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lowQualScore                  :                .....    .      .  .     ........         .............  ..      .....      .  ...    ..................     ..     .. . .  .    . .        . .............   ..       
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Reference ( gi|3 )            :  TAAAGGGACACATG--TCCATTTTGATAAACTTTCACTTATA-GC--TATTTCTGAAGAATTA-ATAC-AT--ATCTAC-ATAGTGCAAA-TTTATACAA--AATATATGGAATACCACAGTACTTATGCAGACCTTTAAATG-CATTTTTATTTTCGAATG-GACACTAACTCTGGTAAATATGAATC
gi|8                          :  TAAAGGGGCACCTG--GGCATTTTGATGAATTTTCACTTGAA-AC--TATTTCTGA-----TACGTAC-ATGCATCTAC-ACCATACAAA-
gi|1                          : gTAAAAGGACACAAG--GCAATTT-GATAAA-----ACTTGAG-AC--TAGTTGTGAA-AATGA-A----AT--ATTTATTGTA-TGCAA---TCATATAATTAATATAT-------CTTAGTATGTATGCAGACCATT-AATGTCGTTTTTATTCTGGTACGTGACA--AACATTGGTAAA
gi|7                          : ttAAAGAGACACATG--CCGGTTTTGGTAAAGTG-CACTT-TA-ACACTATTTCTGAA----TA-ATAT-TT--ATCTCC-ATTGTGCAAA-TT----CAA--AAC---TGGAATACCacggttaaacatttccaatcaattataaaaagggtatctatccatttatcagtttttatcggtaagatagaaaagaaacctcaaggaagtgtgtttgtatatttgcaaaactagcatgacacaattagttttataacaactcgaaatgttgaaataatttcttaaatgtgaatttcagatagtaacatgttgaggttaccatgacaatatgatcaaactttcaattatgcaaatataaattaaagttgtgaacacgagtaaaatcgatattgcggcatgtggcatgcggtaattta
gi|13                         :   AAAGGGTCACGTG--GCAATCTTGATGGATTTTCACGTAAACGT--TATTTCTGA
gi|5                          :    AAGGGACGCATGGATGCGTT---ATTACTTTTTAATTAT---T--TCTTTCTGAAAA--TA-ATA--AT--ATCTAC-ATGATGCAAAACTGAAACAA--A---T-TGAAATATCTCAGTATGTATGCCCAACTTTAAATG-t
gi|9                          :    AAGGGATATATG--GCAGTTTTGGTAAATTTCCATTTGCT-GC--TATTTCAGATG-ATTG-A-ACTAC--ATCTGC-ATAATGGAAA-T
gi|10                         :        GACATATG--CCTATTTTGATAATTTTTCACT--TA-GCTTTGTTTCTGAA----CA-TTAC-AT--ATTTAC-A---TGTAGA-TTT
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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lowQualScore                  :                                                    111        4   8  7     1111  99        2 666666666666 77  99        0       00000000000000000                      00 8 0   0 2 88              7 7 3    33   3         
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Reference ( family-684 )      :                                    TAAAGGGACACATGGC--NGTTTTGAT-AAATTTTCACTTGNA-GC--TATTTCTGAA----TA-AT---AC-AT--ATCTACATNATGCAAA--TTNA-ACAAAAC-T-TGGAATACCTCAGTATGTATGCNNANCNTTA-AATGTCGTTTTTATTCTGGTACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
gi|1                          :                                    TAAAAGGACACAAGGC--AATTT-GAT-AAA-----ACTTGAG-AC--TAGTTGTGAA-----A-ATG--AA-AT--ATTTATTGTATGCAA----TCATATAA----T-TAATATATCTTAGTATGTATGCAGACCATTA-A-TGTCGTTTTTATTCTGGTACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
gi|10                         :                                        ttGACATATGCC--TATTTTGAT-AATTTTTCACTT--A-GCTTTGTTTCTGAA----CA-TT---AC-AT--ATTTACATacggttaaacatttccaatcaattataaaaagggtatctatccatttatcagtttttatcggtaagatagaaaagaaacctcaaggaagtgtgtttgtatatttgcaaaactagcatgacacaattagttttataacaactcgaaatgttgaaataatttcttaaatgtgaatttcagatagtaacatgttgaggttaccatgacaatatgatcaaactttcaattatgcaaatataaattaaagttgtgaacacgagtaaaatcgatattgcggcatgtggcatgcggtaattta
gi|13                         :                                   gtAAAGGGTCACGTGGC--AATCTTGAT-GGATTTTCACGTAAACGT--TATTTCTGAgtagattt
gi|14                         :                                    TAAAGGGACACATAGCAATGTTGTAATCAAATTTACTCTTGt
gi|3                          :                                 ggaTAAAGGGACACATGTC--CATTTTGAT-AAACTTTCACTTATA-GC--TATTTCTGAAGAATTA-AT---AC-AT--ATCTACATAGTGCAAA--TTTATACAAAATATATGGAATACCACAGTACTTATGCAGACCTTTA-AATG-CATTTTTATTTTCGAATG-GACACTAAC-TCTGGTAAAg
gi|5                          :                                      AAGGGACGCATGGA--TGCGTT-AT-TACTTTTTAATT--A-TT--TCTTTCTGAAAA--TA-AT---A--AT--ATCTACATGATGCAAAACTGAA-ACAAA---T-TGAAATATCTCAGTATGTATGCCCAACTTTA-AATGtatgaatc
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gi|7                          : attgtatatacatatggtgaaaataatatatcaatcAAAGAGACACATGCC--GGTTTTGGT-AAAGTG-CACTTTAACAC--TATTTCTGAA----TA-AT---AT-TT--ATCTCCATTGTGCAAA--TT----CAAAAC---TGGAATACCc
gi|8                          :                                    TAAAGGGGCACCTGGG--CATTTTGAT-GAATTTTCACTTGAA-AC--TATTTCTG-A----TACGT---AC-ATGCATCTACACCATACAAA--
gi|9                          :                                     gAAGGGATATATGGC--AGTTTTGGT-AAATTTCCATTTGCT-GC--TATTTCAG-A----TG-ATTGAACTAC--ATCTGCATAATGGAAA--T
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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lowQualScore                  :                                                    666        4   8  7     8888  99        2 666666666666 77  99        0       7  222    222222                           0    2 88              0 7 3    33   3         
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Reference ( family-684 )      :                                    TAAAGGGACACATGGC--CGTTTTGAT-AAATTTTCACTTGAA-GC--TATTTCTGAA----TA-AT---AC-AT--ATCTACATNATGCAAA-TTNATACAAAAC-T-TGGAATACCTCAGTATGTATGCAGACCNTTAAATGTCGTTTTTATTCTGGNACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
gi|1                          :                                    TAAAAGGACACAAGGC--AATTT-GAT-AAA-----ACTTGAG-AC--TAGTTGTGAA-----A-ATG--AA-AT--ATTTATTGTATGCAA---TCATATAA----T-TAATATATCTTAGTATGTATGCAGACCATTAA-TGTCGTTTTTATTCTGGTACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
gi|10                         :                                        ttGACATATGCC--TATTTTGAT-AATTTTTCACTT--A-GCTTTGTTTCTGAA----CA-TT---AC-AT--ATTTACATacggttaaacatttccaatcaattataaaaagggtatctatccatttatcagtttttatcggtaagatagaaaagaaacctcaaggaagtgtgtttgtatatttgcaaaactagcatgacacaattagttttataacaactcgaaatgttgaaataatttcttaaatgtgaatttcagatagtaacatgttgaggttaccatgacaatatgatcaaactttcaattatgcaaatataaattaaagttgtgaacacgagtaaaatcgatattgcggcatgtggcatgcggtaattta
gi|13                         :                                   gtAAAGGGTCACGTGGC--AATCTTGAT-GGATTTTCACGTAAACGT--TATTTCTGAgtagattt
gi|14                         :                                    TAAAGGGACACATAGCAATGTTGTAATCAAATTTACTCTTGt
gi|3                          :                                 ggaTAAAGGGACACATGTC--CATTTTGAT-AAACTTTCACTTATA-GC--TATTTCTGAAGAATTA-AT---AC-AT--ATCTACATAGTGCAAA-TTTATACAAAATATATGGAATACCACAGTACTTATGCAGACCTTTAAATG-CATTTTTATTTTCGAATG-GACACTAAC-TCTGGTAAAg
gi|5                          :                                      AAGGGACGCATGGA--TGCGTT-AT-TACTTTTTAATT--A-TT--TCTTTCTGAAAA--TA-AT---A--AT--ATCTACATGATGCAAAACTGAAACAAA---T-TGAAATATCTCAGTATGTATGCCCAACTTTAAATGtatgaatc
gi|6                          :                                                                                                                                                           CAGTATGTATGTAGACAGTATAAT-TCGTTTCTATTCAGGCAAGTGGCA--TACAATTGG
gi|7                          : attgtatatacatatggtgaaaataatatatcaatcAAAGAGACACATGCC--GGTTTTGGT-AAAGTG-CACTTTAACAC--TATTTCTGAA----TA-AT---AT-TT--ATCTCCATTGTGCAAA-TT----CAAAAC---TGGAATACCc
gi|8                          :                                    TAAAGGGGCACCTGGG--CATTTTGAT-GAATTTTCACTTGAA-AC--TATTTCTG-A----TACGT---AC-ATGCATCTACACCATACAAA-
gi|9                          :                                     gAAGGGATATATGGC--AGTTTTGGT-AAATTTCCATTTGCT-GC--TATTTCAG-A----TG-ATTGAACTAC--ATCTGCATAATGGAAA-T
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Alignments
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lowQualScore                  :                                                    666        4   8  7     8888  99        2 666666666666 77  99        0       7  222    222222                           0    2 88              0 7 3    33   3         
consensus                     :                                    TAAAGGGACACATGGC--CGTTTTGAT-AAATTTTCACTTGAA-GC--TATTTCTGAA----TA-AT---AC-AT--ATCTACATNATGCAAA-TTNATACAAAAC-T-TGGAATACCTCAGTATGTATGCAGACCNTTAAATGTCGTTTTTATTCTGGNACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
Reference ( family-684 )      :                                    TAAAGGGACACATGGC--CGTTTTGAT-AAATTTTCACTTGAA-GC--TATTTCTGAA----TA-AT---AC-AT--ATCTACATNATGCAAA-TTNATACAAAAC-T-TGGAATACCTCAGTATGTATGCAGACCNTTAAATGTCGTTTTTATTCTGGNACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
gi|1                          :                                    TAAAAGGACACAAGGC--AATTT-GAT-AAA-----ACTTGAG-AC--TAGTTGTGAA-----A-ATG--AA-AT--ATTTATTGTATGCAA---TCATATAA----T-TAATATATCTTAGTATGTATGCAGACCATTAA-TGTCGTTTTTATTCTGGTACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
gi|10                         :                                        ttGACATATGCC--TATTTTGAT-AATTTTTCACTT--A-GCTTTGTTTCTGAA----CA-TT---AC-AT--ATTTACATacggttaaacatttccaatcaattataaaaagggtatctatccatttatcagtttttatcggtaagatagaaaagaaacctcaaggaagtgtgtttgtatatttgcaaaactagcatgacacaattagttttataacaactcgaaatgttgaaataatttcttaaatgtgaatttcagatagtaacatgttgaggttaccatgacaatatgatcaaactttcaattatgcaaatataaattaaagttgtgaacacgagtaaaatcgatattgcggcatgtggcatgcggtaattta
gi|13                         :                                   gtAAAGGGTCACGTGGC--AATCTTGAT-GGATTTTCACGTAAACGT--TATTTCTGAgtagattt
gi|14                         :                                    TAAAGGGACACATAGCAATGTTGTAATCAAATTTACTCTTGt
gi|3                          :                                 ggaTAAAGGGACACATGTC--CATTTTGAT-AAACTTTCACTTATA-GC--TATTTCTGAAGAATTA-AT---AC-AT--ATCTACATAGTGCAAA-TTTATACAAAATATATGGAATACCACAGTACTTATGCAGACCTTTAAATG-CATTTTTATTTTCGAATG-GACACTAAC-TCTGGTAAAg
gi|5                          :                                      AAGGGACGCATGGA--TGCGTT-AT-TACTTTTTAATT--A-TT--TCTTTCTGAAAA--TA-AT---A--AT--ATCTACATGATGCAAAACTGAAACAAA---T-TGAAATATCTCAGTATGTATGCCCAACTTTAAATGtatgaatc
gi|6                          :                                                                                                                                                           CAGTATGTATGTAGACAGTATAAT-TCGTTTCTATTCAGGCAAGTGGCA--TACAATTGG
gi|7                          : attgtatatacatatggtgaaaataatatatcaatcAAAGAGACACATGCC--GGTTTTGGT-AAAGTG-CACTTTAACAC--TATTTCTGAA----TA-AT---AT-TT--ATCTCCATTGTGCAAA-TT----CAAAAC---TGGAATACCc
gi|8                          :                                    TAAAGGGGCACCTGGG--CATTTTGAT-GAATTTTCACTTGAA-AC--TATTTCTG-A----TACGT---AC-ATGCATCTACACCATACAAA-
gi|9                          :                                     gAAGGGATATATGGC--AGTTTTGGT-AAATTTCCATTTGCT-GC--TATTTCAG-A----TG-ATTGAACTAC--ATCTGCATAATGGAAA-T


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blockSeqs                     :                                                    T          .      T     TAAC  .         A TGATTGA      C   .         G       .  GAA    AAC                              T    A T               C A .    .    .
blockSeqs                     :                                                    A          .      A     ATA   .         A AATAAT       C   .         T       .  .      AT                               G    A                                
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finalCons                     :                                    TAAAGGGACACATGGC--CGTTTTGAT-AAATTTTCACTTGAA-GC--TATTTCTGAA----TA-AT---AC-AT--ATCTACATNATGCAAA-TTNATACAAAAC-T-TGGAATACCTCAGTATGTATGCAGACCNTTAAATGTCGTTTTTATTCTGGNACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|12 ): TTAAGATTGTTTTAAATTGTAAAAATCAGTAACATTGATTTCAACATTGCCACC
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lowQualScore                  :                                                    666        4   8  7     8888  99        2 666666666666 77  99        0       7  222    222222                           0    2 88              0 7 3    33   3         
consensus                     :                                    TAAAGGGACACATGGC--CGTTTTGAT-AAATTTTCACTTGAA-GC--TATTTCTGAA----TA-AT---AC-AT--ATCTACATNATGCAAA-TTNATACAAAAC-T-TGGAATACCTCAGTATGTATGCAGACCNTTAAATGTCGTTTTTATTCTGGNACGTGACA--AAC-ATTGGTAAA
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gi|10                         :                                        ttGACATATGCC--TATTTTGAT-AATTTTTCACTT--A-GCTTTGTTTCTGAA----CA-TT---AC-AT--ATTTACATacggttaaacatttccaatcaattataaaaagggtatctatccatttatcagtttttatcggtaagatagaaaagaaacctcaaggaagtgtgtttgtatatttgcaaaactagcatgacacaattagttttataacaactcgaaatgttgaaataatttcttaaatgtgaatttcagatagtaacatgttgaggttaccatgacaatatgatcaaactttcaattatgcaaatataaattaaagttgtgaacacgagtaaaatcgatattgcggcatgtggcatgcggtaattta
gi|13                         :                                   gtAAAGGGTCACGTGGC--AATCTTGAT-GGATTTTCACGTAAACGT--TATTTCTGAgtagattt
gi|14                         :                                    TAAAGGGACACATAGCAATGTTGTAATCAAATTTACTCTTGt
gi|3                          :                                 ggaTAAAGGGACACATGTC--CATTTTGAT-AAACTTTCACTTATA-GC--TATTTCTGAAGAATTA-AT---AC-AT--ATCTACATAGTGCAAA-TTTATACAAAATATATGGAATACCACAGTACTTATGCAGACCTTTAAATG-CATTTTTATTTTCGAATG-GACACTAAC-TCTGGTAAAg
gi|5                          :                                      AAGGGACGCATGGA--TGCGTT-AT-TACTTTTTAATT--A-TT--TCTTTCTGAAAA--TA-AT---A--AT--ATCTACATGATGCAAAACTGAAACAAA---T-TGAAATATCTCAGTATGTATGCCCAACTTTAAATGtatgaatc
gi|6                          :                                                                                                                                                           CAGTATGTATGTAGACAGTATAAT-TCGTTTCTATTCAGGCAAGTGGCA--TACAATTGG
gi|7                          : attgtatatacatatggtgaaaataatatatcaatcAAAGAGACACATGCC--GGTTTTGGT-AAAGTG-CACTTTAACAC--TATTTCTGAA----TA-AT---AT-TT--ATCTCCATTGTGCAAA-TT----CAAAAC---TGGAATACCc
gi|8                          :                                    TAAAGGGGCACCTGGG--CATTTTGAT-GAATTTTCACTTGAA-AC--TATTTCTG-A----TACGT---AC-ATGCATCTACACCATACAAA-
gi|9                          :                                     gAAGGGATATATGGC--AGTTTTGGT-AAATTTCCATTTGCT-GC--TATTTCAG-A----TG-ATTGAACTAC--ATCTGCATAATGGAAA-T
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|4 ): GCTTTAATAAGAAATTTCAGATAGTAAAACTATTTCCATCGTTACAATTTTATACCTTTATAGGTGTAAAACTGATTTTATATATGTAAACACAAGTAAAAAACAATTTTAATATTGCCGTGTGTCCCTTAAA
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Unaligned ( gi|12 ): TTAAGATTGTTTTAAATTGTAAAAATCAGTAACATTGATTTCAACATTGCCACC
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