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Reference ( gi|4 )            :   TCAGCTACA-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-AT-C-TGTGCTCGCCGACTTTTTTATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGT--T--AACAAGGTGGCGGG----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|6                          :   TCGGCTACG-TATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-TTTC-TGTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAGTCCACTTGTCTTGAAATGCCTCTTAGGGC--T--AACAAGGTGGTGGG----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACC
gi|1                          :  gTCGGCTACA-TATTTCAGTTTGCGGTATTTATTTACATGTGA-TT-TATGTGCTCGGCCAATTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGT--T--AACGAGGTGGCAGG----GGATATGACCACATAAGTGGCAACCTCT
gi|7                          :  gTCGACTACG-TATTTCAGTTTGCGGCATTAA----CATGTGATGT-A-TGTGCTCGGCCACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGC--T--AACGAGGTGGCGGA----GGATATGACCACGTAA--GGCGACCT
gi|5                          :  gTCGGCTACA-TATTTCAGTTTGCAGCATTTA----CATGAGATGT-C-TTTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTTCGAATGCCTTTAAGAAT--T--AACGAGGTGGTGGG----GGATATGACCAAGTTAGTGGCAATCT
gi|8                          :   TCATTTATG-TAATTCAGTTTGCGGCATTT----------------C-TGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATACTAGTAATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGT--T--AATGAGGTGGCGGG----GGATATGACCATGTTAGTGGCAACCTCa
gi|13                         : agTCAGTTACA-TATTTCAGTTTGCGGCATTAA----CATGTGA-TT-TATGTGCTCGGCAACTTTTTCATTTTACATA------ATTTAAATCCACTTTTCTGGAAATGCCTTTAAGGGT--T--AATTTGGTGGCCTG----GGATAT
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gi|3                          :     gGCTACA-TATTTCTGTTTGCGGTATTTA----TATGTCA-TTTC-TGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATA------GTTTATATCCACTTCTTAGGAAATGCTTCTAAAGGT--T--AACGAAGTGGCAGA----GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCTa
gi|10                         :     gttgACAGTATTTCAGTTTGCGGCATTTA----CATGTGA-TTTC-TGCGCTCGGCAACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGACTCTAAGGGT--T--AATGAGGTGGCGGA----GGATATGACCACGTTAGTG
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Reference ( family-773 )      :    TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
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gi|6                          :    TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTTGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAGTCCACTTGTCTTGAAATGCCTCTTAGGGCTAACAAGGTGGTGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCa
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Alignments
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gi|11                         :       acaACTTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCCCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------CTTTAAGTCCACTTCTTTGGA---------AAGGGCTGACGAGGTGGCGGG--------AGATATGACCACATTGGTGGCAACCTC
gi|12                         :    TCGGCTACACATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGTGATTTATGTGCTTGACGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCATTTAAGTGTAAACGAGTTGTCAGA--------GGATACGAC
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blockSeqCons                  :                                 ****
originalCons                  :    TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
finalCons                     :    TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT





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lowQualScore                  :                                 ....                                         ......                                                   ........                            
lowQualScore                  :                                 7777                                         222222                                                   11111111                            
consensus                     :    TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
Reference ( family-773 )      :    TCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|1                          :    TCGGCTACATATTTCAGTTTGCGGTATTTATTTACATGTGATTTATGTGCTCGGCCAATTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAACGAGGTGGCAGG--------GGATATGACCACATAAGTGGCAACCTCT
gi|10                         :           gGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCTCGGCAACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGACTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTTAGTG
gi|11                         :       acaACTTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGATTTCTGCGCCCGGCGACTTTTTCATTTTGCATA------CTTTAAGTCCACTTCTTTGGA---------AAGGGCTGACGAGGTGGCGGG--------AGATATGACCACATTGGTGGCAACCTC
gi|12                         :    TCGGCTACACATTTCAGTTTGCAGCATTT----ACATGTGATTTATGTGCTTGACGACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCATTTAAGTGTAAACGAGTTGTCAGA--------GGATACGAC
gi|13                         :   gTCAGTTACATATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATTTATGTGCTCGGCAACTTTTTCATTTTACATA------ATTTAAATCCACTTTTCTGGAAATGCCTTTAAGGGTTAATTTGGTGGCCTG--------GGATAT
gi|14                         :   gTCGGCTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGCTTTATGTACTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATC------ATTTAAATCCACTT----------------------TAACGATGTGGCGGT--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAAGCT
gi|15                         :                                                                                                          gTGCCTCTAAGGGTTAACGAGGTGACTGG--------GGATATGACCACATTAGTGGCAACCTa
gi|16                         :          ATGTATTTCAGTTTGCTGCATTA----ACATGTGATTTCTGTGC
gi|17                         :                                                                                                                                  gtgGG--------GGATATGACCACGTTATTGGCAACCTCT
gi|2                          :            GTATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACACATGATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTGATTGAATTGGGGGGGGGGTTGTGGATATGATCACATTAGTGGCAACCTtg
gi|3                          : acaTTGGCTACATATTTCTGTTTGCGGTATTT----ATATGTCATTTCTGTGCTCGGTGACTTTTTCATTTTGCATA------GTTTATATCCACTTCTTAGGAAATGCTTCTAAAGGTTAACGAAGTGGCAGA--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
gi|4                          :   gTCAGCTACATATTTCAGTTTGCGGCATTT----ACATGTGAAT-CTGTGCTCGCCGACTTTTTTATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAACAAGGTGGCGGG--------GGATATGACCACGTTAGTGGCAACCTCT
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gi|7                          :   gTCGACTACGTATTTCAGTTTGCGGCATTA----ACATGTGATGTATGTGCTCGGCCACTTTTTCATTTTGCATA------ATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTTTAAGGGCTAACGAGGTGGCGGA--------GGATATGACCACGTAA--GGCGACCT
gi|8                          :        gTATGTAATTCAGTTTGCGGCATTT---------------CTGTGCTCGGCGACTTTTTCATTTTGCATACTAGTAATTTAAATCCACTTCTCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTAATGAGGTGGCGGG--------GGATATGACCATGTTAGTGGCAACCTC
gi|9                          :     agtcattGTTTTTCAGTTTGCTGCATTT----ACATATGATTTCTGTGCTCAGTGACTTTTTCATTTTGTATA------ATTTAAATCCACT--TCTGGAAATGCCTCTAAGGGTTGAGGAGGTGACAAG--------GGATATGACCCCGTTAGTGGCAACCTCT