lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22 1 1 111 333 3333 11111 111111111111 77777777 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 222 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 1 1 1 22222 1 111111111 1 1 1 11 111111 111111111111 333 1 11 1
lowQualScore : 33 44 4 3 3 55 0 77 2 5 777 5 6 111 3 0000 8 1 55 3 55 3 0 99999 999999999 33 111111111111 2 8888 1 444 2 11111111 6 3 5 2 1 2 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777 33 4 33 2 5 2 777 6666 000 2 555 6 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1 3 5 7 7 44 2 44 3 44444 4 2 3 55 000000000 4 6 3 2 8888 9 88 99 6666 111111 33 000000000000 2 2 222 4444 2 7 5 1 7 3 5 6 2 33 66 2 55 5 88 2 7 7 33
lowQualScore : .. .. . . . .. . .. . . ... . . ... . .... . . .. . .. . . ..... ......... .. ............ . .... . ... . ........ . . . . . . . ................................................. .. . .. . . . ... .... ... . ... . ............................................................................................................. . . . . . .. . .. . ..... . . . .. ......... . . . . .... . .. .. .... ...... .. ............ . . ... .... . . . . . . . . . .. .. . .. . .. . . . ..
lowQualScore : 00 22 2 1 3 00 4 00 0 7 444 0 0 000 6 5555 0 4 00 6 55 6 4 22222 333333333 77 444444444444 2 2222 9 888 1 55555555 7 4 6 9 0 5 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333 77 6 77 7 3 7 999 1111 444 9 000 8 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 2 0 0 0 22 4 22 3 55555 0 3 6 00 777777777 9 0 8 9 4444 5 44 44 1111 333333 22 888888888888 1 0 000 5555 1 4 0 7 0 0 0 0 4 44 99 5 99 0 88 5 1 7 22
consensus : TATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGGA-CAGAT--TTATAAACCCGTTGGATC-ATATAGATACAGTGAATTCA-T--ATATATT-TAATTTCATAAAGGGAGAT-AATT-AA-ATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATG-CTCA-TTCACAATGCAT--G--ATATA------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------AACCATAGATACAATAT--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-GACCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACACAT-T-GAC-----A------------GGGC----GG-----A-----C-----A-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTAT--ATAAAGGA-CAGATT----TATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTTTGGGAT-CTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATG-ATATA----TA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGACAGGGTGGAC
Reference ( gi|1 ) : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTATA-AAGGA-CAGAT--TTATAAACCCGTTTGATT-ATAGAGATACAGTGAATTCA-T--TTATATT-TAATTTCATAAAGGGAGGT-A-TT-AATATGCAAAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATG-TTCA-TTCACAATGCAT--A--ATATA------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---GTTTG-TGAATAAT--CAAG-ACATAATTAT----ATGTACTGACCAGATTGCAGCGAGCGCG-CTTAGCTACAA----------AG---C-A---------------A---------------T--CAAAGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGTTCTC-GACCATGAC---TAATATACTA---------------------TGG-------------A---------------------C-----A------------GGAC----TG-----A-----C-----A-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTGATAGGAGTAGGATCCAGTTTAGGATTCAAGACTACTCA--CATGGTAT--ATAAAGGA-CAGATA----TATAAACCC-GTTGGATCATAGAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATT-TAATTTCATAAAGAGAGGTAAATACATTCACAACAACGGAATTT--AAGATTGTTGGGAA-CTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATA-ATATA----TA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA-A-CCAAGAC----ATA-AATGCACAGACCAGACTACGACGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCTTAGACACAATGTTAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-CAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATATTCTATGGATTT-ACACGCAACACATCTGGACTGGACGGAC
gi|2 : TATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTATATA-AAGGA-CAGAT--TTATAAACCCGTTGGATC-ATATAGATACAGTGAATTCA-T--ATATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAA-TT-AA-ATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATG-TTCA-TTCACAATGCAT--G--ATATA------A--A--TATGGAGA------------TA-ATTATAGTCTG-T
gi|7 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagcttTATTTGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGGA-CAGAT--TTATAAACCCGTTGGATC-ATATAGATACAGTGAATTCA-T--ATATATT-TAATTTCGTacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|6 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGGA-CATAT--TTATAAACCCATTGGATC-ATATAGATACAGTGAATTCA-T--AGATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAA-TT-GA-ATTCACAACAATGGAATTT--ACGATTTT-T-GGATCTTTTCAGATG-CTTA-TTCATAATGCAA--G--ATATA------T--A--TAT----A------------TATATC---CTTTACTGAATtgttgtgaatttaattatctccct
gi|8 : tgcatatatatataataatatagataattcaattcacaacaatggaatttacgatttttgagataattattgtaaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaatcaattaatttggtgtcgaccatgacctctatatactatggaattacatgcaacacatctggaaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTATATA-AAGGA-CAGAT--TTATAAACCCGTTGGATC-ATATAGATACAGTGAATTCA-T--TTATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAA-TT-AAc
gi|9 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGGA-CATAT--TTACAAACCCGTTGAATT-ATATATATAattccgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|5 : attgtaatttaaagggagatcattaaattaacaaaacggaatttacgatttgtgggatcttttcagacgctcattcacaatgcatgatatatacatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgtgtgcgcctagctacaatgcaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaaattaatttggtgtcgataatgacgtgtatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacatgaagtgatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGGA-CATAT--TTATAAACat
gi|3 : tatatatatatataaatacggaattgacgattttttggatcttttcggatgctcattcacaatgcatgatatatatatatggagataattatttgtgaataatcaagacataaatgaacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaaactatgccaaaccaataaatttggtgacgaccatgacttatactatggaattacatgcaacgcatctggacagggtggacaaatttacatacatgaactgatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTATATA-AAGGAACAGAT--TTTGAAATTCATTGGATC-ATGAAGATACAGTGAATTAA-T--ATATATT-TTATTTCATAAAGGGAGAT-AATT-AA-ATTCACAACAATAGAATTT--CAGATTTT-TGGGATCTTTT-ATATA-TACA-TC---------T--T--ATATA------T--A--TATAGataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|12 : tatatatttaaagggagataatatggatataattatttgtaaacaaccagacataattgttctgatcagacttcaacaagcaggcctagctacaatgcaaaccatgggtccaatatcaaggcttctaccaaaccaataaatttggtgtcagccatgacttatgtactatggttttacatgcaacacatctggtctggacggacatttacatacatgaacagatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CATGC-ATATA-AAGGA-CAGAT--TTATAAACCCATTGGATC-Ataacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|4 : tggagataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagttacaatgcaaaccatagatacaataacaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatatggacagggtggacacatttacatacatgatctgatagcttTATGTGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTTTA-AAGGA-CAGA---------------TTGATC-ATATAGATACAGTGAATTCA-T--ATATATT-GAATGTCATAAAGGGAGATAA-TT-AA
gi|13 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagcttTATATGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTTATA-AAGAA-attctgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|10 : ataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagtctacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacatgaagtgatagcttTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTATATG-A
gi|11 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagcttTATATAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGTATA-AAGAA-CAGCT--TTAGATACCCGGTTGGTTCATGAATATAgcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|17 : ataaggagatactaatctttaaacaaccaaacatataattacagaccagactacagcgtgcgcggcttactacaatgcaaaccagagacacactatcaaggcatataccaacccaatcgaatgggtgtaaaccatgacttatatgctatagttttgcatgcaatacatctggactgatgtgacactttacatacatgaactgacagtttTGTATGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATGA-GATATGGTTATA----CATAAGGTC-ATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTC-TAATTGAATAGAG
gi|24 : tgtaaccctggcagaacagtagaagtgaaaaattacataattaaaatgatagttTATATGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTACataattacata
gi|9 : agaacggaagaatccaattcttatagctgatagcttATTGTAATTT---AAAGGGAGATCA-TT-AA-AT-TAACAAAACGGAATTT--ACGATTTG-TGGGATCTTTTCAGACG-CTCA-TTCACAATGCAT--G--ATATA------TACA--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-AACCATAGATACAAT-A---------------T--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACCAAA---TTAAT----TTGGTGTC-GATAATGAC---GTGTATACTATGGAATTACATGCAACACATCTGG-------------A---------------------C-----A------------GGGT----GG-----A-----CA----A-A-TTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTAT--ATAAAGGA-CATATT----TACAAACCC-GTTGAATTATATATATAat
gi|28 : CATACAGGGAGAT-AATTGAATTTACAAAA--ACGGAATTC--CCGATTTT-at
gi|2 : ATATAGGGAGAT-AATT-AA-ATTCACAACAACGGAATTT--ACGATATT-TGGGATCTTTTCAGATG-CTCA-TTCACAATGCAT--G--ATATA------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACAT--TTATAA--ATGTACAGACTAggaa
gi|10 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaATAAAGGGAGAT-AATT-AA-ATTCATAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATG-CTCA-Tatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|20 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatATAAAGGGAGAT-AATT-AA-ATTCACAACAATGGAATTT--ACAATTTT-TGGGATCTTTTCAGATG-CTCA-TTCACAACGCAT--AT-ATATA------T--A--TATatatatatattatgcttatctataaga
gi|7 : atatatGAGAT-AATT-AA-ATTCACAACCACGGATTTT--ACGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATG-CTAA-TTCACAATGCAT--G--ATATA------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCG-CCTAACTACAA----------TG---C-A---------------AACCATAGATACAATAT--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-GACCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACACATCTAGAC-----A------------GGG-----TG-----G-----CCA---A-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATTTGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTAT--ATAAAGGA-CAGATT----TATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATT-TAATTTCGTcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|5 : ATATATAAAT--ACGGAATTG--ACGATTTT-TTGGATCTTTTCGGATG-CTCA-TTCACAATGCAT--GATATATA------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAT--CAAG-ACATAA--------ATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCG-CCTAACTACAA----------TG---C-AAACCATAGATACAATA---------------T--CAAAA-CTA--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGAC-GACCATGAC---T--TATACTATGGAATTACATGCAACGCATCTGG-------------A---------------------C-----A------------GGGT----GG-----A-----CA----A-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTAT--ATAAAGGA-CATATT----TATAAACtgttgtgaatttaattatctccct
gi|22 : tatatatAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCTTTTTAGATG-CACA-TTCACAA-GTTT--G--ATATATACGAGT--A--TATGGAAA------------TA-ATT---ATTTG-TGAACAAC--Cataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|6 : attacAGATAATTCAATTCACAACA-ATGGA--ATTTA------C--GATTTTTGAGA------------TA-ATT---ATT-G-TAAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------AACCATAGATACAATAT--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ATC-AA---TTAAT----TTGGTGTC-GACCATGACCTCTA-TATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACACAT-----CTGGAAA------------GGGT----CG-----A-----C-----A-AATTTACATACATCAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTAT--ATAAAGGA-CATATT----TATAAACCC-ATTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--GATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAATTGAATTCACAACAATGGAATTT--ACGATT-TTTGGAT-CTTTTCAGATGCTTATTCATAATGCAAG-ATATA----TA------TAT------A------------TATATCCTTTACTGAAT
gi|8 : tgcatatatatataataatatATATAT--AT-ATATA------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAT-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCG-CCTAGCTACAATGCCA-----AC---C-ATAGATATAAT-----A---------------T--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-GACCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------AAATACATGCAACACATCTGGAC-----A------------GGGT----GG-----A-----C-----A-AATTTACATACAAGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTAT--ATAAAGGA-CAGATT----TATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TT--TATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCc
gi|2 : at--ATATA------T--A--TATAGAGAGAGAGAGAGAGATA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--TAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------AACCATAGATACAATAT--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-GACCATGAC---TTATCTGCTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACACATCTGGAC-----A------------GGGT----AG-----A-----C-----A-AATTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTAT--ATAAAGGA-CAGATT----TATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTTTGGGAT-CTTTTCAGATGTTCATTCACAATGCATG-ATATA----AA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATcgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|3 : tttgaaacagctgagagactgatATA---------A--TATGGATA------------TA-ATT---ATTTG-TAAACAAC--CA-G-ACATAATT--------GTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------AACCATGGGTCCAATAT--CAAGGCTTC--TAC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-AGCCATGAC---TTATGTACTA---------------------TGGTTTTACATGCAACA---------------------C-----ATCTGGTCT----GGAC----GG-----A-----C-----A---TTTACATACATGAACAGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTAT--ATAAAGGAACAGATT----TTGAAATTC-ATTGGATCATGAAGATACAGTGAATTAA-TA--TATATT-TTATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATAGAATTT--CAGATTTTTGGGAT-CTTTT---AT----AT-----ATACATC-TTATA----TA------TAT--agtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|19 : tatatatttaaagggagATG------T--A--TATGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAT--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGAatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|11 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgca--A--TAAGGAGA------------TA-CTA---ATCTT-TAAACAAC--CAAACATATAATTAC----A------GACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTA-CTACAA----------TG---C-A---------------AACCAGAGACACACTAT--CAAGGCATA--TAC-CAA-CCC-AA---TCGAA----TGGGTGTA-AACCATGAC---TTATATGCTA---------------------TAGTTTTGCATGCAATA---------------------C-----ATCT---------GGAC----TG-----ATGTGAC-----A-C-TTTACATACATGAACTGACAGTTTTATATAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGT--ATAAAGAA-CAGCTT----TAGATACCCGGTTGGTTCATGAATATA
gi|12 : TGGAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAT--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCG-CCTAGTTACAATGCAAACCATAGATAC-A---------------A---------------TAACAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-GACCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACACATATGGAC-----A------------GGGT----GG-----A-----C-----ACA-TTTACATACATGATCTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CAT-GCAT--ATAAAGGA-CAGATT----TATAAACCC-ATTGGATCA
gi|16 : TGGAGA------------TA-CTC---ATTTG-TGAAAAATAGCA-G-ACATAA--------ATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCG-CTTAGCTACAA----------TG---TTA---------------A---------------C--CATAGACACAATAC-CAATATC-AAGCATATATCATATGGGTATC-AATCATGAC---TTATATACTT---------------------TGGTCTT---------A---------------------C-----ATGCAACACGCCTGGAC----TGGACGAA-----C-----A-A-TTTACATACATGAACCGATTGCT
gi|30 : GAGA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGATCAGATT
gi|13 : tA------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------AACCATAGATACAATAT--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTGGTGTC-GACCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACACATCTGGAC-----A------------GGGT----GG-----A-----C-----A-AATTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTT--ATAAAGAA-
gi|4 : ------------TA-ATT---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCG-TCTAGCTAAAA----------TG---C-A---------------AACAATAGATACAGTGT--CAAGGCTTC--TGC-CAA-ACC-AAA--TAAAT----TTTGTGTC-GACCATGGC---TTGTATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACA--------C-----ATCT---------GGACA---TG-----A-----TGGACAA-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATGTGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGT--TTAAAGGA-CAGAT-----T-------------GATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATT-GAATGTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|10 : T---ATTTG-TGAATAAC--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------AACCATAGATACAATAT--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-AA---TAAAT----TTTGTGTC-GACCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------AATTACATGCAACA--------C-----ATCT---------GGACAGGGTG-----G-----TCA---A-A-TTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTAT--ATGAtgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|18 : taT---ATTTG-TGAACAAC--CA-G-ACGTAG--------ATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCG-CCTAGCTACAA----------TG---CAA---------------A---------------T--CA-----TC--GACACAATATC-AA---GGCA-------GCTATCAAATCATGAC---TTATATACTA---------------------TGG-------------gcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|19 : T---GTCT--TGATTATT--CACA-A-ATAATTATCTCCATATAC-------ATTGCA---AAC----CATAGATACAA----------T----------------------A---------------T--CAAGGCCTC--TGC-CAA-ACC-ttttacatgcaacacatctcgactaaacctttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagccca--CAAG-ACATAA--------ATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCG-CCTAGCTACAA----------TG---C-A---------------A---------------taaatgtacaga
gi|17 : ataaagc-----A------------GAAG----TG-----A-----A-----A-A-ATTACATAATTAAAATGATAGTTTG-TATGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATG----AGATATGGTTATA----C-ATAAGGTCATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTC-TAAT----TGAATAGAGATAATTACATaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaatgtatatggagataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|24 : tgtaaccctggcagaacagtAGCTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTACa
gi|4 : agaacggaagaatccaattcttatATAATATATATAGAGTCATTTTA-TA--TATAT-----------AAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACAGAATTT--AAat
gi|2 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatcatatagatacagtgaattcatatatattgaatgtcataaagggagataaATACA-TACATACA-CA--TACATA-TA----TATATAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTT--ACGATATTTGGGAT-CTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATG-ATATA----TA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAAT-A-A-CCAAGACATTTATA-AATGTACAGACTAatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|8 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaA-TA--TATATA-TA----TATAAAGGGGGATAAATAAATTCACAACAACGGAATTT--AAa
gi|10 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataaA-TA--TATAT----AT---ATAAAGGGAGATAATTAAATTCATAACAACGGAATTT--ACGATTTTTGGGAT-CTTTTCAGATGCTCATtacatgtgaaa
gi|9 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatATTGTAATTT---AAAGGGAGATCATTAAATTAACAA-AACGGAATTT--ACGATTTGTGGGAT-CTTTTCAGACGCTCATTCACAATGCATG-ATATA----TACA----TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCGCCTAGCTACAATGC-AACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AAATTA--AT-TTGGTGTCGATAATGAC--GTGTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGACAGGGTGGACtatgcttatctataaga
gi|28 : CATACAGGGAGATAATTGAATTTACAAAAACGGAATTC--CCGATT-TTGGAAaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttacaaacccgttgaattatatatataat
gi|20 : ATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATGGAATTT--ACAATTTTTGGGAT-CTTTTCAGATGCTCATTCACAACGCATATATATA----TA------TAT--
gi|7 : atatatAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGAAATTA--AATATcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|7 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatGAGATAATTAAATTCACAACCACGGATTTT--ACGATTTTTGGGAT-CTTTTCAGATGCTAATTCACAATGCATG-ATATA----TA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTAGACAGGGTGG
gi|5 : TATATATATATATAAATACGGAATTG--ACGATTTTTTGGAT-CTTTTCGGATGCTCATTCACAATGCATG-ATATA----TA------TATATGGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---TCAAGAC----ATA-AATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAAA-CTATGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGACGACCATGAC--TTATA--CTATGGAATT-ACATGCAACGCATCTGGACAGGGTGGACccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcgttgttgtgaatttaattatctccct
gi|22 : TTACAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCTTTTTAGATGCACATTCACAA-GTTTG-ATATA----TACGAGTATAT--GGAAA------------TA-ATTATTTG-TGAACAA-aaatttacatacatgaactgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|8 : aATATATATATATA----TA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAATAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCGCCTAGCTACAATGCCAACCATAGATATAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATATACTATGGAAAT-ACATGCAACACATCTGGACAGGGTGGACcc
gi|26 : atATATATA-ATATACAAATA------TAT--GTAGA------------TA-ATAATTTG-TGCAC-A-G-CC-AGAC----ATC-AATGGGCAGACaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataattaaattccgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|2 : ac-ATATA----TA------TAT--AGAGAGAGAGAGAGAGATA-ATTATTTG-TGAATAA---CTAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATCTGCTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGACAGGGTAGAC
gi|3 : tttgaaacagctgagagactgatATA-----A------TAT--GGATA------------TA-ATTATTTG-TAAACAA---CCA-GAC----ATA-ATTGTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGGCCTAGCTACAATGCAAACCATGGGTCCAATATCAAGGCTTCTACCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCAGCCATGAC--TTATGTACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTGGTCTGGACGGACaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattatagtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|19 : tatatatttaaagggagATG----TA------TAT--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAAT-A-A-TCAAGAC----ATA-AATGTACAGAatttacatacatgaacagatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactacttacatgctatataaaggaacagattttgaaattcattggatcatgaagatacagtgaattaatatatattttatttcataaagggagataattaaattcacaacaatagaatttcagatttttgggatcttttatatatacatcttatatatatatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|11 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaA------TAA--GGAGA------------TA-CTAATCTT-TAAACAA---CCAA-AC----ATATAAT-TACAGACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTACTACAATGCAAACCAGAGACACACTATCAAGGCATATACCAACCC-AA--TC-GAA-TGGGTGTAAACCATGAC--TTATATGCTATAGTTTT-GCATGCAATACATCTGGACTG
gi|12 : T--GGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---TCAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGTTACAATGCAAACCATAGATACAATAACAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATATGGACAGGGTGGACatgtgacactttacatacatgaactgacagttttatataagtaggatccaaataagtattcataattacacacacgctgtataaagaacagctttagatacccggttggttcatgaatata
gi|16 : T--GGAGA------------TA-CTCATTTG-TGAAAAATA-GCA-GAC----ATA-AATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCGCTTAGCTACAATGTTAACCATAGACACAATACCAA------TATCAAGCA-TA--TATCATATGGGTATCAATCATGAC--TTATATACTTTGGTCTT-ACATGCAACACGCCTGGACTGGACGAACacatttacatacatgatctgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattaatgactactcacatgcatataaaggacagatttataaacccattggatca
gi|6 : GAGA------------TA-ATTATT-G-TAAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAATC-AA--TT-AAT-TTGGTGTCGACCATGACCTCTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGAaatttacatacatgaaccgattgct
gi|30 : tgcatatatatataataatatagataattcaattcacaacaatggaatttacgatttttGAGA------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGATCAGATTAaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacccattggatcatatagatacagtgaattcatagatatttaatttcataaagggagataattgaattcacaacaatggaatttacgatttttggatcttttcagatgcttattcataatgcaagatatatatatatatatcctttactgaatc
gi|13 : A------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTGGTGTCGACCATGAC--TTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGACAGGGTGGAC
gi|4 : ------------TA-ATTATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCGTCTAGCTAAAATGCAAACAATAGATACAGTGTCAAGGCTTCTGCCAAACCAAA--TA-AAT-TTTGTGTCGACCATGGC--TTGTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGACATGATGGACaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaagatccagttaaggattcatgacgacgcacatgctttataaagaa
gi|10 : TATTTG-TGAATAA---CCAAGAC----ATA-AATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA--TA-AAT-TTTGTGTCGACCATGAC--TTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGGACAGGGTGGaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatcatatagatacagtgaattcatatatattgaatgtcataaagggagataattaaattctgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|18 : taTATTTG-TGAACAA---CCA-GAC----GTA-GATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGGCAGCTATCAA------------------------ATCATGAC--TTATATACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTCGACTAAACtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatatgagcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|19 : ATAA-AGCCAAGAC----ATA-AATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGCCC-----------------A-GGT-TTGGCAGAGGCCTTGATA-TTGTA-TCTATGG-TTT-----GCAATGTATATGGActttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : TACATTGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-gataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|23 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaACC-AA--TA-TAA-ATAGTGTCAGTCGAAGC--TTAAACACCA-GGATCTAACAAGTAACACTTCTGGCCTGCAGGAACtatggagataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATATGTGAATATAAAATTTACAAATTAAAAAAGGTCTAGATCTATCAAGTGATTTGTATGTGTGTATATATATATTTTTATCTTATATATCACGTTAGATACTCTATATTTTACTTTAATATGCATATATATTAGTCAGTTTAACACATTTATTTGTTGAGGTTGTATTTTTTTATTTAAGCGTATATATATTTACAAACAACATATATATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGG
Unaligned ( gi|15 ): CGTAGTTATATTGACAATGAAATGAATAATTAAATGAAATGATTGCTCTCTTTGTCACATTAAGTATACTACATATATGTTACTTTTAATATGTATATATATATTAGTTAGTTCAACATATTTTTTTGTCGAGGATGAATATTTTTTTATTTAAACGTATATATATTTGCAAACAACATATATGTTTATGTCATCAAATATAGTCATGTTTGGTGCTTCATAG
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATATTTGTACAGTTTACCATATTAATTTGTCGAGGGTGTATTTTTTTACTTTAACATGTATATATTTATAAACGACATATATAAATTATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGCCGACTCA
Unaligned ( gi|25 ): ACCTTGGTTCAGTTATGCTAAACATGCAATTAAGATGGAGTAACGATTTAAAGGGACATACGGACTTTCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTTAGAATGGAGTTTTTTATGCCATTTCCAATCCATATTATCTCCCTATA
Unaligned ( gi|29 ): TTTGAGACAGAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
Alignments
lowQualScore : 22 1 222222 666666666 11111111 111111 11111111111111 5555 1 1 1 1 11 88888888888888888888888888888 1 1 33 1 11
lowQualScore : 33 6 5 3 2 8 2 111111 888888888 3 44 3 777 11111111 33 6666 777777 33333333333333 333 4444 2 4444 1 2 2 6666 33 33 3333 2 2 2 6 2 8 0 33 2 3 44 3 5 66 2 2 2 22 0 3 0 0 6 3 3 0 88 7 4 1 1 77777777777777777777777777777 3 6 22 7 7 22
lowQualScore : .. . . . . . . ...... ......... . .. . ... ........ .. .... ...... .............. ... .... . .... . . . .... .. .. .... . . . . . . . .. . . .. . . .. . . . .. . . . . . . . . .. . . . . ............................. . . .. . . ..
lowQualScore : 00 0 0 7 5 8 5 222222 000000000 6 66 6 888 22222222 99 1111 000000 88888888888888 777 7777 2 7777 4 9 9 1111 99 99 0000 9 6 7 0 7 0 9 99 9 1 66 6 0 99 5 5 5 88 2 2 2 2 7 3 3 0 33 3 7 0 0 00000000000000000000000000000 3 0 33 3 0 00
consensus : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTA-AATTCATATATAT--TAAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TAT--A----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-CAGGGTG-GACAA-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTANGATTTTTGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATATATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGCC-------AGCCA-CANATTTGGCG--GGCCATGAC-TTATAT-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
Reference ( family-399 ) : TATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCACATGCTATATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTGGATCATATAGATACAGTG-AATTCATATATATT-TAATTTCATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TAT--A----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-T--GA-CAGGGCG-GAC-A-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATATATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACATAAATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACCAATAAATTTGGTGTCGACCATGAC-TTATATACTATGGAATTACATGCAACACATCTGGACAGGGTGGAC
gi|1 : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATTATAGAGATACAGTG-AATTCATTTATATT-TAATTTCATAAAGGGAGGTA-TTAATATGCAAAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCT---TTTCAGATGTTCATTCACAATGCATAA--------TAT--A----TA------TATG--------------GAGATAATTGTTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-ATTATATGTACTGACCAGATTGCAGCGAGCGCGCTTAGCTACAAAGCAA---------------TCAAAGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGTTCTCGACCATGACTA--ATATACTATGGA-------------------------CAGGACT-GAC-A-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTGATAGGAGTAGGATCCAGTTTAGGATTCAAGACTACTCA--CATGGTATATA-AAGG-ACAGAT--ATATAAACCC-GTTGGATCATAGAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGAGAGGTAAATACATTCACAACAACGGAATTTAAGATTGTTGGGAACTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATAATATATATATGGAGATA-ATTATTTG-TGAATAAA--CCAAGACATAAATGCACAGACCAGACTACGACGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCTTAGACACAATGTTAAGGCCTCTGCCAAACCAATACATTTGGTGTCGACCATGAC-TTATATTCTATGGATTTACACGCAACACATCTGGACTGGACGGAC
gi|10 : TATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTTGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-CAGGGTG-GTCAA-A-TTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTATATG-A
gi|10 : taTCTTATAGATA-AGCATAAT--ATATATAT---------ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCATAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCT---TTTCAGATGCTCATgcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|11 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatA------TAAG--------------GAGATACTAATCTTTAAA---CAACCAA-AC----ATATA----AT-TACAGACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTACTACAATGCAAACCAGAGACACACTATCAAGGCATATACCAACCC-AA-TCGAA----TGGGTGTAAACCATGACTT--ATATGCTATAGTTTTGCATGCAATACA--T-CTGGA-C-TGATGTGAC-A-C-TTTACATACATGAACTGACAGTTTTATATAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGTATA-AAGA-ACAGCT--TTAGATACCCGGTTGGTTCAT
gi|12 : TG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGTTACAATGCAAACCATAGATACAATAACAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATTACATGCAACACA--TATG-GA-CAGGGTG-GAC-ACA-TTTACATACATGATCTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CATGC-ATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-ATTGGATCAgaatata
gi|13 : ATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-CAGGGTG-GACAA-A-TTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTTATA-AAGA-A
gi|16 : TG--------------GAGATACTCATTTGTGAAAAATAGC--AGAC----ATA-A----ATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCGCTTAGCTACAATGTTAACCATAGACACAATACCAA------TATCAAGC---A-TATATCATATGGGTATCAATCATGACTT--ATATACTTTGGTCTTACATGCAACACGCCT-G--GA-CTGGACG-AAC-A-A-TTTACATACATGAACCGATTGCT
gi|17 : -GAA-A-A-ATTACATAATTAAAATGATAG-TTTGTATGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATG-AGATATGGTTATA----C-ATAAGGTCATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTCTAATTGAATA----GAGATAATTACAT
gi|18 : tgtaaccctggcagaacagtagaagtTATTTG-TGAAC-AA--CCA-GACGTAGATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGGC--------AGCTATCAAAT-----------CATGAC-TTATATACTATGGTTTTACATGCAACACATCTCGACa
gi|19 : AT-AAAGCCAAGACATAAATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGCCC--------------AGGTTTGGCAGAGGCCTTGATATTGTAT-CTATGG--TT---TGCAATGTATATGGAtaaacctttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : AT--G----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGAgataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|2 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaTGA--------TAT--A----TA------TATATAGAGAGAGAGAGAGAGATAATTATTTGTGAA---TAACTAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATCTGCTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-CAGGGTA-GAC-A-AATTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCTTTTCAGATGTTCATTCACAATGCATGATATAAATATGGAGATA-ATTAT
gi|2 : tttgaaacagctgagagacTATACATACA-TA-CA--CATACATAT----AT---ATATAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTT--ACGATATT-TGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TAT--A----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGACATTTATA-A----ATGTACAGACTAagtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|20 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAATGGAATTT--ACAATTTT-TGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAACGCAT-A--------TAT--A----TA------TAT
gi|22 : atatatTTACAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCT---TTTTAGATGCACATTCACAA-GTTTGA--------TAT--A----TACGAGTATATG--------------GAAATAATTATTTGTGAA---CAACCatcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|24 : aAGCTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTAC
gi|26 : agaacggaagaatccaattcttatATATATAA--------TAT--ACAAATA------TATG--------------TAGATAATAATTTGTGCA---CAGCC-AGAC----ATC-A----ATGGGCAGACat
gi|28 : acCATACAGGGAGATAATTGA-ATTTACAAAAACGGAATTC--CCGATTTT-
gi|3 : GA--------GAT--A-----A------TATG--------------GATATAATTATTTGTAAA---CAACCA-GAC----ATA-A----TTGTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGGCCTAGCTACAATGCAAACCATGGGTCCAATATCAAGGCTTCTACCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCAGCCATGACTT--ATGTACTATGGTTTTACATGCAACACA--TCT--GGTCTGGACG-GAC---A-TTTACATACATGAACAGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTATATA-AAGGAACAGAT--TTTGAAATTC-ATTGGATCATGAAGATACAGTGAATTAA-TA--TATATTTTATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATAGAATTTCAGATTTTTGGGATCTTTT---AT----AT-----ATACATCTTATATATATggaa
gi|30 : tatatatttaaagg--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|4 : TAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCGTCTAGCTAAAATGCAAACAATAGATACAGTGTCAAGGCTTCTGCCAAACCAAA-TAAAT----TTTGTGTCGACCATGGCTT--GTATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-CATGATG-GACAA-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATGTGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTTTA-AAGG-ACAGAT--T--------------GATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTGAATGTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|4 : ATAATATATATAGAGTC-ATTTTATATATAT-----------AAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACAGAATTT--A--ATT-------ATCTCCCTTT---ATGA-CATTCAATATATATGAATTCACTGTAT--C----TA------TATG--------------tgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|5 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatACGGAATTG--ACGATTTT-TTGGATCT---TTTCGGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATATA----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAAA-CTATGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGACGACCATGACT----TATACTATGGAATTACATGCAACGCA--T-CTGGA-CAGGGTG-GACAA-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|6 : tatatatatatataaatCATATATATA-TAAT------AATATAGATAATTCA-ATTCACAACAATGGAATTT--ACGATTTT-TGAGATataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|6 : tgATTCACAACA-ATGG--------AAT--T----TACGAT--TTTT--------------GAGATAATTATT-GTAAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAATC-AA-TTAAT----TTGGTGTCGACCATGACCTCTATATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-AAGGGTC-GAC-A-AATTTACATACATCAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACCC-ATTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--GATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTGAATTCACAACAATGGAATTTACGATTTTT-GGATCTTTTCAGATGCTTATTCATAATGCAAGATATATATAT----ATATATCCTTTACTGAAT-aattattgtaaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaatcaattaatttggtgtcgaccatgacctctatatactatggaattacatgcaacacatctggaaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacccattggatcatatagatacagtgaattcatagatatttaatttcataaagggagataattgaattcacaacaatggaatttacgatttttggatcttttcagatgcttattcataatgcaagatatatatatatatatcctttactgaatc
gi|7 : tgcatatatatataataatatagataattcaGAGATAATTAA-ATTCACAACCACGGATTTT--ACGATTTT-TGGGATCT---TTTCAGATGCTAATTCACAATGCATGA--------TAT--A----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTAGA-CAGGGTG-GCCAA-A-TTTACATACATGAACTGATAGCTTTATTTGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCGTc
gi|7 : AGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGAAATTtgttgtgaatttaattatctccct
gi|8 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttA--------TAT--A----TA------TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAATAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCGCCTAGCTACAATGCCAACCATAGATATAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAAATACATGCAACACA--T-CTGGA-CAGGGTG-GACAA-A-TTTACATACAAGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TT--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|8 : atatatatatATATATATA-TA----TATAAAGGGGGATAAATAA-ATTCACAACAACGGAATTT--Acgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|9 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataatATTGTAATTT---AAAGGGAGATCATTAA-ATTAACAA-AACGGAATTT--ACGATTTG-TGGGATCT---TTTCAGACGCTCATTCACAATGCATGA--------TAT--A----TACA----TATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCGCCTAGCTACAATGCAA-CCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AAATTAAT----TTGGTGTCGATAATGACGT--GTATACTATGGAATTACATGCAACACA--T-CTGGA-CAGGGTG-GAC-A-AATTTACATACATGAAGTGATAGCTTTATATGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTACAAACCC-GTTGAATTATATATATAtacatgtgaaa
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATATGTGAATATAAAATTTACAAATTAAAAAAGGTCTAGATCTATCAAGTGATTTGTATGTGTGTATATATATATTTTTATCTTATATATCACGTTAGATACTCTATATTTTACTTTAATATGCATATATATTAGTCAGTTTAACACATTTATTTGTTGAGGTTGTATTTTTTTATTTAAGCGTATATATATTTACAAACAACATATATATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGG
Unaligned ( gi|15 ): CGTAGTTATATTGACAATGAAATGAATAATTAAATGAAATGATTGCTCTCTTTGTCACATTAAGTATACTACATATATGTTACTTTTAATATGTATATATATATTAGTTAGTTCAACATATTTTTTTGTCGAGGATGAATATTTTTTTATTTAAACGTATATATATTTGCAAACAACATATATGTTTATGTCATCAAATATAGTCATGTTTGGTGCTTCATAG
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATATTTGTACAGTTTACCATATTAATTTGTCGAGGGTGTATTTTTTTACTTTAACATGTATATATTTATAAACGACATATATAAATTATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGCCGACTCA
Unaligned ( gi|23 ): TACCACCAATATAAATAGTGTCAGTCGAAGCTTAAACACCAGGATCTAACAAGTAACACTTCTGGCCTGCAGGAACAATTTATATACATGTA
Unaligned ( gi|25 ): ACCTTGGTTCAGTTATGCTAAACATGCAATTAAGATGGAGTAACGATTTAAAGGGACATACGGACTTTCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTTAGAATGGAGTTTTTTATGCCATTTCCAATCCATATTATCTCCCTATA
Unaligned ( gi|29 ): TTTGAGACAGAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 333 11111111 1111 11111111111111 1111 222222 1 1 11 1111111111111111111111111111111 1 111 2
lowQualScore : 1 1 8 2 2222 0 222 888 0 4 888 22222222 6666 0000 33 44444444444444 333 4444 2 4444 0 2 2 2 5555 33 2 2 444 0 2 5 2 1 444 2 33 2 3 44 3 5 66 0 3333 6 3 1 0 0 333333 2 0 0 0 8 33 7 0 1 6 0000000000000000000000000000000 3 777 6 8888 0
lowQualScore : . . . . .... . ... ... . . ... ........ .... .... .. .............. ... .... . .... . . . . .... .. . . ... . . . . . ... . .. . . .. . . .. . .... . . . . . ...... . . . . . .. . . . . ............................... . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 8 5 8888 2 666 888 4 0 888 11111111 5555 0000 44 77777777777777 777 5555 1 5555 7 1 5 5 3333 44 1 5 444 4 5 4 4 8 111 5 99 9 1 66 6 0 99 1 2222 7 2 0 8 8 000000 5 2 0 0 0 88 3 7 0 7 0000000000000000000000000000000 3 777 7 3333 7
consensus : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTT--NCGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGCC-------AGCC-A-CA-ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
Reference ( family-399 ) : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTT--ANGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGCC-------AGCC-A-CANATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
gi|1 : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATTATAGAGATACAGTGAATTCATTTATATTTAATTTCATAAAGGGAGGTA-TTAATATGCAAAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGTTCATTCACAATGCATAA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTGTTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-ATTATATGTACTGACCAGATTGCAGCGAGCGCGCTTAGCTACAAAGCAA---------------TCAAAGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGTTCTCGACCATGACTA--ATATACTATGGA-------------------------CAGGACT-GACAA-TTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTGATA-GGAGTAGGATCCAGTTTAGGATTCAAGACTACTCA--CATGGTATATA-AAGG-ACAGAT--ATATAAACCC-GTTGGATCATAGAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGAGAGGTAAATACATTCACAACAACGGAATTT--AAGATTGT-TGGGAACTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATAATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAATAAA--CCAAGACATAAATGCACAGACCAGACTACGACGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCTTAGACACAATGTTAAGGCCTCTGCCAAACCAA-TACATTTGGT--GTCGACCATGAC-TTATATT-CTATGGATTTACACGCAACACATCTGGACTGGACGGAC
gi|10 : TATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTTGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GTCAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTATATG-A
gi|10 : taTATAGATA-AGCA---TAATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCATAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATgcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|11 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatA----TAA--G--------------GAGATACTAATCTTTAAA---CAACCAA-AC----ATATA----AT-TACAGACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTACTACAATGCAAACCAGAGACACACTATCAAGGCATATACCAACCC-AA-TCGAA----TGGGTGTAAACCATGACTT--ATATGCTATAGTTTT-GCATGCAATACATCTGG---AC-TGATGTGAC-ACTTTACAT-ACATGAACTG---ACAGTTTTATA-TAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGTATA-AAGA-ACAGCT--TTAGATACCCGGTTGGTTCATaga
gi|12 : T--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGTTACAATGCAAACCATAGATACAATAACAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATATGG---ACAGGGTG-GACACATTTACAT-ACATGATCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CATGC-ATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-ATTGGATCAgaatata
gi|13 : ATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTTATA-AAGA-A
gi|16 : T--G--------------GAGATACTCATTTGTGAAAAATAGC--AGAC----ATA-A----ATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCGCTTAGCTACAATGTTAACCATAGACACAATACCAA------TATCAAGC---A-TATATCATATGGGTATCAATCATGACTT--ATATACTTTGGTCTT-ACATGCAACACGCCTGG---ACTGGACG-AAC-AATTTACAT-ACATGAACCG---ATTGCT
gi|17 : AAAATTACAT-AATTAAAATG---ATAG-TTTGTA-TGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATG-AGATATGGTTATA----C-ATAAGGTCATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTCTAATTGAATA----GAGATAATTACAT
gi|18 : tgtaaccctggcagaacagtagaagtgaTATTTG-TGAAC-AA--CCA-GACGTAGATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGG-C-------AGCT-ATCAAAT-------------CATGAC-TTATA-TACTATGGTTTTACATGCAACACATCTCGACTAAACa
gi|18 : TATTTGTGAA---CAACCA-GAC----GTA-G----ATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGGC--------AGCT-AT-CAAAT---------------CATGACTT--ATATACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTCG---AC----TA-AAC--CTTTAAATGACATAA--TGCATATGGTTTTATACT--GTAGGctttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : AT-AAAGCCAAGACATAAATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGCCC-------AG--------GTTTGGCAGA--GGCCTTGATATTGTA-T-CTATGG-TTT----GCAATGTATATGGA
gi|19 : ATG----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGAgataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|2 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaTGA--------TATA----TA----TAT--ATAGAGAGAGAGAGAGAGATAATTATTTGTGAA---TAACTAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATCTGCTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTA-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTT--ACGATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGTTCATTCACAATGCATGATATAAA------TATGGAGATA-ATTAT
gi|2 : tttgaaacagctgagagacTATACATACA-TACA--CATACATAT---AT---ATATAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATATTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGACATTTATA-A----ATGTACAGACTAagtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|20 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAATGGAATTTACAATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAACGCAT-A--------TATA----TA----TAT--
gi|22 : TTACAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCTTTTTAGATGCACATTCACAA-GTTTGATATATACGAGTATATGGAAATA-ATTATTTG-TGAAC-AA--CCatcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|23 : aACC-AA-TATAA----ATAGTGTCAGTCGAAGCTT--AAACACCA-GGATCTAACAAGTAACACTTCTGGCCTGCAG---G-AAC-AATTTATAT-ACATG
gi|24 : taccAGCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTACta
gi|26 : agaacggaagaatccaattcttatATATATAA--------TATACAAATA----TAT--G--------------TAGATAATAATTTGTGCA---CAGCC-AGAC----ATC-A----ATGGGCAGACat
gi|28 : acCATACAGGGAGATAATTGAATTTACAAAAACGGAATTC--CCGATTTT-
gi|3 : GA--------GATA-----A----TAT--G--------------GATATAATTATTTGTAAA---CAACCA-GAC----ATA-A----TTGTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGGCCTAGCTACAATGCAAACCATGGGTCCAATATCAAGGCTTCTACCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCAGCCATGACTT--ATGTACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTGG---TCTGGACG-GAC--ATTTACAT-ACATGAACAG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTATATA-AAGGAACAGAT--TTTGAAATTC-ATTGGATCATGAAGATACAGTGAATTAA-TA--TATATTTTATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATAGAATTT--CAGATTTT-TGGGATCTTTT---AT----AT-----ATACATCTTATATA------TATggaa
gi|30 : tatatatttaaagg--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|4 : TAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCGTCTAGCTAAAATGCAAACAATAGATACAGTGTCAAGGCTTCTGCCAAACC-AAATAAAT----TTTGTGTCGACCATGGCTT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACATGATG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATG-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTTTA-AAGG-ACAGAT--T--------------GATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTGAATGTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|4 : ATAATATATATAGAGTCATTTTATATATAT----------AAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACAGAATTTA--ATT------ATCTCCCTTT---ATGA-CATTCAATATATATGAATTCACTGTATC----TA----TAT--G--------------tgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|5 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatACGGAATTGACGATTTTTTGGATCT---TTTCGGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TATATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAAAC-TATGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGACGACCATGACTT--ATA--CTATGGAATT-ACATGCAACGCATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|6 : tatatatatatataaatATATATAAT-AAT---ATA------GATAATTCA-ATTCACAACAATGGAATTTACGATTTTTGAGATataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|6 : tgcatatATTCACAACA-ATGG--------AATT----TACGATTTT--T--------------GAGATAATTATT-GTAAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAATC-AA-TTAAT----TTGGTGTCGACCATGACCTCTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---AAAGGGTC-GACAAATTTACAT-ACATCAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACCC-ATTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--GATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTGAATTCACAACAATGGAATTT--ACGATTTT-T-GGATCTTTTCAGATGCTTATTCATAATGCAAGATATATA------TAT----ATATATCCTTTACTGAAT-aattattgtaaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaatcaattaatttggtgtcgaccatgacctctatatactatggaattacatgcaacacatctggaaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacccattggatcatatagatacagtgaattcatagatatttaatttcataaagggagataattgaattcacaacaatggaatttacgatttttggatcttttcagatgcttattcataatgcaagatatatatatatatatcctttactgaatc
gi|7 : tgcatatatatataataatatagataattcaGAGATAATTAA-ATTCACAACCACGGATTTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTAATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTAG---ACAGGGTG-GCCAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATT-TGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCGTc
gi|7 : AGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGAAATTtgttgtgaatttaattatctccct
gi|8 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAATAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCGCCTAGCTACAATGCCAACCATAGATATAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAAAT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACAAGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TT--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|8 : atatatatatATATATAT---AT---ATAAAGGGGGATAAATAA-ATTCACAACAACGGAATTTAcgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|9 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataatT-AAT---TTAAAGGGAGATCATTAA-ATTAACAA-AACGGAATTTACGATTTGTGGGATCT---TTTCAGACGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TACA--TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCGCCTAGCTACAATGC-AACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACCAAA-TTAAT----TTGGTGTCGATAATGACGT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTACAAACCC-GTTGAATTATATATATAattacatgtgaaa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATATGTGAATATAAAATTTACAAATTAAAAAAGGTCTAGATCTATCAAGTGATTTGTATGTGTGTATATATATATTTTTATCTTATATATCACGTTAGATACTCTATATTTTACTTTAATATGCATATATATTAGTCAGTTTAACACATTTATTTGTTGAGGTTGTATTTTTTTATTTAAGCGTATATATATTTACAAACAACATATATATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGG
Unaligned ( gi|15 ): CGTAGTTATATTGACAATGAAATGAATAATTAAATGAAATGATTGCTCTCTTTGTCACATTAAGTATACTACATATATGTTACTTTTAATATGTATATATATATTAGTTAGTTCAACATATTTTTTTGTCGAGGATGAATATTTTTTTATTTAAACGTATATATATTTGCAAACAACATATATGTTTATGTCATCAAATATAGTCATGTTTGGTGCTTCATAG
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATATTTGTACAGTTTACCATATTAATTTGTCGAGGGTGTATTTTTTTACTTTAACATGTATATATTTATAAACGACATATATAAATTATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGCCGACTCA
Unaligned ( gi|25 ): ACCTTGGTTCAGTTATGCTAAACATGCAATTAAGATGGAGTAACGATTTAAAGGGACATACGGACTTTCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTTAGAATGGAGTTTTTTATGCCATTTCCAATCCATATTATCTCCCTATA
Unaligned ( gi|29 ): TTTGAGACAGAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 333 11111111 1111 11111111111111 1111 222222 1 1 11 11111111111111111111111111111111 1 111 2
lowQualScore : 1 1 8 2 2222 0 222 888 0 4 888 22222222 6666 0000 33 44444444444444 333 4444 2 4444 0 2 2 2 5555 33 2 2 444 0 2 5 2 1 444 2 33 2 3 44 3 5 66 0 1111 6 3 1 0 0 333333 2 0 0 0 8 33 7 0 1 33333333333333333333333333333333 3 777 6 8888 0
lowQualScore : . . . . .... . ... ... . . ... ........ .... .... .. .............. ... .... . .... . . . . .... .. . . ... . . . . . ... . .. . . .. . . .. . .... . . . . . ...... . . . . . .. . . . ................................ . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 8 5 8888 2 666 888 4 0 888 11111111 5555 0000 44 77777777777777 777 5555 1 5555 7 1 5 5 3333 44 1 5 444 4 5 4 4 8 111 5 99 9 1 66 6 0 99 1 2222 7 2 0 8 8 000000 5 2 0 0 0 88 3 7 0 00000000000000000000000000000000 3 777 7 3333 7
consensus : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
Reference ( family-399 ) : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
gi|1 : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATTATAGAGATACAGTGAATTCATTTATATTTAATTTCATAAAGGGAGGTA-TTAATATGCAAAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGTTCATTCACAATGCATAA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTGTTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-ATTATATGTACTGACCAGATTGCAGCGAGCGCGCTTAGCTACAAAGCAA---------------TCAAAGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGTTCTCGACCATGACTA--ATATACTATGGA-------------------------CAGGACT-GACAA-TTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTGATA-GGAGTAGGATCCAGTTTAGGATTCAAGACTACTCA--CATGGTATATA-AAGG-ACAGAT--ATATAAACCC-GTTGGATCATAGAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGAGAGGTAAATACATTCACAACAACGGAATTTAA--GATTGT-TGGGAACTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATAATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAATAAA--CCAAGACATAAATGCACAGACCAGACTACGACGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCTTAGACACAATGTTAAGGCCTCTGCCAAACCAATACATTTGGT--GTCGACCATGAC-TTATATT-CTATGGATTTACACGCAACACATCTGGACTGGACGGAC
gi|10 : TATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTTGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GTCAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTATATG-A
gi|10 : taTATAGATA-AGCA---TAATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCATAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATgcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|11 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatA----TAA--G--------------GAGATACTAATCTTTAAA---CAACCAA-AC----ATATA----AT-TACAGACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTACTACAATGCAAACCAGAGACACACTATCAAGGCATATACCAACCC-AA-TCGAA----TGGGTGTAAACCATGACTT--ATATGCTATAGTTTT-GCATGCAATACATCTGG---AC-TGATGTGAC-ACTTTACAT-ACATGAACTG---ACAGTTTTATA-TAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGTATA-AAGA-ACAGCT--TTAGATACCCGGTTGGTTCATaga
gi|12 : T--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGTTACAATGCAAACCATAGATACAATAACAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATATGG---ACAGGGTG-GACACATTTACAT-ACATGATCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CATGC-ATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-ATTGGATCAgaatata
gi|13 : ATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTTATA-AAGA-A
gi|16 : T--G--------------GAGATACTCATTTGTGAAAAATAGC--AGAC----ATA-A----ATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCGCTTAGCTACAATGTTAACCATAGACACAATACCAA------TATCAAGC---A-TATATCATATGGGTATCAATCATGACTT--ATATACTTTGGTCTT-ACATGCAACACGCCTGG---ACTGGACG-AAC-AATTTACAT-ACATGAACCG---ATTGCT
gi|17 : AAAATTACAT-AATTAAAATG---ATAG-TTTGTA-TGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATG-AGATATGGTTATA----C-ATAAGGTCATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTCTAATTGAATA----GAGATAATTACAT
gi|18 : tgtaaccctggcagaacagtagaagtgaTATTTG-TGAAC-AA--CCA-GACGTAGATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGG---CAGCTAT--CA----AAT------------CATGAC-TTATA-TACTATGGTTTTACATGCAACACATCTCGACTAAACa
gi|18 : TATTTGTGAA---CAACCA-GAC----GTA-G----ATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGGC--------AGCT-AT-CAAAT---------------CATGACTT--ATATACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTCG---AC----TA-AAC--CTTTAAATGACATAA--TGCATATGGTTTTATACT--GTAGGctttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : AT-AAAGCCAAGACATAAATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGCC--CAG------------GTTTGGCAGA--GGCCTTGATATTGTA-T-CTATGG-TTT----GCAATGTATATGGA
gi|19 : ATG----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGAgataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|2 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaTGA--------TATA----TA----TAT--ATAGAGAGAGAGAGAGAGATAATTATTTGTGAA---TAACTAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATCTGCTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTA-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTAC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGTTCATTCACAATGCATGATATAAA------TATGGAGATA-ATTAT
gi|2 : tttgaaacagctgagagacTATACATACA-TACA--CATACATAT---AT---ATATAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATATTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGACATTTATA-A----ATGTACAGACTAagtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|20 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAATGGAATTTACAATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAACGCAT-A--------TATA----TA----TAT--
gi|22 : TTACAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCTTTTTAGATGCACATTCACAA-GTTTGATATATACGAGTATATGGAAATA-ATTATTTG-TGAAC-AA--CCatcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|23 : aACC-AA-TATAA----ATAGTGTCAGTCGAAGCTT--AAACACCA-GGATCTAACAAGTAACACTTCTGGCCTGCAG---G-AAC-AATTTATAT-ACATG
gi|24 : taccAGCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTACta
gi|26 : agaacggaagaatccaattcttatATATATAA--------TATACAAATA----TAT--G--------------TAGATAATAATTTGTGCA---CAGCC-AGAC----ATC-A----ATGGGCAGACat
gi|28 : acCATACAGGGAGATAATTGAATTTACAAAAACGGAATTCCC--GATTTT-
gi|3 : GA--------GATA-----A----TAT--G--------------GATATAATTATTTGTAAA---CAACCA-GAC----ATA-A----TTGTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGGCCTAGCTACAATGCAAACCATGGGTCCAATATCAAGGCTTCTACCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCAGCCATGACTT--ATGTACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTGG---TCTGGACG-GAC--ATTTACAT-ACATGAACAG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTATATA-AAGGAACAGAT--TTTGAAATTC-ATTGGATCATGAAGATACAGTGAATTAA-TA--TATATTTTATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATAGAATTTCA--GATTTT-TGGGATCTTTT---AT----AT-----ATACATCTTATATA------TATggaa
gi|30 : tatatatttaaagg--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|4 : TAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCGTCTAGCTAAAATGCAAACAATAGATACAGTGTCAAGGCTTCTGCCAAACC-AAATAAAT----TTTGTGTCGACCATGGCTT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACATGATG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATG-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTTTA-AAGG-ACAGAT--T--------------GATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTGAATGTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|4 : ATAATATATATAGAGTCATTTTATATATAT----------AAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACAGAATTTA--ATT------ATCTCCCTTT---ATGA-CATTCAATATATATGAATTCACTGTATC----TA----TAT--G--------------tgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|5 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatACGGAATTGACGATTTTTTGGATCT---TTTCGGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TATATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAAAC-TATGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGACGACCATGACTT--ATA--CTATGGAATT-ACATGCAACGCATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|6 : tatatatatatataaatATATATAAT-AAT---ATA------GATAATTCA-ATTCACAACAATGGAATTTACGATTTTTGAGATataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|6 : tgcatatATTCACAACA-ATGG--------AATT----TACGATTTT--T--------------GAGATAATTATT-GTAAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAATC-AA-TTAAT----TTGGTGTCGACCATGACCTCTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---AAAGGGTC-GACAAATTTACAT-ACATCAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACCC-ATTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--GATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTGAATTCACAACAATGGAATTTAC--GATTTT-T-GGATCTTTTCAGATGCTTATTCATAATGCAAGATATATA------TAT----ATATATCCTTTACTGAAT-aattattgtaaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaatcaattaatttggtgtcgaccatgacctctatatactatggaattacatgcaacacatctggaaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacccattggatcatatagatacagtgaattcatagatatttaatttcataaagggagataattgaattcacaacaatggaatttacgatttttggatcttttcagatgcttattcataatgcaagatatatatatatatatcctttactgaatc
gi|7 : tgcatatatatataataatatagataattcaGAGATAATTAA-ATTCACAACCACGGATTTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTAATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTAG---ACAGGGTG-GCCAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATT-TGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCGTc
gi|7 : AGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGAAATTtgttgtgaatttaattatctccct
gi|8 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAATAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCGCCTAGCTACAATGCCAACCATAGATATAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAAAT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACAAGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TT--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|8 : atatatatatATATATAT---AT---ATAAAGGGGGATAAATAA-ATTCACAACAACGGAATTTAcgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|9 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataatT-AAT---TTAAAGGGAGATCATTAA-ATTAACAA-AACGGAATTTACGATTTGTGGGATCT---TTTCAGACGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TACA--TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCGCCTAGCTACAATGC-AACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACCAAA-TTAAT----TTGGTGTCGATAATGACGT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTACAAACCC-GTTGAATTATATATATAattacatgtgaaa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATATGTGAATATAAAATTTACAAATTAAAAAAGGTCTAGATCTATCAAGTGATTTGTATGTGTGTATATATATATTTTTATCTTATATATCACGTTAGATACTCTATATTTTACTTTAATATGCATATATATTAGTCAGTTTAACACATTTATTTGTTGAGGTTGTATTTTTTTATTTAAGCGTATATATATTTACAAACAACATATATATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGG
Unaligned ( gi|15 ): CGTAGTTATATTGACAATGAAATGAATAATTAAATGAAATGATTGCTCTCTTTGTCACATTAAGTATACTACATATATGTTACTTTTAATATGTATATATATATTAGTTAGTTCAACATATTTTTTTGTCGAGGATGAATATTTTTTTATTTAAACGTATATATATTTGCAAACAACATATATGTTTATGTCATCAAATATAGTCATGTTTGGTGCTTCATAG
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATATTTGTACAGTTTACCATATTAATTTGTCGAGGGTGTATTTTTTTACTTTAACATGTATATATTTATAAACGACATATATAAATTATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGCCGACTCA
Unaligned ( gi|25 ): ACCTTGGTTCAGTTATGCTAAACATGCAATTAAGATGGAGTAACGATTTAAAGGGACATACGGACTTTCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTTAGAATGGAGTTTTTTATGCCATTTCCAATCCATATTATCTCCCTATA
Unaligned ( gi|29 ): TTTGAGACAGAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 333 11111111 1111 11111111111111 1111 222222 1 1 11 11111111111111111111111111111111 1 111 2
lowQualScore : 1 1 8 2 2222 0 222 888 0 4 888 22222222 6666 0000 33 44444444444444 333 4444 2 4444 0 2 2 2 5555 33 2 2 444 0 2 5 2 1 444 2 33 2 3 44 3 5 66 0 1111 6 3 1 0 0 333333 2 0 0 0 8 33 7 0 1 33333333333333333333333333333333 3 777 6 8888 0
lowQualScore : . . . . .... . ... ... . . ... ........ .... .... .. .............. ... .... . .... . . . . .... .. . . ... . . . . . ... . .. . . .. . . .. . .... . . . . . ...... . . . . . .. . . . ................................ . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 8 5 8888 2 666 888 4 0 888 11111111 5555 0000 44 77777777777777 777 5555 1 5555 7 1 5 5 3333 44 1 5 444 4 5 4 4 8 111 5 99 9 1 66 6 0 99 1 2222 7 2 0 8 8 000000 5 2 0 0 0 88 3 7 0 00000000000000000000000000000000 3 777 7 3333 7
consensus : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
Reference ( family-399 ) : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
gi|1 : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATTATAGAGATACAGTGAATTCATTTATATTTAATTTCATAAAGGGAGGTA-TTAATATGCAAAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGTTCATTCACAATGCATAA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTGTTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-ATTATATGTACTGACCAGATTGCAGCGAGCGCGCTTAGCTACAAAGCAA---------------TCAAAGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGTTCTCGACCATGACTA--ATATACTATGGA-------------------------CAGGACT-GACAA-TTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTGATA-GGAGTAGGATCCAGTTTAGGATTCAAGACTACTCA--CATGGTATATA-AAGG-ACAGAT--ATATAAACCC-GTTGGATCATAGAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGAGAGGTAAATACATTCACAACAACGGAATTTAA--GATTGT-TGGGAACTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATAATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAATAAA--CCAAGACATAAATGCACAGACCAGACTACGACGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCTTAGACACAATGTTAAGGCCTCTGCCAAACCAATACATTTGGT--GTCGACCATGAC-TTATATT-CTATGGATTTACACGCAACACATCTGGACTGGACGGAC
gi|10 : TATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTTGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GTCAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTATATG-A
gi|10 : taTATAGATA-AGCA---TAATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCATAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATgcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|11 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatA----TAA--G--------------GAGATACTAATCTTTAAA---CAACCAA-AC----ATATA----AT-TACAGACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTACTACAATGCAAACCAGAGACACACTATCAAGGCATATACCAACCC-AA-TCGAA----TGGGTGTAAACCATGACTT--ATATGCTATAGTTTT-GCATGCAATACATCTGG---AC-TGATGTGAC-ACTTTACAT-ACATGAACTG---ACAGTTTTATA-TAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGTATA-AAGA-ACAGCT--TTAGATACCCGGTTGGTTCATaga
gi|12 : T--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGTTACAATGCAAACCATAGATACAATAACAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATATGG---ACAGGGTG-GACACATTTACAT-ACATGATCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CATGC-ATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-ATTGGATCAgaatata
gi|13 : ATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTTATA-AAGA-A
gi|16 : T--G--------------GAGATACTCATTTGTGAAAAATAGC--AGAC----ATA-A----ATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCGCTTAGCTACAATGTTAACCATAGACACAATACCAA------TATCAAGC---A-TATATCATATGGGTATCAATCATGACTT--ATATACTTTGGTCTT-ACATGCAACACGCCTGG---ACTGGACG-AAC-AATTTACAT-ACATGAACCG---ATTGCT
gi|17 : AAAATTACAT-AATTAAAATG---ATAG-TTTGTA-TGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATG-AGATATGGTTATA----C-ATAAGGTCATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTCTAATTGAATA----GAGATAATTACAT
gi|18 : tgtaaccctggcagaacagtagaagtgaTATTTG-TGAAC-AA--CCA-GACGTAGATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGG---CAGCTAT--CA----AAT------------CATGAC-TTATA-TACTATGGTTTTACATGCAACACATCTCGACTAAACa
gi|18 : TATTTGTGAA---CAACCA-GAC----GTA-G----ATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGGC--------AGCT-AT-CAAAT---------------CATGACTT--ATATACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTCG---AC----TA-AAC--CTTTAAATGACATAA--TGCATATGGTTTTATACT--GTAGGctttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : AT-AAAGCCAAGACATAAATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGCC--CAG------------GTTTGGCAGA--GGCCTTGATATTGTA-T-CTATGG-TTT----GCAATGTATATGGA
gi|19 : ATG----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGAgataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|2 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaTGA--------TATA----TA----TAT--ATAGAGAGAGAGAGAGAGATAATTATTTGTGAA---TAACTAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATCTGCTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTA-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTAC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGTTCATTCACAATGCATGATATAAA------TATGGAGATA-ATTAT
gi|2 : tttgaaacagctgagagacTATACATACA-TACA--CATACATAT---AT---ATATAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATATTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGACATTTATA-A----ATGTACAGACTAagtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|20 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAATGGAATTTACAATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAACGCAT-A--------TATA----TA----TAT--
gi|22 : TTACAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCTTTTTAGATGCACATTCACAA-GTTTGATATATACGAGTATATGGAAATA-ATTATTTG-TGAAC-AA--CCatcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|23 : aACC-AA-TATAA----ATAGTGTCAGTCGAAGCTT--AAACACCA-GGATCTAACAAGTAACACTTCTGGCCTGCAG---G-AAC-AATTTATAT-ACATG
gi|24 : taccAGCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTACta
gi|26 : agaacggaagaatccaattcttatATATATAA--------TATACAAATA----TAT--G--------------TAGATAATAATTTGTGCA---CAGCC-AGAC----ATC-A----ATGGGCAGACat
gi|28 : acCATACAGGGAGATAATTGAATTTACAAAAACGGAATTCCC--GATTTT-
gi|3 : GA--------GATA-----A----TAT--G--------------GATATAATTATTTGTAAA---CAACCA-GAC----ATA-A----TTGTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGGCCTAGCTACAATGCAAACCATGGGTCCAATATCAAGGCTTCTACCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCAGCCATGACTT--ATGTACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTGG---TCTGGACG-GAC--ATTTACAT-ACATGAACAG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTATATA-AAGGAACAGAT--TTTGAAATTC-ATTGGATCATGAAGATACAGTGAATTAA-TA--TATATTTTATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATAGAATTTCA--GATTTT-TGGGATCTTTT---AT----AT-----ATACATCTTATATA------TATggaa
gi|30 : tatatatttaaagg--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|4 : TAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCGTCTAGCTAAAATGCAAACAATAGATACAGTGTCAAGGCTTCTGCCAAACC-AAATAAAT----TTTGTGTCGACCATGGCTT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACATGATG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATG-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTTTA-AAGG-ACAGAT--T--------------GATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTGAATGTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|4 : ATAATATATATAGAGTCATTTTATATATAT----------AAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACAGAATTTA--ATT------ATCTCCCTTT---ATGA-CATTCAATATATATGAATTCACTGTATC----TA----TAT--G--------------tgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|5 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatACGGAATTGACGATTTTTTGGATCT---TTTCGGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TATATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAAAC-TATGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGACGACCATGACTT--ATA--CTATGGAATT-ACATGCAACGCATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|6 : tatatatatatataaatATATATAAT-AAT---ATA------GATAATTCA-ATTCACAACAATGGAATTTACGATTTTTGAGATataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|6 : tgcatatATTCACAACA-ATGG--------AATT----TACGATTTT--T--------------GAGATAATTATT-GTAAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAATC-AA-TTAAT----TTGGTGTCGACCATGACCTCTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---AAAGGGTC-GACAAATTTACAT-ACATCAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACCC-ATTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--GATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTGAATTCACAACAATGGAATTTAC--GATTTT-T-GGATCTTTTCAGATGCTTATTCATAATGCAAGATATATA------TAT----ATATATCCTTTACTGAAT-aattattgtaaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaatcaattaatttggtgtcgaccatgacctctatatactatggaattacatgcaacacatctggaaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacccattggatcatatagatacagtgaattcatagatatttaatttcataaagggagataattgaattcacaacaatggaatttacgatttttggatcttttcagatgcttattcataatgcaagatatatatatatatatcctttactgaatc
gi|7 : tgcatatatatataataatatagataattcaGAGATAATTAA-ATTCACAACCACGGATTTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTAATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTAG---ACAGGGTG-GCCAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATT-TGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCGTc
gi|7 : AGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGAAATTtgttgtgaatttaattatctccct
gi|8 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAATAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCGCCTAGCTACAATGCCAACCATAGATATAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAAAT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACAAGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TT--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|8 : atatatatatATATATAT---AT---ATAAAGGGGGATAAATAA-ATTCACAACAACGGAATTTAcgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|9 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataatT-AAT---TTAAAGGGAGATCATTAA-ATTAACAA-AACGGAATTTACGATTTGTGGGATCT---TTTCAGACGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TACA--TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCGCCTAGCTACAATGC-AACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACCAAA-TTAAT----TTGGTGTCGATAATGACGT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTACAAACCC-GTTGAATTATATATATAattacatgtgaaa
blockSeqs : A G C G CATT TA . . CCC ATTCACTG CAAA CGAT AT TAGAGAGAGAGAGA AAA ATTT T . C A A CATA CT A A CCT T A G G CAT C AG T A GG G G AT TTCT C C T CGAGTA G T C . AG A A CCAGGTTTGGCAGAGG A TA T ACAT
blockSeqs : C G G ACA TA . . . . . CA . . . . . . A . . . . T . . . A . C . . . . . . . . . AC . T A . G . . . . . T CAGCTATCAAAT . T . .
blockSeqs : T . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . C . . . . . . . . . CC . C T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . G . . . . . . . . . CA . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . A . C . . . . . . . . . AC .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . A . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . A . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . T . . . A . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . T . . . A . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C . . . . A . . . A . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : *** *** ****
originalCons : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATATT-AAT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
finalCons : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATATGTGAATATAAAATTTACAAATTAAAAAAGGTCTAGATCTATCAAGTGATTTGTATGTGTGTATATATATATTTTTATCTTATATATCACGTTAGATACTCTATATTTTACTTTAATATGCATATATATTAGTCAGTTTAACACATTTATTTGTTGAGGTTGTATTTTTTTATTTAAGCGTATATATATTTACAAACAACATATATATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGG
Unaligned ( gi|15 ): CGTAGTTATATTGACAATGAAATGAATAATTAAATGAAATGATTGCTCTCTTTGTCACATTAAGTATACTACATATATGTTACTTTTAATATGTATATATATATTAGTTAGTTCAACATATTTTTTTGTCGAGGATGAATATTTTTTTATTTAAACGTATATATATTTGCAAACAACATATATGTTTATGTCATCAAATATAGTCATGTTTGGTGCTTCATAG
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATATTTGTACAGTTTACCATATTAATTTGTCGAGGGTGTATTTTTTTACTTTAACATGTATATATTTATAAACGACATATATAAATTATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGCCGACTCA
Unaligned ( gi|25 ): ACCTTGGTTCAGTTATGCTAAACATGCAATTAAGATGGAGTAACGATTTAAAGGGACATACGGACTTTCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTTAGAATGGAGTTTTTTATGCCATTTCCAATCCATATTATCTCCCTATA
Unaligned ( gi|29 ): TTTGAGACAGAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 11111111 1111 11111111111111 1111 222222 1 1 11 11111111111111111111111111111111 1 111 2
lowQualScore : 1 1 8 2 444444 777 777 3 888 22222222 6666 0000 33 44444444444444 333 4444 2 4444 0 2 2 2 5555 33 2 2 444 0 2 5 2 1 444 2 33 2 3 44 3 5 66 0 1111 6 3 1 0 0 333333 2 0 0 0 8 33 7 0 1 33333333333333333333333333333333 3 777 6 8888 0
lowQualScore : . . . . ...... ... ... . ... ........ .... .... .. .............. ... .... . .... . . . . .... .. . . ... . . . . . ... . .. . . .. . . .. . .... . . . . . ...... . . . . . .. . . . ................................ . ... . .... .
lowQualScore : 0 0 8 5 888888 888 888 6 888 11111111 5555 0000 44 77777777777777 777 5555 1 5555 7 1 5 5 3333 44 1 5 444 4 5 4 4 8 111 5 99 9 1 66 6 0 99 1 2222 7 2 0 8 8 000000 5 2 0 0 0 88 3 7 0 00000000000000000000000000000000 3 777 7 3333 7
consensus : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
Reference ( family-399 ) : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATNATATANATACAGTAAATTCATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTNC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAAT-AA--CCAAGACGTAAATGNACAGGCCAGACTACGGCGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGACACAATATCAAGGC--CAGCCA---CA----ATTTGGC--G--GGCCATGAC-TTATA-T-CTATGG-TTTACACGCAACGCATCTGGACTGGACGGAC
gi|1 : TATATGAGTAGGATCCAGTTGTGGATTCATGACTACTCACATGCTGTATAAAGGACAGATTTATAAACCCGTTTGATTATAGAGATACAGTGAATTCATTTATATTTAATTTCATAAAGGGAGGTA-TTAATATGCAAAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGTTCATTCACAATGCATAA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTGTTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-ATTATATGTACTGACCAGATTGCAGCGAGCGCGCTTAGCTACAAAGCAA---------------TCAAAGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGTTCTCGACCATGACTA--ATATACTATGGA-------------------------CAGGACT-GACAA-TTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTGATA-GGAGTAGGATCCAGTTTAGGATTCAAGACTACTCA--CATGGTATATA-AAGG-ACAGAT--ATATAAACCC-GTTGGATCATAGAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGAGAGGTAAATACATTCACAACAACGGAATTTAA--GATTGT-TGGGAACTTTTCAGATGCTCATTCACAATGCATAATATATA------TATGGAGATA-ATTATTTG-TGAATAAA--CCAAGACATAAATGCACAGACCAGACTACGACGAGCGCGCCTAGCTACAATGCAAACCTTAGACACAATGTTAAGGCCTCTGCCAAACCAATACATTTGGT--GTCGACCATGAC-TTATATT-CTATGGATTTACACGCAACACATCTGGACTGGACGGAC
gi|10 : TATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTTGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GTCAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTTATGACTACTCA--CATGCTATATG-A
gi|10 : taTATAGATA-AGCA---TAATATATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCATAACAACGGAATTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATgcatctgaaaagatcccaaaaatcgtaaattccgttgttatgaatttaattatctccctttatatatatatattatgcttatctataaga
gi|11 : tatatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaattttgtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctggacagggtggtcaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggatttatgactactcacatgctatA----TAA--G--------------GAGATACTAATCTTTAAA---CAACCAA-AC----ATATA----AT-TACAGACCAGACTACAGCGTGCGCGGCTTACTACAATGCAAACCAGAGACACACTATCAAGGCATATACCAACCC-AA-TCGAA----TGGGTGTAAACCATGACTT--ATATGCTATAGTTTT-GCATGCAATACATCTGG---AC-TGATGTGAC-ACTTTACAT-ACATGAACTG---ACAGTTTTATA-TAAGTAGGATCCAAATAAGTATTCATAATTACACA--CACGCTGTATA-AAGA-ACAGCT--TTAGATACCCGGTTGGTTCATaga
gi|12 : T--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGTTACAATGCAAACCATAGATACAATAACAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATATGG---ACAGGGTG-GACACATTTACAT-ACATGATCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTAATGACTACTCA--CATGC-ATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-ATTGGATCAgaatata
gi|13 : ATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGTCTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAAGATCCAGTTAAGGATTCATGACGACGCA--CATGCTTTATA-AAGA-A
gi|16 : T--G--------------GAGATACTCATTTGTGAAAAATAGC--AGAC----ATA-A----ATGTGCAGACGAGGCTATGGAGAGCGCGCTTAGCTACAATGTTAACCATAGACACAATACCAA------TATCAAGC---A-TATATCATATGGGTATCAATCATGACTT--ATATACTTTGGTCTT-ACATGCAACACGCCTGG---ACTGGACG-AAC-AATTTACAT-ACATGAACCG---ATTGCT
gi|17 : AAAATTACAT-AATTAAAATG---ATAG-TTTGTA-TGGGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATAACTATTCAAGCATGATATAGATAATG-AGATATGGTTATA----C-ATAAGGTCATGAAGATTCTGTGAATTCAGTGATTATTTCTAATTGAATA----GAGATAATTACAT
gi|18 : tgtaaccctggcagaacagtagaagtgaTATTTG-TGAAC-AA--CCA-GACGTAGATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGG---CAGCTAT--CA----AAT------------CATGAC-TTATA-TACTATGGTTTTACATGCAACACATCTCGACTAAACa
gi|18 : TATTTGTGAA---CAACCA-GAC----GTA-G----ATGAACAGGCCAGACTACTGTGAACGCGCCTAGCTACAATGCAAATCATCGACACAATATCAAGGC--------AGCT-AT-CAAAT---------------CATGACTT--ATATACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTCG---AC----TA-AAC--CTTTAAATGACATAA--TGCATATGGTTTTATACT--GTAGGctttaaatgacataatgcatatggttttatactgtagg
gi|19 : AT-AAAGCCAAGACATAAATGTACAGGCCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGCC--CAG------------GTTTGGCAGA--GGCCTTGATATTGTA-T-CTATGG-TTT----GCAATGTATATGGA
gi|19 : ATG----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGAgataattatttgtgaataatcaagacataaatgtacaga
gi|2 : ataaagccaagacataaatgtacaggccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaagcccaggtttggcagaggccttgatattgtatctatggtttgcaTGA--------TATA----TA----TAT--ATAGAGAGAGAGAGAGAGATAATTATTTGTGAA---TAACTAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACAGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATCTGCTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTA-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGATTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAACGGAATTTAC--GATTTT-TGGGATCTTTTCAGATGTTCATTCACAATGCATGATATAAA------TATGGAGATA-ATTAT
gi|2 : tttgaaacagctgagagacTATACATACA-TACA--CATACATAT---AT---ATATAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGGAATTTACGATATTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGACATTTATA-A----ATGTACAGACTAagtctgtacatttataaatgtcttggttattcacaaataattatctccatatatatatcatgcattgtgaatgagcatctgaaaagatcccaaatatcgtaaattccgttgttgtgaatttaattatctccctatatatatatgtatgtgtatgtatgtata
gi|20 : tttgaaacagctgagagactgatatatatatatagagagagagagagagataattatttgtgaataactaagacataaatgtacagaccagactacagcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatctgctatggaattacatgcaacacatctggacagggtagacaaatttacatacatgaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgattactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttaatttcataaagggagataattaaattcacaacaacggaatttacgatttttgggatcttttcagatgttcattcacaatgcatgatataaatatggagataattaATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAATGGAATTTACAATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTCATTCACAACGCAT-A--------TATA----TA----TAT--
gi|22 : TTACAACAACGGCATTTTTCTGATTTTCTGGAATCTTTTTAGATGCACATTCACAA-GTTTGATATATACGAGTATATGGAAATA-ATTATTTG-TGAAC-AA--CCatcccttcagaagtaatttatcagctttatgttgacttaaatgt
gi|23 : aACC-AA-TATAA----ATAGTGTCAGTCGAAGCTT--AAACACCA-GGATCTAACAAGTAACACTTCTGGCCTGCAG---G-AAC-AATTTATAT-ACATG
gi|24 : taccAGCTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTAAAGGATTCATGACTACta
gi|26 : agaacggaagaatccaattcttatATATATAA--------TATACAAATA----TAT--G--------------TAGATAATAATTTGTGCA---CAGCC-AGAC----ATC-A----ATGGGCAGACat
gi|28 : acCATACAGGGAGATAATTGAATTTACAAAAACGGAATTCCC--GATTTT-
gi|3 : GA--------GATA-----A----TAT--G--------------GATATAATTATTTGTAAA---CAACCA-GAC----ATA-A----TTGTTCTGATCAGACTTCAACAAGCAGGCCTAGCTACAATGCAAACCATGGGTCCAATATCAAGGCTTCTACCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCAGCCATGACTT--ATGTACTATGGTTTT-ACATGCAACACATCTGG---TCTGGACG-GAC--ATTTACAT-ACATGAACAG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTTA--CATGCTATATA-AAGGAACAGAT--TTTGAAATTC-ATTGGATCATGAAGATACAGTGAATTAA-TA--TATATTTTATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTCACAACAATAGAATTTCA--GATTTT-TGGGATCTTTT---AT----AT-----ATACATCTTATATA------TATggaa
gi|30 : tatatatttaaagg--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAatagtaacgtacatgtatatctgatgtactgttgtctatatatatatatatagtaatgtccatgtatatcagatgtactattgtctatatatatatatatatactaacgtccatgtatatctgat
gi|4 : TAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGATCAGATTAAGGGGAGTGCGTCTAGCTAAAATGCAAACAATAGATACAGTGTCAAGGCTTCTGCCAAACC-AAATAAAT----TTTGTGTCGACCATGGCTT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACATGATG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATG-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTGTTTA-AAGG-ACAGAT--T--------------GATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTGAATGTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|4 : ATAATATATATAGAGTCATTT----TATAT---AT---ATAAAGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACAGAATTTA--ATT------ATCTCCCTTT---ATGA-CATTCAATATATATGAATTCACTGTATC----TA----TAT--G--------------tgttgttgtgaatttaattatctccctttatatatataaaatgactctatatatattatatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|5 : taattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagatcagattaaggggagtgcgtctagctaaaatgcaaacaatagatacagtgtcaaggcttctgccaaaccaaataaattttgtgtcgaccatggcttgtatactatggaattacatgcaacacatctggacatgatggacaaatttacatacatgaactgatagctttatgtgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctgtttaaaggacagattgatTATATAT---AT---ATA------------TAA-AT--------ACGGAATTGACGATTTTTTGGATCT---TTTCGGATGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TATATG--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAATCAAGAC----ATA-A----ATGAACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAAAC-TATGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGACGACCATGACTT--ATA--CTATGGAATT-ACATGCAACGCATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACatacaatattgtatataatatatatattgtcagtttatcatatttatttgtcaagggtgtttaattttttacttaaacgtatatatacttataaataacatatatatttatgtcactgaataaagtcatgtttggcacc
gi|6 : CATATATAT---AT---AATAATATAGATAATTCA-ATTCACAACAATGGAATTTACGATTTTTGAGATataaatatctatataattccttacgacttgaatatatatctctctgtataattcctttataaatgcaaggacttgtgtttatatatctctgtataattcctcggtaaatgtaaagacttgatataattatatatatatatatatctatataat
gi|6 : tgATTCACAACA-ATGG--------AATT----TACGATTTT--T--------------GAGATAATTATT-GTAAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAGCTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAATC-AA-TTAAT----TTGGTGTCGACCATGACCTCTATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---AAAGGGTC-GACAAATTTACAT-ACATCAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTATAAACCC-ATTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--GATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTGAATTCACAACAATGGAATTTAC--GATTTT-T-GGATCTTTTCAGATGCTTATTCATAATGCAAGATATATA------TAT----ATATATCCTTTACTGAAT-aattattgtaaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctagctacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaatcaattaatttggtgtcgaccatgacctctatatactatggaattacatgcaacacatctggaaagggtcgacaaatttacatacatcaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacatatttataaacccattggatcatatagatacagtgaattcatagatatttaatttcataaagggagataattgaattcacaacaatggaatttacgatttttggatcttttcagatgcttattcataatgcaagatatatatatatatatcctttactgaatc
gi|7 : tgcatatatatataataatatagataattcaGAGATAATTAA-ATTCACAACCACGGATTTTACGATTTTTGGGATCT---TTTCAGATGCTAATTCACAATGCATGA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAGTGCGCCTAACTACAATGCAAACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTAG---ACAGGGTG-GCCAAATTTACAT-ACATGAACTG---ATAGCTTTATT-TGAGTAGAATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TA--TATATTTAATTTCGTc
gi|7 : AGGGAGATAATTAA-ATTCACAACAACGAAATTtgttgtgaatttaattatctccct
gi|8 : gagataattaaattcacaaccacggattttacgatttttgggatcttttcagatgctaattcacaatgcatgatatatatatggagataattatttgtgaataaccaagacataaatgtacagaccagactacggcgagtgcgcctaactacaatgcaaaccatagatacaatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaattacatgcaacacatctagacagggtggccaaatttacatacatgaactgatagctttatttgagtagaatccagttaaggattcatgactactcacatgctatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatatatatttA--------TATA----TA----TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAATAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGAATGCGCCTAGCTACAATGCCAACCATAGATATAATATCAAGGCCTCTGCCAAACC-AA-TAAAT----TTGGTGTCGACCATGACTT--ATATACTATGGAAAT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACAAGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGTTATATA-AAGG-ACAGAT--TTATAAACCC-GTTGGATCATATAGATACAGTGAATTCA-TT--TATATTTAATTTCATAAAGGGAGATAATTAAATTC
gi|8 : atatatatatATATATAT---AT---ATAAAGGGGGATAAATAA-ATTCACAACAACGGAATTTAcgttgttgtgaatttatttatccccctttatatatatatatattacatgtgaaa
gi|9 : atatatatatatatatatatggagataattatttgtgaataaccaatacataaatgtacagaccagactacggcgaatgcgcctagctacaatgccaaccatagatataatatcaaggcctctgccaaaccaataaatttggtgtcgaccatgacttatatactatggaaatacatgcaacacatctggacagggtggacaaatttacatacaagaagtgatagctttatatgagtaggatccagttaaggattcatgactactcacatgttatataaaggacagatttataaacccgttggatcatatagatacagtgaattcatttatatttaatttcataaagggagataat---AT---TTAAAGGGAGATCATTAA-ATTAACAA-AACGGAATTTACGATTTGTGGGATCT---TTTCAGACGCTCATTCACAATGCATGA--------TATA----TACA--TAT--G--------------GAGATAATTATTTGTGAA---TAACCAAGAC----ATA-A----ATGTACAGACCAGACTACGGCGTGTGCGCCTAGCTACAATGC-AACCATAGATACAATATCAAGGCCTCTGCCAAACCAAA-TTAAT----TTGGTGTCGATAATGACGT--GTATACTATGGAATT-ACATGCAACACATCTGG---ACAGGGTG-GACAAATTTACAT-ACATGAAGTG---ATAGCTTTATA-TGAGTAGGATCCAGTTAAGGATTCATGACTACTCA--CATGCTATATA-AAGG-ACATAT--TTACAAACCC-GTTGAATTATATATATAattacatgtgaaa
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TATAAATATATGTGAATATAAAATTTACAAATTAAAAAAGGTCTAGATCTATCAAGTGATTTGTATGTGTGTATATATATATTTTTATCTTATATATCACGTTAGATACTCTATATTTTACTTTAATATGCATATATATTAGTCAGTTTAACACATTTATTTGTTGAGGTTGTATTTTTTTATTTAAGCGTATATATATTTACAAACAACATATATATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGG
Unaligned ( gi|15 ): CGTAGTTATATTGACAATGAAATGAATAATTAAATGAAATGATTGCTCTCTTTGTCACATTAAGTATACTACATATATGTTACTTTTAATATGTATATATATATTAGTTAGTTCAACATATTTTTTTGTCGAGGATGAATATTTTTTTATTTAAACGTATATATATTTGCAAACAACATATATGTTTATGTCATCAAATATAGTCATGTTTGGTGCTTCATAG
Unaligned ( gi|21 ): TATATATATATTTGTACAGTTTACCATATTAATTTGTCGAGGGTGTATTTTTTTACTTTAACATGTATATATTTATAAACGACATATATAAATTATTTATGTCACTGAATATAGTCATGTTTGCCGACTCA
Unaligned ( gi|25 ): ACCTTGGTTCAGTTATGCTAAACATGCAATTAAGATGGAGTAACGATTTAAAGGGACATACGGACTTTCAAT
Unaligned ( gi|27 ): TTTTTTAGAATGGAGTTTTTTATGCCATTTCCAATCCATATTATCTCCCTATA
Unaligned ( gi|29 ): TTTGAGACAGAAGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGG