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Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGTCCGGCAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA--ATTTTATTTGGTGATTAT---GCTAGTTTAGGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATAGTCATGATGGCTGCCAATAT-GGCAG-CAAATGAATTGAGAATAATATTTTTCGCACA-TTTTGGATTTAAAAGTG-GAAATAAAATGTTTTAAATTAATTGATTTCATTAAGTAAATATGTCACTACCATCTGAAATATAAAACTTACACAATTGACAATAA-----ATGCGAATA------AAATATTCTTAAATAATGTCGGATATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGG----TC------------TATATACAGCTGTTGTAGTAC
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tAGTAAATATGTTACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAACTGACAATAT-----ATGCGAATG------AAATATTCTTAAATAATGTCAAAAATTGTCCAAATTTCCCACTATAACGATATAGG----TA------------TATATACAGCTACTGTAATACc
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAA-CTTACACAATCGAAAATAT-----ATGCGAATA------AAATATTCTAAATTAATGTCGGATATTGTTTACATTTCCCACTACAACGATATAGGTATATA------------TATATATAGCTGTTGTc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tCCATCAAAAATATAAAACTTAAACAACTGACAATGT-----ATGTGAATA------AAATATTCTTAAATAATGTCGGATATTGTCCACATTTCTCACTACAGAGATATAGG----CA------------TATATTCAGCTGTTGTAATACcata
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            CATCTAAAATATAAAACTTACACAATTGACAATAT-----ATGCGAATA------AAATTTTCTTAAATAGTATAGGATATTGTCCACATTTCCCACTACAACGGTATAGG----CC------------TATATACAGCTGTTGTAATACt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAACTTACACAACTGACAATAT-----ATGCGAATA------AAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAGG----CA------------TATATACAGCTGTTGTAATAc
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GAATA------AAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTAC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACGG--------------------CATACAGCTGTCGTAA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        AGG----TA------------TATATACAGCTGTTGTAATAC
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTACAACAACAACAACTATCCTTAATCCAATTTCCGACTGAA






Alignments
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Reference ( family-3144 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTCCGGCAGATACCGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTGTAGTA-AN--TNT-TTTG--GTGATTATGCTAGTTTAAGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATCTTGTCACCATTGAGCATTTTGAAATATTCAAGATGGCCGCCAATAT-GGCGG-CAANTGAATTGAAAATTATGTTTTCCGCACATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAATAAAA-TGTTTTAAATCGATTGATTTNATTTAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATAC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----CATATATACAGCTGTTGTAATAc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACG-----------G--------CATACAGCTGTCGTAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTCTGGCAGATACCACACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA-AAATTGT-TTTGTGATAATTAAGCTAGTTAAGGCAT---T-GCTTAAG-AAAAATGTAAGCTTGATGACATCTTGTCA-------ACATTTTGGAACAT-------GGCCACCAATAT-GGTGGATAAATGAATTTAAAATTATGTTGTCTGCATATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAATAAAA-TGTATTAAATCAATTGATTTCATTTAGTAAATATGTCACTACTATCTCAAGTATAAAATTTACATAATTGACAATA----ATATACAAATATATATAAAATAATCTTTAACAATGTCAGAAATTGTCCACATTTCCCACTAAAATGATAAAGTCATATAAAATA----TATATATATAGCTGTTGTct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CGACAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTATAA--T-T-CTTG--GTGATTATGCTAGTCTATGCATATATAGCTTATG-AAAATT--AAGCTTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATATTTAAGATGGCTGCCAACATTGGCG--CAAATAAATTGAAAATTATGTTTTCCGCACATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAAAAAAAATGTTTCAAATTGATTGATTTAATTTAGTAAATATGTCACTACCAACTCAAATATAAAACTAACACAAATGGCAAT-----AAATGCAA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGACATTTTCCACATTTTCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACtac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taAGTCCGGCAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA-AT--TTTATTTG--GTGATTATGCTAGTTTAGGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATAGTCATGATGGCTGCCAATAT-GGCAG-CAAATGAATTGAGAATAATATTTTTCGCACATTTTGGA--TTTAAAAGTGGAAATAAAA-TGTTTTAAATTAATTGATTTCATTAAGTAAATATGTCACTACCATCTGAAATATAAAACTTACACAATTGACAAT-----AAATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGATATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TCTATATACAGCTGTTGTAGTAC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGTTCAAACAT---T-GCTTATG-GAAAAC--AAGTTTGATGATATCTTGTCACTATTGAACA-TATAAAATAGTCAAAATGGCCATTAATAT-GGCAG-CAATTATATTGAACATTATGTTTTTAGCACACTTT-CTAATTTAAAATTGCAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAA-CTTACACAATCGAAAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTAAATTAATGTCGGATATTGTTTACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------GTATATATATATATAGCTGTTGTCATAc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTAAATATGTTACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATGAAATATTCTTAAATAATGTCAAAAATTGTCCAAATTTCCCACTATAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTACTGTAATAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTAAATATGTCACTACCATCTCAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATGAAATATTCTTCAATAATGTCGGAAATTGTCCAAATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAAACCTACACAATTGACAAT-----ATATACGA------ATGAAATATTTTTAAATAATGTCGG-AATTGTCCAAATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTACAACAACAACAACTATCCTTAATCCAATTTCCGACTGAA






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Reference ( family-3144 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTCCGGCAGATACNGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTGTAGTA-AA--TGT-TTTG--GTGATTATGCTAGTTTAGGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATATTCAAGATGGCCGCCAATAT-GGCGG-CAAATGAATTGAAAATTATGTTTTCCGCACATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAATAAAA-TGTTTTAAATTGATTGATTTCATTTAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAATTGACAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATAC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----CATATATACAGCTGTTGTAATAc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACG-----------G--------CATACAGCTGTCGTAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTCTGGCAGATACCACACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA-AAATTGT-TTTGTGATAATTAAGCTAGTTAAGGCAT---T-GCTTAAG-AAAAATGTAAGCTTGATGACATCTTGTCA-------ACATTTTGGAACAT-------GGCCACCAATAT-GGTGGATAAATGAATTTAAAATTATGTTGTCTGCATATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAATAAAA-TGTATTAAATCAATTGATTTCATTTAGTAAATATGTCACTACTATCTCAAGTATAAAATTTACATAATTGACAATA----ATATACAAATATATATAAAATAATCTTTAACAATGTCAGAAATTGTCCACATTTCCCACTAAAATGATAAAGTCATATAAAATA----TATATATATAGCTGTTGTct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CGACAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTATAA--T-T-CTTG--GTGATTATGCTAGTCTATGCATATATAGCTTATG-AAAATT--AAGCTTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATATTTAAGATGGCTGCCAACATTGGCG--CAAATAAATTGAAAATTATGTTTTCCGCACATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAAAAAAAATGTTTCAAATTGATTGATTTAATTTAGTAAATATGTCACTACCAACTCAAATATAAAACTAACACAAATGGCAAT-----AAATGCAA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGACATTTTCCACATTTTCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACtac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taAGTCCGGCAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA-AT--TTTATTTG--GTGATTATGCTAGTTTAGGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATAGTCATGATGGCTGCCAATAT-GGCAG-CAAATGAATTGAGAATAATATTTTTCGCACATTTTGGA--TTTAAAAGTGGAAATAAAA-TGTTTTAAATTAATTGATTTCATTAAGTAAATATGTCACTACCATCTGAAATATAAAACTTACACAATTGACAAT-----AAATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGATATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TCTATATACAGCTGTTGTAGTAC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGTTCAAACAT---T-GCTTATG-GAAAAC--AAGTTTGATGATATCTTGTCACTATTGAACA-TATAAAATAGTCAAAATGGCCATTAATAT-GGCAG-CAATTATATTGAACATTATGTTTTTAGCACACTTT-CTAATTTAAAATTGCAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAA-CTTACACAATCGAAAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTAAATTAATGTCGGATATTGTTTACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------GTATATATATATATAGCTGTTGTCATAc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTAAATATGTTACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATGAAATATTCTTAAATAATGTCAAAAATTGTCCAAATTTCCCACTATAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTACTGTAATAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTAAATATGTCACTACCATCTCAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATGAAATATTCTTCAATAATGTCGGAAATTGTCCAAATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAAACCTACACAATTGACAAT-----ATATACGA------ATGAAATATTTTTAAATAATGTCGG-AATTGTCCAAATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACc


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Reference ( family-3144 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTCCGGCAGATACNGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTGTAGTA-AA--TGT-TTTG--GTGATTATGCTAGTTTAGGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATATTCAAGATGGCCGCCAATAT-GGCGG-CAAATGAATTGAAAATTATGTTTTCCGCACATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAATAAAA-TGTTTTAAATTGATTGATTTCATTTAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAATTGACAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATAC
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----CATATATACAGCTGTTGTAATAc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       AATAATGTCGGAAATTGTCCATATTTGCGACATCAATGATAACG-----------G--------CATACAGCTGTCGTAAT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGAAATTGTCCACATTTCTCACTAC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATAC
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTCTGGCAGATACCACACTGAAACTTGCATGAAAGTGTGTTGTA-AAATTGT-TTTGTGATAATTAAGCTAGTTAAGGCAT---T-GCTTAAG-AAAAATGTAAGCTTGATGACATCTTGTCA-------ACATTTTGGAACAT-------GGCCACCAATAT-GGTGGATAAATGAATTTAAAATTATGTTGTCTGCATATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAATAAAA-TGTATTAAATCAATTGATTTCATTTAGTAAATATGTCACTACTATCTCAAGTATAAAATTTACATAATTGACAATA----ATATACAAATATATATAAAATAATCTTTAACAATGTCAGAAATTGTCCACATTTCCCACTAAAATGATAAAGTCATATAAAATA----TATATATATAGCTGTTGTct
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        CGACAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTAAAGTATAA--T-T-CTTG--GTGATTATGCTAGTCTATGCATATATAGCTTATG-AAAATT--AAGCTTGATGACATCTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATATTTAAGATGGCTGCCAACATTGGCG--CAAATAAATTGAAAATTATGTTTTCCGCACATTTTGGT--TTTAAAAGTGCAAAAAAAAATGTTTCAAATTGATTGATTTAATTTAGTAAATATGTCACTACCAACTCAAATATAAAACTAACACAAATGGCAAT-----AAATGCAA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGACATTTTCCACATTTTCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACtac
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  taAGTCCGGCAGATACAGCACTGAACCTTGCATGGAAGTGTATAGTA-AT--TTTATTTG--GTGATTATGCTAGTTTAGGCAT---T-GCTTATG-AAAAAT--AAGCTTGATGACATTTTGTCATCATTGAGCATTTTGAAATAGTCATGATGGCTGCCAATAT-GGCAG-CAAATGAATTGAGAATAATATTTTTCGCACATTTTGGA--TTTAAAAGTGGAAATAAAA-TGTTTTAAATTAATTGATTTCATTAAGTAAATATGTCACTACCATCTGAAATATAAAACTTACACAATTGACAAT-----AAATGCGA------ATAAAATATTCTTAAATAATGTCGGATATTGTCCACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TCTATATACAGCTGTTGTAGTAC
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TAGTTCAAACAT---T-GCTTATG-GAAAAC--AAGTTTGATGATATCTTGTCACTATTGAACA-TATAAAATAGTCAAAATGGCCATTAATAT-GGCAG-CAATTATATTGAACATTATGTTTTTAGCACACTTT-CTAATTTAAAATTGCAAA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAA-CTTACACAATCGAAAAT-----ATATGCGA------ATAAAATATTCTAAATTAATGTCGGATATTGTTTACATTTCCCACTACAACGATATAG-----------GTATATATATATATAGCTGTTGTCATAc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTAAATATGTTACTACCATCTAAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATGAAATATTCTTAAATAATGTCAAAAATTGTCCAAATTTCCCACTATAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTACTGTAATAC
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AGTAAATATGTCACTACCATCTCAAATATAAAACTTACACAACTGACAAT-----ATATGCGA------ATGAAATATTCTTCAATAATGTCGGAAATTGTCCAAATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACc
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TAGTAAATATGTCACTACCATCTAAAATATAAAACCTACACAATTGACAAT-----ATATACGA------ATGAAATATTTTTAAATAATGTCGG-AATTGTCCAAATTTCCCACTACAACGATATAG-----------G----TATATATACAGCTGTTGTAATACc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): CTACAACAACAACAACTATCCTTAATCCAATTTCCGACTGAA