lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333333333 1 33333333333333333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 333333333 11111 777777777777 2222 4444444 111111 222222222 333333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 555555555555555555555555555555555 44444444444444444444444444444444444444 11111111 22222222222 111 11 4444444444444444444444444444444444 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 4 3 4444444444444444444 9999 1 6 4 55 88888888888888888888 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 6 555555555 6 4 0 8 11111 1 777 444444444444 777 3 66 2 4 66 5 2 5 2222 2 3333333 4 555555 5 5 0 000000000 000000000000 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 555555555555555555555555555555555 1 77 9 22222222222222222222222222222222222222 33333333 5 77777777777 888 5 1 3 0 33 2 1 2222222222222222222222222222222222 77 77 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6
lowQualScore : . . ................... .... . . . .. .................... ........................................................................... . . ......... . . . . ..... . ... ............ ... . .. . . .. . . . .... . ....... . ...... . . . ......... ............ . ............................................................................................................. . ................................. . .. . ...................................... ........ . ........... ... . . . . .. . . .................................. .. .. .............................................................................................................................................................. .
lowQualScore : 0 3 2222222222222222222 4444 1 7 0 55 11111111111111111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 9 333333333 0 4 1 4 11111 0 888 555555555555 888 1 11 3 4 99 0 2 0 0000 9 6666666 5 666666 0 0 2 888888888 666666666666 6 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 555555555555555555555555555555555 0 99 7 44444444444444444444444444444444444444 44444444 7 11111111111 333 7 3 0 7 66 7 6 4444444444444444444444444444444444 99 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCT-AAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTG-CTTG--TGT-------C------------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------TNTGN-------C-----TT-------TGTATA--------TATTTAT----GTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTAC-----ATGTAC---TGTAGCGTTGG-----AATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TAT-T-GCCGCATGTC-NN-A-TCTCGC-----ACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACTGG------ACTTCAAT-CN-GN--GAAGACCT-----------G----GCT--T----TTA-CNA---CTTT-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAGAC-TA-TTA------AA-T--ATT--A-TTCG--TTATTTCACAATAATG-----ATAATNTA----TT-AATT-AACGCGTTT--CTGGTAAGTCATTNGTACTGTAANTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGT---GTAATTTG--T---A-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATAATTGT---CTTTTTT-----ATNTTT---CTA-----AATGTAT--GTTTTATGTATT--TACAGGC----A----TTATNATTAT-NT-------A-TA---T-----------AATAA-TAC-AC----NCCA-A-TTAAACCAAAT---CT-----C---------N-----AT---G---N--AC----TT---GGCGTTGAACAT---TCA--G--TTTAAGACCCGGTTA
Reference ( gi|2 ) : TGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCT-GAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATG-CTTG--TGT-------C------------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------TCTGA-------C-----TT-------TGTATG--------TAT--------GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTAC-----ATGTAT---TGTAGCGTTGG-----AA-----GTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TAT-T-GTCACATGTC-AC-A-TCTTGC-----ACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACCAG------ACTTC-AT-CT-GT--AAACACCT-----------T----GCT--C----TTA-CCA---CTTT-----AA-------ATA-GTATC-A--TAAAGAAGACATAATTA------AA-T--ATT--AATTCA--TTATTTCATAATTATG-----ATGATGTA----TT-AATCAAACACATTT--CTGGTAAGTCATTAGTACTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--T---A-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATAATTGT---CTTTTTT-----ATATTT---CTA-----AATGTAT--GTTTTATGTATT--TACAGGC---AA----TTATAATTAT-ATA------AGTA---T-----------AATAA-TAC-AC----TCCA-A-TAAAACCAAA----CT-----C---------A-----AT---G---A--AC----TA---GGTGTTGAAC-T---TCA--A--TT--AGACCCAGTTA
gi|4 : TGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-T-AAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTG-CCTG--TGT-------C------------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------TCTGT-------C-----TT-------TGTATT--------TATTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTAC-----ATGCAC---TGTAGCGTTGG-----AATGCAAGTGATTATTTAAATGCAT---GCATATT-GTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CAT-A-GTCTGATGTCTAA-A-TCTGGT-----ACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACTGG------ACTTC-A
gi|9 : gTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T----TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAG-CTTG--TGT-------C------------GAATATATATATGACC-------C-------C-------TGTGA-------C-----CTCTGTCTATGTATGGATT----TAT--------ATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTAC-----ATATAC---TGTAGCGTTGG-----AATGCAAGTGACTGTGTGAATACAT---GGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TATATAGTCGCATGTC-TCAA-TCTGGC-----ACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACTGG------ATTTCAAT-CT-GG--CAACATCT-----------G----ACT--T----TCA-CAA---CATT--------------AT---TATC-T--TAAATGAGACTTAAagcagtggggaccttgattctggtaagtcatttgtacaaacattattattagaagtactgtaatgtgttacatttacgagactgtattttaaaataattgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|3 : gTGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCG-AAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTG-AGTG--TATGTTAAAACATTAATG-----TAATATGTCTGTGACC-------C-------T-------TGTGA-------C-----CTCTGTC--TGTATA--------TATTTAT----GTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTAC-----ATGTAT---TATATCTCTGGAATGCAA-----GTGAATGATTGAATGCAT---GCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTAT----CCACTCGTC-------CTTGTCAAAAACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACTGG------GCTTC-CTACT-GG--AAGGACAT-----------G----GCTTAT----TTAGCCAGT-CTTTTACTCAAGTTATTCATATATGTT-ATTTAAAGAAG-----ATTA------AACC--ATC----TTTGGTTTATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTA-AATT-AACGTGTTT--CTG----GCTATTAATA-------TATTA-TATTGATAagaagac
gi|11 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAA-TATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATA------T---TGT-------C------------CTATATGCTTGTGATC-------C----------------------------------T-------TGT---------------------------------CA-TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAA-----GTGATTGTTTGAATGAAT---ACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTGtaatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|14 : aTGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTT-AAATATGTA----GTAAGCCTTCTTT-AAATGTCTCG--TGT-------C------------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTC-----TT-------TGTATATATTTATTTAT--------GTGTGACGTCACAGTG------gatacaaaccgc
gi|13 : GTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCG-AAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTG-AGTGTATGT-------TAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------C-------T-------TGTGA-------CCTCTGTC-------TGTATATATT----TAT--------GTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAgctgcgaagctactgaa
gi|15 : TAATATTTT-AGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTG-CTCT--TTT-------C------------TAATATGTTTTTGgg
gi|1 : caatattttatgtagctctaggccTTTT-TAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTG-CTTG--TGC-------C------------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCTCTGT-------C-----TT-------TGTATA--------TATTTAT----GTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTAC-----ATGTAT---TGTAGCGTTGA-----AATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---ACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TAT-A-GTCGCATGTCTAA-A-TTTCAC-----ACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT-G------CCTTCAAG-CA-GT--AAATAACT-----------G----GCT--T----TAA-CTA---CTTT-----AG-------ATA-ATAT--A--TAAAAA---------TA------AA------------TCG--TAATTTTACAATAATG-----ACATTGTA----TT-AATTTAACGCGTTT--CTGGTAAGTCATTTGTACATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATT---A-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGT-----AT-TTTAGAATA-----ATTGTTT--TTTTTGTATATTCCTAAATG----AATGTTTTATA--TAT-CTACAGGCTAGTA---TTATTATATTATAATAA-TAC-AC----TCCA-G-TTTACCCAAATC--CT-----T---------T-----AC---GTACG--AC----TT---GGCGTTGAAC-ccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|10 : AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTG-CTTG--TGT-------C------------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------TCTGT-------C-----TG-------TGTATA--------TATTTAT----GTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTAC-----ATGAAC---TGTAGTATTGG-----AATGCAAGTGATGGTTTGAATCCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|6 : tattTTTAAATTG-CTCG--TGT-------C------------CAATATATTTATGACC-----------------------TCTGT-------C-----TT-------TGTATA--------TATTTAT----GTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTAC-----ATGTAT---TGTAGCGTTGG-----AATGCAAGTGATTGTTTGAGTGTGT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-TA------------------A-TTTCGC-----CCTT-AATT-TCACCGGAACACTACTGA------ACTTCAAT-AA-GT--GAAGACCTACACAATTCTAT----GTC--A----TTA-CAA---CTCT---------------------TT-A--TTAAGAAG--------A------AA-T--AT-----------TTAT---ATATTTACG-----CCGTTCTG----GT-AGTCATTTATAGCT--CTTATAAGT-AGTAGTACTGCAA-----------AATA-TGCG-------------TAAATTG--T---A-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAT-TTGAGAAT-----------------------------------------GTAT--GTTGTATGTATT--TACAGGCTATAA----TTAT-GTTATAATA------ATTATCCT-----------AATAA-T-T-A-----TCCA-ATTAAAACCAAAT---CT-----C---------ATATTTAT---A---G--AC----TG---TGTGTTGCAC-C---T-A------T--ATATCCGGTTA
gi|16 : -------TATATT--------TAT--------GTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTG
gi|5 : ctgtctgtaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTAC-----ATGTAC---TATAGCGTTAG-----AAT----GCAAGGGATTGAATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTTA-------ATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAA--ATAT-GCCACATGTT-TTTG-TCTCGC-----CATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCTGG------ACTTCCGT-CT-GCCAAGACGCCT-----------TTATAGCT--TA---TTAATTA---CTTT-----AA-------ACA-ATAT-------------GCAT--TT----------T--ATT--AAT-CT--TTATTTTACAATAATG-----ATAA---A----T--AATT-----TATTTATCCCGTAAGTCATCGGTACTATACTTATCATTA---GTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--T---A-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATAAATGC---TTTTTTTTTATTATATTT---CTA-----AATATTTTTATTTTATGTATT--TACAGGC----------TGTTATTAT-GGT------AGTA---T-----------GATAA-TACTAA----ACCA-A-ATAAACCGAA----CT-----T---------T-----ATACAG---AGTAC----TT---GGCGTTGAACAT---TTATTAGTTT--AGACCCGGTTA
gi|8 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagGAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTAC-----ATG-AT---TGTAATGTcat
gi|7 : ttaTGATTGTTTGAATTCAT---GC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TAT-T-CTCGCATGTA-AA-AATCTT-C------CTT-AATT-TCACCAGAAC---ACCAATTATGAACTTC-AA-CAAGT--GAAGACCT-----------A---------CAAAATTA-ATATATCTTT-----AC-------A-A-CTATTTA--TTGAGAAGAAATATTTATATACAAA-TGTATTTAAATAAA--TTATTTCACAAT-----------AATTTA----TT-AAGTTAACGCGGTT--CTGGTAAGTCATT-----TGTAACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--C---A-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATAATTGT---C-TTTTT-----ATTTTT---CGA-----AATGTAT--GTTTTATGTCTT--TACAGGC----------TATAATTAT-TTT------ATTA---T-----------AATAATTAT-CC----TCCA-ATTAAAACCAAATCCCCTATAG-C---------T-----AT---A---A--AC----TT---AGTGTTGAAC-T---gttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|8 : CAGA-TAA-T-GCCACATGTT-TC-AGTCTCGC-----ACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACTGG------ACTTCCAT-CT-AG--GAAGACCC-----------A----GCT-------TTG-TGG---CTT------AA-------CTA-CT-T-----TAAAGAAGACGCA-TTG------TA-T---TT--A--TCA--TTATTTCACAATAATA-----ATAA-ATA----TTTGGTTAA-CGCGTTT--CTAGTTGGTCATTGATACTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--T---ACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-GACTT---------TAGAATAATTGT---CTTT--------ATATTG---CTACATTAAATGTAT--GTTTTATGTATT--TACAGGC---TA----TTAACATGGT-AT---------TA---T-----------AATAA-TAC-TCA---ACCAGA-T-AAACCAAA----CTATGTAC---------A-----GA---G---T--AC----TT---TATGTTTAACATTTGTCA--G--TTTAATACCCGGTTA
gi|4 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTT--CTGGTAAGTCATTTGTAC---AAACATTATTATTA-------GAAGT-A-CT---GTAATGTG--TTACA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATAATTGT----TTTTTT-----ATCTTT---TT----------TAT--GTTTTATTAATT--TACAAGC----------TATTATTAT------------TA---T-----------AATAA-AAC-ACGTAATCCA-A-TTAAACCAAA----TC-----CTATACGTTTA-----AT----------AC----TT---GGTGTTCAAC-T---TCA--T--TA--AGACCTGGTTA
gi|12 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaG--T---ACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTAATTGT---CTTGTTT-----AGTTTT---CTA-----TATTTAT--GTTTTATATATT--TACAGGC---TA----TTAACATGGT-AT---------TA---G-----------AATAA-TGC-TCA---ACCAGA-T-AAACCAAA----CT---------------------AT---G---T--ACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCA--G--TTTAAGACCCGGTTAc
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111 333333333333333 44444444444444444444444444444444 3333333 333333 1111111 111 222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111111 1 222 1 22222222222 11 1111111 1111111111 22222222222222222222222 1111111 11111111 444 444444 1 4444444444444 1 88888888888888888888888888888888 1111111 44444
lowQualScore : 1 1 1 1 111 8888 0 777777777777777 66666666666666666666666666666666 2 0000000 9999999999 0 111111 4 3333333 4 777 3 55 1 1 66 4 8 999 1 2 999999 66 1 4 4 777 11 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888888888 3 7777777 5 0 1 5 1 1 6 5 88888 0 3 2 1 5 000 1 66 0 5 33333333333 0 5 0 3 11 6666666 5 7777777777 00000000000000000000000 66 6666666 0 88888888 111 1 5 000000 0 3333333333333 0 0 00000000000000000000000000000000 6666666 2 33333 3 66
lowQualScore : . . . . ... .... . ............... ................................ . ....... .......... . ...... . ....... . ... . .. . . .. . . ... . . ...... .. . . . ... .. . .. ................................................................................................................. . ......... . ....... . . . . . . . . ..... . . . . . ... . .. . . ........... . . . . .. ....... . .......... ....................... .. ....... . ........ ... . . ...... . ............. . . ................................ ....... . ..... . ..
lowQualScore : 0 4 4 4 000 5555 1 333333333333333 00000000000000000000000000000000 4 0000000 0000000000 5 444444 0 0000000 0 000 0 55 2 0 11 4 9 222 7 7 999999 11 8 4 4 888 99 0 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 444444444 0 9999999 7 6 4 7 3 7 6 7 77777 6 0 7 3 7 000 9 99 0 0 88888888888 2 0 1 0 55 2222222 0 5555555555 99999999999999999999999 99 2222222 1 11111111 555 0 0 222222 0 2222222222222 8 0 11111111111111111111111111111111 2222222 0 66666 2 44
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGNCTT-------TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TAT-T-GTCGCATGTC-NN-A-TCTC--GCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTNGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TNTTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTA--------CAGGC-ATTATNATTA-T-ATA--TATAATAA-TAC-NC---------TCCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Reference ( family-757 ) : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------NTGNCTT-------TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TAT-T-GCCGCATGTC-NN-A-TCTC--GCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGNGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTNGTA-CTGTAANTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TNTTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTA--------CAGGC-ATTATNATTA-T-NTA--TATAATAA-TAC-AC---------NCCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----NAT-------G---NAC-------TTGGCGTTGAACAT---TCAGTTTAAGACCCGGTTA
gi|1 : TTTTTAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTGCTTGTGC-------C-------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCT-------CTGTCTT-------TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGAAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---ACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TAT-A-GTCGCATGTCTAA-A-TTTC--ACACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT----GCCTTCAAGCAGTAAATAACTG------------GCT--TTAA-CTA---C--------T-----T-T-----AG-------ATA-ATA-T-A--TAAAAA----------T-AAA---------T--CG----T-AATTTTAC--------AATAATGACA---TTGTA-TTAATTTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATTA-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGTATT-----TTAGAATAATTGTTTTTT-----T---TG--TATATTCCTAAATGAATGT-TTTATATATCTACAGGCTAGTATTATTA-T-AT---TATAATAA-TAC-AC---------TCCAGTT-TACCCAAATCCT-------T-----TAC-------GTACGAC-------TTGGCGTTGAAC
gi|10 : TATT---AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------T-------CTGTCTG-------TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GAAC-TGTAGTATTGGAATGCAAGTGATGGTTTGAATCCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|11 : TGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAATATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATATTG------T-------C-------CTATATGCTTGTGATC-----------------------------------CTT-----------------------------------GTCA---TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGAAT---ACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTG
gi|12 : aG--TACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTA-------A-TTGTCTTGT-----TTA---------GTTTTC-----TATATT--TATGTTTT-------ATATATTTA--------CAGGCTATTAACATGG-T-AT---TAGAATAA-TGC-TCA--------ACCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TAT-------G---TACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTAgatacaaaccgc
gi|13 : cGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------C-------T-------T-------GTGACCTCTGTC--TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAcata
gi|14 : TGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTTAAATATGTA----GTAAGCCTTCTTTAAATGTCTCGTGT-------C-------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTCTT-------TGTAT--ATATTT--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------gg
gi|15 : TAATATTTTAGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTGCTCTTTT-------C-------TAATATGTTTTTGgctgcgaagctactgaa
gi|16 : caatattttatgtagctctaggccTC-------TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|2 : ctgTGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCTGAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGACTT-------TGTAT--G----T--AT----GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAA-----GTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TAT-T-GTCACATGTC-AC-A-TCTT--GCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACC---AGACTTCA-TCTGTAAACACCTT------------GCT--CTTA-CCA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-GTATC-A--TAAAGAAG-ACATAATT-AAATATT--AATT--CA----T-TATTTCAT--------AATTATGATG---ATGTA-TTAA-TCAAACACATTTCTGGTAAGTCATTAGTA-CTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TATTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTA--------CAGGCAATTATAATTA-T-ATAAGTATAATAA-TAC-AC---------TCCAATA-AAACCAAA--CT-------C-----AAT-------G---AAC-------TAGGTGTTGAAC-T---TCAATT--AGACCCAGTTA
gi|3 : TGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------C-------T-------T-------GTGACCTCTGTC--TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTACAT-------GTAT-TATATCTCTGGAATGCAAGTGAATGATTGAATGCAT---GCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTAT----CCACTCGTC-CT---TGTCAAAAACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACT---GGGCTTCCTACTGGAAGGACATG------------GCTTATTTAGCCAGT-C--------T-----T-TTACTCAAGTTATTCATATATGTT-ATTTAAAGAAG-AT-TA----AACCATC--T-TT--GGT---T-TATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTA---AA-TTAA-CGTGTTTCTGG
gi|4 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-TAAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTGCCTGTGT-------C-------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCTT-------TGTATTTA----TTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GCAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTATTTAAATGCAT---GCATA-TTGTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CAT-A-GTCTGATGTCTAA-A-TCTG--GTACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACT---GGACTTCAAGCAGTGGGGACCTT------------GAT--TCTG-GTAAGTCA-------T-----T-TGTAC-AA-------ACA-TTATT-A--T-TAGAAGTAC-TG-TA-ATGTGTTACA-TTTACGAGACTGTATTTTAA--------AATAATctattaatatattatattgatataatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|4 : gTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CAAACATTATTATTAGAAGTACTGTA-----ATGT---G----TTA--CA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATA-------A-TTGT-TTTT-----TTA---------TCTTTT-----T-------TATGTTTT-------ATTAATTTA--------CAAGC---TATTATTA-T------TATAATAA-AAC-ACGTAA-----TCCAATT-AAACCAAAT-C--------C-----TATACGTTTAA---TAC-------TTGGTGTTCAAC-T---TCA--TTAAGACCTGGTTAtgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|5 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTACAT-------GTAC-TATAGCGTTAGAATGCAAGGGATTG----AATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTTA-------ATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAAATAT---GCCACATGTT-TTTG-TCTC--GCCATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCT---GGACTTCCGTCTGCCAAGAC---------------GCC--TTTA-TAG---C--------T-----TAT-----TA-------AT---TACT-T--TAAACAAT-ATGCA-TT-T--TATT--A-AT--CT----T-TATTTTAC--------AATAATGATA---AATAA-TTTA-TTTA-------TCCCGTAAGTCATCGGTA-CTATACTTATCATTAGTA---CTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--TA-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-ATGCTTTTTTTTTATTA---------TATTTC-----TAAATATTTTTATTTT-------ATGTATTTA--------CAGGC---TGTTATTA-TGGTAG-TATGATAA-TACTAA---------ACCAAAT-AAACCGAA--CT-------T-----TATACAGA--G---TAC-------TTGGCGTTGAACATTTATTAGTTT-AGACCCGGTTAc
gi|6 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATATTTATGACC-----------------------T-------CTGTCTT-------TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAGTGTGT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-TA------------------A-TTTC--GCCCTT-AATT-TCACCGGAACACTACT---GAACTTCAATAAGTGAAGACCTA-------------------CA-CAA---T--------T-----C-T--------------ATG-TCATT-A--CA-------AC-TC-TT----TATT--A-------------------AG--------AAGAA--AT----ATTTA-TATA-TTTA-CGCCGTTCTGGT-AGTCATTTATAGCTCT---TATAAGTAGTAGTACTGCAAAAT-ATGC---GTAAATTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTA--TTTGAGA---------------------------------------------------ATG--TATGTTGT-------ATGTATTTA--------CAGGC---TATAATTA-T-GT---TATAATAATTAT-CCTAATAATTATCCAATTAAAACCAAAT-CT-------CATATTTAT-------A---GAC-------TGTGTGTTGCACcat
gi|7 : TGATTGTTTGAATTCAT---GC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TAT-T-CTCGCATGTA-AA-AATCTT---C-CTT-AATT-TCACCAGAACACCAATTATGAACTTCAACAAGTGAAGACCTACAAAATTAATATATC--TTTA-CAA---C--------TATTTAT-TGAG--AA-------GAA-ATATTTA--TATACAAA-TG-TA-TTTAAATA----A------A----T-TATTTCAC--------AATAAT---------TTA-TTAAGTTAA-CGCGGTTCTGGTAAGTCATT------TGTAACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--CA-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATA-------A-TTGTC-TTT-----TTA---------TTTTTC-----GAAATG--TATGTTTT-------ATGTCTTTA--------CAGGC---TATAATTATT-TTAT-TATAATAATTAT-CC---------TCCAATTAAAACCAAAT-CCCCTATAGC-----TAT-------A---AAC-------TTAGTGTTGAACctatatatccggtta
gi|8 : GAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTACAT-------G-AT-TGTAATGTt
gi|8 : ttaCAGA-TAA-T-GCCACATGTT-TC-AGTCTC--GCACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACT---GGACTTCCATCTAGGAAGACCCA------------GCT--TT-G-TGG---C--------T-----T--------A-------AC---TACT-T--TAAAGAAG-ACGCA-TT-GTAT-TT--A-T---CA----T-TATTTCAC--------AATAATAATA---A-ATATTTGG-TTAA-CGCGTTTCTAGTTGGTCATTGATA-CTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--TACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-G--------AC-TTTAGAATA-------A-TTGTC---T-----TTA---------TATTGCTACATTAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTA--------CAGGCTATTAACATGG-T-AT---TATAATAA-TAC-TCA--------ACCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TATGTACAGAG---TAC-------TTTATGTTTAACATTTGTCAGTTTAATACCCGGTTAgttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|9 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T---TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAGCTTGTGT-------C-------GAATATATATATGACC-------C-------C-------T-------GTGACCTCTGTCTATGTAT--G----G--ATTTATATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTACAT-------ATAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGACTGTGTGAATACAT---GGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TATATAGTCGCATGTCTCA-A-TCTG--GCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGATTTCAATCTGGCAACATCTG------------ACT--TTCA-CAA---CATTATTATC-----T-T-----AA-------ATG-AGACT----TAAAGAAG-AC-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111 333333333333333 5555555555555555555555555555555 11111 333333 1111111 222222222 22222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111111 1 111111 2222 1 22222222222 11 1111111 1111111111 22222222222222222222222 1111111 11111111 33 3333 1 4444444444444 1 77777777777777777777777777777777 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 111 8888 0 2 777777777777777 4444444444444444444444444444444 2 88888 9999999999 0 111111 4 3333333 4 777 3 55 1 1 66 4 4 444444444 6 4 00000 22 1 4 4 777 11 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888888888 3 7777777 5 0 1 1 5 1 1 999999 0 3 55 5 6666 1 66 0 5 33333333333 0 5 0 3 11 6666666 5 7777777777 00000000000000000000000 66 6666666 0 88888888 55 1 3333 0 33 6666666666666 0 0 33333333333333333333333333333333 6666666 66666 3 66
lowQualScore : . . . . ... .... . . ............... ............................... . ..... .......... . ...... . ....... . ... . .. . . .. . . ......... . . ..... .. . . . ... .. . .. ................................................................................................................. . ......... . ....... . . . . . . . ...... . . .. . .... . .. . . ........... . . . . .. ....... . .......... ....................... .. ....... . ........ .. . .... . .. ............. . . ................................ ....... ..... . ..
lowQualScore : 0 4 4 4 000 5555 1 5 333333333333333 2222222222222222222222222222222 3 22222 0000000000 5 444444 0 0000000 0 000 0 55 2 0 11 4 4 999999999 4 4 00000 00 8 4 4 888 99 0 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 444444444 0 9999999 7 6 4 7 7 7 0 777777 6 9 77 7 3333 9 99 0 0 88888888888 2 0 1 0 55 2222222 0 5555555555 99999999999999999999999 99 2222222 1 11111111 11 0 5555 0 00 9999999999999 8 0 44444444444444444444444444444444 2222222 00000 2 44
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTT-----TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATG---CATGCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATG-TC-AAA-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----TT-----AA-------ATA-A-TATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TNTTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATTGTAT---TATAATAA-TACNC---------T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Reference ( family-757 ) : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGNCTT-----TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATG---CATGCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATG-TC-NNA-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----TT-----AA-------ATA-A-TATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTNGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TNTTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGC-ATTATNATTATATA--TATAATAA-TACNC---------T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
gi|1 : TTTTTAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTGCTTGTGC-------C-------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCT-------CTGTCTT-----TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGAAATGCAAGTGATTGTTTGAATG---CATACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-A-GTCGCATG-TCTAAA-TTTCACACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT----GCCTTCAAGCAGTAAATAACTG------------GCT--TTAA-CTA---C--------T-----TT-----AG-------ATA-A-TA-T-A--TAAAAA----------T-AAA---------T--CG----T-AATTTTAC--------AATAATGACA---TTGTA-TTAATTTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATTA-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGTATT-----TTAGAATAATTGTTTTTT-----T---TG--TATATTCCTAAATGAATGT-TTTATATATCTACAGGCTAGTATTATTATAT---TATAATAA-TACAC---------T---CCAGTT-TACCCAAATCCT-------T-----TAC-------GTACGAC-------TTGGCGTTGAAC
gi|10 : TATT---AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------T-------CTGTCTG-----TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GAAC-TGTAGTATTGGAATGCAAGTGATGGTTTGAATC---CATGCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|11 : TGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAATATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATATTG------T-------C-------CTATATGCTTGTGATC-----------------------------------CTT---------------------------------GTCA---TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATG---AATACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTG
gi|12 : aG--TACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTA-------A-TTGTCTTGT-----TTA---------GTTTTC-----TATATT--TATGTTTT-------ATATATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TAGAATAA-TGCTCA--------A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TAT-------G---TACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTAgatacaaaccgc
gi|13 : cGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------C-------T-------T-------GTGACCTCTGTCTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAcata
gi|14 : TGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTTAAATATGTA----GTAAGCCTTCTTTAAATGTCTCGTGT-------C-------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTCTT-----TGTAT--ATATTT--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------gg
gi|15 : TAATATTTTAGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTGCTCTTTT-------C-------TAATATGTTTTTGgctgcgaagctactgaa
gi|16 : caatattttatgtagctctaggcc-------CTGTCT-------GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|2 : TGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCTGAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGACTT-----TGTAT--G----T--AT----GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAA-----GTGATTGTTTGAATG---CATGCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-GTCACATG-TC-ACA-TCTTGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACC---AGACTTCA-TCTGTAAACACCTT------------GCT--CTTA-CCA---C--------T-----TT-----AA-------ATA-G-TATC-A--TAAAGAAG-ACATAATT-AAATATT--AATT--CA----T-TATTTCAT--------AATTATGATG---ATGTA-TTAA-TCAAACACATTTCTGGTAAGTCATTAGTA-CTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TATTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCAATTATAATTATATAAGTATAATAA-TACAC---------T---CCAATA-AAACCAAA--CT-------C-----AAT-------G---AAC-------TAGGTGTTGAAC-T---TCAATT--AGACCCAGTTA
gi|3 : TGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------C-------T-------T-------GTGACCTCTGTCTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTACAT-------GTAT-TATATCTCTGGAATGCAAGTGAATGATTGAATG---CATGCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTATCCACT-C-GTC-CTTG-TC-AAA------AACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACT---GGGCTTCCTACTGGAAGGACATG------------GCTTATTTAGCCAGT-C--------T-----TTTACTCAAGTTATTCATATA-TGTT-ATTTAAAGAAG-AT-TA----AACCATC--T-TT--GGT---T-TATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTA---AA-TTAA-CGTGTTTCTGG
gi|4 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-TAAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTGCCTGTGT-------C-------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCTT-----TGTATTTA----TTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GCAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTATTTAAATG---CATGCATA-TTGTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CA-----T-A-GTCTGATG-TCTAAA-TCTGGTACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACT---GGACTTCAAGCAGTGGGGACCTT------------GAT--TCTG-GTAAGTCA-------T-----TTGTAC-AA-------ACA-T-TATT-A--T-TAGAAGTAC-TG-TA-ATGTGTTACA-TTTACGAGACTGTATTTTAA--------AATAATctattaatatattatattgatataatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|4 : gTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CAAACATTATTATTAGAAGTACTGT--AAT-GTG---------TTA--CA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATA-------A-TTGT-TTTT-----TTA---------TCTTTT-----T-------TATGTTTT-------ATTAATTTACA--------AGC---TATTATTAT-----TATAATAA-AACACGTAA-----T---CCAATT-AAACCAAAT-C--------C-----TATACGTTTAA---TAC-------TTGGTGTTCAAC-T---TCA--TTAAGACCTGGTTAtgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|5 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTACAT-------GTAC-TATAGCGTTAGAATGCAAGGGA----TTGAATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTT-------AATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAA--A-----TAT-GCCACATGTTT-TTG-TCTCGCCATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCT---GGACTTCCGTCTGCCAAGAC---------------GCC--TTTA-TAG---C--------T-----T-------A-------TTA-ATTACT-T--TAAACAAT-ATGCA-TT---TTATT--A-AT--CT----T-TATTTTAC--------AATAATGATA---AATAA-TTTA-TT-------TATCCCGTAAGTCATCGGTA-CTATACTTATCAT---TAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--TA-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-ATGCTTTTTTTTTATTA---------TATTTC-----TAAATATTTTTATTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTGTTATTATGGTA-G--TATGATAA-TA--C---------TAAACCAAAT-AAACCGAA--CT-------T-----TATACAGA--G---TAC-------TTGGCGTTGAACATTTATTAGTTT-AGACCCGGTTAc
gi|6 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATATTTATGACC-----------------------T-------CTGTCTT-----TGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAGTG---TGTGCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-TA-----------------------A-TTTCGCCCTT-AATT-TCACCGGAACACTACT---GAACTTCAATAAGTGAAGACCTA-------------------CA-CAA---T--------T-----CT--------------ATG-T-CATT-A--CA-------AC-TC-TT----TATT--A-------------------AG--------AAGAA--AT----ATTTA-TATA-TTTA-CGCCGTTCTGGT-AGTCATTTATAGCTC---TTATAAGTAGTAGTACTGCAAAAT-ATGC---GTAAATTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTA--TTTGAGA---------------------------------------------------ATG--TATGTTGT-------ATGTATTTACA--------GGC---TATAATTATGT---TATAATAATTATCCTAATAATTAT---CCAATTAAAACCAAAT-CT-------CATATTTAT-------A---GAC-------TGTGTGTTGCACcat
gi|7 : TGATTGTTTGAATT---CATGC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-CTCGCATG-TA-AAAATCTT-C-CTT-AATT-TCACCAGAACACCAATTATGAACTTCAACAAGTGAAGACCTACAAAATTAATATATC--TTTA-CAA---C--------TATTTATTGAG--AA-------GAA-A-TATTTA--TATACAAA-TG-TA-TTTAAATA----A------A----T-TATTTCAC--------AATAAT---------TTA-TTAAGTTAA-CGCGGTTCTGGTAAGTCATTTGTA------ACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--CA-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATA-------A-TTGTC-TTT-----TTA---------TTTTTC-----GAAATG--TATGTTTT-------ATGTCTTTACA--------GGCTATAATTATTTTAT---TATAATAATTATCC---------T---CCAATTAAAACCAAAT-CCCCTATAGC-----TAT-------A---AAC-------TTAGTGTTGAACctatatatccggtta
gi|8 : GAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTACAT-------G-AT-TGTAATGTt
gi|8 : ttaCAGA-TA-----A-T-GCCACATG-TT-TCAGTCTCGCACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACT---GGACTTCCATCTAGGAAGACCCA------------GCT--TT-G-TGG---C--------T-----T-------A-------AC----TACT-T--TAAAGAAG-ACGCA-TT-GTAT-TT--A-T---CA----T-TATTTCAC--------AATAATAATA---A-ATATTTGG-TTAA-CGCGTTTCTAGTTGGTCATTGATA-CTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--TACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-G--------AC-TTTAGAATA-------A-TTGTC---T-----TTA---------TATTGCTACATTAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TATAATAA-TACTCA--------A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TATGTACAGAG---TAC-------TTTATGTTTAACATTTGTCAGTTTAATACCCGGTTAgttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|9 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T---TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAGCTTGTGT-------C-------GAATATATATATGACC-------C-------C-------TGTGACCTCTGTCTA-----TGTAT--G----G--ATTTATATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTACAT-------ATAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGACTGTGTGAATA---CATGGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TA-----TATAGTCGCATG-TCTCAA-TCTGGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGATTTCAATCTGGCAACATCTG------------ACT--TTCA-CAA---CATTATTATC-----TT-----AA-------ATG-A-GACT----TAAAGAAG-AC-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111 333333333333333 7777777777777777777777777777777 11 333333 1111111 222222222 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111111 1 111111 2222 1 22222222222 11 1111111 1111111111 22222222222222222222222 1111111 11111111 1 4444444444444 1 77777777777777777777777777777777 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 111 8888 0 2 777777777777777 7777777777777777777777777777777 00 9999999999 0 111111 4 3333333 4 777 3 55 1 1 66 4 8 333333333 6 111111111 22 1 4 4 777 11 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888888888 3 7777777 5 0 1 5 1 1 1 999999 0 3 55 5 6666 1 66 0 5 33333333333 0 5 0 3 11 6666666 5 7777777777 00000000000000000000000 66 6666666 0 88888888 4 999 888 0 33 6666666666666 0 0 33333333333333333333333333333333 6666666 66666 3 66
lowQualScore : . . . . ... .... . . ............... ............................... .. .......... . ...... . ....... . ... . .. . . .. . . ......... . ......... .. . . . ... .. . .. ................................................................................................................. . ......... . ....... . . . . . . . ...... . . .. . .... . .. . . ........... . . . . .. ....... . .......... ....................... .. ....... . ........ . ... ... . .. ............. . . ................................ ....... ..... . ..
lowQualScore : 0 4 4 4 000 5555 1 5 333333333333333 0000000000000000000000000000000 99 0000000000 5 444444 0 0000000 0 000 0 55 2 0 11 4 9 111111111 4 222222222 00 8 4 4 888 99 0 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 444444444 0 9999999 7 6 4 7 3 7 6 777777 6 0 77 7 3333 9 99 0 0 88888888888 2 0 1 0 55 2222222 0 5555555555 99999999999999999999999 99 2222222 1 11111111 1 555 888 0 00 9999999999999 8 0 44444444444444444444444444444444 2222222 00000 2 44
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TNTTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATNGTAT---TATAATAA-TACNC---------T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Reference ( family-757 ) : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TNTTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATTGTAT---TATAATAA-TACNC---------T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
gi|1 : TTTTTAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTGCTTGTGC-------C-------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCT-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGAAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---ACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-A-GTCGCATGT--CTAA-A-TTTCACACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT----GCCTTCAAGCAGTAAATAACTG------------GCT--TTAA-CTA---C--------T-----T-T-----AG-------ATA-ATA-T-A--TAAAAA----------T-AAA---------T--CG----T-AATTTTAC--------AATAATGACA---TTGTA-TTAATTTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATTA-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGTATT-----TTAGAATAATTGTTTTTT-----T---TG--TATATTCCTAAATGAATGT-TTTATATATCTACAGGCTAGTATTATTATAT---TATAATAA-TACAC---------T---CCAGTT-TACCCAAATCCT-------T-----TAC-------GTACGAC-------TTGGCGTTGAAC
gi|10 : TATT---AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------T-------CTGTCTGTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GAAC-TGTAGTATTGGAATGCAAGTGATGGTTTGAATCCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|11 : TGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAATATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATATTG------T-------C-------CTATATGCTTGTGATC-----------------------------------CTT----------------------------GTCA---TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGAAT---ACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTG
gi|12 : aG--TACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTA-------A-TTGTCTTGT-----TTA---------GTTTTC-----TATATT--TATGTTTT-------ATATATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TAGAATAA-TGCTCA--------A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TAT-------G---TACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTAgatacaaaccgc
gi|13 : cGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAcata
gi|14 : TGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTTAAATATGTA----GTAAGCCTTCTTTAAATGTCTCGTGT-------C-------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTCTTTGTAT--ATATTT--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------gg
gi|15 : TAATATTTTAGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTGCTCTTTT-------C-------TAATATGTTTTTGgctgcgaagctactgaa
gi|16 : caatattttatgtagctctaggcc-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|2 : TGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCTGAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGACTTTGTAT--G----T--AT----GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAA-----GTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-GTCACATGT--C-AC-A-TCTTGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACC---AGACTTCA-TCTGTAAACACCTT------------GCT--CTTA-CCA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-GTATC-A--TAAAGAAG-ACATAATT-AAATATT--AATT--CA----T-TATTTCAT--------AATTATGATG---ATGTA-TTAA-TCAAACACATTTCTGGTAAGTCATTAGTA-CTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATA-------A-TTGTCTTTT-----TTA---------TATTTC-----TAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCAATTATAATTATATAAGTATAATAA-TACAC---------T---CCAATA-AAACCAAA--CT-------C-----AAT-------G---AAC-------TAGGTGTTGAAC-T---TCAATT--AGACCCAGTTA
gi|3 : TGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTACAT-------GTAT-TATATCTCTGGAATGCAAGTGAATGATTGAATGCAT---GCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTATCCACT-C-GTC-CTTGT--C-AA-A------AACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACT---GGGCTTCCTACTGGAAGGACATG------------GCTTATTTAGCCAGT-C--------T-----T-TTACTCAAGTTATTCATATATGTT-ATTTAAAGAAG-AT-TA----AACCATC--T-TT--GGT---T-TATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTA---AA-TTAA-CGTGTTTCTGG
gi|4 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-TAAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTGCCTGTGT-------C-------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCTTTGTATTTA----TTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GCAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTATTTAAATGCAT---GCATA-TTGTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CA-----T-A-GTCTGATGT--CTAA-A-TCTGGTACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACT---GGACTTCAAGCAGTGGGGACCTT------------GAT--TCTG-GTAAGTCA-------T-----T-TGTAC-AA-------ACA-TTATT-A--T-TAGAAGTAC-TG-TA-ATGTGTTACA-TTTACGAGACTGTATTTTAA--------AATAATctattaatatattatattgatataatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|4 : gTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CAAACATTATTATTAGAAGTACTGT--AAT-GTG---------TTA--CA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATA-------A-TTGT-TTTT-----TTA---------TCTTTT-----T-------TATGTTTT-------ATTAATTTACA--------AGCTATTAT-----TAT---TATAATAA-AACACGTAA-----T---CCAATT-AAACCAAAT-C--------C-----TATACGTTTAA---TAC-------TTGGTGTTCAAC-T---TCA--TTAAGACCTGGTTAtgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|5 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTACAT-------GTAC-TATAGCGTTAGAATGCAAGGGATTG----AATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTTA-------ATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAAATA-----T---GCCACATGT--T-TTTG-TCTCGCCATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCT---GGACTTCCGTCTGCCAAGAC---------------GCC--TTTA-TAG---C--------T-----TAT-----TA-------AT---TACT-T--TAAACAAT-ATGCA-TT-T--TATT--A-AT--CT----T-TATTTTAC--------AATAATGATA---AATAA-TTTA-TTTA-------TCCCGTAAGTCATCGGTA-CTATACTTATCATTAGTA---CTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--TA-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-ATGCTTTTTTTTTATTA---------TATTTC-----TAAATATTTTTATTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTGTTATTATGGTAG---TATGATAA-TA--C---------TAAACCAAAT-AAACCGAA--CT-------T-----TATACAGA--G---TAC-------TTGGCGTTGAACATTTATTAGTTT-AGACCCGGTTAc
gi|6 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATATTTATGACC-----------------------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAGTGTGT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-T------------------------A-A-TTTCGCCCTT-AATT-TCACCGGAACACTACT---GAACTTCAATAAGTGAAGACCTA-------------------CA-CAA---T--------T-----C-T--------------ATG-TCATT-A--CA-------AC-TC-TT----TATT--A-------------------AG--------AAGAA--AT----ATTTA-TATA-TTTA-CGCCGTTCTGGT-AGTCATTTATAGCTC---TTATAAGTAGTAGTACTGCAAAAT-ATGC---GTAAATTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTA--TTTGAGA---------------------------------------------------ATG--TATGTTGT-------ATGTATTTACA--------GGCTATAATTA---TGT---TATAATAATTATCCTAATAATTAT---CCAATTAAAACCAAAT-CT-------CATATTTAT-------A---GAC-------TGTGTGTTGCACcat
gi|7 : TGATTGTTTGAATTCAT---GC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-CTCGCATGT--A-AA-AATCTT-C-CTT-AATT-TCACCAGAACACCAATTATGAACTTCAACAAGTGAAGACCTACAAAATTAATATATC--TTTA-CAA---C--------TATTTAT-TGAG--AA-------GAA-ATATTTA--TATACAAA-TG-TA-TTTAAATA----A------A----T-TATTTCAC--------AATAAT---------TTA-TTAAGTTAA-CGCGGTTCTGGTAAGTCATTTGTA------ACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--CA-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATA-------A-TTGTC-TTT-----TTA---------TTTTTC-----GAAATG--TATGTTTT-------ATGTCTTTACA--------GGCTATAATTATTTTAT---TATAATAATTATCC---------T---CCAATTAAAACCAAAT-CCCCTATAGC-----TAT-------A---AAC-------TTAGTGTTGAACctatatatccggtta
gi|8 : GAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTACAT-------G-AT-TGTAATGTt
gi|8 : ttaCAGA-TA-----A-T-GCCACATGTTTC-AG---TCTCGCACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACT---GGACTTCCATCTAGGAAGACCCA------------GCT--TT-G-TGG---C--------T-----T--------A-------AC---TACT-T--TAAAGAAG-ACGCA-TT-GTAT-TT--A-T---CA----T-TATTTCAC--------AATAATAATA---A-ATATTTGG-TTAA-CGCGTTTCTAGTTGGTCATTGATA-CTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--TACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-G--------AC-TTTAGAATA-------A-TTGTC---T-----TTA---------TATTGCTACATTAAATG--TATGTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TATAATAA-TACTCA--------A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TATGTACAGAG---TAC-------TTTATGTTTAACATTTGTCAGTTTAATACCCGGTTAgttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|9 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T---TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAGCTTGTGT-------C-------GAATATATATATGACC-------C-------C-------TGTGACCTCTGTCTATGTAT--G----G--ATTTATATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTACAT-------ATAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGACTGTGTGAATACAT---GGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TA-----TATAGTCGCATGT--CTCA-A-TCTGGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGATTTCAATCTGGCAACATCTG------------ACT--TTCA-CAA---CATTATTATC-----T-T-----AA-------ATG-AGACT----TAAAGAAG-AC-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111 333333333333333 7777777777777777777777777777777 11 333333 1111111 222222222 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111111 1 111111 2222 1 22222222222 11 1111111 111 22222222222222222222222222222 1111111 11111111 111111 22222222 1 77777777777777777777777777777777 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 111 8888 0 2 777777777777777 7777777777777777777777777777777 00 9999999999 0 111111 4 3333333 4 777 3 55 1 1 66 4 8 333333333 6 111111111 22 1 4 4 777 11 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888888888 3 7777777 5 0 1 5 1 1 1 999999 0 3 55 5 6666 1 66 0 5 33333333333 0 5 0 3 11 6666666 5 111 77777777777777777777777777777 66 6666666 0 88888888 4 66 888 444444 5 5 33 66666666 0 0 33333333333333333333333333333333 6666666 66666 3 66
lowQualScore : . . . . ... .... . . ............... ............................... .. .......... . ...... . ....... . ... . .. . . .. . . ......... . ......... .. . . . ... .. . .. ................................................................................................................. . ......... . ....... . . . . . . . ...... . . .. . .... . .. . . ........... . . . . .. ....... . ... ............................. .. ....... . ........ . .. ... ...... . . .. ........ . . ................................ ....... ..... . ..
lowQualScore : 0 4 4 4 000 5555 1 5 333333333333333 0000000000000000000000000000000 99 0000000000 5 444444 0 0000000 0 000 0 55 2 0 11 4 9 111111111 4 222222222 00 8 4 4 888 99 0 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 444444444 0 9999999 7 6 4 7 3 7 6 777777 6 0 77 7 3333 9 99 0 0 88888888888 2 0 1 0 55 2222222 0 000 44444444444444444444444444444 99 2222222 1 11111111 1 11 888 444444 0 0 00 99999999 8 0 44444444444444444444444444444444 2222222 00000 2 44
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Reference ( family-757 ) : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATNGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
gi|1 : TTTTTAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTGCTTGTGC-------C-------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCT-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGAAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---ACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-A-GTCGCATGT--CTAA-A-TTTCACACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT----GCCTTCAAGCAGTAAATAACTG------------GCT--TTAA-CTA---C--------T-----T-T-----AG-------ATA-ATA-T-A--TAAAAA----------T-AAA---------T--CG----T-AATTTTAC--------AATAATGACA---TTGTA-TTAATTTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATTA-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGTATTTT-----AGAATAATTGTTTTTT-----T---TGTAT--ATTCCTAAATGAATGT-TTTATATATCTACAGGCTAGTATTATTATAT---TATAA------TAA-T-ACAC----T---CCAGTT-TACCCAAATCCT-------T-----TAC-------GTACGAC-------TTGGCGTTGAAC
gi|10 : TATT---AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------T-------CTGTCTGTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GAAC-TGTAGTATTGGAATGCAAGTGATGGTTTGAATCCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|11 : TGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAATATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATATTG------T-------C-------CTATATGCTTGTGATC-----------------------------------CTT----------------------------GTCA---TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGAAT---ACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTG
gi|12 : aG--TACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTA-------A-TTGTCTTGTTT-----A---------GTTTTC-----TATATTTAT--GTTTT-------ATATATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TAGAA------TAA-T-GCTCA---A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TAT-------G---TACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTAgatacaaaccgc
gi|13 : cGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAcata
gi|14 : TGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTTAAATATGTA----GTAAGCCTTCTTTAAATGTCTCGTGT-------C-------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTCTTTGTAT--ATATTT--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------gg
gi|15 : TAATATTTTAGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTGCTCTTTT-------C-------TAATATGTTTTTGgctgcgaagctactgaa
gi|16 : caatattttatgtagctctaggcc-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|2 : TGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCTGAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGACTTTGTAT--G----T--AT----GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAA-----GTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-GTCACATGT--C-AC-A-TCTTGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACC---AGACTTCA-TCTGTAAACACCTT------------GCT--CTTA-CCA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-GTATC-A--TAAAGAAG-ACATAATT-AAATATT--AATT--CA----T-TATTTCAT--------AATTATGATG---ATGTA-TTAA-TCAAACACATTTCTGGTAAGTCATTAGTA-CTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TATTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCAATTATAATTATATAAGTATAA------TAA-T-ACAC----T---CCAATA-AAACCAAA--CT-------C-----AAT-------G---AAC-------TAGGTGTTGAAC-T---TCAATT--AGACCCAGTTA
gi|3 : TGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTACAT-------GTAT-TATATCTCTGGAATGCAAGTGAATGATTGAATGCAT---GCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTATCCACT-C-GTC-CTTGT--C-AA-A------AACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACT---GGGCTTCCTACTGGAAGGACATG------------GCTTATTTAGCCAGT-C--------T-----T-TTACTCAAGTTATTCATATATGTT-ATTTAAAGAAG-AT-TA----AACCATC--T-TT--GGT---T-TATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTA---AA-TTAA-CGTGTTTCTGG
gi|4 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-TAAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTGCCTGTGT-------C-------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCTTTGTATTTA----TTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GCAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTATTTAAATGCAT---GCATA-TTGTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CA-----T-A-GTCTGATGT--CTAA-A-TCTGGTACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACT---GGACTTCAAGCAGTGGGGACCTT------------GAT--TCTG-GTAAGTCA-------T-----T-TGTAC-AA-------ACA-TTATT-A--T-TAGAAGTAC-TG-TA-ATGTGTTACA-TTTACGAGACTGTATTTTAA--------AATAATctattaatatattatattgatataatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|4 : gTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CAAACATTATTATTAGAAGTACTGT--AAT-GTG---------TTA--CA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATA-------A-TTGT-TTTTTT-----A---------TCTTTT-----T-----TAT--GTTTT-------ATTAATTTACA--------AGCTATTAT-----TAT---TATAA------TAA-A-ACACGTAAT---CCAATT-AAACCAAAT-C--------C-----TATACGTTTAA---TAC-------TTGGTGTTCAAC-T---TCA--TTAAGACCTGGTTAtgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|5 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTACAT-------GTAC-TATAGCGTTAGAATGCAAGGGATTG----AATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTTA-------ATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAAATA-----T---GCCACATGT--T-TTTG-TCTCGCCATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCT---GGACTTCCGTCTGCCAAGAC---------------GCC--TTTA-TAG---C--------T-----TAT-----TA-------AT---TACT-T--TAAACAAT-ATGCA-TT-T--TATT--A-AT--CT----T-TATTTTAC--------AATAATGATA---AATAA-TTTA-TTTA-------TCCCGTAAGTCATCGGTA-CTATACTTATCATTAGTA---CTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--TA-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-ATGCTTTTTTTTTATTA---------TATTTC-----TAAATATTTTTATTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTGTTATTATGGTAG---TATGA------TAA-T-A--C----TAAACCAAAT-AAACCGAA--CT-------T-----TATACAGA--G---TAC-------TTGGCGTTGAACATTTATTAGTTT-AGACCCGGTTAc
gi|6 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATATTTATGACC-----------------------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAGTGTGT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-T------------------------A-A-TTTCGCCCTT-AATT-TCACCGGAACACTACT---GAACTTCAATAAGTGAAGACCTA-------------------CA-CAA---T--------T-----C-T--------------ATG-TCATT-A--CA-------AC-TC-TT----TATT--A-------------------AG--------AAGAA--AT----ATTTA-TATA-TTTA-CGCCGTTCTGGT-AGTCATTTATAGCTC---TTATAAGTAGTAGTACTGCAAAAT-ATGC---GTAAATTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTA--TTTGAGA---------------------------------------------------ATGTAT--GTTGT-------ATGTATTTACA--------GGCTATAATTATGTTAT---AATAATTATCCTAA-TAATTA----T---CCAATTAAAACCAAAT-CT-------CATATTTAT-------A---GAC-------TGTGTGTTGCACcat
gi|7 : TGATTGTTTGAATTCAT---GC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-CTCGCATGT--A-AA-AATCTT-C-CTT-AATT-TCACCAGAACACCAATTATGAACTTCAACAAGTGAAGACCTACAAAATTAATATATC--TTTA-CAA---C--------TATTTAT-TGAG--AA-------GAA-ATATTTA--TATACAAA-TG-TA-TTTAAATA----A------A----T-TATTTCAC--------AATAAT---------TTA-TTAAGTTAA-CGCGGTTCTGGTAAGTCATTTGTA------ACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--CA-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATA-------A-TTGTC-TTTTT-----A---------TTTTTC-----GAAATGTAT--GTTTT-------ATGTCTTTACA--------GGCTATAATTATTTTAT---TATAA------TAATT-ATCC----T---CCAATTAAAACCAAAT-CCCCTATAGC-----TAT-------A---AAC-------TTAGTGTTGAACctatatatccggtta
gi|8 : GAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTACAT-------G-AT-TGTAATGTt
gi|8 : ttaCAGA-TA-----A-T-GCCACATGTTTC-AG---TCTCGCACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACT---GGACTTCCATCTAGGAAGACCCA------------GCT--TT-G-TGG---C--------T-----T--------A-------AC---TACT-T--TAAAGAAG-ACGCA-TT-GTAT-TT--A-T---CA----T-TATTTCAC--------AATAATAATA---A-ATATTTGG-TTAA-CGCGTTTCTAGTTGGTCATTGATA-CTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--TACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-G--------AC-TTTAGAATA-------A-TTGTC---TTT-----A---------TATTGCTACATTAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACTCA---A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TATGTACAGAG---TAC-------TTTATGTTTAACATTTGTCAGTTTAATACCCGGTTAgttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|9 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T---TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAGCTTGTGT-------C-------GAATATATATATGACC-------C-------C-------TGTGACCTCTGTCTATGTAT--G----G--ATTTATATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTACAT-------ATAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGACTGTGTGAATACAT---GGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TA-----TATAGTCGCATGT--CTCA-A-TCTGGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGATTTCAATCTGGCAACATCTG------------ACT--TTCA-CAA---CATTATTATC-----T-T-----AA-------ATG-AGACT----TAAAGAAG-AC-
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111 333333333333333 7777777777777777777777777777777 11 333333 1111111 222222222 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 1111111 1 111111 2222 1 22222222222 11 1111111 111 22222222222222222222222222222 1111111 11111111 111111 22222222 1 77777777777777777777777777777777 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 111 8888 0 2 777777777777777 7777777777777777777777777777777 00 9999999999 0 111111 4 3333333 4 777 3 55 1 1 66 4 8 333333333 6 111111111 22 1 4 4 777 11 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888888888 3 7777777 5 0 1 5 1 1 1 999999 0 3 55 5 6666 1 66 0 5 33333333333 0 5 0 3 11 6666666 5 111 77777777777777777777777777777 66 6666666 0 88888888 4 55 888 444444 5 5 33 66666666 0 0 33333333333333333333333333333333 6666666 66666 3 66
lowQualScore : . . . . ... .... . . ............... ............................... .. .......... . ...... . ....... . ... . .. . . .. . . ......... . ......... .. . . . ... .. . .. ................................................................................................................. . ......... . ....... . . . . . . . ...... . . .. . .... . .. . . ........... . . . . .. ....... . ... ............................. .. ....... . ........ . .. ... ...... . . .. ........ . . ................................ ....... ..... . ..
lowQualScore : 0 4 4 4 000 5555 1 5 333333333333333 0000000000000000000000000000000 99 0000000000 5 444444 0 0000000 0 000 0 55 2 0 11 4 9 111111111 4 222222222 00 8 4 4 888 99 0 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 444444444 0 9999999 7 6 4 7 3 7 6 777777 6 0 77 7 3333 9 99 0 0 88888888888 2 0 1 0 55 2222222 0 000 44444444444444444444444444444 99 2222222 1 11111111 1 99 888 444444 0 0 00 99999999 8 0 44444444444444444444444444444444 2222222 00000 2 44
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Reference ( family-757 ) : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
gi|1 : TTTTTAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTGCTTGTGC-------C-------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCT-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGAAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---ACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-A-GTCGCATGT--CTAA-A-TTTCACACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT----GCCTTCAAGCAGTAAATAACTG------------GCT--TTAA-CTA---C--------T-----T-T-----AG-------ATA-ATA-T-A--TAAAAA----------T-AAA---------T--CG----T-AATTTTAC--------AATAATGACA---TTGTA-TTAATTTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATTA-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGTATTTT-----AGAATAATTGTTTTTT-----T---TGTAT--ATTCCTAAATGAATGT-TTTATATATCTACAGGCTAGTATTATTATAT---TATAA------TAA-T-ACAC----T---CCAGTT-TACCCAAATCCT-------T-----TAC-------GTACGAC-------TTGGCGTTGAAC
gi|10 : TATT---AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------T-------CTGTCTGTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GAAC-TGTAGTATTGGAATGCAAGTGATGGTTTGAATCCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|11 : TGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAATATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATATTG------T-------C-------CTATATGCTTGTGATC-----------------------------------CTT----------------------------GTCA---TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGAAT---ACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTG
gi|12 : aG--TACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTA-------A-TTGTCTTGTTT-----A---------GTTTTC-----TATATTTAT--GTTTT-------ATATATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TAGAA------TAA-T-GCTCA---A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TAT-------G---TACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTAgatacaaaccgc
gi|13 : cGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAcata
gi|14 : TGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTTAAATATGTA----GTAAGCCTTCTTTAAATGTCTCGTGT-------C-------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTCTTTGTAT--ATATTT--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------gg
gi|15 : TAATATTTTAGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTGCTCTTTT-------C-------TAATATGTTTTTGgctgcgaagctactgaa
gi|16 : caatattttatgtagctctaggcc-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|2 : TGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCTGAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGACTTTGTAT--G----T--AT----GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAA-----GTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-GTCACATGT--C-AC-A-TCTTGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACC---AGACTTCA-TCTGTAAACACCTT------------GCT--CTTA-CCA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-GTATC-A--TAAAGAAG-ACATAATT-AAATATT--AATT--CA----T-TATTTCAT--------AATTATGATG---ATGTA-TTAA-TCAAACACATTTCTGGTAAGTCATTAGTA-CTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TATTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCAATTATAATTATATAAGTATAA------TAA-T-ACAC----T---CCAATA-AAACCAAA--CT-------C-----AAT-------G---AAC-------TAGGTGTTGAAC-T---TCAATT--AGACCCAGTTA
gi|3 : TGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTACAT-------GTAT-TATATCTCTGGAATGCAAGTGAATGATTGAATGCAT---GCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTATCCACT-C-GTC-CTTGT--C-AA-A------AACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACT---GGGCTTCCTACTGGAAGGACATG------------GCTTATTTAGCCAGT-C--------T-----T-TTACTCAAGTTATTCATATATGTT-ATTTAAAGAAG-AT-TA----AACCATC--T-TT--GGT---T-TATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTA---AA-TTAA-CGTGTTTCTGG
gi|4 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-TAAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTGCCTGTGT-------C-------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCTTTGTATTTA----TTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GCAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTATTTAAATGCAT---GCATA-TTGTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CA-----T-A-GTCTGATGT--CTAA-A-TCTGGTACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACT---GGACTTCAAGCAGTGGGGACCTT------------GAT--TCTG-GTAAGTCA-------T-----T-TGTAC-AA-------ACA-TTATT-A--T-TAGAAGTAC-TG-TA-ATGTGTTACA-TTTACGAGACTGTATTTTAA--------AATAATctattaatatattatattgatataatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|4 : gTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CAAACATTATTATTAGAAGTACTGT--AAT-GTG---------TTA--CA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATA-------A-TTGT-TTTTTT-----A---------TCTTTT-----T-----TAT--GTTTT-------ATTAATTTACA--------AGCTATTAT-----TAT---TATAA------TAA-A-ACACGTAAT---CCAATT-AAACCAAAT-C--------C-----TATACGTTTAA---TAC-------TTGGTGTTCAAC-T---TCA--TTAAGACCTGGTTAtgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|5 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTACAT-------GTAC-TATAGCGTTAGAATGCAAGGGATTG----AATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTTA-------ATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAAATA-----T---GCCACATGT--T-TTTG-TCTCGCCATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCT---GGACTTCCGTCTGCCAAGAC---------------GCC--TTTA-TAG---C--------T-----TAT-----TA-------AT---TACT-T--TAAACAAT-ATGCA-TT-T--TATT--A-AT--CT----T-TATTTTAC--------AATAATGATA---AATAA-TTTA-TTTA-------TCCCGTAAGTCATCGGTA-CTATACTTATCATTAGTA---CTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--TA-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-ATGCTTTTTTTTTATTA---------TATTTC-----TAAATATTTTTATTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTGTTATTATGGTAG---TATGA------TAA-T-A--C----TAAACCAAAT-AAACCGAA--CT-------T-----TATACAGA--G---TAC-------TTGGCGTTGAACATTTATTAGTTT-AGACCCGGTTAc
gi|6 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATATTTATGACC-----------------------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAGTGTGT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-T------------------------A-A-TTTCGCCCTT-AATT-TCACCGGAACACTACT---GAACTTCAATAAGTGAAGACCTA-------------------CA-CAA---T--------T-----C-T--------------ATG-TCATT-A--CA-------AC-TC-TT----TATT--A-------------------AG--------AAGAA--AT----ATTTA-TATA-TTTA-CGCCGTTCTGGT-AGTCATTTATAGCTC---TTATAAGTAGTAGTACTGCAAAAT-ATGC---GTAAATTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTA--TTTGAGA---------------------------------------------------ATGTAT--GTTGT-------ATGTATTTACA--------GGCTATAATTATGTTAT---AATAATTATCCTAA-TAATTA----T---CCAATTAAAACCAAAT-CT-------CATATTTAT-------A---GAC-------TGTGTGTTGCACcat
gi|7 : TGATTGTTTGAATTCAT---GC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-CTCGCATGT--A-AA-AATCTT-C-CTT-AATT-TCACCAGAACACCAATTATGAACTTCAACAAGTGAAGACCTACAAAATTAATATATC--TTTA-CAA---C--------TATTTAT-TGAG--AA-------GAA-ATATTTA--TATACAAA-TG-TA-TTTAAATA----A------A----T-TATTTCAC--------AATAAT---------TTA-TTAAGTTAA-CGCGGTTCTGGTAAGTCATTTGTA------ACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--CA-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATA-------A-TTGTC-TTTTT-----A---------TTTTTC-----GAAATGTAT--GTTTT-------ATGTCTTTACA--------GGCTATAATTATTTTAT---TATAA------TAATT-ATCC----T---CCAATTAAAACCAAAT-CCCCTATAGC-----TAT-------A---AAC-------TTAGTGTTGAACctatatatccggtta
gi|8 : GAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTACAT-------G-AT-TGTAATGTt
gi|8 : ttaCAGA-TA-----A-T-GCCACATGTTTC-AG---TCTCGCACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACT---GGACTTCCATCTAGGAAGACCCA------------GCT--TT-G-TGG---C--------T-----T--------A-------AC---TACT-T--TAAAGAAG-ACGCA-TT-GTAT-TT--A-T---CA----T-TATTTCAC--------AATAATAATA---A-ATATTTGG-TTAA-CGCGTTTCTAGTTGGTCATTGATA-CTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--TACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-G--------AC-TTTAGAATA-------A-TTGTC---TTT-----A---------TATTGCTACATTAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACTCA---A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TATGTACAGAG---TAC-------TTTATGTTTAACATTTGTCAGTTTAATACCCGGTTAgttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|9 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T---TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAGCTTGTGT-------C-------GAATATATATATGACC-------C-------C-------TGTGACCTCTGTCTATGTAT--G----G--ATTTATATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTACAT-------ATAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGACTGTGTGAATACAT---GGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TA-----TATAGTCGCATGT--CTCA-A-TCTGGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGATTTCAATCTGGCAACATCTG------------ACT--TTCA-CAA---CATTATTATC-----T-T-----AA-------ATG-AGACT----TAAAGAAG-AC-
blockSeqs : G T G A TCA TGGT T GTTAAAACATTAATG TATGTGACCT GT ATATTT GCTGTA T ATAATGT A TAT C TT T T AT G T TCCACTC A CTAAA TG A A G TAT TA T TA GGCTTATTTAGCCAGTCTTTTACTCAAGTTATTCATATATGTTATTTAAAGAAGATTAAACCATCTTTGGT G TTATTGTGA G ATACATC T G A T A A CTGTA A TG . TTTA T . C A . . G C . . CTT TTATTATATTTCTAA TT . . C GG AAG TTATCC T A CT GTAAT A TCCCCTATAGCTATAA AGAGTAT ATTTA A TA
blockSeqs : T C G A CGA . T GTTAAAACATTAATG CTTGTGACCT TT TTATTT GCTGTG . . . . T . A T . . A TATA T TTTTG GG A . . . AG T GA ACAAAATTAATATATCTTTACAACTATTTATTGAGAAGAAATATTTATATACAAATGTATTTAAATAAA . T G GATG . . . T A T CAAAC G TG . TTTA T . C . . . T T . . CTT ATATTGCTACATTAA . . . A TA . . . . CA TAAA A TCCTATACGTTTAAT . ATTTG G TA
blockSeqs : T . . . TTA . C C CCTGTGACCC TT AT . . . . . T . A T . . . TT A AAAAA CG A . . . GT A TG TGATTCTGGTAAGTCATTTGTACAAACATTATTATTAGAAGTACTGTAATGTGTTACATTTACGAGAC . A G AAAT . . . G A G CTATA G CA . T A . . . . . G T . . TTT AGTTTTCTAT . . . T GG . . . . CA AA . TCTCATATTTATAG . T G T
blockSeqs : G . . . TTA . C C CTTGTGACCT TT AT . . . . . T . T C . . . TA G TTCAG CG C . . . AT T CC TGCTCTTACCACTTTAAATAGTATCATAAAGAAGACATAATTAAATATTAATTCA . C A ATT . . . G A T CTAGA G CG . C T . . . . . T C . . TT ATATTTCTAA . . . T GT . . . . TT AA . CTTTATACAGAGT . T . .
blockSeqs : C . . . CTG . T C CTTGTGACCT TT AT . . . . . C . A T . . . TT A CTCAA CG C . . . AC A TG GCCTTTATAGCTTATTAATTACTTTAAACAATATGCATTTTATTAATCT . G . AAA . . . T T T GCTC G TG . C T . . . . . T C . . CT ATTTTTCGAA . . . T TT . . . . TC T . CTATGTACAGAGT .
blockSeqs : T . . . CGA . T C CCTGTGACCT AT GT . . . . . T . A C . . . AT G CACA GG A . . . AT A TG AGCTTTGTGGCTTAACTACTTTAAAGAAGACGCATTGTATTTATCA . C . T . . . . . G . . T . . . . . . . . . . . . C ATCTTTTT . . . C GG . . . . CT T . CTCAATGA .
blockSeqs : TA . T C CCT T AT . . . . . C . A C . . . T . CAAA T A . . . AT T GG ACACAATTCTATGTCATTACAACTCTTTATTA . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . CTATGT .
blockSeqs : T . C C T . AT . . . . . T . T A . . . . . AA . . . . . T T GC
blockSeqs : . . T C . . GG . . . . . . . . G
blockSeqs : . C . . .
blockSeqCons : ****** ANAT*** ** *********** C* ******* ATNTTTCTAA******************* ******* ********
originalCons : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATA---ATNTA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
finalCons : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATANAT---TA-TTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTTATNTTTCTAA-------------------ATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 1 111 333333333333333 7777777777777777777777777777777 11 333333 1111111 222222222 222222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111 11111 1 111111 2222 1 22222222222 11 1111111 111 22222222222222222222222222222 1111111 11111111 111111 22222222 1 77777777777777777777777777777777 1111111 11111
lowQualScore : 1 1 1 1 111 8888 0 2 777777777777777 7777777777777777777777777777777 00 9999999999 0 111111 4 3333333 4 777 3 55 1 1 66 4 8 333333333 6 111111111 22 1 4 4 777 11 1 11 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 888888888 3 77777 0 1 5 1 1 1 999999 0 3 55 5 6666 1 66 0 5 33333333333 0 5 0 3 11 6666666 5 111 77777777777777777777777777777 66 6666666 0 88888888 4 55 888 444444 5 5 33 66666666 0 0 33333333333333333333333333333333 6666666 66666 3 66
lowQualScore : . . . . ... .... . . ............... ............................... .. .......... . ...... . ....... . ... . .. . . .. . . ......... . ......... .. . . . ... .. . .. ................................................................................................................. . ......... . ..... . . . . . . ...... . . .. . .... . .. . . ........... . . . . .. ....... . ... ............................. .. ....... . ........ . .. ... ...... . . .. ........ . . ................................ ....... ..... . ..
lowQualScore : 0 4 4 4 000 5555 1 5 333333333333333 0000000000000000000000000000000 99 0000000000 5 444444 0 0000000 0 000 0 55 2 0 11 4 9 111111111 4 222222222 00 8 4 4 888 99 0 66 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 0 444444444 0 66666 6 4 7 3 7 6 777777 6 0 77 7 3333 9 99 0 0 88888888888 2 0 1 0 55 2222222 0 000 44444444444444444444444444444 99 2222222 1 11111111 1 99 888 444444 0 0 00 99999999 8 0 44444444444444444444444444444444 2222222 00000 2 44
consensus : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATANAT-TATTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
Reference ( family-757 ) : TGTAGCCCTGGTTANA-ATT-CTATA-TTAATATTCTAAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GTAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTNAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-TA-----T-T-GTCGCATGT--C-AA-A-TCTCGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGACTTCAATCNGTGAAGACCTG------------GCT--TTTA-CNA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-ATATT-A--TAAAGAAG-AC-TA-TT-AAATATT--A-TT--CG----T-TATTTCAC--------AATAATGATANAT-TATTAA-TTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CTNTAATTATTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TNTTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTATTATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACNC----T---CCAATT-AAACCAAAT-CT-------C-----TAT-------G---NAC-------TTGGTGTTGAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTA
gi|1 : TTTTTAGTATGTT----ATGAGCCTTCTTTAAATTGCTTGTGC-------C-------CAGTATGTTTGTGACC-------C-------CAGTGGCCT-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGCCACAGTGGCTGTGCACTTCTGAATGGATCAGCTGCTGT-CTTTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGAAATGCAAGTGATTGTTTGAATGCAT---ACATGTTTGTTAGGTTCCGTTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCAGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-A-GTCGCATGT--CTAA-A-TTTCACACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT----GCCTTCAAGCAGTAAATAACTG------------GCT--TTAA-CTA---C--------T-----T-T-----AG-------ATA-ATA-T-A--TAAAAA----------T-AAA---------T--CG----T-AATTTTAC--------AATAATGACATTG-TATTAATTTAA-CGCGTTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CATTGATTATTAGCAGTATTACTGGTAAGTCATTT---GTACATTGATTA-T-TAGCAGTATTACTGTGAAATATATGTAAATTGT-TACATTTACGACACGCGTGGACTTGTGTATTTT-----AGAATAATTGTTTTTT-----T---TGTAT--ATTCCTAAATGAATGT-TTTATATATCTACAGGCTAGTATTATTATAT---TATAA------TAA-T-ACAC----T---CCAGTT-TACCCAAATCCT-------T-----TAC-------GTACGAC-------TTGGCGTTGAAC
gi|10 : TATT---AATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAGTTGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACCTATGTGAC-------C-------T-------CTGTCTGTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------CGCTTCTGAATTGATCAGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GAAC-TGTAGTATTGGAATGCAAGTGATGGTTTGAATCCAT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CTAAAGTAACTTTGATAATGGCGTGC--AAT-TAACCCG
gi|11 : TGTAGCCCTGGTTACA-ACT-TAAGA-TTAATATCTCAAACATATA----G----CCTGCTATATATTG------T-------C-------CTATATGCTTGTGATC-----------------------------------CTT----------------------------GTCA---TG------TACTTCTAAATGGATCAGCTATTAC-CCATGTACATATAATGTGTACATGTGGTGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAATGAAT---ACATGTTTGTTAAACTCTGCTCATTCAG--ATAACTTAAATAACTCCGTG
gi|12 : aG--TACT-TAAT-----------GAGACGTATG-GACGTGTGTAC-TTTAAACTA-------A-TTGTCTTGTTT-----A---------GTTTTC-----TATATTTAT--GTTTT-------ATATATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TAGAA------TAA-T-GCTCA---A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TAT-------G---TACAGAGTATTTGGTTTTTAACATTTGTCAGTTTAAGACCCGGTTAgatacaaaccgc
gi|13 : cGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTACAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAAcata
gi|14 : TGTAGCCCTGGTTATTTATT-CTATA-TTGATATTTTAAATATGTA----GTAAGCCTTCTTTAAATGTCTCGTGT-------C-------CATTATGTTTGTGACC-------C-------C-------TGTGACCCCTGTCTTTGTAT--ATATTT--ATTTATGTGTGACGTCACAGTG------gg
gi|15 : TAATATTTTAGATATGTA----GTAAGCCTGTTTTAAATTGCTCTTTT-------C-------TAATATGTTTTTGgctgcgaagctactgaa
gi|16 : caatattttatgtagctctaggcc-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGccaataaaatcttaacatacttccatttatgtatattgatt
gi|2 : TGTAGCCCTGGTTATA-ATT-CTATA-TTAACTTTCTGAATATGTA----GTAAGCCTGCTTTAAAATGCTTGTGT-------C-------CAATATGTTTGTGACC-------C-------C-------T-------CTGACTTTGTAT--G----T--AT----GTGCGACATCACAATG------CACTTCTGAATGGATCAGCTGTCGT-CTGTCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAA-----GTGATTGTTTGAATGCAT---GCATGTTTGTTAGATTCTGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-GTCACATGT--C-AC-A-TCTTGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACC---AGACTTCA-TCTGTAAACACCTT------------GCT--CTTA-CCA---C--------T-----T-T-----AA-------ATA-GTATC-A--TAAAGAAG-ACATAATT-AAATATT--AATT--CA----T-TATTTCAT--------AATTATGAT-GATGTATTAA-TCAAACACATTTCTGGTAAGTCATTAGTA-CTGTAGTTATTATTATTAATACTGTGAAAT-ATCT---GTAATTTG--TA-T-TAAC-----------GAGATGGGTG-GACTTGTGTAT-TTTAGAATA-------A-TTGTCTTTTTT-----A---------TATTTC-----TAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCAATTATAATTATATAAGTATAA------TAA-T-ACAC----T---CCAATA-AAACCAAA--CT-------C-----AAT-------G---AAC-------TAGGTGTTGAAC-T---TCAATT--AGACCCAGTTA
gi|3 : TGTAGCCCTGGTTAGA-ATTGTTAGAATTACCATTCGAAATATGTA----GTTAGCCTGCTTTAAATTGAGTGTATGTTAAAACATTAATGTAATATGTCTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCT--GTAT--A----T--ATTTATGTGTGATGTCACAGAG------TACTTCTGAATCAATCAGCTGTTAC-CTGTGTACAT-------GTAT-TATATCTCTGGAATGCAAGTGAATGATTGAATGCAT---GCATGTTAGTTAAA-TCTACTCA--CTCAAATAACACTAATAACTCCGTGCATAAT-TAACCCGCCAAATTATCCACT-C-GTC-CTTGT--C-AA-A------AACTT-AGTT-TTACCAGAACACTACT---GGGCTTCCTACTGGAAGGACATG------------GCTTATTTAGCCAGT-C--------T-----T-TTACTCAAGTTATTCATATATGTT-ATTTAAAGAAG-AT-TA----AACCATC--T-TT--GGT---T-TATTTCATTATTGTGAAATAATGATATACATCTAAA-TTAA-CGTGTTTCTGG
gi|4 : tgTGTAGCCCTGGTTACA-ATT-CTGTA-TTGATATT-TAAATTTATATGGTGTAAGCCCGCTTTAAATTGCCTGTGT-------C-------TAATATGTTTGTGACC-------CTTGTGACC-------T-------CTGTCTTTGTATTTA----TTTATTTATGTGTGACGTCGCAGTGGCTGTACACTTCTGAATGGATCGGCTGTTGT-CTGTGTACAT-------GCAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTATTTAAATGCAT---GCATA-TTGTTAGATTTCGCTTA--CAGAAATAACTTAAATAACACAGTGC--AAT-TAACCCGCCAAA-CA-----T-A-GTCTGATGT--CTAA-A-TCTGGTACTTAAGTT-TGACCAGATCGCTACT---GGACTTCAAGCAGTGGGGACCTT------------GAT--TCTG-GTAAGTCA-------T-----T-TGTAC-AA-------ACA-TTATT-A--T-TAGAAGTAC-TG-TA-ATGTGTTACA-TTTACGAGACTGTATTTTAA--------AATAATctattaatatattatattgatataatatatatcacctaaataaaaatataaatccaaagtatacttggttgaggaagttaaataaagaccaggttac
gi|4 : gTTCTGGTAAGTCATTTGTA-CAAACATTATTATTAGAAGTACTGT--AAT-GTG---------TTA--CA-T-TTAC-----------GAGAC------------TGTAT-TTTAAAATA-------A-TTGT-TTTTTT-----A---------TCTTTT-----T-----TAT--GTTTT-------ATTAATTTACA--------AGCTATTAT-----TAT---TATAA------TAA-A-ACACGTAAT---CCAATT-AAACCAAAT-C--------C-----TATACGTTTAA---TAC-------TTGGTGTTCAAC-T---TCA--TTAAGACCTGGTTAtgtttttttatcttttttatgttttattaatttacaagctattattattataataaaacacgtaatccaattaaaccaaatcctatacgtttaatacttggtgttcaacttcattaagacctggttac
gi|5 : gtgtagccctggttacaattctgtattgatatttaaatttatatggtgtaagcccgctttaaattgcctgtgtctaatatgtttgtgacccttgtgacctctgtctttgtatttatttatttatgtgtgacgtcgcagtggctgtacacttctgaatggatcggctgttgtctgtgtacatgcactgtagcgttggaatgcaagtgattatttaaatgcatgcatattgttagatttcgcttacagaaataacttaaataacacagtgcaattaacccgccaaacatagtctgatgtctaaatctggtacttaagtttgaccagatcgctactggacttcaagcagtggggaccttgaTCAGAATGGATCGGTTGTTGT-CTGTTTACAT-------GTAC-TATAGCGTTAGAATGCAAGGGATTG----AATATATTATGTATGCTTGCTAGATTCTGCTTA-------ATTCCTCAAATTATTTCGTG---AATGTAACCCGCCAAAATA-----T---GCCACATGT--T-TTTG-TCTCGCCATT--GTTGTCAGCGGCACGCTTCT---GGACTTCCGTCTGCCAAGAC---------------GCC--TTTA-TAG---C--------T-----TAT-----TA-------AT---TACT-T--TAAACAAT-ATGCA-TT-T--TATT--A-AT--CT----T-TATTTTAC--------AATAATGATAAAT-AATTTA-TTTA-------TCCCGTAAGTCATCGGTA-CTATACTTATCATTAGTA---CTGTGACAT-ATGTTTAGTAATTTG--TA-CATAAT-----------GAGACGCGTT-GACGTGTGTAC-TTTAAAATA-------A-ATGCTTTTTTTTTATTA---------TATTTC-----TAAATATTTTTATTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTGTTATTATGGTAG---TATGA------TAA-T-A--C----TAAACCAAAT-AAACCGAA--CT-------T-----TATACAGA--G---TAC-------TTGGCGTTGAACATTTATTAGTTT-AGACCCGGTTAc
gi|6 : ttgttacatgttaaactgtaaccctagttatagTTTAAATTGCTCGTGT-------C-------CAATATATTTATGACC-----------------------T-------CTGTCTTTGTAT--A----T--ATTTATGTGTGACGTCACAGTGGCTGTGCATTTCTGAACTGATCAGCTGTTGT-TT-TCTACAT-------GTAT-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGATTGTTTGAGTGTGT---GCATGTTTGTTAGATTCCGCTTA--CAGAAATAACTCAAATAACCCCGTGC--AAT-TAATCCGCCAAA-T------------------------A-A-TTTCGCCCTT-AATT-TCACCGGAACACTACT---GAACTTCAATAAGTGAAGACCTA-------------------CA-CAA---T--------T-----C-T--------------ATG-TCATT-A--CA-------AC-TC-TT----TATT--A-------------------AG--------AAGAA--ATAT-T-TATATA-TTTA-CGCCGTTCTGGT-AGTCATTTATAGCTC---TTATAAGTAGTAGTACTGCAAAAT-ATGC---GTAAATTG--TA-T-TAAC-----------GAGACGCGTG-GACTTGTGTA--TTTGAGA---------------------------------------------------ATGTAT--GTTGT-------ATGTATTTACA--------GGCTATAATTATGTTAT---AATAATTATCCTAA-TAATTA----T---CCAATTAAAACCAAAT-CT-------CATATTTAT-------A---GAC-------TGTGTGTTGCACcat
gi|7 : TGATTGTTTGAATTCAT---GC-TTTTTGTTAGATTC-GCTTA--CAGAAATAACTAAAATAACTCCGTGC--AAT-TAACCTGCCAAA-TA-----T-T-CTCGCATGT--A-AA-AATCTT-C-CTT-AATT-TCACCAGAACACCAATTATGAACTTCAACAAGTGAAGACCTACAAAATTAATATATC--TTTA-CAA---C--------TATTTAT-TGAG--AA-------GAA-ATATTTA--TATACAAA-TG-TA-TTTAAATA----A------A----T-TATTTCAC--------AATAAT------T-TATTAAGTTAA-CGCGGTTCTGGTAAGTCATTTGTA------ACTCGTATTAGTAGTACTGCGAAAT-ATGC---GTAATTTG--CA-T-TAAC-----------GAGACGCGTA-GACTTATGTA--TTTAAAATA-------A-TTGTC-TTTTT-----A---------TTTTTC-----GAAATGTAT--GTTTT-------ATGTCTTTACA--------GGCTATAATTATTTTAT---TATAA------TAATT-ATCC----T---CCAATTAAAACCAAAT-CCCCTATAGC-----TAT-------A---AAC-------TTAGTGTTGAACctatatatccggtta
gi|8 : GAATGGATCAGCCGTTGT-CTGTGTACAT-------G-AT-TGTAATGTt
gi|8 : ttaCAGA-TA-----A-T-GCCACATGTTTC-AG---TCTCGCACGT-AGTT-TAAGCAGAGCGCTACT---GGACTTCCATCTAGGAAGACCCA------------GCT--TT-G-TGG---C--------T-----T--------A-------AC---TACT-T--TAAAGAAG-ACGCA-TT-GTAT-TT--A-T---CA----T-TATTTCAC--------AATAATAATAAAT-ATTTGG-TTAA-CGCGTTTCTAGTTGGTCATTGATA-CTAGAAATATAATAAGTAGTACTGTGACAT-ATGTTTAGTAATGTG--TACT-TTAT-----------GAGACGCGTG-G--------AC-TTTAGAATA-------A-TTGTC---TTT-----A---------TATTGCTACATTAAATGTAT--GTTTT-------ATGTATTTACA--------GGCTATTAACATGGTAT---TATAA------TAA-T-ACTCA---A---CCAGAT-AAACCAAA-----------C-----TATGTACAGAG---TAC-------TTTATGTTTAACATTTGTCAGTTTAATACCCGGTTAgttatattatgctcactctcagataatgccacatgtttcagtctcgcacgtagtttaagcagagcgctactggacttccatctaggaagacccagctttgtggcttaactactttaaagaagacgcattgtatttatcattatttcacaataataataaatatttggttaacgcgtttctagttggtcattgatactagaaatataataagtagtactgtgacatatgtttagtaatgtgtactttatgagacgcgtggactttagaataattgtctttatattgctacattaaatgtatgttttatgtatttacaggctattaacatggtattataataatactcaaccagataaaccaaactatgtacagagtactttatgtttaacatttgtcagtttaatacccggtta
gi|9 : ttagaatggatcagccgttgtctgtgtacatgattgtaatgtgttatattatgctcactctTGTAGCCCTGGTTGTACATT-CTAT-----------T---TATATA----GTAAACCTGTTTTAAATAGCTTGTGT-------C-------GAATATATATATGACC-------C-------C-------TGTGACCTCTGTCTATGTAT--G----G--ATTTATATGTGACGTCACAGAG------TACTTCTGAATGGATCAGCTGTTTTTCTGTGTACAT-------ATAC-TGTAGCGTTGGAATGCAAGTGACTGTGTGAATACAT---GGATGTTTATTACATTCTGCTCA--CTAAATTAACAGAAATAACTCCGTGC--AAT-TAATCCGCGAAA-TA-----TATAGTCGCATGT--CTCA-A-TCTGGCACTT-AGTT-TCACCAGAACGCTACT---GGATTTCAATCTGGCAACATCTG------------ACT--TTCA-CAA---CATTATTATC-----T-T-----AA-------ATG-AGACT----TAAAGAAG-AC-