lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111
lowQualScore : 3 22222222222 1 2222222 111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 1 111111 777777777777 1 111 1111 1111 1 11 222222222 111111 111111 11 111 000000000000000000000000000 1 22 1 1 1 1 4
lowQualScore : 6 3 00000000000 3 6 4444 22 9999999 4 6 888 6666 2 777777 2 888888 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88888 2 3 444444 1 666666666666 1 7 1 555 4444 0 4444 7 7 1 44 666666666 6666 777777 6 6 888888 66 6 111 888888888888888888888888888 5 33 5 5 5 5 6 0
lowQualScore : . . ........... . . .... .. ....... . . ... .... . ...... . ...... . .......................................................................................... ..... . . ...... . ............ . . . ... .... . .... . . . .. ......... .... ...... . . ...... .. . ... ........................... . .. . . . . . .
lowQualScore : 6 6 33333333333 3 6 7777 99 4444444 8 2 777 5555 7 777777 9 222222 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88888 2 9 888888 4 000000000000 6 3 0 888 2222 7 2222 5 5 4 22 777777777 8888 555555 7 7 333333 77 7 777 000000000000000000000000000 0 00 0 0 0 0 0 0
consensus : NNNNNNNNNNCGAA-A-ACTCAGTTGGACTAAGT------C----CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA-ATTAA-AAC--AAGAACA-GTG--TTA---AA-CATTAA------T-TATATAACAAA------TGAACA--------------------T---------------TCAAA----------NACT-----------TT------ATAGA-T--A-ATT--ATTATG----TATATATATG-A--CNGGTATGCTATGATCTGC---T-TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTGACT----GATTG----TTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAA---TTCAC-AGTTTGG-CTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGGATCT---------------------TGAATCTCGGGGATAAGGTGGTGAAATTCCATTTATTAGTTTGTACATTATTATTGCTTTTAAT-CTT
Reference ( gi|1 ) : ATATGTATTCCGAATA-ACTCAGTTGGACTAAGT------T----CAATCTTCCCTGAGGTACCCA----ACAACAAA-ATTAATAAA--AAGAGCA-GTG--ATA---AA-CATTAA------T-TATATAACAAA------TGGACA--------------------T---------------TCAAA----------GACT-----------TT------ATAGA-T--A-ATC--ATTATG----CATATCTATG-A--CAGGTATGCTATGATCTGCTCCTGTCC-ATTGAATATATTTACTTTCAAACTGTAAAATAGTGACT----GACTG----TTTAATAAAGTCAGGGACGGAATCCCAAATTACAGCTTTTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAA---CTCAC-AGTTTGG-CTTTGCGA---TATAGAACAC-ATT---TTCTGAAGTGG-------------------------TGAATCTAGGAAATAAGGTGGTGAAATTCTTTTTATTATTTTGTACATTAGTATTCCTTGTGATACTTAACTTTAACAGGAAATTACATCCATT
gi|15 : CGAACACATCCAGTTAGATAAGGT------C----CACTCTTCACTGAGGTTCTCA----ACAATAAA--TTATTAAC--AAGAACATGTC--TTT---AA-CATTAA------CGCATAAAAAAAA------TGAACA--------------------T---------------
gi|6 : gaccttatttaaGAA-A-ACTAAGCTGGACTAAGT------TAGTTCAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAA------------------CA-GTG--TTA---AA-CATTAC------C-TTTATAACAAA------TTAACA------------------------------------TCAAATAAATATATTGATT-----------TTCAAAGAATATA-TTGA-GTCATATTATGTGTATATATATATG-T--CTGGTATGCTCTGATCTGC------CCAATTGAAGATATTAAATTTTAAACTGTAAAATACTGACT----GGCTG----TTTTATAAAATCAAGGATGAAAcacatcaattgattttta
gi|9 : ttattttacgaGAA-A-ACTCAGTTGGACTAAAT------C----CAATCTTCCCTGAGGTGCTCA----ACAACAAA-ATTA--AAC--AAGAACA-GTG--TTA---AA-CGTTAA------T-TATGTAACAAA------TAAACATCAAATGGCTTTATT-----T---------------TCAAA----------TACT-----------TT------ATAAATT--A-AT---ATTATG----TATA--CATGTA--TACGTATaaaagatcctagata
gi|8 : tgttttacggGAA-A-GCTCAGTTGCACTAAGTACAATGTA---CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----GCAACAAA-AGTA--AAC--AATAACA-GTG--ATA---AG--ATTAATAACATT-TATATAACAGA------TGAACA------------------------------------TCAAA----------TACT-----------atg
gi|20 : ttttacgaGAA-A-ACTCAGATGGACCAAGT------G----CAAGTTTCTCTGAGGTTCT----------CAAA-ATTA--AAC--AAGAACA-GTT--TTA---AACCATTAA------T-TATATAACAGA------TGagtatactaattttcaaagagtatatggataagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattggtatactatgctctact
gi|13 : ctttattttatgaGAA-A-ACTCAGTTCGACTGAGT------C----TAATCTTCCGTGAGGTCCTCA----ACAGCAAATATTTATCAAGTACGAGCA-TTT---T-----A-CATTAA------T-CATATAACAAT------TG---A--------------------T---------------TAAAA-------------T-----------TT---------GG-T--ATATC--ATTt
gi|21 : gaccatgttaaacgaGAA-A-ACTCATTTGGATTAAGT------C----CAATCTTCTCTGAGGT-TTCA----TCAACAAA-ATTAACAAtcgtaaaaaaggataccgtgga
gi|18 : ctttcctttacgaGAA-A-ACTCAGTTGGACTAAGT------C----CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----A----AAA-AT--GTAAA--CAGtgtttaacaatca
gi|25 : aataataattttttttacgaGAA-A-GCTAAGTTGAACTAAGA------T----CAATCTTCCCTTAGGTCCTCATAATACAATAAtcagctactgtcagaataaaacctaattttgatat
gi|16 : GAA-A-ACTCAGTT---TT--GT------C----AAACCTTTCCTGAGATCCTGA----ACAACAAA-TTTAAAAAC--AAGAtgtgaa
gi|22 : tagtatatatgatcgtgactttattttgacgaA-ACTCAGTTGAACTAAGT------A----AAATCTTCTCTGAGATACTCA----AGAACatatattataagttcaagaattttttatttattaacata
gi|10 : ataataatgacttaattgaatgaggaACTATGT------C----CAATCTTCCCTGAGGTAAATA----ATAACAAA-ATTA--AAC--ATGAACA-GTG--TCA---AA-CATTTA------T-TATATAACAAA------TGACCA------------------------------------TCAAATATACT----GATT-----------TT-------CAGA-T--A-ATg
gi|17 : tattttacgagaaaACTCAGT------C----CAATCATCCCTAAGGTCCTCA----ATAACAAA-ATTA--AAC--AAGCGC--------TT---AA-CACTTA------T-TATATATCAAA------TGTACA------------------------------------TCAAATATAC-----TACT-----------TT------TCAGA-C--A-ATataggaaatttatagattagtattttgtataaatgtgt
gi|23 : taca------T----CAATCTTCACTGAGGTCCTCA----TCAGCAAA-ATTAAatagat
gi|27 : ttttattttacgagaaaacgacctagTCCATGAGTTTCTCA----ACAACAAA-TTT--TAAAC-AAGACCATGTG--TTT---AA-CATTAA------acaaa
gi|4 : A----ACAACAAA-ATTAA--AC--AAGAACA-TTGTTATATTTAA-CATTAA------T-TA----ACAAA------TGAACA--------------------TCAAATACACCATCTTTCAAA----------AATT-----------AT------GTAAA-T--T-AGT--ATTATGT---CA-ATGTATT-A--CTGGTATGC-ATGCTTTGATC-TGTCG-TTTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTGAAAAACTGACC----GATTA----TTTAATAAACACCGAGATGGAACTTCAAATTACAGCCCCTGAATATG---------ACGA-AGGTTTTCTAAATAA---TTCAC-AGTTTGA-TTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGG----------------------------ATCTat
gi|11 : A----ACAACAAT-ACTAA-AAA--AAGAACG-GTG--TTA---AA-CATTAA------T-AATATAATAAA------TGAACA--------------------TCAAGTATACTAATGTTCAAA----------TACC-----------AT------AAAGA-T--T-AGT--ATTGTG----CATATATATG-A--CTGGTATGCTACGATTTGC-----TCT-ATTGAATATATTTATTTTTGAACtaagt
gi|12 : A----ACAACACA-TTTACCAA-----GAACT-GTG--TTA---AA-CATTAA------T-TATATAATAAAAAATATCGCATA--------------------TACTAATTT-------TCAAA----------GACT-----------AC------ATAGA-T--A-AGT--ATTATG----TATATATATG-A--
gi|3 : A-GTG--CTC---AA-CATTAA------T-----TAACAAA------TGGACATAAAAATTTATATACTAATGT---------------CCAAA----------TACT-----------AT------AGAGA-T--T-AGT--ATTATA----TACATATATG-A--C-TGTATGCTATGATCTGC-----TCC-ACTGACGACATTTACGTTTAAATTGTAAA----TGACTGCCGGACTGATGCTTTAATAAAATCAGGGAGGGAATACCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-CGACTTGCTAAAT------TCGC-AGTTTGG-CTTTGGGA---TATGCAACATAATTATGTTCTGAAGTGGATCT---------------------TAAGTTTCGGGAATtgtttacatttaagctttaaacgacttactgactgttaaataaaat
gi|7 : TA---AA-CATTAA------T-TGTA-AACAAA------TGAACA--------------------TCAAGTATACTGATTTTCAAG----------GACTGCATAGAACATTT------ATAGAAT--A-GT---ATTATG----TTTATATATG-G--CTGGTATGCTATGATC-----ATATCC-ATTGAAGATATTCACTTTGAAACCCTAAAATACTGACT----GATTG----TTTACTAGAACCATTAATAGAATTCCAAATAAAAGCTCATTAATATGGACACGGTTACAACACATTTTCTGAAgtaactcatgtatgtacttgaa
gi|2 : actgggt---AA-CATTAA------A-CGTATTAAAAA------TCAACA--------------------T----------------CA---------------------------TT------ATAGA----A-ATG--TTTA-------AAATTTTTG-T--TATGTAT---ATGTTTT------------TTGTAGATATTTACTTTTAAACTA-AAAACATTATCT----GATTG----ATCAATGAAATCGGGGATAAAATGCCCGATTACAAATCCTGATTAT----------ATAT-AT-TTTTTTAAATAG---TTTAC-AGTTTCC-CTTTG------TAT--AACAC-AAT---TTCTGAAGTgtggatattaagttt
gi|26 : ttcagttcgactaagtaaaaatttaaacgtgcatttatgtctTATG-GTTCAGGTATGCTATGATCTG---CTG--C-GCTGAAGATATTTAATTTtttttatgttatgtctaatgtttgtatttgtattaaccacgaatataatggctaaaattccatttattttatttggtacggtagaattgttgtttgatatttttgactccatcaagaaatt
gi|5 : TATTTACGTTTAAACTTTAAAAGACTATAT----AATTG----TTTAATCAAATCAGGGATAGAATACAAAATTACAGCTCCTGAATATG---------GTAA-AAGTTTTCTAACTTA---TTCCC-AGCTCGG-CTTTGGGACATTATACAACAC-ATT---TTCTGAAGCGGATCTTACGTTTCGGGAATGTATGTATGAATCTCGAAGATAAGGTGGTGAAATTCCATTTATTAGTTTGTACATTATTATTGCTTTTAAT-CTTaagtattgt
gi|19 : tggAAT-TG---------ACAG-AGATTTTGTAAACAA---TTCAC-AGTTTGG-CTTTGGGA---TATACATTGC-ATT---TTCTGAAGTGG-------------------------ttgaaatttggttaaagaattc
gi|7 : TTCCAAATAAAAGCTCATTAATATGGAC---ACGG---T-TACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGG-------------------------aacttaagtttcaggaatgtatttcagttacgggtgcaccca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): ATGTTTATAATATCGAGTTCGTTTAAAGAGAAAACTTCGTTGCACAAAGTGCAACCTACCCTGAAGTCTTCAAAGACAAACTTGAATAAGAAGATGTGTTGATAATAAGCATACAATAAATACAAATGACCATCATACTTACTGACTTT
Unaligned ( gi|24 ): ATCTTCCTTGAGGTCCTCAACAATAAGTACACATTAAGTATAAGCATTAAGAACCATATAA
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 2222222222 1111 222222222 111 111 4444444444444444444444444 1 11 1 1
lowQualScore : 2 33 22222222 1 4444 44 9999999 22 2 000 777777 2 666666 2 777777 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 3 8888888 9999 222222 1 9999 4 4 7777777777 11 1 0000 33 222222222 5 2 2 111 5 000 4444444444444444444444444 2 6 3 88 6 7 3 1 3
lowQualScore : . .. ........ . .... .. ....... .. . ... ...... . ...... . ...... . .......................................................................... . . ....... .... ...... . .... . . .......... .. . .... .. ......... . . . ... . ... ......................... . . . .. . . . . .
lowQualScore : 9 99 77777777 0 0000 88 4444444 99 2 666 111111 2 888888 5 222222 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 5555555 4444 333333 6 4444 4 4 8888888888 55 0 6666 11 999999999 7 3 5 777 7 000 5555555555555555555555555 0 7 3 33 7 0 3 0 3
consensus : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATG-A--CTGGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGGATCTT---------AAGT------------TTCGGGAATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATG-A--CNGGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGGATCTT---------GAAT------------CTCGGGGATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTAGTTTGTACATTATTATTGCT-TTTAAT-CTT
gi|1 : CGAATAAC--TCAGTTGGACTAAGT-T------CAATCTTCCCTGAGGTACCCA----ACAACAAA--ATT-AAT-AAAAA--GAGC-A---GTGATA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGGACA---------------T---------------TCAAA----------GAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--CATTATG----CATATCTATG-A--CAGGTATGC----TATG-ATC-TGCTCCTGTCC-ATTGAATATATTTACTTTCAAACTGTAAAATAGTG----ACTGACTGTTTAATAAAGTCAGGGACGGAATCCCAAATTACAGCTTTTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAACTCACAGTTTGGCTTTGCGA---TATAGAACAC-ATT---TTCTGAAGTGG----T---------GAAT------------CTAGGAAATAAGGTGG-TGAAATTCTTTTTA--TTATTTTGTACATTAGTATTCCT-TGTGATACTT
gi|10 : atatgtattcACTATGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTAAATA----ATAACAAA--ATT-AA--A-CAT--GAAC-A---GTGTCA-----AA-CATTTA------T-TATATA------ACAAATGACCA-------------------------------TCAAA----------TATACTGAT-----------TT------TCAGA-T--AAT--aactttaacaggaaattacatccatt
gi|11 : tattttacgagaaaA----ACAACAAT--ACT-AA--AAAAA--GAAC-G---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-AATATA------ATAAATGAACA---------------TCAAGTATACTAATGTTCAAA----------TAC-----C-----------AT------AAAGA-T--TAG--TATTGTG----CATATATATG-A--CTGGTATGC----TACG-ATT-TGC-----TCT-ATTGAATATATTTATTTTTGAACataggaaatttatagattagtattttgtataaatgtgt
gi|12 : A----ACAACACA--TTT-AC----CAA--GAAC-T---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ATAAA-AAATATCGCATATACTAATTT---------------TCAAA----------GAC-----T-----------AC------ATAGA-T--AAG--TATTATG----TATATATATG-A------------------------TGTT----TAC-ATTTAAG--------CTTTAAAC-------GACTT----ACTGACTGTTAAATAAAAT
gi|13 : GAA-AAC--TCAGTTCGACTGAGT-C------TAATCTTCCGTGAGGTCCTCA----ACAGCAAAT-ATT--T--ATCAA--GTACGA---GCATTT-----TA-CATTAA------T-CATATA------ACAATTG---A---------------T---------------T--AA----------AAT-----T-----------TG------GTATA-T--CAT--T
gi|14 : gaccatgttaaacgaGAA-AAC--TTCGTTGCACAAAGT-G------CAACCTACCCTGAAGTCTTCA----AAGACAAA--CTT--G--AATAA--GAAG-AT--GTGTT------GA-TAATAA------G-CATACAATAAATACAAATGACCA---------------T---------------C---A----------TAC-----T-----------Ttcgtaaaaaaggataccgtgga
gi|15 : atgtttataatatcgagttcgtttaaagaCGAA-CACATCCAGTTAGATAAGGT-C------CACTCTTCACTGAGGTTCTCA----ACAATAAATTATT-AA----CAA--GAAC-AT--GTCTTT-----AA-CATTAA------CGCATAAA------AAAAATGAACA---------------T---------------actgacttt
gi|16 : gaccttatttaaGAA-AAC--TCAGTT---TT--GT-C------AAACCTTTCCTGAGATCCTGA----ACAACAAA--TTTAAA--AACAA--GAAT-A----TATTA-----cacatcaattgattttta
gi|17 : tagtatatatgatcgtgactttattttgacgaACTCAGT-C------CAATCATCCCTAAGGTCCTCA----ATAACAAA--ATT--A--AACA--------A---GCGCTT-----AA-CACTTA------T-TATATA------TCAAATGTACA-------------------------------TCAAATATAC-----TAC-----T-----------TT------TCAGA-C--AAT--taagttcaagaattttttatttattaacata
gi|18 : tacaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----A----AAA--ATG-TA--AACAatagat
gi|19 : aataataattttttttacgaAAT-TG---------ACAG-AGATTTTGTAAACAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACATTGC-ATT---TTCTGAAGTGGAACTT---------AAGT------------TTCAGGAATgtcagctactgtcagaataaaacctaattttgatat
gi|2 : AAA--ATT-TA--AACGT--G--C-ATTTATGTCT-----AA-CATTAA------A-CGTATT------AAAAATCAACA---------------T----------------CA--------------------------------TT------ATAGA----------A--ATG----TTTAAA-ATT--------TTTGT----TATGTATA-TGTT----TT---TTGTAGATATTTACTTTTAAACTA-AAAACATTA----TCTGATTGATCAATGAAATCGGGGATAAAATGCCCGATTACAAATCCTGATTAT----------ATAT-AT-TTTTTTAAATAGTTTACAGTTTCCCTTTG--------TATAACAC-AAT---TTCTGAAGTgtatttcagttacgggtgcaccca
gi|2 : ttcagttcgactaagtaATAA--TGGCTAAAATTCCATTTATTTTATTTGGTACGGTAGAATTGTTGTTTGAT-ATTtttttatgttatgtctaatgtttgtatttgtattaaccacgaatataatggctaaaattccatttattttatttggtacggtagaattgttgtttgatatttttgactccatcaagaaatt
gi|20 : ttcagttcgactaagtaaaaatttaaacgtgcatttatgtctaacattaaacgtattaaaaatcaacatcattatagaaatgtttaaaatttttgttatgtatatgttttttgtagatatttacttttaaactaaaaacattatctgattgatcaatgaaatcggggataaaatgcccgattacaaatcctgattatatatatttttttaaatagtttacagtttccctttgtataacacaatttctgaagttttttatgttatgtctaatgtttgtatttgtattaaccacgaatGAA-AAC--TCAGATGGACCAAGT-G------CAAGTTTCTCTGAGGTTCT----------CAAA--ATT--A--AACAA--GAAC-A---GTTTTA-----AACCATTAA------T-TATATA------ACAGATGtttgactccatcaagaaatt
gi|21 : ctttattttatgaGAA-AAC--TCATTTGGATTAAGT-C------CAATCTTCTCTGAGGT-TTCA----TCAACAAA--ATT-------------AAC-A---ATGTTT-----AA-CAt
gi|22 : ctttcctttacgaGGA-AAC--TCAGTTGAACTAAGT-A------AAATCTTCTCTGAGATACTCA----AGAACatca
gi|23 : ataataatgacttaattgaatgaGAA-AAC---------GACCTAGT-C-------AATCTTCACTGAGGTCCTCA----TCAGCAAA--ATT--A--AACAA--g
gi|24 : ttttattttacgaATCTTCCTTGAGGTCCTCA----ACAATAAa
gi|25 : GAA-AGC--TAAGTTGAACTAAGA-T------CAATCTTCCCTTAGGTCCTCATAATACAATAAgtacacattaagtataagcattaagaaccatataa
gi|26 : TATG-GTTCAGGTATGC----TATG-ATC-TGC-----TGC-GCTGAAGATATTTAATTTtgtgaa
gi|27 : TCCATGAGTTTCTCA----ACAACAAA--TTT-TA--AACAA--GACC-AT--GTGTTT-----AA-CATTAA------aagtattgt
gi|3 : CAAC--ATT-AATTAACAAATGGAC-A-------TA-----AA-AATT----------TATATA-------CTAATG-------------------T---------------CCAAA----------TAC-----T-----------AT------AGAGA-T--TAG--TATTATA----TACATATATG-A--CTG-TATGC----TATG-ATC-TGCT-----CC-ACTGACGACATTTACGTTTAAATTGTAAATGACTGCCGGACTGATGCTTTAATAAAATCAGGGAGGGAATACCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-CGACTTGCTA---AATTCGCAGTTTGGCTTTGGGA---TATGCAACATAATTATGTTCTGAAGTGGATCTT---------AAGT------------TTCGGGAATat
gi|4 : agtgctA----ACAACAAA--ATT-AA--A-CAA--GAAC-A---TTGTTATATTTAA-CATTAA------T-TA----------ACAAATGAACA---------------TCAAATACACCATCTTTCAAA----------AAT-----T-----------AT------GTAAA-T--TAG--TATTATG----TCAATGTATT-A--CTGGTATGCATGCTTTG-ATC-TG------TCG-TTTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTGAAAAACTG----ACCGATTATTTAATAAACACCGAGATGGAACTTCAAATTACAGCCCCTGAATATG---------ACGA-AGGTTTTCTAAATAATTCACAGTTTGATTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGGATCTT---------AAGT------------gtaactcatgtatgtacttgaa
gi|5 : GGTATTTACGTTTAAACTTTAAAAGACTA----TATAATTGTTTAATCAAATCAGGGATAGAATACAAAATTACAGCTCCTGAATATG---------GTAA-AAGTTTTCTAACTTATTCCCAGCTCGGCTTTGGGACATTATACAACAC-ATT---TTCTGAAGCGGATCTTACGTTTCGGGAATGTATGTATGAATCTCGAAGATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTAGTTTGTACATTATTATTGCT-TTTAAT-CTT
gi|6 : tGAA-AAC--TAAGCTGGACTAAGT-TAGTT--CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAAC---------------------AAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAC------C-TTTATA------ACAAATTAACA-------------------------------TCAAATAAATATATTGAT-----T-----------TTCAAAGAATATA-TTGAGTCATATTATGTGTATATATATATG-T--CTGGTATGC----TCTG-ATC-TGC------CCAATTGAAGATATTAAATTTTAAACTGTAAAATACTG----ACTGGCTGTTTTATAAAATCAAGGATGAAA----AAA----AGATCCTAGATAttgaaatttggttaaagaattc
gi|7 : ttattttacgaGTTA-----AA-CATTAA------T-TGTA-A------ACAAATGAACA---------------TCAAGTATACTGATTTTCAAG----------GAC-----TGCATAGAACATTT------ATAGAAT--AGT---ATTATG----TTTATATATG-G--CTGGTATGC----TATG-ATCATA------TCC-ATTGAAGATATTCACTTTGAAACCCTAAAATACTG----ACTGATTGTTTACTAGAACCATTAATAGAATTCCAAATAAAAGCTCATTAATATGGACACGGTTACAACACATTTTCTGAA
gi|7 : actggTACAACAC-ATT---TTCTGAAGTGGATATT---------AAGT------------TTgtggatattaagttt
gi|8 : actgggttaaacattaattgtaaacaaatgaacatcaagtatactgattttcaaggactgcatagaacatttatagaatagtattatgtttatatatggctggtatgctatgatcatatccattgaagatattcactttgaaaccctaaaatactgactgattgtttactagaaccattaatagaattccaaataaaagctcattaatatggacacggtGAA-AGC--TCAGTTGCACTAAGTACAATGTACAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----GCAACAAA--AGT--A--AACAA--TAAC-A---GTGATA-----AG--ATTAATAACATT-TATATA------ACAGATGAACA-------------------------------TCAAA----------TAC-----TA----------GT------ATA-C-T--AAT--T
gi|9 : ttttacgaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAAT-C------CAATCTTCCCTGAGGTGCTCA----ACAACAAA--ATT--A--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CGTTAA------T-TATGTA------ACAAATAAACATCAAATGGCTTTATTT---------------TCAAA----------TAC-----T-----------TT------ATAAA-T--TAA--TATTATG----TATACATGTATA--CGTATATGttcaaagagtatatggataagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattggtatactatgctctact
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 1111 222222222 111 111 2222222222 7777777777777777777777777777777777777777 1 11 1 1
lowQualScore : 2 33 22222222 1 4444 44 9999999 22 2 000 777777 2 666666 2 777777 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 3 8888888 9999 66 1 9999 4 4 7777777777 11 1 0000 33 222222222 5 2 2 111 5 000 5555555555 0 7777777777777777777777777777777777777777 3 88 0 3 3
lowQualScore : . .. ........ . .... .. ....... .. . ... ...... . ...... . ...... . .......................................................................... . . ....... .... .. . .... . . .......... .. . .... .. ......... . . . ... . ... .......... . ........................................ . .. . . .
lowQualScore : 9 99 77777777 0 0000 88 4444444 99 2 666 111111 2 888888 5 222222 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 5555555 4444 11 1 4444 4 4 8888888888 55 0 6666 11 999999999 7 3 5 777 7 000 0000000000 1 8888888888888888888888888888888888888888 3 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
gi|1 : CGAATAAC--TCAGTTGGACTAAGT-T------CAATCTTCCCTGAGGTACCCA----ACAACAAA--ATT-AAT-AAAAA--GAGC-A---GTGATA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGGACA---------------T---------------TCAAA----------GAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--CATTATG----CATATCTATGACA--GGTATGC----TATG-ATC-TGCTCCTGTCC-ATTGAATATATTTACTTTCAAACTGTAAAATAGTG----ACTGACTGTTTAATAAAGTCAGGGACGGAATCCCAAATTACAGCTTTTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAACTCACAGTTTGGCTTTGCGA---TATAGAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGG----TGAATCT--------------AGGAA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCTTTTTA--TTATTTTGTACATTAGTATTCCT-TGTGATACTT
gi|10 : atatgtattcACTATGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTAAATA----ATAACAAA--ATT-AA--A-CAT--GAAC-A---GTGTCA-----AA-CATTTA------T-TATATA------ACAAATGACCA-------------------------------TCAAA----------TATACTGAT-----------TT------TCAGA-T--AAT--aactttaacaggaaattacatccatt
gi|11 : tattttacgagaaaA----ACAACAAT--ACT-AA--AAAAA--GAAC-G---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-AATATA------ATAAATGAACA---------------TCAAGTATACTAATGTTCAAA----------TAC-----C-----------AT------AAAGA-T--TAG--TATTGTG----CATATATATGACT--GGTATGC----TACG-ATT-TGC-----TCT-ATTGAATATATTTATTTTTGAACataggaaatttatagattagtattttgtataaatgtgt
gi|12 : A----ACAACACA--TTT-AC----CAA--GAAC-T---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ATAAA-AAATATCGCATATACTAATTT---------------TCAAA----------GAC-----T-----------AC------ATAGA-T--AAG--TATTATG----TATATATATGA------------------------TGTT----TAC-ATTTAAG--------CTTTAAAC-------GACTT----ACTGACTGTTAAATAAAAT
gi|13 : GAA-AAC--TCAGTTCGACTGAGT-C------TAATCTTCCGTGAGGTCCTCA----ACAGCAAAT-ATT--T--ATCAA--GTACGA---GCATTT-----TA-CATTAA------T-CATATA------ACAATTG---A---------------T---------------T--AA----------AAT-----T-----------TG------GTATA-T--CAT--T
gi|14 : gaccatgttaaacgaGAA-AAC--TTCGTTGCACAAAGT-G------CAACCTACCCTGAAGTCTTCA----AAGACAAA--CTT--G--AATAA--GAAG-AT--GTGTT------GA-TAATAA------G-CATACAATAAATACAAATGACCA---------------T---------------C---A----------TAC-----T-----------Ttcgtaaaaaaggataccgtgga
gi|15 : atgtttataatatcgagttcgtttaaagaCGAA-CACATCCAGTTAGATAAGGT-C------CACTCTTCACTGAGGTTCTCA----ACAATAAATTATT-AA----CAA--GAAC-AT--GTCTTT-----AA-CATTAA------CGCATAAA------AAAAATGAACA---------------T---------------actgacttt
gi|16 : gaccttatttaaGAA-AAC--TCAGTT---TT--GT-C------AAACCTTTCCTGAGATCCTGA----ACAACAAA--TTTAAA--AACAA--GAAT-A----TATTA-----cacatcaattgattttta
gi|17 : tagtatatatgatcgtgactttattttgacgaACTCAGT-C------CAATCATCCCTAAGGTCCTCA----ATAACAAA--ATT--A--AACA--------A---GCGCTT-----AA-CACTTA------T-TATATA------TCAAATGTACA-------------------------------TCAAATATAC-----TAC-----T-----------TT------TCAGA-C--AAT--taagttcaagaattttttatttattaacata
gi|18 : tacaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----A----AAA--ATG-TA--AACAatagat
gi|19 : aataataattttttttacgaAAT-TG---------ACAG-AGATTTTGTAAACAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACATTGC-ATT---TTCTGAAG----------TGGAACTTAAGTTT--------------CAGGA---------------------ATgtcagctactgtcagaataaaacctaattttgatat
gi|2 : AAA--ATT-TA--AACGT--G--C-ATTTATGTCT-----AA-CATTAA------A-CGTATT------AAAAATCAACA---------------T----------------CA--------------------------------TT------ATAGA----------A--ATG----TTTAAA----ATT----TTTGT----TATGTATA-TGTT----TT---TTGTAGATATTTACTTTTAAACTA-AAAACATTA----TCTGATTGATCAATGAAATCGGGGATAAAATGCCCGATTACAAATCCTGATTAT----------ATAT-AT-TTTTTTAAATAGTTTACAGTTTCCCTTTG--------TATAACAC-AAT---TTCTGAAGTTTTTTATGTTATGTCTAATGTTTGTATTTGTATTAACCACGA---------------------ATATAATGGCTAAAATTCCATTTATTTTATTTGGTACGGTAGAATTGTTGTTTGAT-ATTgtatttcagttacgggtgcaccca
gi|20 : ttcagttcgactaagtaGAA-AAC--TCAGATGGACCAAGT-G------CAAGTTTCTCTGAGGTTCT----------CAAA--ATT--A--AACAA--GAAC-A---GTTTTA-----AACCATTAA------T-TATATA------ACAGATGtttgactccatcaagaaatt
gi|21 : ctttattttatgaGAA-AAC--TCATTTGGATTAAGT-C------CAATCTTCTCTGAGGT-TTCA----TCAACAAA--ATT-------------AAC-A---ATGTTT-----AA-CAt
gi|22 : ctttcctttacgaGGA-AAC--TCAGTTGAACTAAGT-A------AAATCTTCTCTGAGATACTCA----AGAACatca
gi|23 : ataataatgacttaattgaatgaGAA-AAC---------GACCTAGT-C-------AATCTTCACTGAGGTCCTCA----TCAGCAAA--ATT--A--AACAA--g
gi|24 : ttttattttacgaATCTTCCTTGAGGTCCTCA----ACAATAAa
gi|25 : GAA-AGC--TAAGTTGAACTAAGA-T------CAATCTTCCCTTAGGTCCTCATAATACAATAAgtacacattaagtataagcattaagaaccatataa
gi|26 : TATGGTTCAGGTATGC----TATG-ATC-TGC-----TGC-GCTGAAGATATTTAATTTtgtgaa
gi|27 : TCCATGAGTTTCTCA----ACAACAAA--TTT-TA--AACAA--GACC-AT--GTGTTT-----AA-CATTAA------aagtattgt
gi|3 : CAAC--ATT-AATTAACAAATGGAC-A-------TA-----AA-AATT----------TATATA-------CTAATG-------------------T---------------CCAAA----------TAC-----T-----------AT------AGAGA-T--TAG--TATTATA----TACATATATGACT--G-TATGC----TATG-ATC-TGCT-----CC-ACTGACGACATTTACGTTTAAATTGTAAATGACTGCCGGACTGATGCTTTAATAAAATCAGGGAGGGAATACCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-CGACTTGCTA---AATTCGCAGTTTGGCTTTGGGA---TATGCAACATAATTATGTTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATat
gi|4 : agtgctA----ACAACAAA--ATT-AA--A-CAA--GAAC-A---TTGTTATATTTAA-CATTAA------T-TA----------ACAAATGAACA---------------TCAAATACACCATCTTTCAAA----------AAT-----T-----------AT------GTAAA-T--TAG--TATTATG----TCAATGTATTACT--GGTATGCATGCTTTG-ATC-TG------TCG-TTTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTGAAAAACTG----ACCGATTATTTAATAAACACCGAGATGGAACTTCAAATTACAGCCCCTGAATATG---------ACGA-AGGTTTTCTAAATAATTCACAGTTTGATTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTgtaactcatgtatgtacttgaa
gi|5 : GGTATTTACGTTTAAACTTTAAAAGACTA----TATAATTGTTTAATCAAATCAGGGATAGAATACAAAATTACAGCTCCTGAATATG---------GTAA-AAGTTTTCTAACTTATTCCCAGCTCGGCTTTGGGACATTATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------CGGATCTTACGTTT--------------CGGGAATGTATGTATGAATCTCGAAGATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTAGTTTGTACATTATTATTGCT-TTTAAT-CTT
gi|6 : tGAA-AAC--TAAGCTGGACTAAGT-TAGTT--CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAAC---------------------AAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAC------C-TTTATA------ACAAATTAACA-------------------------------TCAAATAAATATATTGAT-----T-----------TTCAAAGAATATA-TTGAGTCATATTATGTGTATATATATATGTCT--GGTATGC----TCTG-ATC-TGC------CCAATTGAAGATATTAAATTTTAAACTGTAAAATACTG----ACTGGCTGTTTTATAAAATCAAGGATGAAA----AAA----AGATCCTAGATAttgaaatttggttaaagaattc
gi|7 : ttattttacgaGTTA-----AA-CATTAA------T-TGTA-A------ACAAATGAACA---------------TCAAGTATACTGATTTTCAAG----------GAC-----TGCATAGAACATTT------ATAGAAT--AGT---ATTATG----TTTATATATGGCT--GGTATGC----TATG-ATCATA------TCC-ATTGAAGATATTCACTTTGAAACCCTAAAATACTG----ACTGATTGTTTACTAGAACCATTAATAGAATTCCAAATAAAAGCTCATTAATATGGACACGGTTACAACACATTTTCTGAA
gi|7 : actggTACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATATTAAGTTT--------------gtggatattaagttt
gi|8 : actgggttaaacattaattgtaaacaaatgaacatcaagtatactgattttcaaggactgcatagaacatttatagaatagtattatgtttatatatggctggtatgctatgatcatatccattgaagatattcactttgaaaccctaaaatactgactgattgtttactagaaccattaatagaattccaaataaaagctcattaatatggacacggtGAA-AGC--TCAGTTGCACTAAGTACAATGTACAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----GCAACAAA--AGT--A--AACAA--TAAC-A---GTGATA-----AG--ATTAATAACATT-TATATA------ACAGATGAACA-------------------------------TCAAA----------TAC-----TA----------GT------ATA-C-T--AAT--T
gi|9 : ttttacgaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAAT-C------CAATCTTCCCTGAGGTGCTCA----ACAACAAA--ATT--A--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CGTTAA------T-TATGTA------ACAAATAAACATCAAATGGCTTTATTT---------------TCAAA----------TAC-----T-----------TT------ATAAA-T--TAA--TATTATG----TATACATGTttcaaagagtatatggataagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattggtatactatgctctact
Alignments
lowQualScore : 11111111 1111111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222222 1111 222222222 111 111 2222222222 7777777777777777777777777777777777777777 1 11 1 1
lowQualScore : 2 33 22222222 1 4444 44 9999999 22 2 000 777777 2 666666 2 777777 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 3 8888888 9999 66 1 9999 4 4 7777777777 11 1 0000 33 222222222 5 2 2 111 5 000 5555555555 0 7777777777777777777777777777777777777777 3 88 0 3 3
lowQualScore : . .. ........ . .... .. ....... .. . ... ...... . ...... . ...... . .......................................................................... . . ....... .... .. . .... . . .......... .. . .... .. ......... . . . ... . ... .......... . ........................................ . .. . . .
lowQualScore : 9 99 77777777 0 0000 88 4444444 99 2 666 111111 2 888888 5 222222 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 5555555 4444 11 1 4444 4 4 8888888888 55 0 6666 11 999999999 7 3 5 777 7 000 0000000000 1 8888888888888888888888888888888888888888 3 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
gi|1 : CGAATAAC--TCAGTTGGACTAAGT-T------CAATCTTCCCTGAGGTACCCA----ACAACAAA--ATT-AAT-AAAAA--GAGC-A---GTGATA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGGACA---------------T---------------TCAAA----------GAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--CATTATG----CATATCTATGACA--GGTATGC----TATG-ATC-TGCTCCTGTCC-ATTGAATATATTTACTTTCAAACTGTAAAATAGTG----ACTGACTGTTTAATAAAGTCAGGGACGGAATCCCAAATTACAGCTTTTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAACTCACAGTTTGGCTTTGCGA---TATAGAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGG----TGAATCT--------------AGGAA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCTTTTTA--TTATTTTGTACATTAGTATTCCT-TGTGATACTT
gi|10 : atatgtattcACTATGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTAAATA----ATAACAAA--ATT-AA--A-CAT--GAAC-A---GTGTCA-----AA-CATTTA------T-TATATA------ACAAATGACCA-------------------------------TCAAA----------TATACTGAT-----------TT------TCAGA-T--AAT--aactttaacaggaaattacatccatt
gi|11 : tattttacgagaaaA----ACAACAAT--ACT-AA--AAAAA--GAAC-G---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-AATATA------ATAAATGAACA---------------TCAAGTATACTAATGTTCAAA----------TAC-----C-----------AT------AAAGA-T--TAG--TATTGTG----CATATATATGACT--GGTATGC----TACG-ATT-TGC-----TCT-ATTGAATATATTTATTTTTGAACataggaaatttatagattagtattttgtataaatgtgt
gi|12 : A----ACAACACA--TTT-AC----CAA--GAAC-T---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ATAAA-AAATATCGCATATACTAATTT---------------TCAAA----------GAC-----T-----------AC------ATAGA-T--AAG--TATTATG----TATATATATGA------------------------TGTT----TAC-ATTTAAG--------CTTTAAAC-------GACTT----ACTGACTGTTAAATAAAAT
gi|13 : GAA-AAC--TCAGTTCGACTGAGT-C------TAATCTTCCGTGAGGTCCTCA----ACAGCAAAT-ATT--T--ATCAA--GTACGA---GCATTT-----TA-CATTAA------T-CATATA------ACAATTG---A---------------T---------------T--AA----------AAT-----T-----------TG------GTATA-T--CAT--T
gi|14 : gaccatgttaaacgaGAA-AAC--TTCGTTGCACAAAGT-G------CAACCTACCCTGAAGTCTTCA----AAGACAAA--CTT--G--AATAA--GAAG-AT--GTGTT------GA-TAATAA------G-CATACAATAAATACAAATGACCA---------------T---------------C---A----------TAC-----T-----------Ttcgtaaaaaaggataccgtgga
gi|15 : atgtttataatatcgagttcgtttaaagaCGAA-CACATCCAGTTAGATAAGGT-C------CACTCTTCACTGAGGTTCTCA----ACAATAAATTATT-AA----CAA--GAAC-AT--GTCTTT-----AA-CATTAA------CGCATAAA------AAAAATGAACA---------------T---------------actgacttt
gi|16 : gaccttatttaaGAA-AAC--TCAGTT---TT--GT-C------AAACCTTTCCTGAGATCCTGA----ACAACAAA--TTTAAA--AACAA--GAAT-A----TATTA-----cacatcaattgattttta
gi|17 : tagtatatatgatcgtgactttattttgacgaACTCAGT-C------CAATCATCCCTAAGGTCCTCA----ATAACAAA--ATT--A--AACA--------A---GCGCTT-----AA-CACTTA------T-TATATA------TCAAATGTACA-------------------------------TCAAATATAC-----TAC-----T-----------TT------TCAGA-C--AAT--taagttcaagaattttttatttattaacata
gi|18 : tacaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----A----AAA--ATG-TA--AACAatagat
gi|19 : aataataattttttttacgaAAT-TG---------ACAG-AGATTTTGTAAACAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACATTGC-ATT---TTCTGAAG----------TGGAACTTAAGTTT--------------CAGGA---------------------ATgtcagctactgtcagaataaaacctaattttgatat
gi|2 : AAA--ATT-TA--AACGT--G--C-ATTTATGTCT-----AA-CATTAA------A-CGTATT------AAAAATCAACA---------------T----------------CA--------------------------------TT------ATAGA----------A--ATG----TTTAAA----ATT----TTTGT----TATGTATA-TGTT----TT---TTGTAGATATTTACTTTTAAACTA-AAAACATTA----TCTGATTGATCAATGAAATCGGGGATAAAATGCCCGATTACAAATCCTGATTAT----------ATAT-AT-TTTTTTAAATAGTTTACAGTTTCCCTTTG--------TATAACAC-AAT---TTCTGAAGTTTTTTATGTTATGTCTAATGTTTGTATTTGTATTAACCACGA---------------------ATATAATGGCTAAAATTCCATTTATTTTATTTGGTACGGTAGAATTGTTGTTTGAT-ATTgtatttcagttacgggtgcaccca
gi|20 : ttcagttcgactaagtaGAA-AAC--TCAGATGGACCAAGT-G------CAAGTTTCTCTGAGGTTCT----------CAAA--ATT--A--AACAA--GAAC-A---GTTTTA-----AACCATTAA------T-TATATA------ACAGATGtttgactccatcaagaaatt
gi|21 : ctttattttatgaGAA-AAC--TCATTTGGATTAAGT-C------CAATCTTCTCTGAGGT-TTCA----TCAACAAA--ATT-------------AAC-A---ATGTTT-----AA-CAt
gi|22 : ctttcctttacgaGGA-AAC--TCAGTTGAACTAAGT-A------AAATCTTCTCTGAGATACTCA----AGAACatca
gi|23 : ataataatgacttaattgaatgaGAA-AAC---------GACCTAGT-C-------AATCTTCACTGAGGTCCTCA----TCAGCAAA--ATT--A--AACAA--g
gi|24 : ttttattttacgaATCTTCCTTGAGGTCCTCA----ACAATAAa
gi|25 : GAA-AGC--TAAGTTGAACTAAGA-T------CAATCTTCCCTTAGGTCCTCATAATACAATAAgtacacattaagtataagcattaagaaccatataa
gi|26 : TATGGTTCAGGTATGC----TATG-ATC-TGC-----TGC-GCTGAAGATATTTAATTTtgtgaa
gi|27 : TCCATGAGTTTCTCA----ACAACAAA--TTT-TA--AACAA--GACC-AT--GTGTTT-----AA-CATTAA------aagtattgt
gi|3 : CAAC--ATT-AATTAACAAATGGAC-A-------TA-----AA-AATT----------TATATA-------CTAATG-------------------T---------------CCAAA----------TAC-----T-----------AT------AGAGA-T--TAG--TATTATA----TACATATATGACT--G-TATGC----TATG-ATC-TGCT-----CC-ACTGACGACATTTACGTTTAAATTGTAAATGACTGCCGGACTGATGCTTTAATAAAATCAGGGAGGGAATACCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-CGACTTGCTA---AATTCGCAGTTTGGCTTTGGGA---TATGCAACATAATTATGTTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATat
gi|4 : agtgctA----ACAACAAA--ATT-AA--A-CAA--GAAC-A---TTGTTATATTTAA-CATTAA------T-TA----------ACAAATGAACA---------------TCAAATACACCATCTTTCAAA----------AAT-----T-----------AT------GTAAA-T--TAG--TATTATG----TCAATGTATTACT--GGTATGCATGCTTTG-ATC-TG------TCG-TTTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTGAAAAACTG----ACCGATTATTTAATAAACACCGAGATGGAACTTCAAATTACAGCCCCTGAATATG---------ACGA-AGGTTTTCTAAATAATTCACAGTTTGATTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTgtaactcatgtatgtacttgaa
gi|5 : GGTATTTACGTTTAAACTTTAAAAGACTA----TATAATTGTTTAATCAAATCAGGGATAGAATACAAAATTACAGCTCCTGAATATG---------GTAA-AAGTTTTCTAACTTATTCCCAGCTCGGCTTTGGGACATTATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------CGGATCTTACGTTT--------------CGGGAATGTATGTATGAATCTCGAAGATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTAGTTTGTACATTATTATTGCT-TTTAAT-CTT
gi|6 : tGAA-AAC--TAAGCTGGACTAAGT-TAGTT--CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAAC---------------------AAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAC------C-TTTATA------ACAAATTAACA-------------------------------TCAAATAAATATATTGAT-----T-----------TTCAAAGAATATA-TTGAGTCATATTATGTGTATATATATATGTCT--GGTATGC----TCTG-ATC-TGC------CCAATTGAAGATATTAAATTTTAAACTGTAAAATACTG----ACTGGCTGTTTTATAAAATCAAGGATGAAA----AAA----AGATCCTAGATAttgaaatttggttaaagaattc
gi|7 : ttattttacgaGTTA-----AA-CATTAA------T-TGTA-A------ACAAATGAACA---------------TCAAGTATACTGATTTTCAAG----------GAC-----TGCATAGAACATTT------ATAGAAT--AGT---ATTATG----TTTATATATGGCT--GGTATGC----TATG-ATCATA------TCC-ATTGAAGATATTCACTTTGAAACCCTAAAATACTG----ACTGATTGTTTACTAGAACCATTAATAGAATTCCAAATAAAAGCTCATTAATATGGACACGGTTACAACACATTTTCTGAA
gi|7 : actggTACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATATTAAGTTT--------------gtggatattaagttt
gi|8 : actgggttaaacattaattgtaaacaaatgaacatcaagtatactgattttcaaggactgcatagaacatttatagaatagtattatgtttatatatggctggtatgctatgatcatatccattgaagatattcactttgaaaccctaaaatactgactgattgtttactagaaccattaatagaattccaaataaaagctcattaatatggacacggtGAA-AGC--TCAGTTGCACTAAGTACAATGTACAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----GCAACAAA--AGT--A--AACAA--TAAC-A---GTGATA-----AG--ATTAATAACATT-TATATA------ACAGATGAACA-------------------------------TCAAA----------TAC-----TA----------GT------ATA-C-T--AAT--T
gi|9 : ttttacgaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAAT-C------CAATCTTCCCTGAGGTGCTCA----ACAACAAA--ATT--A--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CGTTAA------T-TATGTA------ACAAATAAACATCAAATGGCTTTATTT---------------TCAAA----------TAC-----T-----------TT------ATAAA-T--TAA--TATTATG----TATACATGTttcaaagagtatatggataagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattggtatactatgctctact
blockSeqs : . AT ACAATGTA A TAAT TT AATTAA AT G TTT ATATTT C TAACAT G ATAAAT TCAAGTATACTGATTTTCAAGGACTGCATAGAACATTT A TGAGTCA TGTA CA G ATGC T A TTTAC GT G CCGG TG GACACGGTT C A G CAT A ATG TTTTTTATGT CGGGAATGTATGTATGAATCTCGAAG C TT G .
blockSeqs : . . TAGTT C . T AAAAA . . T A . . . . TCAAGTATACTAATGTTCAAATACCAT . AAT . . G . . . CTCT GT C . TA . . A G . . . . GTATTTGTATTAACCACGA . . . .
blockSeqs : . . C C . . AAAA . . T A . . . . TCGCATATACTAATTTTCAAAGACTAC . TAG . . G . . . TTTT TT G . CT . . G G . . . . CAGGA
blockSeqs : . . C T . . TAAA . . T A . . . . TCAAATACACCATCTTTCAAAAATTAT . AAG . . G . . . CTGC GT A . TA . . G G . . . . CGGGA
blockSeqs : . . G C . . TAAA . . . T . . . . TCAAATAAATATATTGATTTTCAAAGA . CAT . . G . . . CTCC CT G . TT . . A . . . . .
blockSeqs : . . C C . . TAAA . . . T . . . . TCAAATGGCTTTATTTTCAAATACTTT . AAT . . . . . . CCCA A T . . . . . . . .
blockSeqs : . . C C . . AAA . . . A . . . . TCAAATATACTGATTT . TAG . . . . . . TCG . T .
blockSeqs : . . C T . . TAT . . . T . . . . TCAAATATACTACTTT . TAG . . . . . . TCC
blockSeqs : . . C A . . GAA . . . T . . . . TCCAAATACTAT . AGT
blockSeqs : . . G C . . AAA . . . A . . . . TCAAATACTAGT . AAT
blockSeqs : . . C C . . AAA . . . T . . . . TTAAAATTTG . TAA
blockSeqs : . . A C . . AAA . . . T . . . . TCATT . .
blockSeqs : . . C T . . AAA . . . A . . . .
blockSeqs : T C . . AAA . . . A . . . .
blockSeqs : C C . . AAA . . . A . . . .
blockSeqs : G . . AC . . . A . .
blockSeqs : . . . AA . . . A .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : AAA**** CTCC******
originalCons : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATT-AA--AACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATC-TGCT----TCC-ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
finalCons : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA--ATTAAA----CAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATTAA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATC-TGCTCC------ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
Alignments
lowQualScore : 11111111 111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1111 222222222 111 111 2222222222 7777777777777777777777777777777777777777 1 11 1 1
lowQualScore : 2 33 22222222 1 3333 44 1 44 22 22 44 2 000 666666 2 333 66666666 666666 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 3 8888888 9999 2 66 1 9999 2 4 2 222222 11 1 0000 33 222222222 5 2 2 111 5 000 5555555555 0 7777777777777777777777777777777777777777 3 88 0 3 3
lowQualScore : . .. ........ . .... .. . .. .. .. .. . ... ...... . ... ........ ...... . .......................................................................... . . ....... .... . .. . .... . . . ...... .. . .... .. ......... . . . ... . ... .......... . ........................................ . .. . . .
lowQualScore : 9 99 77777777 7 9999 33 9 55 66 66 88 1 000 222222 1 999 77777777 888888 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 1 5555555 4444 7 11 1 4444 0 4 9 111111 55 0 6666 11 999999999 7 3 5 777 7 000 0000000000 1 8888888888888888888888888888888888888888 3 33 7 3 3
consensus : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA-AT-T--A--A--ACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATT---AA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATCTGCTCC-----ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
Reference ( family-501 ) : NNNNNNNNNNCGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAACAAA-AT-T--A--A--ACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CATT---AA------T-TATATA------ACAAATGAACA---------------T---------------TCAAA----------NAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--TATTATG----TATATATATGACT--GGTATGC----TATG-ATCTGCTCC-----ATTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTAAAANACTG----ACTGATTGTTTAATAAAATCAGGGATGGAATNCCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTATTTTGTACGTTAGTATTGCT-TTTGAT-CTT
gi|1 : CGAATAAC--TCAGTTGGACTAAGT-T------CAATCTTCCCTGAGGTACCCA----ACAACAAA-AT-T--A--ATAAAAA--GAGC-A---GTGATA-----AA-CATT---AA------T-TATATA------ACAAATGGACA---------------T---------------TCAAA----------GAC-----T-----------TT------ATAGA-T--AAT--CATTATG----CATATCTATGACA--GGTATGC----TATG-ATCTGCTCCTGTCCATTGAATATATTTACTTTCAAACTGTAAAATAGTG----ACTGACTGTTTAATAAAGTCAGGGACGGAATCCCAAATTACAGCTTTTGAATATG---------ACAA-AGATTTTCTAAATAACTCACAGTTTGGCTTTGCGA---TATAGAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGG----TGAATCT--------------AGGAA---------------------ATAAGGTGG-TGAAATTCTTTTTA--TTATTTTGTACATTAGTATTCCT-TGTGATACTT
gi|10 : atatgtattcACTATGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTAAATA----ATAACAAA-AT-T--A--A--ACAT--GAAC-A---GTGTCA-----AA-CATT---TA------T-TATATA------ACAAATGACCA-------------------------------TCAAA----------TATACTGAT-----------TT------TCAGA-T--AAT--aactttaacaggaaattacatccatt
gi|11 : tattttacgagaaaA----ACAACAAT-AC-T--A--A--AAAAA-GAAC-G---GTGTTA-----AA-CATT---AA------T-AATATA------ATAAATGAACA---------------TCAAGTATACTAATGTTCAAA----------TAC-----C-----------AT------AAAGA-T--TAG--TATTGTG----CATATATATGACT--GGTATGC----TACG-ATTTGCTCT-----ATTGAATATATTTATTTTTGAACataggaaatttatagattagtattttgtataaatgtgt
gi|12 : A----ACAACACA-TT-T--A--C---CAA--GAAC-T---GTGTTA-----AA-CATT---AA------T-TATATA------ATAAA-AAATATCGCATATACTAATTT---------------TCAAA----------GAC-----T-----------AC------ATAGA-T--AAG--TATTATG----TATATATATG--------ATGT----T----------TAC-----ATTTAAG--------CTTTAAAC-------GACTT----ACTGACTGTTAAATAAAAT
gi|13 : GAA-AAC--TCAGTTCGACTGAGT-C------TAATCTTCCGTGAGGTCCTCA----ACAGCAAATAT-T--T--A--TCAA--GTACGA---GCATTT-----TA-CATT---AA------T-CATATA------ACAATTG---A---------------T---------------T--AA----------AAT-----T-----------TG------GTATA-T--CAT--T
gi|14 : gaccatgttaaacgaGAA-AAC--TTCGTTGCACAAAGT-G------CAACCTACCCTGAAGTCTTCA----AAGACAAA-CT-T--G--A--ATAA--GAAG-AT--GTGTT------GA-TAAT---AA------G-CATACAATAAATACAAATGACCA---------------T---------------C---A----------TAC-----T-----------Ttcgtaaaaaaggataccgtgga
gi|15 : atgtttataatatcgagttcgtttaaagaCGAA-CACATCCAGTTAGATAAGGT-C------CACTCTTCACTGAGGTTCTCA----ACAAT-AA-AT-T--ATTA--ACAA--GAAC-AT--GTCTTT-----AA-CATT---AA------CGCATAAA------AAAAATGAACA---------------T---------------actgacttt
gi|16 : gaccttatttaaGAA-AAC--TCAGTT---TT--GT-C------AAACCTTTCCTGAGATCCTGA----ACAACAAA-TT-TAAA--A--ACAA--GAAT-A----TATTA-----cacatcaattgattttta
gi|17 : tagtatatatgatcgtgactttattttgacgaACTCAGT-C------CAATCATCCCTAAGGTCCTCA----ATAACAAA-AT-T--A--A--ACA--------A---GCGCTT-----AA-CACT---TA------T-TATATA------TCAAATGTACA-------------------------------TCAAATATAC-----TAC-----T-----------TT------TCAGA-C--AAT--taagttcaagaattttttatttattaacata
gi|18 : tacaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAGT-C------CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----A----AAA-ATGT--A--A--ACAatagat
gi|19 : aataataattttttttacgaAAT-TG---------ACAG-AGATTTTGTAAACAATTCACAGTTTGGCTTTGGGA---TATACATTGC-ATT---TTCTGAAG----------TGGAACTTAAGTTT--------------CAGGA---------------------ATgtcagctactgtcagaataaaacctaattttgatat
gi|2 : AAA-AT-TT-A--A--ACGT--G--C-ATTTATGTCT-----AA-CATT---AA------A-CGTATT------AAAAATCAACA---------------T----------------CA--------------------------------TT------ATAGA----------A--ATG----TTTAAA----ATT----TTTGT----TATGTATATGTTTT------TTGTAGATATTTACTTTTAAACTA-AAAACATTA----TCTGATTGATCAATGAAATCGGGGATAAAATGCCCGATTACAAATCCTGATTAT----------ATAT-AT-TTTTTTAAATAGTTTACAGTTTCCCTTTG--------TATAACAC-AAT---TTCTGAAGTTTTTTATGTTATGTCTAATGTTTGTATTTGTATTAACCACGA---------------------ATATAATGGCTAAAATTCCATTTATTTTATTTGGTACGGTAGAATTGTTGTTTGAT-ATTgtatttcagttacgggtgcaccca
gi|20 : ttcagttcgactaagtaGAA-AAC--TCAGATGGACCAAGT-G------CAAGTTTCTCTGAGGTTCT----------CAAA-AT-T--A--A--ACAA--GAAC-A---GTTTTA-----AACCATT---AA------T-TATATA------ACAGATGtttgactccatcaagaaatt
gi|21 : ctttattttatgaGAA-AAC--TCATTTGGATTAAGT-C------CAATCTTCTCTGAGGT-TTCA----TCAACAAA-AT-T---------------AAC-A---ATGTTT-----AA-CAt
gi|22 : ctttcctttacgaGGA-AAC--TCAGTTGAACTAAGT-A------AAATCTTCTCTGAGATACTCA----AGAACatca
gi|23 : ataataatgacttaattgaatgaGAA-AAC---------GACCTAGT-C-------AATCTTCACTGAGGTCCTCA----TCAGCAAA-AT-T--A--A--ACAA--g
gi|24 : ttttattttacgaATCTTCCTTGAGGTCCTCA----ACAATAAG----T--A--C--ACAT--TA---A---GTA-TA-----AG-CATTAAGAA------C-CATATA------Aa
gi|25 : GAA-AGC--TAAGTTGAACTAAGA-T------CAATCTTCCCTTAGGTCCTCATAATACAATAA
gi|26 : TATGGTTCAGGTATGC----TATG-ATCTGCTGC-----GCTGAAGATATTTAATTTtgtgaa
gi|27 : TCCATGAGTTTCTCA----ACAACAAATTT-T--A--A--ACAA--GACC-AT--GTGTTT-----AA-CATT---AA------aagtattgt
gi|3 : GTGCTCA----ACATTAA---T-T--A--A---CAAATGGAC-A-------TA-----AA-AATT-------------TATATA-------CTAATG-------------------T---------------CCAAA----------TAC-----T-----------AT------AGAGA-T--TAG--TATTATA----TACATATATGACT--G-TATGC----TATG-ATCTGCTCC-----ACTGACGACATTTACGTTTAAATTGTAAATGACTGCCGGACTGATGCTTTAATAAAATCAGGGAGGGAATACCAAATTACAGCTCCTGAATATG---------ACAA-CGACTTGCTA---AATTCGCAGTTTGGCTTTGGGA---TATGCAACATAATTATGTTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTTT--------------CGGGA---------------------ATat
gi|4 : aA----ACAACAAA-AT-T--A--A--ACAA--GAAC-A---TTGTTATATTTAA-CATT---AA------T-TA----------ACAAATGAACA---------------TCAAATACACCATCTTTCAAA----------AAT-----T-----------AT------GTAAA-T--TAG--TATTATG----TCAATGTATTACT--GGTATGCATGCTTTG-ATCTG-TCG-----TTTGAAGATATTTACTTTTAAACTGTGAAAAACTG----ACCGATTATTTAATAAACACCGAGATGGAACTTCAAATTACAGCCCCTGAATATG---------ACGA-AGGTTTTCTAAATAATTCACAGTTTGATTTTGGGA---TATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATCTTAAGTgtaactcatgtatgtacttgaa
gi|5 : GGTATTTACGTTTAAACTTTAAAAGACTA----TATAATTGTTTAATCAAATCAGGGATAGAATACAAAATTACAGCTCCTGAATATG---------GTAA-AAGTTTTCTAACTTATTCCCAGCTCGGCTTTGGGACATTATACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------CGGATCTTACGTTT--------------CGGGAATGTATGTATGAATCTCGAAGATAAGGTGG-TGAAATTCCATTTA--TTAGTTTGTACATTATTATTGCT-TTTAAT-CTT
gi|6 : tGAA-AAC--TAAGCTGGACTAAGT-TAGTT--CAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----ACAAC-----------------------AAC-A---GTGTTA-----AA-CATT---AC------C-TTTATA------ACAAATTAACA-------------------------------TCAAATAAATATATTGAT-----T-----------TTCAAAGAATATA-TTGAGTCATATTATGTGTATATATATATGTCT--GGTATGC----TCTG-ATCTGCCCA-----ATTGAAGATATTAAATTTTAAACTGTAAAATACTG----ACTGGCTGTTTTATAAAATCAAGGATGAAA----AAA----AGATCCTAGATAttgaaatttggttaaagaattc
gi|7 : ttattttacgaGTTA-----AA-CATT---AA------T-TGTA-A------ACAAATGAACA---------------TCAAGTATACTGATTTTCAAG----------GAC-----TGCATAGAACATTT------ATAGAAT--AGT---ATTATG----TTTATATATGGCT--GGTATGC----TATG-ATCATATCC-----ATTGAAGATATTCACTTTGAAACCCTAAAATACTG----ACTGATTGTTTACTAGAACCATTAATAGAATTCCAAATAAAAGCTCATTAATATGGACACGGTTACAACACATTTTCTGAA
gi|7 : actggTACAACAC-ATT---TTCTGAAG----------TGGATATTAAGTTT--------------gtggatattaagttt
gi|8 : actgggttaaacattaattgtaaacaaatgaacatcaagtatactgattttcaaggactgcatagaacatttatagaatagtattatgtttatatatggctggtatgctatgatcatatccattgaagatattcactttgaaaccctaaaatactgactgattgtttactagaaccattaatagaattccaaataaaagctcattaatatggacacggtGAA-AGC--TCAGTTGCACTAAGTACAATGTACAATCTTCCCTGAGGTCCTCA----GCAACAAA-AG-T--A--A--ACAA--TAAC-A---GTGATA-----AG--ATT---AATAACATT-TATATA------ACAGATGAACA-------------------------------TCAAA----------TAC-----TA----------GT------ATA-C-T--AAT--T
gi|9 : ttttacgaGAA-AAC--TCAGTTGGACTAAAT-C------CAATCTTCCCTGAGGTGCTCA----ACAACAAA-AT-T--A--A--ACAA--GAAC-A---GTGTTA-----AA-CGTT---AA------T-TATGTA------ACAAATAAACATCAAATGGCTTTATTT---------------TCAAA----------TAC-----T-----------TT------ATAAA-T--TAA--TATTATG----TATACATGTttcaaagagtatatggataagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattggtatactatgctctact