lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 7777777777777777777 1111111111 111111111 1 666666666666666 11111111 22 222222 7777777777777777777777777777777777 1 222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 22 333 1 4444444444444 1111 444444444444444444444444444444 22222222222
lowQualScore : 2222222222222222222 3 5555 2 2 99999 66 1111111111 33 777 2 55555 2 444444444 0 111111111111111 2 1 2 33 55555555 888888 9999 4 3 8888888 11 1 0 000000 0 2 5555555555555555555555555555555555 44 77777 0 6666666 4 66 3 222 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 99 33 2 6 333 0 4 3 4444444444444 6 7 66 5 0 6 2222 555555555555555555555555555555 66666666666 7 5 8
lowQualScore : ................... . .... . . ..... .. .......... .. ... . ..... . ......... . ............... . . . .. ........ ...... .... . . ....... .. . . ...... . . .................................. .. ..... . ....... . .. . ... ................................................................................................................................................ . .. .. . . ... . . . ............. . . .. . . . .... .............................. ........... . . .
lowQualScore : 0000000000000000000 1 0000 4 4 11111 55 1111111111 44 333 5 99999 4 000000000 8 111111111111111 5 9 7 77 88888888 444444 3333 7 6 3333333 55 5 2 999999 2 1 8888888888888888888888888888888888 22 77777 8 4444444 2 99 0 999 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 8 00 00 5 0 000 5 0 2 2222222222222 4 1 99 0 4 0 1111 333333333333333333333333333333 22222222222 1 7 0
consensus : AAGTTGTAATGTTCTATATGAT----ATT---C-TTA-T--A-TAAGACA----TA-A-G-----A--A--T-------A--AGN--ATCAT-AA-----TACA-A-AN----G-TGAAAGTAATGTCTAT-ATA---TTATACAACTTGCA-CCTAAACTTT-AAC--AT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTC---CTTTT-CACNC--CGATATTTCGCCTTGAACTTGAAT-ATAGCAGCCCTTTNATAGTACAAAA-GCCT----CAAGG--------T--AT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTG--CACCNAAACTTTAACGCAGAGTT-TT-AA-CNCAAT-TATTCTCC-----TTTCNTC--TCTGCA---ATT---T---G-ACCTT-GANTTTNAAAN-TAGC-AGCCC--TT-T-GG---TA---CAAAA-GCCT-CAG-GTATANGC--A--CACCCGTTTGTGCNAAGTNACATTCACATAANTGTAAGT-ATGCACANTNATG---------AN--CAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCA-GGTGGGACG----CG--------GACGCNGAC-GCCA-G--GGCGAGTACAAAAACTCCNCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
Reference ( gi|1 ) : AAGTTGTAATGTTCTATATGAT----GTT---C-TTA-T-GA-TAAGACA----TA-A-G-----A--A--T-------A--AGT--ATCAT-AA-----TACA-A-AT----G-TGAAACTAATGTCTAC-ATAATATTATACTACTTGCA-CCTAAACTTT-AAC--AT--GG-AATTA----TGAGCCCAATTTCTC---TTCTT-TACAC--CGATATTTCCCCTTGAACTTGAAA-ATAGCAGCCCTTTTATGGTATGAAATGCCT----CAAAA--------T--AT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTTACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTG--CACCAAAACTTTAATGAAGAGTT-TT-AA-CATAATATATGATCC-----TTTCATC--CCTGCA---ATA---T---G-ACCTT-GACTTTCAAGT-TAGG-AGCCCAATT-T-GT---TA---CAAACTGCCT-CAGAGTATAAGC--A--CATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AT--CAACATGCACCAAAGCTTTAA--TGCA-GATGGGATG----CA--------GATGCTGAT-GCCA-G--GCCGAGTACAAAAACTCAGCTATTCTTCGAATAGCCGAG-TTAA-AAA
gi|6 : AAGATGTAATGCTCTATACGATACAAATTAAAA-TTA-A-TA-TAAGACA----TA-A-A-----T--A--T-------A--AGA--ATCAT-AA-----TACA-ATAT------TGAAAGTAATGCCAACTATA----TATACAACTTGTA-CCTAAAC
gi|7 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaAAGTTGTAATGTTCTATATGAatagagccttgaactgaaacacagcagccctttccttcaaggtatttgataaggatacaccattgtgccatacagtcacataagcataagcattcatag
gi|20 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaAAGTTGTAATGTTCTACATGAT----A-----C-ACA-TCAA-CAAGATA----TA-ATG-----A--A--gcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatataagacataaaaaaataagaatcataatacaaattaaagtaaaagtactgtctatatgtacaacttgcacctaattttttacttagagttttaagcccattt
gi|16 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaAAGCTGTAATGTTCTATATGAT----gtagccaacatttggttgaaaattgatataagacatagaaaataagaatcataatacaaaagtgaaagcaatgtctatata
gi|3 : gtaggtatgccagggacaatgcggccaggtatgttcaaacaataatacaaggtatttcccataagaaaataactgttgtactgtgttctatgcaattaaacatttacatttttaacagtttatatcaatacccaagaacagttttgggctctaaagtaaataagatactgaacccacGTTGTAATGTTCTTTATGTT----ACA---CATTAAC-AA-AAAAATAGAGCCA-A-C-----A--A--TTGGTTGAA--AATGAATCGT-AA------ACA-A-AA----G-TGAAAGTACTGTCCAT-ATA----TACACAACTTGCA-TCTTAACTTT-AAC--AT--AG-A---------GA-------TTCTC---CTTAT-CAATC--TGATATTTCACCTT--ATTTAAAT-ATAGCAGATCTTTAATAGAGCAAAA-GC-T----CAAGG--------T--AT-----AAGC--A---TACAGCCATGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGTATGCATGacacgttgacaaaa
gi|15 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtTT---T-TTA-T----TAAGAAA----TA-A-ACAACCA--A--A-------A--AGT--TTCTG-AA------------------G-TGAAGCAAAAGTCTAT-ATACTGTTATACAACAGGT---CTAA-CTTT-AAC--ATCTAG-TGTTA----TAACCCCAATTTCTC---TTTTTTTATCC--C-ATAGTT-----TGGATT---AA-ATA----------TA----ATAAAA-----------AAC--------TGGAG-----AGGT--A---TACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCACATAATTGTAAGTATGGACAATAAATCtactaaa
gi|36 : -TTA-T--A-TAAGACA----TA-A-GAA---A--A--T-------A--AGA--ATCAT-TA-----TACAGA-AT------TGAA---AGTGTCTAT-A
gi|8 : atA-T-GAATATAACA----TA---G-----A--A--T-------A--AGA--ATCAT-GA-----TACA-A-AA----G-TAAAAATACTGTATAT-ATc
gi|2 : acaacttaacaaaaaaaaatgacaaaataggtagatagaaggatgcgagaggtaggttggtaaccaataagatatggcacgatggcaggtttgcatgtttaaacaatagtacagggatttcctaaataatatgcttattattgtattatgatctatacaaaaattcaccagtcgggatatagttgcctttcgtttaaatgcccaataccagttttgggtaccaaagtgaaaatatctattcgatacactcttaaacaattataaccaacgtttgattgaaaA-TAAGACA----TA-A-G-----A--A--T-------A--A-T--ATAATTAA-----TACA-A-AA----G-AGAAACTAATGTCTAT-ATA------TACAATTTGCA-CCTAAACTTT-AAC--AA--AG-AATTAATTATGGGCCAAATTTCTC---CTCTT-TACAC--CGATATTTCGCCTTGAACTTAAAA-ATAGCAGCCCTTTTATGGTACAAAAAGCC------------------T--AT-----AGGT--A---TACACCCTGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGCATGCA
gi|4 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaatA-TAA-ACA----TA-G-G-----ACAA--C-------A--AGA--ATCGT-AA-----TACA-A-AA----G-TGAAAGAAATGTCTA---TAAAATTA----AATTGCA-CCTCTACTTT-AAC--AT--AG-ACTTA----TAGGCCCAATTTCTA---ATTTT-CAGTC--TGATATTTTACCTTGAACTTAAAT-ATAACAGCCCTTT----------AAT-----------AA--------T--AC-----AAAA--A---TACACCATTGTG-CAAATAACATTCACATAACTGTAAGCATGCAt
gi|12 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacagttgtaatgttctttgtgatacacatttacataaaaatagaggagactttggttgaacattaatA-TAAGACA----TA-A-G-----A--A--A-------ATTAGT--ATCAT-AT-----TATA-A-A-----G-TGAAAAAAATCTCTAT-GTA----TGTA--ACTTGCA-TCTAAACTTG-AAC--AT--AT-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTA---CTTTT-CAATC--CAATATTTCTCCTTAAACTTCAA---------------TATAGTACAAAA--ACT----AAAGG--------T--AT-----ATGC--A---TACACCCTAGTGCCAAGTAATATCAACATAACTGTAAGTACACATG
gi|17 : aaaacaaatagagccaacctttggttaaaaacaaatA-TAAGAAA----TA-A-G-----A--A--T-------A--AGT--G--AA-AG-----TAC-----T----G-TAAAAATAATGTTTAT-ATA----TATACAACTC--------AACTTTGAAC--A----G-AATTA----AAGGCTCAATTTCACCATTTCAT-TCCAT--T-ATAATCGGCCTTGAACTTCAAT-ATAGCA--------AAAGCA--AAA-G--T----AAAAG--------T--AT-----AAGC--A---TATACCCTTGTGCCTAGTTACATtagt
gi|7 : aaatagagcaaatacttggttgaaattaatA-TAAGACA----TA-A-A-----A--AAAT-------A--AGA--ATCAT-AA-----TACA-A-ATTAAAG-TAAAAGTACTGTCTAT-ATG------TACAACTTGCA-CCTAATTTTT-TAC--TT--AG-AGTTT----TAAGCCC-ATTT
gi|20 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaaagttgtaatgttctatatgagcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatA-TAAGACA----TAGA-A-----A--A--T-------A--AGA--ATCAT-AA-----TACA-A-AA----G-TGAAAGCAATGTCTAT-ATA
gi|5 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaaagttgtaatgttctacatgatacacatcaacaagatataatgaagtagccaacatttggttgaaaattgat-TAAGACA----TA-C-G-----A--A--T-------A--AAT--G---------------A-A-AT--------AAAGTTGTGTCTA----------ATACAACTTGCA-CCTCAACTTA-AAC--A----G-AGTTA-----------AATGTTTC---TTTTT-CACAC--CGATATTT-------GGCT------ATAGCAGCACTTTTAT----CGAG----------CAGA------------------------------ACACCGTAATACCAAGTCACAATCATATAACTGTAAACATGCACAGTA
gi|10 : ccaagtagatatgggataatgtggccggacatgttcgaaccattaataatacaaagaagttaacatttatatttttgtttgtactgtgatctatgttaaaaataaccaaatatgtatacattggcaaacagttcatatgaatacacaacagcagtgtttggctccattgagaatattaaaatattgaacctaaaagtttcaatgttatatataaaataaatcaataaaatagagaatgtgtcaatatttagagtaaaagttttcGATA----TA-A-G-----A--A------------------ATCAT-A------T-CA----T----G-TGAAAATAATGTCTAT-GTA---TTATACAGCTTGCA-CCTATACTTT-AAC--A----G-AGTTT----TGAGCCCAATTTCTC---CTTTT-CATTC--TGATATTTAACATTGAATTTGAAT-ATAGCAGCCCTTTAATAGTATAAAA--CCA----TTGAG--------T--AT-----AAGCTTATATTACACACTTGTGCTAAGCTACATGCACA
gi|14 : tgggctccaaagtgaataagatattaaatttgtaatgttatataattattatacatattaataagaaatgaagcaaacacttaggtcaaaattATA----TA-A-G-----ATAA--T-------A--AGA--ATCAT-TA-----TACA-A-AA----G-TAAAAGTAATATCTAT-ATA-TAT-ATA--ACTTG-A-CCTTATCTTT-AAC--AT--A-------------AGCCCAATTTCTC---CTTTT-CAAAT--CGATAGTTCGCATTGTA--TG-----TAACAGCTCAGTAGTAGTACGAAA---CT----CGAGG--------T--AT-----AAGC--A---TACACCCTTATACCAAGTAACATTTACATACTTATATGCATGCA
gi|9 : aaaatgagccaacatttggctgaaaattaA----TA-A-G-----A--A--T-------A--AAT--ATCAT-AG-----TATA-A-AA----G-TGAAAGTAATGT-----AT--TTTTAAACAAATTGCACCCTATAATTT-AAC------GGTAGTTA----TTCGCCCAACCTCTagaag
gi|21 : tcgggctgatatctaagtaggcctagatatgggacaatgagtgaccgggaacgttcaaataatgataacttatgtttgtactattatctataataattcatgtacatattcagttctgggctctacagtgaatacgatactgaacctgttctacataatacaagccaataaaaatataaagccaatatttgggtgaaaaataatataatatatttA----TA-A-C-----A--A--G-------A--GCT--ATCAT-AAATTAATACA-A-AA----G-TGGAAGTAATGT-----GCAGTTGTAAACAACTTGCA-TGTTAATTTT-AACTTAT--GG---TTA----TAATCTCAATTt
gi|19 : gagccagaagggttgaaaattaatatacaaA-----TACA-A--T----GATGAAGCTAATGTTTAT-ATA----TAAA--ACTTGCA-CCTAAACTTT-AAC--AT--AG-AGTTA----TGAACCCAATCTCTC---CTCTT-TACA-------GTTTAC------AC---------------CCTTTTATGGTACAAAATGCCT----CAATG--------T--A------AAG------------------GC--AGTTACATTTACACAACGGTAAGAATGCGCGGTagacattttcaaactgatt
gi|31 : -TGAAAGTAATGTCT----T--TAT-ATACAACTTACA-CCTAAACTTA-AGC--AT--AG-AATTA----TAAGCTCTATTTCT
gi|18 : aaACAACTTGAA-TATCAACTTC-AAC--AT--AG-AGTTA----TAAGCTCAATTTCTC---CT-TT-TGCACTCCAATATTTTGCCTTGGACTTAAAT-AAAGCAGCGCTTTACTAGTACAAAA-GCC-----CGAGG--------T--AT-----ACGC--A---AACACCCTTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGTATGCATG
gi|22 : aaGGTATTTAGCATTGAACTTGAAT-ACAGCAGCCCTTTtagta
gi|6 : aaaaagggaaagggagtgtgtgatgctcagataggtatgggacattgtgggcaggaatgttcaaatgcaataacacagggtatttctcataaacaaataacttgttCCTTGAACT-GAAACACAGCAGCCCTTTC-------------CTT----CAAGG--------T--ATTTGATAAGG--A---TACACCATTGTGCCA---TACAGTCACATAAGCATAAGCATTCAa
gi|23 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaaagatgtaatgctctatacgatacaaattaaaattaatataagacataaatataagaatcataatacaatattgaaagtaatgccaactatatatacaacttgtacctaaacatagagTTATGGTACAAAATGGCTGGTACAAAAAGTCCAAGT--AT-----ACGC--A---TACATCCGTATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTATGCACAGTAAATCACAACGTG--TACCAAAACTTTATCGCAGAATT-TA-AA-AACATTATtag
gi|3 : CACAACTTG--CATC------TTAAC-------T-TT-AA-CATAG-AGATTCTCC-----TT--ATCAATCTGAT---ATT---T---C-ACCTT-A---TTTAAATATAGC-AGATC--TT-T-AA---TAGAGCAAA--AGCT-CAAGGTATAAGCATA--CAGCCA--TGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGT-ATGCA
gi|2 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtgttgtaatgttctttatgttacacattaacaaaaaaatagagccaacaattggttgaaaatgaatcgtaaacaaaagtgaaagtactgtccatatataACAATTTG--CACCTAAACTTTAACAAAGAAT----------TAAT-TATGGGCCAAATTTCTCCTC--TTTACACCGATA---TTTCG--CCTT-GAACTTAAAAA-TAGC-AGCCCTTTTAT-GG---TA---CAAAAAGCCTATAG-GTAT------A--CACCC--TGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGC-ATGCAtgtactaaa
gi|10 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaatataagacataagaataatataattaatacaaaagagaaactaatgtctatatatACAGCTTG--CACCTATACTTTAAC--AGAGTT-TTGAG-CCCAATTTCT--CCT-----TTTCAT---TCTGAT---ATT---T---A-ACATT-GAATTTGAATA-TAGC-AGCCC--TT-TAATAG-TA---TAAA--ACCA-TTGAGTATAAGC--t
gi|18 : tgggctccaaagtgaataagatattaaatttgtaatgttatataattattatacatattaataagaaatgaagcaaacacttaggtcaaaattgatataagaaatcatatcatgtgaaaataatgtctatgtattatACAACTTGAATATC--AACTTCAACATAGAGTT-AT-AAGCTCAAT---TTCTCC-----TTTTG-C--ACTCCA---ATATTTT---G--CCTTGGACTT--AAAT-AAAGCAGCGC--TT-T-ACTAGTA---CAAAA-GCCC-GAG-GTATACGCAAA--CACCC--TTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGT-ATGCAttatattacacacttgtgctaagctacatgcaca
gi|28 : aaACAACTTG--CACCAAAACTTTAATGCAGtgtagta
gi|24 : aCAACTTG--CATCAAAAATTTAATGgtggaacacacgcacatggccatggccagtacaaaaactcccctattcatagaataaacaagtta
gi|19 : aaaacacatttatgccacgttccatAACTTG--CACCTAAACTTTAACATAGAGTTATG-AA-CCCAAT--------C-----TCTCCTC--TTTACA---GTT---T---ACACC-----CTTTTA-------------------T-GG---TA---CAAAATGCCT-CAATGTAAAGGC--A--GTTACATTTACACAActggctgaatgtggacaccaacgttgatgcttatgccaaggtgaatacaaaaactcccaatagtcaagtttaatac
gi|23 : atacaatgatgaagctaatgtttatatataa-T-GG---TA---CAAAAAGTC--CA-AGTATACGC--ATACATCCGT--ATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTA-TGCACAGTAA-----------ATCACAACGTGTACCAAAACTTTAT--CGCA-GAcggtaagaatgcgcggt
gi|24 : ttatggtacaaaatggcCACATTTATGCCACGTTCCAT--CAACTTGCATCAAAAATTTAA--TGCT-GGCTGAATGTGGACACCAACGTTGATGCTTAT-GCCA-A--GGTGAATACAAAAACTC----------CCAATAGTCAAG-TTTA-atttaaaaacattat
gi|26 : aaaaATG---------AA--CAACTTTCACCAAAACTTT----TACAAGGTGAGAAG----CG--------GACACTGA----CA------TGAGCACAAAATCTTCTCTATTCATAAAATACTAGAG-TTAATAAAtac
gi|27 : TG---------AA--CAATATGCATTAAATTTTTAA--CGCA-TATGGGATG----CA--------AACGGAGAC-GCCT-G--GAATAGTACAAAAACTCCGCCTTTCTTAGAATTGTCGtt
gi|28 : --CAACTTGCACCAAAACTTTAA--TGCA-GGTGGAA------CA--------CACGCACATGGCCATG--GCC-AGTACAAAAACTCCCCTATTCATAGAATAAACAAG-TTAgat
gi|29 : aa--CAACGTGCACCAAAACTGTAA--CGCA-GGTGGGACG----CG--------AACACCGGA-GCCA-A--GGCAAGTATAGAATTTCTCCTATGCGTGGAATAGTCAAG-TT
gi|30 : ATGCAC---AACTTTAAAATGTA-GATGGCACG----CA--------GATGATGAC-GCC--GTTGCTGAGTACAAAAAT---G--ATT-TTAGAATAGTCGAG-TTTA-
gi|33 : AACTTTAA--CGCA-GGTGGGATG----CA--------AA----------CA-------------AAAAACTCCGCTAGTCTTTAAATAGTCGAGATTAA-AA
gi|37 : AT-GCCA-G--GGCAACTACAAAAACTCCCCCATTCATGGAATAGTCGAA-TTAA-AAA
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): TTTAATCTAGAATAATATCAAACTAGCAGAGATATATTTTACAATAATTGATGTGTATATATTTACCTATTAACAGTGTTGGACCCAAGAGTGAATAAGATACTGACCACAGAAGCCGTAATGTTCTATATGGTACACATTCATTAAAAGTAGAACCACTGCTTGGTTGAAAATTAATATAAGACTTATAAAAACAAGTATACGCACAAAAAGTGATGTCGTTATTAACAAATTGCACCTACACTGTTAA
Unaligned ( gi|13 ): CAGACATGTTCAAATACAATGATTGATATTTCCTTTGAATAATTATATTTATTTTGTTATATACGCTTAATGTATTAATATAGACACTTTTATAACAGTTATATAAACATTTTCGTGCTATAGAGTGAATAATATACTGAACTTAAAAATGATAATGTTCTATATTGTATACGTTGAAGAAAATAGAGTCAACAGTTGGTTGAAACATCAATACCAAGGATAACACGAAAAGCGAGAAGT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTGGACTACAGAGAATAAAAAATGATACTGAACCTAGAATGTGTGATGTTTATTATATACGATTAATATCAATGAAAAGATAAAGCCAACATTTGAAGTCTAGAGGCAAATGA
Unaligned ( gi|32 ): GTTGGGTATATTCTAACAATAATACTGTATAAGGTATTGCCCATAAATATTTTTTGTACTGCGATCTA
Unaligned ( gi|34 ): ACAAAGACACAAGGTATTTCCCATATAAAATAACTTCTGTACTGTGATCCATTCCAAAATTTA
Unaligned ( gi|35 ): GGGACAATGAGGCCAGGCATCTTTAAACAATAATACAAGGTATTTCCAACAAAGAAACA
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 11111111111111 11111111111111111 2222222 2222222 1111 2 33 1 1 55 1 55 4 111 11 22 44 333333333 333333333333333333333
lowQualScore : 66 4 2222222222222 2 44 0 333 6666 777777 22 55 666 44444444444444 444444 88888 44444444444444444 2 5555555 33 2 0 2 33 2 666666 3 55 33 5 2 0 7 1 4 0 3 2 3333333 44 77777 1 555 555 1 3 1 4 2 4 7777 0 00 1 6 7 1 1 77 5 55 5 55 0 1 6 6 6 333 66 33 1 6 66 1 1 222222222 1 1 66 1 4 55 0 000000000000000000000 2 2 2 5 6
lowQualScore : .. . ............. . .. . ... .... ...... .. .. ... .............. ...... ..... ................. . ....... .. . . . .. . ...... . .. .. . . . . . . . . . ....... .. ..... . ... ... . . . . . . .... . .. . . . . . .. . .. . .. . . . . . ... .. .. . . .. . . ......... . . .. . . .. . ..................... . . . . .
lowQualScore : 11 4 8888888888888 0 88 3 999 2222 444444 99 88 999 66666666666666 999999 99999 55555555555555555 0 9999999 11 2 7 2 22 4 444444 1 00 99 2 5 7 6 2 2 4 3 9 7777777 22 11111 9 111 000 0 0 0 0 5 0 0000 0 00 0 0 0 0 0 00 0 00 0 00 0 0 0 0 0 000 00 00 0 0 00 0 0 000000000 0 0 99 1 2 22 9 666666666666666666666 6 6 6 0 7
consensus : AAGTTGTAATGTTCTATA--TGA-TA----TN----C--TTA-T--ATAAGAC--AT----A-A-G--A--A--TA---A------------GAATCA----T-AA-----TACAA-----------AA----GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANNCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGACG------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCCCCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
Reference ( family-446 ) : AAGTTGTAATGTTCTATA--TGA-TA----TT----C--TTA-T--ATAAGAC--AT----A-A-G--A--A--TA---A------------GNATCA----T-AA-----TACAA-----------AN----GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CACNCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTGAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCAAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTGCACCNAAACTTTAACGCAGAGTTTTAACNCAAT-TATTCTCCTTTCNTCTCTGCAATTTGACCTTGANTTTNAAANTAGCAGCCC--TTTGGTACAAAA-GCCTCAG-GTATANGCACACCCGTTTGTGCNAAGTNACATTCACATAANTGTAAGT-ATGCACANTNATG---------ANCAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCNGACG------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCCNCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
gi|1 : AAGTTGTAATGTTCTATA--TGA-TG----TT----C--TTA-TG-ATAAGAC--AT----A-A-G--A--A--TA---A------------GTATCA----T-AA-----TACAA-----------AT----GTGAAACTAATGTCTA-CATAATATTATA--CTACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--GG-AATTA----TGAGCCCAATTTCTCTTCTT-TACACCG--ATATTTCCCCTTGAACTTGAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTAT-GAAATGCCTCAAAATAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTTACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTGCACCAAAACTTTAATGAAGAGTTTTAACATAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------ATCAACATGCACCAAAGCTTTAA--TGCAGATGGGATGCAGATGCTGATG------------CCAGGCC-GAGTACAAAAACTCAGCTATTCTTCGAATAGCCGAG-TTAA-AAA
gi|10 : AATTTGTAATGTTATATAATTAT-TA----TA----C--ATA-TTAATAAGAA--ATG---A-A-GCAA--A--CACTTA------------GG-TCAAAATT-GA-----TATAAGAAATCATATCAT----GTGAAAATAATGTCTA-TGTA---TTATA--CAGCTTGCA-CCTATACT-TTAACA----G-AGTTT----TGAGCCCAATTTCTCCTTTT-CATTCTG--ATATTTAACATTGAATTTGAATATAGCAGCCCTTTAATAGTAT-AAAA-CCATTGA-GTAT-----AAGCTTATATTACACACTTGTGCTAAGCTACATGCACA
gi|11 : tgggctccaaagtgaataagatattaA-T--ATAAGACTTAT----A-A-A--A--A--CA---A------------GTAT---------A-----CGCAC-----------AA-------AAAGTGATGTC-G-T-TA---TTA-A--CAAATTGCA-CCTACACTGTTAA
gi|12 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagaagccgtaatgttctatatggtacacattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaA-T--ATAAGAC--AT----A-A-G--A--A--AATT-A------------GTATCA----T-AT-----TATAA-----------A-----GTGAAAAAAATCTCTA-TGTA---T---G--TAACTTGCA-TCTAAACT-TGAACAT--AT-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTACTTTT-CAATCCA--ATATTTCTCCTTAAACTTCAAT--------------ATAGTAC-AAAA-A-CTAAAGGTAT-----ATGC--A---TACACCCTAGTGCCAAGTAATATCAACATAACTGTAAGTACACATG
gi|14 : aaaacaaatagagccaacctttggttaaaaacaaA-T--ATAAGAT--A---------------A--TA---A------------GAATCA----T-TA-----TACAA-----------AA----GTAAAAGTAATATCTA-TATA---T-ATA--TAACTTG-A-CCTTATCT-TTAACAT--A-------------AGCCCAATTTCTCCTTTT-CAAATCG--ATAGTTCGCATTG----T--ATGTAACAGCTCAGTAGTAGTAC-GAAA---CTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTATACCAAGTAACATTTACATACTTATATGCATGCAtagt
gi|15 : aaaatgagccaacatttggctgaaaatta----TT----T--TTA-T---TAAGAA--AT----A-A---------------A------------CAACCA----A-AAAGT--TTCTG-----------AA----GTGAAGCAAAAGTCTA-TATACTGTTATA--CAACAGGT---CTAA-CT-TTAACATCTAG-TGTTA----TAACCCCAATTTCTCTTTTT-TTATCCC--ATAGTTTG----GA--TTAAATATA----------------AT-AAAA-AACTGGAG---------AGGT--A---TACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCACATAATTGTAAGTATGGACAATAAATCagaag
gi|16 : AAGCTGTAATGTTCTATA--TGA-TA----
gi|17 : gtaggtatgccagggacaatgcggccaggtatgttcaaacaataatacaaggtatttcccataagaaaataactgttgtactgtgttctatgcaattaaacatttacatttttaacagtttatatcaatacccaagaacagttttgggctctaaagtaaataagatactgaacccacA-T--ATAAGAA--AT----A-A-G--A--A--TA---A------------G--TGA----A-AG-----TAC--------------T----GTAAAAATAATGTTTA-TATA---T-ATA--CAACTC--------AACT-TTGA-AC--AG-AATTA----AAGGCTCAATTTCACCATTT-CATTCCATTATAATCGGCCTTGAACTTCAATATAGCA--------AAAG--C-AAAA-G--TAAAAGTAT-----AAGC--A---TATACCCTTGTGCCTAGTTACATcacgttgacaaaa
gi|18 : aaatagagcaaatacttggttgaaattaA--CAACTTGAA-TATCAACT-TCAACAT--AG-AGTTA----TAAGCTCAATTTCTCCTTTTGCACTCCA--ATATTTTGCCTTGGACTTAAATAAAGCAGCGCTTTACTAGTAC-AAAA-GCC-CGAGGTAT-----ACGC--A---AACACCCTTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGTATGCATG
gi|19 : aaA-----TACAA-----------TG----ATGAAGCTAATGTTTA-TATA---T---A--AAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TGAACCCAATCTCTCCTCTT-TACA-------GTTT-------------------ACACCC-TTTTATGGTAC-AAAATGCCTCAATGTA------AAG------------------GC--AGTTACATTTACACAACGGTAAGAATGCGCGGTtagta
gi|2 : GTTGTAATGTTCCGTA--TGATTA----TT----G--ATA-T--ACA
gi|2 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatA-T--ATAAGAC--AT----A-A-G--A--A--TA---A-------------TATAA----TTAA-----TACAA-----------AA----GAGAAACTAATGTCTA-TATA---T---A--CAATTTGCA-CCTAAACT-TTAACAA--AG-AATTAATTATGGGCCAAATTTCTCCTCTT-TACACCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTACAAAAA-GCC------TAT-----AGGT--A---TACACCCTGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGCATGCAtcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaatataagacataagaataatataattaatacaaaagagaaactaatgtctatatatacaatttgcacctaaactttaacaaagaattaattatgggccaaatttctcctctttacaccgatatttcgccttgaacttaaaaatagcagcccttttatggtacaaaaagcctataggtatacaccctggtgacacgttacattcacataagtataagcatgcat
gi|20 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaAAGTTGTAATGTTCTACA--TGA-TA----CA----CA-TCA----ACAAGAT--AT----A-ATG--A--A--t
gi|20 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaA-T--ATAAGAC--AT----AGA-A--A--A--TA---A------------GAATCA----T-AA-----TACAA-----------AA----GTGAAAGCAATGTCTA-TATA---gtagccaacatttggttgaaaattgatataagacatagaaaataagaatcataatacaaaagtgaaagcaatgtctatata
gi|21 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaaagttgtaatgttctacatgatacacatcaacaagatataatgaagtagccaacatttggttgaaaattgTA-T--ACAA-----AT----A-A-C--A--A--GA---G------------CTATCA----T-AAATTAATACAA-----------AA----GTGGAAGTAATGTGCA----G---TTGTAAACAACTTGCA-TGTTAATT-TTAACTT--AT-GGTTA----TAATCTCAATTAGACATTTT-CAAACTG--AT
gi|22 : gagccagaagggttgaaaattaaG--GTATTTAGCATTGAACTTGAATACAGCAGCCCTTTt
gi|23 : aaaaagggaaagggagtgtgtgatgctcagataggtatgggacattgtgggcaggaatgttcaaatgcaataacacagggtatttctcataaacaaataacttgttTGGTAC-AAAA-AGTCCAAG-TAT-----ACGC--A---TACATCCGTATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTATGCACAGTAAATCACAACGTGTACCAAAACTTTATCGCAGAATTTAAAAAC-AT-TATa
gi|24 : ttatggtacaaaatggcCACATTTATGCCACGTTCCATCAACTTGCATCAAAAATTTAA--TGCTGGCTGAATGTGGACACCAACGTTGATGCTTATGCCAAGGT-GAATACAAAAACTCCC----------AATAGTCAAG-TTTA-
gi|26 : aaaaATG---------AACAACTTTCACCAAAACTTTTA--CA-AGGTGAGAAGCGGACACTGACA------------T-------GAGCACAAAATCTTCTCTATTCATAAAATACTAGAG-TTAATAAAtac
gi|27 : TG---------AACAATATGCATTAAATTTTTAA--CGCATATGGGATGCAAACGGAGACG------------CCTGGAA-TAGTACAAAAACTCCGCCTTTCTTAGAATTGTCGtt
gi|28 : ---------AACAACTTGCACCAAAACTTTAA--TGCAGGTGGAACAC--ACGCACATGG-----------CCATGGC-CAGTACAAAAACTCCCCTATTCATAGAATAAACAAG-TTAgat
gi|29 : CAACGTGCACCAAAACTGTAA--CGCAGGTGGGACGCGAACACCGGAG------------CCAAGGC-AAGTATAGAATTTCTCCTATGCGTGGAATAGTCAAG-TT
gi|3 : GTTGTAATGTTCTTTA--TGT-TA----CA----CA-TTAAC--A-AAAAA--AT----AGA-GCCA--A--CA---ATTGGTTGAAAATGAATCG----T-AA------ACAA-----------AA----GTGAAAGTACTGTCCA-TATA---T-ACA--CAACTTGCA-TCTTAACT-TTAACAT--AG-AG--A--------------TTCTCCTTAT-CAATCTG--ATATTTCACCTT--ATTTAAATATAGCAGATCTTTAATAGAGC-AAAA-G-CTCAAGGTAT-----AAGC--A---TACAGCCATGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGTATGCATG
gi|30 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtTGCAC---AACTTTAAAATGTAGATGGCACGCAGATGATGACG------------CCGTTGCTGAGTACAAAAA------TGATTTTAGAATAGTCGAG-TTTA-tactaaa
gi|31 : aTGAAAGTAATGTCTT-TATA---T---A--CAACTTACA-CCTAAACT-TAAGCAT--AG-AATTA----TAAGCTCTATTTCT
gi|33 : aaAACTTTAA--CGCAGGTGGGATGCAAACA--------------------------------AAAAACTCCGCTAGTCTTTAAATAGTCGAGATTAA-AA
gi|36 : --TTA-T--ATAAGAC--AT----A-A-G--A--AAATA---A------------GAATCA----T-TA-----TACAG-----------AA----TTGAAAG---TGTCTA-TA
gi|37 : atATG------------CCAGGGC-AACTACAAAAACTCCCCCATTCATGGAATAGTCGAA-TTAA-AAAc
gi|4 : ccAGTTGTAATGTTCTTTG--TGA-TA----CA----CATTTA-C--ATAAAA---AT----A-
gi|4 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacA-T--ATAA-AC--AT----A-G-G--ACAA--CA---A------------GAATCG----T-AA-----TACAA-----------AA----GTGAAAGAAATGTCTA-TAAAA--TTA-----AA-TTGCA-CCTCTACT-TTAACAT--AG-ACTTA----TAGGCCCAATTTCTAATTTT-CAGTCTG--ATATTTTACCTTGAACTTAAATATAACAGCCCTTTAATAATAC-AAAA------------------------A---TACACCATTGTG-CAAATAACATTCACATAACTGTAAGCATGCAgaggagactttggttgaacattaatataaacataggacaacaagaatcgtaatacaaaagtgaaagaaatgtctataaaattaaattgcacctctactttaacatagacttataggcccaatttctaattttcagtctgatattttaccttgaacttaaatataacagccctttaataatacaaaaatacaccattgtgcaaataacattcacataactgtaagcatgca
gi|5 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacagttgtaatgttctttgtgatacacatttacataaaaatagaggagactttggttgaacattaTAAGAC--AT----A-C-G--A--A--TA---A--------------ATGA------AA-----TA------------------------AAGTTGTGTCTA----------ATA--CAACTTGCA-CCTCAACT-TAAAC----AG-AGTTA-----------AATGTTTCTTTTT-CACACCG--ATATTTGGC------------TATAGCAGCACTTTTATCG-------A-GC----AGA-------------------ACACCGTAATACCAAGTCACAATCATATAACTGTAAACATGCACAGTA
gi|6 : ccaagtagatatgggataatgtggccggacatgttcgaaccattaataatacaaagaagttaacatttatatttttgtttgtactgtgatctatgttaaaaataaccaaatatgtatacattggcaaacagttcatatgaatacacaacagcagtgtttggctccattgagaatattaaaatattgaacctaaaagtttcaatgttatatataaaataaatcaataaaatagagaatgtgtcaatatttagagtaaaagttttcAAGATGTAATGCTCTATA--CGA-TACAAATTAAAAT--TAA-T--ATAAGAC--AT----A-A-A--T--A--TA---A------------GAATCA----T-AA-----TACAA-----------TA----TTGAAAGTAATGCCAACTATA----TATA--CAACTTGTA-CCTA-------AACAT--AG-AG
gi|6 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaGCCTTGAACTGAAACACAGCAGCCCTTTC--------------CTTCAAGGTATTTGATAAGG--A---TACACCATTGTGCCA---TACAGTCACATAAGCATAAGCATTCAccttgaactgaaacacagcagccctttccttcaaggtatttgataaggatacaccattgtgccatacagtcacataagcataagcattcatag
gi|7 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaaagatgtaatgctctatacgatacaaattaaaattaatataagacataaatataagaatcataatacaatattgaaagtaatgccaactatatatacaacttgtacctaaacatagaAAGTTGTAATGTTCTATA--TGA-tag
gi|7 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaA-T--ATAAGAC--AT----A-A-A--A--AAATA---A------------GAATCA----T-AA-----TACAA-----------ATTAAAGTAAAAGTACTGTCTA-TATG---T---A--CAACTTGCA-CCTAATTT-TTTACTT--AG-AGTTT----TAAGCCC-ATTTgcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatataagacataaaaaaataagaatcataatacaaattaaagtaaaagtactgtctatatgtacaacttgcacctaattttttacttagagttttaagcccattt
gi|8 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaaagttgtaatgttctatatgagcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaA-T--ATAA--C--AT----A---G--A--A--TA---A------------GAATCA----T-GA-----TACAA-----------AA----GTAAAAATACTGTATA-TAT
gi|9 : acaacttaacaaaaaaaaatgacaaaataggtagatagaaggatgcgagaggtaggttggtaaccaataagatatggcacgatggcaggtttgcatgtttaaacaatagtacagggatttcctaaataatatgcttattattgtattatgatctatacaaaaattcaccagtcgggatatagttgcctttcgtttaaatgcccaataccagttttgggtaccaaagtgaaaatatctattcgatacactcttaaacaattataaccaacgtttgattgaaaatgaA-T--ATAATAT--ATTTATA-A-G--A--A--TA---A------------ATATCA----T-AG-----TATAA-----------AA----GTGAAAGTAATG--TA-T-TT---TTAAA--CAAATTGCACCCTATAAT-TTAAC----GGTAGTTA----TTCGCCCAACCTCT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGACATGTTCAAATACAATGATTGATATTTCCTTTGAATAATTATATTTATTTTGTTATATACGCTTAATGTATTAATATAGACACTTTTATAACAGTTATATAAACATTTTCGTGCTATAGAGTGAATAATATACTGAACTTAAAAATGATAATGTTCTATATTGTATACGTTGAAGAAAATAGAGTCAACAGTTGGTTGAAACATCAATACCAAGGATAACACGAAAAGCGAGAAGT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTGGACTACAGAGAATAAAAAATGATACTGAACCTAGAATGTGTGATGTTTATTATATACGATTAATATCAATGAAAAGATAAAGCCAACATTTGAAGTCTAGAGGCAAATGA
Unaligned ( gi|32 ): GTTGGGTATATTCTAACAATAATACTGTATAAGGTATTGCCCATAAATATTTTTTGTACTGCGATCTA
Unaligned ( gi|34 ): ACAAAGACACAAGGTATTTCCCATATAAAATAACTTCTGTACTGTGATCCATTCCAAAATTTA
Unaligned ( gi|35 ): GGGACAATGAGGCCAGGCATCTTTAAACAATAATACAAGGTATTTCCAACAAAGAAACA
Alignments
lowQualScore : 222222222222 111111111111111111111 1111111111111111 2222222 3333333 333333333 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 55 222222222222 2 55 333 2 777777 22 55 444444444444444444444 4444 88888 1111111111111111 2 5555555 33 2 0 2 33 2 666666 3 55 33 3 2 0 1 4 0 3 2 0000000 2 77777 1 555 555 1 1 1 1 1 1 4 222222222 1 1 66 1 4 222222222222222222222222222222 44 0 2 2 5 6
lowQualScore : .. ............ . .. ... . ...... .. .. ..................... .... ..... ................ . ....... .. . . . .. . ...... . .. .. . . . . . . . . ....... . ..... . ... ... . . . . . . . ......... . . .. . . .............................. .. . . . . .
lowQualScore : 55 666666666666 1 00 111 0 444444 99 88 444444444444444444444 7777 99999 8888888888888888 0 9999999 11 2 7 2 22 4 444444 1 00 99 3 5 7 2 2 4 3 9 4444444 4 11111 9 111 000 0 0 0 0 0 0 0 000000000 4 0 99 1 2 111111111111111111111111111111 66 8 6 6 0 7
consensus : AAGTTGTAATGTTCTATA--TGATACA--------C--TTA-T--ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
Reference ( family-446 ) : AAGTTGTAATGTTCTATA--TGATATN--------C--TTA-T--ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANNCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
gi|1 : AAGTTGTAATGTTCTATA--TGATGTT--------C--TTA-TG-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GT---ATCA----TAA-----TACAAA----T-----------GTGAAACTAATGTCTA-CATAATATTATA--CTACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--GG-AATTA----TGAGCCCAATTTCTCTTCTT-TACACCG--ATATTTCCCCTTGAACTTGAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTAT-GAAATGCCTCAAAATAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTTACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTGCACCAAAACTTTAATGAAGAGTTTTAACATAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------ATCAACATGCACCAAAGCTTTAA--TGCAGATGGGATGCAGATGCTGAT---G------------CCAGGCC-GAGTACAAAAACTCA-GCTATTCTTCGAATAGCCGAG-TTAA-AAA
gi|10 : AATTTGTAATGTTATATAATTATTATA--------C--ATA-TTAATAAGAA--ATGA-A-GCAA--A--CACTTA------------GG----TCAAAATTGA-----TATAAG----AAATCATATCATGTGAAAATAATGTCTA-TGTA---TTATA--CAGCTTGCA-CCTATACT-TTAACA----G-AGTTT----TGAGCCCAATTTCTCCTTTT-CATTCTG--ATATTTAACATTGAATTTGAATATAGCAGCCCTTTAATAGTAT-AAAA-CCATTGA-GTAT-----AAGCTTATATTACACACTTGTGCTAAGCTACATGCACA
gi|11 : tgggctccaaagtgaataagatattaAAGCCGTAATGTTCTATA--TGGTACA--------C--
gi|11 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagA-T--ATAAGACTTAT-A-A-A--A--A--CA---A------------GT---AT--------A-----CGCACA----A--------------AAAGTGATGTC-G-T-TA---TTA-A--CAAATTGCA-CCTACACTGTTAAattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaatataagacttataaaaacaagtatacgcacaaaaagtgatgtcgttattaacaaattgcacctacactgttaa
gi|12 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagaagccgtaatgttctatatggtacacattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaA-T--ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--AATT-A------------GT---ATCA----TAT-----TATAAA----------------GTGAAAAAAATCTCTA-TGTA---T---G--TAACTTGCA-TCTAAACT-TGAACAT--AT-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTACTTTT-CAATCCA--ATATTTCTCCTTAAACTTCAAT--------------ATAGTAC-AAAA-A-CTAAAGGTAT-----ATGC--A---TACACCCTAGTGCCAAGTAATATCAACATAACTGTAAGTACACATG
gi|14 : aaaacaaatagagccaacctttggttaaaaacaaA-T--ATAAGAT--A------------A--TA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAAA----A-----------GTAAAAGTAATATCTA-TATA---T-ATA--TAACTTG-A-CCTTATCT-TTAACAT--A-------------AGCCCAATTTCTCCTTTT-CAAATCG--ATAGTTCGCATTG----TA--TGTAACAGCTCAGTAGTAGTAC-GAAA---CTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTATACCAAGTAACATTTACATACTTATATGCATGCAtagt
gi|15 : aaaatgagccaacatttggctgaaaattaTT--------T--TTA-T---TAAGAA--AT-A-A---------------A------------CA---ACCA----AAAAGT--TTCTGA----A-----------GTGAAGCAAAAGTCTA-TATACTGTTATA--CAACAGGT---CTAA-CT-TTAACATCTAG-TGTTA----TAACCCCAATTTCTCTTTTT-TTATCCC--ATAGTTTG----GA--TTAAATATA----------------AT-AAAA-AACTGGAG---------AGGT--A---TACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCACATAATTGTAAGTATGGACAATAAATCagaag
gi|16 : AAGCTGTAATGTTCTATA--TGATACA--------C--
gi|17 : gtaggtatgccagggacaatgcggccaggtatgttcaaacaataatacaaggtatttcccataagaaaataactgttgtactgtgttctatgcaattaaacatttacatttttaacagtttatatcaatacccaagaacagttttgggctctaaagtaaataagatactgaacccacA-T--ATAAGAA--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------G-----TGA----AAG-----TAC-------T-----------GTAAAAATAATGTTTA-TATA----TATA--CAACTC--------AACT-TTGA-AC--AG-AATTA----AAGGCTCAATTTCACCATTT-CATTCCATTATAATCGGCCTTGAACTTCAATATAGCA--------AAAG--C-AAAA-G--TAAAAGTAT-----AAGC--A---TATACCCTTGTGCCTAGTTACATgttgacaaaa
gi|18 : aaatagagcaaatacttggttgaaattaA--CAACTTGAA-TATCAACT-TCAACAT--AG-AGTTA----TAAGCTCAATTTCTCCTTTTGCACTCCA--ATATTTTGCCTTGGACTTAAATAAAGCAGCGCTTTACTAGTAC-AAAA-GCC-CGAGGTAT-----ACGC--A---AACACCCTTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGTATGCATG
gi|19 : aaA-----TACAAT----G-----------ATGAAGCTAATGTTTA-TATA---T---A--AAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TGAACCCAATCTCTCCTCTT-TAC-------------------AGTTTA-------CA-CCCTTTTATGGTAC-AAAATGCCTCAATGTA------AAG------------------GC--AGTTACATTTACACAACGGTAAGAATGCGCGGTtagta
gi|2 : A-T--ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------TATA-AT------TAA-----TACAAA----A-----------GAGAAACTAATGTCTA-TATA---T---A--CAATTTGCA-CCTAAACT-TTAACAA--AG-AATTAATTATGGGCCAAATTTCTCCTCTT-TACACCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTACAAAAA-GCC------TAT-----AGGT--A---TACACCCTGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGCATGCA
gi|20 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaAAGTTGTAATGTTCTACA--TGATACA--------CA-TCA----ACAAGAT--AT-A-ATG--A--A--t
gi|20 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaA-T--ATAAGAC--AT-AGA-A--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGCAATGTCTA-TATA---gtagccaacatttggttgaaaattgatataagacatagaaaataagaatcataatacaaaagtgaaagcaatgtctatata
gi|21 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaaagttgtaatgttctacatgatacacatcaacaagatataatgaagtagccaacatttggttgaaaattgA-T--ATA---C--A--A-A-T--A--A--CA---A------------GAGCTATCA----TAAATTAATACAAA----A-----------GTGGAAGTAATGTGCA----G---TTGTAAACAACTTGCA-TGTTAATT-TTAACTT--AT-GGTTA----TAATCTCAATTAGACATTTT-CAAACTG--AT
gi|22 : gagccagaagggttgaaaattaG--GTATTTAGCATTGAACTTGAATACAGCAGCCCTTTt
gi|23 : aaaaagggaaagggagtgtgtgatgctcagataggtatgggacattgtgggcaggaatgttcaaatgcaataacacagggtatttctcataaacaaataacttgttTGGTAC-AAAAAG--TCCAAGTAT-----ACGC--A---TACATCCGTATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTATGCACAGTAAATCACAACGTGTACCAAAACTTTATCGCAGAATTTAAAAACATTATa
gi|24 : ttatggtacaaaatggcCACATTTATGCCACGTTCCATCAACTTGCATCAAAAATTTAA--TGCTGGCTGAATGTGGACACCAAC---GTTGATGCTTATGCCAAGGT-GAATACAAAAACTCC-C----------AATAGTCAAG-TTTA-
gi|26 : aaaaATG---------AACAACTTTCACCAAAACTTTTA--CA-AGGTGAGAAGCGGACACTGAC---A------------T-------GAGCACAAAATCTTC-TCTATTCATAAAATACTAGAG-TTAATAAAtac
gi|27 : TG---------AACAATATGCATTAAATTTTTAA--CGCATATGGGATGCAAACGGAGAC---G------------CCTGGAA-TAGTACAAAAACTCCGCCT-TTCTTAGAATTGTCGtt
gi|28 : ---------AACAACTTGCACCAAAACTTTAA--TGCAGGTGGAACAC--ACGC--ACATGG------------CCATGGC-CAGTACAAAAACTCC-CCTATTCATAGAATAAACAAG-TTAgat
gi|29 : CAACGTGCACCAAAACTGTAA--CGCAGGTGGGACGCGAACACCGGA---G------------CCAAGGC-AAGTATAGAATTTCT-CCTATGCGTGGAATAGTCAAG-TT
gi|3 : GTTGTAATGTTCTTTA--TGTTACA--------CA-TTAAC--A-AAAAA--AT-AGA-GCCA--A--CA---ATTGGTTGAAAATGA---ATCG----TAA------ACAAA----A-----------GTGAAAGTACTGTCCA-TATA---T-ACA--CAACTTGCA-TCTTAACT-TTAACAT--AG-AG--A--------------TTCTCCTTAT-CAATCTG--ATATTTCACCTT--ATTTAAATATAGCAGATCTTTAATAGAGC-AAAA-G-CTCAAGGTAT-----AAGC--A---TACAGCCATGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGTATGCATG
gi|30 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtTGCAC---AACTTTAAAATGTAGATGGCACGCAGATGATGAC---G------------CCGTTGCTGAGTACAAAAA-------TGATTTTAGAATAGTCGAG-TTTA-tactaaa
gi|31 : a----A-----------ATGAAAGTAATGTCTT-TATA---T---A--CAACTTACA-CCTAAACT-TAAGCAT--AG-AATTA----TAAGCTCTATTTCT
gi|33 : AACTTTAA--CGCAGGTGGGATGCAAACA-----------------------------------AAAAACTCC-GCTAGTCTTTAAATAGTCGAGATTAA-AA
gi|36 : --TTA-T--ATAAGAC--AT-A-A-G--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAGA----A-----------TTGAAAG---TGTCTA-TA
gi|37 : atAT---G------------CCAGGGC-AACTACAAAAACTCC-CCCATTCATGGAATAGTCGAA-TTAA-AAAc
gi|4 : ccAGTTGTAATGTTCTTTG--TGATACA--------CATTTA-C--ATAAAA---AT-A-
gi|4 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacA-T--ATAA-AC--AT-A-G-G--ACAA--CA---A------------GA---ATCG----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGAAATGTCTA-TAAAA--TTA-----AA-TTGCA-CCTCTACT-TTAACAT--AG-ACTTA----TAGGCCCAATTTCTAATTTT-CAGTCTG--ATATTTTACCTTGAACTTAAATATAACAGCCCTTTAATAATAC-AAAA------------------------A---TACACCATTGTG-CAAATAACATTCACATAACTGTAAGCATGCAgaggagactttggttgaacattaatataaacataggacaacaagaatcgtaatacaaaagtgaaagaaatgtctataaaattaaattgcacctctactttaacatagacttataggcccaatttctaattttcagtctgatattttaccttgaacttaaatataacagccctttaataatacaaaaatacaccattgtgcaaataacattcacataactgtaagcatgca
gi|5 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacagttgtaatgttctttgtgatacacatttacataaaaatagaggagactttggttgaacattaTAAGAC--AT-A-C-G--A--A--TA-----------------A---ATGA-----AA-----T------------------------AAAGTTGTGTCTA----------ATA--CAACTTGCA-CCTCAACT-TAAAC----AG-AGTTA-----------AATGTTTCTTTTT-CACACCG--ATATTTGGC------------TATAGCAGCACTTTTATCG-------A-GC----AGA-------------------ACACCGTAATACCAAGTCACAATCATATAACTGTAAACATGCACAGTA
gi|6 : ccaagtagatatgggataatgtggccggacatgttcgaaccattaataatacaaagaagttaacatttatatttttgtttgtactgtgatctatgttaaaaataaccaaatatgtatacattggcaaacagttcatatgaatacacaacagcagtgtttggctccattgagaatattaaaatattgaacctaaaagtttcaatgttatatataaaataaatcaataaaatagagaatgtgtcaatatttagagtaaaagttttcAAGATGTAATGCTCTATA--CGATACAAATTAAAAT--TAA-T--ATAAGAC--AT-A-A-A--T--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAT----A-----------TTGAAAGTAATGCCAACTATA----TATA--CAACTTGTA-CCTA-------AACAT--AG-AG
gi|6 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaGCCTTGAACTGAAACACAGCAGCCCTTTC--------------CTTCAAGGTATTTGATAAGG--A---TACACCATTGTGCCA---TACAGTCACATAAGCATAAGCATTCAccttgaactgaaacacagcagccctttccttcaaggtatttgataaggatacaccattgtgccatacagtcacataagcataagcattcatag
gi|7 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaaagatgtaatgctctatacgatacaaattaaaattaatataagacataaatataagaatcataatacaatattgaaagtaatgccaactatatatacaacttgtacctaaacatagaAAGTTGTAATGTTCTATA--TGAtag
gi|7 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaA-T--ATAAGAC--AT-A-A-A--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAATTAAA-----------GTAAAAGTACTGTCTA-TATG---T---A--CAACTTGCA-CCTAATTT-TTTACTT--AG-AGTTT----TAAGCCC-ATTTgcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatataagacataaaaaaataagaatcataatacaaattaaagtaaaagtactgtctatatgtacaacttgcacctaattttttacttagagttttaagcccattt
gi|8 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaaagttgtaatgttctatatgagcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaA-T--ATAA--C--AT-A---G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TGA-----TACAAA----A-----------GTAAAAATACTGTATA-TAT
gi|9 : acaacttaacaaaaaaaaatgacaaaataggtagatagaaggatgcgagaggtaggttggtaaccaataagatatggcacgatggcaggtttgcatgtttaaacaatagtacagggatttcctaaataatatgcttattattgtattatgatctatacaaaaattcaccagtcgggatatagttgcctttcgtttaaatgcccaataccagttttgggtaccaaagtgaaaatatctattcgatacactcttaaacaattataaccaacgtttgattgaaaatgaATA--TAATATA--------T--TTA-T--A-------------A-G--A--A--TA---A------------AT---ATCA----TAG-----TATAAA----A-----------GTGAAAGTAATG--TA-T-TT---TTAAA--CAAATTGCACCCTATAAT-TTAAC----GGTAGTTA----TTCGCCCAACCTCT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGACATGTTCAAATACAATGATTGATATTTCCTTTGAATAATTATATTTATTTTGTTATATACGCTTAATGTATTAATATAGACACTTTTATAACAGTTATATAAACATTTTCGTGCTATAGAGTGAATAATATACTGAACTTAAAAATGATAATGTTCTATATTGTATACGTTGAAGAAAATAGAGTCAACAGTTGGTTGAAACATCAATACCAAGGATAACACGAAAAGCGAGAAGT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTGGACTACAGAGAATAAAAAATGATACTGAACCTAGAATGTGTGATGTTTATTATATACGATTAATATCAATGAAAAGATAAAGCCAACATTTGAAGTCTAGAGGCAAATGA
Unaligned ( gi|32 ): GTTGGGTATATTCTAACAATAATACTGTATAAGGTATTGCCCATAAATATTTTTTGTACTGCGATCTA
Unaligned ( gi|34 ): ACAAAGACACAAGGTATTTCCCATATAAAATAACTTCTGTACTGTGATCCATTCCAAAATTTA
Unaligned ( gi|35 ): GGGACAATGAGGCCAGGCATCTTTAAACAATAATACAAGGTATTTCCAACAAAGAAACA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111111111111111111 1111111111111111 2222222 3333333 333333333 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 7777 55555555555 2 2 333 2 777777 22 55 444444444444444444444 4444 88888 1111111111111111 2 5555555 33 2 0 2 33 2 666666 3 55 33 3 2 0 1 4 0 3 2 0000000 2 77777 1 555 555 1 1 1 1 1 1 1 222222222 1 1 66 1 4 222222222222222222222222222222 44 0 2 2 5 6
lowQualScore : .... ........... . . ... . ...... .. .. ..................... .... ..... ................ . ....... .. . . . .. . ...... . .. .. . . . . . . . . ....... . ..... . ... ... . . . . . . . ......... . . .. . . .............................. .. . . . . .
lowQualScore : 7777 00000000000 1 1 111 0 444444 99 88 444444444444444444444 7777 99999 7777777777777777 0 9999999 11 2 7 2 22 4 444444 1 88 99 3 5 7 2 2 4 3 9 4444444 4 11111 9 111 000 0 0 0 0 0 0 0 000000000 4 0 99 1 2 111111111111111111111111111111 66 8 6 6 0 7
consensus : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
Reference ( family-446 ) : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
gi|1 : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATGTT--------C--TTA-TGATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GT---ATCA----TAA-----TACAAA----T-----------GTGAAACTAATGTCTA-CATAATATTATA--CTACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--GG-AATTA----TGAGCCCAATTTCTCTTCTT-TACACCG--ATATTTCCCCTTGAACTTGAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTAT-GAAATGCCTCAAAATAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTTACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTGCACCAAAACTTTAATGAAGAGTTTTAACATAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------ATCAACATGCACCAAAGCTTTAA--TGCAGATGGGATGCAGATGCTGAT---G------------CCAGGCC-GAGTACAAAAACTCA-GCTATTCTTCGAATAGCCGAG-TTAA-AAA
gi|10 : AATTTGTAATGTTATATAATTATTATACA--------TA-TTA---ATAAGAA--ATGA-A-GCAA--A--CACTTA------------GG----TCAAAATTGA-----TATAAG----AAATCATATCATGTGAAAATAATGTCTA-TGTA---TTATA--CAGCTTGCA-CCTATACT-TTAACA----G-AGTTT----TGAGCCCAATTTCTCCTTTT-CATTCTG--ATATTTAACATTGAATTTGAATATAGCAGCCCTTTAATAGTAT-AAAA-CCATTGA-GTAT-----AAGCTTATATTACACACTTGTGCTAAGCTACATGCACA
gi|11 : tgggctccaaagtgaataagatattaAAGCCGTAATGTTCTATA----TGGTACA--------C--
gi|11 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagA-T-ATAAGACTTAT-A-A-A--A--A--CA---A------------GT---AT--------A-----CGCACA----A--------------AAAGTGATGTC-G-T-TA---TTA-A--CAAATTGCA-CCTACACTGTTAAattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaatataagacttataaaaacaagtatacgcacaaaaagtgatgtcgttattaacaaattgcacctacactgttaa
gi|12 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagaagccgtaatgttctatatggtacacattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--AATT-A------------GT---ATCA----TAT-----TATAAA----------------GTGAAAAAAATCTCTA-TGTA---T---G--TAACTTGCA-TCTAAACT-TGAACAT--AT-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTACTTTT-CAATCCA--ATATTTCTCCTTAAACTTCAAT--------------ATAGTAC-AAAA-A-CTAAAGGTAT-----ATGC--A---TACACCCTAGTGCCAAGTAATATCAACATAACTGTAAGTACACATG
gi|14 : aaaacaaatagagccaacctttggttaaaaacaaA-T-ATAAGAT--A------------A--TA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAAA----A-----------GTAAAAGTAATATCTA-TATA---T-ATA--TAACTTG-A-CCTTATCT-TTAACAT--A-------------AGCCCAATTTCTCCTTTT-CAAATCG--ATAGTTCGCATTG----TA--TGTAACAGCTCAGTAGTAGTAC-GAAA---CTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTATACCAAGTAACATTTACATACTTATATGCATGCAtagt
gi|15 : aaaatgagccaacatttggctgaaaatta--TTA-T--TAAGAA--AT-A-A---------------A------------CA---ACCA----AAAAGT--TTCTGA----A-----------GTGAAGCAAAAGTCTA-TATACTGTTATA--CAACAGGT---CTAA-CT-TTAACATCTAG-TGTTA----TAACCCCAATTTCTCTTTTT-TTATCCC--ATAGTTTG----GA--TTAAATATA----------------AT-AAAA-AACTGGAG---------AGGT--A---TACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCACATAATTGTAAGTATGGACAATAAATCagaag
gi|16 : tttAAGCTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--
gi|17 : gtaggtatgccagggacaatgcggccaggtatgttcaaacaataatacaaggtatttcccataagaaaataactgttgtactgtgttctatgcaattaaacatttacatttttaacagtttatatcaatacccaagaacagttttgggctctaaagtaaataagatactgaacccacA-T-ATAAGAA--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------G-----TGA----AAG-----TACT------------------GTAAAAATAATGTTTA-TATA---T-ATA--CAACTC--------AACT-TTGA-AC--AG-AATTA----AAGGCTCAATTTCACCATTT-CATTCCATTATAATCGGCCTTGAACTTCAATATAGCA--------AAAG--C-AAAA-G--TAAAAGTAT-----AAGC--A---TATACCCTTGTGCCTAGTTACATgttgacaaaa
gi|18 : aaatagagcaaatacttggttgaaattaA--CAACTTGAA-TATCAACT-TCAACAT--AG-AGTTA----TAAGCTCAATTTCTCCTTTTGCACTCCA--ATATTTTGCCTTGGACTTAAATAAAGCAGCGCTTTACTAGTAC-AAAA-GCC-CGAGGTAT-----ACGC--A---AACACCCTTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGTATGCATG
gi|19 : aaA-----TACAAT----G-----------ATGAAGCTAATGTTTA-TATA---T---A--AAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TGAACCCAATCTCTCCTCTT-TAC-------------------AGTTTA-------CA-CCCTTTTATGGTAC-AAAATGCCTCAATGTA------AAG------------------GC--AGTTACATTTACACAACGGTAAGAATGCGCGGTtagta
gi|2 : A-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------TATA-AT------TAA-----TACAAA----A-----------GAGAAACTAATGTCTA-TATA---T---A--CAATTTGCA-CCTAAACT-TTAACAA--AG-AATTAATTATGGGCCAAATTTCTCCTCTT-TACACCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTACAAAAA-GCC------TAT-----AGGT--A---TACACCCTGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGCATGCA
gi|20 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaAAGTTGTAATGTTCTACA----TGATACA--------CA-TCA---ACAAGAT--AT-A-ATG--A--A--t
gi|20 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaA-T-ATAAGAC--AT-AGA-A--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGCAATGTCTA-TATA---gtagccaacatttggttgaaaattgatataagacatagaaaataagaatcataatacaaaagtgaaagcaatgtctatata
gi|21 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaaagttgtaatgttctacatgatacacatcaacaagatataatgaagtagccaacatttggttgaaaattgA-T-ATA---C--A--A-A-T--A--A--CA---A------------GAGCTATCA----TAAATTAATACAAA----A-----------GTGGAAGTAATGTGCA----G---TTGTAAACAACTTGCA-TGTTAATT-TTAACTT--AT-GGTTA----TAATCTCAATTAGACATTTT-CAAACTG--AT
gi|22 : gagccagaagggttgaaaattaG--GTATTTAGCATTGAACTTGAATACAGCAGCCCTTTt
gi|23 : aaaaagggaaagggagtgtgtgatgctcagataggtatgggacattgtgggcaggaatgttcaaatgcaataacacagggtatttctcataaacaaataacttgttTGGTAC-AAAAAG--TCCAAGTAT-----ACGC--A---TACATCCGTATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTATGCACAGTAAATCACAACGTGTACCAAAACTTTATCGCAGAATTTAAAAACATTATa
gi|24 : ttatggtacaaaatggcCACATTTATGCCACGTTCCATCAACTTGCATCAAAAATTTAA--TGCTGGCTGAATGTGGACACCAAC---GTTGATGCTTATGCCAAGGT-GAATACAAAAACTCC-C----------AATAGTCAAG-TTTA-
gi|26 : aaaaATG---------AACAACTTTCACCAAAACTTTTA--CA-AGGTGAGAAGCGGACACTGAC---A------------T-------GAGCACAAAATCTTC-TCTATTCATAAAATACTAGAG-TTAATAAAtac
gi|27 : TG---------AACAATATGCATTAAATTTTTAA--CGCATATGGGATGCAAACGGAGAC---G------------CCTGGAA-TAGTACAAAAACTCCGCCT-TTCTTAGAATTGTCGtt
gi|28 : ---------AACAACTTGCACCAAAACTTTAA--TGCAGGTGGAACAC--ACGC--ACATGG------------CCATGGC-CAGTACAAAAACTCC-CCTATTCATAGAATAAACAAG-TTAgat
gi|29 : CAACGTGCACCAAAACTGTAA--CGCAGGTGGGACGCGAACACCGGA---G------------CCAAGGC-AAGTATAGAATTTCT-CCTATGCGTGGAATAGTCAAG-TT
gi|3 : GTTGTAATGTTCTTTA----TGTTACA--------CA-TTAAC-A-AAAAA--AT-AGA-GCCA--A--CA---ATTGGTTGAAAATGA---ATCG----TAA------ACAAA----A-----------GTGAAAGTACTGTCCA-TATA---T-ACA--CAACTTGCA-TCTTAACT-TTAACAT--AG-AG--A--------------TTCTCCTTAT-CAATCTG--ATATTTCACCTT--ATTTAAATATAGCAGATCTTTAATAGAGC-AAAA-G-CTCAAGGTAT-----AAGC--A---TACAGCCATGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGTATGCATG
gi|30 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtTGCAC---AACTTTAAAATGTAGATGGCACGCAGATGATGAC---G------------CCGTTGCTGAGTACAAAAA-------TGATTTTAGAATAGTCGAG-TTTA-tactaaa
gi|31 : a----A-----------ATGAAAGTAATGTCTT-TATA---T---A--CAACTTACA-CCTAAACT-TAAGCAT--AG-AATTA----TAAGCTCTATTTCT
gi|33 : AACTTTAA--CGCAGGTGGGATGCAAACA-----------------------------------AAAAACTCC-GCTAGTCTTTAAATAGTCGAGATTAA-AA
gi|36 : A--------T--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAGA----A-----------TTGAAAG---TGTCTA-TA
gi|37 : AT---G------------CCAGGGC-AACTACAAAAACTCC-CCCATTCATGGAATAGTCGAA-TTAA-AAAc
gi|4 : ccAGTTGTAATGTTCTTTG----TGATACA--------CATTTA-C-ATAAAA---AT-A-
gi|4 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaac----TGA-ACA--------T--TAA-T-ATAA-AC--AT-A-G-G--ACAA--CA---A------------GA---ATCG----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGAAATGTCTA-TAAAA--TTA-----AA-TTGCA-CCTCTACT-TTAACAT--AG-ACTTA----TAGGCCCAATTTCTAATTTT-CAGTCTG--ATATTTTACCTTGAACTTAAATATAACAGCCCTTTAATAATAC-AAAA------------------------A---TACACCATTGTG-CAAATAACATTCACATAACTGTAAGCATGCAgaggagactttggttgaacattaatataaacataggacaacaagaatcgtaatacaaaagtgaaagaaatgtctataaaattaaattgcacctctactttaacatagacttataggcccaatttctaattttcagtctgatattttaccttgaacttaaatataacagccctttaataatacaaaaatacaccattgtgcaaataacattcacataactgtaagcatgca
gi|5 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacagttgtaatgttctttgtgatacacatttacataaaaatagaggagactttggtTAAGAC--AT-A-C-G--A--A--TA-----------------A---ATGA-----AA-----T------------------------AAAGTTGTGTCTA----------ATA--CAACTTGCA-CCTCAACT-TAAAC----AG-AGTTA-----------AATGTTTCTTTTT-CACACCG--ATATTTGGC------------TATAGCAGCACTTTTATCG-------A-GC----AGA-------------------ACACCGTAATACCAAGTCACAATCATATAACTGTAAACATGCACAGTA
gi|6 : ccaagtagatatgggataatgtggccggacatgttcgaaccattaataatacaaagaagttaacatttatatttttgtttgtactgtgatctatgttaaaaataaccaaatatgtatacattggcaaacagttcatatgaatacacaacagcagtgtttggctccattgagaatattaaaatattgaacctaaaagtttcaatgttatatataaaataaatcaataaaatagagaatgtgtcaatatttagagtaaaagttttcAAGATGTAATGCTCTATA----CGATACAAATTAAAAT--TAA-T-ATAAGAC--AT-A-A-A--T--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAT----A-----------TTGAAAGTAATGCCAACTATA----TATA--CAACTTGTA-CCTA-------AACAT--AG-AG
gi|6 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaGCCTTGAACTGAAACACAGCAGCCCTTTC--------------CTTCAAGGTATTTGATAAGG--A---TACACCATTGTGCCA---TACAGTCACATAAGCATAAGCATTCAccttgaactgaaacacagcagccctttccttcaaggtatttgataaggatacaccattgtgccatacagtcacataagcataagcattcatag
gi|7 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaaagatgtaatgctctatacgatacaaattaaaattaatataagacataaatataagaatcataatacaatattgaaagtaatgccaactatatatacaacttgtacctaaacatagaAAGTTGTAATGTTCTATA----TGAtag
gi|7 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaA-T-ATAAGAC--AT-A-A-A--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAATTAAA-----------GTAAAAGTACTGTCTA-TATG---T---A--CAACTTGCA-CCTAATTT-TTTACTT--AG-AGTTT----TAAGCCC-ATTTgcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatataagacataaaaaaataagaatcataatacaaattaaagtaaaagtactgtctatatgtacaacttgcacctaattttttacttagagttttaagcccattt
gi|8 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaaagttgtaatgttctatatgagcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaA-T-ATAA--C--AT-A---G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TGA-----TACAAA----A-----------GTAAAAATACTGTATA-TAT
gi|9 : acaacttaacaaaaaaaaatgacaaaataggtagatagaaggatgcgagaggtaggttggtaaccaataagatatggcacgatggcaggtttgcatgtttaaacaatagtacagggatttcctaaataatatgcttattattgtattatgatctatacaaaaattcaccagtcgggatatagttgcctttcgtttaaatgcccaataccagttttgggtaccaaagtgaaaatatctattcgatacactcttaaacaattataaccaacgtttgattgaaaatgaATA----TAATATA--------T--TTA-T-A-------------A-G--A--A--TA---A------------AT---ATCA----TAG-----TATAAA----A-----------GTGAAAGTAATG--TA-T-TT---TTAAA--CAAATTGCACCCTATAAT-TTAAC----GGTAGTTA----TTCGCCCAACCTCT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGACATGTTCAAATACAATGATTGATATTTCCTTTGAATAATTATATTTATTTTGTTATATACGCTTAATGTATTAATATAGACACTTTTATAACAGTTATATAAACATTTTCGTGCTATAGAGTGAATAATATACTGAACTTAAAAATGATAATGTTCTATATTGTATACGTTGAAGAAAATAGAGTCAACAGTTGGTTGAAACATCAATACCAAGGATAACACGAAAAGCGAGAAGT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTGGACTACAGAGAATAAAAAATGATACTGAACCTAGAATGTGTGATGTTTATTATATACGATTAATATCAATGAAAAGATAAAGCCAACATTTGAAGTCTAGAGGCAAATGA
Unaligned ( gi|32 ): GTTGGGTATATTCTAACAATAATACTGTATAAGGTATTGCCCATAAATATTTTTTGTACTGCGATCTA
Unaligned ( gi|34 ): ACAAAGACACAAGGTATTTCCCATATAAAATAACTTCTGTACTGTGATCCATTCCAAAATTTA
Unaligned ( gi|35 ): GGGACAATGAGGCCAGGCATCTTTAAACAATAATACAAGGTATTTCCAACAAAGAAACA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 111111111111111111111 1111111111111111 2222222 3333333 333333333 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 7777 55555555555 2 2 333 2 777777 22 55 444444444444444444444 4444 88888 1111111111111111 2 5555555 33 2 0 2 33 2 666666 3 55 33 3 2 0 1 4 0 3 2 0000000 2 77777 1 555 555 1 1 1 1 1 1 1 222222222 1 1 66 1 4 222222222222222222222222222222 44 0 2 2 5 6
lowQualScore : .... ........... . . ... . ...... .. .. ..................... .... ..... ................ . ....... .. . . . .. . ...... . .. .. . . . . . . . . ....... . ..... . ... ... . . . . . . . ......... . . .. . . .............................. .. . . . . .
lowQualScore : 7777 00000000000 1 1 111 0 444444 99 88 444444444444444444444 7777 99999 7777777777777777 0 9999999 11 2 7 2 22 4 444444 1 88 99 3 5 7 2 2 4 3 9 4444444 4 11111 9 111 000 0 0 0 0 0 0 0 000000000 4 0 99 1 2 111111111111111111111111111111 66 8 6 6 0 7
consensus : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
Reference ( family-446 ) : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
gi|1 : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATGTT--------C--TTA-TGATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GT---ATCA----TAA-----TACAAA----T-----------GTGAAACTAATGTCTA-CATAATATTATA--CTACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--GG-AATTA----TGAGCCCAATTTCTCTTCTT-TACACCG--ATATTTCCCCTTGAACTTGAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTAT-GAAATGCCTCAAAATAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTTACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTGCACCAAAACTTTAATGAAGAGTTTTAACATAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------ATCAACATGCACCAAAGCTTTAA--TGCAGATGGGATGCAGATGCTGAT---G------------CCAGGCC-GAGTACAAAAACTCA-GCTATTCTTCGAATAGCCGAG-TTAA-AAA
gi|10 : AATTTGTAATGTTATATAATTATTATACA--------TA-TTA---ATAAGAA--ATGA-A-GCAA--A--CACTTA------------GG----TCAAAATTGA-----TATAAG----AAATCATATCATGTGAAAATAATGTCTA-TGTA---TTATA--CAGCTTGCA-CCTATACT-TTAACA----G-AGTTT----TGAGCCCAATTTCTCCTTTT-CATTCTG--ATATTTAACATTGAATTTGAATATAGCAGCCCTTTAATAGTAT-AAAA-CCATTGA-GTAT-----AAGCTTATATTACACACTTGTGCTAAGCTACATGCACA
gi|11 : tgggctccaaagtgaataagatattaAAGCCGTAATGTTCTATA----TGGTACA--------C--
gi|11 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagA-T-ATAAGACTTAT-A-A-A--A--A--CA---A------------GT---AT--------A-----CGCACA----A--------------AAAGTGATGTC-G-T-TA---TTA-A--CAAATTGCA-CCTACACTGTTAAattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaatataagacttataaaaacaagtatacgcacaaaaagtgatgtcgttattaacaaattgcacctacactgttaa
gi|12 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagaagccgtaatgttctatatggtacacattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--AATT-A------------GT---ATCA----TAT-----TATAAA----------------GTGAAAAAAATCTCTA-TGTA---T---G--TAACTTGCA-TCTAAACT-TGAACAT--AT-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTACTTTT-CAATCCA--ATATTTCTCCTTAAACTTCAAT--------------ATAGTAC-AAAA-A-CTAAAGGTAT-----ATGC--A---TACACCCTAGTGCCAAGTAATATCAACATAACTGTAAGTACACATG
gi|14 : aaaacaaatagagccaacctttggttaaaaacaaA-T-ATAAGAT--A------------A--TA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAAA----A-----------GTAAAAGTAATATCTA-TATA---T-ATA--TAACTTG-A-CCTTATCT-TTAACAT--A-------------AGCCCAATTTCTCCTTTT-CAAATCG--ATAGTTCGCATTG----TA--TGTAACAGCTCAGTAGTAGTAC-GAAA---CTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTATACCAAGTAACATTTACATACTTATATGCATGCAtagt
gi|15 : aaaatgagccaacatttggctgaaaatta--TTA-T--TAAGAA--AT-A-A---------------A------------CA---ACCA----AAAAGT--TTCTGA----A-----------GTGAAGCAAAAGTCTA-TATACTGTTATA--CAACAGGT---CTAA-CT-TTAACATCTAG-TGTTA----TAACCCCAATTTCTCTTTTT-TTATCCC--ATAGTTTG----GA--TTAAATATA----------------AT-AAAA-AACTGGAG---------AGGT--A---TACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCACATAATTGTAAGTATGGACAATAAATCagaag
gi|16 : tttAAGCTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--
gi|17 : gtaggtatgccagggacaatgcggccaggtatgttcaaacaataatacaaggtatttcccataagaaaataactgttgtactgtgttctatgcaattaaacatttacatttttaacagtttatatcaatacccaagaacagttttgggctctaaagtaaataagatactgaacccacA-T-ATAAGAA--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------G-----TGA----AAG-----TACT------------------GTAAAAATAATGTTTA-TATA---T-ATA--CAACTC--------AACT-TTGA-AC--AG-AATTA----AAGGCTCAATTTCACCATTT-CATTCCATTATAATCGGCCTTGAACTTCAATATAGCA--------AAAG--C-AAAA-G--TAAAAGTAT-----AAGC--A---TATACCCTTGTGCCTAGTTACATgttgacaaaa
gi|18 : aaatagagcaaatacttggttgaaattaA--CAACTTGAA-TATCAACT-TCAACAT--AG-AGTTA----TAAGCTCAATTTCTCCTTTTGCACTCCA--ATATTTTGCCTTGGACTTAAATAAAGCAGCGCTTTACTAGTAC-AAAA-GCC-CGAGGTAT-----ACGC--A---AACACCCTTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGTATGCATG
gi|19 : aaA-----TACAAT----G-----------ATGAAGCTAATGTTTA-TATA---T---A--AAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TGAACCCAATCTCTCCTCTT-TAC-------------------AGTTTA-------CA-CCCTTTTATGGTAC-AAAATGCCTCAATGTA------AAG------------------GC--AGTTACATTTACACAACGGTAAGAATGCGCGGTtagta
gi|2 : A-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------TATA-AT------TAA-----TACAAA----A-----------GAGAAACTAATGTCTA-TATA---T---A--CAATTTGCA-CCTAAACT-TTAACAA--AG-AATTAATTATGGGCCAAATTTCTCCTCTT-TACACCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTACAAAAA-GCC------TAT-----AGGT--A---TACACCCTGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGCATGCA
gi|20 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaAAGTTGTAATGTTCTACA----TGATACA--------CA-TCA---ACAAGAT--AT-A-ATG--A--A--t
gi|20 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaA-T-ATAAGAC--AT-AGA-A--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGCAATGTCTA-TATA---gtagccaacatttggttgaaaattgatataagacatagaaaataagaatcataatacaaaagtgaaagcaatgtctatata
gi|21 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaaagttgtaatgttctacatgatacacatcaacaagatataatgaagtagccaacatttggttgaaaattgA-T-ATA---C--A--A-A-T--A--A--CA---A------------GAGCTATCA----TAAATTAATACAAA----A-----------GTGGAAGTAATGTGCA----G---TTGTAAACAACTTGCA-TGTTAATT-TTAACTT--AT-GGTTA----TAATCTCAATTAGACATTTT-CAAACTG--AT
gi|22 : gagccagaagggttgaaaattaG--GTATTTAGCATTGAACTTGAATACAGCAGCCCTTTt
gi|23 : aaaaagggaaagggagtgtgtgatgctcagataggtatgggacattgtgggcaggaatgttcaaatgcaataacacagggtatttctcataaacaaataacttgttTGGTAC-AAAAAG--TCCAAGTAT-----ACGC--A---TACATCCGTATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTATGCACAGTAAATCACAACGTGTACCAAAACTTTATCGCAGAATTTAAAAACATTATa
gi|24 : ttatggtacaaaatggcCACATTTATGCCACGTTCCATCAACTTGCATCAAAAATTTAA--TGCTGGCTGAATGTGGACACCAAC---GTTGATGCTTATGCCAAGGT-GAATACAAAAACTCC-C----------AATAGTCAAG-TTTA-
gi|26 : aaaaATG---------AACAACTTTCACCAAAACTTTTA--CA-AGGTGAGAAGCGGACACTGAC---A------------T-------GAGCACAAAATCTTC-TCTATTCATAAAATACTAGAG-TTAATAAAtac
gi|27 : TG---------AACAATATGCATTAAATTTTTAA--CGCATATGGGATGCAAACGGAGAC---G------------CCTGGAA-TAGTACAAAAACTCCGCCT-TTCTTAGAATTGTCGtt
gi|28 : ---------AACAACTTGCACCAAAACTTTAA--TGCAGGTGGAACAC--ACGC--ACATGG------------CCATGGC-CAGTACAAAAACTCC-CCTATTCATAGAATAAACAAG-TTAgat
gi|29 : CAACGTGCACCAAAACTGTAA--CGCAGGTGGGACGCGAACACCGGA---G------------CCAAGGC-AAGTATAGAATTTCT-CCTATGCGTGGAATAGTCAAG-TT
gi|3 : GTTGTAATGTTCTTTA----TGTTACA--------CA-TTAAC-A-AAAAA--AT-AGA-GCCA--A--CA---ATTGGTTGAAAATGA---ATCG----TAA------ACAAA----A-----------GTGAAAGTACTGTCCA-TATA---T-ACA--CAACTTGCA-TCTTAACT-TTAACAT--AG-AG--A--------------TTCTCCTTAT-CAATCTG--ATATTTCACCTT--ATTTAAATATAGCAGATCTTTAATAGAGC-AAAA-G-CTCAAGGTAT-----AAGC--A---TACAGCCATGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGTATGCATG
gi|30 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtTGCAC---AACTTTAAAATGTAGATGGCACGCAGATGATGAC---G------------CCGTTGCTGAGTACAAAAA-------TGATTTTAGAATAGTCGAG-TTTA-tactaaa
gi|31 : a----A-----------ATGAAAGTAATGTCTT-TATA---T---A--CAACTTACA-CCTAAACT-TAAGCAT--AG-AATTA----TAAGCTCTATTTCT
gi|33 : AACTTTAA--CGCAGGTGGGATGCAAACA-----------------------------------AAAAACTCC-GCTAGTCTTTAAATAGTCGAGATTAA-AA
gi|36 : A--------T--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAGA----A-----------TTGAAAG---TGTCTA-TA
gi|37 : AT---G------------CCAGGGC-AACTACAAAAACTCC-CCCATTCATGGAATAGTCGAA-TTAA-AAAc
gi|4 : ccAGTTGTAATGTTCTTTG----TGATACA--------CATTTA-C-ATAAAA---AT-A-
gi|4 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaac----TGA-ACA--------T--TAA-T-ATAA-AC--AT-A-G-G--ACAA--CA---A------------GA---ATCG----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGAAATGTCTA-TAAAA--TTA-----AA-TTGCA-CCTCTACT-TTAACAT--AG-ACTTA----TAGGCCCAATTTCTAATTTT-CAGTCTG--ATATTTTACCTTGAACTTAAATATAACAGCCCTTTAATAATAC-AAAA------------------------A---TACACCATTGTG-CAAATAACATTCACATAACTGTAAGCATGCAgaggagactttggttgaacattaatataaacataggacaacaagaatcgtaatacaaaagtgaaagaaatgtctataaaattaaattgcacctctactttaacatagacttataggcccaatttctaattttcagtctgatattttaccttgaacttaaatataacagccctttaataatacaaaaatacaccattgtgcaaataacattcacataactgtaagcatgca
gi|5 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacagttgtaatgttctttgtgatacacatttacataaaaatagaggagactttggtTAAGAC--AT-A-C-G--A--A--TA-----------------A---ATGA-----AA-----T------------------------AAAGTTGTGTCTA----------ATA--CAACTTGCA-CCTCAACT-TAAAC----AG-AGTTA-----------AATGTTTCTTTTT-CACACCG--ATATTTGGC------------TATAGCAGCACTTTTATCG-------A-GC----AGA-------------------ACACCGTAATACCAAGTCACAATCATATAACTGTAAACATGCACAGTA
gi|6 : ccaagtagatatgggataatgtggccggacatgttcgaaccattaataatacaaagaagttaacatttatatttttgtttgtactgtgatctatgttaaaaataaccaaatatgtatacattggcaaacagttcatatgaatacacaacagcagtgtttggctccattgagaatattaaaatattgaacctaaaagtttcaatgttatatataaaataaatcaataaaatagagaatgtgtcaatatttagagtaaaagttttcAAGATGTAATGCTCTATA----CGATACAAATTAAAAT--TAA-T-ATAAGAC--AT-A-A-A--T--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAT----A-----------TTGAAAGTAATGCCAACTATA----TATA--CAACTTGTA-CCTA-------AACAT--AG-AG
gi|6 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaGCCTTGAACTGAAACACAGCAGCCCTTTC--------------CTTCAAGGTATTTGATAAGG--A---TACACCATTGTGCCA---TACAGTCACATAAGCATAAGCATTCAccttgaactgaaacacagcagccctttccttcaaggtatttgataaggatacaccattgtgccatacagtcacataagcataagcattcatag
gi|7 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaaagatgtaatgctctatacgatacaaattaaaattaatataagacataaatataagaatcataatacaatattgaaagtaatgccaactatatatacaacttgtacctaaacatagaAAGTTGTAATGTTCTATA----TGAtag
gi|7 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaA-T-ATAAGAC--AT-A-A-A--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAATTAAA-----------GTAAAAGTACTGTCTA-TATG---T---A--CAACTTGCA-CCTAATTT-TTTACTT--AG-AGTTT----TAAGCCC-ATTTgcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatataagacataaaaaaataagaatcataatacaaattaaagtaaaagtactgtctatatgtacaacttgcacctaattttttacttagagttttaagcccattt
gi|8 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaaagttgtaatgttctatatgagcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaA-T-ATAA--C--AT-A---G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TGA-----TACAAA----A-----------GTAAAAATACTGTATA-TAT
gi|9 : acaacttaacaaaaaaaaatgacaaaataggtagatagaaggatgcgagaggtaggttggtaaccaataagatatggcacgatggcaggtttgcatgtttaaacaatagtacagggatttcctaaataatatgcttattattgtattatgatctatacaaaaattcaccagtcgggatatagttgcctttcgtttaaatgcccaataccagttttgggtaccaaagtgaaaatatctattcgatacactcttaaacaattataaccaacgtttgattgaaaatgaATA----TAATATA--------T--TTA-T-A-------------A-G--A--A--TA---A------------AT---ATCA----TAG-----TATAAA----A-----------GTGAAAGTAATG--TA-T-TT---TTAAA--CAAATTGCACCCTATAAT-TTAAC----GGTAGTTA----TTCGCCCAACCTCT
blockSeqs : ATTA AATTAAAAT A . CTT G GAGCC CA AA ATTGGTTGAAAATGA AAAT ATTAA AAATCATATCAT C CTGTTAT AA C G CT T ATTATG G TT TT A A C A T A TGCCTCA G TTGAT A CTT TAT T G T C A A T CCACGTTCC T T AA T G CCAACGTTGATGCTTATGCCAAGGTG GC A A A T
blockSeqs : . CAT . . A . AGCA . AA CTTAGG . AGT TTAAA . TTAT . . . . . TG . AT . C C T A T . CCATTG G . T C . A . A T . A G CACATGGCCATGGCC C T A . .
blockSeqs : . TA . . C . ATG . . AGAGCT . . A . TTGT . . . . . TA . AA . C A G A T . AACTGG G . A C . A . A A . T A ATGACGCCGTTGCTG T A A . .
blockSeqs : . CA . . T . GAA . . TTAGT . . A . ATTA . . . . . TA . AT . T C C T T . ACTAA A . G T . A . A T . C G GAGACGCCTGGAAT C G G . .
blockSeqs : . CA . . A . AA . . ATATA . . A . TTAA . . . . . AA . TT . G C C T T . GCCCG G . A C . T G . C A CCGGAGCCAAGGCA C T A . .
blockSeqs : . C . . A . AG . . AGT . . G . TTA . . . . . TA . CT . T C C A T . AGTCC T . C C . A . C A CTGACATG G T T .
blockSeqs : . C . . C . AG . . AGA . . A . TAT . . . . . TG . CA . C A T A T . GCTCA A . A T . T . T . . C A G .
blockSeqs : . T . . T . AG . . ACA . . A . TAT . . . . . TA . AA . A C C T A . CTTCA G . G C . T . . .
blockSeqs : . T . . C . AT . . AGA . . A . TAC . . . . . TA . AT . C C A C T . CTCG G . C C . T
blockSeqs : . T . . C . AG . . AGA . . A . TAT . . . . . TA . GT . T C C . . . GTAA G . A G . A
blockSeqs : . . A . GG . . AGA . . A . AT . . . . . TA . CA . G . . . . . GCC . . A . . A
blockSeqs : . . C . CG . . AGA . . A . T . . . . . TT . C . . . . . . . GC . . . . . C
blockSeqs : . . C . AA . . AGA . . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . C . AA . . AGA . . A . T . . . . . .
blockSeqs : . . C . AG . . AAT . . A . T . . . . . .
blockSeqs : . . C . A . . AG . . A . T . . . . .
blockSeqs : . . C . G . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : TAT**** GCTCG**
originalCons : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA---TTATA--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-GCCTCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
finalCons : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATATAT----A--CAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAAGCTCG--AGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGACATGTTCAAATACAATGATTGATATTTCCTTTGAATAATTATATTTATTTTGTTATATACGCTTAATGTATTAATATAGACACTTTTATAACAGTTATATAAACATTTTCGTGCTATAGAGTGAATAATATACTGAACTTAAAAATGATAATGTTCTATATTGTATACGTTGAAGAAAATAGAGTCAACAGTTGGTTGAAACATCAATACCAAGGATAACACGAAAAGCGAGAAGT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTGGACTACAGAGAATAAAAAATGATACTGAACCTAGAATGTGTGATGTTTATTATATACGATTAATATCAATGAAAAGATAAAGCCAACATTTGAAGTCTAGAGGCAAATGA
Unaligned ( gi|32 ): GTTGGGTATATTCTAACAATAATACTGTATAAGGTATTGCCCATAAATATTTTTTGTACTGCGATCTA
Unaligned ( gi|34 ): ACAAAGACACAAGGTATTTCCCATATAAAATAACTTCTGTACTGTGATCCATTCCAAAATTTA
Unaligned ( gi|35 ): GGGACAATGAGGCCAGGCATCTTTAAACAATAATACAAGGTATTTCCAACAAAGAAACA
Alignments
lowQualScore : 22222222222 11111111111111111 1111111111111111 22222222 333333333 333333333333333333333333333333
lowQualScore : 7777 55555555555 2 2 333 2 777777 22 55 666 66666666666666666 4444 88888 1111111111111111 2 9999 2 6 2 0 2 33 2 666666 3 55 33 3 2 0 1 4 0 3 2 33333333 2 77777 1 555 555 1 1 1 1 1 1 1 222222222 1 1 66 1 4 222222222222222222222222222222 44 0 2 2 5 6
lowQualScore : .... ........... . . ... . ...... .. .. ... ................. .... ..... ................ . .... . . . . . .. . ...... . .. .. . . . . . . . . ........ . ..... . ... ... . . . . . . . ......... . . .. . . .............................. .. . . . . .
lowQualScore : 7777 00000000000 1 1 111 0 444444 99 88 999 44444444444444444 7777 99999 7777777777777777 0 4444 4 5 2 7 2 22 4 444444 1 88 99 3 5 7 2 2 5 3 9 44444444 4 11111 9 111 000 0 0 0 0 0 0 0 000000000 4 0 99 1 2 111111111111111111111111111111 66 8 6 6 0 7
consensus : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA----T-ATACAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-G-C-TCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
Reference ( family-446 ) : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGTAATGTCTA-TATA----T-ATACAACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTCCTTTT-CANTCCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAATATAGCAGCCCTTTNATAGTAC-AAAA-G-C-TCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTNACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACNTGCACCAAAACTTTANCGNAGAGTTTNAANACANTATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------AACAACNTGCACCAAAACTTTAA--CGCAGGTGGGACGCGGACGCCGAC---G------------CCAGGGC-GAGTACAAAAACTCC-CCTATTCNTAGAATAGTCGAG-TTAA-AAA
gi|1 : AAGTTGTAATGTTCTATA----TGATGTT--------C--TTA-TGATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------GT---ATCA----TAA-----TACAAA----T-----------GTGAAACTAATGTCTA-CATAATATT-ATACTACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--GG-AATTA----TGAGCCCAATTTCTCTTCTT-TACACCG--ATATTTCCCCTTGAACTTGAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTAT-GAAATG-CCTCAAAATAT-----AAGC--A---TACACCCTTGTGCCAAGTTACATTCACATAACTGTAAGCATGCACGGTAAATCACAACTTGCACCAAAACTTTAATGAAGAGTTTTAACATAATATATGATCCTTTCATCCCTGCAATATGACCTTGACTTTCAAGTTAGGAGCCCAATTTGTTACAAACTGCCTCAGAGTATAAGCACATCCATTTATATAAAGTTCCATTCTTATAACTGCAAGCAATGCACACTTATG---------ATCAACATGCACCAAAGCTTTAA--TGCAGATGGGATGCAGATGCTGAT---G------------CCAGGCC-GAGTACAAAAACTCA-GCTATTCTTCGAATAGCCGAG-TTAA-AAA
gi|10 : AATTTGTAATGTTATATAATTATTATACA--------TA-TTA---ATAAGAA--ATGA-A-GCAA--A--CACTTA------------GG----TCAAAATTGA-----TATAAG----AAATCATATCATGTGAAAATAATGTCTA-TGTA----TTATACAGCTTGCA-CCTATACT-TTAACA----G-AGTTT----TGAGCCCAATTTCTCCTTTT-CATTCTG--ATATTTAACATTGAATTTGAATATAGCAGCCCTTTAATAGTAT-AAAA-C-CATTGA-GTAT-----AAGCTTATATTACACACTTGTGCTAAGCTACATGCACA
gi|11 : tgggctccaaagtgaataagatattaAAGCCGTAATGTTCTATA----TGGTACA--------C--
gi|11 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagA-T-ATAAGACTTAT-A-A-A--A--A--CA---A------------GT---AT--------A-----CGCACA----A--------------AAAGTGATGTCGT-TAT-----T-A-ACAAATTGCA-CCTACACTGTTAAattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaatataagacttataaaaacaagtatacgcacaaaaagtgatgtcgttattaacaaattgcacctacactgttaa
gi|12 : tttaatctagaataatatcaaactagcagagatatattttacaataattgatgtgtatatatttacctattaacagtgttggacccaagagtgaataagatactgaccacagaagccgtaatgttctatatggtacacattcattaaaagtagaaccactgcttggttgaaaattaA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--AATT-A------------GT---ATCA----TAT-----TATAAA----------------GTGAAAAAAATCTCTA-TGTA----T-GTA--ACTTGCA-TCTAAACT-TGAACAT--AT-AGTTA----TAAGCCCAATTTCTACTTTT-CAATCCA--ATATTTCTCCTTAAACTTCAAT--------------ATAGTAC-AAAA-A-C-TAAAGGTAT-----ATGC--A---TACACCCTAGTGCCAAGTAATATCAACATAACTGTAAGTACACATG
gi|14 : aaaacaaatagagccaacctttggttaaaaacaaA-T-ATAAGAT--A------------A--TA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAAA----A-----------GTAAAAGTAATATCTA-TATA----T-ATATAACTTG-A-CCTTATCT-TTAACAT--A-------------AGCCCAATTTCTCCTTTT-CAAATCG--ATAGTTCGCATTG----TA--TGTAACAGCTCAGTAGTAGTAC-GAAA---C-TCGAGGTAT-----AAGC--A---TACACCCTTATACCAAGTAACATTTACATACTTATATGCATGCAtagt
gi|15 : aaaatgagccaacatttggctgaaaatta--TTA-T--TAAGAA--AT-A-A---------------A------------CA---ACCA----AAAAGT--TTCTGA----A-----------GTGAAGCAAAAGTCTA-TATACTGTT-ATACAACAGGT---CTAA-CT-TTAACATCTAG-TGTTA----TAACCCCAATTTCTCTTTTT-TTATCCC--ATAGTTTG----GA--TTAAATATA-----------ATA-----AAAA-A-C-TGGAG---------AGGT--A---TACACCCTTGTGCCAAGTAACATTCACATAATTGTAAGTATGGACAATAAATCagaag
gi|16 : tttAAGCTGTAATGTTCTATA----TGATACA--------C--
gi|17 : gtaggtatgccagggacaatgcggccaggtatgttcaaacaataatacaaggtatttcccataagaaaataactgttgtactgtgttctatgcaattaaacatttacatttttaacagtttatatcaatacccaagaacagttttgggctctaaagtaaataagatactgaacccacA-T-ATAAGAA--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------G-----TGA----AAG-----TACT------------------GTAAAAATAATGTTTA-TATA----T-ATACAACTC--------AACT-TTGA-AC--AG-AATTA----AAGGCTCAATTTCACCATTT-CATTCCATTATAATCGGCCTTGAACTTCAATATAGCA--------AAAG--C-AAAA-G---TAAAAGTAT-----AAGC--A---TATACCCTTGTGCCTAGTTACATgttgacaaaa
gi|18 : aaatagagcaaatacttggttgaaattaACAACTTGAA-TATCAACT-TCAACAT--AG-AGTTA----TAAGCTCAATTTCTCCTTTTGCACTCCA--ATATTTTGCCTTGGACTTAAATAAAGCAGCGCTTTACTAGTAC-AAAA-G-C-CCGAGGTAT-----ACGC--A---AACACCCTTGTGACAAGTAACATTCACATAAATGTAAGTATGCATG
gi|19 : aaA-----TACAAT----G-----------ATGAAGCTAATGTTTA-TATA----T-A-A-AACTTGCA-CCTAAACT-TTAACAT--AG-AGTTA----TGAACCCAATCTCTCCTCTT-TAC-------------------AGTTTA-------CA-CCCTTTTATGGTAC-AAAATGCC-TCAATGTA------AAG------------------GC--AGTTACATTTACACAACGGTAAGAATGCGCGGTtagta
gi|2 : A-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--A--TA---A------------TATA-AT------TAA-----TACAAA----A-----------GAGAAACTAATGTCTA-TATA----T-A--CAATTTGCA-CCTAAACT-TTAACAA--AG-AATTAATTATGGGCCAAATTTCTCCTCTT-TACACCG--ATATTTCGCCTTGAACTTAAAAATAGCAGCCCTTTTATGGTACAAAAA-G-C-C-----TAT-----AGGT--A---TACACCCTGGTGACACGTTACATTCACATAAGTATAAGCATGCA
gi|20 : aaaagtgtgtggggggggggggggggggtagctcagtctggtagccaagtaaataaaggacaatgagatgaggctggcatattcaaacaaggattatatacccatctgtgatctatttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttcagagtaaatcagataatgaacccaaatgttgtaatgttccgtatgattattgatatacatcaataaaagaaaccccaaaccatcattcgttgaaaatcaAAGTTGTAATGTTCTACA----TGATACA--------CA-TCA---ACAAGAT--AT-A-ATG--A--A--t
gi|20 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaA-T-ATAAGAC--AT-AGA-A--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGCAATGTCTA-TATA----gtagccaacatttggttgaaaattgatataagacatagaaaataagaatcataatacaaaagtgaaagcaatgtctatata
gi|21 : caaagtgaatgaaatactgaagtaaaaagttgtaatgttctacatgatacacatcaacaagatataatgaagtagccaacatttggttgaaaattgA-T-ATA---C--A--A-A-T--A--A--CA---A------------GAGCTATCA----TAAATTAATACAAA----A-----------GTGGAAGTAATGTGCA-GTTG----T-AAACAACTTGCA-TGTTAATT-TTAACTT--AT-GGTTA----TAATCTCAATTAGACATTTT-CAAACTG--AT
gi|22 : gagccagaagggttgaaaattaG--GTATTTAGCATTGAACTTGAATACAGCAGCCCTTTt
gi|23 : aaaaagggaaagggagtgtgtgatgctcagataggtatgggacattgtgggcaggaatgttcaaatgcaataacacagggtatttctcataaacaaataacttgttTGGTAC-AAAA-A-G-TCCAAGTAT-----ACGC--A---TACATCCGTATTCAAAGTTACATTCACAAACCTGTAAGTATGCACAGTAAATCACAACGTGTACCAAAACTTTATCGCAGAATTTAAAAACATTATa
gi|24 : ttatggtacaaaatggcCACATTTATGCCACGTTCCATCAACTTGCATCAAAAATTTAA--TGCTGGCTGAATGTGGACACCAAC---GTTGATGCTTATGCCAAGGT-GAATACAAAAACTCC-C----------AATAGTCAAG-TTTA-
gi|26 : aaaaATG---------AACAACTTTCACCAAAACTTTTA--CA-AGGTGAGAAGCGGACACTGAC---A------------T-------GAGCACAAAATCTTC-TCTATTCATAAAATACTAGAG-TTAATAAAtac
gi|27 : TG---------AACAATATGCATTAAATTTTTAA--CGCATATGGGATGCAAACGGAGAC---G------------CCTGGAA-TAGTACAAAAACTCCGCCT-TTCTTAGAATTGTCGtt
gi|28 : ---------AACAACTTGCACCAAAACTTTAA--TGCAGGTGGAACAC--ACGC--ACATGG------------CCATGGC-CAGTACAAAAACTCC-CCTATTCATAGAATAAACAAG-TTAgat
gi|29 : CAACGTGCACCAAAACTGTAA--CGCAGGTGGGACGCGAACACCGGA---G------------CCAAGGC-AAGTATAGAATTTCT-CCTATGCGTGGAATAGTCAAG-TT
gi|3 : GTTGTAATGTTCTTTA----TGTTACA--------CA-TTAAC-A-AAAAA--AT-AGA-GCCA--A--CA---ATTGGTTGAAAATGA---ATCG----TAA------ACAAA----A-----------GTGAAAGTACTGTCCA-TATA----T-ACACAACTTGCA-TCTTAACT-TTAACAT--AG-AG--A--------------TTCTCCTTAT-CAATCTG--ATATTTCACCTT--ATTTAAATATAGCAGATCTTTAATAGAGC-AAAA-G-C-TCAAGGTAT-----AAGC--A---TACAGCCATGTGCGAGGTAACATTCACATAACTGTAAGTATGCATG
gi|30 : gtaggtatgggacaatggggccaggaaggttcaaacaataatacaatttaatacacataaacaactaactactgtactgtattttatgccaaaatatatcaacctggatacacttttaacagttcatttaaataatgtacacaataaaagtttagggctgcaaagtgaataagatactgaacccaggtTGCAC---AACTTTAAAATGTAGATGGCACGCAGATGATGAC---G------------CCGTTGCTGAGTACAAAAA-------TGATTTTAGAATAGTCGAG-TTTA-tactaaa
gi|31 : a----A-----------ATGAAAGTAATGTCT--T-TA----T-ATACAACTTACA-CCTAAACT-TAAGCAT--AG-AATTA----TAAGCTCTATTTCT
gi|33 : AACTTTAA--CGCAGGTGGGATGCAAACA-----------------------------------AAAAACTCC-GCTAGTCTTTAAATAGTCGAGATTAA-AA
gi|36 : A--------T--TTA-T-ATAAGAC--AT-A-A-G--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TTA-----TACAGA----A-----------TTGAAAG---TGTCTA-TA
gi|37 : AT---G------------CCAGGGC-AACTACAAAAACTCC-CCCATTCATGGAATAGTCGAA-TTAA-AAAc
gi|4 : ccAGTTGTAATGTTCTTTG----TGATACA--------CATTTA-C-ATAAAA---AT-A-
gi|4 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaac----TGA-ACA--------T--TAA-T-ATAA-AC--AT-A-G-G--ACAA--CA---A------------GA---ATCG----TAA-----TACAAA----A-----------GTGAAAGAAATGTCTA-TAAA------AT-TAAATTGCA-CCTCTACT-TTAACAT--AG-ACTTA----TAGGCCCAATTTCTAATTTT-CAGTCTG--ATATTTTACCTTGAACTTAAATATAACAGCCCTTTAATAATAC-AAAA-------------------------A---TACACCATTGTG-CAAATAACATTCACATAACTGTAAGCATGCAgaggagactttggttgaacattaatataaacataggacaacaagaatcgtaatacaaaagtgaaagaaatgtctataaaattaaattgcacctctactttaacatagacttataggcccaatttctaattttcagtctgatattttaccttgaacttaaatataacagccctttaataatacaaaaatacaccattgtgcaaataacattcacataactgtaagcatgca
gi|5 : gggcaggaatgttcaagcaataatacgatgtttttcccataaatagataactattgttctatgctctttgccaaaatatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttggtccaagaaaataatataatggaccaaacagttgtaatgttctttgtgatacacatttacataaaaatagaggagactttggtTAAGAC--AT-A-C-G--A--A--TA---A-----------------ATGA-----AA-----TA------------------------AAGTTGTGTCTA-----------ATACAACTTGCA-CCTCAACT-TAAAC----AG-AGTTA-----------AATGTTTCTTTTT-CACACCG--ATATTTGGC------------TATAGCAGCACTTTTATCG-------A-G-C----AGA-------------------ACACCGTAATACCAAGTCACAATCATATAACTGTAAACATGCACAGTA
gi|6 : ccaagtagatatgggataatgtggccggacatgttcgaaccattaataatacaaagaagttaacatttatatttttgtttgtactgtgatctatgttaaaaataaccaaatatgtatacattggcaaacagttcatatgaatacacaacagcagtgtttggctccattgagaatattaaaatattgaacctaaaagtttcaatgttatatataaaataaatcaataaaatagagaatgtgtcaatatttagagtaaaagttttcAAGATGTAATGCTCTATA----CGATACAAATTAAAAT--TAA-T-ATAAGAC--AT-A-A-A--T--A--TA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAT----A-----------TTGAAAGTAATGCCAACTATA----T-ATACAACTTGTA-CCTA-------AACAT--AG-AG
gi|6 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaGCCTTGAACTGAAACACAGCAGCCCTTTCCT---------------TCAAGGTATTTGATAAGG--A---TACACCATTGTGCCA---TACAGTCACATAAGCATAAGCATTCAccttgaactgaaacacagcagccctttccttcaaggtatttgataaggatacaccattgtgccatacagtcacataagcataagcattcatag
gi|7 : ggtggagtggcgggttgatgctcaagcagctacccaagtagatgtgttaggtatttcccacatacaaatgattattgaactgttctatgccaaaatgtattaatatcaataacaaattttggctgcaaagtaaataagatactgaatccaaaagatgtaatgctctatacgatacaaattaaaattaatataagacataaatataagaatcataatacaatattgaaagtaatgccaactatatatacaacttgtacctaaacatagaAAGTTGTAATGTTCTATA----TGAtag
gi|7 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaA-T-ATAAGAC--AT-A-A-A--A--AAATA---A------------GA---ATCA----TAA-----TACAAATTAAA-----------GTAAAAGTACTGTCTA-TATG----T-A--CAACTTGCA-CCTAATTT-TTTACTT--AG-AGTTT----TAAGCCC-ATTTgcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaatataagacataaaaaaataagaatcataatacaaattaaagtaaaagtactgtctatatgtacaacttgcacctaattttttacttagagttttaagcccattt
gi|8 : aaaaatgacctgtgagagaggagagggggattatttgggcaggtgcccaagtaggtaggggacaatggggtcaggaatgttcaaacaataatacaaggtattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntctccgaagtcaataagatatggaacctaaaagttgtaatgttctatatgagcattaacagaaaaaagtacagccaatttggttgaaaattaA-T-ATAA--C--AT-A---G--A--A--TA---A------------GA---ATCA----TGA-----TACAAA----A-----------GTAAAAATACTGTATA-TAT
gi|9 : acaacttaacaaaaaaaaatgacaaaataggtagatagaaggatgcgagaggtaggttggtaaccaataagatatggcacgatggcaggtttgcatgtttaaacaatagtacagggatttcctaaataatatgcttattattgtattatgatctatacaaaaattcaccagtcgggatatagttgcctttcgtttaaatgcccaataccagttttgggtaccaaagtgaaaatatctattcgatacactcttaaacaattataaccaacgtttgattgaaaatgaATA----TAATATA--------T--TTA-T-A-------------A-G--A--A--TA---A------------AT---ATCA----TAG-----TATAAA----A-----------GTGAAAGTAATG--TA-TTTT----T-AAACAAATTGCACCCTATAAT-TTAAC----GGTAGTTA----TTCGCCCAACCTCT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): CAGACATGTTCAAATACAATGATTGATATTTCCTTTGAATAATTATATTTATTTTGTTATATACGCTTAATGTATTAATATAGACACTTTTATAACAGTTATATAAACATTTTCGTGCTATAGAGTGAATAATATACTGAACTTAAAAATGATAATGTTCTATATTGTATACGTTGAAGAAAATAGAGTCAACAGTTGGTTGAAACATCAATACCAAGGATAACACGAAAAGCGAGAAGT
Unaligned ( gi|25 ): GTTTGGACTACAGAGAATAAAAAATGATACTGAACCTAGAATGTGTGATGTTTATTATATACGATTAATATCAATGAAAAGATAAAGCCAACATTTGAAGTCTAGAGGCAAATGA
Unaligned ( gi|32 ): GTTGGGTATATTCTAACAATAATACTGTATAAGGTATTGCCCATAAATATTTTTTGTACTGCGATCTA
Unaligned ( gi|34 ): ACAAAGACACAAGGTATTTCCCATATAAAATAACTTCTGTACTGTGATCCATTCCAAAATTTA
Unaligned ( gi|35 ): GGGACAATGAGGCCAGGCATCTTTAAACAATAATACAAGGTATTTCCAACAAAGAAACA