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Reference ( gi|1 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTTGATATTGTGTTTATGATAAAGTATTGAGATTCACCATGTTA-AATTGATTGATATGTGTAATTAAATTGTGTTGATGCTAATTCTGATATTCACAAAGTCAATAGGTACAGAATTGGTATGTTATTGTTAATAGTATGA-TAAGAAGTTATGTAGAGATATAATTGCTATGTTGAGAGTGACGGAGGGTCGTATATGAGATGTTGTTTAAACTGCCATGAAACTGCAGATAGTAAAAGTTGAATGAAATGTTATCATATATTGATAAATTTACCATGGAACTGATAGATGGTAAAATTTGAATGCACTGTTATAATAT---GT---TGATAAATCTACCATGAAACTATAAGATGGTTAGAAATACATGCACTGTTATCATATATTGAT-AAAATGCCATGGAATTGATAGATGGTAAGTAATAGACGACATGTCATTACATATTTGATTGATTGAATATTTAGCGTCATTGTTATGTCATCGAGGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTGTTTCCTG--GGA----------TTAACCAGTACTCGAGCACACCCCATTTCCGCAAGTTACTGATAACTTTC-CCACTTGAATCAG--------------TGGTTA-GAGACT-GTTGCCGTGCGG--GGGAT-TCGAACTCAA--GACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCG-TA-ACCGACTGAGCTAATCGTACATATTTGAGTAATTAGTAAATCTGAGTT----TATATATAT--ATATTGTAACCGTTTTTAGACGTAATCAAGAAATGTTTCCGCTTCGTCAACAAC-----GACGTATA--GACGTGACAGGAAGTCAGTTGGTGGCAGTACAGTCATAGGACA-GCAACCCATATATTCGTCATATGAACGACTTGACGTTCCTGACGTTGGAATACGATGG--------CGGTACAGGGCAACGTGAAGC---A-ACATACT-CAGTAGAGAGTCAA--A-GGGGAGACAACCCA-G-TT-ATATAGCCACCGCCGCAAGGGACGAGTGATGCTAAATCTATGAT-ATCCGGACGC-GTA----------AAATATA----TAATGCATTTTATAA-ACTTTTGA-------ATGATAGAAGCAGTTTGGACCGCGATGAAGGT-TACG-TACGTGTAGGAGTTAGAACTTTGTGAAAATAAAAGTGTTAATACCACCAACAGAC-TTTTT--------TGTG------TGTTGAATAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATACTTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTTTACAT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGAATTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATATAGAAT
gi|4                          : tagtacgtgtctcttggaatgatatcgcctatatttagagcaggtagcgtgggtttcttaaaagatcttaaaatacgataagagtaacgtttttaagatcttttaaaatattcattttttgattaaaggataaatccttttgatgtttatttcatgaaaatccattaagtatttagaaagttagaacaattaaacgggtttattatttataaaactaatttaaatttacattgagcctaatagcgtaaaatcagcaccgtacgatatattgaaattttgttaattcataatttgcacgaaattcactcaggtatgttgagtgttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgactgtattatggaagcttcgtccagtctagcagagaacatctttcggagtcgttgtgacgagaaggattcagcatgttactgttccattacataacggcagatgggtatgtgaattttatattatgttgtatatggttgagttatttaaatgtctgataaatgtattttgacgtaatcagatctaagtaaagttgtataaattgttcatattcattccgacgagaatgtctaatttaatttcaaatccgtggcattgagagttgttttgttagaatataggccgaggtataagagaacgtagtttgagcAAGTATTATAATTCATCATGCTAGAATTGATTGAAATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTTACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCTAG-TCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGAATTGAATGCACTGTTATAATAT---GT---TGATACATATATAATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATATATTGATAAAAATACCATGAAATTGACAGGTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGAATTTACTGTTATTATATACTGTAACTGATAAAACTACCATGAa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ataagacatgaaTATTTGGCGTCATT-TAATGCCATCAGTGGCTAACTGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCTTC--GGATCTTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-TCCATCTCCACAAGTAATTGTTAATTTCCACCACTTGAATCAGCGTTGATCGACGAATGGTAATGAGACTCAATGTCGT---------ATATCAAACATAACGGA------GACTGA-----GGCCGTGCTATACCGACCGAGTTAATCGTAcatgtgacag
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CTAATAGATGATCAGTTGACCCAACCCCTCTTTCCTGCTGGAAGG-------TTAATCAGTACCCGAGTACA-CACACCTCTGCAAGT-----AT--TTTTT-CCACTTAAATCAA--------------CGGTGA-AAGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaA-GAGACA-GTGGCC---CGGCAGAGAT-TCAAACTCAC--AACCCCTGGATTGATAATCAGACATG-CT-ACTGACTGAaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacagagacagtggcccggcagagattcaaactcacaacccctggattgataatcagacatgctactgactga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aactaatagatgatcagttgacccaacccctctttcctgctggaaggttaatcagtacccgagtacacacacctctgcaagtattttttccacttaaatcaacggtgaaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacAGACT-ATGACCGAGCAG--GGT-T-TCGAACTCAC--TACCCCTGGATTGATAGTCAGACACA-CT-ACCAACTGACCT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tggtgagaggagaatttcaatgagatgtatatcaatcatcacatATTGAGTTA--CGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTAACGACGTGAAGACGTGAA--GACGTGACAGGAAGTCAGCTTGAGGTAGTACCGTCAT----------ACTCACATACTCATCATATGGACGACTTGACAATCCTGGCGTCAGAGTACGATCGAAGATAATCGGTAAGAGGCGACGTAAAGCCAGA-AAA-ACT-CAGTACAGAGTTAT--A-GGGAAGATAACCCT-GCTT-ATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTTCGATAATCCGGACGCGGTAGTAGTATCTTAAATACAATATTAGTGTATTTTATAACAGTTTTAACATTCATATGATGTAAGCAGTTTGGATCGCAATAGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTCTAAACCAGCTGTGTTATTTTGTTGAGTTA--TTTGCT-TTAAATTATTTATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTT--CTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTGTAAATtacttggccctcaggttcactaatagtg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -----GACGT-TACCGACGTCACAGGAC-CCAGTCGGTGGTAGAACCGTCATAGGACGTGCAAAACATATAGTCGTCATATGGACAACT-----TTC---AGATTGGAGT-CGACAT--------TAGTA----GC----TTAATT---ATACATAGTACA-TGGGAAGTGAACCATGTGAATACAAACCATG-TGAATACATCAATCGCAAGAAAAGACGATTGGAGATAAACCTACG-C-ATCCGGACGC---------------AGT-CG----TAGTGT-TTTTATAA-------GA-------ATTATAGtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cgaaatgaatgaatgtactgttatgctatattagtcacacgtagTTTT--------TGTG------TGTTGAATAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATACTTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTTtatatatgtttaaatccttcctaaacgtttcagagcagtttgtatcacggaaatcagtgatata
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTGT--------TGTG------TGTTGAGTAAAATT---CATTAATTTGTACAAATTGTATAAATGTAT-TTCATCATTTAATACATGTAAAAT---------AAATTTTATAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                agaagtatgattgtttctacagaacattagtaaaccgttacattttgATATTGTATAAATGGGT-TTCGTAATTTTATTTATGTCAAATATAAATTGTAAATTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTGTGTATTCAAAATTGTATTTATGAAAAAT-AAAATTGTAAAGTTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTTGTAATTTTATTCATGTAAAAATAAAACTGTAAATTTTA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GAACTCTATATTTTATATTTTTTCAAAGGTTATAAATGTAAATGTCTCGGATGGCGATATTTCTACAGAATCAGCTCTCATTTATTTTGTATGATGGTAAATTGTTGATTTCTATTCAGACCTGAAAACTCTGTCAATTTAACATATCCGGGGTATTGAGAGTTGTTTTATTATGACGTAGACCGAAGAAGCTATGAACATATTTTGTGTTGTGTGTATTGCATGATGATTATTAAAATTCAGCATTCTAGATCTGATATTTATAATTGATTTGTAGTCCGCCATTGTTATATTATAAATTGTGGTGTTATATGGAGT
Unaligned ( gi|15 ): GTAATATCTAATGTTGTATATTAAACGTCACGGAGACTGAGGCCG






Alignments
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Reference ( family-800 )      : TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGNAATTCACCATGCTAGAATTGATTGANATGTGNANTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCT-AGTCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGA-AT---TGAATNCACTGTTATNATATACTGTAACTGATANANNTACNATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATATATTGATAAAAATACCATGAAATTGACAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTTGGCGTCATT-TAATGCCATCAGTGGCTAACNGACGATCAGTTGACCCAACCNCTCTTTCCTNCTGGANNNTGAAAGGTTAACCAGTACCCGAGCACA-CNCACCTCCGCAAGTAATTGNTAATTTCCACCACTTGAATCAGCGTTGATCGACGAACGGTGA-GAGACT--ATGGCC--G--C---GGGGAT-TCGAAC-TCACGACCCCTGGATTGATAGTCGGACGCGC--TACCGACTGAGTTAATCGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTA---ACGACGTGAAGACGTGNACCGACGTNACAGGANGCCAGCCGGNGGTAGNACCGTCATAGGACGTGCAANNCACATANTCGTCATATGGACGACTTGACANTCCTGGCGTCGGAGTACGACNNAAGATAATCGGTAAGAGGCGACGTNAANCCAGATANATANTACAGTGCGGAGTNANCCATGNGAANACAANCCNTGCTNAATACANCCGTCGCAACGAGGGACGATTGGNGATAAACCTNCGACAATCCGGACGCGGTAGTAGTATCTTAAGTACGATAT--TAGTGTATTTTATAACAGTTTTGA-CATTCATATNATG----NAAGCAGTTTGGATCGC---AAT-AGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTNT--------TGTG------TGTTGAGTAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTTTANAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTGT--------TGTG------TGTTGAGTAAAATT---CATTAATTTGTACAAATTGTATAAATGTAT-TTCATCATTTAATACATGTAAAAT---------AAATTTTATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaagtatgattgtttctacagaacattagtaaaccgttacattttgTTTT--------TGTG------TGTTGAATAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATACTTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TAAGACATGAATGAATTTACTGTTATTATATACTGTAACTGATAAAACTACCATGA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aATATTGTATAAATGGGT-TTCGTAATTTTATTTATGTCAAATATAAATTGTAAATTTTcatgtgacag
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TTGTGTATTCAAAATTGTATTTATGAAAAAT-AAAATTGTAAAGTTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTGTAATTTTATTCATGTAAAAATAAAACTGTAAATTTTA
gi|2                          : TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGAATTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATATAGAATtt
gi|3                          :                                     tagtacgtgtctcttggaatgatatcgcctatatttagagcaggtagcgtgggtttcttaaaagatcttaaaatacgataagagtaacgtttttaagatcttttaaaatattcattttttgattaaaggataaatccttttgatgtttatttcatgaaaatccattaagtatttagaaagttagaacaattaaacgggtttattatttataaaactaatttaaatttacattgagcctaatagcgtaaaatcagcaccgtacgatatattgaaattttgttaattcataatttgcacgaaattcactcaggtatgttgagtgttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgactgtattatggaagcttcgtccagtctagcagagaacatctttcggagtcgttgtgacgagaaggattcagcatgttactgttccattacataacggcagatgggtatgtgaattttatattatgttgtatatggttgagttatttaaatgtctgataaatgtattttgacgtaatcagatctaagtaaagttgtataaattgttcatattcattccgacgagaatgtctaatttaatttcaaatccgtggcattgagagttgttttgttagaatataggccgaggtataagagaacgtagtttgagcATTGAGTTA--CGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTA---ACGACGTGAAGACGTGAA--GACGTGACAGGAAGTCAGCTTGAGGTAGTACCGTCATA----------CTCACATACTCATCATATGGACGACTTGACAATCCTGGCGTCAGAGTACGATCGAAGATAATCGGTAAGAGGCGACGTAAAGCCAGA-AAA-ACT-CAGTACAGAGTTAT--A-GGGAAGATAACCC-TGCTTA-TATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTTCGATAATCCGGACGCGGTAGTAGTATCTTAAATACAATAT--TAGTGTATTTTATAACAGTTTTAA-CATTCATATGATG----TAAGCAGTTTGGATCGC---AAT-AGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTCTAAACCAGCTGTGTTATTTTGTTGAGTTA--TTTGCT-TTAAATTATTTATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTT--CTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTGTAAAT
gi|4                          :                       AAGTATTATAATTCATCATGCTAGAATTGATTGAAATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTTACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCT-AGTCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGA-AT---TGAATGCACTGTTATAATA---TGT---TGATACATATATAATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATATATTGATAAAAATACCATGAAATTGACAGGTGtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GCTATATTAGTCAC-ACGT-AGGACGT-TACCGACGTCACAGGAC-CCAGTCGGTGGTAGAACCGTCATAGGACGTGCAAAACATATAGTCGTCATATGGACAACTTT-CAG-------ATTGGAGT-CGAC--------ATTAGTA----GC----TTAATT---ATACATAGTACA-TGGGAAGTGAACCATGTGAATACAAACCATG-TGAATACATCAATCGCAAGAAAAGACGATTGGAGATAAACCTACG-C-ATCCGGACGCAGTCGTAGTGTTTTTA-TAAGA-ATTATAGTATA---TAT----GTTTAAATCCTTCCTA-AACGTTTCAGAGCAGTTTGTATCACGGAAATCAGTGATATAa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cgaaatgaatgaatgtactgttatTATTTGGCGTCATT-TAATGCCATCAGTGGCTAACTGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCTTC--GGATCTTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-TCCATCTCCACAAGTAATTGTTAATTTCCACCACTTGAATCAGCGTTGATCGACGAATGGTAATGAGACTCAATGTC------------GTATATCAAACATAACGG-----AGACTGA-----GGCCGTGCTATACCGACCGAGTTAATCGTA-----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CTAATAGATGATCAGTTGACCCAACCCCTCTTTCCTGCTGG-------AAGGTTAATCAGTACCCGAGTACA-CACACCTCTGCAAGTATTT-----TTT---CCACTTAAATCAACGGTGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aaA-GAGACA--GTGGCCCGG--C---AGAGAT-TCAAAC-TCACAACCCCTGGATTGATAATCAGACATGC--TACTGACTGAaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacagagacagtggcccggcagagattcaaactcacaacccctggattgataatcagacatgctactgactga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aactaatagatgatcagttgacccaacccctctttcctgctggaaggttaatcagtacccgagtacacacacctctgcaagtattttttccacttaaatcaacggtgaaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacAGACT--ATGACC--GAGC---AGGGTT-TCGAAC-TCACTACCCCTGGATTGATAGTCAGACACAC--TACCAACTGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GAACTCTATATTTTATATTTTTTCAAAGGTTATAAATGTAAATGTCTCGGATGGCGATATTTCTACAGAATCAGCTCTCATTTATTTTGTATGATGGTAAATTGTTGATTTCTATTCAGACCTGAAAACTCTGTCAATTTAACATATCCGGGGTATTGAGAGTTGTTTTATTATGACGTAGACCGAAGAAGCTATGAACATATTTTGTGTTGTGTGTATTGCATGATGATTATTAAAATTCAGCATTCTAGATCTGATATTTATAATTGATTTGTAGTCCGCCATTGTTATATTATAAATTGTGGTGTTATATGGAGT
Unaligned ( gi|15 ): GTAATATCTAATGTTGTATATTAAACGTCACGGAGACTGAGGCCG






Alignments
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Reference ( family-800 )      : TGTTGATACCGTGTTNACGNTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTNTGTNATTGTTNATANTATAGATGAGAAGTTATGTAGGGATATAATTGCTACGTTGAGANTGACGGAGGNTCGTATATGAGGTGTTGTTTAAACTGCCACGAAACTGCAGATAGTAAGAGTTGAATGAANTGTTGTCATATATTGNTAAGTCTACCATGGAACTGNTAGATGGTAAGAATTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATAAATCTACCATGAAACTGTNAGATNGTNAGAANTGNATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATGCCATGGAAT-TGACAGGTGGTAAGTAATAGACGACATGTCATTACATATTTGATTGATTGAATATTTGGCGTCATTGTNATGCCATCGGNGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCCT-G--G-----GAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-CCCATCTCCGCAAGTAATTG-TAATTTCC-CCACTTGAATCAGC-G-TGATCGACGAATGGTNA-GAGACT--GTGGCC--G--C---GGGGAT-TCGAAC-TCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGC--TACCGACTGAGTTAATCGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAANCGAGANATGTNTCCGCTACGTTA---ACGACGT-AGGACGTGTA--GACGTGACAGGAAGTCAGTCGGTGGTAGTACCGTCATAGGACG-GCAACNCATATANTCGTCATATGGACGACTTGACGNTCCTGGCGTCGGAGTACGA-CG------ATCGGT-A-GGGGCGACGTNAAGCCAAACATACT-CAGTAGAGAGT-NA-A----GGGAAGACAACCCATGCTAATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTACGAT-ATCCGGACGCGGT-GTAGTGTCTT-AATA-AATAT--TAGTGTATTTTATAA-AGTTTTAA--C-TT-C-TATGACG----NAAGCAGTTTGGATCGCG---AT-AGAGATATACGANACNTGTAGGAGNNAGAACTNTGTGAAAATAAAAGTGTTANTNCCACCANCGGACATTTT----T--------TGTG------TGTTGAGTAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTTTANAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ACATTTTGTTGT--------TGTG------TGTTGAGTAAAATT---CATTAATTTGTACAAATTGTATAAATGTAT-TTCATCATTTAATACATGTAAAAT---------AAATTTTATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaagtatgattgtttctacagaacattagtaaaccgttTTT----T--------TGTG------TGTTGAATAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATACTTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AATGAATTTACTGTTATTATATACTGTAACTGATAAAACTACCATGACATGTGACAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ataagacatgATATTGTATAAATGGGT-TTCGTAATTTTATTTATGTCAAATATAAATTGTAAATTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTGTGTATTCAAAATTGTATTTATGAAAAAT-AAAATTGTAAAGTTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TTTGTAATTTTATTCATGTAAAAATAAAACTGTAAATTTTA
gi|2                          : TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGAATTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATATAGAATtt
gi|3                          :                                   tagtacgtgtctcttggaatgatatcgcctatatttagagcaggtagcgtgggtttcttaaaagatcttaaaatacgataagagtaacgtttttaagatcttttaaaatattcattttttgattaaaggataaatccttttgatgtttatttcatgaaaatccattaagtatttagaaagttagaacaattaaacgggtttattatttataaaactaatttaaatttacattgagcctaatagcgtaaaatcagcaccgtacgatatattgaaattttgttaattcataatttgcacgaaattcactcaggtatgttgagtgttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgactgtattatggaagcttcgtccagtctagcagagaacatctttcggagtcgttgtgacgagaaggattcagcatgttactgttccattacataacggcagatgggtatgtgaattttatattatgttgtatatggttgagttatttaaatgtctgataaatgtattttgacgtaatcagatctaagtaaagttgtataaattgttcatattcattccgacgagaatgtctaatttaatttcaaatccgtggcattgagagttgttttgttagaatataggccgaggtataagagaacgtagtttgagcATTGAGTTA--CGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTA---ACGACGTGAAGACGTGAA--GACGTGACAGGAAGTCAGCTTGAGGTAGTACCGTCAT----------ACTCACATACTCATCATATGGACGACTTGACAATCCTGGCGTCAGAGTACGATCGAAGATAATCGGTAA-GAGGCGACGTAAAGCCAGAAAAACT-CAGTACAGAGT-TATA----GGGAAGATAACCC-TGCTTATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTTCGATAATCCGGACGCGGTAGTAGTATCTTAAATACAATAT--TAGTGTATTTTATAACAGTTTTAA--CATT-CATATGATG----TAAGCAGTTTGGATCGCA---AT-AGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTC----TAAACCAGCTGTGTTATTTTGTTGAGTTA--TTTGCT-TTAAATTATTTATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTT--CTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTGTAAAT
gi|4                          :                       AAGTATTATAATTCATCATGCTAGAATTGATTGAAATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTTACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCT-AGTCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGAATTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATACATATATAATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATACCATGAAAT-TGACAGGTGtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTATATTAGTCAC-ACGT-AGGACGT-TACCGACGTCACAGGAC-CCAGTCGGTGGTAGAACCGTCATAGGACGTGCAAAACATATAGTCGTCATATGGACAACTT-----TC--AG-ATTGGAGT-CGA-C-------ATTAGT-A----GC----TTAA-TTATACATAGTACA-TGGGAAGT-GA-ACCATGTGAATACAAACCATGTGAATACATCAATCGCAAGAAAAGACGATTGGAGATAAACCTACG-C-ATCCGGACGCAGTCGTAGTGTTTT-TATA-AGAATTATAGTATA---TAT----GTTTAAATCC-TTCC-TA-AACGTTTCAGAGCAGTTTGTATCACGGAAATCAGTGATATAa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgaaatgaatgaatgtactgttatTATTTGGCGTCATT-TAATGCCATCAGTGGCTAACTGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCTTCG--GATCTTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-TCCATCTCCACAAGTAATTGTTAATTTCCACCACTTGAATCAGC-GTTGATCGACGAATGGTAATGAGACTCAATGTC------------GTATATCAAACATAACGG-----AGACTGA-----GGCCGTGCTATACCGACCGAGTTAATCGTA-----
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaA-GAGACA--GTGGCCCGG--C---AGAGAT-TCAAAC-TCACAACCCCTGGATTGATAATCAGACATGC--TACTGACTGAaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacagagacagtggcccggcagagattcaaactcacaacccctggattgataatcagacatgctactgactga
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AATGAATTTACTGTTATTATATACTGTAACTGATAAAACTACCATGACATGTGACAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataagacatgATATTGTATAAATGGGT-TTCGTAATTTTATTTATGTCAAATATAAATTGTAAATTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGTGTATTCAAAATTGTATTTATGAAAAAT-AAAATTGTAAAGTTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTGTAATTTTATTCATGTAAAAATAAAACTGTAAATTTTA
gi|2                          : TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGAATTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATATAGAATtt
gi|3                          :                                   tagtacgtgtctcttggaatgatatcgcctatatttagagcaggtagcgtgggtttcttaaaagatcttaaaatacgataagagtaacgtttttaagatcttttaaaatattcattttttgattaaaggataaatccttttgatgtttatttcatgaaaatccattaagtatttagaaagttagaacaattaaacgggtttattatttataaaactaatttaaatttacattgagcctaatagcgtaaaatcagcaccgtacgatatattgaaattttgttaattcataatttgcacgaaattcactcaggtatgttgagtgttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgactgtattatggaagcttcgtccagtctagcagagaacatctttcggagtcgttgtgacgagaaggattcagcatgttactgttccattacataacggcagatgggtatgtgaattttatattatgttgtatatggttgagttatttaaatgtctgataaatgtattttgacgtaatcagatctaagtaaagttgtataaattgttcatattcattccgacgagaatgtctaatttaatttcaaatccgtggcattgagagttgttttgttagaatataggccgaggtataagagaacgtagtttgagcATTGAGTTA--CGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTA---ACGACGTGAAGACGTGAA--GACGTGACAGGAAGTCAGCTTGAGGTAGTACCGTCAT----------ACTCACATACTCATCATATGGACGACTTGACAA-TCCTGGCGTCAGAGTACGATCGAAGATAATCGGTAA-GAGGCGACGTAAAGCCAGAAAAACT-CAGTACAGAGT-TATA----GGGAAGATAACCC-TGCTT-ATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTTCGATAATCCGGACGCGGTAGTAGTA-TCTTAAATACAATAT--TAGTGTATTTTATAACAGTTTTAA--CATT-CATATGATG----TAAGCAGTTTGGATCGCA---AT-AGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTC----TAAACCAGCTGTGTTATTTTGTTGAGTTA--TTTGCT-TTAAATTATTTATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTT--CTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTGTAAAT
gi|4                          :                       AAGTATTATAATTCATCATGCTAGAATTGATTGAAATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTTACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCT-AGTCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGAATTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATACATATATAATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATACCATGAAAT-TGACAGGTGtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTATATTAGTCAC-ACGT-AGGACGT-TACCGACGTCACAGGAC-CCAGTCGGTGGTAGAACCGTCATAGGACGTGCAAAACATATAGTCGTCATATGGACAACTT------TC--AG-ATTGGAGT-CGA-C-------ATTAGT-A----GC----TTAA-TTATACATAGTACA-TGGGAAGT-GA-ACCATGTGAATACAAACCATG-TGAATACATCAATCGCAAGAAAAGACGATTGGAGATAAACCTACG-C-ATCCGGACGCAGTCGTAGTGTTTTT--ATA-AGAATTATAGTATA---TAT----GTTTAAATCC-TTCC-TA-AACGTTTCAGAGCAGTTTGTATCACGGAAATCAGTGATATAa
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agaagtatgattgtttctacagaacattagtaaaccgttTTT----T--------TGTG------TGTTGAATAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATACTTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AATGAATTTACTGTTATTATATACTGTAACTGATAAAACTACCATGACATGTGACAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataagacatgATATTGTATAAATGGGT-TTCGTAATTTTATTTATGTCAAATATAAATTGTAAATTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGTGTATTCAAAATTGTATTTATGAAAAAT-AAAATTGTAAAGTTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTGTAATTTTATTCATGTAAAAATAAAACTGTAAATTTTA
gi|2                          : TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGAATTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATATAGAATtt
gi|3                          :                                   tagtacgtgtctcttggaatgatatcgcctatatttagagcaggtagcgtgggtttcttaaaagatcttaaaatacgataagagtaacgtttttaagatcttttaaaatattcattttttgattaaaggataaatccttttgatgtttatttcatgaaaatccattaagtatttagaaagttagaacaattaaacgggtttattatttataaaactaatttaaatttacattgagcctaatagcgtaaaatcagcaccgtacgatatattgaaattttgttaattcataatttgcacgaaattcactcaggtatgttgagtgttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgactgtattatggaagcttcgtccagtctagcagagaacatctttcggagtcgttgtgacgagaaggattcagcatgttactgttccattacataacggcagatgggtatgtgaattttatattatgttgtatatggttgagttatttaaatgtctgataaatgtattttgacgtaatcagatctaagtaaagttgtataaattgttcatattcattccgacgagaatgtctaatttaatttcaaatccgtggcattgagagttgttttgttagaatataggccgaggtataagagaacgtagtttgagcATTGAGTTA--CGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTA---ACGACGTGAAGACGTGAA--GACGTGACAGGAAGTCAGCTTGAGGTAGTACCGTCAT----------ACTCACATACTCATCATATGGACGACTTGACAA-TCCTGGCGTCAGAGTACGATCGAAGATAATCGGTAA-GAGGCGACGTAAAGCCAGAAAAACT-CAGTACAGAGT-TATA----GGGAAGATAACCC-TGCTT-ATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTTCGATAATCCGGACGCGGTAGTAGTA-TCTTAAATACAATAT--TAGTGTATTTTATAACAGTTTTAA--CATT-CATATGATG----TAAGCAGTTTGGATCGCA---AT-AGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTC----TAAACCAGCTGTGTTATTTTGTTGAGTTA--TTTGCT-TTAAATTATTTATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTT--CTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTGTAAAT
gi|4                          :                       AAGTATTATAATTCATCATGCTAGAATTGATTGAAATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTTACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCT-AGTCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGAATTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATACATATATAATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATACCATGAAAT-TGACAGGTGtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTATATTAGTCAC-ACGT-AGGACGT-TACCGACGTCACAGGAC-CCAGTCGGTGGTAGAACCGTCATAGGACGTGCAAAACATATAGTCGTCATATGGACAACTT------TC--AG-ATTGGAGT-CGA-C-------ATTAGT-A----GC----TTAA-TTATACATAGTACA-TGGGAAGT-GA-ACCATGTGAATACAAACCATG-TGAATACATCAATCGCAAGAAAAGACGATTGGAGATAAACCTACG-C-ATCCGGACGCAGTCGTAGTGTTTTT--ATA-AGAATTATAGTATA---TAT----GTTTAAATCC-TTCC-TA-AACGTTTCAGAGCAGTTTGTATCACGGAAATCAGTGATATAa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgaaatgaatgaatgtactgttatTATTTGGCGTCATT-TAATGCCATCAGTGGCTAACTGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCTTC--GGATCTTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-TCCATCTCCACAAGTAATTGTTAATTTCCACCACTTGAATCAGC-GTTGATCGACGAATGGTAATGAGACTCAATGTC------------GTATATCAAACATAACGG-----AGACTGA-----GGCCGTGCTATACCGACCGAGTTAATCGTA-----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CTAATAGATGATCAGTTGACCCAACCCCTCTTTCCTGCTGGA-------AGGTTAATCAGTACCCGAGTACA-CACACCTCTGCAAGTATTT-----TTT---CCACTTAAATCAACGG-TGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaA-GAGACA--GTGGCCCGG--C---AGAGAT-TCAAAC-TCACAACCCCTGGATTGATAATCAGACATGC--TACTGACTGAaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacagagacagtggcccggcagagattcaaactcacaacccctggattgataatcagacatgctactgactga
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aactaatagatgatcagttgacccaacccctctttcctgctggaaggttaatcagtacccgagtacacacacctctgcaagtattttttccacttaaatcaacggtgaaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacAGACT--ATGACC--GAGC---AGGGTT-TCGAAC-TCACTACCCCTGGATTGATAGTCAGACACAC--TACCAACTGA


blockSeqs                     :                G   T                         G                                                                            C   A      T   T   A                                T      T         T   .                                                       C               C .                 T            A                            C  A   A          T    T  A                         ACTGTA      A               G                                                                  . A          T                                       CT   TCTTGAAA                      .                   GT      CCA             CGTTGATCGACGAA     A T      CA     CCGGCA          A      A      C           T            TA              A     .                            AA        TATT                          G     C    G            GTC  G  GTGAA     TACC              G                       AGGACGT     T      C                  GACAA   C   C        A   TCGAAGATAATCGGTAAGA    G    A  GCC G       A  G        GAACCAT               ATGTGA                              C            ATA          GGTAGTAGTATCTTAAATACAATAT          T     AAC        TCCTTCCTAAACGTTTCA                    GAA  C      A    AA  C        AA      G      .            T T      TA    A    TAAACCAGC        TTATTT          AA  TGCT                             A          A             T                T
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  .          T             .                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .             .                 


blockSeqCons                  : 
originalCons                  : TGTTGATACCGTGTTNACGNTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTNTGTNATTGTTNATANTATAGATGAGAAGTTATGTAGGGATATAATTGCTACGTTGAGANTGACGGAGGNTCGTATATGAGGTGTTGTTTAAACTGCCACGAAACTGCAGATAGTAAGAGTTGAATGAANTGTTGTCATATATTGNTAAGTCTACCATGGAACTGNTAGATGGTAAGANTTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATANATNTACNATGAAACTGTNAGATNGTNAGAAATGAATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATACCATGAAAT-TGACAGGTGGTAAGTAATAGACGACATGTCATTACATATTTGATTGATTGAATATTTGGCGTCATTGTNATGCCATCGGNGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCCTG--GGA-------AGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-CCCATCTCCGCAAGTAATTG-TAATTTCC-CCACTTGAATCAGC-G-TGATCGACGAATGGTNA-GAGACT--GTGGCC--G--C---GGGGAT-TCGAAC-TCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGC--TACCGACTGAGTTAATCGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAANCGAGANATGTNTCCGCTACGTTA---ACGACGT-AGGACGTGTA--GACGTGACAGGAAGTCAGTCGGTGGTAGTACCGTCATAGGACG-GCAACNCATATANTCGTCATATGGACGACTTGAC-G-TCCTGGCGTCGGAGTACGA-CG------ATCGGT-A-GGGGCGACGTNAAGCCANACATACT-CAGTAGAGAGT-NA-A----GGGAAGACAACCCATG-TT-ATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTACGAT-ATCCGGACGCGGT-GTAGTG-TCTT--ATA-AATAT--TAGTGTATTTTATAA-AGTTTTAA--C-TT-C-TATGACG----NAAGCAGTTTGGATCGCG---AT-AGAGATATACGANACNTGTAGGAGNNAGAACTNTGTGAAAATAAAAGTGTTANTNCCACCANCGGACATTTT----T--------TGTG------TGTTGAGTAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTTTANAT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-800 )      : TGTTGATACCGTGTTNACGNTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTNTGTNATTGTTNATANTATAGATGAGAAGTTATGTAGGGATATAATTGCTACGTTGAGANTGACGGAGGNTCGTATATGAGGTGTTGTTTAAACTGCCACGAAACTGCAGATAGTAAGAGTTGAATGAANTGTTGTCATATATTGNTAAGTCTACCATGGAACTGNTAGATGGTAAGANTTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATANATNTACNATGAAACTGTNAGATNGTNAGAAATGAATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATACCATGAAAT-TGACAGGTGGTAAGTAATAGACGACATGTCATTACATATTTGATTGATTGAATATTTGGCGTCATTGTNATGCCATCGGNGGCTAACAGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCCTG--GGA-------AGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-CCCATCTCCGCAAGTAATTG-TAATTTCC-CCACTTGAATCAGC-G-TGATCGACGAATGGTNA-GAGACT--GTGGCC--G--C---GGGGAT-TCGAAC-TCACGACCCCTGGATTGATAGTCAGACGCGC--TACCGACTGAGTTAATCGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAANCGAGANATGTNTCCGCTACGTTA---ACGACGT-AGGACGTGTA--GACGTGACAGGAAGTCAGTCGGTGGTAGTACCGTCATAGGACG-GCAACNCATATANTCGTCATATGGACGACTTGAC-G-TCCTGGCGTCGGAGTACGA-CG------ATCGGT-A-GGGGCGACGTNAAGCCANACATACT-CAGTAGAGAGT-NA-A----GGGAAGACAACCCATG-TT-ATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTACGAT-ATCCGGACGCGGT-GTAGTG-TCTT--ATA-AATAT--TAGTGTATTTTATAA-AGTTTTAA--C-TT-C-TATGACG----NAAGCAGTTTGGATCGCG---AT-AGAGATATACGANACNTGTAGGAGNNAGAACTNTGTGAAAATAAAAGTGTTANTNCCACCANCGGACATTTT----T--------TGTG------TGTTGAGTAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTTTANAT
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gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ACATTTTGTTGT--------TGTG------TGTTGAGTAAAATT---CATTAATTTGTACAAATTGTATAAATGTAT-TTCATCATTTAATACATGTAAAAT---------AAATTTTATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  agaagtatgattgtttctacagaacattagtaaaccgttTTT----T--------TGTG------TGTTGAATAA--TT---T-TTAATTTGTATATATTGTATACTTGTATATTCGTAATTTTATTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AATGAATTTACTGTTATTATATACTGTAACTGATAAAACTACCATGACATGTGACAG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ataagacatgATATTGTATAAATGGGT-TTCGTAATTTTATTTATGTCAAATATAAATTGTAAATTTT
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTGTGTATTCAAAATTGTATTTATGAAAAAT-AAAATTGTAAAGTTTA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTTGTAATTTTATTCATGTAAAAATAAAACTGTAAATTTTA
gi|2                          : TGTTGATACCGTGTTGACGTTGAAGTATTGAAATTCACCATGTTAGAATTGATTGATATGTGAATTTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTCACAAAGTGAATAGATATAGAATtt
gi|3                          :                                   tagtacgtgtctcttggaatgatatcgcctatatttagagcaggtagcgtgggtttcttaaaagatcttaaaatacgataagagtaacgtttttaagatcttttaaaatattcattttttgattaaaggataaatccttttgatgtttatttcatgaaaatccattaagtatttagaaagttagaacaattaaacgggtttattatttataaaactaatttaaatttacattgagcctaatagcgtaaaatcagcaccgtacgatatattgaaattttgttaattcataatttgcacgaaattcactcaggtatgttgagtgttttacnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgactgtattatggaagcttcgtccagtctagcagagaacatctttcggagtcgttgtgacgagaaggattcagcatgttactgttccattacataacggcagatgggtatgtgaattttatattatgttgtatatggttgagttatttaaatgtctgataaatgtattttgacgtaatcagatctaagtaaagttgtataaattgttcatattcattccgacgagaatgtctaatttaatttcaaatccgtggcattgagagttgttttgttagaatataggccgaggtataagagaacgtagtttgagcATTGAGTTA--CGTA-----TTGAGTAACTAGTAAATCTGAGTTAATATATATATATTTATATTGTAGCCGTTTTTAGACGTAAGCGAGACATGTGTCCGCTACGTTA---ACGACGTGAAGACGTGAA--GACGTGACAGGAAGTCAGCTTGAGGTAGTACCGTCAT----------ACTCACATACTCATCATATGGACGACTTGACAA-TCCTGGCGTCAGAGTACGATCGAAGATAATCGGTAA-GAGGCGACGTAAAGCCAGAAAAACT-CAGTACAGAGT-TATA----GGGAAGATAACCC-TGCTT-ATATAGCCGTCGCAACGAGGGACGATTGACGATAAATCTTCGATAATCCGGACGCGGTAGTAGTA-TCTTAAATACAATAT--TAGTGTATTTTATAACAGTTTTAA--CATT-CATATGATG----TAAGCAGTTTGGATCGCA---AT-AGAGATATACGAAACCTGTAGGAGAAAGAACTGTGTGAA---AAAAGTATTATTTCCATCATAGGACATTTC----TAAACCAGCTGTGTTATTTTGTTGAGTTA--TTTGCT-TTAAATTATTTATATTGTATAATTGTATATTCGTAATTT--CTCATGTAAAATTAAAATTGTAAATTGTAAAT
gi|4                          :                       AAGTATTATAATTCATCATGCTAGAATTGATTGAAATGTGTAATTAAATTTTGTGGATGCTTATTCTGATATTTACAAAGTGAATAGATACAGAATTGGTCTGTAATTGTTTATATTATAAATGAGAAATTATGTAGGGATATAATTGCTACTTTGAGATTGACGGAAGTTTA-ATATGAGGTGTTGTTTAAACTACCACGAAACTGCAGATAGTAAGAATTGAATAAACTATTGTCATATATTGCT-AGTCTACCATGAAACTGTTAGATGGTAAGAATTGAATGCACTGTTATAATATGTTGATACATATATAATGAAACTGTTAGATTGTAAGAACTGAATGCACTGTTATCATAT------ATTGATAAAAATACCATGAAAT-TGACAGGTGtt
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GCTATATTAGTCAC-ACGT-AGGACGT-TACCGACGTCACAGGAC-CCAGTCGGTGGTAGAACCGTCATAGGACGTGCAAAACATATAGTCGTCATATGGACAACTT------TC--AG-ATTGGAGT-CGA-C-------ATTAGT-A----GC----TTAA-TTATACATAGTACA-TGGGAAGT-GA-ACCATGTGAATACAAACCATG-TGAATACATCAATCGCAAGAAAAGACGATTGGAGATAAACCTACG-C-ATCCGGACGCAGTCGTAGTGTTTTT--ATA-AGAATTATAGTATA---TAT----GTTTAAATCC-TTCC-TA-AACGTTTCAGAGCAGTTTGTATCACGGAAATCAGTGATATAa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cgaaatgaatgaatgtactgttatTATTTGGCGTCATT-TAATGCCATCAGTGGCTAACTGACGATCAGTTAACCTAACCACTCTTTCTTC--GGATCTTGAAAGGTTAACCAGTACTCGAGCACA-TCCATCTCCACAAGTAATTGTTAATTTCCACCACTTGAATCAGC-GTTGATCGACGAATGGTAATGAGACTCAATGTC------------GTATATCAAACATAACGG-----AGACTGA-----GGCCGTGCTATACCGACCGAGTTAATCGTA-----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CTAATAGATGATCAGTTGACCCAACCCCTCTTTCCTGCTGGA-------AGGTTAATCAGTACCCGAGTACA-CACACCTCTGCAAGTATTT-----TTT---CCACTTAAATCAACGG-TGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaA-GAGACA--GTGGCCCGG--C---AGAGAT-TCAAAC-TCACAACCCCTGGATTGATAATCAGACATGC--TACTGACTGAaagaaatgtgacaatgagatacaatgttgtttatcaatcatcacagagacagtggcccggcagagattcaaactcacaacccctggattgataatcagacatgctactgactga
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GAACTCTATATTTTATATTTTTTCAAAGGTTATAAATGTAAATGTCTCGGATGGCGATATTTCTACAGAATCAGCTCTCATTTATTTTGTATGATGGTAAATTGTTGATTTCTATTCAGACCTGAAAACTCTGTCAATTTAACATATCCGGGGTATTGAGAGTTGTTTTATTATGACGTAGACCGAAGAAGCTATGAACATATTTTGTGTTGTGTGTATTGCATGATGATTATTAAAATTCAGCATTCTAGATCTGATATTTATAATTGATTTGTAGTCCGCCATTGTTATATTATAAATTGTGGTGTTATATGGAGT
Unaligned ( gi|15 ): GTAATATCTAATGTTGTATATTAAACGTCACGGAGACTGAGGCCG