lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222 1 222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 111111111111 11111 1
lowQualScore : 1 1 22 3 1 77 7 22 22 6666666666666 1 6 66 1 444 22 1 555555 555555 4444 5 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22 5555 8888 2 666666 1 1 1 88888 55555555 9 111 111 111111111111 111 3 1 11111 2 4 2
lowQualScore : . . .. . . .. . .. .. ............. . . .. . ... .. . ...... ...... .... . .................................................................................................................................................. .. .... .... . ...... . . . ..... ........ . ... ... ............ ... . . ..... . . .
lowQualScore : 3 9 66 1 8 99 3 55 55 5555555555555 8 6 88 8 333 88 2 666666 888888 5555 7 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 99 4444 2222 2 888888 6 4 3 44444 33333333 6 999 999 111111111111 999 6 1 66666 5 4 6
consensus : CCCGA-GGT--TATAAAA-C-NTT-T--T--TC------------ATGCTC-AACTCA--A-A---TT--CGT-----GCTC------AA----AACACAAT-TTCTAG----GATTCATATA-A-AA----C-----N--------CAATTTAAAGC----GCAAA-CACTT-GACTNGGCCTCGAATTTGAAAGTAT-TAATGC----AGATTT-G-AGGTAGAAAGTTA-ATGTT-TTTACG-TTTA-TTTTGTTA-T--A----ATGA-GTC----CAT-TC-G-T---T-TTTGAGTT--------GAGCATGAAATCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A---ANAA-AGT----TTT-ATAACCTCGGACC
Reference ( gi|5 ) : CCCAA-GGT--TATAAAA-C-ATT-T--T--TT------------ATGCTC-ATCTCA--A-A---TT--CGT-----ACTC------AA----AACACAGT-TTCTAG----GAGTCACATACA-AA----C-----C--------CAATTTAAAGG----GCAAA-CACTT-GCCTAAGTCTGGAATTTGAGAGTAT-TAATGC----AGATTT-G-AGGTAGAAAATTATATGTT-TTTAGG-TTTA-TTTTGTTA-T--A----ATGA-GTT----AAT-TC-A-T---C-TTTGAGTT--------GAGCATGAAGTCTTGAGTTGAG---CA---TAG----------A---AAAA-AGA----TTT-ATTACCTCGGGCC
gi|15 : CCCGA-GGT--AATAAAA-C-CTT-T--G--TT------------ATGCTC-AAACCA--A-A---TT--AGT-----ACTT------TA----A-CATAAT-TTC------------ACATATA-A-----------------------TGTAA-------------CACTT-GATTCAACCTTGAAGTTGAAAATAA-TTATTC----AGATTT-G-AG--------TTACATGTA-TGTACA-TTTT-TTTTATTA-TAGA----AAGATGTT----A--------------TTTGAGTT--------AAGCAT
gi|13 : ctggtCCCGA-GGT--TATAAAA-C--TT-TAGT--TA------------ATGCTC-AACTCA--A-A---ATGACAT-----GCTCAATAAAAA----AACACA
gi|46 : aaaacatacatcgaagtataatcacttgagttcacctccaatttcaaaatttaatatacaatgcagattggaggtataattttttcattaatttatatgtgtaaatattatattCCCGA-GGT--TATGAAA-T-ATT-T--T--TC------------ATGCTC-AACTCA--A-A---Tccc
gi|8 : ctcgcCCGA-GGT--TAT-AAA-T-ATT-T--T--TTCC----------AAGCTC-AACTCA--A-GAT-TT--CAT-----TCTC------AA----
gi|21 : aaatgtaacctggccccaaaacatacaacgtacaaccccaacttaaagcgcaaacacttgactaggtctcaaattttagagtattaatgcagaattgaggtagaaaattatacgtatgtacatttattttgttacaatgagttgattcatctttgagCCGA-GGT--TAT-AAA-C-ATT-T--T--TTCC----------GTACTC-AACTCA--A-GAT-TT--CAT-----GCTC------AA----ttc
gi|38 : atgagtcgattcatctttgagCCGA-GGT--TAT-AAA-T-ATT-T--T--TTCC----------ATGCTC-AACT-A--A-AGATTT--CAT-----GCTC------AA----acc
gi|34 : tctttgagCCAA-GGT--TATAAAT-T-TTT-T--T--TTCC----------ATGCTC-AGCTCA--A-GAT-TT--TAT-----GCTC------AA----act
gi|29 : acctttgagCCGA-GGT--TACAAA--T-ATT-T--T--TTC-----------ATACTC-GACTCAAGA-A---TT--CATGATTAACTC------AA----Aatc
gi|4 : gtcgtcCCGA-GGT--TCTTA---C-ACT-G--G--TC------------ATGCTC-AACTCA--C-A---TT--TAT-----ACTC------AA----GACAT--T-TCCTAG----GCTTGATATAAA-AA----C-----TA-------GAATTTAAAGC----GAAAA-CACGT-GACCAAGCC--------------AT-GAATGC----AGAC-----AGGTA------------TT-TTCATG-TAT--TTTTCTTA-T--ATG--ACGA-GTG----CAT-TT-G-T---T-TTTGCGTT--------GAGCGTGAacccag
gi|35 : gactCCAA-GTT--TATAAAA-C-TTTGT--T--TC------------ATGCTC-AATTCA--A-GAT-TT--CAG-----GCTC------AA----gtgcaattgtttttgcattgagcgtgagtgcatttatttttgctttgagcgcggagtcttgagttgagcatgaacaaagtcttataccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|28 : tcattttttagCCAATGGT--TATTAAA-C-ATTGT--T--CC------------CTACTC-AGTTCAAGA-A---TT--CAT-----GCTC------AACTTTAACACAa
gi|22 : tccattCCAA-GGT--TATTAAA-CTGTT-T--T--TC------------ATGCTC-A--GCA--A-A---Ta
gi|4 : tgtaatgagcacatttgtttgaaatCAA-TGTGGTATAAGA-C-TTT-G--T--TC------------ATGCTC-AACTCA--A-GAC-TC--CGC-----GCTC------AA----AGCAaccaaggtgta
gi|36 : gactccgaggttcttacactggtcatgctcaactcacatttatactcaagacatttcctaggcttgatataaaaactagaatttaaagcgaaaacacgtgaccaagccatgaatgcagacaggtattttcatgtatttttcttatatgacgagtgcatttgtttttgcgttgagcgtgagtgcaattgtttttgcattgagcgtgagtgcatttattttCGA-GAT--TATAAAA-C-TTTGT--C--CT------------ATGCTC-AACTCAC-A-AT--TT--CAT-----GCT--------A----AACTCAAT-aactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|10 : tttgtgCGA-GGT--TAAAAAA-T-ATT-C--A--AA------------ATGCTCGATCC----A-A---TT--TAT-----GTTC------AA----A-CACAAT-TTAGAA----GATTCATATA-A-AA----C-----------------------------ACAAA-CA-----------------ATTTGGAAGTAT-TA-------------------GTAGAAAGTTAAAT----TGCA-----TA-TTTTGATA-A--A----ATGA-GTC----CAT-TC-A-TTTCC-TTT---TC--------GAATATGAACTTTTGAGTTGAG---CT---TGT----------A---ACAC-A-A----TTTAATGACTTCAGACCc
gi|32 : CGA-GGT--TATGAAA-C--TT-T--T--TTGAGTTCGATTTCATGCTC-AACTCA--A-AGT-TT--TGT-----GCTC------AA----
gi|6 : ttgagA-GGT--TATAAAA-C-CTT-T--T--TTC-----------ATGCTC-AACTCA--A-A---TT--CGT-----ACTC-------A----AACATAAC-TTCCAG----AATTCATA---A-AATATTC-----A--------CAAATTAAAGC----CCAAA-CACTT-GATTTGGCCTCAAATTTCAAAGTAT-TAATAT----TGATTT-G-AAGTAGAATATTACATTTT-TTTA---TTTA-TTC--TTA-C--A----ATGA-GTC----CAT-TC-A-T---T-TTTTGGTT--------GTGCATGAAATATTGTGTCGAG---TG---TGG----------A---AGAA-AGT----TTT-ATAACCTCGGACC
gi|9 : agA-GGA--TATAAAA-C-TGT-T--T--TC------------ATCCCC-AACTTG--G-A---TT--CAT-----ACTC------AA----AATGCATT-TTCTAA----TATTCATATA-A-AA----C-----A--------CAAATTGAAGC----ACAAA-CACCT-GACTTGGCCTCGATTTTGAAATTAT-TAATGC----AGATTT-ACAGGT------TTTTATGTC-TTT----TTT--TTCTG--A-T--A----ATGA-GCC----CAT-TC-G-T---T-TTTGAGTT--------GAG-ATGGAATATTG
gi|7 : tccA-GGT--TATAAAC-T-GTT-T--G--AC------------ATGCTC-AATTTA--A-C---TT--TGT-----ACTC------AA----A-CATAATATCCTGGCTTCGTATCATAAAAA-AA----CAAAAACAAAAAAAACAATAAAAAAGCAATGCAAA-CACTTTGACTCGGCCCCAAATTTAA-------------------ATTT-G-ATGAAGAA----------T-TTGAG---TTA-TTTTGTTA-T--A----ATGA-ATT----TAT-TC-A-T---CGTTTTAGCT--------CAGCATGAATCCTTGAGTTGAG---CACTGTGG----------A---ACAA-AG------TT-ATg
gi|39 : atA-GGT--TATATAA-C-TTTGT--T--CT------------ATGCTC-AACTTA--ATAT--TT--CAT-----GCTC------AA----ataa
gi|42 : ttttgagA-GGT--TATAAAACC-ATG-T--TCGTTCC----------ATGCTC-AACTCA--A-GAT-TT--CAT-----ACTC------ctgac
gi|12 : ggtctgAA-C-ATG-T--T--C-------------ATGCTT-AGATAA--A-A---TT--CGT-----ACT-------GA----AACACA-----------------CAAATCCAGAA----T-----T--------CAATTAAAAAG----ACAAATCA--------AAAAC-GCAATT-----GCAT-GACTG------GGTCTCG-AAGTCGAAG-------GAT-TTTACA-TTTG-TTTTGTTA-T--A----ATGA-GTT----TAT-TC-G-C---T-TTTGAGCT--------GAGCAGAAACTCTTGAGGTGAG---CA---TAG----------A---TGAA-AGta
gi|8 : ACGTACA-AC----C-----C--------CAACTTAAAGC----GCAAA-CACTT-GACTAGGTCTCAAATTTTAGAGTAT-TAATGC----AGAATT-G-AGGTAGAAAATTATACGTA-TGTACA-TTTA-TTTTGTTA-C--A----ATGA-GTT----GAT-TC-A-T---C-TTTGAGTT--------GAGAATGAAATCTTGAGTTGAG---CT---TGG----------A---AAAA-ATA----TTT-ATAACCTCGG
gi|14 : aaatgtaacctggccccaaaacataca-CAGTT-GCTTG-GCCTCAAATTTAAAAGTAA-TATTGC----AAATAT-G-TTGTAGAAAGTTAAAGACA-TTTACA-CTTATTTTTGTTA-T--A----ATTA-GTA----TAT-TA-A-T---G-GTTTAGTTTC------AATCATGTAATCTAGAGTAGAG---CA---TTG----------A---ACAC-AGT----TTT-ATAATGTCGGTCCttc
gi|13 : catatattaaaacatcacAATTTAA---TATACAATGC----AGATTG-G-AGGTATAA--TT-----TT-TTCA----TTA-ATTTAT-----------ATGT-GTA----AATATT-A-T---A-TTTGTGTTTTTTTATTGAGCATGTCATTTTGAGTTGAG---CA---TTA----------A---CTAA-AGT----TTT-ATAACCTCGGGCCct
gi|6 : aaaacatacatcgaagtataatcacttgagttcacctccaatttcaaAATAT-TAATACTTTGAAATTT-G-AGGCC--AAATCAAGTGTT-T--GGGCTTTA-ATTTGTGAAT--ATTTTATGA-ATTCTGGAAG-TT-A-T---G-TTTGAGT-------------ACGAA--TTTGAGTTGAG---CA---TGA----------A---AAAA-GGT----TTT-ATAACCTCc
gi|17 : aTAT-TAATTC----AGATTT-T-AGGTAGAAAGTTAGAGGGTAGTTGAA-TTTA-CTTCCTTA-T--G----ATGA-GTC----CGT-TT-G-T---T-TTAAAGTT--------AAGCATGAAACCTTGAGTTGAG---CA---ACG----------A---ACAA-AGgatttgaagtagaatattacatttttttatttattcttacaatgagtccattcattttttggttgtgcatgaaatattgtgtcgagtgtggaagaaagttttataacctcggacc
gi|19 : TTA-TTTTGTTA-C--A----GTGA-GTC----CAA-TC-A-T---T-TTTGAGTT--------GAGCACAAATTCTTGAGCTAAA---CA---TTG----------A---AACATAGT----TTT-ACAACCACGGACCttcaaaaaccttggac
gi|20 : TA-TTTTATTA-A--A----ATAA-GTC----CAT-TCTA-T---T-TTAAAGTT--------GAGCATGAACTCTTGCGTTGAG---CA---TGG----------A---CACT-ACA----TTT-ATAAGCTCGG
gi|18 : A-TTTCGTTA-T--A----ATGA-GTC----TAT-TC-ATT---T-TTTTTGTT--------GACCAAGCATTTTTGAGTTGAT---CA---TCA----------A---ACAG-AGT----TTT-ATAACCCCa
gi|21 : a----ATGA-GTC----GAT-TC-A-T---C-TTTGAGTT--------GAGCATGAAATCTTGAGTTGAG---TA---CGG----------A---AAAA-ATG----TTT-ATAACCTCGGACCaagatcaggtat
gi|24 : ----ATGA-GTC----CAT-TT-G-T---T-TTTGCGTT--------GATCA-GAAAACTTGAGTTAAA---CA---TAG----------G---ACAA-AGT----ATT-ATAACCGCG
gi|4 : TGA-GTG----CAT-TT-A-T---T-TTTGCTTT--------GAGCGCGGAGTCTTGAGTTGAG---CA---T-G----------A---ACAA-AGT----CTT-A-TACC
gi|27 : gactccgaggttcttacactggtcatgctcaactcacatttatactcaagacatttcctaggcttgatataaaaactagaatttaaagcgaaaacacgtgaccaagccatgaatgcagacaggtattttcatgtatttttcttatatgacgagtgcatttgtttttgcgttgagcgtgagtgcaattgtttttgcattgagcg----AAT-TC-G-T---T-TTTCAGTT--------AAGCGTGAAGTCCCGAGTTGAA---AA---TGG----------A---ACAA-AGT----CTT-ACAACCTCGacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|31 : ----AAT-TC-A-T---T-GTTTAGTT--------CAGCCTGAAATCTTGGGTTGAG---CA---T----------------TACA-CGT----TTT-ATAGCCTCGGtacct
gi|28 : AT-TT-G-T---G-TTAAAGTT--------GAGCATGAATTCTTGAACTGAG---TA---GGG----------A---ACAA-TGT----TTA-ATAACCaac
gi|33 : tccT-TC-A-T-----TTTAAGTT--------GAGCATGATTTCATAAGTTGAT---CA---TGG----------A---GAAA-AGA----TTA-ATTACCTCGGAattgga
gi|41 : T-TC-A-C---T-TTTTAATT--------GAGCATGAAATCTTAAATTGAG---CA---TGG----------A---A
gi|29 : -TC-G-T---C-TTTGAGTT--------AATCATGAATTCTTGAGTCGAG---TA---T-G----------A---AAAA-ATA----TTT-GTAACCTCGGACCgttgtataacctgag
gi|35 : g-TC-A-T---T-TTTTAGTT--------GAGCCTGAAATCTTGAATTGAG---CA---TGA----------A---ACAA-AGT----TTT-ATAAACTTGGcag
gi|37 : C-A-C---T-TTTAAATA--------GAGCATGAACTCTCAAGCTGAC---CA---TGG---------------AAA-AGG----TTT-ATAACCTCTGACCa
gi|44 : C-G-T---T-TTTGAGTT--------GCGCACAAACTCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A---ACAA-A
gi|34 : -A-C---C-TTTGAGTT--------GAGCATAAAATCTTGAGCTGAG---CA---TGGA---------A---AAAA-AAA----TTT-ATAACCTTGGctttcatag
gi|38 : -T---C-TTTGAGTT--------GAGCATGAAATCTTTAGTTGAG---CA---TGG----------A---AAAA-ATA----TTT-ATAACCTCGGAatc
gi|30 : -T---T-TTTGAATT--------GAGCATGAACCAATGAGTAGAG---CG---TGG----------A---ATAC-ATT----TTT-ATAATTTCGGACCt
gi|39 : -TTTGAGTT--------GAGCATGAAATATTAAGTTGAG---CA---TAG----------A---ACAA-AGT----TAT-ATAACCTCcag
gi|25 : t-TTTGGGTT--------GAGCATGAACTCTTCAGCTGAGAATCA---TGG----------GACCAAAG-AAA----TTT-ATAACCTTTGACCtgac
gi|40 : t-TTTGAATT--------GAGCATGGAATCTCGAGTTGAG---Cctg
gi|43 : cgat-TTTGAGTT--------GAGCATGAAACCTTGAACTTAG---C----TTG----------G---AACA-AGT----TTT-AGAACCTgagagttttataagcgctgaccat
gi|36 : tTTGAGTT--------TAGCATGAAATTGTGAGTTGAG---CA---TAG----------G---ACAA-AGT----TTT-ATAATCTCGa
gi|32 : tttgtgaTTGAGTT--------GAGCACAAAACTTTGAGTTGAG---CA---TGAAATCGAACTCA---AAAA-AGT----TTC-ATAACCTCGc
gi|26 : TT--------GAGCATGAACAACTGAGTTGAA---CC---GGG----------A---ACAA-AGT----TTA-ATAAACTCGGG
gi|42 : tctatttgttttagatt--------GAGTATGAAATCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A---ACGA-ACATGGTTTT-ATAACCTCAGACC
gi|15 : TTGGTTTGAG---CA---TA-----------A---CAAA-GGT----TTT-ATTACCTCGGGta
gi|46 : ctggtTTGAGTTGAG---CA---T------------G---AAAA-ATA----TTTCATAACCTCGGGattagtactttaacataatttcacatataatgtaacacttgattcaaccttgaagttgaaaataattattcagatttgagttacatgtatgtacattttttttattatagaaagatgttatttgagttaagcat
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATTTGTGAATCTTGTTAAATAAATATTAAACAAAGAATATTAATGCATGTTAAATGCAATATTTAAGATAACAATGTAAGTTCTTGAATACAAACAATTTGGTATGACATGGACTTAAAACAAACAATAAGTCAAGATAACACTTGTATATTATTTTCATAAAATATATTAACTTTAACTTTCAGATATTATCTTTTGGAAACTACATTATGTTCAAATAAATATATATATATATGCTTATCAACATAAACGTGGGGCAGTAGGCTTGTGGATAAAGTGTTGGCTGCTCATGCCAGAGGCTGTATATTCAATCCCCAGCTTGAGCAGATGCCTCTCATAAAACAACAGACAACAGGAAACAGATTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTTTGAATTTTCTTCACAATCGAACAAAAATAAACTAGAATAGGTCTACACTAATATTCGTCTCATTTTAATAATAAGTTCTGACACTTAATACTTGTTATAACTATTTAGTTCAAAATACATGACTTTGTATATCCATACAAATATAGTCAAGAACTGTCA
Unaligned ( gi|2 ): TGTACTACGAACAAAGTCCCTGACAAAAAACATAGCGGGGCGGTAGTATAATATAAAGTGTGTTGGCCGCTCATGCCAGAGGTTGCGGGTTCGATACCCCGCTCGACCCGATGCTCTCATAAAACAGCACTCAGTACTGATTCTAACCAGGAGGTGGACTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTATAAGCTTTCATCGCAATCGAGCTAAAATAAATTACTAGTATAAACTAAAAACATGTTGTTTTTTTCATTAGATTTTATTTGGTATTTTCGCTGAAACAATTCTATTATCTAACATAATAGGAGATATTCAGTGCAAAAAAATGACCTTCATTGTATATTAACATATTGATGAATATTAGTCTAGTAAACGTCTTAACATACAAAACTAATTTTCTCTTGTCCTAAATTTAAGGATTAATAAATTGAAAGTTTCTTTATACTCA
Unaligned ( gi|3 ): TCACAGAGCCAAAATGGGAAAGTGTTGTCCACTCAAACTTGAGGGCTTGATCTCAAGCTCAACCTGATGACCTTTCAAGAAACAACATTCAATACTGGTTTTATCCTGGAAGCAGACTCAAGACCAGTTCAGGTAAGTTCTGATTTTTCTTTTACAATTGACCTAAAATAAATTAGCAAAACTATAACAAACCCAAAGTAACCACAGATATCAACATTTGATTTTAACAAACTTAAAGTCCTTAATCATGTACTCAAGTTGATTTAAAATATTTTGCTTTTACATTTGAATAAATCAATAATGCATCTGTGAAAATTTCAGAAGAGTCCAACGTGTGGTTTCTAAAAAGAAATTGCTTAAAAACAAACTCAAATTT
Unaligned ( gi|11 ): ACCCATACTTTCATGAACAACAGTACTAGTTCTACTTGGGAAACGAACCCGAACCCGTTAGTGATTCATATTAGCTTTCGAGCTCTCTTCGCAACAAAGCTAAAATATCATAATACAGAGAACTGCGTATACTAAAATCTATTAACACGTTATATTCCAACATTTTGCCATTATCGCTTAAACATTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCACAATGAATTCCAACTGGTATCTAAAGAAGACAGGTTATATAACATATAATTGTACTGGACAGGGAGTTGGCTGCTCATGCTACAGGTTGTGTGTTTGATCCCGGGCTCAACATGTTTTGTGCTTTCACGAGAAACAC
Unaligned ( gi|23 ): TCATACGAGTTTTGATCGTTTTTTTCACAATCGAACAAAAGCAAATTGGTATAAGCTTAAACTATTGTT
Unaligned ( gi|45 ): ATTGAGTCAAGTATGGAACATAGTTTTATAATCTTGAACCCAGG
Alignments
lowQualScore : 22 1 222222222222222222222222222222222222 11111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 5 1 4 2 4 00 0 0 0 66 777777777777777777777777777777777777 66666666 1 3 2 44 2 55 3 88888 3 44 1 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 2 0 333 1 222 444 0 1 22 222 111 333 8888888888 2222 1 1 2222 1
lowQualScore : . . . . . .. . . . .. .................................... ........ . . . .. . .. . ..... . .. . . ........................................................ ... . . ... . ... ... . . .. ... ... ... .......... .... . . .... .
lowQualScore : 9 9 4 9 0 55 0 2 1 99 333333333333333333333333333333333333 55555555 2 6 0 77 6 66 6 33333 3 66 0 3 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 5 1 999 5 111 333 3 1 55 555 999 000 5555555555 3333 8 1 3333 2
consensus : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------------A-AAA--CA-------C---AANTTAAA-GC---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTT-GA-AAGT-----AT-T--AATGCAGA-TTT-GAGGTA-GA-AAGTTA-AT--G-TNT--TTACG--TTTA----------------TTT---TGT-TATAA---TGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-A-TCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A----ACA-AA----GTTTTATAACC-TCGGACC
Reference ( family-853 ) : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTGCTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------------A-AAA--CN-------C---AATTTAAA-GC---GCAAACACTT-GACTNGGCCTCGAATTT-GA-AAGT-----AT-T--AATGCAGA-TTT-GAGGTA-GA-AAGTTA-AT--G-TTT--TTACG--TTTA----------------TTT---TGT-TATAA---TGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-A-TCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A----ANA-AA----GTTTTATAACC-TCGGACC
gi|10 : CGAGGTTAAAAAATATTCAA-AATGCTCGA-TCCAATTTATGTTCAAA--CACAATTTAGAAGATTCA--TAT------------A-AAA--CA-------C-------------------AAACA-----------------ATTT-GG-AAGT-----AT-T--A---------------GTA-GA-AAGTTA-AA---------TTGCA--T--A----------------TTT---TGA-TAAAA---TGAGTCCATTC-AT---TTCCTTT----TC--GAATATGAA-C-TTTTGAGTTGAG---CT---TGT----------A----ACA-CA----ATTTAATGACT-TCAGACC
gi|12 : TT-CATGCTTAGATAAAATTCGTACTGAAACACACAAATCC-AGAATTCAATTA-------------A-AAA--GA-------C---AAATCAAA---------AACGC---------------AATT-------GC-----AT-G--ACTG--GG-TCTCGAAGTC-GA-AGG----AT------T--TTACA--TTTG----------------TTT---TGT-TATAA---TGAGTTTATTC-GC---T---TTTGA-GCT--GAGCA-GAA-ACTCTTGAGGTGAG---CA---TAG----------A----TGA-AA----G
gi|13 : aacatg------------A-AAA--CA-------T---ACATCGAA-GT---ATAATCACTT-GAGTTCACCTCCAATTT-CA-AAATTTAATATAC--AATGCAGA-TTG-GAGGTA--------TA-AT----TTT--TT-CA--TTAA----------------TTTATATGTGTA-AA---T-ATTATATTT-GTGTTT---TTTTA--TT--GAGCATGTC-A-TTTTGAGTTGAG---CA---TTA----------A----CTA-AA----GTTTTATAACC-TCGGGCC
gi|14 : TTAAA-AC---ATCACCAGTT-G-CTTGGCCTCAAATTT-AA-AAGT-----AA-T--ATTGCAAA-TAT-GTTGTA-GA-AAGTTA-AA--GACAT--TTACA--CTTAT---------------TTT---TGT-TATAA---TTAGTATATTA-AT---G---GTTTA-GTTTCAATCATGTA-A-TCTAGAGTAGAG---CA---TTG----------A----ACA-CA----GTTTTATAATG-TCGGTCCc
gi|15 : catataCCCGAGGTAATAAAACCTTTGT-TATGCTCAAACCAAATTAGTACTTTAA--CATAATTTC----A--CA--TAT------------A-A-------------------TGTAA------------CACTT-GATTCAACCTTGAAGTT-GA-AAAT-----AA-T--TATTCAGA-TTT-G----------AGTTACAT--G-TAT--GTACA--TTTT----------------TTT---TAT-TATAG---AAAG---AT---GT---TA--TTTGA-GTT--AAGCATct
gi|17 : ctggtT-----AT-T--AATTCAGA-TTT-TAGGTA-GA-AAGTTA-GA--G-GGTAGTTGAA--TTTA----------------CTT---CCT-TATGA---TGAGTCCGTTT-GT---T---TTAAA-GTT--AAGCATGAA-A-CCTTGAGTTGAG---CA---ACG----------A----ACA-AA----GTTCAAAAACC-TTGGAC
gi|18 : A----------------TTT---CGT-TATAA---TGAGTCTATTC-AT---T---TTTTTTGTT--GACCAAGCA-T-TTTTGAGTTGAT---CA---TCA----------A----ACA-GA----GTTTTATAACC-CC
gi|19 : aTTA----------------TTT---TGT-TACAG---TGAGTCCAATC-AT---T---TTTGA-GTT--GAGCACAAA-T-TCTTGAGCTAAA---CAT--TGA----------A----ACA-TA----GTTTTACAACC-ACGGACCaagatcaggtat
gi|20 : TA----------------TTT---TAT-TAAAA---TAAGTCCATTCTAT---T---TTAAA-GTT--GAGCATGAA-C-TCTTGCGTTGAG---CA---TGG----------ACACTACA---------TTTATAAGC-TCGGA
gi|21 : A---TGAGTCGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-A-TCTTGAGTTGAG---TA---CGG----------A----AAA-AA----TGTTTATAACC-TCGGACC
gi|22 : -TGTAA---TGAGCACATTT-GT---T---T----------------GAA-A-TATTT-GCTGAG---CA---TGA----------A----AAA-CA----GTTTAATAACC-TTGGACC
gi|24 : A---TGAGTCCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GATCA-GAA-A-ACTTGAGTTAAA---CA---TAG----------G----ACA-AA----GTATTATAACC-GCGaaggtgta
gi|25 : ---T---TTTGG-GTT--GAGCATGAA-C-TCTTCAGCTGAGAATCA---TGGGACCA-----A----AGA-AA------TTTATAACC-TTTGACC
gi|26 : TCTATTT-GT---T---TTAGA-TTTT-GAGCATGAACA-AC-TGAGTTGAA---CC---GGG----------A----ACA-AA----GTTTAATAAAC-TCGGGCctg
gi|27 : ATTC-GT---T---TTTCA-GTT--AAGCGTGAA-G-TCCCGAGTTGAA---AA---TGG----------A----ACA-AA----GTCTTACAACC-TCGTACC
gi|28 : aTCCATTT-GT---G---TTAAA-GTT--GAGCATGAA-T-TCTTGAACTGAG---TA---GGG----------A----ACA-AT----GTTTAATAACCATTGGAt
gi|29 : TC-GT---C---TTTGA-GTT--AATCATGAA-T-TCTTGAGTCGAG---TA---T-G----------A----AAA-AA----TATTTGTAACC-TCGGACC
gi|30 : gT---T---TTTGA-ATT--GAGCATGAA-C-CAATGAGTAGAG---CG---TGG----------A----ATA-CA----TTTTTATAATT-TCGGACCcag
gi|31 : ATTC-AT---T---GTTTA-GTT--CAGCCTGAA-A-TCTTGGGTTGAG---CA---T------------------TACAC----GTTTTATAGCC-TCGGAcag
gi|32 : aTTGA-GTT--GAGCACAAA-A-CTTTGAGTTGAG---CA---TGAAATCGAACTCA----AAA-AA----GTTTCATAACC-TCGac
gi|33 : ---T---TTTAA-GTT--GAGCATGAT-T-TCATAAGTTGAT---CA---TGG----------A----GAA-AA----GATTAATTACC-TCGGAC
gi|34 : ttca---TTTGA-GTT--GAGCATAAA-A-TCTTGAGCTGAG---CA---TGGA---------A----AAA-AA----AATTTATAACC-TTGGATC
gi|35 : accTC-AT---T---TTTTA-GTT--GAGCCTGAA-A-TCTTGAATTGAG---CA---TGA----------A----ACA-AA----GTTTTATAAAC-TTGGA
gi|36 : TTGA-GTT--TAGCATGAA-A-TTGTGAGTTGAG---CA---TAG----------G----ACA-AA----GTTTTATAATC-TCG
gi|37 : tttgtga---T---TTTAA-ATA--GAGCATGAA-C-TCTCAAGCTGAC---CA---TGG----------A------A-AA----GGTTTATAACC-TCTGACCc
gi|38 : cacT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-A-TCTTTAGTTGAG---CA---TGG----------A----AAA-AA----TATTTATAACC-TCGGAC
gi|39 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-A-TATTAAGTTGAG---CA---TAG----------A----ACA-AA----GTTATATAACC-TCTGACt
gi|4 : CCGAGGTTCTTACAC--TGGT-CATGCTCAACTCACATTTATACTCAAG-ACAT--TTCCTAGGCTTGA--TAT------------A-AAA---A-------CTAGAATTTAAA-GC---GAAAACACGT-GACCAAGCCATGAATGCAGACAGGT-----AT-TTTCATGTATT-TTT-CTTATATGACGAGTGC-ATTTG-TTT--TTGCG--TTGAGCGTGAGTGCAATTGTTTT---TGC-ATTGAGCGTGAGTGCATTT-AT---T---TTTGC-TTT--GAGCGCGGA-G-TCTTGAGTTGAG---CA---T-G----------A----ACA-AA----GTCTTATA
gi|40 : gactC-GA---T---TTTGA-ATT--GAGCATGGA-A-TCTCGAGTTGAG---C-----------------------GA-GA----GTTTTATAAGC-GCTGACCccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|41 : TTC-AC---T---TTTTA-ATT--GAGCATGAA-A-TCTTAAATTGAG---CA---TGG-------------------AA----GTTGTATAACC-at
gi|42 : --GAGTATGAA-A-TCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A----ACG-AACATGGTTTTATAACC-TCAGACCgag
gi|43 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-A-CCTTGAACTTAG---CT---TGG----------A----AC--AA----GTTTTAGAACC-ta
gi|44 : C-GT---T---TTTGA-GTT--GCGCACAAA-C-TCTTGAGTTGAG---CA---TGG----------A----ACA-AA----CTTTCATAa
gi|45 : TTGAGTCAAG---TA---TGG----------A----ACA-TA----GTTTTATAATC-TTGAACCg
gi|46 : aCCCGAGGTTATGAAATATTTTT-CATGCTCAACTCAAATcagg
gi|5 : ctcgcCCCAAGGTTATAAAACATTTTT-TATGCTCATCTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAGTTTCTAGGAGTCA--CAT------------ACAAA--CC-------C---AATTTAAA-GG---GCAAACACTT-GCCTAAGTCTGGAATTT-GA-GAGT-----AT-T--AATGCAGA-TTT-GAGGTA-GA-AAATTATAT--G-TTT--TTAGG--TTTA----------------TTT---TGT-TATAA---TGAGTTAATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGAA-G-TCTTGAGTTGAG---CA---TAG----------A----AAA-AA----GATTTATTACC-TCGGGCC
gi|6 : GAGGTTATAAAACCTTTTTTCATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA--CATAACTTCCAGAATTCA--TAA------------A-ATATTCA-------C---AAATTAAA-GC---CCAAACACTT-GATTTGGCCTCAAATTT-CA-AAGT-----AT-T--AATATTGA-TTT-GAAGTA-GA-ATATTACAT--T-TTT--TTA----TTTA----------------TTC---T---TACAA---TGAGTCCATTC-AT---T---TTTTG-GTT--GTGCATGAA-A-TATTGTGTCGAG---TG---TGG----------A----AGA-AA----GTTTTATAACC-TCGGACC
gi|7 : aAGGTTATAAACTGTTTGA-CATGCTCAATTTAACTTTGTACTCAAA--CATAATATCCTGGCTTCG--TATCATAAAAAAACAA-AAA--CAAAAAAAAC---AATAAAAAAGCAATGCAAACACTTTGACTCGGCCCCAAATTT-AA-A--T------T-T--GATGAAGAATTT-GAG---------------------------------TTA----------------TTT---TGT-TATAA---TGAATTTATTC-AT---CG--TTTTA-GCT--CAGCATGAA-T-CCTTGAGTTGAG---CACTGTGG----------A----ACA-AA----GTTATATAA
gi|8 : at-AAC--CC-------C---AACTTAAA-GC---GCAAACACTT-GACTAGGTCTCAAATTT-TA-GAGT-----AT-T--AATGCAGA-ATT-GAGGTA-GA-AAATTATAC--G-TAT--GTACA--TTTA----------------TTT---TGT-TACAA---TGAGTTGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGAATGAA-A-TCTTGAGTTGAG---CT---TGG----------A----AAA-AA----TATTTATAACC-TCGG
gi|9 : aaatgtaacctggccccaaaacatacaacgtacAGGATATAAAACTGTTTT-CATCCCCAACTTGGATTCATACTCAAA-ATGCATTTTCTAATATTCA--TAT------------A-AAA--CA-------C---AAATTGAA-GC---ACAAACACCT-GACTTGGCCTCGATTTT-GA-AATT-----AT-T--AATGCAGA-TTT---------A-CAG--------G-TTT--TTATGTCTTTT----------------TTT---TCT-GATAA---TGAGCCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAG-ATGGA-A-TATTGttc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATTTGTGAATCTTGTTAAATAAATATTAAACAAAGAATATTAATGCATGTTAAATGCAATATTTAAGATAACAATGTAAGTTCTTGAATACAAACAATTTGGTATGACATGGACTTAAAACAAACAATAAGTCAAGATAACACTTGTATATTATTTTCATAAAATATATTAACTTTAACTTTCAGATATTATCTTTTGGAAACTACATTATGTTCAAATAAATATATATATATATGCTTATCAACATAAACGTGGGGCAGTAGGCTTGTGGATAAAGTGTTGGCTGCTCATGCCAGAGGCTGTATATTCAATCCCCAGCTTGAGCAGATGCCTCTCATAAAACAACAGACAACAGGAAACAGATTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTTTGAATTTTCTTCACAATCGAACAAAAATAAACTAGAATAGGTCTACACTAATATTCGTCTCATTTTAATAATAAGTTCTGACACTTAATACTTGTTATAACTATTTAGTTCAAAATACATGACTTTGTATATCCATACAAATATAGTCAAGAACTGTCA
Unaligned ( gi|2 ): TGTACTACGAACAAAGTCCCTGACAAAAAACATAGCGGGGCGGTAGTATAATATAAAGTGTGTTGGCCGCTCATGCCAGAGGTTGCGGGTTCGATACCCCGCTCGACCCGATGCTCTCATAAAACAGCACTCAGTACTGATTCTAACCAGGAGGTGGACTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTATAAGCTTTCATCGCAATCGAGCTAAAATAAATTACTAGTATAAACTAAAAACATGTTGTTTTTTTCATTAGATTTTATTTGGTATTTTCGCTGAAACAATTCTATTATCTAACATAATAGGAGATATTCAGTGCAAAAAAATGACCTTCATTGTATATTAACATATTGATGAATATTAGTCTAGTAAACGTCTTAACATACAAAACTAATTTTCTCTTGTCCTAAATTTAAGGATTAATAAATTGAAAGTTTCTTTATACTCA
Unaligned ( gi|3 ): TCACAGAGCCAAAATGGGAAAGTGTTGTCCACTCAAACTTGAGGGCTTGATCTCAAGCTCAACCTGATGACCTTTCAAGAAACAACATTCAATACTGGTTTTATCCTGGAAGCAGACTCAAGACCAGTTCAGGTAAGTTCTGATTTTTCTTTTACAATTGACCTAAAATAAATTAGCAAAACTATAACAAACCCAAAGTAACCACAGATATCAACATTTGATTTTAACAAACTTAAAGTCCTTAATCATGTACTCAAGTTGATTTAAAATATTTTGCTTTTACATTTGAATAAATCAATAATGCATCTGTGAAAATTTCAGAAGAGTCCAACGTGTGGTTTCTAAAAAGAAATTGCTTAAAAACAAACTCAAATTT
Unaligned ( gi|11 ): ACCCATACTTTCATGAACAACAGTACTAGTTCTACTTGGGAAACGAACCCGAACCCGTTAGTGATTCATATTAGCTTTCGAGCTCTCTTCGCAACAAAGCTAAAATATCATAATACAGAGAACTGCGTATACTAAAATCTATTAACACGTTATATTCCAACATTTTGCCATTATCGCTTAAACATTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCACAATGAATTCCAACTGGTATCTAAAGAAGACAGGTTATATAACATATAATTGTACTGGACAGGGAGTTGGCTGCTCATGCTACAGGTTGTGTGTTTGATCCCGGGCTCAACATGTTTTGTGCTTTCACGAGAAACAC
Unaligned ( gi|23 ): TCATACGAGTTTTGATCGTTTTTTTCACAATCGAACAAAAGCAAATTGGTATAAGCTTAAACTATTGTT
Alignments
lowQualScore : 22 1 1111111 22222222222222222222222222222222 444444444444444444444444
lowQualScore : 5 1 4 2 00 0 0 0 66 3333333 4 55 33333333333333333333333333333333 1 3 2 88 666 4 88888 3 3 0 444 444444444444444444444444 22 444 2 0 33 0 1 222 444 1 22 2222 444444 111 222 22222 1 2222 4444444 2222 11 1
lowQualScore : . . . . .. . . . .. ....... . .. ................................ . . . .. ... . ..... . . . ... ........................ .. ... . . .. . . ... ... . .. .... ...... ... ... ..... . .... ....... .... .. .
lowQualScore : 9 9 4 9 55 0 2 1 99 2222222 4 55 77777777777777777777777777777777 2 6 0 44 666 3 33333 3 3 5 222 888888888888888888888888 99 777 5 1 11 2 4 000 222 1 44 2222 444444 888 999 66666 1 3333 1111111 3333 55 2
consensus : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAGTTA-A--TG-TNTTTACGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
Reference ( family-853 ) : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AANT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAGTTA-A--TG-TNTTTACGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
gi|10 : CGAGGTTAAAAAATATTCAA-AATGCTCGA-TCCAATTTATGTTCAAA--CACAATTTAGAAGATTCA--TAT------A-AAA--CAC--------------------------------AAACA-----------------ATTTGGAAGT-----AT-TA----------------GTAGAAAGTTA-A------ATT---GCATA-TTT---TGA-TAAA--ATGAGTCCATTC-AT---TTCCTTT----TC--GAATATGA----A-C----TTTTGAGTTGAG---CT---TG-----T-A----A-C-----ACA----A--TTTAATGACT-TCAGACC
gi|12 : TT-CATGCTTAGATAAAATTCGTACTGAAACACACAAATCC-AGAATTCAATTA-------A-AAA--GAC---AAAT-----------CAAA-----------AACGC---------------AATT-----GC-----AT-GACTG--GG-TCTCG-AAGTCGAAGG----A--T----TTTACATTTG-TTT---TGT-TATA--ATGAGTTTATTC-GC---T---TTTGA-GCT--GAGCA-GA----A-AC---TCTTGAGGTGAG---CA---TA-----G-A----T-G-----AAA----G--
gi|13 : aacatg------A-AAA--CAT---ACAT-----------CGAA---GT---ATAATCACTT-GAGTTCACCTCCAATTTCAAAATTTAATATACAATGCAGA-TTG-G-AGGTA------TA-A--T--TTTTT-CATTAA-TTTATATGTGTA-A--AT-ATTATATTT-GTGTTT---TTTTA--TT--GAGCATGT----C-A----TTTTGAGTTGAG---CA---TT-----A-A----C-T-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGGCC
gi|14 : --CAT---ATAT-----------TAAA---AC---ATCACCAGTT-G-CTTGGCCTCAAATTTAAAAGT-----AA-TATTGCAAA-TAT-G-TTGTAGAAAGTTA-A--AGACATTTACACTTATTTT---TGT-TATA--ATTAGTATATTA-AT---G---GTTTA-GTTTCAATCATGT----A-A----TCTAGAGTAGAG---CA---TT-----G-A----A-C-----ACA----G--TTTTATAATG-TCGGTCCc
gi|15 : CCCGAGGTAATAAAACCTTTGT-TATGCTCAAACCAAATTAGTACTTTAA--CATAATTTC----A--CA--TAT------A-A---------------------------------T---GTAA-CACTT-GATTCAACCTTGAAGTTGAAAAT-----AA-TTATTCAGA-TTT-G---------AGTTACA--TG-TATGTACATTTT-TTT---TAT-TATA--GAAAG---AT---GT---TA--TTTGA-GTT--AAGCATct
gi|17 : ctggtT-----AT-TAATTCAGA-TTT-T-AGGTAGAAAGTTA-GAGGG-TAGTTGAATTTA-CTT---CCT-TATG--ATGAGTCCGTTT-GT---T---TTAAA-GTT--AAGCATGA----A-A----CCTTGAGTTGAG---CA---AC-----G-A----A-C-----AAA----G--TTCAAAAACC-TTGGAC
gi|18 : A-TTT---CGT-TATA--ATGAGTCTATTC-AT---T---TTTTTTGTT--GACCAAGC----A-T----TTTTGAGTTGAT---CA---TC-----A-A----A-C-----AGA----G--TTTTATAACC-CC
gi|19 : aTTA-TTT---TGT-TACA--GTGAGTCCAATC-AT---T---TTTGA-GTT--GAGCACAA----A-T----TCTTGAGCTAAA---CAT--TG-----A-A----A-C-----ATA----G--TTTTACAACC-ACGGACCaagatcaggtat
gi|20 : TA-TTT---TAT-TAAA--ATAAGTCCATTCTAT---T---TTAAA-GTT--GAGCATGA----A-C----TCTTGCGTTGAG---CA---TG-----G-ACACTA-C-----A----------TTTATAAGC-TCGGA
gi|21 : --ATGAGTCGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---TA---CG-----G-A----A-A-----AAA----T--GTTTATAACC-TCGGACC
gi|22 : -TGTA--ATGAGCACATTT-GT---T---T----------------GA----A-A----TATTT-GCTGAG---CA---TG-----A-A----A-A-----ACA----G--TTTAATAACC-TTGGACC
gi|24 : --ATGAGTCCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GATCA-GA----A-A----ACTTGAGTTAAA---CA---TA-----G-G----A-C-----AAA----G--TATTATAACC-GCGaaggtgta
gi|25 : ---T---TTTGG-GTT--GAGCATGA----A-C----TCTTCAGCTGAGAATCA---TG-----G-G----ACC-----AAA----GAAATTTATAACC-TTTGACC
gi|26 : TCTATTT-GT---T---TTAGA-TTTT-GAGCATGA----ACA----AC-TGAGTTGAA---CC---GG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTAATAAAC-TCGGGCctg
gi|27 : ATTC-GT---T---TTTCA-GTT--AAGCGTGA----A-G----TCCCGAGTTGAA---AA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TCTTACAACC-TCGTACC
gi|28 : aTCCATTT-GT---G---TTAAA-GTT--GAGCATGA----A-T----TCTTGAACTGAG---TA---GG-----G-A----A-C-----AAT----G--TTTAATAACCATTGGAt
gi|29 : TC-GT---C---TTTGA-GTT--AATCATGA----A-T----TCTTGAGTCGAG---TA---TG-----A-A----A-------AAA----T--ATTTGTAACC-TCGGACC
gi|30 : gT---T---TTTGA-ATT--GAGCATGA----A-C----CAATGAGTAGAG---CG---TG-----G-A----A-T-----ACA----T--TTTTATAATT-TCGGACCcag
gi|31 : ATTC-AT---T---GTTTA-GTT--CAGCCTGA----A-A----TCTTGGGTTGAG---CA---TT-----A-C----A-C------------G--TTTTATAGCC-TCGGAcag
gi|32 : aTTGA-GTT--GAGCACAA----A-A----CTTTGAGTTGAG---CA---TGAAATCG-A----A-CTCAAAAAA----G--TTTCATAACC-TCGac
gi|33 : ---T---TTTAA-GTT--GAGCATGA----T-T----TCATAAGTTGAT---CA---TG-----G-A----G-A-----AAA----G--ATTAATTACC-TCGGAC
gi|34 : ttca---TTTGA-GTT--GAGCATAA----A-A----TCTTGAGCTGAG---CA---TG-----GAA----A-A-----AAA----A--ATTTATAACC-TTGGATC
gi|35 : accTC-AT---T---TTTTA-GTT--GAGCCTGA----A-A----TCTTGAATTGAG---CA---TG-----A-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAAAC-TTGGA
gi|36 : TTGA-GTT--TAGCATGA----A-A----TTGTGAGTTGAG---CA---TA-----G-G----A-C-----AAA----G--TTTTATAATC-TCG
gi|37 : tttgtga---T---TTTAA-ATA--GAGCATGA----A-C----TCTCAAGCTGAC---CA---TG-----G-A------------AAA----G--GTTTATAACC-TCTGACCc
gi|38 : cacT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTTAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-A-----AAA----T--ATTTATAACC-TCGGAC
gi|39 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TATTAAGTTGAG---CA---TA-----G-A----A-C-----AAA----G--TTATATAACC-TCTGACt
gi|4 : CCGAGGTTCTTACAC--TGGT-CATGCTCAACTCACATTTATACTCAAG-ACAT--TTCCTAGGCTTGA--TAT------A-AAA---ACTAGAATT-----------TAAA---GC---GAAAACACGT-GACCAAGCC-------------------AT-GAATGCAGA-C-----AGGTA---------------TTTTCATGTAT--TTT---TCT-TATATGACGAGTGCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GAGCGTGAGTGCA-ATTGTTTTTGCATTGAG---CG---TG-----
gi|4 : gactTGAGTGCATTT-AT---T---TTTGC-TTT--GAGCGCGG----A-G----TCTTGAGTTGAG---CA---T------G-A----A-C-----AAA----G--TCTTATAagtgcatttatttttgctttgagcgcggagtcttgagttgagcatgaacaaagtcttataccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|40 : gactccgaggttcttacactggtcatgctcaactcacatttatactcaagacatttcctaggcttgatataaaaactagaatttaaagcgaaaacacgtgaccaagccatgaatgcagacaggtattttcatgtatttttcttatatgacgagtgcatttgtttttgcgttgagcgtgagtgcaattgtttttgcattgagcgC-GA---T---TTTGA-ATT--GAGCATGG----A-A----TCTCGAGTTGAG---CG-------------------------AGA----G--TTTTATAAGC-GCTGACCccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|41 : TTC-AC---T---TTTTA-ATT--GAGCATGA----A-A----TCTTAAATTGAG---CA---TG-----G---------------AA----G--TTGTATAACC-at
gi|42 : --GAGTATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----GAACATGG--TTTTATAACC-TCAGACCgag
gi|43 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----CCTTGAACTTAG---CT---TG-----G-A----A-C------AA----G--TTTTAGAACC-ta
gi|44 : C-GT---T---TTTGA-GTT--GCGCACAA----A-C----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----C--TTTCATAa
gi|45 : TTGAGTCAAG---TA---TG-----G-A----A-C-----ATA----G--TTTTATAATC-TTGAACCg
gi|46 : aCCCGAGGTTATGAAATATTTTT-CATGCTCAACTCAAATcagg
gi|5 : ctcgcCCCAAGGTTATAAAACATTTTT-TATGCTCATCTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAGTTTCTAGGAGTCA--CAT------ACAAA--CCC---AATT-----------TAAA---GG---GCAAACACTT-GCCTAAGTCTGGAATTTGAGAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAATTATA--TG-TTTTTAGGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTTAATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-G----TCTTGAGTTGAG---CA---TA-----G-A----A-A-----AAA----G--ATTTATTACC-TCGGGCC
gi|6 : GAGGTTATAAAACCTTTTTTCATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA--CATAACTTCCAGAATTCA--TAA------A-ATATTCAC---AAAT-----------TAAA---GC---CCAAACACTT-GATTTGGCCTCAAATTTCAAAGT-----AT-TAATATTGA-TTT-G-AAGTAGAATATTACA--TT-TTTTTA--TTTA-TTC---T---TACA--ATGAGTCCATTC-AT---T---TTTTG-GTT--GTGCATGA----A-A----TATTGTGTCGAG---TG---TG-----G-A----A-G-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
gi|7 : aAGGTTATAAACTGTTTGA-CATGCTCAATTTAACTTTGTACTCAAA--CATAATATCCTGGCTTCG--TATCATAAAA-AAA--CAA---AAACAAAAAAAACAATAAAAAAGCAATGCAAACACTTTGACTCGGCCCCAAATTTAAA--T------T-TGATGAAGAATTT-G-AG---------------------------TTA-TTT---TGT-TATA--ATGAATTTATTC-AT---CG--TTTTA-GCT--CAGCATGA----A-T----CCTTGAGTTGAG---CACTGTG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTATATAA
gi|8 : atC---AACT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTAGGTCTCAAATTTTAGAGT-----AT-TAATGCAGA-ATT-G-AGGTAGAAAATTATA--CG-TATGTACATTTA-TTT---TGT-TACA--ATGAGTTGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGAATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CT---TG-----G-A----A-A-----AAA----T--ATTTATAACC-TCGG
gi|9 : aaatgtaacctggccccaaaacatacaacgtacaacccAGGATATAAAACTGTTTT-CATCCCCAACTTGGATTCATACTCAAA-ATGCATTTTCTAATATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TGAA---GC---ACAAACACCT-GACTTGGCCTCGATTTTGAAATT-----AT-TAATGCAGA-TTT-ACAGGT-----TTTT-A--TG-TCTTT---TTT--TTC---TG---ATA--ATGAGCCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAG-ATGG----A-A----TATTGttc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATTTGTGAATCTTGTTAAATAAATATTAAACAAAGAATATTAATGCATGTTAAATGCAATATTTAAGATAACAATGTAAGTTCTTGAATACAAACAATTTGGTATGACATGGACTTAAAACAAACAATAAGTCAAGATAACACTTGTATATTATTTTCATAAAATATATTAACTTTAACTTTCAGATATTATCTTTTGGAAACTACATTATGTTCAAATAAATATATATATATATGCTTATCAACATAAACGTGGGGCAGTAGGCTTGTGGATAAAGTGTTGGCTGCTCATGCCAGAGGCTGTATATTCAATCCCCAGCTTGAGCAGATGCCTCTCATAAAACAACAGACAACAGGAAACAGATTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTTTGAATTTTCTTCACAATCGAACAAAAATAAACTAGAATAGGTCTACACTAATATTCGTCTCATTTTAATAATAAGTTCTGACACTTAATACTTGTTATAACTATTTAGTTCAAAATACATGACTTTGTATATCCATACAAATATAGTCAAGAACTGTCA
Unaligned ( gi|2 ): TGTACTACGAACAAAGTCCCTGACAAAAAACATAGCGGGGCGGTAGTATAATATAAAGTGTGTTGGCCGCTCATGCCAGAGGTTGCGGGTTCGATACCCCGCTCGACCCGATGCTCTCATAAAACAGCACTCAGTACTGATTCTAACCAGGAGGTGGACTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTATAAGCTTTCATCGCAATCGAGCTAAAATAAATTACTAGTATAAACTAAAAACATGTTGTTTTTTTCATTAGATTTTATTTGGTATTTTCGCTGAAACAATTCTATTATCTAACATAATAGGAGATATTCAGTGCAAAAAAATGACCTTCATTGTATATTAACATATTGATGAATATTAGTCTAGTAAACGTCTTAACATACAAAACTAATTTTCTCTTGTCCTAAATTTAAGGATTAATAAATTGAAAGTTTCTTTATACTCA
Unaligned ( gi|3 ): TCACAGAGCCAAAATGGGAAAGTGTTGTCCACTCAAACTTGAGGGCTTGATCTCAAGCTCAACCTGATGACCTTTCAAGAAACAACATTCAATACTGGTTTTATCCTGGAAGCAGACTCAAGACCAGTTCAGGTAAGTTCTGATTTTTCTTTTACAATTGACCTAAAATAAATTAGCAAAACTATAACAAACCCAAAGTAACCACAGATATCAACATTTGATTTTAACAAACTTAAAGTCCTTAATCATGTACTCAAGTTGATTTAAAATATTTTGCTTTTACATTTGAATAAATCAATAATGCATCTGTGAAAATTTCAGAAGAGTCCAACGTGTGGTTTCTAAAAAGAAATTGCTTAAAAACAAACTCAAATTT
Unaligned ( gi|11 ): ACCCATACTTTCATGAACAACAGTACTAGTTCTACTTGGGAAACGAACCCGAACCCGTTAGTGATTCATATTAGCTTTCGAGCTCTCTTCGCAACAAAGCTAAAATATCATAATACAGAGAACTGCGTATACTAAAATCTATTAACACGTTATATTCCAACATTTTGCCATTATCGCTTAAACATTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCACAATGAATTCCAACTGGTATCTAAAGAAGACAGGTTATATAACATATAATTGTACTGGACAGGGAGTTGGCTGCTCATGCTACAGGTTGTGTGTTTGATCCCGGGCTCAACATGTTTTGTGCTTTCACGAGAAACAC
Unaligned ( gi|23 ): TCATACGAGTTTTGATCGTTTTTTTCACAATCGAACAAAAGCAAATTGGTATAAGCTTAAACTATTGTT
Alignments
lowQualScore : 22 1 1111111 22222222222222222222222222222222 444444444444444444444444
lowQualScore : 5 1 4 2 00 0 0 0 66 3333333 4 55 22222222222222222222222222222222 1 3 2 88 666 4 88888 3 3 0 444 444444444444444444444444 22 444 2 0 33 0 1 222 444 1 22 2222 444444 111 222 22222 1 2222 4444444 2222 11 1
lowQualScore : . . . . .. . . . .. ....... . .. ................................ . . . .. ... . ..... . . . ... ........................ .. ... . . .. . . ... ... . .. .... ...... ... ... ..... . .... ....... .... .. .
lowQualScore : 9 9 4 9 55 0 2 1 99 2222222 4 55 55555555555555555555555555555555 2 6 0 44 666 3 33333 3 3 5 222 888888888888888888888888 99 777 5 1 11 2 4 000 222 1 44 2222 444444 888 999 66666 1 3333 1111111 3333 55 2
consensus : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAGTTA-A--TG-TNTTTACGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
Reference ( family-853 ) : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAGTTA-A--TG-TNTTTACGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
gi|10 : CGAGGTTAAAAAATATTCAA-AATGCTCGA-TCCAATTTATGTTCAAA--CACAATTTAGAAGATTCA--TAT------A-AAA--CAC--------------------------------AAACA-----------------ATTTGGAAGT-----AT-TA----------------GTAGAAAGTTA-A------ATT---GCATA-TTT---TGA-TAAA--ATGAGTCCATTC-AT---TTCCTTT----TC--GAATATGA----A-C----TTTTGAGTTGAG---CT---TG-----T-A----A-C-----ACA----A--TTTAATGACT-TCAGACC
gi|12 : TT-CATGCTTAGATAAAATTCGTACTGAAACACACAAATCC-AGAATTCAATTA-------A-AAA--GAC---AAAT-----------CAAA-----------AACGC---------------AATT-----GC-----AT-GACTG--GG-TCTCG-AAGTCGAAGG----A--T----TTTACATTTG-TTT---TGT-TATA--ATGAGTTTATTC-GC---T---TTTGA-GCT--GAGCA-GA----A-AC---TCTTGAGGTGAG---CA---TA-----G-A----T-G-----AAA----G--
gi|13 : aacatg------A-AAA--CAT---ACAT-----------CGAA---GT---ATAATCACTT-GAGTTCACCTCCAATTTCAAAATTTAATATACAATGCAGA-TTG-G-AGGTA------TA-A--T--TTTTT-CATTAA-TTTATATGTGTA-A--AT-ATTATATTT-GTGTTT---TTTTA--TT--GAGCATGT----C-A----TTTTGAGTTGAG---CA---TT-----A-A----C-T-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGGCC
gi|14 : --CAT---ATAT-----------TAAA---AC---ATCACCAGTT-G-CTTGGCCTCAAATTTAAAAGT-----AA-TATTGCAAA-TAT-G-TTGTAGAAAGTTA-A--AGACATTTACACTTATTTT---TGT-TATA--ATTAGTATATTA-AT---G---GTTTA-GTTTCAATCATGT----A-A----TCTAGAGTAGAG---CA---TT-----G-A----A-C-----ACA----G--TTTTATAATG-TCGGTCCc
gi|15 : CCCGAGGTAATAAAACCTTTGT-TATGCTCAAACCAAATTAGTACTTTAA--CATAATTTC----A--CA--TAT------A-A---------------------------------T---GTAA-CACTT-GATTCAACCTTGAAGTTGAAAAT-----AA-TTATTCAGA-TTT-G---------AGTTACA--TG-TATGTACATTTT-TTT---TAT-TATA--GAAAG---AT---GT---TA--TTTGA-GTT--AAGCATct
gi|17 : ctggtT-----AT-TAATTCAGA-TTT-T-AGGTAGAAAGTTA-GAGGG-TAGTTGAATTTA-CTT---CCT-TATG--ATGAGTCCGTTT-GT---T---TTAAA-GTT--AAGCATGA----A-A----CCTTGAGTTGAG---CA---AC-----G-A----A-C-----AAA----G--TTCAAAAACC-TTGGAC
gi|18 : A-TTT---CGT-TATA--ATGAGTCTATTC-AT---T---TTTTTTGTT--GACCAAGC----A-T----TTTTGAGTTGAT---CA---TC-----A-A----A-C-----AGA----G--TTTTATAACC-CC
gi|19 : aTTA-TTT---TGT-TACA--GTGAGTCCAATC-AT---T---TTTGA-GTT--GAGCACAA----A-T----TCTTGAGCTAAA---CAT--TG-----A-A----A-C-----ATA----G--TTTTACAACC-ACGGACCaagatcaggtat
gi|20 : TA-TTT---TAT-TAAA--ATAAGTCCATTCTAT---T---TTAAA-GTT--GAGCATGA----A-C----TCTTGCGTTGAG---CA---TG-----G-ACACTA-C-----A----------TTTATAAGC-TCGGA
gi|21 : --ATGAGTCGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---TA---CG-----G-A----A-A-----AAA----T--GTTTATAACC-TCGGACC
gi|22 : -TGTA--ATGAGCACATTT-GT---T---T----------------GA----A-A----TATTT-GCTGAG---CA---TG-----A-A----A-A-----ACA----G--TTTAATAACC-TTGGACC
gi|24 : --ATGAGTCCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GATCA-GA----A-A----ACTTGAGTTAAA---CA---TA-----G-G----A-C-----AAA----G--TATTATAACC-GCGaaggtgta
gi|25 : ---T---TTTGG-GTT--GAGCATGA----A-C----TCTTCAGCTGAGAATCA---TG-----G-G----ACC-----AAA----GAAATTTATAACC-TTTGACC
gi|26 : TCTATTT-GT---T---TTAGA-TTTT-GAGCATGA----ACA----AC-TGAGTTGAA---CC---GG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTAATAAAC-TCGGGCctg
gi|27 : ATTC-GT---T---TTTCA-GTT--AAGCGTGA----A-G----TCCCGAGTTGAA---AA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TCTTACAACC-TCGTACC
gi|28 : aTCCATTT-GT---G---TTAAA-GTT--GAGCATGA----A-T----TCTTGAACTGAG---TA---GG-----G-A----A-C-----AAT----G--TTTAATAACCATTGGAt
gi|29 : TC-GT---C---TTTGA-GTT--AATCATGA----A-T----TCTTGAGTCGAG---TA---TG-----A-A----A-------AAA----T--ATTTGTAACC-TCGGACC
gi|30 : gT---T---TTTGA-ATT--GAGCATGA----A-C----CAATGAGTAGAG---CG---TG-----G-A----A-T-----ACA----T--TTTTATAATT-TCGGACCcag
gi|31 : ATTC-AT---T---GTTTA-GTT--CAGCCTGA----A-A----TCTTGGGTTGAG---CA---TT-----A-C----A-C------------G--TTTTATAGCC-TCGGAcag
gi|32 : aTTGA-GTT--GAGCACAA----A-A----CTTTGAGTTGAG---CA---TGAAATCG-A----A-CTCAAAAAA----G--TTTCATAACC-TCGac
gi|33 : ---T---TTTAA-GTT--GAGCATGA----T-T----TCATAAGTTGAT---CA---TG-----G-A----G-A-----AAA----G--ATTAATTACC-TCGGAC
gi|34 : ttca---TTTGA-GTT--GAGCATAA----A-A----TCTTGAGCTGAG---CA---TG-----GAA----A-A-----AAA----A--ATTTATAACC-TTGGATC
gi|35 : accTC-AT---T---TTTTA-GTT--GAGCCTGA----A-A----TCTTGAATTGAG---CA---TG-----A-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAAAC-TTGGA
gi|36 : TTGA-GTT--TAGCATGA----A-A----TTGTGAGTTGAG---CA---TA-----G-G----A-C-----AAA----G--TTTTATAATC-TCG
gi|37 : tttgtga---T---TTTAA-ATA--GAGCATGA----A-C----TCTCAAGCTGAC---CA---TG-----G-A------------AAA----G--GTTTATAACC-TCTGACCc
gi|38 : cacT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTTAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-A-----AAA----T--ATTTATAACC-TCGGAC
gi|39 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TATTAAGTTGAG---CA---TA-----G-A----A-C-----AAA----G--TTATATAACC-TCTGACt
gi|4 : CCGAGGTTCTTACAC--TGGT-CATGCTCAACTCACATTTATACTCAAG-ACAT--TTCCTAGGCTTGA--TAT------A-AAA---ACTAGAATT-----------TAAA---GC---GAAAACACGT-GACCAAGCC-------------------AT-GAATGCAGA-C-----AGGTA---------------TTTTCATGTAT--TTT---TCT-TATATGACGAGTGCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GAGCGTGAGTGCA-ATTGTTTTTGCATTGAG---CG---TG-----
gi|4 : gactTGAGTGCATTT-AT---T---TTTGC-TTT--GAGCGCGG----A-G----TCTTGAGTTGAG---CA---T------G-A----A-C-----AAA----G--TCTTATAagtgcatttatttttgctttgagcgcggagtcttgagttgagcatgaacaaagtcttataccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|40 : gactccgaggttcttacactggtcatgctcaactcacatttatactcaagacatttcctaggcttgatataaaaactagaatttaaagcgaaaacacgtgaccaagccatgaatgcagacaggtattttcatgtatttttcttatatgacgagtgcatttgtttttgcgttgagcgtgagtgcaattgtttttgcattgagcgC-GA---T---TTTGA-ATT--GAGCATGG----A-A----TCTCGAGTTGAG---CG-------------------------AGA----G--TTTTATAAGC-GCTGACCccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|41 : TTC-AC---T---TTTTA-ATT--GAGCATGA----A-A----TCTTAAATTGAG---CA---TG-----G---------------AA----G--TTGTATAACC-at
gi|42 : --GAGTATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----GAACATGG--TTTTATAACC-TCAGACCgag
gi|43 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----CCTTGAACTTAG---CT---TG-----G-A----A-C------AA----G--TTTTAGAACC-ta
gi|44 : C-GT---T---TTTGA-GTT--GCGCACAA----A-C----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----C--TTTCATAa
gi|45 : TTGAGTCAAG---TA---TG-----G-A----A-C-----ATA----G--TTTTATAATC-TTGAACCg
gi|46 : aCCCGAGGTTATGAAATATTTTT-CATGCTCAACTCAAATcagg
gi|5 : ctcgcCCCAAGGTTATAAAACATTTTT-TATGCTCATCTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAGTTTCTAGGAGTCA--CAT------ACAAA--CCC---AATT-----------TAAA---GG---GCAAACACTT-GCCTAAGTCTGGAATTTGAGAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAATTATA--TG-TTTTTAGGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTTAATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-G----TCTTGAGTTGAG---CA---TA-----G-A----A-A-----AAA----G--ATTTATTACC-TCGGGCC
gi|6 : GAGGTTATAAAACCTTTTTTCATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA--CATAACTTCCAGAATTCA--TAA------A-ATATTCAC---AAAT-----------TAAA---GC---CCAAACACTT-GATTTGGCCTCAAATTTCAAAGT-----AT-TAATATTGA-TTT-G-AAGTAGAATATTACA--TT-TTTTTA--TTTA-TTC---T---TACA--ATGAGTCCATTC-AT---T---TTTTG-GTT--GTGCATGA----A-A----TATTGTGTCGAG---TG---TG-----G-A----A-G-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
gi|7 : aAGGTTATAAACTGTTTGA-CATGCTCAATTTAACTTTGTACTCAAA--CATAATATCCTGGCTTCG--TATCATAAAA-AAA--CAA---AAACAAAAAAAACAATAAAAAAGCAATGCAAACACTTTGACTCGGCCCCAAATTTAAA--T------T-TGATGAAGAATTT-G-AG---------------------------TTA-TTT---TGT-TATA--ATGAATTTATTC-AT---CG--TTTTA-GCT--CAGCATGA----A-T----CCTTGAGTTGAG---CACTGTG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTATATAA
gi|8 : atC---AACT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTAGGTCTCAAATTTTAGAGT-----AT-TAATGCAGA-ATT-G-AGGTAGAAAATTATA--CG-TATGTACATTTA-TTT---TGT-TACA--ATGAGTTGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGAATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CT---TG-----G-A----A-A-----AAA----T--ATTTATAACC-TCGG
gi|9 : aaatgtaacctggccccaaaacatacaacgtacaacccAGGATATAAAACTGTTTT-CATCCCCAACTTGGATTCATACTCAAA-ATGCATTTTCTAATATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TGAA---GC---ACAAACACCT-GACTTGGCCTCGATTTTGAAATT-----AT-TAATGCAGA-TTT-ACAGGT-----TTTT-A--TG-TCTTT---TTT--TTC---TG---ATA--ATGAGCCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAG-ATGG----A-A----TATTGttc
blockSeqs : C T T A CA T AT TCATAAA C TT AAACAAAAAAAACAATAAAAAAGCAATGC T T A TC TCC C TTAAT A A CG AGAAAGTTAGAGGGTAGTTGAA AT ATA G TG T GTT A T TC GTGC ATTGT AAT CTG AAATC A CACT CTCAAA CATG AA A
blockSeqs : A G . A A T . T . . TAGAATTTAAAGCGA T . A TG TCA A . . . AC AGAAAGTTAAAGACATTTACA G . . . . . G . T . AC . T . . . CC . . .
blockSeqs : A G . C A C . T . . ACATCGAAGTAT T . A CA TTG G . . . G AGAAAATTATATGTTTTTAGG A . . . . . . . . . CA . . . . . G . . .
blockSeqs : C T . C A C . T . . ATATTAAAACAT G . C AA TGG G . . . G AGAAAATTATACGTATGTACA T . . . . . . . . . A . . . . . T . . .
blockSeqs : G T . C . T . A . . AATTTAAAGGGC T . A AA TCA C . . . G AGAATATTACATTTTTTTA A . . . . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : T T . C . . . T . . AAATTAAAGCCC T . A TG CCA A . . . T AGTTACATGTATGTACA A . . . . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . G . T . . . . . . AACTTAAAGCGC T . A CG TCA T . . . G CGAAGGATTTTACA A . . . . . . . . . T . . . . . C . . .
blockSeqs : T . C . . AAATTGAAGCAC T . A AG TCG G . . . G ATAATTTTTTCA A . . . . . . . . . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . AAATCAAA C . . TG . . . . . G TTTTATGTCTTT A . . . . . . . . . C . . . . . C . . .
blockSeqs : TGT . . . . . . . . . G ATTTTCATG A . . . . . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . G . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AAATTAAAGCGC******************** CG TCG G** AGAATTAAGTTTTTACA******* ***
originalCons : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TAAA---GC---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTT-G-AGGTAGAAAGTTA-A--TG-TNTTTACGTTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
finalCons : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CACAAATTAAAGCGC--------------------AAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTTG--AGGTAGAATTAAGTTTTTACA-------TTTA-TTT---TGT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATTTGTGAATCTTGTTAAATAAATATTAAACAAAGAATATTAATGCATGTTAAATGCAATATTTAAGATAACAATGTAAGTTCTTGAATACAAACAATTTGGTATGACATGGACTTAAAACAAACAATAAGTCAAGATAACACTTGTATATTATTTTCATAAAATATATTAACTTTAACTTTCAGATATTATCTTTTGGAAACTACATTATGTTCAAATAAATATATATATATATGCTTATCAACATAAACGTGGGGCAGTAGGCTTGTGGATAAAGTGTTGGCTGCTCATGCCAGAGGCTGTATATTCAATCCCCAGCTTGAGCAGATGCCTCTCATAAAACAACAGACAACAGGAAACAGATTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTTTGAATTTTCTTCACAATCGAACAAAAATAAACTAGAATAGGTCTACACTAATATTCGTCTCATTTTAATAATAAGTTCTGACACTTAATACTTGTTATAACTATTTAGTTCAAAATACATGACTTTGTATATCCATACAAATATAGTCAAGAACTGTCA
Unaligned ( gi|2 ): TGTACTACGAACAAAGTCCCTGACAAAAAACATAGCGGGGCGGTAGTATAATATAAAGTGTGTTGGCCGCTCATGCCAGAGGTTGCGGGTTCGATACCCCGCTCGACCCGATGCTCTCATAAAACAGCACTCAGTACTGATTCTAACCAGGAGGTGGACTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTATAAGCTTTCATCGCAATCGAGCTAAAATAAATTACTAGTATAAACTAAAAACATGTTGTTTTTTTCATTAGATTTTATTTGGTATTTTCGCTGAAACAATTCTATTATCTAACATAATAGGAGATATTCAGTGCAAAAAAATGACCTTCATTGTATATTAACATATTGATGAATATTAGTCTAGTAAACGTCTTAACATACAAAACTAATTTTCTCTTGTCCTAAATTTAAGGATTAATAAATTGAAAGTTTCTTTATACTCA
Unaligned ( gi|3 ): TCACAGAGCCAAAATGGGAAAGTGTTGTCCACTCAAACTTGAGGGCTTGATCTCAAGCTCAACCTGATGACCTTTCAAGAAACAACATTCAATACTGGTTTTATCCTGGAAGCAGACTCAAGACCAGTTCAGGTAAGTTCTGATTTTTCTTTTACAATTGACCTAAAATAAATTAGCAAAACTATAACAAACCCAAAGTAACCACAGATATCAACATTTGATTTTAACAAACTTAAAGTCCTTAATCATGTACTCAAGTTGATTTAAAATATTTTGCTTTTACATTTGAATAAATCAATAATGCATCTGTGAAAATTTCAGAAGAGTCCAACGTGTGGTTTCTAAAAAGAAATTGCTTAAAAACAAACTCAAATTT
Unaligned ( gi|11 ): ACCCATACTTTCATGAACAACAGTACTAGTTCTACTTGGGAAACGAACCCGAACCCGTTAGTGATTCATATTAGCTTTCGAGCTCTCTTCGCAACAAAGCTAAAATATCATAATACAGAGAACTGCGTATACTAAAATCTATTAACACGTTATATTCCAACATTTTGCCATTATCGCTTAAACATTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCACAATGAATTCCAACTGGTATCTAAAGAAGACAGGTTATATAACATATAATTGTACTGGACAGGGAGTTGGCTGCTCATGCTACAGGTTGTGTGTTTGATCCCGGGCTCAACATGTTTTGTGCTTTCACGAGAAACAC
Unaligned ( gi|23 ): TCATACGAGTTTTGATCGTTTTTTTCACAATCGAACAAAAGCAAATTGGTATAAGCTTAAACTATTGTT
Alignments
lowQualScore : 22 1 1111111 222222222222222222 111111111 66666666666666666666
lowQualScore : 5 1 4 2 00 0 0 0 66 3333333 4 55 000000000000000000 111111111 2 3 7 888 4 2 88888 3 3 1 44444444444444444444 3 44 2 444 2 2 1 22 0 1 222 444 1 22 2222 444444 111 222 22222 1 2222 4444444 2222 11 1
lowQualScore : . . . . .. . . . .. ....... . .. .................. ......... . . . ... . . ..... . . . .................... . .. . ... . . . .. . . ... ... . .. .... ...... ... ... ..... . .... ....... .... .. .
lowQualScore : 9 9 4 9 55 0 2 1 99 2222222 4 55 222222222222222222 333333333 4 6 2 999 3 0 33333 3 3 5 00000000000000000000 9 22 5 444 5 4 0 99 2 4 000 222 1 44 2222 444444 888 999 66666 1 3333 1111111 3333 55 2
consensus : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TAAA---G-C---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTTGAGGTAGA--AA-TTA-G---G--TTTTTACA--TTTA-TTT---T-GT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
Reference ( family-853 ) : CCCGAGGTTATAAAACNTTTTT-CATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAATTTCTAGGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TAAA---G-C---GCAAACACTT-GACTCGGCCTCGAATTTGAAAGT-----AT-TAATGCAGA-TTTGAGGTAGA--A--TTA-A---G--TTTTTACA--TTTA-TTT---T-GT-TATA--ATGAGTCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
gi|10 : CGAGGTTAAAAAATATTCAA-AATGCTCGA-TCCAATTTATGTTCAAA--CACAATTTAGAAGATTCA--TAT------A-AAA--CAC---------------------------------AAACA-----------------ATTTGGAAGT-----AT-TA--------------GTAGA--AAGTTA-A---A-----TTGCA----TA-TTT---T-GA-TAAA--ATGAGTCCATTC-AT---TTCCTTT----TC--GAATATGA----A-C----TTTTGAGTTGAG---CT---TG-----T-A----A-C-----ACA----A--TTTAATGACT-TCAGACC
gi|12 : TT-CATGCTTAGATAAAATTCGTACTGAAACACACAAATCC-AGAATTCAATTA-------A-AAA--GAC---AAAT-----------CAAA---AAC---GCAATTGCAT-GACTGGGTC---------------------------------TCGAAGTCGA--A------G---G--ATTTTACA--TTTG-TTT---T-GT-TATA--ATGAGTTTATTC-GC---T---TTTGA-GCT--GAGCA-GA----A-AC---TCTTGAGGTGAG---CA---TA-----G-A----T-G-----AAA----G--
gi|13 : aacatg------A-AAA--CAT---ACAT-----------CGAA---G-T---ATAATCACTT-GAGTTCACCTCCAATTTCAAAATTTAATATACAATGCAGA-TTGGAGGTATA--A--TT----------TTTT-CA--TTAA-TTTATAT-GTGTA-A--AT-ATTATATTT-GTGTTT---TTTTA--TT--GAGCATGT----C-A----TTTTGAGTTGAG---CA---TT-----A-A----C-T-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGGCC
gi|14 : --CAT---ATAT-----------TAAA---A-C---ATCACCAGTT-G-CTTGGCCTCAAATTTAAAAGT-----AA-TATTGCAAA-TATGTTGTAGA--AAGTTA-A---AGACATTTACA--CTTA-TTT---TTGT-TATA--ATTAGTATATTA-AT---G---GTTTA-GTTTCAATCATGT----A-A----TCTAGAGTAGAG---CA---TT-----G-A----A-C-----ACA----G--TTTTATAATG-TCGGTCCc
gi|15 : CCCGAGGTAATAAAACCTTTGT-TATGCTCAAACCAAATTAGTACTTTAA--CATAATTTC----A--CA--TAT------A-A----------------------------------T---GTAA-CACTT-GATTCAACCTTGAAGTTGAAAAT-----AA-TTATTCAGA-TTTGAGTTA--------CA-T---G--TATGTACA--TTTT-TTT---T-AT-TATA--GAAAG---AT---GT---TA--TTTGA-GTT--AAGCATct
gi|17 : ctggtT-----AT-TAATTCAGA-TTTTAGGTAGA--AAGTTA-GAGGG--TAGTTGAA--TTTA-CTT---C-CT-TATG--ATGAGTCCGTTT-GT---T---TTAAA-GTT--AAGCATGA----A-A----CCTTGAGTTGAG---CA---AC-----G-A----A-C-----AAA----G--TTCAAAAACC-TTGGAC
gi|18 : A-TTT---C-GT-TATA--ATGAGTCTATTC-AT---T---TTTTTTGTT--GACCAAGC----A-T----TTTTGAGTTGAT---CA---TC-----A-A----A-C-----AGA----G--TTTTATAACC-CC
gi|19 : aTTA-TTT---T-GT-TACA--GTGAGTCCAATC-AT---T---TTTGA-GTT--GAGCACAA----A-T----TCTTGAGCTAAA---CAT--TG-----A-A----A-C-----ATA----G--TTTTACAACC-ACGGACCaagatcaggtat
gi|20 : TA-TTT---T-AT-TAAA--ATAAGTCCATTCTAT---T---TTAAA-GTT--GAGCATGA----A-C----TCTTGCGTTGAG---CA---TG-----G-ACACTA-C-----A----------TTTATAAGC-TCGGA
gi|21 : --ATGAGTCGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---TA---CG-----G-A----A-A-----AAA----T--GTTTATAACC-TCGGACC
gi|22 : -TGTA--ATGAGCACATTT-GT---T---T----------------GA----A-A----TATTT-GCTGAG---CA---TG-----A-A----A-A-----ACA----G--TTTAATAACC-TTGGACC
gi|24 : --ATGAGTCCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GATCA-GA----A-A----ACTTGAGTTAAA---CA---TA-----G-G----A-C-----AAA----G--TATTATAACC-GCGaaggtgta
gi|25 : ---T---TTTGG-GTT--GAGCATGA----A-C----TCTTCAGCTGAGAATCA---TG-----G-G----ACC-----AAA----GAAATTTATAACC-TTTGACC
gi|26 : TCTATTT-GT---T---TTAGA-TTTT-GAGCATGA----ACA----AC-TGAGTTGAA---CC---GG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTTAATAAAC-TCGGGCctg
gi|27 : ATTC-GT---T---TTTCA-GTT--AAGCGTGA----A-G----TCCCGAGTTGAA---AA---TG-----G-A----A-C-----AAA----G--TCTTACAACC-TCGTACC
gi|28 : aTCCATTT-GT---G---TTAAA-GTT--GAGCATGA----A-T----TCTTGAACTGAG---TA---GG-----G-A----A-C-----AAT----G--TTTAATAACCATTGGAt
gi|29 : TC-GT---C---TTTGA-GTT--AATCATGA----A-T----TCTTGAGTCGAG---TA---TG-----A-A----A-------AAA----T--ATTTGTAACC-TCGGACC
gi|30 : gT---T---TTTGA-ATT--GAGCATGA----A-C----CAATGAGTAGAG---CG---TG-----G-A----A-T-----ACA----T--TTTTATAATT-TCGGACCcag
gi|31 : ATTC-AT---T---GTTTA-GTT--CAGCCTGA----A-A----TCTTGGGTTGAG---CA---TT-----A-C----A-C------------G--TTTTATAGCC-TCGGAcag
gi|32 : aTTGA-GTT--GAGCACAA----A-A----CTTTGAGTTGAG---CA---TGAAATCG-A----A-CTCAAAAAA----G--TTTCATAACC-TCGac
gi|33 : ---T---TTTAA-GTT--GAGCATGA----T-T----TCATAAGTTGAT---CA---TG-----G-A----G-A-----AAA----G--ATTAATTACC-TCGGAC
gi|34 : ttca---TTTGA-GTT--GAGCATAA----A-A----TCTTGAGCTGAG---CA---TG-----GAA----A-A-----AAA----A--ATTTATAACC-TTGGATC
gi|35 : accTC-AT---T---TTTTA-GTT--GAGCCTGA----A-A----TCTTGAATTGAG---CA---TG-----A-A----A-C-----AAA----G--TTTTATAAAC-TTGGA
gi|36 : TTGA-GTT--TAGCATGA----A-A----TTGTGAGTTGAG---CA---TA-----G-G----A-C-----AAA----G--TTTTATAATC-TCG
gi|37 : tttgtga---T---TTTAA-ATA--GAGCATGA----A-C----TCTCAAGCTGAC---CA---TG-----G-A------------AAA----G--GTTTATAACC-TCTGACCc
gi|38 : cacT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TCTTTAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-A-----AAA----T--ATTTATAACC-TCGGAC
gi|39 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----TATTAAGTTGAG---CA---TA-----G-A----A-C-----AAA----G--TTATATAACC-TCTGACt
gi|4 : CCGAGGTTCTTACAC--TGGT-CATGCTCAACTCACATTTATACTCAAG-ACAT--TTCCTAGGCTTGA--TAT------A-AAA---ACTAGAATT-----------TAAA---G-C---GAAAACACGT-GACCAAGCC-------------------AT-GAATGCAGA-C---AGGTA------------------TTTT--CA--TGTATTTT---T-CT-TATATGACGAGTGCATTT-GT---T---TTTGC-GTT--GAGCGTGAGTGCA-ATTGTTTTTGCATTGAG---CG---TG-----
gi|4 : gactTGAG-TGCA--A--TT------G--TTTTTGCA--TTGA---------GC-------GTGAGTGCATTT-AT---T---TTTGC-TTT--GAGCGCGG----A-G----TCTTGAGTTGAG---CA---T------G-A----A-C-----AAA----G--TCTTATAagtgcatttatttttgctttgagcgcggagtcttgagttgagcatgaacaaagtcttataccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|40 : gactccgaggttcttacactggtcatgctcaactcacatttatactcaagacatttcctaggcttgatataaaaactagaatttaaagcgaaaacacgtgaccaagccatgaatgcagacaggtattttcatgtatttttcttatatgacgagtgcatttgtttttgcgttgagcgC-GA---T---TTTGA-ATT--GAGCATGG----A-A----TCTCGAGTTGAG---CG-------------------------AGA----G--TTTTATAAGC-GCTGACCccacattgaactctaaaacggtaagtgttacaaaataaaatgtcctttttaaaaatc
gi|41 : TTC-AC---T---TTTTA-ATT--GAGCATGA----A-A----TCTTAAATTGAG---CA---TG-----G---------------AA----G--TTGTATAACC-at
gi|42 : --GAGTATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----GAACATGG--TTTTATAACC-TCAGACCgag
gi|43 : ---T---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-A----CCTTGAACTTAG---CT---TG-----G-A----A-C------AA----G--TTTTAGAACC-ta
gi|44 : C-GT---T---TTTGA-GTT--GCGCACAA----A-C----TCTTGAGTTGAG---CA---TG-----G-A----A-C-----AAA----C--TTTCATAa
gi|45 : TTGAGTCAAG---TA---TG-----G-A----A-C-----ATA----G--TTTTATAATC-TTGAACCg
gi|46 : aCCCGAGGTTATGAAATATTTTT-CATGCTCAACTCAAATcagg
gi|5 : ctcgcCCCAAGGTTATAAAACATTTTT-TATGCTCATCTCAAATTCGTACTCAAA-ACACAGTTTCTAGGAGTCA--CAT------ACAAA--CCC---AATT-----------TAAA---G-G---GCAAACACTT-GCCTAAGTCTGGAATTTGAGAGT-----AT-TAATGCAGA-TTTGAGGTAGA--AAATTATAT--G--TTTTTAGG--TTTA-TTT---T-GT-TATA--ATGAGTTAATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGCATGA----A-G----TCTTGAGTTGAG---CA---TA-----G-A----A-A-----AAA----G--ATTTATTACC-TCGGGCC
gi|6 : GAGGTTATAAAACCTTTTTTCATGCTCAACTCAAATTCGTACTCAAA--CATAACTTCCAGAATTCA--TAA------A-ATATTCAC---AAAT-----------TAAA---G-C---CCAAACACTT-GATTTGGCCTCAAATTTCAAAGT-----AT-TAATATTGA-TTTGAAGTAGAATA--TTA-C---A--TTTTTTTA--TTTA-TTC------T-TACA--ATGAGTCCATTC-AT---T---TTTTG-GTT--GTGCATGA----A-A----TATTGTGTCGAG---TG---TG-----G-A----A-G-----AAA----G--TTTTATAACC-TCGGACC
gi|7 : aAGGTTATAAACTGTTTGA-CATGCTCAATTTAACTTTGTACTCAAA--CATAATATCCTGGCTTCG--TATCATAAAA-AAA--CAA---AAACAAAAAAAACAATAAAAAAG-CAATGCAAACACTTTGACTCGGCCCCAAATTTAAA--T------T-TGATGAAGAATTTGAG--------------------------------TTA-TTT---T-GT-TATA--ATGAATTTATTC-AT---CG--TTTTA-GCT--CAGCATGA----A-T----CCTTGAGTTGAG---CACTGTG-----G-A----A-C-----AAA----G--TTATATAA
gi|8 : atC---AACT-----------TAAA---G-C---GCAAACACTT-GACTAGGTCTCAAATTTTAGAGT-----AT-TAATGCAGA-ATTGAGGTAGA--AAATTATAC--G--TATGTACA--TTTA-TTT---T-GT-TACA--ATGAGTTGATTC-AT---C---TTTGA-GTT--GAGAATGA----A-A----TCTTGAGTTGAG---CT---TG-----G-A----A-A-----AAA----T--ATTTATAACC-TCGG
gi|9 : aaatgtaacctggccccaaaacatacaacgtacaacccAGGATATAAAACTGTTTT-CATCCCCAACTTGGATTCATACTCAAA-ATGCATTTTCTAATATTCA--TAT------A-AAA--CAC---AAAT-----------TGAA---G-C---ACAAACACCT-GACTTGGCCTCGATTTTGAAATT-----AT-TAATGCAGA-TTTA-------------CA-G---G--TTTTTATGTCTTTT-TTT---T-CT-GATA--ATGAGCCCATTC-GT---T---TTTGA-GTT--GAG-ATGG----A-A----TATTGttc
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): ATTTGTGAATCTTGTTAAATAAATATTAAACAAAGAATATTAATGCATGTTAAATGCAATATTTAAGATAACAATGTAAGTTCTTGAATACAAACAATTTGGTATGACATGGACTTAAAACAAACAATAAGTCAAGATAACACTTGTATATTATTTTCATAAAATATATTAACTTTAACTTTCAGATATTATCTTTTGGAAACTACATTATGTTCAAATAAATATATATATATATGCTTATCAACATAAACGTGGGGCAGTAGGCTTGTGGATAAAGTGTTGGCTGCTCATGCCAGAGGCTGTATATTCAATCCCCAGCTTGAGCAGATGCCTCTCATAAAACAACAGACAACAGGAAACAGATTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTTTGAATTTTCTTCACAATCGAACAAAAATAAACTAGAATAGGTCTACACTAATATTCGTCTCATTTTAATAATAAGTTCTGACACTTAATACTTGTTATAACTATTTAGTTCAAAATACATGACTTTGTATATCCATACAAATATAGTCAAGAACTGTCA
Unaligned ( gi|2 ): TGTACTACGAACAAAGTCCCTGACAAAAAACATAGCGGGGCGGTAGTATAATATAAAGTGTGTTGGCCGCTCATGCCAGAGGTTGCGGGTTCGATACCCCGCTCGACCCGATGCTCTCATAAAACAGCACTCAGTACTGATTCTAACCAGGAGGTGGACTCGAGAGCGGTTCATATAAGCTATAAGCTTTCATCGCAATCGAGCTAAAATAAATTACTAGTATAAACTAAAAACATGTTGTTTTTTTCATTAGATTTTATTTGGTATTTTCGCTGAAACAATTCTATTATCTAACATAATAGGAGATATTCAGTGCAAAAAAATGACCTTCATTGTATATTAACATATTGATGAATATTAGTCTAGTAAACGTCTTAACATACAAAACTAATTTTCTCTTGTCCTAAATTTAAGGATTAATAAATTGAAAGTTTCTTTATACTCA
Unaligned ( gi|3 ): TCACAGAGCCAAAATGGGAAAGTGTTGTCCACTCAAACTTGAGGGCTTGATCTCAAGCTCAACCTGATGACCTTTCAAGAAACAACATTCAATACTGGTTTTATCCTGGAAGCAGACTCAAGACCAGTTCAGGTAAGTTCTGATTTTTCTTTTACAATTGACCTAAAATAAATTAGCAAAACTATAACAAACCCAAAGTAACCACAGATATCAACATTTGATTTTAACAAACTTAAAGTCCTTAATCATGTACTCAAGTTGATTTAAAATATTTTGCTTTTACATTTGAATAAATCAATAATGCATCTGTGAAAATTTCAGAAGAGTCCAACGTGTGGTTTCTAAAAAGAAATTGCTTAAAAACAAACTCAAATTT
Unaligned ( gi|11 ): ACCCATACTTTCATGAACAACAGTACTAGTTCTACTTGGGAAACGAACCCGAACCCGTTAGTGATTCATATTAGCTTTCGAGCTCTCTTCGCAACAAAGCTAAAATATCATAATACAGAGAACTGCGTATACTAAAATCTATTAACACGTTATATTCCAACATTTTGCCATTATCGCTTAAACATTTT
Unaligned ( gi|16 ): TGTGTCACAATGAATTCCAACTGGTATCTAAAGAAGACAGGTTATATAACATATAATTGTACTGGACAGGGAGTTGGCTGCTCATGCTACAGGTTGTGTGTTTGATCCCGGGCTCAACATGTTTTGTGCTTTCACGAGAAACAC
Unaligned ( gi|23 ): TCATACGAGTTTTGATCGTTTTTTTCACAATCGAACAAAAGCAAATTGGTATAAGCTTAAACTATTGTT