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gi|6 : taaaaAAAAA-ACTGTACTTTAAGAC-----------------CAGAGTGTGAGACACAAGCTTGACCTGTACCTTAAT----GTCGTCTGTTTCCAGAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAGATTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGATTAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTATGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCTCAGATATGTG-TTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---CCTCTGA---A-TTGCAAATAGTGACTta
gi|7 : GTTAAAAT-ACTGTACTTTACGACTGTCAGCTGACATTAACCAGAGTGTGAGACCCAATCTTGACCTGTACCTTTAT----GTCCTCTGTTTCCGAAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATAAGATTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGTTAAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTATGCATGT-----ATTTTTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACAGATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---CCTagt
gi|8 : AATCACTGCAATTTGAGATGGTCAGCTGACACAAACCAGAGTATGAGTGCGATGCTTGACCTTTAC--TAAT----GTCCT-TAATTC---A--------------TATAAACCATTAATCACTACCAACAGCTAATTAGTATTATT-TC-T---ATTAAACATTAAATGATAAGAATGAGGAAGCTGTGTTCGTATATGATTATCCGGGATATACACATAC-----ATT--TAG-------GTCAATTATT--AAGCATTCTCTGAACATAAAA-GA---TCACCGTGAAGGAAGAATTGCTCCACAAGTATGTGTTTTTGAATGT-------AC----TAAA-CCCAG---CCTCTGACTGATTTACAAACA
gi|9 : ttAT-ACTGTACTTTAAGACGGTCAGCTGACACTAACCAGAGCATGAAACCCATACTTGACCTCTACCTTTTTCTTTGTCCTTTGCTTCAGAAA----GTGTGTGTTTAGATACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTATAGTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATTATTAGAA-GGGG-----ATG------TATG-----------------CATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCGCTTCTC--AAGCTTCGTCTTAATAGTAAT-CC---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACA-------GTTTTTGAATAT-------AT----TAAA-GACAG---CCTCTGA---A-TTACAAATAGTG
blockSeqs : C G C C T T CTTT A CTTTA T T A G G TTA T A C . T TT T TCG T ATAAGCA TAAA CGA CTG T
blockSeqs : . T T A C T . A AA T A A . . . T A T . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . T C C T G . C G C G A . . . A C T . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . G C A T G . A C C T G . . . A C T . . . . . T . . . . .
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blockSeqs : . . . T T . . A T . . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . T C . . . . . . . . .
blockSeqCons : *****
originalCons : GTTAAAAT-ACTGTACTTTAAGACGGTCAGCTGACACTAACCAGAGCGTGAGACCCANGCTTGACCTNTACCTTAAT----GTCCTCTGTTTCCGAAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAGANTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGATNAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTACGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACAGATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---CCTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
finalCons : GTTAAAAT-ACTGTACTTTAAGACGGTCAGCTGACACTAACCAGAGCGTGAGACCCANGCTTGACCTNTACCTTAAT----GTCCTCTGTTTCCGAAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAGANTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGATNAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTACGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACAGATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---CCTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
Alignments
lowQualScore : 11111
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lowQualScore : . . . . . . . .... . ..... . . . . . ... . . . ..... . .. . ... . ....... .... . ... ... .
lowQualScore : 3 4 2 5 0 0 3 1111 1 44444 1 0 1 3 3 888 4 5 0 77777 1 22 1 000 1 3333333 1111 1 000 444 1
consensus : GTTAAAAT-ACTGTACTTTAAGACGGTCAGCTGACACTAACCAGAGCGTGAGACCCANGCTTGACCTNTACCTTAAT----GTCCTCTGTTTCCGAAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAGANTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGATNAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTACGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACAGATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---CCTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
Reference ( family-10173 ) : GTTAAAAT-ACTGTACTTTAAGACGGTCAGCTGACACTAACCAGAGCGTGAGACCCANGCTTGACCTNTACCTTAAT----GTCCTCTGTTTCCGAAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAGANTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGATNAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTACGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACAGATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---CCTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
gi|1 : GTTAAAAT-ACTGTACTTGAAGACTTTCAGCTGACATTAACCAGAGTGTGAAACCCAAGCTTGACCTGTACCTTTAT----GTCCTCTGTTTCCGAAC----GTGTGTGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAGATTTGTT-TT-T---ATTTAGTATTAAATGATTAGAACGGGGAGGCTATGTTATTCAATGATTATCTAGGATGTACGCATGTACCAAATTGGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATCCTCTGAATTGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAAGAATTGTTCCACAGATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAATCCCAG---CCTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
gi|10 : TGAGACCCTTTCTTGACCTTTACCATAAT-------CTATATT----AACTTTAGTGAGTGTTTATTTACCATTAACCACTGCCAACTGCCAATTATAATTGTT-TT-TTTAATTAAGCATTAAATGAT-----TGGGGAGAC--TGTCATTCTATGAATATCTGGGATGTACAAATGT-----ATTTGTAGTTTTTGAATCACTTCTCTTGAACATCCTCTGAATTGTAA---T---TT-TTGTTAA--AAGAATTGTTTCACGATTATGTATTTTTGAATGTATAAGCAAT----TTAACCCCAG---CTTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
gi|11 : AAAT-ATTGTACTTTAAAACGGTCAGCTGACACTGACCAGAACATGTGTCCAACGCTTGACTTTCAACATACT----GTCCTCTAGCTTAAAAG----GCGTGTGTTTATATACC-TTAATTACTAACGACT----AT---AATTG-T-TT-T---ATTAGACATTAAATGATTAGAATACCGAACCTGTACCATCCTATGGTTATCTGGGACGTTTGTATGT-----ACTTtaac
gi|11 : ttT---TCGTCATTAAGGAAGAATTGTTCCACAGCTTTGTGTTTTTTAATGT-------AT----TCAACTCATG---TCTATAA---A-TAACAAACAGAGACTTcgtcattaaggaagaattgttccacagctttgtgttttttaatgtattcaactcatgtctataaataacaaacagagacttatta
gi|12 : ttaaatattgtactttaaaacggtcagctgacactgaccagaacatgtgtccaacgcttgactttcaacatactgtcctctagcttaaaaggcgtgtgtttatataccttaattactaacgactataattgttttattagacattaaatgattagaataccgaacctgtaccatcctatggttatctgggacgtttgtatgtacGTTGAAAT-ACTTAACTTTAAGACTGTCAGCTGACATTAACCAGAGTGTGAGACCCATGCTTGACCTGTACCTTAAT----GTCCTCTGTTTCAGAAC------GTGTGTTGAAACATCATTAATCACTGCCAACTGCCAATTAAAATTGTT-TT-T---ATTTAGTATT-----------ATGGGGAGTCTTTGTTATTCTATGATTCGTTGAGATGTATGTATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATTTCTTCTC--AAGCATCCTCTatta
gi|13 : TGGAGACACTATGATATTTAATGATTCTTTGCGATGTATGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGCATTCTCTGAATAGTAAA-GT---TCGTTATTAAAGAACAATTGTTCCACAGAAATATGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG----ATTTGA---A-TTACAAATAGTGACTTG
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gi|15 : gttaaGTTAAAAA-ATTGTACTTTAAGACGGCCAGCAGACACTTACTAGAGCATGAGACC--AGCTCGACCTCTACCTTTAT----GTTCCCTGTTATAGAAA----ATGTGTTTTTAT-TA-CATTAATattaaattattaaa
gi|16 : tG-TTTTGAATCATTTCTC--AAGTATCCCTAGAATAGTAAATGC---TCGTTATTAAAGAA-AATTGTTCCACAGTTATGT-TTTTT-AATGT-------AT----TATACCCCAG---CCTCTGA---C-TTACAAGTACTGACTTGacctaaatatagt
gi|17 : TCTTAATAGTAAA-GT---ACGTTATTAAATAAGAATTGTTCCACAGATACGTGTTTTTGAATTT-------AT----TAA--TCCAGCGACCTCTGA---A-TTAtag
gi|2 : tGTTAAAAT-ACTGTACTTTAAGACTGTCAGCTGACATTAACCAGAGCGTGAGACCCAAATTTTACCTGTACCTTAAT----GTCCTCTGTTCCCAAAC----GTGTATGTTTATACACCATTAATCACTGCCAACTGCCTAATATATTTGTT-TT-T---ATTTAGTATCAAATGATTAGAATGGGGAGACTATGTTATTCTATGATTCTCTGGGATGTATGCATGT-----ATTTGTAG-TTTTGAATCACTTCTC--AAGAATCCTCTGAATAGTAAA-GT---TTGTTTTTAAAGAAGAATTGTTCCACAAATATGTGTTTTTGAATGT-------AT----TAAACCCCAG---TCTCTGA---A-TTACAAATAGTGACTTGga
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