lowQualScore : 11111111111
lowQualScore : 1 111 111111 1111111 222222222222 1 1 1 11111111 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222222 11111 3333333333333333333333333333333333 111 3333 1111 11 333333333 111 44444444444444444 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 1 1 222 111 1111 1 111 1111 666666666666666666666666666666666666 1 1111 444444444444444444444444 11 3333333333 111 11 66666666666 222 00000000000 1
lowQualScore : 0 66 44 99999 77 3 333 3 2 444444 2 2222222 2 666666666666 44 2 9 3 888 8 6 555 2 33333333 3 44 1 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 1111111111111111111 5 77777 4 00000 3 2 3 7777777777777777777777777777777777 6 3 111 0000 3 3 5 5555 3 3 8 4 33 6 4 777 444444444 666 88888 999 555 00000000000000000 1 4 9999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 66 5 77 5 3 1 5 111 000 2 1 4444 7 5 99 99 222 6 2222 3 666666666666666666666666666666666666 3 2 4444 3 888888888888888888888888 99 11 1 1 0000000000 5 4 5 99 4 5 555 22 88888888888 0 2 2 6 3 4 777 0 4 6 2 6 00000000000 6 6 5
lowQualScore : . .. .. ..... .. . ... . . ...... . ....... . ............ .. . . . ... . . ... . ........ . .. . . .................................................................................................. . ................... . ..... . ..... . . . .................................. . . ... .... . . . .... . . . . .. . . ... ......... ... ..... ... ... ................. . . .... ..................................................................................... . .. . .. . . . . ... ... . . .... . . .. .. ... . .... . .................................... . . .... . ........................ .. .. . . .......... . . . .. . . ... .. ........... . . . . . . ... . . . . . ........... . . .
lowQualScore : 2 99 22 11111 55 6 666 3 1 000000 7 1111111 7 111111111111 22 9 2 1 222 4 5 444 0 22222222 3 66 1 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3333333333333333333 8 77777 1 99999 0 6 1 8888888888888888888888888888888888 2 2 555 2222 0 3 4 5555 6 6 0 0 55 8 0 000 333333333 444 99999 000 666 44444444444444444 9 4 4444 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 11 4 99 9 3 1 7 444 000 2 7 2222 0 8 22 22 555 3 0000 2 000000000000000000000000000000000000 5 2 2222 5 777777777777777777777777 22 55 7 0 3333333333 7 3 2 22 6 8 000 77 00000000000 7 2 2 8 2 5 777 7 0 0 5 0 00000000000 0 0 0
consensus : CACGC--TCAATGTTGAGCATCGC-GG-----CAGGTG-G---GGTGGTGGCA-ACTTGCA-----TA-GATCAAGC-TA---ACA-AAA---A-TAN----CAA--GTAGGT-CTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANGTAAA---ACTATNTACAA----AGN-G-TA--AGGGGTAGCTGT--C----NA-TA---AANAGAATTGA--CAGCA---T--A----CC-CAG---TTCAAG-T-CT-------A------------G-------------AAC-T-----C------------GTTGA-----TAGTCTC----NAAGGACACAGTCTCACATGGAAGGGAA-TTC---N---AT---NA--TGGGATGAT-CCT-T--GGAAAGAAGGGGA--ATTTCAGGNGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-AAAA-G-G--TGGGA-T---GAGGNTGACCTTGAG---GAT-CGCTGGGATTG--GATATGGGACAGA----TGATAAT--N-GTCCTTG-TCA----AT-C---GAGACA-----A----A------A-T------GT-----ATTTTA-AGA-----AAA----A----AG-------AC---TGTTAATATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTACAACAC----CACCTGGCCGCTG--TT--CTCTGCACCATTTCTAACC---GGTATATTTCAGAC--------TG--GG--------C--------TCCAAATTTGGGATGC----AAATTCTAC--C---TGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGG-CACTTG---GTAG-CCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTTCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGATTAT-----TT-GT-GGATGCGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACC-G-GTATTTAGCAGANGTCACANTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAA
Reference ( gi|1 ) : CACTC--TCAATGTTGAGCATCAC-AG-----CAAATG-G---GGTGGTGGCA-ACTTGCA-----CA-GATCAAGC-TA---ACA-AAA---A-TAT----CAA--GTAGGT-CTATGCAAAGTCTCT-A-T-AAAAGGTTAA---ACTATCTACAA----AGG-G-TA--AGGTGTAGCTGT--C----CA--A---AATAGAATTGA--CGGCA---T--T----CC-CAG---TTCAAG-T-CT-------A------------G-------------AAC-T-----C------------GTTAA-----TAGTTTC----CAAAGACACAGTCTCACATGGAAGGGAA-TTC---A---AT---TG--TGGGATGAA-CCT-T--TGAAAGAAAGGGA--ATTTCAGGGGAACCGGTATAGGCAAGGGGTCTCCT----ATACT-G-AAAA-G-G--TGAGA-T---GACAATGATCATGAG---GAT-CACTGGGATTG--GATATGGGACAGA----TGATAAT--A-GTCCTTG-TCA----AT-C---AAGACA-----A----A------A-T------GT-----ATTTTATGGA-----AAA----A----AG-------AC---TGTTAATATCCCTATGATGTTGGAGGGTCAGTCAAGAAAGGTC--TTCAAGCATCTCCCCTTCAT-GGCTTCAATTTCT---CCAACATTTGCAGCAC----CACCAGGCCTCTG--TT--CTCTGCATCATTCCTAACC---AGTATATTTTGGAC--------TG--GG--------C--------TCCAAATTTGGAAAGC----AAATTCTTT--C---TGG-------------GGTCTTAC--TAACATCTTATAAGCCAGG-AATTTA---GTAG-CCTAAGGAGCAAAAGATAAGTTCTTCCCAAGGAAGCCCATGGTTCTGTTGGCTTTAGACGTTAT-----TG-GCTGGATGTGAGTGCCCCAGGATAGCAAGTTATTAAATGAAAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCATACTCTTAAGTA--TTAC--TTAAGTGTGTATTTAAATGAAATTTGGGAATTTTGATGGTGATTTGTAACCCTTTAAGTGTGACATTTGGAGATATTAAATTTCATAAGCCAGGTCTCTTCCCAGGTGACTAGCTTGTCAGTGTCCTCTTGCAGT
gi|3 : CACTCGCTCAATGGTGAGCATCAC-GG-----CAGATG-G---GGTGGTGGCA-ACTTGCA-----TA-GATCAAGC-TA---ATA-AAA---A-AAA----AAA--GTGGGT-CTATGCCAATTTGCT-A-T-AAAATGTAAA---ACTATATACAA----AGT-G-CG--ATGGGTAGCCGT--CAATTCA--ATTAAAAAGAACTGA--CAGTC---T--A----CC-CAA---TTCAAG-T-CT-------AAAACTAAGACTTG-------------AAC-T-----C------------GTTGA-----TAGTCTC----AAATGATACAGTCTCACATGGAAGGGAA-TTC---A---AT---AA--TGGGATGAT-CCT-T--GGAAAGAAGGAGA--ATTTTA-GTGAATCAGTATAGGCCAGGCATCTTCT----ACACT-G-AAAA-G-GA-TGGGA-T---GAGGTTGACCTTGAG---GGT-CGCTGGGATTG--GATATGGAACAGA----T----AT--GTGTCATTG-TCA----AT-C---GAGACA-----A----AACCATGA-T------GT-----ACTTTATAAA-----AAA----A----AACGACAATAC---TTTCAATATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCTAGAATCTCCCCTACAT-GGCTCCTTTTTCT---TTAACGCTT
gi|12 : ggacaaatgtaatctatgaatgaagcaaatacaccggagactttagaaacgcaacgctcagttaaactgaaataaaacatcgagttctttgtcgattttttttaaattattctatttgttaatataaaatctgtctatattgCACGC--TCAATACTGAGC--CGCTAGGTGTACAGGTGTA---GATGGTAGCA-ACGTGTA-----TT-GATCAGGT-TA---TCA-AAAT--A-AAA----CAA--GTAGGT-CTAGGCAAAGCCACTCA-A-AAAACGT-AA---A------ACAA----AAA-G-TA--CTG-GTTGCTAT--TG---TA--A---AA-AGAAC--A--CAGCC---T--------A-CAA---CTTA---TACT-------A------------G-------------AAC-T-----C------------GTTTA-----CAGTCTC----AAATGACAT--TTTCACATGAATGGGAA-TTA---T---AT---CA--TGGAA--AA-TCC-T--TGAAAGAAAAGGA--TTTTCA-AATAATCGCTAT---TAA-TGATCTCCTTTTAATATT-G-AAAG-G-A--TGGAT-T---CAGGAAGACCTTGAG---AAT-CGTAGAGAT
gi|11 : ctgcaACGC--TCAATGTTGAGAATCAC-AG-----CAGGTG-G---AGTGA---CA-AGTTGCA-----TA-GACAAAGC-TA---ACA-AAA---AATAA----CAA--GTGGGT-CTATGCAAAGTCATT-T-T-AAAATGTAAA---ACTAAATACAA----AGC-G-TA--AGGGGGAGCTGT--C----AAATA---AAAAGAATTGA--CAGTC---T--A----CC-TAG---TTCATG-T-CT-------A------------GAACTAAGAACATTAAC-T-----C------------ATTGA-----TAGTCTC----AAAGGACATTTTCTCAC----------A-TTC--------T---T-----GGA--AA---------GAAGG---GGAA---TTTCA-GTGAACCAGTATAGGCAAGGGGTCTCAT----GTACT-GAAAAA-G-G--TGGGA-T---GAGGTTGACCTTGAG---AAT-TGCTGGGATTA--GA------ACA-------GATAAT--T-GTCC----TCA----AT-C---GAGACA-----A----A------ACT------GT-----
gi|19 : atactgcttACGC--TCAATGTTGAGCATTTT-GA-----CAGGTG-G---GATGGTGGCA-ACTTGAA-----TA-AATCAAGC-TA---ACA-AAA---A-TAta
gi|26 : taatttaaatattatttttcagaaatgtggtgtccaggacaatttatataattaggtctatctattgatactgctgaACGC--TCACAGTTGAGCATCAC-GG-----CAGGT--G---GGTAGTGATATAC-TGCA-----GACGCTCAAggcaataaaatgtaaaa
gi|5 : tctatactgcagC--TCAATACTGAGCATCGT-GG-------AAGG-T---GGTGGTGCCA-ACTTCTA-----TA-TATCAAGT-GT---ACA-GAA---A-TTTAGAACAA--GTAGGT-CTATGCAAAACAGCT-A-C-AAAAAATAAA---ACGATTTACAA----AAA-G-AA--AGAGGTTGCTGTTAC----TA--C---AAT----TTGA--CAGCA---T--A----CC-CAA---GTCAAGGT-CT-------T------------G-------------AA-------------------------------------------GGAGACACAGTCTCATATGGGATGGAA-TTC---C---AC---AA--TGTGATGAT-CCT-T--AGAAAGAAGGAGA---TTTCAGAG-AAGCAGTATAGGCTAGGGATCTCCT----ATACT-G-AAAA-G-GG-TGAGA-T---GA--------A-GAA---GAC--------ATTG--AA---GGGA--GA-----GATAAT--G-GTCTTTG-TCA----AT-A---GAGACACAGCTG----A------A-T------GA-----ATTTT--GAAT----AAG----A----AG-------GC---TGTTAATATCCCTATGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTCATTTTTAGCATCTCGCCTATGT-GGCTCTGAATTCT---CCAACACTTACAGCGC----CACCagt
gi|22 : ttattataacgcctgggagaactttcatttcaatgaataatcgcaaaacacaacagactacaccaataagatgcggaaagctaaggggtgtagaatatttattatctatatcgggatactatacgcgC--TCAATGTTAAGCATCAC-GG-----CAGGTT-GCACGATGGTGGCA-ATATG----------GATGGAGA-TA---ACA-AGA---A-TAT----CAA--GTAGGT-TTAttgttgatgttc
gi|14 : tctgtctgtctaacattcgatcgatactgcctgctcatg--TCAATGTTGAGCATCAC-AG-----CAGGTT-A---GTCGGTTGCA-ACTTTCA-----TA-GATAAAA--TA---ACA-GGA---A--GC----CTA--CTAAGT-CTATGCAAAGTTGCT-A-T-AAAATGTAAA---ACTATATACAA----AGG-G-TA--AGGGGTAGCTAT-------CA--A---AA-AAAATTCAGTTGCCA---TCCT----CCACAG---TTCAAG-T-CA-------A------------GAACTTA-------AAC-T-----C------------GTTAA-----AAGTCTC----CAAAG--TCAGTCTCACAAGGAAAGGAA-TTC---T---AC---AG--TG----------------GAAAGAA--GGACCATTTCA-GGGAATCAGTATAataagggtcgttt
gi|9 : tgctcatgtTGAGCACCAC-AG-----CAGTTG-GT--GGTGGTGGCA-ACTTGGA-----TA-GATCAA--------ACATAAG---A-TG----------GTAGGT-CAATGCAAAGTT------------GGC-AA---ACTATTCACAA----AAA-AATA--AGGTGTTTCTGA--A----CATTA---CACAAAGTTGA--CAGCACAAT--A----CC-CAA---TTCAAG-T-CT-------A------------G-------------AAA-TAAAGAC------------TTTAACTTGTTGATTTCATCATACAGA-ACAGTCTCACATGAAATGGAC-TTC---C---AT---GA--TGGGGTGG----T-TGCTGAAAAGAAGGAAC-ATTTTAGGG-AATCAGTATAGGCAAGGGATCTCCT----ATACT-G-A
gi|8 : accaatattatatgatcggcagtgaattaagcttgaattacccaacatatttttttttcatcttttgatactgcacacatttaaaacTGGGCATTAC-GA-----CCAGTG-GT--GGTGATGGCA-ACTTGCA-----TA-TACCAAG--TACACACA-AAA---A--AA----AAG--GTTGTT-CTTTGCACAGCAGTT-A-CAAAAAAGTTAA---AC
gi|24 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaaGAGCATTGT-GG-----CAGGTG-G---GGTGA-GGCA-AATTGAATAGATCA-GATCAAGA-TA---ACA-AAA---A-Tagtacacccatattattgtctctaatgacacggtctcatgtggaagagaattccataattgcattatgcttggaaagaaagagaatatcaatgaatcagtataggaaagggataccctgtactgataagggcagactgaggaagaccttaaggatcgtagggat
gi|6 : gggTGGTGGCA-ACTTGCA---------ATTAAAT-CA---ACA-AAA---A-AAT----AAAAAGTAGGT-CGGTGCAAAGTCGCT-A-T-AAAATGTAAATTTACAATGTATGATGTAAGATG-TA--ATGGGTAGCTGT--C----AATTA---AAAATAATTGA--AAGTC---T--A----CC-TAA---TTCAAG-T-CT-------A------------G-------------AAC-T-----TAGACTTGAACTTGTTGA-----TGGTCTC----CAAAGACACAGTCTCACATGGAAGGGTA-TTC---C---AT---AA--TGGGGTGAT-CCT-T--GGAAAGAAAGAGA--ATTTCA-GTGAGTCAGTACAGGCGAGGGATCTCCTATAGATACT-G-AAAAGG-G--TAAGA-T---GAGGTTGACCTTGAC---GAT-TGCT--ACTTGTCAAT-TCAGACAAAACTGTGAT-GT--A-TT--TTA-TAA----A-----------A-----A----A------A-T------AC-----AT------GA-----A-------------------------TGTTAATATCCCTACAATGTTGGAGGATTGGTCTAAAAAGGTC--TTCCAGCATCTCTCATACAT-GGCTCCTATTTC----CTAACACTTttaaaaacataatctatgatcctattcta
gi|10 : taatctaatgtctgtctgtactgcacacactgaaggtgaacTTACA-----TA-GATCAAGC-TA---TCA-AAA---AATAG----CAA--GTGGAT-CTATGAAAGGTCGCT-A-T-GAAATGTTAG---ACTATAAACAA----GGT-G-TA--ATGGGTAGTTGT--C----AATTA---AACGGAATTGG--CAGTC---T--A----CC-CAA---TTCAAT-T-GT-------AAAACTTAGATTTG-------------AAC-T-----C------------TTTGA-----TAGTCTC----CAAGGACA--GTCTTACATGGAAGAGAA-TTC---T---AT---TG--TGAGATGAT-CTT-T--GGAAAGAAGGAGA--ATTT-AAGTGAATCAGTATATGCGAGGGATATCCT----ATACT-G-AAAATG-G--TGAGA-T---GAGGTTGACCTTGAG---GAT-CGATGGGATTG--GAAATGGGACA-------GGTAAT--T-GTCCTTG-TCA----AT-T---ATGACA-----A----ATCCGTGA-T------GC-----ATTCTATAAA-----AAA----A----Aa
gi|2 : A-----TA-AATCAAGC-AT---ACA-CAAC--A-TA-----CAA--GTAGGTATTAAGTAGCGGC----A---AAAAGGTAAA---ACTATTAACAA----CAT-A-TA--AGAGATTGATGT--T------------ACTT--ATTTC--CGGCA---A--A----CC-CAG---TTCAAG-T-CA-------A------------G-------------AACCT-----C------------ATTTA-----CAGTGTA----AAAGAACATCGCCTCACATGGAAGGGAA-TTC---C---AT---AA--TTGGATGATTCCTGT--TAAAAAGAAG----------------ATCAATATCGGCAACGGATCTCCT----GTTTTCG-AAAT-G-G--TG-GA-TCGCGCCAATG-----GGGACTGATACAGTAGGA-----GACA---GACAAT----TGACAACGAA-AACTTTGATTA----AT-T---TA-ACT-----A----A------A----------------------GAA-----GAG----G----AG-------AA---TATTAACATTCCTACGTTATTGAAGGGTTTGCCAAAATAGGTC--TTCTAGGACCTCTTCTACGT-TGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAACAT----CATCTTGTCGCTG--TTTACTTTG---------TAACC---TGTGGATTTCAGTC--------TG--GGTAGGTTTGC--------TCTAAATTCTAGTTGC----AAATTCTAC--A---TTG-------------GGTTTTAC--TAAGGTTCTATAATTCAGG-CATTTG---GTAG-CCTAAGGAGCAAACTCTAAGTTTCTTCTAAGGAAGCCTGAGGTTCTAT--GCCTTCGGTATTAT-----AT-GTAGGATGTGAGTGTCCCAGGATATCAAGTTGTTAAATGAGAGACC----TGTTTAAATGAAGTCACAGTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAAa
gi|18 : ga-----CA-G-TCAAGCACAC--ACA-ATA---A-CA-----CAA--GTAGCT-CTTTGTTAAGTCGCA-ACT-AAAATACAAA---GCTGCATACAA----AAA-G-TAGAAGGT-TA-CTGT--TT---CATTA---ATTAGGTTTG------CA---T--TATAGCG-GAG---T-CAAT-T-CT-------A------------G-------------AAC-T-----
gi|16 : atacaacatttttatctatctctcctatacttggcatcacggAGC--A---ATA-AAACATA-TAC----CAA--GTGGTT-CT-TGCAACGCCGCT-A-C-AAAAA-TAAA---ACTATTTACAA----AAA-A-TA--AGAGGTTGCTGT--T----AT--A---AATCAAA-TGA--CAGCA---A--G----TC-TAGAACTT--AG-A-CTTGAAGAAA------------G-------------AGC-T-----C------------GTTAA-----TAGTCTC----GGAGGACACAGTTTTAAATGGGATGGAA-TTCCGTA---ATGACCGCCTGGG-CGAT-CCT-T--GGAAAGt
gi|4 : caacctatatatatatatatctaaactgcatcgcggcaggtggtcgtagtTAGGT-CTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAAAGTAAA---ACTGTATACAA----ACT-G-TT--AGGTCTAGCTGT--A----AA--A---AAACGAATTG-----------T--T----AA-TGG---TT-------------------------------------------AAC-A-----C------------GTTTA-----TGGTTTC----CAAGGACATAGTCTCACATGGAAGGGAAATCC---ATACAT---AA--TGGGATGAT-CCT-T--GGAAAGAAGGTAC--AATTCAGTG-AATCAGTATAGGCGAGGGATTTCAT----ATACT-G-AAAA-GAG--TGGGA-T---AAGAATGTCCTTGAG---GAT-CGCTGGGATTT--GATATGGGACAGA----T---AAT--T-GTCCTTG-TCA----AT-T---GGGACA-----A----A------A-TTGTGATGT-----ATTTTATAGA-----AAATGACA----AG-------AC---TGTTTATATCTCTACGATGTTGGAGGATTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTTCCCTACGTAGGTTTTTATTTCT---CAAACGCTTACAGCAC----CACATGGCCTCTG--TT--CTCTGCACTTTTTCTAACC---GGAATATATCAGAC--------TG--GA--------C--------g
gi|21 : a------------G-------------AAC-T-----C--------------TGA-----CAGTCTC----AAAGGACACAGTCTCACATGGAAGGGaatgagtagcctgaggagcaaaagataagtttctccaaaagtagcccagggttcttttggcttaagaggttatttgttggatgtgagtgtcccaggatagcgagttattgaatgtgagacctgtgtatttggcagatgtcacact
gi|8 : aagaaataaggggttgctgttgcaaatatgtcacaacttagacatgaactctttgacagtctccaaggacacagtctcacatgacatA-----TTGTCTC----TAATGACACGGTCTCATGTGGAAGAGAA-TTCCATA---AT---TG--CATTATG----CT-T--GGAAAGAAAGAGA--ATATCA-ATGAATCAGTATAGGAAAGGGATACCCT----GTACT-G-ATAA-G-G--GCAGACT---GAGGAAGACCTTAAG---GAT-CGTAGGGATca
gi|13 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaatgggcattacgaccagtggtggtgatggcaacttgcatataccaagtacacacaaaaaaaaaggttgttctttgcacagcagttacaaaaaagttaaacagtacacccatattTTTC----CAAAG------TCTCACATGGAAGGGAA-TAA---C---AT---AA--TGGAATTCT-TCT-T--GGAAAGAAGGAGA--CTTTCAGGAAGAC
gi|7 : ttacttgaacttgcatgtagtctccac---A---AT---TG-----GATGAT-CCA-T--GGAAAGAA-GGGA--ATTTCAGG--AACCG-------CA----------T----ATACT-G-AAAA-G-GGTTG-GA-T---GAGGAAGACCTTGA------T-CGATGTGATTC--GATAGGGGACAGA----T---ACT--T-GCCATTG-TCA----GT-CGAAAAGA-A-----ACCGTA------A-T------GG-----ATTTTGAAGA-----AAA----AGACAAG-------AC---TTTTGATATATCTACGTTGCTGGAGGGTTGGACAAGACAGGTC--TTCCAGCGTATTCCCTTCTT-GGGT--GATATTT---CCTACATTTGCAAC-CGTGACACCTGGCCACTGTTTT--CTCTGC--CATTCCTA--T---GGTGTATTTTAGACTAGGCACGTA--GG--------C--------TTCAAATGTGGGAAGCACTTAAACTTGTG--CGGGTGGTGGAGGTCTTTATGATCTTAC--TAATATCTTATAAGCCAGG-CACTTG---GTAG-CCTTAGGAGCAAAATACACGTTTCTTATAAGGAAGCCGATGGTTTTCATGGCTTTAactgaggatcatagggattcaataagggacagataattgtccttgtcaggacatacagaaagaaatgtgatgaattctgaagaacaacaaaaagatagatgacattatctcatcattggccaagaaagctcttccagcatttcctctacatgactctgatttctttatcaacgctt
gi|13 : TGAG---GAT-CATAGGGATTC--AATAAGGGACA-------GATAAT--T-GTCCTTG-TCAGGACATAC---AGAAAG-----A----A------A-T------GTGATGAATTCTGAAGAACAACAAA----A----AG-------ATAGATGACATTATCTC-ATCA--TTG--------GCCAAGAAAGCTC--TTCCAGCATTTCCTCTACAT-GACTCTGATTTCTTTATCAACGCTT
gi|15 : ttacttgaacttgcatgtagtctccactttccaaagtctcacatggaagggaataacataatggaattcttcttggaaagaaggagactttcaggaagacacTTTACAACAC----CACATGGCCTCTG--TT--CTCTGTATCATTTCTAACC---AGTCCA----GGCA--------TGTAGG--------C--------TCCAGCATTGGGATGC----A--TTTTTTACC---TAG-------------GGTCTTAC--TAATGTCTTATAAGCCAGACAATTCAATGGTAG-CATAAAAAGCAAAAGACAAGTTCATCTTGAGGAATTCTATGGTTCTACTGGCTTTAAAGATTATATTCATGAG--GAATGCGAATGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTCA--GAAA
gi|17 : ctgccCAA----CACCTGGCCGCTG--TT--CTCTGCACCATTTCTAACC---AGTATATTTCAGAC--------TG--GG--------CATATGGACTCCAAATTTGGAAAGC----AAATTCTAT--C---TGG-------------GATCTTAT--TAAGGTCTTATAGACCAGG-CACTTG---GTAG-CCTTAGGAA-AAAGGATAGGTTCTTCTTTAGGAAACCTAGGGTTCTatcataatcat
gi|23 : CTG--TT--CTCTGCAACATTGCTGACTCGGAATATAGTTT------------------------------------CCGATTTTTTGATGC----AAATGCTAC--C---TTG-------------TGTCTTACTATAATATTTTA----CC-------TTG---GTAGCCCTAAGa
gi|20 : accctatcgATTTGGGA--C----CTATTCTAC--C---TGT-------------GGTCTTAG--TAAGGTTTTACAAGCAAGG-----------TAG-CCTTAGGAGCAAAAGACAAGa
gi|4 : A---GTAG-CCTGAGGAGCAAAAGATAAGTTTCTCCAAAAGTAGCCCAGGGTTCTTTTGGCTTAAGAGGTTAT-----TT-GTTGGATGTGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTATTGAATGTGAGACCTGTGTATTTGGCAGATGTCACACTattatattagctttacaggtaaggatagcgagttgttcaatgacagtccaaagtatttagca
gi|20 : ataggtctatgcaaagtcgctataaaaagtaaaactgtatacaaactgttaggtctagctgtaaaaaaacgaattgttaatggttaacacgtttatggtttccaaggacatagtctcacatggaagggaaatccatacataatgggatgatccttggaaagaaggtacaattcagtgaatcagtataggcgagggatttcatatactgaaaagagtgggataagaatgtccttgaggatcgctgggatttgatatgggacagataattgtccttgtcaattgggacaaaattgtgatgtattttatagaaaatgacaagactgtttatatctctacgatgttggaggattggccaagaaaggtcttccagcatcttccctacgtaggtttttatttctcaaacgcttacagcaccacatggcctctgttctctgcactttttctaaccggaatatatcagactggacaatgAGGATAGCGAGTTGTTCAATGACAGTCCAAAGTATTTAGCA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATGAACAGAGACATAGACACCGAGGCTGGAAGCCTGTTCTTCCACTATAGTGGCTATTTTTAAAATAACGT
Unaligned ( gi|27 ): ACATCAAGATACTGTACTCGCTCAATATTGAGTATCATGGCAAGTGAT
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 222222222222 5555555555555555555555555555555555 1111111111111 111 1111 1 22222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 44444444444444444444444444444 1111111 3333333333333 1111 44444444444 5555 11 11
lowQualScore : 2 33 6666 2 11111 2 0 33 66666 2 777777 2 2 5 222222222 33 2 2 444 2 2 555 2 77777 11 2 5 33 666666666666 2 99999 0 2 0 6666 555 0 2 0 8888888888888888888888888888888888 3333333333333 2 0 2 2 33 0 4444 2 77777 8888888 444 2 999 5 44 3333 3 3 3 6 3 0 3 555 44 0 55 777 1 33333333333 2 1 8888 11 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 66 1 5 0 888 0 2222 1 5 0 2 5 0 11111111111111111111111111111 9 1111111 77 1111111111111 77 1 000 1 2222 1 22 222 2 3 1 44444444444 8 8 0 1 1 1 0 8888 1 1 88 88 2 2
lowQualScore : . .. .... . ..... . . .. ..... . ...... . . . ......... .. . . ... . . ... . ..... .. . . .. ............ . ..... . . . .... ... . . . .................................. ............. . . . . .. . .... . ..... ....... ... . ... . .. .... . . . . . . . ... .. . .. ... . ........... . . .... .. ............................................................................... ... .. . . . ... . .... . . . . . . ............................. . ....... .. ............. .. . ... . .... . .. ... . . . ........... . . . . . . . .... . . .. .. . .
lowQualScore : 1 99 1111 7 22222 9 7 44 22222 5 333333 5 5 0 666666666 77 0 9 666 0 9 000 1 77777 55 9 6 99 666666666666 9 66666 1 7 7 3333 000 1 9 1 7777777777777777777777777777777777 8888888888888 5 5 7 5 55 2 6666 0 77777 7777777 777 7 000 1 22 1111 1 1 1 7 3 0 3 888 11 2 55 333 6 88888888888 4 6 5555 55 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 888 99 1 0 2 888 1 1111 4 7 4 3 1 3 66666666666666666666666666666 1 0000000 99 4444444444444 99 0 999 7 1111 0 66 333 1 0 0 44444444444 0 0 8 8 4 0 2 0000 0 0 55 55 5 5
consensus : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T----A-ACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--TC-AA-T------A-AANA--GAATTGACAGCA---TACCCAG---TTCA-AGTCT-------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTG---GAAAGAAGGAGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGA--TCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTG--GATATGGGACAGA----TGATA-ATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----AG-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGGG--------C--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-AT-GCGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAA-GTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
Reference ( family-101 ) : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T----A-NCA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAGNG-TAAGGGGTAGCTG--TC-NA-T------A-AANA--GAATTGACAGCA---TACCCAG---TTCA-AGTCT-------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCNATN----ATG-------GGATGATCCTTG---GAAAGAAGGGGAATTTCAGGNGAATCAGTATAGGCGAGGGA--TCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGNTGACCTTGAGGATCGCTGGGATTG--GATATGGGACAGA----TGATA-ATNGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----AG-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTACAACAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGGG--------C--------TCCAAATTTGGGATGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTTCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGATTAT-T---TG-T-GG-AT-GCGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACC--G-GTATTTAGCAGANGTCACANTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAA
gi|1 : CACTCTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAAATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--C-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T----A-TCA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCTCT-A-T-AAAAGG-TTAA---ACTATCTA-----CAAAGGG-TAAGGTGTAGCTG--TC-CA--------A-AATA--GAATTGACGGCA---TTCCCAG---TTCA-AGTCT-------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TAATAGTT-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATT----GTG-------GGATGAACCTTT---GAAAGAAAGGGAATTTCAGGGGAACCGGTATAGGCAAGGGG--TCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGA-GA---TGACAATGATCATGAGGATCACTGGGATTG--GATATGGGACAGA----TGATA-ATAGTCCTTGTCA----ATCAAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-ATGGAA-----AA----A----AG-------ACTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTCAGTCAAGAAAGGTC--TTCAAGCATCTCCCCTTCAT-GGCTTCAATTTCT---CCAACATTTGCAGCAC----CACCAGGCCTCTGTTCTCTGCATCATTCCTAAC-CAGTATATTTTGGAC--------TGGG--------C--------TCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTTT--CTGG-------------GGTCTTAC--TAACATCTTATAAGCCAGGAATT----TAGTAGCCTAAGGAGCAAAAGATAAGTTCTTCCCAAGGAAGCCCATGGTTCTGTTGGCTTTAGACGTTAT-T---GGCT-GG-AT-GTGAGTGCCCCAGGATAGCAAGTTATTAAATGAAAGACCTAA-GTATTTGGCAGATGTCATACTCTTAAGTA--TTAC--TTAAGTGTGTATTTAAA
gi|10 : TTACA--T-----A-GATCAAGCTA---TCA-AA-A-AAT----A-GCA--AGTGGATCTATGAAAGGTCGCT-A-T-GAAATG-TTAG---ACTATAAA-----CAAGGTG-TAATGGGTAGTTG--TC-AATT------A-AACG--GAATTGGCAGTC---TACCCAA---TTCA-ATTGT-------AAAACTTAGATTTG-------------AA-------------C-TCTT-TGATAGTC-TCC-AAGG-----ACAGTCTTACATGGAAGAGAATTCTATT----GTG-------AGATGATCTTTG---GAAAGAAGGAGAATTT-AAGTGAATCAGTATATGCGAGGGA--TATCCT----ATACT-G-A-AAATG-G-TGA-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGATCGATGGGATTG--GAAATGGGACA-------GGTA-ATTGTCCTTGTCA----ATTATGA----CA-----A--ATCCGTGA------T------GC-----ATTCT-A-TAAA-----AA----A----AA-------Atgaaatttgggaattttgatggtgatttgtaaccctttaagtgtgacatttggagatattaaatttcataagccaggtctcttcccaggtgactagcttgtcagtgtcctcttgcagt
gi|11 : ACGCTCAATGTTGAGAATCAC--AG----CAGGTG-G---A-GTGA---CA-AGTTGCA--T-----A-GACAAAGCTA---ACA-AA-A-AAT----A-ACA--AGTGGGTCTATGCAAAGTCATT-T-T-AAAATG-TAAA---ACTAAATA-----CAAAGCG-TAAGGGGGAGCTG--TCAAA-T------A-AAAA--GAATTGACAGTC---TACCTAG---TTCA-TGTCT-------A------------GAACTAAGAACATTAA-------------C-TCAT-TGATAGTC-TCA-AAGG-A--CATTTTCTCACAT------------------------------------TCTT-G---GAAAGAAGGGGAATTTCA-GTGAACCAGTATAGGCAAGGGG--TCTCAT----GTACT-GAA-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGAATTGCTGGGATTA--GA------ACA-------GATA-ATTGTCC---TCA----ATCGAGA----CA-----A--A------AC-----T------GT-----
gi|12 : atactgcttCACGCTCAATACTGAGC--CGCTAGGTGTACAGGTGTA---G-ATGGTAGCA-ACGTGTA--T-----T-GATCAGGTTA---TCA-AA-ATA-A----A-ACA--AGTAGGTCTAGGCAAAGCCACTCA-A-AAAACG-TAAA---AC------------AAAAAG-TACTGGTT-GCTA--TT-G--T------A-AAAA--GAAC--ACAGCC---TAC--AA---CTTATA--CT-------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TTACAGTC-TCA-AATG-A--CAT--TTTCACATGAATGGGAATTATATC----ATG-------GAA-AATCCTT----GAAAGAAAAGGATTTTCAAAT-AATCGCTAT----TAATGA--TCTCCTTTTAATATT-G-A-AAG-G-A-TGG-AT---TCAGGAAGACCTTGAGAATCGTAGAGATta
gi|13 : ctgcaCT-------T------------G-------------AA-------------C-TTGCATG-TAGTC-TCC-ACTTTC--CAAAGTCTCACATGGAAGGGAATAACATA----ATG-------GAATTCTTCTTG---GAAAGAAGGAGACTTTCAGG
gi|13 : ttaAAGGGAAT-AACATA----ATGGAATTCTTCT--------T-G-G-AAA-G-A-AGGAGACTTTCAGGAAGACACTGAGGATCATAGGGATTC--AATAAGGGACAGA----T---A-ATTGTCCTTGTCAGGACATACAGA----AAG----A--A------A------T------GTGATGAATTCTGA-AGAACAACAAA----A----AG-------ATAGATGACATTATCTC----ATC-------ATTGGCCAAGAAAGCTC--TTCCAGCATTTCCTCTACAT-GACTCTGATTTCTTTATCAACGCTTaagacactgaggatcatagggattcaataagggacagataattgtccttgtcaggacatacagaaagaaatgtgatgaattctgaagaacaacaaaaagatagatgacattatctcatcattggccaagaaagctcttccagcatttcctctacatgactctgatttctttatcaacgctt
gi|14 : ttacttgaacttgcatgtagtctccactttccaaagtctcacatggCATGTTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAGGTT-A---G-TCGGTTGCA-ACTTTCA--T-----A-GATAAAA-TA---ACA-GG-A-A------G-CCT--ACTAAGTCTATGCAAAGTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----CAAAGGG-TAAGGGGTAGCTA--TC-AA-A------A-AAAATTCAGTTGCCATCC---TCCACAG---TTCA-AGTCA-------A------------GAACTTA-------AA-------------C-TCGT-TAAAAGTC-TCC-AAAG-----TCAGTCTCACAAGGAAAGGAATTCTACA----G-------------------TG---GAAAGAAGGACCATTTCAGG-GAATCAGTATA
gi|15 : tgctTTACAACAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGTATCATTTCTAAC-CAGT-----CCAGGCATG-----TAGG--------C--------TCCAGCATTGGGATGCA---TT--TTTTAC--CTAG-------------GGTCTTAC--TAATGTCTTATAAGCCAGACAATTCAATGGTAGCATAAAAAGCAAAAGACAAGTTCATCTTGAGGAATTCTATGGTTCTACTGGCTTTAAAGATTATATTCATG-A-GGAAT-GCGAATGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTCA
gi|16 : ctgcctGCATCGC--GG----CAGGTG-G---TCGTAGTAGCA-A------------------------TA---AAA-CA-T-A-T----A-CCA--AGTGGTTCT-TGCAACGCCGCT-A-C-AAAAA--TAAA---ACTATTTA-----CAAAAAA-TAAGAGGTTGCTG--T--TA-T------A-AATC--AAA-TGACAGCA---AGTCTAGAACTT---AGACTTGAAGAAA------------G-------------AG-------------C-TCGT-TAATAGTC-TCG-GAGG-A--CACAGTTTTAAATGGGATGGAATTCCGTA----ATGACCGCCTGGGCGATCCTTG---GAAAGgaaaatcataatcat
gi|17 : caacctatatatatatatatctaaactCAA----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CAGTATATTTCAGAC--------TGGG--------CATATGGACTCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTAT--CTGG-------------GATCTTAT--TAAGGTCTTATAGACCAGGCACT----TGGTAGCCTTAGGAA-AAAGGATAGGTTCTTCTTTAGGAAACCTAGGGTTCTg
gi|18 : TCAAGC-----ACA-CACA-A-T----A-ACACAAGTAGCTCTTTGTTAAGTCGCA-ACT-AAAATA-CAAA---GCTGCATA-----CAAAAAG-TAGAAGGTTACTGTTTC-AT-T------A-ATTA--GGTTTG-CATTA---TAGCGGA---GTCA-ATTCT-------A------------G-------------AA-------------C-Ta
gi|19 : atacaacatttttatctatctctcctatacttggcatcacggcagACGCTCAATGTTGAGCATTTT--GA----CAGGTG-G---G-ATGGTGGCA-ACTTGAA--T-----A-AATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T----AGGCA--At
gi|2 : taatttaaatattatttttcagaaatgtggtgtccaggacaatttatataattaggtctatctattgatactgctgaA--T-----A-AATCAAGCAT---ACA-CA-ACA-T----A--CA--AGTAGGTAT-T---AAGTAGCG-G-C-AAAAAGGTAAA---ACTATTAA-----CAACATA-TAAGAGATTGATG--TT-AC-T------T-A--------TTTCCGGCA---AACCCAG---TTCA-AGTCA-------A------------G-------------AA-------------CCTCAT-TTACAGTG-TAA-AAGA-A--CATCGCCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATT-------GGATGATTCCTGTTAAAAAGAAG---------------ATCAATATCGGCAACGGA--TCTCCT----GTTTTCG-A-AAT-G-G-TGG--A---TCGCGCCAA---TGGGGA---CTGATACAG----TAGGAGACAGA----CAAT----------TGACA----A-CGAAAACTTTG-----ATTA------A------T------TT-----AACTA-A-AGAA-----GA----GG---AG-------AATATTAA---CATTCCTACGTTATTGAAGGGTTTGCCAAAATAGGTC--TTCTAGGACCTCTTCTACGT-TGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAACAT----CATCTTGTCGCTGTTT-----AC--TTTGTAAC-CTGTGGATTTCAGTC--------TGGGTAGGTTTGC--------TCTAAATTCTAGTTGCA---AA--TTCTAC--ATTG-------------GGTTTTAC--TAAGGTTCTATAATTCAGGCATT----TGGTAGCCTAAGGAGCAAACTCTAAGTTTCTTCTAAGGAAGCCTGAGGTTCTAT--GCCTTCGGTATTAT-A---TG-TAGG-AT-GTGAGTGTCCCAGGATATCAAGTTGTTAAATGAGAGACC-----TGTTTAAATGAAGTCACAGTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAAtaaaatgtaaaa
gi|20 : gaATTTGGGA--CC---TA--TTCTAC--CTGT-------------GGTCTTAG--TAAGGTTTTACAAGCAA-----------GGTAGCCTTAGGAGCAAAAGACAA---------------------GATTATATTAGCTTTACAGGTAA-----------GG-ATAGCGAG-----------------TTGTTCAATGACAGTCCAAA-GTATTTAGCA
gi|21 : -TAAGGGGTTGCTG--TT-G--C------A-AATA------TGTCA-CA----ACTTAG------A-CAT----------------------G-------------AA-------------C-TCTT-TGACAGTC-TCC-AAGG-A--CACAGTCTCACATG
gi|21 : aagaaa------------G-------------AA-------------C-TC---TGACAGTC-TCA-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGacatgaactctgacagtctcaaaggacacagtctcacatggaagggca
gi|22 : aagaaataaggggttgctgttgcaaatatgtcacaacttagacatgaactctttgacagtctccaaggacacagtctcacatgacatCATGCTCAATGTTAAGCATCAC--GG----CAGGTT-GCACG-ATGGTGGCA-A----TA--T-----G-GATGGAGATA---ACA-AG-A-A-T----A-TCA--AGTAGGTTTAca
gi|23 : tctgtctgtctaacattcgatcgatactgcctgctCGCTGTTCTCTGCAACATTGCTGACTCGGAATAT----------------AGT--------T--------TCCGATTTTTTGATGCA---AA--TGCTAC--CTTG-------------TGTCTTACTATAATATTTTAC----------CT----TGGTAGCCCTAAGAataagggtcgttt
gi|24 : accctatGAGCATTGT--GG----CAGGTG-G---G-GTGA-GGCA-AATTGAA--TAGATCA-GATCAAGATA---ACA-AA-A-A-T----
gi|26 : gggACGCTCACAGTTGAGCATCAC--GG----CAGGT--G---G-GTAGTGATATAC-TGCA--G-----ACGCTCAAttaaaaacataatctatgatcctattcta
gi|27 : tctatactgcagCGCTCAATATTGAGTATCAT--GG----CAAGTG-agt
gi|3 : acatcaagatactgtactCGCTCAATGGTGAGCATCAC--GG----CAGATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ATA-AA-A-A-A----A-AAA--AGTGGGTCTATGCCAATTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----CAAAGTG-CGATGGGTAGCCG--TC-AA-TTCAATTA-AAAA--GAACTGACAGTC---TACCCAA---TTCA-AGTCT-------AAAACTAAGACTTG-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCA-AATG-A--TACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATA----ATG-------GGATGATCCTTG---GAAAGAAGGAGAATTTTA-GTGAATCAGTATAGGCCAGGCA--TCTTCT----ACACT-G-A-AAA-G-GATGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGGTCGCTGGGATTG--GATATGGAACAGA----T-ATG---TGTCATTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--AACCATGA------T------GT-----ACTTT-ATAAAA-----AA----A----AACGACAATACTTTCAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCTAGAATCTCCCCTACAT-GGCTCCTTTTTCT---TTAACGCTTat
gi|4 : ggacaaatgtaatctatgaatgaagcaaatacaccggagactttagaaacgcaacgctcagttaaactgaaataaaacatcgagttctttgtcgattttttttaaattattctatttgttaatataaaatctgtctatattgcactTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAAAG-TAAA---ACTGTATA-----CAAACTG-TTAGGTCTAGCTG--TA-AA--------A-AAAC--GAATTGTTA--A---TG----G---TT------------------------------------------AA-------------C-ACGT-TTATGGTT-TCC-AAGG-A--CATAGTCTCACATGGAAGGGAAATCCATACATAATG-------GGATGATCCTTG---GAAAGAAGGTACAATTCAG-TGAATCAGTATAGGCGAGGGA--TTTCAT----ATACT-G-A-AAA-GAG-TGG-GA---TAAGAATGTCCTTGAGGATCGCTGGGATTT--GATATGGGACAGA----T---A-ATTGTCCTTGTCA----ATTGGGA----CA-----A--A------A------TTGTGATGT-----ATTTT-ATAGAA-----AATGACA----AG-------ACTGTTTA---TATCTCTACGATGTTGGAGGATTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTTCCCTACGTAGGTTTTTATTTCT---CAAACGCTTACAGCAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGCACTTTTTCTAAC-CGGAATATATCAGAC--------TGGA--------C--------
gi|4 : aGTAGCCTGAGGAGCAAAAGATAAGTTTCTCCAAAAGTAGCCCAGGGTTCTTTTGGCTTAAGAGGTTAT-T---TGTT-GG-AT-GTGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTATTGAATGTGAGACCT-GTGTATTTGGCAGATGTCACACTaatgagtagcctgaggagcaaaagataagtttctccaaaagtagcccagggttcttttggcttaagaggttatttgttggatgtgagtgtcccaggatagcgagttattgaatgtgagacctgtgtatttggcagatgtcacact
gi|5 : ataggtctatgcaaagtcgctataaaaagtaaaactgtatacaaactgttaggtctagctgtaaaaaaacgaattgttaatggttaacacgtttatggtttccaaggacatagtctcacatggaagggaaatccatacataatgggatgatccttggaaagaaggtacaattcagtgaatcagtataggcgagggatttcatatactgaaaagagtgggataagaatgtccttgaggatcgctgggatttgatatgggacagataattgtccttgtcaattgggacaaaattgtgatgtattttatagaaaatgacaagactgtttatatctctacgatgttggaggattggccaagaaaggtcttccagcatcttccctacgtaggtttttatttctcaaacgcttacagcaccacatggcctctgttctctgcactttttctaaccggaatatatcagactggacaatgaCGCGCTCAATACTGAGCATCGT--GG----AAGGTG-G------TGGTGCCA-ACTTCTA--T-----A-TATCAAGTGT---ACA-GA-A-A-TTTAGA-ACA--AGTAGGTCTATGCAAAACAGCT-A-C-AAAAAA-TAAA---ACGATTTA-----CAAAAAG-AAAGAGGTTGCTG--TT-AC-T------ACAAT------TTGACAGCA---TACCCAA---GTCA-AG----------------------------------------------------------------GTC-TTG-AAGG-AGACACAGTCTCATATGGGATGGAATTCCACA----ATG-------TGATGATCCTTA---GAAAGAAGGAGA-TTTCAG-AGAAGCAGTATAGGCTAGGGA--TCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-GGTGA-GA---TGAAGAAGAC----------------ATTG--AA---GGGA--GA-----GATA-ATGGTCTTTGTCA----ATAGAGA----CACAGCTG--A------A------T------GA-----ATTTT-G-AATA-----AG----A----AG-------GCTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTCATTTTTAGCATCTCGCCTATGT-GGCTCTGAATTCT---CCAACACTTACAGCGC----CACCTTGTTGATGTTC
gi|6 : ttattataacgcctgggagaactttcatttcaatgaataatcgcaaaacacaacagactacaccaataagatgcggaaagctaaggggtgtagaatatttattatctatatcgggatactataAGGTG-A---A-CTGGTGGCA-ACTTGCAATT-----A-AATCAA--CA---A-A-AA-A-A-T----A-AAA--AGTAGGTCGGTGCAAAGTCGCT-A-T-AAAATG-TAAATTTACAATGTATGATGTAAGATG-TAATGGGTAGCTG--TC-AATT------A-AAAA--TAATTGAAAGTC---TACCTAA---TTCA-AGTCT-------AGAACTTAGACTTG-------------AA-------------C-TTGT-TGATGGTC-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGTATTCCATA----ATG-------GGGTGATCCTTG---GAAAGAAAGAGAATTTCA-GTGAGTCAGTACAGGCGAGGGA--TCTCCTATAGATACT-G-A-AAAGG-G-TAA-GA---TGAGGTTGACCTTGACGATTGCT--ACTTGTCAAT-TCAGACAAAACTGTGATGTATT----TTATAA----A-----------A-----A--A------A------T------AC-----AT-------GAA---------------------------TGTTAA---TATCCCTACAATGTTGGAGGATTGGTCTAAAAAGGTC--TTCCAGCATCTCTCATACAT-GGCTCCTATTTC----CTAACACTTA
gi|7 : taatctaatgtctgtctgtactgcacacactga----ATT-------GGATGATCCATG---GAAAGAAGGG-AATTTCAGG--AACC-------GCA------------T----ATACT-G-A-AAA-G-GGTTG-GA---TGAGGAAGACCTTGA---TCGATGTGATTC--GATAGGGGACAGA----T---A-CTTGCCATTGTCA----GTCGAAA----AG-----A--A------ACCGTAAT------GG-----ATTTTGA-AGAA-----AA----AGACAAG-------ACTTTTGA---TATATCTACGTTGCTGGAGGGTTGGACAAGACAGGTC--TTCCAGCGTATTCCCTTCTT-GGGTGATATT--T---CCTACATTTGCAAC-CGTGACACCTGGCCACTGTTTTCTCTGCCATTCCTA---TGGTGTATTTTAGACTAGGCACGTAGG--------C--------TTCAAATGTGGGAAGCACTTAAACTTGTGCGGGTGGTGGAGGTCTTTATGATCTTAC--TAATATCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTTAGGAGCAAAATACACGTTTCTTATAAGGAAGCCGATGGTTTTCATGGCTTTA
gi|8 : aTGGGCATTAC--GA----CCAGTG-GT--G-GTGATGGCA-ACTTGCA--T-----A-TACCAAG-TACACACA-AA-A-A------A-AAA--GGTTGTTCTTTGCACAGCAGTT-A-CAAAAAAG-TTAA---AC
gi|8 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaaATTGTC-TCT-AATG-A--CACGGTCTCATGTGGAAGAGAATTCCATA----ATT-------GCATTATGCTTG---GAAAGAAAGAGAATATCA-ATGAATCAGTATAGGAAAGGGA--TACCCT----GTACT-G-ATAAG-G-G-CAG-AC---TGAGGAAGACCTTAAGGATCGTAGGGATagtacacccatattattgtctctaatgacacggtctcatgtggaagagaattccataattgcattatgcttggaaagaaagagaatatcaatgaatcagtataggaaagggataccctgtactgataagggcagactgaggaagaccttaaggatcgtagggat
gi|9 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaatgggcattacgaccagtggtggtgatggcaacttgcatataccaagtacacacaaaaaaaaaggttgttctttgcacagcagttacaaaaaagttaaacagtacacccatattCACATTTAAAACTGAGCACCAC--AG----CAGTTG-GT--G-GTGGTGGCA-ACTTGGA--T-----A-GATCAA-------ACATAA-G-A-T----G-------GTAGGTCAATGCAAAGTTG------------G-CAAA----CTATTCA-----CAAAAAAATAAGGTGTTTCTG--AA-CA-TT-----A-CACA--AAGTTGACAGCACAATACCCAA---TTCA-AGTCT-------A------------G-------------AAATAAAGACTTTAAC-TTGT-TGAT-TTCATCATACAG-A---ACAGTCTCACATGAAATGGACTTCCATG----ATG-------GGGTGGTTGCTG---AAAAGAAGGAACATTTTAGG-GAATCAGTATAGGCAAGGGA--TCTCCT----ATACT-G-A-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATGAACAGAGACATAGACACCGAGGCTGGAAGCCTGTTCTTCCACTATAGTGGCTATTTTTAAAATAACGT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 33333333333333333333333333 88888888888888888888888888888888888 111 1111 1 22222222 44444444444444444444444444444 11111 111 11111 22222222222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 1111111 3333333333333 1111 44444444444 111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666 2 11111 2 0 33 66666 2 6 444 2 2 7 4444444 3 33 1 2 444 2 2 0 555 2 77777 2 1 1 66 11111111111111111111111111 2 9999 6666 0 8888 0 0 555 5 88888888888888888888888888888888888 2 2 0 2 33 0 5555 5555 8888888 2 1 666 4 3333 3 3 3 6 3 0 3 555 22 0 22 999 55555555 44 8888 8888 66666666666666666666666666666 00000 444 11111 66666666666666666666666 888 66 1 5 0 888 0 2222 1 11 5 0 2 5 0 11111111111111111111111111111 1 7777777 77 1111111111111 77 1 4 1 2222 1 22 222 2 3 1 44444444444 8 4 1 1 0 444 88 88 1 1
lowQualScore : . .. .... . ..... . . .. ..... . . ... . . . ....... . .. . . ... . . . ... . ..... . . . .. .......................... . .... .... . .... . . ... . ................................... . . . . .. . .... .... ....... . . ... . .... . . . . . . . ... .. . .. ... ........ .. .... .... ............................. ..... ... ..... ....................... ... .. . . . ... . .... . .. . . . . . ............................. . ....... .. ............. .. . . . .... . .. ... . . . ........... . . . . . ... .. .. . .
lowQualScore : 1 99 1111 7 22222 9 7 44 22222 5 1 444 5 5 5 4444444 5 77 3 9 666 0 9 1 000 1 77777 9 0 0 88 66666666666666666666666666 9 5555 1111 9 0000 2 6 000 7 33333333333333333333333333333333333 7 9 6 7 77 9 5555 7777 7777777 9 6 999 2 1111 1 1 1 7 3 0 3 888 77 2 33 666 00000000 88 5555 5555 55555555555555555555555555555 00000 999 11111 11111111111111111111111 888 99 1 0 2 888 1 1111 4 99 7 4 3 1 3 66666666666666666666666666666 0 7777777 99 4444444444444 99 0 3 7 1111 0 11 333 1 0 0 44444444444 0 6 4 0 2 000 55 55 0 0
consensus : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----C-AAAANGTAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGC---NTACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AAC-TCGT-TGATAGTC-TC-NAAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACTT----GGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
Reference ( family-101 ) : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----C-AAAANGTAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGC---ATACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AAC-TCGT-TGATAGTC-TC-NAAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACTT----GGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGCGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
gi|1 : CACTCTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAAATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--C-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCTCT-A-T-AAAAGG-TTAA---ACTATCTA-----C-AAAGGGTAAGGTGTAGCTG--T-------------C-CA---------A-AATA--GAA----TTGACGGC---ATTCCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AAC-TCGT-TAATAGTT-TC-CAAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATT----GTG-------GGATGAACCTTTGAAAGAAAG-GGAATTTCAGGGGAACCGGTATAGGCAAGGGGTCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGA-GA---TGACAATGATCATGAGGATCACTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATAGTCCTTGTCA----ATCAAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-ATGGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTCAGTCAAGAAAGGTC--TTCAAGCATCTCCCCTTCAT-GGCTTCAATTTCT---CCAACATTTGCAGCAC----CACCAGGCCTCTGTTCTCTGCATCATTCCTAAC-CAGTATATTTTGGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTTT--CTGG-------------GGTCTTAC--TAACATCTTATAAGCCAGGAATTT----AGTAGCCTAAGGAGCAAAAGATAAGTTCTTCCCAAGGAAGCCCATGGTTCTGTTGGCTTTAGACGTTAT-T---GGCT-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCAAGTTATTAAATGAAAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCATACTCTTAAGTA--TTAC--TTAAGTGTGTATTTAAA
gi|10 : TTACA--T-----A-GATCAAGCTA---TCA-AA-A-AAT-----AGCA--AGTGGATCTATGAAAGGTCGCT-A-T-GAAATG-TTAG---ACTATAAA-----C-AAGGTGTAATGGGTAGTTG--T-------------C-AAT-T------A-AACG--GAA----TTGGCAGT---CTACCCAA---TTCA-ATTGT--------AAAACTTAGATTTG-------------AAC-TCTT-TGATAGTC-TC-CAAGG-----ACAGTCTTACATGGAAGAGAATTCTATT----GTG-------AGATGATCTTTGGAAAGAAGG-AGAATTT-AAGTGAATCAGTATATGCGAGGGATATCCT----ATACT-G-A-AAATG-G-TGA-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGATCGATGGGATTGGAAATGGGACA---GGTAATTGTCCTTGTCA----ATTATGA----CA-----A--ATCCGTGA------T------GC-----ATTCT-A-TAAA-----AA----A----A-----A-------Atgaaatttgggaattttgatggtgatttgtaaccctttaagtgtgacatttggagatattaaatttcataagccaggtctcttcccaggtgactagcttgtcagtgtcctcttgcagt
gi|11 : ACGCTCAATGTTGAGAATCAC--AG----CAGGTG-G---A-GTGA---CA-AGTTGCA--T-----A-GACAAAGCTA---ACA-AA-AAA-T-----AACA--AGTGGGTCTATGCAAAGTCATT-T-T-AAAATG-TAAA---ACTAAATA-----C-AAAGCGTAAGGGGGAGCTG--T-------------CAAA--T------A-AAAA--GAA----TTGACAGT---CTACCTAG---TTCA-TGTCT--------A------------GAACTAAGAACATTAAC-TCAT-TGATAGTC-TC-AAAGG-A--CATTTTCTCACAT------------------------------------TCTT-GGAAAGAAGG-GGAATTTCA-GTGAACCAGTATAGGCAAGGGGTCTCAT----GTACT-GAA-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGAATTGCTGGGATTAGA------ACA---GATAATTGTCC---TCA----ATCGAGA----CA-----A--A------AC-----T------GT-----
gi|12 : atactgcttCACGCTCAATACTGAGC--CGCTAGGTGTACAGGTGTA---G-ATGGTAGCA-ACGTGTA--T-----T-GATCAGGTTA---TCA-AA-ATA-A-----AACA--AGTAGGTCTAGGCAAAGCCACTCA-A-AAAACG-TAAA---AC-------------AAAAAGTACTGG-TTGCTA--T-------------T-G---T------A-AAAA--GAA----C--ACAGC---CTAC--AA---CTTATA--CT--------A------------G-------------AAC-TCGT-TTACAGTC-TC-AAATG-A--CAT--TTTCACATGAATGGGAATTATATC----ATG-------GAA-AATCCTTG-AAAGAAAA-GGATTTTCAAAT-AATCGCTAT----TAATGATCTCCTTTTAATATT-G-A-AAG-G-A-TGG-AT---TCAGGAAGACCTTGAGAATCGTAGAGATta
gi|13 : ctgcaCT--------T------------G-------------AAC-TTGCATG-TAGTC-TC-CACTTTC--CAAAGTCTCACATGGAAGGGAATAACATA----ATG-------GAATTCTTCTTGGAAAGAAGG-AGACTTTCAGG
gi|13 : ttaTCTTCT--------T-G-G-AAA-G-A-AGGAGACTTTCAGGAAGACACTGAGGATCATAGGGATTCAATAAGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCAGGACATACAGA----AAG----A--A------A------T------GTGATGAATTCTGA-AGAACAACAAA----A----A-----G-------ATAGATGACATTATCTC----ATC-------ATTGGCCAAGAAAGCTC--TTCCAGCATTTCCTCTACAT-GACTCTGATTTCTTTATCAACGCTTaagacactgaggatcatagggattcaataagggacagataattgtccttgtcaggacatacagaaagaaatgtgatgaattctgaagaacaacaaaaagatagatgacattatctcatcattggccaagaaagctcttccagcatttcctctacatgactctgatttctttatcaacgctt
gi|14 : ttacttgaacttgcatgtagtctccactttccaaagtctcacatggaagggaataacataatggaatCATGTTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAGGTT-A---G-TCGGTTGCA-ACTTTCA--T-----A-GATAAAA-TA---ACA-GG-A-A-------GCCT--ACTAAGTCTATGCAAAGTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----C-AAAGGGTAAGGGGTAGCTA--T-------------C-AA--A------A-AAAATTCAG----TTGCCATC---CTCCACAG---TTCA-AGTCA--------A------------GAACTTA-------AAC-TCGT-TAAAAGTC-TC-CAAAG-----TCAGTCTCACAAGGAAAGGAATTCTACA----G-------------------TGGAAAGAAGG-ACCATTTCAGG-GAATCAGTATA
gi|15 : tgctTTACAACAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGTATCATTTCTAAC-CAGT-----CCAGGCATG-----TAG--------GC--------TCCAGCATTGGGATGCA---TT--TTTTAC--CTAG-------------GGTCTTAC--TAATGTCTTATAAGCCAGACAATTCAATGGTAGCATAAAAAGCAAAAGACAAGTTCATCTTGAGGAATTCTATGGTTCTACTGGCTTTAAAGATTATATTCATG-A-GGAATGCGAATGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTCA
gi|16 : ctgcctGCATCGC--GG----CAGGTG-G---TCGTAGTAGCA-A------------------------TA---AAA-CA-T-A-T-----ACCA--AGTGGTTCT-TGCAACGCCGCT-A-C-AAAAA--TAAA---ACTATTTA-----C-AAAAAATAAGAGGTTGCTG--T-------------T--A--T------A-AATC--AAA-----TGACAGC---AAGTCTAGAACTT---AGACTTGAAGAA-A------------G-------------AGC-TCGT-TAATAGTC-TC-GGAGG-A--CACAGTTTTAAATGGGATGGAATTCCGTA----ATGACCGCCTGGGCGATCCTTGGAAAGgaaaatcataatcat
gi|17 : caacctatatatatatatatctaaactCAA----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CAGTATATTTCAGAC--------TGG--------GCATATGGACTCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTAT--CTGG-------------GATCTTAT--TAAGGTCTTATAGACCAGGCACTT----GGTAGCCTTAGGAA-AAAGGATAGGTTCTTCTTTAGGAAACCTAGGGTTCTg
gi|18 : TCAAGC-----ACA-CACA-A-T-----AACACAAGTAGCTCTTTGTTAAGTCGCA-ACT-AAAATA-CAAA---GCTGCATA-----C-AAAAAGTAGAAGGTTACTGTTT-------------C-AT--T------A-ATTA--GGT----TTG-CATT---ATAGCGGA---GTCA-ATTCT--------A------------G-------------AAC-Ta
gi|19 : atacaacatttttatctatctctcctatacttggcatcacggcagACGCTCAATGTTGAGCATTTT--GA----CAGGTG-G---G-ATGGTGGCA-ACTTGAA--T-----A-AATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----At
gi|2 : taatttaaatattatttttcagaaatgtggtgtccaggacaatttatataattaggtctatctattgatactgctgaA--T-----A-AATCAAGCAT---ACA-CA-ACA-T-----A-CA--AGTAGGTAT-T---AAGTAGCG-G-C-AAAAAGGTAAA---ACTATTAA-----C-AACATATAAGAGATTGATG--T-------------T-AC--T------T-A------------TTTCCGGC---AAACCCAG---TTCA-AGTCA--------A------------G-------------AACCTCAT-TTACAGTG-TA-AAAGA-A--CATCGCCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATT-------GGATGATTCCTGTTAAAAAGA-AGA------------TCAATATCGGCAACGGATCTCCT----GTTTTCG-A-AAT-G-G-TGG--A---TCGCGCCAA---TGGGGA---CTGATACAG--TAGGAGACAGACAAT---------TGACA----A-CGAAAACTTTG-----ATTA------A------T------TT-----AACTA-A-AGAA-----GA----GG---A-----G-------AATATTAA---CATTCCTACGTTATTGAAGGGTTTGCCAAAATAGGTC--TTCTAGGACCTCTTCTACGT-TGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAACAT----CATCTTGTCGCTGTT---TAC----TTTGTAAC-CTGTGGATTTCAGTC--------TGGGTAGGTTTGC--------TCTAAATTCTAGTTGCA---AA--TTCTAC--ATTG-------------GGTTTTAC--TAAGGTTCTATAATTCAGGCATTT----GGTAGCCTAAGGAGCAAACTCTAAGTTTCTTCTAAGGAAGCCTGAGGTTCTAT--GCCTTCGGTATTAT-A---TG-TAGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATATCAAGTTGTTAAATGAGAGACC----TGTTTAAATGAAGTCACAGTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAAggcaataaaatgtaaaa
gi|20 : gaATTTGGGACCTA-------TTCTAC--CTGT-------------GGTCTTAG--TAAGGTTTTACAAGCAAGG-----------TAGCCTTAGGAGCAAAAGACAA---------------------GATTATATTAGCTTTACAGGTAA-----------GG-AT----------------AGCGAGTTGTTCAATGACAGTCCAAAGTATTTAGCA
gi|21 : -AAGAAATAAGGGGTTGCTG--TTGCAAATATGTCAC-AACTT------A-GACAT-GAACTCTTTGACAGT---CT-CCAAG---GACACAGTCTCACATGACAT-----------G-------------AAC-TC---TGACAGTC-TC-AAAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGG
gi|22 : CATGCTCAATGTTAAGCATCAC--GG----CAGGTT-GCACG-ATGGTGGCA-A----TA--T-----G-GATGGAGATA---ACA-AG-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTTTAca
gi|23 : tctgtctgtctaacattcgatcgatactgcctgctCGCTGTTCTCTGCAACATTGCTGACTCGGAATAT----------------AG--------TT--------TCCGATTTTTTGATGCA---AA--TGCTAC--CTTG-------------TGTCTTACTATAATATTTTAC----------CTT----GGTAGCCCTAAGAataagggtcgttt
gi|24 : accctatGAGCATTGT--GG----CAGGTG-G---G-GTGA-GGCA-AATTGAA--TAGATCA-GATCAAGATA---ACA-AA-A-A-TTTAAAAACA----TA-ATCTATG
gi|26 : gggACGCTCACAGTTGAGCATCAC--GG----CAGGT--G---G-GTAGTGATATAC-TGCA--G-----ACGCTCAAatcctattcta
gi|27 : tctatactgcagCGCTCAATATTGAGTATCAT--GG----CAAGTG-agt
gi|3 : acatcaagatactgtactCGCTCAATGGTGAGCATCAC--GG----CAGATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ATA-AA-A-A-A-----AAAA--AGTGGGTCTATGCCAATTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----C-AAAGTGCGATGGGTAGCCG--T-------------C-AA--TTCAATTA-AAAA--GAA----CTGACAGT---CTACCCAA---TTCA-AGTCT--------AAAACTAAGACTTG-------------AAC-TCGT-TGATAGTC-TC-AAATG-A--TACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTTA-GTGAATCAGTATAGGCCAGGCATCTTCT----ACACT-G-A-AAA-G-GATGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGGTCGCTGGGATTGGATATGGAACAGAT-ATG--TGTCATTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--AACCATGA------T------GT-----ACTTT-ATAAAA-----AA----A----A-----ACGACAATACTTTCAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCTAGAATCTCCCCTACAT-GGCTCCTTTTTCT---TTAACGCTTat
gi|4 : ggacaaatgtaatctatgaatgaagcaaatacaccggagactttagaaacgcaacgctcagttaaactgaaataaaacatcgagttctttgtcgattttttttaaattattctatttgttaatataaaatctgtctatattgcactTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAAAG-TAAA---ACTGTATA-----C-AAACTGTTAGGTCTAGCTG--T-------------A-AA---------A-AAAC--GAA----TTGTTA-----ATG----G---TT-------------------------------------------AAC-ACGT-TTATGGTT-TC-CAAGG-A--CATAGTCTCACATGGAAGGGAAATCCATACATAATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGGTACAATT-CAG-TGAATCAGTATAGGCGAGGGATTTCAT----ATACT-G-A-AAA-GAG-TGG-GA---TAAGAATGTCCTTGAGGATCGCTGGGATTTGATATGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCA----ATTGGGA----CA-----A--A------A------TTGTGATGT-----ATTTT-ATAGAA-----AATGACA----A-----G-------ACTGTTTA---TATCTCTACGATGTTGGAGGATTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTTCCCTACGTAGGTTTTTATTTCT---CAAACGCTTACAGCAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGCACTTTTTCTAAC-CGGAATATATCAGAC--------TGG--------AC--------
gi|4 : aGTAGCCTGAGGAGCAAAAGATAAGTTTCTCCAAAAGTAGCCCAGGGTTCTTTTGGCTTAAGAGGTTAT-T---TG-TTGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTATTGAATGTGAGACCTGTGTATTTGGCAGATGTCACACTaatgagtagcctgaggagcaaaagataagtttctccaaaagtagcccagggttcttttggcttaagaggttatttgttggatgtgagtgtcccaggatagcgagttattgaatgtgagacctgtgtatttggcagatgtcacact
gi|5 : ataggtctatgcaaagtcgctataaaaagtaaaactgtatacaaactgttaggtctagctgtaaaaaaacgaattgttaatggttaacacgtttatggtttccaaggacatagtctcacatggaagggaaatccatacataatgggatgatccttggaaagaaggtacaattcagtgaatcagtataggcgagggatttcatatactgaaaagagtgggataagaatgtccttgaggatcgctgggatttgatatgggacagataattgtccttgtcaattgggacaaaattgtgatgtattttatagaaaatgacaagactgtttatatctctacgatgttggaggattggccaagaaaggtcttccagcatcttccctacgtaggtttttatttctcaaacgcttacagcaccacatggcctctgttctctgcactttttctaaccggaatatatcagactggacaatgaCGCGCTCAATACTGAGCATCGT--GG----AAGGTG-G------TGGTGCCA-ACTTCTA--T-----A-TATCAAGTGT---ACA-GA-A-A-TTTAG-AACA--AGTAGGTCTATGCAAAACAGCT-A-C-AAAAAA-TAAA---ACGATTTA-----C-AAAAAGAAAGAGGTTGCTG--T-------------T-AC--T------ACAAT----------TTGACAGC---ATACCCAA---GTCA-AG----------------------------------------------------GTC-TT-GAAGG-AGACACAGTCTCATATGGGATGGAATTCCACA----ATG-------TGATGATCCTTAGAAAGAAGG-AGA-TTTCAGA-GAAGCAGTATAGGCTAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-GGTGA-GA---TGAAGAAGAC----------------ATTGAA---GGGA--GA-GATAATGGTCTTTGTCA----ATAGAGA----CACAGCTG--A------A------T------GA-----ATTTT-G-AATA-----AG----A----A-----G-------GCTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTCATTTTTAGCATCTCGCCTATGT-GGCTCTGAATTCT---CCAACACTTACAGCGC----CACCTTGTTGATGTTC
gi|6 : ttattataacgcctgggagaactttcatttcaatgaataatcgcaaaacacaacagactacaccaataagatgcggaaagctaaggggtgtagaatatttattatctatatcgggatactataAGGTG-A---A-CTGGTGGCA-ACTTGCAATT-----A-AATCAA--CA---A-A-AA-A-A-T-----AAAA--AGTAGGTCGGTGCAAAGTCGCT-A-T-AAAATG-TAAATTTACAATGTATGATGT-AAGATGTAATGGGTAGCTG--T-------------C-AAT-T------A-AAAA--TAA----TTGAAAGT---CTACCTAA---TTCA-AGTCT--------AGAACTTAGACTTG-------------AAC-TTGT-TGATGGTC-TC-CAAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGTATTCCATA----ATG-------GGGTGATCCTTGGAAAGAAAG-AGAATTTCA-GTGAGTCAGTACAGGCGAGGGATCTCCTATAGATACT-G-A-AAAGG-G-TAA-GA---TGAGGTTGACCTTGACGATTGCT---------------AC---------TTGTC------A----ATTCAGA----CA-----A--AACTGTGA------T------GT-----ATTTT-A-TAAA-----AA----A----ATACATG-------AATGTTAA---TATCCCTACAATGTTGGAGGATTGGTCTAAAAAGGTC--TTCCAGCATCTCTCATACAT-GGCTCCTATTTC----CTAACACTT
gi|7 : taatctaatgtctgtctgtactgcacacactgaA----ATT-------GGATGATCCATGGAAAGAAGG--GAATTTCAGG--AACC-------GCA----------T----ATACT-G-A-AAA-G-GGTTG-GA---TGAGGAAGACCTTGA---TCGATGTGATTCGATAGGGGACAGAT---ACTTGCCATTGTCA----GTCGAAA----AG-----A--A------ACCGTAAT------GG-----ATTTTGA-AGAA-----AA----AGACAA-----G-------ACTTTTGA---TATATCTACGTTGCTGGAGGGTTGGACAAGACAGGTC--TTCCAGCGTATTCCCTTCTT-GGGTGATATT--T---CCTACATTTGCAAC-CGTGACACCTGGCCACTGTTTTCTCTGCCATTCCTA---TGGTGTATTTTAGACTAGGCACGTAG--------GC--------TTCAAATGTGGGAAGCACTTAAACTTGTGCGGGTGGTGGAGGTCTTTATGATCTTAC--TAATATCTTATAAGCCAGGCACTT----GGTAGCCTTAGGAGCAAAATACACGTTTCTTATAAGGAAGCCGATGGTTTTCATGGCTTTAa
gi|8 : TGGGCATTAC--GA----CCAGTG-GT--G-GTGATGGCA-ACTTGCA--T-----A-TACCAAG-TACACACA-AA-A-A-------AAAA--GGTTGTTCTTTGCACAGCAGTT-A-CAAAAAAG-TTAA---AC
gi|8 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaaATTGTC-TC-TAATG-A--CACGGTCTCATGTGGAAGAGAATTCCATA----ATT-------GCATTATGCTTGGAAAGAAAG-AGAATATCA-ATGAATCAGTATAGGAAAGGGATACCCT----GTACT-G-ATAAG-G-G-CAG-AC---TGAGGAAGACCTTAAGGATCGTAGGGATagtacacccatattattgtctctaatgacacggtctcatgtggaagagaattccataattgcattatgcttggaaagaaagagaatatcaatgaatcagtataggaaagggataccctgtactgataagggcagactgaggaagaccttaaggatcgtagggat
gi|9 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaatgggcattacgaccagtggtggtgatggcaacttgcatataccaagtacacacaaaaaaaaaggttgttctttgcacagcagttacaaaaaagttaaacagtacacccatattCACATTTAAAACTGAGCACCAC--AG----CAGTTG-GT--G-GTGGTGGCA-ACTTGGA--T-----A-GATCA----A---ACATAA-G-A-T-----------GGTAGGTCAATGCAAAGTTG------------G-C-AA---ACTATTCA-----CAAAAAAATAAGGTGTTTCTGA-A-------------C-AT--T------A-CACA--AAG----TTGACAGCACAATACCCAA---TTCA-AGTCT--------A------------GAAATAAAGACTTTAAC-TTGT-TGAT-TTCATCATACAG-A---ACAGTCTCACATGAAATGGACTTCCATG----ATG-------GGGTGGTTGCTGAAAAGAAGG-AACATTTTAGG-GAATCAGTATAGGCAAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATGAACAGAGACATAGACACCGAGGCTGGAAGCCTGTTCTTCCACTATAGTGGCTATTTTTAAAATAACGT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 33333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 22222222 44444444444444444444444444444 11111 111 11111 22222222222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 1111111 3333333333333 1111 44444444444 111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666 2 11111 2 0 33 66666 2 777777 2 2 7 4444444 5 33 1 2 444 2 2 555 2 77777 1 2 1 33 44444444444444444444444444 2 9999 6666 0 6666 0 0 555 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 0 2 33 0 5555 5555 8888888 2 1 666 4 3333 3 3 3 6 3 0 3 555 22 0 22 999 55555555 44 8888 8888 66666666666666666666666666666 00000 444 11111 66666666666666666666666 888 66 1 5 0 888 0 2222 1 11 5 0 2 5 0 11111111111111111111111111111 1 7777777 77 1111111111111 77 1 000 1 2222 1 22 222 2 3 1 44444444444 8 1 1 0 444 88 88 1 1
lowQualScore : . .. .... . ..... . . .. ..... . ...... . . . ....... . .. . . ... . . ... . ..... . . . .. .......................... . .... .... . .... . . ... . .................................................. . . . . .. . .... .... ....... . . ... . .... . . . . . . . ... .. . .. ... ........ .. .... .... ............................. ..... ... ..... ....................... ... .. . . . ... . .... . .. . . . . . ............................. . ....... .. ............. .. . ... . .... . .. ... . . . ........... . . . . ... .. .. . .
lowQualScore : 1 99 1111 7 22222 9 7 44 22222 5 333333 5 5 5 4444444 2 77 3 9 666 0 9 000 1 77777 0 9 0 99 44444444444444444444444444 9 5555 1111 9 0000 9 6 000 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555 7 9 6 7 77 9 5555 7777 7777777 9 6 999 2 1111 1 1 1 7 3 0 3 888 77 2 33 666 00000000 88 5555 5555 55555555555555555555555555555 00000 999 11111 11111111111111111111111 888 99 1 0 2 888 1 1111 4 99 7 4 3 1 3 66666666666666666666666666666 0 7777777 99 4444444444444 99 0 999 7 1111 0 11 333 1 0 0 44444444444 0 4 0 2 000 55 55 0 0
consensus : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
Reference ( family-101 ) : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
gi|1 : CACTCTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAAATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--C-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCTCT-A-T-AAAAGG-TTAA---ACTATCTA-----CAAAGGG-TAAGGTGTAGCTG--T-------------C-CA---------A-AATA--GAA----TTGACGGCA---TTCCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TAATAGTT-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATT----GTG-------GGATGAACCTTTGAAAGAAAG-GGAATTTCAGGGGAACCGGTATAGGCAAGGGGTCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGA-GA---TGACAATGATCATGAGGATCACTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATAGTCCTTGTCA----ATCAAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-ATGGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTCAGTCAAGAAAGGTC--TTCAAGCATCTCCCCTTCAT-GGCTTCAATTTCT---CCAACATTTGCAGCAC----CACCAGGCCTCTGTTCTCTGCATCATTCCTAAC-CAGTATATTTTGGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTTT--CTGG-------------GGTCTTAC--TAACATCTTATAAGCCAGGAATT----TAGTAGCCTAAGGAGCAAAAGATAAGTTCTTCCCAAGGAAGCCCATGGTTCTGTTGGCTTTAGACGTTAT-T---GGCT-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCAAGTTATTAAATGAAAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCATACTCTTAAGTA--TTAC--TTAAGTGTGTATTTAAA
gi|10 : TTACA--T-----A-GATCAAGCTA---TCA-AA-A-AAT-----AGCA--AGTGGATCTATGAAAGGTCGCT-A-T-GAAATG-TTAG---ACTATAAA-----CAAGGTG-TAATGGGTAGTTG--T-------------C-AAT-T------A-AACG--GAA----TTGGCAGTC---TACCCAA---TTCA-ATTGT--------AAAACTTAGATTTG-------------AA-------------C-TCTT-TGATAGTC-TCC-AAGG-----ACAGTCTTACATGGAAGAGAATTCTATT----GTG-------AGATGATCTTTGGAAAGAAGG-AGAATTT-AAGTGAATCAGTATATGCGAGGGATATCCT----ATACT-G-A-AAATG-G-TGA-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGATCGATGGGATTGGAAATGGGACA---GGTAATTGTCCTTGTCA----ATTATGA----CA-----A--ATCCGTGA------T------GC-----ATTCT-A-TAAA-----AA----A----A-----A-------Atgaaatttgggaattttgatggtgatttgtaaccctttaagtgtgacatttggagatattaaatttcataagccaggtctcttcccaggtgactagcttgtcagtgtcctcttgcagt
gi|11 : ACGCTCAATGTTGAGAATCAC--AG----CAGGTG-G---A-GTGA---CA-AGTTGCA--T-----A-GACAAAGCTA---ACA-AA-AAA-T-----AACA--AGTGGGTCTATGCAAAGTCATT-T-T-AAAATG-TAAA---ACTAAATA-----CAAAGCG-TAAGGGGGAGCTG--T-------------CAAA--T------A-AAAA--GAA----TTGACAGTC---TACCTAG---TTCA-TGTCT--------A------------GAACTAAGAACATTAA-------------C-TCAT-TGATAGTC-TCA-AAGG-A--CATTTTCTCACAT------------------------------------TCTT-GGAAAGAAGG-GGAATTTCA-GTGAACCAGTATAGGCAAGGGGTCTCAT----GTACT-GAA-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGAATTGCTGGGATTAGA------ACA---GATAATTGTCC---TCA----ATCGAGA----CA-----A--A------AC-----T------GT-----
gi|12 : atactgcttCACGCTCAATACTGAGC--CGCTAGGTGTACAGGTGTA---G-ATGGTAGCA-ACGTGTA--T-----T-GATCAGGTTA---TCA-AA-ATA-A-----AACA--AGTAGGTCTAGGCAAAGCCACTCA-A-AAAACG-TAAA---AC------------AAAAAG-TACTGG-TTGCTA--T-------------T-G---T------A-AAAA--GAA----C--ACAGCC---TAC--AA---CTTATA--CT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TTACAGTC-TCA-AATG-A--CAT--TTTCACATGAATGGGAATTATATC----ATG-------GAA-AATCCTTG-AAAGAAAA-GGATTTTCAAAT-AATCGCTAT----TAATGATCTCCTTTTAATATT-G-A-AAG-G-A-TGG-AT---TCAGGAAGACCTTGAGAATCGTAGAGATta
gi|13 : ctgcaCT--------T------------G-------------AA-------------C-TTGCATG-TAGTC-TCC-ACTTTC--CAAAGTCTCACATGGAAGGGAATAACATA----ATG-------GAATTCTTCTTGGAAAGAAGG-AGACTTTCAGG
gi|13 : ttaTCTTCT--------T-G-G-AAA-G-A-AGGAGACTTTCAGGAAGACACTGAGGATCATAGGGATTCAATAAGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCAGGACATACAGA----AAG----A--A------A------T------GTGATGAATTCTGA-AGAACAACAAA----A----A-----G-------ATAGATGACATTATCTC----ATC-------ATTGGCCAAGAAAGCTC--TTCCAGCATTTCCTCTACAT-GACTCTGATTTCTTTATCAACGCTTaagacactgaggatcatagggattcaataagggacagataattgtccttgtcaggacatacagaaagaaatgtgatgaattctgaagaacaacaaaaagatagatgacattatctcatcattggccaagaaagctcttccagcatttcctctacatgactctgatttctttatcaacgctt
gi|14 : ttacttgaacttgcatgtagtctccactttccaaagtctcacatggaagggaataacataatggaatCATGTTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAGGTT-A---G-TCGGTTGCA-ACTTTCA--T-----A-GATAAAA-TA---ACA-GG-A-A-------GCCT--ACTAAGTCTATGCAAAGTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----CAAAGGG-TAAGGGGTAGCTA--T-------------C-AA--A------A-AAAATTCAG----TTGCCATCC---TCCACAG---TTCA-AGTCA--------A------------GAACTTA-------AA-------------C-TCGT-TAAAAGTC-TCC-AAAG-----TCAGTCTCACAAGGAAAGGAATTCTACA----G-------------------TGGAAAGAAGG-ACCATTTCAGG-GAATCAGTATA
gi|15 : tgctTTACAACAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGTATCATTTCTAAC-CAGT-----CCAGGCATG-----TAG--------GC--------TCCAGCATTGGGATGCA---TT--TTTTAC--CTAG-------------GGTCTTAC--TAATGTCTTATAAGCCAGACAATTCAATGGTAGCATAAAAAGCAAAAGACAAGTTCATCTTGAGGAATTCTATGGTTCTACTGGCTTTAAAGATTATATTCATG-A-GGAATGCGAATGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTCA
gi|16 : ctgcctGCATCGC--GG----CAGGTG-G---TCGTAGTAGCA-A------------------------TA---AAA-CA-T-A-T-----ACCA--AGTGGTTCT-TGCAACGCCGCT-A-C-AAAAA--TAAA---ACTATTTA-----CAAAAAA-TAAGAGGTTGCTG--T-------------T--A--T------A-AATC--AAA-----TGACAGCA---AGTCTAGAACTT---AGACTTGAAGAA-A------------G-------------AG-------------C-TCGT-TAATAGTC-TCG-GAGG-A--CACAGTTTTAAATGGGATGGAATTCCGTA----ATGACCGCCTGGGCGATCCTTGGAAAGgaaaatcataatcat
gi|17 : caacctatatatatatatatctaaactCAA----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CAGTATATTTCAGAC--------TGG--------GCATATGGACTCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTAT--CTGG-------------GATCTTAT--TAAGGTCTTATAGACCAGGCACT----TGGTAGCCTTAGGAA-AAAGGATAGGTTCTTCTTTAGGAAACCTAGGGTTCTg
gi|18 : TCAAGC-----ACA-CACA-A-T-----AACACAAGTAGCTCTTTGTTAAGTCGCA-ACT-AAAATA-CAAA---GCTGCATA-----CAAAAAG-TAGAAGGTTACTGTTT-------------C-AT--T------A-ATTA--GGT----TTG-CATTA---TAGCGGA---GTCA-ATTCT--------A------------G-------------AA-------------C-Ta
gi|19 : atacaacatttttatctatctctcctatacttggcatcacggcagACGCTCAATGTTGAGCATTTT--GA----CAGGTG-G---G-ATGGTGGCA-ACTTGAA--T-----A-AATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----At
gi|2 : taatttaaatattatttttcagaaatgtggtgtccaggacaatttatataattaggtctatctattgatactgctgaA--T-----A-AATCAAGCAT---ACA-CA-ACA-T-----A-CA--AGTAGGTAT-T---AAGTAGCG-G-C-AAAAAGGTAAA---ACTATTAA-----CAACATA-TAAGAGATTGATG--T-------------T-AC--T------T-A------------TTTCCGGCA---AACCCAG---TTCA-AGTCA--------A------------G-------------AA-------------CCTCAT-TTACAGTG-TAA-AAGA-A--CATCGCCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATT-------GGATGATTCCTGTTAAAAAGA-AGA------------TCAATATCGGCAACGGATCTCCT----GTTTTCG-A-AAT-G-G-TGG--A---TCGCGCCAA---TGGGGA---CTGATACAG--TAGGAGACAGACAAT---------TGACA----A-CGAAAACTTTG-----ATTA------A------T------TT-----AACTA-A-AGAA-----GA----GG---A-----G-------AATATTAA---CATTCCTACGTTATTGAAGGGTTTGCCAAAATAGGTC--TTCTAGGACCTCTTCTACGT-TGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAACAT----CATCTTGTCGCTGTT---TAC----TTTGTAAC-CTGTGGATTTCAGTC--------TGGGTAGGTTTGC--------TCTAAATTCTAGTTGCA---AA--TTCTAC--ATTG-------------GGTTTTAC--TAAGGTTCTATAATTCAGGCATT----TGGTAGCCTAAGGAGCAAACTCTAAGTTTCTTCTAAGGAAGCCTGAGGTTCTAT--GCCTTCGGTATTAT-A---TG-TAGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATATCAAGTTGTTAAATGAGAGACC----TGTTTAAATGAAGTCACAGTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAAggcaataaaatgtaaaa
gi|20 : gaATTTGGGACCTA-------TTCTAC--CTGT-------------GGTCTTAG--TAAGGTTTTACAAGCAA-----------GGTAGCCTTAGGAGCAAAAGACAA---------------------GATTATATTAGCTTTACAGGTAA-----------GG-AT----------------AGCGAGTTGTTCAATGACAGTCCAAAGTATTTAGCA
gi|21 : AAGAAA-TAAGGGGTTGCTG--TTGCAAATATGTCAC-AACTT------A-GACAT-GAACTCTTTGACAGTC---T-CCAAG---GACACAGTCTCACATGACAT-----------G-------------AA-------------C-TC---TGACAGTC-TCA-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGG
gi|22 : CATGCTCAATGTTAAGCATCAC--GG----CAGGTT-GCACG-ATGGTGGCA-A----TA--T-----G-GATGGAGATA---ACA-AG-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTTTAca
gi|23 : tctgtctgtctaacattcgatcgatactgcctgctCGCTGTTCTCTGCAACATTGCTGACTCGGAATAT----------------AG--------TT--------TCCGATTTTTTGATGCA---AA--TGCTAC--CTTG-------------TGTCTTACTATAATATTTTAC----------CT----TGGTAGCCCTAAGAataagggtcgttt
gi|24 : accctatGAGCATTGT--GG----CAGGTG-G---G-GTGA-GGCA-AATTGAA--TAGATCA-GATCAAGATA---ACA-AA-A-A-TTTAAAAACA----TA-ATCTATG
gi|26 : gggACGCTCACAGTTGAGCATCAC--GG----CAGGT--G---G-GTAGTGATATAC-TGCA--G-----ACGCTCAAatcctattcta
gi|27 : tctatactgcagCGCTCAATATTGAGTATCAT--GG----CAAGTG-agt
gi|3 : acatcaagatactgtactCGCTCAATGGTGAGCATCAC--GG----CAGATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ATA-AA-A-A-A-----AAAA--AGTGGGTCTATGCCAATTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----CAAAGTG-CGATGGGTAGCCG--T-------------C-AA--TTCAATTA-AAAA--GAA----CTGACAGTC---TACCCAA---TTCA-AGTCT--------AAAACTAAGACTTG-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCA-AATG-A--TACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTTA-GTGAATCAGTATAGGCCAGGCATCTTCT----ACACT-G-A-AAA-G-GATGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGGTCGCTGGGATTGGATATGGAACAGAT-ATG--TGTCATTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--AACCATGA------T------GT-----ACTTT-ATAAAA-----AA----A----A-----ACGACAATACTTTCAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCTAGAATCTCCCCTACAT-GGCTCCTTTTTCT---TTAACGCTTat
gi|4 : ggacaaatgtaatctatgaatgaagcaaatacaccggagactttagaaacgcaacgctcagttaaactgaaataaaacatcgagttctttgtcgattttttttaaattattctatttgttaatataaaatctgtctatattgcactTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAAAG-TAAA---ACTGTATA-----CAAACTG-TTAGGTCTAGCTG--T-------------A-AA---------A-AAAC--GAA----TTGTTAATG---------G---TT-------------------------------------------AA-------------C-ACGT-TTATGGTT-TCC-AAGG-A--CATAGTCTCACATGGAAGGGAAATCCATACATAATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGGTACAATT-CAG-TGAATCAGTATAGGCGAGGGATTTCAT----ATACT-G-A-AAA-GAG-TGG-GA---TAAGAATGTCCTTGAGGATCGCTGGGATTTGATATGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCA----ATTGGGA----CA-----A--A------A------TTGTGATGT-----ATTTT-ATAGAA-----AATGACA----A-----G-------ACTGTTTA---TATCTCTACGATGTTGGAGGATTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTTCCCTACGTAGGTTTTTATTTCT---CAAACGCTTACAGCAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGCACTTTTTCTAAC-CGGAATATATCAGAC--------TGG--------AC--------
gi|4 : aGTAGCCTGAGGAGCAAAAGATAAGTTTCTCCAAAAGTAGCCCAGGGTTCTTTTGGCTTAAGAGGTTAT-T---TG-TTGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTATTGAATGTGAGACCTGTGTATTTGGCAGATGTCACACTaatgagtagcctgaggagcaaaagataagtttctccaaaagtagcccagggttcttttggcttaagaggttatttgttggatgtgagtgtcccaggatagcgagttattgaatgtgagacctgtgtatttggcagatgtcacact
gi|5 : ataggtctatgcaaagtcgctataaaaagtaaaactgtatacaaactgttaggtctagctgtaaaaaaacgaattgttaatggttaacacgtttatggtttccaaggacatagtctcacatggaagggaaatccatacataatgggatgatccttggaaagaaggtacaattcagtgaatcagtataggcgagggatttcatatactgaaaagagtgggataagaatgtccttgaggatcgctgggatttgatatgggacagataattgtccttgtcaattgggacaaaattgtgatgtattttatagaaaatgacaagactgtttatatctctacgatgttggaggattggccaagaaaggtcttccagcatcttccctacgtaggtttttatttctcaaacgcttacagcaccacatggcctctgttctctgcactttttctaaccggaatatatcagactggacaatgaCGCGCTCAATACTGAGCATCGT--GG----AAGGTG-G------TGGTGCCA-ACTTCTA--T-----A-TATCAAGTGT---ACA-GA-A-A-TTTAG-AACA--AGTAGGTCTATGCAAAACAGCT-A-C-AAAAAA-TAAA---ACGATTTA-----CAAAAAG-AAAGAGGTTGCTG--T-------------T-AC--T------ACAAT----------TTGACAGCA---TACCCAA---GTCA-AG-----------------------------------------------------------------GTC-TTG-AAGG-AGACACAGTCTCATATGGGATGGAATTCCACA----ATG-------TGATGATCCTTAGAAAGAAGG-AGA-TTTCAGA-GAAGCAGTATAGGCTAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-GGTGA-GA---TGAAGAAGAC----------------ATTGAA---GGGA--GA-GATAATGGTCTTTGTCA----ATAGAGA----CACAGCTG--A------A------T------GA-----ATTTT-G-AATA-----AG----A----A-----G-------GCTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTCATTTTTAGCATCTCGCCTATGT-GGCTCTGAATTCT---CCAACACTTACAGCGC----CACCTTGTTGATGTTC
gi|6 : ttattataacgcctgggagaactttcatttcaatgaataatcgcaaaacacaacagactacaccaataagatgcggaaagctaaggggtgtagaatatttattatctatatcgggatactataAGGTG-A---A-CTGGTGGCA-ACTTGCAATT-----A-AATCAA--CA---A-A-AA-A-A-T-----AAAA--AGTAGGTCGGTGCAAAGTCGCT-A-T-AAAATG-TAAATTTACAATGTATGATGTAAGATG-TAATGGGTAGCTG--T-------------C-AAT-T------A-AAAA--TAA----TTGAAAGTC---TACCTAA---TTCA-AGTCT--------AGAACTTAGACTTG-------------AA-------------C-TTGT-TGATGGTC-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGTATTCCATA----ATG-------GGGTGATCCTTGGAAAGAAAG-AGAATTTCA-GTGAGTCAGTACAGGCGAGGGATCTCCTATAGATACT-G-A-AAAGG-G-TAA-GA---TGAGGTTGACCTTGACGATTGCT---------------AC---------TTGTC------A----ATTCAGA----CA-----A--AACTGTGA------T------GT-----ATTTT-A-TAAA-----AA----A----ATACATG-------AATGTTAA---TATCCCTACAATGTTGGAGGATTGGTCTAAAAAGGTC--TTCCAGCATCTCTCATACAT-GGCTCCTATTTC----CTAACACTT
gi|7 : taatctaatgtctgtctgtactgcacacactgaA----ATT-------GGATGATCCATGGAAAGAAGG--GAATTTCAGG--AACC-------GCA----------T----ATACT-G-A-AAA-G-GGTTG-GA---TGAGGAAGACCTTGA---TCGATGTGATTCGATAGGGGACAGAT---ACTTGCCATTGTCA----GTCGAAA----AG-----A--A------ACCGTAAT------GG-----ATTTTGA-AGAA-----AA----AGACAA-----G-------ACTTTTGA---TATATCTACGTTGCTGGAGGGTTGGACAAGACAGGTC--TTCCAGCGTATTCCCTTCTT-GGGTGATATT--T---CCTACATTTGCAAC-CGTGACACCTGGCCACTGTTTTCTCTGCCATTCCTA---TGGTGTATTTTAGACTAGGCACGTAG--------GC--------TTCAAATGTGGGAAGCACTTAAACTTGTGCGGGTGGTGGAGGTCTTTATGATCTTAC--TAATATCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTTAGGAGCAAAATACACGTTTCTTATAAGGAAGCCGATGGTTTTCATGGCTTTAa
gi|8 : TGGGCATTAC--GA----CCAGTG-GT--G-GTGATGGCA-ACTTGCA--T-----A-TACCAAG-TACACACA-AA-A-A-------AAAA--GGTTGTTCTTTGCACAGCAGTT-A-CAAAAAAG-TTAA---AC
gi|8 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaaATTGTC-TCT-AATG-A--CACGGTCTCATGTGGAAGAGAATTCCATA----ATT-------GCATTATGCTTGGAAAGAAAG-AGAATATCA-ATGAATCAGTATAGGAAAGGGATACCCT----GTACT-G-ATAAG-G-G-CAG-AC---TGAGGAAGACCTTAAGGATCGTAGGGATagtacacccatattattgtctctaatgacacggtctcatgtggaagagaattccataattgcattatgcttggaaagaaagagaatatcaatgaatcagtataggaaagggataccctgtactgataagggcagactgaggaagaccttaaggatcgtagggat
gi|9 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaatgggcattacgaccagtggtggtgatggcaacttgcatataccaagtacacacaaaaaaaaaggttgttctttgcacagcagttacaaaaaagttaaacagtacacccatattCACATTTAAAACTGAGCACCAC--AG----CAGTTG-GT--G-GTGGTGGCA-ACTTGGA--T-----A-GATCAA-------ACATAA-G-A-T-----G------GTAGGTCAATGCAAAGTTG------------G-CAAA----CTATTCA-----CAAAAAAATAAGGTGTTTCTG--AA------------C-AT--T------A-CACA--AAG----TTGACAGCACAATACCCAA---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AAATAAAGACTTTAAC-TTGT-TGAT-TTCATCATACAG-A---ACAGTCTCACATGAAATGGACTTCCATG----ATG-------GGGTGGTTGCTGAAAAGAAGG-AACATTTTAGG-GAATCAGTATAGGCAAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATGAACAGAGACATAGACACCGAGGCTGGAAGCCTGTTCTTCCACTATAGTGGCTATTTTTAAAATAACGT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 33333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777 111 1111 1 22222222 44444444444444444444444444444 11111 111 11111 22222222222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 1111111 3333333333333 1111 44444444444 111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666 2 11111 2 0 33 66666 2 777777 2 2 7 4444444 5 33 1 2 444 2 2 555 2 77777 1 2 1 33 44444444444444444444444444 2 9999 6666 0 6666 0 0 555 5 44444444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 0 2 33 0 5555 5555 8888888 2 1 666 4 3333 3 3 3 6 3 0 3 555 22 0 22 999 55555555 44 8888 8888 66666666666666666666666666666 00000 444 11111 66666666666666666666666 888 66 1 5 0 888 0 2222 1 11 5 0 2 5 0 11111111111111111111111111111 1 7777777 77 1111111111111 77 1 000 1 2222 1 22 222 2 3 1 44444444444 8 1 1 0 444 88 88 1 1
lowQualScore : . .. .... . ..... . . .. ..... . ...... . . . ....... . .. . . ... . . ... . ..... . . . .. .......................... . .... .... . .... . . ... . .................................................. . . . . .. . .... .... ....... . . ... . .... . . . . . . . ... .. . .. ... ........ .. .... .... ............................. ..... ... ..... ....................... ... .. . . . ... . .... . .. . . . . . ............................. . ....... .. ............. .. . ... . .... . .. ... . . . ........... . . . . ... .. .. . .
lowQualScore : 1 99 1111 7 22222 9 7 44 22222 5 333333 5 5 5 4444444 2 77 3 9 666 0 9 000 1 77777 0 9 0 99 44444444444444444444444444 9 5555 1111 9 0000 9 6 000 7 55555555555555555555555555555555555555555555555555 7 9 6 7 77 9 5555 7777 7777777 9 6 999 2 1111 1 1 1 7 3 0 3 888 77 2 33 666 00000000 88 5555 5555 55555555555555555555555555555 00000 999 11111 11111111111111111111111 888 99 1 0 2 888 1 1111 4 99 7 4 3 1 3 66666666666666666666666666666 0 7777777 99 4444444444444 99 0 999 7 1111 0 11 333 1 0 0 44444444444 0 4 0 2 000 55 55 0 0
consensus : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
Reference ( family-101 ) : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
gi|1 : CACTCTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAAATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--C-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCTCT-A-T-AAAAGG-TTAA---ACTATCTA-----CAAAGGG-TAAGGTGTAGCTG--T-------------C-CA---------A-AATA--GAA----TTGACGGCA---TTCCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TAATAGTT-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATT----GTG-------GGATGAACCTTTGAAAGAAAG-GGAATTTCAGGGGAACCGGTATAGGCAAGGGGTCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGA-GA---TGACAATGATCATGAGGATCACTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATAGTCCTTGTCA----ATCAAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-ATGGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTCAGTCAAGAAAGGTC--TTCAAGCATCTCCCCTTCAT-GGCTTCAATTTCT---CCAACATTTGCAGCAC----CACCAGGCCTCTGTTCTCTGCATCATTCCTAAC-CAGTATATTTTGGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTTT--CTGG-------------GGTCTTAC--TAACATCTTATAAGCCAGGAATT----TAGTAGCCTAAGGAGCAAAAGATAAGTTCTTCCCAAGGAAGCCCATGGTTCTGTTGGCTTTAGACGTTAT-T---GGCT-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCAAGTTATTAAATGAAAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCATACTCTTAAGTA--TTAC--TTAAGTGTGTATTTAAA
gi|10 : TTACA--T-----A-GATCAAGCTA---TCA-AA-A-AAT-----AGCA--AGTGGATCTATGAAAGGTCGCT-A-T-GAAATG-TTAG---ACTATAAA-----CAAGGTG-TAATGGGTAGTTG--T-------------C-AAT-T------A-AACG--GAA----TTGGCAGTC---TACCCAA---TTCA-ATTGT--------AAAACTTAGATTTG-------------AA-------------C-TCTT-TGATAGTC-TCC-AAGG-----ACAGTCTTACATGGAAGAGAATTCTATT----GTG-------AGATGATCTTTGGAAAGAAGG-AGAATTT-AAGTGAATCAGTATATGCGAGGGATATCCT----ATACT-G-A-AAATG-G-TGA-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGATCGATGGGATTGGAAATGGGACA---GGTAATTGTCCTTGTCA----ATTATGA----CA-----A--ATCCGTGA------T------GC-----ATTCT-A-TAAA-----AA----A----A-----A-------Atgaaatttgggaattttgatggtgatttgtaaccctttaagtgtgacatttggagatattaaatttcataagccaggtctcttcccaggtgactagcttgtcagtgtcctcttgcagt
gi|11 : ACGCTCAATGTTGAGAATCAC--AG----CAGGTG-G---A-GTGA---CA-AGTTGCA--T-----A-GACAAAGCTA---ACA-AA-AAA-T-----AACA--AGTGGGTCTATGCAAAGTCATT-T-T-AAAATG-TAAA---ACTAAATA-----CAAAGCG-TAAGGGGGAGCTG--T-------------CAAA--T------A-AAAA--GAA----TTGACAGTC---TACCTAG---TTCA-TGTCT--------A------------GAACTAAGAACATTAA-------------C-TCAT-TGATAGTC-TCA-AAGG-A--CATTTTCTCACAT------------------------------------TCTT-GGAAAGAAGG-GGAATTTCA-GTGAACCAGTATAGGCAAGGGGTCTCAT----GTACT-GAA-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGAATTGCTGGGATTAGA------ACA---GATAATTGTCC---TCA----ATCGAGA----CA-----A--A------AC-----T------GT-----
gi|12 : atactgcttCACGCTCAATACTGAGC--CGCTAGGTGTACAGGTGTA---G-ATGGTAGCA-ACGTGTA--T-----T-GATCAGGTTA---TCA-AA-ATA-A-----AACA--AGTAGGTCTAGGCAAAGCCACTCA-A-AAAACG-TAAA---AC------------AAAAAG-TACTGG-TTGCTA--T-------------T-G---T------A-AAAA--GAA----C--ACAGCC---TAC--AA---CTTATA--CT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TTACAGTC-TCA-AATG-A--CAT--TTTCACATGAATGGGAATTATATC----ATG-------GAA-AATCCTTG-AAAGAAAA-GGATTTTCAAAT-AATCGCTAT----TAATGATCTCCTTTTAATATT-G-A-AAG-G-A-TGG-AT---TCAGGAAGACCTTGAGAATCGTAGAGATta
gi|13 : ctgcaCT--------T------------G-------------AA-------------C-TTGCATG-TAGTC-TCC-ACTTTC--CAAAGTCTCACATGGAAGGGAATAACATA----ATG-------GAATTCTTCTTGGAAAGAAGG-AGACTTTCAGG
gi|13 : ttaTCTTCT--------T-G-G-AAA-G-A-AGGAGACTTTCAGGAAGACACTGAGGATCATAGGGATTCAATAAGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCAGGACATACAGA----AAG----A--A------A------T------GTGATGAATTCTGA-AGAACAACAAA----A----A-----G-------ATAGATGACATTATCTC----ATC-------ATTGGCCAAGAAAGCTC--TTCCAGCATTTCCTCTACAT-GACTCTGATTTCTTTATCAACGCTTaagacactgaggatcatagggattcaataagggacagataattgtccttgtcaggacatacagaaagaaatgtgatgaattctgaagaacaacaaaaagatagatgacattatctcatcattggccaagaaagctcttccagcatttcctctacatgactctgatttctttatcaacgctt
gi|14 : ttacttgaacttgcatgtagtctccactttccaaagtctcacatggaagggaataacataatggaatCATGTTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAGGTT-A---G-TCGGTTGCA-ACTTTCA--T-----A-GATAAAA-TA---ACA-GG-A-A-------GCCT--ACTAAGTCTATGCAAAGTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----CAAAGGG-TAAGGGGTAGCTA--T-------------C-AA--A------A-AAAATTCAG----TTGCCATCC---TCCACAG---TTCA-AGTCA--------A------------GAACTTA-------AA-------------C-TCGT-TAAAAGTC-TCC-AAAG-----TCAGTCTCACAAGGAAAGGAATTCTACA----G-------------------TGGAAAGAAGG-ACCATTTCAGG-GAATCAGTATA
gi|15 : tgctTTACAACAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGTATCATTTCTAAC-CAGT-----CCAGGCATG-----TAG--------GC--------TCCAGCATTGGGATGCA---TT--TTTTAC--CTAG-------------GGTCTTAC--TAATGTCTTATAAGCCAGACAATTCAATGGTAGCATAAAAAGCAAAAGACAAGTTCATCTTGAGGAATTCTATGGTTCTACTGGCTTTAAAGATTATATTCATG-A-GGAATGCGAATGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTCA
gi|16 : ctgcctGCATCGC--GG----CAGGTG-G---TCGTAGTAGCA-A------------------------TA---AAA-CA-T-A-T-----ACCA--AGTGGTTCT-TGCAACGCCGCT-A-C-AAAAA--TAAA---ACTATTTA-----CAAAAAA-TAAGAGGTTGCTG--T-------------T--A--T------A-AATC--AAA-----TGACAGCA---AGTCTAGAACTT---AGACTTGAAGAA-A------------G-------------AG-------------C-TCGT-TAATAGTC-TCG-GAGG-A--CACAGTTTTAAATGGGATGGAATTCCGTA----ATGACCGCCTGGGCGATCCTTGGAAAGgaaaatcataatcat
gi|17 : caacctatatatatatatatctaaactCAA----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CAGTATATTTCAGAC--------TGG--------GCATATGGACTCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTAT--CTGG-------------GATCTTAT--TAAGGTCTTATAGACCAGGCACT----TGGTAGCCTTAGGAA-AAAGGATAGGTTCTTCTTTAGGAAACCTAGGGTTCTg
gi|18 : TCAAGC-----ACA-CACA-A-T-----AACACAAGTAGCTCTTTGTTAAGTCGCA-ACT-AAAATA-CAAA---GCTGCATA-----CAAAAAG-TAGAAGGTTACTGTTT-------------C-AT--T------A-ATTA--GGT----TTG-CATTA---TAGCGGA---GTCA-ATTCT--------A------------G-------------AA-------------C-Ta
gi|19 : atacaacatttttatctatctctcctatacttggcatcacggcagACGCTCAATGTTGAGCATTTT--GA----CAGGTG-G---G-ATGGTGGCA-ACTTGAA--T-----A-AATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----At
gi|2 : taatttaaatattatttttcagaaatgtggtgtccaggacaatttatataattaggtctatctattgatactgctgaA--T-----A-AATCAAGCAT---ACA-CA-ACA-T-----A-CA--AGTAGGTAT-T---AAGTAGCG-G-C-AAAAAGGTAAA---ACTATTAA-----CAACATA-TAAGAGATTGATG--T-------------T-AC--T------T-A------------TTTCCGGCA---AACCCAG---TTCA-AGTCA--------A------------G-------------AA-------------CCTCAT-TTACAGTG-TAA-AAGA-A--CATCGCCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATT-------GGATGATTCCTGTTAAAAAGA-AGA------------TCAATATCGGCAACGGATCTCCT----GTTTTCG-A-AAT-G-G-TGG--A---TCGCGCCAA---TGGGGA---CTGATACAG--TAGGAGACAGACAAT---------TGACA----A-CGAAAACTTTG-----ATTA------A------T------TT-----AACTA-A-AGAA-----GA----GG---A-----G-------AATATTAA---CATTCCTACGTTATTGAAGGGTTTGCCAAAATAGGTC--TTCTAGGACCTCTTCTACGT-TGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAACAT----CATCTTGTCGCTGTT---TAC----TTTGTAAC-CTGTGGATTTCAGTC--------TGGGTAGGTTTGC--------TCTAAATTCTAGTTGCA---AA--TTCTAC--ATTG-------------GGTTTTAC--TAAGGTTCTATAATTCAGGCATT----TGGTAGCCTAAGGAGCAAACTCTAAGTTTCTTCTAAGGAAGCCTGAGGTTCTAT--GCCTTCGGTATTAT-A---TG-TAGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATATCAAGTTGTTAAATGAGAGACC----TGTTTAAATGAAGTCACAGTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAAggcaataaaatgtaaaa
gi|20 : gaATTTGGGACCTA-------TTCTAC--CTGT-------------GGTCTTAG--TAAGGTTTTACAAGCAA-----------GGTAGCCTTAGGAGCAAAAGACAA---------------------GATTATATTAGCTTTACAGGTAA-----------GG-AT----------------AGCGAGTTGTTCAATGACAGTCCAAAGTATTTAGCA
gi|21 : AAGAAA-TAAGGGGTTGCTG--TTGCAAATATGTCAC-AACTT------A-GACAT-GAACTCTTTGACAGTC---T-CCAAG---GACACAGTCTCACATGACAT-----------G-------------AA-------------C-TC---TGACAGTC-TCA-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGG
gi|22 : CATGCTCAATGTTAAGCATCAC--GG----CAGGTT-GCACG-ATGGTGGCA-A----TA--T-----G-GATGGAGATA---ACA-AG-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTTTAca
gi|23 : tctgtctgtctaacattcgatcgatactgcctgctCGCTGTTCTCTGCAACATTGCTGACTCGGAATAT----------------AG--------TT--------TCCGATTTTTTGATGCA---AA--TGCTAC--CTTG-------------TGTCTTACTATAATATTTTAC----------CT----TGGTAGCCCTAAGAataagggtcgttt
gi|24 : accctatGAGCATTGT--GG----CAGGTG-G---G-GTGA-GGCA-AATTGAA--TAGATCA-GATCAAGATA---ACA-AA-A-A-TTTAAAAACA----TA-ATCTATG
gi|26 : gggACGCTCACAGTTGAGCATCAC--GG----CAGGT--G---G-GTAGTGATATAC-TGCA--G-----ACGCTCAAatcctattcta
gi|27 : tctatactgcagCGCTCAATATTGAGTATCAT--GG----CAAGTG-agt
gi|3 : acatcaagatactgtactCGCTCAATGGTGAGCATCAC--GG----CAGATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ATA-AA-A-A-A-----AAAA--AGTGGGTCTATGCCAATTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATA-----CAAAGTG-CGATGGGTAGCCG--T-------------C-AA--TTCAATTA-AAAA--GAA----CTGACAGTC---TACCCAA---TTCA-AGTCT--------AAAACTAAGACTTG-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCA-AATG-A--TACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTTA-GTGAATCAGTATAGGCCAGGCATCTTCT----ACACT-G-A-AAA-G-GATGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGGTCGCTGGGATTGGATATGGAACAGAT-ATG--TGTCATTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--AACCATGA------T------GT-----ACTTT-ATAAAA-----AA----A----A-----ACGACAATACTTTCAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCTAGAATCTCCCCTACAT-GGCTCCTTTTTCT---TTAACGCTTat
gi|4 : ggacaaatgtaatctatgaatgaagcaaatacaccggagactttagaaacgcaacgctcagttaaactgaaataaaacatcgagttctttgtcgattttttttaaattattctatttgttaatataaaatctgtctatattgcactTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAAAG-TAAA---ACTGTATA-----CAAACTG-TTAGGTCTAGCTG--T-------------A-AA---------A-AAAC--GAA----TTGTTAATG---------G---TT-------------------------------------------AA-------------C-ACGT-TTATGGTT-TCC-AAGG-A--CATAGTCTCACATGGAAGGGAAATCCATACATAATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGGTACAATT-CAG-TGAATCAGTATAGGCGAGGGATTTCAT----ATACT-G-A-AAA-GAG-TGG-GA---TAAGAATGTCCTTGAGGATCGCTGGGATTTGATATGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCA----ATTGGGA----CA-----A--A------A------TTGTGATGT-----ATTTT-ATAGAA-----AATGACA----A-----G-------ACTGTTTA---TATCTCTACGATGTTGGAGGATTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTTCCCTACGTAGGTTTTTATTTCT---CAAACGCTTACAGCAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGCACTTTTTCTAAC-CGGAATATATCAGAC--------TGG--------AC--------
gi|4 : aGTAGCCTGAGGAGCAAAAGATAAGTTTCTCCAAAAGTAGCCCAGGGTTCTTTTGGCTTAAGAGGTTAT-T---TG-TTGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTATTGAATGTGAGACCTGTGTATTTGGCAGATGTCACACTaatgagtagcctgaggagcaaaagataagtttctccaaaagtagcccagggttcttttggcttaagaggttatttgttggatgtgagtgtcccaggatagcgagttattgaatgtgagacctgtgtatttggcagatgtcacact
gi|5 : ataggtctatgcaaagtcgctataaaaagtaaaactgtatacaaactgttaggtctagctgtaaaaaaacgaattgttaatggttaacacgtttatggtttccaaggacatagtctcacatggaagggaaatccatacataatgggatgatccttggaaagaaggtacaattcagtgaatcagtataggcgagggatttcatatactgaaaagagtgggataagaatgtccttgaggatcgctgggatttgatatgggacagataattgtccttgtcaattgggacaaaattgtgatgtattttatagaaaatgacaagactgtttatatctctacgatgttggaggattggccaagaaaggtcttccagcatcttccctacgtaggtttttatttctcaaacgcttacagcaccacatggcctctgttctctgcactttttctaaccggaatatatcagactggacaatgaCGCGCTCAATACTGAGCATCGT--GG----AAGGTG-G------TGGTGCCA-ACTTCTA--T-----A-TATCAAGTGT---ACA-GA-A-A-TTTAG-AACA--AGTAGGTCTATGCAAAACAGCT-A-C-AAAAAA-TAAA---ACGATTTA-----CAAAAAG-AAAGAGGTTGCTG--T-------------T-AC--T------ACAAT----------TTGACAGCA---TACCCAA---GTCA-AG-----------------------------------------------------------------GTC-TTG-AAGG-AGACACAGTCTCATATGGGATGGAATTCCACA----ATG-------TGATGATCCTTAGAAAGAAGG-AGA-TTTCAGA-GAAGCAGTATAGGCTAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-GGTGA-GA---TGAAGAAGAC----------------ATTGAA---GGGA--GA-GATAATGGTCTTTGTCA----ATAGAGA----CACAGCTG--A------A------T------GA-----ATTTT-G-AATA-----AG----A----A-----G-------GCTGTTAA---TATCCCTATGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTCATTTTTAGCATCTCGCCTATGT-GGCTCTGAATTCT---CCAACACTTACAGCGC----CACCTTGTTGATGTTC
gi|6 : ttattataacgcctgggagaactttcatttcaatgaataatcgcaaaacacaacagactacaccaataagatgcggaaagctaaggggtgtagaatatttattatctatatcgggatactataAGGTG-A---A-CTGGTGGCA-ACTTGCAATT-----A-AATCAA--CA---A-A-AA-A-A-T-----AAAA--AGTAGGTCGGTGCAAAGTCGCT-A-T-AAAATG-TAAATTTACAATGTATGATGTAAGATG-TAATGGGTAGCTG--T-------------C-AAT-T------A-AAAA--TAA----TTGAAAGTC---TACCTAA---TTCA-AGTCT--------AGAACTTAGACTTG-------------AA-------------C-TTGT-TGATGGTC-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGTATTCCATA----ATG-------GGGTGATCCTTGGAAAGAAAG-AGAATTTCA-GTGAGTCAGTACAGGCGAGGGATCTCCTATAGATACT-G-A-AAAGG-G-TAA-GA---TGAGGTTGACCTTGACGATTGCT---------------AC---------TTGTC------A----ATTCAGA----CA-----A--AACTGTGA------T------GT-----ATTTT-A-TAAA-----AA----A----ATACATG-------AATGTTAA---TATCCCTACAATGTTGGAGGATTGGTCTAAAAAGGTC--TTCCAGCATCTCTCATACAT-GGCTCCTATTTC----CTAACACTT
gi|7 : taatctaatgtctgtctgtactgcacacactgaA----ATT-------GGATGATCCATGGAAAGAAGG--GAATTTCAGG--AACC-------GCA----------T----ATACT-G-A-AAA-G-GGTTG-GA---TGAGGAAGACCTTGA---TCGATGTGATTCGATAGGGGACAGAT---ACTTGCCATTGTCA----GTCGAAA----AG-----A--A------ACCGTAAT------GG-----ATTTTGA-AGAA-----AA----AGACAA-----G-------ACTTTTGA---TATATCTACGTTGCTGGAGGGTTGGACAAGACAGGTC--TTCCAGCGTATTCCCTTCTT-GGGTGATATT--T---CCTACATTTGCAAC-CGTGACACCTGGCCACTGTTTTCTCTGCCATTCCTA---TGGTGTATTTTAGACTAGGCACGTAG--------GC--------TTCAAATGTGGGAAGCACTTAAACTTGTGCGGGTGGTGGAGGTCTTTATGATCTTAC--TAATATCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTTAGGAGCAAAATACACGTTTCTTATAAGGAAGCCGATGGTTTTCATGGCTTTAa
gi|8 : TGGGCATTAC--GA----CCAGTG-GT--G-GTGATGGCA-ACTTGCA--T-----A-TACCAAG-TACACACA-AA-A-A-------AAAA--GGTTGTTCTTTGCACAGCAGTT-A-CAAAAAAG-TTAA---AC
gi|8 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaaATTGTC-TCT-AATG-A--CACGGTCTCATGTGGAAGAGAATTCCATA----ATT-------GCATTATGCTTGGAAAGAAAG-AGAATATCA-ATGAATCAGTATAGGAAAGGGATACCCT----GTACT-G-ATAAG-G-G-CAG-AC---TGAGGAAGACCTTAAGGATCGTAGGGATagtacacccatattattgtctctaatgacacggtctcatgtggaagagaattccataattgcattatgcttggaaagaaagagaatatcaatgaatcagtataggaaagggataccctgtactgataagggcagactgaggaagaccttaaggatcgtagggat
gi|9 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaatgggcattacgaccagtggtggtgatggcaacttgcatataccaagtacacacaaaaaaaaaggttgttctttgcacagcagttacaaaaaagttaaacagtacacccatattCACATTTAAAACTGAGCACCAC--AG----CAGTTG-GT--G-GTGGTGGCA-ACTTGGA--T-----A-GATCAA-------ACATAA-G-A-T-----G------GTAGGTCAATGCAAAGTTG------------G-CAAA----CTATTCA-----CAAAAAAATAAGGTGTTTCTG--AA------------C-AT--T------A-CACA--AAG----TTGACAGCACAATACCCAA---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AAATAAAGACTTTAAC-TTGT-TGAT-TTCATCATACAG-A---ACAGTCTCACATGAAATGGACTTCCATG----ATG-------GGGTGGTTGCTGAAAAGAAGG-AACATTTTAGG-GAATCAGTATAGGCAAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-
blockSeqs : A TA TGTA T CACG T AT AGATC C TACAC T C A TTTAAA G CA A C CT T G TTT A TGATG T A A TT TGCAAATATGTCACAACTT C AATT CTCT ACAA AAC T AGAACTAAGAACATTAA C A A AT AGA CATA ACCGCCT T A AGT G TTTA C A T T A A A CTT TT GG AAT GAGATAA CT GGAC ACTT AATCCGTGAT GATGA GA CAACA AAACGACAAT CAT AT A A TTA GTGA T AT T A T TGGGCATATGGAC T CTTAAAC GG TGGAGGTCTTTAT TA T A TCAA A CA TTG T T A TATTCATGA A C C AAA AT AA G G
blockSeqs : G . . . TC . . . . CTA . . T TTTAG A . A . CA T . . A . C . A . CAATTCAATT . CAT . C . C AGAAATAAAGACTTTAA . . . C TC . . . A AAT A ATAG . . . G . G . . TT AG TAA GACAAT CT . . AAACCATGAT . AT . AATACATG . . G . . . G AC . G T TGGGTAGGTTTGC A TT . . . G C . T CT TTT T G A TATGTA . T A TGT
blockSeqs : A . . . TG . . . . CTA . . C AT A . A . T C . . A . A . T . CAATT . CG . C . . AAAACTTAGATTTGAA . . . A A . . . T GT T . . . . . . G . . AA CA TAG GATATG AT . . AAATTGTGAT . AT . TGACAAG . . A . . . G AA . A A TAGGCACGTAGGC T AA . . . G T . A TC CTA T A A TTTGTT . T C .
blockSeqs : G . . . TG . . . . TTA . . . T C . A . T T . . T . G . A . CAAAT . AA . C . . AAAACTAAGACTTGAA . . . A A . . . C GG A . . . . . . . . . AA GG TAT GGTAA CT . . AAACTGTGAT . GA . AGACAAG . . G . . . G AC . A T ATGTAGGC C AA . . . G C . T TC CAA C G T . . . G
blockSeqs : T . . . A . . . . CTA . . . A C . T . A A . . A . A . T . CAATT . AA . C . . AGAACTTAGACTTGAA . . . C A . . . A GT C . . . . . . . . . CC TG TAT GATAA TT . . AAACCGTAAT . A . GGAG . . G . . . T GC . G . TGGAC T AA . . . T C . T TC ATA G T C
blockSeqs : A . . . G . . . . CAT . . . T A . A . T T . . T . A . T . ACATT . TC . A . . CACATGACATGAA . . . C A . . . A GT G . . . . . . . . . TT GA TAG GATAA AT . . CAGCTGAAT . A . AAA . . A . . . G . . . . AGTT A . . . . T . . G . . . .
blockSeqs : G . . . G . . . . ATA . . . T T . A . C A . . A . T . T . CAAA . TA . A . . TGAAGAAAGAG . . . G A . . . A GA T . . . . . . . . . AT CG . GATAA C . . ATTAAT . G . AAG . . T . . A T
blockSeqs : A . . . G . . . . ATA . . . T A . A . C T . . A . A . T . CATT . AA . A . . AGAACTTAAA . . . A A . . . A GT G . . . . . . . . . AA G . GATAC . . . AAACT . A . AAG
blockSeqs : A . . . G . . . . CTA . . . T A . A . T A . . T . T . A . TACT . AC . C . . AGAA . . . A A . . . A GG A . . . . . . . . . TT . . . . . . GAAAT .
blockSeqs : A . . . G . . . . TGT . . . T A . A . T A . . G . T . A . TACT . AA . C . . TGAA . . . A A . . . A AT A . . . . . . . . . AA
blockSeqs : G . . . G . . . . TA . . . A A . G . C T . . T . A . T . TGT . CA . G . . AGAA . . . C A . . . A GG A . . . . . . . . . AA
blockSeqs : A . . . A . . . . TA . . . T A . T . T A . . . . T . A . TAT . T . A . . AGAA . . . G A . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . CA . . . T . . A . . . . . A . T . AAA . . . C . . AA . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . C . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : CAATT********************* GT* GATAA*** AAACCGTGAT******************* A** TGGGATGTAGGC*****************
originalCons : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--T-------------C-AA--T------A-AANA--GAA----TTGACAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGGTGAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CA-----A--A------A------T------GT-----ATTTT-A-AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGAC--------TGG--------GC--------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
finalCons : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTA-----CAAAANG-TAAGGGGTNGCTG--TCAATT---------------------A-AANA--GAA----TTGACAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGT-GAATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGATAA---TTGTCCTTGTCA----ATCGAGA----CAAAACCGTGAT-------------------GT-----ATTTTA--AGAA-----AA----A----A-----G-------ACTGTTAA---TATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAAC-CGGTATATTTCAGACTGGGATGTAGGC-----------------TCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACT----TGGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATGAACAGAGACATAGACACCGAGGCTGGAAGCCTGTTCTTCCACTATAGTGGCTATTTTTAAAATAACGT
Alignments
lowQualScore : 11111 1111111 333333333333333333333333 77777777777777777777777777777777777777777777777777 1111 1 222222222222222222222222222222222222222 1111 222 1111111 3333333333333 1111 44444444444 111 11 11
lowQualScore : 2 33 6666 2 11111 2 0 33 66666 2 777777 2 2 7 4444444 5 33 1 2 444 2 2 444 2 66666 1 2 1 999999999999999999999999 2 1 88888 5555 22 5555 0 5555 5 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333 2 0 2 3 2 33 0 5555 5555 8888888 2 1 8 2 4 3333 3 3 3 6 3 0 3 555 22 0 22 999 777 44 8888 2 1 999999999999999999999999999999999999999 888 66 1 5 0 888 0 2222 1 11 4 77 1 0 0 1 111 1 1 1 7777777 77 1111111111111 77 1 000 1 2222 1 22 222 2 3 1 44444444444 8 1 1 0 444 88 88 1 1
lowQualScore : . .. .... . ..... . . .. ..... . ...... . . . ....... . .. . . ... . . ... . ..... . . . ........................ . . ..... .... .. .... . .... . . .................................................. . . . . . .. . .... .... ....... . . . . . .... . . . . . . . ... .. . .. ... ... .. .... . . ....................................... ... .. . . . ... . .... . .. . .. . . . . ... . . . ....... .. ............. .. . ... . .... . .. ... . . . ........... . . . . ... .. .. . .
lowQualScore : 1 99 1111 7 22222 9 7 44 22222 5 333333 5 5 5 4444444 2 77 3 9 666 0 9 777 0 77777 0 7 0 999999999999999999999999 7 9 33333 7777 99 7777 2 5555 3 8 66666666666666666666666666666666666666666666666666 5 5 7 2 7 77 9 5555 7777 7777777 9 6 6 9 2 1111 1 1 1 7 3 0 3 888 77 2 33 666 000 88 5555 1 1 000000000000000000000000000000000000000 888 99 1 0 2 888 1 1111 4 99 0 00 6 1 3 4 777 5 8 0 7777777 99 4444444444444 99 0 999 7 1111 0 11 333 1 0 0 44444444444 0 4 0 2 000 55 55 0 0
consensus : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTAC-----AAAANG-TAAGGGGTNGCTGT-------------CAA-TT-----A-AANA-G---AA----TTGA-CAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGNG-AATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCA----ATCGAGACAAAACCGTGATGTATTTT-A-A-----GA-----AAA----A-A-----G-------AC---TGTTAATATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAACCGGTATATTTCAGACTGGGCATGTAGGCTCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACTT----GGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
Reference ( family-101 ) : CACGCTCAATGTTGAGCATCGC--GG----CAGGTG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----AACA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAANG-TAAA---ACTATNTAC-----AAAANG-TAAGGGGTNGCTGT-------------CAA-TT-----A-AANA-G---AA----TTGA-CAGCN---TACCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCN-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTCAGTG-AATCAGTATAGGCGAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGANGACCTTGAGGATCGCTGGGATTGGATATGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCA----ATCGAGACAAAACCGTGATGTATTTT-A-A-----GA-----AAA----A-A-----G-------AC---TGTTAATATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTCCCCTACGT-GGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAGCAC----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAACCGGTATATTTCAGACTGGG-ATGTAGGCTCCAAATTTGGGANGCA---AA--TTCTAC--CTGG-------------GGTCTTAC--TAANGTCTTATAAGCCAGGCACTT----GGTAGCCTNAGGAGCAAAAGACAAGTTCCTCCTAAGGAAGCCTANGGTTCTNTTGGCTTTAGAGGTTAT-T---TG-T-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTNAATGAGAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCACACTCTCAAGTAATTTGCAATNGAGTGTGTANTTAAA
gi|1 : CACTCTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAAATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--C-----A-GATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTCTATGCAAAGTCTCT-A-T-AAAAGG-TTAA---ACTATCTAC-----AAAGGG-TAAGGTGTAGCTGT-------------CCA--------A-AATA-G---AA----TTGA-CGGCA---TTCCCAG---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TAATAGTT-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATT----GTG-------GGATGAACCTTTGAAAGAAAG-GGAATTTCAGGGGAACCGGTATAGGCAAGGGGTCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-G-TGA-GA---TGACAATGATCATGAGGATCACTGGGATTGGATATGGGACAGATGATAATAGTCCTTGTCA----ATCAAGACAAAA------TGTATTTT-ATG-----GA-----AAA----A-A-----G-------AC---TGTTAATATCCCTATGATGTTGGAGGGTCAGTCAAGAAAGGTC--TTCAAGCATCTCCCCTTCAT-GGCTTCAATTTCT---CCAACATTTGCAGCAC----CACCAGGCCTCTGTTCTCTGCATCATTCCTAACCAGTATATTTTGGACTG--------GGCTCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTTT--CTGG-------------GGTCTTAC--TAACATCTTATAAGCCAGGAATTT----AGTAGCCTAAGGAGCAAAAGATAAGTTCTTCCCAAGGAAGCCCATGGTTCTGTTGGCTTTAGACGTTAT-T---GGCT-GG-ATGTGAGTGCCCCAGGATAGCAAGTTATTAAATGAAAGACCTAAGTATTTGGCAGATGTCATACTCTTAAGTA--TTAC--TTAAGTGTGTATTTAAA
gi|10 : TTACA--T-----A-GATCAAGCTA---TCA-AA-A-AAT-----AGCA--AGTGGATCTATGAAAGGTCGCT-A-T-GAAATG-TTAG---ACTATAAAC-----AAGGTG-TAATGGGTAGTTGT-------------CAA-TT-----A-AACG-G---AA----TTGG-CAGTC---TACCCAA---TTCA-ATTGT--------AAAACTTAGATTTG-------------AA-------------C-TCTT-TGATAGTC-TCC-AAGG-----ACAGTCTTACATGGAAGAGAATTCTATT----GTG-------AGATGATCTTTGGAAAGAAGG-AGAATTTAAGTG-AATCAGTATATGCGAGGGATATCCT----ATACT-G-A-AAATG-G-TGA-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGATCGATGGGATTGGAAATGGGACAGGT---AATTGTCCTTGTCA----ATTATGACAAATCCGTGATGCATTCT-A-T-----AA-----AAA----A-A-----A-------Atgaaatttgggaattttgatggtgatttgtaaccctttaagtgtgacatttggagatattaaatttcataagccaggtctcttcccaggtgactagcttgtcagtgtcctcttgcagt
gi|11 : ACGCTCAATGTTGAGAATCAC--AG----CAGGTG-G---A-GTGA---CA-AGTTGCA--T-----A-GACAAAGCTA---ACA-AA-AAA-T-----AACA--AGTGGGTCTATGCAAAGTCATT-T-T-AAAATG-TAAA---ACTAAATAC-----AAAGCG-TAAGGGGGAGCTGT-------------CAA-AT-----A-AAAA-G---AA----TTGA-CAGTC---TACCTAG---TTCA-TGTCT--------A------------GAACTAAGAACATTAA-------------C-TCAT-TGATAGTC-TCA-AAGG-A--CATTTTCTCACAT------------------------------------TCTT-GGAAAGAAGG-GGAATTTCAGTG-AACCAGTATAGGCAAGGGGTCTCAT----GTACT-GAA-AAA-G-G-TGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGAATTGCTGGGATTAGA------ACAGAT---AATTGTCC---TCA----ATCGAGACAAAACTGT
gi|12 : atactgcttCACGCTCAATACTGAGC--CGCTAGGTGTACAGGTGTA---G-ATGGTAGCA-ACGTGTA--T-----T-GATCAGGTTA---TCA-AA-ATA-A-----AACA--AGTAGGTCTAGGCAAAGCCACTCA-A-AAAACG-TAAA---AC------------AAAAAG-TACTGG-TTGCTAT-------------TG---T-----A-AAAA-G---AA----C--A-CAGCC---TAC--AA---CTTATA--CT--------A------------G-------------AA-------------C-TCGT-TTACAGTC-TCA-AATG-A--CAT--TTTCACATGAATGGGAATTATATC----ATG-------GAA-AATCCTTG-AAAGAAAA-GGATTTTCAAAT-AATCGCTAT----TAATGATCTCCTTTTAATATT-G-A-AAG-G-A-TGG-AT---TCAGGAAGACCTTGAGAATCGTAGAGATta
gi|13 : ctgcaCT--------T------------G-------------AA-------------C-TTGCATG-TAGTC-TCC-ACTTTC--CAAAGTCTCACATGGAAGGGAATAACATA----ATG-------GAATTCTTCTTGGAAAGAAGG-AGACTTTCAG-G-AA
gi|13 : ttaTCTTCT--------T-G-G-AAA-G-A-AGGAGACTTTCAGGAAGACACTGAGGATCATAGGGATTCAATAAGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCAGGACATACAGAAAGAAATGTGATGAATTCTGA-A-----GAACAACAAA----A-A-----G-------ATAGATGACATTATCTC----AT-------CATTGGCCAAGAAAGCTC--TTCCAGCATTTCCTCTACAT-GACTCTGATTTCTTTATCAACGCTTgacactgaggatcatagggattcaataagggacagataattgtccttgtcaggacatacagaaagaaatgtgatgaattctgaagaacaacaaaaagatagatgacattatctcatcattggccaagaaagctcttccagcatttcctctacatgactctgatttctttatcaacgctt
gi|14 : ttacttgaacttgcatgtagtctccactttccaaagtctcacatggaagggaataacataatggaatCATGTTCAATGTTGAGCATCAC--AG----CAGGTT-A---G-TCGGTTGCA-ACTTTCA--T-----A-GATAAAA-TA---ACA-GG-A-A-------GCCT--ACTAAGTCTATGCAAAGTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATAC-----AAAGGG-TAAGGGGTAGCTAT-------------CAA--------A-AAAA-ATTCAG----TTGC-CATCC---TCCACAG---TTCA-AGTCA--------A------------GAACTTA-------AA-------------C-TCGT-TAAAAGTC-TCC-AAAG-----TCAGTCTCACAAGGAAAGGAATTCTACA----G-------------------TGGAAAGAAGG-ACCATTTCAGGG-AATCAGTATA
gi|15 : tgctTTACAACAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGTATCATTTCTAACCAGT-----CCAGGC-----ATGTAGGCTCCAGCATTGGGATGCA---TT--TTTTAC--CTAG-------------GGTCTTAC--TAATGTCTTATAAGCCAGACAATTCAATGGTAGCATAAAAAGCAAAAGACAAGTTCATCTTGAGGAATTCTATGGTTCTACTGGCTTTAAAGATTATATTCATG-A-GGAATGCGAATGCCCCAGGATAGCGAGTTGTTCA
gi|16 : ctgcctGCATCGC--GG----CAGGTG-G---TCGTAGTAGCA-A------------------------TA---AAA-CA-T-A-T-----ACCA--AGTGGTTCT-TGCAACGCCGCT-A-C-AAAAA--TAAA---ACTATTTAC-----AAAAAA-TAAGAGGTTGCTGT-------------TA---T-----A-AATC-A---AA-----TGA-CAGCA---AGTCTAGAACTT---AGACTTGAAGAA-A------------G-------------AG-------------C-TCGT-TAATAGTC-TCG-GAGG-A--CACAGTTTTAAATGGGATGGAATTCCGTA----ATGACCGCCTGGGCGATCCTTGGAAAGgaaaatcataatcat
gi|17 : caacctatatatatatatatctaaactCAA----CACCTGGCCGCTGTTCTCTGCACCATTTCTAACCAGTATATTTCAGACTGGGCATATGGACTCCAAATTTGGAAAGCA---AA--TTCTAT--CTGG-------------GATCTTAT--TAAGGTCTTATAGACCAGGCACTT----GGTAGCCTTAGGAA-AAAGGATAGGTTCTTCTTTAGGAAACCTAGGGTTCTg
gi|18 : TCAAGC-----ACA-CACA-A-T-----AACACAAGTAGCTCTTTGTTAAGTCGCA-ACT-AAAATA-CAAA---GCTGCATAC-----AAAAAG-TAGAAGGTTACTGTTT-----------CA--TT-----A-ATTA-G---GT----TTG--CATTA---TAGCGGA---GTCA-ATTCT--------A------------G-------------AA-------------C-Ta
gi|19 : atacaacatttttatctatctctcctatacttggcatcacggcagACGCTCAATGTTGAGCATTTT--GA----CAGGTG-G---G-ATGGTGGCA-ACTTGAA--T-----A-AATCAAGCTA---ACA-AA-A-A-T-----At
gi|2 : taatttaaatattatttttcagaaatgtggtgtccaggacaatttatataattaggtctatctattgatactgctgaA--T-----A-AATCAAGCAT---ACA-CA-ACA-T-----A-CA--AGTAGGTAT-T---AAGTAGCG-G-C-AAAAAGGTAAA---ACTATTAAC-----AACATA-TAAGAGATTGATGT-------------TAC-TT-----A----------------TTTC-CGGCA---AACCCAG---TTCA-AGTCA--------A------------G-------------AA-------------CCTCAT-TTACAGTG-TAA-AAGA-A--CATCGCCTCACATGGAAGGGAATTCCATA----ATT-------GGATGATTCCTGTTAAAAAGA-AGA------------TCAATATCGGCAACGGATCTCCT----GTTTTCG-A-AAT-G-G-TGG--A---TCGCGCCAA---TGGGGA---CTGATACAG--TAGGAGACAGAC---AATTGAC------A----A-CGA----AAACTTTGAT-TAATTT-A-ACTAAAGA-----AGA----GGA-----G-------AA---TATTAACATTCCTACGTTATTGAAGGGTTTGCCAAAATAGGTC--TTCTAGGACCTCTTCTACGT-TGCTCCTATTTCT---CCAACGCTTGCAACAT----CATCTTGTCGCTGTT---TAC----TTTGTAACCTGTGGATTTCAGTCTGGGTAGGTTTGCTCTAAATTCTAGTTGCA---AA--TTCTAC--ATTG-------------GGTTTTAC--TAAGGTTCTATAATTCAGGCATTT----GGTAGCCTAAGGAGCAAACTCTAAGTTTCTTCTAAGGAAGCCTGAGGTTCTAT--GCCTTCGGTATTAT-A---TG-TAGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATATCAAGTTGTTAAATGAGAGACC----TGTTTAAATGAAGTCACAGTCTCAAGTAATTTGCAATGGAGTATATAGTTAAAggcaataaaatgtaaaa
gi|20 : gaATTTGGGACCTA-------TTCTAC--CTGT-------------GGTCTTAG--TAAGGTTTTACAAGCAA-----------GGTAGCCTTAGGAGCAAAAGACAA---------------------GATTATATTAGCTTTACAGGTAA-----------GG-AT----------------AGCGAGTTGTTCAATGACAGTCCAAAGTATTTAGCA
gi|21 : -----AAGAAA-TAAGGGGTTGCTGTTGCAAATATGTCACAACTT-----A-GACATG---AACTCTTTGA-CAGTC---T-CCAAG---GACACAGTCTCACATGACAT-----------G-------------AA-------------C-TC---TGACAGTC-TCA-AAGG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGG
gi|22 : CATGCTCAATGTTAAGCATCAC--GG----CAGGTT-GCACG-ATGGTGGCA-A----TA--T-----G-GATGGAGATA---ACA-AG-A-A-T-----ATCA--AGTAGGTTTAca
gi|23 : tctgtctgtctaacattcgatcgatactgcctgctCGCTGTTCTCTGCAACATTGCTGAC---------TC-----GGA-ATATAGTTTCCGATTTTTTGATGCA---AA--TGCTAC--CTTG-------------TGTCTTACTATAATATTTTAC----------CTT----GGTAGCCCTAAGAataagggtcgttt
gi|24 : accctatGAGCATTGT--GG----CAGGTG-G---G-GTGA-GGCA-AATTGAA--TAGATCA-GATCAAGATA---ACA-AA-A-A-TTTAAAAACA----TA-ATCTATG
gi|26 : gggACGCTCACAGTTGAGCATCAC--GG----CAGGT--G---G-GTAGTGATATAC-TGCA--G-----ACGCTCAAatcctattcta
gi|27 : tctatactgcagCGCTCAATATTGAGTATCAT--GG----CAAGTG-agt
gi|3 : acatcaagatactgtactCGCTCAATGGTGAGCATCAC--GG----CAGATG-G---G-GTGGTGGCA-ACTTGCA--T-----A-GATCAAGCTA---ATA-AA-A-A-A-----AAAA--AGTGGGTCTATGCCAATTTGCT-A-T-AAAATG-TAAA---ACTATATAC-----AAAGTG-CGATGGGTAGCCGT-------------CAA-TTCAATTA-AAAA-G---AA----CTGA-CAGTC---TACCCAA---TTCA-AGTCT--------AAAACTAAGACTTG-------------AA-------------C-TCGT-TGATAGTC-TCA-AATG-A--TACAGTCTCACATGGAAGGGAATTCAATA----ATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGG-AGAATTTTAGTG-AATCAGTATAGGCCAGGCATCTTCT----ACACT-G-A-AAA-G-GATGG-GA---TGAGGTTGACCTTGAGGGTCGCTGGGATTGGATATGGAACAGAT---ATGTGTCATTGTCA----ATCGAGACAAAACCATGATGTACTTT-ATA-----AA-----AAA----A-A-----ACGACAATAC---TTTCAATATCCCTACGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTC--TTCTAGAATCTCCCCTACAT-GGCTCCTTTTTCT---TTAACGCTTat
gi|4 : ggacaaatgtaatctatgaatgaagcaaatacaccggagactttagaaacgcaacgctcagttaaactgaaataaaacatcgagttctttgtcgattttttttaaattattctatttgttaatataaaatctgtctatattgcactTAGGTCTATGCAAAGTCGCT-A-T-AAAAAG-TAAA---ACTGTATAC-----AAACTG-TTAGGTCTAGCTGT-------------AAA--------A-AAAC-G---AA----TTGT-TAATG---------G---TT-------------------------------------------AA-------------C-ACGT-TTATGGTT-TCC-AAGG-A--CATAGTCTCACATGGAAGGGAAATCCATACATAATG-------GGATGATCCTTGGAAAGAAGGTACAATT-CAGTG-AATCAGTATAGGCGAGGGATTTCAT----ATACT-G-A-AAA-GAG-TGG-GA---TAAGAATGTCCTTGAGGATCGCTGGGATTTGATATGGGACAGAT---AATTGTCCTTGTCA----ATTGGGACAAAATTGTGATGTATTTT-ATA-----GA-----AAATGACA-A-----G-------AC---TGTTTATATCTCTACGATGTTGGAGGATTGGCCAAGAAAGGTC--TTCCAGCATCTTCCCTACGTAGGTTTTTATTTCT---CAAACGCTTACAGCAC----CACATGGCCTCTGTTCTCTGCACTTTTTCTAACCGGAATATATCAGACTGG
gi|4 : aGTAGCCTGAGGAGCAAAAGATAAGTTTCTCCAAAAGTAGCCCAGGGTTCTTTTGGCTTAAGAGGTTAT-T---TG-TTGG-ATGTGAGTGTCCCAGGATAGCGAGTTATTGAATGTGAGACCTGTGTATTTGGCAGATGTCACACTacaatgagtagcctgaggagcaaaagataagtttctccaaaagtagcccagggttcttttggcttaagaggttatttgttggatgtgagtgtcccaggatagcgagttattgaatgtgagacctgtgtatttggcagatgtcacact
gi|5 : ataggtctatgcaaagtcgctataaaaagtaaaactgtatacaaactgttaggtctagctgtaaaaaaacgaattgttaatggttaacacgtttatggtttccaaggacatagtctcacatggaagggaaatccatacataatgggatgatccttggaaagaaggtacaattcagtgaatcagtataggcgagggatttcatatactgaaaagagtgggataagaatgtccttgaggatcgctgggatttgatatgggacagataattgtccttgtcaattgggacaaaattgtgatgtattttatagaaaatgacaagactgtttatatctctacgatgttggaggattggccaagaaaggtcttccagcatcttccctacgtaggtttttatttctcaaacgcttacagcaccacatggcctctgttctctgcactttttctaaccggaatatatcagactggacaatgaCGCGCTCAATACTGAGCATCGT--GG----AAGGTG-G------TGGTGCCA-ACTTCTA--T-----A-TATCAAGTGT---ACA-GA-A-A-TTTAG-AACA--AGTAGGTCTATGCAAAACAGCT-A-C-AAAAAA-TAAA---ACGATTTAC-----AAAAAG-AAAGAGGTTGCTGT-------------TAC-T---------ACA-----AT----TTGA-CAGCA---TACCCAA---GTCA-AG-----------------------------------------------------------------GTC-TTG-AAGG-AGACACAGTCTCATATGGGATGGAATTCCACA----ATG-------TGATGATCCTTAGAAAGAAGG-AGA-TTTCAGAG-AAGCAGTATAGGCTAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-AAA-G-GGTGA-GA---TGAAGAAGAC----------------ATTGAA---GGGAGAGAT---AATGGTCTTTGTCA----ATAGAGACACAGCTG-AATGAATTTT-G-A-----AT-----AAG----A-A-----G-------GC---TGTTAATATCCCTATGATGTTGGAGGGTTGGCCAAGAAAGGTCATTTTTAGCATCTCGCCTATGT-GGCTCTGAATTCT---CCAACACTTACAGCGC----CACCTTGTTGATGTTC
gi|6 : ttattataacgcctgggagaactttcatttcaatgaataatcgcaaaacacaacagactacaccaataagatgcggaaagctaaggggtgtagaatatttattatctatatcgggatactataAGGTG-A---A-CTGGTGGCA-ACTTGCAATT-----A-AATCAA--CA---A-A-AA-A-A-T-----AAAA--AGTAGGTCGGTGCAAAGTCGCT-A-T-AAAATG-TAAATTTACAATGTATGATGTAAGATG-TAATGGGTAGCTGT-------------CAA-TT-----A-AAAA-T---AA----TTGA-AAGTC---TACCTAA---TTCA-AGTCT--------AGAACTTAGACTTG-------------AA-------------C-TTGT-TGATGGTC-TCC-AAAG-A--CACAGTCTCACATGGAAGGGTATTCCATA----ATG-------GGGTGATCCTTGGAAAGAAAG-AGAATTTCAGTG-AGTCAGTACAGGCGAGGGATCTCCTATAGATACT-G-A-AAAGG-G-TAA-GA---TGAGGTTGACCTTGACGATTGCT---------------AC---------TTG------TCA----ATTCAGACAAAACTGTGATGTATTTT-A-T-----AA-----AAA----A-ATACATG-------AA---TGTTAATATCCCTACAATGTTGGAGGATTGGTCTAAAAAGGTC--TTCCAGCATCTCTCATACAT-GGCTCCTATTTC----CTAACACTT
gi|7 : taatctaatgtctgtctgtactgcacacactgaA----ATT-------GGATGATCCATGGAAAGAAGG--GAATTTCAG-G-AACC-------GCA----------T----ATACT-G-A-AAA-G-GGTTG-GA---TGAGGAAGACCTTGA---TCGATGTGATTCGATAGGGGACAGAT---ACTTGCCATTGTCA----GTCGAAAAGAAACCGTAATGGATTTTGA-A-----GA-----AAAAGACA-A-----G-------AC---TTTTGATATATCTACGTTGCTGGAGGGTTGGACAAGACAGGTC--TTCCAGCGTATTCCCTTCTT-GGGTGATATT--T---CCTACATTTGCAAC-CGTGACACCTGGCCACTGTTTTCTCTGCCATTCCTA--TGGTGTATTTTAGACTAGGCACGTAGGCTTCAAATGTGGGAAGCACTTAAACTTGTGCGGGTGGTGGAGGTCTTTATGATCTTAC--TAATATCTTATAAGCCAGGCACTT----GGTAGCCTTAGGAGCAAAATACACGTTTCTTATAAGGAAGCCGATGGTTTTCATGGCTTTAa
gi|8 : TGGGCATTAC--GA----CCAGTG-GT--G-GTGATGGCA-ACTTGCA--T-----A-TACCAAG-TACACACA-AA-A-A-------AAAA--GGTTGTTCTTTGCACAGCAGTT-A-CAAAAAAG-TTAA---AC
gi|8 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaaA---AGTACACAC-----AAAAA---AAAAGGTTGTTCTTTGCACAG-----CAG-TT-----ACAAAA-A---AG----TTAAACAGTA---CACCCA-------------T--------A----------------------------------------------T-T-ATTGTC-TCT-AATG-A--CACGGTCTCATGTGGAAGAGAATTCCATA----ATT-------GCATTATGCTTGGAAAGAAAG-AGAATATCAATG-AATCAGTATAGGAAAGGGATACCCT----GTACT-G-ATAAG-G-G-CAG-AC---TGAGGAAGACCTTAAGGATCGTAGGGATagtacacccatattattgtctctaatgacacggtctcatgtggaagagaattccataattgcattatgcttggaaagaaagagaatatcaatgaatcagtataggaaagggataccctgtactgataagggcagactgaggaagaccttaaggatcgtagggat
gi|9 : ttattttaattggaaaaaggactgctcattggaatgtgcaaccaaagcacaaaacttgtttaatatcgagttaagaagtgctaatagtactaatgtttattttctttctgtcgatactgcattcggtccaaaatgggcattacgaccagtggtggtgatggcaacttgcatataccCACATTTAAAACTGAGCACCAC--AG----CAGTTG-GT--G-GTGGTGGCA-ACTTGGA--T-----A-GATCAA-------ACATAA-G-A-T-----G------GTAGGTCAATGCAAAGTTG------------G-CAAA----CTATTCAC-----AAAAAAATAAGGTGTTTCTGA-------------ACA-TT-----A-CACA-A---AG----TTGA-CAGCACAATACCCAA---TTCA-AGTCT--------A------------G-------------AAATAAAGACTTTAAC-TTGT-TGAT-TTCATCATACAG-A---ACAGTCTCACATGAAATGGACTTCCATG----ATG-------GGGTGGTTGCTGAAAAGAAGG-AACATTTTAGGG-AATCAGTATAGGCAAGGGATCTCCT----ATACT-G-A-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|25 ): TATGAACAGAGACATAGACACCGAGGCTGGAAGCCTGTTCTTCCACTATAGTGGCTATTTTTAAAATAACGT