TA--AGCAAGTTG--TT-TC-------TTCG-A--TTT------TATGT--GCAACCATTTAAATACACCCT-AGACTCGAAACATCGCAATACAC-GAACAACTTTTT
gi|8 : caatatttaGAAAATTGGTA--CTT------TTCTT--ACAAAAAATTGAAAACGTCTC-ATACTCAATACAT-ATGAAACTT-GAGTA--TTTCTGTTGGTCC--ATGTCAACCTCG--AGT-TAttatc
gi|9 : aaaaaatattaaaaagcaacagctgca--ATT--AACAAGGAAATTT--ACTGACAATTTGTA--CTT------TTCTT--GTAATAATTTGAAAACATTA-----------------TGAAGCTC-AAACA--TTTTTGATGAT-C--GATTTGATCTTG--GCT-TAACGCAGTcaacattttctctgt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATGATGCAAAATGCATGAAAACAAAGCCATATTTCACATAAATGATTCACAATACAAAACATAAATGAATACTTCAGGTAAAAACAAACATCTTAAAAA
Unaligned ( gi|17 ): AGTAATCTGTTCTATTAAAACAATCTTCTGTTAAACCAAAGGAATC