lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222 1 3333333 2222222 11111 11111 1111111 22222 111 444444444444444444444 11 11 222 11111 1
lowQualScore : 5 4 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6 8 1111111 3 3 0000000 6666666 77777 1 33333 6666 3 2 444 4444444 33 00000 111 2 5 111111111111111111111 2 2 00 33 77 6 999 2 55555 44 5 4 6
lowQualScore : . . . ........................................................................... . . ....... . . ....... ....... ..... . ..... .... . . ... ....... .. ..... ... . . ..................... . . .. .. .. . ... . ..... .. . . .
lowQualScore : 3 0 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 3 7777777 5 5 8888888 0000000 88888 1 33333 1111 6 9 777 5555555 99 99999 333 2 7 222222222222222222222 9 9 55 22 88 3 555 4 22222 88 6 5 0
consensus : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGNCNGATNNTTNCATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNANCGCGTTATATCGACATTCGAGAAAGAG-AAATTG-------CATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATNG---T----GATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAAAAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTA-AA------A----TTT-------C-TG-AAAATCATTTACGTTTAACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTN--AA-AATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Reference ( gi|1 ) : TGTAATTAATGTT-CATAACAATTCAGCGAAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATTCGAGAAAGAG-AATTTG-------CATATACTACATTTAC------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATCA---T----GATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAGAAT-GTACAGGTATCGTCCCTGATTTCTA-AA------A----TGA-------C-TG-AAAATCATTTACGCTTAACATGGGAACAGCCATGATGT--TTTTTGTCATT--AA-AATAATAAATGTGTGACAATCGAA
gi|2 : TGTTATTAATGTTTCATGA-AATTCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTTATATCGACACTCGAGAAAGGG-AAATTA-------CATATTATATACTTAT------CAATCACATC-------GTGCTGT----TTCCTAGGCGTGGATTCGGCCATCT---T----GAACGTCCT-ATAT---T---G---TATTTAAATAAAA-AAT-GTCCCGTTATCGTCCACGACTTCTA-AA------A----TTT-------C-TG-AAAATCATTT---------ATGGGCGCAGCCATGATG---TTTTCGTCA-T--AA-AATTATTAACTCGTGATAATTGAA
gi|4 : TATAATTAATATT-CGTAACAATTCAGCTAAT-c
gi|3 : TGTAATTAATATT-CATTGCAATTCAGCAAAT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttgattaggccatagtgatcgtcctttgttgtattaataaaaaatgtcccggaatcgtccccgatttctaaaatttctgaaagtcatttacgtttcacatgggcgcagccattatgttttcgtcgtaaaaattataaacgtgtgataatcacacat
gi|6 : TGTAATTAATATT-CATAACAATCCAGCCAAT-------------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGACATTCGAGAAATAG-AAATTG-------CATATAAAGCACTTATCAATCACAATCACATA-------GTGATGT----TTcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattgattccgctatagtgatcgtcctatcttgtatgaataaaaaatgtcccggtatcgtccccgatttctaaaatttctgaaaatcatttacattttatgggtgcagtcttaatgttttttgtcataaaaataacgcatgataatcgcaca
gi|10 : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGTCAAT-tttatatagataaaaactgtaccggtatcgtccccgatttataaaatttctgaaaattatttacgtttatgatgggcacagccgtgaagatttcgttgaaaaattataaatgtgtgataatccat
gi|18 : TGTAATTAATATT-CCTAACAATTCAGCCAAT-cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccatcatcagtgatcttcctatgtttgtgtataaataaaaaaagtcccattatcgtcccagatttctataatttctataatatgaaaatcatttacatttaacatgggcgcagccaaaatgtaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|5 : GTAATTAATATT-CATAAC---------AAT-TCAGCCAATCAGATTAATCGTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGAAACACTT------GACATTCATGAAAGAG-AATTTG-------CATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGTTG-----TTCCTTGGTGTGGTTTCGGCCATCG---T----GATTGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAGAA--GTACAAGTATTGTCCCCGATTTCGA-AA------A----TTT-------C-TG-AAGAGCATTTACGTTTA-----------------------TTTTCGTCA-T--AA-AA-AATAAACGCGCGATAATCcaga
gi|13 : GTAATTAATTTT-CATAAAAATTCAGCCAAT-cacat
gi|12 : TAACTAATATC-CATAACAATTAAGCCAAT--------------CAGATATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATTCGAGAAAGAG-ACATTA-------CATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTTCTGAGTGTGGAGTCGGCCGTCG---T----GATCAACCT-ATGT---T---G---TA--TAGAT-AAATAAT-GTACCGGTATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaattcgtgatcgtcatatgttatataaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|8 : AATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-
gi|9 : gaGACATTCGAGAAAGAG-AAATTG-------CATATAATACACTTAG------CAATCACATACATTATAATGCTGTCTGTTTCTTGGGTGTGGATTCGGCCACCG---T----GATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAA-AAT-GTACCGGTACTGTCCCCAATTTCCA-AA------A----TTT-------T-TG-AAAATCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggcattgaatcagccataatgatcttcctcatgttggtgtataaataaaaaaaaagttctggtatcatccctgatttcttaactttgtatatataaaaaacatttacattcagcatgacagttataattgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|13 : acaattcagacaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGACATTCGAGAAAGAGAAATTCGTGATCGTCATATGTTATATcacactatatatatatata
gi|7 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccTGGGCGTTGATTCAGCCTTTGAAGT----GATCTTCTT-ATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAA---GTCCCTGTATCGTTCCTGATTTTTATAA------A----TT--------C-TG-AAAATCATTTACATTTAACACGGGCGCAACCGTAATG---TTTTCGTCGTA--AT-AATTATAAACATGTGATAATCGaaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|11 : ttattacttttcgtaacaattcagcaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTAGGTGTTGATTCGGTCA-AG---T----GATCTTCAT-ATGT---TG--G---TG--TATATAAAA-----GTTCCGGTAAAG-CTATGAT--------------A----T---------C-TG-AAAACCATTTACATTTAACATTGGCACAGCCATAATG---TTTTCGTCGTA--AC-AATTATCAACGCGAGGTAATCGcaaatgattt
gi|15 : aattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTGGGCGTTAATTCAGCCAAAG---T----GATCTTCCT-ATGT---T---G---cacatgatatta
gi|8 : atgtaattataagtcataacaatgcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGGCATTGAATCAGCCATAA---T----GATCTTCCTCATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAAAAAGTTCTGGTATCATCCCTGATTTCTT-AACTTTGTA----TAT-------A-TA-AAAAACATTTACATTCAGCATG---ACAGTTATAATgt
gi|14 : gaaattaatattcataacaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcTGGATTCGGCCATAG---T----GATCTTCGT-GTGTTGGT---G---TA--CAAATAAAAAAAA-GT-CGGGAATCGTCCCAGATTCCTA-AA------AGTTGTGATTCTTTTT-TG-CAAGT-ATTTAAAA--AACATGGGCACAGCCATTATGGAATTTTTGGC-TT--AACAATTATAAACATGTGATAATCtgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|4 : aGATTAGGCCATAG---T----GATCGTCCT-TTGT---T---G---TA--TTAATAAAA-AAT-GTCCCGGAATCGTCCCCGATTTCTA-AA------A----TTT-------C-TG-AAAGTCATTTACGTTTCACATGGGCGCAGCCATTATG---TTTTCGTCGTA--AA-AATTATAAACGTGTGATAATCacacat
gi|3 : tataattaatattcgtaacaattcagctaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttGATTCCGCTATAG---T----GATCGTCCT-ATCT---T---G---TA--TGAATAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTA-AA------A----TTT-------C-TG-AAAATCATTTACATTT--TATGGGTGCAGTCTTAATGT--TTTTTGTCATA--AA-AAT----AACGCATGATAATCGacacat
gi|16 : tgtaattaatattcattgcaattcagcaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattTTCGGCCATAG---T----GATCTTCCT-ATGT---T---AGTTTA--TAA--AAAGAAATAGTCCCGGCATCGTCCCTGATTACTA-TA------A----TTT-------C-AG-AAA-------------AGCATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTTGTA--GC-AATTATAATCGCGTGATAATCGcaca
gi|10 : GGCCATCA---TCAGTGATCTTCCT-ATGT---TTGTG---TA--TAAATAAAAAAA--GTCCCATTATCGTCCCAGATTTCTATAATTTCT-A----TAA-------TATG-AAAATCATTTACATTTAACATGGGCGCAGCCAAAATGT--cacatga
gi|13 : tgtaattaatattcataacaattcagtcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCG---T----GATCGTCAT-ATGT---T---A---TA--TAAATAAAAGA-T-GTCCAAGTATCGTCGCCGATTTCTT-AA------A----TTT-------C-TGGAAAATCATTTACGTTTTACATGGGaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|6 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaatT---T---A---TA--TAGATAAAA-ACT-GTACCGGTATCGTCCCCGATTTATA-AA------A----TTT-------C-TG-AAAATTATTTACGTTTATGATGGGCACAGCCGTGAAGA--TT----TCGTTGAAA-AATTATAAATGTGTGATAATCc
gi|17 : tgtaattaatattcataacaatccagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacattcgagaaatagaaattgcatataaagcacttatcaatcacaatcacatagtgatgttttAAAAAAAT--TCTAG-TATCAACCCTGATTTCTA-TA------A----TTT-------T-TG-AAAATCGTTTACATTTAACATGGGCTCTGCAA--ATG---TTTTTGTCGTT--AC-AATGACAAACGTGTGATAATCGcat
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111 55555555555555555 111111 2222222 1111 111 111111 1111111 111
lowQualScore : 3 0 55555555555555555 22 1 44444444444444444 999999 1111111 4444 66666 444 1 2 444 666 333 33 1 111111 3 0 777777 1111111 77777 777777 0 222 4 3 2
lowQualScore : . . ................. .. . ................. ...... ....... .... ..... ... . . ... ... ... .. . ...... . . ...... ....... ..... ...... . ... . . .
lowQualScore : 3 3 44444444444444444 00 0 11111111111111111 222222 7777777 2222 33333 444 0 5 444 999 111 77 7 888888 9 3 777777 3333333 66666 888888 3 555 2 3 2
consensus : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGACNGATNNTTNCATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TCGACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Reference ( family-73 ) : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGNCNGATNNTTNCATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNANCGCGTTATATCGACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTNAAAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
gi|1 : TGTAATTAATGTT-CATAACAATTCAGCGAAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATTCGAGAAAGAGAATTTGCATATACTACATTTAC------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATC----A---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AAT-GTACAGGTATCGTCCCTGATTTCTAAAATG------ACT-------GAAAATCATTTAC----GCTT----AACATGGGAACAGCCATGATGT--TTTTTGTCATTAAAATAATAAATGTGTGACAATCGAA
gi|10 : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGTCAAT-
gi|10 : GGCCATCATCAG---TGATCTTCCT-ATGT---TTGTG---TA--TAAATAAAAA-AA--GTCCCATTATCGTCCCAGATTTCTATAATT------TCTATAATATGAAAATCATTTAC----ATTT----AACATGGGCGCAGCCAAAATG---TAATCG-CGTAATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccatcatcagtgatcttcctatgtttgtgtataaataaaaaaagtcccattatcgtcccagatttctataatttctataatatgaaaatcatttacatttaacatgggcgcagccaaaatgtaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|11 : tgtaattaatattcataacaattcagtcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGTGTTGATTCGGTCA-A----G---TGATCTTCAT-ATGT---TG--G---TG--TATATAAAA------GTTCCGGTAAAG----------CTATGATA------TCT-------GAAAACCATTTAC----ATTT----AACATTGGCACAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAACAATTATCAACGCGAGGTAATCGcgctcatgatattg
gi|12 : aattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACTAATATC-CATAACAATTAAGCCAAT--------------CAGATATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGACATTCGAGAAAGAGACATTACATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTTCTGAGTGTGGAGTCGGCCGTC----G---TGATCAACCT-ATGT---T---G---TA--TAGAT-AAAT-AAT-GTACCGGTATcacatgatatta
gi|13 : GTAATTAATTTT-CATAA------A---AAT-TCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATCTC-------CGACATTCGAGAAAGAGAAATT
gi|13 : TC----G---TGATCGTCAT-ATGT---T---A---TA--TAAATAAAAG-A-T-GTCCAAGTATCGTCGCCGATTTCTTAAATT------TCTG------GAAAATCATTTAC----GTTT----TACATGGGCcgtgatcgtcatatgttatataaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|14 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaatTGGATTCGGCCATA----G---TGATCTTCGT-GTGTTGGT---G---TA--CAAATAAAAA-AAA-GT-CGGGAATCGTCCCAGATTCCTAAAAGT------TGT-------GATTCTTTTTTGCAAGTATTTAAAAAACATGGGCACAGCCATTATGGAATTTTTGGCTTAACAATTATAAACATGTGATAATC
gi|15 : aTGTAATTATAAGT-CATAACAATGCAGCCAAT-acacat
gi|15 : aTGGGCGTTAATTCAGCCAAA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---G---cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggcgttaattcagccaaagtgatcttcctatgttggt
gi|16 : atgtaattataagtcataacaatgcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCGGCCATA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---AGTTTA--TAAA--AAGA-AATAGTCCCGGCATCGTCCCTGATTACTATAATT------TCA-------GAAA---------------------AGCATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTTGTAGCAATTATAATCGCGTGATAATCGgt
gi|17 : ACAAAAA-AA--ATTCTAGTATCAACCCTGATTTCTATAATT------TTT-------GAAAATCGTTTAC----ATTT----AACATGGGCTCTG-CA-AATG---TTTTTGTCGTTACAATGACAAACGTGTGATAATCGcacatga
gi|18 : TGTAATTAATATT-CCTAACAATTCAGCCAA--TCAGcacatg
gi|2 : TGTTATTAATGTTTCATGA-AATTCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTTATATCGACACTCGAGAAAGGGAAATTACATATTATATACTTAT------CAATCACATC-------GTGCTGT----TTCCTAGGCGTGGATTCGGCCATC----T---TGAACGTCCT-ATAT---T---G---TATTTAAAT-AAAA-AAT-GTCCCGTTATCGTCCACGACTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTT-----------------ATGGGCGCAGCCATGATG---TTTTCGTCAT-AAAATTATTAACTCGTGATAATTGAAa
gi|3 : TGTAATTAATATT-CATTGCAATTCAGCAAAT-c
gi|3 : GATTCCGCTATA----G---TGATCGTCCT-ATCT---T---G---TA--TGAATAAAA--AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT------TATGGGTGCAGTCTTAATGT--TTTTTGTCATAAAAAT----AACGCATGATAATCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattgattccgctatagtgatcgtcctatcttgtatgaataaaaaatgtcccggtatcgtccccgatttctaaaatttctgaaaatcatttacattttatgggtgcagtcttaatgttttttgtcataaaaataacgcatgataatcgcaca
gi|4 : tgtaattaatattcattgcaattcagcaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattTATAATTAATATT-CGTAACAATTCAGCTAAT-caca
gi|4 : GATTAGGCCATA----G---TGATCGTCCT-TTGT---T---G---TA--TTAATAAAA--AAT-GTCCCGGAATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAGTCATTTAC----GTTT----CACATGGGCGCAGCCATTATG---TTTTCGTCGTAAAAATTATAAACGTGTGATAATCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttgattaggccatagtgatcgtcctttgttgtattaataaaaaatgtcccggaatcgtccccgatttctaaaatttctgaaagtcatttacgtttcacatgggcgcagccattatgttttcgtcgtaaaaattataaacgtgtgataatcacacat
gi|5 : tataattaatattcgtaacaattcagctaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttGTAATTAATATT-CATAACAAT----------TCAGCCAATCAGATTAATCGTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGAAACAC------TTGACATTCATGAAAGAGAATTTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGTTG-----TTCCTTGGTGTGGTTTCGGCCATC----G---TGATTGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AA--GTACAAGTATTGTCCCCGATTTCGAAAATT------TCT-------GAAGAGCATTTAC----GTTT----A-----------------------TTTTCGTCATAAAAA--ATAAACGCGCGATAATCacacat
gi|6 : TGTAATTAATATT-CATAACAATCCAGCCAAT----------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT---GACATTCGAGAAATAGAAATTGCATATAAAGCACTTATCAATCACAATCACATA-------GTGATGT----TTcacat
gi|6 : CATA----G---TGATGTT-----TTT---T---A---TA--TAGATAAAAA-C-T-GTACCGGTATCGTCCCCGATTTATAAAATT------TCT-------GAAAATTATTTAC----GTTT----ATGATGGGCACAGCCGTGAAG---ATTTCGTTG-AAAAATTATAAATGTGTGATAATCtttatatagataaaaactgtaccggtatcgtccccgatttataaaatttctgaaaattatttacgtttatgatgggcacagccgtgaagatttcgttgaaaaattataaatgtgtgataatccat
gi|7 : tgtaattaatattcataacaatccagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacattcgagaaatagaaattgcatataaagcacttatcaatcacaatcaTGGGCGTTGATTCAGCCTTT----GAAGTGATCTTCTT-ATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAA-A---GTCCCTGTATCGTTCCTGATTTTTATAAAT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT----AACACGGGCGCAACCGTAATG---TTTTCGTCGTAATAATTATAAACATGTGATAATCGcat
gi|8 : ttattacttttcgtaacaattcagcaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-caaatgattt
gi|8 : gaGGCATTGAATCAGCCATA----A---TGATCTTCCTCATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAAAAA-GTTCTGGTATCATCCCTGATTTCTTAACTTTGTATATAT-------AAAAAACATTTAC----ATTC----AGCATG---ACAGTTATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggcattgaatcagccataatgatcttcctcatgttggtgtataaataaaaaaaaagttctggtatcatccctgatttcttaactttgtatatataaaaaacatttacattcagcatgacagttataattgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|9 : gaaattaatattcataacaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCAAT-TCAGACAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAG------CAATCACATACATTATAATGCTGTCTGTTTCTTGGGTGTGGATTCGGCCACC----G---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAAT-AAAA-AAT-GTACCGGTACTGTCCCCAATTTCCAAAATT------TTT-------GAAAATCtgcaagataatcgcacatgataatgg
Alignments
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 2222222 1111 111 111111 1111111 111
lowQualScore : 3 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 999999 1111111 4444 66666 444 1 2 444 666 333 33 1 111111 3 0 777777 1111111 77777 777777 0 222 4 2
lowQualScore : . ............................................................................. ...... ....... .... ..... ... . . ... ... ... .. . ...... . . ...... ....... ..... ...... . ... . .
lowQualScore : 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222 7777777 2222 33333 444 0 5 444 999 111 77 7 888888 9 3 777777 3333333 66666 888888 3 555 2 2
consensus : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGATNAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Reference ( family-73 ) : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGACNGATNNTTNCATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
gi|1 : TGTAATTAATGTT-CATAACAATTCAGCGAAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNGACATTCGAGAAAGAGAATTTGCATATACTACATTTAC------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATC----A---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AAT-GTACAGGTATCGTCCCTGATTTCTAAAATG------ACT-------GAAAATCATTTAC----GCTT----AACATGGGAACAGCCATGATGT--TTTTTGTCATTAAAATAATAAATGTGTGACAATCGAA
gi|10 : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGTCAAT-
gi|10 : GGCCATCATCAG---TGATCTTCCT-ATGT---TTGTG---TA--TAAATAAAAA-AA--GTCCCATTATCGTCCCAGATTTCTATAATT------TCTATAATATGAAAATCATTTAC----ATTT----AACATGGGCGCAGCCAAAATG---TAATCG-CGTAATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccatcatcagtgatcttcctatgtttgtgtataaataaaaaaagtcccattatcgtcccagatttctataatttctataatatgaaaatcatttacatttaacatgggcgcagccaaaatgtaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|11 : tgtaattaatattcataacaattcagtcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGTGTTGATTCGGTCA-A----G---TGATCTTCAT-ATGT---TG--G---TG--TATATAAAA------GTTCCGGTAAAG----------CTATGATA------TCT-------GAAAACCATTTAC----ATTT----AACATTGGCACAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAACAATTATCAACGCGAGGTAATCGcgctcatgatattg
gi|12 : aattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACTAATATC-CATAACAATT------A----AGCCAATCAGATA---TTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-GACATTCGAGAAAGAGACATTACATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTTCTGAGTGTGGAGTCGGCCGTC----G---TGATCAACCT-ATGT---T---G---TA--TAGAT-AAAT-AAT-GTACCGGTATcacatgatatta
gi|13 : GTAATTAATTTT-CATAAAAATTCAGCCAAT--------------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTC-------C-GACATTCGAGAAAGAGAAATT
gi|13 : TC----G---TGATCGTCAT-ATGT---T---A---TA--TAAATAAAAG-A-T-GTCCAAGTATCGTCGCCGATTTCTTAAATT------TCTG------GAAAATCATTTAC----GTTT----TACATGGGCcgtgatcgtcatatgttatataaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|14 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaatTGGATTCGGCCATA----G---TGATCTTCGT-GTGTTGGT---G---TA--CAAATAAAAA-AAA-GT-CGGGAATCGTCCCAGATTCCTAAAAGT------TGT-------GATTCTTTTTTGCAAGTATTTAAAAAACATGGGCACAGCCATTATGGAATTTTTGGCTTAACAATTATAAACATGTGATAATC
gi|15 : aTGTAATTATAAGT-CATAACAATGCAGCCAAT-acacat
gi|15 : aTGGGCGTTAATTCAGCCAAA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---G---cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggcgttaattcagccaaagtgatcttcctatgttggt
gi|16 : atgtaattataagtcataacaatgcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCGGCCATA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---AGTTTA--TAAA--AAGA-AATAGTCCCGGCATCGTCCCTGATTACTATAATT------TCA-------GAAA---------------------AGCATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTTGTAGCAATTATAATCGCGTGATAATCGgt
gi|17 : ACAAAAA-AA--ATTCTAGTATCAACCCTGATTTCTATAATT------TTT-------GAAAATCGTTTAC----ATTT----AACATGGGCTCTG-CA-AATG---TTTTTGTCGTTACAATGACAAACGTGTGATAATCGcacatga
gi|18 : TGTAATTAATATT-CCTAACAATTCAGCCAA--TCAGcacatg
gi|2 : TGTTATTAATGTTTCATGA-AATTCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTTATATC-GACACTCGAGAAAGGGAAATTACATATTATATACTTAT------CAATCACATC-------GTGCTGT----TTCCTAGGCGTGGATTCGGCCATC----T---TGAACGTCCT-ATAT---T---G---TATTTAAAT-AAAA-AAT-GTCCCGTTATCGTCCACGACTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTT-----------------ATGGGCGCAGCCATGATG---TTTTCGTCATAA-AATTATTAACTCGTGATAATTGAAa
gi|3 : TGTAATTAATATT-CATTGCAATTCAGCAAAT-c
gi|3 : GATTCCGCTATA----G---TGATCGTCCT-ATCT---T---G---TA--TGAATAAAA--AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT------TATGGGTGCAGTCTTAATGT--TTTTTGTCATAAAAAT----AACGCATGATAATCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattgattccgctatagtgatcgtcctatcttgtatgaataaaaaatgtcccggtatcgtccccgatttctaaaatttctgaaaatcatttacattttatgggtgcagtcttaatgttttttgtcataaaaataacgcatgataatcgcaca
gi|4 : tgtaattaatattcattgcaattcagcaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattTATAATTAATATT-CGTAACAATTCAGCTAAT-caca
gi|4 : GATTAGGCCATA----G---TGATCGTCCT-TTGT---T---G---TA--TTAATAAAA--AAT-GTCCCGGAATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAGTCATTTAC----GTTT----CACATGGGCGCAGCCATTATG---TTTTCGTCGTAAAAATTATAAACGTGTGATAATCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttgattaggccatagtgatcgtcctttgttgtattaataaaaaatgtcccggaatcgtccccgatttctaaaatttctgaaagtcatttacgtttcacatgggcgcagccattatgttttcgtcgtaaaaattataaacgtgtgataatcacacat
gi|5 : tataattaatattcgtaacaattcagctaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttGTAATTAATATT-CATAACAAT----------TCAGCCAATCAGATTAATCGTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGAAACAC------TT-GACATTCATGAAAGAGAATTTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGTTG-----TTCCTTGGTGTGGTTTCGGCCATC----G---TGATTGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AA--GTACAAGTATTGTCCCCGATTTCGAAAATT------TCT-------GAAGAGCATTTAC----GTTT----A-----------------------TTTTCGTCATAAAAA--ATAAACGCGCGATAATCacacat
gi|6 : TGTAATTAATATT-CATAACAATCCAGCCAAT----------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----GACATTCGAGAAATAGAAATTGCATATAAAGCACTTATCAATCACAATCACATA-------GTGATGT----TTcacat
gi|6 : CATA----G---TGATGTT-----TTT---T---A---TA--TAGATAAAAA-C-T-GTACCGGTATCGTCCCCGATTTATAAAATT------TCT-------GAAAATTATTTAC----GTTT----ATGATGGGCACAGCCGTGAAG---ATTTCGTTG-AAAAATTATAAATGTGTGATAATCtttatatagataaaaactgtaccggtatcgtccccgatttataaaatttctgaaaattatttacgtttatgatgggcacagccgtgaagatttcgttgaaaaattataaatgtgtgataatccat
gi|7 : tgtaattaatattcataacaatccagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacattcgagaaatagaaattgcatataaagcacttatcaatcacaatcaTGGGCGTTGATTCAGCCTTT----GAAGTGATCTTCTT-ATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAA-A---GTCCCTGTATCGTTCCTGATTTTTATAAAT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT----AACACGGGCGCAACCGTAATG---TTTTCGTCGTAATAATTATAAACATGTGATAATCGcat
gi|8 : ttattacttttcgtaacaattcagcaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-caaatgattt
gi|8 : gaGGCATTGAATCAGCCATA----A---TGATCTTCCTCATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAAAAA-GTTCTGGTATCATCCCTGATTTCTTAACTTTGTATATAT-------AAAAAACATTTAC----ATTC----AGCATG---ACAGTTATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggcattgaatcagccataatgatcttcctcatgttggtgtataaataaaaaaaaagttctggtatcatccctgatttcttaactttgtatatataaaaaacatttacattcagcatgacagttataattgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|9 : gaaattaatattcataacaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCAAT-TCAGACAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAG------CAATCACATACATTATAATGCTGTCTGTTTCTTGGGTGTGGATTCGGCCACC----G---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAAT-AAAA-AAT-GTACCGGTACTGTCCCCAATTTCCAAAATT------TTT-------GAAAATCtgcaagataatcgcacatgataatgg
Alignments
lowQualScore : 111111 555555555555555555 111111 2222222 1111 111 111111 1111111 111
lowQualScore : 3 0 0 444 0 000000 666666666666666666 999999 1111111 4444 66666 444 1 2 444 666 333 33 1 111111 3 0 777777 1111111 77777 777777 0 222 4 2
lowQualScore : . . . ... . ...... .................. ...... ....... .... ..... ... . . ... ... ... .. . ...... . . ...... ....... ..... ...... . ... . .
lowQualScore : 3 3 8 888 3 444444 333333333333333333 222222 7777777 2222 33333 444 0 5 444 999 111 77 7 888888 9 3 777777 3333333 66666 888888 3 555 2 2
consensus : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Reference ( family-73 ) : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGATNAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
gi|1 : TGTAATTAATGTT-CATAACAATTCAGCGAAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNGACATTCGAGAAAGAGAATTTGCATATACTACATTTAC------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATC----A---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AAT-GTACAGGTATCGTCCCTGATTTCTAAAATG------ACT-------GAAAATCATTTAC----GCTT----AACATGGGAACAGCCATGATGT--TTTTTGTCATTAAAATAATAAATGTGTGACAATCGAA
gi|10 : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGTCAAT-
gi|10 : GGCCATCATCAG---TGATCTTCCT-ATGT---TTGTG---TA--TAAATAAAAA-AA--GTCCCATTATCGTCCCAGATTTCTATAATT------TCTATAATATGAAAATCATTTAC----ATTT----AACATGGGCGCAGCCAAAATG---TAATCG-CGTAATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccatcatcagtgatcttcctatgtttgtgtataaataaaaaaagtcccattatcgtcccagatttctataatttctataatatgaaaatcatttacatttaacatgggcgcagccaaaatgtaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|11 : tgtaattaatattcataacaattcagtcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGTGTTGATTCGGTCA-A----G---TGATCTTCAT-ATGT---TG--G---TG--TATATAAAA------GTTCCGGTAAAG----------CTATGATA------TCT-------GAAAACCATTTAC----ATTT----AACATTGGCACAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAACAATTATCAACGCGAGGTAATCGcgctcatgatattg
gi|12 : aattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACTAATATC-CATAACAATT------A----AGCCAATCAGAT--AT-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-GACATTCGAGAAAGAGACATTACATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTTCTGAGTGTGGAGTCGGCCGTC----G---TGATCAACCT-ATGT---T---G---TA--TAGAT-AAAT-AAT-GTACCGGTATcacatgatatta
gi|13 : GTAATTAATTTT-CATAA------A---AAT-TCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATCTC-------C-GACATTCGAGAAAGAGAAATT
gi|13 : TC----G---TGATCGTCAT-ATGT---T---A---TA--TAAATAAAAG-A-T-GTCCAAGTATCGTCGCCGATTTCTTAAATT------TCTG------GAAAATCATTTAC----GTTT----TACATGGGCcgtgatcgtcatatgttatataaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|14 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaatTGGATTCGGCCATA----G---TGATCTTCGT-GTGTTGGT---G---TA--CAAATAAAAA-AAA-GT-CGGGAATCGTCCCAGATTCCTAAAAGT------TGT-------GATTCTTTTTTGCAAGTATTTAAAAAACATGGGCACAGCCATTATGGAATTTTTGGCTTAACAATTATAAACATGTGATAATC
gi|15 : aTGTAATTATAAGT-CATAACAATGCAGCCAAT-acacat
gi|15 : aTGGGCGTTAATTCAGCCAAA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---G---cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggcgttaattcagccaaagtgatcttcctatgttggt
gi|16 : atgtaattataagtcataacaatgcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCGGCCATA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---AGTTTA--TAAA--AAGA-AATAGTCCCGGCATCGTCCCTGATTACTATAATT------TCA-------GAAA---------------------AGCATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTTGTAGCAATTATAATCGCGTGATAATCGgt
gi|17 : ACAAAAA-AA--ATTCTAGTATCAACCCTGATTTCTATAATT------TTT-------GAAAATCGTTTAC----ATTT----AACATGGGCTCTG-CA-AATG---TTTTTGTCGTTACAATGACAAACGTGTGATAATCGcacatga
gi|18 : TGTAATTAATATT-CCTAACAATTCAGCCAA--TCAGcacatg
gi|2 : TGTTATTAATGTTTCATGA-AATTCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTTATATC-GACACTCGAGAAAGGGAAATTACATATTATATACTTAT------CAATCACATC-------GTGCTGT----TTCCTAGGCGTGGATTCGGCCATC----T---TGAACGTCCT-ATAT---T---G---TATTTAAAT-AAAA-AAT-GTCCCGTTATCGTCCACGACTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTT-----------------ATGGGCGCAGCCATGATG---TTTTCGTCATAA-AATTATTAACTCGTGATAATTGAAa
gi|3 : TGTAATTAATATT-CATTGCAATTCAGCAAAT-c
gi|3 : GATTCCGCTATA----G---TGATCGTCCT-ATCT---T---G---TA--TGAATAAAA--AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT------TATGGGTGCAGTCTTAATGT--TTTTTGTCATAAAAAT----AACGCATGATAATCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattgattccgctatagtgatcgtcctatcttgtatgaataaaaaatgtcccggtatcgtccccgatttctaaaatttctgaaaatcatttacattttatgggtgcagtcttaatgttttttgtcataaaaataacgcatgataatcgcaca
gi|4 : tgtaattaatattcattgcaattcagcaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattTATAATTAATATT-CGTAACAATTCAGCTAAT-caca
gi|4 : GATTAGGCCATA----G---TGATCGTCCT-TTGT---T---G---TA--TTAATAAAA--AAT-GTCCCGGAATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAGTCATTTAC----GTTT----CACATGGGCGCAGCCATTATG---TTTTCGTCGTAAAAATTATAAACGTGTGATAATCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttgattaggccatagtgatcgtcctttgttgtattaataaaaaatgtcccggaatcgtccccgatttctaaaatttctgaaagtcatttacgtttcacatgggcgcagccattatgttttcgtcgtaaaaattataaacgtgtgataatcacacat
gi|5 : tataattaatattcgtaacaattcagctaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttGTAATTAATATT-CATAACAAT----------TCAGCCAATCAGATTAATCGTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGAAACAC------TT-GACATTCATGAAAGAGAATTTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGTTG-----TTCCTTGGTGTGGTTTCGGCCATC----G---TGATTGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AA--GTACAAGTATTGTCCCCGATTTCGAAAATT------TCT-------GAAGAGCATTTAC----GTTT----A-----------------------TTTTCGTCATAAAAA--ATAAACGCGCGATAATCacacat
gi|6 : TGTAATTAATATT-CATAACAATCCAGCCAAT----------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----GACATTCGAGAAATAGAAATTGCATATAAAGCACTTATCAATCACAATCACATA-------GTGATGT----TTcacat
gi|6 : CATA----G---TGATGTT-----TTT---T---A---TA--TAGATAAAAA-C-T-GTACCGGTATCGTCCCCGATTTATAAAATT------TCT-------GAAAATTATTTAC----GTTT----ATGATGGGCACAGCCGTGAAG---ATTTCGTTG-AAAAATTATAAATGTGTGATAATCtttatatagataaaaactgtaccggtatcgtccccgatttataaaatttctgaaaattatttacgtttatgatgggcacagccgtgaagatttcgttgaaaaattataaatgtgtgataatccat
gi|7 : tgtaattaatattcataacaatccagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacattcgagaaatagaaattgcatataaagcacttatcaatcacaatcaTGGGCGTTGATTCAGCCTTT----GAAGTGATCTTCTT-ATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAA-A---GTCCCTGTATCGTTCCTGATTTTTATAAAT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT----AACACGGGCGCAACCGTAATG---TTTTCGTCGTAATAATTATAAACATGTGATAATCGcat
gi|8 : ttattacttttcgtaacaattcagcaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-caaatgattt
gi|8 : gaGGCATTGAATCAGCCATA----A---TGATCTTCCTCATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAAAAA-GTTCTGGTATCATCCCTGATTTCTTAACTTTGTATATAT-------AAAAAACATTTAC----ATTC----AGCATG---ACAGTTATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggcattgaatcagccataatgatcttcctcatgttggtgtataaataaaaaaaaagttctggtatcatccctgatttcttaactttgtatatataaaaaacatttacattcagcatgacagttataattgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|9 : gaaattaatattcataacaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCAAT-TCAGACAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAG------CAATCACATACATTATAATGCTGTCTGTTTCTTGGGTGTGGATTCGGCCACC----G---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAAT-AAAA-AAT-GTACCGGTACTGTCCCCAATTTCCAAAATT------TTT-------GAAAATCtgcaagataatcgcacatgataatgg
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555 111111 2222222 1111 111 111111 1111111 111
lowQualScore : 3 0 0 444 0 999999 666666666666666666 999999 1111111 4444 66666 444 1 2 444 666 333 33 1 111111 3 0 777777 1111111 77777 777777 0 222 4 2
lowQualScore : . . . ... . ...... .................. ...... ....... .... ..... ... . . ... ... ... .. . ...... . . ...... ....... ..... ...... . ... . .
lowQualScore : 3 3 8 888 3 000000 333333333333333333 222222 7777777 2222 33333 444 0 5 444 999 111 77 7 888888 9 3 777777 3333333 66666 888888 3 555 2 2
consensus : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Reference ( family-73 ) : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
gi|1 : TGTAATTAATGTT-CATAACAATTCAGCGAAT-TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNGACATTCGAGAAAGAGAATTTGCATATACTACATTTAC------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATC----A---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AAT-GTACAGGTATCGTCCCTGATTTCTAAAATG------ACT-------GAAAATCATTTAC----GCTT----AACATGGGAACAGCCATGATGT--TTTTTGTCATTAAAATAATAAATGTGTGACAATCGAA
gi|10 : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGTCAAT-
gi|10 : GGCCATCATCAG---TGATCTTCCT-ATGT---TTGTG---TA--TAAATAAAAA-AA--GTCCCATTATCGTCCCAGATTTCTATAATT------TCTATAATATGAAAATCATTTAC----ATTT----AACATGGGCGCAGCCAAAATG---TAATCG-CGTAATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccatcatcagtgatcttcctatgtttgtgtataaataaaaaaagtcccattatcgtcccagatttctataatttctataatatgaaaatcatttacatttaacatgggcgcagccaaaatgtaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|11 : tgtaattaatattcataacaattcagtcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGTGTTGATTCGGTCA-A----G---TGATCTTCAT-ATGT---TG--G---TG--TATATAAAA------GTTCCGGTAAAG----------CTATGATA------TCT-------GAAAACCATTTAC----ATTT----AACATTGGCACAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAACAATTATCAACGCGAGGTAATCGcgctcatgatattg
gi|12 : aattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACTAATATC-CATAACAATT------A----AGCCAATCAGAT--AT-TTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN-GACATTCGAGAAAGAGACATTACATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTTCTGAGTGTGGAGTCGGCCGTC----G---TGATCAACCT-ATGT---T---G---TA--TAGAT-AAAT-AAT-GTACCGGTATcacatgatatta
gi|13 : GTAATTAATTTT-CATAA------A---AAT-TCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----ATCTC-------C-GACATTCGAGAAAGAGAAATT
gi|13 : TC----G---TGATCGTCAT-ATGT---T---A---TA--TAAATAAAAG-A-T-GTCCAAGTATCGTCGCCGATTTCTTAAATT------TCTG------GAAAATCATTTAC----GTTT----TACATGGGCcgtgatcgtcatatgttatataaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|14 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaatTGGATTCGGCCATA----G---TGATCTTCGT-GTGTTGGT---G---TA--CAAATAAAAA-AAA-GT-CGGGAATCGTCCCAGATTCCTAAAAGT------TGT-------GATTCTTTTTTGCAAGTATTTAAAAAACATGGGCACAGCCATTATGGAATTTTTGGCTTAACAATTATAAACATGTGATAATC
gi|15 : aTGTAATTATAAGT-CATAACAATGCAGCCAAT-acacat
gi|15 : aTGGGCGTTAATTCAGCCAAA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---G---cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggcgttaattcagccaaagtgatcttcctatgttggt
gi|16 : atgtaattataagtcataacaatgcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCGGCCATA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---AGTTTA--TAAA--AAGA-AATAGTCCCGGCATCGTCCCTGATTACTATAATT------TCA-------GAAA---------------------AGCATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTTGTAGCAATTATAATCGCGTGATAATCGgt
gi|17 : ACAAAAA-AA--ATTCTAGTATCAACCCTGATTTCTATAATT------TTT-------GAAAATCGTTTAC----ATTT----AACATGGGCTCTG-CA-AATG---TTTTTGTCGTTACAATGACAAACGTGTGATAATCGcacatga
gi|18 : TGTAATTAATATT-CCTAACAATTCAGCCAA--TCAGcacatg
gi|2 : TGTTATTAATGTTTCATGA-AATTCAGCCAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTTATATC-GACACTCGAGAAAGGGAAATTACATATTATATACTTAT------CAATCACATC-------GTGCTGT----TTCCTAGGCGTGGATTCGGCCATC----T---TGAACGTCCT-ATAT---T---G---TATTTAAAT-AAAA-AAT-GTCCCGTTATCGTCCACGACTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTT-----------------ATGGGCGCAGCCATGATG---TTTTCGTCATAA-AATTATTAACTCGTGATAATTGAAa
gi|3 : TGTAATTAATATT-CATTGCAATTCAGCAAAT-c
gi|3 : GATTCCGCTATA----G---TGATCGTCCT-ATCT---T---G---TA--TGAATAAAA--AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT------TATGGGTGCAGTCTTAATGT--TTTTTGTCATAAAAAT----AACGCATGATAATCGcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattgattccgctatagtgatcgtcctatcttgtatgaataaaaaatgtcccggtatcgtccccgatttctaaaatttctgaaaatcatttacattttatgggtgcagtcttaatgttttttgtcataaaaataacgcatgataatcgcaca
gi|4 : tgtaattaatattcattgcaattcagcaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattTATAATTAATATT-CGTAACAATTCAGCTAAT-caca
gi|4 : GATTAGGCCATA----G---TGATCGTCCT-TTGT---T---G---TA--TTAATAAAA--AAT-GTCCCGGAATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAGTCATTTAC----GTTT----CACATGGGCGCAGCCATTATG---TTTTCGTCGTAAAAATTATAAACGTGTGATAATCcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttgattaggccatagtgatcgtcctttgttgtattaataaaaaatgtcccggaatcgtccccgatttctaaaatttctgaaagtcatttacgtttcacatgggcgcagccattatgttttcgtcgtaaaaattataaacgtgtgataatcacacat
gi|5 : tataattaatattcgtaacaattcagctaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttGTAATTAATATT-CATAACAAT----------TCAGCCAATCAGATTAATCGTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGAAACAC------TT-GACATTCATGAAAGAGAATTTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGTTG-----TTCCTTGGTGTGGTTTCGGCCATC----G---TGATTGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AA--GTACAAGTATTGTCCCCGATTTCGAAAATT------TCT-------GAAGAGCATTTAC----GTTT----A-----------------------TTTTCGTCATAAAAA--ATAAACGCGCGATAATCacacat
gi|6 : TGTAATTAATATT-CATAACAATCCAGCCAAT----------CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----GACATTCGAGAAATAGAAATTGCATATAAAGCACTTATCAATCACAATCACATA-------GTGATGT----TTcacat
gi|6 : CATA----G---TGATGTT-----TTT---T---A---TA--TAGATAAAAA-C-T-GTACCGGTATCGTCCCCGATTTATAAAATT------TCT-------GAAAATTATTTAC----GTTT----ATGATGGGCACAGCCGTGAAG---ATTTCGTTG-AAAAATTATAAATGTGTGATAATCtttatatagataaaaactgtaccggtatcgtccccgatttataaaatttctgaaaattatttacgtttatgatgggcacagccgtgaagatttcgttgaaaaattataaatgtgtgataatccat
gi|7 : tgtaattaatattcataacaatccagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacattcgagaaatagaaattgcatataaagcacttatcaatcacaatcaTGGGCGTTGATTCAGCCTTT----GAAGTGATCTTCTT-ATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAA-A---GTCCCTGTATCGTTCCTGATTTTTATAAAT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT----AACACGGGCGCAACCGTAATG---TTTTCGTCGTAATAATTATAAACATGTGATAATCGcat
gi|8 : ttattacttttcgtaacaattcagcaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-caaatgattt
gi|8 : gaGGCATTGAATCAGCCATA----A---TGATCTTCCTCATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAAAAA-GTTCTGGTATCATCCCTGATTTCTTAACTTTGTATATAT-------AAAAAACATTTAC----ATTC----AGCATG---ACAGTTATAATcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggcattgaatcagccataatgatcttcctcatgttggtgtataaataaaaaaaaagttctggtatcatccctgatttcttaactttgtatatataaaaaacatttacattcagcatgacagttataattgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|9 : gaaattaatattcataacaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCAAT-TCAGACAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAG------CAATCACATACATTATAATGCTGTCTGTTTCTTGGGTGTGGATTCGGCCACC----G---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAAT-AAAA-AAT-GTACCGGTACTGTCCCCAATTTCCAAAATT------TTT-------GAAAATCtgcaagataatcgcacatgataatgg
blockSeqs : T TCN NNNNNN NNNTATGGTGTTATATC CAATCA CATTATA CTGT CATCA AAG T C TGG TGT GTT TT A AAATA C TGTATA ATAATAT AAGTA AAAAAA GAA T T
blockSeqs : . TT NNNNNN NNNNNNNNNNNNNNNN . . . A . T . . G GTG . A AAAAA T . G A AA T C T
blockSeqs : . TT TAATCG NNNNNNNNNNNNNT . . . C . A . . . GTG . A TAAT A . . A AA . C T
blockSeqs : . T NNNNNN NNNNNNNNNNNNNN . . . C . G . . . . . A AAAA C . . G TA . C G
blockSeqs : . T NNNNNN CAGAAACACTT . . . A . T . . . . . A AAAT C . . A AG . C T
blockSeqs : . T ATT ATCTCC A . T . . . . . A AAAT T . . A AA . A T
blockSeqs : . . A . T . . . . . A AAA C . . G CA . A T
blockSeqs : . C . G . . . . . A GAT C . . G AT . A T
blockSeqs : . A . G . . . . . A AAA C . . G AA . A .
blockSeqs : . A . G . . . . . A AAT A . . A AG . T .
blockSeqs : . C . G . . . . . A AAT A . . A A . .
blockSeqs : A . T . . . . . . GAA C . . . .
blockSeqs : T . T . . . . . . ACT T . . . .
blockSeqs : A . T . . . . . . AA A . .
blockSeqs : C . G . . . . . . .
blockSeqCons : T** NNNTANCGCGTTAT**** AAAT** ***
originalCons : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT-TCAGCCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAGNATCNCGTTAT-TC-GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
finalCons : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT--CAGCCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGANNNTANCGCGTTAT----GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAAAAT--GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Alignments
lowQualScore : 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 2222222 1111 111 111111 1111111 111
lowQualScore : 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999999 1111111 4444 66666 444 1 2 444 666 333 33 1 111111 3 0 777777 1111111 77777 777777 0 222 4 2
lowQualScore : . ............................................................................... ...... ....... .... ..... ... . . ... ... ... .. . ...... . . ...... ....... ..... ...... . ... . .
lowQualScore : 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222222 7777777 2222 33333 444 0 5 444 999 111 77 7 888888 9 3 777777 3333333 66666 888888 3 555 2 2
consensus : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT----CAGNCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGANNN--TANCGCGTTAT---GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
Reference ( family-73 ) : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT----CAGCCAATCAGATTAATCNTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGANNN--TANCGCGTTAT---GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATN----G---TGATCNTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAA-AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----GTTT----AACATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAANAATTATAAACGCGTGATAATCGAA
gi|1 : TGTAATTAATGTT-CATAACAATTCAGCGAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---GACATTCGAGAAAGAGAATTTGCATATACTACATTTAC------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTCCTGGGCGTGGATTCGGCCATC----A---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AAT-GTACAGGTATCGTCCCTGATTTCTAAAATG------ACT-------GAAAATCATTTAC----GCTT----AACATGGGAACAGCCATGATGT--TTTTTGTCATTAAAATAATAAATGTGTGACAATCGAA
gi|10 : TGTAATTAATATT-CATAACAATTCAGTCAAT----C
gi|10 : GGCCATCATCAG---TGATCTTCCT-ATGT---TTGTG---TA--TAAATAAAAA-AA--GTCCCATTATCGTCCCAGATTTCTATAATT------TCTATAATATGAAAATCATTTAC----ATTT----AACATGGGCGCAGCCAAAATG---TAATCG-CGTAATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggccatcatcagtgatcttcctatgtttgtgtataaataaaaaaagtcccattatcgtcccagatttctataatttctataatatgaaaatcatttacatttaacatgggcgcagccaaaatgtaatcgcgtaataatcgctcatgatattg
gi|11 : tgtaattaatattcataacaattcagtcaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAGGTGTTGATTCGGTCA-A----G---TGATCTTCAT-ATGT---TG--G---TG--TATATAAAA------GTTCCGGTAAAG----------CTATGATA------TCT-------GAAAACCATTTAC----ATTT----AACATTGGCACAGCCATAATG---TTTTCGTCGTAACAATTATCAACGCGAGGTAATCGcgctcatgatattg
gi|12 : aattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTAACTAATATC-CATAACAATTAAGCCAAT----CAG---AT---ATT---TTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---GACATTCGAGAAAGAGACATTACATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGCTGT----TTTCTGAGTGTGGAGTCGGCCGTC----G---TGATCAACCT-ATGT---T---G---TA--TAGAT-AAAT-AAT-GTACCGGTATcacatgatatta
gi|13 : GTAATTAATTTT-CATAAAAATTCAGCCA------------ATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATC--T-CCG----------ACATTCGAGAAAGAGAAATT
gi|13 : TC----G---TGATCGTCAT-ATGT---T---A---TA--TAAATAAAAG-A-T-GTCCAAGTATCGTCGCCGATTTCTTAAATT------TCTG------GAAAATCATTTAC----GTTT----TACATGGGCcgtgatcgtcatatgttatataaataaaagatgtccaagtatcgtcgccgatttcttaaatttctggaaaatcatttacgttttacatgggc
gi|14 : gtaattaattttcataaaaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnatctccgacattcgagaaagagaaatTGGATTCGGCCATA----G---TGATCTTCGT-GTGTTGGT---G---TA--CAAATAAAAA-AAA-GT-CGGGAATCGTCCCAGATTCCTAAAAGT------TGT-------GATTCTTTTTTGCAAGTATTTAAAAAACATGGGCACAGCCATTATGGAATTTTTGGCTTAACAATTATAAACATGTGATAATC
gi|15 : aTGTAATTATAAGT-CATAACAATGCAGCCAAT----Cacacat
gi|15 : aTGGGCGTTAATTCAGCCAAA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---G---nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgggcgttaattcagccaaagtgatcttcctatgttggt
gi|16 : atgtaattataagtcataacaatgcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTCGGCCATA----G---TGATCTTCCT-ATGT---T---AGTTTA--TAAA--AAGA-AATAGTCCCGGCATCGTCCCTGATTACTATAATT------TCA-------GAAA---------------------AGCATGGGCGCAGCCATAATG---TTTTCGTTGTAGCAATTATAATCGCGTGATAATCGgt
gi|17 : ACAAAAA-AA--ATTCTAGTATCAACCCTGATTTCTATAATT------TTT-------GAAAATCGTTTAC----ATTT----AACATGGGCTCTG-CA-AATG---TTTTTGTCGTTACAATGACAAACGTGTGATAATCGcacatga
gi|18 : TGTAATTAATATT-CCTAACAATTCAGCCAAT----CAGcacatg
gi|2 : TGTTATTAATGTTTCATGA-AATTCAGCCAAT----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATGGTGTTATATCGACACTCGAGAAAGGGAAATTACATATTATATACTTAT------CAATCACATC-------GTGCTGT----TTCCTAGGCGTGGATTCGGCCATC----T---TGAACGTCCT-ATAT---T---G---TATTTAAAT-AAAA-AAT-GTCCCGTTATCGTCCACGACTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTT-----------------ATGGGCGCAGCCATGATG---TTTTCGTCATAA-AATTATTAACTCGTGATAATTGAAa
gi|3 : TGTAATTAATATT-CATTGCAATTCAGCAAAT----Cc
gi|3 : GATTCCGCTATA----G---TGATCGTCCT-ATCT---T---G---TA--TGAATAAAA--AAT-GTCCCGGTATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT------TATGGGTGCAGTCTTAATGT--TTTTTGTCATAAAAAT----AACGCATGATAATCGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattgattccgctatagtgatcgtcctatcttgtatgaataaaaaatgtcccggtatcgtccccgatttctaaaatttctgaaaatcatttacattttatgggtgcagtcttaatgttttttgtcataaaaataacgcatgataatcgcaca
gi|4 : tgtaattaatattcattgcaattcagcaaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttttcagtaagtttaatatcgagagttttaaaccggaacaaattTATAATTAATATT-CGTAACAATTCAGCTAAT----Ccaca
gi|4 : GATTAGGCCATA----G---TGATCGTCCT-TTGT---T---G---TA--TTAATAAAA--AAT-GTCCCGGAATCGTCCCCGATTTCTAAAATT------TCT-------GAAAGTCATTTAC----GTTT----CACATGGGCGCAGCCATTATG---TTTTCGTCGTAAAAATTATAAACGTGTGATAATCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttgattaggccatagtgatcgtcctttgttgtattaataaaaaatgtcccggaatcgtccccgatttctaaaatttctgaaagtcatttacgtttcacatgggcgcagccattatgttttcgtcgtaaaaattataaacgtgtgataatcacacat
gi|5 : tataattaatattcgtaacaattcagctaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaggttttgagtacgtttaaaattgagagttttaaacaacttGTAATTAATATT-CATAACAATTCAG------------CCAATCAGATTAATCGTTACATTTGTTTTTCGTTGAAATTTACACGACGTCGACAG--AAACAC-T--T---GACATTCATGAAAGAGAATTTGCATATAATACACTTAT------CAATCACATA-------GTGTTG-----TTCCTTGGTGTGGTTTCGGCCATC----G---TGATTGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAATAAAAG-AA--GTACAAGTATTGTCCCCGATTTCGAAAATT------TCT-------GAAGAGCATTTAC----GTTT----A-----------------------TTTTCGTCATAAAAA--ATAAACGCGCGATAATCacacat
gi|6 : TGTAATTAATATT-CATAACAATCCAGCCAAT----CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN--------T---GACATTCGAGAAATAGAAATTGCATATAAAGCACTTATCAATCACAATCACATA-------GTGATGT----TTcacat
gi|6 : CATA----G---TGATGTT-----TTT---T---A---TA--TAGATAAAAA-C-T-GTACCGGTATCGTCCCCGATTTATAAAATT------TCT-------GAAAATTATTTAC----GTTT----ATGATGGGCACAGCCGTGAAG---ATTTCGTTG-AAAAATTATAAATGTGTGATAATCtttatatagataaaaactgtaccggtatcgtccccgatttataaaatttctgaaaattatttacgtttatgatgggcacagccgtgaagatttcgttgaaaaattataaatgtgtgataatccat
gi|7 : tgtaattaatattcataacaatccagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgacattcgagaaatagaaattgcatataaagcacttatcaatcacaatcaTGGGCGTTGATTCAGCCTTT----GAAGTGATCTTCTT-ATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAA-A---GTCCCTGTATCGTTCCTGATTTTTATAAAT------TCT-------GAAAATCATTTAC----ATTT----AACACGGGCGCAACCGTAATG---TTTTCGTCGTAATAATTATAAACATGTGATAATCGcat
gi|8 : ttattacttttcgtaacaattcagcaaatccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntAATTAATATT-CATAACAATTCAGCCAAT----Ccaaatgattt
gi|8 : gaGGCATTGAATCAGCCATA----A---TGATCTTCCTCATGT---T---GGTGTA--TAAATAAAAAAAAA-GTTCTGGTATCATCCCTGATTTCTTAACTTTGTATATAT-------AAAAAACATTTAC----ATTC----AGCATG---ACAGTTATAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcggcattgaatcagccataatgatcttcctcatgttggtgtataaataaaaaaaaagttctggtatcatccctgatttcttaactttgtatatataaaaaacatttacattcagcatgacagttataattgcaagataatcgcacatgataatgg
gi|9 : gaaattaatattcataacaattcagccaatcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcCAATT---CAGACAATCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNN---GACATTCGAGAAAGAGAAATTGCATATAATACACTTAG------CAATCACATACATTATAATGCTGTCTGTTTCTTGGGTGTGGATTCGGCCACC----G---TGATCGTCCT-ATGT---T---G---TA--TAAAT-AAAA-AAT-GTACCGGTACTGTCCCCAATTTCCAAAATT------TTT-------GAAAATCtgcaagataatcgcacatgataatgg