lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 22222222222222222222 11 222222222222222222222 2 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 1 5555555555555555555555555555 11111
lowQualScore : 55 66 33 7 55 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 555 66666666666666666666 6666 44 66 3 7777 3 7777 111111111111111111111 4 0 4 88 4 55 1 8 6 9999 66 4 4 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 555 6 66 2 5555555555555555555555555555 11111 3 2 77
lowQualScore : .. .. .. . .. . ............................................................................................ .. ... .................... .... .. .. . .... . .... ..................... . . . .. . .. . . . .... .. . . . ............................................................................................................... . ... . .. . ............................ ..... . . ..
lowQualScore : 55 33 99 1 66 9 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22 444 88888888888888888888 5555 66 11 3 1111 6 7777 000000000000000000000 0 0 5 88 3 55 0 0 0 4444 11 4 4 8 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 333 0 33 0 0000000000000000000000000000 99999 0 7 99
consensus : CCTCC--CTTCA-CT--TTGGGGGAATGGGG-CCAGGGCCCTC-T------GA--GGGGGG----A-A---TTTTC-CTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TTTCG-TGTC--G-------CGTCGTAT--C--TGTGG---T----N--AT-----------GCAGAA----AA--A-CTTATA-AT----ACAT-G----TA----------TAA---CA---A-GTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC----C------C--------------TAAA----GTAATTA--CAAAAATAA-ATTTCG---TAAAAATTNA---TTGTAA-----TTATTTTCA--A--AAATTA--GGGGA-AAAAG--TATATTCCAGG-GCAGGGGGAA-TGGGGCC-AAA-T-TCCG--GCC-CA-AAAAA-TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( gi|2 ) : CCTCC--CTTCA-TT--TTGGAGGAATGGGA-CCAGGGCCCTC-T------TA--GAGGGG----A-A---TTTTC-CTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATTTTT-TGTT--G-------CGTCAAAA--C--TGTGG---T----A--AT-----------GCAGAA----AA--A-GTTATA-AT----ACAT-G----TA----------TGA---AA---A-GTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC----C------C--------------TAAA---TGTAATTA--GAAAAATAA-ACCCCA---TAAAAATATA---TTATAA-----TTATTTTTG--A--AAATTA-TGGTGA-AAAAA--TACATTCCAGG-GCAGGGGAAA-AGGAGCT-AAA-T-TCTG--GCC-CAAAAAAA-TGACCAAACGA--GGGCCCT
gi|3 : CTTCT--CTTCA-CT--TTAAAGGAATGGAA-CTA---CTCAC-T-----------AGGG-----------------CCCTGAGGATGGAGTCCCGGTGT-----------GTC--A-------CCTTGAAT--T--AGTAG---T----T--AT-----------GCA-AA----AA--A-TTCATA-AA----ACAT-GACAGTA----------TAA---CG---ATATTA-AAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTTC------C--------------TCA----------TA--CAAAAA-AG-ATTTCAAAGTAGAAATTCA---GTGTAA-----TT-------------------TGGGGA-GAAAAC-TGTATTCCAGG-TCAGGGGGAA-TGGGGCC-AAA-T-TTCA--G-C-CACAAAAA-CGGCAAAACAAAGGGGTCCT
gi|7 : agcCCTCC--CTTCA-CTATTTGG--GAATAGGA-CCAAGG------------------------------------TC-CTCTGA-TGGGGAAATTTCATGTCACGATGTA-TGTT---------------------------------------AT-----------GTAGGA----AA--------TA--C----ACAT-G----TA----------TAA---CA---A-GTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT----C------T--------------TAAG---AGTAACTA--CAAAAATAA-AGACAG---TAAAA------------------------------------TTA-TGGGAG-GAAAA--TATGTTCCAGG-ACTGGAGGAA-
gi|9 : CCTCC--TTTCA-CT--AAGGGGGGATGGGG-CCAGGGCTCTC-T------GA--GGAAGG----A-A---GTTTttggtgggccccaaaatg
gi|11 : gcCCTCC--CTTCA-TG--TTGGGGGAATGGGAGCGACGGACATC---------G--GAGG------------TTTTT---------------TTTACAT----TGTTTTTATATTCAG--------GTCACAATTC--TGTGG---T-------AT-----------GTTAAA----AA--A-CTCATG-AT----ACAA-A----TA----------TAA---aataattatctgtggtttgatacccatgatacatgtattaaaaattgagaagaaaggacagttagtctaaccagtcaatggtatcctttaatagtttatctttaaccaaaatattccccttagag
gi|16 : gcCCCCCGTCTTCA-CT--TAAAGGGTATGATC-CCAGGGCCCAG-T------GA--AAGGGG----A-A---TTTTcttaacatct
gi|22 : aaccagagCTAC--CTTCA-CT--TGGGGAGAATGGGA-CCAGGGCCATCGT------GA--TAGGAA----ATA---TTTGC-CTCtgtgtcaagctgaatctgtggttatgcacaacaa
gi|1 : aTCC--CGTCA-CT--TTCAGGGAATATAG-CCAAGGCCCTC-T------GAGGGAGGGGGGGTA-AT--TTTTC-CTCTTCGGGGAGAATTTTAGTGCCGCAT-------------------CGT----A--C--C-TCG---T----C--TT-----------GCAGAA----AT--A-CTTGTA-AT----ACAT-G----TATATAACAAGTTGA---AAACGA-GTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC----C------CCCCCCACCACTCCTTAAAAGTTGTAATTA---CAAAAT-A-ATTTTT---TAGGAAGGAA---TTGTCA-----GT---------A--ACATTA-GGGGTA-AAAAG--TATATTCTAGG-GCAGTGGGAA-TGGTGCC-AAATT-TCAG--GCC-C--TAAAA-TGACGATACGA--GGGCCatttt
gi|13 : TTC--CTTTA-CT--TTAGGGGTATGGGG-CCAGGGCC---------------------------A---T-------CTGAG-GGAGAATTTTTATGTCGT-TTTCA-TGGC--G-------CATCCTCT--C--TGTGG---T----C--AT-----------GCAG-A----AA--A-CTCATA-AT----ACAT-G----atg
gi|5 : CC--CTTAA-GT--TTGGGGGAATGGGT-CCATGGCCCT-------------------------------------CTAAGGGGGGAGTTTTCGCAT--TGTTTTG-TGTT--G-------CATCATAT--C--TGTGG---T----G--GT-----------GCAGAA----AA--A-ATCATA-AC----ACAT-G----TA----------TAA---CT---A-GTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC---------------------------------TGTTATTA--CAAAAATAATATC-------AAAAATTTC---TGGGGA------GATTTTTC--AGTAAAGTA-AGGAGAGAAAAA--TTTATTCCAGGCGCAGGGGTAA-TGGGGCA-GAA-T-TTCG--GCCACAAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCTactgtataa
gi|6 : C--CTTTT-CC--TTGGGGAAAGGGGG-TGAGGGCCCTC-T------GA--AGGGGG----A-ATTTTTTTC-CTCT----------TTTTCGAGTC-------C-TGTC--G-------TATC---------TGTGG---T----C--AT-----------GCAGAA----AA--A-CTTAAA-AT----ACAT-G----TA----------CAA---CA---A-GTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC---------------------------AAA----G-AATTA--TTAAAACAA-----TG---T-----TTTT---TTTTAAGGGGGTAATTTTCAGTA--AAATTA--GGTGG-AGGAG--TATATTCCAGG-TCAGTGG-----GG---T-A------------------------TGACCAAACAA--GGGCCCg
gi|23 : taTTCA-CT--TTGGTGGAATGGGG-CCAGGGCCCTT-T------GA--AGGGGG----A-
gi|4 : TCACTT--TTGGGGAAA--------AAAGCCCTC-CGAAGGGTG--GGGGGGCGAGG-A---TTTTC-CTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TTTCA-TTTC--A-------CGACGTAT--C--TGTGG---TTATAAGTAT-----------GCAGAA----AACCACATTAAACAT----ATAT-T----TT----------TGATATAA---A-GTTG-AACAGAGGAA-A-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------AA------TAATTACTCAAAAACA------------AAAAGTAGAGGGGTGTAA-----TTTTCAGTA--A--AAAC-----------AAAC--TATATTCAGAG-GCAGGTGGAA-ATCGGCC-AAA-TGTGCG--GCC-ga
gi|18 : ca-TC--TTGGAGAAATGGGG-TCAAGGCCCCC-T------GA--GGGGGG----A-A---TATTCGCTTTG---------TTTTCATGTCCTAT-------------------CG-----A--CTTTATGG---T----T--AT-----------GCAGAA----A
gi|10 : ctcT--TTGGGGGAATGATG-CCAGGGCCCTC-T---------------G----A-A---C----------AG--GGGAATTTTCATGTCAT-TTTCG-TGTC--T-------CATGGTAT--C--TGTGG---TT---A--ATTGAAAAACAAAACAAAACAAAAA--A-ATTACA-ATCATGACATTG----TA----------TAA---CA---A-GTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTcac
gi|12 : cAATGGGA-CCAGGGCCCTT-G------T--------------------------TCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTTTTTTTT-TTTT--GTGTGTCACATCATAT--C--TGTGGTTAT----A--AG-----------GCAGAA----AA--A-CTTATA-AT----Aag
gi|19 : tacctttttaattgccttttGGGA----A-A---CTTTC-CATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TTTCA-TGTT--G-------CATCTTAT--C--TGTGG---T----T--AT-----------GCAG-G----GA--A-GTT
gi|8 : gtg--TGTGG---T----T--AT-----------ACAGAA----AA--A---------------CAT-G----TA----------CTA---CA---A-TTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCC----CTCCCCAC--------------TTAA---AGTAATTA--CAAAAA-AA-AATTCA---GGAAGG-----------AG-----TGATTTTCAGTA--AAATAAGTGG-GA-GAAAG--TATATTCTAGG-ACAGGG--AA-TGGGGAC-GAA-T-TTCA--GCC-CCCAAACA-T--CCAAATAA--GGACCCT
gi|9 : gcgtcatatcatattATG-AT----ACAT-G----TA----------TTA---AA---A-ATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC----g
gi|15 : gccctcctttcactaaggggggatggggccagggctctctgaggaaggaagtttaataattatctgtggtttgatacccA---AA---A-GTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAttagag
gi|17 : ttgtatcattttcatctgtgttatacaaaaAA-----TTATCAGTG--A--AA-TTA--GGAGA-AAAAGGGTATATTCCAGG-GCAGGGGGAATAGG------GA-T-TC-----------AAAAA-TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|14 : agggggagATTTTCAGTA--AAATTG--GGAGA-AAAAAG-TATATTCCAGG-TCAGGGAGAA-TGGGGTTGAAG-T-TCAGCCCCC-CAAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCTgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GGTATCTCGGGGGCAAATTTTCAGTAAAATTGAGGGAGAAAAATATTCTCCAGAGCAAGGAGATGAGGGT
Unaligned ( gi|21 ): GTTTTCCCAGGGCATGGGTTACAGGGCAGAATTTCGACGCCTAAAAAGGTTAAACAAGGGTCCTG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111 111111111111111 1111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 3 1 0 33 1111111111 444 666666666666666 33 22 0 6666 77777777777777777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 4 2 4 8 4 55 3 3 55555 666 4 4444444444 3333 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... .... .................................................................. . . . . .. .......... ... ............... .. .. . .... ................. ............. . . .. . .... .. . . .......................................................................................... . . . . . . .. . . ..... ... . .......... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 5555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 1 9 3 77 9999999999 777 777777777777777 77 99 5 1111 88888888888888888 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0 0 3 0 0 0 55 6 6 55555 444 0 4444444444 8888 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G---------------CAGAAAA--AC-TCATAAT----ACA----T-G----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAATAA-ATTTC---GTAGAAAT-NANTGTAAT-ATTTTCAGTA--AAATTA-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAA-TG--GGGCC---GAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------NA--T---G---------------CAGAAAA--AC-TTATAAT----ACA----T-G----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAATAA-ATTTC---GTAAAAATTNATTGTAATTATTTTCA--A--AAATTA-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAA-TG--GGGCC---AAAT-TCC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G---------------CAGAAAT--AC-TTGTAAT----ACA----T-G----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTA--CAAAA-TAA--TTTT---TTAGGAAGGAATTGTCAGTA-----------ACATTA-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAA-TG--GTGCC---AAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAA--A--TTACAATCATGACA----TTG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G---------------TTAAAAA--AC-TCATGAT----ACA----A-A----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG---------------CAGAAAA--AC-TTATAAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G---------------CAG-AAA--AC-TCATAAT----ACATGACT-G----T-----ATA-------------A
gi|14 : ATTTTCAGTA--AAATTG-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAA-TG--GGGTT---GAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcaaggaaagaAT----ACA-----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCCAG-TGAAAGGG---G------A-ATTTT-
gi|17 : aaccagagATTATCA--GTGAAATTA-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAA-TA--GGG-------AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCTtgtgtcaagctgaatctgtggttatgcacaacaa
gi|18 : agggggagaTTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G---------------CAGAAAC--AC-gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G---------------CAGGGAA--
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G---------------CAGAAAA--AG-TTATAAT----ACA----T-G----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTA--GAAAAATAA-ACCCC---ATAAAAATATATTATAATTATTTTTG--A--AAATTATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAA-AG--GAGCT---AAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|21 : TCCCAGG-GCAT-GGGTTA-CA--GGGCA---GAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCT
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G---------------CA-AAAA--AT-TCATAAA----ACA----T-GACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TA--CAAAAA-AG-ATTTCAAAGTAGAAATTCAGTGTAAT----------------TTG-G-GGA-G-AAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAA-TG--GGGCC---AAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G---------------CAGAAAACCACATTA-AAC----ATA----T-A----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAACAA-A--AA---GTAGAG---GGGTGTA---ATTTTCAGTA--AAA----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAA-AT--CGGCC---AAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G---------------CAGAAAA--AA-TCATAAC----ACA----T-G----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTA--CAAAAAT-A-ATATC-----AAAAATTTCTGGGGAGATTTTTCAGTA--AAGTAA-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAA-TG--GGGCA---GAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G---------------CAGAAAA--AC-TTAAAAT----ACA----T-G----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTA--TTAAAACAATGTTTT---TT-----TTTAAGGGGGTAATTTTCAGTA--AAATTA-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTA-T----GACC---AAAg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G---------------TAGGAAA--------TA-C----ACA----T-G----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTA--CAAAAATAA-A----------------GACAGTA---------------AAATTA-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGGTGGGCCCCAAAAT-caagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A---------------CAGAAAA--AC--------------A----T-G----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAAAA-ATTCA---GGAA---------GGAGTGATTTTCAGTA--AAATAA-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAA-TG--GGGAC---GAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G--------------------AT--AC-CCATGAT----ACA----T-G----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GGTATCTCGGGGGCAAATTTTCAGTAAAATTGAGGGAGAAAAATATTCTCCAGAGCAAGGAGATGAGGGT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 33 111111 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 3 3 1 3 7 3 555 3 3 666 4 6666 111 2222 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .. ...... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . . ................................................................................... . . . . . . . ... . . ... . .... ... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 44 666666 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 6 6 2 6 3 6 444 3 3 222 0 8888 000 9999 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGTTA--T------G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTAC--AAAAATAA-ATTTC----TAGAAA-T-GAGTGT---AA-TATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGTTA--T------G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTAC--AAAAATAA-ATTTC---GTAGAAA-T-NANTGT---AA-TATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GTCT--T------G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTAC--AAAA-TAA--TTTT---TTAGGAA-G-GA-----------ATTGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGTTAATT------GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-A--T------G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGTTA--TAAG---G-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGTCA--T------G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : ATTTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcaaggaaagaAT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGTTA--T------G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagagATTATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : agggggagaTTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGTTA--T------G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGTTA--T------G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGTAA--T------G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTAG--AAAAATAA-ACCCC---ATAAAAA-TATATTAT---AATTATTTTTG--AAAATT-ATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : ATTTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-AAA-AA--TATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcgggggcaaTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGTTA--T------G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TAC--AAAAA-AG-ATTTCAAAGTAGAAATT-CAGTGT---AA-T-------------TT-G-G-GGA-G-AAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTA--TAAGTATG-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAACAA-AA--A---GTAGAG----GGGTGT---AA-T--TTTCAGTAAAA-----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGTGG--T------G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTAC--AAAAAT-A-ATATC-----AAAAA-T-TTCTGGGGAGA-T-TTTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGTCA--T------G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTAT--TAAAACAATGTTTT---TTTTTAA---GGGGGT---A---ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GTTA--T------G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTAC--AAAAATAA-----------AGA-----------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TG-G--G---CC-C-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGTTA--T------A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTAC--AAAAAAAA-ATT------CAGGAA-G-GAGTG--------ATTTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGTT---T------G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 7777777777 444 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444 3 1 3 0 3 555 3 3 666 4 6666 111 2222 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .......... ... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . . ......................................................................................... ... . . . . . ... . . ... . .... ... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 2222222222 444 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222 6 2 6 9 6 444 3 3 222 0 8888 000 9999 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC----TAG-AAAGG-AGTGTA---ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC----TAG-AAATG-AGTGTAA-TATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTA--CAAAA-T--------AA---TTTTT----TAG-GAAGG-A--------ATTGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : ATTTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcaaggaaagaAT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagagATTATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : agggggagaTTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTA--GAAAAAT--------AA---ACCCCA---TAA-AAATATATTATAATTATTTTTG--AAAATT-ATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : ATTTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-AAA-AA--TATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcgggggcaaTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TA--CAAAAA---------AG---ATTTCAAAGTAG-AAAT---------------TCAGTGTAATT-T-G-GGG-AGAAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAAC--------AA---A--------AAGTAGAGG-GGTGTA---ATTTTCAGTAAAA-----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTA--CAAAAATAATATCAAAA---ATTTC----TGG-G---G-AG----A-T-TTTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTA--TTAAAAC--------AATGTTTTTT----TTT-AA--G-GGGGTA---ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTA--CAAAAAT--------AA-------------AG-A-------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TG-G--G---CC-C-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAA--------AA---ATT------CAG-GAAGG-AGTG-----ATTTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 77777777777777777777777777777777 6666666666666666666666666666666666 1 111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 7777777777 444 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 88888888888888888888888888888888 0 66 8888888888888888888888888888888888 55 2 444 3 1 3 0 3 555 3 3 666 4 6666 111 2222 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .......... ... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . . ................................ . .. .................................. .. . ... . . . . . ... . . ... . .... ... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 2222222222 444 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 99999999999999999999999999999999 1 99 4444444444444444444444444444444444 00 2 222 6 2 6 9 6 444 3 3 222 0 8888 000 9999 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA--ATTTC-TAG-AAA-GGAG-G-AAT--TTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA--ATTTC-TAG-AAA-GGAGTGTAAT--TTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTA--CAAAA-T--------AA--TTTTT-TAG-GAA-GGA-----AT--TGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : AA-GGAAAG-AAT--TTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcAT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagag-GGAG---AAT--TATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : agggTTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTA--GAAAAAT--------AA--ACCCCATAA-AAATATATTATAATTATTTTTG-AAAATT-ATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : AAT--TTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-AAA-AA--TATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcgggggcaTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TA--CAAAAA---------AG--ATTTC-----AAA-GTAGA--AAT--T--CAGTGTAATT-T-G-GGG-AGAAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAAC--------AA--A-----AAGTAGA-GGGGTGTAAT--TTTCAGTAAAA-----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTA--CAAAAATAATATCAAAA--ATTTC-TGG-----GGAG---ATT--TTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTA--TTAAAAC--------AATGTTTTT-TTT-TAA-GGGG-GTAAT--TTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTA--CAAAAAT--------AA---------AG-A------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TG-G--G---CC-C-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAA--------AA--ATT---CAG-GAA-GGAGTG--AT--TTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 77777777777777777777777777777777 5555555555555555555555555555555555555 1 111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 7777777777 444 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 88888888888888888888888888888888 0 66 3333333333333333333333333333333333333 55 444 3 1 3 0 3 555 3 3 666 4 6666 111 2222 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .......... ... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . . ................................ . .. ..................................... .. ... . . . . . ... . . ... . .... ... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 2222222222 444 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 99999999999999999999999999999999 1 99 4444444444444444444444444444444444444 00 222 6 2 6 9 6 444 3 3 222 0 8888 000 9999 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAGGG----AGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAAGG----AGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTA--CAAAA-T--------AA---TTTTT-TAG---GA----AGG--A--ATTGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : AAGGA----AAG--A--ATTTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcAT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagagGG----GAG--A--ATTATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : aggTTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTA--GAAAAAT--------AA---ACCCCATAAAAATATATTATA--ATTATTTTTG--AAAATT-ATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : GG----GGGCAA--ATTTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-AAA-AA--TATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TA--CAAAAA---------AG---ATTTC----AAAGT----AGA--A--A--TTCAGTGTAATT-T-G-GGG-AGAAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAAC--------AA---A-AAG-TAGAGGGG----TGT--A--ATTTTCAGTAAAA-----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTA--CAAAAATAATATCAAAA---ATTTC-TGG---GG----A-G--A--TTTTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTA--TTAAAAC--------AATGTTTTTT-TTTAAGGG----GGT--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTA--CAAAAAT--------AA----------AGA---------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TG-G--G---CC-C-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAA--------AA---ATT---CAGGAAGG----AGT--G--ATTTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 77777777777777777777777777777777 5555555555555555555555555555555555555 1 111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 7777777777 444 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 88888888888888888888888888888888 0 66 1111111111111111111111111111111111111 55 444 3 1 3 0 3 555 3 3 666 4 6666 111 2222 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .......... ... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . . ................................ . .. ..................................... .. ... . . . . . ... . . ... . .... ... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 2222222222 444 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 99999999999999999999999999999999 1 99 4444444444444444444444444444444444444 00 222 6 2 6 9 6 444 3 3 222 0 8888 000 9999 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAGGG----GGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAGGG----AGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTA--CAAAA-T--------AA---TTTTT-TAG---GA----AGG--A--ATTGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : AAGGA----AAG--A--ATTTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcAT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagagAGGGG----GAG--A--ATTATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : TTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTA--GAAAAAT--------AA---ACCCCATAAAAATATATTATA--ATTATTTTTG--AAAATT-ATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : GG----GGGCAA--ATTTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-AAA-AA--TATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TA--CAAAAA---------AG---ATTTC----AAAGT----AGA--A--A--TTCAGTGTAATT-T-G-GGG-AGAAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAAC--------AA---A-AAG-TAGAGGGG----TGT--A--ATTTTCAGTAAAA-----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTA--CAAAAATAATATCAAAA---ATTTC-T----GGG----GAG--A--TTTTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTA--TTAAAAC--------AATGTTTTTT-TTTAAGGG----GGT--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTA--CAAAAAT--------AA----------AGA---------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TG-G--G---CC-C-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAA--------AA---ATT---CAGGAAGG----AGT--G--ATTTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 77777777777777777777777777777777 5555555555555555555555555555555555555555 1 111 1111 1111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 7777777777 444 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 4 88888888888888888888888888888888 0 66 1111111111111111111111111111111111111111 444 3 1 3 0 3 555 3 3 666 4 6666 111 2222 2222 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .......... ... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . . ................................ . .. ........................................ ... . . . . . ... . . ... . .... ... .... .... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 2222222222 444 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 0 99999999999999999999999999999999 1 99 9999999999999999999999999999999999999999 222 6 2 6 9 6 444 3 3 222 0 8888 000 9999 1111 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAGGG----GGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAGGG----GGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTT-AACC-TGAAATTCCCCC-------CCCCCCCACCACTCCTTAA-AAGTTGTAATTA--CAAAA-T--------AA---TTTTT-TAG---GA----AGG--A--ATTGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-AAA-AG--TATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G---CC-C--TAAAA--TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : AAGGA----AAG--A--ATTTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-AAAAAG--TATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTC-A--GCCCCC-C-AAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : aattcAT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTT-GACC-AGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagagAGGGG----GAG--A--ATTATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-AAA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-TC---------------AAAAA--TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : TTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-AT---GTAATTA--GAAAAAT--------AA---ACCCCATAAAAATATATTATA--ATTATTTTTG--AAAATT-ATG-GTG-A-AAA-AA--TACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCT-G--G---CC-CAAAAAAA--TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : GG----GGGCAA--ATTTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-AAA-AA--TATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTC-GACG---CC-T-AAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTA-AACC-AGAAAATCCCCCTTTT---CC--------------TCA-----------TA--CAAAAA---------AG---ATTTC----AAAGT----AGA--A--A--TTCAGTGTAATT-T-G-GGG-AGAAA-AC--TGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTC-A--G---CC-A-CAAAAA--CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTT-ACAC-AGAAAATTCC-----------------------------A----ATAATTACTCAAAAAC--------AA---A-AAG-TAGAGGGG----TGT--A--ATTTTCAGTAAAA-----------A-CAA-AC--TATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGC-G--G---CC-
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACCAAAAAAATACCCC-------T------------------------GTTATTA--CAAAAATAATATCAAAA---ATTTC-T----GGG----GAG--A--TTTTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGAAA-AA--TTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTC-G--G---CCAC-AAAAAA----GCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTT-TGTC-AGAAAATCTGTC------------------------AA-A----G-AATTA--TTAAAAC--------AATGTTTTTT-TTTAAGGG----GGT--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-AGG-AG--TATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACC-A-AATATTACCT-------CT--------------TAAGA----GTAACTA--CAAAAAT--------AA----------AGA---------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-AGGAA-AA--TATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TG-G--G---CC-C-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTT-AACC-AGAATATCCCCCCTCCCCACT--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAA---------AA---AATTC-AGGAAGGA----GTG-----ATTTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-GAA-AG--TATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTC-A--GC--CC-C-CAAACA--T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTT-AACC-AAAATATTCCCC-------g
blockSeqs : GT A CTCCGA CTCTTAGAGGGGAATTTTCCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATTTTT T T A AT TATAAGTA AAG AAAAA AC AAAAAAA TA CATG TGAC ACAG TTTTG . G TG A TTAA TA A A CTCCCCACTTAAA CT TAAACCCCATAAAAATATATTATAATT AT T A . G A GGG C T TTG G GAC CCC CAA ACCG A A AG
blockSeqs : . . . TGGGGGGGCGAGGATTTTCCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGTTTTCA . A G . TAAT . . . . . . T . . . G . G . . . . TTTTCCTCA . TAATATCAAAAATTTCTGGGGAGA GA . A . G . G . . CTA . A C ACA TA C G .
blockSeqs : . . . CTTGTTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTTTTTTTTTTTTGTG . A A . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . CCTAAAT . CAATGTTTTTTTTTAAGGGGGTA G . T . G . A . . CAG . G . CA TG C G .
blockSeqs : . . . CTCTGAACAGGGGAATTTTCATGTCATTTTCG . G A . CA . . . . . . . . . . . . A . . . . CTTAAGA . CAAAAAGTAGAGGGGTGTA A . G . . . A . . CCA . A . TA CG T A .
blockSeqs : . . . CTCTGAAGGGGGAATTTTTTTCCTCTTTTTCG . A G . TA . . . . . . . . . . . . G . . . . AAA . AAAATTCAGGAAGGAGTG T . G . . . C . . CCA . G . AC G A A .
blockSeqs : . . . CCCTGAGGGGGGAATATTCGCTTTGTTTTCA . C A . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . A . AGATTTCAAAGTAGAA A . A . . . C . . CAG . G . CC T T C .
blockSeqs : . . . ATCTGAGGGAGAATTTTTATGTCGTTTTCA . G A . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . T . TAAAGA A . T . . . A . . ACG . G . CC . C A .
blockSeqs : . . . CACTAGGGCCCTGAGGATGGAGTCCCGGTG . G G . AA . . . . . . . . . . . . G . . . . A . G . . . G . . . . A . .
blockSeqs : . . . CTCTAAGGGGGGAGTTTTCGCATTGTTTTG . A C . TA . . . . . . . . . . . . A . . . . A . G . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . ATCGGAGGTTTTTTTTACATTGTTTTTA . A G . GG . . . . . . . . . . . . A . . . . . . G . .
blockSeqs : . . CTCTGAGGAAGGAAGTTTAATAA . G A . CA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . TCCTCTGATGGGGAAATTTCA . C G . TA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . CAGTGAAAGGGGAATTTTTG . A G . TA . . . . .
blockSeqs : . . . A A . A . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . .
blockSeqCons : ************* CTTAA*************************** AATCAAAAATTGGGGAGA********************** G*** CC**
originalCons : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCC-------CC--------------TAA-A----GTAATTA--CAAAAAT--------AA---ATTTC-TAGAAGGG----GGG--A--ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTC-G--G---CC-C-AAAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
finalCons : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTT-AACC-AGAAAATCCCCCCTTAA---------------------------GTAATTA--CAAAAAAATCAAAAATTGGGGAGA----------------------ATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-AAA-AG--TATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTCG---G---CCCC--AAAAA--TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111 666666666666666666666666666666666666 8888888888888888888888888888888888888888888 11111
lowQualScore : 55 2 777777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 1 33 7777777777 444 66666 33 9999999 44 6666 9999 6666 77777 6666666666666 7 0 55 1 8888 55 4 444444444444444444444444444444444444 6666666666666666666666666666666666666666666 444 3 1 3 7 3 3 555 3 3 666 4 99 4 4 66666 1 1 66
lowQualScore : .. . ...... ......................................................................... . . . .. .......... ... ..... .. ....... .. .... .... .... ..... ............. . . .. . .... .. . .................................... ........................................... ... . . . . . . ... . . ... . .. . . ..... . . ..
lowQualScore : 00 5 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5 2 1 44 2222222222 444 22222 44 3333333 22 1111 6666 5555 77777 9999999999999 3 5 00 6 5555 55 0 333333333333333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222 222 6 2 6 3 6 6 444 3 3 222 0 55 0 4 00000 0 1 99
consensus : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTTAA-CCAGAAAATCCCC--------------CCTT--------AA-----G--TAATTACAAAA--A-A--A---TC----AAAAAT---T--------GGGGA-G-AATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-A-AA-A--GTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTCGG--C-CC-CAAAAA---TGGCNAAACGA--GGGCCCT
Reference ( family-931 ) : CCTCC--CTTCACTTTGGGGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTC-TGAGGGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCGT-TT--T--------CGTGT-CGCGTCGTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TCAT--AAT----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCGGTCGCAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTTAA-CCAGAAAATCCCC--------------CCTT--------AA-----G--TAATTACAAAA--A-A--A---TC----AAAAAT---T--------GGGGA-G-AATTTTCAGTAAAATT-A-G-GGG-A-A-AA-A--GTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATGGGGCCGAAT-TTCGG--C-CC-CAAAAA---TGGCNAAACGA--GGGCCCT
gi|1 : TCC--CGTCACTTTCAGGGAATATA-GCC------AAGGCCCTC-TGAGGGAG---GGGGGGTA-ATTTTTCCTCTTCGGGGAGAATTTTAG----------------------TGC-CGCATCGTA--CCTC--GT------CT--T---G-----CAGA--AATAC-------TTGT--AAT----ACA----TG----T-----ATATAACAAGTTGAAAACGAGTTGAAAAGAAGGGACA-TTAGCCTAA--CCAGTTGCAGGTTTCAT----TACTA--TCTTTAA-CCTGAAATTCCCCCCCCCCCCACCACTCCTT--------AAAAGTTG--TAATTACAAAA--T-A--A---TT-------TTT---T--------AGGAAGG-AATTGTCAGTAACATT-A-G-GGGTA-A-AA-A--GTATATTCTAGG-GCAG-TGGGAATGGTGCCAAAT-TTCAG--G-CC-CTAAAA---TGACGATACGA--GGGCC
gi|10 : CTTTGGGGGAATGAT-GCC------AGGGCCCTC-TGA-----------------------------ACAGGGGAATTTTCATGTCAT-TT--T--------CGTGT-CTCATGGTA--TCTGTGGT------TAATT---GAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAC--AATCATGACAT---TG----T-----ATA-------------ACAAGTTGAAATGAAGGGACA-TTAGCTGAA--CCAGTatg
gi|11 : CCTCC--CTTCATGTTGGGGGAATGGGAGCG------ACGGACATC-GGAGG-----------------TTT----------------TTTTTACATTGT-TT--T--------TATATTCAGGTCACAATTCTGTGGT-------A--T---G-----TTAA--AAAAC-------TCAT--GAT----ACA----AA----T-----ATA-------------ACag
gi|12 : gcAATGGG-ACC------AGGGCCCT--TG-------------------------TTCTGAGGGGGGAATTTTCACATTTT-TT--TTTTTTTTGTGTGT-CACATCATA--TCTGTGGT------TA--TAAGG-----CAGA--AAAAC-------TTAT--AAT----Attaacatct
gi|13 : tacctttttaattgccttttTTC--CTTTACTTTAGGGGTATGGG-GCC------AGGGCCATC-TGAGGGAG-------------------------------AATTTTTATGTCGT-TT--T--------CATGG-CGCATCCTC--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAG---AAAAC-------TCAT--AAT----ACATGACTG----T-----ATA-------------A
gi|14 : AAT---TCAA-----GGAAA-G-AATTTTCAGTAAAATT-G-G-GAG-A-A-AAAA--GTATATTCCAGG-TCAG-GGAGAATGGGGTTGAAG-TTCAGCCC-CC-CAAAAAAACCGGCAAAACAA--GGGACCT
gi|15 : AT----ACA----------------AAA-------------AAAAGTTGAAAAGAAAGGACAGCTAGCCTTATGCTGGTTGCAGGTTTCCT----TGG-T--TATTTGA-CCAGAAt
gi|16 : ttgtatcattttcatctgtgttCCCCCGTCTTCACTTAAAGGGTATGAT-CCC------AGGGCCC-----AG--------------------------TGAAAGGGGAATTTTTG----------------------TGT-CAAGCTGAA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CACA--ACAA
gi|17 : aaccagag--------GGGGA-G-AATTATCAGTGAAATT-A-G-GAG-A-A-AA-AGGGTATATTCCAGG-GCAG-GGGGAATAGGG----AT-T-----------CAAAAA---TAGCCAAATGA--GGGCCCT
gi|18 : agTTGGAGAAATGGG-GTC------AAGGCCCCC-TGA------------------------------GGGGGGAATATTCGCTTTGT-TT--T--------CATGT-CCTATCGAC--TTTATGGT------TA--T---G-----CAGA--AACAC-------gt
gi|19 : ctctcGGGG---A------A-ACTTT-CCATTGAGGGGGGAATTTTCGCGTCAT-TT--T--------CATGT-TGCATCTTA--TCTGTGGT------TA--T---G-----CAGG--GAA
gi|2 : gtCCTCC--CTTCATTTTGGAGGAATGGG-ACC------AGGGCCCTC-TTAGAGGG---G------A-ATTTT-CCTCTGAGTGGGGAATTTCCATGTCATATT--T--------TTTGT-TGCGTCAAA--ACTGTGGT------AA--T---G-----CAGA--AAAAG-------TTAT--AAT----ACA----TG----T-----ATG-------------AAAAGTTGCAAAAAAGGGACA-TTAGCATAA--CCAGTCACGGGTTTTCT----TAGTT--TCTTTAA-CCAGAAAATCCCC--------------CCCT--------AAAT---G--TAATTAGAAAAATA-A--A---CCCCATAAAAATATAT--------TATAA-T-TATTTTTG--AAAATT-ATG-GTG-A-A-AA-A--ATACATTCCAGG-GCAG-GGGAAAAGGAGCTAAAT-TCTGG--C-CCAAAAAAA---TGACCAAACGA--GGGCCCTgtt
gi|20 : --------GGGGC-A-AATTTTCAGTAAAATTGA-G-GGA-G-A-AA-A--ATATTCTCCAGA-GCAA-GGAG-ATGAGG
gi|21 : ggtatctcgTCCCAGG-GCAT-GGGTTACAGGGCAGAAT-TTCGA--CGCC-TAAAAA----GGTTAAACAA--GGGTCCTgt
gi|22 : gtttCTAC--CTTCACTTGGGGAGAATGGG-ACC------AGGGCCATCGTGATAGGA---A------ATATTTG-CCTCg
gi|23 : aTTCACTTTGGTGGAATGGG-GCC------AGGGCCCTT-TGAAGGGG---G------A-atttt
gi|3 : CTTCT--CTTCACTTTAAAGGAATGGA-ACT------A---CTCAC-T-AGGG---------------------CCCTGAGGATGGAGT---CCCG--GT---------------GTGT-CACCTTGAA--TTAGTAGT------TA--T---G-----CA-A--AAAAT-------TCAT--AAA----ACA----TGACAGT-----ATA-------------ACGATATTAAAAGAAGGAAAA-TTAGCCTAA--CTAGTTGTAGGTTTCCT----TAGTT--TCTTAAA-CCAGAAAATCCCC--------------CTTT--------TC-----C--TCA-TACAAAA--A-A--GATTTC----AAA-----------------GTA-G-AA-ATTCAGTGTAATT-T-G-GGG-AGA-AA-A--CTGTATTCCAGG-TCAG-GGGGAATGGGGCCAAAT-TTCAG--C-CA-CAAAAA---CGGCAAAACAAAGGGGTCCTga
gi|4 : agcTCACTTTTGGGGAAAAAA-GCCCTCCGAAGGG------TGGGGGGGCGAG------G-ATTTT-CCTCTGAGGTGGGAATTTTTGTGTCGT-TT--T--------CATTT-CACGACGTA--TCTGTGGTTATAAGTA--T---G-----CAGA--AAACC-------ACATTAAAC----ATA----TA----TTTTTGATA-------------TAAAGTTGAACAGA--GGAAA-TTAGCCTAA--CCGGTTGCAGATTTCCT----TACAT--TCTTTAC-ACAGAAAATTCC----------------------------A-----A--TAATTACTCAA--A-A--A----C----AAAAAG---TAGA-----GGGGT-GTAATTTTCAGTAAAA-----------A-C-AA-A--CTATATTCAGAG-GCAG-GTGGAAATCGGCCAAATGTGCGG--C-C
gi|5 : caCC--CTTAAGTTTGGGGGAATGGG-TCC------ATGGCCCTC-TAAGGGGG---G------A-GTTTT-C-------------------GCATTGT-TT--T---------GTGT-TGCATCATA--TCTGTGGT------GG--T---G-----CAGA--AAAAA-------TCAT--AAC----ACA----TG----T-----ATA-------------ACTAGTTTAAAAGAAGATACA-TT------A--CCAGGCACATGCTTCCT----TAGTT--TCTTTAA-CCAAAAAAATACC--------------CCT----------------G--TTATTACAAAA--ATAATA---TC----AAAAATTTCT--------GGGGA-G-ATTTTTCAGTAAAGTA-A-G-GAG-AGA-AA-A--ATTTATTCCAGGCGCAG-GGGTAATGGGGCAGAAT-TTCGG--C-CA-CAAAAA----AGCTAAATCA--GGTCCCT
gi|6 : C--CTTTTCCTTGGGGAAAGGGG-GTG------AGGGCCCTC-TGAAGGGG---G------A-ATTTT----------------TTTCC---TCTT-TT--T--------CGAGT-CCTGTCGTA--TCTGTGGT------CA--T---G-----CAGA--AAAAC-------TTAA--AAT----ACA----TG----T-----ACA-------------ACAAGTTGAACAGAAGGGACA-TTAGCGTAA--CCAGTCGCATGTTTCCT----TAGTT--TTGTTTG-TCAGAAAATCTGT--------------C-----------AA-----A--GAATTATTAAA--A---------C----AATGTT---TTTTTTTAAGGGGG-T-AATTTTCAGTAAAATT-A-G-GTG-G-A-GG-A--GTATATTCCAGG-TCAGTGGGGTATGg
gi|7 : taCCTCC--CTTCACTATTTGGGAATAGG-ACC------AAGG------------------------------T-CCTCTGATGGGGAAATTT-----------------------CATGT-CACGATGTA--T-----GT------TA--T---G-----TAGG--AAA------------T--A-C----ACA----TG----T-----ATA-------------ACAAGTCAAAAAGAAGGGAT------CCTAA--TTGGTGGCTGGTTTCTT----TAGTT--TCTTTAAACCA-AATATTACC--------------TCTT--------AA-----GAGTAACTACAAAA--A---------T----AAAGA---------------------------CAGTAAAATT-A-T-GGG-A-GGAA-A--ATATGTTCCAGG-ACTG-GAGGAATTGG---------TGGG--C-CC-CAAAAaccaaacaagggccc
gi|8 : GCGT-CATATCATA--TTTGTGGT------TA--T---A-----CAGA--AAAAC----------------------A----TG----T-----ACT-------------ACAATTTGAAAAGAAGGGAC--TTA--------CCAGTCACAGGTTTCCT----TAGTT--TTTTTAA-CCAGAATATCCCC--------------CCTCCCCACTTAAA-----G--TAATTACAAAA--A-A--AAATTC----AGGAA---------------GGA-GTGATTTTCAGTAAAATA-A-GTGGG-A-G-AA-A--GTATATTCTAGG-ACA---GGGAATGGGGACGAAT-TTCAGC-C-CC-CAAACA---T--CCAAATAA--GGACCCTtg
gi|9 : CCTCC--TTTCACTAAGGGGGGATGGG-GCC------AGGGCT-------------------------------CTCTGAGGAAGGAA----------GT-TTAAT--------AAT----------TA--TCTGTGGT------T---T---G------------ATAC-------CCAT--GAT----ACA----TG----T-----ATT-------------AAAAATTGAGAAGAAAGGACAGTTAGTCTAA--CCAGTCAATGGTATCCTTTAATAGTTTATCTTTAA-CCAAAATATTCCC--------------CTTg