lowQualScore : 444444 1
lowQualScore : 2 6 6666 111111 5 6 888888 33 33 6 5555
lowQualScore : . . .... ...... . . ...... .. .. . ....
lowQualScore : 2 2 1111 555555 0 0 888888 99 99 5 7777
consensus : TCGGCTACG-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-TTTC-TGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGT--T--AACGAGGTGGCGGG----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
Reference ( gi|4 ) : TCAGCTACA-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-AT-C-TGTGCTCGCCGACTTTTTTATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGT--T--AACAAGGTGGCGGG----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|6 : TCGGCTACG-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-TTTC-TGTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAGTCCACTTGTCTTGAAATGCCTCTTAGGGC--T--AACAAGGTGGTGGG----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACC
gi|1 : gTCGGCTACA-TATTTCAGTTTGCGGTATTTATTTACATGTGA-TT-TATGTGCTCGGCCAATTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGT--T--AACGAGGTGGCAGG----GGATATGACCACATAAGTGGCAACCTCT
gi|7 : gTCGACTACG-TATTTCAGTTTGCGGCATTAA----CATGTGATGT-A-TGTGCTCGGCCACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGC--T--AACGAGGTGGCGGA----GGATATGACCACGTAA--GGCGACCT
gi|5 : gTCGGCTACA-TATTTCAGTTTGCAGCATTTA----CATGAGATGT-C-TTTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTTCGAATGCCTTTAAGAAT--T--AACGAGGTGGTGGG----GGATATGACCAAGTTAGTGGCAATCT
gi|8 : TCATTTATG-TAATTCAGTTTGCGGCATTT----------------C-TGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATACTAGTAATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGT--T--AATGAGGTGGCGGG----GGATATGACCATGTTAGTGGCAACCTCa
gi|13 : agTCAGTTACA-TATTTCAGTTTGCGGCATTAA----CATGTGA-TT-TATGTGCTCGGCAACTTTTTCATTTTACATA------ATTTAAATCCACTTTTCTGGAAATGCCTTTAAGGGT--T--AATTTGGTGGCCTG----GGATAT
gi|12 : gTCGGCTACA-CATTTCAGTTTGCAGCATTTA----CATGTGA-TT-TATGTGCTTGACGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCATTTAAGTGT--A--AACGAGTTGTCAGA----GGATACGAC
gi|14 : gTCGGCTACG-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGC-TT-TATGTACTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATC------ATTTAAATCCACTT------------------------T--AACGATGTGGCGGT----GGATATGACCACGTTAGTGGCAAGCT
gi|3 : gGCTACA-TATTTCTGTTTGCGGTATTTA----TATGTCA-TTTC-TGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATA------GTTTATATCCACTTCTTAGGAAATGCTTCTAAAGGT--T--AACGAAGTGGCAGA----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCTa
gi|10 : gttgACAGTATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-TTTC-TGCGCTCGGCAACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGACTCTAAGGGT--T--AATGAGGTGGCGGA----GGATATGACCACGTTAGTG
gi|2 : ACAGTATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CACATGA-TTTC-TGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTGATTGAATTGGGGGGGGGGTTGTGGATATGATCACATTAGTGGCAACCT
gi|11 : ACT-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-TTTC-TGCGCCCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------CTTTAAGTCCACTTCTTTGGA---------AAGGGC--T--GACGAGGTGGCGGG----AGATATGACCACATTGGTGGCAACCTC
gi|16 : -TATTTCAGTTTGCTGCATTAA----CATGTGATTT-C-TGTGC
gi|9 : gtgatgTTTCAGTTTGCTGCATTTA----CATATGA-TTTC-TGTGCTCAGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCT--GGAAATGCCTCTAAGGGT--T--GAGGAGGTGACAAG----GGATATGACCCCGTTAGTGGCAACCTCT
gi|15 : cagttTGCCTCTAAGGGT--T--AACGAGGTGACTGG----GGATATGACCACATTAGTGGCAACCT
gi|17 : GG----GGATATGACCACGTTATTGGCAACCTCT
Alignments
lowQualScore : 5555 888888 99999999
lowQualScore : .... ...... ........
lowQualScore : 7777 222222 11111111
consensus : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
Reference ( family-773 ) : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|1 : TCGGCTACATATTTCAGTTTGCGGTATTTATTTACATGTGATTTATGTGCTCGGCCAATTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAACGAGGTGGCAGG--------GGATATGACCACATAAGTGGCAACCTCT
gi|10 : gGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCTCGGCAACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGACTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTTAGTG
gi|11 : acaACTTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCCCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------CTTTAAGTCCACTTCTTTGGA---------AAGGGCTGACGAGGTGGCGGG--------AGATATGACCACATTGGTGGCAACCTC
gi|12 : TCGGCTACACATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGTGATTTATGTGCTTGACGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCATTTAAGTGTAAACGAGTTGTCAGA--------GGATACGAC
gi|13 : gTCAGTTACATATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATTTATGTGCTCGGCAACTTTTTCATTTTACATA------ATTTAAATCCACTTTTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAATTTGGTGGCCTG--------GGATAT
gi|14 : gTCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGCTTTATGTACTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATC------ATTTAAATCCACTT----------------------TAACGATGTGGCGGT--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAAGCT
gi|15 : gTGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGACTGG--------GGATATGACCACATTAGTGGCAACCTa
gi|16 : ATGTATTTCAGTTTGCTGCATTA----ACATGTGATTTCTGTGC
gi|17 : gtgGG--------GGATATGACCACGTTATTGGCAACCTCT
gi|2 : GTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACACATGATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTGATTGAATTGGGGGGGGGGTTGTGGATATGATCACATTAGTGGCAACCTtg
gi|3 : acaTTGGCTACATATTTCTGTTTGCGGTATTT----ATATGTCATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATA------GTTTATATCCACTTCTTAGGAAATGCTTCTAAAGGTTAACGAAGTGGCAGA--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|4 : gTCAGCTACATATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGAAT-CTGTGCTCGCCGACTTTTTTATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACAAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|5 : TCGGCTACATATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGAGATGTCTTTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTTCGAATGCCTTTAAGAATTAACGAGGTGGTGGG--------GGATATGACCAAGTTAGTGGCAATCT
gi|6 : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAGTCCACTTGTCTTGAAATGCCTCTTAGGGCTAACAAGGTGGTGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCa
gi|7 : gTCGACTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATGTATGTGCTCGGCCACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGCTAACGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTAA--GGCGACCT
gi|8 : gTATGTAATTCAGTTTGCGGCATTT---------------CTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATACTAGTAATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCATGTTAGTGGCAACCTC
gi|9 : agtcattGTTTTTCAGTTTGCTGCATTT----ACATATGATTTCTGTGCTCAGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACT--TCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTGAGGAGGTGACAAG--------GGATATGACCCCGTTAGTGGCAACCTCT
Alignments
lowQualScore : 5555 888888 99999999
lowQualScore : .... ...... ........
lowQualScore : 7777 222222 11111111
consensus : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
Reference ( family-773 ) : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|1 : TCGGCTACATATTTCAGTTTGCGGTATTTATTTACATGTGATTTATGTGCTCGGCCAATTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAACGAGGTGGCAGG--------GGATATGACCACATAAGTGGCAACCTCT
gi|10 : gGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCTCGGCAACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGACTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTTAGTG
gi|11 : acaACTTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCCCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------CTTTAAGTCCACTTCTTTGGA---------AAGGGCTGACGAGGTGGCGGG--------AGATATGACCACATTGGTGGCAACCTC
gi|12 : TCGGCTACACATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGTGATTTATGTGCTTGACGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCATTTAAGTGTAAACGAGTTGTCAGA--------GGATACGAC
gi|13 : gTCAGTTACATATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATTTATGTGCTCGGCAACTTTTTCATTTTACATA------ATTTAAATCCACTTTTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAATTTGGTGGCCTG--------GGATAT
gi|14 : gTCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGCTTTATGTACTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATC------ATTTAAATCCACTT----------------------TAACGATGTGGCGGT--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAAGCT
gi|15 : gTGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGACTGG--------GGATATGACCACATTAGTGGCAACCTa
gi|16 : ATGTATTTCAGTTTGCTGCATTA----ACATGTGATTTCTGTGC
gi|17 : gtgGG--------GGATATGACCACGTTATTGGCAACCTCT
gi|2 : GTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACACATGATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTGATTGAATTGGGGGGGGGGTTGTGGATATGATCACATTAGTGGCAACCTtg
gi|3 : acaTTGGCTACATATTTCTGTTTGCGGTATTT----ATATGTCATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATA------GTTTATATCCACTTCTTAGGAAATGCTTCTAAAGGTTAACGAAGTGGCAGA--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|4 : gTCAGCTACATATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGAAT-CTGTGCTCGCCGACTTTTTTATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACAAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|5 : TCGGCTACATATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGAGATGTCTTTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTTCGAATGCCTTTAAGAATTAACGAGGTGGTGGG--------GGATATGACCAAGTTAGTGGCAATCT
gi|6 : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAGTCCACTTGTCTTGAAATGCCTCTTAGGGCTAACAAGGTGGTGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCa
gi|7 : gTCGACTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATGTATGTGCTCGGCCACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGCTAACGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTAA--GGCGACCT
gi|8 : gTATGTAATTCAGTTTGCGGCATTT---------------CTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATACTAGTAATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCATGTTAGTGGCAACCTC
gi|9 : agtcattGTTTTTCAGTTTGCTGCATTT----ACATATGATTTCTGTGCTCAGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACT--TCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTGAGGAGGTGACAAG--------GGATATGACCCCGTTAGTGGCAACCTCT
blockSeqs : . CTAGTA GGGGTTGT
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : ****
originalCons : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
finalCons : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
Alignments
lowQualScore : 5555 888888 99999999
lowQualScore : .... ...... ........
lowQualScore : 7777 222222 11111111
consensus : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
Reference ( family-773 ) : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|1 : TCGGCTACATATTTCAGTTTGCGGTATTTATTTACATGTGATTTATGTGCTCGGCCAATTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAACGAGGTGGCAGG--------GGATATGACCACATAAGTGGCAACCTCT
gi|10 : gGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCTCGGCAACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGACTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTTAGTG
gi|11 : acaACTTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCCCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------CTTTAAGTCCACTTCTTTGGA---------AAGGGCTGACGAGGTGGCGGG--------AGATATGACCACATTGGTGGCAACCTC
gi|12 : TCGGCTACACATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGTGATTTATGTGCTTGACGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCATTTAAGTGTAAACGAGTTGTCAGA--------GGATACGAC
gi|13 : gTCAGTTACATATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATTTATGTGCTCGGCAACTTTTTCATTTTACATA------ATTTAAATCCACTTTTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAATTTGGTGGCCTG--------GGATAT
gi|14 : gTCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGCTTTATGTACTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATC------ATTTAAATCCACTT----------------------TAACGATGTGGCGGT--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAAGCT
gi|15 : gTGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGACTGG--------GGATATGACCACATTAGTGGCAACCTa
gi|16 : ATGTATTTCAGTTTGCTGCATTA----ACATGTGATTTCTGTGC
gi|17 : gtgGG--------GGATATGACCACGTTATTGGCAACCTCT
gi|2 : GTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACACATGATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTGATTGAATTGGGGGGGGGGTTGTGGATATGATCACATTAGTGGCAACCTtg
gi|3 : acaTTGGCTACATATTTCTGTTTGCGGTATTT----ATATGTCATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATA------GTTTATATCCACTTCTTAGGAAATGCTTCTAAAGGTTAACGAAGTGGCAGA--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|4 : gTCAGCTACATATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGAAT-CTGTGCTCGCCGACTTTTTTATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACAAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|5 : TCGGCTACATATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGAGATGTCTTTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTTCGAATGCCTTTAAGAATTAACGAGGTGGTGGG--------GGATATGACCAAGTTAGTGGCAATCT
gi|6 : TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAGTCCACTTGTCTTGAAATGCCTCTTAGGGCTAACAAGGTGGTGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCa
gi|7 : gTCGACTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATGTATGTGCTCGGCCACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGCTAACGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTAA--GGCGACCT
gi|8 : gTATGTAATTCAGTTTGCGGCATTT---------------CTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATACTAGTAATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCATGTTAGTGGCAACCTC
gi|9 : agtcattGTTTTTCAGTTTGCTGCATTT----ACATATGATTTCTGTGCTCAGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACT--TCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTGAGGAGGTGACAAG--------GGATATGACCCCGTTAGTGGCAACCTCT