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Reference ( gi|5 )            :                                                                                                                                                                                                                                                 TCCGTCCGGCTGTG-TTA-GA--TTATT-TTCCAATGAATAATTTCT---GAAA-GTGTC-TATGTAT--TTAATTGATATTTTGAGATGT--GTAGCTC--TATAATTATAAAA--TACTGGTCAA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTAT-GATCCCTTTTTTTACTTAATTTTTTTTTG---------T-A-A-AAT-TTGGT-T-TCAGATA--AAA--AAATTCTGAAAGG-A--T-C-A--T--GC--A--GTTAA-TTA-AT-A--T-TT--G-TGT-G---TAG--CTGCATAATTAT--AAAATACAT--GTC-AA-GTTTGAT-ATTT---AT--AC------A-----G-----G--TC----AAA-TTTAC-----CAGGAA-TTAT--GG--CC-------CC---------TAA--TA-TTTCAGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGATT
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gi|3                          :                                                                                                 tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCATCCGA--G-A-TCA-AA--TTGGT-TTCCGATCAATAA---AT---G------GTA-TATGTAT--TAAATT-------TAAAGTAG--GTAGCTA--TATTATTATAAAA--TACAGGTCAA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTAT--AGCAC-TTTTCAACTTAA---TTTTTGG---------T-A-A-AACAATGGT-T-TCGGATC--AAT--TATTTCTT---------T-T-A--T---------ATCAA-TCA-AA-A--T-TTA-A-TGT-G---TAG--TTGTACAATTAT--GA-------------AA-GTTTGTT-ATTT---TT--CC------GTC---A-----G--TC----ATA-TTTTA-----CAAGAG-TTAT--GT--TC-------CC--------------TA-TTTGACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                    ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccacggccgtctgtgcgTGATCAGTTTCTTATGAAT-GGATC-TGTGTAT--TTGTTTGATATTTC---ACAT--GTAGCTG--TGCAATTGTAAAA--TACAGGTCAT-ATTTG-ATATTTGtgat
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                 agctgctgtccgtctgttcttttgttcattcatcgttcgtctacgcgtctgagatgaaacattggttttAGTAACTTCT---GGAG-GGTTC-TCTGTAT--TTAATTAATCATTTG---TGT--GTAACTG--GATATTTATAAAG--TA------------TG-ATATTTGT-------A---AAA-TTT-TACAAT---AG---TTATTG--CCCCTTTTCAACTTAATTTTT---TGAAAAAAAAAA-A-A-AAT-TT-GT-T-TCCGATC--AAG--Agcccttttttgacttcattttcgttaaaaaaaaaaaaa
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                 ccctgacccaaatgattcaaagaatcgtaaaggggcattaagtgttaccccctgttcatccgttcgttcatccgtctgaggtaaaAATAACATTT---GAAG-GGGTC-CATGTAT--TTCATTGATATTTgtgggggtatttgtgttgacagacacattgcta
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTTC-----AAACGT-TT-TATGAGC--TT--TTAATATTT-AAG--GT--GTAGCTG--TGTGGTTACAAAA--TAC-AGTCAAAGTTCA-ACATTTGTCACCTTTAGAGAAA-GTTATACAGG---AG---CTATTG--CCCCTTTTTTACTTAA-----TTTTG-----------A-A-AAT-TTACTGT-TC--ATA--G----------TGAAGGT-A--TCC-ATTT--CT--A--GTTCG-GTATAC-A--T-TT--G-TGTAG---TAG--gtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                caaaaacaaccgTTCT---GAAT-GGATT-GATGTAT--TAAATTGATATTTC---ATGT--GTACTTG--TATAATTACGAAA--TACATGTCAA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTAT-GGTCCC-TGTTAGACTTAATTTT
gi|14                         :                                                                                                                                             aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttgtccgtcggaggtaaaaatttggttttagtcgaggGTAT--TTAATTAAT-TTTTGT--TGC--ATAG--------------AAAA--TACAGGTCAATATTTG-ATATATGACAACGTCAGTCAAA-TTT-TACAGATACAGATTTTATAGGGCC--TTTTTAACTTAATTTTTGTT---------------A-AAT-TTCCTAT-TAACATA--AAA--cagttcaaaagtattttcaatat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TAATATTTT---ATTT--GTACCTA--TATTATTATATAA--TACAGGTCAT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTA--GGGCCTCTTTTCCACTTTATTTTgcagggacatcagtgtgctttggtcacttttctaatt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TAT--GTATCTG--TTTATTTTTAAAA--TACAGGTCAA-GTTTA-ACCTTTGTCATCTTCATTCAAA-ATT-AACATG---AG---TTA--GGGCCCCCTTTCAACTTAA---TTTCCGG---------T-A-ATAAA-TTGGT-T-TCCGGTC--AAT--AAcaaactaataatttacatggttata
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tgTTGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAAT-GGTCTCTTTT--TACTTAA--TTTTTTGG---------T---A-AAT-TTgggagacatctgtgtcgataggcatatttaataat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TG---------T-AGA-AAT-TTTGT-T-TTTTTTACCAAT--AAATTCTGAAGGG-G--T-TTA--T--GC--ATAGTTAA-TTA-AT-A--TATT--G-TGT-G---TAC--CTGTATACTTAT--AAATTACAG--GTC-AA-GTGTTAT-ATTT---GTTAAC------A--------------TCTTTTAAA-TTT-T-----CAGGAG-TTGA--GG--TC-------CCGATTTTACTTAA--T--TTTCAGactgacata
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttacctctgtccatccgtacaattgaG---------T-C-A-AAT-T--GT-TGTCTGACC--AAT--AACTTTTGAAAGT-G--TAT-A--T--AT--A--TTTAA-ATT-AC-A--T-TT--G-TCG-G---TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTG--GTC-AA-ATTGGGT-ATTT---GC---C------A-----GTGTCTG--TC----AAA-TTTTA-----CAAGAG-TTAC--AG--CC-------CCTTTT-----TAACTTAGTTTTTGGTAAAATTTGCtaaaaaaatggtttctgatcaatgccagaggcattcatgtcaacagacacatttcta
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttatacgtctgtctgtgG---------T-A-A-AAT-T-GTT-T-TCTGATC--AAT--AACTTATGAAAGG-G--T-CTG--T--GA--A--CTTGA-CAA-AT-A--T-TG--GACAT-G---TAG--CTGTATAGTAAT--AAAATACAG--TTG-AA-GTTTGAT-ATTT---GT---C------A-----ACGTCCA--TC----AAACTTTAC-----C-GGAA-ATAT--GG--CC-------CC---------Tacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                  cgacattaggaagaacggtgtttgatgcaatggtaaatcaactttaagctacctagtggcctttttaaggcggtgaatcactaagccacttcttctgtatgtttgtattgtactgaagattattctgtattatcgtgtctgcgaccgtgtttctttcaaggcttcgtctcatgttgaacatacatttttatgtcccccaccatagtgaatgggcattaagtgtgtcttctgtccgtccgttcatctaccagtccgG---------T-A-A-CAA-TTGAT-T-TGCGACC--ATT--AATTTCTGAA-GG-A--T-C-G--TGGGT--A--TTTAA-TCA-AT-T--TATC--G-TAT-G---TAC--CTGTAAACTGAT--ATAACACAG--GTC-AA-ATTAGAT-ACTT---GT--AA------T-----G-----G--TC----tttcgactttatgttcggtaaaattaggtttccgaccaatagacggggtgggcattcgtgtcgacagacgcatttat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   aaacatttttttatatacctctttgatttgatgactggttatggggtatcaagtattactcttgtcatccgtccgtccg---------T-A-G-AAT-CTGTT-TGTCA---A--AAG--TAACTCTGAAAGG-G--T---A--T--TTTTA--TTCAA-TTA-AT-A--T-T--------------AG--CTGTATGATTAT--AAAATACAG--GTA-AA-GTTTGAT-ACTT---GT--CA------A-----T-----GTTTC----AGA-TTTTA-----CAGCAG-TTAT--GG--CC-------CC---------Tcctttttggtaaatgacaggtttttgatcaatagcgaggacattcgtgtccaagacacacttctagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtgtgt-A-A-AAT-TTGGT-T-TTAGTCG--AGG-----TTCTGAATGG-A--T-TGA--T--GT--A--TTAAA-TTG-AT-A--T-TTC-A-TGT-G---TAC--TTGTATAATTAC--GAAATACAT--GTC-AA-GCTCAATAATTTTCAATG-AC------A-----------G--TC----AAA-TTTGA-----CAGTGG-TTAT--GG--TC-------CC---------T
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 attcaagtgttacatctgtccatccgtttttgcatccacagta-A-A-AA----GGT-C-TCTGATC--AAT--AAATTGAGAAAGGGA--T-T-G--T--GT--A--TATAA-TTG-AT-A--T-TTC-A-TGT-G---TAG--C
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        catgtcttgagacaattgcttctttatgcccctcccatttgaagaatgatgaaggtcgcaatacccctgtccctccgtttgtgcatgtgtatgtcttagata-A-AAT-T-GGT-T-TCCTATG--AAT--AACGGCTGAAATT-T--T-CTA--C--AT--A--TTTGA-TTA-A--AGTT-TT--A-TGT-G---TAG--CTGTATAGTTAT--AAAGTA-AG--GTC-AA-GTTTG-C-ATTT---TT--GC------AATGTTA-----G--TC----AAG-TTTTT-----AAAGAAGTTAT--GGGTCCTTTTAA-CT---------TAA---A-TTTT-GGTAAAATTTACTGAC
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccacggccgtctgtgcgtcct--AAT--AACTTCTGAA-GG-AGTT-T-T--T--GT--A--TTTA--TTA-AT-A--T-TTC-A-TGT-G---TCGACCGGTATAATTAT--AAAATACCG--GTC-TA-TTTCAAT-ATTT---GT---C------AGCGTCG-----G--TC----GAA-TTTCA-----CAAGAA-TTAT--GG--AC-------CC---------Ttgat
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10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-416 )      :                                                                                                                                                                                                                                                           TCCGTCCGTC--CGT-------------G-TC--------A-A-A---T-TGTTT-TCCG-A--TNAA--TAACTTCTGAAGGGGTC-TATGTAT--TTAATTAATATTTT---ATGT--G-TAG--CTGTATAATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCG-ATATTTGTCANCGTCNGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTAT-GGNCCC-CTTTTCAACTTAATTTTTT-----TC---G--------GT-AA-AA-T----TTGGT-TTCCGATNAATAACTTCTGAA-GGGNTC-ATGTATTTAAT----TA-ATATTT-GTGT-G---TAGCTG-TATANTTATAAAATACAGGTCAAGTTCGATATTT----GT-----ACAGGTCAAATTTNACAGGAGTTATGGCCCC---------T---AAT---ATTTCAGGTNAAATTTGCTGACATATATAGCAGGA
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccacggccgtctgtgcgTAATATTTT---ATTT--G-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTA--GGGCCT-CTTTTCCACTTTATTTTtgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AATAACATTTGAA-GGGGTCCATGTATTTCAT----TG-ATATTT-GTCA-A---CGGCTGACATACTT------TACAGGcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTAC-AG-CCC-CTTTTCCACTTATTTTTAT-----GC---A--------AA-AA-AA-T----TC-GT-TTCTTATCAAattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTCCATC--CGTACAATTGAT----G-TA--------G-A-AATTT-TGTTT-TTTTTA--CCAA--TAAATTCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAATATATT---GTGT--G-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGA-GGTCCCGATTTT--ACTTAA---TTT-----TC---A--------GTAAA-AA-A----ATGGT-TTCTGATCAATG---CCAGAG-GCATTC-ATGTaa
gi|20                         :                                                                                                          tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCTGTCCATC--CGTTTTTGCATCCACAG-TA--------A-A-AAT-T-TGGTT-TCAA-A--TGAA--TAATTTCT--------C-TAT------TTAATTAATATTTT---GTGA--GTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             attcaagtgttaca-AA-AA-T----TTGGT-TTCAAATGAATAATTTC---------TC----TATTTAAT----TA-ATATTT--TGT-GAGTTAACTG-TATA
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                               attcaagtgttacatctgtccatccgtttttgcatccacagta-------------G-TT--------A-A-A---T-TGGTT-TCTG-C--TGAG--TAACTT---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-TATTTG---GCGT--G-TAG--CTGTATA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAAT-GGTCTC-TTTTT--ACTTAATTTTTT----------G--------GT--A-AA-T----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttTTTTAGACTTAACTTT--------C---A--------GT-AA-AA-AAAAATTGGT-TTCTGATCAATAactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATAT-TATCC---TTTTCTGTCTGTTTGCTTATCCATCCGAG--------AT-CA-AA-T----T-GGT-TTCCGATCAATAAAT--------GGTAT-ATGTATTAAAT----TT-AAA----GTAG-G---TAGCTA-TATTATTATAAAATACAGGTCAAGTTCAACATTT---------------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT---------TTTCAACTTAATTTTTGGTAAAAgtgtgggcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                       aagttttgtatttactaaatgatgTCCATC--CGA-------------GATC--------A-A-A---T-TGGTT-TCCG-A--TCAA--TAAAT--------GGTA-TATGTAT--TAAATT--TA-------AAGTAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTAT-AG--CA-CTTTTCAACTTAATTTTT-----------G--------GT-AA-AA-CA---ATGGT-TTCGGATCAATTATTTCT-------TTT-ATA---TCAAT----CA-AAATTTAATGT-G---TAGTTG-TACAATTATGA----------AAGTTTGTTATTTTTCCGT------CA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---------------T---ATTTGACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAcaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTCCGTC--CAT----------------C--------A-A-A---T-TGGTT-TCCT-A--TGAA--TAACGGCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAAGTTTT---ATGT--G-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTAT-GGGTCC---TTTTAACTTAAATTTT-----------G--------GT-AA-AA-T----TTc
gi|5                          :                                                                                                           tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTCCGGC--TGT-------------G-TT--------A-G-A---T-TATTT-TCCA-A--TGAA--TAATTTCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGATATTTTGAGATGT--G-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTAT-GATCCC-TTTTTTTACTTAATTTTTT-----TT---T--------GT-AA-AA-T----TTGGT-TTCAGATAAAAAAATTCTGAA-AGGATC-ATGCAGTTAAT----TA-ATATTT-GTGT-G---TAGCTG-CATAATTATAAAATACATGTCAAGTTTGATATTT----AT-----ACAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCC---------T---AAT---ATTTCAGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CGTCTGTC--TGT-------------GGTC--------A-A-A---T-TGTTG-TCTG-A--CCAA--TAACTTTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTACATTT------GTCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTAC-AG-CCC-CTTTTTAACTTAGTTTTT-----------G--------GT-AA-AA-T----TTGtt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttata---G--------GT-AA-AAAT----TTGGT-TTTAG-TCGAGG--TTCTGAA-TGGATTGATGTATTAAAT----TG-ATATTTCATGT-G---TACTTG-TATAATTACGAAATACATGTCAAGCTCAATAATT----TTCAATGACA-GTCAAATTTGACAGTGGTTATGGTCCCTGTTAGACTT---AAT----TTTCAGTTCAAAcacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                          aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttgtccgtcggaTTCTGAATGGATT-GATGTAT--TAAATTGATATTTC---ATGT--G-TAC--TTGTATAATTACGAAA--TACATGTC-AA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTAT-GGT-CC-CTGTTAGACTTAATTTTagtattttcaatat
gi|8                          :                                                                                                    aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttgtccgtcggaggtaaaaatttggttttagtcgaggGT-------------G-TT--------AGA-A---TCTGTTT-GTCA-A---AAG--TAACT-CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAATATT--------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTAT-GGCCCC-cagttcaaaagtattttcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                       acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtTCT-TCCA-T--TCAA--TAACTTCTGAAGGAGTT-TTTGTAT--TTA-TTAATATTTC---ATGT--G-TCGACCGGTATAATTATAAAA--TACCGGTC-TA-TTTCA-ATATTTGTCAGCGTCGGTCGAA-TTT-CACAAG---AA---TTAT-GGA-CC-CTTTTAAACGTAATTTTTT-------------------GT-AA-AA-TA---TTGGT-TTCCAATCAATAGCt
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|22 ): CATTATTTCTCAATGTGTTTAAAAAAATTATTCCAGTCAACAGAGAGTGCATTCATGTCAACAGACACATTTCCAGTT
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Reference ( family-416 )      :                                                                                                                                                                                                                                                           TCCGTCCGTC--CGT-------------G-TC--------A-A-A---T-TGNTTTCCG-ATCAA---TAACT-TCTGAAAGGGTC-TATGTAT--TTAATTAAT-ATTTCG---TGTG-TAG--CTGTATAATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCG-ATATTTGTCANCGTCNGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGGCCCC--TTTTCG-ACTTAATTT--T-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCCGATCAATAANTTCTGAA-GGGNTCATGTATTTAATT-G----ATATTT-GTGT-GTAGCTGTATAATTATGAAATACANGTCAAGTTCGATATTTNTA---CA-GTCAAATTTAACAGGAGTTATGGCCCCTAATATTTCAG-GTNANATTTGNTAACNTACANAGCNGGA
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccacggccgtctgtgcgTAAT-ATTTTA---TTTG-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTAGGGCCTC--TTTTCC-ACTTTATTT--T-tgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AA---TAACA-TTTGAAGGGGTC-CATGTAT--TTCATTGAT-ATTTcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTACAGCCCC--TTTTCC-ACTTATTTT--TAT-----GC---A--------AA-AA-AAT----TC-GTTTCTTATCAAgtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTCCATC--CGTACAATTGAT----G-TA--------G-A-AATTT-TGTTTTTTTTACCAA---TAAAT-TCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAAT-ATATTG---TGTG-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGAGGTCCCGATTTT---ACTTAA--T--T-T-----TC---A--------GTAAA-AAA----ATGGTTTCTGATCAATG---CCAGAG-GCATTCATGTaa
gi|20                         :                                                                                                          tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCTGTCCATC--CGTTTTTGCATCCACAG-TA--------A-A-AAT-T-TGGTTTCAA-ATGAA---TAATT-TCT--------C-TAT------TTAATTAAT-ATTTTG---TGAGTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 attcaagtgttaca--TTTTCG-ACTTA--CT--T-C-----TC---A--------AT-AA-AAAA---TTGATTTCCAATCAATAA---CGGAG-ACATTCATGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                 ttcaaatatttattcacataattgg-------------G-TT--------A-A-A---T-TGGTTTCTG-CTGAG---TAACT-T---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-T-ATTTGG---CGTG-TAG--CTGTATAcaacagacacatttctagtct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAATGGTCTC--TTTTT--ACTTAATTT--T-T-----T----G--------GT--A-AAT----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tt--TTTTAG-ACTTAACTT--T--------C---A--------GT-AA-AAAAAAATTGGTTTCTGATCAATAactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATATTATCCT--TTTCTG-TCT--GTTTGCT-TATCCATCCGAG--------AT-CA-AAT----T-GGTTTCCGATCAATAAAT--------GGTATATGTATTAAATT-T----AAA----GTAG-GTAGCTATATTATTATAAAATACAGGTCAAGTTCAACATTT---------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT-----TTTCAACTTAATTTTTGGTAAgtgtgggcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                       aagttttgtatttactaaatgatgTCCATC--CGA-------------GATC--------A-A-A---T-TGGTTTCCG-ATCAA---TAAAT---------GGTA-TATGTAT--TAAATTTAA-A----G---TAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTATAG-CAC--TTTTCA-ACTTAATTT--T-T----------G--------GT-AA-AACA---ATGGTTTCGGATCAATTATTTCT-------TTTATA---TCAATC-A----AAATTTAATGT-GTAGTTGTACAATTATGA----------AAGTTTGTTATTTTTCCGTCA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---TATTTGAC-ATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAaacaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTCCGTC--CAT----------------C--------A-A-A---T-TGGTTTCCT-ATGAA---TAACG-GCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAA-GTTTTA---TGTG-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTATGGGTCC--TTTT-A-ACTTAAATT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTc
gi|5                          :                                                                                                           tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTCCGGC--TGT-------------G-TT--------A-G-A---T-TATTTTCCA-ATGAA---TAATT-TCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGAT-ATTTTGAGATGTG-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGATCCC--TTTTTTTACTTAATTT--T-T-----TT---TT-------GT-AA-AAT----TTGGTTTCAGATAAAAAAATTCTGAA-AGGATCATGCAGTTAATT-A----ATATTT-GTGT-GTAGCTGCATAATTATAAAATACATGTCAAGTTTGATATTTATA---CAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCCTAATATTTCAG-GTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CGTCTGTC--TGT-------------GGTC--------A-A-A---T-TGTTGTCTG-ACCAA---TAACT-TTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTAC-ATTT-G---TCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTACAGCCCC--TTTTTA-ACTTAGTTT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTGtt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttataGTCCGTC--GGA-------------G-GT--------A-A-AAATT-TGGTTTTAG--TCGA---GG--T-TCTGAATGGATT-GATGTAT--TAAATTGAT-ATTTCA---TGTG-TAC--TTGTATAATTACGAAA--TACATGTC-AA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTATGGTCCC--TGTTAG-ACTTAATTT--T-cacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|8                          :                                                                                                                                       aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttGT-------------G-TT--------AGA-A---TCTGTTT-----GTCAAAAGTAACT--CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAAT-ATT------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTATGGCCCC--Tcagttcaaaagtattttcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                         acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtTTCCA-TTCAA---TAACT-TCTGAAGGAGTT-TTTGTAT--TTA-TTAAT-ATTTCA---TGTG-TCGACCGGTATAATTATAAAA--TACCGGTC-TA-TTTCA-ATATTTGTCAGCGTCGGTCGAA-TTT-CACAAG---AA---TTATGGACCC--TTTTAA-ACGTAATTT--T-T-----T-------------GT-AA-AATA---TTGGTTTCCAATCAATA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TTTTTATTTAAATTTTGATAAAATTTACTGATATATAAAGGGTGCAACTAACTGTGCTATGGAAAAATTTCTAAT
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Unaligned ( gi|27 ): ATTTTGGTAAAATTTTCTAACGTATAGCTGAGGCATCCATGTCTTATGAATACCTTTCTTG
Unaligned ( gi|28 ): TGGTAAAATTTACGCACATATAGCGGGTGCATCCGTTTTCTGTGAACACATTACCAGT
Unaligned ( gi|30 ): GAAATCGACTGGTTTCTGATCAATAGCAGGTGGACACATTTCTAGTTACACAT
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Reference ( family-416 )      :                                                                                                                                                                                                                                                           TCCGTC----CGTCCG-T-------------G-TNA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAACT-TCTGAAAGGGTC-TATGTAT--TTAATTAAT-ATTTCG---TGTG-TAG--CTGTATAATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCG-ATATTTGTCANCGTCNGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGGCCCC--TTTTCG-ACTTAATTT--T-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCCGATCA--ATAAATTCNG-AAGGG--NTCA-TGTATTTAATT-G----ANATTT-GTGT-GTAGCTGTATAATTATAAAATACA-GTCAAGTTCGATATTT-----T-CA-GTCAAATTTAACANGAGTTATGGCCCC---TATTTC-ANNTAATATTTGNTAACNTACANAGCNGGA
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccaTAAT-ATTTTA---TTTG-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTAGGGCCTC--TTTTCC-ACTTTATTT--T-tgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AA---TAACA-TTTGAAGGGGTC-CATGTAT--TTCATTGAT-ATTTcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTACAGCCCC--TTTTCC-ACTTATTTT--TAT-----GC---A--------AA-AA-AAT----TC-GTTTCTTATCA--Agtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTC----CATCCG-TACAATTGAT----G-TAG-AAATTTTGTTTTTTTTACCAA---TAAAT-TCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAAT-ATATTG---TGTG-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGAGGTCCCGATTTT---ACTTAA--T--T-T-----TC---A--------GTAAA-AAA----ATGGTTTCTGATCA--ATG---CCAG-AGGCA--TTCA-TGTaa
gi|20                         :                                                                                                          tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCTGTC----CATCCG-TTTTTGCATCCACAG-TAA-AAAT-TTGGTTTCAA-ATGAA---TAATT-TC--------TC-----TAT--TTAATTAAT-ATTTTG---TGAGTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          attcaagtgttaca--TTTTCG-ACTTA--CT--T-C-----TC---A--------AT-AA-AAAA---TTGATTTCCAATCA--ATAA---CGG-AGACA--TTCA-TGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                    ttcaaatatttattcacataattgg-------------G-TTA-AA---TTGGTTTCTG-CTGAG---TAACT-T---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-T-ATTTGG---CGTG-TAG--CTGTATAcaacagacacatttctagtct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAATGGTCTC--TTTTT--ACTTAATTT--T-T-----T----G--------GT--A-AAT----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tt--TTTTAG-ACTTAACTT--T--------C---A--------GT-AA-AAAAAAATTGGTTTCTGATCA--ATAactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATATTATCCT--TTTCTG-TCT--GTTTGCT-TATCCATCCGAG--------AT-CA-AAT----T-GGTTTCCGATCA--ATAAAT--------GG--TATA-TGTATTAAATT-T----AAA----GTAG-GTAGCTATATTATTATAAAATACAGGTCAAGTTCAACATTT----------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT-----TTTCAACTTAATTTTTGGTAAgtgtgggcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                       aagttttgtatttactaaatgatgTC----CATCCG-A-------------GATCA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAAAT---------GGTA-TATGTAT--TAAATTTAA-A----G---TAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTATAG-CAC--TTTTCA-ACTTAATTT--T-T----------G--------GT-AA-AACA---ATGGTTTCGGATCA--ATTATTTCT---------TTTA-TA---TCAATC-A----AAATTTAATGT-GTAGTTGTACAATTATGA----------AAGTTTGTTATTTTTCCGT-CA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---TATTTG-ACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAaacaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTC----CGTCCA-T----------------CA-AA---TTGGTTTCCT-ATGAA---TAACG-GCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAA-GTTTTA---TGTG-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTATGGGTCC--TTTT-A-ACTTAAATT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTc
gi|5                          :                                                                                                           tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTC----CGGCTG-T-------------G-TTA-GA---TTATTTTCCA-ATGAA---TAATT-TCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGAT-ATTTTGAGATGTG-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGATCCC--TTTTTTTACTTAATTT--T-T-----TT---TT-------GT-AA-AAT----TTGGTTTCAGATAA--AAAAATTCTG-AAAGG--ATCA-TGCAGTTAATT-A----ATATTT-GTGT-GTAGCTGCATAATTATAAAATACATGTCAAGTTTGATATTTA----TACAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCCTAATATTTC-AGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CGTC----TGTCTG-T-------------GGTCA-AA---TTGTTGTCTG-ACCAA---TAACT-TTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTAC-ATTT-G---TCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTACAGCCCC--TTTTTA-ACTTAGTTT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTGtt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttataGTC----CGTCGGAG-------------G-TAA-AAAT-TTGGTTTTAG--TCGA---GG--T-TCTGAATGGATT-GATGTAT--TAAATTGAT-ATTTCA---TGTG-TAC--TTGTATAATTACGAAA--TACATGTC-AA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTATGGTCCC--TGTTAG-ACTTAATTT--T-cacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|8                          :                                                                                                                                         aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttG-T-------------G-TTAGAA---TCTGTTT----GTCAAAAGTAACT--CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAAT-ATT------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTATGGCCCC--Tcagttcaaaagtattttcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                  acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtTTCCA-TTCAA---TAACT-TCTGAAGGAGTT-TTTGTAT--TTA-TTAAT-ATTTCA---TGTG-TCGACCGGTATAATTATAAAA--TACCGGTC-TA-TTTCA-ATATTTGTCAGCGTCGGTCGAA-TTT-CACAAG---AA---TTATGGACCC--TTTTAA-ACGTAATTT--T-T-----T-------------GT-AA-AATA---TTGGTTTCCAATCA--ATAG---CAG-GGGCA--TTCG-TG---TTGACT-G----ACA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TTTTTATTTAAATTTTGATAAAATTTACTGATATATAAAGGGTGCAACTAACTGTGCTATGGAAAAATTTCTAAT
Unaligned ( gi|26 ): ACAAACGTTTTTATACCCTCACATAGTGAAGGGAAATTATTAAGTGTTTCACCTGTCTGTCAGTTTA
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTGGTAAAATTTTCTAACGTATAGCTGAGGCATCCATGTCTTATGAATACCTTTCTTG
Unaligned ( gi|28 ): TGGTAAAATTTACGCACATATAGCGGGTGCATCCGTTTTCTGTGAACACATTACCAGT
Unaligned ( gi|30 ): GAAATCGACTGGTTTCTGATCAATAGCAGGTGGACACATTTCTAGTTACACAT
Unaligned ( gi|31 ): CCAACCAATAGCAACGGCATTGTGTTGAGACACATTTCTAAT
Unaligned ( gi|32 ): AAATTTGAAACAGTGTAGTTTTGATTGTTGT






Alignments
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Reference ( family-416 )      :                                                                                                                                                                                                                                                           TCCGTC----CGTCCG-T-------------G-TNA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAACT-TCTGAAAGGGTC-TATGTAT--TTAATTAAT-ATTTCG---TGTG-TAG--CTGTATAATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCG-ATATTTGTCANCGTCNGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGG-CCCC--TTTTCGACTTAA-TTT--T-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCCGATCAATAAA-TCNGAG---GGG--NTCATGTAT-TTA-ATTGANATTT-GTGTGTAGCTGTATAATTATAAAATACA-GTCAAGTTCGATATTT-----T-CA-GTCAAATTTAACANGAGTTATGGCCCC---TATTTC-ACGTAATATTTGNTAACNTACANAGCNGGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      GTCCG---------------G-TAA-AA---TTGTTTTCTG-ATCAA---TAACT-TATGAAAGGGTC-TGTGAAC--TTGACAAAT-ATTGGA---CATG-TAG--CTGTATAGTAATAAAA--TACAGTTG-AA-GTTTG-ATATTTGTCAACGTCCATCAAA-CTT-TACCGG---AA---ATATGG-CCCC--TTTTCGACTT---TAT--G-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TAGGTTTCCGACCAATAGA--CGGGGT--GGGCATTCGTGT
gi|10                         : cgacattaggaagaacggtgtttgatgcaatggtaaatcaactttaagctacctagtggcctttttaaggcggtgaatcactaagccacttcttctgtatgtttgtattgtactgaagattattctgtattatcgtgtctgcgaccgtgtttctttcaaggcttcgtctcatgttgaacatacatttttatgtcccccaccatagtgaatgggcattaagtgtgtcttctgtccgtccgttcatctaccaTTCATC----CGTTCG-T---------------TCA------TCCGTCTGAG-GTAAAAG-TAACT-TCTGGAGGGTTC-TCTGTAT--TTAATTAATCATTT-G---TGTG-TAA--CTGGATATTTATAAAG--TAT-------------G-ATATTTGT-A---------AAA-TTT-TACAAT---AG---TTATTG-CCCC--TTTTCAACTTAA-TTT--T-T-----T----GAAAAAAAAAA-AA-AAT----TT-GTTTCCGATCAA--------GAGT--GGG--G----GTAT-TTGTGTTGACAcgacagacgcatttat
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gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccaTAAT-ATTTTA---TTTG-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTAGGG-CCTC--TTTTCCACTTTA-TTT--T-tgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AA---TAACA-TTTGAAGGGGTC-CATGTAT--TTCATTGAT-ATTTcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTACAG-CCCC--TTTTCCACTTAT-TTT--TAT-----GC---A--------AA-AA-AAT----TC-GTTTCTTATCAAgtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTC----CATCCG-TACAATTGAT----G-TAG-AAATTTTGTTTTTTTTACCAA---TAAAT-TCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAAT-ATATTG---TGTG-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGAGG-TCCCGATTTT--ACTTAA---T--T-T-----TC---A--------GTAAA-AAA----ATGGTTTCTGATCAAT--G-CCAGAG---GCA--TTCATGTaa
gi|20                         :                                                                                                          tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCTGTC----CATCCG-TTTTTGCATCCACAG-TAA-AAAT-TTGGTTTCAA-ATGAA---TAATT-TC--------TC-----TAT--TTAATTAAT-ATTTTG---TGAGTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           attcaagtgttaca--TTTTCGACTTA---CT--T-C-----TC---A--------AT-AA-AAAA---TTGATTTCCAATCAATAA---CGGAG---ACA--TTCATGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                    ttcaaatatttattcacataattgg-------------G-TTA-AA---TTGGTTTCTG-CTGAG---TAACT-T---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-T-ATTTGG---CGTG-TAG--CTGTATAcaacagacacatttctagtct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAATGG-TCTC--TTTTT-ACTTAA-TTT--T-T-----T----G--------GT--A-AAT----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tt--TTTTAGACTTAA-CTT--T--------C---A--------GT-AA-AAAAAAATTGGTTTCTGATCAATAactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATATTA-TCCT--TTTCTGTCT--G-TTTGCT-TATCCATCCGAG--------AT-CA-AAT----T-GGTTTCCGATCAATAAA-T---------GG--TATATGTAT-TAA-ATTTAAA----GTAGGTAGCTATATTATTATAAAATACAGGTCAAGTTCAACATTT----------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT-----TTTCAACTTAATTTTTGGTAAgtgtgggcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                       aagttttgtatttactaaatgatgTC----CATCCG-A-------------GATCA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAAAT---------GGTA-TATGTAT--TAAATTTAA-A----G---TAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTATAG--CAC--TTTTCAACTTAA-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AACA---ATGGTTTCGGATCAATTAT-T--------------TCTTTTATATCA-ATCAAAATTTAATGTGTAGTTGTACAATTATGA----------AAGTTTGTTATTTTTCCGT-CA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---TATTTG-ACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAaacaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTC----CGTCCA-T----------------CA-AA---TTGGTTTCCT-ATGAA---TAACG-GCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAA-GTTTTA---TGTG-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTATGG-GTCC--TTTT-AACTTAA-ATT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTc
gi|5                          :                                                                                                           tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTC----CGGCTG-T-------------G-TTA-GA---TTATTTTCCA-ATGAA---TAATT-TCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGAT-ATTTTGAGATGTG-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGATCCCT--TTTTTTACTTAATTTT--T-T-----TT---T--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCAGATAAAAAAATTCTGAA---AGG--ATCATGCAG-TTA-ATTAATATTT-GTGTGTAGCTGCATAATTATAAAATACATGTCAAGTTTGATATTTA----TACAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCCTAATATTTC-AGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CGTC----TGTCTG-T-------------GGTCA-AA---TTGTTGTCTG-ACCAA---TAACT-TTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTAC-ATTT-G---TCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTACAG-CCCC--TTTTTAACTTAG-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTGtt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttataGTC----CGTCGGAG-------------G-TAA-AAAT-TTGGTTTTAG--TCGA---GG--T-TCTGAATGGATT-GATGTAT--TAAATTGAT-ATTTCA---TGTG-TAC--TTGTATAATTACGAAA--TACATGTC-AA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTATGG-TCCC--TGTTAGACTTAA-TTT--T-cacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|8                          :                                                                                                                                         aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttG-T-------------G-TTAGAA---TCTGTTT----GTCAAAAGTAACT--CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAAT-ATT------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTATGG-CCCC--Tcagttcaaaagtattttcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                  acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtTTCCA-TTCAA---TAACT-TCTGAAGGAGTT-TTTGTAT--TTA-TTAAT-ATTTCA---TGTG-TCGACCGGTATAATTATAAAA--TACCGGTC-TA-TTTCA-ATATTTGTCAGCGTCGGTCGAA-TTT-CACAAG---AA---TTATGG-ACCC--TTTTAAACGTAA-TTT--T-T-----T-------------GT-AA-AATA---TTGGTTTCCAATCAATAG---CAGGG---GCA--TTCGTG----TTG-ACTGACA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TTTTTATTTAAATTTTGATAAAATTTACTGATATATAAAGGGTGCAACTAACTGTGCTATGGAAAAATTTCTAAT
Unaligned ( gi|26 ): ACAAACGTTTTTATACCCTCACATAGTGAAGGGAAATTATTAAGTGTTTCACCTGTCTGTCAGTTTA
Unaligned ( gi|27 ): ATTTTGGTAAAATTTTCTAACGTATAGCTGAGGCATCCATGTCTTATGAATACCTTTCTTG
Unaligned ( gi|28 ): TGGTAAAATTTACGCACATATAGCGGGTGCATCCGTTTTCTGTGAACACATTACCAGT
Unaligned ( gi|30 ): GAAATCGACTGGTTTCTGATCAATAGCAGGTGGACACATTTCTAGTTACACAT
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Unaligned ( gi|32 ): AAATTTGAAACAGTGTAGTTTTGATTGTTGT






Alignments
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Reference ( family-416 )      :                                                                                                                                                                                                                                                           TCCGTC----CGTCCG-T-------------G-TNA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAACT-TCTGAAAGGGTC-TATGTAT--TTAATTAAT-ATTTCG---TGTG-TAG--CTGTATAATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCG-ATATTTGTCANCGTCNGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGG-CCCC--TTTTCGACTTAA-TTT--T-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCCGATCAATAAAT--C-GAG---G-G-G---TTCGTGTAT-TTAATTGANATTT-GTGTGTAGCTGTATAATTATAAAATACA-G-TCAAGTTCGATATTT-----T-CA-GTCAAATTTAACANGAGTTATGGCCCC---TATTTC-ACGTAATATTTGNTAACNTACANAGCNGGA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                      GTCCG---------------G-TAA-AA---TTGTTTTCTG-ATCAA---TAACT-TATGAAAGGGTC-TGTGAAC--TTGACAAAT-ATTGGA---CATG-TAG--CTGTATAGTAATAAAA--TACAGTTG-AA-GTTTG-ATATTTGTCAACGTCCATCAAA-CTT-TACCGG---AA---ATATGG-CCCC--TTTTCGACTT---TAT--G-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TAGGTTTCCGACCAATAGA---C-GGG---GTG-GGCATTCGTGT
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                         catgtcttgagacaattgcttctttatgcccctcccatttgaagaatgatgaaggtcgcaatacccctgtccctccgtttgtgcatgtgtatgtcttagataaaaaG---TATG-TAT--CTGTTTATTTTTAAAA--TACAGGTC-AA-GTTTA-ACCTTTGTCATCTTCATTCAAA-ATT-AACATG---AG---TTAGGG-CCCC--CTTTCAACTTAA---T--T-T-----CC---G--------GT-AATAAA----TTGGTTTCCGGTCAATAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tCGGC----CGTCTG-T-------------G-CG-------------TCCT-ATAAA---TAACT-TCTGAA-GGGTC-TATGTGT--TAAATTAAT-ATTTCA---TGTG-CAC--TTGTATAATTATATAA--CATTGGTA-AA-GTTAA-TTATTTATgggagacatctgtgtcgataggcatatttaataat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccaTAAT-ATTTTA---TTTG-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTAGGG-CCTC--TTTTCCACTTTA-TTT--T-tgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AA---TAACA-TTTGAAGGGGTC-CATGTAT--TTCATTGAT-ATTTcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTACAG-CCCC--TTTTCCACTTAT-TTT--TAT-----GC---A--------AA-AA-AAT----TC-GTTTCTTATCAAgtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTC----CATCCG-TACAATTGAT----G-TAG-AAATTTTGTTTTTTTTACCAA---TAAAT-TCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAAT-ATATTG---TGTG-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGAGG-TCCCGATTTT--ACTTAA---T--T-T-----TC---A--------GTAAA-AAA----ATGGTTTCTGATCAAT--GC--CAGAG---G-C-A---TTCATGTaa
gi|20                         :                                                                                                          tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCTGTC----CATCCG-TTTTTGCATCCACAG-TAA-AAAT-TTGGTTTCAA-ATGAA---TAATT-TC--------TC-----TAT--TTAATTAAT-ATTTTG---TGAGTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           attcaagtgttaca--TTTTCGACTTA---CT--T-C-----TC---A--------AT-AA-AAAA---TTGATTTCCAATCAATAA----CGGAG---A-C-A---TTCATGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                    ttcaaatatttattcacataattgg-------------G-TTA-AA---TTGGTTTCTG-CTGAG---TAACT-T---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-T-ATTTGG---CGTG-TAG--CTGTATAcaacagacacatttctagtct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAATGG-TCTC--TTTTT-ACTTAA-TTT--T-T-----T----G--------GT--A-AAT----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tt--TTTTAGACTTAA-CTT--T--------C---A--------GT-AA-AAAAAAATTGGTTTCTGATCAATAactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATATTA-TCCT--TTTCTGTCT--G-TTTGCT-TATCCATCCGAG--------AT-CA-AAT----T-GGTTTCCGATCAATAAAT------------G-G---TATATGTAT-TAAATTTAAA----GTAGGTAGCTATATTATTATAAAATACA-GGTCAAGTTCAACATTT----------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT-----TTTCAACTTAATTTTTGGTAAgtgtgggcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                       aagttttgtatttactaaatgatgTC----CATCCG-A-------------GATCA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAAAT---------GGTA-TATGTAT--TAAATTTAA-A----G---TAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTATAG--CAC--TTTTCAACTTAA-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AACA---ATGGTTTCGGATCAAT-TAT------------------TTCTTTTATATCAATCAAAATTTAATGTGTAGTTGTACAATTATGA-----------AAGTTTGTTATTTTTCCGT-CA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---TATTTG-ACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAaacaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTC----CGTCCA-T----------------CA-AA---TTGGTTTCCT-ATGAA---TAACG-GCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAA-GTTTTA---TGTG-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTATGG-GTCC--TTTT-AACTTAA-ATT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTc
gi|5                          :                                                                                                           tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTC----CGGCTG-T-------------G-TTA-GA---TTATTTTCCA-ATGAA---TAATT-TCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGAT-ATTTTGAGATGTG-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGATCCCT--TTTTTTACTTAATTTT--T-T-----TT---T--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCAGATAAAAAAATTCT-GAA---A-G-G---ATCATGCAG-TTAATTAATATTT-GTGTGTAGCTGCATAATTATAAAATACATG-TCAAGTTTGATATTTA----TACAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCCTAATATTTC-AGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CGTC----TGTCTG-T-------------GGTCA-AA---TTGTTGTCTG-ACCAA---TAACT-TTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTAC-ATTT-G---TCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTACAG-CCCC--TTTTTAACTTAG-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTGtt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttataGTC----CGTCGGAG-------------G-TAA-AAAT-TTGGTTTTAG--TCGA---GG--T-TCTGAATGGATT-GATGTAT--TAAATTGAT-ATTTCA---TGTG-TAC--TTGTATAATTACGAAA--TACATGTC-AA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTATGG-TCCC--TGTTAGACTTAA-TTT--T-cacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|8                          :                                                                                                                                         aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttG-T-------------G-TTAGAA---TCTGTTT----GTCAAAAGTAACT--CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAAT-ATT------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTATGG-CCCC--Tcagttcaaaagtattttcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                  acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtTTCCA-TTCAA---TAACT-TCTGAAGGAGTT-TTTGTAT--TTA-TTAAT-ATTTCA---TGTG-TCGACCGGTATAATTATAAAA--TACCGGTC-TA-TTTCA-ATATTTGTCAGCGTCGGTCGAA-TTT-CACAAG---AA---TTATGG-ACCC--TTTTAAACGTAA-TTT--T-T-----T-------------GT-AA-AATA---TTGGTTTCCAATCAATAG----C--AG---G-G-GCA-TTCGTG----TTGACTGACA
8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|23 ): TTTTTATTTAAATTTTGATAAAATTTACTGATATATAAAGGGTGCAACTAACTGTGCTATGGAAAAATTTCTAAT
Unaligned ( gi|26 ): ACAAACGTTTTTATACCCTCACATAGTGAAGGGAAATTATTAAGTGTTTCACCTGTCTGTCAGTTTA
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Reference ( family-416 )      :                                                                                                                                                                                                                                                           TCCGTC----CGTCCG-T-------------G-TNA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAACT-TCTGAAAGGGTC-TATGTAT--TTAATTAAT-ATTTCG---TGTG-TAG--CTGTATAATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCG-ATATTTGTCANCGTCNGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGG-CCCC--TTTTCGACTTAA-TTT--T-T-----TC---G--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCCGATCAATAAAT--C-GAG---G-G-G---TTCGTGTAT-TTAATTGANATTT-GTGTGTAGCTGTATAATTATAAAATACA-G-TCAAGTTCGATATTT-----T-CA-GTCAAATTTAACANGAGTTATGGCCCC---TATTTC-ACGTAATATTTGNTAACNTACANAGCNGGA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                         catgtcttgagacaattgcttctttatgcccctcccatttgaagaatgatgaaggtcgcaatacccctgtccctccgtttgtgcatgtgtatgtcttagataaaaaG---TATG-TAT--CTGTTTATTTTTAAAA--TACAGGTC-AA-GTTTA-ACCTTTGTCATCTTCATTCAAA-ATT-AACATG---AG---TTAGGG-CCCC--CTTTCAACTTAA---T--T-T-----CC---G--------GT-AATAAA----TTGGTTTCCGGTCAATAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                            tCGGC----CGTCTG-T-------------G-CG-------------TCCT-ATAAA---TAACT-TCTGAA-GGGTC-TATGTGT--TAAATTAAT-ATTTCA---TGTG-CAC--TTGTATAATTATATAA--CATTGGTA-AA-GTTAA-TTATTTATgggagacatctgtgtcgataggcatatttaataat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccaTAAT-ATTTTA---TTTG-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTAGGG-CCTC--TTTTCCACTTTA-TTT--T-tgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   AA---TAACA-TTTGAAGGGGTC-CATGTAT--TTCATTGAT-ATTTcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTACAG-CCCC--TTTTCCACTTAT-TTT--TAT-----GC---A--------AA-AA-AAT----TC-GTTTCTTATCAAgtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                             aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTC----CATCCG-TACAATTGAT----G-TAG-AAATTTTGTTTTTTTTACCAA---TAAAT-TCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAAT-ATATTG---TGTG-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGAGG-TCCCGATTTT--ACTTAA---T--T-T-----TC---A--------GTAAA-AAA----ATGGTTTCTGATCAAT--GC--CAGAG---G-C-A---TTCATGTaa
gi|20                         :                                                                                                          tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCTGTC----CATCCG-TTTTTGCATCCACAG-TAA-AAAT-TTGGTTTCAA-ATGAA---TAATT-TC--------TC-----TAT--TTAATTAAT-ATTTTG---TGAGTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           attcaagtgttaca--TTTTCGACTTA---CT--T-C-----TC---A--------AT-AA-AAAA---TTGATTTCCAATCAATAA----CGGAG---A-C-A---TTCATGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                    ttcaaatatttattcacataattgg-------------G-TTA-AA---TTGGTTTCTG-CTGAG---TAACT-T---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-T-ATTTGG---CGTG-TAG--CTGTATAcaacagacacatttctagtct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAATGG-TCTC--TTTTT-ACTTAA-TTT--T-T-----T----G--------GT--A-AAT----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tt--TTTTAGACTTAA-CTT--T--------C---A--------GT-AA-AAAAAAATTGGTTTCTGATCAATAactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATATTA-TCCT--TTTCTGTCT--G-TTTGCT-TATCCATCCGAG--------AT-CA-AAT----T-GGTTTCCGATCAATAAAT------------G-G---TATATGTAT-TAAATTTAAA----GTAGGTAGCTATATTATTATAAAATACA-GGTCAAGTTCAACATTT----------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT-----TTTCAACTTAATTTTTGGTAAgtgtgggcat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                       aagttttgtatttactaaatgatgTC----CATCCG-A-------------GATCA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAAAT---------GGTA-TATGTAT--TAAATTTAA-A----G---TAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTATAG--CAC--TTTTCAACTTAA-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AACA---ATGGTTTCGGATCAAT-TAT------------------TTCTTTTATATCAATCAAAATTTAATGTGTAGTTGTACAATTATGA-----------AAGTTTGTTATTTTTCCGT-CA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---TATTTG-ACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAaacaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                   aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTC----CGTCCA-T----------------CA-AA---TTGGTTTCCT-ATGAA---TAACG-GCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAA-GTTTTA---TGTG-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTATGG-GTCC--TTTT-AACTTAA-ATT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTc
gi|5                          :                                                                                                           tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTC----CGGCTG-T-------------G-TTA-GA---TTATTTTCCA-ATGAA---TAATT-TCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGAT-ATTTTGAGATGTG-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGATCCCT--TTTTTTACTTAATTTT--T-T-----TT---T--------GT-AA-AAT----TTGGTTTCAGATAAAAAAATTCT-GAA---A-G-G---ATCATGCAG-TTAATTAATATTT-GTGTGTAGCTGCATAATTATAAAATACATG-TCAAGTTTGATATTTA----TACAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCCTAATATTTC-AGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAactgacactattatagcgggggcatctgtttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CGTC----TGTCTG-T-------------GGTCA-AA---TTGTTGTCTG-ACCAA---TAACT-TTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTAC-ATTT-G---TCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTACAG-CCCC--TTTTTAACTTAG-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTGtt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                       gtctatccatctgttcagttgttcatttgtctgtttataGTC----CGTCGGAG-------------G-TAA-AAAT-TTGGTTTTAG--TCGA---GG--T-TCTGAATGGATT-GATGTAT--TAAATTGAT-ATTTCA---TGTG-TAC--TTGTATAATTACGAAA--TACATGTC-AA-GCTCA-ATAATTTTCAATGACAGTCAAA-TTT-GACAGT---GG---TTATGG-TCCC--TGTTAGACTTAA-TTT--T-cacatatatagtaggggaatcatccaaagcttatttcaaggactggtacaattcttggggcatttgtggttttcaaatgctttcttgttaaacatattttgtatattgttgt
gi|8                          :                                                                                                                                         aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttG-T-------------G-TTAGAA---TCTGTTT----GTCAAAAGTAACT--CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAAT-ATT------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTATGG-CCCC--Tcagttcaaaagtattttcaatat
gi|9                          :                                                                                                                                                  acttttaatttaatatcagatggttgtttgtttaagcttgagttatatgtatcaaataattgtgttttattatgcttctgacattcaaagaatggtgaatgggctttaagtgttttccttgtgtgtcagtttgtgcattagtgtgtgtgtgtTTCCA-TTCAA---TAACT-TCTGAAGGAGTT-TTTGTAT--TTA-TTAAT-ATTTCA---TGTG-TCGACCGGTATAATTATAAAA--TACCGGTC-TA-TTTCA-ATATTTGTCAGCGTCGGTCGAA-TTT-CACAAG---AA---TTATGG-ACCC--TTTTAAACGTAA-TTT--T-T-----T-------------GT-AA-AATA---TTGGTTTCCAATCAATAG----C--AG---G-G-GCA-TTCGTG----TTGACTGACA


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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-TGT--C-T-----TA---G--------AT-AA-AAA------GGT-CTCTGATCA--ATA----AAT--TGA---GAAAGGGATT-GTGTAT-ATAATT-G----ATATTTCATGT-GTAGCtggtcacttttctaatt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                              catgtcttgagacaattgcttctttatgcccctcccatttgaagaatgatgaaggtcgcaatacccctgtccctccgtttgtgcatgtgtGGTCTCTG-ATCAA---TAAAT-TGAGAAAGGGAT-TGTGTAT--ATAATTGAT-ATTTCA---TGTG-TAG--C
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                          catgtcttgagacaattgcttctttatgcccctcccatttgaagaatgatgaaggtcgcaatacccctgtccctccgtttgtgcatgtgtatgtcttagataaaaaG---TATG-TAT--CTGTTTATTTTTAAAA--TACAGGTC-AA-GTTTA-ACCTTTGTCATCTTCATTCAAA-ATT-AACATG---AG---TTAGGG-CCCC--CTTTCAACTTAA---T--T-T-----CC---G--------GT-AATAAA----TTGGT-TTCCGGTCA--ATA----AG----GG---A---GACATCTGTGT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           tTCCT-ATAAA---TAACT-TCTGAA-GGGTC-TATGTGT--TAAATTAAT-ATTTCA---TGTG-CAC--TTGTATAATTATATAA--CATTGGTA-AA-GTTAA-TTATTTATcgataggcatatttaataat
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                          ttatgcccctgacatcggagtaatggtaaaggggcattaagttttatccacggccgtctgtgcgTAAT-ATTTTA---TTTG-TAC--CTATATTATTATATAA--TACAGGTC-AT-GTTAA-ATATTAGTCATTGTTGGCAAAA-TTT-TA-AGG---AG---TTAGGG-CCTC--TTTTCCACTTTA-TTT--T-tgat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AA---TAACA-TTTGAAGGGGTC-CATGTAT--TTCATTGAT-ATTTcaaactaataatttacatggttata
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TTG-ATATTTGTCAACGGCTGACATA-CTT-TACAGG---A----TTACAG-CCCC--TTTTCCACTTAT-TTT--TAT-----GC---A--------AA-AA-AAT----TC-GT-TTCTTATCA--Agtcaacggctgacatactttacaggattacagccccttttccacttatttttatgcaaaaaaattcgtttcttatcaaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                          aataacatttgaaggggtccatgtatttcaTCTGTC----CATCCGT----------ACAATTGATGTAG-AAATTTTGTTTTTTTTACCAA---TAAAT-TCTGAAGGGGTT-TATGCATAGTTAATTAAT-ATATTG---TGTG-TAC--CTGTATACTTATAAAT--TACAGGTC-AA-GTGTT-ATATTTGTTAACATCTTTTAAA-TTT-T-CAGG---AG---TTGAGG-TCCCGATTTT--ACTTAA---T--T-T-----TC---A--------GTAAA-AAA----ATGGT-TTCTGATCA--AT-----GC---CAG---A---GGCATTCATGTaa
gi|20                         :                                                                                       tttagatctgtgtagaaaatgtttgaatgttatagtattatgtgttctgtataatagtttctgtgtgtacaactgttttgcatcctaatcggtgcttttttaggcccagccattcaaacaatggtgaagggttttgagtgttaccTCCGTTTTTGCATCCAC----------A--------GTAA-AAAT-TTGGTTTCAA-ATGAA---TAATT-TC--------TC-----TAT--TTAATTAAT-ATTTTG---TGAGTTAA--CTGTATAcaacagacacatttcta
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    attcaagtgttacatctgtcca--TTTTCGACTTA---CT--T-C-----TC---A--------AT-AA-AAAA---TTGAT-TTCCAATCA--AT-----AA---CGG---A---GACATTCATGT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                           ttcaaatatttattcacataattgg--------GTTA-AA---TTGGTTTCTG-CTGAG---TAACT-T---AAAGGGTC-TATATAT--CT---TA-T-ATTTGG---CGTG-TAG--CTGTATAcaacagacacatttctagtct
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tccGTCTGTCAAA-TTA-T-CAGG---AG---TAATGG-TCTC--TTTTT-ACTTAA-TTT--T-T-----T----G--------GT--A-AAT----TT
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        tt--TTTTAGACTTAA-CTT--T--------C---A--------GT-AA-AAAAAAATTGGT-TTCTGATCA--AT-----AG---TGT---G---GGCATactgacata
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aGTCAGT-AAT-TTT-TGCAGT---AG---ATATTA-TCCT--TTTCTGTCT--G-TTTGCT-TATCCATCCGAG--------AT-CA-AAT----T-GGT-TTCCGATCA--ATA----AA---T---------GGTAT--ATGTAT-TAAATT-T----AAA----GTAG-GTAGCTATATTATTATAAAATACAGGTCAAGTTCAACATTT----------GTTAAATTTAACATGAGTTATAGCACT-----TTTCAACTTAATTTTTGGTAA
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                    aagttttgtatttactaaatgatgTC----CATCCGA----------G--------ATCA-AA---TTGGTTTCCG-ATCAA---TAAAT---------GGTA-TATGTAT--TAAATTTAA-A----G---TAGG-TAG--CTATATTATTATAAAA--TACAGGTC-AA-GTTCA-ACATTT----------GTTAAA-TTT-AACATG---AG---TTATAG--CAC--TTTTCAACTTAA-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AACA---ATGGT-TTCGGATCA--ATT----A-----------------TTTCTTTTATATCAATC-A----AAATTTAATGT-GTAGTTGTACAATTATGA----------AAGTTTGTTATTTTTCCGT-CA-GTCATATTTTACAAGAGTTATGTTCCC---TATTTG-ACATAATATTTGAT-ACATATATAGCAGGAaacaatggtttcggatcaattatttcttttatatcaatcaaaatttaatgtgtagttgtacaattatgaaagtttgttatttttccgtcagtcatattttacaagagttatgttccctatttgacataatatttgatacatatatagcaggac
gi|4                          :                                                                                                                                                                aagttttgtatttactaaatgatggtcagtaatttttgcagtagatattatccttttctgtctgtttgcttaTCCGTC----CGTCCAT---------------------CA-AA---TTGGTTTCCT-ATGAA---TAACG-GCTGAAATTTTC-TACATAT--TTGATTAAA-GTTTTA---TGTG-TAG--CTGTATAGTTATAAAG--TA-AGGTC-AA-GTTTGCATTTTTG-CAATGTTAGTCAAGTTTT-TAAAGA---AG---TTATGG-GTCC--TTTT-AACTTAA-ATT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTA-----CTGA-CA--CTATTATAG---CGG---G---GGCATCTGTc
gi|5                          :                                                                                        tttatatttgtagtgtttgtatactattgtaacgtcagtcctttcttgtatagagtaatttacataatgtgcaattttcaaactccagccattccgagaatggtaaacggacattattgttacccatgttcatccgttcgtgcaTCCGTC----CGGCTGT----------G---------TTA-GA---TTATTTTCCA-ATGAA---TAATT-TCTGAAAGTGTC-TATGTAT--TTAATTGAT-ATTTTGAGATGTG-TAG--CTCTATAATTATAAAA--TACTGGTC-AA-GTTTG-ATATTTGTCATTATCAGTCAAA-TTT-TACAGG---AG---TTATGATCCCT--TTTTTTACTTAATTTT--T-T-----TT---T--------GT-AA-AAT----TTGGT-TTCAGATAA--AAA----AATTCTGA---A---AGGA-TCATGCAG-TTAATT-A----ATATTT-GTGT-GTAGCTGCATAATTATAAAATACATGTCAAGTTTGATATTTA----TACAGGTCAAATTTACCAGGAATTATGGCCCCTAATATTTC-AGGTTACATTTGCTAACTTACAGAGCTGGAttcccacggatacatttctagtt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                          CGTC----TGTCTGT----------G--------GTCA-AA---TTGTTGTCTG-ACCAA---TAACT-TTTGAAAGTGTA-TATATAT--TTAAATTAC-ATTT-G---TCGG-TAA--CTGTAAAATTATAAAAAATACTGGTC-AA-ATTGG-GTATTTGCCAGTGTCTGTCAAA-TTT-TACAAG---AG---TTACAG-CCCC--TTTTTAACTTAG-TTT--T-T----------G--------GT-AA-AAT----TTGtt
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gi|8                          :                                                                                                                      aacttttttaaaaagtttaaacatggatgtgttgctttaaagtaccaaatggttgtttattaaaagtatgtctccaccattcagaggaggatgaaggggcattaaatgtaatctctgctcatttgttttGT----------G--------TTAG-AA---TCTGTTT----GTCAAAAGTAACT--CTGAAAGGGTA-TTTTTAT--TCAATTAAT-ATT------------AG--CTGTATGATTATAAAA--TACAGGTA-AA-GTTTG-ATACTTGTCAATGTT--TCAGA-TTT-TACAGC---AG---TTATGG-CCCC--Tcagttcaaaagtattttcaatat
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8 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): CATTATTTCTCAATGTGTTTAAAAAAATTATTCCAGTCAACAGAGAGTGCATTCATGTCAACAGACACATTTCCAGTT
Unaligned ( gi|23 ): TTTTTATTTAAATTTTGATAAAATTTACTGATATATAAAGGGTGCAACTAACTGTGCTATGGAAAAATTTCTAAT
Unaligned ( gi|26 ): ACAAACGTTTTTATACCCTCACATAGTGAAGGGAAATTATTAAGTGTTTCACCTGTCTGTCAGTTTA
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Unaligned ( gi|28 ): TGGTAAAATTTACGCACATATAGCGGGTGCATCCGTTTTCTGTGAACACATTACCAGT
Unaligned ( gi|30 ): GAAATCGACTGGTTTCTGATCAATAGCAGGTGGACACATTTCTAGTTACACAT
Unaligned ( gi|31 ): CCAACCAATAGCAACGGCATTGTGTTGAGACACATTTCTAAT
Unaligned ( gi|32 ): AAATTTGAAACAGTGTAGTTTTGATTGTTGT