lowQualScore : 2222222222222222222222222222222
lowQualScore : 66666 7777777777777777777777777777777 22222 1111111111 111 4444444444444444444444444444444444444444 11111 1 33333 2 55555555555555555555
lowQualScore : 00000 6 3333333333333333333333333333333 6 6 44 99999 9 55 77777 66 3333333333 77 4 4 4 111 4444444444444444444444444444444444444444 44444 5 3 5 777 6 1 1 00000 33 0 3 11111111111111111111
lowQualScore : ..... . ............................... . . .. ..... . .. ..... .. .......... .. . . . ... ........................................ ..... . . . ... . . . ..... .. . . ....................
lowQualScore : 00000 0 0000000000000000000000000000000 0 0 33 00000 0 55 44444 22 9999999999 99 0 0 0 000 9999999999999999999999999999999999999999 33333 7 9 7 444 2 0 4 00000 22 0 0 55555555555555555555
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACACAGA--CTAACCTGAGAGTAACTAGCCATTTGAACAGAGCGTACATCGTTT---GNCTCTCAGTCAG--TA---TCTTA-TTAACAC---CCC----TTCCAAA-TG-ATA-AT---GGAA---T---GGTC-C--AA---------A------T-AA-G-ATG-----GAAG-AGTCTA-TTA-TAGANATTCAGCAAGTT---AANGGTATGAACGCNGTAGAAGCATG-TAATTT-GAA
Reference ( gi|1 ) : AAGAAACTTACATAGACACGGATCCT---CTGAGTGT-----GC---TT----AGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAG--TAG--TCTTA-TTAACAC---CTC----TTCTAAA-TG-ATA-AT---GGAA---T---GATC-C--AA---------A------T-AA-G-ATG-----GAAG-AATCTA-TTA-TGGACATTCAGCAAGCC---AGGGGT-TGAAAACT---GAA--ATGTTAGTTTAGAA
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACACAGA--CTAACCTGAGAGTAACTAGCCATTTGAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAA--T----TCTTA-TCACAAC---CCC----TTTCAA-----ATA-AT---GAAA---T---
gi|14 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAG--T--------------CAA---CTC----TT---AA-TG-GAA-AC---AGAA---T---AGTT-C--AACTCCAATACA------T-AT-A-ATG-----GAAG-AATCTA-TTA-GAGAAATTAAGGATGTC---AGtggcca
gi|12 : tCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGTATAT--TCTTACCTAAACC---CAT----TTATAAA--G-ATA-AT---GGAAAAGTAAAAATA-T--AA---------A------TAAA-A-ATG-----GAAG-GGTCTA-TTA-CAGGTTTTAAGC
gi|19 : TACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAG--TAG--TTTTA-TTAACAA---TTA----TTTTAAA-TG-ATA-AT---GGAA---C---GATC-A--AA---------A------
gi|13 : ttACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAG--TAA--TTTTA-TGAACGC---C-CAAAGTTTTGAA-TG-ATA-AT---GGAA---T---GGTT-TAAAA---------A------T-GATG-ATG-----GATG-AGTCTT-TTA-TGGA-ATTTAGCAAG
gi|4 : ACATTGTTT---GACTCTTAGTCAG--AAAGTTCTTG-TTAACTG---TGC----TTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|6 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccagacaacacagacgcagaccggtctgcctgcaactaacctgcaatctgatcagtgtgaCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAA--TATATTCTTA-TTTATAC---TTT----TTCAAAG-TG-ATA-ACATGGGAA---T---GGTC-T--AA---------ACACATTT-AG-G-ATA-----GTAA-AGTGTATTTA-AAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAAGCA---GAAGCATG-TAATTT-GAAcca
gi|15 : gccattCATTGTTTATAGACTTTCTGTCAG--TA-----------AACAA---CCC----TTCAAAC-TG-AAACATC--GGGA---T---GGTC-C--AA---------AAT----T-AA-GGATG-----GAATTAGTCCA-TTA-TAGAAACTCAGCAA
gi|9 : CATCAATT---GGTTCTGTGGTGA--TAA--ACTC--TTAAGACAAACTC----TTCCAAA-TA-ATA-AT---GGAA---T---GG------AA---------A------T-GA---ATGTACATTAAG-AGTCTA-TAT-TAGATCTTCAGCATTTT---AATGGT-TGAACATTGTAGAA--AT
gi|18 : TGTCAG--TA----CGTA-TTAACAC---CCA----TTGTAAA-TG-ATA-AT---GGAA---T---GTTTAC--AA---------A--------AA-A-A--------AAG-AGTCTG-TTACTGG
8 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|3 ): ACAGTAATTAAGCAACTCATGATCTGATCAACCTCACATTGTTTGTCTCTCAGTCAGTAATATAGAACATGCTTTCTGTTACCATTTGCAGATAATGTAGACGCAGATCAGTAATTAAGTTACTCATGGTCTGATCAACCTCACATTGTTTGTCTCTCAGTCAGTA
Unaligned ( gi|5 ): TTATAGTTTGCTGTTCAATGAAACCATTTACAAACAATGCAGACAGTGACCTCAGTTTATGACTTGCTGGTTTGATCAGGATCTACATTGTCTGACTCTCATTCAGTAAAATCTCATTTACACGACCTTCCAAATGACTGTGGATTTATCTCCCAAAACAA
Unaligned ( gi|7 ): AACAAACAAGACATTGGCATCTTCATTGTTAGCTTGGTATTTTCATCAATGACATTATTTACAAACAATGTATACCTCAAGACAAGCCTGTGAATAACTCATCAGTCTACATGGTTCGAGTCTCAGTCAGGTAATTCTAAATTAT
Unaligned ( gi|8 ): GCAGATTAAGCTGCCCATGGGTATTATCAATGTCAGATTAGGGTTTACATATTTTAGCTCTCAGTCAATAATTACTGTTCATTTATTTGCAAACAATGTAAACCCAGACTGCCAGCATTTTAGTCAGTCATGGT
Unaligned ( gi|10 ): TCATAACTTGCTGTGATCATCAATACTATACCATATGCAAACAATATAGACCCAGGGTAGCCTGCGACTTACTAGTCTGGACAGGATCTACATTGTTTGGGTTTTAGTTGATAAATTTTATATTAACC
Unaligned ( gi|11 ): TTATGCCATTTGCAAACAATGTAGATCAAGGTCAGCCTGCATGTTACTCACTGTCATATCAGTGTCTTCTTTGCTTATCTCTCAGTCCATAAATTCTCGTTAACACCCCTTCT
Unaligned ( gi|16 ): TACCATTATCAGCGAACAATGTAAACCCAAATAAGCCTGCAATTAACTCTTGCTCTGATTATGGTATACATTTTTTGGCCTTCAGCCATAAATTTTTAT
Unaligned ( gi|17 ): TGTACCATATATACAAACATTGTAGACCATATCAGTCTGCAAGTTACTCAGTCAGTTCAGTCTACATTGTTTCCCTCCCAGTCAGTCAACTC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111 1111111111 66666666666666666666666666 22222222222222 1111 44444444444444444444444444444 11111 222222 222
lowQualScore : 4 4 666666666666666 2222222222 33333333333333333333333333 4 444 1 99999999999999 555 88888888888 777 3 3 999 0000 44444444444444444444444444444 22222 5 5 0 6 1 888888 2 666
lowQualScore : . . ............... .......... .......................... . ... . .............. ... ........... ... . . ... .... ............................. ..... . . . . . ...... . ...
lowQualScore : 0 0 111111111111111 4444444444 88888888888888888888888888 2 111 0 00000000000000 000 88888888888 666 3 3 222 2222 22222222222222222222222222222 55555 0 0 3 6 0 000000 5 000
consensus : AAGAAACA-ATGTAGA-CGC---AGA--CCAGCCTGC--GAGTA--ACT-A--GCC----A-TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT--A---T---CT--TATTAAC---AC---C-C-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATG-----GAAG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GT-TGAACGCTGTAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGA-CAC---AGA--CTAACCTGA--GAGTA--ACT-A--GCC----A-TTTGAACAGAGCGTACATCGTTT---GNCTCTCAGTCAGT--A---T---CT--TATTAAC---AC---C-C-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATG-----GAAG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTATGAACGCNGTAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGA-CAC---GGATCCT---CTGA--GTGT----------GC--------TT----AGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAGT--AG--T---CT--TATTAAC---AC---C-T-C---TTCT-AAAT-GATA-AT---GGAATGATC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATG-----GAAG-AATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GT-TGAA
gi|10 : AAACA-ATATAGA-CCC---AGG--GTAGCCTGC--GACTT--ACT-A--GTC--------TGGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTGATAAA---T---TTTATATTAAC---aactgaaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA----AGG--TCAGCCTGC--ATGTT--ACTCACTGTC----A-TAT---CAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCCAT--AAATT---CT--CGTTAAC---AC---C-C-C---TTCc
gi|12 : ttatgccatttgcTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGT--A---T---AT--TCTTACCTAAAC---C-CAT---TTAT-AAA--GATA-AT---GGAAAAGTA-A--AA---------A------TATAAATAAA-A-ATG-----GAAG-GGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : cACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAGT--AA--T---TT--TATGAAC---GC---C-C-AAAGTTTT-GAAT-GATA-AT---GGAATGGTT-TAAAA---------A------T-------GATG-ATG-----GATG-AGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT--------------------C---AA---C-T-C---TT----AAT-GGAA-AC---AGAATAGTT-C--AACTCCAATACA------T-------AT-A-ATG-----GAAG-AATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : tcCATTGTTTATAGACTTTCTGTCAGT--A---------------AAC---AA---C-C-C---TTCA-AACT-GAAACATC--GGGATGGTC-C--AA---------AAT----T-------AA-GGATG-----GAATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAA-CCC---AAA--TAAGCCTGC--AATTA--ACT-CTTGC-------TCTGATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGA-C-C---ATA--TCAGTCTGC--AAGTT--ACTCA--GTC----A-GTT---CAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT--taaatttttat
gi|18 : tgtaccatatatacGTCAGT--A-------CG--TATTAAC---AC---C-C-A---TTGT-AAAT-GATA-AT---GGAATGTTTAC--AA---------A--------------AA-A-A--------AAG-AGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAGT--AG--T---TT--TATTAAC---AA---T-T-A---TTTT-AAAT-GATA-AT---GGAACGATC-A--AA---------A------ctgggagcaa
gi|2 : ttAAGAAACA-ATGTAGA-CAC---AGA--CTAACCTGA--GAGTA--ACT-A--GCC----A-TTTGAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAAT------T---CT--TATCACA---AC---C-C-C---TTTC-AA----ATA-AT---GAAATTGGC-C--A
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCA--ACT-C--ATG----A-TCTGATCA-ACCTCACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT--A---
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGA-CGC---AGA--TCAG--TAATTAAGTT--ACT-C--ATG----G-TCTGATCA-ACCTCACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT--A---atatagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGA-CGC---AGA--CCGGTCTGC--CTGCA--ACT-A--ACCTGCAA-TCTGATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCAGA--AAGTT---CT--TGTTAAC---TG---T-G-C---TTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGA-CA-----G----TGACCTCA--GTTTATGACT-T--GCT----GGTTTGATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCAGT--AAAAT---CT--CATTTAC---AC---GAC-C---TTCC-AAAT-GACT-GT---GGAcca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAAT--A---TATTCT--TATTTAT---AC---T-T-T---TTCA-AAGT-GATA-ACATGGGAATGGTC-T--AA---------ACACATTT-------AG-G-ATA-----GTAA-AGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAAGC---AGAAGCATGTAATTTGAAtttatctcccaaaacaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATA-C-CTCAAGA--CAAGCCTGT--GAATA--ACT------C----A-TC-------AGTCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAG
gi|9 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttacTTAAG---ACAAAC-T-C---TTCC-AAAT-AATA-AT---GGAATGG------AA---------A------T-------GA---ATGTACATTAAG-AGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GT-TGAACATTGTAGAAgtaattctaaattat
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): GCAGATTAAGCTGCCCATGGGTATTATCAATGTCAGATTAGGGTTTACATATTTTAGCTCTCAGTCAATAATTACTGTTCATTTATTTGCAAACAATGTAAACCCAGACTGCCAGCATTTTAGTCAGTCATGGT
Alignments
lowQualScore : 11111 333333333333 222222222222222 11111111 1111 44444444444444444444444444444 11111 222 1 111111
lowQualScore : 4 11111 1 55 0 7777 33 888888888888 44 5 333 1 666666666666666 555 00000000 777 3 3 999 0000 44444444444444444444444444444 22222 5 5 0 6 1 333 3 111111
lowQualScore : . ..... . .. . .... .. ............ .. . ... . ............... ... ........ ... . . ... .... ............................. ..... . . . . . ... . ......
lowQualScore : 0 22222 0 00 4 7777 55 999999999999 66 2 999 0 666666666666666 000 66666666 666 3 3 222 2222 22222222222222222222222222222 55555 0 0 3 6 0 333 3 333333
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGATC--AGCCTGC----GAGTNACT-N--GCC----ATCT--GATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC---CTTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GT-TGAAAACTGTAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGACC--AGCCTGC----GAGTAACT-A--GCC----ATCT--GATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC---CTTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GT-TGAACGCTGTAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGACAC---GGATC-----CTCT----GAGTG-----------------T--GCTTAGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAGT---AG--T---CT--TATTAAC---AC---CT---CTTCT-AAAT-GATA-AT---GGAATGATC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GT-TGAAAACTG
gi|10 : AAACA-ATATAGACCC---AGGGT--AGCCTGC----GACTTACT-A--G-------TCT--GGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTGATAA-A---T---TTTATATTAAC---aaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA---AGGTC--AGCCTGC----ATGTTACT-C--ACT----GTCA--TATCAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCCAT---AAATT---CT--CGTTAAC---AC---CC---CTTCc
gi|12 : ttatgccatttgcCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGT---A---T---AT--TCTTACCTAAAC---CCA--TTTAT-AAA--GATA-AT---GGAAAAGTA-A--AA---------A------TATAAATAAA-A-ATGGA-----AG-GGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : ACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAGTA--A---T---TT--TATGAAC---GC---CCAAAGTTTT-GAAT-GATA-AT---GGAATGGTT-TAAAA---------A------T-------GATG-ATGGA-----TG-AGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---------------------C---AA---CT---CTT----AAT-GGAA-AC---AGAATAGTT-C--AACTCCAATACA------T-------AT-A-ATGGA-----AG-AATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : CATTGTTTATAGACTTTCTGTCAGT---A---------------AAC---AA---CC---CTTCA-AACT-GAAACATC--GGGATGGTC-C--AA---------AAT----T-------AA-GGATGGA-----ATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAACCC---AAATA--AGCCTGC----AATTAACT-CTTGC------TCT--GATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGAC-C---ATATC--AGTCTGC----AAGTTACTCA--GTC----A-----GTTCAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---taaatttttat
gi|18 : tgtaccatatatacGTCAGT---A-------CG--TATTAAC---AC---CC---ATTGT-AAAT-GATA-AT---GGAATGTTTAC--AA---------A--------------AA-A-A---A-----AG-AGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTTTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAGT---AG--T---TT--TATTAAC---AA---TT---ATTTT-AAAT-GATA-AT---GGAACGATC-A--AA---------A------ctgggagcaa
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACAC---AGACT--AACCTGA----GAGTAACT-A--GCC----ATTT--GAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAAT-------T---CT--TATCACA---AC---CC---CTTTC-AA----ATA-AT---GAAATTGGC-C--A
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCAACT-C--ATG----ATCT--GATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGACGC---AGATC--AGTAATT----AAGTTACT-C--ATG----GTCT--GATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---atatagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGACGC---AGACC--GGTCTGC----CTGCAACT-A--ACCTGCAATCT--GATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCAGA---AAGTT---CT--TGTTAAC---TG---TG---CTTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGACAG---TGACCTCAGTTTAT----GACTTGCT-G--G-------TTT--GATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCAGTAAAA---T---CT--CATTTAC---ACG--AC---CTTCC-AAAT-GACT-GT---GGAcca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAAT---A---TATTCT--TATTTAT---AC---TT---TTTCA-AAGT-GATA-ACATGGGAATGGTC-T--AA---------ACACATTT-------AG-G-ATAGT-----AA-AGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAAGC---AGAAGCATGTAATTTGAAtttatctcccaaaacaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATAC-CTCAAGACA--AGCCTGT----GAATAACT------C----ATC---------AGTCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAG
gi|8 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttacGC---AGATT--AAGCTGCCCATGGGTA-TT-A--TCA----ATGTCAGATTAGGGTTTACATATTTT---AGCTCTCAGTCAAT---A---gtaattctaaattat
gi|9 : TTAAG---ACAAACT---CTTCC-AAAT-AATA-AT---GGAATGG------AA---------A------T-------GA---ATGTACATTAAG-AGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GT-TGAACATTGTAGAAattactgttcatttatttgcaaacaatgtaaacccagactgccagcattttagtcagtcatggt
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 333333333 222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 11111 222 1
lowQualScore : 4 11111 2222 7777 6666 444444444 99 333 1 666666666666666 555 8888888888 777 3 3 999 0000 44444444444444444444444444444 22222 5 5 0 6 1 333 2
lowQualScore : . ..... .... .... .... ......... .. ... . ............... ... .......... ... . . ... .... ............................. ..... . . . . . ... .
lowQualScore : 0 22222 7777 7777 0000 333333333 00 999 0 777777777777777 000 8888888888 666 3 3 222 2222 22222222222222222222222222222 55555 0 0 3 6 0 333 0
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGC----GAGTNA--CTC-GC-A---TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGC----GAGTNA--CTN-GCCA---TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGTAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGACAC---GGA----TC---CTCT----GAGTG----------------TGCTTAGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAGT---AG--T---CT--TATTAAC---AC---CT-C---TTCT-AAAT-GATA-AT---GGAATGATC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GTTGAAAACTG
gi|10 : AAACA-ATATAGACCC---AGG----GTAGCCTGC----GACTTA--CTA-G------TCTGGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTGATAA-A---T---TTTATATTAAC---aaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA---AGG----TCAGCCTGC----ATGTTA--CTC-ACTG---TCATATCAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCCAT---AAATT---CT--CGTTAAC---AC---CC-C---TTCc
gi|12 : ttatgccatttgcCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGT---A---T---AT--TCTTACCTAAAC---CCAT---TTAT-AAA--GATA-AT---GGAAAAGTA-A--AA---------A------TATAAATAAA-A-ATGGA-----AG-GGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : ACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAGT---AA--T---TT--TATGAAC---GC---CC-AAAGTTTT-GAAT-GATA-AT---GGAATGGTT-TAAAA---------A------T-------GATG-ATGGA-----TG-AGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---------------------C---AA---CT-C---TT----AAT-GGAA-AC---AGAATAGTT-C--AACTCCAATACA------T-------AT-A-ATGGA-----AG-AATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : CATTGTTTATAGACTTTCTGTCAGT---A---------------AAC---AA---CC-C---TTCA-AACT-GAAACATC--GGGATGGTC-C--AA---------AAT----T-------AA-GGATGGA-----ATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAACCC---AAA----TAAGCCTGC----AATTAACTCTT-GC-----TCTGATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGAC-C---ATA----TCAGTCTGC----AAGTTA--CTCAGTCA------GTTCAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---taaatttttat
gi|18 : tgtaccatatatacGTCAGT---A-------CG--TATTAAC---AC---CC-A---TTGT-AAAT-GATA-AT---GGAATGTTTAC--AA---------A--------------AA-A-A---A-----AG-AGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTTTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAGT---AG--T---TT--TATTAAC---AA---TT-A---TTTT-AAAT-GATA-AT---GGAACGATC-A--AA---------A------ctgggagcaa
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACAC---AGA----CTAACCTGA----GAGTAA--CTA-GCCA---TTTGAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAAT-------T---CT--TATCACA---AC---CC-C---TTTC-AA----ATA-AT---GAAATTGGC-C--A
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCAA--CTC-ATGA---TCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGTAATT----AAGTTA--CTC-ATGG---TCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---atatagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGACGC---AGACCGGTCTGCCTGC----AACTAA--CCT-GCAA---TCTGATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCAGA---AAGTT---CT--TGTTAAC---TG---TG-C---TTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGACAG---TGACC--TCAGTTTAT----GACTTG--CTG-G------TTTGATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCAGTAAAA---T---CT--CATTTAC---ACG--AC-C---TTCC-AAAT-GACT-GT---GGAcca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAAT---A---TATTCT--TATTTAT---AC---TT-T---TTCA-AAGT-GATA-ACATGGGAATGGTC-T--AA---------ACACATTT-------AG-G-ATAGT-----AA-AGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAA--GCAGAAGCATGTAATTTGAAtttatctcccaaaacaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATAC-CTCAAGA----CAAGCCTGT----GAATAA--CTC------------ATCAG--TCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAG
gi|8 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttacGC---AGA----TTAAGCTGCCCATGGGTA----TT-ATCAATGTCAGATTAGGGTTTACATATTTT---AGCTCTCAGTCAAT---A---gtaattctaaattat
gi|9 : TTAAG---ACAAACT-C---TTCC-AAAT-AATA-AT---GGAATGG------AA---------A------T-------GA---ATGTACATTAAG-AGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GTTGAACATTGTAGAAattactgttcatttatttgcaaacaatgtaaacccagactgccagcattttagtcagtcatggt
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 44444444444 222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 11111 222 1
lowQualScore : 4 11111 2222 7777 4 88888888888 99 333 1 666666666666666 555 8888888888 777 3 3 999 0000 44444444444444444444444444444 22222 5 5 0 6 1 333 2
lowQualScore : . ..... .... .... . ........... .. ... . ............... ... .......... ... . . ... .... ............................. ..... . . . . . ... .
lowQualScore : 0 22222 7777 7777 2 77777777777 00 999 0 777777777777777 000 8888888888 666 3 3 222 2222 22222222222222222222222222222 55555 0 0 3 6 0 333 0
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGC----GAGTNACTC--G-C-G---TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGC----GAGTNACTC--G-C-A---TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGACAC---GGA----TC---CTCT----GAGTG----------------TGCTTAGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAGT---AG--T---CT--TATTAAC---AC---CT-C---TTCT-AAAT-GATA-AT---GGAATGATC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GTTGAAAACTG
gi|10 : AAACA-ATATAGACCC---AGG----GTAGCCTGC----GACTTACTA--G-------TCTGGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTGATAA-A---T---TTTATATTAAC---aaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA---AGG----TCAGCCTGC----ATGTTACTC--A-CTG---TCATATCAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCCAT---AAATT---CT--CGTTAAC---AC---CC-C---TTCc
gi|12 : ttatgccatttgcCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGT---A---T---AT--TCTTACCTAAAC---CCAT---TTAT-AAA--GATA-AT---GGAAAAGTA-A--AA---------A------TATAAATAAA-A-ATGGA-----AG-GGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : ACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAGT---AA--T---TT--TATGAAC---GC---CC-AAAGTTTT-GAAT-GATA-AT---GGAATGGTT-TAAAA---------A------T-------GATG-ATGGA-----TG-AGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---------------------C---AA---CT-C---TT----AAT-GGAA-AC---AGAATAGTT-C--AACTCCAATACA------T-------AT-A-ATGGA-----AG-AATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : CATTGTTTATAGACTTTCTGTCAGT---A---------------AAC---AA---CC-C---TTCA-AACT-GAAACATC--GGGATGGTC-C--AA---------AAT----T-------AA-GGATGGA-----ATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAACCC---AAA----TAAGCCTGC----AATTAACTCTTG-C-----TCTGATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGAC-C---ATA----TCAGTCTGC----AAGTTACTC--A---G---TCAGTTCAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---taaatttttat
gi|18 : tgtaccatatatacGTCAGT---A-------CG--TATTAAC---AC---CC-A---TTGT-AAAT-GATA-AT---GGAATGTTTAC--AA---------A--------------AA-A-A---A-----AG-AGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTTTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAGT---AG--T---TT--TATTAAC---AA---TT-A---TTTT-AAAT-GATA-AT---GGAACGATC-A--AA---------A------ctgggagcaa
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACAC---AGA----CTAACCTGA----GAGTAACTA--GCC-A---TTTGAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAAT-------T---CT--TATCACA---AC---CC-C---TTTC-AA----ATA-AT---GAAATTGGC-C--A
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCAACTC--A-TGA---TCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGTAATT----AAGTTACTC--A-TGG---TCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---atatagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGACGC---AGACCGGTCTGCCTGC----AACTAACCT--G-C-AA--TCTGATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCAGA---AAGTT---CT--TGTTAAC---TG---TG-C---TTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGACAG---TGACC--TCAGTTTAT----GACTTGCTG--G-------TTTGATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCAGTAAAA---T---CT--CATTTAC---ACG--AC-C---TTCC-AAAT-GACT-GT---GGAcca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAAT---A---TATTCT--TATTTAT---AC---TT-T---TTCA-AAGT-GATA-ACATGGGAATGGTC-T--AA---------ACACATTT-------AG-G-ATAGT-----AA-AGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAA--GCAGAAGCATGTAATTTGAAtttatctcccaaaacaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATAC-CTCAAGA----CAAGCCTGT----GAATAACTC--------------ATCAG--TCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAG
gi|8 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttacGC---AGA----TTAAGCTGCCCATGGGT-ATTA--T-C-AATGTCAGATTAGGGTTTACATATTTT---AGCTCTCAGTCAAT---A---gtaattctaaattat
gi|9 : TTAAG---ACAAACT-C---TTCC-AAAT-AATA-AT---GGAATGG------AA---------A------T-------GA---ATGTACATTAAG-AGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GTTGAACATTGTAGAAattactgttcatttatttgcaaacaatgtaaacccagactgccagcattttagtcagtcatggt
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 3333333333 222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 11111 222 1
lowQualScore : 4 44444 4444 22 0 1 8888888888 99 333 1 666666666666666 555 8888888888 777 3 3 999 0000 44444444444444444444444444444 22222 5 5 0 6 1 333 2
lowQualScore : . ..... .... .. . . .......... .. ... . ............... ... .......... ... . . ... .... ............................. ..... . . . . . ... .
lowQualScore : 0 33333 0000 88 5 0 7777777777 00 999 0 777777777777777 000 8888888888 666 3 3 222 2222 22222222222222222222222222222 55555 0 0 3 6 0 333 0
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGCGAGTNACTC--G-C--G-TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGCGAGTNACTC--G-C--G-TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGACAC---GGA----TC---CTCTGAGTG---------------TGCTTAGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAGT---AG--T---CT--TATTAAC---AC---CT-C---TTCT-AAAT-GATA-AT---GGAATGATC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GTTGAAAACTG
gi|10 : AAACA-ATATAGACCC---AGG----GTAGCCTGCGACTTACT-----A--G-TCTGGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTGATAA-A---T---TTTATATTAAC---aaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA---AGG----TCAGCCTGCATGTTACTC--A-CT-G-TCATATCAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCCAT---AAATT---CT--CGTTAAC---AC---CC-C---TTCc
gi|12 : ttatgccatttgcCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGT---A---T---AT--TCTTACCTAAAC---CCAT---TTAT-AAA--GATA-AT---GGAAAAGTA-A--AA---------A------TATAAATAAA-A-ATGGA-----AG-GGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : ACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAGT---AA--T---TT--TATGAAC---GC---CC-AAAGTTTT-GAAT-GATA-AT---GGAATGGTT-TAAAA---------A------T-------GATG-ATGGA-----TG-AGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---------------------C---AA---CT-C---TT----AAT-GGAA-AC---AGAATAGTT-C--AACTCCAATACA------T-------AT-A-ATGGA-----AG-AATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : CATTGTTTATAGACTTTCTGTCAGT---A---------------AAC---AA---CC-C---TTCA-AACT-GAAACATC--GGGATGGTC-C--AA---------AAT----T-------AA-GGATGGA-----ATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAACCC---AAA----TAAGCCTGCAATTAACTCTTG-C----TCTGATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGAC-C---ATA----TCAGTCTGCAAGTTACTC--A----G-TCAGTTCAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---taaatttttat
gi|18 : tgtaccatatatacGTCAGT---A-------CG--TATTAAC---AC---CC-A---TTGT-AAAT-GATA-AT---GGAATGTTTAC--AA---------A--------------AA-A-A---A-----AG-AGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTTTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAGT---AG--T---TT--TATTAAC---AA---TT-A---TTTT-AAAT-GATA-AT---GGAACGATC-A--AA---------A------ctgggagcaa
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACAC---AGA----CTAACCTGAGAGTAACTA--GCC--A-TTTGAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAAT-------T---CT--TATCACA---AC---CC-C---TTTC-AA----ATA-AT---GAAATTGGC-C--A
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCAACTC--A-T--GATCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGTAATTAAGTTACTC--A-TG-G-TCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---atatagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGACGC---AGACCGGTCTGCCTGCAACTAACCT--G-C--AATCTGATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCAGA---AAGTT---CT--TGTTAAC---TG---TG-C---TTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGACAG---TGACC--TCAGTTTA----TGACTT--G-CTGG-TTTGATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCAGTAAAA---T---CT--CATTTAC---ACG--AC-C---TTCC-AAAT-GACT-GT---GGAcca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAAT---A---TATTCT--TATTTAT---AC---TT-T---TTCA-AAGT-GATA-ACATGGGAATGGTC-T--AA---------ACACATTT-------AG-G-ATAGT-----AA-AGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAA--GCAGAAGCATGTAATTTGAAtttatctcccaaaacaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATAC-CTCAAGA----CAAGCCTGTGAATAACTC-------------ATCAG--TCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAG
gi|8 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttac--G-TCAGATTAGGGTTTACATATTTT---AGCTCTCAGTCAAT---A---gtaattctaaattat
gi|9 : gcagattaagctgcccatgggtattatcaatTTAAG---ACAAACT-C---TTCC-AAAT-AATA-AT---GGAATGG------AA---------A------T-------GA---ATGTACATTAAG-AGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GTTGAACATTGTAGAAattactgttcatttatttgcaaacaatgtaaacccagactgccagcattttagtcagtcatggt
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 3333333333 222222222222222 1111 44444444444444444444444444444 11111 222 1
lowQualScore : 4 44444 4444 22 0 1 8888888888 99 333 1 666666666666666 555 8888888888 777 3 3 999 0000 44444444444444444444444444444 22222 5 5 0 6 1 333 2
lowQualScore : . ..... .... .. . . .......... .. ... . ............... ... .......... ... . . ... .... ............................. ..... . . . . . ... .
lowQualScore : 0 33333 0000 88 5 0 7777777777 00 999 0 777777777777777 000 8888888888 666 3 3 222 2222 22222222222222222222222222222 55555 0 0 3 6 0 333 0
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGCGAGTNACTC--G-C--G-TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGCGAGTNACTC--G-C--G-TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGACAC---GGA----TC---CTCTGAGTG---------------TGCTTAGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCAGT---AG--T---CT--TATTAAC---AC---CT-C---TTCT-AAAT-GATA-AT---GGAATGATC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GTTGAAAACTG
gi|10 : AAACA-ATATAGACCC---AGG----GTAGCCTGCGACTTACT-----A--G-TCTGGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTGATAA-A---T---TTTATATTAAC---aaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA---AGG----TCAGCCTGCATGTTACTC--A-CT-G-TCATATCAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCCAT---AAATT---CT--CGTTAAC---AC---CC-C---TTCc
gi|12 : ttatgccatttgcCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCAGT---A---T---AT--TCTTACCTAAAC---CCAT---TTAT-AAA--GATA-AT---GGAAAAGTA-A--AA---------A------TATAAATAAA-A-ATGGA-----AG-GGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : ACATTGTTG---GGCTCCCAGTCAGT---AA--T---TT--TATGAAC---GC---CC-AAAGTTTT-GAAT-GATA-AT---GGAATGGTT-TAAAA---------A------T-------GATG-ATGGA-----TG-AGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---------------------C---AA---CT-C---TT----AAT-GGAA-AC---AGAATAGTT-C--AACTCCAATACA------T-------AT-A-ATGGA-----AG-AATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : CATTGTTTATAGACTTTCTGTCAGT---A---------------AAC---AA---CC-C---TTCA-AACT-GAAACATC--GGGATGGTC-C--AA---------AAT----T-------AA-GGATGGA-----ATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAACCC---AAA----TAAGCCTGCAATTAACTCTTG-C----TCTGATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGAC-C---ATA----TCAGTCTGCAAGTTACTC--A----G-TCAGTTCAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCAGT---taaatttttat
gi|18 : tgtaccatatatacGTCAGT---A-------CG--TATTAAC---AC---CC-A---TTGT-AAAT-GATA-AT---GGAATGTTTAC--AA---------A--------------AA-A-A---A-----AG-AGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTTTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCAGT---AG--T---TT--TATTAAC---AA---TT-A---TTTT-AAAT-GATA-AT---GGAACGATC-A--AA---------A------ctgggagcaa
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACAC---AGA----CTAACCTGAGAGTAACTA--GCC--A-TTTGAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTAAT-------T---CT--TATCACA---AC---CC-C---TTTC-AA----ATA-AT---GAAATTGGC-C--A
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCAACTC--A-T--GATCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGTAATTAAGTTACTC--A-TG-G-TCTGATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCAGT---A---atatagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGACGC---AGACCGGTCTGCCTGCAACTAACCT--G-C--AATCTGATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCAGA---AAGTT---CT--TGTTAAC---TG---TG-C---TTCCAAAATGGATA-AT---GGA
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGACAG---TGACC--TCAGTTTA----TGACTT--G-CTGG-TTTGATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCAGTAAAA---T---CT--CATTTAC---ACG--AC-C---TTCC-AAAT-GACT-GT---GGAcca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCAAT---A---TATTCT--TATTTAT---AC---TT-T---TTCA-AAGT-GATA-ACATGGGAATGGTC-T--AA---------ACACATTT-------AG-G-ATAGT-----AA-AGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAA--GCAGAAGCATGTAATTTGAAtttatctcccaaaacaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATAC-CTCAAGA----CAAGCCTGTGAATAACTC-------------ATCAG--TCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAG
gi|8 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttac--G-TCAGATTAGGGTTTACATATTTT---AGCTCTCAGTCAAT---A---gtaattctaaattat
gi|9 : gcagattaagctgcccatgggtattatcaatTTAAG---ACAAACT-C---TTCC-AAAT-AATA-AT---GGAATGG------AA---------A------T-------GA---ATGTACATTAAG-AGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GTTGAACATTGTAGAAattactgttcatttatttgcaaacaatgtaaacccagactgccagcattttagtcagtcatggt
blockSeqs : . CTCA CCGG CG T TGCTGG GA ATA G AAATTTTA TAA CCAAAG CCA G C ATG TAA CTCCAATACATATA CATTA T T T A AGA T
blockSeqs : . CC CC CA T CACTG TG . T AAATTCT . AAACTC AT . . C AC ATATAAATAAAA . . . A T . .
blockSeqs : . CA . CA A CTTGC GG . C AAGTTCT . CCAT TT . . . A ACACATTTAGG . . . A
blockSeqs : . CC . CA T AGCCA AG . G AAAATCT . GACC CA . . . C AATTAAGG . . . G
blockSeqs : . AC . AG A CATGA CC . C ATATTCT . CCC GT . . . C ATGATG . . . T
blockSeqs : . GC . TA A CATGG CC . A AATTT . CTC TT . . . A AAAA . . . .
blockSeqs : . GC . CA T TGCAA TG . G AGTTT . CCC TC . . . C ATGA . . .
blockSeqs : . AG . TG A CAG GA . C ATAT . CCA CC . . . T
blockSeqs : . C . . G AG GG . G ACG . TTA CA . . . .
blockSeqs : A C . . A TCT . CCC CC . . .
blockSeqs : . . T A . TGC . . . .
blockSeqs : . T . . TTT
blockSeqs : . A .
blockSeqs : . A
blockSeqs : . C
blockSeqs : . A
blockSeqs : . G
blockSeqCons : CGCGA***** AATCT********** AATTAAG**********************
originalCons : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGCGAGTNACTC--G-C--G-TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGT---A---T---CT--TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AA---------A------T-------AA-G-ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
finalCons : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGCGAGTNACTCGCGA-----TCTGATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCAGTAATCT----------TATTAAC---AC---CC-C---TTCC-AAAT-GATA-AT---GGAATGGTC-C--AAAATTAAG----------------------ATGGA-----AG-AGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
Alignments
lowQualScore : 11111 1111 222222 111111111 1111 3333333333333333 222 1
lowQualScore : 4 11111 2222 88888 4 555555 44 99 333 1 2 555555555 33 2 888 555 0000 3 3 999 555 3 8888 3333333333333333 888 5 5 0 6 1 333 2
lowQualScore : . ..... .... ..... . ...... .. .. ... . . ......... .. . ... ... .... . . ... ... . .... ................ ... . . . . . ... .
lowQualScore : 0 22222 7777 99999 2 888888 66 00 999 0 1 555555555 77 7 555 444 0000 3 3 222 888 6 5555 2222222222222222 888 0 0 3 6 0 333 0
consensus : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGC----GAGTNACTCGC-GGTCT--GATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCA-GT--A-A--T-CT--TAT-TAACAC---CC---CTTC-C-AAAT-GATA-AT---GGA---ATGGTC-CAA----A-----AT---T-AA-GATGGA---A-GAGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
Reference ( family-407 ) : AAGAAACA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGCCTGC----GAGTNACTCGC-GATCT--GATCAGGGTCTACATTGTTT---GNCTCTCAGTCA-GT--A-A--T-CT--TAT-TAACAC---CC---CTTC-C-AAAT-GATA-AT---GGA---ATGGTC-CAA----A-----AT---T-AA-GATGGA---A-GAGTCTATT-ATAGANATTCAGCAAGTTAANG---GTTGAAAACTGCAGAAGCATGTAATTTGAA
gi|1 : AAGAAACTTACATAGACAC---GGA----TC---CTCT----GAGTG-----------T--GCTTAGGGCCTACATCATTT---GCCTCTCTGTCA-GT--A-G--T-CT--TAT-TAACAC---CT---CTTC-T-AAAT-GATA-AT---GGA---ATGATC-CAA----A----------T-AA-GATGGA---A-GAATCTATT-ATGGACATTCAGCAAGCCAGGG---GTTGAAAACTG
gi|10 : AAACA-ATATAGACCC---AGG----GTAGCCTGC----GACTTACTAG----TCT--GGACAGGATCTACATTGTTT---GGGTTTTAGTTG-ATA-A-A--T-TTTATAT-TAACaaatgttagtttagaa
gi|11 : tcataacttgctgtgatcatcaatactataccatatgcAAACA-ATGTAGATCA---AGG----TCAGCCTGC----ATGTTACTCAC-TGTCA--TATCAGTGTCTTCTTTGCTT---ATCTCTCAGTCC-AT--A-AATT-CT--CGT-TAACAC---CC---CTTC-c
gi|12 : ttatgccatttgcCTACATAGCCT---ACCTCTCAGTCA-GT--ATA--TTCT--TACCTAA-AC---CC---ATTTAT-AAA--GATA-AT---GGA---AAAGTA-AAA----ATATAAAT---A-AA-AATGGA---A-GGGTCTATT-ACAGGTTTTAAGCt
gi|13 : ACATTGTTG---GGCTCCCAGTCA-GT--A-A--T-TT--TAT-GAACGC---CCAAAGTTT-T-GAAT-GATA-AT---GGA---ATGGTT-TAA----A-----AA---T-GATGATGGA---T-GAGTCTTTT-ATGGA-ATTTAGCAAG
gi|14 : TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCA-GT--------------------CAA---CT---CTT-----AAT-GGAA-AC---AGA---ATAGTT-CAACTCCA-----ATACAT-AT-AATGGA---A-GAATCTATT-AGAGAAATTAAG
gi|15 : CATTGTTTATAGACTTTCTGTCA-GT--A-A--------------ACAA---CC---CTTC-A-AACT-GAAACATC--GGG---ATGGTC-CAA----A-----AT---T-AAGGATGGA---ATTAGTCCATT-ATAGAAACTCAGCAAgatgtcag
gi|16 : AACA-ATGTAAACCC---AAA----TAAGCCTGC----AATTAACTCTT-GCTCT--GATTATGGTATACATTTTTT---GGCCTTCAGCCA--T--A-AATT-TT--TAT-
gi|17 : taccattatcagcgAAACA-TTGTAGAC-C---ATA----TCAGTCTGC----AAGTTACTCA---GTCA--GTTCAG--TCTACATTGTTT---CCCTCCCAGTCA-GT--
gi|18 : tgtaccatatatacGTCA-GT--A------CG--TAT-TAACAC---CC---ATTG-T-AAAT-GATA-AT---GGA---ATGTTTACAA----A-----A------AA-----AA---A-GAGTCTGTT-Acaactc
gi|19 : tTTTACATCGTTT---GGTTCTCAGTCA-GT--A-G--T-TT--TAT-TAACAA---TT---ATTT-T-AAAT-GATA-AT---GGA---ACGATC-AAA----A-----ctgggagcaa
gi|2 : AAGAAACA-ATGTAGACAC---AGA----CTAACCTGA----GAGTAACTAGC-CATTT--GAACAGAGTATACATCATTT---GACTCTCAGTTA-AT-------T-CT--TAT-CACAAC---CC---CTTT-C-AA----ATA-AT---GAA---ATTGGC-CA
gi|3 : acttttactatgagcttgtttttcatttaaatatgtgataccatgcaggtggaAGCAACTCAT-GATCT--GATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCA-GT--A-A--T-
gi|3 : acagtaattaAGATA-ATGTAGACGC---AGA----TCAGTAATT----AAGTTACTCAT-GGTCT--GATCAACCTC-ACATTGTTT---GTCTCTCAGTCA-GT--A-atagaacatgctttctgttaccatttgcagataatgtagacgcagatcagtaattaagttactcatggtctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagta
gi|4 : acagtaattaagcaactcatgatctgatcaacctcacattgtttgtctctcagtcagtaatatagaacatgctttctgttaccatttgcAGACA-ACACAGACGC---AGACCGGTCTGCCTGC----AACTAACCTGC-AATCT--GATCAGTGTGAACATTGTTT---GACTCTTAGTCA-GA--A-AGTT-CT--TGT-TAACTG---TG---CTTC-CAAAATGGATA-AT---GGA---
gi|5 : aactaagaacttgcattttgcaccaacgataccatgcccAAACA-ATGCAGACAG---TGACC--TCAGTTTA--------TGACTTGCTGGTTT--GATCAGGATCTACATTGTCT---GACTCTCATTCA-GTAAA-A--T-CT--CAT-TTACACG--AC---CTTC-C-AAAT-GACT-GT---GGATTTATCTCC-CAA----A-----Acca
gi|6 : ttatagtttgctgttcaatgaaaccatttacCATTGTTT---GCCTTTTGGCCA-AT--ATA--TTCT--TAT-TTATAC---TT---TTTC-A-AAGT-GATA-ACATGGGA---ATGGTC-TAA----ACAC--AT---TTAG-GATAGT---A-AAGTGTATTTAAAGAGATTCGGCAAGTTAAAAAGAGTATAAAA--GCAGAAGCATGTAATTTGAAcaa
gi|7 : gccattAAACA-ATGTATAC-CTCAAGA----CAAGCCTGT----GAATAACTC-----------ATCAG--TCTACATGGTTC---GAGTCTCAGTCAGGT--A-A--T-TC--TA
gi|8 : aacaaacaagacattggcatcttcattgttagcttggtattttcatcaatgacattatttacGC---AGA----TTAAGCTGCCCATGGGT-ATTATC-AATGTCAGATTAGGGTTTACATATTTT---AGCTCTCAGTCA-AT--A-A--T-aattat
gi|9 : T-TAAGACAAACT---CTTC-C-AAAT-AATA-AT---GGA---ATGG-----A----A-----AT---G-AA-TGTACATTAA-GAGTCTATA-TTAGATCTTCAGCATTTTAATG---GTTGAACATTGTAGAAtactgttcatttatttgcaaacaatgtaaacccagactgccagcattttagtcagtcatggt