lowQualScore : 11 1111111111 111 222 1 11 22222 1 333333333333 1 2222 222 7777777777777777777777777777777 11 333333 11 11 1 11111 11111 1
lowQualScore : 0 44 9 3 7777777777 9 6 6 4 3 111 0 44 5 7 8 4 77 333 8 22 888 5 11111 6 6 5 555555555555 9 0 2 2 9999 777 0 6 8888888888888888888888888888888 7 4 11 7 888888 22 3 5 2 22 2 2 8 1 1 3 8 99 3 6 77 5 55 5 1 55555 22222 7
lowQualScore : . .. . . .......... . . . . . ... . .. . . . . .. ... . .. ... . ..... . . . ............ . . . . .... ... . . ............................... . . .. . ...... .. . . . .. . . . . . . . .. . . .. . .. . . ..... ..... .
lowQualScore : 2 66 0 5 1111111111 2 2 3 4 4 888 7 00 4 3 9 0 99 111 6 33 666 7 00000 0 0 4 777777777777 8 3 0 6 8888 555 5 0 0000000000000000000000000000000 6 0 66 6 000000 00 5 7 7 00 7 7 0 2 7 3 1 33 9 0 44 7 99 7 4 22222 77777 0
consensus : TGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACGATGTTTAAC-----CGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTT-TCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGNATGATAAATGGGTGAAAAGACATATA--TGAAGTGCATCCCAAGAGCC--CG-GT--GG-GTACTTTGACAAGATGTG-NTTTGCAC---AGTTAAACGTCATGCAAAAATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCGG----TTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGCGCTGTTGCTACGTAACAGTA-NCTTAATATAGGTN-TGAAATTTGCCAATTACNNAGAGGAAATATTACTTTTNATGGCAATATAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AAC-ACA-CTC----GTA-CTANATAAATATGA
Reference ( gi|4 ) : TGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTTATGACATCAACGATGTCAAGTATTTGCACAATGTTGAGC-----TGGTCAAATCTAAATGAACCTCAATT-TCAAACTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGCAATATAGAGATGTGTATGATAAATAGGTGAAAGGACATGTA--TGTATTGCATCCCGGGAGCC--CA-GT--TG-GTACTTTGGCGAGAAGTG-TTTTACAT---AGTTGAATGTCATGCAAAAATTTTACGT-GTTGACGGAATCGGGCTGCTTTGG----TTAACCATACCATGCATATTTAATTTCTAGGGCTGTTGCCACAAAACCGTA-ACAAAATATAGATA-TGAAATCTGGCAATTGCAAAGGGAAAATATTACTTTTTACGGCAATATAA-TTTTTATTCTTGTGCTATATCAAATGTTGAAAATATTGCAAAAGTCCATGTCTTTTT-TT-AAC-ACA-CTT----GTA-CTAGATTAATATAAC
gi|8 : TGTATTAACAACCCGGAGTAGTCTGATGACGTCAATGACCGCAAGTATTTGAAC
gi|8 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcaTGTAATGGTTAATGGGAGCTGTCTGATGACGACAATGATGTCCAATTTTTTTATGACACTTAAC-----CAGCCAAATC-------ACCTC--TTGTCAAAcagtcttaactcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|9 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcatgtattaacaacccggagtagtctgatgacgtcaatgaccgcaagtatttgaaccagtcttaactcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttacTGTAATGGTTACCTGGAGCAGTC------------CG-CGTCAA----TTGCAAAACTTTTAAC-----TGGTCAAATCtgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|16 : tctctacgagttaaggatgttgaacacacatgtgaaatctacatgaacttcagtttcaaactaattacataattgcacaatgcaaggatgagtgatatagagataggtgaaaagacatgtatgaagtgcatccaagagcctgcggactatatactgacaagatgtTGTTATGTCTGCCCGAATCAGTCTTTTGACGTCAA-GCCATCAGGTATTTGCACAATGTTTAGtgcatattttctagagctgttcctacataacagtattcaatataggtctgaaattt
gi|2 : cCTGGAGCAGTCTGATGACGTCAACAACGTCAAGTATTTGT-TGATGTTTAGT-----CTGTCAAATCTAAATGAACTTCAATT-CCAAACTCATTGTACCATTGCAAAATTCAAGTAAAATTGATATAGAGATGTGTGTGATAAATGGGTGAAAAGACATGTA--TGAAGTGCATCCCAGGAGCC--CG-GT--GG-GAACTTTGACAAGATGTG-ATTTGGAT---AGTTAAATATCATGC-AAAATTTGACAT-GTTCACATCATCCGAGTGCT
gi|3 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCCGGAGCAGTCC-ATGACGTCAACGACGTCACGTTTTTGTATGACGTTTAAC-----CGGTAAAATCgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|5 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncggggcagtctcatgacgtcaacgacgtcaagtatttgcacattgtttagcgtgccaatctgaataaacttcagtttcaaacttattgcatcattgcacaattcaaggaagaatggtatagagatttgtatgataaattggtgaacagtcagatatgaatgcatcccagaacgcaggtgggtactttgacaagatgtCCGGAGCTGTCTGATGATCTCATCGACGCCAAGTATTTACACAGTGTTTA-C-----CAGTCAAACATATATGAACTTCAGTT-T-AAACTCATTGCATCATTGCACAGCTCAAGGAAGATTTATATAGAGATGTGCATGATAAATGAGTGAAACAATATATA--TGAAGTGCAT-TCGAGAGTC--CA-GT--GT-GTACTTGGACAAGATGTG-----ATATGGCAGTTAAATGTCATGCGAATATTTGAC-T--TTGACGAAATCGAACTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaatagaagtttttattcttgtgctaaaagattacaaaatcccacgtattcttttaacacattacgtgaaggttacacaattgtgatata
gi|1 : ataaaaaaatcactcaattatgtatatacgaggtgtgttaaaaataagcgttcttttgtaatattttcaacatttaatgaataaaaattatattgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCTGGAGCG-----ATGAAGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTGAC-----AGGTTAAATCTACATAAACTTCAGTT-TCAAATTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTTAGATAAATGGGTGAAAAGA----TA--TGAATAGCGT-CCAAGAGT------GTGATGTGTATTTTTAGAAGATGCG-ATTGGC-C---AGTTAAACATCATGCAAAAATTTGACAT------C---ATCAGACTGTTTCGG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAATAA-TTTTTATTCATGTGCTATATTAAATGGTACAAATATTatccg
gi|1 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaCCGAAACAGTCTGATGA---------TGTCAAATTTTTGCATGATGTTTAAC-----TGGCCAAa
gi|3 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactggagcgatgaagtcaacgacgtcaagtatttgcacaatgtttgacaggttaaatctacataaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgaCGGGGCAGTCTCATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACATTGTTTAGC-----GTGCCAA-TCTGAATAAACTTCAGTT-TCAAACTTATTGCATCATTGCACAATTCAAGGAAGAATGGTATAGAGATTTGTATGATAAATTGGTGAACAGTCAGATA--TG-AATGCATCCC-AGAACG--CAGGT--GG-GTACTTTGACAAGATGTGATTTTAC-C---GGTTAAACGTCATACAAAAACGTGACGTCGTTGACGTCAT-GGACTGCTCCGG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAATAGAAGTTTTTATTCTTGTGCT-------------AAAAGATTACAAAATCCCACGTATTCTT-TT-AAC-ACA-TTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|13 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGCAGTCCGATGACCCAAACTACGTCAAGAATTTGTACAATATTTA-C-----CGGTAAAATTTACATG--------------AACTT--------------CAGTTCAA--AAGAGTGATATATAGATGTGAATGATAAATGAGTGAAAAAA-ATATAGATGAAGTTCA-CCCAAGTGCC--CA-CT--GG-GTACTTGGACAAGATGTG-ATTTGGCC---AATTAAATGTCATGCAAACATTTGAC---GTTGACATAATCAGACTacgtgaaggttacacaattgtgatata
gi|12 : ATAACGCAAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTAAC-----CAGTCAAATCTACATGACCGTCAGTT-TCAAATTCACTACTTCAATGCAC
gi|9 : tttacataaatacaaattatattgtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgctaccttccgATGTTGAACACACATG-TGAAATCTACATGAACTTCAGTT-TCAAACTAATTACATAATTGCACAATGCAAGGATGAGTGATATAGAGAT-------------AGGTGAAAAGACATGTA--TGAAGTGCAT-CCAAGAGCCTGCG-GA--CT-ATATACTGACAAGATGTGATTTGAC-C---AGTT-----------AAAAGTTTTGCA--ATTGACG----CGGACTGCTCCAG----GTAACCATTACATGCATAT----TTTCTAGAGCTGTTCCTACATAACAGTATTC--AATATAGGTC-TGAAATTT
gi|18 : tctctacgagttaaggTGAATTCCAGCT-TCAAATGCATCACATCATTGTACTGTTCAAGGAAGAATGGTATAAA
gi|8 : tTCATTACACAGTTCAAGTAAGAGTAATATAGAGATGTGGATGATAAATGAGTCAAAAGATTTCTA--TGAAGTGCAT-CCAAGAGCC--CA-GT--GG-TTACTTTGACAAGAGGTG-ATTTGGCT---GGTTAAGTGTCATAAAAAAATTGGACATCATTGTCGTCATCAGACAGCTCCCA----TTAACCATTACATGCA----TAGTTTCTAGCGCTGTTGCTGCGTAACTGT--ATTTAATATAGATACTAAAATTTGCCAATTAC
gi|2 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcatgtattaacaacccggagtagtctgatgacgtcaatgaccgcaagtatttgaaccagtcttaac-TTTGACAG---A-CTAAACATCA-ACAAATACTTGACGTTGTTGACGTCATCAGACTGCT
gi|11 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgg---AGTTAAACGTCAAGCAAAAATATAACGTCGGTGACTTCATCGGACGGCTtctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|8 : tacttcaatgcacaagatgccatttggccTTGACGTCATCAGACTACTCCGGGTTGTTAA---TAC-ATGCAT--TT--TTTCTAGCACTGTTGCTATGTAACAGTA-ccgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacaataattttaacttttattatgtgcaatattaaatattaaaaaca
gi|15 : atactgtattgaaAGAGGAAATATTACTTTTTATGGCAATTTAG-TTCTTATTCTTGTGTTATATCAAATGTTGAAAACACTACGAAAGTtgaccgcaagtatttgaaccagtcttaactcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|17 : aaatAATATTA-TTTTCACGGCAATATGA-TATTTATTCTTGTGCTATATTTAATGTTAACAACAT
gi|2 : TTAATGGCAATATAA-TTTTTATTCTTGTACTAAATTAAATGTCGAAAATATTACGAAAGTCCATGT-GTTTT-TT-AAC-ACA-CCTCATAATA-TTATATAAATATA
gi|6 : aatgtagaataaatttttccatataTTTATGGCAATATAA-CTTTAATTCATGTGCTGTACTAAATGTTGAAAATGTTACAATAGtcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|5 : GGCAATATAA-TTTTTATTC---------ATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAG--AACGCTTATTT-TT-AAC-ACACCTC----GTA-ggttggcaaaatctggtaaaaacttaattatccatgaacaagtggaattttaatttttacttgtccatagatgaaaaatctagttgtttgacaattcatttaaaacaaaaaatgattaagaactttttacttctgacttacagcattcactttaaacataaaaactgaccactggtttataaaatgagtcgttctctcatgatttcttatctttcttattttaaactgaaccttaaattttcacttgtttgatttgaaaaattaagacacggaaaactgggacaatgtcgccactcctgcacatattgatagttc
gi|1 : ataaaaaaatcactcaattatgtataGACAATATAA-TTTTTATTCATGTGCTGAATTAAGTGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACATATTTTT-T---AC-ACA-CTC----GTATCAAAATAAATATGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggagctgtctgatgatctcatcgacgccaagtatttacacagtgtttaccagtcaaacatatatgaacttcagtttaaactcattgcatcattgcacagctcaaggaagatttatatagagatgtgcatgataaatgagtgaaacaatatatatgaagtgcattcgagagtccagtgtgtacttggacaagatgtgatatggcagttaaatgtcatgcgaatatttgactttgacgaaatcgaactgatccg
gi|7 : tttaacagtgagagaatatgaaaatactGGCTATGTAA-ATTTCATTCATGTGCTATATTCAATGTTG--AATATTAGAAAAGTCCACGTTTTTTTGTTGAAC-GCATCTC----GAA-CT-GATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactggagcgatgaagtcaacgacgtcaagtatttgcacaatgtttgacaggttaaatctacataaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgattggccagttaaacatcatgcaaaaatttgacatcatcagactgtttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|2 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaacaggagacaggtgggtaccttgacagggtgtaattgggagcgttgaacgacctgctacaagatgacgttgttgacatcatcgagctgttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATATAA-TTTTTATTCTTGTGTTATATaggtgttgcttcaaattgatata
gi|10 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtATATAA-TGTTTATTCATGTGCTTAATTGAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCATATA--TTT-TC-AATAAAA-CTC----GTA-C
gi|14 : ttttacagagcaaaatACAA-TTTTTATTCATGTACT----CAAATGTTGAAAAGATTATAAAATTCCATGTATTTTT-TT-AAC-ACA-CCT----aatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagatgacgccaacgtcaaatgttagcgtgacgttaaaacggccaaatc
Alignments
lowQualScore : 22 11111111111 2222222 1111 11111 2222222222 2
lowQualScore : 3 0 0 2 5 777777 1 2 0 2 5 0 2 2 1 1 66 4 66 777 4 3 1 33 3 3 2 2 2 7 22222222222 0000000 1 2 6666 0 66 1 00000 0 0000000000 6666 2 3 33 2 3 5 5 5 0 5 888 777 11
lowQualScore : . . . . . ...... . . . . . . . . . . .. . .. ... . . . .. . . . . . . ........... ....... . . .... . .. . ..... . .......... .... . . .. . . . . . . . ... ... ..
lowQualScore : 7 4 7 5 3 444444 9 2 9 8 0 4 5 5 1 4 11 4 11 000 0 3 0 33 1 1 7 5 1 8 55555555555 6666666 7 1 0000 9 00 4 88888 1 4444444444 1111 9 8 77 2 2 0 0 0 0 0 888 777 88
consensus : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTAAC---CG-GTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGCC--C-GG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAG-TTAA-ACGTCATGCAAAAATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACNAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AAC-ACACCT-C---GTA-C-TANATAAATATGA
Reference ( family-746 ) : TGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACGATGTTTAAC---CG-GTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGNATGATAAATGGGTG-AAAAGACATATATGAAGTGCATCCCAAGAGCC--C-GG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GNTTTGCACAG-TTAA-ACGTCATGCAAAAATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGCGCTGTTGCTACGTAACAGTANCTTAATATAGGT-NTGAAATTTGCCAATTACNNAGAGGAAATATTACTTTTNATGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AAC-ACA-CT-C---GTA-C-TANATAAATATGA
gi|1 : ATGTAGATTTAACCTG-TCAA-ACATTGTGCAAATACTTGACGTCGTTGACTTCATCG-----CTCCA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACAATA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTGAATTAAGTGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACATATTTTT-T---AC-ACA-CT-C---GTATC-AAAATAAATATGA
gi|1 : tttaacagtgagagaatatgaaaatactCTGGAGC-----GATGAAGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTGAC---AG-GTTAAATCTACATAAACTTCAGTTTCAAATTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTTAGATAAATGGGTG-AAAAG----ATATGAATAGCGT-CCAAGAGTG--T-GA--TGTGTATTT---TT-AGAAGATGC-GATTGGC-CAG-TTAA-ACATCATGCAAAAAT---------TTGACATCATCAGACTGTTTCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTATATTAAATGGTACAAATATTAaaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgattggccagttaaacatcatgcaaaaatttgacatcatcagactgtttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|10 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATA----TAA-TGTTTATTCATGTGCTTAATTGAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCA--TATATTT-TC-AATAAAA-CT-C---GTA-C-
gi|10 : ttttacagagcaaaatTCAGATGACGCCAACG---TCAAATGTTAGCGTGACGTTAAAA---CG-GCCAAATCaatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagatgacgccaacgtcaaatgttagcgtgacgttaaaacggccaaatc
gi|11 : ttttacagagcaaaatgtacgagttttattgaaaatatatggacttttgtaatattttcaacattcaattaagcacatgaataaacattatataatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTTCAATGCACAAGATGC-CATTTGGCCAG-TTAA-ACGTCAAGCAAAAATATAACGTCGGTGACTTCATCGGACGGCTCCG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAATAATTTTAA-CTTTTATT-ATGTGCAATATTAAATATTAAAAACA
gi|12 : TCCGATAACGCAAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTAAC---CA-GTCAAATCTACATGACCGTCAGTTTCAAATTCACTACTTCAATGCAC
gi|13 : tttacataaatacaaattatattgtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgctacctAGCAGTCCGATGACCCAAACTACGTCAAGAATTTGTACAATATTTA-C---CG-GTAAAATTTACATG-------------AACTT--------------CAGTTCAA--AAGAGTGATATATAGATGTGAATGATAAATGAGTGAAAAAAATATAGATGAAGTTCA-CCCAAGTGCC--C-AC--TGGGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAA-TTAA-ATGTCATGCAAACATTTGA---CGTTGACATAATCAGACT
gi|14 : A----CAA-TTTTTATTCATGTACT----CAAATGTTGAAAAGATTATAAAATTCCATGTATTTTT-TT-AAC-ACACCT-C---ATA-
gi|15 : tttgcaggaataAGAGGAAATATTACTTTTTATGGCAATT----TAG-TTCTTATTCTTGTGTTATATCAAATGTTGAAAACACTACGAAAGT
gi|16 : aaatTGTTATGTCTGCCCGAATCAGTCTTTTGACGTCAA-GCCATCAGGTATTTGCACAATGTTTA
gi|17 : cAATATTA-TTTTCACGGCAATA----TGA-TATTTATTCTTGTGCTATATTTAATGTTAACAACATg
gi|18 : TGAATTCCAGCTTCAAATGCATCACATCATTGTACTGTTCAAGGAAGAATGGTATAAA
gi|2 : t-GATTTG-ACAGACTAA-ACATCA-ACAAATACTTGACGTTGTTGACGTCATCAGACTGCTCCA----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNCGATTAAT----GGCAATAT-------------AAT----------TTTTATTCTTGTACTAAATTAAATGTCGAAAATATTACGAAAGTCCATGTG-TTTT-TT-AAC-ACACCT-CATAATA-T-TATATAAATAT
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatCTGGAGCAGTCTGATGACGTCAACAACGTCAAGTATTTGT-TGATGTTTAGT---CT-GTCAAATCTAAATGAACTTCAATTCCAAACTCATTGTACCATTGCAAAATTCAAGTAAAATTGATATAGAGATGTGTGTGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAGGAGCC--C-GG--TGGGAACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGATAG-TTAA-ATATCATGC-AAAATTTGACAT-GTTCACATCATCCGAGTGCTtaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTAATGTCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGTTATATgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|3 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaCGGGGCAGTCTCATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACATTGTTTAGC---GT-GCCAA-TCTGAATAAACTTCAGTTTCAAACTTATTGCATCATTGCACAATTCAAGGAAGAATGGTATAGAGATTTGTATGATAAATTGGTG-AACAGTCAGATATGAA-TGCATCCCA-GAACG--CAGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTTACCGG-TTAA-ACGTCATACAAAAACGTGACGTCGTTGACGTCAT-GGACTGCTCCG----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------GGCAATA----GAAGTTTTTATTCTTGTGCTA-------------AAAGATTACAAAATCCCACGTATTCTT-TT-AAC-ACA-TTAC---GT
gi|4 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTTATGACATCAACGATGTCAAGTATTTGCACAATGTTGAGC---TG-GTCAAATCTAAATGAACCTCAATTTCAAACTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGCAATATAGAGATGTGTATGATAAATAGGTG-AAAGGACATGTATGTATTGCATCCCGGGAGCC--C-AG--TTGGTACTT---TG-GCGAGAAGT-GTTTTACATAG-TTGA-ATGTCATGCAAAAATTTTACGT-GTTGACGGAATCGGGCTGCTTTG----GTTAACCATACCATGCATATTTAATTTCTAGGGCTGTTGCCACAAAACCGTAACAAAATATAGAT-ATGAAATCTGGCAATTGCAAAGGGAAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGCTATATCAAATGTTGAAAATATTGCAAAAGTCCATGTCTTTTT-TT-AAC-ACA-CT-T---GTA-C-TAGATTAATATAAgaaggttacacaattgtgatata
gi|5 : GGCAATA----TAA-TTTTTATTC---------ATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGAACGCTTA--TTT-TT-AAC-ACACCT-C---GTA-TATACATAAc
gi|5 : ataaaaaaatcactcaaCCGGAGCTGTCTGATGATCTCATCGACGCCAAGTATTTACACAGTGTTTA-C---CA-GTCAAACATATATGAACTTCAGTTT-AAACTCATTGCATCATTGCACAGCTCAAGGAAGATTTATATAGAGATGTGCATGATAAATGAGTG-AAACAATATATATGAAGTGCAT-TCGAGAGTC--C-AG--TGTGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATATG-GCAG-TTAA-ATGTCATGCGAATATTTGAC-T--TTGACGAAATCGAACTGATCCG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggagctgtctgatgatctcatcgacgccaagtatttacacagtgtttaccagtcaaacatatatgaacttcagtttaaactcattgcatcattgcacagctcaaggaagatttatatagagatgtgcatgataaatgagtgaaacaatatatatgaagtgcattcgagagtccagtgtgtacttggacaagatgtgatatggcagttaaatgtcatgcgaatatttgactttgacgaaatcgaactgatccg
gi|6 : ataaaaaaatcactcaattatgtatatacgaggtgtgttaaaaataagcgttcttttgtaatattttcaacatttaatgaataaaaattatattgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATGGCAATA----TAA-CTTTAATTCATGTGCTGTACTAAATGTTGAAAATGTTACAATAG
gi|7 : CAGGAGAC--A-GG--TGGGTACCT---TG-ACAGGGTGT-AATTGGGAGCG-TTGA-ACGACCTGCTACAAGATGACGTTGTTGACATCATCGAGCTGTTCCA----Gggttggcaaaatctggtaaaaacttaattatccatgaacaagtggaattttaatttttacttgtccatagatgaaaaatctagttgtttgacaattcatttaaaacaaaaaatgattaagaactttttacttctgacttacagcattcactttaaacataaaaactgaccactggtttataaaatgagtcgttctctcatgatttcttatctttcttattttaaactgaaccttaaattttcacttgtttgatttgaaaaattaagacacggaaaactgggacaatgtcgccactcctgcacatattgatagttc
gi|7 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaaGGCTATG----TAA-ATTTCATTCATGTGCTATATTCAATGTTG--AATATTAGAAAAGTCCACGTTTTTTTGTTGAAC-GCATCT-C---GAA-C-T-GATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggctatgtaaatttcattcatgtgctatattcaatgttgaatattagaaaagtccacgtttttttgttgaacgcatctcgaactgataggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaacaggagacaggtgggtaccttgacagggtgtaattgggagcgttgaacgacctgctacaagatgacgttgttgacatcatcgagctgttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAG-TTAAGAC-TGGTTCAAATACTTGCGGTCATTGACGTCATCAGACTACTCCGGGTTGTTAA----TACATGCAT-TT---TTTCTAGCACTGTTGCTATGTAACAGTAT-TCAATACAGggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : ataTGTATTAACAACCCGGAGTAGTCTGATGACGTCA---------------------ATG----AC---CG---CAAGT--ATTTGAAC--CAGTCTTAA--------C-TCATTACACAGTTCAAGTAAGAGTAATATAGAGATGTGGATGATAAATGAGTC-AAAAGATTTCTATGAAGTGCATCC-AAGAGCC--C-AG--TGGTTACTT---TG-ACAAGAGGT-GATTTGGCTGG-TTAA-GTGTCATAAAAAAATTGGACATCATTGTCGTCATCAGACAGCTCCC----ATTAACCATTACATGCA----TAGTTTCTAGCGCTGTTGCTGCGTAACTGTAT-TTAATATAGATACTAAAATTTGCCAATTACcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|9 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcaGATGTTGAACACACATGTGAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTAATTACATAATTGCACAATGCAAGGATGAGTGATATAGAGATA-------------GGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCC-AAGAGCCTGC-GGACTATATACT-----G-ACAAGATGT-GATTTGACCAG-TTAA-AAGTTTTGCAA-------------TTGACG----CGGACTGCTCCA----GGTAACCATTACATGCATAT----TTTCTAGAGCTGTTCCTACATAACAGTAT-TCAATATAGGT-CTGAAATTT
Alignments
lowQualScore : 111111 22222222222 2222222 111 111111111 1 111
lowQualScore : 1 0 6 000000 0 1 2 0 2 5 2 2 2 2 1 4 66 66 777 4 3 2 3 1 9999 44444444444 0000000 1 1 222 5 1 0 222222222 666666 1 6666 2 3 55 2 3 5 5 0 000 777 11
lowQualScore : . . . ...... . . . . . . . . . . . . .. .. ... . . . . . .... ........... ....... . . ... . . . ......... ...... . .... . . .. . . . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 4 9 444444 1 9 2 9 1 0 2 2 5 5 1 4 11 11 000 0 1 9 6 6 9999 77777777777 6666666 0 0 999 0 0 9 777777777 333333 8 1111 9 8 44 2 2 0 0 1 000 777 88
consensus : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTAGC---CG-GTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAA-ACGTCATGCAAANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
Reference ( family-746 ) : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTAAC---CG-GTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAGTTAA-ACGTCATGCAAAAATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACNAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
gi|1 : ATGTAGATTTAACCTGTCAA-ACATTGTGCAAATACTTGACGTCGTTGACTTCATCG-----CTCCA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACAATA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTGAATTAAGTGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACATATTTTT-T---ACACA-CTC---GTATC-AAAATAAATATGA
gi|1 : tttaacagtgagagaatatgaaaatactCTGGAGC-----GATGAAGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTGAC---AG-GTTAAATCTACATAAACTTCAGTTTCAAATTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTTAGATAAATGGGTG-AAAAGA----TATGAATAGCGT-CCAAGAGT-G--TGA--TGTGTATTT---TT-AGAAGATGC-GA-TTGGCCAGTTAA-ACATCATGCAAAAAT---------TTGACATCATCAGACTGTTTCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTATATTAAATGGTACAAATATTAaaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgattggccagttaaacatcatgcaaaaatttgacatcatcagactgtttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|10 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATA----TAA-TGTTTATTCATGTGCTTAATTGAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCA--TATATTT-TC-AATAAAACTC---GTA-C-
gi|10 : ttttacagagcaaaat-GATTTGGCCGTTTTA-ACGTCACGCTAACATTTGA---CGTTGGCGTCATCTGAaatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagatgacgccaacgtcaaatgttagcgtgacgttaaaacggccaaatc
gi|11 : ttttacagagcaaaatgtacgagttttattgaaaatatatggacttttgtaatattttcaacattcaattaagcacatgaataaacattatataatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTTCAATGCACAAGATGC-CATTTGGCCAGTTAA-ACGTCAAGCAAAAATATAACGTCGGTGACTTCATCGGACGGCTCCG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAATAATTTTAA-CTTTTATT-ATGTGCAATATTAAATATTAAAAACA
gi|12 : TCCGATAACGCAAACGACGTCAAGTATTTGCACAATGTTTAAC---CA-GTCAAATCTACATGACCGTCAGTTTCAAATTCACTACTTCAATGCAC
gi|13 : tttacataaatacaaattatattgtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgctacctAGCAGTCCGATGACCCAAACTACGTCAAGAATTTGTACAATATTTA-C---CG-GTAAAATTTACATG-------------AACTT--------------CAGTTCAA--AAGAGTGATATATAGATGTGAATGATAAATGAGTGAAAAAAATATAGATGAAGTTCA-CCCAAGTGC-C--CAC--TGGGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAATTAA-ATGTCATGCAAACATTTGA---CGTTGACATAATCAGACT
gi|14 : A----CAA-TTTTTATTCATGTACT----CAAATGTTGAAAAGATTATAAAATTCCATGTATTTTT-TT-AACACACCTC---ATA-
gi|15 : tttgcaggaataAGAGGAAATATTACTTTTTATGGCAATT----TAG-TTCTTATTCTTGTGTTATATCAAATGTTGAAAACACTACGAAAGT
gi|16 : aaatTGTTATGTCTGCCCGAATCAGTCTTTTGACGTCAA-GCCATCAGGTATTTGCACAATGTTTA
gi|17 : cAATATTA-TTTTCACGGCAATA----TGA-TATTTATTCTTGTGCTATATTTAATGTTAACAACATg
gi|18 : TGAATTCCAGCTTCAAATGCATCACATCATTGTACTGTTCAAGGAAGAATGGTATAAA
gi|2 : t-GATTTGACAGACTAA-ACATCA-ACAAATACTTGACGTTGTTGACGTCATCAGACTGCTCCA----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNCGATTA----------------------ATGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTACTAAATTAAATGTCGAAAATATTACGAAAGTCCATGTG-TTTT-TT-AACACACCTCATAATA-T-TATATAAATAT
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatCTGGAGCAGTCTGATGACGTCAACAACGTCAAGTATTTGT-TGATGTTTAGT---CT-GTCAAATCTAAATGAACTTCAATTCCAAACTCATTGTACCATTGCAAAATTCAAGTAAAATTGATATAGAGATGTGTGTGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAGGAGC-C--CGG--TGGGAACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGATAGTTAA-ATATCATGC-AAAATTTGACAT-GTTCACATCATCCGAGTGCTtaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGTTATATgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|3 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtCGGGGCAGTCTCATGACGTCAACGACGTCAAGTATTTGCACATTGTTTAGC---GT-GCCAA-TCTGAATAAACTTCAGTTTCAAACTTATTGCATCATTGCACAATTCAAGGAAGAATGGTATAGAGATTTGTATGATAAATTGGTG-AACAGTCAGATATGAA-TGCATCCC-AGAACGC--AGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTTACCGGTTAA-ACGTCATACAAAAACGTGACGTCGTTGACGTCAT-GGACTGCTCCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAATA----GAAGTTTTTATTCTTGTGCT-------------AAAAGATTACAAAATCCCACGTATTCTT-TT-AACACA
gi|4 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTTATGACATCAACGATGTCAAGTATTTGCACAATGTTGAGC---TG-GTCAAATCTAAATGAACCTCAATTTCAAACTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGCAATATAGAGATGTGTATGATAAATAGGTG-AAAGGACATGTATGTATTGCATCCCGGGAGC-C--CAG--TTGGTACTT---TG-GCGAGAAGT-GTTTTACATAGTTGA-ATGTCATGCAAAAATTTTACGT-GTTGACGGAATCGGGCTGCTTTG----GTTAACCATACCATGCATATTTAATTTCTAGGGCTGTTGCCACAAAACCGTAACAAAATATAGAT-ATGAAATCTGGCAATTGCAAAGGGAAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGCTATATCAAATGTTGAAAATATTGCAAAAGTCCATGTCTTTTT-TT-AACACA-CTT---GTA-C-TAGATTAATATAAttacgtgaaggttacacaattgtgatata
gi|5 : GGCAATA----TAA-TTTTTATTC---------ATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGAACGCTTA--TTT-TT-AACACACCTC---GTA-TATACATAAc
gi|5 : ataaaaaaatcactcaaCCGGAGCTGTCTGATGATCTCATCGACGCCAAGTATTTACACAGTGTTTA-C---CA-GTCAAACATATATGAACTTCAGTTT-AAACTCATTGCATCATTGCACAGCTCAAGGAAGATTTATATAGAGATGTGCATGATAAATGAGTG-AAACAATATATATGAAGTGCAT-TCGAGAGT-C--CAG--TGTGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATATGG-CAGTTAA-ATGTCATGCGAATATTTGAC-T--TTGACGAAATCGAACTGATCCG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggagctgtctgatgatctcatcgacgccaagtatttacacagtgtttaccagtcaaacatatatgaacttcagtttaaactcattgcatcattgcacagctcaaggaagatttatatagagatgtgcatgataaatgagtgaaacaatatatatgaagtgcattcgagagtccagtgtgtacttggacaagatgtgatatggcagttaaatgtcatgcgaatatttgactttgacgaaatcgaactgatccg
gi|6 : ataaaaaaatcactcaattatgtatatacgaggtgtgttaaaaataagcgttcttttgtaatattttcaacatttaatgaataaaaattatattgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATGGCAATA----TAA-CTTTAATTCATGTGCTGTACTAAATGTTGAAAATGTTACAATAG
gi|7 : CAGGAGA-C--AGG--TGGGTACCT---TG-ACAGGGTGT-AATTGGGAGCGTTGA-ACGACCTGCTACAAGATGACGTTGTTGACATCATCGAGCTGTTCCA----Gggttggcaaaatctggtaaaaacttaattatccatgaacaagtggaattttaatttttacttgtccatagatgaaaaatctagttgtttgacaattcatttaaaacaaaaaatgattaagaactttttacttctgacttacagcattcactttaaacataaaaactgaccactggtttataaaatgagtcgttctctcatgatttcttatctttcttattttaaactgaaccttaaattttcacttgtttgatttgaaaaattaagacacggaaaactgggacaatgtcgccactcctgcacatattgatagttc
gi|7 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaaGGCTATG----TAA-ATTTCATTCATGTGCTATATTCAATGTTG--AATATTAGAAAAGTCCACGTTTTTTTGTTGAACGCATCTC---GAA-C-T-GATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggctatgtaaatttcattcatgtgctatattcaatgttgaatattagaaaagtccacgtttttttgttgaacgcatctcgaactgataggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaacaggagacaggtgggtaccttgacagggtgtaattgggagcgttgaacgacctgctacaagatgacgttgttgacatcatcgagctgttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAGTTAAGAC-TGGTTCAAATACTTGCGGTCATTGACGTCATCAGACTACTCCGGGTTGTTAA----TACATGCAT-TT---TTTCTAGCACTGTTGCTATGTAACAGTAT-TCAATACAGggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : ataTGTATTAACAACCCGGAGTAGTCTGATGACGTCA---------------------ATG----AC---CG---CAAGT--ATTTGAAC--CAGTCTTAA--------C-TCATTACACAGTTCAAGTAAGAGTAATATAGAGATGTGGATGATAAATGAGTC-AAAAGATTTCTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-C--CAG--TGGTTACTT---TG-ACAAGAGGT-GATTTGGCTGGTTAA-GTGTCATAAAAAAATTGGACATCATTGTCGTCATCAGACAGCTCCC----ATTAACCATTACATGCA----TAGTTTCTAGCGCTGTTGCTGCGTAACTGTAT-TTAATATAGATACTAAAATTTGCCAATTACcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|9 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcaATGTTGAACACACATGTGAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTAATTACATAATTGCACAATGCAAGGATGAGTGATATAGAGATA-------------GGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-CTGCGGACTATATACT-----G-ACAAGATGT-GATTTGACCAGTTAA-AAGTTTTGCAA-------------TTGACG----CGGACTGCTCCA----GGTAACCATTACATGCATAT----TTTCTAGAGCTGTTCCTACATAACAGTAT-TCAATATAGGT-CTGAAATTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 2222222 111 111111111 1 111
lowQualScore : 1 0 4 55 4 7 22 0 0 1 2 0 2 5 2 2 2 2 1 4 66 66 777 4 3 2 2 2 4 22 9999 44444444444 0000000 1 1 222 5 1 0 111111111 666666 1 6666 2 3 55 2 3 5 5 0 000 777 11
lowQualScore : . . . .. . . .. . . . . . . . . . . . . . .. .. ... . . . . . . .. .... ........... ....... . . ... . . . ......... ...... . .... . . .. . . . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 4 0 55 0 3 00 8 1 9 2 9 1 0 2 2 5 5 1 4 11 11 000 0 1 5 9 9 8 00 9999 77777777777 6666666 0 0 999 0 0 9 000000000 333333 8 1111 9 8 44 2 2 0 0 1 000 777 88
consensus : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
Reference ( family-746 ) : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
gi|1 : ATGTAGATTTAACCTGTCAAACATTGTGC-A-AATACTTGACGTCGTTGACTTCATCG-----CTCCA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACAATA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTGAATTAAGTGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACATATTTTT-T---ACACA-CTC---GTATC-AAAATAAATATGA
gi|1 : tttaacagtgagagaatatgaaaatactCTGGAGC-----GATGAAGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTGACAGGTTAAATCTACATAAACTTCAGTTTCAAATTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTTAGATAAATGGGTG-AAAAGA----TATGAATAGCGT-CCAAGAGT-G--TGA--TGTGTATTT---TT-AGAAGATGC-GA-TTGGCCAGTTAAACATCATGC-A-AAAAT---------TTGACATCATCAGACTGTTTCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTATATTAAATGGTACAAATATTAaaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgattggccagttaaacatcatgcaaaaatttgacatcatcagactgtttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|10 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATA----TAA-TGTTTATTCATGTGCTTAATTGAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCA--TATATTT-TC-AATAAAACTC---GTA-C-
gi|10 : ttttacagagcaaaat-GATTTGGCCGTTTTAACGTCACGC-T-AACATTTGA---CGTTGGCGTCATCTGAaatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagatgacgccaacgtcaaatgttagcgtgacgttaaaacggccaaatc
gi|11 : ttttacagagcaaaatgtacgagttttattgaaaatatatggacttttgtaatattttcaacattcaattaagcacatgaataaacattatataatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTTCAATGCACAAGATGC-CATTTGGCCAGTTAAACGTCAAGC-A-AAAATATAACGTCGGTGACTTCATCGGACGGCTCCG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAATAATTTTAA-CTTTTATT-ATGTGCAATATTAAATATTAAAAACA
gi|12 : TCCGATAACGCAAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAACCAGTCAAATCTACATGACCGTCAGTTTCAAATTCACTACTTCAATGCAC
gi|13 : tttacataaatacaaattatattgtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgctacctAGCAGTCCGATGACCCAAACTACGTCAAGAAT-TTG--TACA-ATATTTA-CCGGTAAAATTTACATG-------------AACTT--------------CAGTTCAA--AAGAGTGATATATAGATGTGAATGATAAATGAGTGAAAAAAATATAGATGAAGTTCA-CCCAAGTGC-C--CAC--TGGGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAATTAAATGTCATGC-A-AACATTTGA---CGTTGACATAATCAGACT
gi|14 : A----CAA-TTTTTATTCATGTACT----CAAATGTTGAAAAGATTATAAAATTCCATGTATTTTT-TT-AACACACCTC---ATA-
gi|15 : tttgcaggaataAGAGGAAATATTACTTTTTATGGCAATT----TAG-TTCTTATTCTTGTGTTATATCAAATGTTGAAAACACTACGAAAGT
gi|16 : aaatTGTTATGTCTGCCCGAATCAGTCTTTTGACGTCAA-GCCATCAGGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAG
gi|17 : cAATATTA-TTTTCACGGCAATA----TGA-TATTTATTCTTGTGCTATATTTAATGTTAACAACAT
gi|18 : TGAATTCCAGCTTCAAATGCATCACATCATTGTACTGTTCAAGGAAGAATGGTATAAA
gi|2 : t-GATTTGACAGACTAAACATCA-AC-A-AATACTTGACGTTGTTGACGTCATCAGACTGCTCCA----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNCGATTA----------------------ATGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTACTAAATTAAATGTCGAAAATATTACGAAAGTCCATGTG-TTTT-TT-AACACACCTCATAATA-T-TATATAAATAT
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatCTGGAGCAGTCTGATGACGTCAACAACGTCAAGTAT-TTG--T-TG-ATGTTTAGTCTGTCAAATCTAAATGAACTTCAATTCCAAACTCATTGTACCATTGCAAAATTCAAGTAAAATTGATATAGAGATGTGTGTGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAGGAGC-C--CGG--TGGGAACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGATAGTTAAATATCATGC-A-AA-ATTTGACAT-GTTCACATCATCCGAGTGCTtaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGTTATATgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|3 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtCGGGGCAGTCTCATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-TTGTTTAGCGTGCCAA-TCTGAATAAACTTCAGTTTCAAACTTATTGCATCATTGCACAATTCAAGGAAGAATGGTATAGAGATTTGTATGATAAATTGGTG-AACAGTCAGATATGAA-TGCATCCC-AGAACGC--AGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTTACCGGTTAAACGTCATAC-A-AAAACGTGACGTCGTTGACGTCAT-GGACTGCTCCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAATA----GAAGTTTTTATTCTTGTGCT-------------AAAAGATTACAAAATCCCACGTATTCTT-TT-AACACA
gi|4 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTTATGACATCAACGATGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTGAGCTGGTCAAATCTAAATGAACCTCAATTTCAAACTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGCAATATAGAGATGTGTATGATAAATAGGTG-AAAGGACATGTATGTATTGCATCCCGGGAGC-C--CAG--TTGGTACTT---TG-GCGAGAAGT-GTTTTACATAGTTGAATGTCATGC-A-AAAATTTTACGT-GTTGACGGAATCGGGCTGCTTTG----GTTAACCATACCATGCATATTTAATTTCTAGGGCTGTTGCCACAAAACCGTAACAAAATATAGAT-ATGAAATCTGGCAATTGCAAAGGGAAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGCTATATCAAATGTTGAAAATATTGCAAAAGTCCATGTCTTTTT-TT-AACACA-CTT---GTA-C-TAGATTAATATAAttacgtgaaggttacacaattgtgatata
gi|5 : GGCAATA----TAA-TTTTTATTC---------ATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGAACGCTTA--TTT-TT-AACACACCTC---GTA-TATACATAAc
gi|5 : ataaaaaaatcactcaaCCGGAGCTGTCTGATGATCTCATCGACGCCAAGTAT-TTA--CACA-GTGTTTA-CCAGTCAAACATATATGAACTTCAGTTT-AAACTCATTGCATCATTGCACAGCTCAAGGAAGATTTATATAGAGATGTGCATGATAAATGAGTG-AAACAATATATATGAAGTGCAT-TCGAGAGT-C--CAG--TGTGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATATGG-CAGTTAAATGTCATGC-G-AATATTTGAC-T--TTGACGAAATCGAACTGATCCG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggagctgtctgatgatctcatcgacgccaagtatttacacagtgtttaccagtcaaacatatatgaacttcagtttaaactcattgcatcattgcacagctcaaggaagatttatatagagatgtgcatgataaatgagtgaaacaatatatatgaagtgcattcgagagtccagtgtgtacttggacaagatgtgatatggcagttaaatgtcatgcgaatatttgactttgacgaaatcgaactgatccg
gi|6 : ataaaaaaatcactcaattatgtatatacgaggtgtgttaaaaataagcgttcttttgtaatattttcaacatttaatgaataaaaattatattgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATGGCAATA----TAA-CTTTAATTCATGTGCTGTACTAAATGTTGAAAATGTTACAATAG
gi|7 : CAGGAGA-C--AGG--TGGGTACCT---TG-ACAGGGTGT-AATTGGGAGCGTTGAACGACCTGCTACAAGA--TGACGTTGTTGACATCATCGAGCTGTTCCA----Gggttggcaaaatctggtaaaaacttaattatccatgaacaagtggaattttaatttttacttgtccatagatgaaaaatctagttgtttgacaattcatttaaaacaaaaaatgattaagaactttttacttctgacttacagcattcactttaaacataaaaactgaccactggtttataaaatgagtcgttctctcatgatttcttatctttcttattttaaactgaaccttaaattttcacttgtttgatttgaaaaattaagacacggaaaactgggacaatgtcgccactcctgcacatattgatagttc
gi|7 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaaGGCTATG----TAA-ATTTCATTCATGTGCTATATTCAATGTTG--AATATTAGAAAAGTCCACGTTTTTTTGTTGAACGCATCTC---GAA-C-T-GATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggctatgtaaatttcattcatgtgctatattcaatgttgaatattagaaaagtccacgtttttttgttgaacgcatctcgaactgataggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaacaggagacaggtgggtaccttgacagggtgtaattgggagcgttgaacgacctgctacaagatgacgttgttgacatcatcgagctgttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-A-AATACTTGCGGTCATTGACGTCATCAGACTACTCCGGGTTGTTAA----TACATGCAT-TT---TTTCTAGCACTGTTGCTATGTAACAGTAT-TCAATACAGggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : ataTGTATTAACAACCCGGAGTAGTCTGATGACGT------------------------CA-ATG----ACCG--CAAGT--ATTTGAAC--CAGTCTTAA--------C-TCATTACACAGTTCAAGTAAGAGTAATATAGAGATGTGGATGATAAATGAGTC-AAAAGATTTCTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-C--CAG--TGGTTACTT---TG-ACAAGAGGT-GATTTGGCTGGTTAAGTGTCATAA-A-AAAATTGGACATCATTGTCGTCATCAGACAGCTCCC----ATTAACCATTACATGCA----TAGTTTCTAGCGCTGTTGCTGCGTAACTGTAT-TTAATATAGATACTAAAATTTGCCAATTACaaccagtcttaactcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|9 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcaTCTACGA-GTTAAGGATGTTGAACACACATGT-------G--AAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTAATTACATAATTGCACAATGCAAGGATGAGTGATATAGAGATA-------------GGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-CTGCGGACTATATACT-----G-ACAAGATGT-GATTTGACCAGTTAAAAGTTTTGC-A-A-------------TTGACG----CGGACTGCTCCA----GGTAACCATTACATGCATAT----TTTCTAGAGCTGTTCCTACATAACAGTAT-TCAATATAGGT-CTGAAATTT
Alignments
lowQualScore : 22222222222 2222222 111 111111111 1 111
lowQualScore : 1 0 4 55 4 7 22 0 0 1 2 0 2 5 2 2 2 2 1 4 66 66 777 4 3 2 2 2 4 22 9999 44444444444 0000000 1 1 222 5 1 0 111111111 666666 1 6666 2 3 55 2 3 5 5 0 000 777 11
lowQualScore : . . . .. . . .. . . . . . . . . . . . . . .. .. ... . . . . . . .. .... ........... ....... . . ... . . . ......... ...... . .... . . .. . . . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 4 0 55 0 3 00 8 1 9 2 9 1 0 2 2 5 5 1 4 11 11 000 0 1 5 9 9 8 00 9999 77777777777 6666666 0 0 999 0 0 9 000000000 333333 8 1111 9 8 44 2 2 0 0 1 000 777 88
consensus : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
Reference ( family-746 ) : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
gi|1 : ATGTAGATTTAACCTGTCAAACATTGTGC-A-AATACTTGACGTCGTTGACTTCATCG-----CTCCA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACAATA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTGAATTAAGTGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACATATTTTT-T---ACACA-CTC---GTATC-AAAATAAATATGA
gi|1 : tttaacagtgagagaatatgaaaatactCTGGAGC-----GATGAAGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTGACAGGTTAAATCTACATAAACTTCAGTTTCAAATTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTTAGATAAATGGGTG-AAAAGA----TATGAATAGCGT-CCAAGAGT-G--TGA--TGTGTATTT---TT-AGAAGATGC-GA-TTGGCCAGTTAAACATCATGC-A-AAAAT---------TTGACATCATCAGACTGTTTCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTATATTAAATGGTACAAATATTAaaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgattggccagttaaacatcatgcaaaaatttgacatcatcagactgtttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|10 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATA----TAA-TGTTTATTCATGTGCTTAATTGAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCA--TATATTT-TC-AATAAAACTC---GTA-C-
gi|10 : ttttacagagcaaaat-GATTTGGCCGTTTTAACGTCACGC-T-AACATTTGA---CGTTGGCGTCATCTGAaatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagatgacgccaacgtcaaatgttagcgtgacgttaaaacggccaaatc
gi|11 : ttttacagagcaaaatgtacgagttttattgaaaatatatggacttttgtaatattttcaacattcaattaagcacatgaataaacattatataatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTTCAATGCACAAGATGC-CATTTGGCCAGTTAAACGTCAAGC-A-AAAATATAACGTCGGTGACTTCATCGGACGGCTCCG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAATAATTTTAA-CTTTTATT-ATGTGCAATATTAAATATTAAAAACA
gi|12 : TCCGATAACGCAAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAACCAGTCAAATCTACATGACCGTCAGTTTCAAATTCACTACTTCAATGCAC
gi|13 : tttacataaatacaaattatattgtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgctacctAGCAGTCCGATGACCCAAACTACGTCAAGAAT-TTG--TACA-ATATTTA-CCGGTAAAATTTACATG-------------AACTT--------------CAGTTCAA--AAGAGTGATATATAGATGTGAATGATAAATGAGTGAAAAAAATATAGATGAAGTTCA-CCCAAGTGC-C--CAC--TGGGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAATTAAATGTCATGC-A-AACATTTGA---CGTTGACATAATCAGACT
gi|14 : A----CAA-TTTTTATTCATGTACT----CAAATGTTGAAAAGATTATAAAATTCCATGTATTTTT-TT-AACACACCTC---ATA-
gi|15 : tttgcaggaataAGAGGAAATATTACTTTTTATGGCAATT----TAG-TTCTTATTCTTGTGTTATATCAAATGTTGAAAACACTACGAAAGT
gi|16 : aaatTGTTATGTCTGCCCGAATCAGTCTTTTGACGTCAA-GCCATCAGGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAG
gi|17 : cAATATTA-TTTTCACGGCAATA----TGA-TATTTATTCTTGTGCTATATTTAATGTTAACAACAT
gi|18 : TGAATTCCAGCTTCAAATGCATCACATCATTGTACTGTTCAAGGAAGAATGGTATAAA
gi|2 : t-GATTTGACAGACTAAACATCA-AC-A-AATACTTGACGTTGTTGACGTCATCAGACTGCTCCA----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNCGATTA----------------------ATGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTACTAAATTAAATGTCGAAAATATTACGAAAGTCCATGTG-TTTT-TT-AACACACCTCATAATA-T-TATATAAATAT
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatCTGGAGCAGTCTGATGACGTCAACAACGTCAAGTAT-TTG--T-TG-ATGTTTAGTCTGTCAAATCTAAATGAACTTCAATTCCAAACTCATTGTACCATTGCAAAATTCAAGTAAAATTGATATAGAGATGTGTGTGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAGGAGC-C--CGG--TGGGAACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGATAGTTAAATATCATGC-A-AA-ATTTGACAT-GTTCACATCATCCGAGTGCTtaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGTTATATgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|3 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtCGGGGCAGTCTCATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-TTGTTTAGCGTGCCAA-TCTGAATAAACTTCAGTTTCAAACTTATTGCATCATTGCACAATTCAAGGAAGAATGGTATAGAGATTTGTATGATAAATTGGTG-AACAGTCAGATATGAA-TGCATCCC-AGAACGC--AGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTTACCGGTTAAACGTCATAC-A-AAAACGTGACGTCGTTGACGTCAT-GGACTGCTCCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAATA----GAAGTTTTTATTCTTGTGCT-------------AAAAGATTACAAAATCCCACGTATTCTT-TT-AACACA
gi|4 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTTATGACATCAACGATGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTGAGCTGGTCAAATCTAAATGAACCTCAATTTCAAACTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGCAATATAGAGATGTGTATGATAAATAGGTG-AAAGGACATGTATGTATTGCATCCCGGGAGC-C--CAG--TTGGTACTT---TG-GCGAGAAGT-GTTTTACATAGTTGAATGTCATGC-A-AAAATTTTACGT-GTTGACGGAATCGGGCTGCTTTG----GTTAACCATACCATGCATATTTAATTTCTAGGGCTGTTGCCACAAAACCGTAACAAAATATAGAT-ATGAAATCTGGCAATTGCAAAGGGAAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGCTATATCAAATGTTGAAAATATTGCAAAAGTCCATGTCTTTTT-TT-AACACA-CTT---GTA-C-TAGATTAATATAAttacgtgaaggttacacaattgtgatata
gi|5 : GGCAATA----TAA-TTTTTATTC---------ATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGAACGCTTA--TTT-TT-AACACACCTC---GTA-TATACATAAc
gi|5 : ataaaaaaatcactcaaCCGGAGCTGTCTGATGATCTCATCGACGCCAAGTAT-TTA--CACA-GTGTTTA-CCAGTCAAACATATATGAACTTCAGTTT-AAACTCATTGCATCATTGCACAGCTCAAGGAAGATTTATATAGAGATGTGCATGATAAATGAGTG-AAACAATATATATGAAGTGCAT-TCGAGAGT-C--CAG--TGTGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATATGG-CAGTTAAATGTCATGC-G-AATATTTGAC-T--TTGACGAAATCGAACTGATCCG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggagctgtctgatgatctcatcgacgccaagtatttacacagtgtttaccagtcaaacatatatgaacttcagtttaaactcattgcatcattgcacagctcaaggaagatttatatagagatgtgcatgataaatgagtgaaacaatatatatgaagtgcattcgagagtccagtgtgtacttggacaagatgtgatatggcagttaaatgtcatgcgaatatttgactttgacgaaatcgaactgatccg
gi|6 : ataaaaaaatcactcaattatgtatatacgaggtgtgttaaaaataagcgttcttttgtaatattttcaacatttaatgaataaaaattatattgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATGGCAATA----TAA-CTTTAATTCATGTGCTGTACTAAATGTTGAAAATGTTACAATAG
gi|7 : CAGGAGA-C--AGG--TGGGTACCT---TG-ACAGGGTGT-AATTGGGAGCGTTGAACGACCTGCTACAAGA--TGACGTTGTTGACATCATCGAGCTGTTCCA----Gggttggcaaaatctggtaaaaacttaattatccatgaacaagtggaattttaatttttacttgtccatagatgaaaaatctagttgtttgacaattcatttaaaacaaaaaatgattaagaactttttacttctgacttacagcattcactttaaacataaaaactgaccactggtttataaaatgagtcgttctctcatgatttcttatctttcttattttaaactgaaccttaaattttcacttgtttgatttgaaaaattaagacacggaaaactgggacaatgtcgccactcctgcacatattgatagttc
gi|7 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaaGGCTATG----TAA-ATTTCATTCATGTGCTATATTCAATGTTG--AATATTAGAAAAGTCCACGTTTTTTTGTTGAACGCATCTC---GAA-C-T-GATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggctatgtaaatttcattcatgtgctatattcaatgttgaatattagaaaagtccacgtttttttgttgaacgcatctcgaactgataggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaacaggagacaggtgggtaccttgacagggtgtaattgggagcgttgaacgacctgctacaagatgacgttgttgacatcatcgagctgttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-A-AATACTTGCGGTCATTGACGTCATCAGACTACTCCGGGTTGTTAA----TACATGCAT-TT---TTTCTAGCACTGTTGCTATGTAACAGTAT-TCAATACAGggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : ataTGTATTAACAACCCGGAGTAGTCTGATGACGT------------------------CA-ATG----ACCG--CAAGT--ATTTGAAC--CAGTCTTAA--------C-TCATTACACAGTTCAAGTAAGAGTAATATAGAGATGTGGATGATAAATGAGTC-AAAAGATTTCTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-C--CAG--TGGTTACTT---TG-ACAAGAGGT-GATTTGGCTGGTTAAGTGTCATAA-A-AAAATTGGACATCATTGTCGTCATCAGACAGCTCCC----ATTAACCATTACATGCA----TAGTTTCTAGCGCTGTTGCTGCGTAACTGTAT-TTAATATAGATACTAAAATTTGCCAATTACaaccagtcttaactcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|9 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcaTCTACGA-GTTAAGGATGTTGAACACACATGT-------G--AAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTAATTACATAATTGCACAATGCAAGGATGAGTGATATAGAGATA-------------GGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-CTGCGGACTATATACT-----G-ACAAGATGT-GATTTGACCAGTTAAAAGTTTTGC-A-A-------------TTGACG----CGGACTGCTCCA----GGTAACCATTACATGCATAT----TTTCTAGAGCTGTTCCTACATAACAGTAT-TCAATATAGGT-CTGAAATTT
blockSeqs : G G AA C A CA C G A A T A G C C G TG AC CAA C . A T C A TT CGTC GGTTGTTAA NNNNNNN N N NNN A N NNNNNNNNN NNNNNN N ATTT G A AT T T G G A ATA TA AT
blockSeqs : A . . . G CG C T T . C G G C C . . . . . . G . . C TA CGTT GNNNNNN NNNNNNN N N NNN . N NNNNNNNNN NNNNNN N . . A TA T T . . C . C AG
blockSeqs : . . . G CT A T T . C A T C C . . . . . . A . . A TT CGTC GTTAACC NNNNNNN N N NNN . N NNNNNNNNN CTTTTT T . . A AT C T . . C . T AC
blockSeqs : . . . G GT A T T . C G G C C . . . . . . A . . C CT CGTT ATTAACC NNNNNNN N N NNN . N CAAAGGGAA NNNNNN C . . A AT T T . . C . C G
blockSeqs : . . . G TG A C C . T A G C C . . . . . . G . . T TT GGTC GGTAACC TATTTAA G C CAA . G . CTTTTT T . . T AT C T . . T . C
blockSeqs : . . . A CA T T G . T C G C C . . . . . . A . . A CG CATC G TTT C A TC . C TTTTC N . . T AA C . . . . .
blockSeqs : . . . . CG T T . . C G . . . . . . . . . G . . A TT CAT N TAG C T TT . . C . . T AT . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . . A . . T TT CGT G TAT A A TC T . . T AT
blockSeqs : . . . . . . . . A . . G CT CT . . T GT
blockSeqs : . C . . T TT C . . T AT
blockSeqs : . G . . A T C . . A .
blockSeqs : . A . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : CTTTTT C**
originalCons : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
finalCons : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTAC--TANATAAATATGA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 2222222 111 111111111 1 111
lowQualScore : 1 0 4 55 4 7 22 0 0 1 2 0 2 5 2 2 2 2 1 4 66 66 777 4 3 2 2 2 4 22 9999 44444444444 0000000 1 1 222 5 1 0 111111111 666666 1 6666 2 3 55 2 3 5 5 0 000 777 11
lowQualScore : . . . .. . . .. . . . . . . . . . . . . . .. .. ... . . . . . . .. .... ........... ....... . . ... . . . ......... ...... . .... . . .. . . . . . ... ... ..
lowQualScore : 0 4 0 55 0 3 00 8 1 9 2 9 1 0 2 2 5 5 1 4 11 11 000 0 1 5 9 9 8 00 9999 77777777777 6666666 0 0 999 0 0 9 000000000 333333 8 1111 9 8 44 2 2 0 0 1 000 777 88
consensus : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
Reference ( family-746 ) : TGTAATGNCTACCCGGAGCAGTCTGATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAGCCGGTCAAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTCATTGCATCATTGCACAGTTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTATGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAAGAGC-C--CGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGCCGGTTAAACGTCATGC-A-AANATTTGACGTCGTTGACGTCATCGGACTGCTCCG----GTTAACCATTACATGCATATTTAGTTTCTAGNGCTGTTGCTACGTAACNGTATCTCAATATAGAT-CTGAAATTTGNCGATTACAAAGGGGAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCNTGTGCTATATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACGTATTTTT-TT-AACACACCTC---GTA-C-TANATAAATATGA
gi|1 : ATGTAGATTTAACCTGTCAAACATTGTGC-A-AATACTTGACGTCGTTGACTTCATCG-----CTCCA----GTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----GACAATA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTGAATTAAGTGTTGAAAATATTACAAAAGTCCACATATTTTT-T---ACACA-CTC---GTATC-AAAATAAATATGA
gi|1 : tttaacagtgagagaatatgaaaatactCTGGAGC-----GATGAAGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTGACAGGTTAAATCTACATAAACTTCAGTTTCAAATTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGTGATATAGAGATGTGTTAGATAAATGGGTG-AAAAGA----TATGAATAGCGT-CCAAGAGT-G--TGA--TGTGTATTT---TT-AGAAGATGC-GA-TTGGCCAGTTAAACATCATGC-A-AAAAT---------TTGACATCATCAGACTGTTTCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAAAA----TAA-TTTTTATTCATGTGCTATATTAAATGGTACAAATATTAaaacttcagtttcaaattcattgtatcattgcacaattcaaggaagagtgatatagagatgtgttagataaatgggtgaaaagatatgaatagcgtccaagagtgtgatgtgtatttttagaagatgcgattggccagttaaacatcatgcaaaaatttgacatcatcagactgtttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggcaaaataatttttattcatgtgctatattaaatggtacaaatatta
gi|10 : tttaacagtgagagaatatgaaaatacttcatatttattttgatacgagtgtgtaaaaaatatgtggacttttgtaatattttcaacacttaattcagcacatgaataaaaattatattgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaATA----TAA-TGTTTATTCATGTGCTTAATTGAATGTTGAAAATATTACAAAAGTCCA--TATATTT-TC-AATAAAACTC---GTA-C-
gi|10 : ttttacagagcaaaat-GATTTGGCCGTTTTAACGTCACGC-T-AACATTTGA---CGTTGGCGTCATCTGAaatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcagatgacgccaacgtcaaatgttagcgtgacgttaaaacggccaaatc
gi|11 : ttttacagagcaaaatgtacgagttttattgaaaatatatggacttttgtaatattttcaacattcaattaagcacatgaataaacattatataatcattcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACTTCAATGCACAAGATGC-CATTTGGCCAGTTAAACGTCAAGC-A-AAAATATAACGTCGGTGACTTCATCGGACGGCTCCG----------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACAATAATTTTAA-CTTTTATT-ATGTGCAATATTAAATATTAAAAACA
gi|12 : TCCGATAACGCAAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAACCAGTCAAATCTACATGACCGTCAGTTTCAAATTCACTACTTCAATGCAC
gi|13 : tttacataaatacaaattatattgtcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcgctacctAGCAGTCCGATGACCCAAACTACGTCAAGAAT-TTG--TACA-ATATTTA-CCGGTAAAATTTACATG-------------AACTT--------------CAGTTCAA--AAGAGTGATATATAGATGTGAATGATAAATGAGTGAAAAAAATATAGATGAAGTTCA-CCCAAGTGC-C--CAC--TGGGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATTTGGCCAATTAAATGTCATGC-A-AACATTTGA---CGTTGACATAATCAGACT
gi|14 : A----CAA-TTTTTATTCATGTACT----CAAATGTTGAAAAGATTATAAAATTCCATGTATTTTT-TT-AACACACCTC---ATA-
gi|15 : tttgcaggaataAGAGGAAATATTACTTTTTATGGCAATT----TAG-TTCTTATTCTTGTGTTATATCAAATGTTGAAAACACTACGAAAGT
gi|16 : aaatTGTTATGTCTGCCCGAATCAGTCTTTTGACGTCAA-GCCATCAGGTAT-TTG--CACA-ATGTTTAG
gi|17 : cAATATTA-TTTTCACGGCAATA----TGA-TATTTATTCTTGTGCTATATTTAATGTTAACAACAT
gi|18 : TGAATTCCAGCTTCAAATGCATCACATCATTGTACTGTTCAAGGAAGAATGGTATAAA
gi|2 : t-GATTTGACAGACTAAACATCA-AC-A-AATACTTGACGTTGTTGACGTCATCAGACTGCTCCA----GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNCGATTA----------------------ATGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTACTAAATTAAATGTCGAAAATATTACGAAAGTCCATGTG-TTTT-TT-AACACACCTCATAATA-T-TATATAAATAT
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatCTGGAGCAGTCTGATGACGTCAACAACGTCAAGTAT-TTG--T-TG-ATGTTTAGTCTGTCAAATCTAAATGAACTTCAATTCCAAACTCATTGTACCATTGCAAAATTCAAGTAAAATTGATATAGAGATGTGTGTGATAAATGGGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCCCAGGAGC-C--CGG--TGGGAACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTGGATAGTTAAATATCATGC-A-AA-ATTTGACAT-GTTCACATCATCCGAGTGCTtaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|2 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGTTATATgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtcaatataatttttattcttgtgttatat
gi|3 : aatgtagaataaatttttccatatatatatttatataatattatgaggtgtgttaaaaaacacatggactttcgtaatattttcgacatttaatttagtacaagaataaaaattatattgccattaatcgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctggagcagtctgatgacgtcaacaacgtcaagtatttgttgatgtttagtctgtcaaatctaaatgaacttcaattccaaactcattgtaccattgcaaaattcaagtaaaattgatatagagatgtgtgtgataaatgggtgaaaagacatgtatgaagtgcatcccaggagcccggtgggaactttgacaagatgtgatttggatagttaaatatcatgcaaaatttgacatgttcacatcatccgagtgctgaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattaatgtCGGGGCAGTCTCATGACGTCAACGACGTCAAGTAT-TTG--CACA-TTGTTTAGCGTGCCAA-TCTGAATAAACTTCAGTTTCAAACTTATTGCATCATTGCACAATTCAAGGAAGAATGGTATAGAGATTTGTATGATAAATTGGTG-AACAGTCAGATATGAA-TGCATCCC-AGAACGC--AGG--TGGGTACTT---TG-ACAAGATGT-GATTTTACCGGTTAAACGTCATAC-A-AAAACGTGACGTCGTTGACGTCAT-GGACTGCTCCG----G------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGCAATA----GAAGTTTTTATTCTTGTGCT-------------AAAAGATTACAAAATCCCACGTATTCTT-TT-AACACA
gi|4 : gcgaacttttgttatattttcaaaaggaatacaaattatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGTAATGGCTACCCGGAGCAGTCTTATGACATCAACGATGTCAAGTAT-TTG--CACA-ATGTTGAGCTGGTCAAATCTAAATGAACCTCAATTTCAAACTCATTGTATCATTGCACAATTCAAGGAAGAGCAATATAGAGATGTGTATGATAAATAGGTG-AAAGGACATGTATGTATTGCATCCCGGGAGC-C--CAG--TTGGTACTT---TG-GCGAGAAGT-GTTTTACATAGTTGAATGTCATGC-A-AAAATTTTACGT-GTTGACGGAATCGGGCTGCTTTG----GTTAACCATACCATGCATATTTAATTTCTAGGGCTGTTGCCACAAAACCGTAACAAAATATAGAT-ATGAAATCTGGCAATTGCAAAGGGAAAATATTACTTTTTACGGCAATA----TAA-TTTTTATTCTTGTGCTATATCAAATGTTGAAAATATTGCAAAAGTCCATGTCTTTTT-TT-AACACA-CTT---GTA-C-TAGATTAATATAAttacgtgaaggttacacaattgtgatata
gi|5 : GGCAATA----TAA-TTTTTATTC---------ATTAAATGTTGAAAATATTACAAAAGAACGCTTA--TTT-TT-AACACACCTC---GTA-TATACATAAc
gi|5 : ataaaaaaatcactcaaCCGGAGCTGTCTGATGATCTCATCGACGCCAAGTAT-TTA--CACA-GTGTTTA-CCAGTCAAACATATATGAACTTCAGTTT-AAACTCATTGCATCATTGCACAGCTCAAGGAAGATTTATATAGAGATGTGCATGATAAATGAGTG-AAACAATATATATGAAGTGCAT-TCGAGAGT-C--CAG--TGTGTACTT---GG-ACAAGATGT-GATATGG-CAGTTAAATGTCATGC-G-AATATTTGAC-T--TTGACGAAATCGAACTGATCCG----nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccggagctgtctgatgatctcatcgacgccaagtatttacacagtgtttaccagtcaaacatatatgaacttcagtttaaactcattgcatcattgcacagctcaaggaagatttatatagagatgtgcatgataaatgagtgaaacaatatatatgaagtgcattcgagagtccagtgtgtacttggacaagatgtgatatggcagttaaatgtcatgcgaatatttgactttgacgaaatcgaactgatccg
gi|6 : ataaaaaaatcactcaattatgtatatacgaggtgtgttaaaaataagcgttcttttgtaatattttcaacatttaatgaataaaaattatattgccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTATGGCAATA----TAA-CTTTAATTCATGTGCTGTACTAAATGTTGAAAATGTTACAATAG
gi|7 : CAGGAGA-C--AGG--TGGGTACCT---TG-ACAGGGTGT-AATTGGGAGCGTTGAACGACCTGCTACAAGA--TGACGTTGTTGACATCATCGAGCTGTTCCA----Gggttggcaaaatctggtaaaaacttaattatccatgaacaagtggaattttaatttttacttgtccatagatgaaaaatctagttgtttgacaattcatttaaaacaaaaaatgattaagaactttttacttctgacttacagcattcactttaaacataaaaactgaccactggtttataaaatgagtcgttctctcatgatttcttatctttcttattttaaactgaaccttaaattttcacttgtttgatttgaaaaattaagacacggaaaactgggacaatgtcgccactcctgcacatattgatagttc
gi|7 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaaGGCTATG----TAA-ATTTCATTCATGTGCTATATTCAATGTTG--AATATTAGAAAAGTCCACGTTTTTTTGTTGAACGCATCTC---GAA-C-T-GATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggctatgtaaatttcattcatgtgctatattcaatgttgaatattagaaaagtccacgtttttttgttgaacgcatctcgaactgataggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : cagacaagaatggtatccgtcgaaaggctggtaatttggctacatttagtcaatatgattattgatagtattaaacaggagacaggtgggtaccttgacagggtgtaattgggagcgttgaacgacctgctacaagatgacgttgttgacatcatcgagctgttccagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnC-A-AATACTTGCGGTCATTGACGTCATCAGACTACTCCGGGTTGTTAA----TACATGCAT-TT---TTTCTAGCACTGTTGCTATGTAACAGTAT-TCAATACAGggtgttgcttcaaattgatata
gi|8 : ataTGTATTAACAACCCGGAGTAGTCTGATGACGT------------------------CA-ATG----ACCG--CAAGT--ATTTGAAC--CAGTCTTAA--------C-TCATTACACAGTTCAAGTAAGAGTAATATAGAGATGTGGATGATAAATGAGTC-AAAAGATTTCTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-C--CAG--TGGTTACTT---TG-ACAAGAGGT-GATTTGGCTGGTTAAGTGTCATAA-A-AAAATTGGACATCATTGTCGTCATCAGACAGCTCCC----ATTAACCATTACATGCA----TAGTTTCTAGCGCTGTTGCTGCGTAACTGTAT-TTAATATAGATACTAAAATTTGCCAATTACaaccagtcttaactcattacacagttcaagtaagagtaatatagagatgtggatgataaatgagtcaaaagatttctatgaagtgcatccaagagcccagtggttactttgacaagaggtgatttggctggttaagtgtcataaaaaaattggacatcattgtcgtcatcagacagctcccattaaccattacatgcatagtttctagcgctgttgctgcgtaactgtatttaatatagatactaaaatttgccaattac
gi|9 : atactgtattgaatactgttacatagcaacagtgctagaaaaaatgcaTCTACGA-GTTAAGGATGTTGAACACACATGT-------G--AAATCTACATGAACTTCAGTTTCAAACTAATTACATAATTGCACAATGCAAGGATGAGTGATATAGAGATA-------------GGTG-AAAAGACATGTATGAAGTGCATCC-AAGAGC-CTGCGGACTATATACT-----G-ACAAGATGT-GATTTGACCAGTTAAAAGTTTTGC-A-A-------------TTGACG----CGGACTGCTCCA----GGTAACCATTACATGCATAT----TTTCTAGAGCTGTTCCTACATAACAGTAT-TCAATATAGGT-CTGAAATTT