lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 88888888 11 1 6666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 222 11111111 11111111111111111 77777777777777777 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 1 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 4444444444444444444444444444444 1 3333333333333333333 2
lowQualScore : 3 3 11111111 2 2 44 6 33 3 33 2222222222222222222222222222222222222222 1 77 66666666 11111111111111 33 333 44444444 33333333 111 33333333 5555555 33333333 888888888 33333333 99999999 4444444 111 99999999999999999 33333333 777777777 11 22 7 0 33333333333333333 7 8 3 1 1 999 66 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 77777 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 99999999999 1 1 99 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 33333 222 1 555555555 55555 444 2222222222222222222222222222222 222 6 1 1 22222 1 5555555555555 1 444 2 555 22 2 2222222222222222222 0 4
lowQualScore : . . ........ . . .. . .. . .. ........................................ . .. ........ .............. .. ... ........ ........ ... ........ ....... ........ ......... ........ ........ ....... ... ................. ........ ......... .. .. . . ................. . . . . . ... .. . ....................................................................................... . ..... ..................................................... . ........... . . .. . .................................................... ..... ... . ......... ..... ... ............................... ... . . . ..... . ............. . ... . ... .. . ................... . .
lowQualScore : 0 0 00000000 4 4 99 6 22 6 11 3333333333333333333333333333333333333333 9 22 00000000 11111111111111 22 555 99999999 77777777 777 55555555 6666666 55555555 111111111 66666666 44444444 0000000 444 11111111111111111 00000000 888888888 22 11 4 6 55555555555555555 9 4 4 0 2 555 55 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 6 88888 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 77777777777 6 4 77 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777 444 3 222222222 00000 333 1111111111111111111111111111111 111 3 1 1 66666 1 8888888888888 0 222 6 222 88 0 8888888888888888888 0 9
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATCCGATNCNAGTAA--AGTACGGTGTCCCGTT-G-GGG-CCATCGCG--GCA--TATTT-----TT--A----AATTAAGTCAAG-G-T----GA----A-GT--C--------GAAA-------C------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACTACGA-----AA---CGATGGTGAAAAGTCGAAACNACGAAA-CTACGATGGTGAA-AAGTCG-AAACA-------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAAAGTCGAAACTACGATGATGAAAAGTCGAAACNA-----C------G------A------AAC-----T------------A-----------GTCGAAA--------CNACGAAACTACGATGGT-GAA-AAGT-C---------------GA------A--A----ACT---A-CG-----ATG---AA-----AAG---TCG-A---------A-----AT--CA-CG----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTNACTT---A--A-T-T-------A--AAAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( gi|1 ) : CAAATACTGACCAGGAGCACTTTTATTTGTCAGGACACATTTAATACAAGTAGTCAGTACGGTGTCCCGTT-G-GGA-CTATCGCG--GAA--TATTT-----TC--A----AATTAATTCAAG-G-T----GA--TTA-GT--C--------GAAA-------A------TA--CGATGGTGGT-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------AA--------TGGTGA------T-AAGT-------CGAA---ACA----------------AC--------GG--------TGG--TGA--AAAGTCGGAACTACGA-----AANNNNNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAA-CTATGATGGTGAT-AAGTCG-AAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGAAACTA-----C------A------A------AAC-----T------------A-----------GTCAAAA--------CTACGAAACTACGATTGT-GAT-AAGT-C---------------AA------A--A----ACT---A-TG-----A-----AA-----AAG---TCG-A---------A-----AT--CAACG----T-------T---------------CG---ACATT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTGACTT---A--A-T-T-----AGA--AAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|12 : ACACATC-GATACC-GTAA--ATTACGGTGTCCAATT-A-GGG-CCATCGCG--GCG--TATTT---------------ATTATTATAAA-A-T----TAAGTTACAT--C--------GAAA-------C------AA--CGA--------AA----------CT--------A---AG--------T-------TA--------A--------AA--------AGGTGA------A-ACAA-------CGAA---ACA----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AATGTCGAAACAACGA-------------TGGTGAAACGTCGAAACTAC---------GATGGTGAT-
gi|8 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgtTCAATCCAA-TA---AGTAAGGTGTCCCGTT-G---------CGCC----A--TATTT-----T----------TTAAT--AAA-G-T----AA----A-GT--CAAAACAACGAAA-------T------TA--CGATGATGAA-AAGT--------CGGTTTAACGA---AA--------T-------AA--------C--------GA--------TGGAAA--------AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAATCTACGA-------------TGTAGAAAAGTCGAAAg
gi|6 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaAATACGGTGTCCTGTT-G-GG--CCATCTCG--GCA--TATTT-----TT--GTTTTAATTAAGTCAA--G-T----AN--NNN-NN--N--------NNNN-------N------NN--NNNNNNNNNN-NNNN--------NN--------N---NN--------N-------NN--------N--------NN--------NNNNNN------N-NNNN-------NNNN---NNN----------------NN--------NN--------TGG--TAA--AAAGGCGAAACTACG-------------GTGGTGAAAAGTCAAAAC-----AA-C---GACGGTGAA-AAGTCG-AAACtgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|10 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaGTACGGTGTCCCGTTGG-GGG-CCATCCCG--GCA--TATTTA----TT--A----GATTAA-------G-T----AA----A-GT--C--------GAAA-------tatgacggtggaatttcgaaatcatttcgacttttcaacaacgtagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|21 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgGTACGGTATCCAGTT-G-GGG-CAATAGCG--GCA--TA--------TC--A----AATTGA---AAA-A------------A-GT--C--------GAAA-------aaaagaccttttaaccacacgc
gi|13 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttTACGGTGGCCCGTT-G-GGG-CCATCGCG--GCA--TATTT-----TTT-A----AATGAAGTCCAG-TCT----AA--ATA-A---C--------GAAA-------C------TA--CGATGATAAA-AAGT--------CG--------A---AA--------CAACAAACTA--------C--------AA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAATCGCAAATACGA-----caatgaaacaacgaaaaagtcgacttaaaataataaatt
gi|18 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaTACGGTGTCCCGTT-AAGGG-CCATCGCG--GCA--TATTT---------------ATTAATTTAAG-T-T----AA------GT--C--------GAAACAACAAAA------TAA-CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------tggtgaaaatt
gi|2 : gaaattaTACAGTGTCCCATT-G-GGG-CCATCGCA--GCA--TATTT-----TTTAA----AATTAAGTCagaaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|27 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTACGGTGTCCCGTT-G-TGG-CCATCACG--GCA--TATTT---------------ATTAAATCAAG-gacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|22 : TACGGTGTCCAATC-G-GG--CCATCGCA--GCA--TATTT---------------ATTAAATCAAG-gttta
gi|11 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcgtaaatcACGGTGTTCCGTT-G-GGGGCTATCGCG--GCA--CATTT-----TTT-A----AACTAGGTCAAG-T-C----GA----A-ACAAC--------GAAA-------C------TA--CGATGATGAA-AAGT--------CG--------ATACAA--------CGAAAG--TA--------C--------GA--------AGGTGA------A-AAGT-------CGAA---AGT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACTACGA-----TGGTGAAAGTTCGAAAaactta
gi|20 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattactacgatgaaaACGGTGTCCCGTT-G-GGG-CCATCGCG--GCA--AATTTA----TT--A----AATTAAGTTAAG-T-C----GA----A-ACAAC--------TAAA-------C------TA--AGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AACG-------CGAA---ACT----------------AT--------GA--------TGT--TGA--AAAGTCGAAACt
gi|9 : ACGGTGTCCC------------ATCGCG--GCATTTTTTT-----TT--A----AATTAAGTC----------------CA-AT--C--------GAAAC------AACGAACTA--AGACGATGAA-AAGTCGAAACAACG--------A---AA--------C-------AA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TAG--TGA--AAA-TCGAAACTGCG-------------CTGATGGAAAGTCGAAAAGTCGAAA-CTATGATGGTGAA-AAGTCA-AGAa
gi|23 : taataaattattatcaaccaaactacattaccgcattgatgaagattttgaagtgataaaacggaataataACGGTGTCCTGTT-G-GGGGCCATCGCG--GCA--TATTT---------------ATTATTGTAAG---C----AA----A-GT--C--------GAAA-------C------TA--CGATGGTGATAAAGT--------Ctgat
gi|4 : CGGTGTCCTGTT-G-GGG-CCTTCGCC--GCA--TATTT--------------ATTTAATT--AA-G-T----AA----A-GT--C--------GAAA-------gg
gi|3 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaGTT-G-AAA-CTATTATGAAGAA---ATTT-----TG--A----AAC-AA--CAAC-G-TT---GA--AAA-GT--C--------GAAA-------C------TA--CGATGATGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------AA--------CGATGA------A-AAGT-------TAAA---ACT----------------AC--------GA--------TGA--TGA--AAAATCTAAACAACGA-----AAaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|2 : acaatgattatgaaaaatagaaactacgatgttgaacaacgacggtgaaaatttaaactacgatggtaaacaacgacggtgaaaatttgaaacgacgatggtgaaaattcgaaacttagacggtgaaaa-G-GGG-CAATCACG--GCA--TGTTTG----TT--A----AATTAAGTTAAG-T-C----GA----A-ACAAC--------GAAA-------C------TA--CGATGGTAA--AAGT--------CG--------A---AA--------C-------AA--------C--------GAAACAACGATGGTGA------A-AAGC-------CGAA---ACA----------------AC--------GA--------TTG--TAA--AAAGTCGAAACTACGA-------------TAATGAAAGGTCTAAACGACcaaagaaacttcgatgattgaaattcgaaatgatcatttttgtttttttgttcctacatttaacaatcgtagtttcgttgttcagaccttacttaatttaataaatgt
gi|15 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacA--TATTTCACTCTC--A----AATTA--TTAAGCG-TTCCAAA--TAA-GT--C--------ACCA-------A------CAAGCGATGGTGA--AAGT--------CG--------A---AA--------C-------CA--------C--------GA--------TGATGA--------AGGT-------CGAA---ACC----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AA-GTCGAAACTACGA-------------TGATGAAA-GTCGAAAGT-CGAAA-CTACGATGGTGAA-AACGCG-AAtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|19 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttccG-G-T----GA--AAA-GT--C--------GAAA-------C------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------
gi|5 : aactacgatG-G-T----GA--AAA-GT--C--------GAAA-------C------TA--GGATGGTGAA-AAAT--------CA--------A---AT--------C-------TA--------C--------GA--------TGGCGA------A-AAGT-------CGAAACTACA----------------AC--------AG--------TAG--Ttgatacttttcaccaacgttgtttcgttgtttcgactttacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|26 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaG-A-T----GA--ATA-GT--C--------GAAA-------C------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------AA--------C--------GA--------atcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|28 : aactacgatG-G-T----GA--AAA-GT--C--------GAAA-------C------AA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---Aaactacggtt
gi|4 : actatgatA-GT--C--------GAAA-------C------TA--CCATGATGAT-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TT--------C--------GA--------TGTTGA------A-AAGT-------CGAA---ACA----------------AC--------GG--------TGA--TGA--AAAGTCGAAACAACGA-----AACTACGATGGTGAAAAGT---A-----GAAA-CTAAGATGGTGAA-AAGTAG-AAAgtgatt
gi|16 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaA-GG--C--------GAAA-------A------AA--CGATGGTGAA-AAAT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GT--------TGATGA------A-AATT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TAA--AAATTCGAAACTACGA-----TGATGAAAAGGTGAAAatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacagga--C--------GAAA-------C------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------T-------TA--------T--------Aca
gi|17 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtga--C--------GAAT-------C------TA--CGATGGTGAA-AAAT--------CG--------A---AA--------C-------TACGATACTCC--------GA--------TGGTGA------T-Actgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|24 : aaatgaagtcgaaacaa--------GAAA-------C------TA--CGATGATGAA-AACG--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA--------AAGTCGAAAGACGAA---ACC----------------AC--------GA--------TGG--TG---AAAGTCGtaatttcgacttttcaccatcgtagtttcgctgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|19 : AA-------C------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---Aac
gi|8 : AA-------C------TA--CGATGGAGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------TA--------TGGTGA------A-AATT-------CGAA---Atgatacttttcaccaacgttgtttcgttgtttcgactttacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|26 : AA-------C------TA--CGATGATGAA-TAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACA----------------AC--------Gtgatttcgacttttctacatcgtagattcgacttttcaccatcgtagtttcgactttttccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|5 : ------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------G--------GA--------TGGTGA------A-AAAT-------CAAA---TCT----------------AC--------GA--------TGG--CGA--AAAGTCGAAACTACAA-----aaactacggtt
gi|10 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaactactg------TA--CGATGGTGAA-AAGT--------TG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TCGTGA------A-AAAT-------CAAA---Agatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|28 : t------TA--TGATGGTGAA-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------AA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---tgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|3 : acA--TGATTATGAA-AAAT--------AG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGTTGA--------------------------ACA----------------AC--------GA--------CGG--TGA--AAATTTA-AACTACGATGGTAAACAACGACGGTGAAAATTTGAAACGACGA---------TGGTGAA-AATTCG-AAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAAAGTCGAAACTACGATGATGAAAAGTCGAAACTA-----C--------------------AAC-----G------------A------------TGAAAA--------GT-TAAAACTACGATGAT-GAA-AAAT-CTAAACAACGAAACAAAG------A--A----ACTTCGA-TG-----ATT---GA-----AAT---TCG-A---------A-----AT--GATCA----T-------TTTTGTTTTTTTGTTCCT---ACATT-TA-ACAAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTCA---GACCTTACTT---A--A-T-T-----gtgatt
gi|25 : acaA--CGATGGTAA--AAATA-------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGATGAAAACACG-AAATCA-----CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAtaataaatgt
gi|5 : c--CGACNNNNNN-NNNN--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ATA----------------TC--------GA--------TAG--TGA--AAAGTCGGAACTACGA-------------TGGTGAAAAGCCGAAACAATAAAA-CAACGAcgcgatg
gi|17 : -AAGT--------CA--------A---AA--------C-------AA--------C--------GA------------AA------C-AG---------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAATTAaactactgttgtagtttcgacttttcgccatcgtagatttgatttttcaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|17 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgata-AAGT--------CG--------A---AACAACGAATC-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAAT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------Tttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|16 : aaatg-AAGG--------CG--------A---AA--------A-------AA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAAT-------CGAA---ACT----------------AC--------GT--------TGA--TGA--AAATTCGAAACTACGA-------------TGGTAAAAATTCGAAACTAC---------GATGATGAA-AAGGTG-AAACAactccgatggtgatataatttcgacttttcaccatcgtagtttcgctgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|23 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacagg-AAGT--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------TAAAGT-------C
gi|7 : -AAGT--------TG--------A---AA--------C-------TA--------TGATACAATAA--------TGGTGA------A-AGGC-------CGAA---ACG----------------AT--------GA--------TGG--TGA--ATACTCACAACTACGA-----AAtgcttacaataataaatatgccgcgatggcccccaacaggacaccgtgg
gi|5 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtatt--------CA--------A---AT--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACT----------------AG--------GA--------TGG--TGA--AAAATCAAATCTACGA-------------TGGCGAAAAGTCGAAACTACAAtaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|17 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaactactg--------CG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---Attgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|7 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgatataa--------CA--------A---AA--------C-------TA--------T--------GG--------TGGTGA------A-AAGT-------TGAA---ACA----------------AT--------GA--------CGG--TAA--AAAGctgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|24 : ttaaagagtcaaatctaG--------A---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGATGA------A-AACG-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TG---AAAGTCGAAA-GACGA-----AACCACGATGGTG-AAAGTCGcaattgtatttttcgtagttgtgagtattcaccatcatcgtttcggcctttcaccattattgtatcatagtttcaactttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|11 : --------A---AA--------C-------TA----------------------------GGT--------C-AAGT-------CGAA---ACAACGAAACT--------AC--------GA--------TGA--TGA--AAAGTCGATACAACGA-----AAGTACGAAGGTGAAAAGTCGAAAGTAC---------GATGGTGAA-AAGTCG-AAACac
gi|19 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattactacgatgaaaacggtgttccgttgggggctatcgcggcacatttttt---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAAtacgatggtgaaagttcgaaat
gi|8 : ---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGGAGA------A-AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------TA--------TGG--TGA--AAATTCGAAAtgatacttttcaccaacgttgtttcgttgtttcgactttacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|26 : ---AA--------C-------TA--------C--------GA--------TGATGA------A-TAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACAACGA-----AAtgatttcgacttttctacatcgtagattcgacttttcaccatcgtagtttcgactttttccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|28 : A--------C-------TA--------T--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------CGAA---ACA----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAActacggtt
gi|10 : -------TA--------C--------GA--------TGGTGA------A-AAGT-------TGAA---ACT----------------AC--------GA--------TCG--TGA--AAAATCAAAATGANNN-----NNNNNNNNgtgatt
gi|13 : tA------T-AA---------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGA--TAA--AAAGTCGAAACAAC-A-----AACTACAATGGTGAAAAGTCGAAACTAC---------GATGGTGAA-AAATCGCAAATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|20 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacatacggtggcccgttggggccatcgcggcatattttttaaatgaagtccagtctaa------T-AAGT-------CGAA---ACA----------------ACTAAACTAAGA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACTACGA-------------TGGTGAAAA--CG------CGAAA-CTATGATGTTGAA-AAGTCG-AAACAcgatggtgaaaatt
gi|8 : acggtgtcccgttggggccatcgcggcaaatttattaaattaagt-AAGT-------CAAA---ACAACGAAATT--------AC--------GA--------TGA--TGA--AAAGTCGGTTTAACGA-----AATAACGATGGA-AAAAGTCGAAACTAC---------GATGGTGAA-AAGTCG-AA
gi|5 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgatttcgacttttctacatcgtaga-AAGT-------CGAA---ACAAAGAAACAACAAATCTAC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACTAGGA-------------TGGTGAAAAATC---------AAATCTACGATGGCGAA-AAGTCG-AAACtactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|17 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaactactgttgta-AAGT-------CGAA---ACA----------------AC--------GAATCTACGATGG--TGA--AAAATCGAAACTACGA-----TACTCCGATGGTGAttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|23 : aaatg-AAGT-------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGAT-AAAGTCtataatttcgacttttcaccatcgtagtttcgctgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|5 : -------CGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCG--------A-----AATATCGATAGTGAAAAGTCGGAACTACGA---------TGGTGAA-AAGCCG-AAACAtgcttacaataataaatatgccgcgatggcccccaacaggacaccgtgg
gi|7 : cgacnnnnnnnnnn-------CAAA---ACT----------------AT--------GG--------TGG--TGA--AAAGTTGAAACAATGA-----ataaaacaacgaaactactgttgtagtttcgacttttcgccatcgtagatttgatttttcaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|24 : ttaaagagtcaaatctaGAA---ACT----------------AC--------GA--------TGA--TGA--AAACGCGAAACTACGA-------------TGGTGAAA-GTCGAAAG-ACGAAA-CCACGATGGTGA--AAGTCG-Acggtaaaaagcaattgtatttttcgtagttgtgagtattcaccatcatcgtttcggcctttcaccattattgtatcatagtttcaactttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|18 : AA---ATA----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAAc
gi|19 : gaaattaA---ACT----------------AC--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACTACGA-------------TGGTGAAAAGTCGAAAtgttgtttcgacttaacttaaattaataaatatgccgcgatggcccttaacgggacaccgtaagaaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|8 : A---ACT----------------AC--------GA--------TGG--AGA--AAAGTCGAAACTAC-------------TATGGTGAAAATTCGAAAtgatacttttcaccaacgttgtttcgttgtttcgactttacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|26 : A---ACT----------------AC--------GA--------TGA--TGA--ATAGTCGAAACTACGA-------------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAA-CTACGGTtgatttcgacttttctacatcgtagattcgacttttcaccatcgtagtttcgactttttccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|28 : ---ACT----------------AT--------GA--------TGG--TGA--AAAGTCGAAACAACGA-------------TGGTGAAAAGTCGAAt
gi|19 : A----------------AC--------GG--------TGAATTAAGTAAAGTCGAAACAACGA-----AACAACGTTGGTGAAAAGTgtgatt
gi|25 : aactacgatggtgaaaagtcgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatgat----------------AC--------GA--------TGG--TAA--AAA--------TACGA-----AACTACGATGATGAAAACACGAAATCACGAAA-CTACGATGGTGAA-AAaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|7 : c--AAAGTTGAAACTATGA-----TACAATAATGGTGAAAGGCCG--------AAA-CGATGATGGTGAcgcgatg
gi|18 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtatttttcgtagttgtgagtatAAGTCGAAACAACAA-----AATAACGATGGTGAAAAGTCGAAAaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|17 : gaaattaAAGTCGAAACAACGA-----ATCTACGATGGTGAAAAATCGAAACTACGATA-CTCCGATGGTGAT-Aaacttaaattaataaatatgccgcgatggcccttaacgggacaccgtaagaaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : aaatgAACTACGA-------------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGA---------TGGTGAA-AAGTCG-AAAtaatttcgacttttcaccatcgtagtttcgctgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|28 : GAAAAGTCGAAAC-----AA-C---GATGGTGAA-AAGTCG-AAtgatacttttcaccaacgttgtttcgttgtttcgactttacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|7 : actatgatggtAAGAGTCAAATCTACAAAA-CTATGGTGGTGAA-AAGTTG-AAACAgtgatt
gi|29 : ttaAAAAGTCGAAACAACAAAA-CTACAATGGTGAA-AAatgacggtaaaaagcaattgtatttttcgtagttgtgagtattcaccatcatcgtttcggcctttcaccattattgtatcatagtttcaactttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|19 : AAAGTCGAAACAACGAAA-CAACGTTGGTGAA-AAGTaaattaaaat
gi|7 : aactacgatggtgaaaagtcgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatgatAAAGTTGAAACTATGATA-CAATAATGGTGAA-AGGCCG-AAACacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|18 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtatttttcgtagttgtgagtattcaccatcatcAAGTCGAAACAACAAAA-TAACGATGGTGAA-AAGTCG-AAATAaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|17 : gaaatAAGTCGAAACAACGAAT-CTACGATGGTGAA-AAATCG-AAACaacttaaattaataaatatgccgcgatggcccttaacgggacaccgtaagaaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|6 : aaatgGTCGAAACAATGAAA-CTACGTTGTTGAA-AAGTCG-AAAtacgatactccgatggtgatataatttcgacttttcaccatcgtagtttcgctgtttcgttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|17 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaCGAAACAGCGAAA-CTACGATGGTGAA-AAGTCG-AAAggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|23 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgatataaCGAAA-CTACGATGGTGATAAAGTCttgttttgacttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|26 : CGAAA-CTACGATGGTGAA-AAGTCG-AAACAactttgcttacaataataaatatgccgcgatggcccccaacaggacaccgtgg
gi|8 : aactacgatgatgaatagtAA-CTACGATGGAGAA-AAGTCG-AAACacgaaactacggtt
gi|28 : A-CTATGATGGTGAA-AAGTCG-AAACAtactatggtgaaaattcgaaatgatttcgacttttctacatcgtagattcgacttttcaccatcgtagtttcgactttttccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|4 : GTCGAAACAA-----C------GGTGATGA------AA-------------------A-----------GTCGAAA--------CAACGAAACTACGATGGT-GAA-AAGT-----------------AG------A--A----ACT---A-AG-----ATGGTGAA-----AAG---TAG-A---------A-----Aacgatggtgaaaagtcgaagtgatt
gi|11 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaaGTCGAAACAA-----C------G------A------AAC-----TACGATGATGAAAA-----------GTCGATA--------CAACGAAAGTACGAAGGT-GAA-AAGT-C---------------GA------A--AGT--ACG---A-TGGT---G-----AA-----AAG---TCG-A---------A-----Aatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|20 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattactacgatgaaaacggtgttccgttgggggctatcgcggcacattttttaaactaggtcaaGTCGAAACAA-----C------T------A------AAC-----T------------AAGATG------GTGAAAA--------GT-CGAAACTACGATGGT-GAA-AACG-C----------------G------A--A----ACT---A-TG-----ATGTTGAA-----AAG---TCG-A---------A-----Actacgatggtgaaagttcgaaat
gi|9 : acggtgtcccgttggggccatcgcggcaaatttattaaattaagttaaGTCGAAACAA-----C------G------A------AACAACGAT------------G-----------GTGAAAA--------GT-CGAAACTACGATAGT-GA--AAAT-C---------------GA------A--ACTGCGCTG--A-TG-----------GA-----AAG---TCG-A---------A-----Aca
gi|15 : taataaattattatcaaccaaactacattaccgcattgatgaagattttgaagtgataaaacggaataataacggtgtcccatcgcggcatttttttttaaattaagtccaatcgaaacaacgaactaagacgatgaaaaGTCGAAACCA-----C------G------A--------------T------------G-----------ATGAAGG--------T--CGAAACCACGATGGT-GA--AAGT-C---------------GA------A--ACT--ACG---A-TG-----AT----GA-----AAG---TCG-A---------A-----Aagtcgaaactatgatggtgaaaagtcaagatgat
gi|2 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttccatatttcactctcaaattattaagcgttccaaataagtcaccaacaagcgatggtgaaaGTCGAAACAA-----C------G------A------AAC-----T------------ACGATGGTAAAAGTCGAAA--------CAACGAAACAACGATGGT-GAA-AAGC-C---------------GA------AACA----ACG---ATTGT----A-----AA-----AAG---TCG-A---------A-----Agtcgaaactacgatggtgaaaacgcgaa
gi|8 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaaGTCGAAACTA-----C------G------A--------------T------------G-----------GTGAAAA--------GT-CGAATCTACGA-TGT--------------------------AG------A--A--------------------------------AAG---TCG-A---------A-----AT--CA--T----T-------T---------------CG---AATTT-TC-ACCAT-----AGTAG-TT-------------TCG-ctacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|5 : aactacgatggagaaaagtGTCGAAA-TAT----C------G------A--------------T------------A-----------GTGAAAA--------GT-CGGAACTACGATGGT-GAA-AAGC-C---------------GA------A--A-----CA---A-TA-----A-----AA-----CAA----CG-A---------A-----AC--TACTG----T-------TGTAGTTT--------CG---ACTTT-TC-GCCAT-----CGTAG-AT-------------TTG-ATTTTTC---tttttccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|26 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaaGTCGAAACTA-----C------G------ATGGTGAAA-------------------A-----------GTCGAAA--------CAACGAAACTACGGTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|7 : aactacgatgatgaataGTTGAAACTATGATAC------A------A------TAA-----T------------G-----------GTGAAAGG-------C--CGAAACGATGATGGT-GAA-TACT-C---------------AC------A--A-----CT---A-CG-----A-----AA-----AAT---ACA-ATTGCTTTTTACC---GT--CATTG----T-------TT--------------CA---ACTTT-TC-ACCAC-----CATAG-TT-------------TTG-TAGATTT---GACT
gi|12 : ttaaagTCGAAACAA-----C------G------A------AAC-----T------------AA----------GTTAAAAAGGTGAAACAACGAAACAACGATGGT-GAA-ATGT-C---------------GA------AACA----ACG---A-TGGT---G-----AA-----ACG---TCG-A---------A-----Atttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|16 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgtacacatcgataccgtaaattacggtgtccaattagggccatcgcggcgtatttattattataaaattaagttacaTCGAAACTA-----C------G---------------T-----T------------G-----------ATGAAAA--------TT-CGAAACTACGATGGT-AAA-AATT-C---------------GA------A--ACT--ACG---A-TG-----ATG---AA-----AAG---GTG-A---------A-----Actacgatggtgatg
gi|13 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacaggaaggcgaaaaaacgatggtgaaaaaCGAAACTA-----CGATGATA------A------AA-------------------A-----------GTCGAAA--------CAAC-AAACTACAATGGT-GAA-AAGT-C----------------G------A--A----ACT---A-CG-----ATGGTGAA-----AAA---TCGCA---------A-----AT--ca
gi|6 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacatacggtggcccgttggggccatcgcggcatattttttaaatgaagtccagtctaaataaCGAAACTA-----C------G------G--------------T------------G-----------GTGAAAA--------GT-CAAAACAACGACGGT-GAA-AAGT-C---------------GA------A--A-----CT---A-TG-----ACGGTGGA-----ATT---TCG-A---------A-----AT--CA--T----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-AACAA-----CGTAG-TT-------------TCA-TTGTTTC---GACacgatggtgaaaatt
gi|5 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggGAAACAA-----C------A------A------ATC-----T------------ACGATG------GTGAAAA--------GT-CGAAACTAGGATGGT-GAA-AAAT-C---------------AA------A--T-----CT---A-CG-----ATGGCGAA-----AAG---TCG-A---------A-----AC--TA-------------------------------CA---ACAGT----AGTTT-----CGTTG-TT-------------TTA-TTGTTTC---GGCTTggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|24 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaGAAACTA-----C------G------A--------------T------------G-----------ATGAAAA--------C-GCGAAACTACGATGGT-GA--AAGT-C---------------GAAAGACGA--A----ACC---A-CG-----ATGGT-GA-----AAG---TCG-A---------tttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|17 : -----C------A------A------AAC-----A------------A-------------CGAAA--------CAGCGAAACTACGATGGT-GAA-AAGT-C---------------GA------A--A-----TT---A-TA-----T-----CA-----CCA---TCG-G---------A-----GT---ATCG----TAGTT---T---------------CG---ATTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-AT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTCATTT---c
gi|10 : -----T------------G-----------GTGAAAA--------GT-TGAAACTACGATCGT-GAA-AAAT-C---------------AA------A--A----acttttggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|19 : ttacga------------A-----------GTCGAAA--------CAACGAAACAACGTTGGT-GA-------------------------------------------------------------A-----AAG---T-------------------AT--CA--T----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-tgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|17 : aactacgatggtgaaaagt------------A-----------GTCGAAA--------CAACGAATCTACGATGGT-GAA-AAAT-C---------------GA------A--A-----CT---A-CG-----A-----TACTCCGATG---GTG-A---------T-----AT---AAT-----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-CTGTTTCGTTGTTTTGACTT--------T-T-----GGA--ttacttaattcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|7 : aaatga------------A-----------GTCAAAT--------CTACAAAACTATGGTGGT-GAA-AAGT-T----------------G------A--A----ACA---A-TGACGGTA-----AA-----AAGCAATTG-T---------A-----TT--TTTCG----TAG-----T---------------TGTGAGTA-T-TC-ACCAT-----CATCG-TT-------------TCG-GCCTTTC---gctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|3 : ttaaag-----------GTCTGAA--------CAACGAAACTACGATTGT---T-AAATGT---------------AG------G--A----AC-------A-----A-----AA-----AAA---CAA-A---------A-----AT--GATCAT---T-------T---------------CG---A-ATT-TCAATCAT-----CGAAG-TT-------------TCT-TTGTTTC---Gaccattattgtatcatagtttcaactttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|6 : acaatgattatgaaaaatagaaactacgatgttgaacaacgacggtgaaaatttaaactacgatggtaaacaacgacggtgaaaatttgaaacgacgatggtgaaaattcgaaacttagacggtgaaaagttgaaactattatgaagaaattttgaaacaacaacgttgaaaagtcgaaactacgatgatgaaaagtcgaaactacaacgatgaaaagttaaaactacgatgatgaaaaatctaaacaa-----------GTCGAAA--------CAATGAAACTACG-TTGTTGAA-AAGT-C---------------GA------A--A------------TG-----A-----T--------T---TCG-A---------A-----ATTCCACCG----TCATAGTTT---------------CG---ACTTT-TC-ACCG---------------------------TCG-TTGTTTT---GACTTcttacttaatttaataaatgt
gi|8 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaAAAA--------GT-CGAAACTACGATGGT-GAA-AAGT-C----------------G------A--A----TCT---A-CG-----ATGTAGAA-----AAG---TCG-A---------A-----AT--CA--T----T-------T---------------CG---AATTT-TC-ACCAT-----AGTAG-TT-------------TCG-ggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|23 : aactacgatggagaaaagtCGAAACTACGATGGT-GATAAAGT-C---------------tccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|19 : AACTACGATGGT-GAA-AAGT-C---------------GA------A--A-----CT---A-CG-----ATGGTGAA-----AAG---TCG-A---------A-----AT--GA---------------T--------------------ACTTT-TC-ACCAA-----CGTTG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTTACTT---A--A-T-T-----actttgcttacaataataaatatgccgcgatggcccccaacaggacaccgtgg
gi|8 : AACTACGATGGA-GAA-AAGT-C---------------GA------A--ACT--ACT---A-TG-----GTG---AA-----AAT---TCG-A---------A-----AT--GA--T----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-TACAT-----CGTAGATTCGACTTTTCACCATCG-TAGTTTC---GACTTcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|26 : AACTACGATGAT-GAA-TAGT-C----------------G------A--A----ACT---A-CG-----ATGGTGAA-----AAG---TCG-A---------A-----A---CAACG----tttccatcgttatttcgttaaaccgacttttcatcatcgtaatttcgttgttttgactttactttattaaaaaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|28 : ACTATGATGGT-GAA-AAGT-C---------------GA------A--ACA--ACG---A-TG-----GTG---AA-----AAG---TCG-A---------A-----GT--aaactacggtt
gi|4 : ---TCA-A---------C-----AT--CGAAG----T-------TT--------------CG---ACTTA-TC-ATCAT-----GGTAG-TT-------------TCGACTTTTTC---Ggatt
gi|16 : agtcgaaacaacgaacaa---TCG-A---------ATTTTCAT--CAACG----TAGTT---T---------------CG---ATTTT-TC-ACCAT-----CGTTT-TT-------------TCG-aaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|18 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacaggaaggG-A---------A-----AT--TA--T----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTTA-TT-------------TTG-TTGTTTC---GACTTAACTTA--A--A-T-T-------A--ATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAGaactacgatggtaaaaattcgaaactacgatgatgaaaaggtgaaaca
gi|28 : ---------A-----AT--CA-C-----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCA---------------------------TCG-TTGTTTC---GACTTaaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|9 : actatgatggtgaa-----AT--CAGCGCAGTT-------T---------------CG---AT-TT-TC-ACTAT-----CGTAG-TT-------------TCG-
gi|15 : taataaattattatcaaccaaactacattaccgcattgatgaagattttgaagtgataaaacggaataataacggtgtcccatcgcggcatttttttttaaattaagtccaatcgaaacaacgaactaagacgatgaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagtT--CGACT----T-------T---------------CG---AC-TT-TC-ATCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-ggaaagtcgaaaagtcgaaactatgatggtgaaaagtcaagatgat
gi|13 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttccatatttcactctcaaattattaagcgttccaaataagtcaccaacaagcgatggtgaaagtcgaaaccacgatgatgaaggtcgaaaccacgatggtgaaagt----T-------T---------------CG---ACTTT-TT-ATCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTATTTA---GACTGGACTT---C--A-T-T------TA--AAAAATATGCCGCGATGG-CCCCAACGGGCCACCGTAaactacgatggtgaaaacgcgaa
gi|4 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgaca----T-------T---------------CT---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTacaacaaactacaatggtgaaaagtcgaaactacgatggtgaaaaatcgcaaatacgatggtgaaaatt
gi|20 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaa----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CTTAG-TT-------------TAG-TTGTTTC---GACTTAACTT---A--A-T-T-----TAA--TAAATT-TGCCGCGATGG-CCCCAACGGGACACCGTactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|9 : ----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ATCGT-----CTTAG-TT--------------CG-TTGTTTC---GATTGGACTT---A--ATT-T-----AAA--AAAAAA-TGCCGCGATGGactacgatggtgaaaacgcgaaactatgatgttgaaaagtcgaaaca
gi|2 : taataaattattatcaaccaaactacattaccgcattgatgaagattttgaagtgataaaacggaataataacggtgtc----T-------T---------------CG---AC-TT-TT-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTAACTT---A--A-T-T-----TAA--CAAACA-TGCCGTGATTGCCCCacaacgaaacaacgatggtgaaaagtcgaaactacgatagtgaaaatcgaaactgcgctgatggaaagtcgaaaagtcgaaactatgatggtgaaaagtcaagatgat
gi|5 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaac----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-AT-------------TTG-TTGTTTCTTTGTTTCGACTTTTGA--A-TCT-----AAA--AAAAGT-TACacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|12 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaactactgttgtagtttcgacttttcgccatcgtagatttgatttttcaccatcctagt----T-------T---------------CG---TTGTT-TC-ACCTTTTTAACTTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GATGTAACTT---A--A-T-TTTATAATA--ATAAATACGCCGCGATGG-CCCTAATTGGACACCGTAAatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|26 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgtacacatcgataccgtaaa----T-------T---------------CG---ACTTT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-acaacgatggtgaaatgtcgaaacaacgatggtgaaacgtcgaaactacgatggtgatg
gi|11 : aactacgatgatgaatagt-------T---------------CG---ACTTT-TC-ATCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTGACCT---A--G-T-T------TA--AAAAATGTGCCGCGATAGCCCCCAACGGAACACCGTacaacgaaactacggtt
gi|21 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattactacgatgaaa-------T---------------CG---ACTTT-T------T-----CGTTG-TT-------------TCA-TTGTTTC---GACTTTTTTC---A--A-T-T-----TGA--TA-----TGCCGCTATTG-CCCCAACTGGATACCGTAtacaacgaaagtacgaaggtgaaaagtcgaaagtacgatggtgaaaagtcgaaactacgatggtgaaagttcgaaat
gi|24 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttg-------T---------------CG---AC-TT-TC-ACCAT-----CGTGG-TT-------------TCG-TC-TTTC---GACTTcttaaaataataaatt
gi|8 : gaaactacgatgatgaaaacgcgaaactacgatggtga---------------CG---ACTTT-TC-ATCAT-----CGTAA-TT-------------TCG-TTGTTTT---GACTTTACTT---T--A-T-T-------A--AAAAAT--------ATGG--CGCAACGGGACACCTTAc
gi|23 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgatttcgacttttctacatcgtagattcgacttttcaccatcgtagtttcgactttttccatcgttatttcgttaaacG---ACTTTATC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG------------ACTTTGCTT---ACAA-T---------A--ATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTcttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|15 : TT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-AC-TTTC---GACTTgg
gi|25 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttccatatttcactctcaaattattaagcgttccaaataagtcaccaacaagcgatggtgaaagtcgaaaccacgatgatgaaggtcgaaaccacgatggtgaaagtcgaaactacgatgatgaTT-TC-ACCAT-----CGTAG-TT-------------TCG-TGATTTC---Gacgcgaa
gi|29 : cacgatggtaaaaatacgaaactacgatgatgaaaacaTT-TC-ACCAT-----TGTAG-TT-------------TTG-TTGTTTC---GACTTacgcgatg
gi|26 : aaAC-----CGTAG-TT-------------TCG-TTGTTTC---GACTTaaaattaaaat
gi|10 : aactacgatgatgaatagtcgaaactacgatggtgaaCG-TTGTTTC---GACTTTACTT---A--A-T-C------TA--ATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAt
gi|4 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TTATTTC---GACTTTACTT---A--A-T-T-----A-A--ATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|6 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACTTGACTT---A--A-T-T-----AAAACAAAAATATGCCGAGATGG--CCCAACAGGACACCGTAtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|27 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaaCTTGATTT---A--A-T--------------AAATATGCCGTGATGGCCAC-AACGGGACACCGTAannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcatttcgacttttcaacaacgtagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|22 : CTTGATTT---A--A-T--------------AAATATGCTGCGATGG--CCCGATTGGACACCGTAgttta
gi|2 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcgtaaatcGACTT---A--A-T-T-----TTA--AAAAATATGCTGCGATGG-CCCCAATGGGACACTGTAaactta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22 111 2222222 22222222222222222222222 4444444444444444444444 11111111 11111111 11111111 5555555555555 444444444444 333333 2222222222 333333333333333333333333 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222222222222 11
lowQualScore : 99 1 000 1111111 55 2 55555555555555555555555 2 777 444 444 3333333333333333333333 2 2 2 33333333 2 88888888 333 22222222 55555555 4444444444444 444 0 11 555 777777777777 0 4 66 000000 2 5 1 2 5 8888888888 66 1 777 555555555555555555555555 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 0000000000000 9999999 2 1 4 5 5 5 66 55 0 6
lowQualScore : .. . ... ....... .. . ....................... . ... ... ... ...................... . . . ........ . ........ ... ........ ........ ............. ... . .. ... ............ . . .. ...... . . . . . .......... .. . ... ........................ ................................................................................................. . ............. ....... . . . . . . .. .. . .
lowQualScore : 33 0 888 2222222 88 7 99999999999999999999999 5 888 444 444 1111111111111111111111 7 2 2 66666666 2 11111111 777 55555555 33333333 2222222222222 444 4 22 888 333333333333 2 2 22 888888 8 4 0 8 4 8888888888 99 0 888 777777777777777777777777 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 0000000000000 3333333 9 0 4 0 0 0 99 00 1 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GATACAAGTAA--A--N-TACGGTGTCCCGTTGGGG-CCATCGCGGC-ATATTT-----TT--A----A--------AT-T---A---AG---TCAAG-N---C----GA--AGCAA---CGA-AACTA-CGA-T--------GGTGAAAA-GTCG--------A---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACG----------A---CGATGGTGAAAAGTCGAAACGA---CGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC-A-------TTAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA---AANGN--CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------A--A----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT-CG-------------ACTT-------T-TCACCATCGTAGTTTCGTTGTTTCGACTTTACTT-A-A-T-T--AAT-AAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATCCGATNCNAGTAA--A--G-TACGGTGTCCCGTTGGGG-CCATCGCGGC-ATATTT-----TT--A----A--------AT-T---A---AG---TCAAG-G---T----GA--AGT-----CGA-AACTA-CGA-T--------GGTGAAAA-GTCG--------A---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA--------AA---CGATGGTGAAAAGTCGAAACNA---CGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC-A-------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA---AACNA--CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------A--A----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT-CG-------------ACTT-------T-TCACCATCGTAGTTTCGTTGTTTCGACTTNACTT-A-A-T-T--AAA-AAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAATACAAGTAGTCA--G-TACGGTGTCCCGTTGGGA-CTATCGCGGA-ATATTT-----TC--A----A--------AT-T---A---AT---TCAAG-G---T----GATTAGT-----CGA-AAATA-CGA-T--------GGTGGTAA-GTCG--------A---AAC-------TACAA--------TGGTGATAAGTCGAAACAACGGTGGTGAAAAGTCGGAACTACGA--------AANNNNNNNNNNGAAAAGTCGGAACTA---CGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAAC-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N----NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNGTCGAAACTA---CAAAAC--TAGT--CAA---AACTA--CGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------A--A----ACTATGA----------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT-CG-------------ACAT-------T-TCACCATCGTAGTTTCGTTGTTTCGACTTGACTT-A-A-T-TAGAAA-AAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTA-CGA-T--------GGTGAAAA-GTTG--------A---AAC-------TACGA--------TCGTGAAAAATCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTT-A-A-TCT--AAT-AAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngACGGTGTTCCGTTGGGGGCTATCGCGGC-ACATTT-----TTT-A----A--------AC-T---A---GG---TCAAG-T---C----GA--AACAA---CGA-AACTA-CGA-T--------GATGAAAA-GTCG--------ATACAACGAAAG--TACGA--------AGGTGAAAAGTCGAAAGTACGATGGTGAAAAGTCGAAACT-------------A---CGATGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattactacgatgaaaACACATC-GATACC-GTAA--A--T-TACGGTGTCCAATTAGGG-CCATCGCGGC-GTATTTATTA-TT--ATAA-A--------AT-T---A---AG---TTACA-T---C----GA--AACAA---CGA-AACTA-AGT-TAAAAA---GGTGAAAC-AACG--------A---AAC-------AACGA--------TGGTGAAATGTCGAAACAACGATGGTGAAACGTCGAAACT-------------A---CGATGGTGAt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGGCCCGTTGGGG-CCATCGCGGC-ATATTT-----TTT-A----A--------AT-G---A---AG---TCCAG-T---C----TA--AATAA---CGA-AACTA-CGA-T--------GATAAAAA-GTCG--------A---AACAACAAACTACAA--------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAATCGCAAAT-------------A---CGATGGTGAAAAtg
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaC-ATATTTCACTCTC--A----A--------AT-T---ATTAAGCGTTCCAA-A---T-----A--AGT-----CACCAACAAGCGA-T--------GGTGAAA--GTCG--------A---AAC-------CACGA--------TGATGAAG-GTCGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAAACTACG----------A---TGATG----AAAGTCGAAAGT----CGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttc----GA--AGG-----CGA-AAAAA-CGA-T--------GGTGAAAA-ATCG--------A---AAC-------TACGT--------TGATGAAAATTCGAAACTACGATGGTAAAAATTCGAAACT-------------A---CGATGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacagAAAAGTCAAAACAA---CGAAAC---AG----------------CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------A--ATTATATCACCA----TCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT-CG-------------ATTT-------T-TCACCATCGTAGATTCGTTGTTTCGACTTCATTT-a
gi|17 : -ATATTT-----CC--A----A--------AT-TTC-A---CA---TGAAA-G---CTCCAAA--AGT-----CAA-AACAA-CGA--------------AACA-G-CG--------A---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAATTAggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|18 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgataGAA------------ATT-A---T--------------------TT-CG-------------ACTT-------T-TCACCATCGTTATTTTGTTGTTTCGACTTAACTTAA-A-T-T--AAT-AAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAG
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------A--A-----CTACGA----T-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T--------------------------------------ACTT-------T-TCACCAACGTTGTTTCGTTGTTTCGACTTTACTT-A-A-T-T--aaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : GTCGAAG-A-GAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA---AGTAA----AGT--CGA---AACAA--CGAAACAACGTTGGTGAAAAGT----------A-------T--C----ATTTCGACTTTT-C---A---CCA-TCGTA------------GT---------------------------TT-CG-------------ACTT-------T-TCACCATCGTAGTTcaccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : GGGG-CAATCACGGC-ATGTTTG----TT--A----A--------AT-T---A---AG---TTAAG-T---C----GA--AACAA---CGA-AACTA-CGA-T--------GGT-AAAA-GTCG--------A---AAC-------AACGAAACAACGATGGTGAAAAGCCGAAACAACGATTGTAAAAAGTCGAAACT-------------A---CGATAATGAAAGGTCTAAACGA---Ccat
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaac-TACAGTGTCCCATTGGGG-CCATCGCAGC-ATATTT-----TTTAA----A--------AT-T---A---AG---TCtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGTCCCGTTGGGG-CCATCGCGGC-AAATTTA----TT--A----A--------AT-T---A---AG---TTAAG-T---C----GA--AACAA---CTA-AACTA-AGA-T--------GGTGAAAA-GTCG--------A---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAACGCGAAACTATGATGTTGAAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : T-CG-------------ACTT-------T-T-----TCGTTGTTTCATTGTTTCGACTTTTTTC-A-A-T-T------TGATATGCCGCTATTG-CCCCAACTGGATACCGTAa
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--A--TCTACGGTGTCCAATCGGG--CCATCGCAGC-ATATTTA----TT--A----A--------AT-C---A---AG---cttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTT-------TATCACCATCGTAGTTTCG--------ACTTTGCTT-ACA-A-T--AAT-AAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATGAAAACGCGAAACT-------------A---CGATGGTG-AAAGTCGAAA-GA---CGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTAAAAATACGAAACTACGA----------------TGATGAAAACACGAAATCA---CGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : c---AAC-------TACGA--------TGATGAATAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACAACGA--------AA---CTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--A--C-TACGGTGTCCCGTTGTGG-CCATCACGGC-ATATTTA----TT--A----A--------AT-C---A---AG---t
gi|28 : ACTA-TGA-T--------GGTGAAAA-GTCG--------A---AAC-------AACGA--------TGGTGAAAAGTCGAA
gi|29 : TT-------T-TCACCATTGTAGTTTTGTTGTTTCGACTTgtgatt
gi|3 : aaACAA-TGA-T--------TATGAAAA-ATAG--------A---AAC-------TACGA--------TGTTGAACA---------ACGACGGTGAAAATTT-AAACTACGATGGTAAACAA---CGACGGTGAAAATTTGAAACGA---CGA--------TGGTGAAAATTCGAAAC---------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACTA---C--AAC--GA----TGA---AAAGT--TAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGA--A----ACTTCGA----T-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT-TGTTTTTTTGTTCCTACAT-------T-TAACAATCGTAGTTTCGTTGTTCAGACCTTACTT-A-ATT-T--AAT-AAATGTaaattaaaat
gi|4 : --AGT-----CGA-AACAA-CGAAC--------AACGAAAAAGTCG--------A---AAC-------TACCA--------TGATGATAAGTCGAAACTTCGATGTTGAAAAGTCGAAAC-------------AA---CGGTGATGAAAAGTCGAAACAA---CGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC---------TAAGATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTT-A-A-T-T--AAATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-N----NCGAAACTACGATG--GTGAAAAGTCGAAATAT---CGA-----TAGT---GA---AAAGT--CGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A----------ACAA----T-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT-CG-------------ACTT-------T-TCGCCATCGTAGATTTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : -------TTAGAT--TCAAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA--------------------ATCTACGATG--GTGAAAAGTCGAAACTA---GGA-----TGGT---GA---AAAAT--CAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CG--------A--A----ACTAC------------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-GTTGTTTTATTGT------TT-CG-------------GCTT-------T-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTC-ACTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatTTT-----TT--A----G--------AT-TCAAA---AG---TCGAA-A---C----AA--AGAAACAACAA-ATCTA-CGA-T--------GGTGAAAA-GTCG--------A---AAC-------TAGGA--------TGGTGAAAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGTCGAAACTAC----------AA---CAGTAGTaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaAA--A--A-TACGGTGTCCTGTTGGG--CCATCTCGGC-ATATTT-----TT--GTTTTA--------AT-T---A---AG---TCAAGTA---N----NN--NNN-----NNN-NNNNN-NNN-N--------NNNNNNNN-NNNN--------N---NNN-------NNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTAAAAAGGCGAAACTACGG----------------TGGTGAAAAGTCAAAACAA---CGA--------CGGTGAAAAGTCGAAACTA-------T--GACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-A----T-GAAACTACGTTG--TTGAAAAGTCGAAATGATTTCGAAAT--Tagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggGTCGAAACAA---TGAAACTACGTTGTTGAAAAGTCGAAAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaTAAAGAGTCAAATCTA---CAAAACTATGGTGGTGAAAAGTTGAAAC-A-------AT-GACGGTAAAAAGggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : tAGT--CAA---ATCTA--CAAAACTATGGTGGTGAAAAGT--------TGA-------AACA----ATGACGG----T-A---A---AAAGC---A------------ATT-G---T-ATTT---------------TT-CGT------------AGTTGTGAGTAT-TCACCATCATCGTTTCGGCCTTTCcaattgtatttttcgtagttgtgagtattcaccatcatcgtttcggcctttcaccattattgtatcatagtttcaactttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|7 : ttaaagAACTGCAATATAGAAA-ATG----T--GAAC--CAAAG--ATTTAAAGTTGAAACTA---TGATACAATAATGGTGA---AAGGC--CGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------C--A----ACTACGA--------------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTTCA-------------ACTT-------T-TCACCACCATAGTTTTGTAGATTTGACTaccattattgtatcatagtttcaactttaaatctttggttcacattttctatattgcagttatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|7 : ttaaagTAA--AATG-TATGGTGTAGCATTAGTG-CCATCACTGCTATAACT-----GC--A----ATATAGAAAATGT---G---AA---CCAAA-GATTT----AA--AGT-----TGA-AACTA-TGA-TACAATAATGGTGAAAG-GCCG--------A---AAC-------GATGA--------TGGTGAATACTCACAACTACGAatagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtattttTTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-A----ACGAAATTACGATG--ATGAAAAGTCGGTTTAA---CGAAA---TAA---CGATGGAAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------A--T-----CTACGA----T-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT-CG-------------ACTT-------T-TCTCCATCGTAGTTtatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AATCCAA-TAA-----G-TAAGGTGTCCCGTTG--------CGC--C-ATATTT-----TT--T----A--------AT-A---A---AG---TAAAG-T---C----AA--AACAA---CGA-AATTA-CGA-T--------GATGAAAA-GTCGGTTTAACGA---AAT-------AACGA--------TGG-AAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAATCT-------------A---CGATGTAGAAAAGTCGAAATCATTTCGAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaaACGGTGTCCC----------ATCGCGGC-ATTTTT-----TTTTA----A--------AT-T---A---AG---TCCAA-T---C----GA--AACAA---CGA-A-CTA-AGA-C--------GATGAAAA-GTCG--------A---AAC-------AACGAAACAACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGATAGTGAAAA-TCGAAACTGCG--------------C--TGATGGAAAGTCGAAAAGT---CGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 1111111111111 1111111111 1111 11111111 11111111 222222222222222 55555555 222222 2222222222 3333333333333333333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111 11111111111111 11
lowQualScore : 0 8 11 99999 555 0 77 7777777777777 5555555555 2 555 2 33 1111 2 0 55555 88888888 444 33333333 77777777 555555555555555 2 22 0 33333333 8 2 0 66 999999 2 5 1 2 1 8888888888 66 1 777 4444444444444444444 555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 8888888888888 3 88888888888888 4 8 5 11 0 6
lowQualScore : . . .. ..... ... . .. ............. .......... . ... . .. .... . . ..... ........ ... ........ ........ ............... . .. . ........ . . . .. ...... . . . . . .......... .. . ... ................... ... ............................................................................................... . ............. . .............. . . . .. . .
lowQualScore : 0 0 66 00000 888 2 22 1111111111111 9999999999 5 000 0 99 4444 4 4 99999 55555555 111 66666666 11111111 777777777777777 5 11 8 88888888 0 2 4 22 000000 8 4 0 8 0 8888888888 99 0 888 9999999999999999999 888 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 3333333333333 1 11111111111111 4 9 0 99 1 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT----TT--A----AAT-T--------AAG-TC---AAGTCGA--AA---CAACGAAACTACGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA----------CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TTA-GACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT-CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT----TT--A----AAT-T--------AAG-TC---AAGNCGA--AG---CAACGAAACTACGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA----------CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACA-------TTA-GACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AANGNCGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT-CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAA-TACAAGTAGTCAG-TACGGTGT---CCCGTTGGGA-CTATCGCGGAATATTT----TC--A----AAT-T--------AAT-TC---AAGGTGATTAG---T--CGAAAATACGAT-----GGTGGTAAGT--------CGA---AAC-------TACAA--------TGGTGATAAGTCGAAACAACGGTGGTGAAAAGTCGGAACTACGAAANNN-----NNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAACANNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N----NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNGTCGAAACTA---CAAAAC--TAGT--CAA-----AACTACGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------AA----ACTATGA----------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT-CG-------------ACATT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTGACTTA-A-T-TAGAAAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTACGAT-----GGTGAAAAGT--------TGA---AAC-------TACGA--------TCGTGAAAAATCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-TCT--AATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TACGA-TGA--AA--ACGGTGT---TCCGTTGGGGGCTATCGCGGCACATTT----TTT-A----AAC-T--------AGG-TC---AAGTCGA--AA---CAACGAAACTACGAT-----GATGAAAAGT--------CGATACAACGAAAG--TACGA--------AGGTGAAAAGTCGAAAGTACGATGGTGAAAAGTCGAAACT---A----------CGATGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattacACACATC-GA-TACC-GTAA--AT-TACGGTGT---CCAATTAGGG-CCATCGCGGCGTATTTATTATT--ATAA-AAT-T--------AAG-TT---ACATCGA--AA---CAACGAAACTAAGTTAAAAAGGTGAAACAA--------CGA---AAC-------AACGA--------TGGTGAAATGTCGAAACAACGATGGTGAAACGTCGAAACTACGA----------TGGTGATGt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGG---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT----TTT-A----AAT-G--------AAG-TC---CAGTCTA--AA---TAACGAAACTACGAT-----GATAAAAAGT--------CGA---AACAACAAACTACAA--------TGGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAATCGCAAAT---A----------CGATGGTGAAAA
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaTT----CC--A----AAT----------AAG-TC---A---C---------CAACAAG----CGAT-----GGTGAAA-GT--------CGA---AAC-------CACGA--------TGATGAAG-GTCGAAACCACGATGGTGAAA-GTCGAAACTACGA----------TGATG----AAAGTCGAAA-GTCGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttccatatttcactctcaaattattaagcgGGCGT-TTG----TT--A----AATAC--------AGG------AAGGCGA--A---------AAA--ACGAT-----GGTGAAAAAT--------CGA---AAC-------TACGT--------TGATGAAAATTCGAAACTACGATGGTAAAAATTCGAAACT---A----------CGATGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaAAAAGTCAAAACAA---CGAAAC---AG----------------CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AATTATATCACCA----TCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT-CG-------------ATTTT-TCACCATCGTAGAT--------------TCGTTGTTTCGACTTCATTTa
gi|17 : ATATTT----CC--A----AAT-TTCACATGAAAGCTCCAAAAGTCAA--AA---CAACGAAAC------------------AG---------CGA---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAATTAggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|18 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgataGAA------------ATT-A---T--------------------TT-CG-------------ACTTT-TCACCATCGTTATT--------------TTGTTGTTTCGACTTAACTTA-AAT-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAG
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTACGA----T-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T--------------------------------------ACTTT-TCACCAACGTTGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--aaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : GTCGAAG-A-GAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA---AGTAA----AGT--CGA-----AACAACGAAACAACGTTGGTGAAAAGT----------A-------TC----ATTTCGACTTTT-C---A---CCA-TCGTA------------GT---------------------------TT-CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------caccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : ATC-GAATAAAATTGA--AA-TTCGGTATGAAC-----GGGG-CAATCACGGCATGTTTG---TT--A----AAT-T--------AAG-TT---AAGTCGA--AA---CAACGAAACTACGAT-----GGT-AAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGATGGTGAAAAGCCGAAACAACGATTGTAAAAAGTCGAAACT---A----------CGATAATGAAAGGTCTAAACGACcat
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatcttt-TACAGTGT---CCCATTGGGG-CCATCGCAGCATATTT----TTTAA----AAT-T--------AAG-TC---tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCAAATTTA---TT--A----AAT-T--------AAG-TT---AAGTCGA--AA---CAACTAAACTAAGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------TGGTGAAAACGCGAAACTATGATGTTGAAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : T-CG-------------ACTTT-T-----TCGTTGTT--------------TCATTGTTTCGACTTTTTTCA-A-T-T----T-GATATGCCGCTATTG-CCCCAACTGGATACCGTAa
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--ATCTACGGTGT---CCAATCGGG--CCATCGCAGCATATTTA---TT--A----AAT-C--------AAG-cttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTTTATCACCATCGTAGTT--------------TCG--------ACTTTGCTTACA-A-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATGAAAACGCGAAACT---A----------CGATGGTG-AAAGTCGAAA-GACGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTAAAAATACGAAACTACGA----------TGATG---AAAACACGAAATCACGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : cAACTACGATGATGAATAGTCGAAACTACGA-------------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--AC-TACGGTGT---CCCGTTGTGG-CCATCACGGCATATTTA---TT--A----AAT-C--------AAG-t
gi|28 : ACTATGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGA--------TGGTGAAAAGTCGAA
gi|29 : TTT-TCACCATTGTAGTT--------------TTGTTGTTTCGACTTTgtgatt
gi|3 : aACAATGAT-----TATGAAAAAT--------AGA---AAC-------TACGA--------TGTTGAACA---------ACGACGGTGAAAATTT-AAACTACGATGGTAAACAACGACGGTGAAAATTTGAAACGACGA--------TGGTGAAAATTCGAAAC--------TTA-GACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACTA---C--AAC--GA----TGA-----AAAGTTAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGAA----ACTTCGA----T-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT-TGTTTTTTTGTTCCTACATT-TAACAATCGTAGTT--------------TCGTTGTTCAGACCTTACTTA-ATT-T--AATAAATGTaaattaaaat
gi|4 : AGTCGA--AA---CAACGAA-CAACGA----------AAAAGT--------CGA---AAC-------TACCA--------TGATGATAAGTCGAAACTTCGATGTTGAAAAGTCGAAAC---AA----------CGGTGATGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC--------TAA-GATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTTA-A-T-TA-AATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-N----NCGAAACTACGATG--GTGAAAAGTCGAAATAT---CGA-----TAGT---GA-----AAAGTCGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A--------ACAA----T-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT-CG-------------ACTTT-TCGCCATCGTAGAT--------------TTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : -------TTA-GAT--TCAAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA--------------------ATCTACGATG--GTGAAAAGTCGAAACTA---GGA-----TGGT---GA-----AAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CG--------AA----ACTAC------------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-GTTGTTTTATTGT------TT-CG-------------GCTTT-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTCACTATCGATATTTCGACTTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaTTT----TT--A----GAT-TCAA-----AAG-TC---GAAACAA--AGAAACAACAAATCTACGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TAGGA--------TGGTGAAAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGTCGAAACTACAA----------CAGTAGTaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaAA--AA-TACGGTGT---CCTGTTGGG--CCATCTCGGCATATTT----TT--GTTTTAAT-T--------AAG-TC---AAGT-AN--NN---NNNNNNNNNNNNNNN-----NNNNNNNNNN--------NNN---NNN-------NNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTAAAAAGGCGAAACTACGG-------------TGGTGAAAAGTCAAAACAACGA--------CGGTGAAAAGTCGAAAC---------TATGACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-A----T-GAAACTACGTTG--TTGAAAAGTCGAAATGATTTCGAAAT--Tagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggGTCGAAACAATGAAACTACGTTGTTGAAAAGTCGAAAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaAACTGCAATATAGAAA-ATG----T--GAAC--CAAAG--ATTTAAAGTTGAAACTA---TGATACAATAATGGTGA-----AAGGCCGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------CA----ACTACGA--------------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTTCA-------------ACTTT-TCACCACCATAGTT--------------TTGTAGATTTGACTCT--TTA-A-ggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|8 : TTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-A----ACGAAATTACGATG--ATGAAAAGTCGGTTTAA---CGAAA---TAA---CGATGGAAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AT-----CTACGA----T-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT-CG-------------ACTTT-TCTCCATCGTAGTT--------------atagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AA-TCCAA-TAA---G-TAAGGTGT---CCCGTTG--------CGC--CATATTT----TT--T----AAT-A--------AAG-TA---AAGTCAA--AA---CAACGAAATTACGAT-----GATGAAAAGTCGGTTTAACGA---AAT-------AACGA--------TGG-AAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAATCT---A----------CGATGTAGAAAAGTCGAAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaACGGTGT---CCC----------ATCGCGGCATTTTT----TTTTA----AAT-T--------AAG-TC---CAATCGA--AA---CAACGAA-CTAAGAC-----GATGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGATAGTGAAAA-TCGAAACTGCGC----------TGATGG---AAAGTCGAAAAGTCGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 22222222222222 11111111 11111111 11111111111111111 1111111111 22222222 222222 2222222222 4444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 111111
lowQualScore : 0 6 5 99999 555 44 44444444444444 22222222 2 444 2 444 444 33 55555 2 1 2 55555 0 77777777 333 33333333 88888888888888888 0 2222222222 2 333 99999999 3 2 0 66 999999 2 5 1 2 1 8888888888 66 1 777 2222222222222222222 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 99999999999999 5 555555 1
lowQualScore : . . . ..... ... .. .............. ........ . ... . ... ... .. ..... . . . ..... . ........ ... ........ ................. . .......... . ... ........ . . . .. ...... . . . . . .......... .. . ... ................... .. ............................................................................................................................ . .............. . ...... .
lowQualScore : 0 7 0 88888 000 77 66666666666666 66666666 4 777 5 444 444 44 99999 2 6 0 00000 8 22222222 555 77777777 00000000000000000 6 6666666666 5 777 00000000 4 2 4 22 000000 8 4 0 8 0 8888888888 99 0 888 2222222222222222222 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66666666666666 0 000000 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TNAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAA-TACAAGTAGTCAG-TACGGTGT---CCCGTTGGGA-CTATCGCGGAATATTT-----TC--A----AATT--------AAT-TC---AA-G---GT---GATTAGT-------CG-AAAATA-CGAT-----GGTGGTAAGT--------CGA---AAC-------TACAA--------T--------GGTGATAAGTCGAAACAACGGTGGTGAAAAGTCGGAACTACGAAANNNNNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N----NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNGTCGAAACTA---CAAAAC--TAGT--C-A-----AAACTACGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------AA----ACTATGA----------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT------------CG-------------ACATT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTGACTTA-A-T-TAGAAAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------TGA---AAC-------TACGA--------T--------CGTGAAAAATCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-TCT--AATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TACGA-TGA--AA--ACGGTGT---TCCGTTGGGGGCTATCGCGGCACATTT-----TTT-A----AACT--------AGG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATGAAAAGT--------CGATACAACGAAAG--TACGA--------A--------GGTGAAAAGTCGAAAGTACGATGGTGAAAAGTCGAAACT---A-----CGATGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattacACACATC-GA-TACC-GTAA--AT-TACGGTGT---CCAATTAGGG-CCATCGCGGCGTATTTATTA-TT--ATAA-AATT--------AAG-TT---AC-A---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-AGTTAAAAAGGTGAAACAA--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAATGTCGAAACAACGATGGTGAAACGTCGAAACTACGA-----TGGTGATGt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGG---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TTT-A----AATG--------AAG-TC---CA-G---TC---TA--AATAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATAAAAAGT--------CGA---AACAACAAACTACAA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAATCGCAAAT---A-----CGATGGTGAAAA
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaCATATTTCACTCTC--A----AATT--------A---TT---AA-GCGTTC---CA--AATAAGTCACC---AACAAGCGAT-----GGTGAAA-GT--------CGA---AAC-------CACGA--------T--------GATGAAG-GTCGAAACCACGATGGTGAAA-GTCGAAACTACGA-----TGATG----AAAGTCGAAA-GTCGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttc-----CG-AAAAAA-CGAT-----GGTGAAAAAT--------CGA---AAC-------TACGT--------T--------GATGAAAATTCGAAACTACGATGGTAAAAATTCGAAACT---A-----CGATGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacaggaaggAAAAGTCAAAACAA---CGAAAC------------------AG--CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AATTATATCACCA----TCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ATTTT-TCACCATCGTAGAT--------------TCGTTGTTTCGACTTCATTTa
gi|17 : ATATTT-----CC--A----AATTTCACATGAAAGCTCCAAAA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAAC-------------------AG---------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAATTAggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|18 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgataGAA------------ATT-A---T--------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTTATT--------------TTGTTGTTTCGACTTAACTTA-AAT-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAG
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTACGA----T-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T-------------------------------------------------ACTTT-TCACCAACGTTGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--aaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : GTCGAAG-A-GAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA---AGTAA----AGT--CGA-----AACAA-CGAAACAACGTTGGTGAAAAGT----------A-------TC----ATTTCGACTTTT-C---A---CCA-TCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------caccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : ATC-GAATAAAATTGA--AA-TTCGGTATGAAC-----GGGG-CAATCACGGCATGTTTG----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGT-AAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGCCGAAACAACGATTGTAAAAAGTCGAAACT---A-----CGATAATGAAAGGTCTAAACGACcat
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatcttt-TACAGTGT---CCCATTGGGG-CCATCGCAGCATATTT-----TTTAA----AATT--------AAG-TC---tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCAAATTTA----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CT-AAACTA-AGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAACGCGAAACTATGATGTTGAAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : -TACGGTAT---CCAGTTGGGG-CAATAGCGGCATA--------TC--A----AATT--------GAA-AA---AA-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---a
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--ATCTACGGTGT---CCAATCGGG--CCATCGCAGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-cttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTTTATCACCATCGTAGTT--------------TCG--------ACTTTGCTTACA-A-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATGAAAACGCGAAACT---A-----CGATGGTG-AAAGTCGAAA-GACGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTAAAAATACGAAACTACGA-----TGATG---AAAACACGAAATCACGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : cAACTACGATGATGAATAGTCGAAACTACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--AC-TACGGTGT---CCCGTTGTGG-CCATCACGGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-t
gi|28 : ACTA-TGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAA
gi|29 : TTT-TCACCATTGTAGTT--------------TTGTTGTTTCGACTTTgtgatt
gi|3 : aG-AAACTA-CGAT-----GTTGAACA---------------------------ACGA--------C--------GGTGAAAA-TTTAAACTACGATGGTAA------------ACAA-----CGACGGTGAAAATTTGAAACG--------ACGATGGTGAAAATTCGAAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACTA---C--AAC--GA----TGA-----AAAGT-TAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGAA----ACTTCGA----T-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT------------TGTTTTTTTGTTCCTACATT-TAACAATCGTAGTT--------------TCGTTGTTCAGACCTTACTTA-ATT-T--AATAAATGaaattaaaat
gi|4 : acaatgattatgaaaaataA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---AAC-------TACCA--------T--------GATGATAAGTCGAAACTTCGATGTTGAAAAGTCGAAAC---AA-----CGGTGATGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC--------TAAGATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTTA-A-T-TA-AATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-N----NCGAAACTACGATG--GTGAAAAGTCGAAATAT---CGA-----TAGT---GA-----AAAGT-CGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A--------ACAA----T-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT------------CG-------------ACTTT-TCGCCATCGTAGAT--------------TTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : --------TTAGAT--TCAAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA--------------------ATCTACGATG--GTGAAAAGTCGAAACTA---GGA-----TGGT---GA-----AAAAT-CAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTAC------------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-G------------------TTGTTTTATTGTTTCG-------------GCTTT-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTCACTATCGATATTTCGACTTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaTTT-----TT--A----GATTCAA-----AAG-TC---GA-A---ACAAAGA--AACAA-----CA-AATCTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TAGGA--------T--------GGTGAAAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGTCGAAACTACAA-----CAGTAGTaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaAA--AA-TACGGTGT---CCTGTTGGG--CCATCTCGGCATATTT-----TT--GTTTTAATT--------AAG-TC---AA-G---T----AN--NNNNN-----NN-NNNNNN-NNNN-----NNNNNNNNNN--------NNN---NNN-------NNNNN--------N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTAAAAAGGCGAAACTACGG--------TGGTGAAAAGTCAAAACAACGA--------CGGTGAAAAGTCGAAAC--------TATGACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-A----T-GAAACTACGTTG--TTGAAAAGTCGAAATGATTTCGAAAT--Tagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtgg-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACTA-CGTT-----GTTGAAAAGT--------CGA---AAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaAACTGCAATATAGAAA-ATG----T--GAAC--CAAAG--ATTTAAAGTTGAAACTA---TGATACAATAATGGTGA-----AAGGC-CGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------CA----ACTACGA--------------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTT-----------CA-------------ACTTT-TCACCACCATAGTT--------------TTGTAGATTTGACTCT--TTA-A-ggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : A-TATAA--AA--TG-TATGGTGT---AGCATTAGTG-CCATCACTGC-TAT----------------AACT--------G----C---AATA---TA---GA--AA--A-----TGTGAAC---CAAA-----GATTTAAAGT--------TGA---AAC-------TATGA--------TACAATAATGGTGAAAGGCCGAAACGATGATGGTGAATACTCACAACTACGA-----atagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtattttTTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-A----ACGAAATTACGATG--ATGAAAAGTCGGTTTAA---CGAAA---TAA---CGATGGAAAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AT-----CTACGA----T-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT------------CG-------------ACTTT-TCTCCATCGTAGTT--------------attgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AA-TCCAA-TAA---G-TAAGGTGT---CCCGTTG--------CGC--CATATTT-----TT--T----AATA--------AAG-TA---AA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAATTA-CGAT-----GATGAAAAGTCGGTTTAACGA---AAT-------AACGA--------T--------GG-AAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAATCT---A-----CGATGTAGAAAAGTCGAAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaACGGTGT---CCC----------ATCGCGGCATTTTT-----TTTTA----AATT--------AAG-TC---CA-A---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CTA-AGAC-----GATGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATAGTGAAAA-TCGAAACTGCGC-----TGATGG---AAAGTCGAAAAGTCGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 22222222222222 11111111 1111111 11111111111111111 222222222222222 22222222 222222 2222222222 4444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 111111
lowQualScore : 0 6 5 99999 555 44 44444444444444 22222222 2 444 2 444 444 33 55555 2 2 2 55555 0 77777777 333 2222222 77777777777777777 0 222222222222222 2 22 0 2 99999999 1 0 66 999999 2 5 1 2 1 8888888888 66 1 777 2222222222222222222 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 99999999999999 5 555555 1
lowQualScore : . . . ..... ... .. .............. ........ . ... . ... ... .. ..... . . . ..... . ........ ... ....... ................. . ............... . .. . . ........ . . .. ...... . . . . . .......... .. . ... ................... .. ............................................................................................................................ . .............. . ...... .
lowQualScore : 0 7 0 88888 000 77 66666666666666 66666666 4 777 5 444 444 44 99999 4 9 0 00000 4 22222222 555 8888888 22222222222222222 6 000000000000000 5 11 8 5 00000000 0 4 22 000000 8 4 0 8 0 8888888888 99 0 888 2222222222222222222 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66666666666666 0 000000 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA----------CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA----------CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TNAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAA-TACAAGTAGTCAG-TACGGTGT---CCCGTTGGGA-CTATCGCGGAATATTT-----TC--A----AATT--------AAT-TC---AA-G---GT---GATTAGT-------CG-AAAATA-CGAT-----GGTGGTAAGT--------CGA---AAC-------TACAA--------T--------GGTGATAAGTCGAAACAACGGTGGTGAAAAGTCGGAACTACGAAANNN-----NNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N----NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNGTCGAAACTA---CAAAAC--TAGT--C-A-----AAACTACGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------AA----ACTATGA----------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT------------CG-------------ACATT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTGACTTA-A-T-TAGAAAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------TGA---AAC-------TACGA--------T--------CGTGAAAAATCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-TCT--AATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TACGA-TGA--AA--ACGGTGT---TCCGTTGGGGGCTATCGCGGCACATTT-----TTT-A----AACT--------AGG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATGAAAAGT--------CGATACAACGAAAG--TACGA--------A--------GGTGAAAAGTCGAAAGTACGATGGTGAAAAGTCGAAACT---A----------CGATGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattacACACATC-GA-TACC-GTAA--AT-TACGGTGT---CCAATTAGGG-CCATCGCGGCGTATTTATTA-TT--ATAA-AATT--------AAG-TT---AC-A---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-AGTTAAAAAGGTGAAACAA--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAATGTCGAAACAACGATGGTGAAACGTCGAAACTACGA----------TGGTGATGt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGG---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TTT-A----AATG--------AAG-TC---CA-G---TC---TA--AATAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATAAAAAGT--------CGA---AACAACAAACTACAA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAATCGCAAAT---A----------CGATGGTGAAAA
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaCATATTTCACTCTC--A----AATT--------A---TT---AA-GCGTTC---CA--AATAAGTCACC---AACAAGCGAT-----GGTGAAA-GT--------CGA---AAC-------CACGA--------T--------GATGAAG-GTCGAAACCACGATGGTGAAA-GTCGAAACTACGA----------TGATG----AAAGTCGAAA-GTCGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttc-----CG-AAAAAA-CGAT-----GGTGAAAAAT--------CGA---AAC-------TACGT--------T--------GATGAAAATTCGAAACTACGATGGTAAAAATTCGAAACT---A----------CGATGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacaggaaggAAAAGTCAAAACAA---CGAAAC------------------AG--CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AATTATATCACCA----TCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ATTTT-TCACCATCGTAGAT--------------TCGTTGTTTCGACTTCATTTa
gi|17 : ATATTT-----CC--A----AATTTCACATGAAAGCTCCAAAA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAAC-------------------AG---------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAATTAggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|18 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgataGAA------------ATT-A---T--------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTTATT--------------TTGTTGTTTCGACTTAACTTA-AAT-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAG
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTACGA----T-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T-------------------------------------------------ACTTT-TCACCAACGTTGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--aaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : GTCGAAG-A-GAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA---AGTAA----AGT--CGA-----AACAA-CGAAACAACGTTGGTGAAAAGT----------A-------TC----ATTTCGACTTTT-C---A---CCA-TCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------caccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : ATC-GAATAAAATTGA--AA-TTCGGTATGAAC-----GGGG-CAATCACGGCATGTTTG----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGT-AAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGCCGAAACAACGATTGTAAAAAGTCGAAACT---A----------CGATAATGAAAGGTCTAAACGACcat
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatcttt-TACAGTGT---CCCATTGGGG-CCATCGCAGCATATTT-----TTTAA----AATT--------AAG-TC---tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCAAATTTA----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CT-AAACTA-AGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAACGCGAAACTATGATGTTGAAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : -TACGGTAT---CCAGTTGGGG-CAATAGCGGCATA--------TC--A----AATT--------GAA-AA---AA-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---a
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--ATCTACGGTGT---CCAATCGGG--CCATCGCAGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-cttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTTTATCACCATCGTAGTT--------------TCG--------ACTTTGCTTACA-A-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATGAAAACGCGAAACT---A----------CGATGGTG-AAAGTCGAAA-GACGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTAAAAATACGAAACTACGA----------TGATG---AAAACACGAAATCACGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : cAACTACGATGATGAATAGTCGAAACTACGA-------------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--AC-TACGGTGT---CCCGTTGTGG-CCATCACGGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-t
gi|28 : ACTA-TGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAA
gi|29 : AAAAGTCGAAACAACAAAACTACAATGGTGAAAA----AAAT--------TAAAAgtgatt
gi|29 : TTT-TCACCATTGTAGTT--------------TTGTTGTTTCGACTTTt
gi|3 : aACAA-TGAT-----TATGAAAAAT--------AGA---AAC-------TACGA--------T--------GTTGAACA---------ACGACGGTGAAAATTT-AAACTACGATGGTAAACAACGACGGTGAAAATTTGAAACGACGA--------TGGTGAAAATTCGAAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACTA---C--AAC--GA----TGA-----AAAGT-TAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGAA----ACTTCGA----T-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT------------TGTTTTTTTGTTCCTACATT-TAACAATCGTAGTT--------------TCGTTGTTCAGACCTTACTTA-ATT-T--AATAAATGaaattaaaat
gi|4 : A-G---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---AAC-------TACCA--------T--------GATGATAAGTCGAAACTTCGATGTTGAAAAGTCGAAAC---AA----------CGGTGATGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC--------TAAGATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTTA-A-T-TA-AATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-N----NCGAAACTACGATG--GTGAAAAGTCGAAATAT---CGA-----TAGT---GA-----AAAGT-CGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A--------ACAA----T-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT------------CG-------------ACTTT-TCGCCATCGTAGAT--------------TTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : AAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA--------------------ATCTACGATG--GTGAAAAGTCGAAACTA---GGA-----TGGT---GA-----AAAAT-CAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTAC------------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-G------------------TTGTTTTATTGTTTCG-------------GCTTT-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTCACTATCGATATTTCGACTTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaTTT-----TT--A----GATTCAA-----AAG-TC---GA-A---ACAAAGA--AACAA-----CA-AATCTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TAGGA--------T--------GGTGAAAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGTCGAAACTACAA----------CAGTAGTgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaAA--AA-TACGGTGT---CCTGTTGGG--CCATCTCGGCATATTT-----TT--GTTTTAATT--------AAG-TC---AA-G---T----AN--NNNNN-----NN-NNNNNN-NNNN-----NNNNNNNNNN--------NNN---NNN-------NNNNN--------N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTAAAAAGGCGAAACTACGG-------------TGGTGAAAAGTCAAAACAACGA--------CGGTGAAAAGTCGAAAC--------TATGACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-A----T-GAAACTACGTTG--TTGAAAAGTCGAAATGATTTCGAAAT--Tagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtgg-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACTA-CGTT-----GTTGAAAAGT--------CGA---AAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaAACTGCAATATAGAAA-ATG----T--GAAC--CAAAG--ATTTAAAGTTGAAACTA---TGATACAATAATGGTGA-----AAGGC-CGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------CA----ACTACGA--------------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTT-----------CA-------------ACTTT-TCACCACCATAGTT--------------TTGTAGATTTGACTCT--TTA-A-ggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : A-TATAA--AA--TG-TATGGTGT---AGCATTAGTG-CCATCACTGC-TAT----------------AACT--------G----C---AATA---TA---GA--AA--A-----TGTGAAC---CAAA-----GATTTAAAGT--------TGA---AAC-------TATGA--------TACAATAATGGTGAAAGGCCGAAACGATGATGGTGAATACTCACAACTACGA----------atagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtattttTTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-A----ACGAAATTACGATG--ATGAAAAGTCGGTTTAA---CGAAA---TAA---CGATGGAAAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AT-----CTACGA----T-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT------------CG-------------ACTTT-TCTCCATCGTAGTT--------------attgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AA-TCCAA-TAA---G-TAAGGTGT---CCCGTTG--------CGC--CATATTT-----TT--T----AATA--------AAG-TA---AA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAATTA-CGAT-----GATGAAAAGTCGGTTTAACGA---AAT-------AACGA--------T--------GG-AAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAATCT---A----------CGATGTAGAAAAGTCGAAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaACGGTGT---CCC----------ATCGCGGCATTTTT-----TTTTA----AATT--------AAG-TC---CA-A---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CTA-AGAC-----GATGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATAGTGAAAA-TCGAAACTGCGC----------TGATGG---AAAGTCGAAAAGTCGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 22222222222222 11111111 11111111 11111111111111111 1111111111 22222222 222222 2222222222 4444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 111111
lowQualScore : 0 6 5 99999 555 44 44444444444444 22222222 2 444 2 444 444 33 55555 2 1 2 55555 0 77777777 333 33333333 88888888888888888 0 2222222222 2 222 2 99999999 0 66 999999 2 5 1 2 1 8888888888 66 1 777 2222222222222222222 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 99999999999999 5 555555 1
lowQualScore : . . . ..... ... .. .............. ........ . ... . ... ... .. ..... . . . ..... . ........ ... ........ ................. . .......... . ... . ........ . .. ...... . . . . . .......... .. . ... ................... .. ............................................................................................................................ . .............. . ...... .
lowQualScore : 0 7 0 88888 000 77 66666666666666 66666666 4 777 5 444 444 44 99999 2 6 0 00000 8 22222222 555 77777777 00000000000000000 6 6666666666 5 333 5 00000000 4 22 000000 8 4 0 8 0 8888888888 99 0 888 2222222222222222222 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66666666666666 0 000000 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAA-TACAAGTAGTCAG-TACGGTGT---CCCGTTGGGA-CTATCGCGGAATATTT-----TC--A----AATT--------AAT-TC---AA-G---GT---GATTAGT-------CG-AAAATA-CGAT-----GGTGGTAAGT--------CGA---AAC-------TACAA--------T--------GGTGATAAGTCGAAACAACGGTGGTGAAAAGTCGGAACTACGAAANNNNNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N----NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNGTCGAAACTA---CAAAAC--TAGT--C-A-----AAACTACGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------AA----ACTATGA----------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT------------CG-------------ACATT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTGACTTA-A-T-TAGAAAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------TGA---AAC-------TACGA--------T--------CGTGAAAAATCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-TCT--AATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TACGA-TGA--AA--ACGGTGT---TCCGTTGGGGGCTATCGCGGCACATTT-----TTT-A----AACT--------AGG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATGAAAAGT--------CGATACAACGAAAG--TACGA--------A--------GGTGAAAAGTCGAAAGTACGATGGTGAAAAGTCGAAACT---A-----CGATGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattacACACATC-GA-TACC-GTAA--AT-TACGGTGT---CCAATTAGGG-CCATCGCGGCGTATTTATTA-TT--ATAA-AATT--------AAG-TT---AC-A---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-AGTTAAAAAGGTGAAACAA--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAATGTCGAAACAACGATGGTGAAACGTCGAAACTACGA-----TGGTGATGt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGG---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TTT-A----AATG--------AAG-TC---CA-G---TC---TA--AATAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATAAAAAGT--------CGA---AACAACAAACTACAA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAATCGCAAAT---A-----CGATGGTGAAAA
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaCATATTTCACTCTC--A----AATT--------A---TT---AA-GCGTTC---CA--AATAAGTCACC---AACAAGCGAT-----GGTGAAA-GT--------CGA---AAC-------CACGA--------T--------GATG-AAGGTCGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAAACTACGA-----TGATG----AAAGTCGAAA-GTCGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttc-----CG-AAAAAA-CGAT-----GGTGAAAAAT--------CGA---AAC-------TACGT--------T--------GATGAAAATTCGAAACTACGATGGTAAAAATTCGAAACT---A-----CGATGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacaggaaggAAAAGTCAAAACAA---CGAAAC------------------AG--CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AATTATATCACCA----TCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ATTTT-TCACCATCGTAGAT--------------TCGTTGTTTCGACTTCATTTa
gi|17 : ATATTT-----CC--A----AATTTCACATGAAAGCTCCAAAA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAAC-------------------AG---------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAATTAggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|18 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgataGAA------------ATT-A---T--------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTTATT--------------TTGTTGTTTCGACTTAACTTA-AAT-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAG
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTACGA----T-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T-------------------------------------------------ACTTT-TCACCAACGTTGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--aaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : GTCGAAG-A-GAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA---AGTAA----AGT--CGA-----AACAA-CGAAACAACGTTGGTGAAAAGT----------A-------TC----ATTTCGACTTTT-C---A---CCA-TCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------caccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : ATC-GAATAAAATTGA--AA-TTCGGTATGAAC-----GGGG-CAATCACGGCATGTTTG----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGT-AAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGCCGAAACAACGATTGTAAAAAGTCGAAACT---A-----CGATAATGAAAGGTCTAAACGACcat
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatcttt-TACAGTGT---CCCATTGGGG-CCATCGCAGCATATTT-----TTTAA----AATT--------AAG-TC---tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCAAATTTA----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CT-AAACTA-AGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAACGCGAAACTATGATGTTGAAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : -TACGGTAT---CCAGTTGGGG-CAATAGCGGCATA--------TC--A----AATT--------GAA-AA---AA-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---a
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--ATCTACGGTGT---CCAATCGGG--CCATCGCAGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-cttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTTTATCACCATCGTAGTT--------------TCG--------ACTTTGCTTACA-A-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATGAAAACGCGAAACT---A-----CGATGGTG-AAAGTCGAAA-GACGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTAAAAATACGAAACTACGA-----TGATG---AAAACACGAAATCACGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : cAACTACGATGATGAATAGTCGAAACTACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--AC-TACGGTGT---CCCGTTGTGG-CCATCACGGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-t
gi|28 : ACTA-TGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAA
gi|29 : AAAAGTCGAAACAACAAAACTACAATGGTGAAAA----AAAT--------TAAAAgtgatt
gi|29 : TTT-TCACCATTGTAGTT--------------TTGTTGTTTCGACTTTt
gi|3 : aG-AAACTA-CGAT-----GTTGAACA---------------------------ACGA--------C--------GGTGAAAA-TTTAAACTACGATGGTAA------------ACAA-----CGACGGTGAAAATTTGAAACG--------ACGATGGTGAAAATTCGAAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACTA---C--AAC--GA----TGA-----AAAGT-TAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGAA----ACTTCGA----T-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT------------TGTTTTTTTGTTCCTACATT-TAACAATCGTAGTT--------------TCGTTGTTCAGACCTTACTTA-ATT-T--AATAAATGaaattaaaat
gi|4 : acaatgattatgaaaaataA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---AAC-------TACCA--------T--------GATGATAAGTCGAAACTTCGATGTTGAAAAGTCGAAAC---AA-----CGGTGATGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC--------TAAGATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTTA-A-T-TA-AATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-N----NCGAAACTACGATG--GTGAAAAGTCGAAATAT---CGA-----TAGT---GA-----AAAGT-CGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A--------ACAA----T-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT------------CG-------------ACTTT-TCGCCATCGTAGAT--------------TTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : AAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA--------------------ATCTACGATG--GTGAAAAGTCGAAACTA---GGA-----TGGT---GA-----AAAAT-CAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTAC------------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-G------------------TTGTTTTATTGTTTCG-------------GCTTT-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTCACTATCGATATTTCGACTTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaTTT-----TT--A----GATTCAA-----AAG-TC---GA-A---ACAAAGA--AACAA-----CA-AATCTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TAGGA--------T--------GGTGAAAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGTCGAAACTACAA-----CAGTAGTgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaAA--AA-TACGGTGT---CCTGTTGGG--CCATCTCGGCATATTT-----TT--GTTTTAATT--------AAG-TC---AA-G---T----AN--NNNNN-----NN-NNNNNN-NNNN-----NNNNNNNNNN--------NNN---NNN-------NNNNN--------N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTAAAAAGGCGAAACTACGG--------TGGTGAAAAGTCAAAACAACGA--------CGGTGAAAAGTCGAAAC--------TATGACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-A----T-GAAACTACGTTG--TTGAAAAGTCGAAATGATTTCGAAAT--Tagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtgg-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACTA-CGTT-----GTTGAAAAGT--------CGA---AAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaAACTGCAATATAGAAA-ATG----T--GAAC--CAAAG--ATTTAAAGTTGAAACTA---TGATACAATAATGGTGA-----AAGGC-CGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------CA----ACTACGA--------------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTT-----------CA-------------ACTTT-TCACCACCATAGTT--------------TTGTAGATTTGACTCT--TTA-A-ggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : A-TATAA--AA--TG-TATGGTGT---AGCATTAGTG-CCATCACTGC-TAT----------------AACT--------G----C---AATA---TA---GA--AA--A-----TGTGAAC---CAAA-----GATTTAAAGT--------TGA---AAC-------TATGA--------TACAATAATGGTGAAAGGCCGAAACGATGATGGTGAATACTCACAACTACGA-----atagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtattttTTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-A----ACGAAATTACGATG--ATGAAAAGTCGGTTTAA---CGAAA---TAA---CGATGGAAAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AT-----CTACGA----T-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT------------CG-------------ACTTT-TCTCCATCGTAGTT--------------attgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AA-TCCAA-TAA---G-TAAGGTGT---CCCGTTG--------CGC--CATATTT-----TT--T----AATA--------AAG-TA---AA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAATTA-CGAT-----GATGAAAAGTCGGTTTAACGA---AAT-------AACGA--------T--------GG-AAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAATCT---A-----CGATGTAGAAAAGTCGAAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaACGGTGT---CCC----------ATCGCGGCATTTTT-----TTTTA----AATT--------AAG-TC---CA-A---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CTA-AGAC-----GATGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATAGTGAAAA-TCGAAACTGCGC-----TGATGG---AAAGTCGAAAAGTCGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 22222222222222 11111111 11111111 11111111111111111 1111111111 22222222 222222 2222222222 4444444444444444444 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111111 111111
lowQualScore : 0 6 5 99999 555 44 44444444444444 22222222 2 444 2 444 444 33 55555 2 1 2 55555 0 77777777 333 33333333 88888888888888888 0 2222222222 2 222 2 99999999 0 66 999999 2 5 1 2 1 8888888888 66 1 777 2222222222222222222 77 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 99999999999999 5 555555 1
lowQualScore : . . . ..... ... .. .............. ........ . ... . ... ... .. ..... . . . ..... . ........ ... ........ ................. . .......... . ... . ........ . .. ...... . . . . . .......... .. . ... ................... .. ............................................................................................................................ . .............. . ...... .
lowQualScore : 0 7 0 88888 000 77 66666666666666 66666666 4 777 5 444 444 44 99999 2 6 0 00000 8 22222222 555 77777777 00000000000000000 6 6666666666 5 333 5 00000000 4 22 000000 8 4 0 8 0 8888888888 99 0 888 2222222222222222222 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 66666666666666 0 000000 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAA-TACAAGTAGTCAG-TACGGTGT---CCCGTTGGGA-CTATCGCGGAATATTT-----TC--A----AATT--------AAT-TC---AA-G---GT---GATTAGT-------CG-AAAATA-CGAT-----GGTGGTAAGT--------CGA---AAC-------TACAA--------T--------GGTGATAAGTCGAAACAACGGTGGTGAAAAGTCGGAACTACGAAANNNNNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-N----NNNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNGTCGAAACTA---CAAAAC--TAGT--C-A-----AAACTACGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------AA----ACTATGA----------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT------------CG-------------ACATT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTGACTTA-A-T-TAGAAAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------TGA---AAC-------TACGA--------T--------CGTGAAAAATCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-TCT--AATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TACGA-TGA--AA--ACGGTGT---TCCGTTGGGGGCTATCGCGGCACATTT-----TTT-A----AACT--------AGG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATGAAAAGT--------CGATACAACGAAAG--TACGA--------A--------GGTGAAAAGTCGAAAGTACGATGGTGAAAAGTCGAAACT---A-----CGATGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattacACACATC-GA-TACC-GTAA--AT-TACGGTGT---CCAATTAGGG-CCATCGCGGCGTATTTATTA-TT--ATAA-AATT--------AAG-TT---AC-A---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-AGTTAAAAAGGTGAAACAA--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAATGTCGAAACAACGATGGTGAAACGTCGAAACTACGA-----TGGTGATGt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGG---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TTT-A----AATG--------AAG-TC---CA-G---TC---TA--AATAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATAAAAAGT--------CGA---AACAACAAACTACAA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAATCGCAAAT---A-----CGATGGTGAAAA
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaCATATTTCACTCTC--A----AATT--------A---TT---AA-GCGTTC---CA--AATAAGTCACC---AACAAGCGAT-----GGTGAAA-GT--------CGA---AAC-------CACGA--------T--------GATG-AAGGTCGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAAACTACGA-----TGATG----AAAGTCGAAA-GTCGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttc-----CG-AAAAAA-CGAT-----GGTGAAAAAT--------CGA---AAC-------TACGT--------T--------GATGAAAATTCGAAACTACGATGGTAAAAATTCGAAACT---A-----CGATGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgtttgttaaatacaggaaggAAAAGTCAAAACAA---CGAAAC------------------AG--CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AATTATATCACCA----TCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ATTTT-TCACCATCGTAGAT--------------TCGTTGTTTCGACTTCATTTa
gi|17 : ATATTT-----CC--A----AATTTCACATGAAAGCTCCAAAA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAAC-------------------AG---------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAATTAggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|18 : aaatgaagtcgaaacaacgaatctacgatggtgaaaaatcgaaactacgatactccgatggtgataGAA------------ATT-A---T--------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTTATT--------------TTGTTGTTTCGACTTAACTTA-AAT-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAG
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTACGA----T-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T-------------------------------------------------ACTTT-TCACCAACGTTGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--aaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : GTCGAAG-A-GAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA---AGTAA----AGT--CGA-----AACAA-CGAAACAACGTTGGTGAAAAGT----------A-------TC----ATTTCGACTTTT-C---A---CCA-TCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------caccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : ATC-GAATAAAATTGA--AA-TTCGGTATGAAC-----GGGG-CAATCACGGCATGTTTG----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGT-AAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGCCGAAACAACGATTGTAAAAAGTCGAAACT---A-----CGATAATGAAAGGTCTAAACGACcat
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatcttt-TACAGTGT---CCCATTGGGG-CCATCGCAGCATATTT-----TTTAA----AATT--------AAG-TC---tatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCAAATTTA----TT--A----AATT--------AAG-TT---AA-G---TC---GA--AACAA-----CT-AAACTA-AGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAACGCGAAACTATGATGTTGAAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : -TACGGTAT---CCAGTTGGGG-CAATAGCGGCATA--------TC--A----AATT--------GAA-AA---AA-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---a
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--ATCTACGGTGT---CCAATCGGG--CCATCGCAGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-cttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTTTATCACCATCGTAGTT--------------TCG--------ACTTTGCTTACA-A-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATGAAAACGCGAAACT---A-----CGATGGTG-AAAGTCGAAA-GACGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTAAAAATACGAAACTACGA-----TGATG---AAAACACGAAATCACGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : cAACTACGATGATGAATAGTCGAAACTACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--AC-TACGGTGT---CCCGTTGTGG-CCATCACGGCATATTTA----TT--A----AATC--------AAG-t
gi|28 : ACTA-TGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAA
gi|29 : AAAAGTCGAAACAACAAAACTACAATGGTGAAAA----AAAT--------TAAAAgtgatt
gi|29 : TTT-TCACCATTGTAGTT--------------TTGTTGTTTCGACTTTt
gi|3 : aG-AAACTA-CGAT-----GTTGAACA---------------------------ACGA--------C--------GGTGAAAA-TTTAAACTACGATGGTAA------------ACAA-----CGACGGTGAAAATTTGAAACG--------ACGATGGTGAAAATTCGAAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACTA---C--AAC--GA----TGA-----AAAGT-TAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGAA----ACTTCGA----T-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT------------TGTTTTTTTGTTCCTACATT-TAACAATCGTAGTT--------------TCGTTGTTCAGACCTTACTTA-ATT-T--AATAAATGaaattaaaat
gi|4 : acaatgattatgaaaaataA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CAA-CGA----------AAAAGT--------CGA---AAC-------TACCA--------T--------GATGATAAGTCGAAACTTCGATGTTGAAAAGTCGAAAC---AA-----CGGTGATGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC--------TAAGATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTTA-A-T-TA-AATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-N----NCGAAACTACGATG--GTGAAAAGTCGAAATAT---CGA-----TAGT---GA-----AAAGT-CGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A--------ACAA----T-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT------------CG-------------ACTTT-TCGCCATCGTAGAT--------------TTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : AAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA--------------------ATCTACGATG--GTGAAAAGTCGAAACTA---GGA-----TGGT---GA-----AAAAT-CAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTAC------------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-G------------------TTGTTTTATTGTTTCG-------------GCTTT-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTCACTATCGATATTTCGACTTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaTTT-----TT--A----GATTCAA-----AAG-TC---GA-A---ACAAAGA--AACAA-----CA-AATCTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TAGGA--------T--------GGTGAAAAATCAAATCTACGATGGCGAAAAGTCGAAACTACAA-----CAGTAGTgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaAA--AA-TACGGTGT---CCTGTTGGG--CCATCTCGGCATATTT-----TT--GTTTTAATT--------AAG-TC---AA-G---T----AN--NNNNN-----NN-NNNNNN-NNNN-----NNNNNNNNNN--------NNN---NNN-------NNNNN--------N--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGGTAAAAAGGCGAAACTACGG--------TGGTGAAAAGTCAAAACAACGA--------CGGTGAAAAGTCGAAAC--------TATGACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-A----T-GAAACTACGTTG--TTGAAAAGTCGAAATGATTTCGAAAT--Tagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtgg-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACTA-CGTT-----GTTGAAAAGT--------CGA---AAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaAACTGCAATATAGAAA-ATG----T--GAAC--CAAAG--ATTTAAAGTTGAAACTA---TGATACAATAATGGTGA-----AAGGC-CGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------CA----ACTACGA--------------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTT-----------CA-------------ACTTT-TCACCACCATAGTT--------------TTGTAGATTTGACTCT--TTA-A-ggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : A-TATAA--AA--TG-TATGGTGT---AGCATTAGTG-CCATCACTGC-TAT----------------AACT--------G----C---AATA---TA---GA--AA--A-----TGTGAAC---CAAA-----GATTTAAAGT--------TGA---AAC-------TATGA--------TACAATAATGGTGAAAGGCCGAAACGATGATGGTGAATACTCACAACTACGA-----atagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtattttTTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-A----ACGAAATTACGATG--ATGAAAAGTCGGTTTAA---CGAAA---TAA---CGATGGAAAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AT-----CTACGA----T-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT------------CG-------------ACTTT-TCTCCATCGTAGTT--------------attgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AA-TCCAA-TAA---G-TAAGGTGT---CCCGTTG--------CGC--CATATTT-----TT--T----AATA--------AAG-TA---AA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAATTA-CGAT-----GATGAAAAGTCGGTTTAACGA---AAT-------AACGA--------T--------GG-AAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAATCT---A-----CGATGTAGAAAAGTCGAAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaACGGTGT---CCC----------ATCGCGGCATTTTT-----TTTTA----AATT--------AAG-TC---CA-A---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CTA-AGAC-----GATGAAAAGT--------CGA---AAC-------AACGAAACAACGAT--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATAGTGAAAA-TCGAAACTGCGC-----TGATGG---AAAGTCGAAAAGTCGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
blockSeqs : . A G ATC GAA GG ATTATTATAA TCACATGA C CAA T CGT AAA . GTCAC T T G AAAAA CGGTTTAA TAC AACAAACT AACAACGAT ACGAT G CGA C . CT ATGAAG T G A C C AGAGGTTT GT A TTT TACAATAATGGTGA A CTAAACAACGAAACAAAGAAACTTCGATGATTGAAATTCGAAATGATCATTTTTGTTTTTTTGTTCCT A CCGACTTTTCACTA C TCT A
blockSeqs : . . T AA . G CACTCTCA CAA . . . . . . . . T . . . . GAAAGT TACAATAAT ACGAT A TCA G . AT TCG T G A C T AGTC . T . AATAACGATGGAA T CGAATCTACGATGTAGAAAAGTCGAAATCATTTCGAATTTTCACCATAGTAGTTTCG . . . ATT A
blockSeqs : . . G AT . G TTGTTTT . . . . . . . . . T . . . . T AACAACGAT ACGAT G CAA T . TC . T A A C N NNNC . T . AAAGTCGA T CACAACTACGAAAAATACAATTGCTTTTTACCGTCATTGTTTCA . . . TTT A
blockSeqs : . . AA . G TTTAA . . . . . . . . . T . . . . A T ACAAC A CAA G . C . . T C C CAAT . A . AACGATGA T CGAAACAATAAAACAACGAAACTACTGTTGTAGTTTCG . . . TTA G
blockSeqs : . . AC . G TTTTA . . . . . . . . . A . . . . C A ACAAC A CAA G . T A ATGT . T . TAGTGA C CGAAACTACAACAGTAGTTTCGTTGTTTTATTGTTTCG . . . TT A
blockSeqs : . AA . G TTTA . . . . . . . . . A . . . . T T GCGCT G CAA G A C CAAC . G . TGGTGA T CGAAATTATATCACCATCGGAGTATCGTAGTTTCG . . . AT
blockSeqs : TG . G TTTA . . . . . . . . . T . . . . T T ACGA G AGT . . . . . T . AAC . CGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAATGAT . . .
blockSeqs : G . G GTTA . . . . . . . . . T . . . . A T ACGG G GT A . ATCATTTCGACTTTTCACCATCGTAGTTTCG . .
blockSeqs : . G ATTA . . . . . . . . . A . . . . T T AAC A GA . .
blockSeqs : . . ATTA . . . . . . . . . T . . . . A T AC G CG . .
blockSeqs : . . ATTA . . . . . . . . . T . . . . T T AC G . .
blockSeqs : . . CCA . . . . . . . . . A . . . . T T AC T
blockSeqs : . . TCA . . . . . . . . . T . . . . N C AC G
blockSeqs : TTA . . . . . . . . . N . . . . T T AC .
blockSeqs : TTT . . . . . . . . T . . . . A T AC .
blockSeqs : . . . . . T . . . . A N
blockSeqs : . T . . . . . T
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : AN*** NTTA********** ** ACGA****** ******** AACGGTGA*********** T* TTT***
originalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTT-----TT--A----AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA-----CGATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAAC--TAGT--CGA-----AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-A-T-T--AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
finalCons : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAAAN---TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTTNTTA----------AATT--------AAG-TC---AA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CGA---AAC-------TACGA--------T--------GGTGAAAAGTCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAACTACGA------GATGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-G----TCGAAACTACGATG--ATGAAAAGTCGAAACNA---CGAAACGGTGA-----------AAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGA----T-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTA-ATTT---AATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1 11111111 3333333333 22222222 222222 222222 2222222222222222 11111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22222222222222
lowQualScore : 0 6 5 99999 555 44 99999 444 4 666666 2 444 2 444 444 33 66666 2 2 55555 0 55555555 6666666 333 777777 99999999999999999 2 4444 22 0 9999999999 11 1 99999999 0 66 999999 2 5 1 2 2 333333 0 888 1 0000000000000000 77 5 88888888 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 11111111111111 0 66 1
lowQualScore : . . . ..... ... .. ..... ... . ...... . ... . ... ... .. ..... . . ..... . ........ ....... ... ...... ................. . .... .. . .......... .. . ........ . .. ...... . . . . . ...... . ... . ................ .. . ........ ............................................................................................................. . .............. . .. .
lowQualScore : 0 7 0 88888 000 77 99999 111 7 888888 4 111 5 444 444 44 22222 4 1 33333 1 33333333 8888888 777 444444 99999999999999999 2 7777 99 1 1111111111 77 1 00000000 4 22 000000 8 4 0 8 6 999999 4 888 0 7777777777777777 99 7 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6 44444444444444 4 00 7
consensus : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTTN----T---T-A------AAT-T---AAGTCAA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CG-------A---AAC-----TACGA--------T--------GGT-GAAAAG----TCGAAACTACGATGGTG--AAAAGTCGAAACTACG-GA------TGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-GTCGAAACTACGATGATGAAAAGTCGA---AACNA---CGA------AAC-GGTG--AAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGAT-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTAATT-TAATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
Reference ( family-54 ) : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACACATC-GA-TACAAGTAA--AN-TACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTTN----T---T-A------AAT-T---AAGTCAA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CG-------A---AAC-----TACGA--------T--------GGT-GAAAAG----TCGAAACTACGATGGTG--AAAAGTCGAAACTACGAGA------TGGTGAAAAGTCGAAACGACGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGAAAC--------TAAGACGGTGAAAAGTCGAAACTATTNCGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTCGAAA-A-GTCGAAACTACGATGATGAAAAGTCGA---AACNA---CGA------AAC-GGTG--AAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA----ACTACGAT-G---A---AAAGTCGAA------------ATC-A---C-G------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTAATT-TAATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAAG
gi|1 : ACACATTTAA-TACAAGTAGTCAG-TACGGTGT---CCCGTTGGGA-CTATCGCGGAATATTT-----T---C-A------AAT-T---AATTCAA-G---GT---GATTAGT-------CG-AAAATA-CGAT-----GGTGGTAAGT--------CG-------A---AAC-----TACAA--------T--------GGT-GATAAG----TCGAAACAACGGTGGTG--AAAAGTCGGAACTACGAAANNNNNNNNNNGAAAAGTCGGAACTACGAAACTATGATGGTGATAAGTCGAAACANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTCGA---AACTA---CAA------AACTAGTC--AAAACTACGAAACTACGATTGTGATAAGT--------CAA-------AA----ACTATGA------A---AAAGTCGAA------------ATCAA---C-G------------------TT------------CG-------------ACATT-TCACCATCGTAGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTGACTTAATTAGAAAAAAT-TGCCGCGATGGCCCCCAACGGGATACCGTAAG
gi|10 : caaatactgaccaggagcacttttatttgtcaggTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------TG-------A---AAC-----TACGA--------T--------CGT-GAAAAA----TCAAAA
gi|10 : tCGTTGTTTCGACTTTACTTAATC-TAATAAATATGCCGGGATGGCCCCCAACGGGACACCGTAtgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgttgtttcgactttacttaatctaataaatatgccgggatggcccccaacgggacaccgtacaaaagaccttttaaccacacgc
gi|11 : ttacgatggtgaaaagttgaaactacgatcgtgaaaaatcaaaatgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnng-TACGA-TGA--AA--ACGGTGT---TCCGTTGGGGGCTATCGCGGCACATTTT----T---T-A------AAC-T---AGGTCAA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATGAAAAGT--------CG-------ATACAACGAAAGTACGA--------A--------GGT-GAAAAG----TCGAAAGTACGATGGTG--AAAAGTCGAAACTAC--GA------TGGTGAAAGTTCGAAAcaaaagaccttttaaccacacgc
gi|12 : tatgaaattacaagaaacttaccaagcaaacggaataaattacagatgtaattacACACATC-GA-TACC-GTAA--AT-TACGGTGT---CCAATTAGGG-CCATCGCGGCGTATTTA----T---T-ATTATAAAAT-T---AAGTTAC-A---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-AGTTAAAAAGGTGAAACAA--------CG-------A---AAC-----AACGA--------T--------GGT-GAAATG----TCGAAACAACGATGGTG--AAACGTCGAAACTAC--GA------TGGTGAt
gi|13 : aagggaaaacaatttacagactcaaatgaacttaagacagaagcaacgt-TACGGTGG---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCATATTTT----T---T-A------AAT-G---AAGTCCA-G---TC---TA--AATAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GATAAAAAGT--------CGAAACAACA---AAC-----TACAA--------T--------GGT-GAAAAG----TCGAAACTACGATGGTG--AAAAATCGCAAATAC--GA------TGGTGAAAAtg
gi|15 : cttattacatgttacttaagttagccgccatggttgtacttgacagattaaggctgacaCATATTTCACTCT---C-A------AAT-T---A--TTAA-GCGTTC---CA--AATAAGTCACC---AACAAGCGAT-----GGTGAAA-GT--------CG-------A---AAC-----CACGA--------T--------GAT-G-AAGG----TCGAAACCACGATGGTG---AAAGTCGAAACTAC--GA------TGATG-AAAGTCGAAA-GTCGAAACTACGATGGTGAAAACGCGAAtt
gi|16 : attgtaagttccgttccaatgtacaagccaaacaaatttcTTTG----T---T-A------AATAC---AGG--AA-G---GC---GA--AA------------AA--A-CGAT-----GGTGAAAAAT--------CG-------A---AAC-----TACGT--------T--------GAT-GAAAAT----TCGAAACTACGATGGTA--AAAATTCGAAACTAC--GA------TGATGAAAAGGTGAAAC
gi|17 : aatattaaacacatataatggacccaacctatagcttatatgatgtcaggcgAAAAGTCAA---AACAA---CGA------AAC-AG-----------CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AATTATATCACCATCG---G---AGTATCGTA------------GT---------------------------TT------------CG-------------ATTTT-TCACCATCGTAGAT--------------TCGTTGTTTCGACTTCATTTa
gi|18 : GAA------------ATT-A---T--------------------TT------------CG-------------ACTTT-TCACCATCGTTATT--------------TTGTTGTTTCGACTTAACTTAAAT-TAATAAATATGCCGCGATGGCCCTTAACGGGACACCGTAAGggagctttcatgtgaaatttggaaatat
gi|19 : AACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTACGAT-GGTGA---AAAGTCGAA------------ATG-A---T-------------------------------------------------ACTTT-TCACCAACGTTGTT--------------TCGTTGTTTCGACTTTACTTAATT-CAaaatagtgtcaggcagataaagagaaaatcgattttttaaatta
gi|19 : A--------T--------GGTCGAAGAGAGGTTTAGAACTAAGATGGTATTAACGGT--GAATTA------------AGT--AAAGTCGAAACAACGAAACAACGTTGGTGAAAAGTccgttaataccatcttagttctaaacctctcttcgaccat
gi|2 : aactacgatggtgaaaagtcgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatgatATC-GAATAAAATTGA--AA-TTCGGTATGAAC-----GGGG-CAATCACGGCATGTTTG----T---T-A------AAT-T---AAGTTAA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AAACTA-CGAT-----GGT-AAAAGTCGAAACAACG-------A---AAC-----AACGA--------T--------GGT-GAAAAG----CCGAAACAACGATTGTA--AAAAGTCGAAACTAC--GA------TAATGAAAGGTCTAAACGAC
gi|2 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatcttt-TACAGTGT---CCCATTGGGG-CCATCGCAGCATATTTT----T---TAA------AAT-T---AAGTCtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngacttaattttaaaaaatatgctgcgatggccccaatgggacactgtagacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|20 : ggaagtgattcgttaaaagaatattcacatccatattgaagcgtatctttatcgaataaaattgaaattcggtatgaacggggcaatcacggcatgtttgttaaattaagttaagtcgaaacaacgaaactacgatggtaaaagtcgaaacaacgaaacaacgatggtgaaaagccgaaacaacgattgtaaaaagtcgaaactacgataatgaaaggtctaaacgactatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnACGGTGT---CCCGTTGGGG-CCATCGCGGCAAATTTA----T---T-A------AAT-T---AAGTTAA-G---TC---GA--AACAA-----CT-AAACTA-AGAT-----GGTGAAAAGT--------CG-------A---AAC-----TACGA--------T--------GGT-GAAAAC----GCGAAACTATGATGTTG--AAAAGTCGAAACgacaagtgataccttttgctgactgttttcg
gi|21 : -TACGGTAT---CCAGTTGGGG-CAATAGCGGCATA--------T---C-A------AAT-T---GAAAAAA-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACAA-CGA----------AAAAGT--------CG-------A---a
gi|22 : cttattatacttaagtctaggtgccgagacagttttgGTAA--ATCTACGGTGT---CCAATCGGG--CCATCGCAGCATATTTA----T---T-A------AAT-C---AAGcttaaaataataaatt
gi|23 : aagggtaaatagacatatagtctatatatgaaatagatgggatcagcacaagataacactcgctcG-------------ACTTTATCACCATCGTAGTT--------------T--------CGACTTTGCTTACAA-TAATAAATATGCCGCGATGGCCCCCAACAGGACACCGTaactta
gi|24 : GAAACTACGATGATG--AAAACGCGAAACTAC--GA------TGGTG-AAAGTCGAAA-GACGAAACCACGATGGTG-AAAGTCGAgg
gi|25 : ACGATGGTA--AAAATACGAAACTACGA--------TGATGAAAACACGAAATCACGAAACTACGATGGTGAAAAc
gi|26 : cAACTACGATGATG--AATAGTCGAAACTACGA--------TGGTGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGGTcgcgatg
gi|27 : TAA--AC-TACGGTGT---CCCGTTGTGG-CCATCACGGCATATTTA----T---T-A------AAT-C---AAGt
gi|28 : ACTA-TGAT-----GGTGAAAAGT--------CG-------A---AAC-----AACGA--------T--------GGT-GAAAAG----TCGAA
gi|29 : AAAAGTCGAAACAACAAAACTACAATGGTGAAAA----AAAT--------TAAAAgtgatt
gi|29 : TTT-TCACCATTGTAGTT--------------TTGTTGTTTCGACTTTt
gi|3 : aG-AAACTA-CGAT-----GTTGAACA--------------------------------ACGA--------C--------GGT-GAAAAT----TT-AAACTACGATGGT-----------AAACAACGA--------CGGTGAAAATTTGAAACGACGA--------TGGTGAAAATTCGAAAC--------TTAGACGGTGAAAAGTTGAAACTATTATGAAGAAATTTTGAAACAACAACGTTGAAA-A-GTCGAAACTACGATGATGAAAAGTCGA---AACTA---C--------AAC-GATG--AAAAGT-TAAAACTACGATGATGAAAAATCTAAACAACGAAACAAAGAA----ACTTCGAT-G---ATTGAAATTCGAAATG---------ATC-A---T-T------------------TT------------TGTTTTTTTGTTCCTACATT-TAACAATCGTAGTT--------------TCGTTGTTCAGACCTTACTTAATT-TAATAAATGaaattaaaat
gi|4 : acaatgattatgaaaaataA-G---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CAA-CGA----------AAAAGT--------CG-------A---AAC-----TACCA--------T--------GAT-GATAAG----TCGAAACTTCGATGTTG--AAAAGTCGAAACAACGG--------TGATGAAAAGTCGAAACAACGAAACTACGATGGTGAAAAGTAGAAAC--------TAAGATGGTGAAAAGTAGAAAATATT
gi|4 : TTATTTCGACTTTACTTAATT-AAATAAATATGCGGCGAAGG-CCCCAACAGGACACCGAAAtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttatttcgactttacttaattaaataaatatgcggcgaaggccccaacaggacaccgaaataaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : agtcgaaacaacgaacaacgaaaaagtcgaaactaccatgatgataagtcgaaacttcgatgttgaaaagtcgaaacaacggtgatgaaaagtcgaaacaacgaaactacgatggtgaaaagtagaaactaagatggtgaaaagtagaaaatatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCGACNNNNNNN-N-NNCGAAACTACGATGGTGAAAAGTCGA---AATAT---CGA------TA---GTG--AAAAGT-CGGAACTACGATGGTGAAAAGC--------CGA-------A--------ACAAT-A---A---AACAACGAA------------ACT-A---CTGTTGTAGT-----------TT------------CG-------------ACTTT-TCGCCATCGTAGAT--------------TTGATTTTTCtaaacactaaaaccttatagctacc
gi|5 : AAAAGTCGAAAC----------AAA----GAAACAACAA----------------ATCTACGATGGTGAAAAGTCGA---AACTA---GGA--------T-GGTG--AAAAAT-CAAATCTACGATGGCGAAAAGT--------CGA-------AA-----CTAC--------A---ACAGT---A------------GTT-T---C-G------------------TTGTTTTATTGTTTCG-------------GCTTT-TCACCATCGTAGTTCCGACTTTTCACTATCGATATTTCGACTTTaccatcctagtttcgacttttcaccatcgtagatttgttgtttctttgtttcgacttttgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|5 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaTTTT----T---T-A------GAT-TCAAAAGTCGA-A---ACAAAGA--AACAA-----CA-AATCTA-CGAT-----GGTGAAAAGT--------CG-------A---AAC-----TAGGA--------T--------GGT-GAAAAA----TCAAATCTACGATGGCG--AAAAGTCGAAACTACAAgaatctaaaaaaagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : cgacnnnnnnnnnncgaaactacgatggtgaaaagtcgaaatatcgatagtgaaaagtcggaactacgatggtgaaaagccgaaacaataaaacaacgaaactactgAA--AA-TACGGTGT---CCTGTTGGG--CCATCTCGGCATATTTT----TGTTT-T------AAT-T---AAGTCAA-G---T----AN--NNNNN-----NN-NNNNNN-NNNN-----NNNNNNNNNN--------NN-------N---NNN-----NNNNN--------N--------NNN-NNNNNN----NNNNNNNNNNNNTGGTA--AAAAGGCGAAACTACGG--------TGGTGAAAAGTCAAAACAACGA--------CGGTGAAAAGTCGAAAC--------TATGACGGTGGAATTTCGAAATCATTTCG----ACTTTT----CAACAACGTagttacatttaaatagatatggcaacattttactcaagacaatcacgtggtgcatatatatttttattgtctgtttacatatatgcaatatattttgaaataactaaatgtgaaaattgccttgtgtctctttaaagtaca
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaCGTCGAAACA-AT-GAAACTACGTTGTTGAAAAGTCGA---AATGATTTCGA------AAagtttcattgtttcgacggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|6 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaa-G---TC---GA--AACAA-----TG-AAACTA-CGTT-----GTTGAAAAGT--------CG-------A---AAgcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : gcacagataaaaataatttgttttaaaaaaaatacggtgtcctgttgggccatctcggcatatttttgttttaattaagtcaagtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntggtaaaaaggcgaaactacggtggtgaaaagtcaaaacaacgacggtgaaaagtcgaaactatgacggtggaatttcgaaatcaAACTGCAATATAGAAA-ATGT--GAAC--CAAAGATTTAAAGTTGA---AACTA---TGATACAATAAT-GGTG--AAAGGC-CGAAACGATGATGGTGAATACT--------C-A-------CA----ACTACGA----------AAAATACAATTGCTTTTTACCGTC-A---TTG------------------TTT-----------CA-------------ACTTT-TCACCACCATAGTT--------------TTGTAGATTTGACTCT--TTAAggcacacaaggcggaatggtatttttttgtttgctgtgctttgtttctctttt
gi|7 : A-TATAA--AA--TG-TATGGTGT---AGCATTAGTG-CCATCACTGC-TAT--------------------AAC-T---G---CAATA---TA---GA--AA--A-----TGTGAAC---CAAA-----GATTTAAAGT--------TG-------A---AAC-----TATGA--------TACAATAATGGT-GAAAGG----CCGAAACGATGATGGTG--AATACTCACAACTACGAAA------atagcagtgatggcactaatgctacaccatacattttatatattgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : ttaaagagtcaaatctacaaaactatggtggtgaaaagttgaaacaatgacggtaaaaagcaattgtattTTTTAATAAAGTAAAGTCAAAA-C-AACGAAATTACGATGATGAAAAGTCGGTTTAACGA---AAT------AAC-GATGGAAAAAGT-CGAAACTACGATGGTGAAAAGT--------CGA-------AT-----CTACGAT-GTAGA---AAAGTCGAA------------ATC-ATTTC-GAATTTTCACCATAGTAGTTT------------CG-------------ACTTT-TCTCCATCGTAGTT--------------attgcagttataccatcacggcacttatggtacaccatacatttacaataatcaaaattgacttgtgtcacctaaagcacat
gi|8 : CATC-AA-TCCAA-TAA---G-TAAGGTGT---CCCGTTG--------CGC--CATATTTT----T---T-A------A-T-A---AAGTAAA-G---TC---AA--AACAA-----CG-AAATTA-CGAT-----GATGAAAAGTCGGTTTAACG-------A---AAT-----AACGA--------T--------GG--AAAAAG----TCGAAACTACGATGGTG--AAAAGTCGAATCTAC--GA------TGTAGAAAAGTCGAAAaatatggcgcaacgggacaccttacttattggattgatgagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
gi|9 : aactacgatggagaaaagtcgaaactactatggtgaaaattcgaaatgaACGGTGT---CCC----------ATCGCGGCATTTTTT----T---TTA------AAT-T---AAGTCCA-A---TC---GA--AACAA-----CG-AA-CTA-AGAC-----GATGAAAAGT--------CG-------A---AAC-----AACGAAACAACGAT--------GGT-GAAAAG----TCGAAACTACGATAGTG--AAAA-TCGAAACTGCGC--------TGATGGAAAGTCGAAAAGTCGAAACTATGATGGTGAAAAGTCAAGAagaatgcgttaagtttgtaccgttaagaaatgaaacttataat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GAAATGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGT