lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 888888888888888888888888888 11 44444444444 222 1 1 1 1 66666666666 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 3333333 111 444444444444444444444 22222 44444444 11111111 1 1 222222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222 2 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 44444444444 222222 1 1 1 2222 1 1 1111 22 11 1 111 1 11111111111 1111 666666666666666666666666666666 99999999999999999999999999 55 1 1 1 1 1 1111111111111111111111111111111111 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 11 1 1 1 1 1 1 33 4 4 1 1 1 1 1 1 1 11 5555555 1 1 1 1 1 1 1 11
lowQualScore : 7 0 999999999999999999999999999 6 2 8 777 1 6666 7 6 00 66666666666 444 7 4 5 7 3 7 2 2 2 3 66666666666 1 6 4 6 2 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8 0 7777777 000 888888888888888888888 5 66666 2 9 5 99999999 9 0 4 77777777 9 99 0 5 0 2 555555555555 3 5 6666666666666666666666666666666666666666666666 5 6 0 999999 1 5555555555555555555555555555555555555555555555 0 0 44444444444 000000 0 3 1 1 7 5 6 1111 5 8 0 3 3 4 55 9999 8 11 8 8 4 99 1 3 6 5 111 5 0 1 999 6 3 6 77 44444444444 9999 7 0000 777777777777777777777777777777 1 9 6 6 77777777777777777777777777 3 00 6 7 9 0 5 3 5 5 3 4 7 4 6 2 3 6 6 0 1 5 3 4 1 6 1 2 6 5 0000000000000000000000000000000000 444444 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 9 6 3 1 6 33 1 5 7 5 7 7 5 22 6 0 0 7 7 7 6 7 7 5 6 6 6 5 22 3333333 6 7 7 5 7 7 5 6 7 6 6 6 6 22
lowQualScore : . . ........................... . . . ... . .... . . .. ........... ... . . . . . . . . . . ........... . . . . . .. .......................................................................... . . ....... ... ..................... . ..... . . . ........ . . . ........ . .. . . . . ............ . . .............................................. . . . ...... . .............................................. . . ........... ...... . . . . . . . .... . . . . . . .. .... . .. . . . .. . . . . ... . . . ... . . . .. ........... .... . .... .............................. . . . . .......................... . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .................................. ...... . ............................................................................ . . . . . .. . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . .. ....... . . . . . . . . . . . . . ..
lowQualScore : 0 7 000000000000000000000000000 5 5 0 888 0 4444 0 7 33 77777777777 333 0 7 0 0 3 0 5 5 5 9 66666666666 7 6 0 6 5 88 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 0 1111111 000 666666666666666666666 1 66666 7 3 7 00000000 6 8 2 77777777 3 22 1 0 4 0 333333333333 2 2 7777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 8 222222 0 1111111111111111111111111111111111111111111111 7 3 77777777777 222222 0 3 0 0 0 3 4 4444 0 6 0 2 8 8 44 8888 0 88 0 0 0 22 4 2 8 0 666 0 6 7 555 7 3 7 99 88888888888 4444 2 6666 999999999999999999999999999999 4 6 0 7 88888888888888888888888888 7 88 0 0 3 7 0 5 3 0 3 0 3 0 7 2 5 7 7 5 0 0 7 7 4 0 7 7 0 0 8888888888888888888888888888888888 444444 2 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 0 0 7 7 00 0 0 0 0 0 0 0 00 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0000000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 00
consensus : ACACGTTTGGTACTTAAATTACGCAAG---AAGN-ACTCAN-A-GC---AC--GANAANCACACG-TTTGGTACCTAAATTNCGCAAGACAAGCACCAACGGCATGNAN----AN-CACACGTTTGGTACCTNAATTACGCAAGACAA-GCACCAACCGCATGATAANCACANGTTTCGTACNTTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTA--TTAC--TCGACTANAGATTTTTCTTACTGGGCACTANATTTTCTAATCTATA-----------------T-T------CA---TCCTTA-----CACGATATTC---------ATTC-------GACACTAT-ATTTTC-------ATAC---ACA---------------------ACATCCTTA-NTCGACTATAGA-TTTT----NNT-ACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATAT-ATACTCAACATCCTTACA--CGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTTTC---ATACGCTTCACTACAT-TTTCTCACT-GATACTCA-----ACATACGCGACACTA---GTTTTT-CTCACTCGATACACAACATCCTT------ACACGG-C--TAAA---TTTTCTTACATG--CACTATA--TTTTCATA-TG-GACACTAGATTTTCTCA-CTCG---ATACTCAACATCCTTA-CACGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACTC-GACT-ATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATATACTCAATATCCT--TACACGACAT-TCATATTTCT-T-ATNTGACACTATATTTTCATACGCGACACTANATTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACTCGACTATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGA-TT-T-CT-AATCTATAT--ATAC------T----CAA----TATT----TTAGTCGACAT------G-A-ATT--------T-T--TA-ACACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAA-A-AA----G-N------A----CT---GAAAAGTGNGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCANTGTTCATTCTTTANAG-AAAATTAATATAACTATT-AA-AAAAATAAGGATTTNTATGTTGGCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACANNNNNNTTTTN--------A------------TGTTTAT------TGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATT---------CTTA--------AAGGTCATAAAATAAAA-----T----------AATN------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
Reference ( gi|1 ) : ACACGATTGGTACCTAAATTACACAAT-TAAAGA-ACTTAA-A-AC---AT--GAGAACCACACG-TTTGGTACCTAAATTTCATAAGAAAAGCACCAACGGCATGGAG----AC-CACACGATAGGAACCTAAATTAAACATGACAA-GCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTAC--TCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATA-----------------T-T------CA---TCCTTA-----CACAACA------------AGTT-------GACACTAT-ATTTTC-------ATAC---ACA---------------------ACATCTTTA-ATGGACCAAAGA-TTTT----AAA-ACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATAT-ATACTTAACATTCTTACA--CAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTC---ATACGCTTCATTACA--TCTCTCACTGAATACTCA-----ACATATGCGACACCA---GTGTTT-CTCACTCAATACTCAACATCCTT------ACATGG-CATTCAA---TTTCCTTATATGA-CACTACA--TGTTCATA-TGCGACACTAGATTTTCTCG-CTCA---GTACTCAACATCCTAA-CAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AA-T-ATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCT--TCCACGACAT-TCATATTTCC-T-ATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAA-TT-T-CT-AATCTATAT--ATAC------T----CAA----TAAT----TTAGTCGACAT------G-A-ATT--------T-T--TAACCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAA-A-TA----G-G------A----CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AA-AAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAA-A-------------------A------------TGTTTAT------TGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATT---------CTGA--------AAGG------------------T----------AATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : ACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGT-A-TCAC-ATGC---TT--GATAACTACACGTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGA
gi|8 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacgtacaagataatcacaaaaatctacacatgtagggtaactTTGGTATTTAAATTACGCAAG-ACAAGC-ACCAAC-T-GC---AT--GATAAGCACAAG-TTTCGTACCT---TTTC
gi|12 : gcatgataagcacatttcacgtgtTGGTACTTAAAATACACAA------GACAGTCAACA-ACCGCATAAGAGAACCACACA-TTTGATACCTAAAATGCCCAAGACATGCACCAACGGCAT-GAT----ATGCACACACTTGGTACCTGTATTACACAAGACAA-GCACCAACCATATGATtcactcgacacataacatccttactcgactaaagatttttcttactgggcactagattttctaatctatattcatccttacacaacattcaatttccttatttgacactatattttcatacacaacactatattttctcacccgatacacaacatctttaatggactatagattttaatactgggcactagatttccttacctgtatgtacttaatatccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|10 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaagtgta-ACTTAA-A-AT---AC--AAAAGACAAACG-CTACGTAC---AAGATAATCACAAAA--ATCTACA-CATGTAGGGTAAC-TACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|8 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacCACGTG-TTTGGTATTTAAATTACGCAAGACAAGCACCAACTGCATGATA----AG-CACAgtatttaagttacagaaga
gi|8 : gcatgataagcacattt-CACGTGTTTGGTATTTAAATTACGCAAGACAA-GCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----C--TCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACAT-T------CAATTTCCTTATTTGACACTATA------------TTTTCATACACAACACTAT-ATTTTCTCACCCGATAC---ACA---------------------ACATCTTTA-ATGGACTATAGA-TTTT----AAT-ACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATGT-A--CTTAATATCCTTACA--CAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTC---ATACGCTTCACTACAT-TTTCTCACTGAATACTCA-----agtttcgtaccttttctcactcgacacataacatccttactcgactaaagatttttcttactgggcactagattttctaatctatattcatccttacacaacattcaatttccttatttgacactatattttcatacacaacactatattttctcacccgatacacaacatctttaatggactatagattttaatactgggcactagatttccttacctgtatgtacttaatatccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|2 : gcatgataagcacatttTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATT-----TCCTT--TAATGA-CACTATATTGTC------------------------------------A---T----A-----CAC---------------------------GACACTAG-ATTTTCTCACTCGATAC---ACT---------------------ACATCCTTA-CTC-AGTATAGA-TTTTTCTTAA----TGGGCACTACATTT-TTAATCTATATAT-AT--TCAACATCCTTCCA--CGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTC---ATACGCGACACTAGAT-TTTCTCACTCGATACACATCCTTACATA------ACCATAGATTTTT-CTTACT
gi|2 : catatgtgacacTTTTCTCACTCGATACACTACATCC-----TTAC--TCAG-TATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATA-----------------TATATTCAACA---TCCTTC-----CACGACATTCAAATTCCTTATTT-------GACTGTAT-ATTTTC-------ATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACATCCTTACAT-AACCATAGATTTTT----CTT-ACTGGGCACTAGCTTTTTTAATC--TATAT-ATACTCAATAAT-TTAGT--CGACA-TTAATTgggcactagcttttttaatctatatatactcaataatttagtcgacattaattaaaacatttttaaacaccacgctttatttcaaaacttaaaattaaaaaactactgaaaagtgtgtccaccatcaatatatgtaaatataacgtaacaccttgacggtgtcaaattaaacatgaattactcatcaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacctttattttaaaaatgtttttaatttccctaatgttcattatttaaagaaaattagtatagctattaaaaaaataagaatttgtatgttggcaaattgacgactagatttttcaaaagcgagacaaagtattgttaaacaaatgcctggttttaatctcttatacttccctcaaaacacaatgaaaaatatatttgtacatgtttattgttgaatgatatattaaacttgcaattcttaaaggtcataaaataaaataataaatattgtttatttagggtccacatctttctgaacggtgcatgcgtagaaacaaaggcggctaaatgtttattttcggaaatggatacattttggaggaagatttgtcaaattaagcttattaagataactttaaaagtatcggtgattgaaaatatagtaaaccaaattgttattgcaaagaattcatattggtattttgataactttcaagaattaaggttttgaaaagaaccatatgacgccgaaagatatactttgctcggaaattattaaattttggacgatttcctttttggtaaaacttatattggtaactttgagaatatgatcgattgaaaatgtattatattgaatgagtttttccaggttttcatgtttctttcttgagtatctttcaagaattaaggtttcaaagagaacccattgacgataaaaccgcacattttgtcaatatttatcgattttaaatgctattttaaacattttaaaggacgaactatttcttctaacctttatcaatttaaagtttaggtattataaaacaaatcattta
gi|3 : catatgtgacactacattttctcagtcaatgctcaacatccttacatgacattcaatttcctttaatgacactatattgtcatacacgacactagaTTTACTCACTCGATACACAACATCC--A---TAC--TCGAATATATATTTTTCaaaacatttttaaacaccacgctttatttcaaaacttaaaattaaaaaactactgaaaagtgtgtccaccatcaatatatgtaaatataacgtaacaccttgacggtgtcaaattaaacatgaattactcatcaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacctttattttaaaaatgtttttaatttccctaatgttcattatttaaagaaaattagtatagctattaaaaaaataagaatttgtatgttggcaaattgacgactagatttttcaaaagcgagacaaagtattgttaaacaaatgcctggttttaatctcttatacttccctcaaaacacaatgaaaaatatatttgtacatgtttattgttgaatgatatattaaacttgcaattcttaaaggtcataaaataaaataataaatattgtttatttagggtccacatctttctgaacggtgcatgcgtagaaacaaaggcggctaaatgtttattttcggaaatggatacattttggaggaagatttgtcaaattaagcttattaagataactttaaaagtatcggtgattgaaaatatagtaaaccaaattgttattgcaaagaattcatattggtattttgataactttcaagaattaaggttttgaaaagaaccatatgacgccgaaagatatactttgctcggaaattattaaattttggacgatttcctttttggtaaaacttatattggtaactttgagaatatgatcgattgaaaatgtattatattgaatgagtttttccaggttttcatgtttctttcttgagtatctttcaagaattaaggtttcaaagagaacccattgacgataaaaccgcacattttgtcaatatttatcgattttaaatgctattttaaacattttaaaggacgaactatttcttctaacctttatcaatttaaagtttaggtattataaaacaaatcattta
gi|9 : tcgtacgtgacattcgaTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTT---TT----TTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACTttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : aatggacattcattttccttatatgacattatatttctatacgcaacactaatTTCTCACTCGATACACA---TCCTTA-----C--ACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATTTTCTAATCTAAA-----------------T---------A---TACT---------CAATATTTT--------AGTC-------GACA-TGTGATTTTC-------TTAC---ACC---------------------ACA-------------CATA-A-TTTT----AAA-ACTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
gi|15 : TTCTCACTTGATACACAACATCCTTAA-------TCGACAACAGATTTTtaaaattaaaaaggttgtgaatttttgaaaagtgggtctaccatcaatataggtaaatatcatgccttgaaggtgtcaaattaaacataaattactcaccaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacttttattttaaaagtgtttaaaatttctctattgttcattctttatagaaaattaatataactattaaaaacaagcatttatatgttttcaaattaatgactagattttttgaaagcagggcaaactattgtgtaacaaatgcctggatttaatctcttatatttccttaaaacacaatgaaagatatatcttcatttgtttattgttgaatggtatattaaacttgcaattatcaaaggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggttcagatctttctctacacgcgtagaaacaa
gi|15 : TTG-------ATAC---ACA---------------------ACATCCTTA-ATCGACAACAGA-TTTT----
gi|4 : ttctcac-------ATAC---ACA------------------------TCCTTA-CACGACTAAAGA-TTTT----TCTTACTGGGAACTAGATTTTCTAATCTA-A-AT-ATACTCAATATT-TTAGT--CGACATGTGATTTTCTTACACCACAC
gi|8 : ttctcactcg-------ACAC---ATA---------------------ACATCCTTA-CTCGACTAAAGA-TTTT----TCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATAT--------T--CATCCTTACA--CAACATTCAATTTCCTTATTTGACAC--TATATT----------TTCAT-ACA--C---------AACACT---------ATAT---------------TTT-CTCACCCGATACACAACATCTTT------A-ATGG--------------------------ACTATAGATTTTAATACTG-GGCACTAGATTTCCTTA-CCTGTATGTACTTAATATCCTTA-CACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACataattttaaaacttaaaattaaaaaggttgtgaatttttgaaaagtgggtctaccatcaatataggtaaatatcatgccttgaaggtgtcaaattaaacataaattactcaccaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacttttattttaaaagtgtttaaaatttctctattgttcattctttatagaaaattaatataactattaaaaacaagcatttatatgttttcaaattaatgactagattttttgaaagcagggcaaactattgtgtaacaaatgcctggatttaatctcttatatttccttaaaacacaatgaaagatatatcttcatttgtttattgttgaatggtatattaaacttgcaattatcaaaggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggttcagatctttctctacacgcgtagaaacaa
gi|2 : gcatgataagcacatttcacgtgtttggtatttaaattacgcaagacaagcaccaactgcatgataagcacaagtttcgtaccttttctcactcgATATGTGACACT--ACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCC--------TTTAATGACA---------CT--ATATT-G-----TCATACACGACACTA---GATTTT-CTCACTCGATACACTACATCCTT------ACTCAG-TATAGAT---TTTTCTTA-ATGGGCACTACA--TTTTTA-A-T------CTATAT---------------ATATTCAACATCCTTC-CACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATAC---ACATCCTTACAT-AACC-ATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTTTTTTAATCTATATATACTCAATAtca
gi|9 : cACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCT---ATACGCAACACTA-ATTTTTCTCATTCGATAAACA-----ACAatttagtcgacattaattaaaacatttttaaacaccacgctttatttcaaaacttaaaattaaaaaactactgaaaagtgtgtccaccatcaatatatgtaaatataacgtaacaccttgacggtgtcaaattaaacatgaattactcatcaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacctttattttaaaaatgtttttaatttccctaatgttcattatttaaagaaaattagtatagctattaaaaaaataagaatttgtatgttggcaaattgacgactagatttttcaaaagcgagacaaagtattgttaaacaaatgcctggttttaatctcttatacttccctcaaaacacaatgaaaaatatatttgtacatgtttattgttgaatgatatattaaacttgcaattcttaaaggtcataaaataaaataataaatattgtttatttagggtccacatctttctgaacggtgcatgcgtagaaacaaaggcggctaaatgtttattttcggaaatggatacattttggaggaagatttgtcaaattaagcttattaagataactttaaaagtatcggtgattgaaaatatagtaaaccaaattgttattgcaaagaattcatattggtattttgataactttcaagaattaaggttttgaaaagaaccatatgacgccgaaagatatactttgctcggaaattattaaattttggacgatttcctttttggtaaaacttatattggtaactttgagaatatgatcgattgaaaatgtattatattgaatgagtttttccaggttttcatgtttctttcttgagtatctttcaagaattaaggtttcaaagagaacccattgacgataaaaccgcacattttgtcaatatttatcgattttaaatgctattttaaacattttaaaggacgaactatttcttctaacctttatcaatttaaagtttaggtattataaaacaaatcattta
gi|9 : aatggGACATT-CATTTTCCTTATATGA--CATTATA--TTTCT--------------------ATACGCAACACTA---ATTTTT-CTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAG------AA---TTTTCTTAgccttttttgaatatagaattttcttactgggtacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
gi|3 : aatgCGTACGTGACATTC---G-ATTTACTCACTCGATACACAACATCCAT------ACctgggtacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
gi|8 : tTTT-CTCACTCGACACATAACATCCTT------ACTCGA-C--TAAAGATTTTTCTTAC-----------------------TG-GGCACTAGATTTTCTAA--TCT---ATATTCA---TCCTTA-CACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATG-GACT-ATAGATTT-TAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATGTACTTAATATCCT--TACACAACAT-TTA-ATGTCCTT-ATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCAtcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : gcatgataagcacatttcacgtgtttggtatttaaattacgcaagacaagcaccaactgcatgataagcacaagtttcgtacctTT-CTCACTCGATAC---ACATCCTT------ACACGA-C--TAAAGATTTTTCTTAC-----------------------TGGGA-ACTAGATTTTCTAATCTAAAT-ATACTCAATATTTTAGTC--GACATGTGATTTTCTTACACCACAC-ATA
gi|9 : ATGGACATTCAT---TTTCCTTATATGA-CATTATA--TTTCTATA-CGCAACACTAATTTTTCTCA-TTCG---ATAAACAACAGCCTattttaaaacttaaaattaaaaaggttgtgaatttttgaaaagtgggtctaccatcaatataggtaaatatcatgccttgaaggtgtcaaattaaacataaattactcaccaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacttttattttaaaagtgtttaaaatttctctattgttcattctttatagaaaattaatataactattaaaaacaagcatttatatgttttcaaattaatgactagattttttgaaagcagggcaaactattgtgtaacaaatgcctggatttaatctcttatatttccttaaaacacaatgaaagatatatcttcatttgtttattgttgaatggtatattaaacttgcaattatcaaaggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggttcagatctttctctacacgcgtagaaacaa
gi|3 : aTCGTA-CGTGACATTCGATTTACTCA-CTCG---ATACACAACATCCtttttgaatatagaattttcttactgggtacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
gi|2 : CATA-TGTGACACTACATTTTCTCA-GTCA---ATGCTCAACATCCTTA-CATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AG-T-ATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCT--TCCACGACAT-TCAAATTCCT-T-ATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGC-TT-T-TTTAATCTATAT--ATAC------T----CAA----TAAT----TTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTT-T--TAAACACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAA-A-AA----C-T------A----CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AA-AAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAA-AATATATTTGTAC-------A------------TGTTTAT------TGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATT---------CTTA--------AAGGTCATAAAATAAAA-----T----------AATA------------------AATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTAatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|9 : GGACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAA-T-ATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|3 : aatTCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAA-T-ATATATTTTTCTTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
gi|4 : TTCTCACTCGATACAC---ATCCTTACAC-GACT-AAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATTTTCTAATCTAAATATACTCAATATTTTAGT---CGACATGTGAT-TTTCT-T-Annnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|8 : TTCTCACTCGACACATAACATCCTTACTC-GACT-AAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATAT----TCA---TCCT--TACACAACAT-TCA-ATTTCC-TTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGA-TTTTAATACTGGGCACTAGA-TT-TCCT-TACCTGTAT--GTAC------T----TAA----TAcaccacacataattttaaaacttaaaattaaaaaggttgtgaatttttgaaaagtgggtctaccatcaatataggtaaatatcatgccttgaaggtgtcaaattaaacataaattactcaccaaaaacactcgtaaattccttcagcatgttaacttttattttaaaagtgtttaaaatttctctattgttcattctttatagaaaattaatataactattaaaaacaagcatttatatgttttcaaattaatgactagattttttgaaagcagggcaaactattgtgtaacaaatgcctggatttaatctcttatatttccttaaaacacaatgaaagatatatcttcatttgtttattgttgaatggtatattaaacttgcaattatcaaaggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggttcagatctttctctacacgcgtagaaacaa
gi|15 : gcatgataagcacatttcacgtgtttggtatttaaattacgcaagacaagcaccaactgcatgataagcacaagtttcgtaccttTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATC-GA-CAACAGATTTtccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|9 : GACAT-TCATTTTCCT-T-ATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACTt
gi|3 : aatgTCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTTtgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
gi|8 : TTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTACTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTT-T-CT-AATCTATATTCATCC------TTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACAC------T-ATATT--------T-T--CATACACAACACTATATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : gcatgataagcacatttcacgtgtttggtatttaaattacgcaagacaagcaccaactgcatgataagcacaagtttcgtaccTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGA-TT-TTCT-AATCTAAAT--ATAC------T----CAA----TATT----TTAGTCGACAT------GTG-ATT--------T-TCTTA--CACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAA-A--A----G-GTTGTGAA----TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATATCATG-----CCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT-AA-AA--ACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAA-G-------------------ATATATCTTCATTTGTTTAT------TGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATT---------ATCA--------AAGGTCATAAAATAAAATAAAAT----------AATT------------------AACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAtctcacccgatacacaacatctttaatggactatagattttaatactgggcactagatttccttacctgtatgtacttaatatccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|15 : TTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|5 : AGA-TTGT-CT-AATCTATAT--ATAC------T----CAA----TAAT----TTAGTCGACAT------T-A-AGT--------T-T--TAAACACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAA-A-AA----G-T------A----CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAA-AAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAA-AATATATATTTAT-------A------------TGTTTAT------TGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATT---------CTTA--------AAAGTCATAAGATAAAA-----T----------AATG------------------AACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|9 : AAT-TT-T-TT-AATCTATAT--ATACATGTACT----CAA----TATT----TTAGTTGACAT------G-
gi|3 : aatggacattcattttccttatatgacattatatttctatacgcaacactaatttttctcattcgataaacaacagccttttttgaatatagaattttcttactgggtacttgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngTCTATGT--ATAC------T----CAA----TATT----TTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TCT--TA--CAACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAA-ACTAATGTG-A------A----TTTATGAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--A-AAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAAT-----A------------TGTTTGT------TGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATT---------CTTA--------AGGGTCATAAAATAAAATAAAAT----------AATT------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAtgatt
gi|6 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAT------T----CAA----TATT----TTAGTTGACAT------G-GGATT--------T-TCTTA--CAACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAACA-TGTTTTG-A------ATAT-CA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AAAACT------ATTG---AA-AAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATATATATACATTTA------------TGTCTAC------TGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATT---------ATTA--------AAGG------------------TCATGAAATAAAATGAAATAATT----------AACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAAt
gi|7 : g----CAA----TATT----TTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TCT--TA--CACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAA-A-AA----AAG------AATTTCT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT-AACAAATAT-------TTTATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAA-AATATATCTTTAT-------A------------TGTTTAT------TGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATT---------CTTA--------AAGGTCATAAAATAAGA-----T----------AATT------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAAtggcgg
gi|11 : TGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAGTT--------A------------TGTTTAC------TGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTTAAGGTCTTGAAATAAAATAAAA------------------T----------AATT------------------AACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|13 : tttcaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATAT--------------A------------TATTTATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATT---------CTTA--------AATG------------------T----------CATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTCt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Unaligned ( gi|16 ): AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333 111 11111 2222222222 3333333333333 44444 9999999999999999999999999999999999999999999999999 6666666 1 11 999999999999999999999999999999999999999999999999 1 6666 4 1 4 1 1 1 1 1 33 333 1 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555 11 444444444444444444444444 55555 1 2 1
lowQualScore : 88 4 6 000000000000000000 333 1 1 0 0 00000 8 7777777777 5555555555555 77 6 6 1 4 8 4 1 1 0 1 99999 1 4 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 5555555 6 1 5 4 666 6 4 88 6 6 6 66 555555555555555555555555555555555555555555555555 66 999 88 7 6 1111 6 6 0 6 5 0 2 2 6 4 0 7 1 3 5 5 5 6 6 5 4 1 22 1 777 7 0 1 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 5 1 5 999999999999999999999999999999 1 77 0 0 1 1 1 3 1 5 0 77 5 1 2 0 888888888888888888888888 1 55555 1 7 1 1 2 4 2 4 4 3 77 5 0 4 4 4 4 4 3 2 3 5 4 4 3 4 4 2 4
lowQualScore : .. . . .................. ... . . . . ..... . .......... ............. .. . . . . . . . . . . ..... . . . ................................................. ....... . . . . ... . . .. . . . .. ................................................ .. ... .. . . .... . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . ... . . . . . . ...... . ..................... . . . . .............................. . .. . . . . . . . . . .. . . . . ........................ . ..... . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00 0 0 555555555555555555 000 0 0 8 8 44444 0 0000000000 8888888888888 77 7 7 0 8 0 6 0 0 2 0 00000 0 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000 0 0 0 0 000 0 0 55 0 0 0 00 000000000000000000000000000000000000000000000000 55 555 55 0 0 0000 0 0 0 0 0 0 5 5 0 0 5 0 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 00 0 333 0 7 0 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 9 4 7 333333333333333333333333333333 0 99 7 7 6 0 0 0 0 7 9 77 7 0 5 4 777777777777777777777777 9 66666 0 3 4 0 5 0 5 0 0 0 00 5 0 0 0 0 0 0 0 5 0 5 0 0 0 0 0 5 0
consensus : ACACGNNTGGTACCTAAANTACACGA--NAAGCACTTAA--AC-GCAC--GANAACCACACGTTTGGTACCTAAANTACACAAGAC-AAGCACCAA------CGGCAT--G---GAN----AC-C-ACACG-TTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACCANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTGCATCTTCTCACTGAATACTCAACATACGCNNCACCANNNTTTCTCACTNAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--A-------A---GT-----A---CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAGAAAA-TTAGTATAACTATT-AAAAAAATAA-GGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNT-T-------T-N--TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACACGTTTGGTACTTAAATTACGCAA--GAAGNACTCAN--A--GCAC--GANAANCACACGTTTGGTACCTAAATTNCGCAAGAC-AAGCACCAA------CGGCAT--G---NAN----AN-C-ACACG-TTTGGTACCTNAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAANCACANGTTTCGTACNTTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTA--TTACTCGACTANAGATTTTTCTTACTGGGCACTANATTTTCTAATCTATATTCAT--------------------CCTTA-----CACGATATT--CATTCG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCCTTANTCGACTATAGATTTTNNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATATATACTCAACATCCTTACACGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGA-TACTCAACATACGCGACACTAGTTTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACACGGC--TAAATTTTCTTACATG-CACTATATTTTCATATG-GACACTAGATTTTCTCACTCGATACTCAACATCCTTACACGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACTCGACTATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATATACTCAATATCCTTACACGACATTCATATTTCTTATNTGACACTATATTTTCATACGCGACACTANATTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACTCGACTATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--A-------A---GN-----A---CT---GAAAAGTGNGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTNAATTTCCCCANTGTTCATTCTTTANAGAAAA-TTAATATAACTATT-AAAAAAATAA-GGATTTNTATGTTGGCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACANNNNNNT-T-------T-T--NATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATNAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTACACAATTAAAGAACTTAA--A--ACAT--GAGAACCACACGTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCAA------CGGCAT--G---GAG----AC-C-ACACG-ATAGGAACCTAAATTAAACATGAC-AAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCAT--------------------CCTTA-----CACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTCAA-TATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--T-------A---GG-----A---CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAA-TTAGTATAATTATT-AAAAATATAA-GGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAA-----------------------AATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGG------------------TAATGAACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : AACACTTAA--A--ATAC--AAAAGACAAACGCT----ACGTA-------CAAGAT-AATCACAAAAATCTACA-CAT--G---TAGGGTAAC-T-ACACG-TTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgttt--GGTAACTACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCA----------CAT--GCTTGAT----AA-CTACACGTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGAgtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacgtacaagataatcacaaaaatctacacatgtagTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATAT-A-------G-T--TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tACACGA--CAAGC-CTTAC--AT-GCAT--GATAAGCAAGTGTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACAA------CCGCATAAG---AGA----AC-C-ACACA-TTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : tgcGTATGGTACTTAAAATACACAA--GA--CAGTCAACAACCGCATAAGAGAACCACACATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAA------CGGCAT--G----AT----ATGC-ACACA-CTTGGTACCTGTATTACACAAGAC-AAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaagtTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATAT-A-------T-T--TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--A-------A---CT-----A---CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAA-TTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAA-GAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTT-G-------T-A--CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTA-------ATGTGA-----A---TTTATGAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAGAAAA-TTAATATAACTATT--AAAACATAA-GGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCT-T-------TATAATATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--A-------G---GTTGTGAA---TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAGAAAA-TTAATATAACTATT---AAAAACAA-GCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCT-T-------C-A--TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--A-------A---GT-----A---CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATAT-T-------T-A--TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--ATGTTTTGA---AT-----AT--CA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAGAA----------AACTATTGAAAAAAATAA-GGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATATATATACAT-T--TATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--A-------AAA-GA-----ATTTCT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAA-TTAATATAACTATT--AACAAATA------TTTTATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCT-T-------T-A--TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -C-ACGTG-TTTGGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATGTA--CTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGA--------------------CACTGTATTTTC----------------ATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : gcatgataagcacatttGACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 222222222222222222 111 2222222 33333333333333 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 11 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 22 2 1 33 2 555555555555555555 444 1 2 1111111 3 1 99 2 88 77 99 22222222222222 5 8 4 0 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 3 1 1 1 88 22 6 5 6 22 333 1 1 1 1 1 4 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 66 5 1 0 1 1 2 99999999999999 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : .. . . .. . .................. ... . . ....... . . .. . .. .. .. .............. . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . .. ... . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00 0 0 88 0 999999999999999999 000 0 5 7777777 7 0 22 5 55 77 22 77777777777777 7 0 6 2 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 7 0 0 0 55 00 0 5 0 00 000 0 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 33333333333333 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACACGNNTGGTACCTAAAATA--CACAAN--A-AGC--ACTTAAACGCAT--GANAANCACAC-------GTTTGGTACCTAAANTA--CACAAGACAA-GCACCAACGGCAT--G---GAN----A-C-CACACGTTT-GGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNT-T-------T---ATATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACACGNNTGGTACCTAAANTA--CACGAN--A-AGC--ACTTAAACGCAC--GANAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAANTA--CACAAGACAA-GCACCAACGGCAT--G---GAN----A-C-CACACGTTT-GGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACCANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTGCATCTTCTCACTGAATACTCAACATACGCNNCACCANNNTTTCTCACTNAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACAACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNT-T-------T---NTATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTA--CACAATTAA-AGA--ACTTAAA-ACAT--GAGAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAATTT--CATAAGAAAA-GCACCAACGGCAT--G---GAG----A-C-CACACGATA-GGAACCTAAATTAAACATGAC-AAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : -AAC--ACTTAAA-ATAC--AAAAGACAAAC-------GCTACGTAC--AAGATAATCACAAAA------ATCTACA-CAT--G---TAGGGTAA-C-TACACGTTT-GGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttGTAC--AAGATAATCACAAA--A-ATCT-AC--ACATGTAG--GGTAACTACAC-------GTTTGGTACCTTAATTA--CACAAGACAAAGTATCA----CAT--GCTTGAT----AAC-TACACGTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGAgtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATAT-A-------G---TTATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tA--CACGAC--A-AGC---CTTACATGCAT--GATAAGCAAGT-------GTATGGTACTTAAAATA--CACAAGACAG-TCAACAACCGCATAAG---AGA----A-C-CACACATTT-GATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : tgcGTATGGTACTTAAAATA--CACAAG--ACAGTCAAC--AACCGCATAAGAGAACCACAC-------ATTTGATACCTAAAATG--CCCAAGACAT-GCACCAACGGCAT--G----AT----A-TGCACACACTT-GGTACCTGTATTACACAAGAC-AAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaagtTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATAT-A-------T---TTATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTT-G-------T---ACATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCT-T-------TATAATATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCT-T-------C---ATTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATAT-T-------T---ATATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATATATATACAT---TTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT-AACAAA-TA----TTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCT-T-------T---ATATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : GCAT--GATAAGCACATTTCACGTGTTTGGTATTTAAATTA--CGCAAGACAA-GCACCAACTGCAT--G---ATA----A-G-CACAAGTTT-CGTACCT
gi|8 : -CACGTGTTT-GGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCAtttctcactcgacacataacatccttactcgactaaagatttttcttactgggcactagattttctaatctatattcatccttacacaacattcaatttccttatttgacactatattttcatacacaacactatattttctcacccgatacacaacatctttaatggactatagattttaatactgggcactagatttccttacctgtatgtacttaatatccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|9 : gcatgataagcacatttGACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 1 11 333333333333333333333333 22222222 1111111111 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 11 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 22 0 11 999999999999999999999999 99 1 1 55555555 1 1 88 888 99 8888888888 5 8 4 0 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 66 5 1 0 1 1 2 66666666666666 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : .. . .. ........................ .. . . ........ . . .. ... .. .......... . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 00 5 00 444444444444444444444444 22 0 0 33333333 0 8 55 222 22 7777777777 7 0 6 2 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 33333333333333 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAAATA--CACA--AN--A-AGC--ACTTANACG--CAT--GATAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAANTNCACAAGACAA-GCACCAAC-GCAT--G---GNNA-C-CACACGTTT-GGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACACGNNTGGTACCTAAAATA--CACA--AN--A-AGC--ACTTAAACG--CAT--GANAANCACAC-------GTTTGGTACCTAAANTACACAAGACAA-GCACCAACGGCAT--G---GANA-C-CACACGTTT-GGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTA--CACA--ATTAA-AGA--ACTTAAA-A--CAT--GAGAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAAAA-GCACCAACGGCAT--G---GAGA-C-CACACGATA-GGAACCTAAATTAAACATGAC-AAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : ACGCGTTTAACACTTAAAATA--CAAAAGAC--A-AAC--GCT---ACGTACAA--GATAATCACA-------------------AAAATCTACA--------CAT-----GTAG--G---GTAA-C-TACACGTTT-GGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaGTAC--AAGATAATCACA--AA--A-ATCT-AC--ACATG--TAG--GGTAACTACAC-------GTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCA----CAT--GCTTGATAAC-TACACGTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGAgtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tA--CACG--AC--A-AGC---CTTACATG--CAT--GATAAGCAAGT-------GTATGGTACTTAAAATACACAAGACAG-TCAACAACCGCATAAG---AGAA-C-CACACATTT-GATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : tgcGTATGGTACTTAAAATA--CACA--AG--ACAGTCAAC--AACCG--CATAAGAGAACCACAC-------ATTTGATACCTAAAATGCCCAAGACAT-GCACCAACGGCAT--G----ATA-TGCACACACTT-GGTACCTGTATTACACAAGAC-AAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaagtTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT-AACAAA-TA----TTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : G--CAT--GATAAGCACATTTCACGTGTTTGGTATTTAAATTACGCAAGACAA-GCACCAACTGCAT--G---ATAA-G-CACAAGTTT-CGTACCT
gi|8 : -CACGTGTTT-GGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCAtttctcactcgacacataacatccttactcgactaaagatttttcttactgggcactagattttctaatctatattcatccttacacaacattcaatttccttatttgacactatattttcatacacaacactatattttctcacccgatacacaacatctttaatggactatagattttaatactgggcactagatttccttacctgtatgtacttaatatccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|9 : gcatgataagcacatttGACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 11 4444444444444444444 22222222 111111 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 11 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 7 11 3333333333333333333 99 1 55555555 1 1 6 1 1 777777 99 222 5 8 4 0 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 66 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. ................... .. . ........ . . . . . ...... .. ... . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 00 6666666666666666666 22 0 33333333 0 0 7 8 0 888888 22 777 7 0 6 2 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAAATA--CACAAN--AC-AGC--ACTTACATGCAT--GATAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAANTNCACAAGAC-AAGCACCA-AC-G-CAT--GATAACCACACG-TTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACTTAAAATA--CACAAN--A--AGC--ACTTANACGCAT--GATAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAANTNCACAAGAC-AAGCACCA-AC-G-CAT--GGNNACCACACG-TTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTA--CACAATTAA--AGA--ACTTAAA-ACAT--GAGAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCA-AC-GGCAT--GGAGACCACACG-ATAGGAACCTAAATTAAACATGAC-AAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : ACGCGTTTAACACTTAAAATA--CAAAAG--ACAAAC--GCT-ACGTACAA--GATAATCACA-------------------AAAATCTACA-----------CA--T-G-TAG--GGTAACTACACG-TTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaGTAC--AAGATAATCACAAA--A--ATCT-AC--ACATGTAG--GGTAACTACAC-------GTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACAT-G-CTT--GATAACTACACGTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGAgtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tA--CACGAC--A--AGC---CTTACATGCAT--GATAAGCAAGT-------GTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACA-ACCG-CATAAGAGAACCACACA-TTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : tgcGTGTATGGTACTTAAAATA--CACAAG--AC-AGTCAAC--AACCGCATAAGAGAACCACAC-------ATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCA-AC-GGCAT--GATATGCACACA-CTTGGTACCTGTATTACACAAGAC-AAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT-AACAAA-TA----TTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : GCAT--GATAAGCACATTTCACGTGTTTGGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCA-ACTG-CAT--GATAAGCACAAG-TTTCGTACCT
gi|8 : CACGTG-TTTGGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCAtttctcactcgacacataacatccttactcgactaaagatttttcttactgggcactagattttctaatctatattcatccttacacaacattcaatttccttatttgacactatattttcatacacaacactatattttctcacccgatacacaacatctttaatggactatagattttaatactgggcactagatttccttacctgtatgtacttaatatccttacacaacatttaatgtccttatatgacactgtattttcatacgcttcactacattttctcactgaatactca
gi|9 : gcatgataagcacatttGACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 11 4444444444 111 111 111111 222222222 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 22 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 7 11 99 3333333333 444 222 0 3 1 1 1 0 8 4 3 555555 99 333333333 8 4 0 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 33 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. .. .......... ... ... . . . . . . . . . ...... .. ......... . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 00 00 0000000000 888 000 6 2 0 0 0 8 0 0 2 222222 22 777777777 0 6 2 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAAATA--CACAAN-ACAG-C-ACTTACA--TGCAT--GATAACCACACGTTTGGTACCTAAAATNCACAAGAC-AAGCACCA-AC-G-CAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACTTAAAATA--CACAAN-ACAG-C-ACTTACA--TGCAT--GATAACCACACGTTTGGTACCTAAANTNCACAAGAC-AAGCACCA-AC-G-CAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTA--CACAATTAAAG-A-ACTTAAA---ACAT--GAGAACCACACGTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCA-AC-GGCAT--GGAGACCACAC-------G-ATAGGAACCTAAATTAAACATGAC-AAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : ACGCGTTTAACACTTAAAATA--CAAAAG-ACAAAC-GCT-ACG--TACAA--GATAATCACA------------AAAATCTACA-----------CA--T-G-TAG--GGTAACTACAC-------G-TTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaGTAC--AAGATAATCACAAA-A-AT-CTAC--ACA--TGTAG--GGTAACTACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACAT-G-CTT--GATAACTACAC-------GTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGAgtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tA--CACGAC-A-AG-C--CTTACA--TGCAT--GATAAGCAAGTGTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACA-ACCG-CATAAGAGAACCACAC-------A-TTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : tgcGTGTATGGTACTTAAAATA--CACAAG-ACAGTC-A---ACAACCGCATAAGAGAACCACACATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCA-AC-GGCAT--GATATGCACAC-------A-CTTGGTACCTGTATTACACAAGAC-AAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AACAAAT----ATTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -G-CAT--GATAAGCACATTTCACGTG-TTTGGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : GACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 33333333333 111 11 1 11 2222222 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 11 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 4 99 22222222222 444 11 0 999 1 1 1 1 0 2 99 2 3 8 6 11 1 6666666 8 4 0 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 66 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .. ........... ... .. . ... . . . . . . .. . . . . .. . ....... . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 00 66666666666 888 00 6 444 0 4 4 0 8 5 88 5 2 0 0 00 0 0000000 0 6 2 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACCTAAANTACACAAG-AC--AG-CACTTACA--TGCAT--GATAACCACACG-TTTGGTACCTAAAATNCACAAGACANGCACCAAC-GGCAT--GATAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACTTAAAATACACAAN-AC--AG-CACTTACA--TGCAT--GATAACCACACG-TTTGGTACCTAAAATNCACAAGACAAGCACCAAC-G-CAT--GATAACCACAC-------GTTTGGTACCTAAATTACACAAGAC-AAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTACACAATTAA--AG-AACTTAAA---ACAT--GAGAACCACACG-TTTGGTACCTAAATTTCATAAGAAAAGCACCAAC-GGCAT--GGAGACCACAC-------GATAGGAACCTAAATTAAACATGAC-AAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : ACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAG-AC--AAACGCT-ACG--TACAA--GATAATCACA-------------AAAATCTACA----------CA-T-G-TAG--GGTAACTACAC-------GTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACATGCTTGATAACTACACGTTTTG
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAG-ACAAAG-TA-TCACA--TGCTT--GATAACTACACGTTTTGGTATTTAAGTTACAGAAGAgtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaacgcgtttaacacttaaaatacaaaagacaaacgctacgtacaagataatcacaaaaatctacacatgtagggtaactTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tACACGAC-A---AG-C-CTTACA--TGCAT--GATAAGCAAGTG-TATGGTACTTAAAATACACAAGACAGTCAACAACCG-CATAAGAGAACCACAC-------ATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : tgcGTGTATGGTACTTAAAATACACAAG-AC--AGTCA---ACAACCGCATAAGAGAACCACACA-TTTGATACCTAAAATGCCCAAGACATGCACCAAC-GGCAT--GATATGCACAC-------ACTTGGTACCTGTATTACACAAGAC-AAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT-AACAAA-TA----TTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -G-CAT--GATAAGCACATTTCACGTGTTTGGTATTTAAATTACGCAAGAC-AAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : GACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000 111 11 33333333333 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 22 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 0 1 222222222222222222222222222222222222222222 444 11 0 5 1 1 8 1 7777 99 1 00000000000 3 6 3 1 4 2 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 33 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . . .......................................... ... .. . . . . . . .... .. . ........... . . . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 7 0 000000000000000000000000000000000000000000 888 00 6 0 4 0 0 0 3333 22 0 77777777777 7 7 5 0 6 5 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA------------------CAAGT-ACA-GT--CA-----CT-TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACCTAAANTACA------------------CAAG--ACA-G---CA-----CT-TACA--TGCAT--GATAACCACACGTTTGGTACCTAAAATNCACAAGAC-ANGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTACA------------------CAATT-AAA-G---AA-----CT-TAAA---ACAT--GAGAACCACACGTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCAACG-GCAT--GGAGACCACAC-------G-ATAGGAACCTAAAT-TAAACATGACAAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : TAATTTATAT-----------------CAAGTTACA-----CA-----TTCTACT--TGTGT--GGTTA--ACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGAC-AAACGCTA-CGTACAA--GATAATCACA----------------A---AAATCTACACA--------------TGTAGGGTAACTACACGTTTGGTACCTT
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattatACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGACAAACGCTACGTACAAG--ATA-ATCACAAAAATCTACACA--TGTAG--GGTAACTACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACAT-GCTT--GATAACTACAC-------GTTTTGGTATTTAAGT-TACAGAAGAaattacacaagacaaagtatcacatgcttgataactacacgttttggtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tTGCA------------------CACG--ACAAG---C------CT-TACA--TGCAT--GATAAGCAAGTGTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACAACC-GCATAAGAGAACCACAC-------A-TTTGATACCTAAAA-TGCCCAAGACATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : GTGTATGGTACTTAAAATACA------------------CAAG--ACA-GT--CA---------ACAACCGCATAAGAGAACCACACATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACG-GCAT--GATATGCACAC-------A-CTTGGTACCTGTAT-TACACAAGACAAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AACAAAT----ATTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -GCAT--GATAAGCACATTTCACGTG-TTTGGTATTTAAAT-TACGCAAGACAAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : GACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999 111 11 33333333333 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 22 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 1 5555555555555555555555555555555555555555 444 11 0 5 1 8 0 6 99 1 00000000000 3 6 3 1 4 1 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 33 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ........................................ ... .. . . . . . . .. . ........... . . . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000 888 00 6 0 4 0 8 7 22 0 77777777777 7 7 5 0 6 0 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA-----CAA-------GT-ACAG-----TCAC-------T-TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA-----CAA-------GT-ACAG-----TCAC-------T-TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTACA-----CAA-------TT-AAAG------AAC-------T-TAAA---ACAT--GAGAACCACACGTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCAACG-GCAT--GGAGACCACAC-------G-ATAGGAACCTAAAT-TAAACATGACAAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : TTAATTTATAT----CAA-------GTTACA-------CAT-------TCTACT--TGTGT--GGTTA--ACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGAC-AAACGCT-ACGTACAA--GATAATCACA----------------A---AAATCTACACA--------------TGTAGGGTAACTACACGTTTGGTACCTT
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattaACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGACAAACGCTACGT-ACAAGATAATCACAAAAATCTACACA--TGTAG--GGTAACTACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACAT-GCTT--GATAACTACAC-------GTTTTGGTATTTAAGT-TACAGAAGAaattacacaagacaaagtatcacatgcttgataactacacgttttggtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tTGCA-----CAC-------G--ACAA-----GC-C-------T-TACA--TGCAT--GATAAGCAAGTGTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACAACC-GCATAAGAGAACCACAC-------A-TTTGATACCTAAAA-TGCCCAAGACATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : GTGTATGGTACTTAAAATACA-----CAA-------G--ACAG-----TCA-----------ACAACCGCATAAGAGAACCACACATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACG-GCAT--GATATGCACAC-------A-CTTGGTACCTGTAT-TACACAAGACAAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AACAAAT----ATTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -GCAT--GATAAGCACATTTCACGTG-TTTGGTATTTAAAT-TACGCAAGACAAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : GACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999 111 11 33333333333 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 222222222222222222222 1 1 555555555555555555555555555555555555 22 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 1 5555555555555555555555555555555555555555 444 11 0 5 1 8 0 6 99 1 00000000000 3 6 3 1 4 1 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888888888888888888 1 1 1 5 666666666666666666666666666666666666 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 33 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . ........................................ ... .. . . . . . . .. . ........... . . . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ..................... . . . . .................................... . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0000000000000000000000000000000000000000 888 00 6 0 4 0 8 7 22 0 77777777777 7 7 5 0 6 0 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 111111111111111111111 4 0 4 7 666666666666666666666666666666666666 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA-----CAA-------GT-ACAG-----TCAC-------T-TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA-----CAA-------GT-ACAG-----TCAC-------T-TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTACA-----CAA-------TT-AAAG------AAC-------T-TAAA---ACAT--GAGAACCACACGTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCAACG-GCAT--GGAGACCACAC-------G-ATAGGAACCTAAAT-TAAACATGACAAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TAA-CCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAA--------T-------AG-----G-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : TTAATTTATAT----CAA-------GTTACA-------CAT-------TCTACT--TGTGT--GGTTA--ACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGAC-AAACGCT-ACGTACAA--GATAATCACA----------------A---AAATCTACACA--------------TGTAGGGTAACTACACGTTTGGTACCTT
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattaACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGACAAACGCTACGT-ACAAGATAATCACAAAAATCTACACA--TGTAG--GGTAACTACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACAT-GCTT--GATAACTACAC-------GTTTTGGTATTTAAGT-TACAGAAGAaattacacaagacaaagtatcacatgcttgataactacacgttttggtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tTGCA-----CAC-------G--ACAA-----GC-C-------T-TACA--TGCAT--GATAAGCAAGTGTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACAACC-GCATAAGAGAACCACAC-------A-TTTGATACCTAAAA-TGCCCAAGACATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : GTGTATGGTACTTAAAATACA-----CAA-------G--ACAG-----TCA-----------ACAACCGCATAAGAGAACCACACATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACG-GCAT--GATATGCACAC-------A-CTTGGTACCTGTAT-TACACAAGACAAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTT-T-TTTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-ATTAAAACATTTT-TAAAC-ACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AC-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAG-AAAATTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTG-A-TTT--------TC-TTA-C-AACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGTGA-------AT-----T-----T-AT---GAAAAGTGAATCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGATT-TTCT-AATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------GTG-ATT--------TTCTTA-C-ACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------GG-----TTGTGAA-TTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAATA--TAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGATTGT-CT-AATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT------T-A-AGT--------TT-TAAAC-ACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCGTCAATA--TATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT------G-GGATT--------TTCTTA-C-AACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAAC--------ATGTTTTGAA-----T-----ATCA---GAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAG-AA---------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACATAT----G-A-TTT--------TC-TTA-C-ACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AAAGAATT-----T-CT---GAAAAGTGAACCCACCTTCAATA--TATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAG-AAAATTAATATAACTATT--AACAAAT----ATTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -GCAT--GATAAGCACATTTCACGTG-TTTGGTATTTAAAT-TACGCAAGACAAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : GACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatgTT-T-TT-AATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT------G-tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
blockSeqs : T AAAGACAAACGCTACGTACAAGATAATCACAAAAATCTA ACC AA C A A T AA T TTTCACGTGT T C A T T G . A T ACACAACATTCAATTTCCTTATTTG T TTTTCATACACA TCACTT A C T T . GT T C G T T T G . A . G T T ATGTAC TAATTAAAACATT C A A . CTAATGTGAATTTAT T . A C T A A A A AA A G A T A ATATATACATT A TTGAA T G T G A C A A T AT T . A A A T A T C T T A T T A A C A
blockSeqs : A TCAAGTTACACATTC T . G T . . . C CGTT C . A A G G TCACCC T T A G . . . . . CCAGTTGATTT C T A . AGGTTGTGAATTTTT A . A A C T T T . GA G G G T A TTATAA A ATGAA T G T
blockSeqs : A CACGACAAGCCT T . C A . . . C CAT C . A A C C A . . . . . ATGATTT . T . . ATGTTTTGAATATCA G . G A A T C T . A T T A A T AGT A ATAAA T A A
blockSeqs : CAAGACAGTCA T . . A . . . G CAC T . A . T . . . . GTGATT . A . . AAAAGAATTTCT T . A T A A A A . . A T C C C ATT A ATAAA T T A
blockSeqs : . . G . . . . . GGGATT . T . . AACTACT T . G A A A C A . . A G G G C GTA A ATGAA T G T
blockSeqs : . TAAGT . T . . AAGTACT A . A A C T C T . . G G A A A TCA A . . G T
blockSeqs : . T A C A TTA . . . .
blockSeqs : A C TTA . . .
blockSeqCons : CAAGACANTC****************************** T** GTGATTT************** ANGNTTGAATTTCT********************** ** AA NTA*********** ATGAA
originalCons : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA-----CAA-------GT-ACAG-----TCAC-------T-TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT------G-A-ATT--------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAA--------A-------AG-----T-----A-CT---GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
finalCons : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACACAAGACANTC------------------------------TACAT--GCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACA---TCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATT-T-CT-AATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACATGTGATTT--------------TT-TNA-C-ACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAAANGNTTGAATTTCT----------------------GAAAAGTGTGTCCACCATCAATA--TATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAG-AAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNTA-----------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999 111 11 33333333333 22222 8888888888888888888888888 333333333333 111111 11 1 1 1 222 111111 111111 111111 55555555 22 22222222222222 11111 1 1 1
lowQualScore : 1 0000000000000000000000000000000000000000000000 444 11 0 5 1 8 0 6 99 1 00000000000 3 6 3 1 4 1 77777 1 1 4444444444444444444444444 1 444444444444 000000 1 1 1 1 88 22 5 1 1 1 1 1 5 5 1 333 0 8 8 8 666666 0 888888 444444 888 00000000 1 1 1 77 0 0 1 1 1 1 1 1 5 0 99 5 1 0 1 1 2 33333333333333 1 77777 7 1 1 1 1 1 1 1 1 22 5 5 1 1 1 1 1 1 1 1 5 1 1 1 1 1 1 1
lowQualScore : . .............................................. ... .. . . . . . . .. . ........... . . . . . . ..... . . ......................... . ............ ...... . . . . .. .. . . . . . . . . . ... . . . . ...... . ...... ...... ... ........ . . . .. . . . . . . . . . . .. . . . . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 2222222222222222222222222222222222222222222222 888 00 6 0 4 0 8 7 22 0 77777777777 7 7 5 0 6 0 00000 0 0 0000000000000000000000000 0 000000000000 333333 0 0 0 0 55 00 5 0 0 0 0 0 0 0 0 333 7 0 0 0 444444 8 444444 444444 999 66666666 4 9 9 99 7 7 4 6 6 0 0 0 7 4 44 4 0 4 1 0 6 99999999999999 9 22222 3 4 0 0 0 0 0 0 0 00 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0
consensus : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA------------------CAA---G----ACAATC-----------TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATAC---ACATCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGA-TT-T-CTAATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT---GT-GATT------TTCT--NACACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAAANG-T-T-GAATTTCTGAAAAGTGTGTCCACCATCAAT--ATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAGAAAA-TTAGTATAACTATT-AAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
Reference ( family-84 ) : ACGCGTTTGGTACTTAAANTACA------------------CAA---G----ACANTC-----------TACA--TGCAT--GATAACCACGCGTTTGGTACCTAAAATACACAAGAC-AAGCACCAACG-GCAT--GATAACCACAC-------G-TTTGGTACCTAAAT-TACACAAGACAAGCACCAACCGCATGATAAGCACACGTTTNGTACCTTTTCTCACTCGACACACAACATCCTTAAGTTACTCGACTANAGATTTTTCNTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACNACATTTTCANNCGCAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACNANAGATTTTAANACTGGGCACTAGATTTCCTNACCTGTATGTATACTTAACATCCTTACACAACATTTAATNNCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATCTTCTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTANATTTTCTCGNTCAGTGCTCAACATCCTNACANGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACNACATCCTTACTCGAATATAGATTTTTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCANATTCCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATAC---ACATCCTTACACGACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGA-TT-T-CTAATCTATATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT---GT-GATT------TTTT--NACACCACGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAAANGNT-T-GAATTTCTGAAAAGTGTGTCCACCATCAAT--ATATGTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCCANTGTTCATTNTTTANAGAAAA-TTAGTATAACTATTAAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGNCAAATTAACGACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAANATATATNTNT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTGCACGCGTAGAAACAANGGCGGCGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAANATTTGTCAAATTAAGCTTATTNAGATAANTTTNAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTANACCAAATNGTTNNTGCAAAGAATTCATATTGGTATTTTTGATANCTTTCNAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATNTGACGCCGAAAGATATACNTTGCTCGGANATTANTAAATTTTGGACGATTTCCTTTCTGGTAAAANTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCGAATGAGTTTTNCCGGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAANGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTANCGATTTTAAATGCNATTTTNAACATTTTAANGGACGAANTATTTCTTCTNACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|1 : ACACGATTGGTACCTAAATTACA------------------CAATTAA----AGAACT-----------TAAA---ACAT--GAGAACCACACGTTTGGTACCTAAATTTCATAAGAA-AAGCACCAACG-GCAT--GGAGACCACAC-------G-ATAGGAACCTAAAT-TAAACATGACAAGCACCAAATGCATGATAAGCACACGTTTCGTACCTTTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAAGTTACTCAACTATAGATTTTTCATACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTT-------------------------ACACAACA-----AGTTG--ACACTATATTTTC-------ATACACAACATCTTTAATGGACCAAAGATTTTAAAACTGGGCACTAGATTTCTTAATCTATATATATACTTAACATTCTTACACAACATTTAATTGCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCATTACATCT-CTCACTGAATACTCAACATATGCGACACCAGTGTTTCTCACTCAATACTCAACATCCTTACATGGCATTCAATTTCCTTATATGACACTACATGTTCATATGCGACACTAGATTTTCTCGCTCAGTACTCAACATCCTAACAGGACATTCAATTTCCTTATATGACACTATATTGTCGTACACGACACTAGATATTCTCACTTGATACACTACATCCTTACTC-AATATAGATTTGTCTTACTGGGCACTACATTTTCTAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCATATTTCCTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACACGATACACAACATCCTTACACAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAAA-TT-T-CTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT---G--AATT------TTTA--ACCACCACGCTTTATTTCGAAACTTAAAATTAAAATAG-----GA----CTGAAAAGTGTGTCCACCATCAATACATATGCAAATATGACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTAAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAATATTGTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAA-TTAGTATAATTATT-AAAAATATAAGGATGTGTATGTTGTCAAATTGACAACTAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCCCTTATATTTCCCTCAAAACCCAATGAAAA-----------------------ATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTGAAAGGTAATG------------------AACATTGTTTATTTAGGGTCTAGATCTTTCTGAACGGTGCATGCGAAGAAACAAATGCGACGAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAACATTTGTCAAATTAAGCTTATTTAGATAAATTTTAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTATACCAAATGGTTTGTGTAAAGAA-TCATATTGGTATTTTTGATATCTTTCTAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATTTGACGCCGAAAAATATACATTGCTCGGATATTAGTAAATTTTGGATGATTTCTTTTCTGGTAAAAATTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATCAAATGAGTTTTGTTGGG-TTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTCCAAGAATTAAGGTTTCAATGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTAACGATTTTAAATGCGATTTTTAACATTTTAATGGACGAAATATTTCTTTTTACCTTTACCAATTTGAAGTTTAGGTATTATGAAACAAACCACCTA
gi|10 : TTAATTTATAT-----------------CAA---GTTACACATTC-----------TACT--TGTGT--GGTTA--ACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGAC-AAACGCT-ACGTACAA--GATAATCACA----------------A---AAATCTACACA--------------TGTAGGGTAACTACACGTTTGGTACCTT
gi|10 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattaACGCGTTTAACACTTAAAATACAAAAGACAAACGCTACGTACAA---G----ATAATCACAAAAATCTACACA--TGTAG--GGTAACTACACGTTTGGTACCTTAATTACACAAGACAAAGTATCACAT-GCTT--GATAACTACAC-------GTTTTGGTATTTAAGT-TACAGAAGAaattacacaagacaaagtatcacatgcttgataactacacgttttggtatttaagttacagaaga
gi|11 : ccatggaccaagcactccacgcatcaggcgcttcagaaaaatgttggtaacctatttacaaaaggcaaacttatattttgtgtaaaccaaaacttcgatcattattaatttatatcaagttacacattctacttgtgtggttaTTCATGTGTTGGCAAATTAACGATTAGATTTT-CGAAAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAGTCTCTTATATTTTCCTCAAAACAC-ATGAAATATATATATAG---T--------TATGTTTACTGTTGAATGAATTATCAAACTTGCAATTTTT-AAGGTCTTGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TGAGGGTCCAGATCTTTCTGAAGGGTGCACGTGTAGAAGCAATGGCGGCGA
gi|12 : tTGCA------------------CAC---G----ACAAGCCT---------TACA--TGCAT--GATAAGCAAGTGTATGGTACTTAAAATACACAAGAC-AGTCAACAACC-GCATAAGAGAACCACAC-------A-TTTGATACCTAAAA-TGCCCAAGACATGCACCAACGGCATGATATGCACACACTTGGTACCTt
gi|12 : GTGTATGGTACTTAAAATACA------------------CAA---G----ACAGTC-----------AACAACCGCATAAGAGAACCACACATTTGATACCTAAAATGCCCAAGAC-ATGCACCAACG-GCAT--GATATGCACAC-------A-CTTGGTACCTGTAT-TACACAAGACAAGCACCAACCATATGATgtattacacaagacaagcaccaaccatatgat
gi|13 : tgcacacgacaagccttacatgcatgataagcaaTCCCTCAAAATACAATGAAATATATATATAT---T--------TATGTTAACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAATGTCATGAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGGGTC
gi|15 : cTTCTCACTTGATACACAACATCCTTAATCGACAACAGATTTT
gi|16 : AACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGGCG
gi|2 : CATATGTGACACTACATTTTCTCAGTCAATGCTCAACATCCTTACATGACATTCAATTTCCTTTAATGACACTATATTGTCATACACGACACTAGATTTTCTCACTCGATACACTACATCCTTACTC-AGTATAGATTTTTCTTAATGGGCACTACATTTT-TAATCTATATATATTCAACATCCTTCCACGACATTCAAATTCCTTATTTGACTGTATATTTTCATACGCGACACTAGATTTTCTCACTCGATAC---ACATCCTTACATAACCATAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGCTTT-T-TTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT----T-AATTAAAACATTTTTAAACACCACGCTTTATTTCAAAACTTAAAATTAAAA---------AACTACTGAAAAGTGTGTCCACCATCAAT--ATATGTAAATATAACGTAACACCTTGACGGTGTCAAATTAAACATGAATTACTCATCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTTAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAA-TTAGTATAGCTATT-AAAAAAATAAGAATTTGTATGTTGGCAAATTGACGACTAGATTTTTCAAAAGCGAGACAAAGTATTGTTAAACAAATGCCTGGTTTTAATCTCTTATACTTCCCTCAAAACACAATGAAAAATATATTTGT---A--------CATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAAATAATAAATATTGTTTATTTAGGGTCCACATCTTTCTGAACGGTGCATGCGTAGAAACAAAGGCGGCTAAATGTTTATTTTCGGAAATGGATACATTTTGGAGGAAGATTTGTCAAATTAAGCTTATTAAGATAACTTTAAAAGTATCGGTGATTGAAAATATAGTAAACCAAATTGTTATTGCAAAGAATTCATATTGGTA-TTTTGATAACTTTCAAGAATTAAGGTTTTGAAAAGAACCATATGACGCCGAAAGATATACTTTGCTCGGAAATTATTAAATTTTGGACGATTTCCTTTTTGGTAAAACTTATATTGGTAACTTTGAGAATATGATCGATTGAAAATGTATTATATTGAATGAGTTTTTCCAGGTTTTCATGTTTCTTTCTTGAGTATCTTTCAAGAATTAAGGTTTCAAAGAGAACCCATTGACGATAAAACCGCACATTTTGTCAATATTTATCGATTTTAAATGCTATTTTAAACATTTTAAAGGACGAACTATTTCTTCTAACCTTTATCAATTTAAAGTTTAGGTATTATAAAACAAATCATTTA
gi|3 : TCGTACGTGACATTCGATTTACTCACTCGATACACAACATCCATACTCGAATATATATTTTTCTT
gi|3 : TCTATGTATAC------TCAATATTTTAGTTGACATCCAGTTGATT------TTCT--TACAACACACTTAATTTCAAAATTTAAAATTAAAACTAATGT-GAATTTATGAAAAGTGAATCCACCATCAAT--ATATGTAAATATGACGTCACACCTTGAAGATGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAGCACTCGTAAATTCCTTCAGCTTGTTAATCGATATTTTCAAAATAGTTTCAATTTCCCCATTGTTCATTTTTTATAGAAAA-TTAATATAACTATT--AAAACATAAGGATTTTTATGTTGTCAAATTAACGACTTGATTTTTCCAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAACGAAACATATATCTTTATAA--------TATGTTTGTTGTTGAATGATATATTAAACTTGC-ATTCTTAAGGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCCAAACGGTACACGCCCAGAAACAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctatgtatactcaatattttagttgacatccagttgattttcttacaacacacttaatttcaaaatttaaaattaaaactaatgtgaatttatgaaaagtgaatccaccatcaatatatgtaaatatgacgtcacaccttgaagatgtcaaattaaacataaattactcaccaaaagcactcgtaaattccttcagcttgttaatcgatattttcaaaatagtttcaatttccccattgttcattttttatagaaaattaatataactattaaaacataaggatttttatgttgtcaaattaacgacttgatttttccaaagcgaggcaaaatattgtgaaacaaatacctggatttaatctcttatatttccctcaaaacacaacgaaacatatatctttataatatgtttgttgttgaatgatatattaaacttgcattcttaagggtcataaaataaaataaaataattaacattgtttatttagggtccagatctttccaaacggtacacgcccagaaacaat
gi|4 : tcgtacgtgacattcgatttactcactcgatacacaacatccatactcgaatatatatttttcttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCTCACTCGATAC---ACATCCTTACACGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGAACTAGA-TT-TTCTAATCTAAATATAC------TCAATATTTTAGTCGACAT---GT-GATT------TTCT--TACACCACACATAATTTTAAAACTTAAAATTAAAAAGGTTGT-GAATTTTTGAAAAGTGGGTCTACCATCAAT--ATAGGTAAATAT-----CATGCCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCACCAAAAACACTCGTAAATTCCTTCAGCATGTTAACTTTTATTTTAAAAGTGTTTAAAATTTCTCTATTGTTCATTCTTTATAGAAAA-TTAATATAACTATT---AAAAACAAGCATTTATATGTTTTCAAATTAATGACTAGATTTTTTGAAAGCAGGGCAAACTATTGTGTAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATATTT-CCTTAAAACACAATGAAAGATATATCTTC---A--------TTTGTTTATTGTTGAATGGTATATTAAACTTGCAATTATCAAAGGTCATAAAATAAAATAAAATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTTCAGATCTTTCT---C--TACACGCGTAGAAACAAt
gi|5 : AGA-TTGT-CTAATCTATATATAC------TCAATAATTTAGTCGACAT----T-AAGT------TTTA--AACACCATGCTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAAAAG---------TACTGAAAAGTGTGTCCACCGTCAAT--ATATGTATATATGACGTAACACCTTGATGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAACACTCTTAAATTCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAAAAATGTTTTAAATTTCCCTAATGTTCATTATTTAAAGAAAAATTAGTATAACTATTAAAAAAAAAAAGGATTTATATGTTGGCAAATTGACGACAAGATTTTTCGAAAGCGAGGCAAAGTATTGTGAAACAAATGCCTGGATTTAATCTCTTATACTTCCTTCAAAACACAATGAAAAATATATATTT---A--------TATGTTTATTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTCTTAAAAGTC-----ATAAGATAAAATAATGAACATTGTTTATTTAAGGTCCGGATCTTTTTTAGCAGTGCATGCGTAGAAACAAATGCG
gi|6 : TAT------TCAATATTTTAGTTGACAT---GG-GATT------TTCT--TACAACAAACTTAATTTCAAAACTTGAAATTAAACATGTT-TTGAATATCAGAAAAGTGTGTCCACCATTAAT------GTAAATATGACGTCACGCCTTGAAGGTGTCGAATTAGACTTAAATTACTCATCAAAAACACTCGCAAATGCCTTCAGCATGTTAACCTTTATTTTAGAATTTTTTTAAATGTCCTCAATGTTTATGCTGTAAAGAA----------AACTATTGAAAAAAATAAGGATTTGTATGTTGGCAAGTTAACGATTAGA-TTTTCGAAAGCGAGGCAAAATATTGTGAAACAATTGCCTGGATTTAATCTCTTATATTTCCCTCAAAACACAATGAAACATATATATAT---ATATACATTTATGTCTACTGTTGAATGATATATTAAACTTGCAATTATTAAAGGTCATGAAATAAAATGAAATAATTAACATTGTTTA-TTAGTGTCCAGATCTTTTTGAACGGTGCACGCGTAGAAGCAATGGCGG
gi|7 : gCAATATTTTAGTTGACAT---AT-GATT------TTCT--TACACCATACTTAATTTCAAAACTTAAAATTAAAAAAAA----GAATTTCTGAAAAGTGAACCCACCTTCAAT--ATATGTAAATATGAC-TCACACCTTGAAGGTGTCAAATTAAACATAAATTACTCATCAAAAGCAATCGTAACTTCCTTCAGTCTGTTAATCTTTATTTTAAAAACGTTTTCATTTTCCCCATTGTTCATTCTTTATAGAAAA-TTAATATAACTATT--AACAAAT----ATTT-TATGTTGTCAAATAAACGACTTGAAATTTCGATAGCGAGACAAAATATTGTGAAACAAATACCTGGATTTAATCTCTTATATTTCTCTCAAAACACAATGAAAAATATATCTTT---A--------TATGTTTATTGTTAAATGATATATTTAACTTGC-ATTCTTAAAGGTC-----ATAAAATAAGATAATTAACATTGTTTATTTAGGGTCCAGATCTTTCTGAACGGTACACGCGTAGAAACAATGGCGACGAA
gi|8 : -GCAT--GATAAGCACATTTCACGTG-TTTGGTATTTAAAT-TACGCAAGACAAGCACCAACTGCATGATAAGCACAAGTTTCGTACCTTTTCTCACTCGACACATAACATCCTTA-----CTCGACTAAAGATTTTTCTTACTGGGCACTAGATTTTCTAATCTATATTCATCCTTACACAACATTCAATTTCCTTATTTGACACTATATTTTCATACACAACACTATATTTTCTCACCCGATACACAACATCTTTAATGGACTATAGATTTTAATACTGGGCACTAGATTTCCTTACCTGTATG--TACTTAATATCCTTACACAACATTTAATGTCCTTATATGACACTGTATTTTCATACGCTTCACTACATTTTCTCACTGAATACTCA
gi|9 : GACATTCATTTTCCTTATATGACATTATATTTCTATACGCAACACTAATTTTTCTCATTCGATAAACAACAGCCTTTTTTGAATATAGAATTTTCTTACTGGGTACT
gi|9 : aatg-TT-T-TTAATCTATATATACATGTACTCAATATTTTAGTTGACAT---GT-GATT------tgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaattttttaatctatatatacatgtactcaatattttagttgacatgtgatt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TGCACACGACAAGCCTTACCTGCATGAAAAGCACAGTCAACAACCGCATAAGTGAACCACACATTTGATA