lowQualScore : 2222222222222222222222 11 1 777777777777777777777777777777777777777 2222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111 1111 11
lowQualScore : 1 0 9999999999999999999999 33 00 4 0 555555555555555555555555555555555555555 666 1 3333333333333333333333333333333333333333 22 333 6666666666666666 1 55 11 444444 33333 7777777 11 1 1 1 5 44 4444 3 77
lowQualScore : . . ...................... .. .. . . ....................................... ... . ........................................ .. ... ................ . .. .. ...... ..... ....... .. . . . . .. .... . ..
lowQualScore : 0 2 6666666666666666666666 77 22 5 3 000000000000000000000000000000000000000 000 9 6666666666666666666666666666666666666666 44 000 0000000000000000 4 22 66 000000 44444 8888888 88 3 5 6 8 33 3333 3 88
consensus : TTAAGGAATGAACTT-A----ATT-TAAT-TTGTTGA--ACGTTCATGAGATATGAAC----TTA-CATGTAAC------A---AC--ACGTG-NNAAG---TAA-GTG-AA----C-CCCGAA--G-----G-G-GTTC------G-TG--TAA---ACTT---T----G--CTCG-T--TA-CA------T-----GTAA-----G--TT-CATATCTCA-TGA-ACGTTC--AACAAAT-AAAG-TTCATTTCT
Reference ( gi|14 ) : TTAAGAAATGAACTT-A----ATT-TAAT-TTGATGA--AAGTTCATGCGATATGAAC--ATTTA-TATGTAAC------A---AC--ACGTG-GTAAG---TAA-GTT-AA----T-CCCAAA--G-----A-G-ATTT------G-TG--TAA---ACGT---T----G--TTCG-T--TA-CA------T-----GTGA-----G--TT-CATATCTCA-TGA-ATGTTC--AACAAAT-ATAG-TTCACGTCT
gi|24 : TTAA-AAATGATCTTTA----AT----GT-TTCAT--------TCATGAGATATAAAC----TTA-CATGTAACAAAGTTA---AC--ACGTG-G
gi|19 : catcatgggcaaagtaagtaaaactcgaaggtgtTTAAGGAATGAACTC-A----GTT-T------GTTGA--AATGTCACAAGATATGAAC----TTA-GACGTAA-------G---ACGTACGCA-ATACG---TA------AA----C-CTCGAT--G-----T-G-GTAC------A-TG--TTA---ACTT---T----A--CTCG-------CA------T-----Gtatttatagt
gi|16 : TAAGAAAT-----T-A----ACT-TAAT-TTGTTGAGCAA--TCATGAGATGTAA----AGTTA--ATGTA----------------ACGTG-CAAAGTT-TAC-ATT-AA----C-CCTTTC--G-------G-ATTT-------------------CAT---T-------TACT-T--TA-CA------C-----GT-------G--TC-CCAATCTCA-TGA-ACTTTC--AACAAAaataattttccaactaattttc
gi|10 : aaggaatgaaggtcatTAAGGAATGAAC--------ACT---AT-TTGTTGG--ATGTTCATCAGATATGAAG----TGA-CATGTAAC------ACTTGC--AC-------AA---TAA-GT--GA----C-CCTTAA--T-----G-G-GTTC------GATG--TAA---ACAT---T----G--CTCT-T--TG-CA------T-----G-GAAGTATG--TT-CATTTCTCA-Ttac
gi|22 : TAAGGAATAAA--T-A----A----AAT-ATGCTGA--ATATTCATAAAATTTTAA-----TTA-T-TGTA-------------------TA-ATAAG---TAA-G-T-GA----TACCCAAA--G-----G-G-TTTC------A-TG--TAA---ACTT---T----G--CTTG-T--TG-CA------T-----ATAA-----G--TT-CATAatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|16 : AAGGAATGAAGGT-C----ATT-T-----TGTTGA--AAGTTCATGAGAT-TGG------------------------G---AC--ACGTG-TAAAG---TAA-ATGAAA----T-CCGAAA--G-------G-GTTA------A-TG--TAA---ACTT---T----G--CACG-T--TA-CA------T------TAA-----C--TT-TACATCTCA-TGA-TTGCTC--AACAAAT-TAAG-TTAATTTCT
gi|7 : AATGAATTT-C----ATT-TG-T-TTAATA------TTCATGTGATATGAA-------G-TAT----------------C--ACATG-CTAAG---TGA-A-----------CCCAGA--A-----A-G-GTCTACGGTAA-TG--TAA---AC-------------TTTG-T--TA-CA------A-----GTAT-----G--CT-CATATTTTG-GGA-ATACTT--GTCAAAtatac
gi|5 : gTAAACTT-AGGTCATTGCAATATT--TGA--ACCTTCATGAGATACAAAC----TTA-AATGTACC------AC--AT--ACA-----AAA---TAA-GAG-AA----A-CCCA----G-----G-G-TTTC------A-TG--TAA---ACTT---T----G--GTAA-T--TG-CA------T-----TAAA-----G--TT-CATATCTCATTAA-ATGggagttaattcctaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|17 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatg----ACT-TTAT-TTG-TGA--ACATTCATG-------AAC----TTA-CATGTATC------A---A---------GCAAGGTTTAC-ATC-AA----T-CCC----------------CTTCG----G-TG--TGC---ACTT---A----C--TTCG-CA-TG-TA------TAGTAAGTAA-----G--TC-CATATCTCA-TGA-ATGTTC--AACAAATGAT-G-TTCcatatacttaattt
gi|18 : TT-TA-T-TTGCGTA--AAGTTCATTGGATATGAAC----TTA-CATGTAAC------A--------CATG-CAAAG---TAA-GTG-AA----C-CACAAA--G-----A-G-GTTT------G-CA--TAA---ACTT---T----G--CTAG-T--TC-CA------T-----GTAA-----G--TT-TATATCTCA-TGA-AT-TTC--gtgattt
gi|21 : TT-TTAT-TTTTTGA--ATGTTCACGAGAAGTGAAC--TGTGG-TTTGTGCA------A---AT--GCATA--TATA---CAA-ATG-CA------CCCAAA--G-----G-A-GCTC------A-TG--TAA---ACTC---T----G--TTCA-T--TT-CA------T-----GTAA-----G--TT-AATATCTCtgatatctatatt
gi|13 : atTT-TA-T-TTGTTGA--ACATTCATGGGATATGAAC----CTA-CACGTAAC------G---A
gi|17 : agtgttatgtttcaataagtgacgattttatatatttgagttaattataaattataaagtgacgcctttgcAT-TTGTTGA--ACATTCATGAGATATGGACTTACTTACTAT---------------AC--ATGCG---AAG---TAA-GTG-CA----C-ACCGAA--G-----G-GGATTG------A-TG--TAA---ACCT---T----G--CTTG-A--TA-CA------T-----GTAA-----G--T--------TCA-TGA-ATGTTC---ACAAAT-AAAG-Tggccaatccttatatttatattctatacgtccttagtctgtacagatatgtcccatttgt
gi|18 : gaacatc--AAATTCATGAGATATAAAC----TTA-CATGGAAC-----------------TA-GCAA------A-GTT-TA----T-GC-AAA--C-----C-T-CTTT------G-TGGTTCACTTACTT---T----GCATGTG-T--TA-CA------T-----GTAA-----G--TT-CATATCCAA-TGA-ACTTTA--CGCAAAT-Agtgattt
gi|34 : tt--AAGTTCATAAGATATG--C--ACTTA-CATGTGAC----------AC--AT----GTAAG---TGG-GTctgatatctatatt
gi|4 : gttgGTTCCTGAGGTGTGAAC----TTA-TAT-TACT------A---G-----GTGCGTGTG---TAA-GTG-GA----C-CC-----------------TTC------A-TG--GAA---ACTT---T----G--CTCG-T--CC-CA------T-----ATAA-----G--TT-CATATCTTA-CAA-TTTTCC--ATCACAT-GAAA-TTCA-GTCTctcaataaagggttt
gi|8 : gcacATGGGATCTGAGC---TTT--CATG---C------A---CC--ACGTG-CGAAG---TAA-ATA-AA----T-CGCGAG--T-----G-G-TTCC------A-TG--TAA---GCTT---TTAATG--TAAG-T--T--CA------T-----GTAA-----G--TT-CATATCTCA-TGA-ATGCCC--AACACAT-AACG-TTCAttatatcaagttcattgatgcccaatttataccaatatgtctgatttagtgagcacctattaccggcaaatcagttattgtgtctgtctgtttaagctggtttatgtaacagcaaatggaatagcaaatgtcacgccttttgtgtcacatctgttgc
gi|3 : taaggggaatggatttcattttttttttataTACAAGATGCAA--ACTTA-CGTGTAGC------A--------CATG-CACAG---GAA-GTG-AA----A-GCAAAA--G-----C-A-ATCG------A-TA--TAA---ACCT---T----G--CTCA-G--TG-CT------T-----GTAA-----G--TT-CATATCTCG-TGA-ATGCTttccgtatatatacattatcaatgcgcccagtatcttatctatttataaattaatcagcaccttctaccggtaaa
gi|32 : tttcatttttttaacattC------A---AC--ACGTG-AACAG---TAA-ATG-AA----C-CCGAAA--G-----G-G-GTTC------A-CT--TAC---A-GT---TTAC-G--T--G-T--TA-CA------T-----GTAC-----G--TT-CATTTCattcctgatattactggtaatattattaatgctatcggtctatatcaacatgtcctataatcaattattcaatacgttttgatagaaaattaattattgtatccatttgtctcaagttggctaatggaacggcaaaagtaattcctactttgttttcctgcatctattcatttaaacgggaact
gi|1 : gttgaaagtt--ACGTG-CAAAA---TAA-ATG-AG----C-ACCGAA--GTGTTCATG-GTTC------G-TG--TAC---TCGT---TT---G--TT-A-T--TG-CA------T-----GTAT-----G--TT-CATAGCTCG-TGA-ATGTTC--AACAAAT-GACG-TTCATATCTat
gi|24 : caattgttgagctctcattagctttgacatacacaAAG---TAA-GTA-AA----A-CTCGAA--G-----G-T-GTCCAC----G-TG--TTA---AC-------------TTTG-T--TA-CA------T-----GTAA-----G--TT-TATATCTCA-TGA-ATGataatgttaatgcacacattctgcaccaaaatatacaattgatccattatccagcatctttaaacgcaaataaattatgtaattgttgtgtccgctgaaaatcgattaataaaacagcttgaactcctgcctttgtttaagttaaactaaattgcttcggtagaaacgggaaccagaccattataatatctcggttatatttttatttattatggctaaattataacagttaacggcatgcgttcatcagacgtgaaacgacaaaataatatatataggt
gi|27 : catcatgggcaAAG---TTA-GGT-AA----C-CCTAAA--G-----G-G-GTTC------T-TG--TAA---ACTT---G----G--CTTG-T--TG-TAATCCTAT-----GTAA-----G--TT-CATATCTCA-T-------TC--AACAAaaacattaaagatcatttttaatatttatagt
gi|19 : AG---TAAAGTT-AACATGT-ACCACATCG-----A-G-GTTT------A-CG--TA-------T---T----GCGTACG-TCTTA-CG------T-----CTAA-----G--TT-CATATCTTG-TGACAT-TTC--AACAAAC-TGAG-TTCAgagtttcattccttgt
gi|37 : ttaaggaaAAA--G-----G-G-ATTC------A-CG--TAA---ACTT---T----G--CTAG-T--TA-CA------T-----ATAA-----T--TT-CATATcgcatgaataattttccaactaattttc
gi|31 : -----A-G-ATTT------T-TT--TAA---A-GTAAAT----A--TTCG-T--TA-CA------T-----GCAATCGC-A--TG-CATATCTCG-TGA-ATGCGA--AACAAAT-AGAGTTTCACTTCT
gi|10 : TT------G-TG--CAA---------------G--T--G-T--TA-CA------T-----GTCA-----C--TT-CATATCTGA-TGA-ACATCC--AACAAAT-AGTG-TTCAtat
gi|36 : taaggaaCGT---T----GCATGTG-T--TA-CA------T-----GTTA-----G--TG-CATATCTTA-TGA-AC-TTCGAAACAAtaagtgacccttaatgggttcgatgtaaacattgctctttgcatggaagtatgttcatttctcatatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|5 : T---T----G--TATG-TGGTA-CA------T-----TTAA-----G--TT-TGTATCTCA-TGA-AGGTT-----CAAAT-AT
gi|26 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaT---T----A--CTCC-T--TG-TA------T-----GTAA-----G--TT-CATGTCGCA-TTA-ACGTTTA-AACAAAT-Aaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|7 : ----G--TTCACT--TAGCA------T-----GTGA-----TACTT-CATATCACA-TGA-ATATTA--AACAAAT-GAAA-TTCAaaaaacaacatttcttatatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|34 : gaaG-T--CA-CA------T-----GTAA-----G--TG-CATATCTTA-TGA-AC-TTC--AACccagaaaggtctacggtaatgtaaactttgttacaagtatgctcatattttgggaatacttgtcaaaggagttaattcctaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|29 : --TA-CA------T-----GTAG-----A--TT-ATTATCTCA-TCA-ACATTC--AACAAAT-Aacatgtaagtgggtctcaataaagggttt
gi|9 : tA-----G--TTACCTATCTCA-TGA-ATATTA--AACAAAT-AAAA-TTAATTTCTctatatgtcaagaaagggaacgtgaaaggggataaatgtaaactttgcat
gi|2 : attataaggatcaaaattaacagttttgacgtcataagcaacaactagcaaacaaaaggcatagcttcaactaaactttagaatgcaacatagaactgtacatcggtcatagataaatgtgaaacaggacacagcggtgtcaagcgattcattaacaata-----G--TT-TATATCTCA-TGC-ATATTC--AACAAAT-GAAA-TTCAagccaaggttacgtgaacc
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATAGTACTAATGCACCCAGACCAACATGTCCTGTCAATCAATTAAGTATACATATTATACTGGCTAATTAAGTTTTGCTTACGCATGTTTCGGTCAATGGAACAGCACAAATGATAAATACGCTGTGTTTCCGTGACTATTACAATTAGACTGCGACAGGGAACCAGATTCATCATAACCTATCGCAATATCTTAGTAACACTATTTTTGCTAAATGTGTCCAAAGCTAGAAAT
Unaligned ( gi|11 ): TATGTTGATAAATAGTATAGTTATGTTTATGTTGGCTAATGGAACTACGAGAGTCACGTATATTTTGTGTTCCTGCGTCTATTACAGTTTAACTTAACTGCTACATTATAAGGGGGAACCAGATGCATCATGATCTGTTTTATTGTAAAATGTGTACAAAACTAAAAATGGCCGTAGTATGGGATCATTGGGTAGCGACTACAAAA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTCTAATTCACCCAACATTTCCTATTTATCAATTATCTAGCATCTTGTACAGGCAAACTAGTTATTTTAACCTCATGTTTAAGTCGGTAGATGGAACCGCGACCATTACCATCAATTTGAGTTTCTAAAGTAGAGTCTGGAACCATATTCATCATGATATATCGTCATATCTCAGTAAAACT
Unaligned ( gi|15 ): TTAAGTTCAATAATGGAACAGCAAAAGTTTACTTTGAGTTTCCATGTTGATTACAGTTACACTGAAGTGCTACAATAAAAATCTGAACCAGATGTATCAAACACTCTTTTTTGTTATAAAACCTAAAATTGACCATTCATGGGTNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCAACATGTCCAATTTATCTATTGTATAGCACCTTGTGCAGGCAAATGTATTGTACCCATAGGTTTAAGTCGGCTAATGTTACAACAAATATCTCGGCTTCTTTGTGATTTTACATCTA
Unaligned ( gi|23 ): GACCTAATATGTATCAATTATCGAGCATCGCATACCGGCAAATTAATTATTGTTTAATGCAACAGCCACTGACAGGCTACATTGTGTTTCTGTGTCTATTACAGTTAAAC
Unaligned ( gi|25 ): ATTAATGATATTATTAGTGCACTCAGTCTATAACTTCATATTCTAGTAAATAACTATCCAGCACCTTTTGCTGGCATATTAATCATCGTATCATTATGTTT
Unaligned ( gi|28 ): GCCTAGGTCGTTGCAGTTAGACAGAAGAGCTACATCAGAAACGGGAACTAGTTCACCATAACCTATCGTAATATCTCGGTAATATCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACCTATCGCAACACCTCTGTAACACTGTTTTTATCGTGAAATGTATCAGAAGCTAAAGATTAGCGTTCACTGGGAAAGTTACGCCA
Unaligned ( gi|33 ): ATAATATTCATTTTTTTGGCAGTTCATGTGATATGCACTTCACGTACCACGTGCAAAGAAAATGAAACCGAAA
Unaligned ( gi|35 ): AATCAGAATTATTTAACACACTTCATCATGTATAATCGCATTATCTCTCGCCAGCAAACCA
Alignments
lowQualScore : 222222222222222 222222 1111111
lowQualScore : 777777777777777 55 6 22 4444 888888 1 777 0 9999 1 44444 3 1 0000000 1 3333 2 7777777 7777 4 2 777777 33 6 3
lowQualScore : ............... .. . .. .... ...... . ... . .... . ..... . . ....... . .... . ....... .... . . ...... .. . .
lowQualScore : 222222222222222 00 5 88 2222 888888 8 555 1 7777 8 33333 5 7 2222222 7 4444 0 5555555 4444 6 7 777777 77 2 1
consensus : TTAAGGAATGAACTTA----ATT-TNATTTGTT--GAACGTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCATGAATGTTC-A------ACAAA--TAAAG-T-TCATTTCT
Reference ( family-955 ) : TTAAGGAATGAACTTA----ATT-TAATTTGTT--GAACGTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGNNAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTA------CATGTAA----GTTCATATCTCATGAACGTTC-A------ACAAA--TAAAG-T-TCATTTCT
gi|1 : TTGTT--GAGCTCTCATTAGCTTTGA-C--A----TACA-----CAA-C--GTGCAAAATAAATGAGCACCG--AAGTGTTCATGG-TT-C--G----TGTACTCGTTT----GTT-ATTG------CATGTAT----GTTCATAGCTCGTGAATGTTC-A------ACAAA--TGACG-T-TCATATCT
gi|10 : caaTAAGGAATGAAC-------ACT---ATTTGTT--GGATGTTCATCAGATATGAAG--T----GACATGT---AA-CACTTGCACAATAAGTG-ACCCTT--AAT-G-----GG-TT-C--GA---TGTAAAC-ATT----GCTCTTTG------CATGGAAGTATGTTCATTTCTCATataatgttaatgcacacattctgcaccaaaatatacaattgatccattatccagcatctttaaacgcaaataaattatgtaattgttgtgtccgctgaaaatcgattaataaaacagcttgaactcctgcctttgtttaagttaaactaaattgcttcggtagaaacgggaaccagaccattataatatctcggttatatttttatttattatggctaaattataacagttaacggcatgcgttcatcagacgtgaaacgacaaaataatatatataggt
gi|13 : C-TTT----GCTCGTTA------CGTGTAG----GTTCATATCCCATGAATGTTC-A------ACAAA--TAAAG-G-CCAATCCTatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|14 : agtgttatgtttcaataagtgacgattttatatatttgagttaattataaattataaagtgacgcTTAAGAAATGAACTTA----ATT-TAATTTGAT--GAAAGTTCATGCGATATGAACATT----TATATGTAACAA-CACGTGGTAAGTAAGTTAATCCCA--AAG-A-----GA-TT-T--G----TGTAAAC-GTT----GTTCGTTA------CATGTGA----GTTCATATCTCATGAATGTTC-A------ACAAA--TATAG-T-TCACGTCTtatatttatattctatacgtccttagtctgtacagatatgtcccatttgt
gi|16 : AAGGAATGAAGGTC----ATT-T----TGTT--GAAAGTTCATGAGAT-TGGG-------------------A-CACGTGTAAAGTAAATGAAATCCG--AAA-G-----GG-TT-A--A----TGTAAAC-TTT----GCACGTTA------CAT-TAA----CTTTACATCTCATGATTGCTC-A------ACAAA--TTAAG-T-TAATTTCT
gi|17 : ATTTGTT--GAACATTCATGAGATATGGAC--T----TAC---TTACTA-TACATGCGAAGTAAGTGCACACCG--AAG-G-----GGATT-G--A----TGTAAAC-CTT----GCTTGATA------CATGTAA----GT-------TCATGAATGTTC--------ACAAA--TAAAG-TGTGATTTtatac
gi|18 : gaacatcTT-TA-TTTGCG--TAAAGTTCATTGGATATGAAC--T----TACATGTAACA----CATGCAAAGTAAGTGAACCACA--AAG-A-----GG-TT-T--G----CATAAAC-TTT----GCTAGTTC------CATGTAA----GTTTATATCTCATGAA
gi|19 : TTAAGGAATGAACTCA----GTT-T-----GTT--GAAATGTCACAAGATATGAAC--T----TAGACGT---AA-GACGTACGCAATACGTAAACCTCG--ATG-T-----GG-TA-C--A----TGTTAAC-TTT----ACTCG---------CATGtttctgatatctatatt
gi|2 : ----GTTTATATCTCATGCATATTC-A------ACAAA--TGAAA-T-TCAATCCTaataattttccaactaattttc
gi|21 : gTT-TTATTTTTT--GAATGTTCACGAGAAGTGAAC--TGTGGTTTGTGCAA--A-TGCATATATA-CAAATGCACCC-A--AAG-G-----AG-CT-C--A----TGTAAAC-TCT----GTTCATTT------CATGTAA----GTTAATATCTCtatatatattattattataaatgtaccaagcctatactgaccgacatgtcctatttatatgttagccagcatgctgtaccagcacatcaattgtatcttcttgttttggttggtaaatgaaacagcaatagtcatgcctactttatgctgtcacatctgtcacagcagaaatgggaacccaggataatattgggttacactatttttattattaaatatgacttattgtaaaactcagcaatcagggacatgtgtttattgtataggaataacaaatttttatgtaggttgaaagaaggaattgtgtca
gi|22 : atTAAGGAATAAA--TA----A----AATATGCT--GAATATTCATAAAATTTTAA---T----TAT-TGTA---------TAATAAGTAAGTGATACCCA--AAG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GCTTGTTG------CATATAA----GTTCATA
gi|24 : CAT-CATGGGCAAAGTAAGTAAAACTCG--AAG-G-----TG-TC-CACG----TGTTAAC-TTT----G----TTA------CATGTAA----GTTTATATCTCATGAATG--A-A------AC-AT--TAAAG-A-TCATTTTT
gi|26 : TT----ACTCCTTG------TATGTAA----GTTCATGTCGCATTAACGTTTAA------ACAAA--TAAAaatatttatagt
gi|26 : TAAGAAATGTTGTT------TT-TTATTTGTTT-AAACGTTAATGCGACATGAAC--T----TACATACAAaaacaacatttcttatatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|27 : ttactccAAGTTAGGTAACCCTA--AAG-G-----GG-TT-C--T----TGTAAAC-TTG----GCTTGTTGTAATCCTATGTAA----GTTCATATCTCA------TTC-A------ACA-----AGAGTT-TCATTCCTtatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|29 : ATTTGTT--GAATGTTGATGAGATAATAAT--C----TACATGT-ACTA-TA--TGTCAAGAAAGGGAACGTGA--AAG-G-----GGATA-A--A----TGTAAAC-TTT----GCtgt
gi|3 : ttTT-TCATTTTTT--TAACATTTACAAGATGCAAAC--T----TACGTGTAGCA----CATGCACAGGAAGTGAAAGCAA--AAG-C-----AA-TC-G--A----TATAAAC-CTT----GCTCAGTG------CTTGTAA----GTTCATATCTCGTGAATGCTat
gi|31 : GTAAA----T----ATTCGTTA------CATGCAATCGCATGCATATCTCGTGAATGCGA-A------ACAAA--TAGAGTT-TCACTTCTattcctgatattactggtaatattattaatgctatcggtctatatcaacatgtcctataatcaattattcaatacgttttgatagaaaattaattattgtatccatttgtctcaagttggctaatggaacggcaaaagtaattcctactttgttttcctgcatctattcatttaaacgggaact
gi|32 : agatttttttaaaCAA-CACGTGAACAGTAAATGAACCCGA--AAG-G-----GG-TT-C--A----CTTACAG-TTT----ACGTGTTA------CATGTAC----GTTCATTTCtat
gi|33 : gttgaaagtt----ATT-CATTTTTTT--GGCAGTTCATGTGATATGCAC--T----T-CACGT-AC---CACGTGCAAAGAAAATGAA-ACCG--AAat
gi|34 : ataatGTT--GAA-GTTCATAAGATATGCAC--T----TACATGTGAC-A-CAT-------GTAAGTGGGTCTCAATAAA-G-----GG-TT-a
gi|36 : TTGTTTCGAA-GTTCATAAGATATGCAC--T----AACATGTAACAt
gi|37 : --AAG-G-----GA-TT-C--A----CGTAAAC-TTT----GCTAGTTA------CATATAA----TTTCATATcatgcaacg
gi|4 : aACGTTCCTGAGGTGTGAAC--T----TATAT-TACTAGGTGCGTGT---GTAAGTGGACCC-----------------TT-C--A----TGGAAAC-TTT----GCTCGTCC------CATATAA----GTTCATATCTTACAATTTTCC-A------TCACA--TGAAA-T-TCA
gi|5 : gcAGTAAGAGAACCCC----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAGAC-TAA----GGTCATTG------CAgtctttatatcaagttcattgatgcccaatttataccaatatgtctgatttagtgagcacctattaccggcaaatcagttattgtgtctgtctgtttaagctggtttatgtaacagcaaatggaatagcaaatgtcacgccttttgtgtcacatctgttgc
gi|5 : TT--GAACCTTCATGAGATACAAAC--T----TAACTGT-AC---CACATACAAAGTAAGAGAACCC-----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAAAC-TTA----GGTCATTG------CA-------------ATATT---TGAACCTTC-ATGAGATACAAACTTAAAatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|5 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatTAAACTTAGGTCATTGCAATAT-TT--GAACCTTCATGAGATACAAAC--T----TAAATGTA-C---CACATACAAAATAAGAGAAACCC----AG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GGTAATTG------CATTAAA----GTTCATATCTCATTAAtgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|7 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgGAATGAA---------TT-TCATTTGTT--TAATATTCATGTGATATGAAG--T-------AT--------CACATGC----TAAGTGAACCCAG--AAA-G-----GT-CTAC--GGTAATGTAAAC-TTT--------GTTA------CAAGTAT----GCTCATATTTTGGGAATACTT-G------TCAAA---GGAG-T-TAATTCCTatgcatatacttaattt
gi|8 : GGAATGGATTTC----ATT-T--TTTTTT--TA----TAATGGGATCTGAGC--T----TTCATG---CAC-CACGTGCGAAGTAAATAAATCGCG--AGT-G-----GT-TC-C--A----TGTAAGC-TTTTAATGTAAGTT-------CATGTAA----GTTCATATCTCATGAATGCCC-A------ACACA--TAACG-T-TCATTCCaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|9 : taagg-----GG-TT-C--A----CGTAACC-TTG----GCTAGTTA------C-------------C-TATCTCATGAATATTA-A------ACAAA--TAAAA-T-TAATTTCTgtatatatacattatcaatgcgcccagtatcttatctatttataaattaatcagcaccttctaccggtaaa
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATAGTACTAATGCACCCAGACCAACATGTCCTGTCAATCAATTAAGTATACATATTATACTGGCTAATTAAGTTTTGCTTACGCATGTTTCGGTCAATGGAACAGCACAAATGATAAATACGCTGTGTTTCCGTGACTATTACAATTAGACTGCGACAGGGAACCAGATTCATCATAACCTATCGCAATATCTTAGTAACACTATTTTTGCTAAATGTGTCCAAAGCTAGAAAT
Unaligned ( gi|11 ): TATGTTGATAAATAGTATAGTTATGTTTATGTTGGCTAATGGAACTACGAGAGTCACGTATATTTTGTGTTCCTGCGTCTATTACAGTTTAACTTAACTGCTACATTATAAGGGGGAACCAGATGCATCATGATCTGTTTTATTGTAAAATGTGTACAAAACTAAAAATGGCCGTAGTATGGGATCATTGGGTAGCGACTACAAAA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTCTAATTCACCCAACATTTCCTATTTATCAATTATCTAGCATCTTGTACAGGCAAACTAGTTATTTTAACCTCATGTTTAAGTCGGTAGATGGAACCGCGACCATTACCATCAATTTGAGTTTCTAAAGTAGAGTCTGGAACCATATTCATCATGATATATCGTCATATCTCAGTAAAACT
Unaligned ( gi|15 ): TTAAGTTCAATAATGGAACAGCAAAAGTTTACTTTGAGTTTCCATGTTGATTACAGTTACACTGAAGTGCTACAATAAAAATCTGAACCAGATGTATCAAACACTCTTTTTTGTTATAAAACCTAAAATTGACCATTCATGGGTNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCAACATGTCCAATTTATCTATTGTATAGCACCTTGTGCAGGCAAATGTATTGTACCCATAGGTTTAAGTCGGCTAATGTTACAACAAATATCTCGGCTTCTTTGTGATTTTACATCTA
Unaligned ( gi|23 ): GACCTAATATGTATCAATTATCGAGCATCGCATACCGGCAAATTAATTATTGTTTAATGCAACAGCCACTGACAGGCTACATTGTGTTTCTGTGTCTATTACAGTTAAAC
Unaligned ( gi|25 ): ATTAATGATATTATTAGTGCACTCAGTCTATAACTTCATATTCTAGTAAATAACTATCCAGCACCTTTTGCTGGCATATTAATCATCGTATCATTATGTTT
Unaligned ( gi|28 ): GCCTAGGTCGTTGCAGTTAGACAGAAGAGCTACATCAGAAACGGGAACTAGTTCACCATAACCTATCGTAATATCTCGGTAATATCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACCTATCGCAACACCTCTGTAACACTGTTTTTATCGTGAAATGTATCAGAAGCTAAAGATTAGCGTTCACTGGGAAAGTTACGCCA
Unaligned ( gi|35 ): AATCAGAATTATTTAACACACTTCATCATGTATAATCGCATTATCTCTCGCCAGCAAACCA
Alignments
lowQualScore : 2222 1 222222 1111111
lowQualScore : 2222 3 0 55 77 22 4444 777777 0 44 0 9999 1 44444 3 1 0000000 1 3333 2 6666666 7777 2 2 6 3
lowQualScore : .... . . .. .. .. .... ...... . .. . .... . ..... . . ....... . .... . ....... .... . . . .
lowQualScore : 0000 3 4 00 22 88 2222 666666 9 66 1 7777 8 33333 5 7 2222222 7 4444 0 7777777 7777 2 7 2 1
consensus : TTAAGGAATGAACTTAAT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
Reference ( family-955 ) : TTAAGGAATGAACTTAAT-TTNATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
gi|1 : TTGTT--GAGC-TCTCATTAGCTTTGA-C--A----TACA-----CAA-C--GTGCAAAATAAATGAGCACCG--AAGTGTTCATGG-TT-C--G----TGTACTCGTTT----GTT-ATTG------CATGTAT----GTTCATAGCTCG-TGAATGTTC-AACAAATGACG-T-TCATATCT
gi|10 : caaTAAGGAATGAAC---AC-T--ATTTGTT--GGAT-GTTCATCAGATATGAAG--T----GACATGTAACA----CTTGCACAATAAGTG-ACCCTT--AAT-G-----GG-TT-C--GA---TGTAAAC-ATT----GCTCTTTG------CATGGAAGTATGTTCATTTCTCA-Tataatgttaatgcacacattctgcaccaaaatatacaattgatccattatccagcatctttaaacgcaaataaattatgtaattgttgtgtccgctgaaaatcgattaataaaacagcttgaactcctgcctttgtttaagttaaactaaattgcttcggtagaaacgggaaccagaccattataatatctcggttatatttttatttattatggctaaattataacagttaacggcatgcgttcatcagacgtgaaacgacaaaataatatatataggt
gi|13 : C-TTT----GCTCGTTA------CGTGTAG----GTTCATATCCCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-G-CCAATCCTatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|14 : agtgttatgtttcaataagtgacgattttatatatttgagttaattataaattataaagtgacgcTTAAGAAATGAACTTAAT-TTAATTTGAT--GAAA-GTTCATGCGATATGAACATT----TATATGTAACAA-CACGTGGTAAGTAAGTTAATCCCA--AAG-A-----GA-TT-T--G----TGTAAAC-GTT----GTTCGTTA------CATGTGA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATATAG-T-TCACGTCTtatatttatattctatacgtccttagtctgtacagatatgtcccatttgt
gi|16 : AAGGAATGAAGGTCAT-TT----TGTT--GAAA-GTTCATGAGAT-TGGG-------------------A-CACGTGTAAAGTAAATGAAATCCG--AAA-G-----GG-TT-A--A----TGTAAAC-TTT----GCACGTTA------CAT-TAA----CTTTACATCTCA-TGATTGCTC-AACAAATTAAG-T-TAATTTCT
gi|17 : TCATTTGTT--GAAC-ATTCATGAGATATGGAC--T----TAC---TTACTA-TACATGCGAAGTAAGTGCACACCG--AAG-G-----GGATT-G--A----TGTAAAC-CTT----GCTTGATA------CATGTAA----GT-------TCA-TGAATGTTC--ACAAATAAAG-TGTGATTTtatac
gi|18 : gaaca-TTTATTTGCG--TAAA-GTTCATTGGATATGAAC--T----TACATGTAACA----CATGCAAAGTAAGTGAACCACA--AAG-A-----GG-TT-T--G----CATAAAC-TTT----GCTAGTTC------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAAT-TTC-
gi|19 : TTAAGGAATGAACTCAGT-TT-----GTT--GAAA-TGTCACAAGATATGAAC--T----TAGACGT---AA-GACGTACGCAATACGTAAACCTCG--ATG-T-----GG-TA-C--A----TGTTAAC-TTT----ACTC---G------CATGtgatatctatatt
gi|2 : ----GTTTATATCTCA-TGCATATTC-AACAAATGAAA-T-TCAATCCTaataattttccaactaattttc
gi|21 : gT-TTTATTTTTT--GAAT-GTTCACGAGAAGTGAAC--TGTGGTTTGTGCAA--A-TGCATATATA-CAAATGCACCC-A--AAG-G-----AG-CT-C--A----TGTAAAC-TCT----GTTCATTT------CATGTAA----GTTAATATCTCtatatatattattattataaatgtaccaagcctatactgaccgacatgtcctatttatatgttagccagcatgctgtaccagcacatcaattgtatcttcttgttttggttggtaaatgaaacagcaatagtcatgcctactttatgctgtcacatctgtcacagcagaaatgggaacccaggataatattgggttacactatttttattattaaatatgacttattgtaaaactcagcaatcagggacatgtgtttattgtataggaataacaaatttttatgtaggttgaaagaaggaattgtgtca
gi|22 : atTAAGGAATAAA--TAA----AATATGCT--GAAT-ATTCATAAAATTTTAA---T----TAT-TGTA-TAA-TA-------AGTAAGTGATACCCA--AAG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GCTTGTTG------CATATAA----GTTCATA
gi|24 : CAT-CATGGGCAAAGTAAGTAAAACTCG--AAG-G-----TG-TC-CACG----TGTTAAC-TTT----G----TTA------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAATG--A-AAC-ATTAAAG-A-TCATTTTT
gi|26 : TT----ACTCCTTG------TATGTAA----GTTCATGTCGCA-TTAACGTTTAAACAAATAAAaatatttatagt
gi|26 : TAAGAAATGTTGTT--T-TTTATTTGTTT-AAAC-GTTAATGCGACATGAAC--T----TACATACAAaaacaacatttcttatatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|27 : ttactccAAGTTAGGTAACCCTA--AAG-G-----GG-TT-C--T----TGTAAAC-TTG----GCTTGTTGTAATCCTATGTAA----GTTCATATCTCA-------TTC-AACA---AGAGTT-TCATTCCTtatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|29 : TTATTTGTT--GAAT-GTTGATGAGATAATAAT--C----TACATGT-ACTA-TATGT-C-AAGAAAGGGAACGTGA--AAG-G-----GGATA-A--A----TGTAAAC-TTT----GCtgt
gi|3 : T-TTCATTTTTT--TAAC-ATTTACAAGATGCAAAC--T----TACGTGTAGCA----CATGCACAGGAAGTGAAAGCAA--AAG-C-----AA-TC-G--A----TATAAAC-CTT----GCTCAGTG------CTTGTAA----GTTCATATCTCG-TGAATGCTat
gi|31 : GTAAA----T----ATTCGTTA------CATGCAATCGCATGCATATCTCG-TGAATGCGA-AACAAATAGAGTT-TCACTTCTattcctgatattactggtaatattattaatgctatcggtctatatcaacatgtcctataatcaattattcaatacgttttgatagaaaattaattattgtatccatttgtctcaagttggctaatggaacggcaaaagtaattcctactttgttttcctgcatctattcatttaaacgggaact
gi|32 : agatttttttaaaCAA-CACGTGAACAGTAAATGAACCCGA--AAG-G-----GG-TT-C--A----CTTACAG-TTT----ACGTGTTA------CATGTAC----GTTCATTTCtat
gi|33 : gttgaaagttTAATATTCATTTTTT--TGGCAGTTCATGTGATATGCAC--T----T-CACGTA-C---CACGTGCAAAGAAAATGAA-ACCG--AAat
gi|34 : aGTT--GAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----TACATGTGAC-A-CAT-------GTAAGTGGGTCTCAATAAA-G-----GG-TT-a
gi|36 : TTGTTTCGAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----AACATGT---AA-CACATGCAAt
gi|37 : --AAG-G-----GA-TT-C--A----CGTAAAC-TTT----GCTAGTTA------CATATAA----TTTCATATcg
gi|4 : aAC-GTTCCTGAGGTGTGAAC--T----TATAT-TACTAGGTGCGTGT---GTAAGTGGACCC-----------------TT-C--A----TGGAAAC-TTT----GCTCGTCC------CATATAA----GTTCATATCTTA-CAATTTTCC-ATCACATGAAA-T-TCA
gi|5 : gcAGTAAGAGAACCCC----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAGAC-TAA----GGTCATTG------CAgtctttatatcaagttcattgatgcccaatttataccaatatgtctgatttagtgagcacctattaccggcaaatcagttattgtgtctgtctgtttaagctggtttatgtaacagcaaatggaatagcaaatgtcacgccttttgtgtcacatctgttgc
gi|5 : TT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAACTGT-AC---CACATACAAAGTAAGAGAACCC-----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAAAC-TTA----GGTCATTG------CAatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|5 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatTT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAAATGTA-C---CACATACAAAATAAGAGAAACCC----AG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GGTAATTG------CATTAAA----GTTCATATCTCATTAAATGatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|7 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatGAATGAA-----T-TTCATTTGTT--TAAT-ATTCATGTGATATGAAG--T-------AT--------CACATGC----TAAGTGAACCCAG--AAA-G-----GT-CTAC--GGTAATGTAAAC-TTT--------GTTA------CAAGTAT----GCTCATATTTTG-GGAATACTT-GTCAAA-GGAG-T-TAATTCCTcatatacttaattt
gi|8 : GGAATGGATTTCAT-TT--TTTTTT--TA-----TAATGGGATCTGAGC--T----TTCATG---CAC-CACGTGCGAAGTAAATAAATCGCG--AGT-G-----GT-TC-C--A----TGTAAGC-TTTTAATGTAAGTT-------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGCCC-AACACATAACG-T-TCATTCCaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|9 : taagg-----GG-TT-C--A----CGTAACC-TTG----GCTAGTTA------C-------------C-TATCTCA-TGAATATTA-AACAAATAAAA-T-TAATTTCTgtatatatacattatcaatgcgcccagtatcttatctatttataaattaatcagcaccttctaccggtaaa
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATAGTACTAATGCACCCAGACCAACATGTCCTGTCAATCAATTAAGTATACATATTATACTGGCTAATTAAGTTTTGCTTACGCATGTTTCGGTCAATGGAACAGCACAAATGATAAATACGCTGTGTTTCCGTGACTATTACAATTAGACTGCGACAGGGAACCAGATTCATCATAACCTATCGCAATATCTTAGTAACACTATTTTTGCTAAATGTGTCCAAAGCTAGAAAT
Unaligned ( gi|11 ): TATGTTGATAAATAGTATAGTTATGTTTATGTTGGCTAATGGAACTACGAGAGTCACGTATATTTTGTGTTCCTGCGTCTATTACAGTTTAACTTAACTGCTACATTATAAGGGGGAACCAGATGCATCATGATCTGTTTTATTGTAAAATGTGTACAAAACTAAAAATGGCCGTAGTATGGGATCATTGGGTAGCGACTACAAAA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTCTAATTCACCCAACATTTCCTATTTATCAATTATCTAGCATCTTGTACAGGCAAACTAGTTATTTTAACCTCATGTTTAAGTCGGTAGATGGAACCGCGACCATTACCATCAATTTGAGTTTCTAAAGTAGAGTCTGGAACCATATTCATCATGATATATCGTCATATCTCAGTAAAACT
Unaligned ( gi|15 ): TTAAGTTCAATAATGGAACAGCAAAAGTTTACTTTGAGTTTCCATGTTGATTACAGTTACACTGAAGTGCTACAATAAAAATCTGAACCAGATGTATCAAACACTCTTTTTTGTTATAAAACCTAAAATTGACCATTCATGGGTNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCAACATGTCCAATTTATCTATTGTATAGCACCTTGTGCAGGCAAATGTATTGTACCCATAGGTTTAAGTCGGCTAATGTTACAACAAATATCTCGGCTTCTTTGTGATTTTACATCTA
Unaligned ( gi|23 ): GACCTAATATGTATCAATTATCGAGCATCGCATACCGGCAAATTAATTATTGTTTAATGCAACAGCCACTGACAGGCTACATTGTGTTTCTGTGTCTATTACAGTTAAAC
Unaligned ( gi|25 ): ATTAATGATATTATTAGTGCACTCAGTCTATAACTTCATATTCTAGTAAATAACTATCCAGCACCTTTTGCTGGCATATTAATCATCGTATCATTATGTTT
Unaligned ( gi|28 ): GCCTAGGTCGTTGCAGTTAGACAGAAGAGCTACATCAGAAACGGGAACTAGTTCACCATAACCTATCGTAATATCTCGGTAATATCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACCTATCGCAACACCTCTGTAACACTGTTTTTATCGTGAAATGTATCAGAAGCTAAAGATTAGCGTTCACTGGGAAAGTTACGCCA
Unaligned ( gi|35 ): AATCAGAATTATTTAACACACTTCATCATGTATAATCGCATTATCTCTCGCCAGCAAACCA
Alignments
lowQualScore : 22222222 222222 1111111
lowQualScore : 44444444 3 8 55 77 22 4444 777777 0 44 0 9999 1 44444 3 1 0000000 1 3333 2 6666666 7777 2 2 6 3
lowQualScore : ........ . . .. .. .. .... ...... . .. . .... . ..... . . ....... . .... . ....... .... . . . .
lowQualScore : 22222222 1 1 00 22 88 2222 666666 9 66 1 7777 8 33333 5 7 2222222 7 4444 0 7777777 7777 2 7 2 1
consensus : TTAAGGAATGAACTTA----AT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
Reference ( family-955 ) : TTAAGGAATGAACTTA----AT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
gi|1 : CAATTGTT--GAGC-TCTCATTAGCTTTGA-C--A----TACA-----CAA-C--GTGCAAAATAAATGAGCACCG--AAGTGTTCATGG-TT-C--G----TGTACTCGTTT----GTT-ATTG------CATGTAT----GTTCATAGCTCG-TGAATGTTC-AACAAATGACG-T-TCATATCT
gi|10 : TAAGGAATGAAC-------AC-T--ATTTGTT--GGAT-GTTCATCAGATATGAAG--T----GACATGTAACA----CTTGCACAATAAGTG-ACCCTT--AAT-G-----GG-TT-C--GA---TGTAAAC-ATT----GCTCTTTG------CATGGAAGTATGTTCATTTCTCA-Tataatgttaatgcacacattctgcaccaaaatatacaattgatccattatccagcatctttaaacgcaaataaattatgtaattgttgtgtccgctgaaaatcgattaataaaacagcttgaactcctgcctttgtttaagttaaactaaattgcttcggtagaaacgggaaccagaccattataatatctcggttatatttttatttattatggctaaattataacagttaacggcatgcgttcatcagacgtgaaacgacaaaataatatatataggt
gi|13 : C-TTT----GCTCGTTA------CGTGTAG----GTTCATATCCCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-G-CCAATCCTatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|14 : agtgttatgtttcaataagtgacgattttatatatttgagttaattataaattataaagtgacgcTTAAGAAATGAACTTA----AT-TTAATTTGAT--GAAA-GTTCATGCGATATGAACATT----TATATGTAACAA-CACGTGGTAAGTAAGTTAATCCCA--AAG-A-----GA-TT-T--G----TGTAAAC-GTT----GTTCGTTA------CATGTGA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATATAG-T-TCACGTCTtatatttatattctatacgtccttagtctgtacagatatgtcccatttgt
gi|16 : AAGGAATGAAGGTC----AT-TT----TGTT--GAAA-GTTCATGAGAT-TGGG-------------------A-CACGTGTAAAGTAAATGAAATCCG--AAA-G-----GG-TT-A--A----TGTAAAC-TTT----GCACGTTA------CAT-TAA----CTTTACATCTCA-TGATTGCTC-AACAAATTAAG-T-TAATTTCT
gi|17 : TCATTTGTT--GAAC-ATTCATGAGATATGGAC--T----TAC---TTACTA-TACATGCGAAGTAAGTGCACACCG--AAG-G-----GGATT-G--A----TGTAAAC-CTT----GCTTGATA------CATGTAA----GT-------TCA-TGAATGTTC--ACAAATAAAG-TGTGATTTtatac
gi|18 : gaaca-TTTATTTGCG--TAAA-GTTCATTGGATATGAAC--T----TACATGTAACA----CATGCAAAGTAAGTGAACCACA--AAG-A-----GG-TT-T--G----CATAAAC-TTT----GCTAGTTC------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAAT-TTC-
gi|19 : TTAAGGAATGAACTCA----GT-TT-----GTT--GAAA-TGTCACAAGATATGAAC--T----TAGACGT---AA-GACGTACGCAATACGTAAACCTCG--ATG-T-----GG-TA-C--A----TGTTAAC-TTT----ACTC---G------CATGtgatatctatatt
gi|2 : ----GTTTATATCTCA-TGCATATTC-AACAAATGAAA-T-TCAATCCTaataattttccaactaattttc
gi|21 : gT-TTTATTTTTT--GAAT-GTTCACGAGAAGTGAAC--TGTGGTTTGTGCAA--A-TGCATATATA-CAAATGCACCC-A--AAG-G-----AG-CT-C--A----TGTAAAC-TCT----GTTCATTT------CATGTAA----GTTAATATCTCtatatatattattattataaatgtaccaagcctatactgaccgacatgtcctatttatatgttagccagcatgctgtaccagcacatcaattgtatcttcttgttttggttggtaaatgaaacagcaatagtcatgcctactttatgctgtcacatctgtcacagcagaaatgggaacccaggataatattgggttacactatttttattattaaatatgacttattgtaaaactcagcaatcagggacatgtgtttattgtataggaataacaaatttttatgtaggttgaaagaaggaattgtgtca
gi|22 : atTAAGGAATAAA--TA----A----AATATGCT--GAAT-ATTCATAAAATTTTAA---T----TAT-TGTA-TAA-TA-------AGTAAGTGATACCCA--AAG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GCTTGTTG------CATATAA----GTTCATA
gi|24 : CAT-CATGGGCAAAGTAAGTAAAACTCG--AAG-G-----TG-TC-CACG----TGTTAAC-TTT----G----TTA------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAATG--A-AAC-ATTAAAG-A-TCATTTTT
gi|26 : TT----ACTCCTTG------TATGTAA----GTTCATGTCGCA-TTAACGTTTAAACAAATAAAaatatttatagt
gi|26 : TAAGAAATGTTGTT------T-TTTATTTGTTT-AAAC-GTTAATGCGACATGAAC--T----TACATACAAaaacaacatttcttatatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|27 : ttactccAAGTTAGGTAACCCTA--AAG-G-----GG-TT-C--T----TGTAAAC-TTG----GCTTGTTGTAATCCTATGTAA----GTTCATATCTCA-------TTC-AACA---AGAGTT-TCATTCCTtatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|29 : TTATTTGTT--GAAT-GTTGATGAGATAATAAT--C----TACATGT-ACTA-TATGT-C-AAGAAAGGGAACGTGA--AAG-G-----GGATA-A--A----TGTAAAC-TTT----GCtgt
gi|3 : T-TTCATTTTTT--TAAC-ATTTACAAGATGCAAAC--T----TACGTGTAGCA----CATGCACAGGAAGTGAAAGCAA--AAG-C-----AA-TC-G--A----TATAAAC-CTT----GCTCAGTG------CTTGTAA----GTTCATATCTCG-TGAATGCTat
gi|31 : GTAAA----T----ATTCGTTA------CATGCAATCGCATGCATATCTCG-TGAATGCGA-AACAAATAGAGTT-TCACTTCTattcctgatattactggtaatattattaatgctatcggtctatatcaacatgtcctataatcaattattcaatacgttttgatagaaaattaattattgtatccatttgtctcaagttggctaatggaacggcaaaagtaattcctactttgttttcctgcatctattcatttaaacgggaact
gi|32 : agatttttttaaaCAA-CACGTGAACAGTAAATGAACCCGA--AAG-G-----GG-TT-C--A----CTTACAG-TTT----ACGTGTTA------CATGTAC----GTTCATTTCtat
gi|33 : gttgaaagttTA----ATATTCATTTTTT--TGGCAGTTCATGTGATATGCAC--T----T-CACGTA-C---CACGTGCAAAGAAAATGAA-ACCG--AAat
gi|34 : aGTT--GAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----TACATGTGAC-A-CAT-------GTAAGTGGGTCTCAATAAA-G-----GG-TT-a
gi|36 : TTGTTTCGAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----AACATGT---AA-CACATGCAAt
gi|37 : --AAG-G-----GA-TT-C--A----CGTAAAC-TTT----GCTAGTTA------CATATAA----TTTCATATcg
gi|4 : aAC-GTTCCTGAGGTGTGAAC--T----TATAT-TACTAGGTGCGTGT---GTAAGTGGACCC-----------------TT-C--A----TGGAAAC-TTT----GCTCGTCC------CATATAA----GTTCATATCTTA-CAATTTTCC-ATCACATGAAA-T-TCA
gi|5 : gcAGTAAGAGAACCCC----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAGAC-TAA----GGTCATTG------CAgtctttatatcaagttcattgatgcccaatttataccaatatgtctgatttagtgagcacctattaccggcaaatcagttattgtgtctgtctgtttaagctggtttatgtaacagcaaatggaatagcaaatgtcacgccttttgtgtcacatctgttgc
gi|5 : TT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAACTGT-AC---CACATACAAAGTAAGAGAACCC-----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAAAC-TTA----GGTCATTG------CAatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|5 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatTAAACTTAGGTCAT-TGCAATATTT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAAATGTA-C---CACATACAAAATAAGAGAAACCC----AG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GGTAATTG------CATTAAA----GTTCATATCTCATTAAATGatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|7 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgGAATGAA---------T-TTCATTTGTT--TAAT-ATTCATGTGATATGAAG--T-------AT--------CACATGC----TAAGTGAACCCAG--AAA-G-----GT-CTAC--GGTAATGTAAAC-TTT--------GTTA------CAAGTAT----GCTCATATTTTG-GGAATACTT-GTCAAA-GGAG-T-TAATTCCTcatatacttaattt
gi|8 : GGAATGGATTTC----AT-TT--TTTTTT--TA-----TAATGGGATCTGAGC--T----TTCATG---CAC-CACGTGCGAAGTAAATAAATCGCG--AGT-G-----GT-TC-C--A----TGTAAGC-TTTTAATGTAAGTT-------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGCCC-AACACATAACG-T-TCATTCCaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|9 : taagg-----GG-TT-C--A----CGTAACC-TTG----GCTAGTTA------C-------------C-TATCTCA-TGAATATTA-AACAAATAAAA-T-TAATTTCTgtatatatacattatcaatgcgcccagtatcttatctatttataaattaatcagcaccttctaccggtaaa
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATAGTACTAATGCACCCAGACCAACATGTCCTGTCAATCAATTAAGTATACATATTATACTGGCTAATTAAGTTTTGCTTACGCATGTTTCGGTCAATGGAACAGCACAAATGATAAATACGCTGTGTTTCCGTGACTATTACAATTAGACTGCGACAGGGAACCAGATTCATCATAACCTATCGCAATATCTTAGTAACACTATTTTTGCTAAATGTGTCCAAAGCTAGAAAT
Unaligned ( gi|11 ): TATGTTGATAAATAGTATAGTTATGTTTATGTTGGCTAATGGAACTACGAGAGTCACGTATATTTTGTGTTCCTGCGTCTATTACAGTTTAACTTAACTGCTACATTATAAGGGGGAACCAGATGCATCATGATCTGTTTTATTGTAAAATGTGTACAAAACTAAAAATGGCCGTAGTATGGGATCATTGGGTAGCGACTACAAAA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTCTAATTCACCCAACATTTCCTATTTATCAATTATCTAGCATCTTGTACAGGCAAACTAGTTATTTTAACCTCATGTTTAAGTCGGTAGATGGAACCGCGACCATTACCATCAATTTGAGTTTCTAAAGTAGAGTCTGGAACCATATTCATCATGATATATCGTCATATCTCAGTAAAACT
Unaligned ( gi|15 ): TTAAGTTCAATAATGGAACAGCAAAAGTTTACTTTGAGTTTCCATGTTGATTACAGTTACACTGAAGTGCTACAATAAAAATCTGAACCAGATGTATCAAACACTCTTTTTTGTTATAAAACCTAAAATTGACCATTCATGGGTNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCAACATGTCCAATTTATCTATTGTATAGCACCTTGTGCAGGCAAATGTATTGTACCCATAGGTTTAAGTCGGCTAATGTTACAACAAATATCTCGGCTTCTTTGTGATTTTACATCTA
Unaligned ( gi|23 ): GACCTAATATGTATCAATTATCGAGCATCGCATACCGGCAAATTAATTATTGTTTAATGCAACAGCCACTGACAGGCTACATTGTGTTTCTGTGTCTATTACAGTTAAAC
Unaligned ( gi|25 ): ATTAATGATATTATTAGTGCACTCAGTCTATAACTTCATATTCTAGTAAATAACTATCCAGCACCTTTTGCTGGCATATTAATCATCGTATCATTATGTTT
Unaligned ( gi|28 ): GCCTAGGTCGTTGCAGTTAGACAGAAGAGCTACATCAGAAACGGGAACTAGTTCACCATAACCTATCGTAATATCTCGGTAATATCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACCTATCGCAACACCTCTGTAACACTGTTTTTATCGTGAAATGTATCAGAAGCTAAAGATTAGCGTTCACTGGGAAAGTTACGCCA
Unaligned ( gi|35 ): AATCAGAATTATTTAACACACTTCATCATGTATAATCGCATTATCTCTCGCCAGCAAACCA
Alignments
lowQualScore : 22222222 222222 1111111
lowQualScore : 44444444 3 8 55 77 22 4444 777777 0 44 0 9999 1 44444 3 1 0000000 1 3333 2 6666666 7777 2 2 6 3
lowQualScore : ........ . . .. .. .. .... ...... . .. . .... . ..... . . ....... . .... . ....... .... . . . .
lowQualScore : 22222222 1 1 00 22 88 2222 666666 9 66 1 7777 8 33333 5 7 2222222 7 4444 0 7777777 7777 2 7 2 1
consensus : TTAAGGAATGAACTTA----AT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
Reference ( family-955 ) : TTAAGGAATGAACTTA----AT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
gi|1 : CAATTGTT--GAGC-TCTCATTAGCTTTGA-C--A----TACA-----CAA-C--GTGCAAAATAAATGAGCACCG--AAGTGTTCATGG-TT-C--G----TGTACTCGTTT----GTT-ATTG------CATGTAT----GTTCATAGCTCG-TGAATGTTC-AACAAATGACG-T-TCATATCT
gi|10 : TAAGGAATGAAC-------AC-T--ATTTGTT--GGAT-GTTCATCAGATATGAAG--T----GACATGTAACA----CTTGCACAATAAGTG-ACCCTT--AAT-G-----GG-TT-C--GA---TGTAAAC-ATT----GCTCTTTG------CATGGAAGTATGTTCATTTCTCA-Tataatgttaatgcacacattctgcaccaaaatatacaattgatccattatccagcatctttaaacgcaaataaattatgtaattgttgtgtccgctgaaaatcgattaataaaacagcttgaactcctgcctttgtttaagttaaactaaattgcttcggtagaaacgggaaccagaccattataatatctcggttatatttttatttattatggctaaattataacagttaacggcatgcgttcatcagacgtgaaacgacaaaataatatatataggt
gi|13 : C-TTT----GCTCGTTA------CGTGTAG----GTTCATATCCCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-G-CCAATCCTatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|14 : agtgttatgtttcaataagtgacgattttatatatttgagttaattataaattataaagtgacgcTTAAGAAATGAACTTA----AT-TTAATTTGAT--GAAA-GTTCATGCGATATGAACATT----TATATGTAACAA-CACGTGGTAAGTAAGTTAATCCCA--AAG-A-----GA-TT-T--G----TGTAAAC-GTT----GTTCGTTA------CATGTGA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATATAG-T-TCACGTCTtatatttatattctatacgtccttagtctgtacagatatgtcccatttgt
gi|16 : AAGGAATGAAGGTC----AT-TT----TGTT--GAAA-GTTCATGAGAT-TGGG-------------------A-CACGTGTAAAGTAAATGAAATCCG--AAA-G-----GG-TT-A--A----TGTAAAC-TTT----GCACGTTA------CAT-TAA----CTTTACATCTCA-TGATTGCTC-AACAAATTAAG-T-TAATTTCT
gi|17 : TCATTTGTT--GAAC-ATTCATGAGATATGGAC--T----TAC---TTACTA-TACATGCGAAGTAAGTGCACACCG--AAG-G-----GGATT-G--A----TGTAAAC-CTT----GCTTGATA------CATGTAA----GT-------TCA-TGAATGTTC--ACAAATAAAG-TGTGATTTtatac
gi|18 : gaaca-TTTATTTGCG--TAAA-GTTCATTGGATATGAAC--T----TACATGTAACA----CATGCAAAGTAAGTGAACCACA--AAG-A-----GG-TT-T--G----CATAAAC-TTT----GCTAGTTC------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAAT-TTC-
gi|19 : TTAAGGAATGAACTCA----GT-TT-----GTT--GAAA-TGTCACAAGATATGAAC--T----TAGACGT---AA-GACGTACGCAATACGTAAACCTCG--ATG-T-----GG-TA-C--A----TGTTAAC-TTT----ACTC---G------CATGtgatatctatatt
gi|2 : ----GTTTATATCTCA-TGCATATTC-AACAAATGAAA-T-TCAATCCTaataattttccaactaattttc
gi|21 : gT-TTTATTTTTT--GAAT-GTTCACGAGAAGTGAAC--TGTGGTTTGTGCAA--A-TGCATATATA-CAAATGCACCC-A--AAG-G-----AG-CT-C--A----TGTAAAC-TCT----GTTCATTT------CATGTAA----GTTAATATCTCtatatatattattattataaatgtaccaagcctatactgaccgacatgtcctatttatatgttagccagcatgctgtaccagcacatcaattgtatcttcttgttttggttggtaaatgaaacagcaatagtcatgcctactttatgctgtcacatctgtcacagcagaaatgggaacccaggataatattgggttacactatttttattattaaatatgacttattgtaaaactcagcaatcagggacatgtgtttattgtataggaataacaaatttttatgtaggttgaaagaaggaattgtgtca
gi|22 : atTAAGGAATAAA--TA----A----AATATGCT--GAAT-ATTCATAAAATTTTAA---T----TAT-TGTA-TAA-TA-------AGTAAGTGATACCCA--AAG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GCTTGTTG------CATATAA----GTTCATA
gi|24 : CAT-CATGGGCAAAGTAAGTAAAACTCG--AAG-G-----TG-TC-CACG----TGTTAAC-TTT----G----TTA------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAATG--A-AAC-ATTAAAG-A-TCATTTTT
gi|26 : TT----ACTCCTTG------TATGTAA----GTTCATGTCGCA-TTAACGTTTAAACAAATAAAaatatttatagt
gi|26 : TAAGAAATGTTGTT------T-TTTATTTGTTT-AAAC-GTTAATGCGACATGAAC--T----TACATACAAaaacaacatttcttatatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|27 : ttactccAAGTTAGGTAACCCTA--AAG-G-----GG-TT-C--T----TGTAAAC-TTG----GCTTGTTGTAATCCTATGTAA----GTTCATATCTCA-------TTC-AACA---AGAGTT-TCATTCCTtatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|29 : TTATTTGTT--GAAT-GTTGATGAGATAATAAT--C----TACATGT-ACTA-TATGT-C-AAGAAAGGGAACGTGA--AAG-G-----GGATA-A--A----TGTAAAC-TTT----GCtgt
gi|3 : T-TTCATTTTTT--TAAC-ATTTACAAGATGCAAAC--T----TACGTGTAGCA----CATGCACAGGAAGTGAAAGCAA--AAG-C-----AA-TC-G--A----TATAAAC-CTT----GCTCAGTG------CTTGTAA----GTTCATATCTCG-TGAATGCTat
gi|31 : GTAAA----T----ATTCGTTA------CATGCAATCGCATGCATATCTCG-TGAATGCGA-AACAAATAGAGTT-TCACTTCTattcctgatattactggtaatattattaatgctatcggtctatatcaacatgtcctataatcaattattcaatacgttttgatagaaaattaattattgtatccatttgtctcaagttggctaatggaacggcaaaagtaattcctactttgttttcctgcatctattcatttaaacgggaact
gi|32 : agatttttttaaaCAA-CACGTGAACAGTAAATGAACCCGA--AAG-G-----GG-TT-C--A----CTTACAG-TTT----ACGTGTTA------CATGTAC----GTTCATTTCtat
gi|33 : gttgaaagttTA----ATATTCATTTTTT--TGGCAGTTCATGTGATATGCAC--T----T-CACGTA-C---CACGTGCAAAGAAAATGAA-ACCG--AAat
gi|34 : aGTT--GAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----TACATGTGAC-A-CAT-------GTAAGTGGGTCTCAATAAA-G-----GG-TT-a
gi|36 : TTGTTTCGAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----AACATGT---AA-CACATGCAAt
gi|37 : --AAG-G-----GA-TT-C--A----CGTAAAC-TTT----GCTAGTTA------CATATAA----TTTCATATcg
gi|4 : aAC-GTTCCTGAGGTGTGAAC--T----TATAT-TACTAGGTGCGTGT---GTAAGTGGACCC-----------------TT-C--A----TGGAAAC-TTT----GCTCGTCC------CATATAA----GTTCATATCTTA-CAATTTTCC-ATCACATGAAA-T-TCA
gi|5 : gcAGTAAGAGAACCCC----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAGAC-TAA----GGTCATTG------CAgtctttatatcaagttcattgatgcccaatttataccaatatgtctgatttagtgagcacctattaccggcaaatcagttattgtgtctgtctgtttaagctggtttatgtaacagcaaatggaatagcaaatgtcacgccttttgtgtcacatctgttgc
gi|5 : TT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAACTGT-AC---CACATACAAAGTAAGAGAACCC-----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAAAC-TTA----GGTCATTG------CAatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|5 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatTAAACTTAGGTCAT-TGCAATATTT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAAATGTA-C---CACATACAAAATAAGAGAAACCC----AG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GGTAATTG------CATTAAA----GTTCATATCTCATTAAATGatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|7 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgGAATGAA---------T-TTCATTTGTT--TAAT-ATTCATGTGATATGAAG--T-------AT--------CACATGC----TAAGTGAACCCAG--AAA-G-----GT-CTAC--GGTAATGTAAAC-TTT--------GTTA------CAAGTAT----GCTCATATTTTG-GGAATACTT-GTCAAA-GGAG-T-TAATTCCTcatatacttaattt
gi|8 : GGAATGGATTTC----AT-TT--TTTTTT--TA-----TAATGGGATCTGAGC--T----TTCATG---CAC-CACGTGCGAAGTAAATAAATCGCG--AGT-G-----GT-TC-C--A----TGTAAGC-TTTTAATGTAAGTT-------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGCCC-AACACATAACG-T-TCATTCCaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|9 : taagg-----GG-TT-C--A----CGTAACC-TTG----GCTAGTTA------C-------------C-TATCTCA-TGAATATTA-AACAAATAAAA-T-TAATTTCTgtatatatacattatcaatgcgcccagtatcttatctatttataaattaatcagcaccttctaccggtaaa
blockSeqs : CTTAGGTC A A TC CA AT GTGG ACTAGG AC CAAT . . A A GGTAA . TAAT C GTAATCC GTAT T A T G
blockSeqs : CTTA . C T T . . AACAA TA TT . . A . ACG . . C G TCGC . . T .
blockSeqs : GGTC . T . A . . TACTA AA CA . . . . GA . . C A . . . . .
blockSeqs : CTCA . T . A . . AACA GA CG . . . . G . . C A . . . . .
blockSeqs : TTTC . A . C . . AACA AA CG . . . . A . . T A . . . . .
blockSeqs : GTT . T . A . . ATAA GC CA . . . . A . . A A . . . . .
blockSeqs : TA . T . A . . ACTA AT CG . . . . G . . C C . . . . .
blockSeqs : . . C . T . . AGCA AA CA . . . . A . . C G . . . . .
blockSeqs : . C . T . . GACA AC CG . . . . A . . T T . . . . .
blockSeqs : . C . C . . AAA AC TA . . . . A . . C G . . . . .
blockSeqs : . C . T . . CAC AA GA . . . . T . . T A . . . . .
blockSeqs : . . . C . . AA AA AA . . . . A . . C G . . . . .
blockSeqs : . . C . . AC AA GA . . . . A . . C G . . .
blockSeqs : . . C . . AA AA CG . . . . A . . T A . . .
blockSeqs : . . C . . AC GA AG . . . . A . . A A . .
blockSeqs : . T . . AC A CG . . . . A . . C A . .
blockSeqs : . . . . A . A . . . . A . . C C . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . A . . C G .
blockSeqs : . . . . C . . . . A . . A G .
blockSeqs : . . . . . . A . . A G .
blockSeqs : . . . . . A . . A A .
blockSeqs : . . . . . . A
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : NTTA**** AACA** *****
originalCons : TTAAGGAATGAACTTA----AT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACAA-CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
finalCons : TTAAGGAATGAANTTA----AT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAACA--CACGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATAGTACTAATGCACCCAGACCAACATGTCCTGTCAATCAATTAAGTATACATATTATACTGGCTAATTAAGTTTTGCTTACGCATGTTTCGGTCAATGGAACAGCACAAATGATAAATACGCTGTGTTTCCGTGACTATTACAATTAGACTGCGACAGGGAACCAGATTCATCATAACCTATCGCAATATCTTAGTAACACTATTTTTGCTAAATGTGTCCAAAGCTAGAAAT
Unaligned ( gi|11 ): TATGTTGATAAATAGTATAGTTATGTTTATGTTGGCTAATGGAACTACGAGAGTCACGTATATTTTGTGTTCCTGCGTCTATTACAGTTTAACTTAACTGCTACATTATAAGGGGGAACCAGATGCATCATGATCTGTTTTATTGTAAAATGTGTACAAAACTAAAAATGGCCGTAGTATGGGATCATTGGGTAGCGACTACAAAA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTCTAATTCACCCAACATTTCCTATTTATCAATTATCTAGCATCTTGTACAGGCAAACTAGTTATTTTAACCTCATGTTTAAGTCGGTAGATGGAACCGCGACCATTACCATCAATTTGAGTTTCTAAAGTAGAGTCTGGAACCATATTCATCATGATATATCGTCATATCTCAGTAAAACT
Unaligned ( gi|15 ): TTAAGTTCAATAATGGAACAGCAAAAGTTTACTTTGAGTTTCCATGTTGATTACAGTTACACTGAAGTGCTACAATAAAAATCTGAACCAGATGTATCAAACACTCTTTTTTGTTATAAAACCTAAAATTGACCATTCATGGGTNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCAACATGTCCAATTTATCTATTGTATAGCACCTTGTGCAGGCAAATGTATTGTACCCATAGGTTTAAGTCGGCTAATGTTACAACAAATATCTCGGCTTCTTTGTGATTTTACATCTA
Unaligned ( gi|23 ): GACCTAATATGTATCAATTATCGAGCATCGCATACCGGCAAATTAATTATTGTTTAATGCAACAGCCACTGACAGGCTACATTGTGTTTCTGTGTCTATTACAGTTAAAC
Unaligned ( gi|25 ): ATTAATGATATTATTAGTGCACTCAGTCTATAACTTCATATTCTAGTAAATAACTATCCAGCACCTTTTGCTGGCATATTAATCATCGTATCATTATGTTT
Unaligned ( gi|28 ): GCCTAGGTCGTTGCAGTTAGACAGAAGAGCTACATCAGAAACGGGAACTAGTTCACCATAACCTATCGTAATATCTCGGTAATATCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACCTATCGCAACACCTCTGTAACACTGTTTTTATCGTGAAATGTATCAGAAGCTAAAGATTAGCGTTCACTGGGAAAGTTACGCCA
Unaligned ( gi|35 ): AATCAGAATTATTTAACACACTTCATCATGTATAATCGCATTATCTCTCGCCAGCAAACCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111 1111111
lowQualScore : 6666 3 9 55 77 333 4444 1 6666666666666 3 0 9999 1 44444 3 1 0000000 1 3333 2 6666666 7777 2 2 6 3
lowQualScore : .... . . .. .. ... .... . ............. . . .... . ..... . . ....... . .... . ....... .... . . . .
lowQualScore : 5555 3 3 00 22 666 2222 0 2222222222222 0 1 7777 8 33333 5 7 2222222 7 4444 0 7777777 7777 2 7 2 1
consensus : TTAAGGAATGAANTTAAT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAA---CA--CA-CGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
Reference ( family-955 ) : TTAAGGAATGAANTTAAT-TTCATTTGTT--GAAC-GTTCATGAGATATGAAC--T----TACATGTAA---CA--CA-CGTGCAAAGTAAGTGAACCCCG--AAG-G-----GG-TT-C--G----TGTAAAC-TTT----GCTCGTTG------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-T-TCATTTCT
gi|1 : CAATTGTT--GAGC-TCTCATTAGCTTTGA-----------CAT---A---CA--CAACGTGCAAAATAAATGAGCACCG--AAGTGTTCATGG-TT-C--G----TGTACTCGTTT----GTT-ATTG------CATGTAT----GTTCATAGCTCG-TGAATGTTC-AACAAATGACG-T-TCATATCT
gi|10 : TAAGGAATGAAC---AC-T--ATTTGTT--GGAT-GTTCATCAGATATGAAG--T----GACATGTA-----A--CA-CTTGCACAATAAGTG-ACCCTT--AAT-G-----GG-TT-C--GA---TGTAAAC-ATT----GCTCTTTG------CATGGAAGTATGTTCATTTCTCA-Tataatgttaatgcacacattctgcaccaaaatatacaattgatccattatccagcatctttaaacgcaaataaattatgtaattgttgtgtccgctgaaaatcgattaataaaacagcttgaactcctgcctttgtttaagttaaactaaattgcttcggtagaaacgggaaccagaccattataatatctcggttatatttttatttattatggctaaattataacagttaacggcatgcgttcatcagacgtgaaacgacaaaataatatatataggt
gi|13 : C-TTT----GCTCGTTA------CGTGTAG----GTTCATATCCCA-TGAATGTTC-AACAAATAAAG-G-CCAATCCTatttatttttattcctgcacccagtctttaccaacatgtgtcccatttatcaattttccagcaccttatatttgcaaacaaattgttgt
gi|14 : agtgttatgtttcaataagtgacgattttatatatttgagttaattataaattataaagtgacgcTTAAGAAATGAACTTAAT-TTAATTTGAT--GAAA-GTTCATGCGATATGAACATT----TATATGTAA---CAA-CA-CGTGGTAAGTAAGTTAATCCCA--AAG-A-----GA-TT-T--G----TGTAAAC-GTT----GTTCGTTA------CATGTGA----GTTCATATCTCA-TGAATGTTC-AACAAATATAG-T-TCACGTCTtatatttatattctatacgtccttagtctgtacagatatgtcccatttgt
gi|16 : AAGGAATGAAGGTCAT-TT----TGTT--GAAA-GTTCATGAGAT-TGGG---------------------A--CA-CGTGTAAAGTAAATGAAATCCG--AAA-G-----GG-TT-A--A----TGTAAAC-TTT----GCACGTTA------CAT-TAA----CTTTACATCTCA-TGATTGCTC-AACAAATTAAG-T-TAATTTCT
gi|17 : TCATTTGTT--GAAC-ATTCATGAGATATGGAC--T----TAC-T-TAC---TA--TA-CATGCGAAGTAAGTGCACACCG--AAG-G-----GGATT-G--A----TGTAAAC-CTT----GCTTGATA------CATGTAA----GT-------TCA-TGAATGTTC--ACAAATAAAG-TGTGATTTtatac
gi|18 : gaaca-TTTATTTGCG--TAAA-GTTCATTGGATATGAAC--T----TACATGTAA---CA--CA---TGCAAAGTAAGTGAACCACA--AAG-A-----GG-TT-T--G----CATAAAC-TTT----GCTAGTTC------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAAT-TTC-
gi|19 : TTAAGGAATGAACTCAGT-TT-----GTT--GAAA-TGTCACAAGATATGAAC--T----TAGACGTAA---GA--CG-TACGCAA--TACGTAAACCTCG--ATG-T-----GG-TA-C--A----TGTTAAC-TTT----ACTC---G------CATGtgatatctatatt
gi|2 : ----GTTTATATCTCA-TGCATATTC-AACAAATGAAA-T-TCAATCCTaataattttccaactaattttc
gi|21 : gT-TTTATTTTTT--GAAT-GTTCACGAGAAGTGAAC--TGTGGTTTGTGCAAATGCA--TA-TATACAAA-----TGCACCC-A--AAG-G-----AG-CT-C--A----TGTAAAC-TCT----GTTCATTT------CATGTAA----GTTAATATCTCtatatatattattattataaatgtaccaagcctatactgaccgacatgtcctatttatatgttagccagcatgctgtaccagcacatcaattgtatcttcttgttttggttggtaaatgaaacagcaatagtcatgcctactttatgctgtcacatctgtcacagcagaaatgggaacccaggataatattgggttacactatttttattattaaatatgacttattgtaaaactcagcaatcagggacatgtgtttattgtataggaataacaaatttttatgtaggttgaaagaaggaattgtgtca
gi|22 : atTAAGGAAT-AAATAAA-----ATATGCT--GAAT-ATTCATAAAATTTTAA---T----TAT-TGTA-------------TAATAAGTAAGTGATACCCA--AAG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GCTTGTTG------CATATAA----GTTCATA
gi|24 : --CA-TGGGCAAAGTAAGTAAAACTCG--AAG-G-----TG-TC-CACG----TGTTAAC-TTT----G----TTA------CATGTAA----GTTTATATCTCA-TGAATG--A-AAC-ATTAAAG-A-TCATTTTT
gi|26 : catTT----ACTCCTTG------TATGTAA----GTTCATGTCGCA-TTAACGTTTAAACAAATAAAaatatttatagt
gi|26 : TAAGAAATGTTGTT--T-TTTATTTGTTT-AAAC-GTTAATGCGACATGAAC--T----TACATACAA---aaacaacatttcttatatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|27 : ttactccAAGTTAGGTAACCCTA--AAG-G-----GG-TT-C--T----TGTAAAC-TTG----GCTTGTTGTAATCCTATGTAA----GTTCATATCTCA-------TTC-AACA---AGAGTT-TCATTCCTtatttatatttgaaatgcacttagtctatacaaa
gi|29 : TTATTTGTT--GAAT-GTTGATGAGATAATAAT--C----TACATGTAC---TA--TA-TGT-C-AAGAAAGGGAACGTGA--AAG-G-----GGATA-A--A----TGTAAAC-TTT----GCtgt
gi|3 : T-TTCATTTTTT--TAAC-ATTTACAAGATGCAAAC--T----TACGTGTAG---CA--CA---TGCACAGGAAGTGAAAGCAA--AAG-C-----AA-TC-G--A----TATAAAC-CTT----GCTCAGTG------CTTGTAA----GTTCATATCTCG-TGAATGCTat
gi|31 : GTAAA----T----ATTCGTTA------CATGCAATCGCATGCATATCTCG-TGAATGCGA-AACAAATAGAGTT-TCACTTCTattcctgatattactggtaatattattaatgctatcggtctatatcaacatgtcctataatcaattattcaatacgttttgatagaaaattaattattgtatccatttgtctcaagttggctaatggaacggcaaaagtaattcctactttgttttcctgcatctattcatttaaacgggaact
gi|32 : agatttttttaaaA--CA-CGTGAACAGTAAATGAACCCGA--AAG-G-----GG-TT-C--A----CTTACAG-TTT----ACGTGTTA------CATGTAC----GTTCATTTCtat
gi|33 : gttgaaagttcaTAATATTCATTTTTT--TGGCAGTTCATGTGATATGCAC--T----T-CACGTA----C---CA-CGTGCAAAGAAAATGAA-ACCG--AAat
gi|34 : aGTT--GAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----TACATGTGA---CA--CA-T-------GTAAGTGGGTCTCAATAAA-G-----GG-TT-a
gi|36 : TTGTTTCGAA--GTTCATAAGATATGCAC--T----AACATGTAA---CA--CA---TGCAAt
gi|37 : --AAG-G-----GA-TT-C--A----CGTAAAC-TTT----GCTAGTTA------CATATAA----TTTCATATcg
gi|4 : aAC-GTTCCTGAGGTGTGAAC--T----TATAT-TAC---TAGGTG-CGTGT---GTAAGTGGACCC-----------------TT-C--A----TGGAAAC-TTT----GCTCGTCC------CATATAA----GTTCATATCTTA-CAATTTTCC-ATCACATGAAA-T-TCA
gi|5 : gcAGTAAGAGAACCCC----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAGAC-TAA----GGTCATTG------CAgtctttatatcaagttcattgatgcccaatttataccaatatgtctgatttagtgagcacctattaccggcaaatcagttattgtgtctgtctgtttaagctggtttatgtaacagcaaatggaatagcaaatgtcacgccttttgtgtcacatctgttgc
gi|5 : TT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAACTGTAC---CA--CA---TACAAAGTAAGAGAACCC-----AG-C-----GG-CT-C--A----TGTAAAC-TTA----GGTCATTG------CAatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|5 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatTT--GAAC-CTTCATGAGATACAAAC--T----TAAATGTAC---CA--CA---TACAAAATAAGAGAAACCC----AG-G-----GT-TT-C--A----TGTAAAC-TTT----GGTAATTG------CATTAAA----GTTCATATCTCATTAAATGatatttgaaccttcatgagatacaaacttaaatgtaccacatacaaaataagagaaacccagggtttcatgtaaactttggtaattgcattaaagttcatatctcattaaatgcatatacttaattt
gi|7 : agtaagagaaccccagcggctcatgtagactaaggtcattgcaatatttgaaccttcatgagatacaaacttaactgtaccacatacaaagtaagagaacccagcggctcatgtaaacttaggtcattgcaatatAATGAAT-TTCATTTGTT--TAAT-ATTCATGTGATATGAA-------------GTAT---CA--CA---TGC----TAAGTGAACCCAG--AAA-G-----GT-CTAC--GGTAATGTAAAC-TTT--------GTTA------CAAGTAT----GCTCATATTTTG-GGAATACTT-GTCAAA-GGAG-T-TAATTCCTcatatacttaattt
gi|8 : gGGAATGGATTTCAT-TT--TTTTTT--TA-----TAATGGGATCTGAGC--T----TTCATGCA----C---CA-CGTGCGAAGTAAATAAATCGCG--AGT-G-----GT-TC-C--A----TGTAAGC-TTTTAATGTAAGTT-------CATGTAA----GTTCATATCTCA-TGAATGCCC-AACACATAACG-T-TCATTCCaatatttattaaagtgtccagtgtataccaacatgtcttattaatcaattatccagaacttaataattgtatccatttgtaaaaattggttaat
gi|9 : taagg-----GG-TT-C--A----CGTAACC-TTG----GCTAGTTA------C-------------C-TATCTCA-TGAATATTA-AACAAATAAAA-T-TAATTTCTgtatatatacattatcaatgcgcccagtatcttatctatttataaattaatcagcaccttctaccggtaaa
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): ATAGTACTAATGCACCCAGACCAACATGTCCTGTCAATCAATTAAGTATACATATTATACTGGCTAATTAAGTTTTGCTTACGCATGTTTCGGTCAATGGAACAGCACAAATGATAAATACGCTGTGTTTCCGTGACTATTACAATTAGACTGCGACAGGGAACCAGATTCATCATAACCTATCGCAATATCTTAGTAACACTATTTTTGCTAAATGTGTCCAAAGCTAGAAAT
Unaligned ( gi|11 ): TATGTTGATAAATAGTATAGTTATGTTTATGTTGGCTAATGGAACTACGAGAGTCACGTATATTTTGTGTTCCTGCGTCTATTACAGTTTAACTTAACTGCTACATTATAAGGGGGAACCAGATGCATCATGATCTGTTTTATTGTAAAATGTGTACAAAACTAAAAATGGCCGTAGTATGGGATCATTGGGTAGCGACTACAAAA
Unaligned ( gi|12 ): TATTTCTAATTCACCCAACATTTCCTATTTATCAATTATCTAGCATCTTGTACAGGCAAACTAGTTATTTTAACCTCATGTTTAAGTCGGTAGATGGAACCGCGACCATTACCATCAATTTGAGTTTCTAAAGTAGAGTCTGGAACCATATTCATCATGATATATCGTCATATCTCAGTAAAACT
Unaligned ( gi|15 ): TTAAGTTCAATAATGGAACAGCAAAAGTTTACTTTGAGTTTCCATGTTGATTACAGTTACACTGAAGTGCTACAATAAAAATCTGAACCAGATGTATCAAACACTCTTTTTTGTTATAAAACCTAAAATTGACCATTCATGGGTNNNNNNNNNNAA
Unaligned ( gi|20 ): ATATCAACATGTCCAATTTATCTATTGTATAGCACCTTGTGCAGGCAAATGTATTGTACCCATAGGTTTAAGTCGGCTAATGTTACAACAAATATCTCGGCTTCTTTGTGATTTTACATCTA
Unaligned ( gi|23 ): GACCTAATATGTATCAATTATCGAGCATCGCATACCGGCAAATTAATTATTGTTTAATGCAACAGCCACTGACAGGCTACATTGTGTTTCTGTGTCTATTACAGTTAAAC
Unaligned ( gi|25 ): ATTAATGATATTATTAGTGCACTCAGTCTATAACTTCATATTCTAGTAAATAACTATCCAGCACCTTTTGCTGGCATATTAATCATCGTATCATTATGTTT
Unaligned ( gi|28 ): GCCTAGGTCGTTGCAGTTAGACAGAAGAGCTACATCAGAAACGGGAACTAGTTCACCATAACCTATCGTAATATCTCGGTAATATCTTT
Unaligned ( gi|30 ): ACCTATCGCAACACCTCTGTAACACTGTTTTTATCGTGAAATGTATCAGAAGCTAAAGATTAGCGTTCACTGGGAAAGTTACGCCA
Unaligned ( gi|35 ): AATCAGAATTATTTAACACACTTCATCATGTATAATCGCATTATCTCTCGCCAGCAAACCA