lowQualScore                  :                                                                                                                                                           111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                     111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                     
lowQualScore                  :                                                                                                                         1     111                1        000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000            111111     111                           555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555           111                             1111111111111                                     111                           1         
lowQualScore                  :                                                                                                                         1     555             5  5      0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1          444444  1  777    0    0  66        666  333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333   6666  8 111             0    7       2  7777777777777 2 33 9999999999999999   2     2 7 2 777    2 2  2             5   3         
lowQualScore                  :                                                                                                                         .     ...             .  .      . ............................................................................................................ .          ......  .  ...    .    .  ..        ...  .............................................................................................................................................   ....  . ...             .    .       .  ............. . .. ................   .     . . . ...    . .  .             .   .         
lowQualScore                  :                                                                                                                         5     000             0  0      8 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4          444444  7  666    9    2  99        222  111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111   1111  8 222             6    1       1  0000000000000 1 11 6666666666666666   7     4 1 5 555    5 4  5             5   4         
consensus                     :                                                                                                                  ACCATTTNAAAACNTTGTATTTGCGATGGGTTAAAGCATAAACTA-C----AG-AGCCCAG---GCTCATAACAAT-AAGT---TAATNA--CTATACCTT----TA------A----TATAT--CA----CTGT-TTGTAT---TA-NACGCATTGTCAA------AAGTA-CATTTATAATTCAT--ATTCTTGTACCTAAAATC-----G------------------A-----------T-----------------------TGT-------TT----T----T---------------G--T---TTT----------T-------G----ACTG--TGT----TATT-T-AGCGCATTGATGTAAATAATGTATAT-AT------------GT-T--T-------G--------AGGGCCTCA-T-GGANG-ATTG-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                  ACCATTTTAAAACTTCATATTTGCGATGGGTTCAAGCATAAGATA-C----AT-AGCACAG---GTTCATAACGAT-AAGT---TAATTA--CTATACCTT----TA------A----TATAT--CA----ATGT-TATTAT---CA-GACGCATTGTCAA------AAGTA-CTTTTATAATTCAT--ATTCTTGTATTTAAAATC-----G------------------A-----------T-----------------------TGT-------TT----T----T---------------G--T---TTT----------T-------G----ACTC--TGT----TAAT-C-AGCACATTGATGTAAATAGTGTATAT-AT------------AT-T--T-------G--------AGGACCTCA-T-GAACA-ATTG-ACTT-GTTCAAATGAGTTTTCTGGTTAAATAA
gi|2                          :                                                                                                                  ACCATTTAAAAAAA-AATATTTTCGATGGTTTAAGGCATAAACTC-C----AG-AGCCAAG---GCTAATAACAAT-ACCT---GCATAA--CT-TACTT-------------A----TATAT--AA----CTGT-TTGTAT---TA-TAGGTATTGTCAA------TTGTA-CCTTTA--ATCGATGAATAATTGCTTTTGCTGTG-----C------------------A-----------T-----------------------TGT-------TT----T----T---------------GGTT---TTTCGTG------T-------G----ACTG--TGT----TATT-T-AACACATTGATGTAAACAATGTATGT-AT------------GT-T--T-------G--------AAGGCCTCA-TGGAATATAT---A-TT-GTTCAAAT
gi|7                          :                ttaacatcctcgtctaacctaaatctaccctaatccccgaccaaatcatgaattatttaaaacttctttataatatatacaaaaagccgattcattgaACCATTTCAAAACTTTGTATTTGCGATTGGTTAAAGCATAAACCT-C----A--AGCCCAG---GCTAATAAC--T--AGTACATAATT----TA---CTT----AA------A----TATAT--TA----CTGT-TTGTATGTCC----CGCATTGGCAA------
gi|1                          :                          aaatgagttatttagaagatattttatatattcgggataaaaaaatggaacagtttccaattactgtagtaataatgccaattcagtgaCCATTTAAAAACGTTATATTTGCGATGGGTTAAATCAT----TA-CTTCAAG-AGCCCAGAAAG--CATAAACAT-TAGTCCATAGT----CCATAGCTTAC--TATC----A----TAAAC--CACTACACGT--ATTAC-------GTGCACTGGTAA------AAGTA-CATTTATATTTCAT--ATTCTTGTACCTAA--TCTTAGGG------------------A-----------T-----------------------TAT-------CT----T----TTAAAATCAAATACATG--T---TTT----------T-------G----------TGT----AATT-C-AGCGCTTCTGTGTAAATAATGTTTAT-GT------------GT-G--T-------G--------AGGGCCTCG-T-GGATG-ATTG-AATT-GTACAAA-GTGTTCGCTCGTTAGATAA
gi|3                          : taatattcatcgaatctcaaatgtatgattatatactccccgaccaaataatgaattattgagaagatcctttgtagttttgggacacaacatttgggacagtttcctctaaaggagTTTCAAAACTTTGTATTTGTGATGCGTTAAAGCATAAGAAATT----AG-AGCCCAT---GATTATAGCAAT-CAGT---TCATAA--TT-CACTTTGA--TATGTGATA----TATAT--CA----CTGT-TTCTAT------GACGTATTGTCAA------GAGTA-TATTGGCAATTTAT--ATTGCTGTACCACAAATT-----GATGACTAATGTAACAGTTA-----------T-----------------------TGT-------TTC---T----T---------------G--T---TTCAGG-------T-------G----ACTG--TGT----T-AT-A-AGCATGTTGGTGTAAATAATGatatgttattaatattataattattataattatttgtattatatggtt
gi|4                          :                                       ccctgaccaaatcatgaattaattagaagatcttttatatgtatgatattttttttggaatgtatttcaaataaaagtaaaaagccaattcagtgatcttATGG--TAAAGCATAACTTA------ATGATCCCAG---GCGCATAACAAT-AAGT---TCATAA--CT-TAC-TT----TG------A----TGGAT--CA----CTGT-TTGTAT---TA-CACGCATTGTTAA------AAGTA-C-ATTATAATTCAT--TTTCTTGCACCTAAAATT-----G------------------A-----------TGAATATCTTTTATAATTATGTAATGT-------TA----T----T---------------G--C---TTTAGTATATGCGT-------G----A--C--TGT----TATT-T-AGCGTATTTATGT--ATGTTATATGT-AA------------AT-T--T-------GTAATGTTTAGGGCCTCA-T-GAAAG-ACTG-AATT-GTTCCAGTGTGATCTCT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                    TCATAACAATTACATG--TAGTT----TATAACTTCTC-TA------A----TATATATCA----CTGT-TTGTAT---TA-CACGCAT-GTTTA------AAATA-TATTTGTTATTCAT--ATTCGTGTACCTACGGTC-----G------------------AGGAATATTTCTT-----------------------TAT-------GT----TGTCGT---------------G--T---TTT----------TCTATGT-A----ACTG--TCT----TATT-T-AGCATATTGGTGTAAGTAATGTATAT-ATTTAAATATATATGT-T--T-------G--------AGAGCTTCA-T-GGAAG-ATTG-AGTT-GTTCGAATGAATTTTCTCGTTAAATAAcaattagaacatact
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                  c---TAATTAGTCCATACCTTATTATA------ACATATATAT--CA----CTGTATAGTA----CACGA-GCATTGTCAA------GA-TA-TATTTATAATTTAT--ATTCTTGCACATACAATC-----G------------------A-----------G-----------------------GA--------------A----T---------------A--T---TAT----------T-------G----GCTG--TGC----TATT-T-AGCACATTGATGTAAATAATGTATTT-AT------------GT-T--T-------ag
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                               aatggtctaaggtgccgtcttatgaCACATTTTCAACTGATGAAATATCTTACATAAA-AAT--ATTCTTAT-TTTA-----------------------------------------------------------------TAT-------TTG---C----T---------------G--T---TTG----------T-------G----------TGT----TAAT-TTAG-GCTTGGGTGCAAATATTGTAAAT-ATGA----------AT-T-------------------ATGACCTCC-T-GGAAG-ATTA-ACTT-GTTCAAATGAGTTATCTCGTAAAACAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    tataatatgcattTTTACAATTCAT--ATTCTTGTACCTTAAATC-----G------------------AGGAATAATGTCT-----------------------TGTGCTTTAATTGCTAT----T---------------G--T---TTT----------T-------ATGTAACTA--TGT----TATT-T-TGCACATTGATGTAAATAATGTGAGT-GT------------AT-a
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aag------------------A-----------T-----------------------TGT-------TT----T----T---------------G--T---TTC----------T-------G----ATGCGATGT----TTATTC-AGCGCATTGATGTTAATAATGTATAT-AT------------GT-C--T-------G--------AGGGCCTCA-T-AGATG-ATTG-ACTT-ATTCAAATGAGTTGTCTCATTAAAGAAgtca
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatgaataacttcttatactgtt------------------A-----------T-----------------------TGT-------TT----T----T---------------G--TATGTGTG---------T-------G----ACTG--TGT----TATT-A-AGCATATTGATGT---TAGTACATGT-Aa
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    gatcggactgtaacagtc-----------------------TGT-------TT----T----T---------------G--T---TTT----------TTTCATGTG----GCTG--TGT----TAGT-A-AGCACATTGATCTGAATAATGTATAT-AT------------GT-T--T-------G--------AGGGCCTTC-T-GGAAG-ATTG-ACCT--TTTAAATAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      cttttataGT-------TA----T----T---------------G--T---T-T----------T-------G----TTTC---GTAACATAAT-T-ATTGCGTTGATGCAAATAATGTATAC-AT------------GT-T--T-------G--------AGAGTTTCG-T-G
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ttcatataccT----T----T---------------G--G---TTT----------G-------G----TTTA--TGT----TATT-T-AGCACTTTGATGCAAATA----------T------------GT-T--T-------G--------AGGGCCTCA-T-GAAAG-CTTG-ATTT-GTTCAAATCGGTTATCTACTTAAATAg
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttattatttatgatgaatatataattta--TGT----TATT-T-AGCGATTTGTTGAGACCGATGTATAT-AT------------GT-T--T-------G--------AGG----TA-T-GGAAG-ACTG-ATTT-TTTAAAATTAATTATGTAGTTAAAT
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -AGCACATTGATGTAAATAATGTCTAT-AT-------------------------------------GA---------AACA--TTG-ACTT-GTTCAAATGAGTTTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TGTAAATGATGTAAAC-AT------------AT-T--T-------G--------AGGACCTCG-C-GGATG-ACTG-TCTT-TTTCAAA--ACTTCTCTCGTTGAATAAt
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtataagtcatgttcAATAGTCTTTATTAT------------AT-T--TTGATATTG--------AGGACCTCA-GAGAAGA-TTTG-ACTTAGTCCAACTGAGTTTTTTCGTTAACTAAaaatgttattatat
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TAACGTAAAT-AT------------CT-T--T-------A--------AGGGCCTCA-TTGAA-G-ATTG-ACTT-GTCCAAATATGTTTag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          atatcagactggagttagtATAA-AT------------AT-TATT-------G--------ATGGCTTCC-C-GGAAG-GTTG-ACCT-GTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAgatta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ggagctg-AT------------ATGT--T-------G--------ATGACCTCA-T-GGAAA-ATTGCATTT-ATTCAAATGAGTTCTCTCGTT-AATAAatactatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgtttattcttttggttatatggtaaattaatattgtactttgaaa-T--T-------G--------AGGACCCCATT-G--CAGATTG-AATT-GTTAAAATGAGTTCTCTTGTTAAATAAaagtctttattattgttgttgttgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GTATGGGTAAATATAACACCCCACCCTATGCTCATTACAAATGGTTCATAACTATTTGATAGACCACTGTTATTAAAAAACGCATTGTTATGATTCAATTCATTGTCTTGAACCCAGATATTGATGAATATCTTATATATTCATAT
Unaligned ( gi|17 ): ATATATTCGGAATTCAAAATTGGAATAGTCTTCCTTCAAAGGTAAAAAATACCAATGAAGTAGATCAATTCAACACTTTATGTGTGCGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                                                                                                                      33333333333        111            2222222   11       444444444444444444444444                                                  111111111                                   0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                                               111111111111                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                    1     1 3             0           00000000000     5  000   1     0  3333333   66  2 4  333333333333333333333333     66       33   2 1 777  55         444  0     666666666        777  4        1 55 4 8888  1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    5555   2  1   0       333   2    4    22 1 111111111111 55555                    1    2 2 1  2             1             
lowQualScore                  :                                                                                                    .     . .             .           ...........     .  ...   .     .  .......   ..  . .  ........................     ..       ..   . . ...  ..         ...  .     .........        ...  .        . .. . ....  ............................................................................................................................    ....   .  .   .       ...   .    .    .. . ............ .....                    .    . . .  .             .             
lowQualScore                  :                                                                                                    0     0 8             7           44444444444     7  000   9     8  3333333   22  6 4  888888888888888888888888     11       88   4 0 000  55         777  9     000000000        000  0        6 44 0 5555  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    3333   5  8   4       999   2    2    99 0 444444444444 66666                    0    4 4 6  4             0             
consensus                     :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATAA---ACTNCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAAT---N---AGTTCATAA-CTATACCTT----TA------A----TATAT--CACTGTTTGTATTACA---CG--CATTGTCAAAAGTACATTTA---------TAATTCAT---AT-TCTTGTACCTAAA-A----TC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TG--T---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
Reference ( family-479 )      :                                                                                             ACCATTTNAAAACNTTGTATTTGCGATGGGTTAAAGCATAA---ACTACA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAAT---A---AGTTAATNA-CTATACCTT----TA------A----TATAT--CACTGTTTGTATTANA---CG--CATTGTCAAAAGTACATTTA---------TAATTCAT---AT-TCTTGTACCTAAA-A----TC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TG--T---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGANGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
gi|1                          :                                                                                              CCATTTAAAAACGTTATATTTGCGATGGGTTAAATCATTA----CTTCAAGAGCCC-AGAAAGC--ATAAACAT---T---AGTCCATAGTCCATAGCTTAC--TATC----A----TAAAC--CACTACACGTATTACG---TG--CACTGGTAAAAGTACATTTA---------TATTTCAT---AT-TCTTGTACCT--A-A----TCTTAGGG----------------------A-----------T-----------------------TATCT-TTTAAAATCAAATACATG--T---T-TT--------------------------TGTG----TAA-TTCAGCGCTTCTGT---GTA-AATA-ATGT--TTA------------T-----GTGTGTGAGGGCCTCGTGGATGATT-G-AATT-GTACAAA-GTGTTCGCTCGTTAGATAA
gi|10                         : taatattcatcgaatctcaaatgtatgattatatactccccgaccaaataatgaattattgagaagatcctttgtagttttgggacacaacatttgggacagtttcctctaaaggagATGGGT--AAATATAAC--ACCCCA----CCCTAT---GCTCATTACAAA---T---GGTTCATAA-CTAT----T----TG------A----TAGAC--CACTGTT---ATTAAAAAACG--CATTGTTA----TG-ATT-----------CAATTCAT---TG-TCTTGAACCCAGATA----TT-----G----------------------A-----------T-----------------------atatgttattaatattataattattataattatttgtattatatggtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gt----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TG--T---T-TC----------T-------G----A--TGCGATGTTTA-TTCAGCGCATTGAT---GTT-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTCTGAGGGCCTCATAGATGATT-G-ACTT-ATTCAAATGAGTTGTCTCATTAAAGAAgaatatcttatatattcatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatgaataacttcttatactgtt-----------------------TGTTT-A---------------TT--C---T-TT----------T-------G----------G----TTA-TATGGTAAATTAATATTGTA-CTT---TGA--AAA------------T-----ATGTT-GATGACCTCATGGAAAATT-GCATTT-ATTCAAATGAGTTCTCTCGTT-AATAAa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     T-T---------------TG--G---T-TT----------G-------G----TT-TATG----TTA-TTTAGCACTTTGAT---GCA-AATA-----------------------------TGTTTGAGGGCCTCATGAAAGCTT-G-ATTT-GTTCAAATCGGTTATCTACTTAAATAaagtctttattattgttgttgttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                    cttattatttatgatgaatatataatttaTTTA---------CAATTCAT---AT-TCTTGTACCTTAA-A----TC-----GAGGAATAATGTCTTGTGCTTTAA-----------T-----------------------TGCTA-T---------------TG--T---T-TT----------T-------ATGTAAC-TATG----TTA-TTTTGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGTGAGTG------------T-----ATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aag-----------------------TGTTT-T---------------TG--T---T-TT----------TTTCATGTG----GC-TGTG----TTA-GTAAGCACATTGAT---CTG-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTTCTGGAAGATT-G-ACCT--TTTAAATAAca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cttttataT---GTA-AATG-ATGT--AAA------------C-----ATATTTGAGGACCTCGCGGATGACT-G-TCTT-TTTCAAA--ACTTCTCTCGTTGAATAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgtataagtcatgttcTG----TTA-TTTAGCGATTTGTT---GAG-ACCG-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGG----TATGGAAGACT-G-ATTT-TTTAAAATTAATTATGTAGTTAAATaaatgttattatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T----------------G--T---T-TCG---------T-------A----ACATA-A----TTA-TT----GCGTTGAT---GCA-AATA-ATGT--ATA------------C-----ATGTTTGAGAGTTTCGTGG
gi|2                          :                                                                                ttcatataccgttACCATTTAAAAAAAA-ATATTTTCGATGGTTTAAGGCATAA---ACTCCA-GAGCCA-AG---GCTAATAACAAT---A---CCTGCATAA-CT-TACTT-------------A----TATAT--AACTGTTTGTATTATA---GG--TATTGTCAATTGTACCTTTAATCGATGAATAATTGCT---TT-TGCTGTGC-----------------------------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TGGTT---T-TTCGTG------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAACACATTGAT---GTA-AACA-ATGT--ATG------------T-----ATGTTTGAAGGCCTCATGGAATATA-T-A-TT-GTTCAAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttaacatcctcgtctaacctaaatctaccctaatccccgaccaaatcatgaattatttaaaacttctttataatatatacaaaaagccgattcattgaTTGAGGACCTCAGAGAAGATTTG-ACTTAGTCCAACTGAGTTTTTTCGTTAACTAA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aatagtctttattatattttgataTA-ACGT--AAA------------T-----ATCTTTAAGGGCCTCATTGAAGATT-G-ACTT-GTCCAAATATGTTag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   atatcagactggagttagtT--AAA------------T-----ATTATTGATGGCTTCCCGGAAGGTT-G-ACCT-GTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAtgatta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ggagctga----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TG--TATGT-GTG---------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTAAGCATATTGAT---GTT-AGTACATGT--Aatactatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gatcggactgtaacagtcTTGAGGACCCCATTGCAGATT-G-AATT-GTTAAAATGAGTTCTCTTGTTAAATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tattgAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--CTA------------T-----ATG---------------AAACATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTaatttcgttattatc
gi|3                          :                                                                                                 TTTCAAAACTTTGTATTTGTGATGCGTTAAAGCATAAGAAATTA---GAGCCC-AT---GATTATAGCAAT---C---AGTTCATAA-TT-CACTTTGA--TATGTGATA----TATAT--CACTGTTTCTAT--GA---CG--TATTGTCAAGAGTATATTGG---------CAATTTAT---AT-TGCTGTACCACAA-A----TT-----GATGACTAATGTAACAGTT----A-----------T-----------------------TGTTTCT---------------TG--T---T-TCAGG-------T-------G----AC-TGTG----TTA--TAAGCATGTTGGT---GTA-AATA-ATGt
gi|4                          :                  ccctgaccaaatcatgaattaattagaagatcttttatatgtatgatattttttttggaatgtatttcaaataaaagtaaaaagccaattcagtgatcttATGG--TAAAGCATAA---CTTAAT-GATCCC-AG---GCGCATAACAAT---A---AGTTCATAA-CT-TAC-TT----TG------A----TGGAT--CACTGTTTGTATTACA---CG--CATTGTTAAAAGTACA-TTA---------TAATTCAT---TT-TCTTGCACCTAAA-A----TT-----G----------------------A-----------TGAATATCTTTTATAATTATGTAATGTTA-T---------------TG--C---T-TTAGTATATGCGT-------G----AC---TG----TTA-TTTAGCGTATTTAT---GTATGTTATATGT--AAA------------TTTGTAATGTTT-AGGGCCTCATGAAAGACT-G-AATT-GTTCCAGTGTGATCTCTC
gi|5                          :                                                                                             ACCATTTTAAAACTTCATATTTGCGATGGGTTCAAGCATAA---GATACA-TAGCAC-AG---GTTCATAACGAT---A---AGTTAATTA-CTATACCTT----TA------A----TATAT--CAATGTTATTATCAGA---CG--CATTGTCAAAAGTACTTTTA---------TAATTCAT---AT-TCTTGTATTTAAA-A----TC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TG--T---T-TT----------T-------G----AC-TCTG----TTA-ATCAGCACATTGAT---GTA-AATA-GTGT--ATA------------T-----ATATTTGAGGACCTCATGAACAATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTTCTGGTTAAATAAaattagaacatact
gi|6                          :                                                                                                                                                             CTCATAACAATTACATGTAGTTTATAA-CT---TCTC----TA------A----TATATATCACTGTTTGTATTACA---CG--CAT-GTTTAAAATATATTTG---------TTATTCAT---AT-TCGTGTACCTACG-G----TC-----G----------------------AGGAATATTTCTT-----------------------TATGT-TGTCG-----------TG--T---T-TT----------TCTATGT-A----AC-TGTC----TTA-TTTAGCATATTGGT---GTA-AGTA-ATGT--ATATATTTAAATATAT-----ATGTTTGAGAGCTTCATGGAAGATT-G-AGTT-GTTCGAATGAATTTTCTCGTTAAATAA
gi|7                          :                                                                                             ACCATTTCAAAACTTTGTATTTGCGATTGGTTAAAGCATAA---ACCTCA--AGCCC-AG---GCTAATAAC--T-------AGTACATAA-TT-TA-CTT----AA------A----TATAT--TACTGTTTGTATGTCC---CG--CATTGGCAAag
gi|8                          :                                                                    aaatgagttatttagaagatattttatatattcgggataaaaaaatggaacagtttccaattactgtagtaataatgccaattcagtgaCTTATGATAAT---T---AGT-------CCATACCTTATTATA------ACATATATAT--CACTGT--ATAGTACA---CGAGCATTGTCAAGA-TATATTTA---------TAATTTAT---AT-TCTTGCACATACA-A----TC-----G----------------------A-----------G-----------------------GA----A---------------TA--T---T-AT----------T-------G----GC-TGTG----CTA-TTTAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATT------------T-----ATGTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                 aatggtctaaggtgccgtTATAATA---TG--CATT--------CACATTTT---------CAACTGATGAAATATCTT--ACATAAA-AATATTC----------------------------------------T-----------------------TATTT-TATATT----------TG--C---TGTT----------T-------G-------TGTG----TTAATTTAG-GCTTGGGT---GCA-AATA-TTGT--AAA------------T-----ATGAATTATGACCTCCTGGAAGATT-A-ACTT-GTTCAAATGAGTTATCTCGTAAAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATTCGGAATTCAAAATTGGAATAGTCTTCCTTCAAAGGTAAAAAATACCAATGAAGTAGATCAATTCAACACTTTATGTGTGCGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                    111  11     11        111              111111               44444444444444444                                                  111111111                            999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                               111111111111                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                    1     1 3             0         000  22  6  99     5  000   1     0  1 222222       9999 4  77777777777777777      66      555   8888 0   66         1 1  2    777777777                   0 88 4   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    5555   2  1   0       333   2    4    22 1 111111111111 55555                         2 2 1  2             1             
lowQualScore                  :                                                                                                    .     . .             .         ...  ..  .  ..     .  ...   .     .  . ......       .... .  .................      ..      ...   .... .   ..         . .  .    .........                   . .. .   ...........................................................................................................................    ....   .  .   .       ...   .    .    .. . ............ .....                         . . .  .             .             
lowQualScore                  :                                                                                                    0     0 8             7         000  99  6  33     7  000   9     8  0 888888       4444 4  77777777777777777      11      888   6666 1   11         0 4  2    888888888                   1 00 4   999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    3333   5  8   4       999   2    2    99 0 444444444444 66666                         4 4 6  4             0             
consensus                     :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCAT---AA-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
Reference ( family-479 )      :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCAT---AA-ACTNCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATNA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
gi|1                          :                                                                                              CCATTTAAAAACGTTATATTTGCGATGGGTTAAATCAT---TA--CTTCAAGAGCCC-AGAAAGC--ATAAACATTA------GTCCATA----GTCCATAGCTTACTATC----ATAAAC--CACTACACGTATT---ACGTG--CACTGGTAAAAGTACATTT---------ATATTTCATATTCTTGTACCT--A-ATCTTAGGG----------------------A-----------T-----------------------TATCT-TTTAAAATCAAATACAT-GT---T-TT--------------------------TGTG----TAA-TTCAGCGCTTCTGT---GTA-AATA-ATGT--TTA------------T-----GTGTGTGAGGGCCTCGTGGATGATT-G-AATT-GTACAAA-GTGTTCGCTCGTTAGATAA
gi|10                         : taatattcatcgaatctcaaatgtatgattatatactccccgaccaaataatgaattattgagaagatcctttgtagttttgggacacaacatttgggacagtttcctctaaaggagATGGGT--AAATAT---AACACCCCA----CCCTAT---GCTCATTACAAATG------GTTCATA----A-CTA----TT--TG------ATAGAC--CACTGT---TATTAAAAAACG--CATTGTTA----TG-ATT-----------CAATTCATTGTCTTGAACCCAGATATT-----G----------------------A-----------T-----------------------atatgttattaatattataattattataattatttgtattatatggtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gt----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TC----------T-------G----A--TGCGATGTTTA-TTCAGCGCATTGAT---GTT-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTCTGAGGGCCTCATAGATGATT-G-ACTT-ATTCAAATGAGTTGTCTCATTAAAGAAgaatatcttatatattcatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tatgaataacttcttatactgtt-----------------------TGTTT-A---------------T-TC---T-TT----------T-------G----------G----TTA-TATGGTAAATTAATATTGTA-CTT---TGA--AAA------------T-----ATGTT-GATGACCTCATGGAAAATT-GCATTT-ATTCAAATGAGTTCTCTCGTT-AATAAa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            T-T---------------T-GG---T-TT----------G-------G----TT-TATG----TTA-TTTAGCACTTTGAT---GCA-AATA-----------------------------TGTTTGAGGGCCTCATGAAAGCTT-G-ATTT-GTTCAAATCGGTTATCTACTTAAATAaagtctttattattgttgttgttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                   cttattatttatgatgaatatataatttaTTT---------ACAATTCATATTCTTGTACCTTAA-ATC-----GAGGAATAATGTCTTGTGCTTTAA-----------T-----------------------TGCTA-T---------------T-GT---T-TT----------T-------ATGTAAC-TATG----TTA-TTTTGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGTGAGTG------------T-----ATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aag-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------TTTCATGTG----GC-TGTG----TTA-GTAAGCACATTGAT---CTG-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTTCTGGAAGATT-G-ACCT--TTTAAATAAca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cttttataT---GTA-AATG-ATGT--AAA------------C-----ATATTTGAGGACCTCGCGGATGACT-G-TCTT-TTTCAAA--ACTTCTCTCGTTGAATAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tgtataagtcatgttcTG----TTA-TTTAGCGATTTGTT---GAG-ACCG-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGG----TATGGAAGACT-G-ATTT-TTTAAAATTAATTATGTAGTTAAATaaatgttattatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T-----------------GT---T-TCG---------T-------A----ACATA-A----TTA-TT----GCGTTGAT---GCA-AATA-ATGT--ATA------------C-----ATGTTTGAGAGTTTCGTGG
gi|2                          :                                                                                ttcatataccgttACCATTTAAAAAAAA-ATATTTTCGATGGTTTAAGGCAT---AA-ACTCCA-GAGCCA-AG---GCTAATAACAATAC------CTGCATA----A-CT-TACTT-----------ATATAT--AACTGTTTGTATT---ATAGG--TATTGTCAATTGTACCTTTAATCGATGAATAATTGCTTTTGCTGTGC-------------------------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TGGT---T-TTTCGTG-----T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAACACATTGAT---GTA-AACA-ATGT--ATG------------T-----ATGTTTGAAGGCCTCATGGAATATA-T-A-TT-GTTCAAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ttaacatcctcgtctaacctaaatctaccctaatccccgaccaaatcatgaattatttaaaacttctttataatatatacaaaaagccgattcattgaTTGAGGACCTCAGAGAAGATTTG-ACTTAGTCCAACTGAGTTTTTTCGTTAACTAA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aatagtctttattatattttgataTA-ACGT--AAA------------T-----ATCTTTAAGGGCCTCATTGAAGATT-G-ACTT-GTCCAAATATGTTag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atatcagactggagttagtT--AAA------------T-----ATTATTGATGGCTTCCCGGAAGGTT-G-ACCT-GTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAtgatta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ggagctga----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GTATGT-GTG---------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTAAGCATATTGAT---GTT-AGTACATGT--Aatactatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gatcggactgtaacagtcTTGAGGACCCCATTGCAGATT-G-AATT-GTTAAAATGAGTTCTCTTGTTAAATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tattgAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--CTA------------T-----ATG---------------AAACATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTaatttcgttattatc
gi|3                          :                                                                                                 TTTCAAAACTTTGTATTTGTGATGCGTTAAAGCATAAGAA-ATT--A-GAGCCC-AT---GATTATAGCAATCA------GTTCATA----A-TT-CACTTTGATATGTGATATATAT--CACTGTTTCTAT-----GACG--TATTGTCAAGAGTATATTG---------GCAATTTATATTGCTGTACCACAA-ATT-----GATGACTAATGTAACAGTT----A-----------T-----------------------TGTTTCT---------------T-GT---T-TCAGG-------T-------G----AC-TGTG----TTA--TAAGCATGTTGGT---GTA-AATA-ATGt
gi|4                          :                  ccctgaccaaatcatgaattaattagaagatcttttatatgtatgatattttttttggaatgtatttcaaataaaagtaaaaagccaattcagtgatcttATGG--TAAAGCAT---AA--CTTAATGATCCC-AG---GCGCATAACAATAA------GTTCATA----A-CT-TAC-TT--TG------ATGGAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTTAAAAGTACA-TT---------ATAATTCATTTTCTTGCACCTAAA-ATT-----G----------------------A-----------TGAATATCTTTTATAATTATGTAATGTTA-T---------------T-GC---T-TTAGTATATGCGT-------G----AC---TG----TTA-TTTAGCGTATTTAT---GTATGTTATATGT--AAA------------TTTGTAATGTTT-AGGGCCTCATGAAAGACT-G-AATT-GTTCCAGTGTGATCTCTC
gi|5                          :                                                                                             ACCATTTTAAAACTTCATATTTGCGATGGGTTCAAGCAT---AA-GATACA-TAGCAC-AG---GTTCATAACGATAA------GTTAATT----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CAATGTTATTATC---AGACG--CATTGTCAAAAGTACTTTT---------ATAATTCATATTCTTGTATTTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TCTG----TTA-ATCAGCACATTGAT---GTA-AATA-GTGT--ATA------------T-----ATATTTGAGGACCTCATGAACAATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTTCTGGTTAAATAAaattagaacatact
gi|6                          :                                                                                                                                                              CTCATAACAATTACATGTAGTTTATA----A-CT---TCTC--TA------ATATATATCACTGTTTGTATT---ACACG--CAT-GTTTAAAATATATTT---------GTTATTCATATTCGTGTACCTACG-GTC-----G----------------------AGGAATATTTCTT-----------------------TATGT-TGTCG-----------T-GT---T-TT----------TCTATGT-A----AC-TGTC----TTA-TTTAGCATATTGGT---GTA-AGTA-ATGT--ATATATTTAAATATAT-----ATGTTTGAGAGCTTCATGGAAGATT-G-AGTT-GTTCGAATGAATTTTCTCGTTAAATAA
gi|7                          :                                                                                             ACCATTTCAAAACTTTGTATTTGCGATTGGTTAAAGCAT---AA-ACCTCA--AGCCC-AG---GCTAATAAC---TA------GTACATA----A-TT-TA-CTT--AA------ATATAT--TACTGTTTGTATG---TCCCG--CATTGGCAAag
gi|8                          :                                                                     aaatgagttatttagaagatattttatatattcgggataaaaaaatggaacagtttccaattactgtagtaataatgccaattcagtgaCTTATGATAATTA------GTCCATACCTTA-TTATAACAT----------ATATAT--CACTGT--ATAGT---ACACGAGCATTGTCAAGA-TATATTT---------ATAATTTATATTCTTGCACATACA-ATC-----G----------------------A-----------G-----------------------GA----A---------------T-AT---T-AT----------T-------G----GC-TGTG----CTA-TTTAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATT------------T-----ATGTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aatggtctaaggtgccgt-----------T-----------------------TATAT-T---------------T-GC---TGTT----------T-------G-------TGTG----TTAATTTAG-GCTTGGGT---GCA-AATA-TTGT--AAA------------T-----ATGAATTATGACCTCCTGGAAGATT-A-ACTT-GTTCAAATGAGTTATCTCGTAAAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATTCGGAATTCAAAATTGGAATAGTCTTCCTTCAAAGGTAAAAAATACCAATGAAGTAGATCAATTCAACACTTTATGTGTGCGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                        11     11        111              111111               44444444444444444                                                  111111111                            999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                               111111111111                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                    1     1 3             0          77 22   0 99     5  000   1     0  1 222222       9999 4  77777777777777777      66      555   8888 0   66         1 1  2    777777777                   0 88 4   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    5555   2  1   0       333   2    4    22 1 111111111111 55555                         2 2 1  2             1             
lowQualScore                  :                                                                                                    .     . .             .          .. ..   . ..     .  ...   .     .  . ......       .... .  .................      ..      ...   .... .   ..         . .  .    .........                   . .. .   ...........................................................................................................................    ....   .  .   .       ...   .    .    .. . ............ .....                         . . .  .             .             
lowQualScore                  :                                                                                                    0     0 8             7          99 99   7 33     7  000   9     8  3 888888       4444 4  77777777777777777      11      888   6666 1   11         0 4  2    888888888                   1 00 4   999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    3333   5  8   4       999   2    2    99 0 444444444444 66666                         4 4 6  4             0             
consensus                     :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
Reference ( family-479 )      :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
gi|1                          :                                                                                              CCATTTAAAAACGTTATATTTGCGATGGGTTAAATCATT--A--CTTCAAGAGCCC-AGAAAGC--ATAAACATTA------GTCCATA----GTCCATAGCTTACTATC----ATAAAC--CACTACACGTATT---ACGTG--CACTGGTAAAAGTACATTT---------ATATTTCATATTCTTGTACCT--A-ATCTTAGGG----------------------A-----------T-----------------------TATCT-TTTAAAATCAAATACAT-GT---T-TT--------------------------TGTG----TAA-TTCAGCGCTTCTGT---GTA-AATA-ATGT--TTA------------T-----GTGTGTGAGGGCCTCGTGGATGATT-G-AATT-GTACAAA-GTGTTCGCTCGTTAGATAA
gi|10                         : taatattcatcgaatctcaaatgtatgattatatactccccgaccaaataatgaattattgagaagatcctttgtagttttgggacacaacatttgggacagtttcctctaaaggagATGGGT--AAATATA--ACACCCCA----CCCTAT---GCTCATTACAAATG------GTTCATA----A-CTA----TT--TG------ATAGAC--CACTGT---TATTAAAAAACG--CATTGTTA----TG-ATT-----------CAATTCATTGTCTTGAACCCAGATATT-----G----------------------A-----------T-----------------------atatgttattaatattataattattataattatttgtattatatggtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gt----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TC----------T-------G----A--TGCGATGTTTA-TTCAGCGCATTGAT---GTT-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTCTGAGGGCCTCATAGATGATT-G-ACTT-ATTCAAATGAGTTGTCTCATTAAAGAAgaatatcttatatattcatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tatgaataacttcttatactgtt-----------------------TGTTT-A---------------T-TC---T-TT----------T-------G----------G----TTA-TATGGTAAATTAATATTGTA-CTT---TGA--AAA------------T-----ATGTT-GATGACCTCATGGAAAATT-GCATTT-ATTCAAATGAGTTCTCTCGTT-AATAAa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-T---------------T-GG---T-TT----------G-------G----TT-TATG----TTA-TTTAGCACTTTGAT---GCA-AATA-----------------------------TGTTTGAGGGCCTCATGAAAGCTT-G-ATTT-GTTCAAATCGGTTATCTACTTAAATAaagtctttattattgttgttgttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                  cttattatttatgatgaatatataatttaTTT---------ACAATTCATATTCTTGTACCTTAA-ATC-----GAGGAATAATGTCTTGTGCTTTAA-----------T-----------------------TGCTA-T---------------T-GT---T-TT----------T-------ATGTAAC-TATG----TTA-TTTTGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGTGAGTG------------T-----ATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aag-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------TTTCATGTG----GC-TGTG----TTA-GTAAGCACATTGAT---CTG-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTTCTGGAAGATT-G-ACCT--TTTAAATAAca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cttttataT---GTA-AATG-ATGT--AAA------------C-----ATATTTGAGGACCTCGCGGATGACT-G-TCTT-TTTCAAA--ACTTCTCTCGTTGAATAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgtataagtcatgttcTG----TTA-TTTAGCGATTTGTT---GAG-ACCG-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGG----TATGGAAGACT-G-ATTT-TTTAAAATTAATTATGTAGTTAAATaaatgttattatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T-----------------GT---T-TCG---------T-------A----ACATA-A----TTA-TT----GCGTTGAT---GCA-AATA-ATGT--ATA------------C-----ATGTTTGAGAGTTTCGTGG
gi|2                          :                                                                                ttcatataccgttACCATTTAAAAAAAA-ATATTTTCGATGGTTTAAGGCATA--A-ACTCCA-GAGCCA-AG---GCTAATAACAATAC------CTGCATA----A-CT-TACTT-----------ATATAT--AACTGTTTGTATT---ATAGG--TATTGTCAATTGTACCTTTAATCGATGAATAATTGCTTTTGCTGTGC-------------------------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TGGT---T-TTTCGTG-----T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAACACATTGAT---GTA-AACA-ATGT--ATG------------T-----ATGTTTGAAGGCCTCATGGAATATA-T-A-TT-GTTCAAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttaacatcctcgtctaacctaaatctaccctaatccccgaccaaatcatgaattatttaaaacttctttataatatatacaaaaagccgattcattgaTTGAGGACCTCAGAGAAGATTTG-ACTTAGTCCAACTGAGTTTTTTCGTTAACTAA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aatagtctttattatattttgataTA-ACGT--AAA------------T-----ATCTTTAAGGGCCTCATTGAAGATT-G-ACTT-GTCCAAATATGTTag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atatcagactggagttagtT--AAA------------T-----ATTATTGATGGCTTCCCGGAAGGTT-G-ACCT-GTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAtgatta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggagctga----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GTATGT-GTG---------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTAAGCATATTGAT---GTT-AGTACATGT--Aatactatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gatcggactgtaacagtcTTGAGGACCCCATTGCAGATT-G-AATT-GTTAAAATGAGTTCTCTTGTTAAATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tattgAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--CTA------------T-----ATG---------------AAACATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTaatttcgttattatc
gi|3                          :                                                                                                 TTTCAAAACTTTGTATTTGTGATGCGTTAAAGCATAAGA-AATT-A-GAGCCC-AT---GATTATAGCAATCA------GTTCATA----A-TT-CACTTTGATATGTGATATATAT--CACTGTTTCTAT-----GACG--TATTGTCAAGAGTATATTG---------GCAATTTATATTGCTGTACCACAA-ATT-----GATGACTAATGTAACAGTT----A-----------T-----------------------TGTTTCT---------------T-GT---T-TCAGG-------T-------G----AC-TGTG----TTA--TAAGCATGTTGGT---GTA-AATA-ATGt
gi|4                          :                  ccctgaccaaatcatgaattaattagaagatcttttatatgtatgatattttttttggaatgtatttcaaataaaagtaaaaagccaattcagtgatcttATGG--TAAAGCATA--A--CTTAATGATCCC-AG---GCGCATAACAATAA------GTTCATA----A-CT-TAC-TT--TG------ATGGAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTTAAAAGTACA-TT---------ATAATTCATTTTCTTGCACCTAAA-ATT-----G----------------------A-----------TGAATATCTTTTATAATTATGTAATGTTA-T---------------T-GC---T-TTAGTATATGCGT-------G----AC---TG----TTA-TTTAGCGTATTTAT---GTATGTTATATGT--AAA------------TTTGTAATGTTT-AGGGCCTCATGAAAGACT-G-AATT-GTTCCAGTGTGATCTCTC
gi|5                          :                                                                                             ACCATTTTAAAACTTCATATTTGCGATGGGTTCAAGCATA--A-GATACA-TAGCAC-AG---GTTCATAACGATAA------GTTAATT----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CAATGTTATTATC---AGACG--CATTGTCAAAAGTACTTTT---------ATAATTCATATTCTTGTATTTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TCTG----TTA-ATCAGCACATTGAT---GTA-AATA-GTGT--ATA------------T-----ATATTTGAGGACCTCATGAACAATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTTCTGGTTAAATAAaattagaacatact
gi|6                          :                                                                                                                                                             CTCATAACAATTACATGTAGTTTATA----A-CT---TCTC--TA------ATATATATCACTGTTTGTATT---ACACG--CAT-GTTTAAAATATATTT---------GTTATTCATATTCGTGTACCTACG-GTC-----G----------------------AGGAATATTTCTT-----------------------TATGT-TGTCG-----------T-GT---T-TT----------TCTATGT-A----AC-TGTC----TTA-TTTAGCATATTGGT---GTA-AGTA-ATGT--ATATATTTAAATATAT-----ATGTTTGAGAGCTTCATGGAAGATT-G-AGTT-GTTCGAATGAATTTTCTCGTTAAATAA
gi|7                          :                                                                                             ACCATTTCAAAACTTTGTATTTGCGATTGGTTAAAGCATA--A-ACCTCA--AGCCC-AG---GCTAATAAC---TA------GTACATA----A-TT-TA-CTT--AA------ATATAT--TACTGTTTGTATG---TCCCG--CATTGGCAAag
gi|8                          :                                                                    aaatgagttatttagaagatattttatatattcgggataaaaaaatggaacagtttccaattactgtagtaataatgccaattcagtgaCTTATGATAATTA------GTCCATACCTTA-TTATAACAT----------ATATAT--CACTGT--ATAGT---ACACGAGCATTGTCAAGA-TATATTT---------ATAATTTATATTCTTGCACATACA-ATC-----G----------------------A-----------G-----------------------GA----A---------------T-AT---T-AT----------T-------G----GC-TGTG----CTA-TTTAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATT------------T-----ATGTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatggtctaaggtgccgt-----------T-----------------------TATAT-T---------------T-GC---TGTT----------T-------G-------TGTG----TTAATTTAG-GCTTGGGT---GCA-AATA-TTGT--AAA------------T-----ATGAATTATGACCTCCTGGAAGATT-A-ACTT-GTTCAAATGAGTTATCTCGTAAAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATTCGGAATTCAAAATTGGAATAGTCTTCCTTCAAAGGTAAAAAATACCAATGAAGTAGATCAATTCAACACTTTATGTGTGCGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                        11     11        111              111111               44444444444444444                                                  111111111                            999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                               111111111111                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                    1     1 3             0          77 22   0 99     5  000   1     0  1 222222       9999 4  77777777777777777      66      555   8888 0   66         1 1  2    777777777                   0 88 4   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    5555   2  1   0       333   2    4    22 1 111111111111 55555                         2 2 1  2             1             
lowQualScore                  :                                                                                                    .     . .             .          .. ..   . ..     .  ...   .     .  . ......       .... .  .................      ..      ...   .... .   ..         . .  .    .........                   . .. .   ...........................................................................................................................    ....   .  .   .       ...   .    .    .. . ............ .....                         . . .  .             .             
lowQualScore                  :                                                                                                    0     0 8             7          99 99   7 33     7  000   9     8  3 888888       4444 4  77777777777777777      11      888   6666 1   11         0 4  2    888888888                   1 00 4   999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    3333   5  8   4       999   2    2    99 0 444444444444 66666                         4 4 6  4             0             
consensus                     :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
Reference ( family-479 )      :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
gi|1                          :                                                                                              CCATTTAAAAACGTTATATTTGCGATGGGTTAAATCATT--A--CTTCAAGAGCCC-AGAAAGC--ATAAACATTA------GTCCATA----GTCCATAGCTTACTATC----ATAAAC--CACTACACGTATT---ACGTG--CACTGGTAAAAGTACATTT---------ATATTTCATATTCTTGTACCT--A-ATCTTAGGG----------------------A-----------T-----------------------TATCT-TTTAAAATCAAATACAT-GT---T-TT--------------------------TGTG----TAA-TTCAGCGCTTCTGT---GTA-AATA-ATGT--TTA------------T-----GTGTGTGAGGGCCTCGTGGATGATT-G-AATT-GTACAAA-GTGTTCGCTCGTTAGATAA
gi|10                         : taatattcatcgaatctcaaatgtatgattatatactccccgaccaaataatgaattattgagaagatcctttgtagttttgggacacaacatttgggacagtttcctctaaaggagATGGGT--AAATATA--ACACCCCA----CCCTAT---GCTCATTACAAATG------GTTCATA----A-CTA----TT--TG------ATAGAC--CACTGT---TATTAAAAAACG--CATTGTTA----TG-ATT-----------CAATTCATTGTCTTGAACCCAGATATT-----G----------------------A-----------T-----------------------atatgttattaatattataattattataattatttgtattatatggtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           gt----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TC----------T-------G----A--TGCGATGTTTA-TTCAGCGCATTGAT---GTT-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTCTGAGGGCCTCATAGATGATT-G-ACTT-ATTCAAATGAGTTGTCTCATTAAAGAAgaatatcttatatattcatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         tatgaataacttcttatactgtt-----------------------TGTTT-A---------------T-TC---T-TT----------T-------G----------G----TTA-TATGGTAAATTAATATTGTA-CTT---TGA--AAA------------T-----ATGTT-GATGACCTCATGGAAAATT-GCATTT-ATTCAAATGAGTTCTCTCGTT-AATAAa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           T-T---------------T-GG---T-TT----------G-------G----TT-TATG----TTA-TTTAGCACTTTGAT---GCA-AATA-----------------------------TGTTTGAGGGCCTCATGAAAGCTT-G-ATTT-GTTCAAATCGGTTATCTACTTAAATAaagtctttattattgttgttgttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                  cttattatttatgatgaatatataatttaTTT---------ACAATTCATATTCTTGTACCTTAA-ATC-----GAGGAATAATGTCTTGTGCTTTAA-----------T-----------------------TGCTA-T---------------T-GT---T-TT----------T-------ATGTAAC-TATG----TTA-TTTTGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGTGAGTG------------T-----ATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aag-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------TTTCATGTG----GC-TGTG----TTA-GTAAGCACATTGAT---CTG-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTTCTGGAAGATT-G-ACCT--TTTAAATAAca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cttttataT---GTA-AATG-ATGT--AAA------------C-----ATATTTGAGGACCTCGCGGATGACT-G-TCTT-TTTCAAA--ACTTCTCTCGTTGAATAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tgtataagtcatgttcTG----TTA-TTTAGCGATTTGTT---GAG-ACCG-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGG----TATGGAAGACT-G-ATTT-TTTAAAATTAATTATGTAGTTAAATaaatgttattatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T-----------------GT---T-TCG---------T-------A----ACATA-A----TTA-TT----GCGTTGAT---GCA-AATA-ATGT--ATA------------C-----ATGTTTGAGAGTTTCGTGG
gi|2                          :                                                                                ttcatataccgttACCATTTAAAAAAAA-ATATTTTCGATGGTTTAAGGCATA--A-ACTCCA-GAGCCA-AG---GCTAATAACAATAC------CTGCATA----A-CT-TACTT-----------ATATAT--AACTGTTTGTATT---ATAGG--TATTGTCAATTGTACCTTTAATCGATGAATAATTGCTTTTGCTGTGC-------------------------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TGGT---T-TTTCGTG-----T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAACACATTGAT---GTA-AACA-ATGT--ATG------------T-----ATGTTTGAAGGCCTCATGGAATATA-T-A-TT-GTTCAAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttaacatcctcgtctaacctaaatctaccctaatccccgaccaaatcatgaattatttaaaacttctttataatatatacaaaaagccgattcattgaTTGAGGACCTCAGAGAAGATTTG-ACTTAGTCCAACTGAGTTTTTTCGTTAACTAA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aatagtctttattatattttgataTA-ACGT--AAA------------T-----ATCTTTAAGGGCCTCATTGAAGATT-G-ACTT-GTCCAAATATGTTag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atatcagactggagttagtT--AAA------------T-----ATTATTGATGGCTTCCCGGAAGGTT-G-ACCT-GTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAtgatta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ggagctga----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GTATGT-GTG---------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTAAGCATATTGAT---GTT-AGTACATGT--Aatactatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gatcggactgtaacagtcTTGAGGACCCCATTGCAGATT-G-AATT-GTTAAAATGAGTTCTCTTGTTAAATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tattgAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--CTA------------T-----ATG---------------AAACATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTaatttcgttattatc
gi|3                          :                                                                                                 TTTCAAAACTTTGTATTTGTGATGCGTTAAAGCATAAGA-AATT-A-GAGCCC-AT---GATTATAGCAATCA------GTTCATA----A-TT-CACTTTGATATGTGATATATAT--CACTGTTTCTAT-----GACG--TATTGTCAAGAGTATATTG---------GCAATTTATATTGCTGTACCACAA-ATT-----GATGACTAATGTAACAGTT----A-----------T-----------------------TGTTTCT---------------T-GT---T-TCAGG-------T-------G----AC-TGTG----TTA--TAAGCATGTTGGT---GTA-AATA-ATGt
gi|4                          :                  ccctgaccaaatcatgaattaattagaagatcttttatatgtatgatattttttttggaatgtatttcaaataaaagtaaaaagccaattcagtgatcttATGG--TAAAGCATA--A--CTTAATGATCCC-AG---GCGCATAACAATAA------GTTCATA----A-CT-TAC-TT--TG------ATGGAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTTAAAAGTACA-TT---------ATAATTCATTTTCTTGCACCTAAA-ATT-----G----------------------A-----------TGAATATCTTTTATAATTATGTAATGTTA-T---------------T-GC---T-TTAGTATATGCGT-------G----AC---TG----TTA-TTTAGCGTATTTAT---GTATGTTATATGT--AAA------------TTTGTAATGTTT-AGGGCCTCATGAAAGACT-G-AATT-GTTCCAGTGTGATCTCTC
gi|5                          :                                                                                             ACCATTTTAAAACTTCATATTTGCGATGGGTTCAAGCATA--A-GATACA-TAGCAC-AG---GTTCATAACGATAA------GTTAATT----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CAATGTTATTATC---AGACG--CATTGTCAAAAGTACTTTT---------ATAATTCATATTCTTGTATTTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TCTG----TTA-ATCAGCACATTGAT---GTA-AATA-GTGT--ATA------------T-----ATATTTGAGGACCTCATGAACAATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTTCTGGTTAAATAAaattagaacatact
gi|6                          :                                                                                                                                                             CTCATAACAATTACATGTAGTTTATA----A-CT---TCTC--TA------ATATATATCACTGTTTGTATT---ACACG--CAT-GTTTAAAATATATTT---------GTTATTCATATTCGTGTACCTACG-GTC-----G----------------------AGGAATATTTCTT-----------------------TATGT-TGTCG-----------T-GT---T-TT----------TCTATGT-A----AC-TGTC----TTA-TTTAGCATATTGGT---GTA-AGTA-ATGT--ATATATTTAAATATAT-----ATGTTTGAGAGCTTCATGGAAGATT-G-AGTT-GTTCGAATGAATTTTCTCGTTAAATAA
gi|7                          :                                                                                             ACCATTTCAAAACTTTGTATTTGCGATTGGTTAAAGCATA--A-ACCTCA--AGCCC-AG---GCTAATAAC---TA------GTACATA----A-TT-TA-CTT--AA------ATATAT--TACTGTTTGTATG---TCCCG--CATTGGCAAag
gi|8                          :                                                                    aaatgagttatttagaagatattttatatattcgggataaaaaaatggaacagtttccaattactgtagtaataatgccaattcagtgaCTTATGATAATTA------GTCCATACCTTA-TTATAACAT----------ATATAT--CACTGT--ATAGT---ACACGAGCATTGTCAAGA-TATATTT---------ATAATTTATATTCTTGCACATACA-ATC-----G----------------------A-----------G-----------------------GA----A---------------T-AT---T-AT----------T-------G----GC-TGTG----CTA-TTTAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATT------------T-----ATGTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aatggtctaaggtgccgt-----------T-----------------------TATAT-T---------------T-GC---TGTT----------T-------G-------TGTG----TTAATTTAG-GCTTGGGT---GCA-AATA-TTGT--AAA------------T-----ATGAATTATGACCTCCTGGAAGATT-A-ACTT-GTTCAAATGAGTTATCTCGTAAAACAA


blockSeqs                     :                                                                                                    A     A T                        AG CA     TG     T  .     C        T CATGTA       CCTT .  CACTTTGATATGTGAT       AT      TTG   TAAA     AG         T G  C    AATCGATGA                     AG T   GATGAATATCTTTTATAATTATGTAATGTTATTGCTTTAGTATATGCGTGAC                                                                           ATGT   A  C           ATT   T    C    GA T TATTTAAATATA TTGTA                         T C C  A             G
blockSeqs                     :                                                                                                    C     T C                        .  A      G      .  .     A        A .            .    .  ATACCTTTA              .       TTC   T        .          G G  T    .                             TA .   GAGGAATAATGTCTTGTGCTTTAATTGCTATTGTTTTTATGTAAC                                                                                  .      .  T           .     .    T    .  A .            .                             . . T  .             C
blockSeqs                     :                                                                                                    T     T T                        .  A      G      .  .     T        C .            .    .  TACTTTG                .       TTG   T        .          A G  C    .                             CA .   GATGACTAATGTAACAGTTATTGTTTCTTGTTTCAGGTGAC                                                                                      .      .  T           .     .    .    .  T .            .                             . . T  .             A
blockSeqs                     :                                                                                                    C     T .                        .  G      T      .  .     C        A .            .    .  TACTTAA                .       TAT   C        .          A G  C    .                             AA .   GAGGAATATTTCTTTATGTTGTCGTGTTTTTCTATGTAAC                                                                                       .      .  T           .     .    .    .  T .            .                             . . C  .             C
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .  A      .      .  .     C        A .            .    .  ATAACAT                .       TTG   T        .          A A  T    .                             AA .   ATTGTTTTTGGTTTTTCGTGTGAC                                                                                                       .      .  A           .     .    .    .  A .            .                             . . C  .             A
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .  .      .      .  .     C        T .            .    .  TCTCTA                 .       TTG   G        .          G .  T    .                             AC .   GATTGTTTTTGTTTTTGAC                                                                                                            .      .  T           .     .    .    .  T .            .                             . . T  .             T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               A        T .            .    .  ATTTG                  .       A     T        .          . .  .    .                             AC .   GAGGAATATTATTGGC                                                                                                               .      .  T           .     .    .    .  T .            .                             . . C  .             A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                               T        T .            .    .  TACTT                  .       .     .        .                    .                             .  .                                                                                                                                  .      .  A           .     .    .    .  T .            .                             . . C  .             C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  A           .     .    .    .  A .            .                             . . C  .             T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  T           .     .    .    .  A .            .                             . . A  .             C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  C           .     .    .    .  T .            .                             . . C  .             T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  T           .     .    .    .  A .            .                             . . A  .             T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  T           .     .    .    .  T .            .                             . . C  .             A
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  T           .     .    .    .  T .            .                             . . G  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .      .  .           .     .    .    .  T .            .                             . . C  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     .    .    .  A .            .                             . . .  .              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            .     .    .    .  . .            .                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       .    .                                                                     


blockSeqCons                  :                                                                                                                                        A*     G*        ***                                   TACTTTA**********                                                                                AA
originalCons                  :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTATACCTT--TA------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
finalCons                     :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--AA-CTTCAG-AGCCC-AG---GCTCATAACAATTA------GTTCATA----A-CTTACTTTA----------ATATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATTCGGAATTCAAAATTGGAATAGTCTTCCTTCAAAGGTAAAAAATACCAATGAAGTAGATCAATTCAACACTTTATGTGTGCGA






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                        11     11        111             22222222222222                  111111111111111                                                 111111111                            999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999                                               111111111111                                                                  
lowQualScore                  :                                                                                                    1     1 3             0          77 22   0 99     5  000   1    4    22222222222222          4   4   999999999999999     66      555   8888 0   66         1 1  2    777777777                   0 88 4   444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    5555   2  1   0       333   2    4    22 1 111111111111 55555                         2 2 1  2             1             
lowQualScore                  :                                                                                                    .     . .             .          .. ..   . ..     .  ...   .    .    ..............          .   .   ...............     ..      ...   .... .   ..         . .  .    .........                   . .. .   ...........................................................................................................................    ....   .  .   .       ...   .    .    .. . ............ .....                         . . .  .             .             
lowQualScore                  :                                                                                                    0     0 8             7          99 99   7 33     7  000   9    4    22222222222222          4   4   666666666666666     11      888   6666 1   11         0 4  2    888888888                   1 00 4   999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999    3333   5  8   4       999   2    2    99 0 444444444444 66666                         4 4 6  4             0             
consensus                     :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAA-CAAT------TA------GTTCATAACT-TAC-TTTG---------A----TATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
Reference ( family-479 )      :                                                                                             ACCATTTNAAAACTTTATATTTGCGATGGGTTAAAGCATA--A-ACTTCA-GAGCCC-AG---GCTCATAA-CAAT------TA------GTTCATAACT-TAC-TTTA---------A----TATAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTCAAAAGTACATTT---------ATAATTCATATTCTTGTACCTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAGCGCATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTCATGGAAGATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTNTCTCGTTAAATAA
gi|1                          :                                                                                              CCATTTAAAAACGTTATATTTGCGATGGGTTAAATCATT--A--CTTCAAGAGCCC-AGAAAGC--ATAAACATTAGTCCATA------GTCCATAGCT-TAC-TATC---------A----TAAAC--CACTACACGTATT---ACGTG--CACTGGTAAAAGTACATTT---------ATATTTCATATTCTTGTACCT--A-ATCTTAGGG----------------------A-----------T-----------------------TATCT-TTTAAAATCAAATACAT-GT---T-TT--------------------------TGTG----TAA-TTCAGCGCTTCTGT---GTA-AATA-ATGT--TTA------------T-----GTGTGTGAGGGCCTCGTGGATGATT-G-AATT-GTACAAA-GTGTTCGCTCGTTAGATAA
gi|10                         : taatattcatcgaatctcaaatgtatgattatatactccccgaccaaataatgaattattgagaagatcctttgtagttttgggacacaacatttgggacagtttcctctaaaggagATGGGT--AAATATA--ACACCCCA----CCCTAT---GCTCATTA-CAAA------TG------GTTCATAAC--TA--TTTG---------A----TAGAC--CACTGT---TATTAAAAAACG--CATTGTTA----TG-ATT-----------CAATTCATTGTCTTGAACCCAGATATT-----G----------------------A-----------T-----------------------atatgttattaatattataattattataattatttgtattatatggtt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gt----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TC----------T-------G----A--TGCGATGTTTA-TTCAGCGCATTGAT---GTT-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTCTGAGGGCCTCATAGATGATT-G-ACTT-ATTCAAATGAGTTGTCTCATTAAAGAAgaatatcttatatattcatat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tatgaataacttcttatactgtt-----------------------TGTTT-A---------------T-TC---T-TT----------T-------G----------G----TTA-TATGGTAAATTAATATTGTA-CTT---TGA--AAA------------T-----ATGTT-GATGACCTCATGGAAAATT-GCATTT-ATTCAAATGAGTTCTCTCGTT-AATAAa
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T-T---------------T-GG---T-TT----------G-------G----TT-TATG----TTA-TTTAGCACTTTGAT---GCA-AATA-----------------------------TGTTTGAGGGCCTCATGAAAGCTT-G-ATTT-GTTCAAATCGGTTATCTACTTAAATAaagtctttattattgttgttgttgt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                         cttattatttatgatgaatatataatttaTTT---------ACAATTCATATTCTTGTACCTTAA-ATC-----GAGGAATAATGTCTTGTGCTTTAA-----------T-----------------------TGCTA-T---------------T-GT---T-TT----------T-------ATGTAAC-TATG----TTA-TTTTGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGTGAGTG------------T-----ATGT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aag-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------TTTCATGTG----GC-TGTG----TTA-GTAAGCACATTGAT---CTG-AATA-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGGGCCTTCTGGAAGATT-G-ACCT--TTTAAATAAca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          cttttataT---GTA-AATG-ATGT--AAA------------C-----ATATTTGAGGACCTCGCGGATGACT-G-TCTT-TTTCAAA--ACTTCTCTCGTTGAATAA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgtataagtcatgttcTG----TTA-TTTAGCGATTTGTT---GAG-ACCG-ATGT--ATA------------T-----ATGTTTGAGG----TATGGAAGACT-G-ATTT-TTTAAAATTAATTATGTAGTTAAATaaatgttattatat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T-----------------GT---T-TCG---------T-------A----ACATA-A----TTA-TT----GCGTTGAT---GCA-AATA-ATGT--ATA------------C-----ATGTTTGAGAGTTTCGTGG
gi|2                          :                                                                                ttcatataccgttACCATTTAAAAAAAA-ATATTTTCGATGGTTTAAGGCATA--A-ACTCCA-GAGCCA-AG---GCTAATAA-CAAT------AC------CTGCATAACT-TAC-TT-----------A----TATAT--AACTGTTTGTATT---ATAGG--TATTGTCAATTGTACCTTTAATCGATGAATAATTGCTTTTGCTGTGC-------------------------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------TGGT---T-TTTCGTG-----T-------G----AC-TGTG----TTA-TTTAACACATTGAT---GTA-AACA-ATGT--ATG------------T-----ATGTTTGAAGGCCTCATGGAATATA-T-A-TT-GTTCAAAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ttaacatcctcgtctaacctaaatctaccctaatccccgaccaaatcatgaattatttaaaacttctttataatatatacaaaaagccgattcattgaTTGAGGACCTCAGAGAAGATTTG-ACTTAGTCCAACTGAGTTTTTTCGTTAACTAA
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aatagtctttattatattttgataTA-ACGT--AAA------------T-----ATCTTTAAGGGCCTCATTGAAGATT-G-ACTT-GTCCAAATATGTTag
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atatcagactggagttagtT--AAA------------T-----ATTATTGATGGCTTCCCGGAAGGTT-G-ACCT-GTTCAAATGAATTATCTTGTTAAATAAtgatta
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ggagctga----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GTATGT-GTG---------T-------G----AC-TGTG----TTA-TTAAGCATATTGAT---GTT-AGTACATGT--Aatactatt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gatcggactgtaacagtcTTGAGGACCCCATTGCAGATT-G-AATT-GTTAAAATGAGTTCTCTTGTTAAATAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tattgAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--CTA------------T-----ATG---------------AAACATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTaatttcgttattatc
gi|3                          :                                                                                                 TTTCAAAACTTTGTATTTGTGATGCGTTAAAGCATAAGA-AATT-A-GAGCCC-AT---GATTATAG-CAAT------CA------GTTCATAATT-CAC-TTTGATATGTGATA----TATAT--CACTGTTTCTAT-----GACG--TATTGTCAAGAGTATATTG---------GCAATTTATATTGCTGTACCACAA-ATT-----GATGACTAATGTAACAGTT----A-----------T-----------------------TGTTTCT---------------T-GT---T-TCAGG-------T-------G----AC-TGTG----TTA--TAAGCATGTTGGT---GTA-AATA-ATGt
gi|4                          :                  ccctgaccaaatcatgaattaattagaagatcttttatatgtatgatattttttttggaatgtatttcaaataaaagtaaaaagccaattcagtgatcttATGG--TAAAGCATA--A--CTTAATGATCCC-AG---GCGCATAA-CAAT------AA------GTTCATAACT-TAC-TTTG---------A----TGGAT--CACTGTTTGTATT---ACACG--CATTGTTAAAAGTACA-TT---------ATAATTCATTTTCTTGCACCTAAA-ATT-----G----------------------A-----------TGAATATCTTTTATAATTATGTAATGTTA-T---------------T-GC---T-TTAGTATATGCGT-------G----AC---TG----TTA-TTTAGCGTATTTAT---GTATGTTATATGT--AAA------------TTTGTAATGTTT-AGGGCCTCATGAAAGACT-G-AATT-GTTCCAGTGTGATCTCTC
gi|5                          :                                                                                             ACCATTTTAAAACTTCATATTTGCGATGGGTTCAAGCATA--A-GATACA-TAGCAC-AG---GTTCATAA-CGAT------AA------GTTAATTACTATACCTTTA---------A----TATAT--CAATGTTATTATC---AGACG--CATTGTCAAAAGTACTTTT---------ATAATTCATATTCTTGTATTTAAA-ATC-----G----------------------A-----------T-----------------------TGTTT-T---------------T-GT---T-TT----------T-------G----AC-TCTG----TTA-ATCAGCACATTGAT---GTA-AATA-GTGT--ATA------------T-----ATATTTGAGGACCTCATGAACAATT-G-ACTT-GTTCAAATGAGTTTTCTGGTTAAATAAaattagaacatact
gi|6                          :                                                                                                                                                             CTCATAA-CAAT------TACATGTAGTTTATAACT-T-C-TCTA---------A----TATATATCACTGTTTGTATT---ACACG--CAT-GTTTAAAATATATTT---------GTTATTCATATTCGTGTACCTACG-GTC-----G----------------------AGGAATATTTCTT-----------------------TATGT-TGTCG-----------T-GT---T-TT----------TCTATGT-A----AC-TGTC----TTA-TTTAGCATATTGGT---GTA-AGTA-ATGT--ATATATTTAAATATAT-----ATGTTTGAGAGCTTCATGGAAGATT-G-AGTT-GTTCGAATGAATTTTCTCGTTAAATAA
gi|7                          :                                                                                             ACCATTTCAAAACTTTGTATTTGCGATTGGTTAAAGCATA--A-ACCTCA--AGCCC-AG---GCTAATAA-C---------TA------GTACATAATT-TAC-TTAA---------A----TATAT--TACTGTTTGTATG---TCCCG--CATTGGCAAag
gi|8                          :                                                                    aaatgagttatttagaagatattttatatattcgggataaaaaaatggaacagtttccaattactgtagtaataatgccaattcagtgaCTTATGA-TAAT------TA------GTCCATACCT-TAT-TATA---------ACATATATAT--CACTGT--ATAGT---ACACGAGCATTGTCAAGA-TATATTT---------ATAATTTATATTCTTGCACATACA-ATC-----G----------------------A-----------G-----------------------GA----A---------------T-AT---T-AT----------T-------G----GC-TGTG----CTA-TTTAGCACATTGAT---GTA-AATA-ATGT--ATT------------T-----ATGTTT
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aatggtctaaggtgccgt-----------T-----------------------TATAT-T---------------T-GC---TGTT----------T-------G-------TGTG----TTAATTTAG-GCTTGGGT---GCA-AATA-TTGT--AAA------------T-----ATGAATTATGACCTCCTGGAAGATT-A-ACTT-GTTCAAATGAGTTATCTCGTAAAACAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATATTCGGAATTCAAAATTGGAATAGTCTTCCTTCAAAGGTAAAAAATACCAATGAAGTAGATCAATTCAACACTTTATGTGTGCGA