lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444 2222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 3333 222 8888888888888888888888888888888888888888 1 333333333333333333333333333333333333 111111 777777777777777777777777777777777777 111 77777777777777777777 2222
lowQualScore : 1 222222222222 1111111 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 00 5555 111 6 4 0000000000000000000000000000000000000000 3 5 5 888888888888888888888888888888888888 0 111111 5 222222222222222222222222222222222222 77 000 2 99 6 11111111111111111111 0 7777 4 6
lowQualScore : . ............ ....... . .......................................................................... . .. .... ... . . ........................................ . . . .................................... . ...... . .................................... .. ... . .. . .................... . .... . .
lowQualScore : 0 333333333333 7777777 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 66 6666 888 0 4 6666666666666666666666666666666666666666 4 7 7 777777777777777777777777777777777777 1 555555 2 777777777777777777777777777777777777 99 000 2 22 2 55555555555555555555 7 7777 0 0
consensus : AATGCCCCT-GGGAGG-G--ATGCATTT-------TGCAAAAG---G-----TGGG----GGT-----N-T------TTAT--T----T-AG----------------AT-TTTA--ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGTA--AAATGCCAT-AAAA-CACGCTG------ACGGTAA------TGAGNCA-----TTTANTCAACTTTTAAA----------AT------G-TTT------------NAACCAG------ACTTGAATTAAAGA-CNAA---------CT---TCC--AGNGAG-C-AN-GTCG--TTT---TATNT--TCCATANAAATGGGTTGGGTN---------GAGGG-GCATTTATTNGGGAG
Reference ( gi|4 ) : AATGTCCCTGAAGAGG-G--ATGCATTT-------TGTAAAAG---G---A-TGGG----GGT-----C-T------TTAT--T----TTAG----------------AT-TTTA--ATTTT-GTA--TGAA----GTGTGTT--AAACGCCAT-AAAT-CATGCTG------ATGGTAA------CCAGACG-----TTTATTCAACTTTTAAA----------AT------A-TTT------------GAACCAG------ACTTGGATTAAAGA-CAAG---------CT---TCC--AGTGAGAT-AC-GTCA--TTT---TATTT--TCCATAAAAATTGGTTGGGTT---------GGGGGTGCCTTTATTAAGGGG
gi|5 : AATGCTCCT----AGG-GCTATGTATTT-------TGCAAAAG---G-----TGGGAGCGGGG-----G-T------GTAT--TAGGGCCCG----------------AT-GATA---TTTT-GTA--TGAA----GTGTGTA--AAGTGCAAA-AAAAACATGC--------A-GGTAA------TGAGGCA-----CTTAATCCACTTC-AAA----------AT------G-TTT------------AAACCAG------TCCTGAATTAAAGACCAA----------------CCAGAGTGAG----T-GTTG--TTT---T
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCC-ATGTGA-A--ATGCATTT-------TGTAAAAGTGTG---T-TGGG----GGA-----G-G------GTAT--T----TGAGCCAT------------ATATCTA--GTTTT-GTA--TGAAAT--GTGTGTA--AAATGTCAT-AAAA-CACACTG------------------------CA-----TTGAATCAAC---TAAA----------AA------ATTTT------------AAACCAG------ACTTGAAttgcc
gi|1 : aataAATATCCC---AGAGACG--ATATGTTT-------TGCAAAAG---GGGTA-TGAG----GATGAACGCAT------TTAT--T----T-GG----------------AC-ATGAGAAATCA-ACA--TGAAAT--GTGTGTA--AAATGCCAT-AAA--CGTGCTG------CCAGTAA------TGAGACATTTATTTTATTCAAC-TTTAAA----------ATG-----A-TTT-------------AATCAA------GCTTGatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|2 : aataAATACCCCTGGGGACG-G---TGCATTT-------T---AAAG---G--------G----GGT-----CAT------TTACAAT----TAAG----------------AT-------ATT---GTAA-TAAAT---GTATGTA--AAATACCAT-ACAG-CA-------------AATAA------TGAGACA-----TTAAGCCAACTTT-AAA----------TT------A-TTT-------------AACCAG------ACTTGAAATGCACA-TATGATTTATTTACT---TCC--A--GAG----T-GCCAAGTTTGGCGATTT--TTCGTAAAAATGGGTAGGGacatctgcatgtattttatttgtataatctacaaactttttcagattattgttgttttattttccatacaagtggatggagagtttattaggtgagggaatatttattcttaggatgttataactga
gi|7 : actgcatgcctttacaacaAATGCCCC-GGGGGGT-G--ATGGATTT-------TGCAAAAA---G--------G----GGT-----A-TAAGAAATCA----------AA----------------AT-TTTA--ATTTT-CCA--TTAAAAGTGTGTGTA--AAATGTCATAAAAT-AATG-TG------ATG------------AGGAA-----TTTATTAAACTTcatataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|11 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCCCTTGAGATG----ATGCATTCCACATTATGCAAGAG---G---GGCGGG----GGT-----A-T------TTAT--T----TCAGGCAAAAAACAAAACAAAG-TTCA--ATTCG-CTA--TGAT----GTGTGTTA-AAATGTCAT-CAAC-CATGTTT------CTCATAA------TGAGTTA-----TTTATTTAACTTaagtcaatg
gi|9 : acaAA----------------AC-TTTA--ATTTTTGTA--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCAT-AAAA-CATGCTGTCACCCATGGGAAATTTATTCAG-CT-----TTTATTTAACTTT-AAA----------AT------G-TTT------------TAACCAG------ACTTAGATTAAAGA-C------------CTATGTCC--AGAGAAGC-AA-GTCA--TTT---TATCT--T
gi|3 : agta--ATTTT-GTA--TGAAATATGTGTGTA--AAATGCAAT-AA---CACTCCC------A--GTGA------TGAGACA-----CATAGTCAACTTTAAAATGTTTCAAACAT------A-TTTCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTATTTGTATAAAAGA-TCAA---------TT---TCC--AGAGTG-T-A--GTCA--TTT---TATAT--TCTATATAAA-----TAGGTA---------AGGGGTGCtttct
gi|12 : t--ATTTT-GTAAATGA-----GAGGGCA--AAATGCTAT-AAAA-CACATTG------CCAGCAA------TGAGTCA-----TTTAGTCAACTTT--GA----------ATTGTTTCA-TCT------------GAACTAG------GCTTGAATggtggggttataaggaaggagcatttattcaggagtatatggtatattacataacat
gi|14 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgcTTATTCAAC-TTTAAA----------AT------G-TGT------------AAAC--G------ACTTGAAaatttattt
gi|16 : aaatgtgtgtcaataatatgacTTTAAA----------AT------G-TTT------------TAACCAG------ACTTGAAatttacatgtgattttgtt
gi|10 : ac------ATTTGAAATAAAGG-CTAA---------CT---TTC--AGAGGGAC-AG-ATTA--TTT---TATTTTATGCATAAAatctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|13 : aacacacttaaactctatgtgtatttTAAAGA-CCAA---------CT---TCT--AGCATGTC-AA-GTCA--TTT---TATAT--TCTATATAAATAGGTTGGGTCATTTATAAGGAGGGAGCATTTATTTAGGAtgaagagggagtggagttatttaggacagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|1 : A-CAAA---------CT---TTT----TCAGATTATTGTTG--TTT---TATTT--TCCATACAAG-----TGGATG---------GAGAG----TTTATTAGGtatataatatatacagt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GTCAACTTTAAAATTTACTCGAAATGTACATTTAAATATATTAAAAACGTGAACTTCAAGTGTATCAAGTCAGTTAACTGACTGTAAAAATAGGTAGGGGCATTTATTAGGTTGGGGATGGAGTTTTTATTCATGGGTTTACAGTATATCTAGTTAAAA
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 33333333 111111111111 1111111111 11111111111 1111 222222222222222222222 11111111111 22222222 666666666666666666666666666666666666666666 1111
lowQualScore : 66666666666 6666666 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 4 55 5555 99 4 11111111 2 99999 1 7 999999999999 5555555555 2 55 99999 1 77777777777 3 999999 44 0000 999999999999999999999 777 55555555555 1 77777777 9999 0 1 1 888888888888888888888888888888888888888888 1 7777 11 6
lowQualScore : ........... ....... ........................................................................... . . .. .... .. . ........ . ..... . . ............ .......... . .. ..... . ........... . ...... .. .... ..................... ... ........... . ........ .... . . . .......................................... . .... .. .
lowQualScore : 11111111111 2222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0 55 2222 55 0 66666666 4 11111 0 3 555555555555 9999999999 0 00 11111 0 33333333333 6 666666 66 4444 555555555555555555555 888 44444444444 0 00000000 4444 7 0 0 111111111111111111111111111111111111111111 0 2222 77 7
consensus : AATGCCCCNGG-GAGGG--ATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-----------------AG----AC-TTNA----ATTTT-GT-A--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAA-CACGCTGNCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACTTTTA----------AA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------ACTTCCAGAG-NG-CA-NGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAATA----GGT------TG-GGT---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
Reference ( family-817 ) : AATGCCCCTGG-GAGGG--ATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-----------------AG----AT-TTTA----ATTTT-GT-A--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAA-CACGCTGACGGTAATGAGNCA-----TTTANTCAACTTTTA----------AA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------ACTTCCAGNG-AG-CA-NGT----CGTTTTATNTTCCATANAAATG----GGT------TG-GGT---------NG-----------AGGG-GCATTTATTNGG-GAG
gi|1 : AATATCCCAGA-GACG---ATATGTTT-------TGCAAAAG---GGGTAT-GAG----GATGAACGCAT------TTATTT-----------------GG----AC-ATGAGA--AATCA-AC-A--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGCCAT-AAA-CGTGCTGCCAGTAATGAGACATTTATTTTATTCAAC-TTTA----------AA----------ATGA--T-----TTAAT-----------CA-A------GC--TTGAC---ATCTGCATGTATTTTATTTGT--ATAATCTAC--AA-------ACTTTTTCAG-AT-TATTGT----TGTTTTATTTTCCATACAAG---------------TG-GAT---------GG-----------AGAG----TTTATTAGGTGAG
gi|10 : aata------AT--TTGA----AA------------------T--AAAG---GC--TA-------ACTTTCAGAG-GGACA-GAT----TATTTTATTTTATGCATAAATGAAGAGG--------G-AGT---------GG-----------AG-------TTATTTAG-GAggaatatttattcttaggatgttataactga
gi|11 : aacacacttaaactctatgtgtatttCCCTTGA-GATG---ATGCATTCCACATTATGCAAGAG---GGG--C-GGG----G------GTAT------TTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAA----AG-TTCA----ATTCG-CT-A--TGAT----GTGTGTT-AAAATGTCATCAAC-CATGTTTCTCATAATGAGTTA-----TTTATTTAACTTcagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|12 : acatAACACCCCAGG-G-GTG--ATGCATTT-------TGTAAA
gi|12 : atcgtacgcccctatata----ATTTT-GT-AAATGAGA---G-G-GC--AAAATGCTATAAAA-CACATTGCCAGCAATGAGTCA-----TTTAGTCAAC-TTTG----------AA----------TTGT--TTCATCTGAAC-----------TA-G------GC--TTGA----AT------------------tgagagggcaaaatgctataaaacacattgccagcaatgagtcatttagtcaactttgaattgtttcatctgaactaggcttgaataatttattt
gi|13 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgc------------------T--AAAG---AC--CA-------ACTTCTAGCA-TGTCA-AGT----CATTTTATATTCTATATAAATA----GGT------TG-GGTCATTTATAAGG-----------AGGGAGCATTTATTTAG-GAGaatttattt
gi|14 : A-----CTTATTCAACTTT-A----------AA----------ATGT--G-----TAAAC--------------G------AC--TTGA----Atatataatatatacagt
gi|16 : aaatgtgtgtcaataatatgTTTA----------AA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Aatttacatgtgattttgtt
gi|2 : acAATACCCCTGG-GGACG--GTGCATTT-------T--AAA------------GGG----G------GTC---------ATTT-----------------AC----AA-TTAAG---ATATT-GTAA--TAAAT---GTATGT--AAAATACCATACAG-CA-------AATAATGAGACA-----TTAAGCCAACTTT------------AA----------ATTA--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AA------------------TGCACAT---AT--GATTTATTTACTTCCAGAG-TGCCA-AGTTTGGCG----ATTTTTCGTAAAAATG----GGT------AG-GGatctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|3 : actgcatgcctttacaaca----ATTTT-GT-A--TGAAATATGTGTGT--AAAATGCAATAA---CACTCC--CAGTGATGAGACA-----CATAGTCAACTTTAA----------AATGTTTCAAACATAT--T-----TCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTAT--TTGT----AT------------------A--AAAG---AT--CA-------ATTTCCAGAG-TG-TA--GT----CATTTTATATTCTATATAAATA----GGTAAGGGGTGCGGT---------GGGGTTATAAGGAAGGA-GCATTTATTCAG-GAGcatataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|4 : tAATGTCCCTGAAGAGGG--ATGCATTT-------TGTAAAAG---GA---T-GGG----G------GTCT------TTATTTT----------------AG----AT-TTTA----ATTTT-GT-A--TGAA----GTGTGT--TAAACGCCATAAAT-CATGCTGATGGTAACCAGACG-----TTTATTCAACTTTTA----------AA----------ATAT--T-----TGAAC-----------CA-G------AC--TTGG----AT------------------T--AAAG---AC--AA-------GCTTCCAGTG-AGATA-CGT----CATTTTATTTTCCATAAAAATT----GGT------TG-GGT---------TG-----------GGGGTGCCTTTATTAAG-GGGtatatggtatattacataacat
gi|5 : AATGCTCCT----AGGGCTATGTATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGGAGCGG------GGGT------GTATTA-----------------GG----GC-CCGATGATATTTT-GT-A--TGAA----GTGTGT--AAAGTGCAAAAAAAACATGC--A-GGTAATGAGGCA-----CTTAATCCACTTC-A----------AA----------ATGT--T-----TAAAC-----------CA-G------TC--CTGA----AT------------------T--AAAG---AC--CA-------A---CCAGAG-TG-AG-TGT----TGTTTT
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCCAT-GTGAA--ATGCATTT-------TGTAAAAGTGTG----TTGGG----G------GAGG------GTATTTG----------------AGCCATATATCTA----GTTTT-GT-A--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGTCATAAAA-CACACTG------------CA-----TTGAATCAAC-TAAA----------AA----------AT-T--T-----TAAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Attgcc
gi|7 : aataAATGCCCCGGG-GGGTG--ATGGATTT-------TGCAAAA-----------AGG----G------GTATAAGAAATCA--------------------AA----AT-TTTA----ATTTT-CC-A--TTAAAAGTGTGTGT--AAAATGTCATAAAA------TAAT-GTGATGAGGAA-----TTTATTAAACTTatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|8 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCAAC-TTTA----------AA----------ATTTACT-----CGAAA-----------TG-T------ACATTTAAATATAT------------------T--AAAA---ACGTGA-------ACTTCAAGTGTAT-CA-AGT----CAGTTAACTGACTGTAAAAATA----GGT----------------------------------AGGG-GCATTTATTAGG-aagtcaatg
gi|9 : g-----------------AA----AC-TTTA----ATTTTTGT-A--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCATAAAA-CATGCTGTCACCCATGGGAAA-----TTTATTCAGCTTTTATTTAACTTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTAG----AT------------------T--AAAG---AC--CT-------ATGTCCAGAGAAG-CA-AGT----CATTTTATCTTttggggatggagtttttattcatgggtttacagtatatctagttaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 22222222 11111111111 1 1111111111 11111111111 333333333333333333333 11111111111 2222 11111 666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 33333333333 000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 99 5555 99 4 00000000 0 99999 1 66666666666 1 5555555555 2 55 99999 1 77777777777 3 999999 44 3 888888888888888888888 777 55555555555 66 55 3333 9999 0 1 22222 111111111111111111111111111111111111 222222 7 6
lowQualScore : ........... ... ................................................................. . .. .... .. . ........ . ..... . ........... . .......... . .. ..... . ........... . ...... .. . ..................... ... ........... .. .. .... .... . . ..... .................................... ...... . .
lowQualScore : 66666666666 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 2222 55 8 22222222 6 11111 0 77777777777 2 9999999999 0 00 11111 0 33333333333 6 666666 66 3 000000000000000000000 888 44444444444 11 44 8888 4444 7 0 44444 444444444444444444444444444444444444 555555 5 7
consensus : AATGCCCCNGG-GAGNG--ATGCATTTTGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA-AT------------------T--AAAG---ACN--A-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
Reference ( family-817 ) : AATGCCCCNGG-GAGGG--ATGCATTTTGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGNCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA-AT------------------T--AAAG---ACN--A-------AC--TTCCAGAG-NG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
gi|1 : AATATCCCAGA-GACG---ATATGTTTTGCAAAAG---GGGTAT-GAG----GATGAACGCAT------TTATTT-GGAC----------------ATGAGA--AATCA-ACA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGCCATAAA-CGTGCTGCCAGTAATGAGACATTTATTTTATTCAAC-----------TTTAAA----------ATGA--T-----TTAAT-----------CA-A------GC--TTGACATCTGCATGTATTTTATTTGT--ATAATCTACA--A-------ACTTTTTCAGAT-TA-T-TGT----TGTTTTATTTTCCATACAAG---------------TG-GA-T---------GG-----------AGAG----TTTATTAGGTGAG
gi|10 : aata------AT--TTGA-AA------------------T--AAAG---GCT--A-------AC--TTTCAGAG-GGACAGAT----TATTTTATTTTATGCATAAATGAAGAGG--------G-AG-T---------GG-----------AG-------TTATTTAG-GAggaatatttattcttaggatgttataactga
gi|11 : aacacacttaaactctatgtgtatttCATTATGCAAGAG---GGG--C-GGG----G------GTAT------TTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAAAGTTCA----ATTCG-CTA--TGAT----GTGTGTT-AAAATGTCATCAACCATGTTTCTCATAATGAGTTA-----TTTATTTAACT----------Tcagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|12 : acatcccttgagatgatgcattccaAACACCCCAGG-G-GTG--ATGCATTTTGTAAA
gi|12 : atcgtacgcccctatata----ATTTT-GTAAATGAGA---G-G-GC--AAAATGCTATAAAACACATTGCCAGCAATGAGTCA-----TTTAGTCAAC-----------TTTGAA----------TTGT--TTCATCTGAAC-----------TA-G------GC--TTGA-AT------------------tgagagggcaaaatgctataaaacacattgccagcaatgagtcatttagtcaactttgaattgtttcatctgaactaggcttgaataatttattt
gi|13 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgc------------------T--AAAG---ACC--A-------AC--TTCTAGCA-TGTCAAGT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGT------TG-GG-TCATTTATAAGG-----------AGGGAGCATTTATTTAG-GAGaatttattt
gi|14 : TGTCAATAATATGAC-------TTATTCAAC-----------TTTAAA----------ATGT--G-----TAAAC--------------G------AC--TTGA-Atatataatatatacagt
gi|16 : aaatgtg----------TTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA-Aatttacatgtgattttgtt
gi|2 : acAATACCCCTGG-GGACG--GTGCATTTT---AAAG---G--------G----G------GTC---------ATTT-ACAA----------------TTAAG---ATATT-GTAA-TAAAT---GTATGT--AAAATACCATACAGCA-------AATAATGAGACA-----TTAAGCCAACT----------TT--AA----------ATTA--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA-AA------------------TGCACAT---ATG--ATTTATTTAC--TTCCAGAG-TGCCAAGTTTGGCG----ATTTTTCGTAAAAAT----GGGT------AG-GG-atctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|3 : actgcatgcctttacaaca----ATTTT-GTA--TGAAATATGTGTGT--AAAATGCAATAA----CACTCCCAGTGATGAGACA-----CATAGTCAACT----------TTAAAATGTTTCAAACATAT--T-----TCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTAT--TTGT-AT------------------A--AAAG---ATC--A-------AT--TTCCAGAG-TG-TA-GT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGTAAGGGGTGCGG-T---------GGGGTTATAAGGAAGGA-GCATTTATTCAG-GAGcatataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|4 : tAATGTCCCTGAAGAGGG--ATGCATTTTGTAAAAG---GA---T-GGG----G------GTCT------TTATTTTAGAT----------------TTTA----ATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--TAAACGCCATAAATCATGCTGATGGTAACCAGACG-----TTTATTCAACT----------TTTAAA----------ATAT--T-----TGAAC-----------CA-G------AC--TTGG-AT------------------T--AAAG---ACA--A-------GC--TTCCAGTG-AGATACGT----CATTTTATTTTCCATAAAAAT----TGGT------TG-GGTT---------GG-----------GGGT-GCCTTTATTAAG-GGGtatatggtatattacataacat
gi|5 : AATGCTCCT----AGGGCTATGTATTTTGCAAAAG---G----T-GGGAGCGG------GGGT------GTATTA-GGGC----------------CCGATGATATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--AAAGTGCAA-AAAAAACA-TGCAGGTAATGAGGCA-----CTTAATCCACT----------TC-AAA----------ATGT--T-----TAAAC-----------CA-G------TC--CTGA-AT------------------T--AAAG---ACC--A-------A-----CCAGAG-TG-AGTGT----TGTTTT
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCCAT-GTGAA--ATGCATTTTGTAAAAGTGTG----TTGGG----G------GAGG------GTATTTGAGCCATATA-----------TCTA----GTTTT-GTA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGTCATAAAACACACTG------------CA-----TTGAATCAACT----------AA-AAA----------AT-T--T-----TAAAC-----------CA-G------AC--TTGA-Attgcc
gi|7 : aataAATGCCCCGGG-GGGTG--ATGGATTTTGCAAAAA---G--------G----G------GTATAAGAAATCA----AAAT----------------TTTA----ATTTT-CCA--TTAAAAGTGTGTGT--AAAATGTCATAAAATA--AT----GTGATGAGGAA-----TTTATTAAACT----------Tatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|8 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCAACT----------TT-AAA----------ATTTACT-----CGAAA-----------TG-T------ACATTTAA-ATATAT--------------T--AAAA---ACGTGA-------AC--TTCAAGTG-TATCAAGT----CAGTTAACTGACTGTAAAAAT----AGGT-----------------------------------AGGG-GCATTTATT-AG-aagtcaatg
gi|9 : g-AAAC----------------TTTA----ATTTTTGTA--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCATAAAACATGCTGTCACCCATGGGAAA-----TTTATTCAGCTTTTATTTAACTTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTAG-AT------------------T--AAAG---ACC--T-------AT--GTCCAGAGAAG-CAAGT----CATTTTATCTTttggggatggagtttttattcatgggtttacagtatatctagttaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 11111111 22222222222 1111111111 11111111111 333333333333333333333 11111111111 2222 11111 666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 1 5 555 6666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 99 5555 99 4 77777777 0 99999 1 00000000000 9 5555555555 2 55 99999 1 77777777777 3 999999 44 3 888888888888888888888 777 55555555555 66 4 3333 9999 0 1 22222 111111111111111111111111111111111111 222222 7 6
lowQualScore : . . ... ....... ..................................................................... . .. .... .. . ........ . ..... . ........... . .......... . .. ..... . ........... . ...... .. . ..................... ... ........... .. . .... .... . . ..... .................................... ...... . .
lowQualScore : 0 0 888 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55 2222 55 8 44444444 6 11111 0 88888888888 1 9999999999 0 00 11111 0 33333333333 6 666666 66 3 000000000000000000000 888 44444444444 11 4 8888 4444 7 0 44444 444444444444444444444444444444444444 555555 5 7
consensus : AATGCCCCNGG-GAGCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA-AT------------------T--AAAG---ACN--A-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
Reference ( family-817 ) : AATGCCCCNGG-GAGNGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA-AT------------------T--AAAG---ACN--A-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
gi|1 : AATATCCCAGA-GA-CGATATGTTT-------TGCAAAAG---GGGTAT-GAG----GATGAACGCAT------TTATTT-GGAC----------------ATGAGA--AATCA-ACA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGCCATAAA-CGTGCTGCCAGTAATGAGACATTTATTTTATTCAAC-----------TTTAAA----------ATGA--T-----TTAAT-----------CA-A------GC--TTGACATCTGCATGTATTTTATTTGT--ATAATCTACA--A-------ACTTTTTCAGAT-TA-T-TGT----TGTTTTATTTTCCATACAAG---------------TG-GA-T---------GG-----------AGAG----TTTATTAGGTGAG
gi|10 : aata------AT--TTGA-AA------------------T--AAAG---GCT--A-------AC--TTTCAGAG-GGACAGAT----TATTTTATTTTATGCATAAATGAAGAGG--------G-AG-T---------GG-----------AG-------TTATTTAG-GAggaatatttattcttaggatgttataactga
gi|11 : aacacacttaaactctatgtgtatttCCCTTGA-GA-TGATGCATTCCACATTATGCAAGAG---GGG--C-GGG----G------GTAT------TTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAAAGTTCA----ATTCG-CTA--TGAT----GTGTGTT-AAAATGTCATCAACCATGTTTCTCATAATGAGTTA-----TTTATTTAACT----------Tcagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|12 : acatAACACCCCAGG-G-GTGATGCATTT-------TGTAAA
gi|12 : atcgtacgcccctatata----ATTTT-GTAAATGAGA---G-G-GC--AAAATGCTATAAAACACATTGCCAGCAATGAGTCA-----TTTAGTCAAC-----------TTTGAA----------TTGT--TTCATCTGAAC-----------TA-G------GC--TTGA-AT------------------tgagagggcaaaatgctataaaacacattgccagcaatgagtcatttagtcaactttgaattgtttcatctgaactaggcttgaataatttattt
gi|13 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgc------------------T--AAAG---ACC--A-------AC--TTCTAGCA-TGTCAAGT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGT------TG-GG-TCATTTATAAGG-----------AGGGAGCATTTATTTAG-GAGaatttattt
gi|14 : TGTCAATAATATGAC-------TTATTCAAC-----------TTTAAA----------ATGT--G-----TAAAC--------------G------AC--TTGA-Atatataatatatacagt
gi|16 : aaatgtg----------TTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA-Aatttacatgtgattttgtt
gi|2 : acAATACCCCTGG-GGACGGTGCATTT-------T---AAAG---G--------G----G------GTC---------ATTT-ACAA----------------TTAAG---ATATT-GTAA-TAAAT---GTATGT--AAAATACCATACAGCA-------AATAATGAGACA-----TTAAGCCAACT----------TT--AA----------ATTA--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA-AA------------------TGCACAT---ATG--ATTTATTTAC--TTCCAGAG-TGCCAAGTTTGGCG----ATTTTTCGTAAAAAT----GGGT------AG-GG-atctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|3 : actgcatgcctttacaaca----ATTTT-GTA--TGAAATATGTGTGT--AAAATGCAATAA----CACTCCCAGTGATGAGACA-----CATAGTCAACT----------TTAAAATGTTTCAAACATAT--T-----TCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTAT--TTGT-AT------------------A--AAAG---ATC--A-------AT--TTCCAGAG-TG-TA-GT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGTAAGGGGTGCGG-T---------GGGGTTATAAGGAAGGA-GCATTTATTCAG-GAGcatataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|4 : tAATGTCCCTGAAGAGGGATGCATTT-------TGTAAAAG---GA---T-GGG----G------GTCT------TTATTTTAGAT----------------TTTA----ATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--TAAACGCCATAAATCATGCTGATGGTAACCAGACG-----TTTATTCAACT----------TTTAAA----------ATAT--T-----TGAAC-----------CA-G------AC--TTGG-AT------------------T--AAAG---ACA--A-------GC--TTCCAGTG-AGATACGT----CATTTTATTTTCCATAAAAAT----TGGT------TG-GGTT---------GG-----------GGGT-GCCTTTATTAAG-GGGtatatggtatattacataacat
gi|5 : AATGCTCCTAG-G-GCTATGTATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGGAGCGG------GGGT------GTATTA-GGGC----------------CCGATGATATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--AAAGTGCAA-AAAAAACA-TGCAGGTAATGAGGCA-----CTTAATCCACT----------TC-AAA----------ATGT--T-----TAAAC-----------CA-G------TC--CTGA-AT------------------T--AAAG---ACC--A-------A-----CCAGAG-TG-AGTGT----TGTTTT
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCCAT-GTGAAATGCATTT-------TGTAAAAGTGTG----TTGGG----G------GAGG------GTATTTGAGCCATATA-----------TCTA----GTTTT-GTA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGTCATAAAACACACTG------------CA-----TTGAATCAAC-----------TAAAAA----------AT-T--T-----TAAAC-----------CA-G------AC--TTGA-Attgcc
gi|7 : aataAATGCCCCGGG-GGGTGATGGATTT-------TGCAAAA-----------AGG----G------GTATAAGAAATCA----AAAT----------------TTTA----ATTTT-CCA--TTAAAAGTGTGTGT--AAAATGTCATAAAATA--AT----GTGATGAGGAA-----TTTATTAAACT----------Tatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|8 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCAACT----------TT-AAA----------ATTTACT-----CGAAA-----------TG-T------ACATTTAA-ATATAT--------------T--AAAA---ACGTGA-------AC--TTCAAGTG-TATCAAGT----CAGTTAACTGACTGTAAAAAT----AGGT-----------------------------------AGGG-GCATTTATT-AG-aagtcaatg
gi|9 : g-AAAC----------------TTTA----ATTTTTGTA--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCATAAAACATGCTGTCACCCATGGGAAA-----TTTATTCAGCTTTTATTTAACTTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTAG-AT------------------T--AAAG---ACC--T-------AT--GTCCAGAGAAG-CAAGT----CATTTTATCTTttggggatggagtttttattcatgggtttacagtatatctagttaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 11111111 22222222222 1111111111 11111111111 1111 222222222222222222222 11111111111 2222 11111 666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 1 5 777 6666666 000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 99 5555 99 4 77777777 0 99999 1 00000000000 9 5555555555 2 55 99999 1 77777777777 3 999999 44 0000 999999999999999999999 777 55555555555 66 4 3333 9999 0 1 22222 111111111111111111111111111111111111 222222 7 6
lowQualScore : . . ... ....... ... ................................................................. . .. .... .. . ........ . ..... . ........... . .......... . .. ..... . ........... . ...... .. .... ..................... ... ........... .. . .... .... . . ..... .................................... ...... . .
lowQualScore : 0 0 000 2222222 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 2222 55 8 44444444 6 11111 0 88888888888 1 9999999999 0 00 11111 0 33333333333 6 666666 66 4444 555555555555555555555 888 44444444444 11 4 8888 4444 7 0 44444 444444444444444444444444444444444444 555555 5 7
consensus : AATGCCCCNGG-GAGCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
Reference ( family-817 ) : AATGCCCCNGG-GAGCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
gi|1 : AATATCCCAGA-GA-CGATATGTTT-------TGCAAAAG---GGGTAT-GAG----GATGAACGCAT------TTATTT-GGAC----------------ATGAGA--AATCA-ACA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGCCATAAA-CGTGCTGCCAGTAATGAGACATTTATTTTATTCAAC-----------TTTAAA----------ATGA--T-----TTAAT-----------CA-A------GC--TTGAC---ATCTGCATGTATTTTATTTGT--ATAATCTAC--AA-------ACTTTTTCAGAT-TA-T-TGT----TGTTTTATTTTCCATACAAG---------------TG-GA-T---------GG-----------AGAG----TTTATTAGGTGAG
gi|10 : aata------AT--TTGA----AA------------------T--AAAG---GC--TA-------AC--TTTCAGAG-GGACAGAT----TATTTTATTTTATGCATAAATGAAGAGG--------G-AG-T---------GG-----------AG-------TTATTTAG-GAggaatatttattcttaggatgttataactga
gi|11 : aacacacttaaactctatgtgtatttCCCTTGA-GA-TGATGCATTCCACATTATGCAAGAG---GGG--C-GGG----G------GTAT------TTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAAAGTTCA----ATTCG-CTA--TGAT----GTGTGTT-AAAATGTCATCAACCATGTTTCTCATAATGAGTTA-----TTTATTTAACT----------Tcagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|12 : acatAACACCCCAGG-G-GTGATGCATTT-------TGTAAA
gi|12 : atcgtacgcccctatata----ATTTT-GTAAATGAGA---G-G-GC--AAAATGCTATAAAACACATTGCCAGCAATGAGTCA-----TTTAGTCAAC-----------TTTGAA----------TTGT--TTCATCTGAAC-----------TA-G------GC--TTGA----AT------------------tgagagggcaaaatgctataaaacacattgccagcaatgagtcatttagtcaactttgaattgtttcatctgaactaggcttgaataatttattt
gi|13 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgc------------------T--AAAG---AC--CA-------AC--TTCTAGCA-TGTCAAGT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGT------TG-GG-TCATTTATAAGG-----------AGGGAGCATTTATTTAG-GAGaatttattt
gi|14 : TGTCAATAATATGAC-------TTATTCAACT----------TT-AAA----------ATGT--G-----TAAAC--------------G------AC--TTGA----Atatataatatatacagt
gi|16 : aaatgtg----------TTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Aatttacatgtgattttgtt
gi|2 : acAATACCCCTGG-GGACGGTGCATTT-------T---AAAG---G--------G----G------GTC---------ATTT-ACAA----------------TTAAG---ATATT-GTAA-TAAAT---GTATGT--AAAATACCATACAGCA-------AATAATGAGACA-----TTAAGCCAACT----------TT--AA----------ATTA--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AA------------------TGCACAT---AT--GATTTATTTAC--TTCCAGAG-TGCCAAGTTTGGCG----ATTTTTCGTAAAAAT----GGGT------AG-GG-atctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|3 : actgcatgcctttacaaca----ATTTT-GTA--TGAAATATGTGTGT--AAAATGCAATAA----CACTCCCAGTGATGAGACA-----CATAGTCAACT----------TTAAAATGTTTCAAACATAT--T-----TCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTAT--TTGT----AT------------------A--AAAG---AT--CA-------AT--TTCCAGAG-TG-TA-GT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGTAAGGGGTGCGG-T---------GGGGTTATAAGGAAGGA-GCATTTATTCAG-GAGcatataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|4 : tAATGTCCCTGAAGAGGGATGCATTT-------TGTAAAAG---GA---T-GGG----G------GTCT------TTATTTTAGAT----------------TTTA----ATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--TAAACGCCATAAATCATGCTGATGGTAACCAGACG-----TTTATTCAACT----------TTTAAA----------ATAT--T-----TGAAC-----------CA-G------AC--TTGG----AT------------------T--AAAG---AC--AA-------GC--TTCCAGTG-AGATACGT----CATTTTATTTTCCATAAAAAT----TGGT------TG-GGTT---------GG-----------GGGT-GCCTTTATTAAG-GGGtatatggtatattacataacat
gi|5 : AATGCTCCTAG-G-GCTATGTATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGGAGCGG------GGGT------GTATTA-GGGC----------------CCGATGATATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--AAAGTGCAA-AAAAAACA-TGCAGGTAATGAGGCA-----CTTAATCCACT----------TC-AAA----------ATGT--T-----TAAAC-----------CA-G------TC--CTGA----AT------------------T--AAAG---AC--CA-------A-----CCAGAG-TG-AGTGT----TGTTTT
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCCAT-GTGAAATGCATTT-------TGTAAAAGTGTG----TTGGG----G------GAGG------GTATTTGAGCCATATA-----------TCTA----GTTTT-GTA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGTCATAAAACACACTG------------CA-----TTGAATCAAC-----------TAAAAA----------AT-T--T-----TAAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Attgcc
gi|7 : aataAATGCCCCGGG-GGGTGATGGATTT-------TGCAAAAA---G--------G----G------GTATAAGAAATCA----AAAT----------------TTTA----ATTTT-CCA--TTAAAAGTGTGTGT--AAAATGTCATAAAATA--AT----GTGATGAGGAA-----TTTATTAAACT----------Tatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|8 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCAAC-----------TTTAAA----------ATTTACT-----CGAAA-----------TG-T------ACATTTAAATATAT------------------T--AAAA---ACGTGA-------AC--TTCAAGTG-TATCAAGT----CAGTTAACTGACTGTAAAAAT----AGGT-----------------------------------AGGG-GCATTTATT-AG-aagtcaatg
gi|9 : g-AAAC----------------TTTA----ATTTTTGTA--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCATAAAACATGCTGTCACCCATGGGAAA-----TTTATTCAGCTTTTATTTAACTTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTAG----AT------------------T--AAAG---AC--CT-------AT--GTCCAGAGAAG-CAAGT----CATTTTATCTTttggggatggagtttttattcatgggtttacagtatatctagttaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA
Alignments
lowQualScore : 111 1111111 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 3333 11111111 22222222222 1111111111 11111111111 1111 222222222222222222222 11111111111 2222 11111 666666666666666666666666666666666666 111111
lowQualScore : 1 5 777 6666666 000 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 99 5555 99 4 77777777 0 99999 1 00000000000 9 5555555555 2 55 99999 1 77777777777 3 999999 44 0000 999999999999999999999 777 55555555555 66 4 3333 9999 0 1 22222 111111111111111111111111111111111111 222222 7 6
lowQualScore : . . ... ....... ... ................................................................. . .. .... .. . ........ . ..... . ........... . .......... . .. ..... . ........... . ...... .. .... ..................... ... ........... .. . .... .... . . ..... .................................... ...... . .
lowQualScore : 0 0 000 2222222 000 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 2222 55 8 44444444 6 11111 0 88888888888 1 9999999999 0 00 11111 0 33333333333 6 666666 66 4444 555555555555555555555 888 44444444444 11 4 8888 4444 7 0 44444 444444444444444444444444444444444444 555555 5 7
consensus : AATGCCCCNGG-GAGCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
Reference ( family-817 ) : AATGCCCCNGG-GAGCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
gi|1 : AATATCCCAGA-GA-CGATATGTTT-------TGCAAAAG---GGGTAT-GAG----GATGAACGCAT------TTATTT-GGAC----------------ATGAGA--AATCA-ACA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGCCATAAA-CGTGCTGCCAGTAATGAGACATTTATTTTATTCAAC-----------TTTAAA----------ATGA--T-----TTAAT-----------CA-A------GC--TTGAC---ATCTGCATGTATTTTATTTGT--ATAATCTAC--AA-------ACTTTTTCAGAT-TA-T-TGT----TGTTTTATTTTCCATACAAG---------------TG-GA-T---------GG-----------AGAG----TTTATTAGGTGAG
gi|10 : aata------AT--TTGA----AA------------------T--AAAG---GC--TA-------AC--TTTCAGAG-GGACAGAT----TATTTTATTTTATGCATAAATGAAGAGG--------G-AG-T---------GG-----------AG-------TTATTTAG-GAggaatatttattcttaggatgttataactga
gi|11 : aacacacttaaactctatgtgtatttCCCTTGA-GA-TGATGCATTCCACATTATGCAAGAG---GGG--C-GGG----G------GTAT------TTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAAAGTTCA----ATTCG-CTA--TGAT----GTGTGTT-AAAATGTCATCAACCATGTTTCTCATAATGAGTTA-----TTTATTTAACT----------Tcagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|12 : acatAACACCCCAGG-G-GTGATGCATTT-------TGTAAA
gi|12 : atcgtacgcccctatata----ATTTT-GTAAATGAGA---G-G-GC--AAAATGCTATAAAACACATTGCCAGCAATGAGTCA-----TTTAGTCAAC-----------TTTGAA----------TTGT--TTCATCTGAAC-----------TA-G------GC--TTGA----AT------------------tgagagggcaaaatgctataaaacacattgccagcaatgagtcatttagtcaactttgaattgtttcatctgaactaggcttgaataatttattt
gi|13 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgc------------------T--AAAG---AC--CA-------AC--TTCTAGCA-TGTCAAGT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGT------TG-GG-TCATTTATAAGG-----------AGGGAGCATTTATTTAG-GAGaatttattt
gi|14 : TGTCAATAATATGAC-------TTATTCAACT----------TT-AAA----------ATGT--G-----TAAAC--------------G------AC--TTGA----Atatataatatatacagt
gi|16 : aaatgtg----------TTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Aatttacatgtgattttgtt
gi|2 : acAATACCCCTGG-GGACGGTGCATTT-------T---AAAG---G--------G----G------GTC---------ATTT-ACAA----------------TTAAG---ATATT-GTAA-TAAAT---GTATGT--AAAATACCATACAGCA-------AATAATGAGACA-----TTAAGCCAACT----------TT--AA----------ATTA--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AA------------------TGCACAT---AT--GATTTATTTAC--TTCCAGAG-TGCCAAGTTTGGCG----ATTTTTCGTAAAAAT----GGGT------AG-GG-atctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|3 : actgcatgcctttacaaca----ATTTT-GTA--TGAAATATGTGTGT--AAAATGCAATAA----CACTCCCAGTGATGAGACA-----CATAGTCAACT----------TTAAAATGTTTCAAACATAT--T-----TCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTAT--TTGT----AT------------------A--AAAG---AT--CA-------AT--TTCCAGAG-TG-TA-GT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGTAAGGGGTGCGG-T---------GGGGTTATAAGGAAGGA-GCATTTATTCAG-GAGcatataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|4 : tAATGTCCCTGAAGAGGGATGCATTT-------TGTAAAAG---GA---T-GGG----G------GTCT------TTATTTTAGAT----------------TTTA----ATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--TAAACGCCATAAATCATGCTGATGGTAACCAGACG-----TTTATTCAACT----------TTTAAA----------ATAT--T-----TGAAC-----------CA-G------AC--TTGG----AT------------------T--AAAG---AC--AA-------GC--TTCCAGTG-AGATACGT----CATTTTATTTTCCATAAAAAT----TGGT------TG-GGTT---------GG-----------GGGT-GCCTTTATTAAG-GGGtatatggtatattacataacat
gi|5 : AATGCTCCTAG-G-GCTATGTATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGGAGCGG------GGGT------GTATTA-GGGC----------------CCGATGATATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--AAAGTGCAA-AAAAAACA-TGCAGGTAATGAGGCA-----CTTAATCCACT----------TC-AAA----------ATGT--T-----TAAAC-----------CA-G------TC--CTGA----AT------------------T--AAAG---AC--CA-------A-----CCAGAG-TG-AGTGT----TGTTTT
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCCAT-GTGAAATGCATTT-------TGTAAAAGTGTG----TTGGG----G------GAGG------GTATTTGAGCCATATA-----------TCTA----GTTTT-GTA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGTCATAAAACACACTG------------CA-----TTGAATCAAC-----------TAAAAA----------AT-T--T-----TAAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Attgcc
gi|7 : aataAATGCCCCGGG-GGGTGATGGATTT-------TGCAAAAA---G--------G----G------GTATAAGAAATCA----AAAT----------------TTTA----ATTTT-CCA--TTAAAAGTGTGTGT--AAAATGTCATAAAATA--AT----GTGATGAGGAA-----TTTATTAAACT----------Tatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|8 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCAAC-----------TTTAAA----------ATTTACT-----CGAAA-----------TG-T------ACATTTAAATATAT------------------T--AAAA---ACGTGA-------AC--TTCAAGTG-TATCAAGT----CAGTTAACTGACTGTAAAAAT----AGGT-----------------------------------AGGG-GCATTTATT-AG-aagtcaatg
gi|9 : g-AAAC----------------TTTA----ATTTTTGTA--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCATAAAACATGCTGTCACCCATGGGAAA-----TTTATTCAGCTTTTATTTAACTTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTAG----AT------------------T--AAAG---AC--CT-------AT--GTCCAGAGAAG-CAAGT----CATTTTATCTTttggggatggagtttttattcatgggtttacagtatatctagttaaaa
blockSeqs : T A GAC CACATTA TGT GGCGGGGGTATTTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAAAGTTCA T AA ATAT TT C TGTTTCTC . T TTTTATTTAAC T TGTTTCAAAC G AC TCATC G TTTGTAATGAA T TTATTT AT ATAT TGC . GATTTATTT . A ACAG TTGG T GAAGA TAAGGGGTGCGGTGGGGTTATAAGGA GGAGCA T .
blockSeqs : A . AGG . . TGGGAGCGGGGGTGTATTAGGGCCCGATGAT . A AAGT T A CATTGCCA . G T T . G . . A . . . . . T . GTGA . . TCAA . T A TTGGGTCATTTATAAGG GAGCA T .
blockSeqs : T . TGA . . TTGGGGGAGGGTATTTGAGCCATATATCTA . . AT . G CACTCCCA . T T A . G . . T . . . . . T . TA . . CCAA . A G TTGGGTTGG GTGCC C .
blockSeqs : T . GGT . . ATGGGGGTCTTTATTTTAGATTTTA . . A . T TGCTGATG . G T T . T . . T . . . . . A . CA . . ATAC . T A GAGTGG GGGCA A .
blockSeqs : T . AT . . GGGTATAAGAAATCAAAATTTTA . . T . A TGCTGTCA . G T A . A . . C . . . . . T . CA . . TCAA . A T T . . .
blockSeqs : C . GT . . GGGTCATTTACAATTAAG . . . . A CATGCAG . T T T . A . . G . . . . . T . AA . . AGT . A A
blockSeqs : G . GC . . . . . A CACTG . A T T . G . . A . . . . . T . CA . . CAA .
blockSeqs : . . . . A AT . A T . . T . . A . . . . . T . CT . . TA .
blockSeqs : . . . . . A . T . . . G . . G . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : GGN A*** ***** T********** **** T******************** *** ** NCAA A**** TTGGGTCATGGG************************ GNGCA*
originalCons : AATGCCCCNGG-GAGCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAG-TG-CANGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT------TG-GG-T---------GG-----------AGGG-GCATTTATTNAG-GAG
finalCons : AATGCCCCNGG-GGGNGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACT----------TTTAAA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----ATT--------------------AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAG-TGNCAAGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAATA----GGTTGGGTCATGGG------------------------AGGNGCA-TTTATTNAG-GAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA
Alignments
lowQualScore : 1111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3333 11111111 111111111111 1111111111 11111111111 1111 222222222222222222222 11111111111 1111 8888888888888888888888888888888888
lowQualScore : 1 999 6666666 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 99 5555 99 4 77777777 0 99999 1 7 999999999999 5555555555 2 55 99999 1 77777777777 3 999999 44 0000 999999999999999999999 777 55555555555 66 7777 9999 0 1 2222 8888888888888888888888888888888888 3 99 7
lowQualScore : . ... ....... ..................................................................... . .. .... .. . ........ . ..... . . ............ .......... . .. ..... . ........... . ...... .. .... ..................... ... ........... .. .... .... . . .... .................................. . .. .
lowQualScore : 0 444 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 55 2222 55 8 44444444 6 11111 0 3 555555555555 9999999999 0 00 11111 0 33333333333 6 666666 66 4444 555555555555555555555 888 44444444444 11 3333 4444 7 0 1111 9999999999999999999999999999999999 3 22 5
consensus : AATGCCCCCGGGG-GCGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACTTTTA----------AA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAGTGNCAAGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT-----------TGGG---TCAT------GG-GA-GGAGCATTTAT--TTAGGAG
Reference ( family-817 ) : AATGCCCCNGGGG-GNGATGCATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGG----G------GTNT------TTATTT-AGAC----------------TTNA----ATTTT-GTA--TGAAA---GTGTGT--AAAATGCCATAAAACACGCTGCCGGTAATGAGACA-----TTTANTCAACTTTTA----------AA----------ATGT--T-----TNAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AT------------------T--AAAG---AC--NA-------AC--TTCCAGAGTGNCAAGT----CGTTTTATTTTCCGTANAAAT----AGGT-----------TGGG---TCAT------GG-GA-GGNGCATTTAT--TNAGGAG
gi|1 : AATATCCCAGAGA--CGATATGTTT-------TGCAAAAG---GGGTAT-GAG----GATGAACGCAT------TTATTT-GGAC----------------ATGAGA--AATCA-ACA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGCCATAAA-CGTGCTGCCAGTAATGAGACATTTATTTTATTCAAC-TTTA----------AA----------ATGA--T-----TTAAT-----------CA-A------GC--TTGAC---ATCTGCATGTATTTTATTTGT--ATAATCTAC--AA-------ACTTTTTCAGATTATT--GT----TGTTTTATTTTCCATACAAGT----GGAT-----------GGAGAGTTTATTA----GGTGAGGGAATATTTATTCTTAGGA
gi|10 : aata------AT--TTGA----AA------------------T--AAAG---GC--TA-------AC--TTTCAGAGGGACAGAT----TATTTTATTTTATGCATAAATGAAGAGG-------------GAG---T----------G-GA-G------TTAT--TTAGGAtgttataactga
gi|11 : aacacacttaaactctatgtgtatttCCCTTGAG-ATGATGCATTCCACATTATGCAAGAG---GGG--C-GGG----G------GTAT------TTATTTCAGGCAAAAAACAAAACAAAGTTCA----ATTCG-CTA--TGAT----GTGTGTT-AAAATGTCATCAACCATGTTTCTCATAATGAGTTA-----TTTATTTAACTTcagaatttactcgtggtatatggtatgtctactagtaatat
gi|12 : acatCCCCAGGG-GTGATGCATTT-------TGTAAA
gi|12 : atcgtacgcccctatataaaca----ATTTT-GTAAATGAGA---G-G-GC--AAAATGCTATAAAACACATTGCCAGCAATGAGTCA-----TTTAGTCAAC-TTTG----------AA----------TTGT--TTCATCTGAAC-----------TA-G------GC--TTGA----AT------------------tgagagggcaaaatgctataaaacacattgccagcaatgagtcatttagtcaactttgaattgtttcatctgaactaggcttgaataatttattt
gi|13 : atcgtacgcccctatataaacaccccaggggtgatgc------------------T--AAAG---AC--CA-------AC--TTCTAGCATGTCAAGT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGT-----------TGGG---TCATTTATAAGG-AG-GGAGCATTTAT--TTAGGAGaatttattt
gi|14 : TGTCAATAATATGAC-------TTATTCAACTTT-A----------AA----------ATGT--G-----TAAAC--------------G------AC--TTGA----Atatataatatatacagt
gi|16 : aaatgtgTTTA----------AA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Aatttacatgtgattttgtt
gi|2 : acAATACCCCTGGGG-ACGGTGCATTT-------T---AAAG---G--------G----G------GTC---------ATTT-ACAA----------------TTAAG---ATATT-GTAA-TAAAT---GTATGT--AAAATACCATACAGCA-------AATAATGAGACA-----TTAAGCCAACTTT------------AA----------ATTA--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTGA----AA------------------TGCACAT---AT--GATTTATTTAC--TTCCAGAGTGCCAAGTTTGGCG----ATTTTTCGTAAAAAT----GGGT-----------AGGG----CAT------atctacatgagattgtatttaattccatagt
gi|3 : actgcatgcctttacaaca----ATTTT-GTA--TGAAATATGTGTGT--AAAATGCAATAA----CACTCCCAGTGATGAGACA-----CATAGTCAACTTTAA----------AATGTTTCAAACATAT--T-----TCAATTTTGTAATGAACATGTTATTTAT--TTGT----AT------------------A--AAAG---AT--CA-------AT--TTCCAGAGTGT--AGT----CATTTTATATTCTATATAAAT----AGGTAAGGGGTGCGGTGGGG--TTATAA----GG-AA-GGAGCATTTAT--TCAGGAGataaattattaggatgggggagaatttatttggtggtatgtggtatactaataaat
gi|4 : tAATGTCCCTGAAGAGGGATGCATTT-------TGTAAAAG---GA---T-GGG----G------GTCT------TTATTTTAGAT----------------TTTA----ATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--TAAACGCCATAAATCATGCTGATGGTAACCAGACG-----TTTATTCAACTTTTA----------AA----------ATAT--T-----TGAAC-----------CA-G------AC--TTGG----AT------------------T--AAAG---AC--AA-------GC--TTCCAGTGAGATACGT----CATTTTATTTTCCATAAAAAT----TGGT-----------TGGG---T--T------GG-G--GGTGCCTTTAT--TAAGGGGtatatggtatattacataacat
gi|5 : AATGCTCCTAGGG-CT-ATGTATTT-------TGCAAAAG---G----T-GGGAGCGG------GGGT------GTATTA-GGGC----------------CCGATGATATTTT-GTA--TGAA----GTGTGT--AAAGTGCAA-AAAAAACA-TGCAGGTAATGAGGCA-----CTTAATCCACTTC-A----------AA----------ATGT--T-----TAAAC-----------CA-G------TC--CTGA----AT------------------T--AAAG---AC--CA-------A-----CCAGAGTGA-GTGT----TGTTTT
gi|6 : ctacataccatatacccccaaacaAATGCCCCCATGT-GAAATGCATTT-------TGTAAAAGTGTG----TTGGG----G------GAGG------GTATTTGAGCCATATA-----------TCTA----GTTTT-GTA--TGAAAT--GTGTGT--AAAATGTCATAAAACACACTG------------CA-----TTGAATCAAC-TAAA----------AA----------AT-T--T-----TAAAC-----------CA-G------AC--TTGA----Attgcc
gi|7 : aataAATGCCCCGGGGG-GTGATGGATTT-------TGCAAAA-----------AGG----G------GTATAAGAAATCA----AAAT----------------TTTA----ATTTT-CCA--TTAAAAGTGTGTGT--AAAATGTCATAAAATA--AT----GTGATGAGGAA-----TTTATTAAACTTatgcacatgttattttatttgtactaaattctag
gi|8 : aagtcacattttataattatataccatatacatatacccccaaataTCAAC-TTTA----------AA----------ATTTACT-----CGAAA-----------TG-T------ACATTTAAATATAT------------------T--AAAA---ACGTGA-------AC--TTCAAGTGTATCAAGT----CAGTTAACTGACTGTAAAAAT----AGGT--------------------------------A-GGGGCATTTAT--T-AGGaagtcaatg
gi|9 : g-AAAC----------------TTTA----ATTTTTGTA--TGAA----GTGTGTTTAAAATGCCATAAAACATGCTGTCACCCATGGGAAA-----TTTATTCAGCTTTTATTTAACTTTAAA----------ATGT--T-----TTAAC-----------CA-G------AC--TTAG----AT------------------T--AAAG---AC--CT-------AT--GTCCAGAGAAGCAAGT----CATTTTATCTTttggggatggagtttttattcatgggtttacagtatatctagttaaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TATTTATATTAAAAAGGGAAAGGGGAGGGGTGGATTTATTAGGGAATAGCATTTATTCAGGGGTACATGGTA