lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444 11111111111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 333333333 44444444 1 333333
lowQualScore : 66 2222222 1 77777 2 55 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4 777 222222222222222222 666666 33 66666666666666 444 999 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 3 3 0 4 2 66 2 2 9999 2 777777777 1 55555555 0 1 777777 6
lowQualScore : .. ....... . ..... . .. ......................................................................................................................................................................... . . ... .................. ...... .. .............. ... ... . ................................................................................................................................................................................................................................ ... . . . . . .. . . .... . ......... . ........ . . ...... .
lowQualScore : 11 4444444 6 88888 7 55 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 7 444 888888888888888888 888888 22 22222222222222 777 444 9 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 6 6 5 0 4 11 2 7 4444 2 999999999 7 00000000 0 2 333333 0
consensus : NGAAAGTGCTCAGAAG--C-----ACAGA--A--CTGTTAAT--GCATTGGCAA--------------NTTC------------AT--TG----TC---AATACTT---C----------N--GT-TC---------ATAATG-CT-G-----G--C-AAA-TGCTAA---TCCGC-ATTTCC---C---CCCGTATC---TCGCGG--TTCNA-TTTCATTCATTATTTCAAAGGT--CATTCACA---A--------TT---ATG------T--AAATGAG-AGG-CA-----ANTT---GTAATTA--TTGCGCA-----T---------G-------TT-T-----GTT---T-CACACGTCTAACTAA-GACCTAAA-ATAA-CGTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNA-CGCT---CATTTATTCC-C-AAATAATAACCG-G---AC----TAT--GCATGC--AT-TG--TTGAT-TATA-----CA---TTAA--AAAA--AANAACGCGG---AAG-GA-TC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCGGA----AGTG--CTCACAATTTCGCCGATGGCACCA-TAT----AC-TATTAATG--CTGGCATTAACA
Reference ( gi|1 ) : TGAAAGTGCTCAGAAG--C-----AAAAA--A--CTGTTAAT--GCATTGGTCA--------------TTTC------------AT--TG----TC---AATAATT---C----------T--GC-TT---------ATGGTG-CT-G-----G--C-AAACTCCTAA---TCCGCTATTTCC---C---CCCGTATC---TTGCGG--TTATG-TTGTATTCGTTATTTTAAAGGC--CATTCACA---A--------TT---GTG------T--AAATGAG-CGG-TA-----ATTT---GTAATTA--CTGCGCA-----T---------G-------TT-T-----ATT---C-CACACGTCTAACCAA-TACCTAAA-ATAA-AGTTTAAGAAA----C----T----TGC--T--A-TACGTGTTCA-CGCC---TA---ATTCC-CAAAATAATAACCG-T---AC----TAT--GCGTGT--AT-CA--TTGAT-TATA-----CA---TTAA--AAAA--AAAAACACTG---AAA-GA-TC-TAGTTG-GCGGTCGAA--GCTGAA----AATG--TTCAAAATTTCGCCGATGGCACCA-AAC----AC-TATTAATG--ATGACATTAATATGAAAGGAGAATTA
gi|6 : GAAAGTGCTCCGAAC--C-----ACAGC--A--CTGTTAAT--GCATTGACAA--------------ATCC------------AT--TG----TC---AATACTT---C----------A--TT-TC---------ATAATG-CT-T-----G----AAANNNNNNN---NNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN-TGT--CATTCACA---AATT-----TT---ATG------T--AAATGAG-AGG-CA-----ATT----GTAATTA--TTTCACA-----T----------------------------T---T-CACACATATAACTGA-GACC-AAA-AT-------TAA------------------TGT--T--A-TACATGTTTA-TCCT---CATTTATTCCTCGAAATAA---CTG-G---AC----TAT--GCACGC--AT-TA--CTGAT-
gi|12 : aacAAAGTTCTCAGAAG--C-----ACAGA--A--CCGTAAAT--GCATTGACAA---------------------------------------------AATACTT---C-------------GT-TC---------ATAATG-CT-A-----G----AAA----TAA---TTC------TCA---C---CCCGTATC---CCGCGA--TCCGA-CTTCATTCATTATTTCAAAGGT--CATTTACA---AATT-----TT---ATG------T--AAATTAA-AGT-CA-----ACTT---GTAAGTA--GTGAGCA-----C---------A-------TT-T-------T---T-CACATATCTAACCAA-GACCTAAA-ATAA-CGTTTCCGAAA----CGGCAT----TGT--T--A-Tacaacatgtttaacaagaacttggaa
gi|17 : atcAAAATGCGCAAAAG--C-----ACAAA--T--CTGTTAAT--GCATTGGCAA--------------TTTC------------AGAATGCAAATCCATAATAATTGTAA----------T--AT-TTAATTTAACAATGCTA-CT-G-----G----AAA-TGCTAT---TCCGC--TTTCCTG-C---CCCGTATC---T----------------CATTCATTATCTTAAAGGT--CATTCACAT--A--------T-----TA------T--AAATGAG-tcattttgatactcat
gi|3 : aattAAAGTGCTCAGACG--CAAAAAAAAAA--A--ATGCTAAT--GCATTGGCAA--------------AGTCA-----------AT--TG----TC---AATACTT---C----------C--GT-TCAAA------ATGGTG-GT-G----------ANNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGC--CATTTATAAATA--------TT---ATG------T--AAATGAG-AGG-CG-----CAGT---GTAATAA--CTGCGCA-----atgccacttgttataat
gi|5 : ataatcAAAGAGCTTAGAAGTGC-----AGAAA--GTTCTGTCAAT---CAATAACAA--------------ATCC------------AT--TG----TC---AATATTT---C----------A--GT-TC---------ATAATGACT-G-----C--A-ANNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGT--CTTTCAAA---G--------TTTTTATG------T--AAATGGG-AGG-CA-----ATTT---GTAATTA--TTGTACA-----TC--------G-------TT--------TT---C-------TTT-------TTGCTAGATATAA-CCTTTCAGAAACAGCC----T----CGA--T--A-T-TATTTTAT-CGCC---CATTTATTCC-C--AATTATAACCA-G---AC----TATACACATGT--AC-TG--CTGAT-GCGA-----TA---TT------CA--AATAACATTGTGAAAG-GA-TCTTAGTaagccataatgatgttttctttatgctcatttattcccaaaaataaccgggttatgcatgtataactaacacaacattaaaaaacgaacgcaggcgtctctatatggcggtcaaaattgattggtagtgcttacaatttcgctgatggaaccatatatatactaatgttctgcattaacagtaa
gi|14 : taaatcAAACTGCTCAGAAG--C-----AGAGATCA--GTCTCGAT--GCATTGGTAA--------------TTTCAAAGGCACACCAAA--TG----CT---AATAATT---CGACTGATAATTCGGT-TC---------ATAGTC-TT-G-----A--C-AGA----TAAGCGTCTGC-ACCCCCACCC---CTCGTAGC---CCGCG---TTCCGATTTCATTCATTTGTTCAAATGT--CATTCACA---AGTG-----TT---ATG------T--ATATGAG-gat
gi|2 : ttataaaaaAAGTGCTCAAAAG--C-----ACGCA--A--CTGTTAAT--GCCTTA-TCAATTTAAAAACACAATTCC------------AT--TA----CC---AATACTT---C----------C--GT-TG---------ATAATG-CT-G-----GAGT-AAATTA--GA---TTC-CAATTTCCTC-C---CCCGTACCGTATTGCGAGATTCGA-TTTCATTCATTATTTCAAAGGT--CATTCACA---A--------TT---ATG------T--AAATGAGACGA-T------ACTT---GCATTTT--TTG---G-----T---------A-------TT-T-----GTT---T-CATACGTCTAACTAT-GACCTTAA-GTAA-AATTTCAGAAA----CGGCTT----TGTAAT--AGTATATTTTAA-CGGT---CATTTATTTT---AAATAATAACCA-G---ACAGCGTAT--GCG------T-TG--TTGA--TATA-----AAAC-TT----AAAA--ATGAACGAGG---AAG-GA-TC-TAGATG-GCAGCCGGG--GCTGGA----AGTG---------TTTCGTCGATGGCACagacacattcaattgtcgta
gi|4 : tAAATGCTCAGAAG--T-----ACATA--A--ATGT--ATTGGCAATGTTCAGAACGCAAA-----CCTC------------CT--T-----TC---AATACTT---C----------G--GC-TT---------GTAATG-TT-GATNNNN--N-NNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNCGT-ATCT--GAGGC--CATTCACA---G--------TT---TTG------T--AAA-GAG-CGGTTT-----ATTG---ACA--TG--TTGCGCAAAC--T---------G-------TTGTTGAGGATTA--T-CACATGTCTAACTAA-GACCTGAC-ATAC-CGAT--AGACAT---T----T----TGA--C--G-TTCGTGT----------------ATTCC-T--AATAATAAACG-G---AC----TAG--ACACA---AC-CG---TGAT-TAT------------------AAA--AATAACGC-G---AAA--A-TA-AAGTAA-GAGATCGAA--ACCGGA----ATTG--CT
gi|25 : TCAAAA---C-----ACCAA--A--CTGGTAAT--GCATTGGCTA--------------TTTC------------A
gi|15 : tgtacaT--GTATTGGCAA--------------ATCC------------AT--TG----TC---AATACTT--------------T--ACTTT---------ATAATT-CT-G-----A--CGANNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGT--TATTCACA---AAGT-----TT---CTG------T--AAACGA--TGG-GA-----AATT---GTgaatgctaatccattat
gi|18 : TTC------------AT--TG----TC---AATACTT---C----------G--GT-TC---------ATATTG-TTGG-----G--G-AAAATGCTAT---TCC---ATTTTC---CTGTCCTGTATC---T----G--ATGTA-TT-CATTCATTATGTCAAGAAT--CATTTACA---G--------TT---GCGCGACAAT--AAATGtagtatttgtaaacatatataaatagtgaaaatactattgtaatgtaagtgtatgttaacttactc
gi|9 : tatataaaatcactctctcaatctctggcaaattcagaacataaaC------------AT--TG----TC---AATAATT---C----------T--G-----------------------------G--C-GAA-----AA---T--GTTGTTT-------------TGTT---TTCCTG--CC----TTGTATCCCTCAATCCGAAG-T--TATTCA---------------------G------T--AATTCAA-GGG-TC-----ATTG---ATAATTAGTTTGCATG-----T---------G-------TT-T-----AT-------A-ATGTGTACCTGA-GACC-----------GTTTCAGAAA----CAGCAT----TGC-----A-T-----TTAAACGCT---TT---ATTTC-TAA--TAAAAGCCG-T---AC----CAT--G-------AT-TACTTTGTT-TGTATGTAACA---TTGA--CAAA--CGAA-CACGG---AAT-GA-TC-TAGTTA-GCGGATAAA--GCAGGA----AATG--g
gi|8 : TTATTTTAAAGATATCATTTATAC--A--------TTTT-ATG------TTGATATGAA---G-CA-----CATT---GTCATTA--TTTTGCG-----T---------G-------TT-TTCT--GTT---T-CTCAAATCTAAG-----ACTTAA---TAA-A---CAGGCA----------T----TGT--T--A-TACATTTTAA-TGCT---TACGTATTAT---AAATGATAACTT-T---AC----TAT--GCATGC--AT-TG--TTGAT-c
gi|10 : aGT--CATTCATA---AATTATATTTT---GTA------T--AAATGCG-AGG-CA-----AATT---GTTATTA--TTGTGCA-----T---------A-------TT-T-----GTT---TTCACACGTTTAACTGA-GATCTAAA-ATAA-CATTTCAGAAA----T----TATTGTGT--T--G-TACATTTTTA-CGCT---GATTTATTTC-CAA--TAATTAACA-A---AC----TTT--GGATGC--AT-TG--T-GA---ATA-----CA---TTATTTAGAA--AATAATGC-G---AAATGA-TC-TAGATG-CTGACCAAA--GCCGGA----AGTG--CTCACAATTTTGCCGATGACAacaacatacacaatggaatgttgatggatatacttatgactaagttatattatatgctgaatatagatcagaatgtactgataattataaa
gi|21 : GT--CATTCACA---AA-------TT---TTA------C--AAATTTT-ATG-TA-----AATT---GTAATTA--TT---CA---------------G------------------------CACA---------AA-GACCTAAA-A-AA-TGTTAAAGAAATGGCC----T----TGT--T--A-TACATTTTAA-CACt
gi|26 : --CATTCACATTCAGTT-----TT---ATT------T--AAATGAG-AGG-CC-----AATT---ATAATTA--TTGTACA-----T---------tcat
gi|7 : tCA---A--------TT---ATT------T--AAAAAAGGCAA-TACATTCATTTTATGTAATAA--TTGCGTA-----T---------AAATATGTTT-T-----GTT---T-TACACGTCTAACTAA-ATCCCATA-ATAA-AGTTTCAGAAA----TGGCAT----TGT--A--A-TACATCTTCC-CGCT---TATTTCTTCC-C--AATGA-AATCG-C---AC----TAT--GCATGC---T-TG--TTGATACA-A-----CA---TTCA--AATT--ACGAATGCAG---AAG-CA-TT-TTGTTT-GCCGTTAAACTGCTAGA----AATG--TT---------GCCGATGGCACCA-TTT----AC-TTTTAATt
gi|16 : ccttatcccgcgatccgattCA---A--------TA---ATG------T--GGATGAG-AGG-CA-----AATT---GTAATTA--TTGCTCACAATGT---------G-------TT-T-----TTT---A-CGTATGTCTGA--GA-T--CAAAA-ATAA-CGTTTCAGAAACAGCC----T----TGT--T--G-TACATGTTCA-CGCT---CATCCATTCT-C--AATGGTAGCCA-G---AC----TAT--ACGTAT--A--CA--TTG-T-TG-G-----CA---TTAA--CAAC--AAAAAtttctgattttaacgataa
gi|11 : gtcattcacaataaaatttaatgttGG-CA-----AATT---GTAACTA--TTGTGTA-----TAATGTTGTTG-------TT-T-----TTTTCCC-CACATGTCTAACTAAATAT-TAAA-ATAA-AATTTCAGAAATATCC----T----TGT--T--A-AACATTTTTA-CACT---CATTTATTTT----AATAAT-ACCT-TG--GC----TAT--GCATGC--AT-TA--TTGATACA-A-----CA---TC-C--AAAT--AATAATGCGG---AAG-GA-TC-TGGTTG-atgc
gi|13 : aaaCAA-GACCTAAA-ATAACAGAT--ACGGA----C----T----TGT--TTCA-TACATGTTCA-CGCT---CATTTATTCC-C--AACAATCATCA-A---AC----TGT--ACATAC--AT-TG--TTGA--TACAG----CG---TTAA--G-----------GCTGCA-GAA-GAGTC-TATTAG-GCAAGCATA--GCCGGA----AGTG--CACAGA------CTGCTGGCACCATAACAATTAT-TATTAATG--CTGGCATTAACcgatgatggcaccatatgctgttaagaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|22 : tatacatgttaccaaagtgcttagaagcataatgcttaatgcgTAAG-ATAA-CGTTTCGGAAA----C----TGCATTAT--T--A-TACATTTTCA-CGCT---CATTTATTTC---AAATAATAGCTGATCTAAC----TAT--GCgta
gi|24 : attTTCA-TGCTAATCA---ATTCC-TAA--TAATAACAT-G---AC----TAT--GCATGC--AT-TG--TTGAT-
gi|3 : att---ATTCC-CAAAA--ATAACCG-G---GT----TAT--GCATGT--AT-AA--CTAAC--ACAA----CA---TTAA--AAAA--CGAA-CGCAG---GCG-TC-TC-TATATG-GCGGTCAAA--ATTGATTGGTAGTG--CTTACAATTTCGCTGATGGAACCA-TAT----ATATACTAATGTTCTG-CATTAACacaacat
gi|20 : ataatcaaagtgctcagacgcaaaaaaaaaaaatgctaatgcattggcaaagtcaattgtcaatacttccgttcaaaatggtggtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccatttataaatattatgtaaatgagaggcgcagtgtaataactgcgcaaagccataatgatgttttctttatgctcatttAATAA--ACTG-----AC----TAC---CGTATGGATACA--TCGTT-TATA-----CAACATTCA--TAAG--ATAA-TGTGG---AAG-AA-TC-TGATTG-ATGGTTATA--GCCGGA----AGAA--CTCACAATTTCGCCAACGTCACgtaa
gi|19 : AAACG-G---AC----TAT--GCATGC--AT-TA--CTCAT--ACAA----CA---TTAA--ATAATCAAAATGA--G---AAG-GT-TC-TA-TTGTGCAATCAAC--ACCTAA----AATGCTTTC--ATTTTTGCCGAAAACAGCA-TGT----AC-TGTTTATG--a
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CATAGTTCTATTTTGAATCACAATGTCGCCGATATCACAATAGACTGTTAATATCTTGTTA
Unaligned ( gi|27 ): TCGCGATACGATTTCATTCATTATTTCAAAGGTTATTCA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111111 333333333333 333333333333333333333333333333333333333333 55555555555555 1111 222222222222222222222222222 11111 11 2222222
lowQualScore : 1 55 8888888888 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 000000 000000 4 3 222222222222222222222222222222222222222222222 33333333333333333 5555 33 444 444 33 666666666666 666 666666 0 4 0 2 999999999999999999999999999999999999999999 2 0 0 2 77 11111111111111 33 33 2 1 1 2222 7 55555 55555 66 33 888888888888888888888888888 3 3 55 7777 2 7777 44444 5 1 77 11 8888888
lowQualScore : . .. .......... .. .............................................. ...... ...... . . ............................................. ................. .... .. ... ... .. ............ ... ...... . . . . .......................................... . . . . .. .............. .. .. . . . .... . ..... ..... .. .. ........................... . . .. .... . .... ..... . . .. .. .......
lowQualScore : 4 55 5555555555 66 3333333333333333333333333333333333333333333333 555555 555555 5 3 888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444444 7777 77 777 111 11 999999999999 999 444444 1 7 7 0 444444444444444444444444444444444444444444 6 2 5 7 11 33333333333333 77 77 7 0 5 9999 3 66666 99999 55 44 666666666666666666666666666 3 6 55 7777 8 0000 33333 7 1 99 00 0000000
consensus : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTA-NTCCGC-ATTTCC---C---CCCGTATC---CCGCGA--TCCGATTTCATTCATTATT----T--CAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAAATTGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
Reference ( family-86 ) : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCNGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTA-ATCCGC-ATTTCC---C---CCCGTATC---TCGCGG--TTCNATTTCATTCATTATT----T--CAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAANTTGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TATTAA--TG--CT--G----GCATTAACA
gi|1 : GAAAGTGCTCAGAAGCAAAAA--A----C-----TGTTAATGCATTGGTCAT-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------AT------TCTGCTTATGGTG-CT---GG--C--AA---ACT--CCTA-ATCCGCTATTTCC---C---CCCGTATC---TTGCGG--TTATGTTGTATTCGTTATT----T--TAAA---G---GC--CATTCACA---A--------TT---GTG------TAAATGAGCGGTAATTTGTAATTACTGCGCA---T---G-------TT--T---ATT--------C-------CACACGTCTAACCAATACCTAAA-ATAAA-GTTTAAGAAA----C----T----TGC--T--A-TACGTGTTCACGCCTA---ATTCC-CAAAATAATAACCG----TACTA-----T--GCGTGTATCATTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAAAAACACTGAAAGATC-TAGTTG-GCGGTCGAA--GCTG----AAAATGTTCAAAATTTCGCCGATGGCACCAAA-----CAC-TATTAA--TG--AT--G----ACATTAATA
gi|10 : t---GT--CATTCATA---AATTATATTTT---GTA------TAAATGCGAGGCAAATTGTTATTATTGTGCA---T---A-------TT--T---GTT--------TT------CACACGTTTAACTGAGATCTAAA-ATAAC-ATTTCAGAAA----T----TATTGTGT--T--G-TACATTTTTACGCTGATTTATTTC-C-AA-TAATTAACA----AACTT-----T--GGATGCATTGT-G--A---AT-A-CA---TTATTTA-GAAAATAATGCGAAATGATC-TAGATG-CTGACCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTTGCCGATGACAtgaaaggagaatta
gi|11 : AAAGGCAAATTGTAACTATTGTGTA---TAATG-------TTGTT---GTT--------TTTTTCCCCACATGTCTAACTAAATATTAAA-ATAAA-ATTTCAGAAATATCC----T----TGT--T--A-AACATTTTTACACTCATTTATTTT----AATAATACCTT----GGCTA-----T--GCATGCATTATTG--A--TACAA-CA---TC-C--A-AATAATAATGCGGAAGGATC-TGGTTG-t
gi|11 : CG----GAAG-GATC-TGGTTGCGATGATGGCACCATA-----TGC-TGTTAA--cgatgatggcaccatatgctgttaagaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|12 : aaaggcaaattgtaactattgtgtataatgttgttgtttttttccccacatgtctaactaaatattaaaataaaatttcagaaatatccttgttaaacatttttacactcatttattttaataataccttggctatgcatgcattattgatacaacatccaaataataatgAAAGTTCTCAGAAGCACAGA--A----C-----CGTAAATGCATTGACAA-------------------------------------------------------AATA------CT------TC-GTTCATAATG-CT---AG-----AA---A------TA-ATTC------TCA---C---CCCGTATC---CCGCGA--TCCGACTTCATTCATTATT----T--CAAA---G---GT--CATTTACA---AATT-----TT---ATG------TAAATTAAAGTCAACTTGTAAGTAGTGAGCA---C---A-------TT-------TT--------T-------CACATATCTAACCAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCCGAAA----CGGCAT----TGT--T--A-TTCATTTTGATACTCATgaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|13 : atcAAGACCTAAA-ATAACAGATACGGA------C----T----TGT--TTCA-TACATGTTCACGCTCATTTATTCC-C-AA-CAATCATCA----AACTG-----T--ACATACATTGTTG--AT--AC-AGCG---TTAA---------GGCTGCAGAAGAGTC-TATTAG-GCAAGCATA--GCCG----GAAGTGCACAGA------CTGCTGGCACCATAACAATTAT-TATTAA--TG--CT--G----GCATTAACA
gi|14 : tatacatgttaccaaagtgcttagaagcataatgcttaatgcgcAAACTGCTCAGAAGCAGAGATCA----G-----TCTCGATGCATTGGTAAT-TT-------------CAAAGGCACACCAA-------------------ATGCTAATAATTCGACTGATAATTCGGTTCATAGTC-TT---GA--C--AG---A-TAAGC---GTCTGC-ACCCCCACCC---CTCGTAGC---CCGCGT--TCCGATTTCATTCATTTGT----T--CAAA---T---GT--CATTCACA---AGTG-----TT---ATG------TATATGAGAGACACATT-CAATTGTCGgta
gi|15 : ttataaaaaTGTATTGGCAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TTACTTTATAATT-CT---GA--C--GANNNN-N--NNNN-NNNNNN-NNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNN---G---GT--TATTCACA---AAGT-----TT---CTG------TAAACGATGGG-AAATTGTTAGTATTta
gi|16 : CA---A--------TA---ATG------TGGATGAGAGGCAAATTGTAATTATTGCTCA---CA--A-------TG--T---GTT--------T-------TTTACGTATGTCTGAGATCAAAA-ATAAC-GTTTCAGAAACAGCC----T----TGT--T--G-TACATGTTCACGCTCATCCATTCT-C--AATGGTAGCCA----GACTA-----TACGTATACATTGTTGGCAT-TA--A-CA---ACAA--A-AAAtgtaaacatatataaatagtgaaaatactattgtaatgtaagtgtatgttaacttactc
gi|17 : gtcattcacaataaaatttaatgttAAAATGCGCAAAAGCACAAA--T----C-----TGTTAATGCATTGGCAAT-TT-------------C------------AGAATGCAAATCCATAATAATTGT-AATA------TT------TAATTTAACAATG-CTACTGG-----AA---A-T--GCTA-TTCCGC--TTTCCTG-C---CCCGTATC------------------TCATTCATTATC----T--TAAA---G---GT--CATTCACAT--A--------TT---A--------TAAATGAGATGCCACTTGTTATAATtgc
gi|18 : aattAAA-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATATTG-TTGG-GG--A--AA---A-T--GCTA-TTC--C-ATTTTC---CTGTCCTGTATC---T----G--ATGTA-TTCATTCATTATG----T--CAAG---A---AT--CATTTACA---G--------TT---GCGCGACAATAAATG
gi|19 : tatataaaatcactctctcaatctctggcaaattcagaacatAAACG----GACTA-----T--GCATGCATTACTC--A--TACAA-CA---TTAA--ATAATCAAAATG-AGAAGGTTC-TA-TTGTGCAATCAAC--ACCT----AAAATGCTTTCATTTTTGCCGAAAACAGCATG-----TAC-TGTTTA--TG--CTCAGCTCTGCGTTAACAg
gi|2 : atcAAGTGCTCAAAAGCACGCA--A----C-----TGTTAATGCCTTATCAAT-TTAAAAACACAATTCC------------A-------------------TTACCAATA------CT------TCCGTTGATAATG-CT---GGAGT--AA---A-T----TAGATTCCA-ATTTCCTC-C---CCCGTACCGTATTGCGAGATTCGATTTCATTCATTATT----T--CAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGACGATACTTGCATTTTTTG---G---T---A-------TT--T---GTT--------T-------CATACGTCTAACTATGACCTTAA-GTAAA-ATTTCAGAAA----CGGCTT----TGTAAT--AGTATATTTTAACGGTCATTTATT-T-T-AAATAATAACCA----GACAG-----C--GTATGCGTTGTTG--A--TAT-A-AAAC-TT----A-AAAATGAACGAGGAAGGATC-TAGATG-GCAGCCGGG--GCTG----GAAGTG-------TTTCGTCGATGGCACgtaaacacgt
gi|20 : tAATAAACT----GACTACCGTAT--GGATACATCGTT------TAT-A-CAACATTCA--T-AAGA-TAATGTGGAAGAATC-TGATTG-ATGGTTATA--GCCG----GAAGAACTCACAATTTCGCCAACGTCAC
gi|21 : ---GT--CATTCACA---AA-------TT---TTA------CAAATTTTATGTAAATTGTAATTATT---CA-----------------------G------------------CACA---------AAGACCTAAA-A-AAT-GTTAAAGAAATGGCC----T----TGT--T--A-TACATTTTAACACTCATa
gi|22 : TAAG-ATAAC-GTTTCGGAAA----C----TGCATTAT--T--A-TACATTTTCACGCTCATTTATT-T-C-AAATAATAGCTGATCTAACTA-----T--GC
gi|23 : attTCACAATGTCGCCGATATCACAATA-----GAC-TGTTAA--T
gi|24 : catagttctattttgaaATTTTCATGCTAATCAATTCC-T-AA-TAATAACAT----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-atcttgtta
gi|25 : TCAAAA-CACCAA--A----C-----TGGTAATGCATTGGCTAT-TT-------------C------------A-------------------acaacat
gi|26 : tgtacaT--CATTCACATTCAGTT-----TT---ATT------TAAATGAGAGGCCAATTATAATTATTGTACA---T---gaatgctaatccattat
gi|27 : ---TCGCGA--TACGATTTCATTCATTATT----T--CAAA---G---GT--TATTCAt
gi|3 : AAAGTGCTCAGACGCAAAAA--A----AAAAAATGCTAATGCATTGGCAAA-GT-------------C------------AA------------------TTGTCAATA------CT------TCCGTTCAAAATG-GT---GG--T--GA---N-N--NNNN-NNNNNN-NNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNN---NNNAGC--CATTTATAAATA--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCGCAGTGTAATAACTGCGCA---
gi|3 : ataatcTCTTTATGCTCATTTATTCC-C-AAA-AATAACCG----GGTTA-----T--GCATGTATAACTA--ACACA--A-CA---TTAA--A-AAAC-GAACGCAGGCGTCTC-TATATG-GCGGTCAAA--ATTGATTGGTAGTGCTTACAATTTCGCTGATGGAACCATA-----TATATACTAA--TGTTCT-------GCATTAACAaagccataatgatgttttctttatgctcatttattcccaaaaataaccgggttatgcatgtataactaacacaacattaaaaaacgaacgcaggcgtctctatatggcggtcaaaattgattggtagtgcttacaatttcgctgatggaaccatatatatactaatgttctgcattaacagtaa
gi|4 : ataatcaaagtgctcagacgcaaaaaaaaaaaatgctaatgcattggcaaagtcaattgtcaatacttccgttcaaaatggtggtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccatttataaatattatgtaaatgagaggcgcagtgtaataactgcgcaaagccataatgatgtttAAATGCTCAGAAGTACATA--A---------------ATGTATTGGCAATGTT-------------C------------AGAACGCAAACCTCC-----TT-TCAATA------CT------TCGGCTTGTAATG-TT---GA--T--NN---N-N--NNNN-NNNNNN-NNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNCGTAT--CTGA---G---GC--CATTCACA---G--------TT---TTG------TAAA-GAGCGGTTTATTGACAT-GTTGCGCAAACT---G-------TT------GTTGAGGATTAT-------CACATGTCTAACTAAGACCTGAC-ATACC-G--------A-------------------T--A-GACATTTTGACGTTCGTGTATTCC-T--AATAATAAACG----GACTA-----G--ACACA-ACCG-TG--AT-TAT----------------AAAAATAACGCGAAA--ATA-AAGTAA-GAGATCGAA--ACCG----GAATTGCTgtaa
gi|5 : AAAGAGCTTAGAAGTGCAGA--AAGTTC-----TGTCAAT-CAATAACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------TT------TCAGTTCATAATGACT---G---C--AA---N-N--NNNN-NNNNNN-NNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNNNNNG---GT--CTTTCAAA---G--------TTTTTATG------TAAATGGGAGGCAATTTGTAATTATTGTACA---TC--G-------TT--T---TCT--------T-------------TTTG--------CTAGATATAAC-CTTTCAGAAA----CAGCCT----CGA--T--A-T-TATTTTATCGCCCATTTATTCC-C--AATTATAACCA----GACTA-----TACACATGTACTGCTG--AT-GCG-A-TA---TT-C--A-AATAACATTGTGAAAGGATCTTAGT
gi|6 : taaatcGAAAGTGCTCCGAACCACAGC--A----C-----TGTTAATGCATTGACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCATTTCATAATG-CT---TG--A--AA---N-N--NNNN-NNNNNN-NNNNNN---N---NNNNNNNN---NNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNN----N--NNNN---T---GT--CATTCACA---AATT-----TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA-TTGTAATTATTTCACA------------------------TT--------T-------CACACATATAACTGAGACCAAAA-TTAA--------------------------TGT--T--A-TACATGTTTATCCTCATTTATTCCTC-GA--AATAACTG----GACTA-----T--GCACGCATTACTG--AT-gat
gi|7 : aacCCTTATC---CCGCGA--TCCGATT-CA---ATTATT----TAAAAAA---G---GC--AAT--ACA---T--------TC---ATT------TTA-------------TGTAATAATTGCGTA---T---AAATATGTTT--T---GTT--------T-------TACACGTCTAACTAAATCCCATA-ATAAA-GTTTCAGAAA----TGGCAT----TGT--A--A-TACATCTTCCCGCTTATTTCTTCC-C--AATGA-AATCG----CACTA-----T--GCATGC-TTGTTG--A--TACAA-CA---TTCA--A-ATTACGAATGCAGAAGCATT-TTGTTT-GCCGTTAAACTGCTA----GAAATG---------TTGCCGATGGCACCATT-----TAC-TTTTAATTTT--CT--G----ATTTTAACacaacatgtttaacaagaacttggaa
gi|8 : ATTATT----T--TAAA---G---ATATCATTTATAC--A--------TTTT-ATG------TTGATATGAAGCACATTGTCATTATTTTGCG---T---G-------TT--TTCTGTT--------T-------CTCAAATCTAA----GACTTAA---TAAA-----CAGGCA---------T----TGT--T--A-TACATTTTAATGCTTACGTATTAT---AAATGATAACTT----TACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-gataa
gi|9 : ATAATT-CT---GG--CGAAA---A-T--GTTG-TTTTGT--TTTCCTG-C---CTTGTATC---CCTCAA--TCCGAAGTTATTCAGTAAT----T--CAAG---G---GT--CATTGATA---A--------TT---A-------------------------GT-----TTGCATG---T---G-------TT--T---AT------------------A-ATGTGTACCTGAGACC-----------GTTTCAGAAA----CAGCAT----TG----------CATTTAAACGCT---TTATTTC-T-AA-TAAAAGCCG----TACCA-----T--GATTACTTTGTTT--GTATGT-AACA---TTGA--C-AAAC-GAACACGGAATGATC-TAGTTA-GCGGATAAA--GCAG----GAAATGCacaacatacacaatggaatgttgatggatatacttatgactaagttatattatatgctgaatatagatcagaatgtactgataattataaa
Alignments
lowQualScore : 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333 333333333333333333333333333333333333333333 55555555555555 1111 222222222222222222222222222 11111 11 2222222
lowQualScore : 1 55 8888888888 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 000000 000000 7 3 333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 0 555 5555 5555555 33 555555555555 666 666666 1 333 88888888 0 2 999999999999999999999999999999999999999999 2 0 0 2 77 11111111111111 33 33 2 1 1 2222 7 55555 55555 66 33 888888888888888888888888888 3 3 55 7777 7 3 1 44444 5 0 77 11 8888888 4
lowQualScore : . .. .......... .. .............................................. ...... ...... . . ................................................... . . ... .... ....... .. ............ ... ...... . ... ........ . . .......................................... . . . . .. .............. .. .. . . . .... . ..... ..... .. .. ........................... . . .. .... . . . ..... . . .. .. ....... .
lowQualScore : 4 55 5555555555 66 3333333333333333333333333333333333333333333333 555555 555555 2 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 000 7777 6666666 11 444444444444 999 444444 4 999 11111111 7 0 444444444444444444444444444444444444444444 6 2 5 7 11 33333333333333 77 77 7 0 5 9999 3 66666 99999 55 44 666666666666666666666666666 3 6 55 7777 4 3 4 33333 7 4 99 00 0000000 6
consensus : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
Reference ( family-86 ) : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTANTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
gi|1 : GAAAGTGCTCAGAAGCAAAAA--A----C-----TGTTAATGCATTGGTCAT-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------AT------TCTGCTTATGGTG-CT---GG--C--AA---ACT--CCTAATCCGCTATTTCC---CCCC-------GTATCTTGCGGTTATGT---TGTATTCGTTATT----TTAAA---G---GC--CATTCACA---A--------TT---GTG------TAAATGAGCGGTAA---TT--------TGTAATTACTGCGCA---T---G-------TT--T---ATT--------C-------CACACGTCTAACCAATACCTAAA-ATAAA-GTTTAAGAAA----C----T----TGC--T--A-TACGTGTTCACGCCTA---ATTCC-CAAAATAATAACCG----TACTA-----T--GCGTGTATCATTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAAAAACACTGAAAGATC-TAGTTG-GCGGTCGAA--GCTG----AAAATGTTCAAAATTTCGCCGATGGCACCAAA-----CAC-TATTAA--TG--AT--G----ACATTAATA
gi|10 : t---GT--CATTCATA---AATTATATTTT---GTA------TAAATGCGAGGCAA---AT--------TGTTATTATTGTGCA---T---A-------TT--T---GTT--------TT------CACACGTTTAACTGAGATCTAAA-ATAAC-ATTTCAGAAA----T----TATTGTGT--T--G-TACATTTTTACGCTGATTTATTTC-C-AA-TAATTAACA----AACTT-----T--GGATGCATTGT-G--A---AT-A-CA---TTATTTA-GAAAATAATGCGAAATGATC-TAGATG-CTGACCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTTGCCGATGACAtgaaaggagaatta
gi|11 : AAAGGCAA---AT--------TGTAACTATTGTGTA---TAATG-------TTGTT---GTT--------TTTTTCCCCACATGTCTAACTAAATATTAAA-ATAAA-ATTTCAGAAATATCC----T----TGT--T--A-AACATTTTTACACTCATTTATTTT----AATAATACCTT----GGCTA-----T--GCATGCATTATTG--A--TACAA-CA---TC-C--A-AATAATAATGCGGAAGGATC-TGGTTG-t
gi|11 : CG----GAAG-GATC-TGGTTGCGATGATGGCACCATA-----TGC-TGTTAA--cgatgatggcaccatatgctgttaagaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|12 : aaaggcaaattgtaactattgtgtataatgttgttgtttttttccccacatgtctaactaaatattaaaataaaatttcagaaatatccttgttaaacatttttacactcatttattttaataataccttggctatgcatgcattattgatacaacatccaaataataatgAAAGTTCTCAGAAGCACAGA--A----C-----CGTAAATGCATTGACAA-------------------------------------------------------AATA------CT------TC-GTTCATAATG-CT---AG-----AA---A-T--A--ATTC-------TCA---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAC---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTTACA---AATT-----TT---ATG------TAAATTAAAGTCAA---CT--------TGTAAGTAGTGAGCA---C---A-------TT-------TT--------T-------CACATATCTAACCAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCCGAAA----CGGCAT----TGT--T--A-TTCATTTTGATACTCATgaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|13 : atcAAGACCTAAA-ATAACAGATACGGA------C----T----TGT--TTCA-TACATGTTCACGCTCATTTATTCC-C-AA-CAATCATCA----AACTG-----T--ACATACATTGTTG--AT--AC-AGCG---TTAA---------GGCTGCAGAAGAGTC-TATTAG-GCAAGCATA--GCCG----GAAGTG--CACAG----ACTGCTGGCACCATAACAATTAT-TATTAA--TG--CT--G----GCATTAACA
gi|14 : tatacatgttaccaaagtgcttagaagcataatgcttaatgcgcAAACTGCTCAGAAGCAGAGATCA----G-----TCTCGATGCATTGGTAAT-TT-------------CAAAGGCACACCAA-------------------ATGCTAATAATTCGACTGATAATTCGGTTCATAGTC-TT---GA--C--AG---A-TAAGC--GTCTGC-ACCCCCACCCCTC-------GTAGCCCGCGTTCCGAT---TTCATTCATTTGT----TCAAA---T---GT--CATTCACA---AGTG-----TT---ATG------TATATGAGAGACAC---AT--------T-CAATTGTCGgta
gi|15 : ttataaaaaTGTATTGGCAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TTACTTTATAATT-CT---GA--C--GANNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---G---GT--TATTCACA---AAGT-----TT---CTG------TAAACGATGGG-AA---AT--------TGTTAGTATTta
gi|16 : CA---A--------TA---ATG------TGGATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCTCA---CA--A-------TG--T---GTT--------T-------TTTACGTATGTCTGAGATCAAAA-ATAAC-GTTTCAGAAACAGCC----T----TGT--T--G-TACATGTTCACGCTCATCCATTCT-C--AATGGTAGCCA----GACTA-----TACGTATACATTGTTGGCAT-TA--A-CA---ACAA--A-AAAtgtaaacatatataaatagtgaaaatactattgtaatgtaagtgtatgttaacttactc
gi|17 : gtcattcacaataaaatttaatgttAAAATGCGCAAAAGCACAAA--T----C-----TGTTAATGCATTGGCAAT-TT-------------C------------AGAATGCAAATCCATAATAATTGT-AATA------TT------TAATTTAACAATG-CTACTGG-----AA---A-T--GCTATTCCGC--TTTCCTG-CCCC-------GTATC----------------TCATTCATTATC----TTAAA---G---GT--CATTCACAT--A--------TT---A--------TAAATGAGATGCCA---CT--------TGTTATAATtgc
gi|18 : aattAAA-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATATTG-TTGG-GG--A--AA---A-T--GCTATTC--C-ATTTTC---C-----------TGTCCTGT-ATCTGATGTATTCATTCATTATG----TCAAG---A---AT--CATTTACA---G--------TT---GCGCGACAATAAATG
gi|19 : tatataaaatcactctctcaatctctggcaaattcagaacatAAACG----GACTA-----T--GCATGCATTACTC--A--TACAA-CA---TTAA--ATAATCAAAATG-AGAAGGTTC-TA-TTGTGCAATCAAC--ACCT----AAAATGCTTTCATTTTTGCCGAAAACAGCATG-----TAC-TGTTTA--TG--CTCAGCTCTGCGTTAACAg
gi|2 : atcAAGTGCTCAAAAGCACGCA--A----C-----TGTTAATGCCTTATCAAT-TTAAAAACACAATTCC------------A-------------------TTACCAATA------CT------TCCGTTGATAATG-CT---GGAGT--AA---A-T--TAGATTCCA--ATTTCC---TCCCCCGTACCGTATTGCGAGATTCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGACGATA---CT--------TGCATTTTTTG---G---T---A-------TT--T---GTT--------T-------CATACGTCTAACTATGACCTTAA-GTAAA-ATTTCAGAAA----CGGCTT----TGTAAT--AGTATATTTTAACGGTCATTTATT-T-T-AAATAATAACCA----GACAG-----C--GTATGCGTTGTTG--A--TAT-A-AAAC-TT----A-AAAATGAACGAGGAAGGATC-TAGATG-GCAGCCGGG--GCTG----GAAGTG-------TTTCGTCGATGGCACgtaaacacgt
gi|20 : tAATAAACT----GACTACCGTAT--GGATACATCGTT------TAT-A-CAACATTCA--T-AAGA-TAATGTGGAAGAATC-TGATTG-ATGGTTATA--GCCG----GAAGAACTCACAATTTCGCCAACGTCAC
gi|21 : ---GT--CATTCACA---AA-------TT---TTA------CAAATTTTATGTAA---AT--------TGTAATTATT---CA-----------------------G------------------CACA---------AAGACCTAAA-A-AAT-GTTAAAGAAATGGCC----T----TGT--T--A-TACATTTTAACACTCATa
gi|22 : TAAG-ATAAC-GTTTCGGAAA----C----TGCATTAT--T--A-TACATTTTCACGCTCATTTATT-T-C-AAATAATAGCTGATCTAACTA-----T--GC
gi|23 : attTCACAATGTCGCCGATATCACAATA-----GAC-TGTTAA--T
gi|24 : catagttctattttgaaATTTTCATGCTAATCAATTCC-T-AA-TAATAACAT----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-atcttgtta
gi|25 : TCAAAA-CACCAA--A----C-----TGGTAATGCATTGGCTAT-TT-------------C------------A-------------------acaacat
gi|26 : tgtacaT--CATTCACATTCAGTT-----TT---ATT------TAAATGAGAGGCCA---AT--------TATAATTATTGTACA---T---gaatgctaatccattat
gi|27 : CGCGATACGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--TATTCAt
gi|3 : tAAAGTGCTCAGACGCAAAAA--A----AAAAAATGCTAATGCATTGGCAAA-GT-------------C------------AA------------------TTGTCAATA------CT------TCCGTTCAAAATG-GT---GG--T--GA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---NNNAGC--CATTTATAAATA--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCGC---AG--------TGTAATAACTGCGCA---
gi|3 : ataatcTCTTTATGCTCATTTATTCC-C-AAA-AATAACCG----GGTTA-----T--GCATGTATAACTA--ACACA--A-CA---TTAA--A-AAAC-GAACGCAGGCGTCTC-TATATG-GCGGTCAAA--ATTGATTGGTAGTGCTTACAATTTCGCTGATGGAACCATA-----TATATACTAA--TGTTCT-------GCATTAACAaagccataatgatgttttctttatgctcatttattcccaaaaataaccgggttatgcatgtataactaacacaacattaaaaaacgaacgcaggcgtctctatatggcggtcaaaattgattggtagtgcttacaatttcgctgatggaaccatatatatactaatgttctgcattaacagtaa
gi|4 : ataatcaaagtgctcagacgcaaaaaaaaaaaatgctaatgcattggcaaagtcaattgtcaatacttccgttcaaaatggtggtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccatttataaatattatgtaaatgagaggcgcagtgtaataactgcgcaaagccataatgatgtttAAATGCTCAGAAGTACATA--A---------------ATGTATTGGCAATGTT-------------C------------AGAACGCAAACCTCC-----TT-TCAATA------CT------TCGGCTTGTAATG-TT---GA--T--NN---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNCGTATCTGA---G---GC--CATTCACA---G--------TT---TTG------TAAA-GAGCGGTTT---AT--------TGACAT-GTTGCGCAAACT---G-------TT------GTTGAGGATTAT-------CACATGTCTAACTAAGACCTGAC-ATACC-G--------A-------------------T--A-GACATTTTGACGTTCGTGTATTCC-T--AATAATAAACG----GACTA-----G--ACACA-ACCG-TG--AT-TAT----------------AAAAATAACGCGAAA--ATA-AAGTAA-GAGATCGAA--ACCG----GAATTGCTgtaa
gi|5 : AAAGAGCTTAGAAGTGCAGA--AAGTTC-----TGTCAAT-CAATAACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------TT------TCAGTTCATAATGACT---G---C--AA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNG---GT--CTTTCAAA---G--------TTTTTATG------TAAATGGGAGGCAA---TT--------TGTAATTATTGTACA---TC--G-------TT--T---TCT--------T-------------TTTG--------CTAGATATAAC-CTTTCAGAAA----CAGCCT----CGA--T--A-T-TATTTTATCGCCCATTTATTCC-C--AATTATAACCA----GACTA-----TACACATGTACTGCTG--AT-GCG-A-TA---TT-C--A-AATAACATTGTGAAAGGATCTTAGT
gi|6 : taaatcGAAAGTGCTCCGAACCACAGC--A----C-----TGTTAATGCATTGACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCATTTCATAATG-CT---TG--A--AA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---T---GT--CATTCACA---AATT-----TT---ATG------TAAATGAGAGGC-A---AT--------TGTAATTATTTCACA------------------------TT--------T-------CACACATATAACTGAGACCAAAA-TTAA--------------------------TGT--T--A-TACATGTTTATCCTCATTTATTCCTC-GA--AATAACTG----GACTA-----T--GCACGCATTACTG--AT-gat
gi|7 : aacCC-------TTATCCCGCGATCCGAT---T--------------------------------------CA---A--------TT---ATT------TAAA--AAAGGCAATACATTCATTTTATGTAATAATTGCGTA---T---AAATATGTTT--T---GTT--------T-------TACACGTCTAACTAAATCCCATA-ATAAA-GTTTCAGAAA----TGGCAT----TGT--A--A-TACATCTTCCCGCTTATTTCTTCC-C--AATGA-AATCG----CACTA-----T--GCATGC-TTGTTG--A--TACAA-CA---TTCA--A-ATTACGAATGCAGAAGCATT-TTGTTT-GCCGTTAAACTGCTA----GAAATG---------TTGCCGATGGCACCATT-----TAC-TTTTAATTTT--CT--G----ATTTTAACacaacatgtttaacaagaacttggaa
gi|8 : ATTATT----TTAAA---G---ATATCATTTATAC--A--------TTTT-ATG------TTGATATGAAGCAC---AT--------TGTCATTATTTTGCG---T---G-------TT--TTCTGTT--------T-------CTCAAATCTAA----GACTTAA---TAAA-----CAGGCA---------T----TGT--T--A-TACATTTTAATGCTTACGTATTAT---AAATGATAACTT----TACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-gataa
gi|9 : ATAATT-CT---GG--CGAAA---A-T--GTTGTTTTGT--TTTCCTG-CCTT-------GTATCCCTCAATCCGAA---GTTATTCAGTAAT----TCAAG---G---GT--CATTGATA---A--------TT---A------------------------------------GT-----TTGCATG---T---G-------TT--T---AT------------------A-ATGTGTACCTGAGACC-----------GTTTCAGAAA----CAGCAT----TG----------CATTTAAACGCT---TTATTTC-T-AA-TAAAAGCCG----TACCA-----T--GATTACTTTGTTT--GTATGT-AACA---TTGA--C-AAAC-GAACACGGAATGATC-TAGTTA-GCGGATAAA--GCAG----GAAATGCacaacatacacaatggaatgttgatggatatacttatgactaagttatattatatgctgaatatagatcagaatgtactgataattataaa
Alignments
lowQualScore : 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333 333333333333333333333333333333333333333333 55555555555555 1111 333333333333333333333 11111 11 2222222
lowQualScore : 1 55 8888888888 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 000000 000000 7 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 0 555 5555 5555555 33 555555555555 666 666666 1 333 88888888 0 2 999999999999999999999999999999999999999999 2 0 0 2 77 11111111111111 33 33 2 1 1 6666 4 55555 55555 66 33 111111111111111111111 2 88 3 3 55 7777 7 3 1 44444 5 0 77 11 8888888 4
lowQualScore : . .. .......... .. .............................................. ...... ...... . . ................................................... . . ... .... ....... .. ............ ... ...... . ... ........ . . .......................................... . . . . .. .............. .. .. . . . .... . ..... ..... .. .. ..................... . .. . . .. .... . . . ..... . . .. .. ....... .
lowQualScore : 4 55 5555555555 66 3333333333333333333333333333333333333333333333 555555 555555 2 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 4 000 7777 6666666 11 444444444444 999 444444 4 999 11111111 7 0 444444444444444444444444444444444444444444 6 2 5 7 11 33333333333333 77 77 7 0 5 2222 1 66666 99999 55 44 444444444444444444444 0 44 3 6 55 7777 4 3 4 33333 7 4 99 00 0000000 6
consensus : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
Reference ( family-86 ) : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
gi|1 : GAAAGTGCTCAGAAGCAAAAA--A----C-----TGTTAATGCATTGGTCAT-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------AT------TCTGCTTATGGTG-CT---GG--C--AA---ACT--CCTAATCCGCTATTTCC---CCCC-------GTATCTTGCGGTTATGT---TGTATTCGTTATT----TTAAA---G---GC--CATTCACA---A--------TT---GTG------TAAATGAGCGGTAA---TT--------TGTAATTACTGCGCA---T---G-------TT--T---ATT--------C-------CACACGTCTAACCAATACCTAAA-ATAAA-GTTTAAGAAA----C----T----TGC--T--A-TACGTGTTCACGCCTA---ATTCC-CAAAATAATAACCG----TACTA-----T--GCGTGTATCATTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAAAAACACTGAAAGATC-TAGTTG-GCGGTCGAA--GCTG----AAAATGTTCAAAATTTCGCCGATGGCACCAAA-----CAC-TATTAA--TG--AT--G----ACATTAATA
gi|10 : t---GT--CATTCATA---AATTATATTTT---GTA------TAAATGCGAGGCAA---AT--------TGTTATTATTGTGCA---T---A-------TT--T---GTT--------TT------CACACGTTTAACTGAGATCTAAA-ATAAC-ATTTCAGAAA----T----TATTGTGT--T--G-TACATTTTTACGCTGATTTATTTC-C-AA-TAATTAACA----AACTT-----T--GGATGCATTGT-G--A---AT-A-CA---TTATTTA-GAAAATAATGCGAAATGATC-TAGATG-CTGACCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTTGCCGATGACAtgaaaggagaatta
gi|11 : AAAGGCAA---AT--------TGTAACTATTGTGTA---TAATG-------TTGTT---GTT--------TTTTTCCCCACATGTCTAACTAAATATTAAA-ATAAA-ATTTCAGAAATATCC----T----TGT--T--A-AACATTTTTACACTCATTTATTTT----AATAATACCTT----GGCTA-----T--GCATGCATTATTG--A--TACAA-CA---TC-C--A-AATAATAATGCGGAAGGATC-TGGTTG-t
gi|11 : CG----GAAG-GATC-TGGTTGCGATGATGGCACCATA-----TGC-TGTTAA--cgatgatggcaccatatgctgttaagaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|12 : aaaggcaaattgtaactattgtgtataatgttgttgtttttttccccacatgtctaactaaatattaaaataaaatttcagaaatatccttgttaaacatttttacactcatttattttaataataccttggctatgcatgcattattgatacaacatccaaataataatgAAAGTTCTCAGAAGCACAGA--A----C-----CGTAAATGCATTGACAA-------------------------------------------------------AATA------CT------TC-GTTCATAATG-CT---AG-----AA---A-T--A--ATTC-------TCA---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAC---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTTACA---AATT-----TT---ATG------TAAATTAAAGTCAA---CT--------TGTAAGTAGTGAGCA---C---A-------TT-------TT--------T-------CACATATCTAACCAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCCGAAA----CGGCAT----TGT--T--A-TTCATTTTGATACTCATgaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|13 : atcAAGACCTAAA-ATAACAGATACGGA------C----T----TGT--TTCA-TACATGTTCACGCTCATTTATTCC-C--AACAATCATCA----AACTG-----T--ACATACATTGTTG--A--TAC-AGCG---TT---------AAGGCTGCAGAAGAGTC-TATTAG-GCAAGCATA--GCCG----GAAGTG--CACAG----ACTGCTGGCACCATAACAATTAT-TATTAA--TG--CT--G----GCATTAACA
gi|14 : tatacatgttaccaaagtgcttagaagcataatgcttaatgcgcAAACTGCTCAGAAGCAGAGATCA----G-----TCTCGATGCATTGGTAAT-TT-------------CAAAGGCACACCAA-------------------ATGCTAATAATTCGACTGATAATTCGGTTCATAGTC-TT---GA--C--AG---A-TAAGCG--TCTGC-ACCCCCACCCCTC-------GTAGCCCGCGTTCCGAT---TTCATTCATTTGT----TCAAA---T---GT--CATTCACA---AGTG-----TT---ATG------TATATGAGAGACAC---AT--------T-CAATTGTCGgta
gi|15 : ttataaaaaTGTATTGGCAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TTACTTTATAATT-CT---GA--C--GANNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---G---GT--TATTCACA---AAGT-----TT---CTG------TAAACGATGGG-AA---AT--------TGTTAGTATTta
gi|16 : CA---A--------TA---ATG------TGGATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCTCA---CA--A-------TG--T---GTT--------T-------TTTACGTATGTCTGAGATCAAAA-ATAAC-GTTTCAGAAACAGCC----T----TGT--T--G-TACATGTTCACGCTCATCCATTCT-C--AATGGTAGCCA----GACTA-----TACGTATACATTGTTGGCAT-TA--A-CA---ACAA--A-AAAtgtaaacatatataaatagtgaaaatactattgtaatgtaagtgtatgttaacttactc
gi|17 : gtcattcacaataaaatttaatgttAAAATGCGCAAAAGCACAAA--T----C-----TGTTAATGCATTGGCAAT-TT-------------C------------AGAATGCAAATCCATAATAATTGT-AATA------TT------TAATTTAACAATG-CTACTGG-----AA---A-T--GCTATTCCGC--TTTCCTG-CCCC-------GTATC----------------TCATTCATTATC----TTAAA---G---GT--CATTCACAT--A--------TT---A--------TAAATGAGATGCCA---CT--------TGTTATAATtgc
gi|18 : aattAAA-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATATTG-TTGG-GG--A--AA---A-T--GCTATTC--C-ATTTTC---C-----------TGTCCTGT-ATCTGATGTATTCATTCATTATG----TCAAG---A---AT--CATTTACA---G--------TT---GCGCGACAATAAATG
gi|19 : tatataaaatcactctctcaatctctggcaaattcagaacatAAACG----GACTA-----T--GCATGCATTACTC--A--TACAA-CA---TTAA--ATAATCAAAATG-AGAAGGTTC-TA-TTGTGCAATCAAC--ACCT----AAAATGCTTTCATTTTTGCCGAAAACAGCATG-----TAC-TGTTTA--TG--CTCAGCTCTGCGTTAACAg
gi|2 : atcAAGTGCTCAAAAGCACGCA--A----C-----TGTTAATGCCTTATCAAT-TTAAAAACACAATTCC------------A-------------------TTACCAATA------CT------TCCGTTGATAATG-CT---GGAGT--AA---A-T--TAGATTCCA--ATTTCC---TCCCCCGTACCGTATTGCGAGATTCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGACGATA---CT--------TGCATTTTTTG---G---T---A-------TT--T---GTT--------T-------CATACGTCTAACTATGACCTTAA-GTAAA-ATTTCAGAAA----CGGCTT----TGTAAT--AGTATATTTTAACGGTCATTTATT-T-T-AAATAATAACCA----GACAG-----C--GTATGCGTTGTTG--A--TAT-A-AAAC-TT----A-AAAATGAACGAGGAAGGATC-TAGATG-GCAGCCGGG--GCTG----GAAGTG-------TTTCGTCGATGGCACgtaaacacgt
gi|20 : tAATAAACT----GACTACCGTAT--GGATACATCGTT------TAT-A-CAACATTCA--T-AAGA-TAATGTGGAAGAATC-TGATTG-ATGGTTATA--GCCG----GAAGAACTCACAATTTCGCCAACGTCAC
gi|21 : ---GT--CATTCACA---AA-------TT---TTA------CAAATTTTATGTAA---AT--------TGTAATTATT---CA-----------------------G------------------CACA---------AAGACCTAAA-A-AAT-GTTAAAGAAATGGCC----T----TGT--T--A-TACATTTTAACACTCATa
gi|22 : TAAG-ATAAC-GTTTCGGAAA----C----TGCATTAT--T--A-TACATTTTCACGCTCATTTATT-T-C-AAATAATAGCTGATCTAACTA-----T--GC
gi|23 : attTCACAATGTCGCCGATATCACAATA-----GAC-TGTTAA--T
gi|24 : catagttctattttgaaATTTTCATGCTAATCAATTCC-T-AA-TAATAACAT----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-atcttgtta
gi|25 : TCAAAA-CACCAA--A----C-----TGGTAATGCATTGGCTAT-TT-------------C------------A-------------------acaacat
gi|26 : tgtacaT--CATTCACATTCAGTT-----TT---ATT------TAAATGAGAGGCCA---AT--------TATAATTATTGTACA---T---gaatgctaatccattat
gi|27 : CGCGATACGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--TATTCAt
gi|3 : tAAAGTGCTCAGACGCAAAAA--A----AAAAAATGCTAATGCATTGGCAAA-GT-------------C------------AA------------------TTGTCAATA------CT------TCCGTTCAAAATG-GT---GG--T--GA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---NNNAGC--CATTTATAAATA--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCGC---AG--------TGTAATAACTGCGCA---
gi|3 : ataatcTCTTTATGCTCATTTATTCC-C-AAA-AATAACCG----GGTTA-----T--GCATGTATAACTA--ACACA--A-CA---TTAA--A-AAAC-GAACGCAGGCGTCTC-TATATG-GCGGTCAAA--ATTGATTGGTAGTGCTTACAATTTCGCTGATGGAACCATA-----TATATACTAA--TGTTCT-------GCATTAACAaagccataatgatgttttctttatgctcatttattcccaaaaataaccgggttatgcatgtataactaacacaacattaaaaaacgaacgcaggcgtctctatatggcggtcaaaattgattggtagtgcttacaatttcgctgatggaaccatatatatactaatgttctgcattaacagtaa
gi|4 : ataatcaaagtgctcagacgcaaaaaaaaaaaatgctaatgcattggcaaagtcaattgtcaatacttccgttcaaaatggtggtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccatttataaatattatgtaaatgagaggcgcagtgtaataactgcgcaaagccataatgatgtttAAATGCTCAGAAGTACATA--A---------------ATGTATTGGCAATGTT-------------C------------AGAACGCAAACCTCC-----TT-TCAATA------CT------TCGGCTTGTAATG-TT---GA--T--NN---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNCGTATCTGA---G---GC--CATTCACA---G--------TT---TTG------TAAA-GAGCGGTTT---AT--------TGACAT-GTTGCGCAAACT---G-------TT------GTTGAGGATTAT-------CACATGTCTAACTAAGACCTGAC-ATACC-G--------A-------------------T--A-GACATTTTGACGTTCGTGTATTCC-T--AATAATAAACG----GACTA-----G--ACACA-ACCG-TG--AT-TAT----------------AAAAATAACGCGAAA--ATA-AAGTAA-GAGATCGAA--ACCG----GAATTGCTgtaa
gi|5 : AAAGAGCTTAGAAGTGCAGA--AAGTTC-----TGTCAAT-CAATAACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------TT------TCAGTTCATAATGACT---G---C--AA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNG---GT--CTTTCAAA---G--------TTTTTATG------TAAATGGGAGGCAA---TT--------TGTAATTATTGTACA---TC--G-------TT--T---TCT--------T-------------TTTG--------CTAGATATAAC-CTTTCAGAAA----CAGCCT----CGA--T--A-T-TATTTTATCGCCCATTTATTCC-C--AATTATAACCA----GACTA-----TACACATGTACTGCTG--AT-GCG-A-TA---TT-C--A-AATAACATTGTGAAAGGATCTTAGT
gi|6 : taaatcGAAAGTGCTCCGAACCACAGC--A----C-----TGTTAATGCATTGACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCATTTCATAATG-CT---TG--A--AA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---T---GT--CATTCACA---AATT-----TT---ATG------TAAATGAGAGGC-A---AT--------TGTAATTATTTCACA------------------------TT--------T-------CACACATATAACTGAGACCAAAA-TTAA--------------------------TGT--T--A-TACATGTTTATCCTCATTTATTCCTC-GA--AATAACTG----GACTA-----T--GCACGCATTACTG--AT-gat
gi|7 : aacCC-------TTATCCCGCGATCCGAT---T--------------------------------------CA---A--------TT---ATT------TAAA--AAAGGCAATACATTCATTTTATGTAATAATTGCGTA---T---AAATATGTTT--T---GTT--------T-------TACACGTCTAACTAAATCCCATA-ATAAA-GTTTCAGAAA----TGGCAT----TGT--A--A-TACATCTTCCCGCTTATTTCTTCC-C--AATGA-AATCG----CACTA-----T--GCATGC-TTGTTG--A--TACAA-CA---TTCA--A-ATTACGAATGCAGAAGCATT-TTGTTT-GCCGTTAAACTGCTA----GAAATG---------TTGCCGATGGCACCATT-----TAC-TTTTAATTTT--CT--G----ATTTTAACacaacatgtttaacaagaacttggaa
gi|8 : ATTATT----TTAAA---G---ATATCATTTATAC--A--------TTTT-ATG------TTGATATGAAGCAC---AT--------TGTCATTATTTTGCG---T---G-------TT--TTCTGTT--------T-------CTCAAATCTAA----GACTTAA---TAAA-----CAGGCA---------T----TGT--T--A-TACATTTTAATGCTTACGTATTAT---AAATGATAACTT----TACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-gataa
gi|9 : ATAATT-CT---GG--CGAAA---A-T--GTTGTTTTGT--TTTCCTG-CCTT-------GTATCCCTCAATCCGAA---GTTATTCAGTAAT----TCAAG---G---GT--CATTGATA---A--------TT---A------------------------------------GT-----TTGCATG---T---G-------TT--T---AT------------------A-ATGTGTACCTGAGACC-----------GTTTCAGAAA----CAGCAT----TG----------CATTTAAACGCT---TTATTTC-T-AA-TAAAAGCCG----TACCA-----T--GATTACTTTGTTT--GTATGT-AACA---TTGA--C-AAAC-GAACACGGAATGATC-TAGTTA-GCGGATAAA--GCAG----GAAATGCacaacatacacaatggaatgttgatggatatacttatgactaagttatattatatgctgaatatagatcagaatgtactgataattataaa
blockSeqs : G TC AAAAAA TG CAGAATGCAAATCCATAATAA ATTCGA GATAAT G A GGAGTAAATTAGATTCCAATTTCCTCCCCCGTACC C GTA CGTA NNNA AT AATTATATT TTT CGACAA A TAC TCATTTTA T TAATGTTGTTGTTTTTTTCCC C T CA TTATTG AA TC G T T TCG A GATCT CCGTA AC GC TATACAACATTCAT A AT T T CT ATTG C A A ACAAT A TT TT CAGCTCT A
blockSeqs : G . AGTTC T CAGAACGCAAACCTCC . . A . GACAGATAAGCGTCTGCACCCCCACCCCTC C . . NNNG . TTCAGTT TT . A . . T AACTGTTGTTGAGGATTAT T . C TATCCT . . . T T CA A A . AC . TATGTAACATTGAC T AT . . . . A A G . . . . G G
blockSeqs : A . C A AAAAACACAATTCCA . . A . GACGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . G . AATT . . A . . A TAAATATGTTTTGTTT T . A CGGCAT . . . G C TA A T . . . TACAACATTAAAT A AG . . . . C T G . . . . G A
blockSeqs : C . G T CAAAGGCACACCAA . . G . ACTGGAAATGCTATTCCGCTTTCCTGCCCC C . . T . AGTG . . A . . C TGTTTTCTGTTT C . C CAGCCT . . . C C CA A A . . . ATACATTATTTA T AA . . . . C A T . . . . . T
blockSeqs : A . C A CAA . . C . GGCGAAAATGTTGTTTTGTTTTCCTGCCTT G . . G . AAGT . . A . . T TATTTGTTTT C . C CGGCTT . . . C C TA A A . . . CACAACATTAAA A TG . . . . C A A . . .
blockSeqs : A . C T CA . . C . GGTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . G . AATA . . A . . C CAATGTGTTT T . A TGGCCT . . . A C CA A G . . . TACAACATTCAA G AT . . . . C A A . . .
blockSeqs : T . C T CA . . G . GATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . A . AATT . . C . . C TCGTTTTCTT C . T CTGCAT . . . A C TA A A . . . TACAACATCCA A AC . . . . C . A
blockSeqs : G . C A CA . . A . TGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . G . TA . . T . . T TATTTGTTT C . C CAGCCT . . . C C C A T . . . TTAACAACAAA A CG . . . . . . .
blockSeqs : G . . A CA . . A . GCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N . . G . AA . . A . . C CATTTTT A . C TGGCAT . . . C C C A T . . . TATAAAACTTA T T . . . . . . .
blockSeqs : A CA . . . . GGGGAAAATGCTATTCCATTTTCC C . . G . CA . . C . . C TGTTTAT T . C CAGCAT . . . T C T A G . . . TGCGATATTCA T G . . . .
blockSeqs : . . . AGAAATAATTCTCACCCC C . . T . A . . G . . T TTT . . A CT . . . G A C . G . . . TACAGCGTT A G .
blockSeqs : . . . G . G . . T . . C G . . A T . . . A T C . A . . . TTAT .
blockSeqs : . . G . A . . A . . . . . . . . . T . A . G . . .
blockSeqs : . . . G . . A . . . . . . . . . C . . . G . . .
blockSeqs : . G . . A . . A T . . .
blockSeqs : . A . . . . . A G . .
blockSeqs : . A . . . . .
blockSeqCons : TATTTGTTT********************************* CGGCNT******** CA** TACAACATTNAA*********
originalCons : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCA---T---G-------TT--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAA----C----T----TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--AT-TAT-A-CA---TTAA--A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
finalCons : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCATATTTGTTT---------------------------------CACACGTCTAACTAAGACCTAAA-ATAAC-GTTTCAGAAACGGCNT--------TGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCCCA--AATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTTG--ATACAACATTNAA---------AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA--GCCG----GAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 111111 111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222 333333333333 3333333333333333333333333333333333333 1111 22222 1111 11111 11 2222222
lowQualScore : 1 55 8888888888 77 9999999999999999999999999999999999999999999999 000000 000000 7 3 111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 0 555 5555 5555555 33 555555555555 666 666666 1 333 88888888 2 9999999999999999999999999999999999999 0 0 0 0 55 1 66 3 33 33 2 1 1 9999 0 55555 77777777 2 2 2 5555 33333 2 44 3 3 4444 6 0 44444 5 0 77 11 8888888 4
lowQualScore : . .. .......... .. .............................................. ...... ...... . . ................................................... . . ... .... ....... .. ............ ... ...... . ... ........ . ..................................... . . . . .. . .. . .. .. . . . .... . ..... ........ . . . .... ..... . .. . . .... . . ..... . . .. .. ....... .
lowQualScore : 4 55 5555555555 66 3333333333333333333333333333333333333333333333 555555 555555 2 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 4 000 7777 6666666 11 444444444444 999 444444 4 999 11111111 0 7777777777777777777777777777777777777 7 2 3 1 99 7 99 8 77 77 7 0 5 5555 8 66666 11111111 5 5 5 3333 66666 9 33 3 6 0000 6 9 33333 7 4 99 00 0000000 6
consensus : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCATA-------T-T--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAAATAACGTTTCAGAAAC-GGCNTTGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTT-G-ATACA-AC----ATTNA-A-AANAAGAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA----GCCGGAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
Reference ( family-86 ) : NGAAAGTGCTCAGAAGCACAGA--A----C-----TGTTAATGCATTGGCAAN-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATAATG-CT---GG--C--AA---A-T--GCTATTCCGC-ATTTCC---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCGCATA-------T-T--T---GTT--------T-------CACACGTCTAACTAAGACCTAAAATAACGTTTCAGAAAC-GGCNTTGT--T--A-TACATTTTNACGCTCATTTATTCC-C-AAATAATAACCG----GACTA-----T--GCATGCATTGTT-G-ATACA-AC----ATTNA-A-AAAAANAACGCGGAAGGATC-TAGTTG-GCGGTCAAA----GCCGGAAGTGCTCACAATTTCGCCGATGGCACCATA-----TAC-TGTTAA--TG--CT--G----GCGTTAACA
gi|1 : GAAAGTGCTCAGAAGCAAAAA--A----C-----TGTTAATGCATTGGTCAT-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------AT------TCTGCTTATGGTG-CT---GG--C--AA---ACT--CCTAATCCGCTATTTCC---CCCC-------GTATCTTGCGGTTATGT---TGTATTCGTTATT----TTAAA---G---GC--CATTCACA---A--------TT---GTG------TAAATGAGCGGTAA---TT--------TGTAATTACTGCGCATG-------T-T--T---ATT--------C-------CACACGTCTAACCAATACCTAAAATAAAGTTTAAGAAAC-----TTGC--T--A-TACGTGTTCACGCCTA---ATTCC-CAAAATAATAACCG----TACTA-----T--GCGTGTATCATT-G-AT-TATAC----ATTAA-A-AAAAAAAACACTGAAAGATC-TAGTTG-GCGGTCGAA----GCTGAAAATGTTCAAAATTTCGCCGATGGCACCAAA-----CAC-TATTAA--TG--AT--G----ACATTAATA
gi|10 : t---GT--CATTCATA---AATTATATTTT---GTA------TAAATGCGAGGCAA---AT--------TGTTATTATTGTGCATA-------T-T--T---GTT--------TT------CACACGTTTAACTGAGATCTAAAATAACATTTCAGAAAT-TATTGTGT--T--G-TACATTTTTACGCTGATTTATTTC-C--AATAATTAACA----AACTT-----T--GGATGCATTGTG-A-ATACA-TT----ATTT--A-GAAAATAATGCGAAATGATC-TAGATG-CTGACCAAA----GCCGGAAGTGCTCACAATTTTGCCGATGACAtgaaaggagaatta
gi|11 : AAAGGCAA---AT--------TGTAACTATTGTGTATAATGT---TGT--T---GTT--------TTTTTCCCCACATGTCTAACTAAATATTAAAATAAAATTTCAGAAAT-ATCCTTGT--T--A-AACATTTTTACACTCATTTATTTT----AATAATACCTT----GGCTA-----T--GCATGCATTATT-G-ATACA-AC----ATCC--A-AATAATAATGCGGAAGGATC-TGGTTG-t
gi|11 : GATGGCACCATA-----TGC-TGTTAA--cgatgatggcaccatatgctgttaagaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|12 : aaaggcaaattgtaactattgtgtataatgttgttgtttttttccccacatgtctaactaaatattaaaataaaatttcagaaatatccttgttaaacatttttacactcatttattttaataataccttggctatgcatgcattattgatacaacatccaaataataatgcggaaggatctggttgcgatAAAGTTCTCAGAAGCACAGA--A----C-----CGTAAATGCATTGACAA-------------------------------------------------------AATA------CT------TC-GTTCATAATG-CT---AG-----AA---A-T--A--ATTC-------TCA---CCCC-------GTATCCCGCGATCCGAC---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTTACA---AATT-----TT---ATG------TAAATTAAAGTCAA---CT--------TGTAAGTAGTGAGCACA-------T-T-------TT--------T-------CACATATCTAACCAAGACCTAAAATAACGTTTCCGAAAC-GGCATTGT--T--A-TTCATTTTGATACTCATgaaacagtaaatatgttcatttgatattataagt
gi|13 : atcAAGACCTAAAATAAC-----AGATAC-GGACTTGT--TTCA-TACATGTTCACGCTCATTTATTCC-C--AACAATCATCA----AACTG-----T--ACATACATTGTT-G-ATACA-GC----GTT--------AAGGCTGCAGAAGAGTC-TATTAG-GCAAGCATA----GCCGGAAGTG--CACAG----ACTGCTGGCACCATAACAATTAT-TATTAA--TG--CT--G----GCATTAACA
gi|14 : tatacatgttaccaaagtgcttagaagcataatgcttaatgcgcAAACTGCTCAGAAGCAGAGATCA----G-----TCTCGATGCATTGGTAAT-TT-------------CAAAGGCACACCAA-------------------ATGCTAATAATTCGACTGATAATTCGGTTCATAGTC-TT---GA--C--AG---A-TAAGCG--TCTGC-ACCCCCACCCCTC-------GTAGCCCGCGTTCCGAT---TTCATTCATTTGT----TCAAA---T---GT--CATTCACA---AGTG-----TT---ATG------TATATGAGAGACAC---AT--------T-CAATTGTCGgta
gi|15 : ttataaaaaTGTATTGGCAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TTACTTTATAATT-CT---GA--C--GANNNN-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---G---GT--TATTCACA---AAGT-----TT---CTG------TAAACGATGGG-AA---AT--------TGTTAGTATTta
gi|16 : CA---A--------TA---ATG------TGGATGAGAGGCAA---AT--------TGTAATTATTGCTCACAA------T-G--T---GTT--------T-------TTTACGTATGTCTGAGATCAAAAATAACGTTTCAGAAAC-AGCCTTGT--T--G-TACATGTTCACGCTCATCCATTCT-C--AATGGTAGCCA----GACTA-----TACGTATACATTGTT-G-------GC----ATTAACA-ACAAAAAATGCtgtaaacatatataaatagtgaaaatactattgtaatgtaagtgtatgttaacttactc
gi|17 : gtcattcacaataaaatttaatgttAAAATGCGCAAAAGCACAAA--T----C-----TGTTAATGCATTGGCAAT-TT-------------C------------AGAATGCAAATCCATAATAATTGT-AATA------TT------TAATTTAACAATG-CTACTGG-----AA---A-T--GCTATTCCGC--TTTCCTG-CCCC-------GTATC----------------TCATTCATTATC----TTAAA---G---GT--CATTCACAT--A--------TT---A--------TAAATGAGATGCCA---CT--------TGTTATAAT
gi|18 : aattAAA-TT-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCGGTTCATATTG-TTGG-GG--A--AA---A-T--GCTATTC--C-ATTTTC---C-----------TGTCCTGT-ATCTGATGTATTCATTCATTATG----TCAAG---A---AT--CATTTACA---G--------TT---GCGCGACAATAAATG
gi|19 : tatataaaatcactctctcaatctctggcaaattcagaacatAAACG----GACTA-----T--GCATGCATTACT-C-ATACA-AC----ATTAA-ATAATCAAAATG-AGAAGGTTC-TA-TTGTGCAATCAAC----ACCTAAAATGCTTTCATTTTTGCCGAAAACAGCATG-----TAC-TGTTTA--TG--CTCAGCTCTGCGTTAACAg
gi|2 : atcAAGTGCTCAAAAGCACGCA--A----C-----TGTTAATGCCTTATCAAT-TTAAAAACACAATTCC------------A-------------------TTACCAATA------CT------TCCGTTGATAATG-CT---GGAGT--AA---A-T--TAGATTCCA--ATTTCC---TCCCCCGTACCGTATTGCGAGATTCGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--CATTCACA---A--------TT---ATG------TAAATGAGACGATA---CT--------TGCATTTTTTG---GTA-------T-T--T---GTT--------T-------CATACGTCTAACTATGACCTTAAGTAAAATTTCAGAAAC-GGCTTTGTAAT--AGTATATTTTAACGGTCATTTATT-T-T-AAATAATAACCA----GACAG-----C--GTATGCGTTGTT-G-ATATA-AA----ACTT--A-AAAATGAACGAGGAAGGATC-TAGATG-GCAGCCGGG----GCTGGAAGTG-------TTTCGTCGATGGCACgtaaacacgt
gi|20 : tAATAAACT----GACTACCGTAT--GGATACATCGTT-T-ATACA-AC----ATTCA-T-AAGA-TAATGTGGAAGAATC-TGATTG-ATGGTTATA----GCCGGAAGAACTCACAATTTCGCCAACGTCAC
gi|21 : ---GT--CATTCACA---AA-------TT---TTA------CAAATTTTATGTAA---AT--------TGTAATTATT---CA------------------G------------------CACA---------AAGACCTAAAA-AATGTTAAAGAAAT-GGCCTTGT--T--A-TACATTTTAACACTCATa
gi|22 : TAAGATAACGTTTCGGAAAC-TGCATTAT--T--A-TACATTTTCACGCTCATTTATT-T-C-AAATAATAGCTGATCTAACTA-----T--GC
gi|23 : attTCACAATGTCGCCGATATCACAATA-----GAC-TGTTAA--T
gi|24 : catagttctattttgaaATTTTCATGCTAATCAATTCC-T-AA-TAATAACAT----GACTA-----T--GCATGCATTGTT-G-ATACA-AC----ATatcttgtta
gi|25 : TCAAAA-CACCAA--A----C-----TGGTAATGCATTGGCTAT-TT-------------C------------A-------------------
gi|26 : tgtacaT--CATTCACATTCAGTT-----TT---ATT------TAAATGAGAGGCCA---AT--------TATAATTATTGTACATgaatgctaatccattat
gi|27 : CGCGATACGAT---TTCATTCATTATT----TCAAA---G---GT--TATTCAt
gi|3 : tAAAGTGCTCAGACGCAAAAA--A----AAAAAATGCTAATGCATTGGCAAA-GT-------------C------------AA------------------TTGTCAATA------CT------TCCGTTCAAAATG-GT---GG--T--GA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---NNNAGC--CATTTATAAATA--------TT---ATG------TAAATGAGAGGCGC---AG--------TGTAATAACTGCGCA
gi|3 : ataatcTCTTTATGCTCATTTATTCC-C-AAA-AATAACCG----GGTTA-----T--GCATGTATAACT-A-ACACA-AC----ATT-A-A-AAAACGAACGCAGGCGTCTC-TATATG-GCGGTCAAAATTGATTGGTAGTGCTTACAATTTCGCTGATGGAACCATA-----TATATACTAA--TGTTCT-------GCATTAACAaagccataatgatgttttctttatgctcatttattcccaaaaataaccgggttatgcatgtataactaacacaacattaaaaaacgaacgcaggcgtctctatatggcggtcaaaattgattggtagtgcttacaatttcgctgatggaaccatatatatactaatgttctgcattaacagtaa
gi|4 : ataatcaaagtgctcagacgcaaaaaaaaaaaatgctaatgcattggcaaagtcaattgtcaatacttccgttcaaaatggtggtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagccatttataaatattatgtaaatgagaggcgcagtgtaataactgcgcaaagccataatgatgtttAAATGCTCAGAAGTACATA--A---------------ATGTATTGGCAATGTT-------------C------------AGAACGCAAACCTCC-----TT-TCAATA------CT------TCGGCTTGTAATG-TT---GA--T--NN---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNCGTATCTGA---G---GC--CATTCACA---G--------TT---TTG------TAAA-GAGCGGTTT---AT--------TGACAT-GTTGCGCAAA-------C-TGTT---GTTGAGGATTAT-------CACATGTCTAACTAAGACCTGACATACCG----A----------------T--A-GACATTTTGACGTTCGTGTATTCC-T--AATAATAAACG----GACTA---------------------G-ACACA-ACCGTGATT-A-T-AAAAATAACGCGAAA--ATA-AAGTAA-GAGATCGAA----ACCGGAATTGCTgtaa
gi|5 : AAAGAGCTTAGAAGTGCAGA--AAGTTC-----TGTCAAT-CAATAACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------TT------TCAGTTCATAATGACT---G---C--AA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNG---GT--CTTTCAAA---G--------TTTTTATG------TAAATGGGAGGCAA---TT--------TGTAATTATTGTACAT-------------C---GTT--------T-------T---CTTTTTGCTA-GAT-----ATAACCTTTCAGAAAC-AGCCTCGA--T--A-T-TATTTTATCGCCCATTTATTCC-C--AATTATAACCA----GACTA-----TACACATGTACTGCT-G-ATGCG-AT----ATTC--A-AATAACATTGTGAAAGGATCTTAGT
gi|6 : taaatcGAAAGTGCTCCGAACCACAGC--A----C-----TGTTAATGCATTGACAAA-TC-------------C------------A-------------------TTGTCAATA------CT------TCATTTCATAATG-CT---TG--A--AA---N-N--NNNNNNNNNN-NNNNNN---NNNN-------NNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNN----NNNNN---T---GT--CATTCACA---AATT-----TT---ATG------TAAATGAGAGGC-A---AT--------TGTAATTATTTCACA-------------------TT--------T-------CACACATATAACTGAGACCAAAATTAA------------------TGT--T--A-TACATGTTTATCCTCATTTATTCCTC-GA--AATAACTG----GACTA-----T--GCACGCATTACT-G-ATACA-AC----ATGTT-T-AACAAGAACTTGGAAgat
gi|7 : aacCC-------TTATCCCGCGATCCGAT---T--------------------------------------CA---A--------TT---ATT------TAAA--AAAGGCAATACATTCATTTTATGTAATAATTGCGTATAAATATGTT-T--T---GTT--------T-------TACACGTCTAACTAAATCCCATAATAAAGTTTCAGAAAT-GGCATTGT--A--A-TACATCTTCCCGCTTATTTCTTCC-C--AATGA-AATCG----CACTA-----T--GCATGC-TTGTT-G-ATACA-AC----ATTCA-A-ATTACGAATGCAGAAGCATT-TTGTTT-GCCGTTAAACT--GCTAGAAATG---------TTGCCGATGGCACCATT-----TAC-TTTTAATTTT--CT--G----ATTTTAAC
gi|8 : ATTATT----TTAAA---G---ATATCATTTATAC--A--------TTTT-ATG------TTGATATGAAGCAC---AT--------TGTCATTATTTTGCGTG-------T-T--TTCTGTT--------T-------CTCAAATCTAA----GACTTAA---------T---AAACAGGCATTGT--T--A-TACATTTTAATGCTTACGTATTAT---AAATGATAACTT----TACTA-----T--GCATGCATTGTT-G-ATACA-AC----ATgataa
gi|9 : ATAATT-CT---GG--CGAAA---A-T--GTTGTTTTGT--TTTCCTG-CCTT-------GTATCCCTCAATCCGAA---GTTATTCAGTAAT----TCAAG---G---GT--CATTGATA---A--------T------------------------------------------TAGTT--TGCATGTG-------T-T--T---AT------------------A-ATGTGTACCTGAGACC---------GTTTCAGAAAC-AGCATTG----------CATTTAAACGCT---TTATTTC-T-AA-TAAAAGCCG----TACCA-----T--GATTACTTTGTTTGTATGTA-AC----ATTGA-C-AAAC-GAACACGGAATGATC-TAGTTA-GCGGATAAA----GCAGGAAATGCacacaatggaatgttgatggatatacttatgactaagttatattatatgctgaatatagatcagaatgtactgataattataaa