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gi|5 : ttttttgcgtcctgtcattcaaaggaatattgaaagtgagaatgtaccaggataaaacactatgaatgtattaaaacatgaaataattatcaaattggataaaaagcatatcattatcattaataaatataaactgtatagtttA--AAAA--CTCTTTAAA-TGTCTTAA--AT-AATAAAC-----TCATTTTTAAAATGGATA-AAAAGCATCTCATTATCA------TTTATAAATAAAATCTGAATG-----G-T-------TTG----GTATGTCAAATC--------GAC----------CCA----------A----------ATGTGACAAATTCAATATCTTAATTAGAGTGG-----------T------ggtttatcagatattattctgatttttacgcatacctattaagttgtacctgaac
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gi|6 : ttcgtcgcggcgagacaaaaactctttaaatgtcttaaataataaactcatttttaaaatggataaaaagcatctcattatcatttataaataaaatctgaatggtttggtaTT----A--AAGAGAG--TATATCAGGAA--AAAA--CTATATAAAATGTCTTAA-----------------------TTAAAATGGATA-AAA-GCATCTCATTATCA------TTAATAAATAAAATTCTAGTG-----G-T-------TTG----GTATGTCAAATC--------CAC----------CAA----------AATGTGACAAGA----------TTGATGTCTGAAT-GGAGTCG-----------T------A---actaattttatttgtttttttcttatatacgactttgaacatgt
gi|6 : tggtaaaaacaagag-TGT-----CAAATCCACCAAAATG-TGAC--AA-GATT----GAT--GTCTGAAT-GGAGTCG--TATAATTGA-------AACGAAATCGAGATT-CTAAAAACAGACAGCACT--TA--A-A-TACTTGTACTGCTTAA--TGACATTCAC-TTGTCAATCAGACATTATCTAAGATGA----A--ACA-AT---TTTTACT---A---C-ATG-T-AAACCTGTATAA-------AGT-----ATC-AAA---ATGAAATCACATGACTCATTTAAAA-----------CGTCACAAA--A--TA-----T---G---T------TGCTAA-ACAGGAA-ATGTATTTTAGT-GTAACC---------TAGGTGCATA-------------TA---TATATACAGC--------TCTTT-TCATTAAATTATATTGGTATGTTTAAATTGA--TATCC--TTT----TACTAATGCAGGGTCAGTAA--GTATA----TATAGGCATGAATG-ATATAT-T-GG---G-G---GAAATGTTT-TT-A-GCCAGTTTTAAAATTTTG-AAAAA--TCCTGATGTATTCCCTTTAA-ATGAGAtaattgaaacgaaatcgagattctaaaaacagacagcacttaaatacttgtactgcttaatgacattcacttgtcaatcagacattatctaagatgaaacaatttttactacatgtaaacctgtataaagtatcaaaatgaaatcacatgactcatttaaaacgtcacaaaatatgttgctaaacaggaaatgtattttagtgtaacctaggtgcatatatatatacagctcttttcattaaattatattggtatgtttaaattgatatccttttactaatgcagggtcagtaagtatatataggcatgaatgatatattgggggaaatgtttttagccagttttaaaattttgaaaaatcctgatgtattccctttaaatgagaatggaatgataaaaacaagggttaaagagtctgtatagaaattcacacaaagtta
gi|7 : tggtaaaaacaagagttaaagagagtatatcaggaaaaaactatataaaatgtcttaattaaaatggataaaagcatctcattatcattaataaataaaattctagtggtttggtaTTGTTCGATTTTGTATTCGGAAGTAAGGGAG--TATATCAGGAA--AAAA--CGCTATAAA-TGTGT-AACTAA-AATAA-------TAATTATTAAAATTGATA-AAAAGCATCGAATTATAA------TTGATAAATACAATCTGAATG-----A-T-------TTG----TTATGTCAAATCTATCAAAACGCGA--------CGA----------A----------A----------TCGATGTTTAAATCGAAGTGT-----------T------A---A---ACTTatggaatgataaaaacaagggttaaagagtctgtatagaaattcacacaaagtta
gi|7 : tttaatatttttgtttaatgaataaaaacaataataataattataatgtgtgtgtcttttaataaatgtataactgctattataTGAATGATT-TGTTATGTCAAATCTATCAAAACG-CGAC--GA-AATC----GAT--GTTTAAATCGAAGTGT--TAAACTTGA-------AGCGAAATACCCATT-CTAAAAAAAGACAACACT--TA--A-T-TACA------GTTTG---CTGCCTTCGCATCATCATAC--AC-------------A----A--ACATTT---T---ACT---A---C-GTGTT-GAAGCTGTAAAACGGACCAAATT-AAA----------------------GACTCATTTTATA-----------CGTAAC--------TA---------------------TTTAA-GCGGAAA-ATCTATTTTAGT-TTAACCAAGTATAGTTAGTCGCGTAGT----------CCAAGTTA-GGATATC--------CCTTTGGCAATAgaagcgaaatacccattctaaaaaaagacaacacttaattacagtttgctgccttcgcatcatcatacacaaacattttactacgtgttgaagctgtaaaacggaccaaattaaagactcattttatacgtaactatttaagcggaaaatctattttagtttaaccaagtatagttagtcgcgtagtccaagttaggatatccctttggcaatacggggtcagtgagtatatataggcatgatttattggaaaaaaatgtttcaatattttgtaaaaatcctactatattccctatatg
gi|7 : tttaatatttttgtttaatgaataaaaacaataataataattataatgtgtgtgtcttttaataaatgtataactgctattatattgttcgattttgtattcggaagtaagggagtatatcaggaaaaaacgctataaatgtgtaactaaaataataattattaaaattgataaaaagcatcgaattataattgataaatacaatcGA--TATCC--CTT----TGGCAATACGGGGTCAGTGA--GTATA----TATAGGC----ATG-ATTTAT-T-GGA--A-A---AAAATG-TT-T------CAAT------ATTTTGTAAAAA--TCCTACTATATTCCCTATAcggggtcagtgagtatatataggcatgatttattggaaaaaaatgtttcaatattttgtaaaaatcctactatattccctatatg
gi|8 : tttaatatttttgtttaatgaataaaaacaataataataattataatgtgtgtgtcttttaataaatgtataactgctattatattgttcgattttgtattcggaagtaagggagtatatcaggaaaaaacgctataaatgtgtaactaaaataataattattaaaattgataaaaagcatcgaattataattgataaatacaatctgaatgatttgttatgtcaaatctatcaaaacgcgacgaaatcgatgtttaaatcgaagtgttaaacttgaagcgaaatacccattctaaaaaaagacaacacttaattacagtttgctgccttcgcatcatcatacacaaacattttactacgtgttgaagctgtaaaacggaccaaattaaagactcattttatacgtaactatttaagcggaaaatctattttagtttaaccaagtatagttagtcgcgtagtccaagttag-GGTC-TGT-----CAAATTCACCAAAGAG-TGAC--AA-AATC----GAT--ATTTATATTGGAGTGG--TAAACTTGA-------AACGAAATCCCCATT-CTAAAA-TAGACAGCTCT--TA--A-A-TACT------GCTTGA--CG------------TCATTCGGACTCTTTATAAGATGA----A--ACA-TT---TTT-ACT---A---C-GTG-T-AAACCTGTACAACGGATCAAATT-GAAATCAAAA---ATAAAATCACGTGACTCATTTAATA-----------CTTCAC--A--A--AAAATGTT---G---CA----TTTTTAA-GCGGGAA-ATATACCTTAGT-GTAACC---------TA-GCGCGTAGCCCAAGTTAACCCAAGTTA-GGAGATC--------CCATC-TCAATCTATTATTTGGGCAGGTTTAAAT-----TA-----TTT----TGCCTATACGCGGACAGTGA--G--TA----TATAGGT----ATG-GTGTAT-TGGG---G-G---GGAATG-TT-TA-AGGCCAATTTT----------AAAAA--TCCTGATATATTGCCTTTAA-tg
gi|9 : tttAAA-----TG-TATTTCAAATGGATACAAAAGCATTCCATTATTA------TCAGTCAATAAAATCCGAATG-----G-TCATTTTTTTC----TTATTTTAG-TC--------GG------------AA----------A----------G----------GTAA-ACTTGAAACGAAATCC-----------TCATTCCA---AGGCACTTATTATATATTATTAAAGTGACCG---TC---AAATCGTCA----TTCGGACTCTTTTTAAGAgcgcagtagactatcatagtttgattaataattattgtcatttgtctgttatattatttacttcttcagacaacga
gi|9 : tT--ATTTTAGTCGGAAAGG--TAAACTTGA-------AACGAAATCCTCATT-CCAA--------GGCACT--TATTATA-TATT------A-TTAAAGTGACCGTCAAATCGTCATTCGGACTCTTTTTAAGATCA----A--ACA-AC---T----------------TA-T-AATCCTGTGTTACGAATC-------AAATC-AAA---ATTAAATCACGTG--------AATA-----------TAT--C--A--A--T--------------------ATTTTAA-GTAAGAA-ATCTATTTTA-TTGTAACC---------TGGTTACG----------------AAAT-----AAATC--------CATTT-TTAATCTATCATT-----AT----------------------------GGCAATACGGGATCAATGT--GTATA----TATAGGC----ATG-ATATAT-T-GG---G-G---AAAATG-TT-TTGA-GTCAAATTT-GATTTTTG-GAAAT--TCAGGATATACTTTCTTTAA-tcaaacaacttataatcctgtgttacgaatcaaatcaaaattaaatcacgtgaatatatcaatattttaagtaagaaatctattttattgtaacctggttacgaaataaatccatttttaatctatcattatggcaatacgggatcaatgtgtatatataggcatgatatattggggaaaatgttttgagtcaaatttgatttttggaaattcaggatatactttctttaaaagtgttttcagtaaaaaaaaaaaaaaaatgtataaaaga
blockSeqs : CG CGGA GT AA TT AACT A CTAAA TCTTT TA T C TTTATT . T CATTTTT G CACCAAAATGTAAAAAAT T AATTTTCTTCTTAAATAGACAGGTCTAAATACTGTTTGACAACCTTC GCAT G T T T T A T T A AA TGAAA A A GATCGGGCG AT A TATGT GCGG CA T TTGC TA C A A CC A TTGTCGT TA T AT C GG TT T . TGTACT AGTGACC AA C TG G A C ATTC CT T . TTTA ATAA A T G CT A CGG T A GTAACATTATA AAGATATATTTCAA T T CTT AAGTATAGT T CCAAGTTAAC T AGAAGAGA G A TC T GA GAAA A AT CAGG ATGA T A G TATGG TTTTACGC G T T T AT A T
blockSeqs : T . . . TG . AAAA . TA T . . . . . T CATCAAATCATGACAGAA T TCATTCCAAGGCACTTATTATATATTATTAAAGTGACCGTC . A . . ACA . . . . T T A . A . AA . AT C . . . . CA TGAAA AA A CA G T T . . . . TTTA TTAA . . . C . . C C . AAATTATGTTGCCA . . CTT . A CAA . . . A TC T . . T AT CAGG . . . . GGGGG TTAATAAT C A T . . T .
blockSeqs : G . . . TT . AGA . GA A . . . . . A CACCAAAACATGGCAAAA T TAAACTTAAAACAAACCCCGATTTCTAA . . . ATG . . . . A T G . C . TA . AA C . . . . . CAACC TG A CA G C T . . . . TTA A . . . T . . C C . AAAATATGTGGCAA . . TGT . A . . . . A . T . . T . A . . . . ACA TTTAAAGC G G T . . A .
blockSeqs : . . . . CA . AAC . TT T . . . . . G GACCCAAATGTGACAAAT T . . TCA . . . . C T A . C . CC . AT C . . . . . CAACC CA A CA G C T . . . . T G . . . T . . T T . AAAAAATGTTGCAT . . TT . T . . . . A . T . . G . . . . . . AAA TTTTTAGC A T T . . A .
blockSeqs : . . . . CT . ATA . AA A . . . . . T CACCAAAATGTGACAAGA T . . ACA . . . . T T G . C . TC . AC C . . . . . TAACC TA A TG T C T . . . . A A . . . C . . C T . AAGATGCATTGCA . . GT . A . . . . A . T . . G . . . . . . AA TTTAAGGC A A T . . A .
blockSeqs : . . . . CT . AA . CA T . . . . . G TATCAAAACGCGACGAAA C . . ATG . . . . G T G . A . CG . AA C . . . . . TGACA CA G TG A T A . . . . T A . . . T . . C C . AATATTTTGCAA . . GT . C . . . . A . T . . G . . . . . . GA TTTTGAGT A A T . . T .
blockSeqs : . . . . CG . AA . AA A . . . . . G CACCAAAA C . . ATG . . . . A C A . C . TC . T C . . . . . CTGCC CG A CA A T T . . . . T A . . . T . . C C . AAAATATGT . . CT . T . . . . T . T . . T . . . . . . AA TTATAGC A A T . . T .
blockSeqs : . . . . C . . . G T . . . . . T TGCCAAAA . . . ACG . . . . A T G . C . AG . T . . . . . . CA CA A CG G C T . . . . A A . . . . . . C T . AAATGCAT . . CT . T . . . . A . T . . T . . . . . . GG TTTTAGG A A T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . T GGAAAG . . GAG . . . . T C G . C . CC . . . . . . . . CA G . . G C . . . . . . A . . . . . . . T . AAATGCAT . . GT . T . . . . T . T . . G . . . . . . GG TTCA A A T . . A .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . CG . . . . . . . . . . . A . . . . . . . T . TATAGCAA . . TT . T . . . . . . . . . G . . . . . . GG TTT . A . . . T .
blockSeqs : . . . . . . . TC . . . . . . . . . . . . . . . AATA . . GT . T . . . . . . . . . G . . . . . . G TA . . . . . T .
blockSeqs : TA . . . . . . . . . G . . . . . . . TT . . . . . T .
blockSeqs : A . . . . . . T
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ***** N**** ACG* *** NT* TTTNAGC****
originalCons : NNNNNTTGTTCGGTTTTGTATT----A--AAGGGAG--TATATCAGGAA--AAAA--CGCTATAAA-TGTCTTAA--AA-AATAAAA-----TNATTTTTAAAATGGATA-AAAAGCATCTCATTATCA------TTAATAAATAAAATCCGAATG-----G-T-------TTG----NTATGTCAAATC--------CGC----------CAA----------A----------A----------TCGATATTTAAATCGGAGTGG-----------T------A---AGGCACTTACTAAATATTATTAAA-CGACCG---TC---AAATCGTCA----TTCGGACTCTTTCTAAGAACGGGGAGGGCGGGGGGAATNTANTTNAATNAGTTTTAGTTTTTNGATNAATANAAAANNTAGTAAAAAAAGTATGAAAATNAAANGGATCGGGCGGCATGAA-GATT-TGT-----CAAATCCACCAAAACG-TGAC--AA-AATC----GAT--ATTTNAATCGGAGTGG--TAAACTTGA-------AACGAAATCCCCATT-CTAAAAATAGACAGCACT--TA--A-A-TACT------GCTTGA--CGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCTTTCTAAGATGA----A--ACA-AT---T---ACT---A---C-GTG-T-AAACCTGTATAACGGATCAAATC-GAAATC-AAA---ATGAAATCACGCGACTCATTTAATA-----------CGTCAC--A--A--TA-----T---G---CA----ATTTTAA-GCGGGAA-ATCTATTTTAGTCTTAACC---------TAGGCGCGTAGC----------CCAAGTTA-GGAAATC--------CCTTT-TCAATATATTATTTTGGCATGTTTAAATAGA--TATCC--TTT----TGGCAATACGGGGTCAGTGA--GTATA----TATAGGC----ATG-ATATAT-T-GG---G-G---AAAATG-TT-TT-A-GCCAATTTTAAAATTTTG-AAAAA--TCCTGATANATTCCCTTTAA-ATGAGA
finalCons : NNNNNTTGTTCGGTTTTGTATT----A--AAGGGAG--TATATCAGGAA--AAAA--CGCTATAAA-TGTCTTAA--AA-AATAAAA-----TNATTTTTAAAATGGATA-AAAAGCATCTCATTATCA------TTAATAAATAAAATCCGAATG-----G-T-------TTGN----TATGTCAAATC--------CGC----------CAA----------A----------A----------TCGATATTTAAATCGGAGTGG-----------T------A---AGGCACTTACTAAATATTATTAAA-CGACCG---TC---AAATCGTCA----TTCGGACTCTTTCTAAGAACGGGGAGGGCGGGGGGAATNTANTTNAATNAGTTTTAGTTTTTNGATNAATANAAAANNTAGTAAAAAAAGTATGAAAATNAAANGGATCGGGCGGCATGAA-GATT-TGT-----CAAATCCACCAAAACG-TGAC--AA-AATC----GAT--ATTTNAATCGGAGTGG--TAAACTTGA-------AACGAAATCCCCATT-CTAAAAATAGACAGCACT--TA--A-A-TACT------GCTTGA--CGACCTTCGCATCGTCATTCGGACTCTTTCTAAGATGA----A--ACA-AT---T---ACT---A---C-GTG-T-AAACCTGTATAACGGATCAAATC-GAAATC-AAA---ATGAAATCACGCGACTCATTTAATA-----------CGTCAC--A--A--TA-----T---G---CA----ATTTTAA-GCGGGAA-ATCTATTTTAGTNT-AACC---------TAGGCGCGTAGC----------CCAAGTTA-GGAAATC--------CCTTT-TCAATATATTATTTTGGCATGTTTAAATAGA--TATCC--TTT----TGGCAATACGGGGTCAGTGA--GTATA----TATAGGC----ATG-ATATAT-T-GG---G-G---AAAATGTTTNAGC----CAATTTTAAAATTTTG-AAAAA--TCCTGATANATTCCCTTTAA-ATGAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CGTCCCAAAATAAATTACAATTGTATGCGGGAATATTATGTTAGTCTAA
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